Merge remote-tracking branch 'origin/release-4-6'

Conflicts:
include/membed.h
src/gromacs/legacyheaders/membed.h
src/kernel/membed.h

All 3 conflicts old names. Renamed to src/programs/mdrun/membed.h
with content of src/kernel/membed.h from 4.6

Change-Id: I64654ce18162fa7887f17a7c565bc5783c3a1238

Merge "Fixing more clang warnings" into release-4-6

mv membed.h from include to src/kernel

,because membed function calls are not part of gmxlib
Created an abstract datatype gmx_membed_t in include/types
mv all struct declaration to file that uses them (membed.c)
made membed init print conditional on MASTER(cr)

Change-Id: I8bb23403415f1c35a31f06c2fb0fae2148ee15f6

Utility class for temporary unit testing files.

Added a utility class for constructing unique names for per-test
temporary files and for automatically removing them at test teardown.

Change-Id: I4ddf4a39d399518b8764be0af41bb423269e245c

Add C++ methods for accessing binary name etc.

- Add a ProgramInfo class that can be used to access global information
  about binary name etc. Move some path manipulation code from
  CommandLineModuleManager to the new class, resolving a TODO item.
- Make initialization methods of this class also call the relevant
  methods in statutil.h.
- Call the new initialization methods in unit tests and in g_ana.
- Use the new method for accessing program names in C++ code.
- Fix ShortProgram() such that it does not segfault if
  set_program_name() has not been called (not needed after the above
  changes, but still better this way).
- Add statutil.c methods that use global storage to valgrind suppression
  list.

Change-Id: I74c906aa5188d2dc4f0e1f6edab89e36393724f3

Remove libtool-specific hacks from oenv.c.

When did I9b54f82a, didn't notice that the same code was duplicated in
oenv.c.

Change-Id: Ic1c8840ee2cbab5229b3e4c7f74ac26b8c6e181a

Merge "Merge 'origin/release-4-6' into master"

Merge 'origin/release-4-6' into master

Conflicts:
src/gromacs/genversion.sh
src/kernel/CMakeLists.txt
src/programs/mdrun/mdrun.c
src/programs/mdrun/runner.c

Change-Id: Ifa85592226e84dea08d707ef1a76ee3020ed3bc3

Fixing more clang warnings

Change-Id: I1359503f61e1fa003c078c98a99420249b915e9c

Merge "Membed code merge from release-4-6"

Fix clang warning introduced by new clang version.

Change-Id: Ic7eede951558237a8f03c3c1b69876848c37d0e7

Membed code merge from release-4-6

After backporting "membed to mdrun" from master to release-4-6
(commit 3dcc9c8d5) code update was necessary to match gromacs
coding standards. After Gerrit approval, these changes are now
merged into master.

Conflicts:
src/programs/mdrun/membed.c
src/tools/gmx_membed.c

Change-Id: Ib1566a677b46e91052f74800dd4f4d16d1bc3b41

Merge "Backporting "moving membed to mdrun" from master" into release-4-6

Merge "Detect module name from symlinks."

[tools] g_sans - add OpenMP based parallelism

This commit adds OpenMP based parallelism for
calc_radial_distribution_histogram function

Also it adds check for mcover parameter which should be -1 or (0,1]

Change-Id: Ic14267782c69c25364b69a91719cb451fd8e3a89
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Simplify build system for unit tests.

- Now that gtest and gmock are build from bundled sources, there should
  be no reason to allow disabling just gmock from the tests (at least
  not strong enough reason compared to the complexity it brings to
  writing the tests and maintaining the build system).
- Make libxml2 mandatory for building any unit tests.  Again,
  simplifies the build system significantly.  Even before this change,
  very few of the unit tests were built without libxml2.

Closes #935.

Change-Id: I8ec5552661860ca43a00d70957fd82d69dcdf739

Detect module name from symlinks.

This makes it possible to create, e.g., a symlink named g_select and
point it to g_ana; executing the symlink will work exactly like 'g_ana
select'.

Closes #672.

Change-Id: Ia27069466bea19b1203370c35b9ecdacfe0cdd98

Merge "Print list of modules with 'g_ana help'."

Backporting "moving membed to mdrun" from master

commit 1: cherry pick 45181651
Moved g_membed functionality to mdrun
commit 2: cherry pick 21a84994
Moved g_membed functionality to mdrun bug fix
commit 3: cherry pick 34471042
added gmx_membed.c to CMakeLists.txt for mdrun
commit 4: cherry pick 1a72f4c8
membed renaming and adding tools wrapper again
commit 5:
Fixes necessary after membed to mdrun cherry picking
commit 6: cherry pick a52f8c45
bugfix #697 for g_membed
commit 7:
deleted unused code, changed fclose to ffclose in membed.c

Change-Id: Ia3ba001b338cadcadc9b2bf1f4c728c5ffc1414b

Merge "Remove g_luck."

Print list of modules with 'g_ana help'.

IssueIDs #666 and #672.

Change-Id: I001966ab3ba44c59b0186456a6467322b3b3d26d

Use gmx::File throughout CommandLineHelpWriter.

Added necessary methods to gmx::File to write basic text files, and use
those for writing the command-line help instead of accessing the
underlying file handle directly.

Change-Id: Iff680d0b5b193fc785f8deec85befdf040bec909

Fixing more Clang warnings

Change-Id: Ic2189579eaaa262d4907d912d59a3e78274bd4ed

Merge "Generic handling for multiple cmd-line modules."

Merge "Helper class for command-line utility tests."

Merge "Print default file names for command-line help."

Merge "Set project version to 5.0-dev."

Merge branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Conflicts:
CMakeLists.txt
cmake/gmxGenerateVersionInfo.cmake

Change-Id: I82c2429f9b1d8441edb19f6287dbbe446fc07233

Generic handling for multiple cmd-line modules.

Added generic methods for multiple independent modules within a single
command-line tool, and modified g_ana to use this.

By itself, does not change the external behavior significantly, but
makes it easier to implement parts of #666 and #672.
The wrapper binary in #685 should also be easy to implement using this
approach.

Change-Id: I3058bf5db2cbb7c7a1f9e4c87dd2db8f9727fe82

Helper class for command-line utility tests.

Split functionality for converting const char * arrays into
(argc, argv) from CommandLineParserTest into a separate utility class.
Allows using the functionality in other unit tests as well.

Change-Id: I2034c497799811b1d8ed7907e8ed9395bbb0363d

Remove libtool-specific hacks from statutil.c.

Since autoconf is no longer supported, there is no need to keep these.

Change-Id: I9b54f82ab9198420aa4fcc40dbacd4f1ed0d2191

Print default file names for command-line help.

Print the value set with defaultValueIfSet() for a file name option in
the command-line help if no other value is provided for the option.

- The value is formatted by the AbstractOptionStorage::formatValue()
  pure virtual method when a special index is provided.
- OptionStorageTemplate implements handling of this special index, and
  provides a new pure virtual method formatSingleValue() to do the
  actual formatting, which no longer needs to know where the value comes
  from.
- Adjust the concrete option storage classes to the changes.

IssueID #666.

Change-Id: I8b51262042415f314bd5d4c8da51e6e31cfe3b21

Set project version to 5.0-dev.

At some point, there used to be strings like 3.9.99-dev, but now
release-4-6 branch has 4.6-dev, so this is in line with that.
But the release-4-5-patches branch has 4.5.5-dev, which isn't
consistent... In any case, this should make the version string clearly
distinguishable for master.

Change-Id: Idec8f5b9e2d308cad596343d1d9177370f8b7fda

Clean up cmake version generation.

- Use comparisons like ("${VAR}" STREQUAL "") for testing for empty
  strings (other variants may fail in certain scenarios).
- Add some other quotes to avoid CMake errors in unusual situations.
- Remove trailing whitespace.

Related to #888.

Change-Id: Ifd1a87f0e929b4cb62db56d70ca469b73075fc2c

Drop support for pre-1.5.3 git for version info.

Did not touch the autoconf version, since that will anyways be obsolete
in 4.6.

Related to #888.

Change-Id: Ic7d890959e2e9a614f5d39a453c45671c3b56df4

Fix cmake version info generation.

Use the same logic in the cmake version info generation script as is
used in the shell script for autoconf.

Fixes #888.

Change-Id: I2a06d175a1e04e25d38b917d907cdae429743099

Removed autoconf version info generation.

Since autoconf is no longer supported, there is no need for this shell
script either.

IssueID #645

Change-Id: I5607d52817122dfdf9ea33e784a50abc7941ba0e

Remove g_luck.

Also removed any references found with grepping for "luck" in the tree.
With this, there is nothing left in src/kernel/.

Closes #637.

Change-Id: I4f1f229ea7f9a98eed94aa2b891112b3db2bd062

Remove replace.* and use replaceAll() in wman.c.

Remove old O(N^2) implementation of replacing.  Instead, use the C++
version also in wman.c (switched the file to C++ compilation).
Removed unused variables from wman.c, since they give warnings with our
C++ compiler flags.

This is the first commit that introduces a real dependency from the
pre-5.0 C code to new C++ code.

Related to #666.

Change-Id: I89db3badc51775cd5c683ac7e8b1040efac16447

Replace "%t" in option descriptions with time unit.

Not sure how useful this is, but there was such functionality in the old
option listing, and it was easy to implement.

IssueID #666

Change-Id: Ib9538211fefcde7a89dceb7e1b30a81ab03d9e76

Add "replace all" functionality to format.h.

Use the new function in File::readToString() to make the Windows line
end handling more robust.

Related to #666.

Change-Id: I24fc8e0dfd8af7ac08c94f2e9392fd418fe463c8

Merge "Add shared test fixture for string tests."

Merge "Initial implementation of selection file input."

Merge "Move OptionInfo to abstractoption.cpp."

Merge "Implement markup substitution in command-line help."

Merge "Rewrote command line help writer."

Merge "Removed unused code from src/kernel/."

Add shared test fixture for string tests.

There were already two sets of tests where the same functionality was
duplicated.  This makes it easier to add more of the same without
duplicating the code (and potentially improving all the tests in one
go in the future).

Change-Id: I81fdfde264cc9243a00c0dec0d24abcf9bbce1f1

Initial implementation of selection file input.

- Add SelectionFileOption and related classes to implement an option
  that can be used to provide selections from a file.
- Add SelectionCollection::parseRequestedFromFile() to do the actual
  work.
- Add special handling for the option in command-line help to print it
  together with other selection options.
- Add tests.
- Removed support for specifying a selection option multiple times on
  the command line, since it is not clear how it should work together
  with the new option.
- Temporary exception safety fix for selection file input.
- Updated valgrind suppression rules for MacOS for some
  exception-handling stuff.

Initial implementation for IssueID #656.

Change-Id: Id4ddf545ec13986fa57dac42a8b1dc4075a42840

Move OptionInfo to abstractoption.cpp.

This makes it consistent with how implementation of derived classes is
located: the storage, info, and settings classes are always implemented
together in a single file.  Originally, the OptionInfo was only used for
the OptionsVisitor, but it is now more tighly integrated into the system
and this is no longer the case.

Change-Id: I3be311343a35b6e7e045b94f4ba70283a6b99278

Implement markup substitution in command-line help.

Use code from wman.h, and adjust the line wrapper to strip extra
whitespace from beginning and end of lines (these are easily produced
with the combination of concatenateLines() and, e.g., [PAR] markup).

IssueID #666

Change-Id: I5413578c5fc51239b9f4dfc74387e21ac1d1c5ca

Rewrote command line help writer.

- Rewrote printing code for options using TextTableFormatter. Should now
  produce at least as good output as the old code invoked by
  parse_common_args() while keeping most of the layout, and in some
  cases does significantly better (partly because of the item below).
- Split selection options into a separate table with its own formatting
  to make more space for long values that they typically have.
- Added test code that exercises different parts of the formatting code
  and allows one to easily see the output (with -stdout cmd-line
  parameter to the test executable).  Without the -stdout parameter,
  each test is marked as failed if anything in the output changes,
  allowing them to work as regression tests.
- Added line wrapping for descriptions.
- Markup substitution ([TT], [PAR] etc.) is not yet done. Will add that
  separately, since it requires changes to the line wrapping code to
  strip some whitespace...

There are some TODOs in the code, but they mostly concern better
handling of corner or more complex cases.

IssueID #666

Change-Id: I538fbaac27572a518d24dff7b0f30f8746a540af

Use GMX_NATIVE_WINDOWS in path.cpp.

Change-Id: I0b321532e85cfb2429994171aade49f1021b51c7

Move HAVE_CXX11 define to gmx_header_config.h.

Renamed the define to GMX_CXX11, because it is in a public header.

Change-Id: I2221f56214c56d23eb1072a95d827ed92a0a754e

Move gmx_header_config under utility/.

Change-Id: Ib4cb6a578372ab8c509a0c1d804f193158b94273

Removed unused code from src/kernel/.

When code from src/kernel/ was originally moved to the new file
hierarchy, these were left over as not necessary for building any of the
binaries.  They haven't been included in the build for master for over a
year.

IssueID #637

Change-Id: I37dadf1a77239e554c5968a2c61c163183af65b7

Merge "Remove unused magic.h."

removed -finline-functions from the release gcc flags

All gcc versions >= v4.1 include -finline-functions with -O3.

Change-Id: Iecdf906162400863329bbe2d57fc110c9c2c7a9a

Make output_env struct properly private/opaque.

All the necessary functions already existed to make the structure
private, only the signature of the initialization functions needed to be
changed.  Adjusted places where the structure was initialized to not
access the internals of the structure, but do everything through the
initialization functions.

Change-Id: Ia1f7fdeccd0678e41b5af4256fcf6f7a4014c59d

Remove unused magic.h.

It was included from two places, but neither used its contents.
There was one use of GROMACS_MAGIC in the source, but that file did not
include magic.h, instead defining it itself (to a different value).

Change-Id: I6404419387a170f34ddd25e56fb17b5f71d1dff2

Remove #include <config.h> from pull_rotation.h.

There is nothing in the header that needs it, and installed headers
should not include something that is not installed.

Change-Id: I563fa21f3a6ecce8f728feb9656bccfef5edaa73

Merge "Remove unnecessary uses of gmx_header_config.h."

Merge "Add tests for PDB-specific selection methods."

Merge "Merge release-4-6 into master"

Add tests for PDB-specific selection methods.

Part of issue #651.

Change-Id: I6d2d7489ded6c6a87ffda5a86d9ef6e5a9e6112f

Merge release-4-6 into master

Change in src/gmxlib/CMakeLists.txt applied to
     src/gromacs/CMakeLists.txt

Change-Id: I15ec00d1738747c34557adffb5d58a69046fb92a

Remove unnecessary uses of gmx_header_config.h.

- Replaced chdir and getcwd with gmx_chdir and gmx_getcwd to have the
  related ifdefs only in one location. getpid should get the same
  treatment, but there is no natural place to put it in, and the return
  type should be decided on (int is probably fine).
- Replaced some scattered Cygwin-related warning suppressions with
  #include "string2.h", since this file contains the same logic.
- Removed #include <unistd.h> from sysstuff.h and added explicit
  includes to source files that need it. Also removed extern "C"
  declarations around system headers.
- Removed unnecessary Windows-specific header file inclusions.

Makes it a bit easier to relocate the file.

Change-Id: I0b594b4d7f05212c21d8f249fa8525d30268d49b

Fix Windows specific cmake hacks

MT/MD related:
- Only use MT instead of MD if GMX_PREFER_STATIC_LIBS
  Gromacs compiles fine with MD and produces smaller binaries.
- Fix that MT is also used with C++ and Intel

Workaroud for cmake 13174:
- Replace GZ with RTC1 also for C++
- Replace GX with EHsc for C++

Remove of set(GMX_EXTRA_LIBRARIES):
- This has no effect because it isn't set before.

Change-Id: I911c88e099c1faaa896b54b791a952c1265dd89e

Merge "Disable OpenMP for llvm-gcc 4.2.x" into release-4-6

Remove unused files.

Grepping for debugb or ffscanf in src/ returned nothing outside these
files.

Change-Id: Id77718c8b3f82808f451d00f0fbe89923b8d8122

Fix gmxdump error introduced by 553d4b1369

Change-Id: Ib3ebe7231e3be0f2bdeda21cf5c589f6d5144c5c

Disable OpenMP for llvm-gcc 4.2.x

Fixes #900

Change-Id: Ibd80b2e3768e25f5091441a65785f539dc3b7050

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Change-Id: I420226d869a1d755c731b9f65b66a29c233e9b6e

Merge "changed number of iatoms for F_SETTLE from 1 to 3" into release-4-6

Merge "added support for graphs not starting at 0" into release-4-6

Don't enable ASM if no asm kernel is selected

Caused that -DGMX_ACCELERATION=none didn't compile without
asm installed.

