Remove segv in xpm2ps, fixes #611

Issue a fatal error if matrix elements are to be
added/subtracted/multiplied/divided (with xpm2ps -compine) but no
proper matrix data could be extracted from one of the xpm files.

build fix for gcc 4.4

cmake: added option GMX_INTERNAL_BOOST to allow built on plattform, where boost is found, but broken

Added a file forgotten in commit 6acdbaa.

Updated options module documentation.

Documentation now includes information on how errors are reported using
exceptions from the module.  Also some other updates and added comments.

Made option value assignment use transactions.

It's now more predictable what will happen when option assignment fails:
if assignment of a set of values fails, the whole set is rolled back.
Within a set, there are still cases where the state may be different
after error recovery than it was before the erroneous values were added
(if value conversion may create more than one value from a single
value), but these could also be handled if they become issues.

Removed C-style array storage for options.

This code was hard to maintain, and other alternatives exist for
interfacing with old code.

Added basic unit tests for analysisdata module.

Renamed fatalerror.* to errorcodes.*.

This reflects better their current contents.

Removed obsolete fatal error reporting code.

As new code should be using exceptions, there should be no need for new
constructs for error code handling.  AbstractErrorReporter is not
needed, either, as the same information can be propagated out with
exceptions and/or MessageStringCollector.

Convert existing C++ code to use exceptions.

Some additional cleanup and improvements will be made in subsequent
commits, but this set of changes does result in functional code.

Merged from old development history.

Utility functions and common exception classes.

Merged some development history to arrive at this set of functions.
Not used yet, but have been tested in the original development branch.

Added stripped-down internal copy of boost.

If CMake does not detect a recent boost installation, the internal copy
is used.  If this is the case, the boost headers will also be installed
to PREFIX/include/gromacs/external/boost/ to make it possible to
reference them from installed headers (exception implementation will
need this).

Some TODO items remain on the CMake side to make things work smoothly
for users when the internal boost is used.

Minimal boost and initial CMake support by Roland Schulz, installation
of boost headers by Teemu Murtola.

Added initialization of arrays after srenew call.

Removed old-fashioned MPE logging code

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Compilation fixes in gmx_density.c and histogram.cpp

Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'

Conflicts:
src/gromacs/libgromacs.pc.cmakein

dl lib was missing in libgmx.pc if GMX_DLOPEN is enabled

Fixed PME citation.

IssueID #769

Fixes for g_bar output. Units are now correct.

Revert "draft"

This reverts commit 89abdeb7fa078c7b8dd4391aad3df2c03a60a2f0.

Oops, stuff from the gmx_packed_t branch leaked in. Sorry.

Improved error message and documentation

-pbc mol now notes the need for a -s .tpr file. Also, when the index
groups (perhaps implicitly defined by a .tpr file) do not match the
input trajectory, the error message now hints that a mismatch exists.

For example, this wil help users trying to visualize the results of
genion by way of "trjconv -pbc mol -ur compact", by erroneously
using the .tpr file that was input to genion in combination with its
output file.

draft

tpbconv can now read cpt files, fixes #741

fixed convergence of multiple pull constraints

With multiple constraint pull groups, only the convergence
of the last group was checked. This fixes #657

Fixed typos.

Made grompp fatal error a little more explicit.

Expanded LINCS warning text

It now indicates which simulation in a multi-sim is the culprit

Fixed symtab buffer error message.

Symtab error message now a little less cryptic. Buffer size increased to 1024.

cmake: rename LIB to GMXLIB to avoid conflict with FindMPI.cmake

 IssueID #763

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:
configure.ac
include/thread_mpi/Makefile.am
man/man1/Makefile.am
share/html/online/Makefile.am
src/gmxlib/CMakeLists.txt
src/gmxlib/thread_mpi/Makefile.am
src/gmxlib/thread_mpi/hwinfo.c
src/gmxlib/thread_mpi/p2p_buffer.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/hwinfo.c
src/mdlib/Makefile.am
src/programs/mdrun/md.c
src/programs/mdrun/mdrun.c
src/tools/Makefile.am
src/tools/gmx_energy.c
src/tools/gmx_membed.c
src/tools/gmx_pme_error.c
src/tools/gmx_saltbr.c

fixed grompp enx Nose-Hoover Xi reading, fixes #759

Added g_dos target.

genion and genbox now print in a consistent manner.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Added a comment where bPhobics comes from

IssueID #754

fixed dirrent_t memory allocation issue on Solaris, fixes #739

removed duplicated bPhobics function (thx to Francois Bissey)

IssueID #754

cmake: remove selection/test* from gmxlib sources

IssueID #749

Added support for SunCC on Solaris/SPARC.

Based on a patch provided by Sergey Klyaus.

Adressed over-eager warnings that gcc 4.5 generates.

Minor clarifications to g_rotacf help information.

Fixed spelling of reproducible

Yes, English is stupid.

Further patches to fluctuation code and density of states code.

Added computation of A and U.

Updated, made default tolerance for bisector more stringent and used double
all the way for computing fluidicity.

Fixed weight functions and added -dump option (hidden) to make graphs for
debugging.

Updated. Fixed computation of frequency.

Updated the eqn for computing Delta. Now get roughly the right f.

Multiplied the DoS by the timestep (between frames).

Updated. Now computes diffusion from the VACF.

Fixed x-axis to be in reciprocal cm.

Further updates. Still not perfect.

Added stuff to compute cP and S. Not complete yet.

Updated to compute the fluidicity. Added refs for citation.

Conflicts:

src/gmxlib/copyrite.c

Updated

New
First version of a Density of States analysis tool.

Conflicts:

src/tools/Makefile.am

Further patches to fluctuation code and density of states code.

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Added quote.

Flooding as harm. restraint: Abort when origin position is ambiguously set in edi file. Thanks to B. Voss for reporting this.

Fixes to sugar dihedrals.

The force field files distributed by GROMOS (i.e., via ATB) were
incorrect.  The GROMACS files matched these files exactly, thus
propagating the incorrect parameters.  The sugar dihedrals now match
the most recent version of the 53A5 and 53A6 force field files
distributed via ATB.

IssueID #668

Re-implemented the fluctuation analysis, based on Enthalpy, Volume,
Temperature and/or Total Energy. Now correct as well.

Re-implemented the fluctuation analysis, based on Enthalpy, Volume,
Temperature and/or Total Energy. Now correct as well.

Fixed g_tcaf citation in html docs

fixed minor memory leak with particle decomposition, fixes #752

corrected typo: if(errno=EINVAL)

removed memory allocation/free during constraining

Added reference to g_sas -h

Reference provided by Xavier Periole on gmx-users

Cleaned up g_sas help text

Fixed typo.

Fixed g_dipoles help description.  Fixed spacing and removed non-existent
command line argument.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Increased debugging output

Fixed long standing bug where the merging resulted in too few hbonds.

Added hint about calling trjconv more than once

Spaced out paragraphs in trjconv help

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Update doc to clarify that Amber nucleic params are from Amber94 (recommendation by Adrian Rothberg)

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Update doc to clarify that Amber nucleic params are from Amber94 (recommendation by Adrian Rothberg)

Removed duplicate definition of md_print_warning()

IssueID #738

Commented out re-declaration of md_print_warning()

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

removed parentheses that caused problem with openmp

Changed isfinite() to combination of isinf() and isnan()

Fixed description of .mdp option to "h-bonds"

Small fixes to mdp_opt.html

Better checks for pthread_setaffinity_np().

Hard CPU affinity is set when Nthreads == Ncores.

This causes a slight thread_mpi performance gain on NUMA systems.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed NaN/Inf in acf

Windows build fix.

Added one last missing header in md_support.c

removed an natoms*natoms double loop in index.c

Fixed thread_mpi's Makefile.am to not include removed file.

Added prototypes for functions in md_support.c to mdrun.h

This fixes a number of build warnings (that are really bugs).

Revert "NUMA aware memory allocators get called (for Windows)."

This reverts commit c839ee9b0293c22a009252cea76f0dede8781c38.

NUMA aware memory allocators get called (for Windows).

Based on a patch provided by Scott Field.

smalloc.c now calls a NUMA aware allocator that allocates memory local to the
core the calling thread is running on, provided that:
- support for this is available (currently, only on Windows)
- enable_numa_allocator(TRUE), (defined in smalloc.h) is called.

This is currently only done in mdrun.c, when compiled with GMX_NUMA_ALLOCATOR