Use std::swap in LINCS

Change-Id: I1604183ec39cd4f4ff6fdc7b6aecd90dd5efb02e

Use AtomPair for LINCS indexing

Cleaned up the LINCS atom indexing by adding an AtomPair struct.
Changes name of atom list from bla to atoms.
Also added more variable scope localization.

Change-Id: If665864dc40d4bb039b4806b4a54fe3aeebd98fc

The tests for LINCS and SHAKE constraints.

The tests for LINCS are first introduced,
SHAKE tests are migrated here from a separate
file.

The tests are performed on simple systems of two
to four bonds as well as on the peptide of three
amino acids. The tests ensure that the final length
of each constrain is equal to the target length.
For the peptide tests with HBonds and AllBonds
constrained, there is an additional check that
the final coordinates of all atoms correspond to the
reference set of values.

Free energy evaluation, virial and velocity constraints
are not yet tested.

Change-Id: Ic3a5c73a7e3223c0b7aafde9a0947e89e611f7b8

Use arrayref in LINCS

All pointers have been replaced by gmx::ArrayRef, except for those
uses in SIMD code. Also made all variables scope local and replaced
const pointers by const references.

Change-Id: Ia09c51a1035991034dbaa2cc99a90d1316f3521e

Use std::vector for trotter_seq

Fixes an mdrun leak as well

Change-Id: Ib4c708839cc617353b9b038496f10e1b623e4db7

Make all thread-mpi threads release cr structure

done_commrec had only been called on master thread, leading to
potential leaks

Change-Id: I03215880e9ded9c18dc0642357889f9e469f2a4f

Remove unused function declarations in update.h

These were flagged by Pascal as unused. According to
git blame, the last time these declarations were touched
was in 2013

Change-Id: Ic52e8460d2e3867e6c2ddd2aded034501470feff

Fix small leaks in do_md cleanup

Change-Id: Ia9a8597e07ab0c45320bfc1d036a99d93d6443d9

mdspan - basic_mdspan and mdspan declaration

basic_mdspan provides the core functionality for multidimensional array
indexing by combining multidimensional index evaluation, and memory
access.

mdspan is defined as basic_mdspan with wrapped indices, basic_accessor
policy and right-aligned memory layout.

Change-Id: I3eacb734e35a977387c5f023afe636f78ee64eac

Use label to select doxygen version

Change-Id: Ic5276e846867e1dd77250500dcb8693946258e0c

Revert "Removed t_topology from gmx msd"

This reverts commit b9e0922af7eccbb4b9110dd0ea99cdac0244a27a.

See #2815

Change-Id: Ie0ae90febf1e170b2c1743ef63b36a567fdabff4

Improve nbnxn cjFromCi() function

When the nbnxn j-cluster size is smaller than the i-cluster size,
a j-subcluster index is needed. This is now added to the cjFromCi()
function instead of handling it in multiple places in the code.

Change-Id: Ia527938e5b6b7bb73ee42f907ca979bca417e89c

Free global_stat at end of do_md

Freeing function existed but hadn't been called. Fixes
small leak

Change-Id: I1ee94ffc345beb0089e6aaa070bdcb0371728311

Call wallcycle counter cleanup function

Cleans leak from unfreed wallcycle at end of mdrunner

Change-Id: I18c9a4eb961c1480230dda98c02f75e3796aa3b4

Fix leak in legacymdrunoptions

Free gmx_output_env_t in class destructor

Change-Id: I4eb6520ac56a9469c2949893888bcc2db21b647b

Fix small leak in forcerec

Change-Id: I09890bffdd88eaa5d691bd3584735787e2c626ad

mdspan - basic accessor policy

Executes the canonical memory access, given a linear index, where memory
index positions from an intial pointer is adressed.

Change-Id: Ia44ccf78e8c9d1604220ebb1636099ebae48cc4a

mdspan - mapping for right layout

Introduces a mapping from multdimensional integer space [0...N0) x .. x
[0..Nm) to one-dimensional integers N. In the mdspan context, this will
be used in a later patch to evaluate the memory offset to address
elements in multdimensional arrays.

