Merge gromacs-4-6 into master

Conflicts:
CMakeLists.txt
README
bootstrap
share/template/.gitignore
src/gmxlib/.gitignore
src/gmxlib/CMakeLists.txt
src/kernel/.gitignore
src/ngmx/.gitignore
src/tools/.gitignore
src/tools/CMakeLists.txt
src/tools/gmx_dos.c
src/tools/gmx_energy.c
src/gromacs/CMakeLists.txt

Change-Id: I18a484ef470a8af9fc0eb80d086eb80f45de2d2c

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
admin/GerritBuild.bat

Change-Id: Ib62e8f5949cc8e65342cd1826888901d11032474

Merge "Set -DMPI only if compiled for FAH" into release-4-5-patches

Set -DMPI only if compiled for FAH

MPI conflicts with C++ MPI namespace.
This allows to compile with FAH or with C++ and MPI.
Compiling with FAH and C++ and MPI will still have a name conflict.

Resolves #849

Change-Id: I73ccb7b0e682ae6d12352c76e26c6d79e93ea798

Fixing MSVC unsigned/signed warnings

Change-Id: I110b591cfd8c8078f3b7853bdf2db6a705e9e453

Run tests also on Windows

Change-Id: Iab166b5cc8e394e3d330afffd86aced00aa7e0a2

Only check those atoms for PBC which are part of selection (Issue #809)

Change-Id: I2afccb82c3b761890f4d1f53d842606bb8404c98

Unused TestReferenceData no longer does anything.

The reference data framework no longer creates a refdata/ directory for
every test binary (even if the test binary did not use the framework).
Also, TestReferenceData now only reports failure for missing data if
rootChecker() is actually called.  Similarly, reference data is only
written if rootChecker() has been called.  This makes it easier to write
test fixtures that provide reference data comparison that may not be
used in all tests.

Helps implementing issue #823.

Change-Id: I7c8dc18a8de9d47f41977ab7c9a7052df582b53d

Improve array handling in TestReferenceChecher.

Make it possible to use the checker with const arrays and with
real-valued arrays.  For simplicity, renamed all the array overloads to
checkSequenceArray(), since there should be no reason to call an
overload that does not match the type.

Prerequisite for issue #823.

Change-Id: I34de06bcc9ddd392bc3d5390e4aabaf97952270a

Remove state from TestReferenceData.

Moved all check*() methods from TestReferenceData into a separate class,
TestReferenceChecker.  Also replaced startCompound()/finishCompound()
pair with a checkCompound() method that returns a new instance of
TestReferenceChecker that works within that compound.  This allows one
to create multiple TestReferenceChecker objects within one test and
use them independently to compare different data against the reference.
It also simplifies the internal logic in the classes somewhat.

Also some minor updates to documentation of the classes.

Prerequisite for issue #823.

Conflicts:

src/gromacs/selection/tests/selectioncollection.cpp

Change-Id: I822e60d469462d4f5d441fe8243836d800cbb82d

Merge "Added an option to easily compile contrib programs with cmake" into release-4-6

Merge "Fix selection parsing in double precision." into release-4-5-patches

Merge "Use exceptions for fatal errors in testutils."

Merge "Avoid possible warnings if HUGE_VAL != infinity." into release-4-5-patches

Remove RETSIGTYPE. C89 defines return value to be void.

Because it is defined in C89 no sane system should require this anymore.
Checked for Windows.
See e.g. http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-devel/2011-03/msg01076.html

Change-Id: If24fa3d47a1ddec189784f49e3e59e1936fe263d

Adding support for Windows build and different CMake Versions

Ant doesn't work very well - trying shell script instead

Change-Id: Ia08e6979c0e0734c33183840c9d34c3a7367af4a

Adding support for Windows build and different CMake Versions

Ant doesn't work very well - trying shell script instead

Change-Id: Ia08e6979c0e0734c33183840c9d34c3a7367af4a

Removed some direct output to stderr.

