fixed make install-mdrun issue (bug #605)

(re)added "-dev" suffix for the CMake hardcoded version number

This avoids the potential confusion when the source from a git
release banch is used on machines without git. In these cases the
version reported by gromacs binaries would be the same as the
version of an official release, while former might actually
differ from the release in some patches from git.

added CMake option GMX_PREFER_STATIC_LIBS (also fixes bug #541)

This option instructs CMake to prefer static external libs when both static
and shared version available. This makes possible linking statically against
external libraries (e.g. fftw, xml2).

The option only available on *NIX platforms, except APPLE and CYGWIN.

Note, that when the option is enabled UILD_SHARED_LIBS gets disabled.
Also note, that with this option on, the binaries built will still be
dynamically linked against system libraries.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed a bug in the all-vs-all sse gb kernels, where an exclusion mask was
calculated incorrectly. Also fixes to loop indeces in the all-vs-all non-sse
code.

added HEM to HEME renaming for Gromos and Charmm ff's

fixed pdb2gmx chain merging bug (bugzilla 544)

changed fftw2_empty to fftw3_empty in gmx_fft_fftw3.c

fixed cycle print type cast issue on certain platforms, fixes bugzilla 601

Don't sprintf variable-sized input into fixed-size buffers

Re-enabled for BlueGene/L an optimization in the BG kernels that works for BG/L but not always for BG/P. Bugzilla 429 says this optimization is not stable for use in BG/P, however the work-around in 764d171c36b32c0497090531a11de disables it for BG/P too, which is undesirable.

Rearranged cmake+BlueGene solution to have the same form as the other GMX_ACCELERATION solutions

Made GMX_POWERPC_INVSQRT work properly on Power6 and BlueGene

Power6 FORTRAN kernels do not work on PPC440 or PPC450 (these are the BlueGene chips)

Fixing a trivial mangle introduced in b5d842ff1d94174b6e70120855ded6d5d62e6f51

Fixed segv in g_potential. Field output has now also the correct prefactor for V/nm

Added a check in grompp for the case with particles having a non-zero
charge while all GB-parameters are set to zero. This fixes bug #599.

clarified make_ndx error message

Fixed cmake to work with BlueGene/L. This fix does not work for BlueGene/P.

file reading error messages in g_bar less confusing.

Removed code for calculating logarithms using a table
This was not much faster than the builtin c-function,
and also only used in the non-sse loops

changed enxio warning into fatal errors by default, can be overridden with an env var

Fixed a compiler warning introduced by commit 9ccc786e4...

Replaced _mm_castsi128_pd with gmx_mm_castsi128_pd everywhere
in gmx_sse2_double

Double precision GB energies are now summed corrently (bug #585)

The issue was that __m128d _mm_add_sd(a,b) should give back r0 = a0 + b0
and r1 = a0, but it gives back r1 = 0. But since this is not true for
all architectures, it is also important to carefully zeroing out of some
variables in the code (explained in the kernel4XX-comments).

Tries recovery during errors in .edr files.

Better time checks in .edrs wihtout version numbers.

More stringent .edr file data checks.

fixed atom type name case for methanol.itp in gromos43a1.ff

Use CMake install for install-mdrun (bugs #549, #555)

The custom target install-mdrun now invokes the cmake_install.cmake
script that is generated by CMake to perform the actual installation.
Adds support for DESTDIR and RPATH rewriting (see bug #570).

To implement this, all installation targets are now grouped into
components: "data" for shared data, "development" for headers and
pkgconfig files, "libraries" for libraries needed by mdrun, "mdrun" for
mdrun itself, and "runtime" for other binaries and libraries.  Only
"mdrun" and "libraries" are used at the moment (the latter only when
installing with shared libraries).

Haven't tested this with Visual Studio, but if it doesn't work, it
should be easy to adapt.

fixed possible overflow of unused variable in lincs

added checks for rare events that would make variables in the v-rescale thermostat out of range

more fixes for TPI with PME, now really fixed bugzilla 590

fixed g_velacc -m not automatically using -s

Fixed selection problems with a minus sign.

Negative values should now work consistently, independent of where the
value appears and whether it is an integer or not.  Also, changed
precedence of operations such that "x-1" is interpreted as subtraction
and not as "x equals -1".  The latter must now be written x {-1}.
Curly braces can also be used elsewhere to delimit value lists in
parameters (a yet undocumented feature).
For technical reasons and clarity, also changed static positions to use
square brackets ("[1.2, 2.0, 3.4]") instead of normal parentheses.

Fixed valgrind warnings in selections.

Arithmetic expressions that used a ^ operator on dynamic values resulted
in (mostly harmless) valgrind warnings about uninitialized values.
Dynamic numerical values are now initialized to zero to avoid this.

