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authorErik Lindahl <lindahl@csbm02.cbr.su.se>
Thu, 26 Aug 2010 08:25:57 +0000 (10:25 +0200)
committerErik Lindahl <lindahl@csbm02.cbr.su.se>
Thu, 26 Aug 2010 08:25:57 +0000 (10:25 +0200)
90 files changed:
man/man1/do_dssp.1
man/man1/editconf.1
man/man1/eneconv.1
man/man1/g_anadock.1
man/man1/g_anaeig.1
man/man1/g_analyze.1
man/man1/g_angle.1
man/man1/g_bar.1
man/man1/g_bond.1
man/man1/g_bundle.1
man/man1/g_chi.1
man/man1/g_cluster.1
man/man1/g_clustsize.1
man/man1/g_confrms.1
man/man1/g_covar.1
man/man1/g_current.1
man/man1/g_density.1
man/man1/g_densmap.1
man/man1/g_dielectric.1
man/man1/g_dih.1
man/man1/g_dipoles.1
man/man1/g_disre.1
man/man1/g_dist.1
man/man1/g_dyndom.1
man/man1/g_enemat.1
man/man1/g_energy.1
man/man1/g_filter.1
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man/man1/g_rmsdist.1
man/man1/g_rmsf.1
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man/man1/g_rotmat.1
man/man1/g_saltbr.1
man/man1/g_sas.1
man/man1/g_sdf.1
man/man1/g_select.1
man/man1/g_sgangle.1
man/man1/g_sham.1
man/man1/g_sigeps.1
man/man1/g_sorient.1
man/man1/g_spatial.1
man/man1/g_spol.1
man/man1/g_tcaf.1
man/man1/g_traj.1
man/man1/g_tune_pme.1
man/man1/g_vanhove.1
man/man1/g_velacc.1
man/man1/g_wham.1
man/man1/g_wheel.1
man/man1/g_x2top.1
man/man1/g_xrama.1
man/man1/genbox.1
man/man1/genconf.1
man/man1/genion.1
man/man1/genrestr.1
man/man1/gmxcheck.1
man/man1/gmxdump.1
man/man1/grompp.1
man/man1/make_edi.1
man/man1/make_ndx.1
man/man1/mdrun.1
man/man1/mk_angndx.1
man/man1/ngmx.1
man/man1/pdb2gmx.1
man/man1/tpbconv.1
man/man1/trjcat.1
man/man1/trjconv.1
man/man1/trjorder.1
man/man1/xpm2ps.1

index a9489089ccaf0892ba34827a8da246209be9ec9f..92b9b7afd0b455b4743fb8e7399227a92be712df 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH do_dssp 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH do_dssp 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 do_dssp - assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3do_dssp\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 5e7d541374583333c2111dd7e16b71687c712515..402147ad7be43630ebdc49c8fc2258b0c3f379e3 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH editconf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH editconf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 editconf - edits the box and writes subgroups 
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3editconf\fP
 .BI "\-f" " conf.gro "
index 88f29db101e62c8abc865a24c1e890d527c969e0..6dc846c6e358d67dd21208d99d21db28854640ba 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH eneconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH eneconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 eneconv - converts energy files
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3eneconv\fP
 .BI "\-f" " ener.edr "
index 784498067ad466d3eed7c1455cd408e87e746414..d32edf5f0a0eaa4b57dd9dc80ab81882ff44999b 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_anadock 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_anadock 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_anadock - cluster structures from Autodock runs
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_anadock\fP
 .BI "\-f" " eiwit.pdb "
index 937f2415fbe5e911f1b6dbae449b41fa95f8f940..f34e4ed454a8c11d49b28abee5728567fd0d10b8 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_anaeig 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_anaeig 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_anaeig - analyzes the eigenvectors
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_anaeig\fP
 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
index d799371d742275a1d54c1fe87133338191189c47..a9d90fe59e6062f7018ab2a99e9c0b5d715bca67 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_analyze 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_analyze 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_analyze - analyzes data sets
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_analyze\fP
 .BI "\-f" " graph.xvg "
index 5c3a30ee473fa551dcf66d8ac8d9fa8f69a00858..f69617ddc5bcf39ef07fb49c886b70c49ceec9e4 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_angle 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_angle 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_angle - calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_angle\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 1a70794b76034774e91f738f3f61373b7d949136..dd4a4f440e07584ea2227c3fbe78bd56881fe074 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_bar 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_bar 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_bar - calculates free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_bar\fP
 .BI "\-f" " dhdl.xvg "
index f24907448a9a3f78164a8409c27bdbe6b2d0565e..ec92658e2ea92778d718d89c15c965a36d07dd7c 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_bond 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_bond 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_bond - calculates distances between atoms
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_bond\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 7778c4c5f49b0e46e27fd23aaa2c99dda91a0ed0..ad8275809dc87f055ab23e62a8705ebdc3bf3080 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_bundle 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_bundle 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_bundle - analyzes bundles of axes, e.g. helices
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_bundle\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index fd6f02a3ba75703ef287c237ddc1a89a1c558201..d43c71c62e27d83aacfec4abc3e977e98770f588 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_chi 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_chi 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_chi - calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_chi\fP
 .BI "\-s" " conf.gro "
index a0d77d327c3dc18f62e4d737b10768317d9c0534..d18de12d3d1730c2a5155aa0ee7030b5c060a39d 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_cluster 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_cluster 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_cluster - clusters structures
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_cluster\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index ac311ef8ce4363df01a7ef0fd1c3b2352f1690df..07e2885874ed84db488b5539a769e0e326c8f916 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_clustsize 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_clustsize 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_clustsize - calculate size distributions of atomic clusters
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_clustsize\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index d712624485ec5a8173ff729078ab7782de4acd70..4c31798dbf4acea3e9fb222dacd25f2511b39015 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_confrms 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_confrms 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_confrms - fits two structures and calculates the rmsd 
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_confrms\fP
 .BI "\-f1" " conf1.gro "
index acccef9bd67a3850f51491bb470736cd0f3a42dd..39cedbc3c64df8bf2cb45d97a6fb05df1b073939 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_covar 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_covar 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_covar - calculates and diagonalizes the covariance matrix
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_covar\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2ab88756f1f2cab20d852ebdbf386b210ac96e6a..8a02558c22862046c478117110a018561d03b8ac 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_current 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_current 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_current - calculate current autocorrelation function of system
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_current\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index eaba51928716924498feb741aec3d4e2914f74bb..e4334a3cdf29d0a2796bc3e4ad36ab6bebf46ef6 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_density 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_density 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_density - calculates the density of the system
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_density\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 09f1b4746d836a40406fc10216f05a70a526beb1..7683711286170213d5ebd60ddc0ce95e0534890c 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_densmap 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_densmap 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_densmap - calculates 2D planar or axial-radial density maps
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_densmap\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 7d45608f41d45fe6093d643b2ff1288abf11bb43..a10fee14a0b54f52e7601e46450b5a9d5f392914 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_dielectric 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_dielectric 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_dielectric - calculates frequency dependent dielectric constants
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_dielectric\fP
 .BI "\-f" " dipcorr.xvg "
index 25c901f0db78c1c1d19aa42920ea76d3affe7dce..aa6624a081fa575c9d75a4f035fc2d9b98575430 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_dih 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_dih 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_dih - analyzes dihedral transitions
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_dih\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index d3c715a56395edf53a5f2dbef61372ed93996ee8..ea960c9a4346a94def011a33578ae40cabc1a3ec 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_dipoles 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_dipoles 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_dipoles - computes the total dipole plus fluctuations
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_dipoles\fP
 .BI "\-en" " ener.edr "
index d1a215d027e3e6915b00840ce55250ec0ea01bd0..820456eb2725fb69e01f2618f797a80fe3654e02 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_disre 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_disre 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_disre - analyzes distance restraints
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_disre\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 741fd11b88e3ad5c8dce1db42539d80a1bdafe8c..f39ad40e90249f8d613b997279faef35e5fe3459 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_dist 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_dist 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_dist - calculates the distances between the centers of mass of two groups
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_dist\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index e061fd653eac54d8f9eabc2f8405c35e8b144052..1b0668caae0f1ed6556d0a6f57a595d98a21d41e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_dyndom 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_dyndom 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_dyndom - interpolate and extrapolate structure rotations
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_dyndom\fP
 .BI "\-f" " dyndom.pdb "
index 5eb3f7c4be0587f81222105321caa1937780d967..2d03501c8dc576ea5c882f5313544c23b34468bf 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_enemat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_enemat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_enemat - extracts an energy matrix from an energy file
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_enemat\fP
 .BI "\-f" " ener.edr "
index a7e2a5e2d2696b96ab7ddb425fa7b93bc187fe6b..dcec1def742a544c19dbc38ba9f9d63ded9c5d28 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_energy 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_energy 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_energy - writes energies to xvg files and displays averages
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_energy\fP
 .BI "\-f" " ener.edr "
index 036d2420061fac21c5a75a98efa44831379daabb..02ebe01497c90fdd8962158c1cd4920b1ae81d9e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_filter 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_filter 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_filter - frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_filter\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index c38439985368a225730dc78d59f0ee88bf61c5d3..20dbf1726850d8d48bd97b9564471eb23bcde68b 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_gyrate 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_gyrate 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_gyrate - calculates the radius of gyration
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_gyrate\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 5467bcb003bc5b81cf43e37e7126a5a6076e65e1..2349dae7437ab9e1f68362e460026eb5bf85a73e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_h2order 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_h2order 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_h2order - computes the orientation of water molecules
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_h2order\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2f78c79355c4cb60b66b0f5385039a4bb28c2a45..049b54d1d60cee15851197b078289fde5889646c 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_hbond 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_hbond 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_hbond - computes and analyzes hydrogen bonds
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_hbond\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 260c7f5cbd1d1b032bd5c4444ff6c8f2f148323f..cfdd05e33ef015afebd317f31e44808b6a0bdebb 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_helix 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_helix 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_helix - calculates basic properties of alpha helices
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_helix\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index ef6fc93cd7ddba19247073888aeb817922fc52d5..c6a142971bbd2984f44ce83c17e901de6a618556 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_helixorient 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_helixorient 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_helixorient - calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_helixorient\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index ee8c9fae28fd335e225fad6621e8763a6ec500d0..8596ace2b905ee0338574faa84f3c2ad4970b59d 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_lie 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_lie 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_lie - free energy estimate from linear combinations
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_lie\fP
 .BI "\-f" " ener.edr "
index a83f4fb23b1c0a322c34372f08239649371d3e4c..5ecc49f2036b239726bd8331444af169dfa47f97 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_mdmat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_mdmat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_mdmat - calculates residue contact maps
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_mdmat\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 4b29b6118f355ffaf951245adb046d8525c6b7ac..659033e215377802285d4d4519bbb5108cdd840d 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_membed 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_membed 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_membed - embeds a protein into a lipid bilayer
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_membed\fP
 .BI "\-f" " into_mem.tpr "
index dfa19140c44954371aec7f79cd2d0447f41d8247..67428bd68771fc75b82398b458db575509770fce 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_mindist 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_mindist 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_mindist - calculates the minimum distance between two groups
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_mindist\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 631fa1cdf79886269e33d629b69a3982e189cf88..e55da0d936008743a876a8492fbc8f9392b1d46e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_morph 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_morph 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_morph - linear interpolation of conformations 
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_morph\fP
 .BI "\-f1" " conf1.gro "
index 6def308c049901d0ff4b50869f8e0c1c304a518a..838ba4cc6248848e4814e7624be0931ef9d30293 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_msd 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_msd 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_msd - calculates mean square displacements
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_msd\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index a215574b84bb783837640c1836a2596217299334..16a72bb1cbacde462967c8fa3bf1ba1cf8e263a3 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_nmeig 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_nmeig 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_nmeig - diagonalizes the Hessian 
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_nmeig\fP
 .BI "\-f" " hessian.mtx "
index 1717929d840a253de0f7b53c2b9881a1d56490cf..85d3f98a7570476799086ae65806e084aafc38bf 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_nmens 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_nmens 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_nmens - generates an ensemble of structures from the normal modes
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_nmens\fP
 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
index 0bd2498083f7d815bbde18ebc4e0b1b933e1eab1..173fa320faae9f558d71bcde4b38df6a92765933 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_nmtraj 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_nmtraj 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_nmtraj - generate a virtual trajectory from an eigenvector
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_nmtraj\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index f60ead2b75b388921838a64f5f944ae473adec04..8ff7a0d6130016abcb61de92fcb63970b5ccf827 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_order 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_order 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_order - computes the order parameter per atom for carbon tails
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_order\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2343fcf265d32e30a2fa5f5942b6c12e9b371fdb..08e6ffe94005cac0b905416f18b831bd56016a4e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_polystat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_polystat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_polystat - calculates static properties of polymers
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_polystat\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 41bc078bd6b17025a458c9365809b1935893b32e..124063e34ec198579e65245f2176977e5521d45c 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_potential 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_potential 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_potential - calculates the electrostatic potential across the box
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_potential\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2e9465862d669958b6c4c9451e8b9f15253a7ab9..eb19599f00125e30631e009125b2dc8be1bbdfc7 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_principal 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_principal 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_principal - calculates axes of inertia for a group of atoms
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_principal\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index fa695542a27de6dbc79c158567cdced1092813c0..5f8d79d76f10236228363350e1478517d60edfaa 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_protonate 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_protonate 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_protonate - protonates structures
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_protonate\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 0d1ea1331b034337bc97cb93c30e0961d522d9b1..4cc33adee3e6c0ba65def612fd882e0cdf864f91 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rama 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rama 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_rama - computes Ramachandran plots
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rama\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index c634ffda9c59bac490fc1464f8be27b98b16b7c0..9e15a5c28ed63cb7269bcbd629d8215c570c8a03 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rdf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rdf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_rdf - calculates radial distribution functions
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rdf\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2baaaf28fc74ee14837f16544b9ad110fd5664c7..1cb58ec89f3cb0b67c7c71142fcc9fef1ee4a80f 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rms 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rms 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_rms - calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rms\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 02a065ca02227632ee80c293b0629de509f64471..07721cc6eb50c79a9f2a579fd71222d0cbdde3b9 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rmsdist 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rmsdist 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-beta4-2010-08-26 09:43:57 +0200-33da7ba-dirty"
 .SH NAME
 g_rmsdist - calculates atom pair distances averaged with power \-2, \-3 or \-6
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5-beta4-2010-08-26 09:43:57 +0200-33da7ba-dirty
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rmsdist\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index eb0ea015ed265c30d9fe94b633e3e0cf2c473eff..d29a510d22fae3e5d4a8be21ce485e75373c20d6 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rmsf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rmsf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_rmsf - calculates atomic fluctuations
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rmsf\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 9d555455921ec52e5953419452dcf7ef22c29dd2..3a42027a2f9cd0c01d28db1c03ef435b3f4c1cb3 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rotacf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rotacf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_rotacf - calculates the rotational correlation function for molecules
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rotacf\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 6e76422c4b3ba76c15acac7fbb1dd37e56591348..cf26c4fb9569bc270672c866694f6b339ddbdb68 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_rotmat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_rotmat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-beta4-2010-08-26 09:43:57 +0200-33da7ba-dirty"
 .SH NAME
 g_rotmat - plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5-beta4-2010-08-26 09:43:57 +0200-33da7ba-dirty
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_rotmat\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 3c66c807dcbec2e3f79983cf9195873d8e9282c1..7b845e4aa90f5519b78290eb1f7cc5dbeb8e0534 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_saltbr 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_saltbr 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_saltbr - computes salt bridges
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_saltbr\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2305b4c7abfa637b64e90e65132c8a16c2ffed3a..abfca19da7b375198eb95a72d6a8ebd0975bdd76 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_sas 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_sas 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_sas - computes solvent accessible surface area
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_sas\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 31896bf087c2ce53f4b5436f2a7d523da86e7e63..48b95488167fef4ca77e7c7218cb482f29041802 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_sdf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_sdf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_sdf - calculates the spatial distribution function (faster than g_spatial)
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_sdf\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 611cf97577264962874d638d40a51afa7c1151ce..ed8ce52f51e23f6e794e19770b9d23f6639591b5 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_select 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_select 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_select - selects groups of atoms based on flexible textual selections
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_select\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 5151a4aa09079457d55267b1327832fc4228f4e6..c7d48d29be5b1761276ed95fdb5ce61aac2df6ba 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_sgangle 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_sgangle 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_sgangle - computes the angle and distance between two groups
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_sgangle\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 6169e2f54886e6672302299f81a3d529d183d819..30d01a1658fa0d9a1ffd01d1f31582eea38398fd 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_sham 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_sham 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_sham - read/write xmgr and xvgr data sets
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_sham\fP
 .BI "\-f" " graph.xvg "
index a637133b21f8029865a720953dad222d4dd10c74..24bf17d5288c866b22215bdf162644c28b4ee2d2 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_sigeps 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_sigeps 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_sigeps - convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_sigeps\fP
 .BI "\-o" " potje.xvg "
index 0ca46f50ee1c337e85f066f783772281be787e47..9289f26bd59ec0d136a269ca2932781996a98976 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_sorient 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_sorient 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_sorient - analyzes solvent orientation around solutes
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_sorient\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index e990eba5b97cf2b9655b2000eb5b8c592bb704f5..cab6fbcb080cb66ea0fc5837dad984997aad11b0 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_spatial 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_spatial 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_spatial - calculates the spatial distribution function (more control than g_sdf)
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_spatial\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 5d91590d27bcbbf5fdc42c01480e8e01ebf88dfd..9670024156960aaec408a091367ac8ef0435e997 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_spol 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_spol 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_spol - analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_spol\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 85e47511194ea2660e0792330b7fef344e6fbcfb..84bb83f542419052d6bec4aef7152bd838e1d2da 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_tcaf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_tcaf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_tcaf - calculates viscosities of liquids
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_tcaf\fP
 .BI "\-f" " traj.trr "
index ea1cdffe50b13189a9cd6fa66239cd9de7662ab1..b1d0f999b8886deba475f72d6d47f7457d3b751a 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_traj 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_traj 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_traj - plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_traj\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 2f06486a3771d9e3d27a8e9447a874077bbcf903..66010326cc131c974d925904206be0ba9efe9198 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_tune_pme 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_tune_pme 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_tune_pme - time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_tune_pme\fP
 .BI "\-p" " perf.out "
index 251d8e1dc42796a9c294e7eb67b2091b2f27eb1c..66df424bc66d4a53a1560e1c2e1ec34aa17f44cf 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_vanhove 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_vanhove 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_vanhove - calculates Van Hove displacement functions
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_vanhove\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 7cbe27b3d43cfccb0590e33fd0c2d9656afaf513..86c4ab831ff238f8bc743fb04424bbf94d7f257c 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_velacc 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_velacc 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_velacc - calculates velocity autocorrelation functions
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_velacc\fP
 .BI "\-f" " traj.trr "
index be55a0adb91dd47edc27d3331433e57509bb48b7..98c591e36c6886624a2652a013f7b04c115e275a 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_wham 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_wham 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_wham - weighted histogram analysis after umbrella sampling
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_wham\fP
 .BI "\-ix" " pullx\-files.dat "
index 77dee9424cabb1e1d6d9afeb5b62763011fbe5b6..7d90b5cbd46a80dd16eb168dd2bbf43814abbe61 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_wheel 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_wheel 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_wheel - plots helical wheels
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_wheel\fP
 .BI "\-f" " nnnice.dat "
index 9ddea5c6253188411a4a8c23e21d63dd85048206..321bb878a6213c95f7c825175b5272bd23e7355f 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_x2top 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_x2top 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_x2top - generates a primitive topology from coordinates 
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_x2top\fP
 .BI "\-f" " conf.gro "
index b6dac9c2099b5be3db2eaa013f054b708a2016c4..c0c0efcba0e5f6a184611ee54b62033e58f28330 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH g_xrama 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH g_xrama 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 g_xrama - shows animated Ramachandran plots
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3g_xrama\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 34e9afccb785c4438ca4a9c5ba63c5810d2e3a58..d3744047a211eabde63878ad6e9e94d70bc43dca 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH genbox 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH genbox 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 genbox - solvates a system
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3genbox\fP
 .BI "\-cp" " protein.gro "
index f64b490e73125a45d1f6ab8fc4ed77870a03e27f..9757dbca77771a33d5cd720dee734cf52ca10927 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH genconf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH genconf 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 genconf - multiplies a conformation in 'random' orientations
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3genconf\fP
 .BI "\-f" " conf.gro "