Functions that used to print information directly to stderr now take a
FILE object such that the caller can decide where the information goes.
The caller for now still always prints to stderr, but this reduces the
number of direct references to stderr. Remaining references to stderr in
the selection module are either for 1) part of interactive input, 2)
debug output, or 3) rare error conditions that require some thought on
how to handle.

Related to issue #655.

Change-Id: If0d7b6c5ba36ad64f97ff2cfac8f7ab47b4d5a27

Added unit tests for some selection errors.

Part of tasks #651 and #655.

Change-Id: I3a6a9bb0e4e635eb93f5c5faa4e796415592b608

Use exceptions in selection evaluation.

Converted also the rest of selection compilation, because it internally
uses the evaluation engine.

Will add some unit tests for error conditions in a subsequent commit.

Part of task #655.

Change-Id: I7f3fc705888a02a7cd99e46952129996ee49e4cc

Use exceptions in selection compilation.

Converted parts that do not depend on selection evaluation.

Part of task #655.

Change-Id: Ie2fe5fdfebb47e5317eb0bf1e4b516b7f09de790

Fix selection parsing in double precision.

Fixes #850.

Change-Id: Ifd0bf1f5401ca4d62571c8c2fc39e67cac537ecf

Avoid possible warnings if HUGE_VAL != infinity.

Replaced HUGE_VAL by GMX_REAL_MAX in one source file for trajectory
analysis library source file, since it seemed to cause compiler warnings
on some systems.

Reported by Chris Neale on gmx-users.

Change-Id: Ic52a01c5bcedb244d1453117f626ef4f0d46df78

Adding Gerrit Build description

Change-Id: Ib9e88333967178c8f0962a72e5f8432067094e77

Adding Gerrit Build description

Change-Id: Ib9e88333967178c8f0962a72e5f8432067094e77

Removing TestBuildAll test

No need for it because ctest automtically tests building anyhow
It does not work under Windows (using msbuild not make)

Change-Id: I02c7152d61cbe5b536c86c406f37ed78db94ee11

Merge "Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6" into release-4-6

Fix FFTW API usage

FFTW API uses the fftw/fftwf prefix to select the precision.
To make the code indepent Gromacs uses the FFTW macro.
In this case the marco wasn't used but it had no effect
because for iodim both version are identical.

Submitted by Ake Sandgren (ake.sandgren@hpc2n.umu.se) to gmx-developers

Change-Id: I8ad037b90caef5952b7b49379b81b2c8e90b0daa

Merge "Fixes inconsistent spelling of Git cmake variables" into release-4-6

Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Change-Id: I9f12fee0e49e1f7d758a2080337269753f31f3bf

Merge "Replace '_' in all mdp options to '-'" into release-4-6

Merge "Cleaning up some bad coding practices" into release-4-6

Merge "Initialize variables to make GCC 4.6 not complain" into release-4-5-patches

Removing TestBuildAll test

No need for it because ctest automtically tests building anyhow
It does not work under Windows (using msbuild not make)

Change-Id: I02c7152d61cbe5b536c86c406f37ed78db94ee11

fixed pull constraint periodicity consistency check, fixes #844

Change-Id: Ifb8e37c5ca3bb5c36631c0b3db65928f27887bdb

Merge "Added support for submission to cdash servers." into release-4-6

Merge "Changed cryptic variable names" into release-4-6

Cleaning up some bad coding practices

- missing return statement
- recommended parenthesis
- uneeded declarations
- statement without effect
- missing switch/break or undocumented fall-through
- unused static variables

Unless I'm mistaken none of the changes has any effect.

Change-Id: I060ce5b50d8e7df3a97917633fc77d7d2e8481a9

Added support for submission to cdash servers.

