GROMACS version 2019.4

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash

Change-Id: Ic63b9942083b122a3d5ce509da51a29a65aa89a6

Fix chain ID handling in make_ndx

The tool was still using the oldest possible way to read in structure
files, leading to issues with the chain IDs being overwritten and
replaced with the default id.

Fixes #3070
Refs #3113

Change-Id: I25112103a043d0266fe64c7619fe8e4abc56ffa5

Always output correct kinetic at last step

When the last step did not coincide with an energy calculation step,
the kinetic energy and temperature written to the energy and log
file were incorrect when using the leap frog integrator.

Fixes #2950

Change-Id: I9a0bc2280235f233a37cd3b2cd03d9d5067bd4f9

Actually fix gmx wham with angle geometries

A previous fix for converting the force constant in gmx wham
for angle and dihedral geometry applied an incorrect conversion
factor.

Fixes #2609 and #3094

Change-Id: I0aa9b848c7fa62306ccf15b327a650b1ad88e03f

Fix gro file output with index groups

The bug was found with editconf, but the issue was present in writing
of any gro file for which index groups were used (not just index
groups supplied by the user).

Fixes #3107

Change-Id: I3fc586c69066a354b3210d9616125ef666f1ce26

Limit Zen nbnxm kernel choice to Zen 1

Changed the Zen flag in gmx_hw_info_t to a Zen1 flag, so Zen 2,
and newer, is treated as a generic x86 AVX2 architecture.

Change-Id: I5a0fd73973416bbd8cd46422a6f22f1ad95d9924

workaround for rhel bug #1749463, cmake bug #18349

MPI_C_COMPILE_FLAGS is a list instead of a string
see: https://gitlab.kitware.com/cmake/cmake/issues/18349
We mainly want to workaround this issue as RHEL 8 triggers it:
https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1749463

This issue is fixed in cmake-3.12.3

Change-Id: I14c1c0a4f33f26b128d55baa1b0455f8a463a999

Fix incorrect shift forces for CMAP

The shift force indices were inverted for the second and third
atom in the CMAP term, leading to incorrect virial and pressure
contributions when these atoms resided in different periodic images.

Fixes #2845 and #2867

Change-Id: I1946a1d375d6c62e4e6d23ee25b92b42a3d4a6f7

Fix CPU detection and SIMD on modern Mac/cmake combos

With recent versions of cmake on Mac, the CPU detection
program failed to compile since it was very fragile (buggy)
with respect to how compiler flags were defined - and that
in turn will mean losing all SIMD support.
This will fix the build, and it also adds a more vocal warning
if the CPU detection code cannot be compiled at all.

Change-Id: Idcdc8b59a4252b3faf8572311d2ca63a4d2a1bc0

Fix incorrect rvdw on GPU with rvdw<rcoulomb

When rvdw < rcoulomb was set in the mdp file, rvdw would initially
be set to rcoulomb on the GPU. With default mdrun settings,
the correct rvdw would be set after 2*nstlist steps by PME tuning.

TODO: Add an mdrun test case with rvdw<rcoulomb, refs #3062

Fixes #3056

Change-Id: I7243f27e75e46adedd668822dcd6b9045ef98a3f

Fix grompp constraints=all-angles with constraints

When using the mdp option constraints=all-angles, angles involving
bonds supplied as constraints in the topology would be removed,
but not replaced by angle constraints.

Fixes #3067

Change-Id: I7db390785a23c67abb30ae98e12272f88f5d5af7

Default to AVX2_256 SIMD for Zen2

From Zen2, we should no longer use the previous
hack with 128-bit AVX2 since the microarchitecture
can now execute two full-width AVX2 instructions
per cycle. Rather than specializing for Zen2, the
logic has been changed so we only apply the 128-bit
optimization for the chips where we know it helps
(Zen and Zen+, based on the model numbers), while
we default to full-width AVX2 for all other AMD
CPUs - which for now is only Zen2.

Fixes #3061.

Change-Id: I66017b200cd627bb9792f53ee39dd80d8e05965a

Fix missing bonded forces with CUDA GPUs and DD

Fixes issue #3063

Change-Id: Ibce7fa741a7d2171f61968f22a758b40f79a8759

Fix for MSVC+CUDA

MSVC finds it hard to deal with template parameter packs in a few
situations. We don't test with MSVC+CUDA, but a user reports this works in that case.

Change-Id: Id576482facaaf40972ba4fd55b2afcba3113d0e8

Made gmx disre work with non-consecutively labeled restraints

gmx disre assumed restraint were consecutively labeled starting at 0.

Refs #2953

Change-Id: I7d9c14d43854c88cb1cdec89fc297c64cbea8783

Solve issue with demux.pl

Changes printout format to resolve discontinuous trajectories
after 100ns simulation length when exchange stride is not a multiple
of 1 ps.

Change-Id: If6bd4d578ba08f9d4fd814b80e69896caf9079eb

Fix segmentation fault with cosine pulling

Both grompp and mdrun would fail with a segmentation fault when
using cosine-weighted COM pulling.

Fixes #3023

Change-Id: I6342a579251d21ba07a42d23ce578ae1e20c3286

Fixed small bug in gmx anaeig

Poor use of variable names led to a small bug.

Fixes #2972
Change-Id: I244eac13dbaeeb0eac2be6531e579a125f4a66d3

Fix link to acpype repository

Fix as reported on the user mailing list.

Change-Id: Ifdba6a60857360346653d3c9caaa929094bebae5

Fix issues found by clang-tidy 7

Same issues as found for the master branch after switching the build
to run on a different machine.

Change-Id: Icf7589eae5ebc77d7974181e4faeea9e9fe8b9d7

Clarify wording of release notes

A query on gmx-users indicated that the previous wording was confusing
- someone thought it might have meant normal nonbonded interactions
didn't work.

Change-Id: I0481c42ae1667bb5841e9541551dd98f5650c3ae

Fix bug in gmx xpm2ps

When not providing the name for a library input file the program would
try to create a null string and fail with an assertion failure.

Fixes #3012

Change-Id: Ifd69af5420cdac2f624246aee09f36219b3f6aeb

Disable PME GPU on Apple OpenCL

Apple's OpenCL compiler seems to be unable to build a functional clFFT
which leads to a runtime error that aborts the runs rather than falling
back to PME-CPU. Hence this commit disabled PME-GPU on all Apple
platform builds.

Fixes #2941 #2719

Change-Id: I6afd19a56ced2e49d16ab598cd91527e6f73a1db

Prepare for 2019.4

Reset DOI strings.

Change-Id: I1b5112bda4beb17e0f33276f60b8354b159858f0

Version 2019.3

Added DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: If0a3389653dc3594a69886c8a9031af0dc9ddff2

Merge branch release-2018 into release-2019

Change-Id: I50c1c93898246a8cbb9198227e1e77d483393bab

Fix qsort not being defined on Apple Clang

Change-Id: Iffcf002d44ef8f6d174886afc67d6926aa8f2faf

Initialize all of gmx_domdec_comm_t

Many fields were left uninitizalized when C++ new was used, rather
than snew. All fields are now initialized to zero, false, or nullptr,
in some cases via aggregate initializations of arrays.  Moved the
field documentation to the line before the field and its initializer,
which reads better.

The initializers require another call to snew be replaced with one to
new[].

Fixes #2960

Change-Id: Ide917a47c667a8237519c2f4600bbce48c48f948

Fix residue and molecule indexing in selections

The residue and molecule indexing did not account for the global
indices when building blocks from selections.

Also fixed a docs formatting issue noticed while working on the fix.

Fixes #2951

Change-Id: Ifa16f032822f5d96b6ff747333a7aed60b9a414d

Extend information for gmxcpp syntax error.

Fixes #2911

Change-Id: I6d22c95d32993d5d640bf20031bfdc9c04c99604

Allow AWH geometry 'direction' to be periodic

When an AWH dimension with pull geometry 'direction' has an interval
length (nearly) matching the periodic unit cell dimension, it is now
made periodic.

Fixes #2946

Change-Id: I9a09b8eb7464e04bd3d72059324bceb590e531f5

Add check for too many grid points in hbond

Fixes #2962

Change-Id: I61e80f8f254f1b5a0d968af087a87361fe4554ae

Fix gmx wham with angle geometries

Fixes #2609

Change-Id: I36156e1d8bb98499e4357eadc4ca56384da433a5

Fix reference SIMD memory alignment

Fixes #2952

Change-Id: I86b82c3259986c12c59c0b741df705b4774efe05

Fix missing intermolecular interactions with DD

When running with domain decomposition, all intermolecular interactions
(when present) were ignored.

