Merge branch release-2018

Trivial clash in post-submit matrix, where a TODO resolved in 2018
release collided with a new TODO in master branch.

Change-Id: I07366ecb232c7341c8cf17674be3112f44fc9cdd

Allow extensible MDModules and forceProviders.

supports gmxapi milestone 6, described at #2585.

MDModules::Impl gets a std::vector for (shared) ownership of objects
providing the IMDModule interface. An add() method is added to the
MDModules public member functions, but the binding protocols are
separated into separate issues to allow minimal changes and varying
dependencies on other pending changes.

Relates to #1972, #2229, #2492, #2574, #2590.

Refs #2623

Change-Id: Ibb16d1453003213a49622810ed8bad4ed4b06e2d

Document clang-tidy libstdc++ incompatibility

Fixes #2627

Change-Id: I424698e22d2c73716fe53ae750bc260e3872a91f

Refactor wall potential calculation

Changed the wall potential calculation to use ForceWithVirial instead
of the coord x forces sum plus a virial correction. This change removes
the last virial buffer from t_forcerec.
Also refactored do_walls().

Change-Id: I23e56b6e08c57bd03363646f1f968bf0e251faa2

Use more const in hardwaretopology

Change-Id: I5b4240c246e3a87f3c85e506645d720960e09933

Fix clang-tidy build with libstdc++ >= 7

Fixes #2627

Change-Id: I236ab812f98c4921b21b03c6825707595d0385c3

Move clang-tidy build

This has seemed too slow when combined with the ASAN build.

Change-Id: I45ea5856ca05edbb6107b62f219e8afd3cdbda3f

Fix more clang-tidy issues

Change-Id: I64f138bc2034bbf1cfd734e49db8e88d07139ca9

Quiet cmake about clFFT not found after first run

Change-Id: Ief373c63045354982c7b9b505aa99842c3e5ea51

Updates to gmx cluster

As proposed by Boris Timofeev on redmine, this adds to ability
of writing CRYST information to output pdb files, as well as
writing index files for generated clusters.

Fixes #2597

Change-Id: I991889d4116f096a58a22d5482420f0ddc6d0ef9

Add hard limit for line length

Extremely long lines are a pain in diff-views (gerrit, github, ...),
and a problem for readability. The specific number doesn't matter,
as long as it reasonable. Most of us are just ignoring 80 so that
is useless as guideline.

Change-Id: I5dbced451b56bc307beea2aec7599b8764f978cd

Fix documentation build without imagemagick

During a recent merge commit the CMakefile for generating the
documentation without the full reference manual got broken due to a
double definition of the user-guide/index file. This commit fixes this.

Change-Id: Ib4e8a9e991695ebe28937745591290e3d336aaaf

Fix use of nullptr

clang-tidy is supposed to check this, but probably didn't because this
source file was changed around the same time.

Change-Id: I8e30024ea59779a75a757160b1367a66b3a670cf

Prepare pme-gpu-types.h for OpenCL

DeviceBuffer fields are hidden from the future OpenCL
device compilation with a macro. Struct fields are reordered
to satisfy the OpenCL device/host compatibility constraints.

Change-Id: I438c8121487c119cc5abfc04535a2c515fa2d399

Transfer information from old how-to section

Transfer information from the old how-to section to the new website and
perform some updates/deletions where needed.

Refs #2359

Change-Id: I474f4161003f07f92ba23d8183ac058fec4dc17b

Enable more clang-tidy checks for new code

Some of the clang-tidy checks would require too many code
changes when enabled globally. To get the benefits from
the checks without changing all legacy code add a second
configuration. Which configuration is used is selected by
directory: Any new module should use the new configuration.

Additionally it is recommended to use the new configuration
on a per file or change basis (clang-tidy-diff.py) manually.

This change contains the proposed configuration for new code and
and enables it for three folders which contain new code.

Checks enabled relative to base configuration:
clang-analyzer-security.insecureAPI.strcpy
readability-inconsistent-declaration-parameter-name
readability-function-size
cppcoreguidelines-owning-memory
cppcoreguidelines-no-malloc
cppcoreguidelines-pro-type-member-init
cppcoreguidelines-pro-type-union-access

The reasons that the remaining checks are still disabled (don't
know a good place to document because json doesn't allow comments):
misc-incorrect-roundings: #2562
readability-else-after-return: I don't think it is something we want to follow
cppcoreguidelines-pro-type-*cast: While it is best to not do those cast there
    are valid reasons for them. And because they are already easy to spot,
    mandating a NOLINT for those is probably not helpful.
cppcoreguidelines-special-member-functions: conflicts with Wunused-member
cppcoreguidelines-pro-type-vararg: #2570
cppcoreguidelines-pro-bounds-constant-array-index: While I think it would be
    nice to have a compile mode with bound checking enabled. It is so ugly
    to have to write at(v, n) instead of v[n].
cppcoreguidelines-pro-bounds-array-to-pointer-decay: This would be particular
    nice to have But it makes it very hard to write warning free code with
    legacy APIs which uses e.g. rvec. Those have to be modernized first.
cppcoreguidelines-pro-bounds-pointer-arithmetic: This would also be very nice.
    But it requires that depending APIs use ArrayRef rather than pointers
    for non-owning array passing.

Change-Id: I891a576d2c185ef6587224a1a19324f1a8967237

Add basic operations for gmx::BasicVector<>

1. Overload +,-,+=,-= operations for BasicVector
2. Add class methods for dot,cross products, scale, unitv, length,
   sqlength functions (norm, norm2)
3. Add out of class functions for same operations as class methods
4. Add .toRVec, .toDVec methods
5. Provide forwarding templates in vec.h to get correct norm, norm2
   implementation when both headers are included and function is applied
   to older vector style.

Change-Id: I9d0f4490ae51d12842e0f22e9b24b46754fb4f79
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Replace gmx_hash_t by HashedMap

This change is only refactoring.
The only (minor) functional change is that the initial size of the
hash table is set to >=1.5*#keys instead of 2.0*#keys.

Change-Id: I4512318dce5b76d99e7f5846ee0f158fb56b510f

Merge "Merge branch release-2018"

Add size optimization to HashedMap

The table size in HashedMap is now optimized when calling clear()
using the old number of keys. Also the number of keys is now set
to a power of 2, so we can use bit masking instead of modulo.
The bit masking allows for negative keys, which is also tested.

This is preparation for replacing gmx_hash_t with HashedMap,
but also improves performance for gmx_ga2la_t.

Change-Id: I90c5a602cb7e213eb6d2e8259a0effc4fd7c4e14

Add tests for HashedMap

Also moved HashedMap into gmx namespace and replaced the debug
assertions by debug exceptions.

Change-Id: Ie1d5984ee1db9b288e8664d17a86ab265652c637

Fix build without TNG

Also resolve the TODO about testing for this case.

Change-Id: I7e4b65f82a83c84234a01220954931e8ecd28c9e

Merge branch release-2018

Clashes in set_pull_init signature.

Issues with new pull checks from LocalAtomSet refactoring.

Transfered change to PME-on-GPU availability to new
location.

Ignored changes to pre-submit, because no longer appropriate.

Adopted changes to gmx solvate into master. The new test
coverage finds a memory leak that is fixed in this patch with
a refactoring of sort_molecule and add_solv.

Needed to include domdec/collect.h now used in master because
a function call from it was introduced in release-2018.

Change-Id: I5f7fcdf52a6093b455bd6e31c264696d88ced2ac

change some char to string in gmxpreprocess

Related to #2566 and #2570. As part of the refactoring of
pdb2gmx one thing that becomes clear is that a lot of variables
could have better defined scope and readability could be
improved if some char's are converted to string's. This can
ripple through the code base of gmxpreprocess. I have followed
some of those ripples here and will continue to follow in
later changes.

Change-Id: I0d12704ef27c06a4f64f8d1e8638760c8c7019ae

Update to prepare for 2018.4 point release

Change-Id: Id2cd50926f53c6a5ee825dfd9a7dce32e31938d4

Version 2018.3

Added some release notes for issues that were missing them.

Change-Id: I5480e5421387081fb7b6fc26885d983e6b4046b9

Fix trjconv when running without a structure file

When running trjconv without a reference structure file,
the topology information would be left uninitialized and
cause subsequent crashes during the deallocation.

Added tests to cover this behaviour.

Fixes #2619

Change-Id: I501c560ee0f8afca00bc78fd6f81b6841b5a5b57

Fix handling of counter resets

There is no reason for or need to change max_hours, ir->nsteps or
step_rel when doing a counter reset.

This makes clear that the behaviour for the combination

mdrun -maxh t -resetstep n

matches the documentation of -maxh.

Updated the API for walltime_acccounting and its usage, because
elapsed time is an insufficiently clear context. Changed the names of
the start and stop functions so that no callers can silently rely on
semantics that have changed.

Avoided variables such as elapsed_time and max_hours, which were
insufficiently precisely worded.

Refs #1781

Change-Id: I16c96985f43a7b4ac75b94f378da3d05914d6986

Fix missing interactions with GPU and DD

Non-local LJ and Coulomb interactions would not be computed on a rank
after the non-local GPU pair-list was empty at some point in time;
either at the start of the run or during a run.
The issue is that the pair-list was initialized conditionally on
the size of the list in the device side data instead of the host side
data.
Although this could have led to silent errors for small step numbers,
most systems will likely crash for production runs.

Fixes #2502

Change-Id: Iae1c5b70624b652d625520cadb647f862f296d5b

Fix pdb2gmx -chainsep

Fixes #2577

This patch makes readConfAndAtoms public and has pdb2gmx call it
directly. Previously pdb2gmx called readConfAndTopology, which
then called readConfAndAtoms and then tpx_make_chain_identifiers,
the latter of which is suspected of being broken, as documented
in the TODO added here.

Change-Id: I1b47e1743f6accf77ae67d232eb2c815edcff970

Permit PME on GPUs only for dynamical integrators

We did not intend to support anything else (and at least energy
minimization does not work, because copying of HostVector does not
work properly).

Fixes #2578

Change-Id: I260e578b718614e868ea264a1f487b903704f94f

Request flushing denorms to zero in OpenCL

This change adds by default the -cl-denorms-are-zero to the flags used
for kernel compilation. This is done to:
- avoid a large performance penalty on AMD Vega with ROCm (which by
  default handles denorms on GFX9 or later).
- make the defaults uniform across CUDA and OpenCL.

Fixes #2593

Change-Id: I9e6183c4367b5960e0e21f1dd342d7695acfbc44

Ensure domains are large enough for atom motion

The introduction of the dual pair list has led to larger nstlist
values, which leads to larger atom displacements between domain
decomposition steps. This has made it much more likely that
"atom moved to far" errors appeared at DD and PME redistribution.
Now minimum DD cell size setting correctly takes into account atom
displacement (when there is a reference temperature).

Note that this can significantly increase the minimum DD cell size
for solvent systems and slighlty for systems with large molecules.

Fixes #2614

Change-Id: Ie41131e9eed3ef828928516a6b8ebfb9b5ba2bdb

Fixed mdrun segv with QM/MM ONIOM scheme

Fixes #2617

Change-Id: I097d392ea53aeff589042df5074866e07a0ce5c5

Re-implemented mdrun -rerun tests

Used the new infrastructure to let the rerun test check that the
energies and trajectories (including forces) produced by a rerun
actually match those produced by a normal mdrun. Such a test running
in parallel would have prevented #1868, and will help checking that
any changed or new integrator functionality does the job that it
should do.

Updated some infrastructure to not care whether it gets passed
a C or C++ string.

Removed small pieces of infrastructure originally intended for use by
this patch but which are no longer required.

Refs #1868, #2112

Change-Id: Ifcb211aba62ccb79ebaec21a3088c9e60a618c86

Fix assertions for SD update

Some of the assertion logic in the refactoring of 5ae5bf42159cf was
wrong, but we apparently have no tests of the SD integrator before
now.

Refs #1793

Change-Id: I8acb6c5a9b6128aab7967fa8a1d32247f6365586

Add test for structural similarity measures rmsd and rho.

Tests rmsd and size-independent rho-factor calculation routines.

Change-Id: I1c74cb4e3185e38aafc5cb04352af2789b40eca9

Refactor calc_verlet_buffer_size()

Split of parts, which will be reused, from calc_verlet_buffer_size().
This change is only code motion.

Refs #2614

Change-Id: I9cf68a2661ee10eb991240d2768c077df9f9c0c5

Disable single compilation unit with CUDA 9.0

CUDA 9.0 does not support CC 2.x, hence even with the default list of
targeted arch, multiple compilation units an be enabled.

Fixes #2561

Change-Id: I741081da39539f211fad32bda5c1f1dccc4378f9

Remove compacting from DD redistribute

Since a long time the bCompact argument to dd_redistribute_cg() has
always been false. Now this option and the code for it is removed.

