Improve GPU update tasks assignment consistency

GPU update task assignment was not consistent with the assumptions and
supported features of the 2020 release and did not implement the correct
checks and fallback in cases where GPU update was decided to not be
supported. Specifically, this change makes sure that when separate PME
ranks are used, without direct GPU communication for PP-PME, GPU update
falls back to the CPU.

Fixes #3354

Change-Id: I7c9dd67cd8cf61f0201b626b8b7674917e3365a5

Avoid integer overflow in dispersion correction

Index could become out of range and turn negative.

Fixes #3391

Change-Id: I91a8ea0ab01370fb972c02994e2b996284e1d06a

Document density-fit cross-correlation in .mdp options

Add missing documentation about cross-correlation as
similarity measure for density-guided simulations.

Though documented in the reference manual, it was until now
not mentioned in the .mdp options.

Change-Id: I2a5a13ca6fb0a15e8c2ff1cba6a6edbe0182053d

Revert "Expose vsite counting"

This reverts commit 2078fd0619459bd533a94550d5754477dbbaabaa.

Not needed in fact.

Change-Id: I238d33e23e3b508ec0c77a5c43f67e5838950f34

Fix clang-6 image template

Overlooked this when merging 1093dfa9ba24329162179a3fcbcbb8c491ab9543.

Change-Id: I85d5b852ab5d565289d64dd21ade09dabd4115c4

Use legacy code path for NMR restraints (modular simulator)

Fixes #3388

Change-Id: I03db8af35d71c7405716e73516c4235fc089334c

Correct for skewed box in non-DD modular simulator

In modular simulator, the correction for skewed boxes was only performed
when DD was active. This change makes sure it happens in all cases.
Also left a TODO to think about unifying the approach for the two cases
moving forward.

Fixes #3383
Refs #3392

Change-Id: I897dbc9e490bb1a1e465e711c66b47a29e214fd1

Add fatal error when multisim runs sharing state have different init_step

Refs #2440
Fixes #3990

Change-Id: I052cd53dc9517a3df53663e52720ee5a80ea65c0

Simplify GitLab CI Dockerfiles.

Consolidate some docker build instructions into distinct images for
the base dependencies, the various toolchains, and the docs build
environment. Combine Dockerfiles that only differ in toolchain version.

Total image size is prioritized over total build time by making all
apt-get layers include update, install, and cleaning in single RUN
commands, where intermediate layers are part of the tagged images.

Made images both for clang and gcc builds of the documentation.

Refs #3263

Change-Id: I55d6a128067f78214193223756db94a1964c491d

Fixed bug in orires code that was checking too strict.

Added one test to see that input is accepted.

Fixes #3375

Change-Id: I0f64b386477b9a72f18c95fd977ac8cf5dbeeccd

Fixed typo in GMXRC.csh.cmakein

A bashism crept into a csh file.

Refs #3381.

Change-Id: I2f11e027db2804ee850f93a2d18de8ad427abc8e

Fix gpuudpate and gpucomm matrix docs

Improves the outdated documentation/description of the matrices
clarifying the use/role of these.

Also removed gpubufferops matrix which is not needed in the release
branch (the feature is automatically triggered when required by some
other features).

Change-Id: I097e1d6b150767a95b9d638b3c6031a24ece995f

Expand test coverage of exact continuation tests

The exact continuation tests were not covering the new
Parrinello-Rahman functionality of modular simulator, nor the
berendsen-berendsen NPT case using md-vv. This change fixes this.

Fixes #3377 (fixes point 4, last task on the list)

Change-Id: I3bcd072969259383dd1812d425dd7b3baee5bd85

Fix reading of checkpoints with Parrinello-Rahman (modular simulator)

Using modular simulator, simulations using Parrinello-Rahman barostat
could not be read from checkpoint, throwing an error in the checkpoint
loading routine. While the legacy implementation of the P-R barostat
required the pressure at the previous step to be checkpointed, the
modular implementation does not require this. load_checkpoint is,
however, expecting this field to be present and throws an error.

This change fixes this by setting the globalState flags in dependence
of whether the modular simulator will be used, avoiding read_checkpoint
to expect this entry.

