Make PME OpenCL enabled only for AMD devices

Other vendor devices have known issues, but fixes
are not yet complete.

Refs #2702, #2719

Change-Id: I0d443229ffe4cee3bb4029f57502f9c7fba2574d

Remove source file with no content

Visual Studio + icc warns that nothing can link to anything in this
source file.

Also updated the CMake for this module to use our newer idioms.

Fixes #2732

Change-Id: I5cfe81aabc6ee80a6c0044cc219b1a121293aded

Fix non ascii characters in manual references

Change-Id: I1c50b58df39a1ffca4b4782482da6642ad129556

Make QM/MM code always compile

Brought all the old interfaces back to a state where they can always
compile regardless of the build configuration, and give fatal errors
if used from a configuration that didn't support the method.

When configured, this should work as before, but we have no ability to
test that in Jenkins.

Added some necessary const correctness.

Did QM/MM preparation all in the same place, to simplify runner.cpp

Added deprecation status to release notes.

Refs #2706, #2569

Change-Id: I4a6566c60bfbf27a7b1916be1874b36987fb7da5

Disable -Wno-missing-prototypes

The warning is valid for C++

The -Wno-missing-prototypes flag is valid for C++ files with clang,
but not with other compilers.

Change-Id: I85aecc92129b6db482ccff3ef5f6af5a8551ace7
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Give more info when trying to build manual

The manual build would fail with cryptic reasons when Sphinx was not
available because the include was not properly set.

Also set up Sphinx detection to be verbose so that users will have it
easier to see whether they can build the docs or not.

Building the docs will not work now when using Python3.

Add test script to check if ImageMagick convert actually works or not.

Refs #2709

Change-Id: I1c49d683d971a5bf0b0ce217f7e9ecd60603e6e6

Fix formatting issue

Clang static analyser complained about extra semi-colons that are fixed
here.

Change-Id: I1e39a0db64aaba88293cb26c87d8d55293797694

Quiet unused variable warnings

gcc 4.8 in debug mode warns about unused manager variables

Change-Id: I84b9729036c929a14550357d82321f7122462e04

Fix broken update groups

With 2D/3D domain decomposition, atoms in an update group could end
up in different DD cells due to different rounding.
Also added an assertion on atoms in constraint being in the same
cell when atoms are in the reverse top, as that was violated with
this bug.

Fixes #2712

Change-Id: Ic9ea10d6a20c46b89d1fa9e0aacfcc5037903428

Fully define symbols in restraintpotential.h

External client code (i.e. an MD plugin) is expected to link against
libgmxapi, but not against libgromacs directly. This change allows
client code to implement gmx::IRestraintPotential using only GROMACS
installed headers, without relying on libgromacs to define methods in
gmx::PotentialPointData or gmx::IRestraintPotential.

Fixes #2725

Change-Id: I530c8b74d490645de25c722036be5387a4fc0a61

Add missing blame for restraint module files.

Several files in gromacs/restraint were missing the suggested doxygen
`\author` tag.

Change-Id: I4ad1d86a5a31082fde3346bcb89cd0bbc5bc2e4f

Disable ccache by default

There are too many use cases where build trees might be used on
different nodes where ccache might not be available, or with compilers
that it cannot support to continue to enable it by default. If the
user opts in, then the build system searches for ccache and gives a
fatal error if it is not found, or if the compiler is not supported.

The wrappers used by clang-tidy and clang-analyzer do not work
with ccache, so those configurations issue a fatal error if
ccache is enabled.

Made various minor aspects conform to style for naming cache
variables, use of endif(), etc.

Refs #2688

Change-Id: I55c8d4a8a07ada704c49d4f99c1557a7ab97f353

Limit auto assignment of bondeds to GPUs

When the CPU has no forces to calculatie, we should not assign
bondeds to the GPU. Here we only assign bondeds to the GPU when
the CPU does PME for electrostatics and/or LJ.

Change-Id: I82f3047311bde45c026c78e44adc4985eb07b0e7

Pin important buffers in CUDA bondeds

This allows for asynchronous transfers.

