Fix release notes issue links
authorMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Wed, 30 Jan 2019 08:20:31 +0000 (09:20 +0100)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Wed, 30 Jan 2019 08:20:31 +0000 (09:20 +0100)
The space means sphinx can't recognize the construct

Change-Id: Ia0b96e8a1ecd24e2bac97d7bc9f176abbe30abc9

docs/release-notes/2018/2018.4.rst
docs/release-notes/2018/2018.5.rst

index 6ad3e1cbc31e182a7bb9cd44b519086aba570015..91e574bb474ad431d8248603959180b090c1fb17 100644 (file)
@@ -18,7 +18,7 @@ or LJ PME mesh forces would be scaled with lambda. Note that this bug
 did not affect the, usual, setup where charges or atom types are actually
 perturbed.
 
-:issue: `2640`
+:issue:`2640`
 
 Add constraint contribution to foreign Hamiltonian differences
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -27,7 +27,7 @@ The contribution of perturbed constraints was missing from the foreign
 Hamiltonian values. This is important for free energy calculations,
 such as BAR.
 
-:issue: `2703`
+:issue:`2703`
 
 Add mass contribution to foreign Hamiltonian differences
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -35,7 +35,7 @@ Add mass contribution to foreign Hamiltonian differences
 For free energy calculations with perturbed masses, the kinetic energy
 contribution was missing from the foreign Hamiltonian values.
 
-:issue: `2703`
+:issue:`2703`
 
 Work around bugs with expanded ensemble runs
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -45,8 +45,8 @@ with the velocity Verlet integrator with nstcalcenergy>1 or with
 other integrators when nstexpanded was not a multiple of nstcalcenergy.
 In these cases mdrun now sets nstcalcenergy to 1.
 
-:issue: `2714`
-:issue: `2718`
+:issue:`2714`
+:issue:`2718`
 
 Checkpoint continuations require suitable .tpr files
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -57,7 +57,7 @@ a particular result, but the use of that option is already deprecated.
 Use gmx grompp or gmx convert-tpr to make a .tpr file that expresses
 the intent.
 
-:issue: `2717`
+:issue:`2717`
 
 Fixes for ``gmx`` tools
 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
index 692026c05cc5e0050e7d1dea21eed749fea48b2f..563fc3314780d88924c3db7ce772d561afcd7c3e 100644 (file)
@@ -25,7 +25,7 @@ Make large PME grids work on GPU
 PME grids with size along Z larger than 511 would make mdrun exit
 with a cryptic CUDA error.
 
-:issue: `2779`
+:issue:`2779`
 
 Fix LINCS accuracy with OpenMP when constraint triangles are present
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -36,7 +36,7 @@ of iterations as normal constraints. With OpenMP this would only happen
 when the last OpenMP thread has at least one such triangle. This would
 cause a slight loss of accuracy in inhomogeneous systems.
 
-:issue: `2808`
+:issue:`2808`
 
 Fix acceleration with ``cos-acceleration``
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -44,7 +44,7 @@ Fix acceleration with ``cos-acceleration``
 A factor of 2 was missing from the acceleration value, leading to incorrect
 results when e.g. calculating viscosities.
 
-:issue: `2572`
+:issue:`2572`
 
 Fix checkpoint restart of tpr with infinite step count
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -73,8 +73,8 @@ This only works for writing .xtc files. The code and documentation now
 works correctly with .gro files, which was changed in 2016 release series so that
 it would only write fixed-width columns.
 
-:issue: `2813`
-:issue: `2037`
+:issue:`2813`
+:issue:`2037`
 
 Fixes to improve portability
 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
@@ -90,7 +90,7 @@ resonances in the kinetic energy and pressure/volume can appear when
 the two coupling times involved are similar. Now grompp warns when ``tau-p``
 is less than two times ``tau-t``.
 
-:issue: `2749`
+:issue:`2749`
 
 Fixed efficiency issue with shell code minimization
 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
@@ -98,7 +98,7 @@ Fixed efficiency issue with shell code minimization
 Code cleanup touching unnecessarily complex code created an efficiency
 issue.  Both the issue and some of the complexity are now fixed.
 
-:issue: `2705`
+:issue:`2705`
 
 Added code generation support for NVIDIA Turing GPUs
 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""