Note that tests ensuring this bug not to reappear are introduced in the
child change I3bcd0729.

Refs #3377 (fixes point 3)

Change-Id: If8afd294b8c79ceef66e71293d9d93cf2f7d0df8

Fix Parrinello-Rahman scaling on initial step (modular simulator)

If Parrinello-Rahman scaling was requested on the first step, it was
not properly initialized. The setup routine would have correctly
(although non-obviously so) calculated the scaling matrix, but have
requested the propagator to use the scaling one step too late.

For new simulations, this never happens (since scaling happens on the
second step, not the first). It could, however, lead to slight
errors if restarting from a checkpoint occured exactly on a scaling
step. As restarting from Parrinello-Rahman simulations using modular
simulator was broken anyway, we can be sure that this has never
happened in practice.

This change fixes the bug, adds explanations of what happens on the
initial step, and makes the function calls more explicit (at the cost
of a very small amount of code duplication).

Refs #3377 (fixes point 2)

Change-Id: Ic3ba7ba078260a9d039d506fc0a87353f80d23dd

Move modular simulator decision before checkpoint loading

Currently, the decision on whether to use modular simulator is done
relatively late during the runner stage. This makes it impossible to
allow for different behavior at checkpoint loading time. The current
change therefore moves this decision before checkpoint loading time.
To achieve this, some adaptations were needed:

* Use gmx_mtop_interaction_count to determine whether virtual sites
  will be used before the respective object is created.
* The membrane embedding check via pointer is replaced by a boolean
  set earlier during the runner phase.
* The essential dynamics check was split to catch command line inputs
  during the runner phase, and mismatching checkpointing data during
  the simulator phase (mirroring legacy behavior in do_md()).
* Replace the ensemble restraint check by a low-level alternative
  for the early runner call (mimicking the distance restraint
  initialization), while keeping the current check for the
  simulator-level call. Note that as multi sims are disabled, this
  low-level test will effectively never fail, but the additional
  clarity is helpful in further development. The later test ensures
  that changes to the init_disres() don't make this check invalid -
  if they would ever get out of sync, the simulations would exit with
  a fatal error.

Refs #3377 (fixes point 1)

Change-Id: I635e033db51d6ecc8bf121c72730a121e04586dd

Fix checkNumberOfBondedInteractions bug

When checkNumberOfBondedInteractions finds a missing interaction, the
program is not exiting because a function enclosed in a logging statement
starts a global reduction, but is only ever reached by master.

Fixes #3373

Change-Id: I9a0faa790595a7ea59db561a20246a76857435a1

Expose vsite counting

This allows to check whether vsites are present before the
respective object is created.

Refs #3377 (prepares point 1)

Change-Id: I8273daf38d46e2f052573f48323b5b6137965e9f

Fix incorrect GPU update task assignment fallback

This change fixes the incorrect fallback condition in the GPU update
task assignment. This also eliminates the assertion trigerred in do_md()
where the correct form of the check is asserted on.
Since the fallback path only triggers when the GPU update would be used by
default this only affected runs with GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU.

Change-Id: I8b2b506fa998b6ed5e6d6d8ae4b78e27006df199

Avoid dev flags in triggering gpuupdate nightly matrix

The GPU update release feature should be tested independenly from the
experimental features which were all enabled for the "gpuupdate" nightly
job. This change removes the GMX_GPU_DD_COMMS and GMX_GPU_PME_PP_COMMS
as well as the unnecessary buffer ops env var.

Refs #3354

Change-Id: I777f6996ca5b1ae1b3e7f787c18d82f605035e47

Avoid (re)initializing GPU update without DD

Unless repartitioning happens the GPU update-constraints module's
expensive initialization only neeeds to be called once.

Fixes #3358

Change-Id: Ic2a147985da5907961a3e3277110bbae52e6cadc

Bug fix to avoid passing null object into cudaDestroyTextureObject

In the initial dummy context creation sanity-check part of the
simulation, a null object is passed into this function. This can cause
runtime failures with certain versions of CUDA. This change only calls
the function when the object is non-null.