Change-Id: I0f251c17bdd44856bf773641633e8fa78e6be894

Add CUDA bonded kernels

CUDA bonded kernels are added for the most common bonded and LJ-14
interactions.
The default auto settings of mdrun offloads these interactions
to the GPU when possible.
Currently these interactions are computed in the local or non-local
nbnxn non-bonded streams. We should consider using a separate stream.
This change uses synchronous transfers. A child change will change
these to asynchronous.

Updated release notes and performance guide.

Fixes #2678
Refs #2675

Change-Id: Ifc6d97854cc7afa8526602942ec3b1712ba45bac

Fix FP exception in energy reduction

Energies are now only reduced over ranks when energy are requested.
This avoid FP exceptions due to uninitialized energy buffers.

Change-Id: Ib4130074c5890064446c9f38c10d5caf5622ee70

Correct VV integrator nstcalcenergy use

With velocity Verlet integrators, mdrun would compute energies
which contribute to averages in the energy output and might be
used for expanded ensemble calculcations one step too late.

Fixes #2718
Refs #2714

Change-Id: I67e4d00f7151ec9eb5dab6ca4e87b81ca12236e2

Correct grompp nstexpanded/nstcalcenergy check

With expanded ensemble, but without free-energy perturbation, grompp
would not check if nstexpanded was a multiple of nstcalcenergy.
If the latter was not the case, results might have been incorrect.
Also added a check in mdrun to catch old, incorrect tpr files.

Fixes #2714

Change-Id: I554351e2c9873a71efbc6e803134eb744e229f1d

Add equation numbers in reference manual

Went through the reference manual and added equation numbers to all
equations, as Sphinx only numbers those with a label.

Also performed some formatting fixes.

Change-Id: If37b3a0a9b9def9b7428bdbd01c13b0b685933a1

Improve ccache implementation

Renamed the launch-c* scripts to make clear that they are supporting
infrastructure for ccache, so maintainers know what the script is for
without having to read it.

Moved them into the admin directory, which contains other
development-time resources. This also means that these scripts are no
longer in the top-level directory of the unpacked tarball, where they
might confuse users. ccache will still work for builds from the
tarball, however.

Eliminated temporary helper variables that didn't add value to
how we use configure_file().

Renamed GMX_CACHE_.*_COMPILER variables to use CCACHE rather
than CACHE, for consistency.

This change would have broken build trees that used to work with
ccache, because the wrapper scripts may not be regenerated
because the old GMX_CACHE_* variables are defined. But
changing to GMX_CCACHE_* has the side effect of fixing this
because the new variables will be undefined in such build trees.

Change-Id: I3b449251ee06adc8023ac1a58cb98a7b0be9bba5

Change Table of contents depth

Changes the table of contents depth on the main
GROMACS documentation to only show the headers by default, to reduce
clutter on the main page.

This also addresses the issue in #2716, but I'll keep this up for
discussion as it is a major change to what kind of information is
available at the main documentation page.

Fixes #2716

Change-Id: I699de47c09a9c2ef52de2b29a04c6c7f57759820

Rename to GMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE

The Intel iGPU OpenCL support for NB kernels needs a different cluster
size from the support for AMD and NVIDIA devices. We do use GMX_OCL as
a prefix for various developer-facing aspects of the OpenCL support,
but we shouldn't expose the use of OCL as an abbreviation to users,
given that we use GMX_USE_OPENCL fully written out to control the use
of the OpenCL build configuration.

Change-Id: I9d9b43e2888d77575fc0a781e6c9577c73551b8a

Updates to docs for OpenCL support

Improved recognition of support for Intel devices, and some
organization.

Change-Id: Ia788e3c96fd495c47f7900001a1cac5d9405881e

Merge "Merge branch release-2018 into release-2019" into release-2019

Merge branch release-2018 into release-2019

Restored some text about gmx_enerdata_t fields that got list when
master branch moved some content from forcerec.h into the new
enerdata.h.

Change-Id: I45b956e02d6713190fca456ad0a5948db5001737

Fix link formatting in developer manual

Example used during code development and contribution session.

Change-Id: I636f5947ae6bb149b6510cff23dbc346c7f19775

Add missing mass term to deltaH

The mass contribution was missing from foreign Hamiltonian difference
output from mdrun used for BAR.

Refs #2703

Change-Id: I415c835e9e1a8473243041be004013af7141a1cc

Update user documentation overview

Change-Id: I433c28907d92b9c722772a0e0cb6f227bcfcc9f3

Introduce ArrayRefWithPadding

Modules need to access views of memory with and without padding. This
class can be constructed from a PaddedVector, and provides the
capacity to hide the underlying padded container (and allocator),
while being able to obtain ArrayRef with and without padding.

Also updated wording of docs for ArrayRef, and attribution

Fixed issue with shell code using the same pointer for trial and
minimum configuration.

Fixes #2642
Fixes #2705

Change-Id: I45197215342ae011298abc310b877c34f8fab88b

Change doc build without image conversion

Changed logic to use selective inclusion so that the manual gets build
without pages with images when images cannot be converted.

Cherry picked from master.

Refs #2692

Change-Id: Id112b2b8f20eb5de3b704bc2b27ab7ce55f035ff

Update QM gaussian interface

The files had not been touched due to being hidden beneath
the QMMM flag and have thus started to rot.

Updated files and changed functions to reflect current status of the
rest of the code.

Fixes #2706

Change-Id: I2ecd24f3f85f36f704bbd5ba5df3c5faa6a7d6e5

Fix MPI w/o MPI_IN_PLACE

Fixes #2708

Change-Id: Ib251797c11cb5aa344bbc2d7083eee18487c4062

Add missing constraint term to deltaH

The constraint contribution was missing from foreign Hamiltonian
difference output from mdrun used for BAR.

Refs #2703

Change-Id: I00fb88bed76f9ff03faed7543e90adf163b99f08

Properly attribute work and use correct dates for binaryinformation

Several people contributed over the past year and it seems
their work should be attributed.

Is there anyone else we are forgetting?

Change-Id: I0837815bf0375827822f58291c1a97e332dbea4e

Prepare for beta 2

Change-Id: I4aa103b3bee382fd9cc0d46f3afbcd21c29020c0

GROMACS 2019 first beta release

Change-Id: I50c584c4cc36f0f73ccffdc30ed299b81393a591

Fix mdrun start/end time print

Fixes #2704

Change-Id: I2dc4f19edceee718e581369f0b93a81522c1de34

Documentation bug in gmxapi/context.h

Documentation for launch() refers to old behavior. Removed mentioned of
a persistent Status object.

Change-Id: I40ba7bd5fc7fb4896de9be4ce3dd817b1a0467d4

Remove unused files in docs/manual

Refs #2692

Change-Id: Ib9f0a7079397cb638bc2d7f67b9d450c004a612e

Fix segmentation fault in gmx helix

Changed the logic in tpxio to only try to access the mtop
datastructure if it is actually present.

Fixes #2701

Change-Id: I268af10dc125a57758f5f3e79e4b14a25050b3b3

Add env.var. to disable update groups

Change-Id: Iba4d9636f2da01fa1bc9e003446621c743fb9114

Eliminated t_ifunc from t_interaction_function

Declared an equivalent function type within the listed-forces module,
because it is local there.

This eliminates the inappropriate dependency on listed-forces by the
topology module, and also the recently discovered inappropriate
transitive dependency on gmxlib by topology.

Change-Id: I0f818767711cdf3fac88c06e01fac7564e9ccc65

Move gmx_ffparams_t to forcefieldparameters

Change-Id: I4639211f419724bcf3282140c8291e0b1272abe5

Task assignment for bonded interactions on CUDA GPUs

Made a query function to find whether any interactions of supported
times exist in the global topology, so that we can make efficient
high-level decisions.

Added free for gpuBondedLists pointer.

Minor cleanup in manage-threading.h

Fixes #2679

Change-Id: I0ebbbd33c2cba5808561111b0ec6160bfd2f840d

Fix compiler issues

We recently added some extern template declarations to a function
whose argument list was then modified, but gerrit didn't flag the
change as requiring a rebase.

Also fixed mdrun-only build

Change-Id: Ib7aa0d685e881faa2abce628f06aef3d666d260c

Removed support for NVIDIA CC 2.x devices (codename Fermi)

These are no longer tested or supported, but it is possible that the
OpenCL version of GROMACS will still run on such old devices.

Various code for configuration, the use of texture objects, the use
of shared memory, and the kernel dispatch is now simpler.

Fixes #2408
Fixes #2410
Fixes #2665

Change-Id: Ia7a00e5d6a97f93cd2768beb7ad56b2cce628a6f

Improve robustness of end-to-end testing

Previously one could choose the number of ranks to run the test binary
with, but e.g. DD errors could exit the binary if an unsuitable number
could be chosen.

Fixes #2680

Change-Id: I5ca165c6a80763083f2db9beec61ad3b4bfbe00d

Release notes for restraint module and gmxapi.

Describe new features supporting gmxapi client code and runtime binding
of restraint code. Add "gmxapi external API" section to install guide.

Refs #2585

Change-Id: I3da0d130b07862abc90387ade781d111ccbcd740

Create ExclusionBlocks

Moves exclusion modification functionality to the topology module, as
it is not functionality unique to preproceessing.

Renamed t_block2 to ExclusionBlocks, since that is the only use we
currently have for it, and any new use should be using std::vectors
anyway.

Used an assertion for an error that can only triggered by coding bug.

This fixes the broken mdrun-only configuration, found in post-submit
Jenkins testing.

Fixes #2690

Change-Id: I2d0916bc3be1c20d44e1c4e07b53488f2b6971a3

De-duplicating mdrun setup

Made the API context setup use LegacyMdrunOptions to keep the two
client setup procedures in step and avoid duplicating code.

Refs #2585

Change-Id: I9909e26a41fd2015667c2f86335c09b6f9708e99

Enable output of average pull force and positions.

Write pull data to checkpoints to keep a proper average.
Add option whether to write instantaneous or average pull
coordinates and forces, respectively.

Fixes #2626

Change-Id: Id0268e00486028f497463dc13ae8d65a6c5df325

Ignore pyenv config file.

Among other possibilities, [pyenv](https://github.com/pyenv/pyenv)
allows directory-scoped Python installation choices, which can be handy
when developing on the same system for projects with different Python
version requirements. For this, it uses a "hidden" `.python-version`.

Such files should not clutter up `git status` messages or be easily
accidentally included in a commit. This change adds `.python-version`
files to `.gitignore`

Change-Id: I88bbe813966282755097da674cb53d1f88a8e031

Preparation for de-duplicating mdrun setup

Recent work introducing the API extracted MdFilenames and then
essentially duplicated everything else. This commit expands
MdFilenames into LegacyMdrunOptions, and clarified the plan that all
such code needs to become either module-based option handling, or
aspects of SimulationContext suitable for both CLI and API.

This commit introduces the Legacy MdrunOptions struct, so that a
future commit can make it available to the API setup for an mdrun
session. The layout of the changes is intended to minimize the textual
diff for the CLI. Code motion for clarity and also use by the API will
follow.

Removed MdFilenames, made its data a std::vector in
LegacyMdrunOptions, and used it via an ArrayRef. This clarifies that
it is read-only input data supplied by the client.

Change-Id: I3438cfe1ab52eeb2fffbd16f4bd5254b2a74f03f

Add some "to do"s for MDModules and Impl.

The intention for the modules_ member in MDModules::Impl was not very
clear. Made some notes about forward directions, given the inconsistent
way we handle the electric field library MDModule and externally
provided modules.

Also, improve readability/formatting of data member declaration.

Change-Id: If3a83209c128dc52bab90cbc322565bc81416871

Fix compiler warnings

clang 6 warned about these.

Change-Id: I4692d1c0e76e8cbe984e22028980956e1bd628d5

Resolve some linter warnings.

Local linting (not Jenkins builds) discovered some warnings that are
easily resolved.

* Remove unused variable from gmxapi session resources factory.
* Provide stronger hinting that a pointer is not null

Change-Id: I56f6758884b7f77d5091d273a93ac6bd1495a973

Fix more clang-6 warnings in CUDA code

Fixes #2681

Change-Id: Ic1e096328687e53ca814034c4c3eb8db40db46df

Test signaling facility through session resources.

Build a simple MD extension that can optionally issue MD stop signals
when called in the MD loop. Use gmxapi session resources to access the
session signal manager. If initialized to do so, issues the signal when
called to evaluate restraint forces. Tracks the steps on which it is
called.

A toy simulation expects the restraint to be called `nsteps` times if
default constructed or `nstlist` times if initialized to issue signals.

Change-Id: I885cfeb207fd587b7ddd946203bd16ea4713dbf2

Modernize OpenCL memory allocation flags

This change correct the memory allocation flags in the nonbonded module
so that these reflect the R/W use on both host- and device-side; the
former is made possible by requiring OpenCL 1.2.

Also improve some lacking error handling.

Refs #2193

Change-Id: Icef4890aa412b811bf189b78ff42ee8ca8c50113

Clean up gmxapi testsupport output.

Silence grompp during CMake preparation of gmxapi test input data. Make
some notes that a better long term solution is necessary.

Fixes #2664

Change-Id: If581edb4e129e75cf40e468a6060b253b4951091

gmxapi::UsageError

Introduce gmxapi exception UsageError for invalid usage of gmxapi.

getMdrunnerSignal() now throws UsageError instead of asserting on
argument validity.

Change-Id: Ib010a998546ac96a83126ef941822b7e355d0784

Allow API access to simulation signals.

Refs #2620 for gmxapi milestone 10

Provide API client access to issue stop signals through simulation
Session resources. Stop conditions will be discovered by the simulation
when checked from within the MD loop.

Also relates to #2224 and various other works in progress.

Change-Id: I2815733d3d18bc04685dacbd8f6a3ba56e55b783

Add and enable PME OpenCL

PME OpenCL kernels (spread, gather, solve) are added.
PmeGpuContext is taught to compile them. PME with OpenCL
is enabled everywhere (mdrun, unit tests, integrations tests).

Added preliminary documentation.

Change-Id: Iecf1393ddeb442f9b66ca31100bac9b88f83e52b

Quiet compiler warnings

Observed with gcc-4.8 cuda-7.0 in release mode

Change-Id: I6baeafa999fa7c8e1bec5653fa8b6213d804f119

Updated name of intemolecular exclusions function

A follow-up commit for change I35073ad69752e22968c0e2821e2fdf9f0c465b2a
changes names as it was suggested in the review.

Change-Id: If6b12c1d04973556d85a1c01d6f3cbb9b8b4d5f5

Deprecate various functionality in GROMACS 2019

Published a deprecation policy.

Updated the release notes to refer also to previously deprecated
features.

Announced intent to change some functionality:
* gmx mdrun -membed options (but not feature)
* gmx mdrun -rerun option (but not feature)
* integrator .mdp field will contain only integrators
* gmx do_dssp to be replaced by gmx dssp
* gmx trjconv and friends to be split and rewritten

List of newly deprecated functionality:
* conversion of aromatic rings to virtual sites
* gmx mdrun -table options (but not feature)
* gmx mdrun -gcom option and feature
* gmx mdrun -nsteps option and feature
* gmx mdrun -nsteps -resetstep -resethway moved to
  a gmx benchmark tool
* gmx mdrun -confout removed

Also updated release notes for functionality removed in GROMACS 2019.

Refs #2495, #1781
Fixes #2569, #1925

Change-Id: I1d00859d0f15409a472984f5a65347a50c71ad17

Add gmxapi session resources.

Allow simulation support code to access resources from the running
session. Provide some abstraction for resources implemented or
managed differently in different execution environments or API contexts.
Examples of resources are input and output data streams or simulation
control signals.

Support gmxapi milestone 10

Refs #2620

Change-Id: Ic0ed02b876e4d7a253ad75b58cd24593d7e68acf

Enable restraints facilities.

Extend gmxapi to allow a client to attach code to an MD simulation
through the restraints framework. Attach any registered restraints
during session launch.

Support gmxapi milestones 7 and 9, described in

Refs #2585

Change-Id: I61f7b52f1490e7692cdf7f14c7f46f8970b1c30a

Add API for adding MDModules / Restraints.

Add gmxapi::MDWorkSpec, which can be passed through MDHolder.
It is a near-term solution until an API Context manager can be
more fully realized. A future implementation should instead
register factories for simulation support code in a Context
that is passed from the client. This would resolve ambiguity
about the purpose of gmxapi::MDWorkSpec versus the more
general gmxapi::Workflow, but in the present form, MDWorkSpec
is a public API class, while Workflow is still an implementation
detail.

