Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Change-Id: I9f12fee0e49e1f7d758a2080337269753f31f3bf

Merge "Replace '_' in all mdp options to '-'" into release-4-6

Merge "Cleaning up some bad coding practices" into release-4-6

Merge "Initialize variables to make GCC 4.6 not complain" into release-4-5-patches

Removing TestBuildAll test

No need for it because ctest automtically tests building anyhow
It does not work under Windows (using msbuild not make)

Change-Id: I02c7152d61cbe5b536c86c406f37ed78db94ee11

fixed pull constraint periodicity consistency check, fixes #844

Change-Id: Ifb8e37c5ca3bb5c36631c0b3db65928f27887bdb

Merge "Added support for submission to cdash servers." into release-4-6

Merge "Changed cryptic variable names" into release-4-6

Cleaning up some bad coding practices

- missing return statement
- recommended parenthesis
- uneeded declarations
- statement without effect
- missing switch/break or undocumented fall-through
- unused static variables

Unless I'm mistaken none of the changes has any effect.

Change-Id: I060ce5b50d8e7df3a97917633fc77d7d2e8481a9

Added support for submission to cdash servers.

With the default setup ctest will send the results to
the Gromacs project on cdash.gromacs.org

Change-Id: Ieb096b7c20734ec7a641523aba06775eb1c2ccc6

Changed cryptic variable names

'multiplicity' is much more readable than 'xity'

Change-Id: I4c070a66c4863414cddfbaaa9c099736f6c98e3d

Initialize variables to make GCC 4.6 not complain

The variables are only used when initialized but GCC doesn't detect that.

Change-Id: Ib79383e14d5de90f99f0f267e5039f811980bdb8

Only analyse angle transitions for dihedral angles

Change-Id: Ia973d5b31c38f94a7ca2e3c2d8265b3552253103

Merge "Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or" into release-4-5-patches

Added protective preprocessor directives

Avoids code compiled with -O0 dereferencing null pointers. Duplicates
and expands a fix suggested by Valentin Pavlov <x.pavlov@gmail.com>.

Change-Id: I41f27bce385c5f960270ac616abd6fdd038312fa

Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or

Change-Id: Ie3d45c7454880cf65d583980cf6639f5527b22c9

Actually -cpi and -bcpo must not be identical

Change-Id: Iac44c2dc7d7add1f951ff6018bbfaabe8160af25

fixed dd load print frequency with nsteps=-1, fixes #829

Change-Id: I66736af49665e6cc90875acbf52a45b5a9727915

mdp options in *.html also uses '-' instead of '_'

Change-Id: I856d64badfe26598650d65feae1354fb8d688999
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Fixed bug #830 (segv in do_dssp)" into release-4-5-patches

Merge "Fix for GB, double, SSE2 and optimized kernels" into release-4-5-patches

Fix for GB, double, SSE2 and optimized kernels

As suggested by Julius Su in
http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2011-November/005432.html

Change-Id: Id50d63958e8b3fee810a8d4ed6e021510c98d9aa

Trigger correct kernels under Cygwin

CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR calls uname -p, which returns "unknown" on
Cygwin, so we need to use another mechanism to trigger the use of
SSE/SSE2 optimization.

Change-Id: Ic6406bb36b853a2bd3b22345e36e4914eb04fd8d

Fixed bug #830 (segv in do_dssp)

Change-Id: Ibaa2cf25586d879fce62e9086fee1b510e034e40

Made reading of binary matrices more robust

The routine to read the binary matrix should check that the storage is
available before using it. Also, the documentation in the header
should be explicit that valid storage locations need to be passed in.

Change-Id: I95e9120bceac02031a7f39412ba226ef2644a444

Replace '_' to '-' in mdp options for tutorials

Change-Id: I918e50f4c48369ec5a303b2475d89275808ca654
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Replace '_' in all mdp options to '-'

This changeset replaces '_' to '-' in all mdp options and in
*.log output of mdrun. So options like

init_step -> init-step and so on

Change-Id: If04e4408e7f9f27ee37cbdaa624e14aab46cddfe
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Changed default value for g_anaeig -last to -1" into release-4-6

Merge "Fixes for GB kernel" into release-4-5-patches

Merge "Add CMakeLists.txt.user to gitignore" into release-4-6

Merge "fixed pull constraining doing nothing, fixes #825" into release-4-5-patches

Corrected charge of CHARMM zinc ion to +2

Change-Id: Id64c3f5bbd9e0993e4b598dc971a780d3d7337dc

Merge "Fixes MPI_GROUP_EMPTY for tMPI" into release-4-6

call to gmx_mtop_generate_local_top is only required once
fixes memory leak

Change-Id: I1ef9860e4b5c24a15acd1b2de88d89721771d840

Changed default value for g_anaeig -last to -1

The old default for -last was 8, which is pretty arbitrary. There are so many
different operations for g_anaeig that requiring the user to make an active choice
about any eigenvector subset seems wise. The new default is to do the operation
on all of the eigenvectors.

Change-Id: I52ba7539d70e559712b52e5ec46dff6731c99094

fixed pull constraining doing nothing, fixes #825

Change-Id: Iefadc0bb34241f91998e6d9f974150da54397045

Add CMakeLists.txt.user to gitignore

This will add CMakeLists.txt.user [file generated by qtcreator] to
gitignore

Change-Id: I5511a03dbbeaa4f376e8b1fd3218c82d77272167
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Updated grompp.mdp for tutor/water

Updated grompp.mdp for tutor water that works with current gromacs

Issue #802

Change-Id: I3a80fa15ea08b25dd817b743331fa278aefb0d15
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Fixes MPI_GROUP_EMPTY for tMPI

Fixes breakege of tMPI version
introduced by commit 8cd25f0d45567b53027c7c4ab9bb2e8d5606932d

Change-Id: I8a79b863f5c1a25efebde55a597f6194889b4d2f

Merge "Removed duplicate CMake functionality" into release-4-6

fixed segv in parallel replica exchange

The last fix and commit of mdrun.c, ea3111, caused a segv with multisim
when the simulations were in parallel. Fixes #821

Change-Id: Ie3936b224d81dc3a304357bcd3438d2b4f5192e3

Removed erroneous use of MASSV on BlueGene

MASSV does not provide BLAS or LAPACK (indeed, there is no standard
version for BlueGene), and is not useful otherwise. So it was erroneous
to require BLAS and LAPACK, and not helpful to link to MASSV.

Change-Id: I9b82875e9c6b02800e1ec6330f2a9006a563719d

Fixes for GB kernel

Change-Id: I9108b02d032b6c7779c1d88b60e84a6e35e2025e

Only create group if part of load communicator and thus the group is not empty

Unnessary groups are a problem if maximum number of group is limited (e.g. scalasca)

Change-Id: I2daca6414e82cca8d64d3dd5c08c6ae0060d07dc

Removed duplicate CMake functionality

The FindXXX modules that I have removed are found in standard CMake
2.8.2, so we don't need to duplicate them if we choose to have a
similar minimum requirement for CMake. So far, I've arbitrarily chosen
2.8.0 as a compromise between modernity and widespread adoption.
See discussion in Redmine issue #815.

The logic for the work-around for Cray MPI is now in CMakeLists.txt

The test for the Git version has also moved into CMakeLists.txt

We had a minor change in the LibXml2 module that catered to some
weird/broken CMake environment Teemu had, but it looks to be
unnecessary for modern CMake.

The LAPACK find module is nearly the same as standard, apart from a
bug fix that we have found and reported upstream. So we have to
keep the duplicated code.

Change-Id: If312671392f9b77c0007c761ccb37688bcfc13b3

Added tip for converting .xpm to something useful

Originally provided by Justin Lemkul on gmx-users.

Change-Id: I92e0d17095dca5a738dbb3188067d4394742e653

Removed autotools and references to them.

A stub remains in bootstrap to prompt developers to go and use CMake.

Change-Id: I913677b32838c70ff9908bbb0ef110f2524061cd

Merge "Removed CMake warning for recent OpenMPI versions" into release-4-5-patches

Dropped some hints in the documentation

Users should collect data more often than the time scale of the
autocorrelation, actually save velocities for computing velocity
ACF, and trjconv -ur compact is useful for rhombic dodecahedra.

Change-Id: I9c59b3798dbb8d86b862859bf8f217b12d33906a

Removed CMake warning for recent OpenMPI versions

OpenMPI 1.4.1 and higher are fine for GROMACS, so we do not need to
warn the user about them. This patch tests the MPI found and
informs the user as necessary.

Change-Id: I98ff5e46a3fa2e09915c699a67d47f0637cb3992

Minor house-keeping

Change-Id: I405d32cfffd53d9441eaede6fa2964e16ed1fadd

Updated version: now 4.6

Change-Id: I309ddac1ba41c8c2bfe9c8880848c061c384720c

Commented out part of this new program that was not yet validated, in order to protent users from incorrect results.

Change-Id: I02a0065205aae881438c15c9aec9dae722b23206

Fixed documentation issue described in redmine issue 681. Added warning line to terminal output about interpretation of results.

Change-Id: I494596d5259038c96d9aad395089434520cad5c0

Fixed documentation issue described in redmine issue 681.
Added warning line to terminal output about interpretation of results.

Change-Id: I92fdc8a1a641b7db534b0da1f483ecdcb5592b6b

New release: 4.5.5

Change-Id: I6130c171c98c187ec233ee9910cf072cef00ce47

Fixed typos in documentation.

IssueID #814

Change-Id: If05a4a47509ad087c8de41305666324287e7a70a

C89 fixes.

Change-Id: I04bfe69d1e97ae7b3160209a68421c9f88468177

Fixed compilation issues

Change-Id: Ic2b724627a994f968fad9bcc1caf6a852d5e5f24

Merge "Resolved gerrit issue https://gerrit.gromacs.org/#change,126" into release-4-5-patches

Resolved gerrit issue https://gerrit.gromacs.org/#change,126

Change-Id: I21190310734c8ccab645606515a9a7265c805ccc

Added support for g_dos, g_hydorder and g_densorder in CMake.

Change-Id: I501747d6d0c41f88427c7f0bfa181d77adece9f0

Fixed a bug in egbOBC and double precission.

Change-Id: I016342ebe0f7758ffe0373f906e7095d2c9a1a06

added grompp check for posres+pcoupl+refcoord_scaling=no

Change-Id: Iec18eb3192a0fbbd44883e0963df471e441cb8bb

Merge "g_wham: fixed pullx.xvg reading issue with pull_geometry=cylinder" into release-4-5-patches

Merge "made allocation for LINCS with particle decomposition dynamic, fixes #777" into release-4-5-patches

g_wham: fixed pullx.xvg reading issue with pull_geometry=cylinder

Change-Id: Ica6c4a4685efa8e3900ea893f11f379bfcece718

mdrun -multi -cpi now checks if simulations parts are identical

Change-Id: I7163d5042c7841eece3957df87859e8b1e7ceae0

Merge "Introduced different options for pdb2gmx termini introduction (-chainsep) and merging into single moleculetype (-merge)" into release-4-5-patches

Fix trjconv -sub

close_trx doesn't set the defunct t_trxstatus * to NULL, so the
subsequent test for clust_status[i] to be non-NULL was erroneous.

Change-Id: I38f3b0404c82122cdd74f0af11738155a5e34013

Warning about trjconv -sub needing many files open

Change-Id: I6645b7ccdca47b9eed61d2e937cad99d43e816ac

g_sham -mdata is an input file, not output file

Change-Id: I2795de08bc8049a95f921300b325b5942a74d516

Format warning better

Change-Id: I1a18ee94a238fc0c4690da4f33e7a95b071d15c6

Merge "Added warning line." into release-4-5-patches

Introduced different options for pdb2gmx termini introduction (-chainsep) and merging into single moleculetype (-merge)

Change-Id: I041f152f157f6f6b70145582ee5624bcbcf9bda2

Merge "Fix pdb2gmx -debug and .hdb files" into release-4-5-patches

Merge "Fixed charge groups of CHARMM27 DNA/RNA terminal H" into release-4-5-patches

Merge "Added ACE and CT3 to CHARMM27 aminoacids.rtp" into release-4-5-patches

Added warning line.

Change-Id: Ia301e2515cba3ccebb7f35dbe0c7a3d0ed5f5093

Fixed incorrection AmberGS force field (redmine #728)

Change-Id: Iec340d97851bc08bc8555667df859cb6effc4378

Merge "fixed grompp issue with decoupling and virtual sites" into release-4-5-patches

Merge "Fixes for CMake finding FORTRAN library names on POWER6" into release-4-5-patches

Merge "Remove segv in xpm2ps, fixes #611" into release-4-5-patches

fixed grompp issue with decoupling and virtual sites

grompp would give a fatal error while generating virtual site
parameters when state A was decoupled using the decouple option.

Change-Id: I8ea099d93d859537869aa32a2f8d6d825f277bde

Fix pdb2gmx -debug and .hdb files

For some archaic reason, pdb2gmx produces sanitized .hdb files when
you use -debug. However, these can run afoul of the wildcard search
for .hdb files on subsequent calls to pdb2gmx. So I have commented
out the sanitizing feature.

Change-Id: Ie0efada2960dd62260f6be5c796eed18a684b3e7

Fix for CMake finding LAPACK

Suggested by Marcin Zielinski on gmx-users:
http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-September/064392.html

Change-Id: I4af8637ecdf0258ff3229a49bf7b4a3b51edc3ec

Added ACE and CT3 to CHARMM27 aminoacids.rtp

Also supporting changes to .hdb and residetypes.dat

Change-Id: If35afd88d9bb4f71ef5ef8556bf6db245a16bbea

Fixed charge groups of CHARMM27 DNA/RNA terminal H

The nucleic acid termini databases added hydrogen atoms by default in
the same charge group as the atom to which they were bound, however
in CHARMM force fields, each atom should be its own charge group.

IssueID #744

Change-Id: Ic608065008cc20e6c452bb5cf1d116db6bfde679

Fixes for CMake finding FORTRAN library names on POWER6

Change-Id: I99a5d406a8c2059574e17e8664686ae9b09e0c6f

Added support for custom external BLAS/LAPACK libraries.

To use them give give to cmake
-DGMX_EXTERNAL_LAPACK=TRUE and
-DGMX_LAPACK_USER=/path/to/external/lapack

Same for BLAS.

Change-Id: I4ca1c4ca365788fcafc4219934fdfe8758db84f1

Fix bug with large ints without MPI_IN_PLACE

Communication of gmx_large_int_t arrays when MPI_IN_PLACE was disabled
never worked when it was introduced just before 4.5.4, because it used
an int-sized buffer. This affected replica exchange sanity tests on the
number of steps.

IssueID #801 #803

Change-Id: I48f04b1c4dd80646711db99c5dab89cb910e79b4

made allocation for LINCS with particle decomposition dynamic, fixes #777

Change-Id: I070b5f8917d12ab64896f62ecc80ed38b011f066

Merge "fixed incorrect pV term in the energy file" into release-4-5-patches

Made grompp note about non-zero charge more useful

Non-programmers need not know what -6.300000e-1 actually means,
so we should avoid the %e printf format. URL provided to discussion
of why the user needs to pay some attention here.

Change-Id: Ie593919540db8728b898cd7d0904659c7f3d9345

Re-implemented generating default protein index groups

Hopefully using a struct to associate data that is used in association
will make future maintenance easier. Some general improvements
to the code quality, also.

Change-Id: I37017e1dd3612d143df935ada79374dd9a8fbcd3

Adjusted construction of default index groups

The CHARMM convention of naming the H atom bonded to backbone N as
"HN" led to erroneous construction the MainChain+H and (complementary)
SideChain groups. Protein, Protein-H and SideChain-H were fortuitously
correct.

IssueID #788

Change-Id: Ib8525dba61e4f072ae5074a9f6b523ac13892833

Fixed comment

Change-Id: I42e6292e7c658c69810626cf4e6c861394546a40

Remove segv in xpm2ps, fixes #611

Issue a fatal error if matrix elements are to be
added/subtracted/multiplied/divided (with xpm2ps -compine) but no
proper matrix data could be extracted from one of the xpm files.

fixed incorrect pV term in the energy file

Change-Id: I157b0468907802e29c7dec763ed2e5db99c02922

Instead of a segv, mdrun now gives an error msg if npme>np, fixes #795

Instead of a segv, mdrun now gives an error msg if npme>np, fixes #795

Change-Id: I2e93bccf45ace215d6237354559b8750628a13d6