Use ListOfLists in gmx_mtop_t and gmx_localtop_t

This change uses ListOfLists for exclusions in gmx_mtop_t and
gmx_localtop_t. Exclusions in t_topolgy as well as other atom
and index lists still use t_blocka.

Change-Id: Idfd532ad2a4b19d68e60b05dbd0a3082650ec20a

Fix issues in ListOfLists

Fix enable_if function compilation issue for non-arithmetic types.
Extend tests of ListOfLists with non-POD type.
Fix ARM gcc-5 narrowing conversion warnings for arm post-submit.

Change-Id: I0c0129fd881c84d366c1745ee3d9e3a8caf8633e

Ignore build host for CI builds

When moving the CMake build directory between hosts a warning was
generated. This does not integrate well with containerized CI.

Change-Id: If0a775ab86d25a7d5646e824243892320d4ddbe3

Set correct dependency for doc build on gmxapi

When building the documentation with the python package, we need to know
about the symbols in the package when building docs for e.g. the pdf
manual.

Change-Id: Ia9a248da5746a5d90736cd3f3aa345fe8ffd0c79

Fix compiler warning about extra ;

Change-Id: I9718ab9d9772dfc7251bc1eb175be59544b2c2cb

Add class ListOfLists

This is a replacement for t_blocka, i.e. a performance optimized
implementation of a list of lists. It only allows appending a list
at the end of the list of lists.

Change-Id: Ib4b7f5f0e57b82c939f53e9805dc16e9d76db22b

Merge "Merge branch 'origin/release-2020' into master"

Merge branch 'origin/release-2020' into master

Resolved Conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/mdlib/lincs_cuda.cuh

Change-Id: Ic184065c27cd13c5871db73b3aeed03b76a1f50c

Update Gitlab CI to latest fixes

Results from corresponding pipeline can be found here:
https://gitlab.com/gromacs/gromacs-testing/pipelines/102059398

Change-Id: I4aa58f5b4afe1a4a794d1120553aa6e706d04151

Test parallel mpi only with openmp

Can time out in other conditions
Found while working on Gitlab CI

Refs #3232

Change-Id: I7cf62ed913d2bc8c88317a674b0594dbe54ba394

Avoid unnecessary reinterpret_cast of coordinates buffer

The DeviceBuffer<float> is first casted to rvec* and than to void*.
This change eliminates first cast and passes the buffer directly.

Change-Id: I4381ce3a495ef728fd5be45aa3b65be580a6aa49

Hopefully final gitlab CI fix

Change-Id: I3af8815810e453f2013f8678529e8139e832e13b

Move doc build in gitlab to post-test stage

Will mean that a failure in doc build will not stop testing of otherwise
working code.

Change-Id: I86bf5bf4803ca16d251bbc2fd46dc28c4603aceb

Even more gitlab CI fixes

Change-Id: I43b030c468e1b6381a9ae47e28d52526713009e8

More fixes to gitlab CI files

Change-Id: I86909c1312537ca1cbc73996eb06b4ef5f0a7d8e

Fix error in gitlab CI file

Found while trying to run the pipeline in gitlab

Change-Id: Idd97b894128962adb827f5583b963c9fb79f24fd

Avoid 386 O3 codegen bug

Refs #3205

Change-Id: I2aa5018bde089b11497892dd68a7f9715e69e20e

Add notes on MPI with gmxapi Python package.

Change-Id: I7ecd33fcea482b8f300873fc7fdcea2c3958215e

Pass array ref instead of casting to basic array in PME redistribute

Change-Id: I98b3c211b2669266f8bc6b37580b8f48087e3645

Add files for gitlab ci testing

Those are the latest files that managed to run the tests in the gitlab
CI (at least the build stage,
https://gitlab.com/gromacs/gromacs-testing/pipelines/82439233).

This commit is intended to check if the CI gets successfully triggered
when uploading a new change mirrored from the github repo.

Change-Id: I49841f3fc8643dfb91abe0eb576f51b61b1f7451

Provide more feedback when listed forces tests fail

Refs #3205

Change-Id: Ic012aeaf8b35af88b78e109acabb6048d593cab3

gmxapi Python package usage prose.

* Provide a walk through of basic gmxapi Python usage.
* Update one of the helper functions in test_subgraph.py to
  make sure that a documented example is tested.

Change-Id: I2ad3368fe8a39307bcd7e676dc36627e30ab7ac1

Improve pytest fixtures for directory management.

* Add a pytest command line option to control whether to remove
  temporary directories always, never, or conditionally upon test success.
* Encapsulate context managers and test fixtures for tempdir removal,
  temporary changes of working directory, and access to the new pytest
  command line argument.
* Use a context manager to use the temporary testing directories
  for working directory, as well. Works around potential issues
  with GROMACS creating temporary files in different directories
  (or filesystems) from where they are relevant.

This change makes identical changes to 3 different conftest.py files.
Consolidation into the gmxapi.testsupport module is deferred to a
separate change.

Refs #3227

Change-Id: I703d1e3806f7b4d8f2ae3b80c39ec64acd9cf3b4

Relax cross-correlation test precision

Relase the floating point precision in cross-correlation evaluations on
large data arrays further. i386 fails here with debian experimental build.

Refs #3205

Change-Id: I86c9ad1804da5be98671ac14a5bc37ea5636aad0

Added OpenCL build to release matrix

Added missing information for one build.

Change-Id: I30da8ce4e19e104182ee082cc18a83e318069b3c

Removed unnecessary link_directories command for gtest

This warns at link time on MacOS Catalina with macports
clang-9 and cmake 3.15.5

Change-Id: If493f72133c0388e6119ea7a30aa1dc5c5830c7a

Remove cutoff-scheme group from default mdout.mdp output

The .mdp default output file had a reference to the group scheme in it,
which might prove confusing to users that assume that this is still
available.

Change-Id: I434f15e46dfc0a8ebffe8d826855dc8e67168fba

Third beta release of GROMACS 2020

Updated regressiontest hash

Change-Id: I96be9b7b9f3f94f6eddf1fd4603cc829fd3e1848

Revert "Enable GPU update with DD when GPU comm features are enabled"

This reverts commit b88f3eadf90261555508f6a4df64ce184141a66a.

Reason for revert: Mark found the code segfaulting under some conditions with domain decomposition and update enabled, so this is not ready to be used yet.

Refs #3226

Change-Id: I45cf9564a87595d445057da071a8fca5c60f9d9a

Fix nightly build by correctly defining several
variables as bool instead of int.

Change-Id: Ia22fe3acdc55131ea40c80b104293273cafb1017

Enable GPU update with DD when GPU comm features are enabled

Changes assertions to allow GPU update to run with domain
decomposition, only when GPU PME-PP communication and GPU halo
exchange features are enabled through their respective environment
variables.

Added test coverage to the gpuupdate matrix

Change-Id: Ie05dac64eada8f704c3a33d0eb6e5bc74dfcc61e

Set update to run on GPU by default if possible

Change-Id: I1a2052968c8d8dd8020744bf15f974bc0d92a6ef

Heuristics for switching between CUDA spread/gather kernels

The various CUDA spread/gather kernels perform better in different circumstances,
so heuristics are used to control which one is selected.

Refs #3189

Change-Id: I32c0726021a48dc8721e337f8f41e9c9d334e05c

Add check for coupled constraints for CUDA update

The CUDA LINCS code has a limit on the number of coupled constraints.
This is now checked during in the GPU update decision function.

Change-Id: I5eee96b82f3f5196b64a5e815eae78d4ed367a80

Extract LINCS CUDA helper functions

Change-Id: I00fb311053aa9c13036b401107399409f9a01599

Relax test tolerance for cross correlation measure for densities

Some compilers do not perform the optimisations that are necessary to
reach default real tolerance when calculating the cross correlation of
larger three dimensional densities (100x100x100 voxels)

This patch loosens the requirement on the precision of cross correlation
evaluations.

refs #3205

Change-Id: Iad1bb1b17bb6935b2ce2537bcbb6c3902172a6bc

Use DOI for citing in reference manual section

Change-Id: I84ee722345669afbca972697ebcc76d874af1b46

Further improve taskassignment exception handling

It was still posssible that the exit() from one thread-MPI rank would
cut off another rank while the latter's error output before it
finished being written to the terminal stream.

This solution is still deficient in some aspects, but it will
always work on single-node testing (ie. including Jenkins) and
often work usefully in multi-node testing.

