Change nbnxn_search to class PairSearch

Changed some nbnxm functions to methods located in new file nbnxm.cpp
to keep the internals of the nbnxm module private and hidden.

TODO: Rename internal.h to pairsearch.h
TODO: Move Pairsearch definitions to new file pairsearch.cpp
TODO: Rename nonbonded_verlet_t to Nbxnm

Change-Id: I8fa5d3b88ed453598cbed3ab4b8548258f851e20

Extract DomainSetup from nbnxn_search

Change-Id: I1a46c543e063b250e27b3759ddc050a46fc6692d

Change nbnxm macros to constexpr

Also added an inline function to clarify the code and avoid code
duplication.

Change-Id: If68ad4f745a9b6f1c68379af24305a47084b608b

Move functions to gridset.cpp

Change-Id: Ib8b6b0159d25b50ddfd0d4ced37b8486ed2c6081

Add nbnxm GridSet class

Collected all data that is shared between nbnxm grids to a new class
called GridSet.

TODO: Turn nbnxn_search into a class and move some functions

Change-Id: Iae0dc988d88310d88e0541656f896e552cd19260

Fix compilation issue

Automatic rebase allowed merging code with outdated types.

Added namespace and fixed Doxygen while we were there

Change-Id: I7543f53d07fba5010ef15e4e81fbb7e2d632d167

Reorganize search-time code in do_force_cutsVERLET

Only code reordering done here in order to facilitate splitting out the
DD/search work from the force computation schedule.

Change-Id: I04b7fa97eed3a48b38389b9da4ac9be4b36c718a

Add haveGpuBondedWork flag to PpForceWorkload

Also move init of PpForceWorkload to make sure it precedes the GPU bonded
data initialization that the value of flag depends on.

Change-Id: Icdaab084d718087a44b2a2ec7702edd0ba86285b

Start modularizing force workload setup

Extend ppForceWorkload flags with listed forces-related booleans
and add a setup function that re-initializes ppForceWorkload every
search step.

Change-Id: I71c783cf22e58e880d7d8655bc1e9b44e6428407

Add tests for preprocess atom types

Adds some tests for the handling of preprocessing atom types and fixes a
bug that I introduced while refactoring the code.

Refs #2833

Change-Id: I3dabd11a1bc8a78379f4187bc8efa266a7c46d74

Remove custom datastructure in vsite preprocessing

Refs #2833

Change-Id: I6801264e743b3bf8cf205b8b297315c4b739de06

Fix errors caused by automatic rebase

A recent merge caused an automatic rebase that did not take a change
in a parent commit into account, leading to all builds to fail.
This fixes the error.

Change-Id: Iee9064e723fdc1d546fe140256467a6b0cb0b2fa

Basic routines to handle periodic boundary.

This is a generalization of the SIMD/GPU-like PBC
routines so that they can be used in a CPU code as well.

(Related to Refs #2863)

====================================

Patch set 6:

-- TODOs and reference to Redmine #2863 added.
-- Comments improved.

====================================

Patch sets 7 and 8: Rebasing.

====================================

Patch set 9:

-- Minor changes to comments.
-- Standsrd float3 vector subtraction used.

====================================

Patch set 10 and 11: Rebase, uncrustify.

====================================

Change-Id: I9efded685fcc41d05bbc5d7deed3ce70f43f5e98

Refactor t_param to InteractionType

Refs #2833

Change-Id: Iab043e96399c2a9615e66c5889010331c95782df

Move nbnxm atom macros to atomdata.h

Removed unused macros
The moved macros have been converted to constexpr.

Change-Id: I0d1352a218e1a317223e6579108fb42b02ddf393

Fix memory leak

Refs #2833

Change-Id: I402aa9996ed398654594527d408a8318dab701f0

Refactor preprocessing atom types.

Refs #2833

Change-Id: Ifd7f583fd5908c1ce225e379b58757f9a09b2100

Clean up calc_verlet_buffer_size()

Use return value instead of passing pointer. Added a separate vsite
function for counting the non-linear vsites.
Changed pointers to references.
Improve variable naming
This change is only refactoring.

Change-Id: I91b57dee08452d5e44b5b38860ffbd5e01430a3a

Minor refactoring in vsite_parm

Refs #2833

Change-Id: I0658c9c380d4a0723e5a283cd6372f4ad8a6c6b8

Eliminate mdlib/mdrun.h

This file was filled with stuff that works better elsewhere.

