Add MSAN build type

This permits GROMACS to build with Memory Sanitizer in clang >= 3.4.

Refactored the tests that linking to libxml2 and zlib work, which is
simpler to follow now that there are three paths. The new MSAN path is
useful because making try_compile tests work with MSAN is tricky, and
only useful for very few developers.

Fixed a missing header exposed by using a different C++ library.

Documented use in the deveoper guide

Change-Id: Ia3e8077ac732386563eebfa54f2f7d71ebd74a33

Fix all use of nbnxn_simd.h

Added nbnxn_simd.h to the set of SIMD headers for which we do
per-commit testing for correct use.

Fixed a bunch of files that were acquiring the dependency
transitively, which is error-prone.

Change-Id: Ic8fb462c7790a5e723f901700dd06fd09543e58a

Make some unit tests skip file system access

Make unit tests for FileNameOptionManager not use the file system.
Introduce a FileInputRedirectorInterface to support mocking file
existence checks, and use a mock implementation in the tests.

These particular tests did quite a bit of file system access, and the
speedup is only a few ms, although significant percentually (something
like 80%).  But there can be tests where this has more effect, and this
approach provides a starting point for more work on eliminating
unnecessary file system access from the tests.

The main benefit is clearer and more robust test code, as it is no
longer necessary to construct actual files and ensure that they do not
conflict with other tests or cause issues if the test crashes or such.

Change-Id: Ib9a171331e988fa7e74b16078164f477f8296c6e

Removed gmx protonate tool

This tool appears to have been largely unused, since
testing shows it crashes for a normal trajectory all
the way back to 4.6. Since it is only relevant for
united-atom force fields, we'll reduce the maintenance
load by simply removing it for now - it might reappear
in the future.

Refs #1618.

Change-Id: If57e250f0ffbe32bcc948d09b54b225db9724c35

Improve DLB+PME tuning with GPUs

With GPUs and the DD DLB can quickly limit the PME load balancing
room too much. In such cases (and only with DLB=auto) we now first
do PME load balancing without DLB and then, if DLB gets turned on,
a second round of PME load balancing.

Also fixed that when DLB limited the tuning, the fastest choice was
reset, which would often lead to stronger limitations.

Change-Id: I0087e6b8512d5574d8d0fa2db82e6e38279a82f1

Fix double precision reference SIMD and gcc bug

The double precision logical operations on floats were
incorrect for the reference SIMD implementation for C
source, and GCC appears to be buggy with C++, likely
due to strict aliasing assumptions at -O3 interfering
with the required casts - solved by sticking to unions
for now. This might be slower, but the reference
implementation is not used for production anyway.

Change-Id: If048bda298618ae67968861c4a850d080c8cce31

Fix one error and compiler warnings with Cuda & clang-3.6

Clang-3.6 on OS X can now be used by nvcc. clang found one
error related to || being used instead of | to set flag bits,
and a handful of warnings variables in headers not being used.
The latter is caused by declaring constants in headers, and
making then static to avoid clashing symbols. However, this emits
them in every single compile unit that includes the header. Fixed
by either moving names to a cpp file, or changing to defines.

Change-Id: Ib4d59c40aa8caffc667cc202a3efe45891b2abe3

Append _pullx_ and _pullf to pull files when -deffnm used.

Changes -deffnm behavior for pulling so that the pullx and pullf
files don't collide. Previously, this resulted in one being
backed up and checkpoint restarts failing when -deffnm was used.
(Technically this applies to anything where -px and -pf are identical
 and not explicitly set, but that only happens with -deffnm.)

Additionally return fatal error if -px or -pf set and output files
collide.

Fix is now localized to the pull code.

Fixes #942 except for log file collision with pull-rotation.

Change-Id: I27b8b4ced0f307905e2c2ea4fb260376dd25dc32

Remove unused cmake files

Change-Id: Id1a132e316539243dafa06a17ae2e8f69dc9f448

Don't use check_library for libm

Using check_library doesn't work with build-ins like sqrt
with Werror. sqrt was anyhow only a placeholder for a standard
libm function. We really only need to know whether the library
exists.

Fixes #1750

Change-Id: I6a550cf8c8b8ea985b28130a4339935fb8c9741a

Improve pair search thread load balance

With very small systems and many OpenMP threads, especially when
using GPUs, some threads can end up without pair search work. Better
load balancing reduces the pair search time. Also the CPU non-bonded
kernel time is slightly reduced in the extreme parallelization limit.