With the default setup ctest will send the results to
the Gromacs project on cdash.gromacs.org

Change-Id: Ieb096b7c20734ec7a641523aba06775eb1c2ccc6

Fixes inconsistent spelling of Git cmake variables

The cmake Git script uses "GIT" but the gmxGenerateVersionInfo
was still using "Git".

Re-introduced cmake/FindGit.cmake copied from CMake 2.8.2,
because CMake 2.8.0 did not include this module. This branch
now builds with CMake 2.8.0 and higher.

Change-Id: I06ee2f7478c16923746591ff5171430454d55549

Changed cryptic variable names

'multiplicity' is much more readable than 'xity'

Change-Id: I4c070a66c4863414cddfbaaa9c099736f6c98e3d

Initialize variables to make GCC 4.6 not complain

The variables are only used when initialized but GCC doesn't detect that.

Change-Id: Ib79383e14d5de90f99f0f267e5039f811980bdb8

Only analyse angle transitions for dihedral angles

Change-Id: Ia973d5b31c38f94a7ca2e3c2d8265b3552253103

Merge "Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or" into release-4-5-patches

Added protective preprocessor directives

Avoids code compiled with -O0 dereferencing null pointers. Duplicates
and expands a fix suggested by Valentin Pavlov <x.pavlov@gmail.com>.

Change-Id: I41f27bce385c5f960270ac616abd6fdd038312fa

Added an option to easily compile contrib programs with cmake

Change-Id: Ib3fa2368c74c85bb733ba0d52e13e560134cfc5c

Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or

Change-Id: Ie3d45c7454880cf65d583980cf6639f5527b22c9

Actually -cpi and -bcpo must not be identical

Change-Id: Iac44c2dc7d7add1f951ff6018bbfaabe8160af25

fixed dd load print frequency with nsteps=-1, fixes #829

Change-Id: I66736af49665e6cc90875acbf52a45b5a9727915

Merge "Misc. exception safety fixes."

mdp options in *.html also uses '-' instead of '_'

Change-Id: I856d64badfe26598650d65feae1354fb8d688999
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Fixed bug #830 (segv in do_dssp)" into release-4-5-patches

Merge "Fix for GB, double, SSE2 and optimized kernels" into release-4-5-patches

Fix for GB, double, SSE2 and optimized kernels

As suggested by Julius Su in
http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2011-November/005432.html

Change-Id: Id50d63958e8b3fee810a8d4ed6e021510c98d9aa

Trigger correct kernels under Cygwin

CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR calls uname -p, which returns "unknown" on
Cygwin, so we need to use another mechanism to trigger the use of
SSE/SSE2 optimization.

Change-Id: Ic6406bb36b853a2bd3b22345e36e4914eb04fd8d

Fixed bug #830 (segv in do_dssp)

Change-Id: Ibaa2cf25586d879fce62e9086fee1b510e034e40

Made reading of binary matrices more robust

The routine to read the binary matrix should check that the storage is
available before using it. Also, the documentation in the header
should be explicit that valid storage locations need to be passed in.

Change-Id: I95e9120bceac02031a7f39412ba226ef2644a444

Use exceptions for fatal errors in testutils.

Now the TestReferenceData class reports fatal errors (e.g., corrupt
reference data file) as exceptions using a new exception class
gmx::test::TestException. All comparison failures, including missing
reference data, are reported as non-fatal Google Test assertions.
Also some improvements to handling of missing reference data items.

Change-Id: Ibb4a5ac449e76f6706f8febbd471b1e8a049db4a

Added gtest and gmock under src/external/.

Source code copied from Google Test / Google Mock 1.6.0 (see
README.Gromacs for details).
Build system adapted to build tests against these versions of gtest and
gmock. Added advanced CMake variables GMX_USE_GTEST and GMX_USE_GMOCK,
which can be used to disable building the frameworks (and tests that use
them).

Google Test 1.6.0 handles test-thrown exceptions better (reports them as
failures instead of terminating the whole executable). With this
version, system-wide installation is no longer supported by Google, and
the officially supported way is to build the test framework as part of
the build system. Thus, the simplest way is to include the whole
framework in the source tree, which also makes it simpler to build the
tests.