Fixed more selection negation segfaults.

Fixed segfaults with negations in selections.

make sure that the MANPATH is not set to only GMXMANPATH
under ubuntu it is empty which means getting the system path
it has to include the empty string to keep finding the system man pages

added note to g_density for using g_energy for normal densities

fixed incorrect dispersion correction for TPI with multiple atoms, bugzilla 592

fixed spelling

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed uninitialized variable warning in grompp.c

fixed d3b582c73
this commit accidential disabled IA32 and X86_64 ASM kernels

fixed 624db1bb
applied those change also to autoconf GMXRC templates

fixed typo in checkpoint warning

made combination of tpi and pme work again in parallel

fixed combination of tpic with pme, pme mesh energy would be incorrect, always around 0

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

CMake: another fortran fix

Now really fixed locking of log file.

fixed locking of log file - broken by d750b9ce

Made Charmm27 DNA and RNA termini (Michel Cuendet) and atom renaming work

cmake LIB environment variable check, and GMXRC check due to Klaus Kaempf.

Fixed compilation issues with C99 compatibility.

Fixes and small additions to g_wham, due to Jochen Hub.

fixed genbox producing incorrect residue names with mixed solvents, bugzilla 576

added a comment about assumptions of aligned memory

CMake: fortran fix

fixed syntax error from commit bd5b2724

cmake: give openmm default suffixes

cmake: install-mdrun should not install pkg-config files (bug #586)

Modified FORTRAN and threads warning.

improved option compatibility checking with OpenMM
(cherry picked from commit eba3b450aba044c55aae5e49d5068d7fc05adbbb)

made grompp mdp input file non-optional, fixes bugzilla 577

added fail-safe check for OpenMM with double precision

renamed mdp setting Ace-approx to Ace-approximation

fixed completely incorrect pressure scaling with nstlist=-1, bugzilla 579

Fix manual references for 'continuation', rather than 'unconstrained_start', even though they are equivalient and the latter is legal

mk_dlist() changed its parameter list, so its declaration here needed to change, even though it's never used.

fix broken check for dlopen (by Christoph Junghans, thanks!)

fix FFTW3 interface for non aligned memory
(FFT5D doesn't use non-aligned memory thus this didn't cause any errors in 4.5
unknown to me whether this caused errors in 4.0)

make install-mdrun now installes shared libs (fix for bugzilla 549) + mnir fixes

"make install-mdrun" correctly installing the shared gromacs libraries
when the case, including the pkgconfig data and symbolic links.
Also made the openmm_wrapper and gmgx_gpu_utils libraries always build
and link staticlally (no need for these externally).

configure: added '--disable-la-files' option

changed the grompp charge group radii to always check against rlist iso againt rlistlong

Error message on enabling FORTRAN and threads.

made vmdio work with older api version (e.g. vmd 1.8.6)
improved error message

Re-added g_kinetics to src/tools/Makefile.am

include "error.h" was not neccessary and caused problems with xlc (bug 575)

1) gmx_fio_seek was not returning correct return value, thus trjacat thought the seek failed and trjcat -overwrite wasn't working
2) checkpoint didn't check the return value of gmx_fio_seek
3) log file wasn't truncated if md5 file was available in checkpoint
4) made comments more clear

Reverted changes to md_openmm.c, get rid of 'nan' in averages.

Added software-related quote

mdrun-gpu now doesn't output individual energy term, only the totals.

Closes bug 568.

fixed case of opls atom types in share/top/ions.itp to make old opls topologies work with the new ff setup

Updated to reflect bug 557.

Fixes for g_chi for bugzilla 569, so that it now uses the GROMACS 4.5 residuetypes.dat database, not the old aminoacids.dat. These fixes use the new gmx_residuetypes API functions contained in the previous commit (bbf195d).

Extensions to the gmx_residuetypes_t API to meet the needs of g_chi

vmdio read the box but didn't mark it as beeing read (bBox)

MCH3S was missing

Added missing includes to gmx_tune_pme.c

added a warning/note for bond oscillational periods of a few times the time step

added check for tau_t<=0 with integrator sd

fixed incorrect gmxcheck comparison of ir->separate_dhdl_file

Added missing #ifdef around MPI directive

Fixed missing installation of the openmm_api_wrapper; added INSTALL.*make* for distribution.

improved the initial guess and fitting weights for autocorrelation fitting with -beginfit>0

removed g_analyze confusing fitting messages about fitting the function when fitting only the acf

FindFFT?[F] scripts can use a path provided in FFTWx[F]_ROOT_DIR environment variable when looking for libs/headers

fixed too small fixed array in grompp top reading (only used with incorrect input