The layout_right for mdspan, indexes multidimensional arrays with the
fastest changing dimension last, i.e., C-style, row-major for
two-dimensional arrays.

Change-Id: I0f9950bd4a40543c2cad6fe5b2bd668bb42d6784

Removed t_topology from gmx msd

Removed t_topology but needed to introduce some new code from
block.h and topologyinformation.h to make it work.

Part of #1862

Change-Id: If7f7e2ac1cbcf1f87cb1032fb7ebf8624063baef

Merge "Merge release-2019 branch into master"

Merge release-2019 branch into master

Change-Id: Ie08781a0f40b2c92321e605db91d047a4451d2b2

Use std::vector in LINCS

All manually managed pointers in the LINCS code have been replaced
by std::vector. To limit the size of this change, some plain pointers
have been retained for access.

Change-Id: Ida6365bd9334b1871bc35e3c2b3066c242d2878a

Fix GMX_BUILD_OWN_FFTW_URL CMake cache entry type

The type of the GMX_BUILD_OWN_FFTW_URL cache entry was set to "PATH"
and as a result CMake was expecting its content to be a directory.
This commit changes the type to "STRING" and as a result the '////'
workaround in the default fftw URL and custom URLs can now be passed on
the command line which previously did not work as CMake interpreted most
inputs as relative file system paths and converted them to absolute
ones.

Change-Id: I6ed3920d7816b686a031c1a3aee5acd25d7b4692

Add matrix entry to test external FFTW build

Added build option and configuration to test building GROMACS with
GMX_BUILD_ONW_FFTW to catch associated issues.

Refs #2809

Change-Id: I6c8a9fc415be5386c8b336c3f4dabdac49680130

Fix FFTW build

Fixed the build with GMX_BUILD_OWN_FFTW terminating with a linker issue.

Fixes #2809

Change-Id: Ie1323601da220bf28d7cb00d33b520b66d9de05f

Fix memory leaks in ns cleanup

Added some missing sfrees to cleanup function

refs #2693

Change-Id: I1e1455794778139d3a3866e00c05f4ed97aea07c

Fix memory leak at end of do_md

Without domain decomposition, the atomtypes field of localtop is
dynamically allocated and needs freeing after mdrun

Refs #2693

Change-Id: I45d18c503a87832332868e7fb9b63720548f243c

Copy parallelisation info from old webpage

Copied the information for parallelisation from old webpage
to the user guide. Removed some redundant information.

Refs #2297, #2146, #2656

Change-Id: Id472ab779a6e2ca982b117a95429898a0277dc23

GROMACS 2019 Release candidate

Updated regressiontest hash as usual.

Change-Id: Ia938ee4a936d21eac6beb5244a3f2fab87b35240

Fixed nullptr derefence in LINCS error

Somehow a dereferenced nullptr could be passed as a reference
to gmx_multisim_t to the Constraint factory function.
Changed the reference in the Constraint object to a pointer.

Fixed #2803

Change-Id: I4806069973067d27078a1324d18a406c7b3e227d

Set HAVE_LMFIT properly

The HAVE_LMFIT was only set in the local scope.
Fixes #2800

Change-Id: I34bd3dc1896526c09c6808c7020d3a492c4c8f31

Fix LINCS triangle constraining with OpenMP

LINCS would only apply double the iterations to constraints
in triangles when the last OpenMP task contained at least one such
triangle.

Fixes #2808

Change-Id: I37a3d61c868f60387e536d3db3a4079deb6ae504

Enable ARMPL in the armclang build

Fixes #2685

Change-Id: I1827c1c55e533bd7ff82b452d77143cb6d04cc01

Avoid spurious timing in bonded GPU launch subcounter

Change-Id: I09d9e6bf1b61b9578b0a39b7e0d21ac63f865057

Document the FP exception in cuFFT 7.0

To document known issues relevant for developers, a new section is added
to the dev guide.
As a a first entry, this commit documents the FP exception that aborts
debug builds of mdrun that offload FFTs to an NVIDIA GPU with CUDA 7.0.

Fixes #2726

Change-Id: I60c7b92da2c703e0910644012a01a009b3df0a7a

Temporary fix for OpenCL PME gather

There is a race on the z-component of the PME forces in the OpenCL
force reduction in the gather kernel. This change avoid that race.
But a better solution is a different, more efficient reduction.

Refs #2737

Change-Id: I45068c9187873548dff585044d2c8541444e385c

Improve DLB report/note

- Added a newline preceding the DLB report on the stderr (there was
  none)
- Added a common means to reduce load imbalance to the suggestions.
- Slight code modernization.

Change-Id: I86906f9d870bfd8ee8bb03ae5bd1fdf83a3349f0

Properly check for MSVC in build script

Also added another check for mdrun only and static builds
to make sure the api is turned off in those cases as well.

Change-Id: If7f6fedfba8cd1b1f4c951bc246228c60771a11a

Tweak the bonded GPU energy copy/wait operations

Move the launch of device to host copy earlier and add wait cycle
counter around the operation that may block and lead to time spent
waiting rather than just a launch.

Change-Id: I241001fc0b60a8ae994f173bc3b38f0c4bbd8fff

Fix update groups with 2D/3D DLB

With a staggered DD grid update groups could end up in the wrong DD
cell. This caused a fatal error (no incorrect results).
his change reverts most of d29cb9da which was a failed fix for #2712.

Also added a few const qualifiers and renames pos to cog for clarity.

Refs #2712
Fixes #2790

Change-Id: I1a589cccb6ea7048fb66ae867716549a1a615b7f

Make large PME grids work on GPU

With PME grids with z size larger than 511 too large blocks could
be launched causing a cryptic CUDA or OpenCL error.

Fixes #2779

Change-Id: Ib2376ae0e9d5a338084df8f3a2cf46ca1b711a6a

Document mdrun mdp option modification

Add documentation to the mdp section of the user guide for
mdrun modifying rcoulomb and fourier options.

Change-Id: Ifd8b374599713e959c9b3aac583961115cf3b638

Use more const references in topology code

Change-Id: I8fd2e443c0c5cf1ca19714efd175b8e7132dbe2c

Disable gmxapi by default

Due to outstanding issues with the integration testing and tests failing
with large number of ranks, the gmxapi default has been changed to not
be build. In Jenkins, all supported builds still are still set to build
with GMXAPI enabled.

Refs #2765, #2722, #2756

Change-Id: I2cc42c461edc206aaa30be6cac3db0a52ccae991

Make only mdrun report process ID

Recent change 367d003106 changed where mdrun reported the process ID,
but in so doing changed various tools to also report the process ID.
This made pdb2gmx tests non-reproducible.

Since the process ID is probably only of minor value to the user, and
probably only of value to users of mdrun, this change adds support for
allowing tools to choose to print the process ID while defaulting to
not reporting it.

Fixes #2794
Refs #2775

Change-Id: Icb6e97d4d7502f12e74cbaa2c1f1a969ba99b917

Failproof signal conversion

When introducing the signal handlers, we decided to use scoped enums to
define the different simulation signals (changes Ia90778, I05ca7a,
I5dec05). In the SimulationSignal objects which actually get reduced,
these are stored as signed char. When the signals get handled, these
signed char are converted back to the scoped enums. Currently, this is
done using a static_cast.

Although in the current code, the signals get handled immediately after
being reduced, and signals are only set by master, there is no formal
guarantee that this is always true. If the signals get reduced multiple
times, or by different ranks, the signed char stored in the
SimulationSignal object could get larger than +1 / -1. In the old code,
this would not lead to problems, as it was just checked that the unsigned
char in the SimulationSignal was != 0 (or <0 / >0, for the stop signal).
In the new code, the signal handling would fail in this case, without
proper error message - the static_cast will not fail, but the following
comparison to the enum values will always fail. This commit introduces
a conversion function for each of the enums and explicity enum values
for the StopSignal to return to the failproof behavior of the old code.

Refs #1793

Change-Id: Iac8ea3946effba1797e16d8c918c7d49ce4dc828

Make release notes html only

Refs #2783

Change-Id: Ifa2e5486e9f3d4be5369bd82f4f858c1ea54e22e

Change toctree depth in PDF manual

It doesn't seem to be possible to set different toctree depths for the
HTML and PDF versions of the manual in Sphinx itself. To work around
this, I added the explicit depth to the LaTeX preamble.

Refs #2783

Change-Id: I74e00b339a014060567a9fd6aa875e7047165e66

Fix POWER8 and POWER9 build

Tested with GCC 6.4.0 and 8.1.0 in debug and release modes,
with and without SIMD.

xlc is still not supported, e.g. because 16.1 cannot handle an
in-class member initializer list for a C-style array in the same
struct as a member initialized in a constructor initializer
list. Tested for this in the C++11 feature support tests, and we now
issue a descriptive error in this case.

Removed -mdirect-move from POWER8 flags because gcc warns about its
use.

Fixes #2748

Change-Id: I0dc68c12701f041b702063692703cc2e15e96d8e

Updates to do_dssp

As posted by Boris Timofeev on redmine, do_dssp has been
broken before when encountering unknown residues.
This fixes the behaviour.

Refs #2599

Change-Id: I16f09ed33cf86c699a2667d101740ce0fc2c0919

Add Bonded GPU launch overhead cycle subcounter

ALso fixed missing counters around the transfer/clearing launch.

Change-Id: Ib3f18b8285b979b818ab79713253bc7f7bb89e2a

Swap the order of GPU bonded and nonbonded launch

In order to maximize the chance of the bonded kernel tails to overlap
as well as to avoid GPU idling during the scheduling gaps between these
kernels, this commit swaps the launch order of bonded and nonbonded work.

Refs #2677

Change-Id: Ia4e5e7279e7ea4cf575c76b5286cf10387258878

Fix conditional in nonlocal nbnxn GPU work skipping

The nbnxn nonlocal work, including coordinate buffer copy could be
skipped when the nonlocal pair list is empty. However this condition now
needs to also take into account that the bonded kernels also take the
same coordinates as input.
This change makes the non-local nbnxn copy depend both on whether there
is non-local nonbonded as well as bonded work on the current domain.

Fixes #2786

Change-Id: I217072c962226749b91f514e4a8070f042e35131

Split nbnxn input copy and kernel launch

The nonbonded x+q host-to-device copy and kernel launch is split into
two functions and called separately from do_force().
This will allow improving the bonded scheduling and better expressing a
missing bonded dependency (and fixing the related bug).

This change only moves code.

Refs #2677 #2786

Change-Id: Ie50e6a6b664f8400274b2f409eacb6c36f0908ba

Correct thread count in the PME GPU reduction

The host-side force reduction has been moved into the PME module, so the
thread count is now changed to be the PME module's thread count.

Change-Id: Ib313c7afe1384b3cec7a999273afba79c3de8c46

Added new testing code for normal mode analysis.

Part of #2771

Change-Id: Ifb44841b36be5076fe8d77d5982876f881fdc69b

Add update groups to parallelization docs

Refs #2784

Change-Id: I12dfabbab9cff08d9154ac5258aeb790906c72f0

Small update to mdrun tests.

To be able to run tests with different cut-offs new
variable rcoulomb and rvdw are introduced.

To be able to do high precision tests (normal mode
analysis) g96 files can be read now.
Change-Id: I9265022f516b66815aa7bc516b71918fdc6f417a

mdspan - extents of multidimensional arrays.

Extents describe the number of elements along a certain dimension, a
multidimensional index space of rank R. This is equivalent to the
Cartesian product space of integer intervals [0, N_0) x [0, N_1) x ... x
[0,N_{R-1} )

The extents class distinguishes between extents known at compile time
(static) or at run time (dynamic). Static extents are templated to allow
compile time indexing evaluation (part of later patch).

Confer to P0009r8 of the Library Evolution Working Group and
mdspan.extents

Source code copied and modified from Oakridge National Labs repository.

https://github.com/ORNL/cpp-proposals-pub/tree/master/P0009/reference-implementation/include/experimental/bits

Refers #2281

Change-Id: I5301f172fa1d891bcf929a70e3765a2c52b3d8b8

Removed gmx morph

Part of #1323

Change-Id: Ife56a50e61e4859fa20a39a1be59e828d511fd09

Removed gmx dyndom

Part of #1323

Change-Id: I07f5cfed364e13fbd6a8b6e0fc94b4b15ef67589

Removed gmx anadock

Part of #1323

Change-Id: I77c04e08a8245db38530e9aa4113447cc02672a8

Move responsibility for PME reduction to its module

We no longer need temporary energy and virial variables that gcc 7 and
8 warn about in release mode. Earlier efforts to avoid these warnings
made pme.h depend on config.h, which is not desirable.

This made possible minor simplifications to testing code.

Noted some TODOs and added some comments. Removed a completed TODO
that had been left behind.

Fixes #2503
Refs #2863

Change-Id: I9a6c5b12ef5c27bd003d3ab9eeeaa75e9574b2dc

Fix energy history reading

The energy history could be read as a nullptr from a checkpoint file,
leading to issues when trying to restart a simulation. Fixed the logic
issue and added an assertion to catch it in the future.

Also removed redundant comparisons to nullptr.

Fixes #2781

Change-Id: I99ce1a2b932046cab6918ec24b267fc8ff3850ad

Recreate flowchart figure

The flowchart figure gave issues because of old text rendering, making
the generation of the png for the website difficult. Recreated the
figure with new text and a larger size.

Fixes #2782

Change-Id: Ia1787c6fb46f5fad80b4d43b693aed51c6a899dc

More fixes for ImageMagick test script

When rebuilding a tree the lookup for ImageMagick would fail and the
script would thus disable the generation of the reference manual.
Improved the logic to avoid this.

Change-Id: I38185569309a4336ee071875b3d8c74990e295e3

Added reference-manual entry for MiMiC

Added the documentation entry describing the way to set up
and run the QM/MM simulation with MiMiC, plus cross references
to install guide and mdp options documentation.

Fixes #2691

Change-Id: Id600c621d24bb41f99b02ddb8bacb175a6bac520

Make pull with COM from previous step work with MPI

There was no communication between the ranks, which caused
crashes with MPI and tMPI. This fixes that.
Minor clean-ups of pull with COM from previous step as well.
Fixes #2769

Change-Id: I3b321872ffd4b295c4e97029d8d54872b3674ac4

Make Imagemagick availability more visible

Changes the message type for the gmxTestImagemagick test to be a warning
when GMX_BUILD_MANUAL is ON, to make sure users see that there may be an
issue with building the full documentation.

Also change the test script to see if the new file actually gets
created, instead of checking the return code.

Refs #2778

Change-Id: I52ca5e0143bad396d0e6cfe610dac1bb13621e5f

Removed erronous manual variable handling

CMake variables of different type can mask each othe's scope, so got
rid of this useless leftover.

Change-Id: I4e72e1da3952f008d9a37e0d8e35be5efa1ddd14

Fix reference manual image sizes

Fixes #2778

Change-Id: Ib48afe91a938cadb7ca6b7a89ea6cb18cf9874eb

Fix reference manual doc build

The CMake for building the reference manual was not really stable
because the value for having ImageMagick convert was set in different
places. This fixes the issue and makes the reason for not building it
hopefully more clear.

Change-Id: I7c9bb695e1dac37b83cdc82a2c0bdb53700a1156

Fix gcc-8 warnings

Changed copying of temporary file names to use gmx::Path, changed
copying of C character arrays to use std::copy. Annotated code where
safer string copying was needed.

Did not try to fix the warnings in tng.

Fixes #2683

Change-Id: I431b55dfa39a654fb9f20a78470f190da7666993

Introduce GpuBonded

This pimpl-ed class hides the GPU implementation details from
the high-level calling code.

Moved all GPU bonded force-calculation management code into the same
source file, separating them from the kernel definition and launch
file, which may help improve compilation time also.

Bound the kernel launch parameters for device buffers to GpuBonded
directly after neighbour search, for simplicity and efficiency. That
call now comes slightly later in the search-step call sequence.