Makes issue #639 obsolete (removes FindGMock.cmake completely) and
relates to #815 (removes FindCMake.cmake, which was copied from 2.8.2).

Change-Id: I021e81ea1529c8dea621c2d8b060c08987f9ca59

Merge "Remove explicit paths from cmake add_test() calls."

Merge "Removed unnecessary information from user API docs."

Remove explicit paths from cmake add_test() calls.

With this alternative syntax, CMake recognizes the logical names of
binaries built during the build process and runs them appropriately,
irrespective of their location.
Also removed an unnecessary enable_testing() from tests/CMakeLists.txt.

Change-Id: Ie7d7c6f96d92dfab4450d06178bb507c2cdc6a7c

Replace '_' to '-' in mdp options for tutorials

Change-Id: I918e50f4c48369ec5a303b2475d89275808ca654
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Replace '_' in all mdp options to '-'

This changeset replaces '_' to '-' in all mdp options and in
*.log output of mdrun. So options like

init_step -> init-step and so on

Change-Id: If04e4408e7f9f27ee37cbdaa624e14aab46cddfe
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Changed default value for g_anaeig -last to -1" into release-4-6

Merge "Fixes for GB kernel" into release-4-5-patches

Merge "Add CMakeLists.txt.user to gitignore" into release-4-6

Merge "Fix compiler warning in thread_mpi."

Merge "fixed pull constraining doing nothing, fixes #825" into release-4-5-patches

Corrected charge of CHARMM zinc ion to +2

Change-Id: Id64c3f5bbd9e0993e4b598dc971a780d3d7337dc

Merge "Doxygen updates for fatalerror module."

Merge "Misc. Doxygen improvements."

Merge "Fixes MPI_GROUP_EMPTY for tMPI" into release-4-6

call to gmx_mtop_generate_local_top is only required once
fixes memory leak

Change-Id: I1ef9860e4b5c24a15acd1b2de88d89721771d840

Changed default value for g_anaeig -last to -1

The old default for -last was 8, which is pretty arbitrary. There are so many
different operations for g_anaeig that requiring the user to make an active choice
about any eigenvector subset seems wise. The new default is to do the operation
on all of the eigenvectors.

Change-Id: I52ba7539d70e559712b52e5ec46dff6731c99094

fixed pull constraining doing nothing, fixes #825

Change-Id: Iefadc0bb34241f91998e6d9f974150da54397045

Fix compiler warning in thread_mpi.

When compiling C++ source files, the -Wsign-compare seems to be on by
default on GCC with the compiler flags that Gromacs uses by default.
Because of this, the fixed line caused a very long compiler warning on
all C++ source files that (indirectly) included thread_mpi headers,
e.g., by including typedefs.h.

Change-Id: Ie71071f32753bb37f40104523c1a30301b8ec5ae

Add CMakeLists.txt.user to gitignore

This will add CMakeLists.txt.user [file generated by qtcreator] to
gitignore

Change-Id: I5511a03dbbeaa4f376e8b1fd3218c82d77272167
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Updated grompp.mdp for tutor/water

Updated grompp.mdp for tutor water that works with current gromacs

Issue #802

Change-Id: I3a80fa15ea08b25dd817b743331fa278aefb0d15
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Fixes MPI_GROUP_EMPTY for tMPI

Fixes breakege of tMPI version
introduced by commit 8cd25f0d45567b53027c7c4ab9bb2e8d5606932d

Change-Id: I8a79b863f5c1a25efebde55a597f6194889b4d2f

Misc. exception safety fixes.

Some classes did not free all memory correctly if an exception was
thrown during construction. Either fixed these, or marked as TODO if it
was more complex and current code did not trigger any issues.

