Fix Angstrom <=> nm error in documentation
authorMark Abraham <Mark.J.Abraham@gmail.com>
Mon, 17 Jan 2011 09:19:20 +0000 (20:19 +1100)
committerMark Abraham <Mark.J.Abraham@gmail.com>
Mon, 17 Jan 2011 09:19:20 +0000 (20:19 +1100)
The default value for gb_dielectric_offset .mdp parameter was
listed as 0.09 nm. In the code it is 0.009 nm, which is what it
should be, per the original literature.

share/html/online/mdp_opt.html

index 1f6f16de4a2f59289d217bcb32d94e37d66f383d..1ef2fe01064f73ab50a57394715c7b5f2d865dd0 100644 (file)
@@ -1643,7 +1643,7 @@ unstable trajectories.</dd>
 <dd>Scale factors for the OBC model. Default values are OBC(II).
 Values for OBC(I) are 0.8, 0 and 2.91 respectively</dd>
 
-<dt></dt><b>gb_dielectric_offset: (0.09) [nm]</b>
+<dt></dt><b>gb_dielectric_offset: (0.009) [nm]</b>
 <dd>Distance for the di-electric offset when calculating the Born radii. This is
 the offset between the center of each atom the center of the polarization energy 
 for the corresponding atom</dd>