Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4...
authorDavid van der Spoel <spoel@anfinsen.bmc.uu.se>
Wed, 26 Jan 2011 19:56:23 +0000 (20:56 +0100)
committerDavid van der Spoel <spoel@anfinsen.bmc.uu.se>
Wed, 26 Jan 2011 19:56:23 +0000 (20:56 +0100)
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src/tools/gmx_dipoles.c
src/tools/gmx_energy.c

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index 1c72609710832b452c1ac2c0d777300a7d040745,b84ab3034bed58ad3a66419d712ca0d15f3b56aa..7d40a85d564bc9bb6cb3362c76a6aad059f6caed
@@@ -1486,13 -1518,31 +1486,13 @@@ int gmx_energy(int argc,char *argv[]
      "[TT]-nbmin[tt] and [TT]-nbmax[tt].",
      "Note that in most cases the energy files contains averages over all",
      "MD steps, or over many more points than the number of frames in",
-     "energy file. This makes the g_energy statistics output more accurate",
-     "than the xvg output. When exact averages are not present in the energy",
-     "file the statistics mentioned above is simply over the single, per-frame",
+     "energy file. This makes the [TT]g_energy[tt] statistics output more accurate",
+     "than the [TT].xvg[tt] output. When exact averages are not present in the energy",
+     "file the statistics mentioned above are simply over the single, per-frame",
      "energy values.[PAR]",
  
-     "The term fluctuation gives the RMSD around the LSQ fit.[PAR]",
+     "The term fluctuation gives the RMSD around the least-squares fit.[PAR]",
      
 -    "Some fluctuation-dependent properties can be calculated provided",
 -    "the correct energy terms are selected. The following properties",
 -    "will be computed:[BR]",
 -    "Property                        Energy terms needed[BR]",
 -    "---------------------------------------------------[BR]",
 -    "Heat capacity Cp (NPT sims):    Enthalpy, Temp     [BR]",
 -    "Heat capacity Cv (NVT sims):    Etot, Temp         [BR]",
 -    "Thermal expansion coeff. (NPT): Enthalpy, Vol, Temp[BR]",
 -    "Isothermal compressibility:     Vol, Temp          [BR]",
 -    "Adiabatic bulk modulus:         Vol, Temp          [BR]",
 -    "---------------------------------------------------[BR]",
 -    "You always need to set the number of molecules [TT]-nmol[tt], and,",
 -    "if you used constraints in your simulations you will need to give",
 -    "the number of constraints per molecule [TT]-nconstr[tt] in order to",
 -    "correct for this: (nconstr/2) kB is subtracted from the heat",
 -    "capacity in this case. For instance in the case of rigid water",
 -    "you need to give the value 3 to this option.[PAR]",
 -    
      "When the [TT]-viol[tt] option is set, the time averaged",
      "violations are plotted and the running time-averaged and",
      "instantaneous sum of violations are recalculated. Additionally",