index ca3ae5ccde0a485fea992979beebff23857bc0e7..bc535a233659c18729dd4ee430c511431babcea9 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH genion 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH genion 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 genion - generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3genion\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 3f6147031ba787bdb48644f2fde28f1e0153b260..68cc920169d42d10c3e541135b8cd8940b11fe28 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH genrestr 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH genrestr 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 genrestr - generates position restraints or distance restraints for index groups
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3genrestr\fP
 .BI "\-f" " conf.gro "
index 41c1efffa23491583781e657e15a7dbaaae6e920..157080fa33cd519378e4a384d8b02c27afcbb850 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH gmxcheck 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH gmxcheck 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 gmxcheck - checks and compares files
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3gmxcheck\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 4194e8af92b912f3032dfc57f3f1a0783e3c4a96..a1d44428f97adc4c2d75a70bf06ad26f92d503ee 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH gmxdump 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH gmxdump 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 gmxdump - makes binary files human readable
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3gmxdump\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 7762cc4fc0f6f0e06246101214b7cb6999bbefa3..016ce3e53da7f2fbdab822f64c685ba739e9b3e4 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH grompp 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH grompp 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 grompp - makes a run input file
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3grompp\fP
 .BI "\-f" " grompp.mdp "
index 2fd849848b3c21a54752e2f280c8c0225d884401..3000608e53ecc8ffcaf6f3dcb86a01de6eb5839e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH make_edi 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH make_edi 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 make_edi - generate input files for essential dynamics sampling
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3make_edi\fP
 .BI "\-f" " eigenvec.trr "
index b6727f6a2865f32998b79ffae2dd9100998a1b8a..eb856a3ea689310856ebf629612f0773bfdd356e 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH make_ndx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH make_ndx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 make_ndx - makes index files
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3make_ndx\fP
 .BI "\-f" " conf.gro "
index 559e9170419f62a7d0aac6bf711f2ef982f7052a..191bffd54ce21a08352a251887bda078a2a2e4bf 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH mdrun 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH mdrun 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 mdrun - performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3mdrun\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 09bf2b65229971e632b45af029fd1d0c5d79fb59..aad17d3587393fb48075ca0fba84f107944d02ee 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH mk_angndx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH mk_angndx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 mk_angndx - generates index files for g_angle
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3mk_angndx\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index cb070281645351b3d9f9dbc4448858f6c33b133c..dfa2e9d87e77587fe4f5e8263e3275a883429fba 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH ngmx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH ngmx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 ngmx - displays a trajectory
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3ngmx\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 9b6ee8c973d9b3a7b9def799933f924b248ea8a6..6e0e76ddfc402f95a03a7ba845d7a2e7bc48d315 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH pdb2gmx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH pdb2gmx 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 pdb2gmx - converts pdb files to topology and coordinate files
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3pdb2gmx\fP
 .BI "\-f" " eiwit.pdb "
index b145a1177d4bf53ba98f9bcca284937e430de348..2f0db8ad576cf32dd923c2e61cca7a1676775e7a 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH tpbconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH tpbconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 tpbconv - makes a run input file for restarting a crashed run
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3tpbconv\fP
 .BI "\-s" " topol.tpr "
index 503d67f20c9258daadea24b58c398b707edcc600..56ab69a9996b5ed88dc4b2ddfaeaa6b321603bdc 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH trjcat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH trjcat 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 trjcat - concatenates trajectory files
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3trjcat\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 35e9e3600f675844a1e804549032b3405936004f..fbb082ea55de1c8b888da11e1afdf433ae6976b3 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH trjconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH trjconv 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 trjconv - converts and manipulates trajectory files
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3trjconv\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index d53e4866a84cebfe39ea8dcd61ce685a9d99a057..c8827065b27e25c0d59dbb80cb462924fdd356ea 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH trjorder 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH trjorder 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 trjorder - orders molecules according to their distance to a group
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3trjorder\fP
 .BI "\-f" " traj.xtc "
index 26eb38fd9f476f59ab2483271f1da2a6a62da26a..4b4684403f186f49e899b1e1a5a3a7ef06a9f73c 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-.TH xpm2ps 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty"
+.TH xpm2ps 1 "Thu 26 Aug 2010" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5"
 .SH NAME
 xpm2ps - converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
 
-.B VERSION 4.5-2010-08-26 16:44:17 +1000-42fb684-dirty
+.B VERSION 4.5
 .SH SYNOPSIS
 \f3xpm2ps\fP
 .BI "\-f" " root.xpm "