Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed inconvenient output file names if -sep is used in combination with -nzero.
For the first file (numbered 0) there was one digit too many,
now all file numbers have nzero digits.

fixed grompp looking for include files in double relative paths, for instance in ../.. with ../topol.top

Merge branch 'cpp-migration'

Added g_select for the new framework.

The current implementation does not follow all the guidelines for the
framework (it uses some non-parallelizable constructs), but will perform
the same functions as the old implementation.  File option handling
needs to be improved to make the tool really useful.

Removed an obsolete file.

Fixed issues with header installation.

Header installation for the new C++ modules should now more or less
work.  Updated the lists of headers to be installed in CMakeLists.txt
files, and updated the #include statements in the installed headers to
use relative paths.

Merge branch 'cpp-analysis'

Header installation does not yet work.

Conflicts:
src/gromacs/CMakeLists.txt
src/gromacs/options/tests/CMakeLists.txt
src/gromacs/selection/CMakeLists.txt
src/gromacs/selection/params.cpp
src/gromacs/selection/regenerate_parser.sh
src/gromacs/selection/selcollection.h
src/gromacs/selection/selection.cpp
src/gromacs/selection/selhelp.cpp
src/gromacs/selection/sm_keywords.cpp
src/gromacs/trajana/trajana.cpp
src/gromacs/trajana/trajana.h
src/tools/CMakeLists.txt

Merge commit '0e52c9073c31ddc1cdc23f0cbf867ad1c9e72524' into cpp-migration

Used merge strategy ours to keep the manual renames and other work from
the previous commit.

Moved selection and trajana modules to src/gromacs/.

Merge commit '4d39dbdaa88b63df182fb3ca1d9133f2809277c1' into cpp-migration

Build system had to be restructured for clarity, but otherwise the merge
was successful.

Conflicts:
src/CMakeLists.txt
src/gromacs/CMakeLists.txt

Merge branch 'release-4-5-patches'

Deleted leftover files from the migration.

Removed leftover .gitignore, CMakeLists.txt, and pkgconfig files from
the include/, gmxlib/ and mdlib/ directories.  The only thing remaining
in the old directories is now the mknb_generator/ directory.

Removed autoconf files from moved directories.

Autoconf-specific files from the include/, gmxlib/ and mdlib/
directories were deleted in this commit.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed bug in statistics which did not allow fitting with weights.
Added check for return value from statistics codes in g_analyze.

removed incorrect citation print of Engin2010 for pull groups of a single atom

pme.c work-around for MPI fatal error in pme with partticle decomposition

fixed incorrect LJ table in mdrun with reppow!=12

removed editconf warning on box distance with -bt

Another test commit

Test commit

fixed tpbconv time options leading to negative nsteps for nsteps larger than INT_MAX

Merge branch 'release-4-5-patches'

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Merge branch 'release-4-5-patches'

Added 1 quote.

Added CHARMM neutral lysine, LYN, to residuetypes.dat.

Fixed wrong path ordering in GMX.bash introduced in commit 58a6b0bee590c2293fbf3eb35947005db9f7668b

Merge branch 'release-4-5-patches'

Added fatal error for when people use energy files for computing dipoles. This
is broken due to the fact that the dipole is computed based on broken
molecules.

Added comments and workaround for IBM's BlueGene(/L) MPI_Bcast dereferencing
null pointers even when zero data is to be broadcast. This change will only affect
BlueGene, and does not affect speed of time-critical parts of GROMACS.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed typo.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Proper appending with enforced rotation output files.

GMXRC.* - fixed bug #614

added power6 flags from Markus Rampp

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed bugzilla 616 about formatting in the help text.

Fixed SEGV bug in g_sham.

Enforced rotation: fixed torque calculation for FLEX potential when using mass-weighting

fixed segv in grompp due to gmxcpp not checking for #include statements without delimiters

configure: build shared libs unless mpi enabled (bug #562)

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Enforced rotation: code cleanup

Added a hint to the documentation for creating .tpr files with a subset of a simulation sustem using tpbconv.

Fixed segv in gmx_pme_error when gromacs compiled with threads

Fixed TMPI_WAIT_FOR_NO_ONE deadlock.

Made printing in check_multi_init conditional, depending on whether the
log file is NULL or not.

Better description of rotation options

Moved src/gmxlib/ to src/gromacs/gmxlib/.

All source files from there are now included in the libgromacs, together
with mdlib.  A separate CMakeLists.txt was kept in the subdirectory to
configure the kernels etc.  This required some serious hacking with
CMake, because several things were still required to be set in the same
CMakeLists.txt where the library target is created, i.e., in
src/gromacs/CMakeLists.txt.  The solution could probably be improved,
but at least it seems to work as it is now.

Moved src/mdlib/ to src/gromacs/mdlib/.

All the files there now link into a libgromacs library.

Moved include/ to src/gromacs/legacyheaders/.

Autoconf files were not updated; hence, they are completely broken.
CMake should work, but haven't tested much.

Removed unnecessary include

Merge branch 'rotation'

Merge branch 'release-4-5-patches'

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotation: define Gaussian norm

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotation: use the right tpx_version

Enforced rotation: set the right tpx_version

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Minor trjconv documentation formatting fix

g_densmap -od writes a .dat file and prevents writing the .xpm file. The latter behaviour is uncharacteristic of GROMACS tools, I thought, so I updated the documentation to note this. Perhaps the .xpm file produced by -o should always be written.

New maintanance release: 4.5.3

added -resnr option to editconf

GMX_POWERPC_INVSQRT should be OFF in CMakeLists.txt by default (PowerPC and BlueGene accelerations turn them on, though)

fixed compiler warning in pdb2gmx.c

Reverting back GMX_DLOPEN to default ON

making error message for vmdio clearer (bug 598)

Deleted redundant charmm27.ff/dna.r2b.

Disable GMX_DLOPEN by default.

Bug 598 is still open though.

Added support for Altivec kernels on POWERPC.

Hopefully closes bug 573.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'master' into rotation

Conflicts:
src/tools/Makefile.am

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotatin: Put in check for acos value; enhanced output file description

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Made mdrun exit with a fatal error for EM or NM with -rerun

Fixed .xvg legends for g_sas options -or and -oa

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:
src/tools/Makefile.am

Fixed compilation issue.

Fixed compilation issue.

Added flag to gmx_stats_get_point

More atom-based charge groups in CHARMM (termini and hard-coded residues).

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Flexible RMSD fitting is now optionally mass-weighted

Print warning when reference file is set but could not be found

pdb2gmx now puts atoms with cgnr=-1 in separate charge groups

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

print more information in case of lock error

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Conflicts:
src/tools/Makefile.am

Doxygen comment for dd_make_local_rotation_groups

Fixed md.log being opened twice when appending, which prevented file locking.
Added check for -seppot and -append.

Merge branch 'master' into rotation

Conflicts:
src/kernel/runner.c

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation