Small update of the GPU related documentation.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Code reorg in thread_mpi

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Made the options program for the latex manual compile again

Fixed typo in src/contrib/Makefile.am

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed incorrect call to gmx_finalize() in gmx_pme_error()

Added final newline to avoid compiler warning in sfactor.h

OpenMM now accepts cut-off method, since it's needed for implicit solvent calculations.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added Cpack support

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed memory ordering issue on ppc with gcc&xlc.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Improved option disabling on switching to OpenMM build in a non-clean build tree

When switching from CPU->GPU in a non-clean build tree it seems to work fine,
a few options are disabled/modified from the default values.
However, when doings GPU->CPU switch, the code builds, but the default values
(fftw3, threads, SSE) are not restores and need to be changed manually.

fixed/improved cmake FFTW3 detection

thread_mpi fixes: gcc works on power7, xlc still does not..

Removed leftover debug message from openmm_wrapper

Fixed CMake libxml2 detection.

avoided creation of neighborlists without j-particles

Added label writing capability to editconf when used with an index file

Added check for <2 frames when autocorrelation is requested in g_hbond()

Moved buggy and unsupported g_sdf to contrib directory and removed its documentation from default build

Fixed warning in gmx_energy

g_rms now allows for more atoms in trx than tpr

small changes to grompp documentation

fixed Template.mak

fixed a typo in old libxdrf fortran wrapper

Improved handling of include paths in gmxcpp from Teemu

forcerec.c: added missing int

Cosmetic fix to include/CMakeLists.txt.

Now uses INCL_INSTALL_DIR for consistency instead of specifying the
directory explicitly; all other subdirectories use the corresponding
variables.

grompp calculates output size with dh data estimate.

Clearer error messages in g_energy.

Fixed the g_energy -odh option to be less confusing.

Corrected trjconv check for topology presence, see bugzilla 526

Made a pdb2gmx message less cryptic when it finds multiple copies of a force field

Made the dhdl_derivatives option do something when separate_dhdl_file=yes

Added longer list of authors...

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added check for SSE2 support to use generalized born kernels

added a missing include to sighandler.h

Revert "Parenthesis around comparisons and no <= or >= for xlc"

This reverts commit 51c81c1e7c833a5b947019ab8840a75407590b16.

fix logic to convert GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN to ARCH_IS_BIG_ENDIAN

Added trjconv check for topology prescence, see bugzilla 526

New release 4.5-beta4

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed gmxcpp to always use unix path separators in internal names (just like cpp)

Parenthesis around comparisons and no <= or >= for xlc

Fixed begin and end times in g_bar.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed another uninitialized variable warning in gmx_energy.c

Add current path (./) to topol.top include when force field was local

More documentation for g_bar.

Dont write EOF warnings to stdout every time we checkpoint if the file size==0

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed first statemement occuring before variable declarations in gmx_pme_error()

Some documentation changes.

Some documentation changes.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Modified pdb2gmx to automatically pick the force field from the current directory
if a choice is specified with the -ff option, even if others exist. We still
print a notice about it. The full include paths were also removed from the topology,
but we now print information about where the FF was picked up from, and a notice
that this location must be included when processing it if it is a non-standard one.

Modified the OpenMM wrapper interface to support the strange CUDA platform implementation.

The CUDA platform in OpenMM does not allow the user to generate more
than one instance of a force kernel object. That requires to pack
force field terms that have the same form into one instance,
e.g. Urey-Bradley and Bond/Angle, and the harmonic dihedrals.

Added the g_pme_error tool from Florian Dommert. Thanks!

Fixed hardcoded OpenMM library name.

If OpenMM is compiled with debugging information, the build
attaches _d to the library names. Now CMake will be able to
link against them also.

gmx_bar now works with derivative histogram sets.

Fixed several warnings.

Fixed pointer typo in patch from Alexey Shvetsov

Added PBC checking patch to g_cluster from Alexey Shvetsov (Bugzilla 526)

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Modified pdb2gmx to not accept extra hydrogen atoms at the N-terminus

Free energy histogram bug fixes.

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true/false input settings should be called bool instead of gmx_bool

fixed bug that caused corrupted checkpoint files

derivative histograms are now written in both positive and negative directions.

pdb2gmx now only allows a mismatch of a sign (iso any character) at the end of a residue and rtp name

g_bar reads dhdl.xvg files without derivatives.

Free energy writing to ener.edr and four new options work

Four new options dhdl_derivatives separate_dhdl_file, dh_hist_size
and dh_hist_spacing now control the output of free energy data. By default
free energy data still goes to dhdl.xvg, but in the future this will be
changed to ener.edr.

The BAR tool g_bar works with all three formats (dhdl.xvg, ener.edr
energy differences, and ener.edr histograms). To extract data from the
ener.edr file, use the new -odhdl option in g_energy.

Fixed valgrind warnings and a segfault in pdb2gmx.

The current fix for the segfault in the virtual site generation code
does not result in a very useful error message, but it's still better
than to segfault.  Someone with more knowledge of that code could add
checks earlier.

Spelling fixes in pdb2gmx documentation

Made the description of ld_seed and gen_seed seed generation more accurate and maintainable.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Revert "Made pdb2gmx be slightly more helpful when using AMBER forcefields"

This reverts commit ed6ffded6943193121f59884a26f84c663f5822e.

We should NEVER use any force-field specific names in input files anymore.

Removed the unnecessary hacks from some boolean statements.

Having gmx_bool of type 'char' was causing some boolean operations to issue warnings.
Now that it is 'int' those hacks became unnecessary.

Updated completions for 4.5 release

Made /usr/local/gromacs default installation path in cmake too

Updated html documentation for release 4.5

Updated manual pages, now with correct version (4.5) as a bonus...

Fix for warning in ngmx makefile

Changed version to beta4

Updated scripts to produce 4.5 man pages

Updated manpages for 4.5 release

Removed useless g_logo and g_highway programs from default build

g_kinetics removed from automatically built programs since it is not functional in a default build without GSL.

Fixed HTML documentation to use proper '&ge', not '&gt=', etc.

Clarified documentation about when gen_vel generates velocities

Fixed include path in vmdio.h

Forgot to actually do the char->int change...

Changed bool to signed integer instead of unsigned char.
Since we treat this type similar to the enumerated ones internally,
with names and indices, we get lots of warnings about signed/unsigned
comparisions if the type is not signed, and also warnings about using
'char' array subscripts. The integer has worked on compilers this far,
so let's not make bigger changes than we have to!
(Yeah, I know I was the one who suggested we make it compatible with C++
1-byte-size booleans earlier today. Mea Culpa.)

Redefine the default boolean type to gmx_bool.

There is no standard size for 'bool' in C++, so when
we previously defined it to int for C code the data types
(and structs) would have different size depending on your compiler,
both at gromacs build time and when you use the library.
The only way around this is to NOT assume anything about the C++ type,
so we cannot use the name 'bool' in our C code anymore.
The new gmx_bool is of type unsigned char.

Added missing header include