Merge "Improved pdb2gmx error message" into release-4-5-patches

Improved pdb2gmx error message

Increased the extent to which pdb2gmx makes use of the encapsulation
available with the t_atoms struct. Now the function that writes the
error message has an easier time being more descriptive of what
is wrong when the atoms in the input coordinate file do not match
those of the .rtp entry.

Change-Id: Ie39dea18efa358f90decad6491ddc04e3756ac39

Keep CMake quiet about a Cygwin issue

The CMake warning that is suppressed by this does not affect GROMACS
builds.

Change-Id: I6a19f55868b6363cb2be328286b4716659cc270b

added correction for PME virial with non-linear virtual sites

With non-linear virtual site constructs the virial nees to be corrected
when it is not calculated from the particle coordinates and masses.
Currently this is only a problem for the PME mesh contribution.
This would lead to an incorrect virial and pressure. The error was small
for unordered systems, but could be significant for e.g. an all-atom
bilayer with hydrogens replaced by virtual sites. Fixes #908

Change-Id: I27a06019aa09734a14f3630ef296aaaacb9c5f0b

fixed g_bar xvg reading issue

Due to a comparison between temperatures in single and double precision
g_bar could give a fatal error when processing xvg files.

Change-Id: Ie63187261b3f20f8e241bf606cc9f23fdd93ec2b

Merge "Warnings against equilibrating with P-R P-coupling" into release-4-5-patches

Merge "Fix typo in Clang CFlags" into release-4-5-patches

Warnings against equilibrating with P-R P-coupling

Hopefully this will inhibit some people from doing Parrinello-Rahman
pressure coupling during their equilibration stage. If there's a
legitimate reason for P-R to have volume changes greater than 1%
we can reconsider the verbosity and/or frequency of the warning.

Change-Id: Icaeafa2fad37dfaa4b63ba69be3a3f804d957e7c

fixed increasing memory usage with SHAKE and DD

With domain decompostion SHAKE would be reinitialized every DD step.
This is now only done at initialization. Fixes #899

Change-Id: I4bcb162fa97271f602c5733ba04c7314456fcfa4

Merge "Clarified wording of documentation" into release-4-5-patches

Clarified wording of documentation

Change-Id: I16df3e9db672f86396a22479563dc394035af5ce

Changed cryptic error messages about disk quota

People who have never had a disk quota don't understand what "out
of quota" could possibly mean. They understand running out of
disk space much more often.

Change-Id: I988cd038e74cf4e914075a748f9f66038ab37882

Merge "More editorial fixes to tool documentation" into release-4-5-patches

Merge "Made description string for g_select -select clearer" into release-4-5-patches

Fix typo in Clang CFlags

Change-Id: I4b03e585fd3f6f5d256478feef5038b2d7d13cba

Merge "Improved cryptic error message" into release-4-5-patches

Merge "Improved warning note with DD and periodic molecules" into release-4-5-patches

More editorial fixes to tool documentation

Needed to add better treatment of <averages> and
|magnitudes| for LaTeX versions.

Change-Id: I5e8e3a8d685715af38117a762327d41a8bedf391

Editorial changes to tools documentation

Made LaTeX type-setting of maths in documentation of tools more
sophisticated, without changing the presentation of maths in
plain text mode.

Various spelling and typographical fixes also.

Change-Id: Ia0c13e1f2ba825911c6e0673af6b940aba9efa21

Improved warning note with DD and periodic molecules

Change-Id: I3f7f201edcce1b70a360d0462e5103dfc144b2d7

Made description string for g_select -select clearer

New UNIX users wouldn't guess they had to enclose the selection
string in quotes to get around their shell.

Change-Id: I8dd7fdd237e4290ad830a168b4880739aa5dc425

Improved cryptic error message

Change-Id: Idd3f7a9ce36e155c61009b16da9a1f2b1a98e93e

Merge "Minimal support for Clang" into release-4-5-patches

fixed g_anaeig incorrect multiple extremes, fixes #870

Change-Id: Id06f267c1da300f2a940778833ec35b85fecd3f1

added check for mass-weighting with g_anaeig -entropy, fixes #785

Change-Id: I7a1623ba7a7c7987078901876fb4717d8c0a7261

removed initial temperature with OpenMM, fixes #757

Change-Id: Ifc661ce3ece3dfcd2e4bad862392b96d64e70c18

Minimal support for Clang

Change-Id: I4c6fb22ef8b5d596527eb8fe0991c3c573be606c

fixed array index out of bounds in EM force trr storage

The partially implemented force copy was a leftover from a different way
of copying, which should never have been committed.