Separated the launch of the energies transfer and the function
that waits upon, preparing for future reorganization.

Introduced HostStdVector to decrease verbosity of GpuBonded::Impl
declaration.

Now that there is no reason to have the stream member of
GpuBondedLists as a void *, removed the excess indirection that
introduced.

Moved symbols into gmx namespace per style. Used the appropriate
inclusion guards on helper .cuh files.

Noted several TODOs for follow up work.

Refs #2724

Change-Id: I612d8f0f973e6cfcc33a8176ba9f2525297542c4

Add ARMPL support to admin script

Change-Id: I934baaada6ca2f7d26671ee720394c0ffb8add29

Add tweaks to support ARMPL for FFTs

Support added through the FFTW compatibilty layer; the FFTW guru
interface is not implemented in ARMPL, so this is disabled in builds
that use ARMPL. The detection is basic and it is used only for these
purposes, the lirbary and header location needs to be passed manually
(we prefer ARM to implement a Find module).

Fixes #2684

Change-Id: I5afd7c200e2d02ac699bb668d14f0a85bf0a2369

Fix newline printing in -v output

Fixes #2741

Change-Id: Iede2003df78f60c4e7189f338bb32d008c05aaa3

Fix FP exception in pull code

There was a, harmless, floating point exception the pull COM parallel
reduction when a COM was not needed for a certain pull group. Now the
(unused) data is cleared.
Also made naming of the buffer consistent and introduced a constant
for the buffer stride instead on misusing DIM.

Fixes #2776

Change-Id: I4ef532f9a1ce6439eac94fa9b789d5259df38d88

Clean up initial log output

The rank count was incorrect when thread-MPI has not yet spawned
threads. It could only be fixed if we would have made that choice
before we open the log file, but we want to be able to report problems
to the log file from hardware detection or tpr reading which occur
before rank choice.

Host name, rank count and rank ID are all reported later, alongside
other such information, so there is no need to duplicate and
complicate our code.

PID is now reported later alongside other similar information. The log
file output looks reasonable, aligned, etc.

Noted TODO for future clean up.

Fixes #2775

Change-Id: Ifda6c44bfe28628934f4614e20eeeef436d80707

Introduce PpForceWorkload

Assigns responsibility for knowing what work is required for the force
calculation of an MD step to a single object. Moved actual control of
executing any necessary CUDA bonded work to the new schedule
object. Changed low-level routines to assert when invalid calls are
made, because only one place should control whether work is done.

This prepares for making GpuBondedLists an opaque type, when
bonded_gpu_have_interactions will not be able to be an inline
function.

Refs #2724, #2574

Change-Id: Ie59b790c54170692b0221f5eb3812643ba6f61d6

Merge "Merge branch 'release-2019'"

mdspan - basic infrastructure

Setting up directory to contain a stripped-down and modified-for-GROMACS
version of a reference implementation of the LEWG P0009 proposal,
revision 8:
"mdspan: A Non-Owning Multidimensional Array Reference"

Original code is available at
https://github.com/ORNL/cpp-proposals-pub/tree/master/P0009/reference-implementation/include/experimental

Refers to #2281

Change-Id: I4b8dee54e923d269d38e1f71c4e89526768ef42e

Prepare for 2019 release candidate

Change-Id: I4b7a302e182c4a74c9c825d98dcf014f2b324e24

GROMACS 2019 third beta release

Updated regressiontest hash as usual.

Change-Id: I431b0c0cb82ad3943fb6111b37b7ac5f843e1872

Merge branch 'release-2019'

Change-Id: Ia4dafd57f56f97eae4c7660f27fe761086be25c5

Merge branch release-2018 into release-2019

Several changes addressing known issues have not
been brought forward, either because they are
inappropriate or the bug is already fixed in
release-2019 branch.

