Merge "Resolved gerrit issue https://gerrit.gromacs.org/#change,126" into release-4-5-patches

Resolved gerrit issue https://gerrit.gromacs.org/#change,126

Change-Id: I21190310734c8ccab645606515a9a7265c805ccc

Added support for g_dos, g_hydorder and g_densorder in CMake.

Change-Id: I501747d6d0c41f88427c7f0bfa181d77adece9f0

Fixed a bug in egbOBC and double precission.

Change-Id: I016342ebe0f7758ffe0373f906e7095d2c9a1a06

added grompp check for posres+pcoupl+refcoord_scaling=no

Change-Id: Iec18eb3192a0fbbd44883e0963df471e441cb8bb

Merge "g_wham: fixed pullx.xvg reading issue with pull_geometry=cylinder" into release-4-5-patches

Merge "made allocation for LINCS with particle decomposition dynamic, fixes #777" into release-4-5-patches

g_wham: fixed pullx.xvg reading issue with pull_geometry=cylinder

Change-Id: Ica6c4a4685efa8e3900ea893f11f379bfcece718

mdrun -multi -cpi now checks if simulations parts are identical

Change-Id: I7163d5042c7841eece3957df87859e8b1e7ceae0

Merge "Introduced different options for pdb2gmx termini introduction (-chainsep) and merging into single moleculetype (-merge)" into release-4-5-patches

Fix trjconv -sub

close_trx doesn't set the defunct t_trxstatus * to NULL, so the
subsequent test for clust_status[i] to be non-NULL was erroneous.

Change-Id: I38f3b0404c82122cdd74f0af11738155a5e34013

Warning about trjconv -sub needing many files open

Change-Id: I6645b7ccdca47b9eed61d2e937cad99d43e816ac

g_sham -mdata is an input file, not output file

Change-Id: I2795de08bc8049a95f921300b325b5942a74d516

Format warning better

Change-Id: I1a18ee94a238fc0c4690da4f33e7a95b071d15c6

Merge "Added warning line." into release-4-5-patches

Introduced different options for pdb2gmx termini introduction (-chainsep) and merging into single moleculetype (-merge)

Change-Id: I041f152f157f6f6b70145582ee5624bcbcf9bda2

Merge "Fix pdb2gmx -debug and .hdb files" into release-4-5-patches

Merge "Fixed charge groups of CHARMM27 DNA/RNA terminal H" into release-4-5-patches

Merge "Added ACE and CT3 to CHARMM27 aminoacids.rtp" into release-4-5-patches

Added warning line.

Change-Id: Ia301e2515cba3ccebb7f35dbe0c7a3d0ed5f5093

Fixed incorrection AmberGS force field (redmine #728)

Change-Id: Iec340d97851bc08bc8555667df859cb6effc4378

Merge "fixed grompp issue with decoupling and virtual sites" into release-4-5-patches

Merge "Fixes for CMake finding FORTRAN library names on POWER6" into release-4-5-patches

Merge "Remove segv in xpm2ps, fixes #611" into release-4-5-patches

fixed grompp issue with decoupling and virtual sites

grompp would give a fatal error while generating virtual site
parameters when state A was decoupled using the decouple option.

Change-Id: I8ea099d93d859537869aa32a2f8d6d825f277bde

Fix pdb2gmx -debug and .hdb files

For some archaic reason, pdb2gmx produces sanitized .hdb files when
you use -debug. However, these can run afoul of the wildcard search
for .hdb files on subsequent calls to pdb2gmx. So I have commented
out the sanitizing feature.

Change-Id: Ie0efada2960dd62260f6be5c796eed18a684b3e7

Fix for CMake finding LAPACK

Suggested by Marcin Zielinski on gmx-users:
http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-September/064392.html

Change-Id: I4af8637ecdf0258ff3229a49bf7b4a3b51edc3ec

Added ACE and CT3 to CHARMM27 aminoacids.rtp

Also supporting changes to .hdb and residetypes.dat

Change-Id: If35afd88d9bb4f71ef5ef8556bf6db245a16bbea

Fixed charge groups of CHARMM27 DNA/RNA terminal H

The nucleic acid termini databases added hydrogen atoms by default in
the same charge group as the atom to which they were bound, however
in CHARMM force fields, each atom should be its own charge group.

IssueID #744

Change-Id: Ic608065008cc20e6c452bb5cf1d116db6bfde679

Fixes for CMake finding FORTRAN library names on POWER6

Change-Id: I99a5d406a8c2059574e17e8664686ae9b09e0c6f

Added support for custom external BLAS/LAPACK libraries.

To use them give give to cmake
-DGMX_EXTERNAL_LAPACK=TRUE and
-DGMX_LAPACK_USER=/path/to/external/lapack

Same for BLAS.

Change-Id: I4ca1c4ca365788fcafc4219934fdfe8758db84f1

Fix bug with large ints without MPI_IN_PLACE

Communication of gmx_large_int_t arrays when MPI_IN_PLACE was disabled
never worked when it was introduced just before 4.5.4, because it used
an int-sized buffer. This affected replica exchange sanity tests on the
number of steps.

IssueID #801 #803

Change-Id: I48f04b1c4dd80646711db99c5dab89cb910e79b4

made allocation for LINCS with particle decomposition dynamic, fixes #777

Change-Id: I070b5f8917d12ab64896f62ecc80ed38b011f066

Merge "fixed incorrect pV term in the energy file" into release-4-5-patches

Made grompp note about non-zero charge more useful

Non-programmers need not know what -6.300000e-1 actually means,
so we should avoid the %e printf format. URL provided to discussion
of why the user needs to pay some attention here.

Change-Id: Ie593919540db8728b898cd7d0904659c7f3d9345

Re-implemented generating default protein index groups

Hopefully using a struct to associate data that is used in association
will make future maintenance easier. Some general improvements
to the code quality, also.

Change-Id: I37017e1dd3612d143df935ada79374dd9a8fbcd3

Adjusted construction of default index groups

The CHARMM convention of naming the H atom bonded to backbone N as
"HN" led to erroneous construction the MainChain+H and (complementary)
SideChain groups. Protein, Protein-H and SideChain-H were fortuitously
correct.

IssueID #788

Change-Id: Ib8525dba61e4f072ae5074a9f6b523ac13892833

Fixed comment

Change-Id: I42e6292e7c658c69810626cf4e6c861394546a40

Remove segv in xpm2ps, fixes #611

Issue a fatal error if matrix elements are to be
added/subtracted/multiplied/divided (with xpm2ps -compine) but no
proper matrix data could be extracted from one of the xpm files.

fixed incorrect pV term in the energy file

Change-Id: I157b0468907802e29c7dec763ed2e5db99c02922

Instead of a segv, mdrun now gives an error msg if npme>np, fixes #795

Instead of a segv, mdrun now gives an error msg if npme>np, fixes #795

Change-Id: I2e93bccf45ace215d6237354559b8750628a13d6

Merge "Fixed g_disre dereferencing cr" into release-4-5-patches

Merge "Typo fix" into release-4-5-patches

Merge "fixed operation on closed file structure in gmx_rmsdist, fixes #780" into release-4-5-patches

Merge "fixed possible infinite loop when reading atom types, fixes #791" into release-4-5-patches

Fixed g_disre dereferencing cr

mdrun uses some code in common with g_disre, and some code that deals
with PD vs DD has to use cr. g_disre sets cr to NULL, of course, and
the common code just needs to be sensitive to that and test for NULL
before using it.

IssueID #766

Change-Id: Ia92bd1d18ba8085d285f37b14897f384a71c64ce

Typo fix

Change-Id: I0fd1e3f6e21c3fedcb43151935bbfc7fe69d84bd

fixed operation on closed file structure in gmx_rmsdist, fixes #780

Change-Id: Iddac26debf616d962df2fd40b79d01dc01942c1c

fixed possible infinite loop when reading atom types, fixes #791

Change-Id: If5ddcc0b5238cdfa625b1d85d05e1dabbe4eb32a

Explained terminal residues and AMBER in pdb2gmx -h

The -ter mechanism doesn't work because naming terminal residues with
suitable prefixes is required.

Change-Id: Idde88d84988ef4d1d0752e6f854a0d18c194ea88

Made free energy perturbation work with CMAP

That is, FEP of other parameters works when CMAP is active, not
FEP of CMAP parameters themselves (if that even makes sense!)

fixed incorrect pointer assignment in g_protonate

Change-Id: I719c24921157077aca60afae1e4579b7dcf670e3

implemented full exclusion support for the charge-group innerloops

Change-Id: Ib662addaf9e33288c072ee05446d883bac09394c

Merge "removed npmenodes mismatch warning in read_checkpoint without  DD" into release-4-5-patches

Merge "Make sure that ftell works correctly for files opened in append mode fixing Issue #762" into release-4-5-patches

Make sure that ftell works correctly for files opened in append mode
fixing Issue #762

Change-Id: I019fa6a2b51a2156c900e1a31a0b521e62b79961

removed npmenodes mismatch warning in read_checkpoint without  DD

removed fatal_error for prime number of nodes when -npme is set

Fixed output bug in demux.pl

Simulation time written to the output index files was limited to
8 characters, which was too small. Now 20 characters.

Typo.

made trjconv -novel work again, fixes #722

Fixed calculation of max and min number of PME-only nodes. Fixes #787.

number of degrees of freedom can be fractional -- in NHC_trotter, 'nd' has to be double, not int.

Removed jargon and abbreviations from pdb2gmx.

Not everyone will know what 'iso' means.  These little tweaks
will hopefully lead to better understanding of the pdb2gmx options.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added initialization of arrays after srenew call.

Streamlined small part of pdb2gmx

In the absence of manual assignment of histidine protonation, the
automated assignment mechanism analysed the existence of hydrogen
bonds before determining whether any histidine residues existed in
the current chain. This led to confusing output on (for example)
DNA chains.

This improvement checks for the existence of at least one histidine
before analysing and reporting on the hydrogen-bonding network.
Thus pdb2gmx will process chains lacking histidine slightly faster,
and be negligibly slower for those including a histidine.

It's also a little more verbose about why it is searching for
hydrogen-bonding networks.

Reading a .g96 trajectory now causes fatal error

When someone fixes the .g96 reading code to be thread-safe and
correct, this functionality can be re-instated.

IssueID #781

fixed div by 0 in compute_io, fixes #778

Added two missing headers

Fix some identifier naming issues in last commit

That'll teach me not to avoid doing a test compilation! :-(

Avoided some integer overflows

With very large numbers of PME nodes and/or Fourier grid points,
integer overflows could occur in comm_cost_est(). Now fixed.

Clarified use of OPLS/AA zwitterion termini

These are only for use with single-residue amino acids

Fixed improper file close with GB and mdrun -debug

Made pdb2gmx error message less cryptic

Added globsig.h to include/types/Makefile.am

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

dl lib was missing in libgmx.pc if GMX_DLOPEN is enabled

Fixed PME citation.

IssueID #769

Fixes for g_bar output. Units are now correct.

Revert "draft"

This reverts commit 89abdeb7fa078c7b8dd4391aad3df2c03a60a2f0.

Oops, stuff from the gmx_packed_t branch leaked in. Sorry.

Improved error message and documentation

-pbc mol now notes the need for a -s .tpr file. Also, when the index
groups (perhaps implicitly defined by a .tpr file) do not match the
input trajectory, the error message now hints that a mismatch exists.

For example, this wil help users trying to visualize the results of
genion by way of "trjconv -pbc mol -ur compact", by erroneously
using the .tpr file that was input to genion in combination with its
output file.

draft

tpbconv can now read cpt files, fixes #741

fixed convergence of multiple pull constraints

With multiple constraint pull groups, only the convergence
of the last group was checked. This fixes #657

Fixed typos.

Made grompp fatal error a little more explicit.

Expanded LINCS warning text

It now indicates which simulation in a multi-sim is the culprit

Fixed symtab buffer error message.

Symtab error message now a little less cryptic. Buffer size increased to 1024.

cmake: rename LIB to GMXLIB to avoid conflict with FindMPI.cmake

 IssueID #763

fixed grompp enx Nose-Hoover Xi reading, fixes #759

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

genion and genbox now print in a consistent manner.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Added a comment where bPhobics comes from

IssueID #754

fixed dirrent_t memory allocation issue on Solaris, fixes #739

removed duplicated bPhobics function (thx to Francois Bissey)

IssueID #754

cmake: remove selection/test* from gmxlib sources

IssueID #749

Added support for SunCC on Solaris/SPARC.

Based on a patch provided by Sergey Klyaus.

Adressed over-eager warnings that gcc 4.5 generates.