Change-Id: I8118f6086fa2227c8dc697e4634878a12fe3676f

Actually fix PME forces with FE without perturbed q/LJ

PME would incorrectly ignore the mesh forces on perturbed atoms when
no charges or LJ atom types were actually perturbed.
This is because the "fix" in commit 12f01f79 incorrectly changed the
lambda value used for the PME forces from the actual lambda value
to 1 instead of to 0 as it should have been.

Fixes #2640
Fixes #3359

Change-Id: Ib19565bf017ddbd2fddc66c52be0ff9efc7e707c

Workaround for Gitlab archive size

Refs #3361

Change-Id: Ie1911501ce45a67d412b60aede7335b0acd3a786

Fix deadlock in PP-PME balancing startup delay

The condition whether load balancing should start included a per-rank
computed fixed time-delay. Therefore different ranks could evaluate this
condition differently resulting in a deadlock.
This change fixes the deadlock by broadcasting the result of the time
delay check.

Fixes #3335

Change-Id: I39ebc7e99483a6837bdbd79e312148384c1966b3

Use utf-8 for python file reading

Avoids crashing on non-ascii characters

Also needed in release-2020 due to https://gitlab.com/gromacs/gromacs/pipelines/111716110

Change-Id: Ie489110bbe37619d36f8feb739e04ef60cccff16

Fix DD rank count prime check

The domain decomposition would refuse to run with large prime factors
in the MPI rank count even when the grid was specified by the user.

Fixes #3336

Change-Id: I92f20ce18f314db68890650e76741b0ee70c05df

Fix a couple of commas in cool quotes

A couple of commas between the quotes and their authors went missing.
Due to a random nature of cool quotes, I am not sure if this have
any consequences.

Change-Id: Ifb79557efc3fd3d8d75dd0a6566cccc7e5a43ea4

Fix PME checks in GPU update assignment decision

The decideWhetherToUseGpuForUpdate() function performed a check on
whether PME is on GPU, but neglected to check if PME is actually
active. Therefore, cases without PME (e.g. reaction field) were
unintentionally being prevented from running update on GPU. This change
adds a check whether pmeRunMode != PmeRunMode::None

Change-Id: Ic49f99b2e2afddabd7e2c8e68ab3d6d9325dc07a

Fix illegal memory access in PME communication

Depending on the compiler, mdrun could exit with an illegal
memory access error when a PME rank communicates 0 atoms with
another PME rank.

Change-Id: Ic1a08903f53c3d0b655ed5475ad99024979b461e

Clarify COMM/posres grompp note

In the common case of equilibrating a macro-molecule using position
restraints, grompp will issue a note about COMM removal when using
default mdp settings. Added a sentence that says that it is likely
not an issue in this common case.

Change-Id: Ide8b75664c4da3789c6661d8d69f855f9abea4e0

Fix documentation error with doxygen >1.8.16

Fixes #3280

Change-Id: Ia41e080ea5ee4bc393d1e0240fc56958d81f6c68

Actually fix Gitlab doc build

Was still failing after 658765317fd94df5d534c039462be03ab3839067 got
merged.

Actually fixes #3278

Change-Id: I747fe5c677864d1f50ab97d0eda38c68a6085b45

Fix bad link in developer docs

Also made sure that error gets caught by the Gitlab CI runner.

Fixes #3278

Change-Id: I36b73a4322c69242eef3dcefa6684ef973b1bd01

Add check for shells and GPU update

Fixes #3303

Change-Id: I84a9d005fdff142e332e449bd7b2cce314617adb

Correct fixed redmine issue id from 3297 to 3296

Recent commit 36a65816 said it fixed issue 3297, but this should
have been issue 3296.

Refs #3296

Change-Id: I85a95e818d3cda816211dc2aa8ddb32e9e0c69d4

Fix PME run mode without PME

pmeRunMode was incorrectly set to CPU when the PME task is not
assigned to a GPU in a non-PME run.
This change make sure that non-PME runs pmeRunMode is correctly set to
None. It also moves this setup code to a function in the taskassignment
module.

Change-Id: I2c2c609e56d3cb6eef5cfccf2f0489545cedf6ef

Fix nightly build failure on Gitlab

Found an unused variable warning when building without thread or real
MPI.

Change-Id: I6badc5c32e9eeb07cfafacd3ff9219dd612be847

Fix multisim with parallel simulation

mdrun -multisim with more than one rank per simulation would stop
with a fatal error due to using a partially initialized
gmx_multisim_t in GpuTaskAssignmentsBuilder::build().

Fixes #3297

Change-Id: Idfe24110908dc8cad29cd9a0eac7233fca4102f9

Report if update is running on the GPU or on the CPU

This adds a line which states where update is offloaded next
to the rest of the GPU usage information.

Fixes #3292.

Change-Id: Ie6b076c4309c7695ab9b46037ced92e95dea1558

Revert "Exclude build-system files from CPack"

This reverts commit 617d7fb728eee44331d8f8f98fa644bc5921fcb3.

Caused #3291

This commit fixes #3291

Change-Id: Ib75dd9274c1822192d5ffd0ce458ab35a3406f11

gmxManageMPI.cmake: convert MPI FLAGS to lists

Convert MPI FLAGS to lists as otherwise space will get quoted in
CFLAGS in gmxCFlags.cmake.

Change-Id: Ieee4b68d254261f079d954443322faf040e8b6e9

Improve mdrun performance user guide

- Extended GPU update related section;
- Tweaked the bonded GPU offload related section to reflect the current
  state of the code.

Change-Id: I89ed39750d449df8b273f36ee6530df29ff31b7e

Merge release-2019 into release-2020

Change-Id: I34a795ad1fdc805d056401932f8c543ed77cfae7

Workaround for ICC 19u5 and 20initial

Change-Id: I34f4215f2112579b1a92c87aca28b270b4aca09e

Add support for ICC NextGen with MKL

Change-Id: I2ac3d994736f2261955db65c7c039b7c33cdbaa7

Remove transitional links for online gmxapi Python package reference.

Provide link to current GROMACS gmxapi documentation,
built by GitLab Runner.

Fixes #2985

Change-Id: I1e56828aba4cc2568bbc9e6617863ca10197058d

Prepare for 2020.1

Reset DOI strings

Change-Id: I5898dfdacde0c851c1a870a983094a2e56c3ab2b

GROMACS 2020 release

Updated regressiontest hash
Set doi strings
Set correct release date

Change-Id: I5d34e1176e5a0ecc6b38a15d830d228127a69d9d

Revert "GROMACS 2020 release"

This reverts commit 78c3280ad9c1802db4f6a7e02978207921add05f.

Reason for revert: wrong release date

Change-Id: Ia0d4112349ea4bdca9edda2a30e8933cacc2ad19

GROMACS 2020 release

Updated regressiontest hash
Set doi strings

Change-Id: Id053624d5e276aea62a5d07ebf995cf01b54f1ab

Add link to paper explaining GROMOS twin-range issues.

Change-Id: I81e89817ce9441bb3d25bc43b00b4cc995590c3a

Avoid 386 O3 codegen bug even more

Refs #3205

Change-Id: I78f3cc03da36e129a842507f9cdd3d170beb8c08

Inform user why forcing GPU update is not possible

Currently, if the GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU is set in not supported
case, the update silently switches to the CPU code path. This adds the
message that informs user that this has happened and why.

Change-Id: I7317d83271158c9973f4c102d8ca830b437626b5

Add description of GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU dev flag to the UG

Refs. #3021

Change-Id: Idff63154c5ebb0b5bd209ce6025934db3aedf8fd

Fix gpuupdate matrix

1. Set GPU direct communications environment variables in update
   matrix to allow for multi-rank testing.
2. Fall back to the CPU update if PME is not fully offloaded
   in DD case and with PME-only rank (requred for GPU direct
   communications).

Change-Id: I66283a446b0cc58fd0165226b01bf58ce9ec90f1

Tests that verify serializer behaviours

xdr_vector serializing char uses four bytes per char, which is
wasteful when that char buffer is just a binary dump such as with the
tpr file body. This test ensures that our assumption when writing tpr
files is that we can reinterpret as a wider data type and avoid excess
padding.

It also tests that xdr_opaque does not introduce such padding.

