Remove broken g_dih tool

Per the redmine discussion for #1094, g_dih was broken
due to hardcoded atom names while the documentation
claimed dihedrals were assigned from the topology.
For now it is better to use g_angle and manually define
the dihedrals. We plan to reimplement g_dih from scratch
for 5.0. Fixes #1094.

Change-Id: I57e0614e4d98bb5d4bbb3aaa1d3ba4377a93f988

Merge "Fixes SSE/AVX compilation under Windows" into release-4-6

Fixes SSE/AVX compilation under Windows

- 32-bit MSVC cannot handle more than 3 xmm/ymm register
arguments due to stack alignment, so some group kernel
routines have been copied into optional macros. These are
only used for 32-bit MSVC compiles; other alternatives including
icc on windows use the normal functions that are easier to debug.
- Since the windows compilers control 32 vs 64 bit with flags, a
new log file entry has been added to show whether the present
build is a 32 or 64 bit one.
- Minor fixes to enable double precision AVX_128_FMA builds on
windows.
- Replace use of explicit binary constants with _MM_SHUFFLE()
macro in nbnxn kernels to make it compile under windows.
With these fixes, both SSE2, SSE4, and AVX256 group kernels pass
regressiontests in single and double with MSVC2010, MSVC2012, and
icc 2013.1 used with visual studio 2012. The nbnxn kernels pass
all tests with the exception of 32-bit double precision AVX_256
where all three compilers still fail (Refs #1097).
Fixes #1092, #1093, #1068.

Change-Id: I6807b102af1db01cafba26a45284f5c38c7498fd

Merge "Corrected gmxcheck output for Gromos96 bonds." into release-4-6

Corrected gmxcheck output for Gromos96 bonds.

There was a small output bug since Gromos96 bonds are modified to have
the reference value stored as (b0)^2 rather than just b0.

Fixes #1109.

Change-Id: Ie4516515f7cacb35d262c2059b5e461962340fec

Merge "Added work-around for gcc bug in AVX intrinsincs formal parameter" into release-4-6

Merge "Add check to remove zero Charmm dihedrals" into release-4-6

Merge "[tools] g_sans - add trajectory avereging" into release-4-6

Added work-around for gcc bug in AVX intrinsincs formal parameter

Many relatively recent gcc versions (4.5.2, possibly 4.6.0) use incorrect
formal parameters for maskload and maskstore intrinsics. This patch
detects the bug during configuration and works around it with a define.
Refs #1058, and fixes it at least from gcc-4.5.2.

Change-Id: I447a968d2153f5acf59ad170ace69ad1b6b3f24d

Add check to remove zero Charmm dihedrals

Proper torsions where the force constant is zero
in both A and B states are now removed. We also
check for other angle, torsion, and restraint
functional types, and if all parameters are zero
for these the interaction is not added. This will
not change any results, but increase performance
slightly by not calculating unnecessary interactions.
Fixes #810.

Change-Id: I37ecd06d0641008593edab29e5b08433bde7b6cc

Do not always add -msse2 to release flags for icc

At least on Windows, this flag will override the -msse4.1 or -mavx
flags added to the main C flags. Since we already add -msse2 in
the same place when using SSE2, I see no reason why it should be
added to the release flags separately.

Change-Id: I933f5b1d5e4e4ead1635ec47b5272a0f6f69da67

Merge "Reduce use of monolithic sets of compiler flags" into release-4-6

Merge "fixed nbnxn AVX-256 Ewald table pointer alignment" into release-4-6

Reduce use of monolithic sets of compiler flags

This prepares to fix the Redmine issue below (but perhaps could
be folded into it).

Refs #1038

Change-Id: I6407dbbd331e58c30ab1b275748a211040c9c414

Merge "cmake: remove double-negative quotes logic" into release-4-6

fixed nbnxn AVX-256 Ewald table pointer alignment

This could lead to access violations, but up till now
this was only observed with 32-bit MSVC builds.
Fixes #1097

Also added more documentation to nbnxn_kernel_simd_utils.h,
renamed macro variables and added minor table optimization
by replacing shuffle with movelh or unpack.