Change-Id: Ib036ea3ba59f497eeee7afa73a71fb0e0ccd216e

Improved the intra-GPU load balancing

The splitting of the pair list to improve load balancing on the GPU
was based on the number of generated lists. But this number can be
high(er) due to small lists before splitting. This lead to too few
lists for small systems and too many for large systems.
Now the splitting is based on the number of pairs in the list up till
now. This produces much more stable results.
Because of the more stable results, we increased the min_ci_balanced
factor from 40 to 44 (closer to the ideal 48).
With small systems on many threads we used to generate many more lists
than targeted. Because the algorithm is now far better, we increased
the minimum list size from 32 to 36 and still get fewer lists.

Change-Id: Id2210171a409ef1a27f7dc919fe806f0fe4d869c

Fix CUDA architecture dependent issues

Only device code gets generated in multiple passes and therefore
target architecture-dependent macros like __CUDA_ARCH__ or our own
IATYPE_SHMEM (which also depends on __CUDA_ARCH__) are not usable in
host code as these will be both undefined. As a result, current code
over-allocated dynamic shared memory. This has no negative side-effect.
This change replaces the use of macros with runtime device compute
capability checks. Also texture objects are now actually enabled,
which give very minor performance improvements.
Note that on Maxwell + CUDA 7.0 there is a 20% performance regression
for the tabulated Ewald kernel (which is not used by default), which
magically disappears when texture references are used instead.

Change-Id: I1f911caad85eb38d6a8e95f3b3923561dbfccd0e

Fix IBM VSX SIMD compiles with xlc

Remove most of the previous inline asm to improve
performance (the optimizer works better w/o asm),
and make sure the VSX SIMD code compiles with XLC.

Change-Id: I3e8e9b4dd6102dd5503210e3b49b844ee5492342

Reduce the use of nbnxn_consts.h

Removed reference to "half-width SIMD" (got reworked a long time ago)

Change-Id: Ifcf4f8ae7d18ac14dae7c843ffe1b5787a3dbff3

Corrected nstcalclr/nstfep/nst_repl_ex checks

Several checks with twin-range electrostatics still checked for
multiples of nstlist instead of nstcalclr and nst_repl_ex was not
checked at all.
Free-energy with small nstdhdl triggered frequent, unnecessary
neighbor search. It seems this can't have caused isssues with
free-energy, because nstfep needs to be a multiple of nstcalcenergy
which again needs to be a multiple of nstcalclr (was nstlist).

Change-Id: I20b8e8ab8329a3aaf904ddfa21573aee8d58c0e4

Merge "Merge release-5-0 into master"

Document tool changes in 5.1

Add documentation for tool changes done in 5.1, and improve the
documentation for some of the previous changes.

Change-Id: If7b194392f4516d9a98de2adcbbd436a9acebd2d

Merge release-5-0 into master

Conflicts:
src/gromacs/mdlib/calc_verletbuf.c
Included nbnxn_simd.h, consistent with fix incoming from release-5-0.

src/programs/mdrun/runner.cpp
One of the changes in release-5-0 was in the -testverlet feature,
which has been removed in master. Other changes applied normally.

Change-Id: Id5b507bce1d6f907e97ac694f02fbe7e486f6208

Fix compile issues on K computer

Fix a compiler bug in the latest K environment (1.2-17)
related to a bug in the system heaers that we work around
by temporarily altering the ISOC99 define.

Change-Id: Ifd60c7062880ecc81bc704a0695c54c2cb342776

Fixed Verlet buffer issue with 2-wide SIMD

The Verlet buffer size for CPUs was always calculated for 4x4.
With 2-wide SIMD the estimate should be for 4x2, which results
in a slighly larger list buffer.
grompp now always sets rlist for a 4x4 list setup; mdrun anyhow
redetermines rlist at run time (added a note for this in grompp).

Fixes #1757.

Change-Id: If4bf9ad17b82b22c9d9f7c1dd3f88e66f2314df4

Merge release-4-6 into release-5-0

Conflicts:
src/gromacs/fileio/strdb.c
src/gromacs/utility/cstringutil.c
These were not actually conflicts; the code changed here was simply
relocated in release-5-0.

src/programs/mdrun/md.c
Trajectory-writing code has moved in release-5-0, so applied some
changes to src/gromacs/fileio/trajectory_writing.c

Uncrustified, copyright bumps.

Change-Id: I11626cbf2a3efa89adf7c975df2a43b4eb3680fb

Fix buffer size issues in string database

We have cool quotes of the than 255 characters which was the buffer
size of buffers in the string database code. Now the buffers are
extended to STRLEN and an fscanf is replaced by fgets in an
infrequently used routine.

Change-Id: I6cd09e6e33f9a4ff3302fb2e1ab8235e2253e87c

Fix mdrun -confout sometimes affecting final .edr frame

This makes a two-part run write .edr files that can be concatenated to
be identical to that from a one-part run. Otherwise, a single-domain
run might make molecules whole, do an update with the modified x
vector, and write a slightly different final .edr frame, even though
the .trr and .cpt (and thus the restart) were still fine.

Allocating an array of natoms rvecs isn't great, but we only need it
at the end of runs in cases where we ran a single domain, so this is
not a scaling bottleneck. Maybe the "optimization" of setting state
equal to state_global in this case is not such a good thing.

Change-Id: I4d1b49e7de0a5c1691084a612b46a10820784307

Fix recent compilation issue in pullcode

Undeclared variable names were used in a code path without
MPI_IN_PLACE_EXISTS. Introduced recently in 581ebdfd.

Change-Id: Ib124b7083a74bb4a3cb3e9971d8975ccf7eb0889

Fix edr appending and exact continuation

The nsteps field was not written to checkpoint files when
nstcalcenergy=nstenergy. This caused differences in nsteps
in appended energy files, which in turn caused issues in averages
and RMSD in g_energy (which is now fixed by another patch).
Also added the nsteps_sim field to the checkpoint file for
consistency.

Fixes #1342.

Change-Id: Iff8bf51aaa307a379f0e7cdb7d76d9bafb13cf13

Intermolecular bonded interaction support added

The .top file can now contain an [ intermolecular_interactions ]
directive, after which bonded interactions can be entered using
global atom indices.
Added a molecule defition section to the topologies chapter in the
manual. A description of the moleculetype directive was missing.
This section has a subsection on intermolecular interactions.

Change-Id: I383287dd0729fef1c54f27a4fe9f5d628445549c

Fix binary exact continuation for trajectories

The initial call to compute_globals() after
continuation would remove COM motion, which meant
trajectories would not be exactly (binary)
identical to a single trajectory - it was likely
introduced with the velocity verlet code.

Refs #1342.

Change-Id: I061648774c7625810a8b693c631c61ae377ba297

Add missing macro undef in CUDA NB kernel

Harmless as different architecture code-path get generated such that
they don't end up in the same compilation unit, so the two macros
remaining defined did not affect code where the __CUDA_ARCH__ >= 300
is not true.

Change-Id: Ic6911e5c13781ac8a2835c3aef1457df6da60412

Fix Wundef warnings

Also fixes a performance bug in gmx_simd_invsqrt_pair_d. Previuosly it
did unnecessary number of iterations because it used an non-existing
preprocessor variable.

Change-Id: Idcdf3872b5a169e8690721bbe83922a4ab280da8

Move documentation on tool changes from wiki

Move the text on tool changes from the wiki page to the user guide,
where it is much easier to maintain together with the code changes.
For now, this only contains the 5.0-era changes more or less directly
from the wiki, but I will improve this (as a separate change) once I
have more time.

Change-Id: I4ccea605783de2949221d604e232b36c726dcaa7

Merge "Merge release-5-0 into master"

Reenabled SIMD kernels without cut-offs

In 4.6 there was a bug that caused incorrect results with group scheme
SIMD kernels with systems without cut-offs. This seems to have been
resolved already in 5.0.
Refs #1249.

Change-Id: I86c2b2ae097769472c1748e6e03a673a58a938eb

Merge release-5-0 into master

Conflicts:
docs/install-guide/install-guide.md
Applied release-5-0 changes to docs/install-guide/index.rst

docs/manual/install.tex
Applied release-5-0 changes to docs/user-guide/environment-variables.rst

src/gromacs/commandline/cmdlineprogramcontext.cpp
Applied comment from release-5-0

src/gromacs/gmxana/gmx_hbond.c
Removed smooth_tail as in release-5-0

src/gromacs/gmxlib/gmx_detect_hardware.cpp
Removed GMX_MAX_THREADS implementation as in release-5-0
(adjacent changes)

src/gromacs/utility/init.cpp
Combined changes to include statements

src/gromacs/utility/path.cpp
Combined changes to include statements

src/programs/mdrun/mdrun.cpp
Added new please_cite calls from release-5-0 to new call site
in runner.cpp

Change-Id: I5b75b12bb8a49a606b086184017b754477d65068

Merge release-4-6 into release-5-0

Change-Id: I6cc179f767cc4e0fc1dc3fc0b85428df986c16df

Avoid accessing hackblocks for x2top

Previous fixes for generating dihedrals would cause us to access
the hackblock even when using x2top, which we should not do.

