Made g_tune_pme work with 4.6 if user sets "-p" command line option

Added "-p" (performance statistics log file) to the list of files that
must not appear on the mdrun command line at launch time. (This would lead
mdrun to refuse to launch due to an unknown command line option.)

Change-Id: I268bbf6513709866b9a6a8d81c97706ccc832988

Fix CMake namespace pollution

When gmxManageMPI finds MPI and CMake version is less than 2.8.10,
the variable file_cmd ends up in the non-advanced CMake namespace.
Made it advanced in those cases.

Change-Id: I79fd46e1b66d6c5ab008973e654092939eeae4dc

Issue errors/warnings for ICC before 12.0.0

ICC 11.1 with SSE4.1 gives incorrect results, so CMake will
refuse to build with that minor version. Given that we
currently don't know anything specific and 11 is old, we
warn with any version older than 12.0.0. If more information
is available later, this warning can be made more specific.

Fixes #1126

Change-Id: I3c37844c69ce34769187f288c43cd8aef4086c53

bugfix for md-vv + nose-hoover + (nstcalcenergy > nsttcouple)

Need global communication the step befre nsttcouple
in order to get the kinetic energy right, because
of the offsets velocity verlet from leapfrog.

Fixes redmine #1129

Change-Id: Ia6157db8304cc4fb8cccbda0ac3b949e800efeb5

Use explicit kernel pointer typecasts

Some compilers don't like implicit casts from function pointers
to void*, so if we're going to be dirty, dirty people, we may
as well come clean about it.

Change-Id: Ia071c6a10a4ec20b83ddb13e4f0cd2a7b139264f

Merge "Minor fixes to Verlet kernels" into release-4-6

Merge "improved PME load balancing reporting" into release-4-6

Merge "Re-generated group kernels" into release-4-6

Merge "Unwinds flag dependencies in g_order." into release-4-6

Merge "Fixed an initialization issue in gmx_dipoles." into release-4-6

Merge "use legacy CUDA non-bonded kernels only on Fermi" into release-4-6

Merge "More descriptive Verlet kernel macro parameter names" into release-4-6

Fixed an initialization issue in gmx_dipoles.

This fixes a warning in gcc 4.7

Change-Id: Ief8a057dff24c9a61c20301215a7009c2a16e74a

improved PME load balancing reporting

With the group cut-off scheme, rlist was reported incorrectly.
Added a note in log and stderr when PME load balancing increases
the non-bonded workload by more than 50%.

Change-Id: I7d46f5a110b24cbb40b6b9cb53a1d90715c7c5ec

Minor fixes to Verlet kernels

* clarified some comments
* documented use of nbfp_s4 better

Change-Id: I0848f2e570daef881368a45d4a429a3f80fde81b

Unwinds flag dependencies in g_order.

A feature added a while back to g_order had a flag dependency
(-calcdist forced -radial). This patch attempts to unwind that
dependency and allow -calcdist independent of -radial.

Fixed help message for -calcdist

Change-Id: I8c368f9109ee305d79a3c0c1b6838439598a4e89

Merge "Fix and add Verlet kernel error messages" into release-4-6

Merge "Fix code bug with thread-MPI on PowerPC with xlc" into release-4-6

Merge "Fixed the MPI recognition string in g_tune_pme" into release-4-6

Merge "improve setup of multiple tf tables" into release-4-6

Fix code bug with thread-MPI on PowerPC with xlc

Change-Id: I8254ae915fdd24e02cf8f07789c69c3d4b35525e

More descriptive Verlet kernel macro parameter names

Also more consistent with SIMD kernel usage

Change-Id: Ia8dd723075b5c289d0171e3d34ecd51a0fc152f4

Fix and add Verlet kernel error messages

Handles default cases better

Change-Id: I45d8ebd73184630180e6ed87d54c3a8fc3cbef73

Re-generated group kernels

This should be a null operation, but I had to fix copyright
years in python scripts and it had the following effects:
* removed some debugging printf statements in GB C kernels
* minor whitespace change now consistent between template and output

Change-Id: I3c3fe9be625ca4f7ade6871fc105fd80899e5a70

Added extra check in for setaffinity support.

The Linux version of tMPI_Thread_setaffinity_support() did not check
whether pthread_setaffinity_np() would actually work on the system
it's running on. It now checks by running pthread_getaffinity_np()
and checking its return value.

This is relevant for, for example, Bluegene systems which don't
support explicit affinity setting.

Change-Id: I4833e7384067f897013d6fa4d0b35963ae740fcf

Fixed the MPI recognition string in g_tune_pme

Since the identifying string "NNODES="is not printed any more by MPI-enabled
mdrun, we now use the "MPI library:" string instead.

Change-Id: Ibbcc0678a7c89057743129aa664fad8bb68f1941

Merge "Updated FindGSL.cmake to version written by me." into release-4-6

Merge "PME-only counters are now reset with -maxh -resethway" into release-4-6

Updated FindGSL.cmake to version written by me.

relates to #815

Change-Id: I323f113b4016ef232124fcdcc985d0526bc8a880

Merge "fixed bug with sd integrator and OpenMP threading" into release-4-6

Merge "Fix CUDA_HOST_COMPILER flag name" into release-4-6

use legacy CUDA non-bonded kernels only on Fermi

This solves a remainig todo as well as clarifies some variable naming
and documentation.

Change-Id: Ifad80cb7e740d1329a9c84df992d899400efeca2

Merge "Typo fix" into release-4-6

Typo fix

Change-Id: Id5bb7297adbc38909aa184b6d6a222aa719f90be

Fix CUDA_HOST_COMPILER flag name

Fixes #1143

Change-Id: If34f27aa8fa73420ac85d4ec6997e8ebe78261d4

Merge "added back cuda.h includes to fix missing CUDA_VERSION" into release-4-6

Merge "Fixed flop counting for generic cg/adress kernels" into release-4-6

Merge "cmake: fixed typo in template CMakeLists.txt" into release-4-6

fixed bug with sd integrator and OpenMP threading

This could cause small error in the integration or a segv.
This bug was introduced with d120c370
Fixes #1138

Change-Id: I4ae2c0c857cb68e796d01c5b2e0ea42beaf13d4a

Merge "Documented what GMX_CPU_ACCELERATION really means" into release-4-6

improve setup of multiple tf tables

* buffer string was not initialized
* put tf table info in log instead of on the screen

Change-Id: I11ecdcd8c9a18a8931dbccef528ff02a74959ee1

Merge "improved load balancing on the GPU" into release-4-6

Documented what GMX_CPU_ACCELERATION really means

Discussion arose in I0848f2e570daef881368a45d4a429a3f80fde81b

Change-Id: Ib99ab86ff7d8acf913121decb00756f47327f046

improved load balancing on the GPU

For the GPU, small pair list entries are now sorted to the end.
The improves performance by 5 to 20%.

Change-Id: I25e5efeb813ad5dde48f0955366519db699f21a2

fixed segv in init_forcerec with fr->hwinfo=NULL

This caused genion and g_disre to segv with the Verlet scheme.
Fixes #1136

Change-Id: I9059b0e108c80ea86567a568e9f488b4db500eee

Fixed flop counting for generic cg/adress kernels

Change-Id: I95f2a68a0de64f479820143fdba09ea09805fa93

cmake: fixed typo in template CMakeLists.txt

* prevented build after make clean, when build was used before

Change-Id: I0ba88b36752801c3d492d46c71327fb966edb508

PME-only counters are now reset with -maxh -resethway

Fixes #1125
For clarity gmx_pme_recv_q_x now returns and enum
and gmx_pme_send_switch is renamed to gmx_pme_send_switchgrid.

Change-Id: I21952780f0b719378d947a79324c844ccde7160a

AdResS: fixes bug in the neighbour list routine

* coarse-grained interactions were not excluded in the all-atom region
* Some atomistic interactions were not excluded in the coarse-grained region

Change-Id: Ib4ac145722367cf139ad3d23b86f0de1ca9d6caf

fixed copyright of adress kernel

Change-Id: I21816431b4f77210a93dedc7a265c10f074502c4

Merge "Moved a few comments back into position" into release-4-6

added back cuda.h includes to fix missing CUDA_VERSION

nvcc doesn't define its version identity macro, CUDA_VERSION, by default,
but this needs to be pulled in through cuda.h. Quite weird and
non-standard behavior, but as swithing to legacy kernels and certain
kernel optimizations are broken now, to fix these we need to include
cuda.h.

Change-Id: I4836335e97a287e18e595c160819db2e46a8d798

Merge "Illegal acceleration defaulted to QPX" into release-4-6

Merge "Re-licenced FindGROMACS.cmake (was written by me)" into release-4-6

Illegal acceleration defaulted to QPX

Change-Id: I1bfd9c7bc7bac68944fd912bda84e8bd03af1fbc

Merge "Fix TOUPPER usage" into release-4-6

Merge "Updated html manual to 4.6" into release-4-6

Merge "added missing cleanup of some nbnxn_cuda data" into release-4-6

Fix TOUPPER usage

The last argument is the variable name, thus it shouldn't be ${..}.
Caused compile error when setting accleration to sse2, because
TOUPPER wasn't done correctly.