Change-Id: I9df2131cbabb0e6cb86f7224a5fd238acb2e7681

Merge "Ignore bool cast warning for MSVC and C++" into release-4-6

Merge "Removed reference to nonexistent file in g_helix." into release-4-6

cmake: remove double-negative quotes logic

Change-Id: I75b3a45a4f0fbbff6300a6317126c5b0cc302b86

Merge "improved reporting of failed affinity setting" into release-4-6

Merge "Fixed format error in online manual." into release-4-6

Merge "Fixed a bug that with multiple exchanges" into release-4-6

Merge "Essential dynamics: fixed restarts when ED group has > 1 molecule" into release-4-6

Merge "minor speed-up and code clean-up in nbnxn kernels" into release-4-6

Merge "Make gmx_cpuid.h self-standing." into release-4-6

Removed reference to nonexistent file in g_helix.

For many years, g_helix has referred to a file called n-ahx.xvg, but
no released version of Gromacs has ever produced it. Being that its contents
are largely reproduced by do_dssp, there is no need to introduce this
functionality and thus the easiest solution is to remove the reference
to this file.

Fixes #1103.

Change-Id: I2b87eed44d9d4c174d3772a39abf24827f63202d

Merge "Minor fixes to g_angle help description." into release-4-6

Set CMake module search path at a better time

This needs to be set before project() in order that
toolchain files for cross compilling can use the same
search path. Otherwise, the users has to specify
fully-qualified toolchain files.

Refs #1064

Change-Id: I1f1fb4803c9f0dd2b95d236da1c1858c5ea382f9

Merge "add an option to not build the template" into release-4-6

Merge "Add missing defines to PKG_CFLAGS" into release-4-6

Merge "Fixed error message for zwitterion residues" into release-4-6

add an option to not build the template

Change-Id: Ia85fc9dfbd191ac66cfff2d7b7c815620d800afe

Add missing defines to PKG_CFLAGS

Change-Id: I7e4234cf194f10aba1a16cfa81774b8f1941ca76

Merge "Fixed GMXRC so we are not polluting standard shell variables" into release-4-6

Fixed format error in online manual.

The .gro format indicated a right-aligned residue name, but in
reality the residue name is left-aligned and the atom name in the
next column is right-aligned.  The online manual now reflects this.

Change-Id: I610392c692bf31f962ad069c23d7e55196b64b53

Merge "Remove non-functional PowerPC invsqrt." into release-4-6

minor speed-up and code clean-up in nbnxn kernels

Clusters without LJ now use the half-LJ instead of the full-LJ
plus Coulomb kernels. This gives a few percent speed-up for water.
Also updated some kernel comments and macros.

Change-Id: Ifa6072561a7042d9d0602ec7d84bc667361951e4

improved reporting of failed affinity setting

Change-Id: I8a10c524b9d168c29ca587d6328b8d246d287c47

Fixed a bug that with multiple exchanges

Fixed a very subtle bug with multiple exchanges: with multiple
exchanges, Swapping states and swapping configurations are NOT
equivalent, for the same reason that the cycles 1->2->3->1 and
1->3->2->1 are not equivalent.  Also added a number of comments
to help explain the code more.

Change-Id: I52b4543d5b6e1b035d8d6225df3388d0f07cd76f

Fixed GMXRC so we are not polluting standard shell variables

csh/tcsh is now detected by looking for the lower-case $shell
variable, which seems to work on all recent platforms, instead
of using the 'set' command (which affected $* and $@ in bash).
Fixes #1044.

Change-Id: I852d075c80e2bf8f81a02932432dd31b3bab7f09

Merge "Thread-MPI fixes for i386 llvm & simplification of atomics" into release-4-6

Remove non-functional PowerPC invsqrt.

Also remove remaining Power6-related CMake code now that there is no
Power6 CPU acceleration option.

Fixes #947, see that issue for justification.