Fixes #1711.

Change-Id: Id0ea6d524d80b87fe257c9fd4f1c48c4be828654

Update header when appending to TNG file.

The library now handles updating the size of the headers
by moving the first frame sets to make room (if necessary).
Therefore this is now enabled when appending to a trajectory
from mdrun.

Change-Id: I7334a1b0c251856f30e116b63161f7676055dce1

GPU Ewald table kernel now uses CPU spacing

The tabulated Ewald GPU kernels (only used by default on Fermi),
used a fixed table spacing. Now the same adaptive spacing as on the
CPU is used. With default settings this leads to a coarser table.

Change-Id: I35f0c89e00301ac7e1260b1c0dcc1604300da5aa

Avoid GPU selection with GPU emulation

Change-Id: Iee5949fa11419b0c1344edb6c85ab475baa77719

Minor reformatting of SIMD mismatch message

Added extra newline, removed parentheses.

Change-Id: I2ec3f6d078dfa3b4587213c5ec421d36443a01af

Add sugar to print empty line in printBinaryInformation

The binary information print was missing a prefix and suffix
on an empty line which caused invalid xvg file formatting.

Change-Id: I8faa76502fc44ebd698387e4ab0f85f1473be710

Updated physical constants from NIST 2010 CODATA

Minor fixes (usually to the 5-6th decimal), and
more constants have been derived the basic ones instead
of specifying values directly. The units section in
the manual has been updated accordingly.

Fixes #1671.

Change-Id: Ic1d853a4fb6c70c81c3969d3d8ba86f52956ef67

Removed buggy -smooth hack in hbond module

As discussed in redmine #1553, this was a hack
added a while ago, but apparently it leads to
segfaults. We should avoid hacks in the first
place, and since nobody has been interested in
fixing it for the last year it's time to kill it.

Fixes #1553.

Change-Id: I94faa3c543bcca4c729753c8b5cdaf5a5775d0ff

Fix g_energy average/RMSD bug

Made g_energy produce correct output for energy files from continued
and appended runs with nstcalcenergy=nstenergy. In that case a count
in the energy file is/was incorrect, but that entry is actually not
necessary for determining the average and RMSD of energy terms. The
RMSD would be NaN and the average would be off in the last decimal.

Fixes #1342.

Change-Id: I82007bfe508023e1c1e17366e10f76bc4470d238

Update launch configuration for physical nodes

OpenMP thread count now prints thread count ranges over ranks.
GPU usage report adds host name with multiple MPI processes.

Change-Id: I9011415957ad5d875d2c215abb0f7f60810c372c

Fix GMX_ALIGNMENT for MSVC 2012 and 2013

Issue previously identified for 2010 is not fixed
until 2015.

Change-Id: I617ac9524a2e054b325fdc19675fdee0a60370c8

Avoid fp exceptions in pair search debug

Also extended GPU list statistics debug prints.

Change-Id: I8100aac2f3433bf06b3d11c8fedcdd2d3cf5c286

Fix compiler warnings in cmake tests

This will not be visible to users, and it won't make it
possible to run cmake with -Werror since lots of internal tests
do not work, but since I fixed a couple of them we might
as well put it in gerrit.

Known remaining issues:
- HAVE_LIBM

Refs #1750.

Change-Id: I734f83f229108e50e2914d455f4032137f924773

Use MPI_THREAD_FUNNELED when available

We have never observed any problems with MPI and OpenMP,
but for compliance we should call MPI_Init_thread() and
try to get MPI_THREAD_FUNNELED support level. However,
if that level is not supported we simply call the old
MPI_Init() instead - at least for Gromacs that seems fine.
If we get an error return code we warn the user, but if
MPI_init_thread() still worked we hope for the best and
don't bother the user.

Fixes #1127.

Change-Id: I11b81a65125e32b95255dbb769cf86b835bd62ab

Fix cmake 3.1 warnings with MSVC

Change-Id: I4c080cd547fdb36695d6d906ea56a1393e4f42aa

Fix segfault in random access XTC searching

The XTC random access routine was accessing natoms
in a substructure that could be a null pointer. Fixed
by adding natoms as a separate field in the
high-level status, so we don't depend on frame data.

Fixes #1705.

Change-Id: I88c961b33ae21b16d64ed5d7514a1e0287c89baf

Fix argument order error for g_rmsdist

Incorrect argument order to calc_rms() caused
command options to be permuted.

Fixes #1709.

Change-Id: I82042dac463c8bb305ab3d3bc2a122b5409c55ef

Fix gro errors with PDB insertion codes

The insertion codes are discarded when converting to GRO files,
which results in adjacent residues with different names but
identical numbers. The reading code has been altered to identify
new residues also when the resname changes; this does not fix
the duplicate numbers (it cannot be fixed in GRO files), but it
will correctly propagate all data so the correct labels can
be recovered by using gmx trjconv with the original PDB file for
the -s argument.

Fixes #1600.

Change-Id: Iaf79f3f9e548e8555d78cb39e869410aa8186029

Replaced hardware threads by logical cores in output

All output (except for debug output) now uses the term logical cores
to report the number of hardware threads.
Add indentation for per node hardware property prints.

Change-Id: I821c8d76ab498b37aa1b510d8a3dd67bb42ffdf9

fix CPU core oversubscription detection

The detection became non-functional due to unlucky incorrect order in
which the arguments were passed.

Change-Id: Id29ff87e504585f783be742b92a861c06c5e42ac

Updated docs for g_gyrate

Added the equations we use for the axis
components.

Fixes #1564.

Change-Id: Ifce17326f738a72386bf24f949e418d2550568b5

Fix potential buffer overflow in pdb2gmx

Residue rename database entries were read into 6-char
string variables. We now check and issue fatal errors
if the lengths are above 5 characters.

Fixes #1649.

Change-Id: Id4d88a565b212ef279d400f42b5f2732550eded6

Disallow infinite epsilon with PME or GB.

This leads to divide-by-zero errors, and since it just turns off
electrostatics it will be faster to use a plain cutoff, which we
now recommend instead.

Fixes #1297.

Change-Id: Ia5eba7a1d4bd3b387174c9cb4878a2d65ead2c6c

Remove GMX_MAX_MPI_THREADS

This variable has been orpaned for quite a while, and
it's a good example how we introduce bugs by introducing
lots of ways to control the same functionality, and then
we forget to update some of them later. Let's focus on
the command line options as the single way to control
the number of threads in Gromacs.

Fixes #1550.

Change-Id: I37a87125b9dcac36362b561418d787167bb64cec

Fix reproducibility bug in fft5d

fft5d has been accessing FFTW directly instead of using the
Gromacs FFT interface, and while doing so the estimate flag was
not correctly set for reproducible runs. For now we have just
fixed it, but this FFTW-specific code should be removed from fft5d,
or we will likely see more fft bugs due to duplicated code paths.

Fixes #1690.

Change-Id: Ib03f7af710ed208d2824f105bd15712d32632cfa

Handle multidir/multisim with single argument correctly

Mdrun would only initialize the multi option correctly
with more than one argument, which caused mdrun to fail
in strange ways since it looked for topol.tpr in the
current directory instead.

Fixes #1712.

Change-Id: Ib89860fdff5f8523eee6c2f5a068390b8d4e3c8d

Fix incorrect shift with g_density -center

Fixes #1698.

Change-Id: I22be246eded9c1fc6f421f14eb3938584afed0de

Fix missing include

Didn't compile with MSVC 2013

Change-Id: Ice8af840ba52dc7b6c9fe54c269a641f0ccc3c60

Reduced the cost of the pull communication

With more than 32 ranks, a sub-communicator will be used
for the pull communication. This reduces the pull communication
significantly with small pull groups. With large pull groups the total
simulation performance might not improve much, because ranks
that are not in the sub-communicator will later wait for the pull
ranks during the communication for the constraints.

Added a pull_comm_t struct to separate the data used for communication.

Change-Id: I92b64d098b508b11718ef3ae175b771032ad7be2

Fix typo in GMX_BUILD_OWN_FFTW message

Change-Id: Ieec8b7d1bccd7e9654a14091e42f5047d441db31

fix minor CUDA NB kernel performance regression

Commit f2b9db26 introduced the thread index z component as a stride in
the middle j4 loop. As this index is not a constant but a value
loaded from a special register, this change caused up to a few %
performance loss in the force kernels. This went unnoticed because
some architectures (cc 3.5/5.2) and some compilers (CUDA 7.0) were
barely affected.

Change-Id: I423790e8fb01a35f7234d26ff064dcc555e73c48

Minor clean up for refdata.*

- Remove global functions that are no longer necessary.  All the state
  about the reference data mode is stored internally in refdata.cpp.
  These were remnants from an old implementation where the code was
  split into multiple .cpp files to support compilation of testutils/
  without libxml2 dependencies.
- Make the self-tests for the reference data code not use the source
  tree as a location for the transient data they create.

In addition to clarifying the code, these should make it harder to
misuse the constructor intended for self-testing, since it will be
difficult to pass Jenkins if someone tries to use it for other tests.

Change-Id: I204ddadfc224a79c587f0588a4d510b7b8486f9b

Improve logic for automatic selection names

If a selection is directly provided from an external index group, the
name of the selection is set to be the name of the group, irrespective
of the exact way the group is selected.  The code that did this was a
bit too eager, and used the name of the group that appeared around the
beginning of a more complex selection in some other cases, leading to
confusion.

Make the code only use the name of the group if the group is really used
as-is, and otherwise use the selection text.  Add explicit tests for
this behavior.

Change-Id: Ic7fe2626a07cfd3cac3773046ed9f83484ba4368

Refactored pull data structures

Moved the pull work variables into a new pull_t struct.
Only the pull input parameters remain in (renamed) pull_params_t.
For the moment struct pull_t pull_work is still present in t_inputrec.
This should later be moved to a more appropriate place.

Change-Id: I78f6f9736d52514f0327c86e43d4fb2ac88d60cd

Stop people installing into the build tree

Several users have tried this and run into problems.

Also patch the install guide so people can find useful information
about using CMAKE_INSTALL_PREFIX

Change-Id: I43b3d9959e0a2fc93dc1d80fb8fb0727cf459f11

Fix CUDA version info in NVML application clock warning

Report driver and runtime versions, not the compute capability
of the card (since we already detected the card is recent enough).

Fixes #1706.

Change-Id: Ida8b36203f56dcda20dc367c69dc02586edf40e4

Add membrane embedding docs

These were killed by mistake in 86601a237df when the
separate g_membed program was merged into mdrun.

Fixes #1724.

Change-Id: If97dbf13c269e0711cda9798fac03225920c0d6f

Added missing DD cycle counting

Cycle counting was missing for DD repartitioning after replica
exchange or coord swap. Removed DD cycle counting for initial DD.
Moved DD cycle counting into dd_partition_system and added
subract_cycles function with assertion to detect cycle wrapping.

Fixes #1677.

Change-Id: I7f1b19397b36456f1d120dbc0080146a384def5a

Updated FFTW recommendations in install-guide.

Both SSE2 and AVX should be used, and there is now
info about the upcoming FFTW-3.3.5 with more SIMD support,
as well as a link to an unofficial prerelease on the gmx site.

Fixes #1696.

Change-Id: I6413d5e0e06c78a3c9f62acbf6fa0bfc1bd0a561

Move code for managing mdrun -cpi and -append

Prepares for refactoring to simplify and fix this handling. Kept logic
peculiar to handling mdrun command-line options near other such code.
Renamed functions to better suit their roles. Renamed bAppend
variables, in particular to separate the role of "the user asked for
appending" from "whether mdrun is actually going to do appending."

Change-Id: I063138a49d210e92cebe19e290dc6a0e7b72b1cf

Automated the -gpu_id option

With #PPrank <= #gpu in a node, the GPU id's were already assigned
automatically. Now with #PPrank a multiple of #GPU they are assigned
automatically with GPU sharing.

Change-Id: I59079b542b5703553c3e1b841c47abdc65f64459

Fix segfault with timer reset and -nb cpu

Fixes #1710.

Change-Id: I701b8bb6111fd43379997b7af0aedae7a5fe567a

Avoid warning about affinity on Blue Gene, reduce warnings

- Blue Gene does not migrate threads, so don't warn about
  affinity setting not being available.
- To avoid flooding users with warnings, just use warnings
  when it is very likely the user did something incorrect
  when setting pinning options, but notes when it might be
  a property of the platform, or when it is not severe.

Fixes #1703.

Change-Id: Idaa781959e0997f6737593a8fd9243d6a979a493

Fix pairs_nb not recognized as part of moleculetype

Old code gives "unknown directive" error from the default of the
switch statement.

Fixes #1749

Change-Id: I54977f76f82cfdbfd4a7070129aa365d4fe5e188

Add unit tests for ArrayRef

This fixes mdrun signalling on BG/Q. The templated constructor for
ArrayRef does not work with xlc 12 on BG/Q with array fields of
structs unless the base type has size equal to char. Presumably this
is another example of the way that attributes of struct fields just
get thrown away by compilers.

Changed name of local variable to sig, just in case "signal" clashes
with a preprocessor symbol somewhere...

Some changes to the arrayref.h implementation to make it easier to
write the tests as type-parameterized, by making the factory functions
also appear as members of the corresponding classes, with the same
name for both ArrayRef and ConstArrayRef. While there, remove some
documentation duplication.

Fixes #1701

Change-Id: I6894706b224dc5f3db7893503371107f1ff324d2

Fix warning in uncrustify

Change-Id: I101a3fcfe4d50191a2237ac0743979a841349cce

Fix consts in bonded and clincs

- binary constants are not valid C++03
- extra unnecessary bits give warnings with ICC 15

Change-Id: I7645e2c489e6371bfabcbbf460fb3acbda447108

Fix broken links from the old flow chart

The program help pages got moved from programs/ to onlinehelp/, but
these explicit links were forgotten.

Change-Id: Ia37f4b20d37f40f727835bca71d9b85f3260502c

Fix OS X FFTW build failures introduced 86a772

The two avx/sse options needs to be a list, and
since FFTW always picks gcc by default we need
to disable FFTW AVX regardless of the compiler.

Change-Id: Ie82d7cc85de0715d5f2dd7a6198af079575fe891

Fixed SIMD detection and flags common for IBM archs

At some point the entire SIMD detection code in
CMake had been turned off for all platforms except
x86, likely because it caused problems when cross-
compiling for BG/Q. This fixes it to avoid executing
a binary when cross-compiling, but re-enables the
automatic detection on all other non-x86 platforms.
Second, the IBM compilers are buggy _without_ -O3
for SIMD code, so we now add high optimization for
xlc by default. When using CUDA, we avoid propagating
CFLAGS since that causes problems with VSX "vector",
but we add the -O3 optimization level to nvcc.
Finally, at high optimization level xlc produces
incorrect sign for tan(0) when it is converted to
float. We fix this by using tanf() when the compiler
is xlc.

Change-Id: Ia4cb627e5c65b84fee87815fcb5f5c220f34c2f3

Building own fftw now uses version 3.3.4

Uses --enable-avx when GMX_SIMD is also AVX-based (and not on Mac with
GCC, where the build runs into issues with which assembler to use).

Change-Id: I47bc33655970ba8fc4c005de00bad3c5cb06e763

Refactored mdrun resource division

The functions concerned with divided MPI/thread resources have been
moved from runner.cpp to the new file resource-division.cpp.
Set min_atoms_per_mpi_rank to 1 for NM and TPI to avoid compiler
warning and for NM on systems of a few atoms.

Change-Id: I94f770c47b4b5ca03de8f5a29a165631796204ad

Hardware reporting now covers all nodes

The CPU and GPU hardware reporting and checking were only printed
for the node(s) of the master rank(s) of each simulation.
Now the most important CPU and GPU information is reduced over
MPI_COMM_WORLD. These results are printed and checks/warnings are
now based on this.
Because this is now system wide, the printing is moved up to directly
after the detection and GPU info is printed together with CPU info.
The Gromacs reference printing is moved to after hardware printing.

Refs #1643.

Change-Id: I974871c9a293a922dd1db9dcf633d485f62996ae

Fix commandline test data

There was a recent change to the output routines, with a pending
commit of other code whose new reference data still used the old
output routines. Regenerated that data.

Change-Id: Ic25d10b74b70733b8aeb271a293d5580c745ca5d

Update help output

Various changes to console help output (and some to man output) based on
feedback in #1687:
 - People seem to prefer a centered startup header with some ASCII art,
   so made the first output line just like that (except if running with
   -quiet), and center the list of authors.
 - Always start the option description at a new line.
 - Give more space to various parts of the option list so that they are
   more likely to align up.
 - Split the file listing based on input/output type.  This causes,
   e.g., some logically related options (e.g., -cpi and -cpo) to get
   separated in the output, but this seems to be the preferred approach.
 - Add formatting to the synopsis on man pages (similar to how the
   options appeared in the 4.6-era man pages, except that reasonable
   line wrapping is still there).

Clean up the design for formatting the options list; now the actual
formatting code is better encapsulated in HelpWriterContext.

The user-visible scope of this change is limited to changing behavior
that changed between 4.6 and 5.0.  Thus, the changes here should be
sufficient to close #1687.

