Fixed int overflow happening in genion when number of water molecules is large

Clarified source of g_rmsf reference frame

Small fix to improve xpm2ps output

Added workaround for F_GB13 duplicates

Under some conditions, identical reference bond lengths could lead to
different computed 1-3 lengths (using icc 11 and double precision, at
least). These then failed the memcmp() test that removes duplicate
parameter lists, which led to near-duplicates in the
function-parameters lists. In theory, we shouldn't test for
floating-point equality with memcmp(), but in theory the test should
work, too!

Instead of memcmp(), for F_GB13 only, tests with
gmx_within_tol(a,b,1e-6) are now used. That should be an acceptable
compromise between expected function, numerical accuracy and grompp
execution time.

IssueID #699

Fixed erroneous floating-point comparison

IssueID #699

Added note about doing repeat invocations of genbox

fixed buggy detection of hostname and time of build in CMake

Removed ancient CVS  tag lines

Used some spacing to make code readable

Used symbolic constant more consistently

Made the "multiple settles" fatal error more helpful

The error message now explains the origin of the issue, hints at a
common reason for erroneously provoking this error, and still
provides the previously-given tip for resolving the issue for users
who really need two molecule blocks of constrained solvent.

Fixed a bug in g_energy -odh

Can now succesfully extract dhdl values with g_energy when
delta_lambda>0

using set_mm_ps to make pgi happy

Asked about this commit 10Apr2010 and got no answer. Committing it now so that it deosn't get lost
Should have no effect on gcc and fixes it for PGI

Fixed a typo.

Fixed minor issue with replica exchange

If the user chose mdrun -replex that was not a multiple of
nstcalcenergy, then replica exchange could occur when energies were
not current. Fixed by requiring repl_ex_nst to be a multiple of
nstcalcenergy, as with similar mechanisms for global
intra-simulation communication.

IssueID #695

Improved PBC handling for large molecules during cluster PBC

Fixed the pbc cluster option of trjconv by switching to a slower algorithm

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added code in g_nmeig to compute the quantum corrections to heat capacity
and enthalpy, based on a normal mode analysis.
Added one and fixed one reference in copyrite.c

Added forgotten file

IssueID #690

Turned g_options into a normal GROMACS tool

Made the old src/contrib/options into g_options which is built and
installed by CMake by default.

IssueID #690

Renamed src/tools/options.c

IssueID #690

Improved grompp documentation

Added clarification points about whether coordinates come from -t or -c
files, reworded the recommendations about restarts, and added a tip
that gmxcheck can compare .tpr files.

IssueID #688

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Improved genion -h

Explicit mention is now made of the need to use the correct
molecule names for ions with -pname and -nname, and in the topology.

Relocated some t_matrix documentation

Improved do_dssp -ssdump output

do_dssp -sc now dumps rows of strings with the secondary structure
content for the whole trajectory. g_chi has a feature that reads in
this file, however g_chi is hard-coded to read only the first line,
so this change does not affect that feature.

IssueID #683

Improved do_dssp -sc output

do_dssp -sc now computes the total for each secondary structure type.
This makes it easy to report the average secondary structure content
by type in a comment at the bottom of that file.

IssueID #683

Various small changes to the man pages.

Small fix for editconf related to formatting consistency.

IssueID #677

Remove g_highway from list of programs

Improved conversion of documentation to LaTeX

Sundry improvements to the way textual markup in the inline
documentation for GROMACS tools was converted into LaTeX markup via
'g_tool_name -man tex' for inclusion in the LaTeX manual.

IssueID #677

Improved consistency of text style usage

All references to tool names, option names, and command line inputs
should be like '[TT]g_tool_name[tt]' or '<tt>-rerun</tt>' (depending
on the type of file), so that when it reaches the LaTeX manual, the
monospace font conveys the standard meaning, which is that this is
something the user might type.

IssueID #677

Minor wording fixes

Moved options.c to tools subdir

CMake doesn't work on src/contrib, so in order to get a current version
of the program options to build the manual, options.c has moved to
src/tools. Build systems have been updated accordingly. This program
will not be installed by default. CMake will build it by default, and
autotools will not.

cmake: added back gsl support (GMX_GSL, disabled by default)

Conflicts:

src/tools/CMakeLists.txt

cmake: added GMX_XML to fully disable xml support

this is useful, when compiling statically and libxml2.a is missing or
libxml2 is broken for static linking
(see http://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=306479)

cmake: add support for external blas/lapack

Fixed bug 678 which was due to calling gmx_fatal without calling
parse_common_args before.

Added g_pme_error to programs.txt

More minor formatting/editorial fixes for the manual.

IssueID #671

Added NHE to OPLS/AA pdb2gmx hydrogen database

The pdb2gmx residue database includes the NH2 capping group, and its
synonym NHE. The latter was missing from the .hdb, which is now fixed.

Made gmxdump error message clearer.

The old message was a bit cryptic about both the reason for the error,
and the suggested course of action.

Fixes to g_wham documentation.

Mostly formatting issues in the source code, making it
(hopefully) a bit easier to read and keep track of. The
help info ate up a lot of space in the manual, so the
changes I made should make it a bit more compact.

IssueID #671

Tons of tiny changes to documentation.  Manual looks prettier now.

IssueID #671

Trivial fixes to program descriptions.

To keep everything in the manual consistent, a few names must
be changed to reflect the new naming scheme that has been adopted.

Fixes to the demo script.

Various typographical and editorial changes,
no major changes to functionality.

IssueID #669

Improved .mdp file comment about the 'define' field

The -D examples were less helpful than the new ones, which provide
a hint not to use -DPOSRE, and a clue that variable names are
case-sensitive.

Fixes to methanol and mixed demos. Issue ID #669

Removed non-existent program and redundant information to clean up manual

fixed incorrect parameter declarations in gmx_fft_fftw2.c

Various editorial and formatting fixes

Fix Angstrom <=> nm error in documentation

The default value for gb_dielectric_offset .mdp parameter was
listed as 0.09 nm. In the code it is 0.009 nm, which is what it
should be, per the original literature.

Fixes to grompp -maxwarn documentation. Issue ID #627

Made src/kernel/repl_ex.c legible

Some of the formatting was extremely awkward to read, so I
re-formatted the whole file with emacs using the formatting line, and
added braces where consistent with the coding conventions.

IssueID #664 point 2.

fixed zero viscosity energy/log file output with cos_acceleration

Added note that g_msd -mol does treat PBC (by making molecules whole)

Implemented effective test for MPI_IN_PLACE, thanks to Michael Wild on the CMake mailing list. Fixes #594

Stop CMake defaulting to turning off compiler warnings for Intel
compilers, since a) warnings are useful, and b) we show all warnings
with GCC.

Fixed inconvenient output file names if -sep is used in combination with -nzero.
For the first file (numbered 0) there was one digit too many,
now all file numbers have nzero digits.

fixed grompp looking for include files in double relative paths, for instance in ../.. with ../topol.top

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added warning in g_dipoles
Removed heat capacity calculation from g_energy.

Fixed bug in statistics which did not allow fitting with weights.
Added check for return value from statistics codes in g_analyze.

removed incorrect citation print of Engin2010 for pull groups of a single atom

pme.c work-around for MPI fatal error in pme with partticle decomposition

fixed incorrect LJ table in mdrun with reppow!=12

removed editconf warning on box distance with -bt

fixed tpbconv time options leading to negative nsteps for nsteps larger than INT_MAX

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added 1 quote.

Added CHARMM neutral lysine, LYN, to residuetypes.dat.

Fixed wrong path ordering in GMX.bash introduced in commit 58a6b0bee590c2293fbf3eb35947005db9f7668b

Added fatal error for when people use energy files for computing dipoles. This
is broken due to the fact that the dipole is computed based on broken
molecules.

Added comments and workaround for IBM's BlueGene(/L) MPI_Bcast dereferencing
null pointers even when zero data is to be broadcast. This change will only affect
BlueGene, and does not affect speed of time-critical parts of GROMACS.

Fixed typo.

GMXRC.* - fixed bug #614

added power6 flags from Markus Rampp

Fixed bugzilla 616 about formatting in the help text.

Fixed SEGV bug in g_sham.

fixed segv in grompp due to gmxcpp not checking for #include statements without delimiters

configure: build shared libs unless mpi enabled (bug #562)

Added a hint to the documentation for creating .tpr files with a subset of a simulation sustem using tpbconv.

Fixed TMPI_WAIT_FOR_NO_ONE deadlock.

Made printing in check_multi_init conditional, depending on whether the
log file is NULL or not.

Minor trjconv documentation formatting fix

g_densmap -od writes a .dat file and prevents writing the .xpm file. The latter behaviour is uncharacteristic of GROMACS tools, I thought, so I updated the documentation to note this. Perhaps the .xpm file produced by -o should always be written.

New maintanance release: 4.5.3

added -resnr option to editconf

GMX_POWERPC_INVSQRT should be OFF in CMakeLists.txt by default (PowerPC and BlueGene accelerations turn them on, though)

fixed compiler warning in pdb2gmx.c

Reverting back GMX_DLOPEN to default ON

making error message for vmdio clearer (bug 598)

Deleted redundant charmm27.ff/dna.r2b.

Disable GMX_DLOPEN by default.

Bug 598 is still open though.

Added support for Altivec kernels on POWERPC.

Hopefully closes bug 573.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Made mdrun exit with a fatal error for EM or NM with -rerun

Fixed .xvg legends for g_sas options -or and -oa

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches