Merge branch 'master' into rotation

Conflicts:
src/kernel/runner.c

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Updated normalization factor

Fixed bug 604 as requested.

Merge branch 'release-4-5-patches'

fixed g_velacc -m not automatically using -s

Fixed selection problems with a minus sign.

Negative values should now work consistently, independent of where the
value appears and whether it is an integer or not.  Also, changed
precedence of operations such that "x-1" is interpreted as subtraction
and not as "x equals -1".  The latter must now be written x {-1}.
Curly braces can also be used elsewhere to delimit value lists in
parameters (a yet undocumented feature).
For technical reasons and clarity, also changed static positions to use
square brackets ("[1.2, 2.0, 3.4]") instead of normal parentheses.

Fixed valgrind warnings in selections.

Arithmetic expressions that used a ^ operator on dynamic values resulted
in (mostly harmless) valgrind warnings about uninitialized values.
Dynamic numerical values are now initialized to zero to avoid this.

Fixed more selection negation segfaults.

Fixed segfaults with negations in selections.

make sure that the MANPATH is not set to only GMXMANPATH
under ubuntu it is empty which means getting the system path
it has to include the empty string to keep finding the system man pages

added note to g_density for using g_energy for normal densities

fixed incorrect dispersion correction for TPI with multiple atoms, bugzilla 592

fixed spelling

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed uninitialized variable warning in grompp.c

fixed d3b582c73
this commit accidential disabled IA32 and X86_64 ASM kernels

fixed 624db1bb
applied those change also to autoconf GMXRC templates

fixed typo in checkpoint warning

made combination of tpi and pme work again in parallel

fixed combination of tpic with pme, pme mesh energy would be incorrect, always around 0

Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'

CMake: another fortran fix

Now really fixed locking of log file.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:
src/tools/gmx_membed.c

fixed locking of log file - broken by d750b9ce

Made Charmm27 DNA and RNA termini (Michel Cuendet) and atom renaming work

cmake LIB environment variable check, and GMXRC check due to Klaus Kaempf.

Fixed compilation issues with C99 compatibility.

Fixes and small additions to g_wham, due to Jochen Hub.

fixed genbox producing incorrect residue names with mixed solvents, bugzilla 576

added a comment about assumptions of aligned memory

CMake: fortran fix

fixed syntax error from commit bd5b2724

cmake: give openmm default suffixes

cmake: install-mdrun should not install pkg-config files (bug #586)

Modified FORTRAN and threads warning.

improved option compatibility checking with OpenMM
(cherry picked from commit eba3b450aba044c55aae5e49d5068d7fc05adbbb)

improved option compatibility checking with OpenMM

made grompp mdp input file non-optional, fixes bugzilla 577

added fail-safe check for OpenMM with double precision

renamed mdp setting Ace-approx to Ace-approximation

fixed completely incorrect pressure scaling with nstlist=-1, bugzilla 579

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Fix manual references for 'continuation', rather than 'unconstrained_start', even though they are equivalient and the latter is legal

mk_dlist() changed its parameter list, so its declaration here needed to change, even though it's never used.

fix broken check for dlopen (by Christoph Junghans, thanks!)

fix FFTW3 interface for non aligned memory
(FFT5D doesn't use non-aligned memory thus this didn't cause any errors in 4.5
unknown to me whether this caused errors in 4.0)

make install-mdrun now installes shared libs (fix for bugzilla 549) + mnir fixes

"make install-mdrun" correctly installing the shared gromacs libraries
when the case, including the pkgconfig data and symbolic links.
Also made the openmm_wrapper and gmgx_gpu_utils libraries always build
and link staticlally (no need for these externally).

Merge branch 'release-4-5-patches'

configure: added '--disable-la-files' option

changed the grompp charge group radii to always check against rlist iso againt rlistlong

Error message on enabling FORTRAN and threads.

made vmdio work with older api version (e.g. vmd 1.8.6)
improved error message

include "error.h" was not neccessary and caused problems with xlc (bug 575)

1) gmx_fio_seek was not returning correct return value, thus trjacat thought the seek failed and trjcat -overwrite wasn't working
2) checkpoint didn't check the return value of gmx_fio_seek
3) log file wasn't truncated if md5 file was available in checkpoint
4) made comments more clear

Reverted changes to md_openmm.c, get rid of 'nan' in averages.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:

share/top/gurgle.dat

Added software-related quote

mdrun-gpu now doesn't output individual energy term, only the totals.

Closes bug 568.

fixed case of opls atom types in share/top/ions.itp to make old opls topologies work with the new ff setup

Updated to reflect bug 557.

Fixes for g_chi for bugzilla 569, so that it now uses the GROMACS 4.5 residuetypes.dat database, not the old aminoacids.dat. These fixes use the new gmx_residuetypes API functions contained in the previous commit (bbf195d).

Extensions to the gmx_residuetypes_t API to meet the needs of g_chi

vmdio read the box but didn't mark it as beeing read (bBox)

MCH3S was missing

Added missing includes to gmx_tune_pme.c

added a warning/note for bond oscillational periods of a few times the time step

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotation: corrected PBC treatment

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

added check for tau_t<=0 with integrator sd

fixed incorrect gmxcheck comparison of ir->separate_dhdl_file

Added missing #ifdef around MPI directive

Fixed missing installation of the openmm_api_wrapper; added INSTALL.*make* for distribution.

improved the initial guess and fitting weights for autocorrelation fitting with -beginfit>0

removed g_analyze confusing fitting messages about fitting the function when fitting only the acf

FindFFT?[F] scripts can use a path provided in FFTWx[F]_ROOT_DIR environment variable when looking for libs/headers

fixed too small fixed array in grompp top reading (only used with incorrect input

Added do_multiprot in src/contrib, thanks to Ran Friedman

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed bug bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=564 by adding a call to a routine freeing datastructures for lsq fitting. The program still uses memory
linearly with the number of timesteps in the mulsq variable. This should be fixed later on.

gmx_pme_error now uses at most all charges for the self error estimate (even for -self values > 1)

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotation: Issue a warning when actual box size differs from reference box size

Changes to GB non-polar solvation calculations

When using GB, users now explicitly have to ask for the non-polar
solvation to be calculated. Previously this was always done despite
the sa_algorithm=no in the mdp-file.
Grompp now also honors the value of sa_surface_algorithm in the mdp-file.
The non-polar energy gets printed, so that all partial
energy terms add upp to the total potetial energy.
All of these changes are documented in the online manual.

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Fixes for selection modifier initialization.

Selection keywords merge, plus, and permute did not work properly in all
cases, and resulted in double frees if there was a syntax error.  There
are still some pathological cases like "name CA plus x < 5" that don't
work correctly, but those should rarely be needed, and will take more
time to fix.

fixed box vector read in vmdio

Fixed reproducibility of g_pme_error results in parallel

Fixed more checkpointing issues with .edr dh data.

Checkpoints backward-compatible + more consistency checks in g_bar.

Fixed checkpointing bug with g_bar energies

Revert "added GB non-polar solvation energy term to the log and energy file output"

This reverts commit 8c51a787e9cbe208361c8428b949213962bde589.

configure: power6 and fortran can now be enabled at the same time.

This is not extremely useful for the kernels, because power6 kernels
will overwrite fortran kernels, but it allows other fortran stuff,
like the libxdrf fortran interface, on power6.

configure: fortran kernels can also be compiled with gfortran (g77 is not included in >=gcc-4.0 anymore)

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation