Removed gcc 4.1.x check as bug 431 turned out to be in GB

Fixed bug 487 according to provided patch.

Fixed documentation text according to bugzilla 486

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Modified TER record writing behaviour (only add after protein/DNA/RNA/polymers)

make GMXRC.{bash,csh,zsh} export PKG_CONFIG_PATH

fixed linking of inputrec.h

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed build issue for template program in double precision

corrected LJ on H of charmm tips3p

Added an uninstall target to CMake builds.

Thanks to Jan Pieczkowski for this patch.

New beta release.

Added missing .h file.

Added CHARMM references

Removed unused variable that caused a warning

Temporarily disabled double precision SSE2 generalized born (waiting for transcendentals)

Fixed error in (unused) SSE2 double precision inline routine

Fixed shared library build by removing references to main().

include sys/types before regex for broken regex.h

Modified index processing to reinstate residue-splitting for ions

Added ion classes to residuetypes.dat

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Moved pdb2top.h from src/kernel to include to allow external packages to
write gromacs topologies.

added nstpcouple-nlist change with twin-range in grompp and mdrun

fix spelling etc epc

added missing initialization

Renamed typename to my_typename in index.c since typename is a C++ keyword.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Replaced non-thread-safe calls to ctime() with our gmx_ctime_r()

minor update for nst change

added mdp parameters nsttcouple and nstpcouple

cmake: make GSL fully optional

merged parts of the debian patch set

removed old motif stuff from statutil.h

remove some deprecated headers, which are not used and which functions are not implemented

More onerous locking of open_files in gmx_fio.

This to avoid ABA-style problems.

Added portable gmx_ctime_r() to enable replacement of ctime()

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Replaced localtime with localtime_r() on unix and localtime_s() on windows to make it thread-safe.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Replaced readdir() with readdir_r() to avoid future thread-safety issues

copied VV initial T fix from md.c to gmx_membed.c (we should get rid of the code duplication in gmx_membed.c asap)

print_date_and_time now only calls ctime when fplog!=NULL

all em integrators now set the runtime

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Ported x86-64 single precision SSE2 all-vs-all patch to 32 bit (ia32) kernels

Fixed ffclose bug in futil.c, gmx_fio_close now checks for open file.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Fixed a potential mutex problem in gmx_fio.c

made integrator nm work in parallel

commented out nthreads and threadid in t_commrec to avoid confusion between combined MPI/threads and the tMPI library

corrected pdb2gmx watermodel None counter print

switched to the right gsl define (HAVE_LIBGSL) in cmake/configure

added right threads flag in cmake pkg-config files

updated the #define names for amber99sb and amber99sb-ildn

updated the charmm ff comments for the new water model organisation

updated the charmm ff comments for the new water model organisation

Added *.pc.cmakein files for distribution

Removed OpenMM interface from autoconf, use CMake instead; small make dist fix.

cmake creates pc files now

tell aclocal about config dir

Commented out calls to double prec. SSE2 all-vs-all kernels for now, since they are not supported yet (it is coming)

Worked around cross-inclusion problem between grompp.h and gpp_atomtype.h by moving topology I/O code to src/kernel/pdb2top.h

Removed deprecated nsb.h header

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Changed index group analysis to only create water_and_ions group when both molecule types are present

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Fixed a typo in previous Makefile.am commit

increased print space for index group names

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Added residuedefinitions for water, and introduced a compatibility group 'SOL'

Added for distribution some extra files needed by CMake.

Reverted incorrect Makefile edit earlier today

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Fixed typos in previous commit.

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

corrected the Amber (unused) #define

put ion molecule definitions for GROMOS and OPLS back in ions.itp in share/top for backward compatibility

Added missing assembly files in nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse/Makefile.am; added CMake* files for distribution with autotools.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Improved chain separation detection for pdb2gmx, and a fix for index group generation

removed a few type casts from enxio.c

updated genion for the new ion name convention

ion molecule, residue and atom names are now capitals without sign for all force fields

completed partial rename of CYN to CYS for Amber

changed FE couple moltype strcmp to strcasecmp

replaced all size_t in t_enxblock by int to avoid casts

.edr block gmxdump fixes.

added 12-6 wall potential

minor format fix for calcgrid.c

Merge branch 'master' of git://git.gromacs.org/gromacs

added configure check for 'ln -s'

Added back HAVE_IO_H. Deleted by Erik's ac6f6dbf

Merge branch 'master' of git://git.gromacs.org/gromacs

updated template program to new header style and added pkg-config Makefile

added small script to check for usability of headers

fixed rest of include typos in headers

corrected the Amber aminoacids.r2b files

renamed pme_maxshift0/1 to pme_maxshift_x/y

replaced the Charmm vsite parameters (which were OPLS copies) by calculated values