Merge "Removed reference to nonexistent file in g_helix." into release-4-6

Merge "improved reporting of failed affinity setting" into release-4-6

Merge "Fixed format error in online manual." into release-4-6

Merge "Fixed a bug that with multiple exchanges" into release-4-6

Merge "Essential dynamics: fixed restarts when ED group has > 1 molecule" into release-4-6

Merge "minor speed-up and code clean-up in nbnxn kernels" into release-4-6

Merge "Make gmx_cpuid.h self-standing." into release-4-6

Removed reference to nonexistent file in g_helix.

For many years, g_helix has referred to a file called n-ahx.xvg, but
no released version of Gromacs has ever produced it. Being that its contents
are largely reproduced by do_dssp, there is no need to introduce this
functionality and thus the easiest solution is to remove the reference
to this file.

Fixes #1103.

Change-Id: I2b87eed44d9d4c174d3772a39abf24827f63202d

Merge "Minor fixes to g_angle help description." into release-4-6

Set CMake module search path at a better time

This needs to be set before project() in order that
toolchain files for cross compilling can use the same
search path. Otherwise, the users has to specify
fully-qualified toolchain files.

Refs #1064

Change-Id: I1f1fb4803c9f0dd2b95d236da1c1858c5ea382f9

Merge "add an option to not build the template" into release-4-6

Merge "Add missing defines to PKG_CFLAGS" into release-4-6

Merge "Fixed error message for zwitterion residues" into release-4-6

add an option to not build the template

Change-Id: Ia85fc9dfbd191ac66cfff2d7b7c815620d800afe

Add missing defines to PKG_CFLAGS

Change-Id: I7e4234cf194f10aba1a16cfa81774b8f1941ca76

Merge "Fixed GMXRC so we are not polluting standard shell variables" into release-4-6

Fixed format error in online manual.

The .gro format indicated a right-aligned residue name, but in
reality the residue name is left-aligned and the atom name in the
next column is right-aligned.  The online manual now reflects this.

Change-Id: I610392c692bf31f962ad069c23d7e55196b64b53

Merge "Remove non-functional PowerPC invsqrt." into release-4-6

minor speed-up and code clean-up in nbnxn kernels

Clusters without LJ now use the half-LJ instead of the full-LJ
plus Coulomb kernels. This gives a few percent speed-up for water.
Also updated some kernel comments and macros.

Change-Id: Ifa6072561a7042d9d0602ec7d84bc667361951e4

improved reporting of failed affinity setting

Change-Id: I8a10c524b9d168c29ca587d6328b8d246d287c47

Fixed a bug that with multiple exchanges

Fixed a very subtle bug with multiple exchanges: with multiple
exchanges, Swapping states and swapping configurations are NOT
equivalent, for the same reason that the cycles 1->2->3->1 and
1->3->2->1 are not equivalent.  Also added a number of comments
to help explain the code more.

Change-Id: I52b4543d5b6e1b035d8d6225df3388d0f07cd76f

Fixed GMXRC so we are not polluting standard shell variables

csh/tcsh is now detected by looking for the lower-case $shell
variable, which seems to work on all recent platforms, instead
of using the 'set' command (which affected $* and $@ in bash).
Fixes #1044.

Change-Id: I852d075c80e2bf8f81a02932432dd31b3bab7f09

Merge "Thread-MPI fixes for i386 llvm & simplification of atomics" into release-4-6

Remove non-functional PowerPC invsqrt.

Also remove remaining Power6-related CMake code now that there is no
Power6 CPU acceleration option.

Fixes #947, see that issue for justification.

Change-Id: I6466f3ca7297f96757097119ee7b10e7e467bfe7

cmake: add option to install libmd as libgmxmd

Change-Id: I984494e843a344f50ecec8789e4e535ed6ce3c61

Thread-MPI fixes for i386 llvm & simplification of atomics

llvm on 32-bit x86 now uses the gcc-style intrinsics rather than
inline assembly; this fixes http://redmine.gromacs.org/issues/1098

Also, atomics use in thread-MPI is simplified to use only add-return
rather than fetch-add and add-return.

