Merge "Removed unused code from src/kernel/."

Use GMX_NATIVE_WINDOWS in path.cpp.

Change-Id: I0b321532e85cfb2429994171aade49f1021b51c7

Move HAVE_CXX11 define to gmx_header_config.h.

Renamed the define to GMX_CXX11, because it is in a public header.

Change-Id: I2221f56214c56d23eb1072a95d827ed92a0a754e

Move gmx_header_config under utility/.

Change-Id: Ib4cb6a578372ab8c509a0c1d804f193158b94273

Removed unused code from src/kernel/.

When code from src/kernel/ was originally moved to the new file
hierarchy, these were left over as not necessary for building any of the
binaries.  They haven't been included in the build for master for over a
year.

IssueID #637

Change-Id: I37dadf1a77239e554c5968a2c61c163183af65b7

Merge "Remove unused magic.h."

Make output_env struct properly private/opaque.

All the necessary functions already existed to make the structure
private, only the signature of the initialization functions needed to be
changed.  Adjusted places where the structure was initialized to not
access the internals of the structure, but do everything through the
initialization functions.

Change-Id: Ia1f7fdeccd0678e41b5af4256fcf6f7a4014c59d

Remove unused magic.h.

It was included from two places, but neither used its contents.
There was one use of GROMACS_MAGIC in the source, but that file did not
include magic.h, instead defining it itself (to a different value).

Change-Id: I6404419387a170f34ddd25e56fb17b5f71d1dff2

Merge "Remove unnecessary uses of gmx_header_config.h."

Merge "Add tests for PDB-specific selection methods."

Merge "Merge release-4-6 into master"

Add tests for PDB-specific selection methods.

Part of issue #651.

Change-Id: I6d2d7489ded6c6a87ffda5a86d9ef6e5a9e6112f

Merge release-4-6 into master

Change in src/gmxlib/CMakeLists.txt applied to
     src/gromacs/CMakeLists.txt

Change-Id: I15ec00d1738747c34557adffb5d58a69046fb92a

Remove unnecessary uses of gmx_header_config.h.

- Replaced chdir and getcwd with gmx_chdir and gmx_getcwd to have the
  related ifdefs only in one location. getpid should get the same
  treatment, but there is no natural place to put it in, and the return
  type should be decided on (int is probably fine).
- Replaced some scattered Cygwin-related warning suppressions with
  #include "string2.h", since this file contains the same logic.
- Removed #include <unistd.h> from sysstuff.h and added explicit
  includes to source files that need it. Also removed extern "C"
  declarations around system headers.
- Removed unnecessary Windows-specific header file inclusions.

Makes it a bit easier to relocate the file.

Change-Id: I0b594b4d7f05212c21d8f249fa8525d30268d49b

Fix Windows specific cmake hacks

MT/MD related:
- Only use MT instead of MD if GMX_PREFER_STATIC_LIBS
  Gromacs compiles fine with MD and produces smaller binaries.
- Fix that MT is also used with C++ and Intel

Workaroud for cmake 13174:
- Replace GZ with RTC1 also for C++
- Replace GX with EHsc for C++

Remove of set(GMX_EXTRA_LIBRARIES):
- This has no effect because it isn't set before.

Change-Id: I911c88e099c1faaa896b54b791a952c1265dd89e

Merge "Disable OpenMP for llvm-gcc 4.2.x" into release-4-6

Remove unused files.

Grepping for debugb or ffscanf in src/ returned nothing outside these
files.

Change-Id: Id77718c8b3f82808f451d00f0fbe89923b8d8122

Fix gmxdump error introduced by 553d4b1369

Change-Id: Ib3ebe7231e3be0f2bdeda21cf5c589f6d5144c5c

Disable OpenMP for llvm-gcc 4.2.x

Fixes #900

Change-Id: Ibd80b2e3768e25f5091441a65785f539dc3b7050

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Change-Id: I420226d869a1d755c731b9f65b66a29c233e9b6e

Merge "changed number of iatoms for F_SETTLE from 1 to 3" into release-4-6

Merge "added support for graphs not starting at 0" into release-4-6

Don't enable ASM if no asm kernel is selected

Caused that -DGMX_ACCELERATION=none didn't compile without
asm installed.

Change-Id: I572d64b94af89516ef35336190636ead6a256c0f

Merge release-4-6 into master

Conflicts:
CMakeLists.txt (modified)
cmake/gmxCFlags.cmake
src/gromacs/legacyheaders/CMakeLists.txt (modified)
src/tools/gmx_membed.c
src/tools/gmx_select.c -> change applied to
            src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.cpp

Conflicts (Deleted):
src/gromacs/legacyheaders/pppm.h
src/gromacs/mdlib/ghat.c
src/gromacs/mdlib/pppm.c

Moved:
include/gmx_header_config.h.cmakein -> src/gromacs/legacyheaders/gmx_header_config.h.cmakein

Change-Id: Iec19966d1d7d3dfe817fd3f28197ea620bf55b3e

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
src/mdlib/pme.c

Change-Id: I0a77a63162168d3a07ab957a9bf7b367a9f05eac

fixed PME forces with FE, fixes #929 introduced in recent merge

Change-Id: I4f3bc59ed8c0351c4c59feceb3c2116b2f063daf

Merge "Fix for sigaction" into release-4-6

Fix srenew/sfree_aligned misuse in PME

denom was first allocated with srenew and then freed with
sfree_aligned. This is illegal and crashes on Windows.

Change-Id: I83d8c35973ed0be1bb23396d6b97bf1d4b0f5f06

Merge "Remove checks based on Generator" into release-4-5-patches

Merge "Fix version info generation for autoconf." into release-4-5-patches

Fix MSVC warning: Dereference end iterator

Change-Id: I0c651b85a4d8fde2f4b32f9778e90d73bd6efb49

fixed segv in TPI with PME, fixes #927

Change-Id: Ie465c7300e491f4e67cacd0fa7186a253ee46cad

changed PME MPI_Comm comparisions to MPI_COMM_NULL, fixes #931

Change-Id: I6087339c5609de0444ac578c217825b9918cb993

changed number of iatoms for F_SETTLE from 1 to 3

Change-Id: Ia0cb1f277b5d3e8988c6fd1fb26896fa68c2fb3c

Fix version info generation for autoconf.

Should now work with a repository cheched out both from git.gromacs.org
and gerrit.gromacs.org.  The pattern for finding the remotes may be
better with some finetuning, but it works for me.  However, not that
much effort should be spent for the autoconf part since it will be
removed for 4.6.

Partial fix for IssueID #888.

Change-Id: I3f0caf440067b3eceba28845c1061c0642c0226b

Remove checks based on Generator

OS dependending checks should not depend on Generator

Change-Id: I3c682c8b5ec82fe2a2b78744c6f56dccd655ee5c

Fix for sigaction

Commit "Restart IO operations when interrupter by signal"
didn't actually activate sigaction because config.h.cmakein
change was missing.

Fixes #798

Change-Id: Id5c7e3344688c32ec4c51d84ccbc66658ed928f9

added support for graphs not starting at 0

It has always been implicitly assumed that graph->start==0.
This assumption would only fail for a topology starting with
single atom molecules followed by multi-atom molecules.
Furthermore, for mk_graph at_start could only be 0, a check
has been added for this, and at_end was not stored.

In t_graph start is now replaced by at_start and end by at_end,
where at_end is end+1, now the first atom not part of the graph.

Change-Id: I0d4c09c90cbba1a7f4a1d84cf1f90a7643c17cd8

Merge "Merge release-4-5-patches into release-4-6" into release-4-6

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Change-Id: Id1c62a482c6c3467704cc9b657b53f7df493b7ba

Merge "[tools] g_sans - splited out fixes and added citation" into release-4-6

fixed the reported temperature with Brownian dynamics

Reduced the (meaningless) masses with BD by a factor 2.
Since v with BD is defined as dx/dt, the reported Ekin and T are
now correct (and if there are too high, dt is too large).
Fixes #797

Change-Id: Iee8613ff9637deb58600ad03289f7bcce7f32df2

fixed dispersion correction with parallel EM

With EM the energy and pressure dispersion correction terms
were multiplied by the number of nodes. Fixes #901

Change-Id: I289ac0de7d7a9c1f72e939b840c549c1cb49a52a

Fix File::readToString() on Windows.