Supports gmxapi milestone 7.

Refs #2585

Change-Id: I41fb13646c41b0f6e7690a0cedabd17eb3c47433

Implement assigning bondeds to the GPU

Assigns supported bonded interactions to the GPU and converts
the atom indices to the nbnxn order.

Change-Id: Iab965e305e8eeb3468d95750f2dbdbb1a04e3a61

Initialize force vector in PotentialPointData constructor.

A default-constructed PotentialPointData could have uninitialized
data, but it is sometimes helpful to be able to default construct an
object and not worry about whether it is valid. Objects will usually
be constructed with initializing values, but this change updates the
default constructor to avoid surprises.

Change-Id: I9ae87d8bc361da5b3134f05ca8761f25d6ca7646

Add restraints framework.

Extension code can implement IRestraintPotential and register to
provide MD forces and energy. Client code is not necessarily expected
to implement the interface directly, but likely with the help of
template headers.

Restraint functors should ultimately be retrieved or instantiated from
factory functions in the API Context manager provided to the simulation,
but in the current implementation, registered restraints are made
available during launch through the MdrunnerBuilder.

For sample extension code, see
https://github.com/kassonlab/sample_restraint

Supports gmxapi milestone 9,

Refs #2585

Change-Id: I48d57570721223eacca957c9a0f7ae98163ab6ff

Implemented QM/MM workflow inside core GROMACS

Implemented MiMiC integrator along with the generation of
inter-molecular exclusion lists for QM atoms both in serial and parallel
parts of the code

Fixes #2309

Change-Id: I35073ad69752e22968c0e2821e2fdf9f0c465b2a

Exclude gmxapi source files from include sorting

For now, we are taking no care of such aspects, so the attributes
instruct the include sorter to ignore matching files. The check-source
target suppresses such files in other ways.

Refs #2585

Change-Id: Ib84a89bfa7d5eb54a5a3585d65725fedf98fbab4

Reinstated quasiharmonic entropy calculation in gmx anaeig.

Fixes #2666.

Change-Id: I42b537127c6fcefa90345a444ff6410e527cd0e6

Add gmxapi::Workflow.

Hold a description of simulation work to be performed. Work description
is a dependency graph that allows a Context implementation to configure
and launch an API Session to satisfy data flow constraints. Initial
implementation just provides command-line type input for mdrun in the
form of a TPR filename. A more complete implementation would look more
like the "work specification" described in
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty484

For more discussion on a full implementation, refer to
https://github.com/kassonlab/gmxapi/issues?q=milestone%3Agmxapi_workspec_0_2+

Refs #2585

Change-Id: I2c9bb99d88a11893201489757453ef25bc35a52

Add gmxapi::Session.

Allow API client to launch simulation work in a provided Context.
Supports running a simulation from a TPR file.

Support gmxapi milestone 7

Refs #2585

Change-Id: Ie57962a739ae722b1ced8dd75f0037f07be3e1fa

Fix PaddedVector issues

The move construction with allocator was producing an empty buffer
upon change of pinning policy for scalar types. A change of allocator
means the implementation of move construction has to be done with a
copy, which is how we intended it to work.

Only PaddedVectors of copyable types can have non-zero size, because
we need to be able to copy elements for the padding region, so the
MoveOnly types in the HostVector tests have to be updated.

Fixes #2642

Change-Id: I646a57b0b0dd727647baa2544a1c5f7f1700661d

Open mdrun log file only once

The log file is now kept open with a t_fileio held RAII style, which
permits the appending restart code to truncate it if needed, so that
we don't have the opening and closing of the checkpoint file being
managed in several places.

Fixes #2651

Change-Id: I6105bf55a9a10aaf15ed2f11ef8955a47743bb91

Add short security notice

Cherry picked from master.

Refs #2645

Change-Id: I5fba37bca803c13ee9251aae0aae54c155537890

Include doi strings from zenodo during release

Add functionality to include doi strings
gathered from Zenodo into the release build
source code and manual. Actual registration
of the DOI has to be handled somewhere else.

Change-Id: I1ce4c913c313e56e77e031e742367420e25da36d

Wrong name for report-methods tool

Tool was still named just "report" internally, changed to report-methods
correctly now.