Change-Id: I6466f3ca7297f96757097119ee7b10e7e467bfe7

cmake: add option to install libmd as libgmxmd

Change-Id: I984494e843a344f50ecec8789e4e535ed6ce3c61

Thread-MPI fixes for i386 llvm & simplification of atomics

llvm on 32-bit x86 now uses the gcc-style intrinsics rather than
inline assembly; this fixes http://redmine.gromacs.org/issues/1098

Also, atomics use in thread-MPI is simplified to use only add-return
rather than fetch-add and add-return.

Change-Id: Id7edba926957b0d708e59ffd42db7c2b38edbdfc
Fixes: 1098

Fixed error message for zwitterion residues

Previously, pdb2gmx complained that the residue was
not available as a 'starting' terminus for isolated
residues (usually zwitterions). This is really confusing
when starting terminus residuetypes ARE available. Now
we properly explain there is no type to use the residue
isolated.

Change-Id: I0c9c8328f12e75a5a7ffaa8ea894ff46f8fdfe75

Minor fixes to g_angle help description.

A few grammatical tweaks and removal of an ambiguous sentence to make
the help description somewhat clearer and more generally applicable.

Change-Id: Ibd2e8a9f43fd81cc1905f06f075f2e43b68bebab

[tools] g_sans - add trajectory avereging

This change adds
1. trajectory averaging for s(q) and p(r)
2. can compute s(q) and p(r) for each frame

Change-Id: Ieb421a8b5ae06b72442bbe5fbae4231a7fa9c980
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

New beta release: 4.6-beta3

Change-Id: Ibee5545fa0c45cf97486ca25ff7449b9ee0c0d3a

cmake: mark FFTW_HAVE_{SIMD,AVX} as advanced

Change-Id: Id31f15e4a92722daa3b59fbbc909b8ac6ddc38ce

Add missing visibility exports

For template and for double

Also: fix define symbol for gpu libs
      declare of MPI_Wtime

Change-Id: Iba1a0c6e5ec74739c00b20d43a577813228e3f2d

Merge "Remove non-functional compiler override for MacOSX." into release-4-6

Fixed gmx_cpuid not working on non-x86

Added x86-specific #ifdefs around calls to x86-specific routines.
The cpuid calls should now correctly return 'unknown' for everything
on other platforms. Fixes #1075.

Change-Id: Id0dfcb2fd944ea37b176efb9978ccedfc00e06e9

Make gmx_cpuid.h self-standing.

The header should now compile irrespective of include order.

Change-Id: I0358b818cdb02ee8a948abc57eed5c4b1a8fdf3c

Ignore bool cast warning for MSVC and C++

We have been ignoring this warning for C++ in master for a while.
No need for it for the GPU code either.

Change-Id: Ib76541d344dc520d5a14da241b29d92362311980

Remove non-functional compiler override for MacOSX.

As discussed in #1021, at least with CMake 2.8.9 this does not work, so
it only causes confusion.  A better solution can be implemented if
identified in #1021 discussion.

Related to #1021.

Change-Id: Iec704dcae65cd7a213cf31861a262ac0b2763474

fix incorrect gmx_fatal argument order

The format specifiers did not match the argument order.

Change-Id: Ib58892f4b0e09d7c3d3442a88f0bda98ea4b54b9

Merge "cmake: added option to disable quotes" into release-4-6

Merge "Small fix for g_tune_pme" into release-4-6

Merge "Fixes for andersen temperature control" into release-4-6

Merge "Fixes for expanded ensemble and HREPEX" into release-4-6

Merge "Fixed AVX256 double-precision kernels for gcc" into release-4-6

cmake: added option to disable quotes

Change-Id: Ia1793f3d3dddb3a08012723c2279cab51fa1eafa

Fixes for andersen temperature control

First, fixes a bug introduced in the merge that
caused the same random seed being used on all nodes, resulting
in correlated velocities in the kinetic energy, and thus an
incorrect distribution of total kinetic energy because of correlations
between particles.

Also fixed another bug caused during merge that resulted in andersen
not being applied when there were no constraints.

Change-Id: If6b857bf3d3b9345c18d0680fdba0f65a4860a7e

Fixes for expanded ensemble and HREPEX

Various other fixes broke expanded ensemble and Hamiltoian
replica exchange. These changes restore functionality.