Change-Id: I026aa79158afcc327185f2f0cf6167d040eccede

Merge "Minor formatting fixes to .mdp option documentation" into release-4-5-patches

Minor formatting fixes to .mdp option documentation

Change-Id: I71762463880e4cb650f680a2ed83125e450f003a

Fix pdb2gmx -cmap in corner cases

CMAP torsions are only generated when the atoms are from the same chain
(pdb2gmx -merge allows multiple chains to be present in the
moleculetype), and their residues are in residuetypes.dat as
"Protein".

Fixes #800, #885

Change-Id: Idc4f9a867beedc0be6a4c153606c0731eec86f5f

Fixed ABI warning for thread_mpi on gcc 4.6 for x86.

Atomic operation data structures are now padded to the size of a cache
line instead of aligned to the start of a cache line. This works just
as well, but eliminates a warning in gcc 4.6.

Change-Id: I8d00778dcfea41cdb518b083a9c0732e8d978c66

Merge "Use Git server (mirror) to avoid fetching problems" into release-4-5-patches

Use Git server (mirror) to avoid fetching problems

Change-Id: I144082bd01cf6a5f0583feac0e7877e8e1b163ff

Fixed an allocation issue with dH histograms.

Change-Id: Ifc6ed94d77664e3b3afb7fe8dbd1016444d86bc3

Merge changes If0c2f9d9,Ic2a8ad82 into release-4-5-patches

* changes:
  Fixed g_sham using more than three dimensions
  Integer multiplication that checks for overflow

Fixed g_sham using more than three dimensions

When the value given with g_sham -n was greater than 3, arrays used to
overflow and pick_minima() did not work. pick_minima() has been updated
to treat an arbitrary number of dimensions, but retains the particular
code for the two- and three-dimensional cases in the hope that these
are faster. The logic of the complex conditionals has hopefully been
made easier to follow without compromising performance with modern
compilers. Index variables are now of gmx_large_int_t type, as
high-dimensional cases can have large numbers of grid points very fast.

Change-Id: If0c2f9d9ceaf2b5c4c8b1a28a942fae8349fb600

Integer multiplication that checks for overflow

Integer multiplication overflows silently in C, and sometimes we need to
know when it would. For example, when computing the size of
multi-dimensional arrays, we can need to manage the case when the number
of dimensions and their size is too large to represent in the available
type.

Change-Id: Ic2a8ad820838cf314bb985511e483fc397ba35e2

Merge "Fixed bug with COM motion removal on part of the system" into release-4-5-patches

Fixed bug with COM motion removal on part of the system

Center of mass motion removal on one group (not multiple) which is only part
of system would result in a tpr file with COM removal on the whole system.
Fixes #881

Change-Id: I181427bcad237045060000908f2c28d6e97c1ea4

Fix ICC on Windows Build

Fix NASM with NMake Generator

The workaround in parser.y may not be necessary any longer when this is
merged into master.

Change-Id: I810eec3fa4a13fd912da3832279e8ab47a62bdec

Merge "Append all ICC Performance flags only to Release Flags" into release-4-5-patches

Merge "Revert "Fix ICC on Windows Build"" into release-4-5-patches

Merge "Fixed error message to identify the correct file" into release-4-5-patches

Merge "Fixed trjconv -sub" into release-4-5-patches

Merge "Improved error message" into release-4-5-patches

Fixed trjconv -sub

If the index group contains 1..100, then clust->maxframe == 99,
and thus when frame == clust->maxframe it should be included
in the cluster.

Change-Id: I6e093d9f76d0952b31ea9ee1516bade9e9b4419b

Fixed error message to identify the correct file

When a frame exists, that file has *not* run out of frames.

Change-Id: Ief52d5a17ef73ab318f6d8e00d1f5acb71b69f52

Merge "Fix signed/unsigned warnings" into release-4-5-patches

Improved error message

Users would be confused by "Atom N3 is used in an interaction of
type atom in the topology database..." so when "atom" is the
bondtype we don't mention the fact.

Also changed variable name from bDontQuit to bAllowMissing for
consistency with variable names used in pdb2gmx when calling
this code.