Change-Id: Iec87acd3f968475443e4d6de1fa87df536206230

Fix Verlet buffer estimate with BD

With BD and bd_fric>0, the masses used for estimating the pairlist
buffer based on estimated motion of constrained atoms and virtual
sites were, incorrectly, the actual masses instead of 1.

Fixes #2613

Change-Id: I5378c5f5566ccda28554b5a6c7d7c403228aa794

Fix clang namespace comment warning

Change-Id: Iff3b32562aed431f80c9a3b57a6aeb90f042ef9b

Fix assertion failure in CG

When the final step coincided with a coordinate output step,
conjugate gradient minimization would exit with an assertion failure
instead of writing confout.gro.

Fixes #2554

Change-Id: I53fffccb5310259132724b83ee452ef01f8ac9c8

Really fix CG with multiple domains

Commit 9232fa9a incorrectly claimed to fix CG with multiple domains.
The change fixes all issues due to the change of the global state
only being available on the master rank.

Note that there is still an issue with writing the final trajectory
frame.

Refs #2554

Change-Id: I1ed3363f722daad9e6aef00d9ded6647acc820f2

Make gmx_ga2la_t a proper class

Made interface conform as much as possible to std::unordered_map.
This change is only refactoring, apart from adding some assertions.

Note that HashedMap is also intended to replace gmx_hash_t,
after some of the optimizations used there are ported over.

Change-Id: I702296a5bd4988cc1f56fc92df28a7ba5e27c558

Remove macros in utility/tests/arrayref

Gave warnings in GCC 8. And were ugly anyhow.

Change-Id: I63ed9c5f46baa5523349cdae4d46ed2253119ca2

Fix simd-test

Having the data constants as expressions makes it more likely for the
compiler to reorder expressions and thus get results outside of
the tight ulp checks.

Also fix compiler error with GMX_OPENMP_MAX_THREADS=128.

Change-Id: Iacdcb8d4f6536e69bedd5b028d5150e73db0c764

Add check for pull group PBC to grompp

Pull groups that use a reference atom for periodic boundary treatment
should have all their atoms well within half the box size of this
reference. When this is not the case, grompp will now issue a warning.

Refs #2397

Change-Id: Ida7004624a470981d9ce22a1ef921daebad83364

readability-implicit-bool-conversion 2/2

automatic changes

Change-Id: I05a9c95a129dec179291e875be411b4a8e1d0522

readability-implicit-bool-conversion 1/2

manual changes

Change-Id: Iad9d6d301b526f79c25e56e7dfdf42144319ed80

clang-tidy modernize

avoid-bind (no changes)
redundant-void-arg
use-bool-literals

For deprecated-headers the changes are made in the cpp files but the
check isn't enabled. It isn't possible to enable it only for source
files but not header files and some of our headers still need to
compile with a C compiler for the nonbonded kernels. Once those
are removed the check should be enabled.

Change-Id: I7316b9bbffaf8842fecc40327543397984f75f5c

clang-tidy: google tests applicable

Change-Id: I32e5dd6226348a162750d272c20c49e116bb94a4

Enable clang tidy/warnings for tests

Also move check configuration into .clang-tidy file to allow
running clang-tidy seperately from the build to apply automatic
fixes.

Also relaxes some scalar tests. Commit b9057925955f changed contants
and relaxed SIMD tests without also relaxing scalar tests.

Change-Id: Ia895e219502b665db7ca0effaa03af3d3d380256

Make pull pbc atom use LocalAtomSet

Now the pull code only depends on the domain decomposition
through the local atom set and access to a communicator.

Change-Id: I8fad79ce4bd35bd7403e0f6515c66f8c2d253c69

Improve GPU detection sanity check error message

When the unexpected condition is triggered some extra info on what type
of error has been left behind after a successful detection of a
compatible GPU is now printed to aid with identifying issues.

Refs #2415

Change-Id: I85e0da4c339df8184aa2dec49440ce2d0e83e8bf

Updated links in user guide

Made sure links in the terminology section of the user guide point
directly to the html reference manual instead of to the pdf version.
Added small part for MD section in terminology woth link to reference
manual.