Change-Id: I0087a6cf3c9a160862757f561b5782c0ac253df8

Updated html manual to 4.6

Change-Id: I2d66c41c56a44fddc31bba823a264795c07d078a

Moved a few comments back into position

No code changes whatsoever - just formatted some multi-line comments
which uncrustify could not understand.

Change-Id: I85e2f58681c61be937315414dc2a708974b027f8

Merge "Set version info for 4.6.x release series" into release-4-6

Re-licenced FindGROMACS.cmake (was written by me)

Change-Id: If6a94c561933cbc6db9d47d5a364f75e7fdf5e13

Fix AVX double compile error

Introduced by fa181964de6c9

Note that this change will be included in the 4.6 release, therefore
this commit will effectively be the one that the 4.6 release is made
from instead of the parent.

Change-Id: Ieeede7d15109f2c44fcd2e0ef59eff2944206eab

Set version info for 4.6.x release series

Change-Id: I31378a7ef5d9b7333aa91f076c2a792072d304f9

New major release: 4.6

* note -dev gets stripped off by the release manager by hand before
  building tarballs

Change-Id: I36fe0b8ec18c7d6f09da852e216fdf6d0a250bb7

Addendum for expanded ensemble options plus formatting fixes.

Change-Id: I4547fe74064593c939fcb292ccee056b49b292af

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
src/gmxlib/confio.c (whitespace only)

286575f0cd68 commit is not needed and is ignored
by this merge.

Change-Id: I7c4aabd918384aadbf6108501023ca77e019d6c1

Fix typo

Change-Id: Iba23e5cea570b2a283a19290774fe21b0e625cab

Code beautification with uncrustify

We are going to try to keep our eyeballs from bleeding when we
read prehistoric code from this project while maintaining it.
So we need a point in time where release-4-6 gets beautiful
in tandem with master. That time is now.

At some point we hope to be able to do this automatically so
we can have reviewers concentrate on code quality and not
formatting trivia. But we have to do a whole-of-project
fix first.

Refs #845

Change-Id: I8e99228cc118f75c0831e8297c171fcbbabc8f73

Add colon after macro to help uncrustify

Without the colon uncrustify adds braces incorrectly

Change-Id: Ib361762c1b252de2b4a274c2be44f1fecb31b7da

thread affinity now uses some topology information

The order of logical cores on x86 is hardware and software dependent.
The cpuid topology reports this and this information is now used.
The mdrun -pinht option is generalized for SMT to -pinstride.
The mdrun -pinoffset option is now in logical (iso phyiscal) cores.
Thread-MPI no longer sets affinity, it's now all done in one place.
The option -pin is now an enum, default auto: only on when using all
cores and when no external affinity has been set.
A big NOTE is printed with auto when no pinning is used.
Option -pin on can now override thread affinity set outside mdrun.
Fixes #1122
All thread affinity code has been moved from runner.c to
gmx_thread_affinity.c.
Updated the mdrun manual for pinning also active without OpenMP.

Change-Id: Ibf0fe5882688de80c223640502c68e6170d4d044

Fixing copyright issues and code contributors

Added Mark Abraham, Christoph Junghans and
Carsten Kutzner to the list of code contributors,
per discussion with Erik and Berk.

* Now that 2013 is a copyrightable year, we need to
  assert that copyright
* No, we can't just say 1995-2013, unless we also say
  that every year in the range is a copyrightable year. I'm
  not interested in demonstrating after the fact that this is
  true for all the years before I was born. So we may as
  well start listing explicit years.
  Please read "howto (L)GPL" guides before arguing :-)
* Removed erroneous GROMACS copyright statements on
  unmodified FindBLAS.cmake,FindLAPACK.cmake,
  FindOpenMP.cmake and slightly modified FindGit.cmake
* Note Szilard's uncertainty about the origin of
  vectype_ops.cuh and thus its copyright status
* TODO for 4.6.1 deal with material in admin and scripts

References #818

Change-Id: I946200651de7f05c2ff292fcded8f33fca7b356f

Merge "remove unnecessary cmake messages" into release-4-6

Merge "fix OpenMP detection on Mac OS broken by a6fee0b" into release-4-6

Fix reading of g96 title

Change-Id: I5b077ef2f581d704848b658c588636c7510d3c38

remove unnecessary cmake messages

Unfortunately f8885a6 slipped in with two debug messages in the compiler
version detection code. This commit removes them so we're back to clean
& silent cmake.

Change-Id: I322183445f75688e3626e8c2382186ce1df1d0a1

fix OpenMP detection on Mac OS broken by a6fee0b

Compiler version check was done before the version got detected. This
code will avoid false positives even if the compiler version is not
available (although for GNUCC it should always be).

