Small cleanup of the openmm section in mdrun.c
authorRossen Apostolov <rossen@cbr.su.se>
Wed, 16 Jun 2010 18:23:06 +0000 (20:23 +0200)
committerRossen Apostolov <rossen@cbr.su.se>
Wed, 16 Jun 2010 18:23:06 +0000 (20:23 +0200)
src/kernel/mdrun.c

index 43969cf0e8cb5a207785e2d289c9b17d65df93b1..b508cbded81a8c26df194361b13ba29aab0e9157 100644 (file)
@@ -104,7 +104,7 @@ int main(int argc,char *argv[])
        " * Pressure control: Not supported.\n",
        " * Implicit solvent: Supported.\n",
        "A detailed description can be found on the website:\n",
-       "http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation/Related_Software/OpenMM[PAR]",
+       "http://www.gromacs.org/gpu[PAR]",
 /* From the original mdrun documentaion */
     "The mdrun program reads the run input file ([TT]-s[tt])",
     "and distributes the topology over nodes if needed.",
@@ -119,7 +119,7 @@ int main(int argc,char *argv[])
     "pressure, etc, a lot of these things are also printed in the log file.",
     "Optionally coordinates can be written to a compressed trajectory file",
     "([TT]-x[tt]).[PAR]",
-/* //////////////////////////////////// */
+/* openmm specific information */
        "Usage with OpenMM:[BR]",
        "$ mdrun -device \"OpenMM:platform=Cuda,memtest=15,deviceid=0,force-device=no\"[PAR]",
        "Options:[PAR]",
@@ -411,7 +411,6 @@ int main(int argc,char *argv[])
 
   t_pargs pa[] = {
 
-/* arguments relevant to OPENMM only */
     { "-pd",      FALSE, etBOOL,{&bPartDec},
       "Use particle decompostion" },
     { "-dd",      FALSE, etRVEC,{&realddxyz},