/* This number should be the most recent backwards incompatible version
* I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
*/
-static const int tpx_incompatible_version = 30; // GMX3.2 has version 31
+static const int tpx_incompatible_version = 57; // GMX4.0 has version 58
* them to make things clear.
*/
static const t_ftupd ftupd[] = {
- { 34, F_FENEBONDS },
- { 43, F_TABBONDS },
- { 43, F_TABBONDSNC },
{ 70, F_RESTRBONDS },
{ tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, F_RESTRANGLES },
{ 76, F_LINEAR_ANGLES },
- { 34, F_QUARTIC_ANGLES },
- { 43, F_TABANGLES },
{ tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, F_RESTRDIHS },
{ tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, F_CBTDIHS },
- { 43, F_TABDIHS },
{ 65, F_CMAP },
{ 60, F_GB12_NOLONGERUSED },
{ 61, F_GB13_NOLONGERUSED },
{ 61, F_GB14_NOLONGERUSED },
{ 72, F_GBPOL_NOLONGERUSED },
{ 72, F_NPSOLVATION_NOLONGERUSED },
- { 41, F_LJC14_Q },
- { 41, F_LJC_PAIRS_NB },
- { 32, F_BHAM_LR_NOLONGERUSED },
- { 32, F_RF_EXCL },
- { 32, F_COUL_RECIP },
{ 93, F_LJ_RECIP },
- { 46, F_DPD },
- { 36, F_THOLE_POL },
{ 90, F_FBPOSRES },
- { 49, F_VSITE4FDN },
- { 50, F_VSITEN },
- { 46, F_COM_PULL },
- { 46, F_ECONSERVED },
{ 69, F_VTEMP_NOLONGERUSED},
{ 66, F_PDISPCORR },
- { 54, F_DVDL_CONSTR },
{ 76, F_ANHARM_POL },
{ 79, F_DVDL_COUL },
{ 79, F_DVDL_VDW, },
static void do_pullgrp_tpx_pre95(t_fileio *fio,
t_pull_group *pgrp,
t_pull_coord *pcrd,
- gmx_bool bRead,
- int file_version)
+ gmx_bool bRead)
{
rvec tmp;
pcrd->init = tmp[0];
gmx_fio_do_real(fio, pcrd->rate);
gmx_fio_do_real(fio, pcrd->k);
- if (file_version >= 56)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, pcrd->kB);
- }
- else
- {
- pcrd->kB = pcrd->k;
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, pcrd->kB);
}
static void do_pull_group(t_fileio *fio, t_pull_group *pgrp, gmx_bool bRead)
}
}
gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_alpha);
- if (file_version >= 38)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, fepvals->sc_power);
- }
- else
- {
- fepvals->sc_power = 2;
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->sc_power);
if (file_version >= 79)
{
gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_r_power);
{
/* We read and ignore a pull coordinate for group 0 */
do_pullgrp_tpx_pre95(fio, &pull->group[g], &pull->coord[std::max(g-1, 0)],
- bRead, file_version);
+ bRead);
if (g > 0)
{
pull->coord[g-1].group[0] = 0;
static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir, gmx_bool bRead,
- int file_version, real *fudgeQQ)
+ int file_version)
{
int i, j, k, idum = 0;
- real rdum, bd_temp;
+ real rdum;
gmx_bool bdum = 0;
if (file_version != tpx_version)
ir->init_step = idum;
}
- if (file_version >= 58)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->simulation_part);
- }
- else
- {
- ir->simulation_part = 1;
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->simulation_part);
if (file_version >= 67)
{
{
ir->nstcalcenergy = 1;
}
- if (file_version < 53)
- {
- /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
- * since we always want it, also without reading the inputrec.