Refs #2359

Change-Id: Ie21d177c722fcc4b548d8c2d2fa228bff9bce2c8

Fix int/bool bugs

Change-Id: Id981c28d02ee22ad9a99f22a939887572d78e4b5

Add chainsep and merge tests for pdb2gmx

The chainsep and merge functionality is tested here using only
one ff and water model since these should not affect
how chains are processed. The new pdb file is just
fragment1 with chains and TER records added.

Change-Id: I41a215b53e3a4bace7738c838f426047e6937d57

Fix enforced rotation energy output

Its own per-group energy output files were always OK, but normal edr
and log writing didn't work unless pull groups were also active.

Change-Id: I66d3eb1e14b72766c385a69fd35a750b2338343f

Fix SIMD anyTrue bug, and add better unit test

The double precision versions could occasionally
miss elements.

Fixes #2588.

Change-Id: Ie033a3af0e5de25205533868062716a83f33df3c

Remove BasicVector.as_vec

Change-Id: I84e24ff4fc098b116b874c7f137a6f195d827a48

Remove code duplication in trajana/modules/trajectory

Change-Id: If5f48695930c61bbed69932b6cab267fc8ac110c

Remove cppcheck

cppcheck gives false positives with modern C++ constructs. It's
parser isn't very robust. Most of its tests are covered by at
least one of clang-tidy/clang/clang-analyzer/gcc/msvc/msvc-analazer
which all are significantly more robost making the ratio of
false positives to real issues identified not worth it. Additionally
updating cppcheck to the lastest version isn't possible because
it fails with syntax error in gtest.

Change-Id: I290468947c46eb5f4901b7cc30cdf96e487a50cf

Fix MSD

Fixes #2604

Change-Id: Ie0f1bb881d8ba1b5cc363c3645130123245c98a6

3/3 of old-style casting

Also remove GMX_CXX11_COMPILATION and gmx_qsort

Change-Id: I3cfec7dfdb47da89d3849ff7e9cc15f0550194a9

Add _real user defined literal

Change-Id: Ia656d894db2f663a3b8cfc1f6897f20d97759edc

Enable clang-tidy for headers

Change-Id: Id5acfb264ac57c09cc1a7d8ab512eb7c6bfc40f1

Avoid using global variables in programs

Using global variables defined in libgromacs and
used from outside causes issues if only lazy
binding is available.

Change-Id: Id1e960d7c638476d3f7ace339a327040f516f6fc

Added physical validation document to the dev manual.

physical_validation.rst had been written but not added to the
document generation

Unwrapped a few lines that were causing warnings

Change-Id: I99ade0d25ae3897f01a6ac57d4369c2a4e36f61b

Remove Debug Helpers from Essential Dynamics code.

dump_edi_positions, dump_edi_eigenvecs, and dump_edi rely on the data
layout of the essential dynamics code and leave a large foot-print of
changes when refactoring the code.

All information dumped is reasonably accessible with a modern debugger,
also on

Part of #2590

Change-Id: Icbd60a3347014df365aa17d47bcbbb18c2566a83

Local atom sets in rotational pulling.

Uncouples domain decomposition from rotational pulling by the use of
local atom set.

Change-Id: Ide8de70033a4e8d8f4e8c7eb66a554e0d3316654

2/3 of old-style casting

Manual changes.

Change-Id: I5a9d1ab65498f70539dd1f28bb538781dd1021f8

Enable ccache compiler wrapper when available.

Let CMake use ccache compiler wrapper via `..._LAUNCHER`.

For gcc and compatible compilers, the cost of rebuilding can be greatly
reduced when switching back and forth between branches. If ccache is not
installed or is not given a known-compatible compiler to wrap, this
change has no effect.

Potential side effects should already be familiar to ccache users:

* In some cases, a cache configured to grow too large may lose its benefit.
* If the cache is corrupted, it may need to be removed to restore utility.

We are not using any of the more aggressive caching options, so there
should be no risk of false positives in compile cache hits.

Resolves #2592

Change-Id: Ia04d7388a3e8367d31cc5728dfc4b245ea7ef774

Essential dynamics functions use const-ref for input t_edpar.

Made function calls to t_edpar carrying input parameters use const &, so
that we can later use a const parameter storage class.

Added documentation and trivial modernisation to functions and moved
them into anonymous namespace.

Part of #2590

Change-Id: I1910f45c3695ce6b1c234f67bd3ecaa279541e26

Split essential dynamics eigenvector reading.

Split off input parameter reading in all t_eigvec from working memory
allocation for buffers or simulation state variables. Preparation to
splitting t_eigvec and t_edflood data structures in constant input
data, temporary buffers, and data describing the simulation state.

Moved the initialReferencePosition and referenceSlope out of t_eigvec
into t_edflood, because it is only used in flooding and is meaningless
for all other data structures using t_eigvec.

Part of #2590

Change-Id: Id01aeca97489a02a6ed7c7ed2789fd11b978a115

Make essential dynamics a C++ type.

Confer also the reform of the rotational pull data, Ic03919f68c, for the
conversion strategy for gmx_edsam.

Part of #2590

Change-Id: Iece42512a8c5222d86ab8545ce2fc12aa1c6ffc7

Fix part of old-style casting

Part clang-tidy google-readability-casting is able to do.
Manual fixes in:
fileio/vmdio.cpp
gmxlib/nonbonded/nonbonded.cpp
selection/sm_same.cpp
gmxana/gmx_anadock.cpp
gmxana/gmx_cluster.cpp

Change-Id: Iad15ea205ac56b29f8ecaea6556fabedec975736

Remove gmx custom fixed int (e.g. gmx_int64_t) types

Change-Id: I20b6681f55c06e535524923351c9919ec4c7ffa3

Add some developer help to Developer Guide.

Import helpful stuff from old web site.

Change-Id: I9ae4e872a8de014e9ddd3afed47067e9f7aac405

Remove duplicate entry for Doxygen from dev manual

The page for doxygen was added twice to the developer manual, as it was
included both in the style guidelines and under development tools.
Removed the entry in the style section, as I think that the information
is better situated in the tools section.

Change-Id: Ie8f802b6981e7fdb53d04002e05563f092bc8047

Local atom sets in compEL / ion swapping code.

Local atom sets remove depency of domain decomposition on the
computational electrophysiology modules and handle atom index updates
outside of this module.

Additional refactoring, because swap_group has to be a C++ struct now.

Refers to #1972

Change-Id: Ic6ee2a71f5c5c11e161fa26aafbed2764e014daa

Fix clang-tidy MPI warnings

Change-Id: Ib7098b1409c3b11b6464d2b7673a0f58a807ed4f

Change gmx_bool from int to bool

This relies on C bool and C++ bool be of same size.
The language doesn't gurantee that. But we anyhow require
that both compilers use the same ABI and in that case
both types will have the same size.

Change-Id: I50b1b2e5683abfd1a5389ea158db2fda86e752c5

Fix gmx solvate topology updating

The topology update of gmx solvate was hardcoded to SOL molecules
(and some of the reported quantities also registered HOH and WAT).

Changed to allow updates based on any solvent molecule information.

Also, now allows for updates with multiple solvent molecule types
in the input solvent configuration

Added test case for topology update with multiple solvents

fixes #1929

Change-Id: If506e0f509c8a25cb615fb8d3f15b4dfdb239afa

Disable FPE for GCC 7.* with optimizations

Only GCC 7 with RelWithAsserts has issues. And debugging
has been unsuccessful.

Related #2404

Change-Id: I0ed3161c12cc8c33af3280f30a97a25c5d38cf1b

Reform enforced rotation working data

runner now holds responsibility for this object, not inputrec. We need
this separation as a precursor for various modularization efforts. The
input parameters are now referred to from that object, as a precursor
to forming a proper class and module.

The working data for each rotation group now contains a handle to the
const input data for each rotation group, rather than the other way
around. It also contains its index within the set of rotation
groups. These permit more const correctness, more range-based for
loops, and fewer parameters passed. This will let us evolve a class
to handle each group and/or type of rotation.

A vec field in the inputrec is now called inputVec. Formerly , it
handled both the user input and the normalized form used during the
work of the module, which no longer occurs. The name change makes it
clear that there are no remaining inadvertent uses of the field in the
input data.

The ind_loc field is now a proper deep copy of the ind field, because
they contain different data. This can be superseded by the
LocalAtomSet approach.

Some additional const correctness and reduced scope of iteration
variables.

Change-Id: Ic03919f68cc121eed9ebba58f887f18e5d1d8720

clang-tidy: modernize make-unique/shared

Change-Id: I913646526c767a409b74854c3a8efce5806a2a97

Support hwloc 2.x.x

Created compatibility layer to account for API changes moving
from hwloc 1.x.x to 2.x.x while retaining support for v1.x.x.

Changes supporting hwloc 2.x.x include:
    -reworked descendents lookup in topology tree to account for new
     division of object children into "normal", "memory", and "io" types
    -different memory access location for hwloc objects
    -accessing distances (latencies) between nodes has been reworked
    -different flags for accessing PCI devices
    -changed numa node ancestor search to account for numa nodes no
     longer being a normal part of topology tree

Fixes #2539

Change-Id: I483dda3dd344d8f7c99aa828bcc118a3d2de9dfd

Split essential dynamics reading routine

Introduce a class that handles the .edi file magic number reading and
versioning.

Split off working memory allocation and file version checking from
parameter reading.

Part of #2590

Change-Id: I22ee0294d464ba3acc2e5c54b3a42d97c90cbb71

Fix -skip option for gmx rms

Made sure request to skip points is honored.

Fixes #2565

Change-Id: I518d3f91861f89426020861d0382f5e689f33ba0

Remove extraneous gitignore line.

The line for `#*` is a comment, but is not a useful one. It may
have been intended (and may be misread) to indicate temporary
files that start with `#`. Since no one has noticed for years that
it doesn't do that, I propose to remove the line. If someone finds
it appropriate to exclude files starting with a hash, they can add
a `\#*` line. If the line was a comment, then its meaning should
be explained in a separate change (potentially superceding this one).

Change-Id: Ice7f9b9bd11f3ac0360e567a744106a4a8ca1494

Clean up inputrec structs

Used Doxygen for comments. Less use of typedef struct and better use
of forward declarations at the top of the header file. Expanded some
abbreviations and fixed some spelling and punctuation.

No functionality changes.

Change-Id: I20da07314a131b945d09dcbf25d95a37ef9c03cd

Report up to date hwloc version information

The hwloc version in gmx --version and log files had been
taken from HWLOC_API_VERSION in the hwloc header, which is
not always updated to reflect new releases.

Added HWLOC_VERSION to buildinfo.h from cmake, used in place of
HWLOC_API_VERSION

Fixes #2591

Change-Id: I0ed9f1f1ad9b4262fbb966c03c407eeb1edfc3da

Move out OpenCL device utils from vectype ops

The vectype_ops.clh contained misplaced device functions that did not
really implement vector-type operations. These are now moved to a
separate general-purpose device-side OpenCL utils header.

Change-Id: I225260e0fc63fbb144a30f2efecdb8adb7d20100

remove most debug flags from gmxpreprocess

To make pdb2gmx more readable as part of #2566 I
removed the debug info. I went ahead and removed
most debug info from other gmxpreprocess tools as
well.

Change-Id: I88919d1f166d7f44508b4fcfae156ffa051b4d70

Remove hardcoded warp_size == 32 assumption from PME GPU

The PME OpenCL host code now queries the warp_size aka max
execution width from the device. The CUDA/unit test handling
of constants/defines is adjusted. With this, only the PME
device-side code should be relying on warp_size define
(which will be passed to the compiler in the OpenCL
implementation).

Change-Id: Ic2d1512e04d36861590b13e02b5bd7a87240f9e2

Fix CG with multiple domains

The global state can only be accessed on master rank, so we should set
the flags there and then permit the DD code to propagate the setup of
the cg_p vector.

Fixes #2554

Change-Id: If294bf000eb0266125ecc6c6bf937aac0390e2b8

Disable FPEs at end of runner

In mdrun unit tests the exceptions enabled for one test were
still active in the next. This caused issues with group
kernel which is known to throw FPEs.

Related #2404

Change-Id: Ie347a29f25ed16836a3164b61c9fca87ca66fc44

Improve the robustness of the nvcc CMake check

The check to assess whether nvcc is likely functioning as expected is
made more robust by including the build-type specific CUDA_NVCC_FLAGS_*
flags in the test compilation.

Change-Id: I175809809fa436cb887c8b2a1cb48914338e596b

Fix nvcc host compiler check triggering

The nvcc host compiler check conditional triggering on the change of the
host compiler binary has not been functional as the check has been
placed after another gmx_check_if_changed() call on the same variable.
This change moves the code that checks the functioning of nvcc and host
compiler to gmxManageNvccConf and refactors the conditionals to reuse
the result of the previously issues check if changed call.

Fixes #2583

Change-Id: I26586aaec394cce93a05774cb4184b3928b560cb