Optional computation of fluct. props in g_energy. Fixes #954

Added a command line option -fluct_props to turn on the computation
of heat capacity etc. in g_energy. This prevents a warning message
from appearing on the screen each time the program is run.

Change-Id: I0cac44494ec5a366762d4d0a915146298d2ce1e0

Added TIP4P back into CHARMM27

I think Par erroneously removed this in 73b6d636a

Change-Id: Ie9f64636b1b28030ec86248649acad343b7c9a76

fixed trjconv not writing velocities with cpt input

Fixes #930

Change-Id: I554dd729484a4238620f2773b5c3b3672cab72ee

Merge "fixed incorrect TPI results with dynamic box" into release-4-5-patches

Fixed essential dynamics / flooding group PBC serial

In former versions, the PBC representation of essential dynamics /
flooding group atoms could be incorrect in serial runs if the ED group
contained more than a single molecule. In multi-molecule cases, the required
steps to choose the correct PBC image in communicate_group_positions()
therefore need to be performed also in serial runs. Since the PBC representation
can only change in neigborsearching steps, we only need to check the
shifts then. In parallel, NS is signalled by the bUpdateShifts
variable, which is set in dd_make_local_ed_indices(). The latter
function is however not called in serial runs; but still we can pass
the bNS boolean to do_flood() to signal the NS status. For essential
dynamics, unfortunately, since do_edsam() is called from constrain(), there
is no information about the NS status at that point. Until someone
comes up with a better idea, we therefore do the PBC check in every step
in serial essential dynamics - the performance impact will be negligible
anyway.

Change-Id: I86336a5e34131bdeac7e28f35b1ccb633450e54e

fixed incorrect TPI results with dynamic box

TPI with a box in the -rerun file different from the tpr gave systematic
errors. In Gromacs 4.0 there was a minor error, but not systematic.
Now TPI with any box setup is fully correct. Fixes #799

Change-Id: I69279874c2d1192e63efa224a0f035d43e919e88

Merge "Added comment in get_structure about which structures are included" into release-4-5-patches

Fixed calculation of projection for STAR and/or SORI

Both for STAR and for SORI, if provided to make_edi, the
fit structure and the average structure can be the same
(in these cases the old code works fine), or one can do
the fit on another (possibly larger) part of the molecule.
In the latter case, STAR (or SORI) contains first the fit and
then the average structure (concatenated). Here, the fit has to
be performed using the fit structure while the projection(s) have
to be calculated using the average structure. This is now
taken care of by the 'avindex' index variable.

Change-Id: Id97235030f3394df2931e30249083ad439dbe791

Added comment in get_structure about which structures are included

This patch just adds a comment and refactors natoms -> nav to better
clarify when we deal with the AVERAGE and when with the REFERENCE (fit)
structure. 'natoms' is not a good choice if we are talking about
the number of atoms in the average structure only.

Change-Id: I7025fb6ea59af0a7bcd7953a25abd09be0dd2979

Merge "Fixed segv in essential dynamics module" into release-4-5-patches

Fixed segv in essential dynamics module

Change-Id: Ia5657a535e7e31d55bf2b310a20dfee2a5e3b7f4

Fix overlapping memcpy

The memcpy were not neccessary.

Fixes #984

Change-Id: Iea1d34756444cba2493940ab3f2252e7c108323f

fixed DD charge group displacement error check

One of the two checks for large charge group displacement during
domain decomposition mixed the dimension index and the dimension.
The check was correct for decomposition in x, xy or xyz. Other setups
could lead to false positives and false negatives (unlikely).
Fixes #959

Change-Id: I9e38c43f931e6ca8149faae40f49f675a7ae9664

Adding missing entries in programs.txt

Change-Id: I3b7879fc93d9b3a7c5eed5f14825331a12589b25

Merge "Fixed bug in sfactor.c that makes g_rdf -sq give wrong results." into release-4-5-patches

Fixed bug in sfactor.c that makes g_rdf -sq give wrong results.

The number of neutrons is not any more in sfactor.dat, but the
respective sscanf line in sfactor.c has still a placeholder for it.
Consequently, the Cromer-Mann parameter were read incorrectly.

I left the element n (for number of neurons) in gmx_structurefactors_t
for now, but the variable is at present not used.

Fixes Bug #919

Change-Id: I20a78b0b1cf4bf2271ba0ce8c785d900502d7656

Fix memory error with complex boolean selections.

Backported from dd3a102.

Conflicts:
src/gmxlib/selection/compiler.c

Fixes #968.

Change-Id: If92b5b1eb8cf6b3acb510ba43f64fc82b63ab82a

Bugfix for the segfault that occurs with g_hbond -hbm -contact.

Fixes #967

Change-Id: I23968ca45683b5867f919bf32e588058bd391c67

Fixed L-BFGS trajectory output.

This bug made mdrun ignore nstxout and nstfout when running l_bfgs.
When calling write_traj, MDOF_X|MDOF_F was given as mdof_flags to write
the trajetory, thus ignoring do_x and do_f evaluated on the previous
lines.

Fixes #905.

Change-Id: Id3ff7b090efd23fd28d8c27ea99992d1647f1ed6

fixed segv/hang with EM and foreign lambda values

Energy minimization with nstcalcenergy=-1, foreign lambda values
and no separate dhdl.xvg output file called malloc with negative count.
Fixes #962

Change-Id: I3d6b636ddba80fc2ae400590c48642c217325293

Fixes #961 - Shake reports wrong error

The constraint index reported by shake was off by 1.

Change-Id: I6f4d0c013b30f5963fb312b41fb87e90e6314619

Correct normalization for HB-contact c-correlation.

Fixes #960

Change-Id: I391dd84fd38e784ac6c311dd913284de47d6a93d

Merge "Fixes #882 -  looping bug in trxio.c" into release-4-5-patches

Merge "Quiet linker on BlueGene" into release-4-5-patches

Merge "Fix g_lie counting last frame twice" into release-4-5-patches

Fixes #882 -  looping bug in trxio.c

This led to infinite output files in the case of a corrupt
input file.

Change-Id: I25d61752d901012e9ce5e6adae1679c2ef99467a

Quiet linker on BlueGene

Change-Id: Ib105a93ca233c763d3b6caf3c3c636a673078986

Makes g_hbond -contact work

Fixes #955

Change-Id: I5d421d5f2e25d3801497efccb291425f90480a8c

Fix g_lie counting last frame twice

Change-Id: Ia1c37e79843cd0e10d5e8444d004c7aca9cce87a

Merge "Work around failure of endianness testing on BlueGene" into release-4-5-patches

Merge "Made mdrun more verbose about PME split" into release-4-5-patches

Small fix for g_tune_pme

Change-Id: I12fd2e48dc409f87b270f1ddaaaf2d1a83683fd1

Merge "Added more suggested strategies to error message" into release-4-5-patches

Work around failure of endianness testing on BlueGene

Refs #944

Change-Id: I4bbfe9865800bbe4e407a88cdecec6678d56f3b4

Fix endian test functionality

Code for big-endian systems was silently failing with CMake. This
patch brings CMake and autotools into agreement.

Partial fix of #944
Change-Id: I1f14938fd23e926e05397977963fbf968f0406e0

Added more suggested strategies to error message

Change-Id: I4a68ea06697890175bb03e900664dd9bb886305c

Merge "Replace our fftpack version with Numpy's version" into release-4-5-patches

Replace our fftpack version with Numpy's version

Fixes incorrect results for vectors with length of multiples of 12

Fixes #946

Change-Id: I9a110de7334cbb96a72d0ced73ade4d55f665fee

Made mdrun more verbose about PME split

Change-Id: Ieda0ba5dcf08260cf94ad9aefd8937e067f2c6e2

Fix use after free in g_anaeig projection code.

PBC removal structure was deleted immediately after it was initialized,
and used afterwards.

Change-Id: I6126967b34e8de289370dede79cc50a9924ac34d

Removed dependency on windows.h through commrec.h, domdec.h.

Change-Id: If40506b521a4b4690506465a3f421dab93bc9ce6

Merge "Continuing to fix threading on Cygwin" into release-4-5-patches

Fix editconf real-bool misusage

Bool variable was declared as real. Caused invalid stack read
in double precision. Could have caused wrong value to be printed
for argument display but couldn't have caused wrong behavior.

Found with AddressSanitizer

Change-Id: I32553b1a898fb3a7f072ae177518dd63fad56dde

Fix Clang 3.1 warning

grid_spacing is an integer and thus it was always set to 0

Change-Id: Id10bccdadef8f2630631d638e94bd27d78774536

Continuing to fix threading on Cygwin

Fixes #833

Change-Id: I5d577a149ad18b295559f6d87c24dc42bffd281e

re-introduced fix for real/double issue in gmx_density

The float density histogram could overflow for large data sets.
A fix replaced 3 of the 4 pointers to floats by pointers to doubles, leading
to compilation issues. In two steps these replacements were reverted.
Now all 4 pointers have been replaced.

Change-Id: I0d8e38d27ac5c469480ff731ad191d869f5d890f

fixed mdrun -cpi SD and pcoupl initialization

With mdrun -cpi and no previous output files present SD and pressure
coupling were initialized incorrectly, leading to minor differences
at the start of a simulation. Fixes #939

Change-Id: I1ea3797ceb39760341c7c11cf74425c02dcaf235

Clean up cmake version generation.

- Use comparisons like ("${VAR}" STREQUAL "") for testing for empty
  strings (other variants may fail in certain scenarios).
- Add some other quotes to avoid CMake errors in unusual situations.
- Remove trailing whitespace.

Related to #888.

Change-Id: Ifd1a87f0e929b4cb62db56d70ca469b73075fc2c

Drop support for pre-1.5.3 git for version info.

Did not touch the autoconf version, since that will anyways be obsolete
in 4.6.

Related to #888.

Change-Id: Ic7d890959e2e9a614f5d39a453c45671c3b56df4

Fix cmake version info generation.

Use the same logic in the cmake version info generation script as is
used in the shell script for autoconf.

Fixes #888.

Change-Id: I2a06d175a1e04e25d38b917d907cdae429743099

Don't enable ASM if no asm kernel is selected

Caused that -DGMX_ACCELERATION=none didn't compile without
asm installed.

Change-Id: I572d64b94af89516ef35336190636ead6a256c0f

Merge "Remove checks based on Generator" into release-4-5-patches

Merge "Fix version info generation for autoconf." into release-4-5-patches

changed PME MPI_Comm comparisions to MPI_COMM_NULL, fixes #931

Change-Id: I6087339c5609de0444ac578c217825b9918cb993

Fix version info generation for autoconf.

Should now work with a repository cheched out both from git.gromacs.org
and gerrit.gromacs.org.  The pattern for finding the remotes may be
better with some finetuning, but it works for me.  However, not that
much effort should be spent for the autoconf part since it will be
removed for 4.6.

Partial fix for IssueID #888.

Change-Id: I3f0caf440067b3eceba28845c1061c0642c0226b

Remove checks based on Generator

OS dependending checks should not depend on Generator

Change-Id: I3c682c8b5ec82fe2a2b78744c6f56dccd655ee5c

fixed dispersion correction with parallel EM

With EM the energy and pressure dispersion correction terms
were multiplied by the number of nodes. Fixes #901

Change-Id: I289ac0de7d7a9c1f72e939b840c549c1cb49a52a

Corrected fourierspacing description

Change-Id: I5cb577f0750cea3481f766330096d5b2bca7eb6f

Merge "fixed initial COM motion removal with multiple groups" into release-4-5-patches

Merge "Various improvements to shell code" into release-4-5-patches

fixed initial COM motion removal with multiple groups

Seperate COM motion removal code before step 0 has been replaced by
a call to the normal vcm code. This require some cglo flag changes.
Fixes #925

Change-Id: Ia6b8637b133c343c7e503307f00b557f7ad7409c

Merge "allow -append to overrule unsupported file locking" into release-4-5-patches

Various improvements to shell code

Tested for binary equality only when appropriate. Increased verbosity
of error message. Clarified code that interpolates a scale factor for
a steepest-descent step size.

Change-Id: Ia386390e3a1b7690bf446342e55a3559da1e67eb

fixed segfault in graph code with coordinate subsets

The graph code checked for atom indices above the subset size,
but not for settle. The check for settle has been added.
Fixes #809

Change-Id: I67ddbd3dab5a34f57a29f54f4b07918a6d74c38c

allow -append to overrule unsupported file locking

This is a change to the previous change to let mdrun append anyhow
when file locking is not supported. Now a fatal error is generated,
unless -append is specified explicitly.
This commit refs #924

Change-Id: I98fa201fb5bd62c0de58c3c2d7e17e8b3f727c2f

added missing #ifdef around #include "thread_mpi.h"

Due to the the missing #ifdef mdrun was not compiling with compilers
that don't like thread_mpi.h (e.g. Cray compiler).

Change-Id: Ibf980b46aaf56b81fffec5ada7cb3d93492a2220

changed mdrun file locking not supported error to a note

On some (file) systems file locking is not supported.
This should not prevent users from using the append option of mdrun,
Fixes #924

Change-Id: I99c0d38eb702b316df0027df3d33befc562a0a7a

Merge "Permit threads build on Cygwin" into release-4-5-patches

Merge "Clarified warning message" into release-4-5-patches

Merge "Clarified warning string" into release-4-5-patches

Described default output behaviour

Change-Id: I62d48961277255192d2f1709fbb992e0673337c8

Clarified warning message

Change-Id: I6fb5ba3cc42604e2445b4cb48093227478e6a613

Clarified warning string

Change-Id: I65d422d342b946a548e9a29234d1803a13b1a9f0

Read PDB information in read_tps_conf().

Fixes #916.

Change-Id: Iaa2bed444b632b4596c6a4e9a4c527a6bc0236b8

Fix that directory is not mistaken for binary

The smart searching for the library path searched for an existing
inode with the name of the binary. If a directory with that name
existed, it was mistaken for the binary.

E.g.:
$ mkdir pdb2gmx
$ pdb2gmx
Fatal error:
No force fields found

This patch replaces gmx_fexist with gmx_is_file which checks that
the inode with the name of the binary is not a directory.

Change-Id: I78cdf8136db9ed69b75dcb1d4d0582ab388ef1d8

Made g_helix sensitive to CHARMM atom naming

Peptide N-H atoms named HN in CHARMM were not recognized as backbone
atoms.

Fixes #896

Change-Id: I205b8dc5c895f20e6cde61ee2a1640fc6414b030

Permit threads build on Cygwin

Fixes #833
Change-Id: I1429629417132c164e9b017721c0035583d7d6bf

Merge "Documentation and error message enhancements" into release-4-5-patches

Documentation and error message enhancements

Change-Id: I4282e37c6b070607351cdafba56441b43fb04cd1

Lots of manual updates

Accompanies changes in the manual project

Change-Id: I4c64d660f2a0dc2c265efb2f983d4ffbaf432fd4

Merge "Consolidated documentation of .mdp restraint options" into release-4-5-patches

Consolidated documentation of .mdp restraint options

Change-Id: I04164a0e9a36338c5e412cdf73da78ef58299920

Fix domain decomposition setup for >46k cores

Fixing int overflow in line 701:
  ldiv*ldiv*ldiv > nnodes_div*nnodes_div

Change-Id: Ic97960caededeee255e874b81d9bbd2fc71d2ae6

Merge "Fixes problems with g_msd and g_energy" into release-4-5-patches

Fixes problems with g_msd and g_energy

* Fixes a problem where g_msd will stall on reading a file
  with xy periodic boxes.

* Fixes a problem with gmx_energy ignoring the -skip option.
  Was correct in 4.0.7, but was wrong by 4.5.5. Redmine issue #910

Change-Id: I4247a4bd1cf1ab15ea6157646c97452216a887aa

Merge "Improved pdb2gmx error message" into release-4-5-patches

Improved pdb2gmx error message

Increased the extent to which pdb2gmx makes use of the encapsulation
available with the t_atoms struct. Now the function that writes the
error message has an easier time being more descriptive of what
is wrong when the atoms in the input coordinate file do not match
those of the .rtp entry.

Change-Id: Ie39dea18efa358f90decad6491ddc04e3756ac39

Keep CMake quiet about a Cygwin issue

The CMake warning that is suppressed by this does not affect GROMACS
builds.

Change-Id: I6a19f55868b6363cb2be328286b4716659cc270b

added correction for PME virial with non-linear virtual sites

With non-linear virtual site constructs the virial nees to be corrected
when it is not calculated from the particle coordinates and masses.
Currently this is only a problem for the PME mesh contribution.
This would lead to an incorrect virial and pressure. The error was small
for unordered systems, but could be significant for e.g. an all-atom
bilayer with hydrogens replaced by virtual sites. Fixes #908

Change-Id: I27a06019aa09734a14f3630ef296aaaacb9c5f0b

fixed g_bar xvg reading issue

Due to a comparison between temperatures in single and double precision
g_bar could give a fatal error when processing xvg files.

Change-Id: Ie63187261b3f20f8e241bf606cc9f23fdd93ec2b

Merge "Warnings against equilibrating with P-R P-coupling" into release-4-5-patches

Merge "Fix typo in Clang CFlags" into release-4-5-patches

Warnings against equilibrating with P-R P-coupling

Hopefully this will inhibit some people from doing Parrinello-Rahman
pressure coupling during their equilibration stage. If there's a
legitimate reason for P-R to have volume changes greater than 1%
we can reconsider the verbosity and/or frequency of the warning.

Change-Id: Icaeafa2fad37dfaa4b63ba69be3a3f804d957e7c

fixed increasing memory usage with SHAKE and DD

With domain decompostion SHAKE would be reinitialized every DD step.
This is now only done at initialization. Fixes #899

Change-Id: I4bcb162fa97271f602c5733ba04c7314456fcfa4

Merge "Clarified wording of documentation" into release-4-5-patches

Clarified wording of documentation

Change-Id: I16df3e9db672f86396a22479563dc394035af5ce

Changed cryptic error messages about disk quota

People who have never had a disk quota don't understand what "out
of quota" could possibly mean. They understand running out of
disk space much more often.

Change-Id: I988cd038e74cf4e914075a748f9f66038ab37882

Merge "More editorial fixes to tool documentation" into release-4-5-patches

Merge "Made description string for g_select -select clearer" into release-4-5-patches

Fix typo in Clang CFlags

Change-Id: I4b03e585fd3f6f5d256478feef5038b2d7d13cba