Change-Id: Ib41e012b9f56591c80046b44891dd77af5a2f938

Merge origin/release-2020 into master

Resolved Conflicts:
src/gromacs/mdlib/update.cpp
src/gromacs/mdrun/md.cpp

Change-Id: Ibf1c632cc3096121dccd6c1c1af9bff3d590d18f

Merge "Merge branch release-2019 into release-2020" into release-2020

Fix unaligned access with AVX512

Found and debugged by Gilles Gouaillardet

Change-Id: I9203593c94eb745020274b126601d30e49d7aac2

Fix build error without thread or regular mpi

Some more unused variable warnings that I haven't fixed yet.

Fixes #3218

Change-Id: Id47718bb0af97d3a494afa133af8b54ba71b9d5d

Print OpenCL error info in case of failed assertion in device buffer management

Having error code availible is helpful for debugging.

Change-Id: I71c808c9171eae3f87b72253f3e81f0e2e2c22a2

Merge branch release-2019 into release-2020

Change-Id: I138d910b0d5cb8555460f87345c4e312e528a3ce

Make Leap-Frog CUDA kernel selection safer

This is a small improvment on a recent bug fix, which adds:
1. An implicit boolean on whether the kernel with temperature
   coupling velocity scaling should be selected.
2. Adds an assertion on the correctness of an input.

Original bug fix: b362a880f75d93e9252affdad12ed5448fbac517

Change-Id: Idd981337f2f53f4d3a803ce50162b2f9c753b860

Rename some variables in GPU Update

The temperature and pressure coupling booleans in GPU version of
update were renamed to better represent their meaning. Minor
refactoring in the UpdateConstraintsCUDA CPU-stub class.

This change is just a refactoring, mostly renaming.

Change-Id: I039722a5ef827a20264b6d4ac6c6436227094e09

Check for using correct hwloc headers and runtime

Also add assertion in the code to prevent errors from linking
against the wrong library while running.

Fixes #3200

Change-Id: Ib2f2861702e111f67c38b0c9d65ccbe4c81a0ccd

Clear device force buffer if it was reallocated

The force buffer on the device is assumed to be clear at the start of
the step. This was not ensured if the buffer was realocated after e.g.
domain decomposition.

Change-Id: I4677f71edc9479d972a6d9471b8cbe2c377f8827

Update documenation for NPT GPU update

Change-Id: Iaa0ee0555621955c6eb7276d1b9f097420c4e70a

Fix pressure coupling with GPU update

This fixes the pressure coupling Parrinello-Rahman and
Berendsen schemes when Update is offloaded to the GPU.
The coordinate scaling is performed on GPU. The PBC
data is also copied to device when periodic box is
updated by the pressure coupling.

Fixes #3182.

Change-Id: I57226c9f0fa249cb018d38b653a6ecb3ffd9c7c2

Fix postsubmit

Change-Id: I47496ad6e82f9b67060979f916d5d5510fdba182

Remove assertion failure in AWH without initial stage

When not using the initial stage in AWH, we should not check
for coverage and histogram anomalies at step 0.

Fixes #3217

Change-Id: Iee19c4740c02ce56c0b43ad89efb6e37f4ad1a0d

Fix bug with GPU pressure scaling at non T-scaling steps

Only affected Parrinello-Rahman coupling, which is not enabled yet.

Change-Id: Ie081ffe2a925de92361c43b1f5de8e1fe324a486

Fix check-pointing for density guided simulations

Previously, checkpointing for density-guided simulations did not take
into account that the checkpointing occurs in the middle of the md-loop.

Now, the state is stored before the force-calculations, so that
simulations are restarted correctly.

refs #2282
fixes #3215

Change-Id: Ide4ebf94f2801acbe476a5cd348af66d0a6f28ac

Combine two booleans in md loop

Two booleans that were supposed to have identical meaning have being
created in the md loop. This patch conbines them into one. Note that
the scope of the boolean that is responsible for the D2H coordinates
copy have expanded, which represents correct behavior.

Change-Id: I421b18ee81f4cf9cce19cdd60023cb097d85a5d7

Disable GPU PME-PP communication with mdrun -pmefft cpu

The MdrunMpiTest with two ranks defaults to using a separate PME rank,
and that attempts to run all flavors of -pmefft.  However only -pmefft
gpu is targeted for any of the new GPU development, so the development
feature flags need to account for that.

SimulationWorkload is also improved to be aware of this fact.

Change-Id: I57c8e8ce81fdb7aaf65de89feebb369d3f2f10eb

Add method for coordinates scaling into GPU update-constrain class

The coordinates scaling is needed on the pressure coupling step in
case the box size has changed.