Moved the options structs into gmx namespace

Refs #2877

Change-Id: Ib796ef8e9896804c56936f23f67dcd3fc12900fd

Remove ineffective code for writing more TER fields to pdb files

A weakly typed string containing a residue type name was passed to a
function expecting a residue name. This has led to fewer TER records
being output than expected by the author of ff9a9692e1f4. The intent
then was presumably to refer to the residue type of the previous
chain, but in fact the residue type of that residue type was used,
which is always "Other". Thus no extra TER fields were ever written.

The intended feature for PDB writing is not clearly vital, and has
never worked, so is now removed. These days, it would only be active
if pdb2gmx wrote .pdb output, since in no other case do we build chain
numbers.

Change-Id: I4e5ed09171772e17fd0fc11aff239bf7aaa966eb

New tests for pdb2gmx and editconf

The editconf tests run only in single precision, as they do not
reproduce well in double precision. We don't have a good way to make
them reproduce without writing a much more complex checker. It's
better that we add test coverage for the normal precision than to have
no coverage until we have code that works for both kinds of precision
configuration.

Change-Id: If85768ec63469b148547506f77a84c1fa940ebf8

Clean up use of loop indices

There was no need to index restype by i, so we may as well
move closer to being able to use range-based for loops.

Change-Id: I6551325b74ffdfc15b055339cf0d2ca818c01ff3

Clean up nbnxm bounding box functions

Replaced macro function by inline function.
Reduced and simplified function arguments.
Renamed functions with more expressive names.
Removed _simd4 from the SIMD4 version of the normal BB distance
calculation function, since it can be used everywhere and this
reduced preprocessing logic.
Replaced nbnxn_bb_t by BoundingBox.

Change-Id: I63a7a0add371b268b533bde60e15a644ec71583e

Clean up nbnxm bounding boxes

Changed a flat array to array of 1D BB structs.
Changed a macro to a constexpr.

Change-Id: I75bb6792a3e99dc152450398a90f5414ae79fd8c

Convert nbnxm bounding box to a struct

Change-Id: Ia432e1f242b90ec0dbe01c528125bb7fa955bd5f

Revert "Eliminate mdlib/mdrun.h"

This reverts commit f4c94df918063cf855ba4575e1aebefb232ace50.

Somehow gerrit permissions were able to be bypassed, and this change
fixes the change that did not go through review as expected. We'll
investigate gerrit settings also.

Eliminate mdlib/mdrun.h

This file was filled with stuff that works better elsewhere.

Moved the options structs into gmx namespace

Refs #2877

Change-Id: Ib796ef8e9896804c56936f23f67dcd3fc12900fd

Minor modernization in gmx_dump

Moved into gmx namespace. Used anonymous namespace rather than
static functions.

Removed out of date comment in registering legacy modules.

Change-Id: I8fa441ff9d776e0dbe391f21004c4bf2e56d5cf0

Make pdb2gmx tests run in Jenkins

Now that the use of regex is less inefficient, these tests will run
several tens of times faster, which will make them usable in Jenkins.

Change-Id: I115ce221fb0156b08dd71d266c2d1b9cd65ba759

Fix post-submit warnings

Change-Id: Id9d36d0fcdf0fcdb16438992f58229185942a1da

Move nbnxm atomdata types to atomdata.h

This change is only code motion.

Change-Id: Ibefdd476c93ac2863dfb028fea37d4b00945055a

Turn nbnxn_grid_t into a class

Change-Id: I7dbb2268ad7ee70a49db5fd20b1938e786b1da35

Merge "Merge branch release-2019"

Encapsulate force output setup in do_force_*

Code that sets up force buffer outputs for force-only and virial
contribution together with clearing is moved into a function that
produces a struct containing the relecant data.

Refs #2802

Change-Id: Ie04a8c8edf703610ff8e357792d6ec22ebb718ff

Merge branch release-2019

Change-Id: Ib12dea8e32d62a0cf12b8cab6ed8162ce6a40561

Remove defunct mdrun options

These worked with General Coupling Theory, and were
not removed alongside that code when it was removed.

Refs #1292

Change-Id: Ia795ea81e7c38ba3b895f926ce048c0ac2dfba1a

Make OpenCL dummyKernel to require a input parameter

This is a tentative fix for OpenCL error with mdrun on MacOS.
MacOS seems to require that kernel functions have at least one parameter.
Otherwise clBuildProgram fails with error -11.

