Redefine the default boolean type to gmx_bool.

There is no standard size for 'bool' in C++, so when
we previously defined it to int for C code the data types
(and structs) would have different size depending on your compiler,
both at gromacs build time and when you use the library.
The only way around this is to NOT assume anything about the C++ type,
so we cannot use the name 'bool' in our C code anymore.
The new gmx_bool is of type unsigned char.

Added missing header include

turned on pdb2gmx Amber rtp renaming for pdb input with Amber residue names on by default

fixed pdb2gmx not automatically changing termini rtp entries for Amber FF's

Made genrestr -constr to produce constraints of type 2 that do not generate
exclusions.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Made sure all source files have some copyright header and include config.h

Fixed leak from unclosed directory handles when pdb2gmx was scanning
force field directories. See bugzilla 516.

Made pdb2gmx be slightly more helpful when using AMBER forcefields
and the user may have forgotten to use terminus-specific residue
names.

Re-added openmm paper

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Updated intel syntax x86-64 asm files to also support MS win64 call convention (ifdef, so they should still work for linux/mac too)

pdb2gmx can now rename terminal rtp entries with rtp iso gmx residue names when an env.var. is set

added Amber terminal His rtp names to residuetypes.dat

Another try with xlc/ppc atomics..

fixed pdb2gmx using start name iso end name for C-terminus

fixed bug in search_rtp introduced in previous commit

updated gmx_membed.c for a VV update

fixed pdb2gmx behavior for nearly matching residue names and made the matching much stricter

renamed oplsaa HISA to HISD and HISB to HISE in all files (before done only in the rtp file)

fixed too permissive check for pdb2gmx warning about unknown rtp names

reenabled the pdb2gmx force field sorting

Modified memory barrier on ppc/xlc.

Enabled gcc atomic intrinsics for gcc on ppc.

More xlc ppc changes to thread_mpi

fixed 2 typos in headers

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed a typo about non-existing macro in OpenMM

Fixed threads flags in pc files for autotools

The problem is mainly that -pthread, which is saved in PTHREAD_CFLAGS, is
also needed by the linker and for that reason it has to appear in the libs
line of the pc files as well. For cmake this is not a problem, because
PTHREAD_LIBS is not empty.

removed the pdb2gmx -cwd option and updated the pdb2gmx description

pdb2gmx now prints the force field dir before the selection and checks for multiple dirs with the same name

Two spelling fixes in comment and output

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added CT3 termini and minor edit in doc file.

fixed mpi hang/crash with separate pme nodes and dd nodes without charges

Completely removed all occurrences of 'inline' for xlc on ppc in thread_mpi.

Fixed uninitialized variable error in GB kernel with tabulated LJ

Fixed an unsigned/signed integer comparison

Fixed two more instances of strcasecmp->gmx_strcasecmp

Copied SSE intrinsics kernels from x86-64 to ia32

Replaced all occurences of str(n)casecmp with gmx_str(n)casecmp.

Fixed stupid mistake where a statement was placed before declarations.

Replaced testing of git version with testing for features

Fixed naming problems for double precision Fortran kernels

Fixed a typo in futil.h

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Cleaned up all installed headers to remove strict dependence on config.h. Important settings are now detected directly from the compiler and environment, and non-important stuff has been removed or moved to source files.

Removed some unnecessary #ifdefs from string2.h; all our string routines should be prefixed with gmx_.

Fixed bug 417.

Amber force fields now pass validation. Beta status removed.

Added F77 kernel setup headers

Fixed synchronization counter update for f77 kernels

Fixed a bug for GB OBC born radius calculation in SSE2 double precision

Fixed an uninitialized variable bug

Fixed a minor bug that caused Fortran builds to fail. File mode for xdr3dfcoord() is now derived from the XDR struct.

Dont write nonpolar surface energy to energy file if we dont use GB

Fixed so Fortran kernels work again

Upgraded to latest autoconf platform detection scripts

Fixed a chain rule error in double prec. SSE2 GB for OBC algorithm

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Double precision SSE2 kernels for Generalized Born fixed & validated

Added support for new mdp options controlling free energy perturbation output.

dhdl_derivatives & separate_dhdl_file are now new options controlling
whether to write derivatives, and whether to write to a separate dhdl.xvg file.
Implementation of these options is partial (as of yet).

added function do_cpte_n_reals to checkpoint.c

fixed automated DD/PME grid decomposition choice which excluded the optimum in certain cases

disabled optimized IBM BlueGene converts2ints macro because of bugzilla 429

increased tpx_generation which should have been done in the previous commit of tpxio.c: 0c288518

eneconv now copies the new delta_t entry

added dt to energy file frames

added free and some comment to deprecated close_trj

fixed segv's in g_anaeig

Fixes more misery in function skipstr, where pointers were incremented
and then realloced. This had implications only for readin xpm files.

Added two missing include files. Fixed horrible coding errors in function ltrim. Now code passes through valgrind (e.g. xpm2ps uses this).

Fixed get_libdir() PATH search.

NOTE: getenv returns a shared pointer to a string that shouldn't be altered.

Enable the Reference platform for OpenMM.

Additional fixes to the nsttcouple and nstpcouple working correctly for trotter decompositions.

Additional changes for setting nsttcouple

Fix for readir.c so that nstpcouple and nsttcouple are the same when using MTTK for pressure.

Fixed bug with md-vv and with v-rescale

Proposed fix for v-rescale and berendsen for velocity verlet by rescaling at the time of coupling.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Updated GB SSE2 kernels, testing in progress now...

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Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Modified atom order in Amber nucleotide improper torsions to match amber 10

Modified improper torsion atom order in Amber TRP residues to conform to original amber10

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Fixed the execution order in OpenMM so that the generated trajectory frames correspond to the CPU ones.

Cmake tests for SIGUSR1

Preserve the .pl extentions to scripts.

cmake: do not suffix scripts

cmake: add so version to libs

cmake: make demux.pl and xplor2gmx.pl being installed with the right permissions

port lib suffixes to cmake

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Fix to write GB and surface energy to separate terms, rather than putting everything in GB12

reduced the warning limit for Berendsen T-coupling tau_t/dt to 5 steps

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Changed the way energy conservation bookeeping is done.

removed the bNEMD boolean from the main MD loop and stored it in gmx_ekindata_t

added some comment to group grompp assignment options