There are probably some corner cases that are not handled correctly by
the new version, but hopefully it now works for the tests where it is
used.

Change-Id: Id18cc816e3476ed06091f014e13671a8010e8c56

Corrected fourierspacing description

Change-Id: I5cb577f0750cea3481f766330096d5b2bca7eb6f

Merge "fixed initial COM motion removal with multiple groups" into release-4-5-patches

More error checking to gmx::File.

Add some more error checking to try to pinpoint test failures on
Windows (doesn't hurt otherwise either).

Change-Id: I8fc80b876b43a52ef43578bb4a05e6620988d062

Move string array concatenation to format.h.

- Moved code from Options::setDescription() that concatenated strings
  from an array into format.h to make it more generally usable.
- Changed the code such that instead of requiring the array to be
  NULL-terminated, it can also deduce the length of the array passed as
  an argument.
- Made Options::setDescription() to take a simple string to allow using
  the alternative overload, and also to help in writing test code
  (for #666).

Change-Id: I96f45577fc6a4258a1c993983cc1d1a1a0846bdc

Add text formatting classes.

Added classes for wrapping lines and for formatting tables, and tests
for those.

Needed for IssueID #666.

Change-Id: I7d217a01ff43d2a79aa8bc0b9ae5db6a43b14868

Misc. option fixes.

- Fix two bugs introduced by earlier refactoring (one-liners in
  optionstoragetemplate.h and cmdlinehelpwriter.cpp).
  Both noticed when starting to work on #666, subsequent commits will
  add tests that failed because of these.
- Added isRequired() to OptionInfo and related classes.
  Needed for IssueID #666, but doing this in a separate commit to reduce
  the footprint of bigger subsequent commits.

Change-Id: Ifee906fe589fd93ff259a02166c41c9b1568439c

[tools] g_sans - splited out fixes and added citation

This commit contains fixes splited out from postponed g_nse commit.
1. Added citation
2. Fixed detection of triclinic boxes (needed for largest possible
distance)
3. mc runs uses monte carlo coverage

Change-Id: I6190fa9f7f710426f3d0bcf5c77013fe0d20eecc
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Various improvements to shell code" into release-4-5-patches

replaced PPPM by P3M-AD: a few lines in pme.c

The deprecated PPPM method has been replaced by P3M-AD: a PPPM method
with analytical derivative. The full code path of P3M-AD is identical
to PME, except for the moduli calculation, which use the influence
function optimized for the grid.

Change-Id: I53d08d9ff4e909dc1a34dce668f4dea8f26f728e

fixed initial COM motion removal with multiple groups

Seperate COM motion removal code before step 0 has been replaced by
a call to the normal vcm code. This require some cglo flag changes.
Fixes #925

Change-Id: Ia6b8637b133c343c7e503307f00b557f7ad7409c

Merge "allow -append to overrule unsupported file locking" into release-4-5-patches

Merge "Fix 'make install'."

Merge "compiler flag fixes" into release-4-6

Fix 'make install'.

Removed moved headers from the CMakeLists.txt in the old directory.

Change-Id: I764339167684c780f7e3851df01590d92a42a594

Better names for FileNameOption methods.

Other related classes already used input/output terminology instead of
read/write.  Made things consistent.

Change-Id: I6a1e7b105bf574836fc96b4fd4bce85983afa3de

Add a simple C++ file wrapper class.

This helps in writing exception-safe code, and also takes care of error
reporting (using exceptions).  Currently only a minimal implementation,
but more methods can be added when needed.

Also made a minor adjustmend to the internal boost to avoid compiler
warnings.

Change-Id: I751f1ad242e7f94d06a9165dcca57525b6a99c96

Resolving a couple of clang analyzer warnings

Most of these are real errors or potential problems.

It's only a small start ~100 warnings are left and quite a few
false positives are within those remaining ones.

Change-Id: I7c83afa84c52362ecc1b7c992591d82f8262a6ac

Merge "enable command line option cheking in mdrun" into release-4-6

Split command line parsing to separate directory.

Part of IssueID #666.

Change-Id: Ia4969f636fbf6a3b00a9859d6705fc7375f0eb36

compiler flag fixes

- added patched Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake scripts to enable invalid
  option detection with Intel Compilers 12.x; the patches have been
  submitted to CMake (will be included in 2.8.9:
  http://cmake.org/gitweb?p=cmake.git;a=commit;h=bbb895959f54a9dec9f5132313f4a71fafc458e5),
  these files should be removed when the required CMake version will
  contain the fixes
- moved compiler option generation after the default cmake variable
  setting to add -Wunknown-pragmas only when GMX_OPENMP=OFF
- moved optimization options to release flags
- enabled warnings with the Intel Compilers

Change-Id: I767aea7f043255ee95eef5e7cb597c1c99feb05a

Various improvements to shell code

Tested for binary equality only when appropriate. Increased verbosity
of error message. Clarified code that interpolates a scale factor for
a steepest-descent step size.

Change-Id: Ia386390e3a1b7690bf446342e55a3559da1e67eb

Merge two separate nbsearch.h files.

Very small part of IssueID #866

Change-Id: I064ee13f31f199c8c7d455ab04445046028d5727

Split FileNameOption into a separate file.

IssueID #642 (also helps for some alternatives in IssueID #656)

Change-Id: I61b236fcd59963c8ba5f7a49aba2b5197552d316

More reorganization of cmdlinehelpwriter.*.

- Moved classes used in the implementation from the -impl.h header to an
  anonymous namespace in the source file.
- Removed "Ascii" from the names of the moved classes.
- Changed from prefix underscore to a postfix underscore for member
  variables.
- Removed unnecessary bit flags.
- Slightly changed the order of the classes.

IssueID #666

Change-Id: Iaedc803ba752753abc8943f1e82427cdc276cd13

Renamed AsciiHelpWriter to CommandLineHelpWriter.

Kept the changes to a minimum to avoid messing the git rename detect.
Will rename/reorganize the code a bit more in a separate commit.
Also install the files, since they are documented as being part of the
public API.

IssueID #666

Change-Id: I96cf743d9364f80624ae3424c99019ae824e1520

Merge "Merge fatalerror into utility."

fixed segfault in graph code with coordinate subsets

The graph code checked for atom indices above the subset size,
but not for settle. The check for settle has been added.
Fixes #809

Change-Id: I67ddbd3dab5a34f57a29f54f4b07918a6d74c38c

Removed outdated #includes

isnan() is no longer used in the code (although I can't find the
commit in src/kernel/md.c where it disappeared). Removed references
to gmx_header_config.h, since these are also no longer required.

Change-Id: Id9fcd3f221526c528cace86279e533c6581b26f7

allow -append to overrule unsupported file locking

This is a change to the previous change to let mdrun append anyhow
when file locking is not supported. Now a fatal error is generated,
unless -append is specified explicitly.
This commit refs #924

Change-Id: I98fa201fb5bd62c0de58c3c2d7e17e8b3f727c2f

Remove unused interactive code from indexutil.*.

The code was a leftover from times when index groups selection was not
handled internally by the selection parser.
Also some minor updates to comments in the header and some formatting
fixes.

Change-Id: Ie5486178011072359ccce884ef7f73fff34a4e55

added missing #ifdef around #include "thread_mpi.h"

Due to the the missing #ifdef mdrun was not compiling with compilers
that don't like thread_mpi.h (e.g. Cray compiler).

Change-Id: Ibf980b46aaf56b81fffec5ada7cb3d93492a2220

changed mdrun file locking not supported error to a note

On some (file) systems file locking is not supported.
This should not prevent users from using the append option of mdrun,
Fixes #924

Change-Id: I99c0d38eb702b316df0027df3d33befc562a0a7a

Added Windows-specific #defines, and use them

The lack of an elegant way to code "do this on Windows/
Cygwin/whatever" may have contributed to 4.5.5 not compiling with
threading under Cygwin (IssueID #833, which was fixed elsewhere).

Change-Id: I07fa69825181e2b04cb89798898898f1d258d371

Rename gmxconfig.h to gmx_header_config.h

Change-Id: I756afd4c9a05666ca89f82726132ba5d15eaec2b

Merge fatalerror into utility.

Also adjusted a few includes from <...> to "..." in the touched files.

Closes #906, see the issue for details.

Change-Id: I291bfc6a004f6a3b9c3f8c1de8f724320591a5c6

Merge "changed default for nstxout, nstvout and nstlog" into release-4-6

Merge "Add documentation for template.cpp."

Merge "Updated Doxygen comments for selections."

Merge "checkpoint files now contain a double precision flag" into release-4-6

Merge "Added support for dssp2.X with the -ver option" into release-4-6

Merge "Expanded the help text regarding the -r2 and -ac options." into release-4-6

Expanded the help text regarding the -r2 and -ac options.

Fixes #862

Change-Id: If7ff131648881da8b1749bc736e141ff0b307ca6

changed default for nstxout, nstvout and nstlog

trr output is not useful in many cases, so the default is now 0.
nstlog has been increased from 100 to 1000.

Change-Id: I705a3cd6e33dc8db8efe5fa780d699196853da20

checkpoint files now contain a double precision flag

It was difficult to extract the precision from a checkpoint file.
Now a double precision flag has been added, as well as a fatal error
when mdrun tries to append output files of different precision.
Fixes #884

Change-Id: If333d13639ce80147ee1f6cd0cc34ad1f69afa03

Restart IO operations when interrupter by signal

Fixes #798

Change-Id: I762412abf8138bbbe3d386d015e6af3522bd5235

Merge "Permit threads build on Cygwin" into release-4-5-patches

Added support for dssp2.X with the -ver option

Fixes #891

Change-Id: If274058aa776f64b04cb6f5a3c8303f8c567ef97

Add documentation for template.cpp.

- Add more description of template.cpp to its Doxygen comments,
  referencing other parts of the Doxygen documentation where
  appropriate.
- Adjust the naming convention in template.cpp to use a trailing
  underscore instead of a leading one (the convention elsewhere in the
  code is currently a bit mixed, but in recent code I've used the
  trailing underscore).

Resolves #641.

Change-Id: Ie653550f3a3ace13482ba9a08f35344dbe188ada

enable command line option cheking in mdrun

Command line option checking has been disabled in mdrun. This can cause
unexpected issues e.g. when mdrun disregards an option with a typo.

Note that a few tools (g_tune_pme, g_pme_error, and g_membed) also omit
option checking, but these either rely on this "feature" or are in process
of rewriting/fixing for 4.6 which will implement the checkin. refs #922

Change-Id: I855c2dc0f2ebb09edfce92eb4a7b63fa144a5f4d

Updated Doxygen comments for selections.

- Updated the list of installed selection headers to a more consistent
  set.
- Added/updated/made more uniform Doxygen comments for public classes in
  the selection library.
- Small source code adjustments, mainly for improved exception behavior.

Part of issue #867.

Change-Id: I289660ffc7326f810d2df5dbf6060416fdd38e45

Merge "Clarified warning message" into release-4-5-patches

Merge "Clarified warning string" into release-4-5-patches

Described default output behaviour

Change-Id: I62d48961277255192d2f1709fbb992e0673337c8

Clarified warning message

Change-Id: I6fb5ba3cc42604e2445b4cb48093227478e6a613

Clarified warning string

Change-Id: I65d422d342b946a548e9a29234d1803a13b1a9f0

Enable command-line options for unit tests.

Add a simple framework for easily parsing command-line options in unit
tests.  Use the framework to add a -seldebug option for the selection
tests to make it easier to debug issues in failing tests.  Adjusted the
initialization code for testutils to go through a single function.
Also fixed a noticed issue in the command-line parser that made it
impossible to pass in negative numbers.

Change-Id: Idb17a44d3a2669a91cf077acc99b3475d2c251a0