Change-Id: Iae9def3838a5b90f1efee1fb0598441e0af6cce3

Fixed AVX256 double-precision kernels for gcc

Gcc is pickier with memory alignment and implicit conversions than
either clang or icc. This patch makes sure we align tables to 32-byte
boundaries (16 before), and uses explicit casts to make gcc happy.
Fixes redmine #1074.

Change-Id: I613d49dad74597ce6167e18fd3a048254bc1b859

Fix for the pressure in MTTK with constraints + dispersion

Fix for pressure in MTTK - broken at some point in the
merge process.  The MTTK+constraints code definitely needs to
be simplified for 5.0, it's too easy to break on code rearrangements
right now!

Testing with simple systems over long time shows that the pressure is
unbiased, while the PR pressure is off by a factor of 1/N (which is totally
fine for most realistic systems).

Fixes redmine bug #1061
Change-Id: Ie82cf8d6bdeb3e47db044ae34fc42c077ad73c75

Small fix for g_tune_pme

Setting the "-err" command line flag in g_tune_pme would, in combination with the "-launch" flag
prevent a proper launch of mdrun after tuning since "-err" would also appear on the mdrun
command line. This patch removes the "-err" switch from the mdrun arguments list.

Change-Id: Idb2e3cf2e4eca587180b932faccc227be171b3d7

Essential dynamics: fixed restarts when ED group has > 1 molecule

To ensure proper restarts when the ED group consists of more than a
single molecule, the PBC-correct positions of the ED group are now
stored in the checkpoint file.

Change-Id: Id87bee610ad248f8695927d0027254e7d6d4c677

fixed recent bugs in LINCS for derivatives

The LINCS projection code, do_lincsp, working on derivatives
got OpenMP parallelization in 6585fa01, but this introduced bugs.
The constraining of derivatives of the coordinates has now been fixed
and the lambda derivatives have been added again.
Also constraining of forces now works with OpenMP.

Change-Id: Idc5516ec0e9d994a86cf8acdc7480502c8dcac1d

Merge "Remove the rest of the fortran/power6 acceleration" into release-4-6

Merge "Always build template program" into release-4-6

Fix Reference build type

This typo led to the Reference build claiming it was not building
for thread-MPI, but actually it did. Pity we don't have a CMake
syntax checker.

Change-Id: I932794145471451e09028297cfbffa4a72e96f39

Merge "Avoid using undefined CMake variables" into release-4-6

Merge "Removed orphan file" into release-4-6

Merge "Fix license text printed by programs." into release-4-6

Merge changes Idc652236,If03cf569 into release-4-6

* changes:
  renamed gmx_x86_simd_macros.h to gmx_simd_macros.h
  implemented nbnxn AVX-256 2x(N+N) kernels

Merge "issue error if GPU ID is provided with GPU acc. off" into release-4-6

Removed orphan file

The use of this check was removed long ago, the bug report that
it cites is invalid, and its detection functionality is duplicated
in gmxGetCompilerInfo.

Change-Id: I8478e155376930c27d259214e13d9b1e6e7a9cca

Avoid using undefined CMake variables

C_COMPILER_VERSION is not defined before CMake 2.8.8, so the logic
and reporting was wrong. However, we already have a work-around.

Change-Id: If34deadf3a912d48e204d80cc5be7718c151e39d

Merge "Fixes redmine issue #1071" into release-4-6

issue error if GPU ID is provided with GPU acc. off

Manually setting the GPU IDs is an implicit "GPU on" request from the
user, so we need to fail if mdrun in compiled without GPU support.
Additionally, added hint to what content is expected in the GPU ID
string to the respective errors and changed an incorrect collective
fatal.

Change-Id: Iebce58c0626889d047eebebd8e4547d4f1e9ff26

renamed gmx_x86_simd_macros.h to gmx_simd_macros.h

This is in preparation for non-x86 SIMD acceleration.

Change-Id: Idc652236f4b2e0f48e759d579c798c1b0dc6944f

implemented nbnxn AVX-256 2x(N+N) kernels

With AVX-256 nbnxn kernels are faster with 2x(4+4)=4x4 than 4x8.
To reduce the number of nbnxn kernels, there are no longer both
simd128 and simd256 kernels, but simd_4xn and for AVX-256 additionally
simd_2xnn kernels. The nbnxn search code is simplified significantly,
as it no longer has 128-bit and 256-bit simd simultaneously.
The SIMD pair-search and kernel configuration is now separated from
the SSE SIMD bounding box code configuration.

Additionally the label x86_simd in all nbnxn files is replaced by simd
only, in prepartion for non-x86 SIMD acceleration.

Change-Id: If03cf569cf918dcec675fbcb43e1ff3a30528f74

Merge "reduced PLINCS communication with H-bond constraints" into release-4-6

Fix license text printed by programs.

Since source files are now licensed under LGPL, it doesn't make much
sense for the programs to indicate they are still under GPL.
Follow-up to I1c507b3, which seems to have missed this.

Part of #818.

Change-Id: I44ffcf75f4840326d09f924249619077ea5a1013

Remove the rest of the fortran/power6 acceleration

* kernels got removed in 38069fb14a4c2ba3b61880c96dc017d16294db2c
* remove it from cmake as an option

Change-Id: I84a6e584673a80a7b1fa2f7b8f0b2c54658abc2f

Fixes redmine issue #1071

Fixes issue where pull code can crash grompp if foreign lambda
is not defined in the mdp.  Some simplification of code path for
initialization of lambda as a side product.

Change-Id: I6c6a0c1591cc332efddb769f3552c0379e7dc708

Fix typo

Change-Id: Id0fcbaa04647f3e3f4867686e207637efac8cdae

Always build template program

* make sure template is not broken
* gromacs dir contains copy of headers
* fixed warnings in template.c
* don't use config.h as it not installed
* use PKG_CFLAGS to emulate user environment

Change-Id: Ib8a3a5a9717727721d26ae4afbb69633e319d978

Merge "Fix compilation with PGI" into release-4-6

reduced PLINCS communication with H-bond constraints

When only constraining bonds involving hydrogens, there are
at most two sequential constraints connected. In that case
we now only communicate once in PLINCS.

Change-Id: I841c22b19574b1bb787b5be46637b69c77f1f757

Merge "force C++ linking of the gpu_utils" into release-4-6

Merge "fixed GPU pair-search with GMX_CPU_ACCELERATION=None" into release-4-6

Merge "Fix build of template and other external code." into release-4-6

Fix compilation with PGI

- The GMX_TEST_CFLAG with /ARCH doesn't fail because it isn't
  recognized as flag. Thus it is added and then causes trouble later
  because it is treated as filename.
- Extra { } for omp ordered
- Add warning to not use PGI because it fails the regressiontests
  (12.9 and 12.10) or crashes during the compilation with internal
  compiler errors (12.5, 11.9) (I didn't test more than those
  4 versions).
- I think it is worthwile to fix the first two issues even if PGI
  is not recommended. They could also affect other compilers and
  furture PGI version hopefully don't produce incorrect results.

Change-Id: I6ea24498a6c6712a8ad4b604a0b3c685de1ce0be

fixed GPU pair-search with GMX_CPU_ACCELERATION=None

Fixes #1042 and fixes #1062

Change-Id: I95ed242823aa1c108fc6c26bedc88062a0cd81d7

Make SSE4.1 warning clearer

"Disable SSE4.1" can be misunderstood for a suggestion to set
the acceleration to "None".

Change-Id: If83339c2fedd8dcf47aa4a841128cf08cc369a90

New beta release: 4.6-beta2

Change-Id: I3c9ac75258154b5779516ddd0de0d23b1e972803

Apply LGPL license to new files

Note the AdResS python generator is not currently used
(or functional) but in case it is used later, it's
there and licensed and so will its output be licensed.

TODO:
Still same as last LGPL license commit

Change-Id: I8b62d5160380c4da6f25eeacd6809fec6aac55f2

Updates for install guide

Change-Id: I9448ba0ea372f330f16172de73e3285c1a682032