Here dummyKernel takes an empty pointer in the definition.
We then pass an empty pointer to dummyKernel with clSetKernelArg.

Fixes #2865

Change-Id: Ib7c08eeeb2ec6d8a43bfe703cf1b273819a45a29

Clarify force buffer setup code in do_force

Refactored code and made conditionals non-nested to improve
the ease of understanding when is a common or separate buffer used for
the forces when direct virial contribution is computed.

Also add subcounter for force buffer clearing which also helps annotate
code that should be conditional on whether any of these buffers are used
to accumulate or only to copy into (e.g. with everything offloaded to a
GPU).

Refs #2802

Change-Id: I3fa5a3e4e4adf5cfe0eb417f0c1c3d0ed4a96769

Improve documentation links

Link in README (important for e.g. github) was outdated.
We didn't have a link which let the user reach the
documentation of a different version.

Change-Id: I73e570848e883c50a80f5c6070c0ba80aafb544d

Use unique_ptr in nonbonded_verlet_t

Changed nonbonded_verlet_t and all its pointer members to unique_ptr,
except for the GPU struct, because its contents is currently only
visible in the cuda/opencl part of the code.

Change-Id: I710b4db7a08ebf8d892b2dd9417ab82fbccf1ed2

Use new/delete for t_forcerec

Added initialization in t_forcerec definition.

Change-Id: Iab82313ad92c60d35423f4955d4ab88da40694fb

Refactor t_params to InteractionTypeParameters

Part of preprocessing clean up.

Refs #2833

Change-Id: I4514edde34c978c2756f1c17471e0adde0736896

Make OpenCL dummyKernel to require a input parameter

This is a tentative fix for OpenCL error with mdrun on MacOS.
MacOS seems to require that kernel functions have at least one parameter.
Otherwise clBuildProgram fails with error -11.

Here dummyKernel takes an empty pointer in the definition.
We then pass an empty pointer to dummyKernel with clSetKernelArg.

Fixes #2865

Change-Id: Ib7c08eeeb2ec6d8a43bfe703cf1b273819a45a29

Clean up dispersioncorrection.cpp

Localized variable declarations, use const and replaced pointers
by std::vector and arrayref.
This change is only refactoring.

Change-Id: I3483e42e43a83956d353b60bfbff3dada943215d

Keep niche CMake variables as advanced

Change-Id: I99781749d9f4f481f7943a27c415af6b5c4ef5bc

Fix 4 compilers warnings

Change-Id: Ia68ae4b98b5ba35e49f75ec54d22ac99f3634d00

Remove minor broken functionality in gmx bar

In the large commit 23eb71d14195e494f215bca1115bdb0b47bd5cf7, this got
broken, because the transition before GROMACS 4.6 to use a lambda that
is a vector of doubles is inconsistent with the practice of embedding
an integer in a filename.

Change-Id: I517a6c329b692d88732a9031de969a6dc77c699c

Collect dispersion correction code

All function related to dispersion correction calcutions have now
been moved to the new file dispersioncorrection.cpp.
This change is only code motion

Todo: Put all dispersion correction parameters in a separate struct.

Change-Id: Iaed34908f6650f0e75ec0264ae8a6fa62820604c

Add new line to trjconv notice to users

This line can be the final terminal output, and it looks ugly to give
the user a prompt on the same line.

Change-Id: Ie3830ba9a86979ab60094271894ebd1651aa6f34

Correct grompp index file error message

Change-Id: I6b59c6d7e1d3a33054836f16d879d40e109eb8ee

Clean up mtop pbc functions

Change-Id: I049a96b3e8ab14a45f198c5f08224073316c58b5

Moving finish_run(...) to runner.cpp

This is another patch in the cleaning efforts of sim_util.

The idea is to only have functions relevant to the force
schedules there so that it becomes easy to move it into
its own module with minimal merging pains.

Change-Id: I92d6aef805cacf7d183a5581336affd9ee8d66a7
Related: #2574

Moving do_pbc_mtop(...) functions to pbcutils from mdlib

Another patch to clean up some functions within sim_util
to ensure that it contains only those methods relevant to
force calculations.

This is one in a series of patches for introducing a separate
force_schedule module.

Change-Id: I4922f714dda3d423b14c2d1393cdac53941aa608
Related: #2574

Refactor ExclusionBlocks

Refs #2833

Change-Id: Iffcd5c8e862f2be7b8e05f1c45e324c76ca22f9f

Move code out of sim_util.cpp

This prepares for migrating do_force implementation details to
forceschedules module.

Change-Id: Ib659b84bbf0b43413202ae8ad6e7305336d90883

De-duplicate gmx_tmpnam and gmx_fopen_temporary

Extracted a common implementation function from gmx_tmpnam and
gmx_fopen_temporary, rather than duplicate the code. Noted TODOs for
further cleanup.

Change-Id: Iaaa0c87e270c9ba8436e2672737171f96afe67c3

Move all nbnxm pruning details into module

Change-Id: I906624a83992d1da81e5b2aef0f73c296986842c

Hide internals of nbnxm parlist

Introduced the PairlistSet class which holds all data related
with the nbnxm pair lists. The actual details of the lists are
no longer available outside the nbnxm module.

Change-Id: If4f36a379f2a6a133435b8ee82de8abfed5c63fd

Add tests for ExclusionBlocks

Change-Id: I35d2e38e1ae29576f559bf2a2307f3ffb2d28cbe

Formalize dynamic pruning with GPU emulation

To unify code paths and to enable future cleanup, dynamic pruning
is now requested with nbnxn GPU emulation. Note that dynamic pruning
is not yet implemented with GPU emulation, but GPU emulation was
already broken. Now this is noted in the known issues file.

Change-Id: I88cc149420633643d5ed03bf90106d9e26fdbfa3

Move free-energy kernel dispatch into nbnxm module

Change-Id: I57a76dedff567ad946e970a06d779f9cf8ce475b

Reorganize release notes

Move 2020 release notes to their own directory, and add note to
developers for how they should set up the headers and issue references.

Change-Id: I16b77b063777646baae45382b57a0c65cbbb7651

Minor nbnxm cleanup

Removed typedef nbnxn_search_t and unused alloc/free functions.

Change-Id: I07436fd909867d2db9ff41b741b4ebc218623858

Refactor t_molinfo to MoleculeInformation class

Refs #2833

Change-Id: I66a6afc8ade636fb3002492e6c4e1d30ae51019a

Clean up nbnxm enums

Converted the nbnxm kernel and ewald excl enums to enum classes.
Added resource, kernel setup and pairlist type enums.
Also made pairlistSets_ private.

Change-Id: Ic8ff8c59cf8a72d3462b8a0f7382cd1636136c40

Test for LINCS and SHAKE constraints.

This version updates the tests making the selection of the
constraining algorithm more abstract. Makes it possible
to use the same test routines for new implementations (e.g.
CPU- or GPU-based) or (and) algorithms (e.g. LINCS or SHAKE).
Partly this is preparation for the GPU-based version of
the constraints (Refs #2816).

Change-Id: Ice7dfdcc6d86c04656b0a1dd4e328c5afdb8a263

Simplify make_pairlist() call signature

The nonbonded_verlet_group_t struct is no longer needed now the local
and non-local interactions always use the same kernel types.
This simplifies the make_pairlist() and put_on_grid() call signature.
Removed direct access to kernel and ewald exclusion types from outside
the nbnxn module.
Merged the pruning setup and the transfer of the pairlist to the GPU
into nbnxn_make_pairlist().
Also removed the ePBC argument from nbnxn_put_on_grid().

Change-Id: Id96d7e5aa6ce846e9d38614f7edcdced89687799

Add havePPDomainDecomposition()

When using 1 PP and 1 PME rank, non-local code paths were called
for with GPUs. Now the DOMAINDECOMP(cr) conditional for the paths
has been replaced by havePPDomainDecomposition().

Change-Id: I1b7036b0759a316c68d5c00bd5814b067c9fd9cd

Merge "Merge branch 'release-2019' into master"

Refactor DLB region handling

The DLB region was controlled with two clunky enums and several
separate functions. These are now replaced by a single class that
handles the conditionals and has the open/close functions as methods.

This change also disabled the DLB regions with 1 PP and 1 PME rank,
since DLB is not applicable in this case.

Change-Id: I8a375a46b855ec1f1fcdf6573f44a3bf553410b9

Merge branch 'release-2019' into master

Kept the way topologyinformation was removed from solvate and
insert_molecules in 2019.