Resolved Conflicts:
admin/builds/gromacs.py
admin/builds/post-submit-matrix.txt
cmake/gmxVersionInfo.cmake
docs/CMakeLists.txt
src/gromacs/mdlib/minimize.cpp
src/gromacs/mdlib/shellfc.cpp
src/gromacs/topology/mtop_util.cpp
src/programs/mdrun/md.cpp
src/programs/mdrun/mdrun.cpp
src/programs/mdrun/runner.cpp
src/testutils/testinit.cpp

Change-Id: Ia18b43854925fb2c6e1bf4256b99bd8f42359f68

Bump gmxapi version number for 2020 development cycle.

Refs #2764

Change-Id: Ib0b1e4408250748dd41356894eb482917e669f0c

Partial revert of "Fix inefficient shell minimization"

This reverts the minimize.cpp part of commit
5749eb1c9934c3597f140b793c7b374610a56335. That would likely affect
large systems instead, and those are likely more common targets for
normal mode analysis.

Change-Id: Ia586beb7b47480499907352a96175bd1dda29684

Merge "Merge release-2019 into master"

fix unused variable warning from gmxapi compilation

Fixes #2768

Change-Id: I8c77dd19f15df6f365122e25680e9d0a553cb36c

Fix inefficient shell minimization

In 5268b73d6cd, a bug was introduced when a shallow copy was used
instead of the former deep copy. However, in the original code some
pointers were used as "short-cuts", which is not neccessary. Those
pointers have been removed, and now the shell-code position vectors
are fully initialized at allocation time.

In order to get reproducible normal modes the delta x used for
computing derivatives was reduced.

Fixes #2705

Change-Id: Iad8a0b0793304e2c10d9abf3a180cfe9bdc85c4c

Added citation for new analysis functionality.

Change-Id: I91e90c5b00db740cfc072cd65ada2c5f9c70941c

Merge release-2019 into master

Trivial conflicts in:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/listed-forces/manage-threading.cpp
src/gromacs/utility/coolstuff.cpp

Change-Id: Ic23b55432a22a4a79da09e72b609615d2b421128

Expand gmxapi testing to include thread-MPI.

Some tests were disabled when GMX_THREAD_MPI was set because they were
not able to handle the GROMACS testing framework. These exclusions are
no longer necessary because the tests have been ported to use the mdrun
test fixtures.

Change-Id: I2a91d992031605ab4144eed774a2af55367565d8

Convert unhelpful assertion to better documentation.

The gmxapi::Context does not yet have a rigorous way to manage
initialization of simulations that may or may not have already
partially run. Its currently handling of checkpoint files relies on
assumptions of behavior that is observed, but not guaranteed. A static
assertion reminded developers to double-check assumptions as GROMACS
evolves, but not in a particularly good or helpful way.

Remove unhelpful logic. Improve comments. Make a "to do" and provide
reference to potential further discussion.

Change-Id: I9a2e0bd8768ae8a4036c43694f97e0261fb3709a

Remove extraneous CMake config.

The generated gmxapi-config.cmake package config file had an unused
variable definition due to an extraneous option to
`configure_package_config_file()`

Change-Id: I67a70fa21cea92fa0de6ed7ebb49877aaf11cc89

grompp now checks tau-p>=2*tau-t with NH+PR

Added check to avoid resonances when combining Nose-Hoover and
Parrinello-Rahman coupling algorithms.

Fixes #2749

Change-Id: I061d5021ba5f9c3a68336d623c06843be9addbde

Refine FindSphinx

The FindSphinx function would not work on older versions of sphinx,
because the output from the program changed between versions. Modified
the detection logic to cover both cases.

Fixes #2751

Change-Id: I84525c5b9237d369fd78ac59b763e063456571e2

Note GMX_ENABLE_CCACHE in build system docs.

Added to the list in "Variables affecting compilation/linking".

Fixes #2743

Change-Id: I1a3184fbda1d879db60fea2333bc4f7db95b0277

Fix checkpoint restart of tpr with infinite step count

The recent fix of #2717 did not account for the way a user's .tpr file
can require an infinite number of steps by using the special value
-1. Such special values are difficult to remember when maintaining the
code, so we should tend to avoid introducing them.

Fixes #2757

Change-Id: I6570c4f4e7d63b2375dbb595a514c9e709f18856