- */
- gmx_fio_do_int(fio, ir->ePBC);
- if (file_version >= 45)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->bPeriodicMols);
- }
- else
- {
- if (ir->ePBC == 2)
- {
- ir->ePBC = epbcXYZ;
- ir->bPeriodicMols = TRUE;
- }
- else
- {
- ir->bPeriodicMols = FALSE;
- }
- }
- }
if (file_version >= 81)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->cutoff_scheme);
gmx_fio_do_int(fio, ir->ns_type);
gmx_fio_do_int(fio, ir->nstlist);
gmx_fio_do_int(fio, idum); /* used to be ndelta; not used anymore */
- if (file_version < 41)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- if (file_version >= 45)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ir->rtpi);
- }
- else
- {
- ir->rtpi = 0.05;
- }
+
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rtpi);
+
gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcomm);
- if (file_version > 34)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->comm_mode);
- }
- else if (ir->nstcomm < 0)
- {
- ir->comm_mode = ecmANGULAR;
- }
- else
- {
- ir->comm_mode = ecmLINEAR;
- }
- ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->comm_mode);
/* ignore nstcheckpoint */
if (file_version < tpxv_RemoveObsoleteParameters1)
gmx_fio_do_int(fio, dummy_nstcalclr);
}
gmx_fio_do_int(fio, ir->coulombtype);
- if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
- {
- ir->coulombtype = eelRF_NEC_UNSUPPORTED;
- }
if (file_version >= 81)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->coulomb_modifier);
gmx_fio_do_real(fio, ir->rvdw);
gmx_fio_do_int(fio, ir->eDispCorr);
gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_r);
- if (file_version >= 37)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_rf);
- }
- else
- {
- if (EEL_RF(ir->coulombtype))
- {
- ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
- ir->epsilon_r = 1.0;
- }
- else
- {
- ir->epsilon_rf = 1.0;
- }
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_rf);
gmx_fio_do_real(fio, ir->tabext);
// This permits reading a .tpr file that used implicit solvent,
{
ir->implicit_solvent = false;
}
- if (file_version >= 55 && file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
+ if (file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
{
gmx_fio_do_real(fio, rdum);
gmx_fio_do_real(fio, rdum);
gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[XX]);
gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[YY]);
gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[ZZ]);
- if (file_version >= 47)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->refcoord_scaling);
- gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_com);
- gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_comB);
- }
- else
- {
- ir->refcoord_scaling = erscNO;
- clear_rvec(ir->posres_com);
- clear_rvec(ir->posres_comB);
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->refcoord_scaling);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_com);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_comB);
+
if (file_version < 79)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->andersen_seed);
ir->andersen_seed = 0;
}
- if (file_version < 37)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- }
-
gmx_fio_do_real(fio, ir->shake_tol);
- if (file_version < 54)
- {
- // cppcheck-suppress redundantPointerOp
- gmx_fio_do_real(fio, *fudgeQQ);
- }
gmx_fio_do_int(fio, ir->efep);
do_fepvals(fio, ir->fepvals, bRead, file_version);
{
do_expandedvals(fio, ir->expandedvals, ir->fepvals, bRead, file_version);
}
- if (file_version >= 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisre);
- }
+
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisre);
gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisreWeighting);
gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bDisreMixed);
gmx_fio_do_real(fio, ir->dr_fc);
if (file_version < 79)
{
gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- if (file_version < 56)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
}
gmx_fio_do_real(fio, ir->em_stepsize);
gmx_fio_do_int(fio, ir->nProjOrder);
gmx_fio_do_real(fio, ir->LincsWarnAngle);
gmx_fio_do_int(fio, ir->nLincsIter);
- if (file_version < 33)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, bd_temp);
- }
gmx_fio_do_real(fio, ir->bd_fric);
if (file_version >= tpxv_Use64BitRandomSeed)
{
gmx_fio_do_int(fio, idum);
ir->ld_seed = idum;
}
- if (file_version >= 33)
- {
- for (i = 0; i < DIM; i++)
- {
- gmx_fio_do_rvec(fio, ir->deform[i]);
- }
- }
- else
+
+ for (i = 0; i < DIM; i++)
{
- for (i = 0; i < DIM; i++)
- {
- clear_rvec(ir->deform[i]);
- }
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->deform[i]);
}
gmx_fio_do_real(fio, ir->cos_accel);
}
/* pull stuff */
- if (file_version >= 48)
{
int ePullOld = 0;
do_pull(fio, ir->pull, bRead, file_version, ePullOld);
}
}
- else
- {
- ir->bPull = FALSE;
- }
if (file_version >= tpxv_AcceleratedWeightHistogram)
{
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.ref_t, ir->opts.ngtc);
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.tau_t, ir->opts.ngtc);
- if (file_version < 33 && ir->eI == eiBD)
- {
- for (i = 0; i < ir->opts.ngtc; i++)
- {
- ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
- }
- }
}
if (ir->opts.ngfrz > 0)
{
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.anneal_temp[j], k);
}
/* Walls */
- if (file_version >= 45)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->nwall);
gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_type);
- if (file_version >= 50)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_r_linpot);
- }
- else
- {
- ir->wall_r_linpot = -1;
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_r_linpot);
gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_atomtype[0]);
gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_atomtype[1]);
gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_density[0]);
gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_density[1]);
gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_ewald_zfac);
}
- else
- {
- ir->nwall = 0;
- ir->wall_type = 0;
- ir->wall_atomtype[0] = -1;
- ir->wall_atomtype[1] = -1;
- ir->wall_density[0] = 0;
- ir->wall_density[1] = 0;
- ir->wall_ewald_zfac = 3;
- }
+
/* Cosine stuff for electric fields */
if (file_version < tpxv_GenericParamsForElectricField)
{
}
/* QMMM stuff */
- if (file_version >= 39)
{
gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bQMMM);
gmx_fio_do_int(fio, ir->QMMMscheme);
case F_ANGRESZ:
gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiA);
gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpA);
- if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42)
- {
- /* Read the incorrectly stored multiplicity */
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.rB);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.krB);
- iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
- iparams->pdihs.cpB = iparams->pdihs.cpA;
- }
- else
- {
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiB);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpB);
- gmx_fio_do_int(fio, iparams->pdihs.mult);
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpB);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->pdihs.mult);
break;
case F_RESTRDIHS:
gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiA);
}
}
-static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist, gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist, gmx_bool bRead)
{
- int i, idum;
-
- if (file_version < 44)
- {
- for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- }
gmx_fio_do_int(fio, ilist->nr);
if (bRead)
{
static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
gmx_bool bRead, int file_version)
{
- int idum, i;
- unsigned int k;
-
gmx_fio_do_int(fio, ffparams->atnr);
- if (file_version < 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
gmx_fio_do_int(fio, ffparams->ntypes);
if (bRead)
{
ffparams->reppow = 12.0;
}
- if (file_version >= 57)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
/* Check whether all these function types are supported by the code.
* In practice the code is backwards compatible, which means that the
* numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
*/
- for (i = 0; (i < ffparams->ntypes); i++)
+ for (int i = 0; i < ffparams->ntypes; i++)
{
if (bRead)
{
/* Loop over file versions */
- for (k = 0; (k < NFTUPD); k++)
+ for (int k = 0; k < NFTUPD; k++)
{
/* Compare the read file_version to the update table */
if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
}
else
{
- do_ilist(fio, &ilist[j], bRead, file_version);
+ do_ilist(fio, &ilist[j], bRead);
if (file_version < 78 && j == F_SETTLE && ilist[j].nr > 0)
{
add_settle_atoms(&ilist[j]);
}
}
-static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams, gmx_moltype_t *molt,
- gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block, gmx_bool bRead)
{
- do_ffparams(fio, ffparams, bRead, file_version);
-
- if (file_version >= 54)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
- }
-
- do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
-}
-
-static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block, gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- int i, idum, dum_nra, *dum_a;
-
- if (file_version < 44)
- {
- for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- }
gmx_fio_do_int(fio, block->nr);
- if (file_version < 51)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, dum_nra);
- }
if (bRead)
{
if ((block->nalloc_index > 0) && (nullptr != block->index))
snew(block->index, block->nalloc_index);
}
gmx_fio_ndo_int(fio, block->index, block->nr+1);
-
- if (file_version < 51 && dum_nra > 0)
- {
- snew(dum_a, dum_nra);
- gmx_fio_ndo_int(fio, dum_a, dum_nra);
- sfree(dum_a);
- }
}
-static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block, gmx_bool bRead,
- int file_version)
+static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block, gmx_bool bRead)
{
- int i, idum;
-
- if (file_version < 44)
- {
- for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- }
gmx_fio_do_int(fio, block->nr);
gmx_fio_do_int(fio, block->nra);
if (bRead)
}
-static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom, int ngrp, gmx_bool bRead,
- int file_version, gmx_groups_t *groups, int atnr)
+static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom, gmx_bool bRead)
{
- int i, myngrp;
-
gmx_fio_do_real(fio, atom->m);
gmx_fio_do_real(fio, atom->q);
gmx_fio_do_real(fio, atom->mB);
gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
gmx_fio_do_int(fio, atom->ptype);
gmx_fio_do_int(fio, atom->resind);
- if (file_version >= 52)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, atom->atomnumber);
- if (bRead)
- {
- /* Set element string from atomic number if present.
- * This routine returns an empty string if the name is not found.
- */
- std::strncpy(atom->elem, atomicnumber_to_element(atom->atomnumber), 4);
- /* avoid warnings about potentially unterminated string */
- atom->elem[3] = '\0';
- }
- }
- else if (bRead)
- {
- atom->atomnumber = 0;
- }
- if (file_version < 39)
- {
- myngrp = 9;
- }
- else
- {
- myngrp = ngrp;
- }
-
- if (file_version < 57)
+ gmx_fio_do_int(fio, atom->atomnumber);
+ if (bRead)
{
- unsigned char uchar[egcNR];
- gmx_fio_ndo_uchar(fio, uchar, myngrp);
- for (i = myngrp; (i < ngrp); i++)
- {
- uchar[i] = 0;
- }
- /* Copy the old data format to the groups struct */
- for (i = 0; i < ngrp; i++)
- {
- groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
- }
+ /* Set element string from atomic number if present.