Change-Id: Id7edba926957b0d708e59ffd42db7c2b38edbdfc
Fixes: 1098

Fixed error message for zwitterion residues

Previously, pdb2gmx complained that the residue was
not available as a 'starting' terminus for isolated
residues (usually zwitterions). This is really confusing
when starting terminus residuetypes ARE available. Now
we properly explain there is no type to use the residue
isolated.

Change-Id: I0c9c8328f12e75a5a7ffaa8ea894ff46f8fdfe75

Minor fixes to g_angle help description.

A few grammatical tweaks and removal of an ambiguous sentence to make
the help description somewhat clearer and more generally applicable.

Change-Id: Ibd2e8a9f43fd81cc1905f06f075f2e43b68bebab

New beta release: 4.6-beta3

Change-Id: Ibee5545fa0c45cf97486ca25ff7449b9ee0c0d3a

cmake: mark FFTW_HAVE_{SIMD,AVX} as advanced

Change-Id: Id31f15e4a92722daa3b59fbbc909b8ac6ddc38ce

Add missing visibility exports

For template and for double

Also: fix define symbol for gpu libs
      declare of MPI_Wtime

Change-Id: Iba1a0c6e5ec74739c00b20d43a577813228e3f2d

Merge "Remove non-functional compiler override for MacOSX." into release-4-6

Fixed gmx_cpuid not working on non-x86

Added x86-specific #ifdefs around calls to x86-specific routines.
The cpuid calls should now correctly return 'unknown' for everything
on other platforms. Fixes #1075.

Change-Id: Id0dfcb2fd944ea37b176efb9978ccedfc00e06e9

Make gmx_cpuid.h self-standing.

The header should now compile irrespective of include order.

Change-Id: I0358b818cdb02ee8a948abc57eed5c4b1a8fdf3c

Remove non-functional compiler override for MacOSX.

As discussed in #1021, at least with CMake 2.8.9 this does not work, so
it only causes confusion.  A better solution can be implemented if
identified in #1021 discussion.

Related to #1021.

Change-Id: Iec704dcae65cd7a213cf31861a262ac0b2763474

fix incorrect gmx_fatal argument order

The format specifiers did not match the argument order.

Change-Id: Ib58892f4b0e09d7c3d3442a88f0bda98ea4b54b9

Merge "cmake: added option to disable quotes" into release-4-6

Merge "Small fix for g_tune_pme" into release-4-6

Merge "Fixes for andersen temperature control" into release-4-6

Merge "Fixes for expanded ensemble and HREPEX" into release-4-6

Merge "Fixed AVX256 double-precision kernels for gcc" into release-4-6

cmake: added option to disable quotes

Change-Id: Ia1793f3d3dddb3a08012723c2279cab51fa1eafa

Fixes for andersen temperature control

First, fixes a bug introduced in the merge that
caused the same random seed being used on all nodes, resulting
in correlated velocities in the kinetic energy, and thus an
incorrect distribution of total kinetic energy because of correlations
between particles.

Also fixed another bug caused during merge that resulted in andersen
not being applied when there were no constraints.

Change-Id: If6b857bf3d3b9345c18d0680fdba0f65a4860a7e

Fixes for expanded ensemble and HREPEX

Various other fixes broke expanded ensemble and Hamiltoian
replica exchange. These changes restore functionality.

Change-Id: Iae9def3838a5b90f1efee1fb0598441e0af6cce3

Fixed AVX256 double-precision kernels for gcc

Gcc is pickier with memory alignment and implicit conversions than
either clang or icc. This patch makes sure we align tables to 32-byte
boundaries (16 before), and uses explicit casts to make gcc happy.
Fixes redmine #1074.

Change-Id: I613d49dad74597ce6167e18fd3a048254bc1b859

Fix for the pressure in MTTK with constraints + dispersion

Fix for pressure in MTTK - broken at some point in the
merge process.  The MTTK+constraints code definitely needs to
be simplified for 5.0, it's too easy to break on code rearrangements
right now!

Testing with simple systems over long time shows that the pressure is
unbiased, while the PR pressure is off by a factor of 1/N (which is totally
fine for most realistic systems).

Fixes redmine bug #1061
Change-Id: Ie82cf8d6bdeb3e47db044ae34fc42c077ad73c75

Small fix for g_tune_pme

Setting the "-err" command line flag in g_tune_pme would, in combination with the "-launch" flag
prevent a proper launch of mdrun after tuning since "-err" would also appear on the mdrun
command line. This patch removes the "-err" switch from the mdrun arguments list.

Change-Id: Idb2e3cf2e4eca587180b932faccc227be171b3d7

Essential dynamics: fixed restarts when ED group has > 1 molecule

To ensure proper restarts when the ED group consists of more than a
single molecule, the PBC-correct positions of the ED group are now
stored in the checkpoint file.

Change-Id: Id87bee610ad248f8695927d0027254e7d6d4c677

fixed recent bugs in LINCS for derivatives

The LINCS projection code, do_lincsp, working on derivatives
got OpenMP parallelization in 6585fa01, but this introduced bugs.
The constraining of derivatives of the coordinates has now been fixed
and the lambda derivatives have been added again.
Also constraining of forces now works with OpenMP.

Change-Id: Idc5516ec0e9d994a86cf8acdc7480502c8dcac1d

Merge "Remove the rest of the fortran/power6 acceleration" into release-4-6

Merge "Always build template program" into release-4-6

Fix Reference build type

This typo led to the Reference build claiming it was not building
for thread-MPI, but actually it did. Pity we don't have a CMake
syntax checker.

Change-Id: I932794145471451e09028297cfbffa4a72e96f39

Merge "Avoid using undefined CMake variables" into release-4-6

Merge "Removed orphan file" into release-4-6

Merge "Fix license text printed by programs." into release-4-6

Merge changes Idc652236,If03cf569 into release-4-6

* changes:
  renamed gmx_x86_simd_macros.h to gmx_simd_macros.h
  implemented nbnxn AVX-256 2x(N+N) kernels

Merge "issue error if GPU ID is provided with GPU acc. off" into release-4-6

Removed orphan file

The use of this check was removed long ago, the bug report that
it cites is invalid, and its detection functionality is duplicated
in gmxGetCompilerInfo.

Change-Id: I8478e155376930c27d259214e13d9b1e6e7a9cca

Avoid using undefined CMake variables

C_COMPILER_VERSION is not defined before CMake 2.8.8, so the logic
and reporting was wrong. However, we already have a work-around.

Change-Id: If34deadf3a912d48e204d80cc5be7718c151e39d

Merge "Fixes redmine issue #1071" into release-4-6

issue error if GPU ID is provided with GPU acc. off

Manually setting the GPU IDs is an implicit "GPU on" request from the
user, so we need to fail if mdrun in compiled without GPU support.
Additionally, added hint to what content is expected in the GPU ID
string to the respective errors and changed an incorrect collective
fatal.

Change-Id: Iebce58c0626889d047eebebd8e4547d4f1e9ff26

renamed gmx_x86_simd_macros.h to gmx_simd_macros.h

This is in preparation for non-x86 SIMD acceleration.

Change-Id: Idc652236f4b2e0f48e759d579c798c1b0dc6944f

implemented nbnxn AVX-256 2x(N+N) kernels

With AVX-256 nbnxn kernels are faster with 2x(4+4)=4x4 than 4x8.
To reduce the number of nbnxn kernels, there are no longer both
simd128 and simd256 kernels, but simd_4xn and for AVX-256 additionally
simd_2xnn kernels. The nbnxn search code is simplified significantly,
as it no longer has 128-bit and 256-bit simd simultaneously.
The SIMD pair-search and kernel configuration is now separated from
the SSE SIMD bounding box code configuration.

Additionally the label x86_simd in all nbnxn files is replaced by simd
only, in prepartion for non-x86 SIMD acceleration.

Change-Id: If03cf569cf918dcec675fbcb43e1ff3a30528f74

Merge "reduced PLINCS communication with H-bond constraints" into release-4-6

Fix license text printed by programs.

Since source files are now licensed under LGPL, it doesn't make much
sense for the programs to indicate they are still under GPL.
Follow-up to I1c507b3, which seems to have missed this.