Change-Id: I572d64b94af89516ef35336190636ead6a256c0f

Merge release-4-6 into master

Conflicts:
CMakeLists.txt (modified)
cmake/gmxCFlags.cmake
src/gromacs/legacyheaders/CMakeLists.txt (modified)
src/tools/gmx_membed.c
src/tools/gmx_select.c -> change applied to
            src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.cpp

Conflicts (Deleted):
src/gromacs/legacyheaders/pppm.h
src/gromacs/mdlib/ghat.c
src/gromacs/mdlib/pppm.c

Moved:
include/gmx_header_config.h.cmakein -> src/gromacs/legacyheaders/gmx_header_config.h.cmakein

Change-Id: Iec19966d1d7d3dfe817fd3f28197ea620bf55b3e

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
src/mdlib/pme.c

Change-Id: I0a77a63162168d3a07ab957a9bf7b367a9f05eac

fixed PME forces with FE, fixes #929 introduced in recent merge

Change-Id: I4f3bc59ed8c0351c4c59feceb3c2116b2f063daf

Merge "Fix for sigaction" into release-4-6

Fix srenew/sfree_aligned misuse in PME

denom was first allocated with srenew and then freed with
sfree_aligned. This is illegal and crashes on Windows.

Change-Id: I83d8c35973ed0be1bb23396d6b97bf1d4b0f5f06

Merge "Remove checks based on Generator" into release-4-5-patches

Merge "Fix version info generation for autoconf." into release-4-5-patches

Fix MSVC warning: Dereference end iterator

Change-Id: I0c651b85a4d8fde2f4b32f9778e90d73bd6efb49

fixed segv in TPI with PME, fixes #927

Change-Id: Ie465c7300e491f4e67cacd0fa7186a253ee46cad

changed PME MPI_Comm comparisions to MPI_COMM_NULL, fixes #931

Change-Id: I6087339c5609de0444ac578c217825b9918cb993

changed number of iatoms for F_SETTLE from 1 to 3

Change-Id: Ia0cb1f277b5d3e8988c6fd1fb26896fa68c2fb3c

Fix version info generation for autoconf.

Should now work with a repository cheched out both from git.gromacs.org
and gerrit.gromacs.org.  The pattern for finding the remotes may be
better with some finetuning, but it works for me.  However, not that
much effort should be spent for the autoconf part since it will be
removed for 4.6.

Partial fix for IssueID #888.

Change-Id: I3f0caf440067b3eceba28845c1061c0642c0226b

Remove checks based on Generator

OS dependending checks should not depend on Generator

Change-Id: I3c682c8b5ec82fe2a2b78744c6f56dccd655ee5c

Fix for sigaction

Commit "Restart IO operations when interrupter by signal"
didn't actually activate sigaction because config.h.cmakein
change was missing.

Fixes #798

Change-Id: Id5c7e3344688c32ec4c51d84ccbc66658ed928f9

added support for graphs not starting at 0

It has always been implicitly assumed that graph->start==0.
This assumption would only fail for a topology starting with
single atom molecules followed by multi-atom molecules.
Furthermore, for mk_graph at_start could only be 0, a check
has been added for this, and at_end was not stored.

In t_graph start is now replaced by at_start and end by at_end,
where at_end is end+1, now the first atom not part of the graph.

Change-Id: I0d4c09c90cbba1a7f4a1d84cf1f90a7643c17cd8

Merge "Merge release-4-5-patches into release-4-6" into release-4-6

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Change-Id: Id1c62a482c6c3467704cc9b657b53f7df493b7ba

Merge "[tools] g_sans - splited out fixes and added citation" into release-4-6

fixed the reported temperature with Brownian dynamics

Reduced the (meaningless) masses with BD by a factor 2.
Since v with BD is defined as dx/dt, the reported Ekin and T are
now correct (and if there are too high, dt is too large).
Fixes #797

Change-Id: Iee8613ff9637deb58600ad03289f7bcce7f32df2

fixed dispersion correction with parallel EM

With EM the energy and pressure dispersion correction terms
were multiplied by the number of nodes. Fixes #901

Change-Id: I289ac0de7d7a9c1f72e939b840c549c1cb49a52a

Fix File::readToString() on Windows.

There are probably some corner cases that are not handled correctly by
the new version, but hopefully it now works for the tests where it is
used.

Change-Id: Id18cc816e3476ed06091f014e13671a8010e8c56

Corrected fourierspacing description

Change-Id: I5cb577f0750cea3481f766330096d5b2bca7eb6f

Merge "fixed initial COM motion removal with multiple groups" into release-4-5-patches

More error checking to gmx::File.

Add some more error checking to try to pinpoint test failures on
Windows (doesn't hurt otherwise either).

Change-Id: I8fc80b876b43a52ef43578bb4a05e6620988d062