Change-Id: Iedda3a3a00bb732a5a7c75f5c455960f2995e4f4

gmxapi expects position independent code.

By default, do not attempt to build gmxapi when BUILD_SHARED_LIBS=OFF.

Enforce the assumption that libgmxapi is being built as a shared
library against a shared library. The longer term solutions are

 - only build one library
 - allow that library to be built as
   - a shared object library
   - an archive library without position independent code
   - an archive library with position independent code

Change-Id: Ib9a64be765c967e374934067954982891aca0299

Move pull output functions to output.cpp

This change is only code motion.

Change-Id: I48c48766bc9bd200e8d729529d7d0679c40d1fba

Swap custom OpenCL memset kernel for clEnqueueFillBuffer

The OpenCL 1.2 API provides a function that is now used for clearing the
force buffer.

Refs #2438

Change-Id: I6dedf901f230d2b5f9838f315897186bd4bd55f8

Minor refactoring in bonded threading

Change-Id: I149992d674c488e9e687b624a73dfef511d6484e

Update regressiontest ref to download

Was still pointing to the release-2018 branch.

Change-Id: Ideeb429c135e819f71385cfcc7fae458e2b9aafa

Implemented changes to preprocessor to work with MiMiC QM/MM

Added new integrator "mimic" and updated usage of QMMM-grps to be used
with MiMiC QM/MM. Updated code zeros charges within QM region and
changes bonds to CONNBOND and updates exclusion lists to exclude
non-bonded interactions between quantum atoms

Refs #2308

Change-Id: I34e798ae0c54457dad8f9a8f220482468db34708

Fix DomdecOptions default

Interleave is the default when the mdrun option handling is
performed, and this should be consistent. It doesn't cause
a known problem, so far, however.

Change-Id: I7b56a87495f69b47d4c2903aa227d1a7777b86f2

Fix MSAN errors

Refs #2642

Change-Id: I94a649f5bf0fdcc85a826882efa520776de7740a

Fix compiler warning

Change-Id: I2912def81dc0ba593a63498d1e6bce17fc6e3174

Enable update groups

Also changed the naming of the decomposition unit. Everything was
named charge group, now it can also be atom or atom group.

Update groups are now mentioned in the manual and release notes

Change-Id: Ide81a759aa623be22672583dd5a8bac332c4c904

Tweak FindFFTW API checks

FindFFTW.cmake used to check an fftw API function's existance that we
don't even use. This change swaps the check with three checks for
fftw?__plan_many_dft, fftw?_plan_many_dft_r2c, and
fftw?__plan_many_dft_c2r.

Change-Id: I75283359e763ce2c1fdc75a2011166af2a986c95

Fix clang-6 warnings

gmx::RangePartitioning::Block() dose not return a reference, so the loop
variable will anyway be a copy.

Also removed unreachable brake statement.

Change-Id: I66ab5373c8d02977d4094c015bcbabd26b4b4949

OCL: Add const to function arguments

f1b7d4a51254 added const to variables without also changing
function arguments. This fixes it. Not stricly necessary
(currently only supporting C). Noticed with C++.

Change-Id: I3276ca3f7608571143a608cb2ef28f43d8807964

Add OCL kernel target

The object files generated aren't used for anything. The target
is only compiled when manually specificied. Purpose is to show
any compiler warnings.
Requires that the compiler is clang. If clang-tidy is found
also checks with it.

Fixes #2661

Change-Id: I8fde969dde3dd759b4464d28397eee450ab4fa64

Disable FPE explicitly for TPI force calculation

Our init function for GoogleTest binaries turns on FPE detection,
which is good for the unit tests. But for TPI tests, it is better to
manage the behaviour more explicitly.

Refs #2404

Change-Id: I7b6753f9289a98e154158e7e70aa4019ebfb0d44

Replace some NULL with nullptr in CUDA code

Fixes some clang warnings in native CUDA builds.

Change-Id: Ie77c84dc33ae18fde40d5e0b6e2b0a3a3beb15a6

Fix OCL compiler warnings

Related #2661

Change-Id: I715553a40d2d913bd484f455d8e39e46632a8372

Remove majority of OCL command line constants

Related #2661

Change-Id: I8a139501bdd4f479183e829ba4c861f36c73afea