Part of #818.

Change-Id: I44ffcf75f4840326d09f924249619077ea5a1013

Remove the rest of the fortran/power6 acceleration

* kernels got removed in 38069fb14a4c2ba3b61880c96dc017d16294db2c
* remove it from cmake as an option

Change-Id: I84a6e584673a80a7b1fa2f7b8f0b2c54658abc2f

Fixes redmine issue #1071

Fixes issue where pull code can crash grompp if foreign lambda
is not defined in the mdp.  Some simplification of code path for
initialization of lambda as a side product.

Change-Id: I6c6a0c1591cc332efddb769f3552c0379e7dc708

Fix typo

Change-Id: Id0fcbaa04647f3e3f4867686e207637efac8cdae

Always build template program

* make sure template is not broken
* gromacs dir contains copy of headers
* fixed warnings in template.c
* don't use config.h as it not installed
* use PKG_CFLAGS to emulate user environment

Change-Id: Ib8a3a5a9717727721d26ae4afbb69633e319d978

Merge "Fix compilation with PGI" into release-4-6

reduced PLINCS communication with H-bond constraints

When only constraining bonds involving hydrogens, there are
at most two sequential constraints connected. In that case
we now only communicate once in PLINCS.

Change-Id: I841c22b19574b1bb787b5be46637b69c77f1f757

Merge "force C++ linking of the gpu_utils" into release-4-6

Merge "fixed GPU pair-search with GMX_CPU_ACCELERATION=None" into release-4-6

Merge "Fix build of template and other external code." into release-4-6

Fix compilation with PGI

- The GMX_TEST_CFLAG with /ARCH doesn't fail because it isn't
  recognized as flag. Thus it is added and then causes trouble later
  because it is treated as filename.
- Extra { } for omp ordered
- Add warning to not use PGI because it fails the regressiontests
  (12.9 and 12.10) or crashes during the compilation with internal
  compiler errors (12.5, 11.9) (I didn't test more than those
  4 versions).
- I think it is worthwile to fix the first two issues even if PGI
  is not recommended. They could also affect other compilers and
  furture PGI version hopefully don't produce incorrect results.

Change-Id: I6ea24498a6c6712a8ad4b604a0b3c685de1ce0be

fixed GPU pair-search with GMX_CPU_ACCELERATION=None

Fixes #1042 and fixes #1062

Change-Id: I95ed242823aa1c108fc6c26bedc88062a0cd81d7

Make SSE4.1 warning clearer

"Disable SSE4.1" can be misunderstood for a suggestion to set
the acceleration to "None".

Change-Id: If83339c2fedd8dcf47aa4a841128cf08cc369a90

New beta release: 4.6-beta2

Change-Id: I3c9ac75258154b5779516ddd0de0d23b1e972803

Apply LGPL license to new files

Note the AdResS python generator is not currently used
(or functional) but in case it is used later, it's
there and licensed and so will its output be licensed.

TODO:
Still same as last LGPL license commit

Change-Id: I8b62d5160380c4da6f25eeacd6809fec6aac55f2

Updates for install guide

Change-Id: I9448ba0ea372f330f16172de73e3285c1a682032

Removing (inaccurate) virial temperature calc.

Removing the virial temperature, which is not a reliable measure.
Earlier, I had put in a calculation of temperature via the virial
to try to validate the potential energy distribution. It turns out
this is not a good way of doing things, as the virial temperature
differs from the true temperature by a factor proportional to the
pressure, which is not very useful for sentitive calculations.  It's
better to use the ensemble validation relationships I developed.
So in the spirit of simplifying the code (which we all agree needs
to be done), I'm removing this calculation.

Change-Id: Ic942b9af294d928d1675de4f45436dc43aff9649

Fix build of template and other external code.

Installed headers need to use relative include paths.
Broken by Ied26158 (which was part of #701).