Fixes #2953

Change-Id: I98783f4175b40fdfa6ad035323e0897e8caaee5c

Version 2018.7

Updated regressiontest hash as usual.

Change-Id: Ibdd47ea72906e7696c67b5e2be6d327bf0d5deae

Work around gcc 7 avx512 bug

Due to an avx512 loop vectorization bug in gcc 7, many non-bonded
interactions could be ignored when running with more than 16 OpenMP
threads.

Fixes #2762

Change-Id: I3e03fde7114542bbd43069166a6c74937fc0f986

Add more info for wrong line endings

Adds  some more info for users that encounter preprocessing errors due
to wring line endings.

Change-Id: Id76404befdf598438f1b1fa5da98812cc31e3c5f

Fix PQR formatting

Was still broken after the last fix a few months ago.

Fixes #2955

Change-Id: I55b1296918c723654db505d1797114e1358e5aeb

Fix membrane embedding

Refactoring forgot to allocate some data, causing a segmentation fault.
More refactoring used wrong data, causing a crash further on.
Even more refactoring lead to invalid memory access.

Fixes #2947

Change-Id: I61ad3125102b50c0338e0935a75cd7b1de95bc3f

Fix SHAKE dH/dlambda contributions

The constraint contributions to dH/dlambda would be incorrect
with more than one SHAKE block.

Refs #2434 abd #2879

Change-Id: I0cb30a9f61893ce57d76bac34e7352fe307efe4e

Revert "Fixed dvdlambda for SHAKE + FE"

This broke normal simulations with SHAKE and does not seem
to fix anything with FEP simulations either.

This reverts commit 33093601ff229ed8c8a40e73866a7ff351e8963b.

Fixes #2879

Change-Id: Ib6e9b4fe2b65811e9f64c37e842fd0ed9cdb055c

Add check for allocating too many interactions

Also change argument to nbnxn reallocation function from int to
std::size_t to avoid signed integer overflow.

Fixes #2932

Change-Id: I97bdd825ba1e4d81b65b4e4c037f980164c571f2

Fix equation typo

Change-Id: Ica8b72f0e423255c410aee3238aadfdc52f4d317

Correct user guide postion restraint virial

Corrected comment in the user guide note on virial and pressure
with position restraints and refcoord-scaling none or com.

Refs #2942

Change-Id: I3cdb5a01640c388f1c4222b1a43b342ac55fd882

Prepare for 2018.7

Also add the release note update for Redmine issue 2845.

Change-Id: I63c6ef4bf4ea2d78741ab3bf77079ea257f1a205

Add an example of using an MPI wrapper compiler

A long-time GROMACS user reported not being able to make an MPI build,
and this might help clue people in.

Change-Id: Ie3f442e126561bb5c6e1ae71fee650f2e18c21aa

Removed non-existent AWH mdp option

Removed non-existent mdp option awh1-dim1-period from user guide.

Fixes #2940

Change-Id: I96c4f1e636e0d171561dcfcf1e17e7f0ce419f8b

Fix FPE in do_steep

Fixes error when running non-interacting system in steepest decent
minimization.

Fixes #2917

Change-Id: Iaff794ab6c2d41e8c4b3d89feeafae6ae2372ddf

Prepare for version 2019.3

Reset DOI strings

Change-Id: Iddbafb48832b28eb862a9a7cbe632e9e7a6fdbf7

Version 2019.2

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: I87dd50fd154c4f10a04e48be0c4fbe60964395ff

Fix off-by-one error in gmx cluster

The writing of indices for linking frames to clusters was of by one.

Also fixed naming to refer to indices and not indexes

Fixes #2926

Change-Id: I67d7f8cae56734e425c84460080de8896f6239cb

Make mdrun -nsteps work again.

The mdrun -nsteps option was only functional in some cases,
because it modified ir->nsteps after the checkpoint loading
modified it.
Note that this option is deprecated, but is should either work
or be removed.

Fixes #2881

Change-Id: Ib611b0e007171f8a351f61f3ecc9b1bda5248486

Update 2019 release notes for issue 2845

We now know that issue reported in 2845 is not actually related to
LJ force switching. So the "fix" in 2019.1 fixes a bug, but the
issue 2845. This is now reported in the release notes for 2019.1
and 2019.2.

Change-Id: I000c518850f970c0f9cc331df22afaa24d9a27bc

Add user guide note on AVX512 throttle in GPU runs

Refs #2793

Change-Id: I161f5b92a8a34989ecc1d49410033f9ea8f91164

Fix pdb-related issues

In editconf, if a PDB input was read, chain IDs are known, and should
be written if the output is also PDB. This now works again, after
being broken in commit 8dd3c9ae88004054b3.

This required adding missing tpr support to readConfAndAtoms(), which
also fixes that pdb2gmx, insert-molecules, and solvate could not read
tpr files. Those are the only tools that directly or indirectly called
readConfAndAtoms with a .tpr file.

Fixes #2900

Change-Id: I883777be945023a7e69260b22e76df54477828ee

Disallow pull geometry direction-periodic with AWH

Fixes #2923

Change-Id: Ic309a5598c69e82824d80270466a2de7b00e7d41

Fix self-consistency tests of hwloc data structures

These relied on assumptions of regularity that have been shown to be
violated in practice. The new tests check that there is a bijective
mapping of logical processors to valid hardware thread descriptors.

Fixes #2921

Change-Id: I31e998b7a2881c05dfb5c7c8b46550489cbdefd6

Improve warning messages about duplicate definitions

Because the warning is fatal, the wording with "overriding" is
misleading. An override only occurs if the warning is suppressed.

Email on gmx-users made clear that the word "overriding" is not clear
enough for all users to understand that more than one definition was
provided. They do not necessarily know that grompp has already read in
the force field definition. Typically a self-contained molecule .itp
file might override definitions found in the force-field (whether
duplicate or different). In such cases, the user needs to consider
what their intentions are and to express them clearly.

Change-Id: Ie73f1dbe1233d6fd0df41628c770b8f2ad1f1b1b

Fix typo in AVX512 detection code

Change-Id: I2fb425a1649ac7d06480831016d6c35e7e63ce6f

Fixed manual for dihedral restraints.

The equations in the manual for dihedral restraints were incorrect
and inconsistent with the code in bonded.cpp.

Change-Id: I335f72cf81990e636366ae75f890df85c5053388

Fixes bug in l-bfgs.

l-bfgs should now work excatly as it was in 4.6.5,
up-to some numerical precision in forces and energies.

Fixes #2641

Change-Id: I11a85a4241cc933fef94e2095dd8c3cbbb28b01b

Revert "Temporarily disable ARM HPC compiler in post-submit"

This reverts commit 2e63850dc17bc9f718344e68cd245c9c96a2256b.

Reason for revert: build slave software issues resolved.

Change-Id: I2a04afeeb51fe0177631c1bf55bed52ea2b0ea63

Fix segmentation fault with simulated annealing

Fix contributed by Daniel Fragiadakis.

Fixes #2871

Change-Id: I237d49f9996eb2ae869d59e4c39a6c2d33c9ece7

Temporarily disable ARM HPC compiler in post-submit

Change-Id: I27a6699109e5d7ce3576200a3a977b7a63a305aa

Better document GMX_OPENMP_MAX_THREADS

Change-Id: I2c44f8b2331d69fde5fa242b5e53132813a2cb31

Fix UB vector usage

Fixes a buffer overflow for c_simdBestPairAlignment=2.

Found with _LIBCPP_DEBUG=1.

Change-Id: Ib21ca875244673b27748a01373e7fc10252a7c44

Prevented FFTW build errors with clang and AVX-512

FFTW hard-codes the inclusion of files that does not work with its
AVX-512 flags when using thee clang compiler, so in this case
GROMACS should compile without AVX-512 support.

Updated release notes, but didn't update the install guide for this
niche case.

Fixes #2892

Change-Id: Ida18fad66e654511937d51ee58f42440de2a321d

Provide reminder of which nvcc is in use

FindCUDA.cmake + the user might have combined to find an unexpected
nvcc, so we help everyone help themselves by outputting it here,
particularly if they report problems on the users list.

Change-Id: Ic951fa219c9133760a3c97ad2a92d65d64f03bfb

Fix formatting error in user guide reference

Change-Id: I02a25bb81f9c30ee7ddf7ed6f3757cb494ac4f06

Add grompp warning with use of GROMOS FF

Replaced GROMOS-based simulation database entry with similar
OPLS-based one, since our test systems should not trigger warnings
unless that is the intent of the test.

Refs #2884

Change-Id: I55afcf7ea5b423fa27792acebe09ea520b475974

Fix ICC warnings

Change-Id: I5170eacf9ac7590d2d72dbb1dac3316a1b2e8ab0

Add error when manual cannot be built

Added error message informing the user why a manual build is not
possible if Sphinx is not installed.

Change-Id: I74765960ea5f5f642771e75ac349cf2b55d360a9

Relax OpenCL gather kernel barrier on AMD

Not needed on arch with >32 execution width.

Refs #2519

Change-Id: I4c8f2cff405cd3044bd60b99f01bcdd918dc5d0e

Make OpenCL dummyKernel to require a input parameter

This is a tentative fix for OpenCL error with mdrun on MacOS.
MacOS seems to require that kernel functions have at least one parameter.
Otherwise clBuildProgram fails with error -11.

Here dummyKernel takes an empty pointer in the definition.
We then pass an empty pointer to dummyKernel with clSetKernelArg.

Fixes #2865

Change-Id: Ib7c08eeeb2ec6d8a43bfe703cf1b273819a45a29

Keep niche CMake variables as advanced

Change-Id: I99781749d9f4f481f7943a27c415af6b5c4ef5bc

Add new line to trjconv notice to users

This line can be the final terminal output, and it looks ugly to give
the user a prompt on the same line.

Change-Id: Ie3830ba9a86979ab60094271894ebd1651aa6f34

Correct grompp index file error message

Change-Id: I6b59c6d7e1d3a33054836f16d879d40e109eb8ee

Version 2018.6

Added release notes for one change.
Updated regresiiontest hash.

Change-Id: Ifa207f9b270e835ba8c942e87e1fe156e6d204e0

Fix mass Delta H double counting

With separate mass lambda parameters, the perturbed mass contribution
to Delta H (not dH/dlambda) was double counted. This was due to an
incorrect fix for issue #2703 for missing Delta H contribution.

Refs #2703
Fixes #2849

Change-Id: I1349260e1e90a17a6b7dbe0d239d9474dcfa928c

Fix incorrect LJ repulsion force switching on GPUs

When using a CUDA or OpenCL GPU, the coefficient for the second order
term for the LJ repulsion in the force (not energy) switching function,
called 'A' in the manual, had the wrong sign in both the force-only
kernels and the force+energy kernels.
Note that the dispersion force switching was correct.

Cherry picked from 2019

Fixes #2845

Change-Id: Ib5c250a1f370d4c0a4fd652bf6efa03e70e18748

Fix release notes formatting

Change-Id: Icea8712088068c14dbfcb20e403dd68f9aa11227

Prepare for 2019.2

Reset doi strings.

Change-Id: I497ce4e5afe3a0f776dfba107e45d74bc51d4cc8

Disable instruction fusion on Power8

The -mpower8-fusion flag seems to be the source of incorrect code; not
confirmed, but likely a codegen issue that also affects Power9 with the
similar flag used.

Fixes #2747 #2746 #2734

Change-Id: I56f50e54db47f4fe30c42488f4c4f79ac474518a

Change icc-18 to no-hwloc

Made to avoid issue with hwloc installation on bs-nix1310.

Change-Id: I824aa9b64db86814df10328141dbd0fd47470e02

Version 2019.1

Updated regression test hash.
Set DOI strings.

Change-Id: If56a4e81c853af49ebe6a908bb9cc8883d24a7bc

Improved diagnostics when PME cannot run on GPUs

Fixes #2789, #2823

Change-Id: Iff7609a3774c11329d36bd8557b741a4d29f7c5a

Fix tune_pme

There was an issue with the file option for the tpr file being empty
that caused a segmentation fault.

Fixes #2827

Change-Id: I2702898d071d6e9325fa2e7ebb223b9043b7109e

Fix mass Delta H double counting

With separate mass lambda parameters, the perturbed mass contribution
to Delta H (not dH/dlambda) was double counted. This was due to an
incorrect fix for issue #2703 for missing Delta H contribution.

Refs #2703
Fixes #2849

Change-Id: I1349260e1e90a17a6b7dbe0d239d9474dcfa928c

Extend performance considerations on bonded offload

Refs #2793

Change-Id: I4a8ae8554cf2aad540eb4eb485898f8cabeb3966

Fix use of selections referring to index groups

Selections that refer only to groups in an index file do not require a
topology file. This (and other behaviours) was inadvertently broken
by the wrong implementation of the default constructor, because that
constructor is used in setting up the analysis environment.

The default constructor of TopologyInformation should establish the
intended invariant, namely that until a topology is loaded, topology
getters should return nullptr.

Fixed that constructor, and fixed the unit test that verifies that
behaviour. Since that test was added at the same time as a change to
the implementation of TopologyInformation in commit 264458c9, the
broken invariant wasn't noticed.

Added a test also to gmx rdf that verifies that the selection
behaviour is fixed.

Fixes #2847

Change-Id: I2149616e0248c6d5cdd5657a8292d2c3346614b9

Revert changes to implementation of insert-molecules and solvate

This is a partial reversion of 5181f8d1, which made an inappropriate
dependency from preparation tools to TopologyInformation, which is
intended for analysis tools. This is needed in order to fix some
actual analysis tools that were broken by related changes to
TopologyInformation.

Unfortunately in 5181f8d1 readConformation was replaced with
TopologyInformation, and the former is no longer available. Instead,
readConfAndTopology is used in the same way that it was originally
used to implement readConformation. So the behaviour is reverted
even though the code looks different.

Refs #2847, #1862

Change-Id: I6e4900eea38b5c2e1b85b0d48427dabe26b09f9d

Improved electric-field docs

Change-Id: Ib1c6aa260f54a3933b1d80e375dc6ee007317473

Disable instruction fusion on Power8

The -mpower8-fusion flag seems to be the source of incorrect code; not
confirmed, but likely a codegen issue that also affects Power9 with the
similar flag used.

Fixes #2747 #2746 #2734

Change-Id: I56f50e54db47f4fe30c42488f4c4f79ac474518a

Move simulated tempering default setting

Setting the default value for the simulated tempering when nstexpanded
was not specified in the mdp file was done before the values for the
temperature coupling are known. Moved this to a new location where the
value is known instead.

Added message to user in this case.

Refs #2754

Change-Id: I194829d5a817019da6d63a075e0dd7f4af8a4735

Disallow rerun with perturbed masses or constraints

Since rerun no longer integrates, free-energy contributions due to
changing masses and constraints are no longer computed. Now rerun
exits with a fatal error when such a system is provided.

Fixes #2849

Change-Id: Ic1550fce22f68c573b52d6895e1e61398b671e51

Require a 64-bit platform for OpenCL

GROMACS requires a 64-bit OpenCL implementation as the PME code assumes
8-byte size cl_mem. Therefore, we require a 64-bit platform,
where pointers and therefore cl_mem will be of the assumed size.

Fixes #2821

Change-Id: I5fa60419a948e2cfdb344e7611b197550f866262

Fix segfault with EM, DD and group scheme

Resetting to an old DD state during EM would leave the cg sorting array
used with the group scheme in an invalid state. This could cause
out of bounds vector access one DD step after rejecting an EM step.

When merging this into master branch, prefer to change to use ssize
rather than the static_cast.

Fixes #2813

Change-Id: I7f13b46d7ff5352ce41838b813c46f2e90c93b1c

Fix incorrect LJ repulsion force switching on GPUs

When using a CUDA or OpenCL GPU, the coefficient for the second order
term for the LJ repulsion in the force (not energy) switching function,
called 'A' in the manual, had the wrong sign in both the force-only
kernels and the force+energy kernels.
Note that the dispersion force switching was correct.

Fixes #2845

Change-Id: Ib5c250a1f370d4c0a4fd652bf6efa03e70e18748

Merge remote branch release-2018 into release-2019

Change-Id: Ie5a4add2fe010bc94c00418a728f01d3aac6cb9d