added gmx_membed.c to CMakeLists.txt for mdrun

added environment variable to run orca in parallel

Merge branch 'release-4-5-patches'

removed empty edr and xtc files with nm

removed (nan) average printing with normal modes

fixed crash with parallel nm with cut-off's

fixed warnings caused by some uninitialized variables

Fixed segfault in g_bar with unequally distributed sample numbers.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Mark advanced variables/options that are not relevant for the OpenMM build

Mark advanced GMX_BINARY_SUFFIX and GMX_LIBS_SUFFIX when GMX_DEFAULT_SUFFIX=ON

Added a note that running in double precision is slower.

A lot of CMake options are now marked as advanced since most users won't need to modify them.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed reading of older .xvg file formats in g_bar

Improved package version handling in CMake.

Options related to versioning are now marked as advanced (bug #539).
PROJECT_VERSION is no longer cached to keep build trees automatically
up-to-date when the version is increased.  To override the default
version, there is a new cache variable CUSTOM_VERSION_STRING.
Also updated CPack version to match the actual version.

Fixed misinterpretation of -b and -e in g_bar.

Added missing windows thread files to distribution list.

Another missing CMake file.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Updated the version numbers to 4.5.1.

Accidentally tagged the previous commit as 4.5.1 before
updating them.

Added for distribution  missing CMake specific files.

Fix spelling error

New release: 4.5 (final). Yay!!!

Removed lots of unnecessary messages to stdout from g_hbond

Added Gerrit to the list of authors. Sorry for forgetting you Gerrit :-)

Added g_rmsdist and g_rotmat to the CMake build system

Shared libraries off by default on Windows.

Fixed make_edi when no fitting was done in g_covar

Added support for PGI atomics in thread_mpi.

Updated list of supported GPUs

Formatting fixes to documentation

Final thread_mpi fixes (ppc works, no deadlocks on any system).

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

make_opt.html now doesn't use <h4>, rather it uses <b>. This makes things more consistent for turning all the relevant bold bits into monospace for the LaTeX manual. mkmdp has been updated accordingly.

General fixes

Small update of the GPU related documentation.

Code reorg in thread_mpi

cleaner implementation of close_nblist with comments on the assembly kernel requirement

Small update of the GPU related documentation.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Code reorg in thread_mpi

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Made the options program for the latex manual compile again

Fixed typo in src/contrib/Makefile.am

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed incorrect call to gmx_finalize() in gmx_pme_error()

Added final newline to avoid compiler warning in sfactor.h

OpenMM now accepts cut-off method, since it's needed for implicit solvent calculations.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added Cpack support

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed memory ordering issue on ppc with gcc&xlc.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Improved option disabling on switching to OpenMM build in a non-clean build tree

When switching from CPU->GPU in a non-clean build tree it seems to work fine,
a few options are disabled/modified from the default values.
However, when doings GPU->CPU switch, the code builds, but the default values
(fftw3, threads, SSE) are not restores and need to be changed manually.

fixed/improved cmake FFTW3 detection

thread_mpi fixes: gcc works on power7, xlc still does not..

Removed leftover debug message from openmm_wrapper

Fixed CMake libxml2 detection.

avoided creation of neighborlists without j-particles

Added label writing capability to editconf when used with an index file

Revert "Disabled building template because it does not compile !"

This reverts commit 860cdb58313a3b37d01454b8aa5cd693bf49e2a2.
The issue was fixed in commit 8e147cde59251bbf0d68033c0cca4dd5a0da3414

Added check for <2 frames when autocorrelation is requested in g_hbond()

Moved buggy and unsupported g_sdf to contrib directory and removed its documentation from default build

Fixed warning in gmx_energy

g_rms now allows for more atoms in trx than tpr

small changes to grompp documentation

Disabled compilation of g_membed for the time being.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Added one quote.

fixed Template.mak

fixed a typo in old libxdrf fortran wrapper

Improved handling of include paths in gmxcpp from Teemu

forcerec.c: added missing int

Cosmetic fix to include/CMakeLists.txt.

Now uses INCL_INSTALL_DIR for consistency instead of specifying the
directory explicitly; all other subdirectories use the corresponding
variables.

grompp calculates output size with dh data estimate.

Clearer error messages in g_energy.

Fixed the g_energy -odh option to be less confusing.

Corrected trjconv check for topology presence, see bugzilla 526

Made a pdb2gmx message less cryptic when it finds multiple copies of a force field

Made the dhdl_derivatives option do something when separate_dhdl_file=yes

Merge branch 'release-4-5-patches'

Added longer list of authors...

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added check for SSE2 support to use generalized born kernels

added a missing include to sighandler.h

Resolved merge conflict in gmx_membed.c

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed gmxcpp to always use unix path separators in internal names (just like cpp)

Parenthesis around comparisons and no <= or >= for xlc

Fixed begin and end times in g_bar.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed another uninitialized variable warning in gmx_energy.c

Add current path (./) to topol.top include when force field was local

Moved g_membed functionality to mdrun

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Conflicts:

src/kernel/md_openmm.c
src/tools/gmx_membed.c

Moved membed functionality to mdrun

More documentation for g_bar.

Dont write EOF warnings to stdout every time we checkpoint if the file size==0

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches