Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed a typo about non-existing macro in OpenMM

Fixed threads flags in pc files for autotools

The problem is mainly that -pthread, which is saved in PTHREAD_CFLAGS, is
also needed by the linker and for that reason it has to appear in the libs
line of the pc files as well. For cmake this is not a problem, because
PTHREAD_LIBS is not empty.

removed the pdb2gmx -cwd option and updated the pdb2gmx description

pdb2gmx now prints the force field dir before the selection and checks for multiple dirs with the same name

Two spelling fixes in comment and output

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Added CT3 termini and minor edit in doc file.

fixed mpi hang/crash with separate pme nodes and dd nodes without charges

Completely removed all occurrences of 'inline' for xlc on ppc in thread_mpi.

Fixed uninitialized variable error in GB kernel with tabulated LJ

Fixed an unsigned/signed integer comparison

Fixed two more instances of strcasecmp->gmx_strcasecmp

Copied SSE intrinsics kernels from x86-64 to ia32

Replaced all occurences of str(n)casecmp with gmx_str(n)casecmp.

Fixed stupid mistake where a statement was placed before declarations.

Replaced testing of git version with testing for features

Fixed naming problems for double precision Fortran kernels

Fixed a typo in futil.h

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Cleaned up all installed headers to remove strict dependence on config.h. Important settings are now detected directly from the compiler and environment, and non-important stuff has been removed or moved to source files.

Removed some unnecessary #ifdefs from string2.h; all our string routines should be prefixed with gmx_.

Fixed bug 417.

Amber force fields now pass validation. Beta status removed.

Added F77 kernel setup headers

Fixed synchronization counter update for f77 kernels

Fixed a bug for GB OBC born radius calculation in SSE2 double precision

Fixed an uninitialized variable bug

Fixed a minor bug that caused Fortran builds to fail. File mode for xdr3dfcoord() is now derived from the XDR struct.

Dont write nonpolar surface energy to energy file if we dont use GB

Fixed so Fortran kernels work again

Upgraded to latest autoconf platform detection scripts

Fixed a chain rule error in double prec. SSE2 GB for OBC algorithm

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Double precision SSE2 kernels for Generalized Born fixed & validated

Added support for new mdp options controlling free energy perturbation output.

dhdl_derivatives & separate_dhdl_file are now new options controlling
whether to write derivatives, and whether to write to a separate dhdl.xvg file.
Implementation of these options is partial (as of yet).

added function do_cpte_n_reals to checkpoint.c

fixed automated DD/PME grid decomposition choice which excluded the optimum in certain cases

disabled optimized IBM BlueGene converts2ints macro because of bugzilla 429

increased tpx_generation which should have been done in the previous commit of tpxio.c: 0c288518

eneconv now copies the new delta_t entry

added dt to energy file frames

added free and some comment to deprecated close_trj

fixed segv's in g_anaeig

Fixes more misery in function skipstr, where pointers were incremented
and then realloced. This had implications only for readin xpm files.

Added two missing include files. Fixed horrible coding errors in function ltrim. Now code passes through valgrind (e.g. xpm2ps uses this).

Fixed get_libdir() PATH search.

NOTE: getenv returns a shared pointer to a string that shouldn't be altered.

Enable the Reference platform for OpenMM.

Additional fixes to the nsttcouple and nstpcouple working correctly for trotter decompositions.

Additional changes for setting nsttcouple

Fix for readir.c so that nstpcouple and nsttcouple are the same when using MTTK for pressure.

Fixed bug with md-vv and with v-rescale

Proposed fix for v-rescale and berendsen for velocity verlet by rescaling at the time of coupling.

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Updated GB SSE2 kernels, testing in progress now...

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Modified atom order in Amber nucleotide improper torsions to match amber 10

Modified improper torsion atom order in Amber TRP residues to conform to original amber10

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Fixed the execution order in OpenMM so that the generated trajectory frames correspond to the CPU ones.

Cmake tests for SIGUSR1

Preserve the .pl extentions to scripts.

cmake: do not suffix scripts

cmake: add so version to libs

cmake: make demux.pl and xplor2gmx.pl being installed with the right permissions

port lib suffixes to cmake

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Fix to write GB and surface energy to separate terms, rather than putting everything in GB12

reduced the warning limit for Berendsen T-coupling tau_t/dt to 5 steps

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Changed the way energy conservation bookeeping is done.

removed the bNEMD boolean from the main MD loop and stored it in gmx_ekindata_t

added some comment to group grompp assignment options

added group comparison to gmxcheck and print groups names in gmxdump

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Enabled double precision all-vs-all kernels. Tested and appears to work for normal interactions, GB testing in progress.

fixed possible pathe string buffer overflow in get_libdir

Fixed simple typo in last commit

Fixed previous nasm-segv bug for intel-syntax SSE in the double precision SSE2 kernels too

Fixed 64-bit bug in SSE assembly (only visible with nasm)

Worked around an internal compiler error for MSVC when double was used with SSE2

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Deprecated -ins option to g_hbond since nobody seems to support it.

Fixed thread_mpi inline assembly issue and non-optimized compiles.

fsync fix for FAH core.

Copied all-vs-all change from x86-64 to ia32 kernels too

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Fixed potential error in coulomb energy, and maybe segfaults for small molecules in all-vs-all kernels

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store custom GMX defines in pkgconfig files for cmake

fixed some out of srcdir build issue with cmake and GMXRC

store custom GMX defines in pkgconfig files for autotools

split libs in Template.mak

make cmake install a CMakeLists.txt for the template program

added function rescale_velocities

Use always DIR_SEPARATOR

Fix two Windows futil bugs:
1) Fexist for Directories
2) is_absolute with drive letter

fixed spelling mistake introduced by 303d4543

Removed the nb_kernel4xx_intel_syntax.c entries from the makefiles.