Change-Id: Ie8cb3ba64f39d3746b470fa6ae44f5a6f4b6a16c

Revert "Fix ICC on Windows Build"

This reverts commit e8e495fe4317c2e489acb4e82e004afdac618e92

Append all ICC Performance flags only to Release Flags

Some of the ICC performance flags were appended to GMXC_CFLAGS
and thus also used e.g. for Debug.

Change-Id: Iadfaa29fb347f24208e6f2406e0d1ad41f037804

Merge "Fix ICC on Windows Build" into release-4-5-patches

Merge "Corrected use of ?: in conditional" into release-4-5-patches

Fix signed/unsigned warnings

Change-Id: I3318f06f303a08068849d820381e99267543b4f5

Made error message even more explicit

Change-Id: Ib1f2e01ca24c5fb305fe220e34797d6991c3f080

Fix ICC on Windows Build

The workaround in parser.y may not be necessary any longer when this is
merged into master.

Change-Id: I48199b55ede5d786a69c41ab008ef3055101d3b0

Corrected use of ?: in conditional

Patch contributed by Matthew Zwier to fix the incorrect use of
precedence of ?: and != operators.

Fixes #872

Change-Id: Ie4bbc3cbdaf33fc0386d12c2e142a9c076c2e946

Merge "New approach for GerritBuild script" into release-4-5-patches

Merge "Fixed timing measurements." into release-4-5-patches

New approach for GerritBuild script

- Allows to make changes to build in seperate RelEng repository
- Replaces Matrix view by a linear list of configurations

Change-Id: I7f5c76805836c4cd06527b949ab7ac68f27a31b5

Fixed timing measurements.

With the VV integrator, kinetic energy calculations are done before the
main MD loop. These should be excluded from the timing measurements.

Change-Id: Ib06b1154965735adc0ff2e20802f78d96ed6fca4

Thread affinity and x86 assembly fixes for thread_mpi

set_affinity_np now fails silently (shouldn't do much on recent linux
systems, anyway)
x86 asm changes for llvm compatibility.

Change-Id: Id1e71d3e693bc39f5a5e84b0e949fb41c7b7d0e3

Merge "Added CMake Toolchain file for BlueGene/P" into release-4-5-patches

Fixed use of isfinite and _isfinite

Implemented proper CMake tests for the above functionality.
Catered for MSVC idiosyncratic _finite() function. Removed
erroneous use of HAS_ISFINITE and HAS__ISFINITE.
Encapsulated the use of preprocessor directives into the new
gmx_isfinite() function so the programmer doesn't need to
know about the foregoing mess.

The previous versions resulted in unreachable code.

Change-Id: I7471388ed8f402c3f8b664e7846465de4b85f578

Merge "Documented the function of g_cluster -cl -noav" into release-4-5-patches

Introduced fatal error in grompp for incorrect use of settle and charge groups.

Change-Id: I02dfe3f3454a6fc329d9b5ecb2fd4b544c8d2cd1

Added CMake Toolchain file for BlueGene/P

Change-Id: Iff9b5fe3cccc4d18fc252856a1b50ee64630b54a

Documented the function of g_cluster -cl -noav

A definition was needed for the center of a cluster.

Change-Id: Id1c6d2f229feb27b7981c2d616e78e510d215a9a

Merge "Added -dhdl to tpr file list, fixes #855" into release-4-5-patches

Added -dhdl to tpr file list, fixes #855

Change-Id: I2621c7bb44daa01e25831e2d44c22cdcf47f58e7

Merge "Using MinSizeRel configuration and Release target on Windows" into release-4-5-patches

Merge changes Iaf4c56b7,Ibabed87f into release-4-5-patches

* changes:
  Testing external BLAS/LAPACK
  Using 2 cores per build on Windows

Set GMX_*_ASM true if GMX_ACCELERATION != auto

In case GMX_ACCELERATION was set to SSE manually (like in Gentoo Linux)
GMX_*_ASM would never be set (false), so sse kernel will not be build.

Change-Id: Icf04707c6174a0182fe4472536b568e1d2d91166

Using MinSizeRel configuration and Release target on Windows

Faster build:
    no need to compute debug symbols
    dynamic library
    low optimization level

Also fixing MSVC warnings with this configuration

Change-Id: Ic87da40f1e78e2ac70ef543525b49f4cf1a3f639

Testing external BLAS/LAPACK

Change-Id: Iaf4c56b7e62654425801cd8d3272c4028b016a2a

Using 2 cores per build on Windows

Windows build is much slower than Linux build. Don't understand why
but hopefully using 2 cores will help narrow that gap.

Change-Id: Ibabed87f2f4d6c931fbb1ebd25c571be9a2cb9ee

Merge "Re-fixed static linking of maths libraries under UNIX" into release-4-5-patches

Re-fixed static linking of maths libraries under UNIX

In commit 5e51ffa9 I submitted a patch for the above case, and
suggested the same to CMake. The CMake developers have refined
this and I'm back-porting their fix here.

See http://public.kitware.com/Bug/view.php?id=12477 for details

Change-Id: Ib48bc6b5a87b66b51c893e24aa42e4cd4db32a38

Merge "Relaxed some assumptions about trajectory times" into release-4-5-patches

Relaxed some assumptions about trajectory times

Counting of dihedral transitions used to assume that each frame was
equally spaced in time. This is only necessary for making a
subsequent histogram of those transition times (unless more
elaborate machinery was written for that histogram).

Also documented what g_angle -ot and -oh do.

Change-Id: I587dba94c40a1a69e5aa227d09271166db055595

Merge "Set -DMPI only if compiled for FAH" into release-4-5-patches

Set -DMPI only if compiled for FAH

MPI conflicts with C++ MPI namespace.
This allows to compile with FAH or with C++ and MPI.
Compiling with FAH and C++ and MPI will still have a name conflict.

Resolves #849

Change-Id: I73ccb7b0e682ae6d12352c76e26c6d79e93ea798

Fixing MSVC unsigned/signed warnings

Change-Id: I110b591cfd8c8078f3b7853bdf2db6a705e9e453

Run tests also on Windows

Change-Id: Iab166b5cc8e394e3d330afffd86aced00aa7e0a2

Only check those atoms for PBC which are part of selection (Issue #809)

Change-Id: I2afccb82c3b761890f4d1f53d842606bb8404c98

Merge "Fix selection parsing in double precision." into release-4-5-patches

Merge "Avoid possible warnings if HUGE_VAL != infinity." into release-4-5-patches

Adding support for Windows build and different CMake Versions

Ant doesn't work very well - trying shell script instead

Change-Id: Ia08e6979c0e0734c33183840c9d34c3a7367af4a

Fix selection parsing in double precision.

Fixes #850.

Change-Id: Ifd0bf1f5401ca4d62571c8c2fc39e67cac537ecf

Avoid possible warnings if HUGE_VAL != infinity.

Replaced HUGE_VAL by GMX_REAL_MAX in one source file for trajectory
analysis library source file, since it seemed to cause compiler warnings
on some systems.

Reported by Chris Neale on gmx-users.

Change-Id: Ic52a01c5bcedb244d1453117f626ef4f0d46df78

Adding Gerrit Build description

Change-Id: Ib9e88333967178c8f0962a72e5f8432067094e77

Removing TestBuildAll test

No need for it because ctest automtically tests building anyhow
It does not work under Windows (using msbuild not make)

Change-Id: I02c7152d61cbe5b536c86c406f37ed78db94ee11

Fix FFTW API usage

FFTW API uses the fftw/fftwf prefix to select the precision.
To make the code indepent Gromacs uses the FFTW macro.
In this case the marco wasn't used but it had no effect
because for iodim both version are identical.

Submitted by Ake Sandgren (ake.sandgren@hpc2n.umu.se) to gmx-developers

Change-Id: I8ad037b90caef5952b7b49379b81b2c8e90b0daa

Merge "Initialize variables to make GCC 4.6 not complain" into release-4-5-patches

fixed pull constraint periodicity consistency check, fixes #844

Change-Id: Ifb8e37c5ca3bb5c36631c0b3db65928f27887bdb

Initialize variables to make GCC 4.6 not complain

The variables are only used when initialized but GCC doesn't detect that.

Change-Id: Ib79383e14d5de90f99f0f267e5039f811980bdb8

Only analyse angle transitions for dihedral angles

Change-Id: Ia973d5b31c38f94a7ca2e3c2d8265b3552253103

Merge "Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or" into release-4-5-patches

Added protective preprocessor directives

Avoids code compiled with -O0 dereferencing null pointers. Duplicates
and expands a fix suggested by Valentin Pavlov <x.pavlov@gmail.com>.

Change-Id: I41f27bce385c5f960270ac616abd6fdd038312fa