Change-Id: I498b4ccbc195d7972d9bd8a9207a053837a4aa8b

Merge "Removed duplicate CMake functionality" into release-4-6

fixed segv in parallel replica exchange

The last fix and commit of mdrun.c, ea3111, caused a segv with multisim
when the simulations were in parallel. Fixes #821

Change-Id: Ie3936b224d81dc3a304357bcd3438d2b4f5192e3

Removed erroneous use of MASSV on BlueGene

MASSV does not provide BLAS or LAPACK (indeed, there is no standard
version for BlueGene), and is not useful otherwise. So it was erroneous
to require BLAS and LAPACK, and not helpful to link to MASSV.

Change-Id: I9b82875e9c6b02800e1ec6330f2a9006a563719d

Fixes for GB kernel

Change-Id: I9108b02d032b6c7779c1d88b60e84a6e35e2025e

Only create group if part of load communicator and thus the group is not empty

Unnessary groups are a problem if maximum number of group is limited (e.g. scalasca)

Change-Id: I2daca6414e82cca8d64d3dd5c08c6ae0060d07dc

Removed duplicate CMake functionality

The FindXXX modules that I have removed are found in standard CMake
2.8.2, so we don't need to duplicate them if we choose to have a
similar minimum requirement for CMake. So far, I've arbitrarily chosen
2.8.0 as a compromise between modernity and widespread adoption.
See discussion in Redmine issue #815.

The logic for the work-around for Cray MPI is now in CMakeLists.txt

The test for the Git version has also moved into CMakeLists.txt

We had a minor change in the LibXml2 module that catered to some
weird/broken CMake environment Teemu had, but it looks to be
unnecessary for modern CMake.

The LAPACK find module is nearly the same as standard, apart from a
bug fix that we have found and reported upstream. So we have to
keep the duplicated code.

Change-Id: If312671392f9b77c0007c761ccb37688bcfc13b3

Added tip for converting .xpm to something useful

Originally provided by Justin Lemkul on gmx-users.

Change-Id: I92e0d17095dca5a738dbb3188067d4394742e653

Removed autotools and references to them.

A stub remains in bootstrap to prompt developers to go and use CMake.

Change-Id: I913677b32838c70ff9908bbb0ef110f2524061cd

Merge "Removed CMake warning for recent OpenMPI versions" into release-4-5-patches

Dropped some hints in the documentation

Users should collect data more often than the time scale of the
autocorrelation, actually save velocities for computing velocity
ACF, and trjconv -ur compact is useful for rhombic dodecahedra.

Change-Id: I9c59b3798dbb8d86b862859bf8f217b12d33906a

Removed CMake warning for recent OpenMPI versions

OpenMPI 1.4.1 and higher are fine for GROMACS, so we do not need to
warn the user about them. This patch tests the MPI found and
informs the user as necessary.

Change-Id: I98ff5e46a3fa2e09915c699a67d47f0637cb3992

Minor house-keeping

Change-Id: I405d32cfffd53d9441eaede6fa2964e16ed1fadd

Updated version: now 4.6

Change-Id: I309ddac1ba41c8c2bfe9c8880848c061c384720c

Commented out part of this new program that was not yet validated, in order to protent users from incorrect results.

Change-Id: I02a0065205aae881438c15c9aec9dae722b23206

Fixed documentation issue described in redmine issue 681. Added warning line to terminal output about interpretation of results.

Change-Id: I494596d5259038c96d9aad395089434520cad5c0

Fixed documentation issue described in redmine issue 681.
Added warning line to terminal output about interpretation of results.

Change-Id: I92fdc8a1a641b7db534b0da1f483ecdcb5592b6b

New release: 4.5.5

Change-Id: I6130c171c98c187ec233ee9910cf072cef00ce47

Fixed typos in documentation.

IssueID #814

Change-Id: If05a4a47509ad087c8de41305666324287e7a70a

C89 fixes.

Change-Id: I04bfe69d1e97ae7b3160209a68421c9f88468177