Change-Id: I0bf7c7a2f77c1bd42dd0713f689096eaca409f88

Add gmxapi_extension tests to 'tests' target.

Improve GMX_PYTHON_PACKAGE convenience targets. When GMX_PYTHON_PACKAGE
is ON, the subprojects in the python_packaging subdirectory are built.
When testing is enabled, the sample_restraint C++ unit tests were
transitively included in the 'check' target, but no mechanism was in
place to ensure they were built before the CTests and google tests
were run. This change adds the test binaries as dependencies of the
'tests' target so that the test binaries are built through normal
machinery when GROMACS is built with testing enabled and
GMX_PYTHON_PACKAGE=ON.

Change-Id: I751655dc6b6d4d58b5bbb9f5f522e26382b4f0a2

Event-based Dependency for GPU Force Halo Exchange

Introduces new event recorded when exchanged forces are ready on GPU,
and passes this into force buffer ops using dependencyList. Removes previous
mechanism of forcing local stream to wait on non-local stream.

Addresses part of #3093
Refs  #3194

Change-Id: I768898839e5c6a653894d5eb80354f0e423e06ed

Improve handling of task-assignment exceptions

Resolves several current TODOs to improve the reporting of error
messages derived from exceptions. This improves the robustness of the
regressiontests logic that depends on parsing the error message to
understand whether and how to retry running mdrun.

Change-Id: I8c9eac95a2ef4861e90350e77fb9beafb08e9d2e

Relax tolerance for bd tests

The implementation is somehow not very reproducible.

Refs #3205

Change-Id: Ibf9de00d6e67b8e2237cc8726f300b2bf8ad2327

Remove the PBC management from LINCS, SETTLE and Leap-Frog

The PBC management was introduced as a temporary measurement
to allow each individual class to function independently.
Since they are now combined now this scaffolding can be removed.

Change-Id: I87eb208324b9a7b719b5462a874f2a0012d99ab4

Bug fix for nonlocal D2H coordinate transfer synchronization

Fixes bug introduced in I2e2ba1b6436f087d1f2fef4ff876445814a724e7,
which replaced the NB-module D2H nonlocal coordinate copy launch with
a new State Propagator module equivalent, but did not change the
corresponding event wait call, such that the dependency was not
satisfied. This change replaces the NB event wait with the correct
State Propagator event wait.

Change-Id: I7c812974c145d315fa6516b2bbea39164439728e

Fix unused variable warning in ewald code

Fixes #3193

Change-Id: Id3f8422ec95e6864553a6e9f03a144fbe4ed8674

Fix issues with AWH with periodic pulling

Removed fatal error with AWH with periodic pull-geometry 'direction'
when the distance was within 2% of half the box size.
Changed an assertion failure when the AWH interval was larger than
the box size to a fatal error.
Clarified the documentation for pull geometry 'direction-periodic'.

Refs #2946

Change-Id: I447a9a490a5883139afc268fd367b8b249591fbc

Fix race condition in GPU X halo exchange with GPU update

When the GPU Update featured is enabled on multi-GPU with the GPU halo
exchange feature, it was possible that the GPU receiving the halo data
would still be working on the previous timestep and writing to the
same coordinate buffer in the GPU update, causing a race
condition. This change replaces the pre-existing synchronization
mechanism of a MPI Send/Recv of a boolean flag with the same but
exchanging the events that are recorded when the coordinates are ready
on the device. The remote event is then enqueued to the stream that
the GPU uses for pushing the data, satisfying the dependency of the
push on the remote update being completed on the GPU.

Change-Id: Ie16a93dcc3064d73da1e560d82b4e76870d03e52

Fix duplicate CONNECT records in pdb files

When adding connect records in pdb files, it was not checked if records
already existed and were thus duplicated in output. This patch fixes
this behavior.

Fix originally provided by Boris Timofeev.

refs #3206

Change-Id: I5850f4b6279b37df07282acc4416f433099d90c8

Use same matrix for Parrinello-Rahman and Berendsen coordinates scaling

Currently, Parrinello-Rahman uses the matrix created in the md.cpp,
whereas it is created when needed internally for the Berendsen.
This commit renames the matrix and make use of it in both barostats.

Change-Id: I66e010a1ed7efbc93c8a2240ccb7b9e174fd7e45
(cherry picked from commit abab855fdceee437c33010ebbe544afe1f88db87)

Read mrc density map format with all endianesses.

Swaps the endianess of reading mrc density maps if header is not sane.

refs: #2282

Change-Id: I417e402b2ab801c22d9963fabb0e60b186288651

Check mrc header for sanity

Add functionality to check mrc density map headers for sanity.

Required for endianess correction, because the endianess stamp is not
guaranteed to be right for most .mrc maps.

Change-Id: I8956bcbc4b9fd7b3b6346c3b4cdd0022c9e3332a

Fix index mapping issue with LINCS on GPU

In some cases (e.g. when DD is used), coupled constraints blocks
can have constraint indices that are interleaved with other blocks.
This was not taken into account when setting up the LINCS GPU data
structures. This patch fixes that by ensuring that all coupled
constraints are added to the mapping array one after the other.
Add note in decideWhetherToUseGpuForUpdate() that we need to add
a check for this when update auto will choose gpu in some cases.

Also renamed spaceNeeded by numCoupledConstraints to avoid confusion.

Fixes #3211.

Change-Id: Ib402c5cc9fc20116496034cdc11be921586bbd15

InMemorySerializer with endianess swap.

Adds an InMemorySerializer that swaps endianess. Required for reading
data that is not handled with XDR serializers and was written with
different endianess, e.g., mrc files for density guided simulations.

refs #2282

Change-Id: Ice96fe8684bb0b920c22dc7d3c2b2087260eb9ad

Fix nightly OpenCL tidy build

Also amended build system info to say that clang-tidy build does not
need to be explicitly set to not use OpenMP.

Change-Id: Ia84f3c9c02b23ed3b8070b0cebf6d8c504272863

New cool quote

Change-Id: I8998f56f73a595df0e1b547d307eef65afe7944d

Merge branch release-2020

Change-Id: I72d135ce8e774d1ff70b66d86cac22eed864425e

New cool quote

Change-Id: I96e52f16aeaf2e41db3a68b889dcd0afae966828

Fix building on Solaris with GCC

GROMACS now compiles on Solaris x86, specifically illumos distribution
openindiana. GCC complained about a missing sqrt() variant which was
addressed with static_cast and linker complained about missing
libsocket which was addressed with SunOS-specific entry in
target_link_libraries.

Refs #3050

Change-Id: Ic14a9327fa353270ef0e787b4d2357e86e71da53

Add D2H copies for the checkpointing

If the update is offloaded, the current coordinates and velocities
are stored on the device and have to be copied for the checkpointing.

Change-Id: I391bb83e1c70a17c1679f479234a157ce606a908

Move the copy of the velocities for the output closer to the output

The D2H copy of velocities is split into two calls, one of which is
moved closer to the output, where it is consumed. This is in preparation
to creation a unified method to copy all data for the outuput when
it is needed.

Change-Id: I4b81aa95e2c0763bb3ebb4a7d8b18611765c54de

Quiet pdb2gmx and use gmx_fatal

Removed stderr prints for every atom and residue type read.
Changed warning for incorrect atomtype line to a fatal error.

Change-Id: I657aedda04dc6b5a97447a829a1438941cd124db

Merge 'origin/release-2019' into release-2020

Resolved Conflicts:
docs/release-notes/2019/2019.5.rst
src/gromacs/domdec/domdec_topology.cpp
src/gromacs/fileio/groio.cpp

Change-Id: Icd9d3bfee7a2ba524057791f4ee0fcf8db13797f

Move pmePpCommGpu reset outside do_md

Some tests (at least the transformAtoB freeenergy test) were not
previously executing this code block to explicitly destroy the PME-PP
GPU object, causing a crash when the smart pointer is automatically
destroyed later after the GPU context is no longer available.

Change-Id: I107832900d2230a926e00744f913c76e998eacf6

Remove stub content from gmxapi docs.

This change removes or deactivates incomplete documentation in advance
of the GROMACS 2020 release candidate.

Change-Id: Ibc0e9714b95e225da4dac0632b87b4fe048c7432

Quiet uninitialized variable warning with clang 9

This warning about thread being uninitialized is a false positive, but
the fix implements a good practice anyway.

Change-Id: I7045bb9a69155b2546c5ed2c3d352f3d1a7b8e53

Updated release notes for CODATA update

Was missing in 536052b4c4

Change-Id: I22fbbb3a8e11ab423b0e7e77e61b2098f4e5e6c6

Fix bonded atom communication performance

The filtering of atoms to communicate for bonded interactions that
are beyond the non-bonded cut-off was effectively missing, because
the home atom indices were not set. This lead to many more atoms
being communicated.

Change-Id: I4bd5b9b561a3077e055186f312939221dba6cefa

Fix icc-19 warning in nightly matrix

The nessesity of having the default return statement after the
if-else constructions depended on the #ifdef statement. As the result,
the compiler may or may not require having the default return depending
on the definition of the GMX_LIB_MPI macros. This change moves one of
the conditional return statements outside the #ifdef construction, making
the default return statement irrelevant unconditionally of the macros
definition.

Change-Id: I1da1fe841b799f716db74fc67a8fb633af8f95d0

Fix intermolecular interactions with DD

The links for atoms with intermolecular interactions would use
incorrect atom indices. This meant that mdrun could exit with
a missing interactions errors when using domain decompostion
with intermolecular interactions at distance larger than the cutoff.

Fixes #3204

Change-Id: I0c78810204f116f028b18c83bc6b51859ed7245a

Trigger ocl_nbnxm_kernels target with clang-tidy

Target only compiles object files for compiler warnings checks.
Also renamed target.

Refs #2661

Change-Id: Iffe5a2fa7d34d6bc4ff2081c3210191141ddcaf7

Remove extraneous file.

This change removes an irrelevant .gitattributes file that made its way in
to docs/gmxapi.

Change-Id: I444a12f4adaa74c19ec910707f8a04982b1d8f21

Add transitional links for online gmxapi Python package reference.

* Update and clarify pythonreference stub for when Python package was
  not available.
* Note related Redmine reference.
* Remove `python-procedural` label, which had lost meaning and which
  could cause awkward repositioning for the pythonreference stub with
  no section heading to follow the label.

Refs #2985

Change-Id: If81ba6500ce078fe4fc94bf37285324ec5702b1b

Improve gmxapi Dockerfiles.

* Update gromacs-dependencies to use ubuntu:bionic and standard cmake package.
* Use more default CMake config in gromacs image.
* Reorganize ci.dockerfile for more effective Docker build caching.
* Reorganize docs.dockerfile for more effective Docker build caching.

Change-Id: Ia2858f234d3a4a104fc1c79ce8fb28106c196bd4

Fix clang-tidy 8 warnings in OpenCL nbnxm kernels

Since the bump from v7 to 8 new warnings need to be dealt with.

Change-Id: I392308a01087797dcbf3522df53c7fbd7f1fa31a

Relaxed listed forces test tolerances

Different compilers on different hardware generate different FP
instructions, which we need to tolerate.

Refs #3205

Change-Id: I965cecd82593dd7a0dd9e34d69937d06cd60735c

Stop testing that hwloc cache-size detection works properly

This was never a unit test of whether GROMACS HardwareTopology can
detect cache line size, because it requires both that hwloc works
correctly on the execution hardware, and that GROMACS code uses its
results correctly. So we should stop running such tests.

Refs #3205

Change-Id: I4d13e39620335b235f9969e5e09299fb9b41b1a0

Replace blocking with non-blocking receive in GPU PME coordinate receiver

Replaces MPI_Recv with MPI_Irecv in original coordinate receiver
method, and adds associated method containing MPI_Waitall which is
called to wait on data completion across all PP ranks.

Implements part of #3158

Change-Id: Ifd152973e4d9a4da53c0541e591b41d29be173bb

Removing code duplications in StatePropagatorDataGpu

The assertions on the correct locality and existence of the
CommandStream are moved into the general copy functions, instead
of duplications in each specific case.

Change-Id: I2a239ca8e32538356b544918ed8545229d7935f3

Fuse two adjacent neighbor search branches in do_force

Change-Id: I8f81451fbce86f1bd26388ed2348112363bc3bbf

Remove qm dependence on forcerec in do_force_lowlevel

Also cleaned up some initialization.

Change-Id: Iccc5e80ace52409d734089714c49302c2f0fb994

Simplify t_forcerec destruction

Destruction of t_forcerec was, without need, done in two steps with
complicated dependencies using the functions free_gpu_resources()
and done_forcerec().
Now only the destructor is used. To make this work, cginfo_mb and
nbfp in t_forcerec needed to be converted to std::vector.

Change-Id: I836bcdbd52b03834d4f2661475247fc56b907518