Change-Id: I2d9e6ee3878ae1bfa70286996e490abad00f19a0

Re-enable AdResS feature

* updated generic AdResS kernel
* added nb_kernel_adress_template_c.pre
* added gmx_mblist_interaction_type
* seperate neighbour lists for the adress hybrid kernel(s)
* put_in_list_adress decides for each ij pair whether to use
  * standard kernels (if interactions are explict or coarse-grained)
  * add them to the adress list to use the AdResS kernel
* removed obsolete TODOs
* removed obsolete pureex/purecg booleans from mdatoms
NOTE
* make_nb_kernel_adress_c.py currently unused, actually the generic AdResS Kernel seems to perform quite well already (faster than the old implementation)

Change-Id: I7bc41aa5b122f3b0c1aef8ae3210d0bbba7efb02

removed last OpenMP O(nthreads) bottleneck

The nbnxn non-bonded force buffer clear would zero the full force
buffer for every OpenMP thread, which lead to O(nthreads) operations.
Now each threads only clears block of the buffer is actually uses.
The buffer flagging procedure has been simplified and the reduction
has been made more efficient. With domain decomposition there is not
much improvement yet, here we should change the assignment of pairs
to threads.

Change-Id: Ib657f8eaa394afdd82086dcc59cbb8c5926f77f0

Eliminate confusion from pkgconfig FFTW detection

If pkgconfig fails to find FFTW, it emits a CMake status messge,
but we do our own detection immediately afterwards. Seeing
a failure followed by a success can be confusing to users, so we
let them know we're not worried by pkg-config failing.

Change-Id: If270dd5d6fe10bc3a58a6fa56c9028cf61859d74

don't warn during configuring if no GPUs were found

This change avoids issuing the post-configure GPU acceleration warning
if no GPUs were found in the build machine.

Change-Id: I63962c43ec9a8b9ee4f5ec2d1a19d4d819419ff7

fixed obsolete gmx_fatal in OpenMM build

Change-Id: I29686a897e1e38b2cc98165ba6c9521d3e29d0c6

first step toward moving OpenMM support to contrib

Although this is a sloppy and incomplete solution, it's important that
for 4.6-beta1 the user at notices that OpenMM acceleration is not first
class citizen when it comes to support.

Change-Id: I494f3379865de4931af1eef8cbf09a63dba72648

Merge "don't auto-set nvcc host compiler with cmake >2.8.9" into release-4-6

Merge "Keep FindCUDA quiet when it is not useful" into release-4-6

Merge "Remove TEST_TMPI_ATOMICS_ONLY" into release-4-6

Merge "Re-apply -dev version name between beta 1 and beta 2" into release-4-6

Merge "fixed segv in Verlet pair-search with trilinic DD" into release-4-6

Merge "Fixed labelling of g_hbond plots" into release-4-6

Merge "fixed incorrect virial with virtual sites and OpenMP" into release-4-6

Remove TEST_TMPI_ATOMICS_ONLY

Not needed anymore since aaf38d0b8683c510a5

Change-Id: Icce5578e7b1bd64a5dcfef1e2e38358ce5d9707c

Re-apply -dev version name between beta 1 and beta 2

We'll still have to strip it on and off for the release tarballs.

Change-Id: Ib71d0c593f4d16e4fee0e7ec012b8cc2f0099b65

fixed incorrect virial with virtual sites and OpenMP

The virial was incorrect with more than 1 OpenMP thread
and virtual sites crossing a box boundary.
Fixes #1060

Change-Id: Ib659f6eb7719f4808b37e828b96526587f8a0e69

Keep FindCUDA quiet when it is not useful

If detection has been done and GPUs were not detected, a user who
didn't give orders about using GPUs should not need to worry about
anything with CUDA in the name. Otherwise, messages like
"CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR not found or specified" are emitted
by FindCUDA as warnings, and require user interaction when
using ccmake.

Change-Id: If31603a4bdfd72ca5ed4f0313f708b3efe778a74

fixed segv in Verlet pair-search with trilinic DD

With the Verlet scheme and domain decomposition the bounding box
of the zone, used for the pair-search grid, could be calculated
incorrectly for certain triclinic boxes, causing array indices
to get out of bounds (usually causing a segv).
Fixes #1059

Change-Id: I5bb146baaec59271dd5e68b40c545ed29d061831