+ * This routine returns an empty string if the name is not found.
+ */
+ std::strncpy(atom->elem, atomicnumber_to_element(atom->atomnumber), 4);
+ /* avoid warnings about potentially unterminated string */
+ atom->elem[3] = '\0';
}
}
-static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp, t_grps grps[], gmx_bool bRead,
- int file_version)
+static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp, t_grps grps[], gmx_bool bRead)
{
- int j, myngrp;
-
- if (file_version < 39)
+ for (int j = 0; j < ngrp; j++)
{
- myngrp = 9;
- }
- else
- {
- myngrp = ngrp;
- }
-
- for (j = 0; (j < ngrp); j++)
- {
- if (j < myngrp)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, grps[j].nr);
- if (bRead)
- {
- snew(grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
- }
- gmx_fio_ndo_int(fio, grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
- }
- else
+ gmx_fio_do_int(fio, grps[j].nr);
+ if (bRead)
{
- grps[j].nr = 1;
snew(grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
}
+ gmx_fio_ndo_int(fio, grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
}
}
}
static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms, gmx_bool bRead, t_symtab *symtab,
- int file_version,
- gmx_groups_t *groups)
+ int file_version)
{
int i;
gmx_fio_do_int(fio, atoms->nr);
gmx_fio_do_int(fio, atoms->nres);
- if (file_version < 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpname);
- for (i = 0; i < egcNR; i++)
- {
- groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
- snew(groups->grpnr[i], groups->ngrpnr[i]);
- }
- }
if (bRead)
{
/* Since we have always written all t_atom properties in the tpr file
snew(atoms->atomtype, atoms->nr);
snew(atoms->atomtypeB, atoms->nr);
snew(atoms->resinfo, atoms->nres);
- if (file_version < 57)
- {
- snew(groups->grpname, groups->ngrpname);
- }
atoms->pdbinfo = nullptr;
}
else
}
for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
{
- do_atom(fio, &atoms->atom[i], egcNR, bRead, file_version, groups, i);
+ do_atom(fio, &atoms->atom[i], bRead);
}
do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomname, bRead, symtab);
do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomtype, bRead, symtab);
do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomtypeB, bRead, symtab);
do_resinfo(fio, atoms->nres, atoms->resinfo, bRead, symtab, file_version);
-
- if (file_version < 57)
- {
- do_strstr(fio, groups->ngrpname, groups->grpname, bRead, symtab);
-
- do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead, file_version);
- }
}
static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
- gmx_bool bRead, t_symtab *symtab,
- int file_version)
+ gmx_bool bRead, t_symtab *symtab)
{
int g;
- do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead, file_version);
+ do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead);
gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpname);
if (bRead)
{
gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
}
- if (file_version >= 40)
- {
- gmx_fio_ndo_int(fio, atomtypes->atomnumber, j);
- }
+ gmx_fio_ndo_int(fio, atomtypes->atomnumber, j);
+
if (bRead && file_version >= 60 && file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
{
std::vector<real> dummy(atomtypes->nr, 0);
static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt, gmx_bool bRead,
- t_symtab *symtab, int file_version,
- gmx_groups_t *groups)
+ t_symtab *symtab, int file_version)
{
- if (file_version >= 57)
- {
- do_symstr(fio, &(molt->name), bRead, symtab);
- }
+ do_symstr(fio, &(molt->name), bRead, symtab);
- do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
+ do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version);
- if (file_version >= 57)
- {
- do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
+ do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
- do_block(fio, &molt->cgs, bRead, file_version);
- }
+ do_block(fio, &molt->cgs, bRead);
/* This used to be in the atoms struct */
- do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
+ do_blocka(fio, &molt->excls, bRead);
}
static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb, gmx_bool bRead)
return mols;
}
-static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
-{
- t_ilist *il, *ilfb;
- int am, i, mol, a;
- gmx_bool bFE;
- gmx_molblock_t *molb;
- t_iparams *ip;
-
- /* posres reference positions are stored in ip->posres (if present) and
- in ip->fbposres (if present). If normal and flat-bottomed posres are present,
- posres.pos0A are identical to fbposres.pos0. */
- il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
- ilfb = &mtop->moltype[0].ilist[F_FBPOSRES];
- if (il->nr == 0 && ilfb->nr == 0)
- {
- return;
- }
- am = 0;
- bFE = FALSE;
- for (i = 0; i < il->nr; i += 2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
- am = std::max(am, il->iatoms[i+1]);
- if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
- ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
- ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ])
- {
- bFE = TRUE;
- }
- }
- /* This loop is required if we have only flat-bottomed posres:
- - set am
- - bFE == FALSE (no B-state for flat-bottomed posres) */
- if (il->nr == 0)
- {
- for (i = 0; i < ilfb->nr; i += 2)
- {
- am = std::max(am, ilfb->iatoms[i+1]);
- }
- }
- /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
- mol = 0;
- while (am >= mtop->mols.index[mol+1])
- {
- mol++;
- }
- molb = &mtop->molblock[0];
- molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
- snew(molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
- if (bFE)
- {
- molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
- snew(molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
- }
- else
- {
- molb->nposres_xB = 0;
- }
- for (i = 0; i < il->nr; i += 2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
- a = il->iatoms[i+1];
- molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
- molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
- molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
- if (bFE)
- {
- molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
- molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
- molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
- }
- }
- if (il->nr == 0)
- {
- /* If only flat-bottomed posres are present, take reference pos from them.