Refs #3269
Refs #3276

Change-Id: I9c40b8ab7b9dabe461cb4dd146bb132d8f5a9681

Remove use of tuple in LINCS code for GPU implementation

GCC 6.4 for POWER9 couldn't compile any form of increasing the size of
a vector of tuples that I could think of, so got rid of the tuple.

Used some range-based for, rather than explicit indexing plus the (slow)
at() function. There's no need to check indices are in range if there
are no indices!

Change-Id: Ie36a7a6fafe8f6613ec449778cfe2fbf97e02007

Fix build error with wrong name from cached cmake file

The CMakeCache files could go out of sync when the name of the source
directory changes, leading to an unrecoverable build error.
To avoid this, CMakeCache files are no longer preserved between build.

Change-Id: Ifa1d808c05bd2f40132b9a721348b1bddb86fc02

Write TPR body as opaque XDR data in big-endian format

This implements support for opaque data in our serializers,
as well as a few missing XDR support opaque routines,
including support for data objects larger than 2GB.

By using this for the new serialization of the TPR body
we avoid the unintended 4x growth of the file size, and
avoid introducing extra endian swapping or padding.

We also adjust the endian so the InMemorySerializer
swaps to big endian (i.e., swap if host is little endian)
such that the body of the TPR file is compatible with
the header that is already written as big-endian by
the XDR routines.

Fixes #3276.

Change-Id: I99011dffe190155e671bd656127c2a33459923e2

Change the behavior of the GPU update UI

1. By default, update will now run on the CPU
2. The "-update cpu" will override the GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU
   environment variable.

Change-Id: I08efb6a594fb062fe145baa7cc00ba5c8ec63374

Resolve CMake ambiguities for gmxapi Python package build.

* Fix inconsistency in documented package dependencies.
* Update version of the required `cmake` Python package.
* Simplify setup.py since we can assume CMake >= 3.12 at build time. Avoids
  having the CMake dependency too early in the Python package build.

Fixes #3270

Change-Id: I6d4a4b838f05985741f4560a05a3d9f257b2ec3d

Change releng to give information about Gitlab

Started with converting the information for releng into information for
Gitlab when build can not find the releng repository.

Refs #3272

Change-Id: I027dd8eb3d01435cb06fba093fb2c64f381d47f3

Extend information for GPU update

Refs #3167

Change-Id: I0df45487839c46ac98e99865c0d61637230ddc1a

Exclude build-system files from CPack

Found that during Gitlab CI builds both ccache and build directory
where included in the final archive. Added exclusions to make sure
they do not propagate there.

Change-Id: I79717914c1d91a548ff295ff479b84ae19640e5d

Merge "Merge origin/release-2019 into release-2020" into release-2020

Remove membed from features

gmx membed currently does not work because the group scheme has been
removed.

Change-Id: I775ee8d2268e44610fa04ca15a1f3ff92b18f574

Deprecate support for Armv7

Fixes #2990

Change-Id: Ia9dbfc9ea6cf23782e812ef2929e4851b264bc82

Add a note to the log file when -update gpu was set with DD

GPU update with DD is not enabled with DD even if '-update gpu'
is requested. The only way to enable it is to set
GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU environment variable. This patch
adds a note to the output, expaining that. Also, extra warning
note is added when the environment variable is set.

Fixes #3259.

Change-Id: I480dd8e734ff60156e117cc80b1cd9af6a161791

Add copyright check and improve cache usage

Changed the way jobs are using the runner cache, so that each subsequent
build can benefit from the cache.

Also removed caching from jobs that don't benefit from it.

Change-Id: Ic4505cc034ddf83dc2a7e8dc07ed1dfa9558633d

Merge origin/release-2019 into release-2020

Resolved Conflicts:
cmake/FindHwloc.cmake
cmake/gmxVersionInfo.cmake
docs/CMakeLists.txt
src/gromacs/gmxana/anadih.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_angle.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp

Change-Id: Ie4408c932a712d4f9d1f42117a512e0474535df5

Clean bad auto-format in decidegpuusage doxygen comments

Change-Id: Ia2ca1dcc138c920d54ce928889cfcad63fc3784b

Update intersphinx configuration.

Disable intersphinx cache expiration and set a finite timeout to play
more nicely in non-networked environments.

Change-Id: I5802f7dbba43897e27a77366013e254f868357e7

Set Sphinx default role.

Set default_role config value to 'any' for better automatic handling of
interpreted text in the default role. Allows improved readability for
documentation that may not always be processed by Sphinx, such as
Python docstrings.

Change-Id: I5bf37111d6870117810ac308cfaa8c5f1ae9bb5c

Fix external web link.

Ineffective syntax was used to try to make a link from the text "Conda"
to the Conda website. Instead, make a properly defined link target and
use "Conda_" for hyperlinked text throughout the document.

Change-Id: Iee77f8b28c9ee2e621da1fb9c8e46832a95e5e5e

Clean up Sphinx interpreted text in the default role.

* Fix typos or syntax for several text literals that Sphinx tries to
  process as interpreted text (in the default role).
* Use Google docstring conventions to guide adjustment of gmxapi
  docstrings.

Change-Id: If6eeede8dcc782c04fc4363005c38c746a8664ea

Add files for Gitlab CI

Change-Id: I2508b6ba4a551a0768b1d5dfd742d97ebec37c7c

Prepare for GROMACS 2019.6

Reset doi strings

Change-Id: I38fa39c52cde5d967525770ec2a6381b7fcee33a

GROMACS version 2019.5

Added doi strings
Updated regressiontest hash.

Change-Id: If6c34638caf40f562fd8a744af767be4941ff73b

Revert "Fix that tests intended for multiple ranks run that way"

This reverts commit 1ebc7b0bff4a32ce957fd79a1d1bd20b535ea518.

Reason for revert: The parallel running of tests doesn't work the way we want here and the effort for fixing things in a soon to be critical fixes only branch is not worth it in my opinion

Change-Id: I59fb6f9daf7019592de7e8db202ccd050c133610

Add user guide doc for GPU buffer ops and comms env variables

Change-Id: Ib6701adbf6f4909a804394606a362fa209716497

Fix wrong header in release notes

Fixes #3261

Change-Id: Icc31b7a273670e99c21c9bb60343e1ce5d532653

Remove problematic output of gmx angle

It could happen that the calculation of the standard deviation
for angles caused a divide by zero error for empty populations.
Because this standard deviation of per frame averages over all
frames was anyhow meaningless, it has been removed.

Refs #3206

Change-Id: Icf541a8b3bef502da9a22b55a8e8154b2d4fc8f8

GROMACS 2020 release candidate

Adjusted regresstiontest hash

Change-Id: I37cec8154843b8f8a2a9136051b50bce7eba5888

Enable buffer ops when GMX_GPU_DD_COMMS is set

Buffer ops is always a hard dependency for DD with GPU direct comm, so
enable it instead of requiring an extra env var to be set on mdrun
invocation.

Change-Id: Iea354f8ce636a115e0ed866228746e91f34df228

Fix regressiontests failing with ctest

Setting the -ntomp variable and not -nt at the same time causes errors
when running the regressiontests through ctest.

This was introduced in I78925951dcb59a11af01bc64f0dea373fe172cbb while
updating things for Gitlab CI.

Fixes #3257

Change-Id: I19afd7817b5c637d6653fda8533f23720b45cc41

Release note for GPU direct communications

Change-Id: I4487f2ed6bc789e6cfb3e68d802ccedda0c51962

Fix PME tuning issue when PME-PP communications are active

If PME-PP direct GPU communication is active, the CPU-GPU
asynchronicity in the codepath causes the timing load balance ratio
used to trigger PME tuning to be unreliable. This change
unconditionally starts PME tuning when the PME-PP communication
feature is active (unless PME tuning has been de-activated with
the -notunepme option).

Partially addresses #3208

Change-Id: Iea173d19062dbd11d57ca9ceb4e52b9f20d4ff15

PP-PME load balancing improvements

Add a minimum number of nstlist tuning intervals and minimum time delay
at the beginning of the run before the load balancing starts. This allow
hardware clocks to ramp up and avoids having early measurements
overestimate rendering subsequent ones with different grid setups only
faster due to hardware warmup.
Also use global variables to adjust the number of measurements to be
skipped after switching configs.

Refs  #3208
Fixes #2203

Change-Id: If835d2482e127caa51d50f45f25c19144d35efaa

Add issue tracking for deprecations.

Provide links in release notes to issue tracking for announced
deprecations.

Fixes #3251

Change-Id: I246651f8cb868eb1deecac86c2e7d6f0ec81b3f1

Fix mdrun appending invalidating energy files

When appending at mdrun restarts, energy files would become
unreadable at the appending point.

Fixes #3250

Change-Id: I7683e1a954fb8865acb5e77aae028ae717ae0ab3

Fix conditional on assertion for combining GPU Update and GPU coordinate send

Fixes a problem introduced in 9a3c2ce312c1e04634d636655388a8aaad53c8d1
which unintentionally blocks any use of GPU update with PME-PP
Communication because !stepWork.doNeighborSearch is missing from the
condition on the assertion.

Related to #3159 and #3160 which, when implemented, will remove the
restriction on coordinate send originating from the GPU (on non search steps).

Change-Id: Ie9b1102386b2c1bc927c09e4d8ead2bd2321320d

Allow x D2H to overlap with GPU force compute

With GPU update coordinates are transferred back to the CPU every step
if there are forces to compute on the CPU. Originally this was
implemented with a back-to-back transfer launch and wait at the
beginning of do_force().
This change moves the CPU wait for the completion of the coordinate
transfer closer to the consumer tasks in order to avoid blocking GPU
force tasks' launch and allowing compute and transfer to overlap.

Fixes #3221

Change-Id: Ia6641147bbec1186b54c1445d36dc31000eae9c4

Update reference to uncrustify and clang-format.

Correct some copy-paste errors. Consolidate some references to
formatting tools and continue to transition away from uncrustify.

uncrustify references and infrastructure remain, along with Jenkins
documentation. These can be removed after transitioning from Jenkins to
GitLab Runner, pending clarification on how to distinguish between
documentation for all supported versions versus the current version.

There are also various references and workarounds related to uncrustify
in the source code. These can be updated in separate changes against the
post-release-2020 master branch.

Refs #3248

Change-Id: I3331f73921812a918d32dd6a045eabc4da4a6a6d

Change grompp decoupling SD warning to note

The warning that grompp issues when decoupling a molecule
without the use of the SD integrator has been changed to a note,
since there are valid use cases for using normal MD when not
running in the completely decoupled state.

Note that checking for actual decoupled VdW states requires a lot of
code and would still not be 100% correct.

Fixes #2767

Change-Id: I55c84afcbcb7b19bdb8a7a8bc586a65c50f8d0c1

Add ability to set OMP and tMPI thread for ctest

For Gitlab CI we need at some points to be able to set the threads used
for running the regressiontests through ctest.

(cherry picked from commit 4e6b4134e62f17d64520a46e0aad7cbd60f778f3)

Change-Id: I78925951dcb59a11af01bc64f0dea373fe172cbb

Ignore build host for CI builds

When moving the CMake build directory between hosts a warning was
generated. This does not integrate well with containerized CI.

(cherry picked from commit 33079aa495e7e3b7da78bd58de9c6f30edff51d4)

Change-Id: If0a775ab86d25a7d5646e824243892320d4ddbe3

Add note for COM removal with position restraints

Center of mass motion removal in combination with position restraints
will often cause artifacts. We should (automatically) disable this,
but this will disrupt workflows, so for now grompp will issue a note.

Refs #3244

Change-Id: If983e918d26f0af2fab96d44d0f2b1fc3cedb901

Clean-up buffer-ops CUDA kernels

1. Adjust naming according to conventions.
2. Reduce number of type casting.
3. Use native CUDA types.

Fixes #3237.

Change-Id: I79da0dd1edf6c302661ba0954e4191fde1ebf2e8

Test parallel mpi only with openmp

Can time out in other conditions
Found while working on Gitlab CI

Refs #3232

Change-Id: I7cf62ed913d2bc8c88317a674b0594dbe54ba394