Compiles in MSVC with cmake

removed *s files, improved cmake/configure thread detection

added cmake/ThreadMPI

Added full thread_mpi library, it may even compile in Windows...

thread_mpi now fully lock-free.  cmpxch for pointers implemented, but needs to be tested on ppc&ia64

better multicast protocol in thread_mpi

new (faster&simpler) point-to-point protocol in thread_mpi.c.

Now uses atomic instruction locks.

checkpointing works with threads

now starts threads at mdrunner; should still fix multisim.

Ewald now thread-safe (and fails in the same binary reproducible way)

MPI send/recv more forgiving of NULL ptrs, misc. thread-safety fixes in gmxlib

more const-correctness fixes

file names now const correct; builds in C++

small thread-safety related fixes in gmxlib

fixed allocation issue in libfn (futil.c).

Merge branch 'thread_mpi' of git@git.gromacs.org:gromacs into thread_mpi

wallcycles now available in threaded code

fixed enxio.c NULL pointer issue

fixed faulty fp_ene check in mdebin.c

fixed thread-safety in checkpoint.c, tcontrol.c

enxio is thread safe (and quite possibly works)

now compiles with configure

more thread-safety issues in gmxlib

added warning

probably fixed gmxfio.c

misc. gmxlib fixes

changed cmake/configure GMX_THREADS/GMX_THREAD_SHM_FDECOMP option names

added output_env_t type for querying time scales, and xmgrace output types

copyrite, statutil and futil fully thread-safe

made a replacement for strtok: gmx_strsep.

small changes to filenm (a lot still needs to be fixed)

atoi/atof are not thread-safe: replaced all instances with strtol/strtod

fixed reduce semantics

Fixed MPI_Reduce, added tMPI_Reduce_fast.

now runs (correctly) without long-range forces & load-balancing

Merge branch 'thread_mpi' of git@git.gromacs.org:gromacs into thread_mpi

temporarily disabled gmx_wallcycles

Fixed many thread-unsafe bits of code; only gmx_wallcycle and long-range corrections left

Merge branch 'thread_mpi' of git@git.gromacs.org:gromacs into thread_mpi

Many thread-safety fixes in mdlib; better error reporting in thread_mpi, small optimizations in network.c

Merge branch 'thread_mpi' of git@git.gromacs.org:gromacs into thread_mpi

fixed troublesome MPI_Comm_group, MPI_Group_free

fixed MPI_Comm_free in thread_mpi

Merge branch 'thread_mpi' of git@git.gromacs.org:gromacs into thread_mpi

automake works with threads; renamed cmake threads option

better file locations, better cmake/configure handling

automake works with threads; renamed cmake threads option

removed static variables and rearranged some data structures

made several variables const

corrected segfault if running with GMX_CYCLE_BARRIER or GMX_CYCLE_ALL

better file locations, better cmake/configure handling

fixed configure script

Merge branch 'thread_mpi'

removed static variables

intial commit of thread_mpi (compiles, but does not work)

implemented force constraining that work together with other constraining and removed all static constraint variables

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

fixed a segv due to the recent cginfo change with mulitple pulse communication

inconsistency check for simulatenous hard violation of LimLo and LimHi
in case of violation of LimLo or LimHi recursively optimizing subparts
more realistic dlb_flop

fixed charged group move too far error with triclinic cells due to rounding effects

fixed incorrect atom names in improper for NH2 which generated a fatal error

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

changed the global cginfo array to an array per molecule block

More modular memory handling of selection values.

Fixed a bug that could cause srenew() to be called for pointers that were not
allocated with snew().
At the same time, changed the memory handling inside gmx_ana_selvalue_t to
go through functions more than previously to avoid reintroducing this bug.

delayed the switch to the compressed list from factor 4 to 9

implemented a low memory usage global to local atom lookup method for high parallelization

implemented a low memory usage global to local atom lookup method for high parallelization

given more information when running with PRINT_ALLOC_KB (also output correctly in MB)

replaced mpi_gather and summing by mpi_reduce for nrnb

removed superfluous memory allocation, helps a lot for large systems

removed superfluous memory allocation, helps a lot for large systems

added counters for DD load and DLB bounds communication and implemented optional less frequent DLB

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Fixed a bug when DLB gets turned on, introduced in the previous commit of domdec.c

Merge branch 'char-valued-selmethods'

New character-valued selection keywords.

It is now possible to select atoms by chain ID, the alternate location field
in PDBs, and by the residue insertion code.

Added a SMETH_CHARVAL flag for selection methods.

The new flag makes it significantly easier to write selection methods that
return single-character strings.

Removed special-case handling from _gmx_selvalue_reserve().

The function behaves now much more predictably, and special cases are
handled outside.

More modular handling of selection types and values.

Changing selection element types and allocating memory for selection
values are now handled through function calls instead of modifying the
structures directly in several different places in the code.

Fixed DLB cell_size not being up to date when staggering limits were violated, this never gave errors, only less load balancing.Changed angular comm removal error into a warning

these files shouldn't be here

Fixed line numbers in generated Bison/Flex files.

The #line directives in the generated files were not up-to-date with the
source files.
The regenerage_parser.sh script now also has executable permissions.

Added config.h.in to .gitignore.

Removed some empty bogus files (*bm, *h).

Added a program for testing/debugging selections.

The program is src/gmxlib/selection/test_selection, but is not built by
default.

New simple selection keywords.

Implemented selection keywords to select atoms based on mass, charge,
B-factor, and occupancy.

Fixed incorrect residue numbering in selections.

Removed warning about this being final CVS version now that git is live

Removed CVS-specific entries from Cmake config files.

Removed files no longer used after the cvs->git move.

Version bump in CMakeLists.txt to test git commit emails

Removed old unused windows config file (we now use cmake)

version bump in configure.ac

Added files for git to ignore

Restored a real version string after the cvs->git move

Removed Id tags from master branch since they will no longer be updated with git.

Testing write lock.

Testing read-only again...

Testing cvs read-only property...