Change-Id: I554f13e4b101ae7c9f70674e966065bf9fcf2b27

Updating the shell completion files

Hope this g_tool -man completion technology still works!

Change-Id: I4bfd04ee1e0cc050a0690263d1e7e76f560b0372

added missing cleanup of some nbnxn_cuda data

While the content of the data structures the pointers in nbnxn_cuda
point to was freed up, the data structures themselves were not.

Change-Id: Icb1c5da9867ee252e2a6dadf7f164d7bb4f41a26

Gromacs install guide updates.

Change-Id: I6822ef3898abf81f548163386147cbb1a0a01ad0

Merge "Remove unnecessary ICC flags affecting performance" into release-4-6

Merge "improved CUDA kernel performance by pre-loading cj" into release-4-6

Merge "Added note about make_edi and flooding in ED paragraph" into release-4-6

Merge "use the compiler version provided by CMake >=2.8.9" into release-4-6

Merge "Merge branch 'release-4-5-patches' into release-4-6" into release-4-6

Merge changes I930b316c,Iea4283e0,I103648f8 into release-4-6

* changes:
  BlueGene/Q installation notes
  fixed SD+BD integration slowing down with OpenMP threads
  Run regressiontests from build

Remove unnecessary ICC flags affecting performance

Since we add -msse/../-mavx based on the acceleration we shouldn't
add -mtune=core2 anymore. Especially because it is added later
and takes precedence over the (higher) acceleration flag.

-ip and -funroll-all-loops could also be deleted because they don't
seem to give any significant performance improvement, and might
increase compilation time, but they don't hurt gromacs performance.

In theory it could help to use -xavx instead of -mavx but I can't
measure a difference.

Change-Id: Icd11c40c3cd3ef2ae6ef42f07d5d75c228593f51

Merge "Fix trjconv -sub with .trr files" into release-4-5-patches

BlueGene/Q installation notes

Change-Id: I930b316c549dea3ec69ce331bbf9d3dcf0bcd4a9

Merge branch 'release-4-5-patches' into release-4-6

Conflicts:
src/gmxlib/disre.c
src/kernel/runner.c
src/mdlib/minimize.c
src/tools/gmx_membed.c

Change-Id: I1d5f72a3a9b8468cf478890791bc67d247c1e2c5

Merge "note the reason for auto-disabling GPU support in CMake" into release-4-6

Merge "Added mdp option 'calc-lambda-neighbors'." into release-4-6

Merge "clarify wording of GPU driver-related notes" into release-4-6

Merge "Added check for valid wall_atomtype in .mdp" into release-4-5-patches

Fix trjconv -sub with .trr files

ftp is set from the -o file's extension, which cannot be efTRN,
since that's a place-holder file type for command-line parsing.
The error text clearly indicates that .trr (== efTRR) should
work, but of course we have no tests for anything.

Added comment that other trajectory types could work here,
but can't be tested at this time.

Fixes #1118

Change-Id: I118b9b1c25fa7c0640c27e584400dfc64853e67f

fixed SD+BD integration slowing down with OpenMP threads

The SD and BD integrators would integrate on all OpenMP threads,
making the integration much slower instead of faster.
It is not clear if the results could be affected by this bug.
Fixes #1121

Change-Id: Iea4283e0470b72f6f927cb49503ac91d65025647

Run regressiontests from build

If either REGRESSIONTEST_PATH or REGRESSIONTEST_DOWNLOAD is set,
the regressiontests are run as ctests. The later option auto-
downloads the regressiontest repo.

The "check" target builds and runs tests in one step.
The "gmxtests" target builds tests.
If neither variable is set by the user, the commit doesn't change
the prior behavior (no messsages). Running the new target "check"
without either variable set, prints a warnings.

This commit also removes the prior pseudo test of running
"mdrun -h".

Change-Id: I103648f8a87891727a70775b19449fc269002a1c

improved CUDA kernel performance by pre-loading cj

Change-Id: Ic725a82d550e2ecffd4d32edd2c44205aef99b8d

Added mdp option 'calc-lambda-neighbors'.

Added an option 'calc-lambda-neighbors' to limit the number of free
energy delta H evaluations and output operations: this value sets the
amount of neighboring lambda points to calculate and print the energy
for. If it's 1, it will only calculate directly adjacent lambda points'
energies (if it's -1, it will calculate all points). This tremendously
cuts down the number of (expensive) energy calculations done without
impacting the results for most users

Note that this commit only limits the number of outputs, not the number
of calculations. That is left for a later commit.

Change-Id: I10590dd1a2036b529946da86b414c2561d14bda1