Resolved Conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
docs/CMakeLists.txt
docs/user-guide/mdp-options.rst
src/gromacs/gmxpreprocess/insert-molecules.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/solvate.cpp
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_utils.cuh
src/gromacs/mdlib/nbnxn_ocl/nbnxn_ocl_kernel_utils.clh
src/gromacs/mdlib/sim_util.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/topologyinformation.cpp

Change-Id: I2576133c4bc7a3c55cedb29e9832bb5afa8fe76f

Fix release notes formatting

Change-Id: Icea8712088068c14dbfcb20e403dd68f9aa11227

Prepare for 2019.2

Reset doi strings.

Change-Id: I497ce4e5afe3a0f776dfba107e45d74bc51d4cc8

PBC setup for GPU is moved into pbcutils.

The CUDA device function setPbcAiuc is moved from listed-forces
to pbcutils so that other parts of the code can use it.

Change-Id: I8bbbadc95a6bc72f9abeba481981b66b192a2804

Add GMX_OCL_SHOW_DIAGNOSTICS env option

Change-Id: Ie886544d40ff78fccd301b87d610ae8c42483b14

Improve libstd++ handling

clang and icc use libstdc++ under Linux by default.

Previously such dependencies were handled differently than other
dependencies, in that we relied on the compiler autodetection, and
required the user to use the compiler flags to specify a proper
version.

Now we discover libstdc++ using cmake by finding g++, unless the user
or the toolchain they chose have already managed which gcc toolchain
to use. Then the found version is provided to the compiler with the
proper flags.

This has the advantages:
- Makes it easy for us to check the required version is used.
  Version check for libstdc++ 5 for C++14 is added.
- Makes it easy for the user to provide the correct version
  because standard cmake variables work.
- Makes build reproducible because the instance of libstdc++ used
  is constant (e.g. cached via GMX_GPLUSPLUS_PATH, or controlled
  by the toolchain, but not if the user chose non-reproducibility
  by setting CXXFLAGS environment variables). Previously, the
  auto-detection depended on the PATH environment variable at
  the time of build (not the time of the cmake run). Thus
  rebuilding with the same cache file was not guranteed to
  give the same result. It could cause cause confusing link
  errors if parts were rebuilt differently.

Also managed libc++ for clang-analyzer builds a bit better.

Fixes #2842

Change-Id: I855e16a6d4bd670cfb7acd6ea5c740f3a1b226bf

Precision fix for rescbt code.

The compute_restangles function was not sufficiently
precise. In fact it return completely different
results in single and double precision. By making part
of the function work in double the issue is fixed.

New tests added.

Part of #2795
Fixes #2862

Change-Id: Iad7f2bc45be996ba3e16358aab838c5427b157b8

Improve GPU target compatibility error message

Change-Id: I53bff22da766c2e8bc083ca6c0e5a08d7ed3b408

Use enum class for nbnxm locality

Converted the interaction and atom locality enum to enum class.
This exposed and fixed a few mixings of the two enums.
Move some files into the Nbnxm namespace.
Add local/non-local organization to the GPU timers.

Note that the use of the Nbnxm namespace outside the nbnxm module
is only temporary. This should all be replaced by methods.

Change-Id: I3c891b3b2b3e14d8175b63f4191f365a5cd64b18

Extract nbnxm grid.h and pairlistwork.h

Change-Id: Ia0da75a21e56d7e473f868cc3758f415ac9e4eb9

Fix compiler warnings

Change-Id: I179eb5a53b14d2bcdc340468d2215a44fcd6a3a4

Move nbnxm details from sim_util.cpp to module

The removes most nbnxm implementation details from sim_util.cpp.
The rest will be done when making nbnxn a class.

Change-Id: Iba411ce87b431a3b9aad656a22dd9114d5854546

Move nbnxn files to nbnxm directory

This change moves all files related to the nbnxn code to an new
nbnxm subdirectory. This change is only code motion and file renaming.
This is also the start of a renaming from nbnxn to nbnxm, which is
a more correct name, since the i- and j-cluster size can be different.
All nbnxn setup code in forcerec.cpp is moved to nbnxm_setup.cpp.
Removed nbnxn_ and _simd... pre- and postfixes from most files.
Renamed nbnxn_search.cpp to pairlist.cpp and nbnxn_search.h to
nbnxm_pairlistset.h. Although this is currently somewhat inconsistent,
future refactoring will make the contents consistent.
Renamed nbnxn_utility.h/cpp to nbnxm_geometry.h/cpp.

Change-Id: I39c17769c566f78b84211510c5ac17793fd131fa

Tests of restrained listed potentials.

TODO:
- Tests of tabulated potentials.
- Tests of NMR related potentials.
- Tests of restrained angles.

Part of #2795

Change-Id: I27ebc7a5a8805cc92a8e00deb83e36ca3cd87a78

Fix memory leaks in editconf

Fixed all leaks found by valgrind.

Change-Id: I87c02051e3be772c9706c0995fc0e94bcebd7add

Extend GpuEventSynchronizer to allow on-device sync

Added a method that allows inserting a dependency on the synchronizer's
even into a stream passed.

Change-Id: I982ad99b594aab6a6042749260479debb12042a5

Fixed misleading wording for membed option.

It is currently wrritten "This approach is unsuitable" but it is only
unsuitable from the code organization point of view, not for conceptual
reasons.

Change-Id: I504bb2a78bdb85cc41aa67b492e2a0fac828d8e4

Add new suggested external trajectory analysis tool

Also reorder the  list alphabetically, to avoid appearance
of suggesting a preference.

Change-Id: I474d6064e8b119429e7a91e7a804bbe386339e05

Fix memory issues in preprocess

Refs #2833

Change-Id: Ic4118958d98446d3a164fca10c5618ad0da9bed6

Refactor vsite topology

Refs #2833

Change-Id: Ibde09f829a72cc5e6467e15cf8ee7e3c183a30ad

Version 2019.1

Updated regression test hash.
Set DOI strings.

Change-Id: If56a4e81c853af49ebe6a908bb9cc8883d24a7bc

Improved diagnostics when PME cannot run on GPUs

Fixes #2789, #2823

Change-Id: Iff7609a3774c11329d36bd8557b741a4d29f7c5a

Fix tune_pme

There was an issue with the file option for the tpr file being empty
that caused a segmentation fault.

Fixes #2827

Change-Id: I2702898d071d6e9325fa2e7ebb223b9043b7109e

Fix mass Delta H double counting

With separate mass lambda parameters, the perturbed mass contribution
to Delta H (not dH/dlambda) was double counted. This was due to an
incorrect fix for issue #2703 for missing Delta H contribution.

Refs #2703
Fixes #2849

Change-Id: I1349260e1e90a17a6b7dbe0d239d9474dcfa928c

Extend performance considerations on bonded offload

Refs #2793

Change-Id: I4a8ae8554cf2aad540eb4eb485898f8cabeb3966

Fix use of selections referring to index groups

Selections that refer only to groups in an index file do not require a
topology file. This (and other behaviours) was inadvertently broken
by the wrong implementation of the default constructor, because that
constructor is used in setting up the analysis environment.

The default constructor of TopologyInformation should establish the
intended invariant, namely that until a topology is loaded, topology
getters should return nullptr.

Fixed that constructor, and fixed the unit test that verifies that
behaviour. Since that test was added at the same time as a change to
the implementation of TopologyInformation in commit 264458c9, the
broken invariant wasn't noticed.

Added a test also to gmx rdf that verifies that the selection
behaviour is fixed.

Fixes #2847

Change-Id: I2149616e0248c6d5cdd5657a8292d2c3346614b9

Revert changes to implementation of insert-molecules and solvate

This is a partial reversion of 5181f8d1, which made an inappropriate
dependency from preparation tools to TopologyInformation, which is
intended for analysis tools. This is needed in order to fix some
actual analysis tools that were broken by related changes to
TopologyInformation.

Unfortunately in 5181f8d1 readConformation was replaced with
TopologyInformation, and the former is no longer available. Instead,
readConfAndTopology is used in the same way that it was originally
used to implement readConformation. So the behaviour is reverted
even though the code looks different.

Refs #2847, #1862

Change-Id: I6e4900eea38b5c2e1b85b0d48427dabe26b09f9d

Improved electric-field docs

Change-Id: Ib1c6aa260f54a3933b1d80e375dc6ee007317473

Disable instruction fusion on Power8

The -mpower8-fusion flag seems to be the source of incorrect code; not
confirmed, but likely a codegen issue that also affects Power9 with the
similar flag used.

Fixes #2747 #2746 #2734

Change-Id: I56f50e54db47f4fe30c42488f4c4f79ac474518a