Change-Id: I349fd9021472f064f5797441090a3f3864868280

TNG version 1.7.6

Fixed bug with reading and writing TNG compressed blocks
on big endian platforms.
Fixed compiler warning about potentially uninitialized values.

Fixes #1725.

Change-Id: I92062492116fa3044c3d1d0d0f920cfe42d21cbe

Improve uncrustify Jenkins builds

Add a script to wrap uncrustify.sh for Jenkins, and make it produce
additional text files that can more easily be used for further
processing in Jenkins.

Change-Id: I3c25760eec4c37a07a7889f471eb5b61f9932a9c

Initial docs for Jenkins integration

Add basic documentation for (some) of the Jenkins builds from the
perspective of how they interact with the build system.  This part
cannot change without changes in the build system and so can be
documented in the same repository as the build system.  And the
developer guide is a place where people would (hopefully) first look for
this kind of information.  Links can be provided to more documentation
on Jenkins usage and other configuration (e.g., on the wiki), once that
stabilizes.

Related to #1731.

Change-Id: I87e180d12a77c692ac4594b6c062fb6ca150aa5d

Initial build system documentation in dev guide

Add some documentation for the build system from the developer
perspective.  The documentation is far from complete, but should provide
a scaffold into which more documentation can be added, and should
already document parts that may not be familiar for everyone.

Explicit TODO items listed are not intended to be addressed in this
change.

Change-Id: I85094549d28ffeaf7063b472e2873ea6396ea897

Improve Jenkins docs build

- Use GMX_COMPACT_DOXYGEN=ON for per-patch set builds to save disk space
  and some running time.
- Build also the man and install-guide targets, which were previously
  missing.
- Make the build fail if it actually fails, and unstable if it just
  produces warnings.
- Make the end of the console output contain some useful information on
  what exactly failed.  This gets put into unsuccessful-reason.log,
  which can be used by Jenkins to show as the reason of the build
  failure when it reports back to Gerrit.
- Add options to the script to make it more convenient to test.

Fix some issues found in man page generation and in handling of
GMX_COMPACT_DOXYGEN.

Change-Id: Ice7622d7760c3dbd74f7b5b25700482d0a08e06b

Extend source layout description in dev guide

Move the contents of codelayout.rst into overview.rst (some parts to
naming.rst), and organize and extend it for better readability.
This should now provide quite a comprehensive overview of the layout of
the Gromacs repository.

Change-Id: Ib9045c5572a072dacb5f22a64f0af48385307677

Merge "Merge branch release-4-6 into release-5-0" into release-5-0

Handle timing better in Jenkins

Sometimes we get floating-point exceptions in Jenkins when timers get
strange values and e.g. the code divides by zero. Added several checks
for such behaviour, including a new early exit from the timing routine
when a non-positive number of CPU cycles were counted. Removed a
recently added check that is now redundant because of the early exit.

Added several assertions about numbers of threads and ranks, which
might help reducing future mysterious FP exceptions if things are
broken elsewhere.

Fixes #1677

Change-Id: I532e164fc13e91f5f109dd63bb99c1569bdc70cd

Script for Jenkins documentation build

Move the script to do the documentation build from Jenkins to the
repository to reduce coupling.  There is hardly any content in the
script that would need to change if something in Jenkins changes (and
those few details can easily be passed into the script), but a lot that
needs to be changed whenever the build system for the documentation is
refined.

For now, the contents are essentially the same as in the Jenkins job
configuration for Documentation_Gerrit_master or
Documentation_Nightly_master.  Having a script in the same repository as
the build system makes it easier to evolve the script and the build
system in sync without enforcing rebases for every change in Gerrit.

Change-Id: If5eda21c94bc7d4707d4716d4f54b2be3ae898cf

Clean up vsite interaction clean-up code

Lists of atom indices in interactions were being copied simply so that
they could be compared later. Instead, use a pointer to the original
data. This code has caused issues with multiple compiler versions and
checkers, concerned about initialization state or possible over-run,
and the best fix is to stop copying data unnecessarily.

Some general grompp checks were skipped for F_VSITEN, those are now
activated. The clean-up might have done incorrect memory access when
both normal vsites and F_VSITEN were present in the same molecule,
this is now fixed, but interactions with F_VSITEN are not removed.

Added new assertions to keep compilers happy that the logic of the use
of vsnral and first_atoms is sound.

Removed an old assertion that was added to satisfy an earlier version
of gcc.

Noted several TODOs for future clean up.

Change-Id: Ia7a6b2310640d1c1ca73ff3223269339d595c67d