- Here: bFE == FALSE */
- for (i = 0; i < ilfb->nr; i += 2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
- a = ilfb->iatoms[i+1];
- molb->posres_xA[a][XX] = ip->fbposres.pos0[XX];
- molb->posres_xA[a][YY] = ip->fbposres.pos0[YY];
- molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->fbposres.pos0[ZZ];
- }
- }
-}
-
static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
{
t_iparams *ip;
int file_version)
{
int mt, mb;
- t_blocka dumb;
if (bRead)
{
do_symstr(fio, &(mtop->name), bRead, &(mtop->symtab));
- if (file_version >= 57)
- {
- do_ffparams(fio, &mtop->ffparams, bRead, file_version);
+ do_ffparams(fio, &mtop->ffparams, bRead, file_version);
+
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmoltype);
- gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmoltype);
- }
- else
- {
- mtop->nmoltype = 1;
- }
if (bRead)
{
snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
- if (file_version < 57)
- {
- mtop->moltype[0].name = mtop->name;
- }
}
for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
{
- do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt], bRead, &mtop->symtab, file_version,
- &mtop->groups);
+ do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt], bRead, &mtop->symtab, file_version);
}
- if (file_version >= 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmolblock);
- }
- else
- {
- mtop->nmolblock = 1;
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmolblock);
if (bRead)
{
snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
}
- if (file_version >= 57)
- {
- for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
- {
- do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb], bRead);
- }
- gmx_fio_do_int(fio, mtop->natoms);
- }
- else
+ for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
{
- mtop->molblock[0].type = 0;
- mtop->molblock[0].nmol = 1;
- mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
- mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
- mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
+ do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb], bRead);
}
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->natoms);
if (file_version >= tpxv_IntermolecularBondeds)
{
do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes), bRead, file_version);
- if (file_version < 57)
- {
- do_idef (fio, &mtop->ffparams, &mtop->moltype[0], bRead, file_version);
- mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
- }
-
if (file_version >= 65)
{
do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid, bRead);
mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata = nullptr;
}
- if (file_version >= 57)
- {
- do_groups(fio, &mtop->groups, bRead, &(mtop->symtab), file_version);
- }
+ do_groups(fio, &mtop->groups, bRead, &(mtop->symtab));
- if (file_version < 57)
- {
- do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs, bRead, file_version);
- do_block(fio, &mtop->mols, bRead, file_version);
- /* Add the posres coordinates to the molblock */
- add_posres_molblock(mtop);
- }
if (bRead)
{
- if (file_version >= 57)
- {
- done_block(&mtop->mols);
- mtop->mols = mtop_mols(mtop);
- }
- }
-
- if (file_version < 51)
- {
- /* Here used to be the shake blocks */
- do_blocka(fio, &dumb, bRead, file_version);
- if (dumb.nr > 0)
- {
- sfree(dumb.index);
- }
- if (dumb.nra > 0)
- {
- sfree(dumb.a);
- }
+ done_block(&mtop->mols);
+ mtop->mols = mtop_mols(mtop);
}
if (bRead)
}
if (fileGeneration <= tpx_generation && ir)
{
- do_inputrec(fio, ir, bRead, fileVersion, mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : nullptr);
+ do_inputrec(fio, ir, bRead, fileVersion);
if (fileVersion < 51)
{
set_box_rel(ir, state);
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