else:
context.build_target(target='tests', keep_going=True)
- context.run_ctest(args=['--output-on-failure'], memcheck=context.opts.asan)
+ context.run_ctest(args=['--output-on-failure', '--label-exclude', 'SlowTest'], memcheck=context.opts.asan)
context.build_target(target='install')
# TODO: Consider what could be tested about the installed binaries.
Improvements to |Gromacs| tools
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
+pdb2gmx writes total charge differently
+---------------------------------------
+
+pdb2gmx notes the total charge for each residue in the ``[atoms]``
+field of the topology file it produces. The fact that this should
+generally be an integer can be used for troubleshooting issues in
+system or force field preparation. This printing is now done only once
+per residue, rather than for every atom.
+
{
return 1;
}
- /* Finally, sort by I and J (two outer) atoms */
+ /* Then sort by I and J (two outer) atoms */
else if ((dc = (p1->ai()-p2->ai())) != 0)
{
return dc;
}
+ else if ((dc = (p1->al()-p2->al())) != 0)
+ {
+ return dc;
+ }
else
{
- return (p1->al()-p2->al());
+ // AMBER force fields with type 9 dihedrals can reach here, where we sort on
+ // the contents of the string that names the macro for the parameters.
+ return strcmp(p1->s, p2->s);
}
}
#
# This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
#
-# Copyright (c) 2014,2015,2017, by the GROMACS development team, led by
+# Copyright (c) 2014,2015,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
# Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
# and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
# top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
# the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
gmx_add_unit_test(GmxPreprocessTests gmxpreprocess-test
- genconf.cpp
- insert-molecules.cpp
- readir.cpp
- solvate.cpp
- )
+ genconf.cpp
+ insert-molecules.cpp
+ readir.cpp
+ solvate.cpp
+ )
+
+# Currently these are too slow to run in Jenkins, so they are in their
+# own test binary with a different ctest label so that they do not run
+# by default.
+set(exename pdb2gmx-test)
+gmx_add_gtest_executable(${exename}
+ pdb2gmx.cpp
+ )
+gmx_register_gtest_test(Pdb2gmxTest ${exename} SLOW_TEST)
--- /dev/null
+TITLE Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+REMARK THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1 80.562 56.371 74.450 90.00 90.00 90.00 P 1 1
+MODEL 1
+ATOM 1 N ALA 2 43.810 17.900 -0.540 1.00 0.00
+ATOM 2 H1 ALA 2 44.800 17.785 -0.622 1.00 0.00
+ATOM 3 H2 ALA 2 43.377 17.004 -0.438 1.00 0.00
+ATOM 4 H3 ALA 2 43.458 18.349 -1.362 1.00 0.00
+ATOM 5 CA ALA 2 43.500 18.750 0.670 1.00 0.00
+ATOM 6 HA ALA 2 43.728 18.142 1.430 1.00 0.00
+ATOM 7 CB ALA 2 44.390 20.060 0.730 1.00 0.00
+ATOM 8 HB1 ALA 2 44.150 20.589 1.544 1.00 0.00
+ATOM 9 HB2 ALA 2 45.356 19.805 0.770 1.00 0.00
+ATOM 10 HB3 ALA 2 44.225 20.613 -0.087 1.00 0.00
+ATOM 11 C ALA 2 42.030 19.010 0.920 1.00 0.00
+ATOM 12 O ALA 2 41.550 18.760 2.010 1.00 0.00
+ATOM 13 N CYS 3 41.410 19.640 -0.130 1.00 0.00
+ATOM 14 H CYS 3 41.928 19.877 -0.952 1.00 0.00
+ATOM 15 CA CYS 3 40.000 19.960 -0.040 1.00 0.00
+ATOM 16 HA CYS 3 39.726 19.549 0.830 1.00 0.00
+ATOM 17 CB CYS 3 39.690 21.510 -0.040 1.00 0.00
+ATOM 18 HB1 CYS 3 40.088 21.896 -0.872 1.00 0.00
+ATOM 19 HB2 CYS 3 38.696 21.618 -0.065 1.00 0.00
+ATOM 20 SG CYS 3 40.430 22.190 1.470 1.00 0.00
+ATOM 21 HG CYS 3 40.257 23.174 1.512 1.00 0.00
+ATOM 22 C CYS 3 39.300 19.330 -1.220 1.00 0.00
+ATOM 23 O CYS 3 38.170 19.680 -1.550 1.00 0.00
+ATOM 24 N ASP 4 40.000 18.460 -1.980 1.00 0.00
+ATOM 25 H ASP 4 40.969 18.366 -1.751 1.00 0.00
+ATOM 26 CA ASP 4 39.530 17.640 -3.090 1.00 0.00
+ATOM 27 HA ASP 4 39.109 18.223 -3.785 1.00 0.00
+ATOM 28 CB ASP 4 40.780 16.940 -3.740 1.00 0.00
+ATOM 29 HB1 ASP 4 40.501 16.361 -4.506 1.00 0.00
+ATOM 30 HB2 ASP 4 41.439 17.621 -4.059 1.00 0.00
+ATOM 31 CG ASP 4 41.430 16.080 -2.680 1.00 0.00
+ATOM 32 OD1 ASP 4 41.220 14.850 -2.810 1.00 0.00
+ATOM 33 OD2 ASP 4 41.940 16.580 -1.630 1.00 0.00
+ATOM 34 C ASP 4 38.410 16.690 -2.560 1.00 0.00
+ATOM 35 O ASP 4 37.470 17.010 -1.820 1.00 0.00
+ATOM 36 N GLU 5 38.410 15.420 -3.060 1.00 0.00
+ATOM 37 H GLU 5 39.179 15.144 -3.636 1.00 0.00
+ATOM 38 CA GLU 5 37.370 14.450 -2.810 1.00 0.00
+ATOM 39 HA GLU 5 36.598 14.980 -2.459 1.00 0.00
+ATOM 40 CB GLU 5 37.060 13.710 -4.170 1.00 0.00
+ATOM 41 HB1 GLU 5 37.852 13.137 -4.381 1.00 0.00
+ATOM 42 HB2 GLU 5 36.261 13.129 -4.014 1.00 0.00
+ATOM 43 CG GLU 5 36.760 14.640 -5.450 1.00 0.00
+ATOM 44 HG1 GLU 5 37.616 15.011 -5.811 1.00 0.00
+ATOM 45 HG2 GLU 5 36.303 14.106 -6.161 1.00 0.00
+ATOM 46 CD GLU 5 35.850 15.820 -5.090 1.00 0.00
+ATOM 47 OE1 GLU 5 36.340 16.960 -5.300 1.00 0.00
+ATOM 48 OE2 GLU 5 34.760 15.650 -4.510 1.00 0.00
+ATOM 49 C GLU 5 37.850 13.390 -1.750 1.00 0.00
+ATOM 50 O GLU 5 37.080 12.730 -1.050 1.00 0.00
+ATOM 51 N PHE 6 39.210 13.200 -1.720 1.00 0.00
+ATOM 52 H PHE 6 39.785 13.738 -2.337 1.00 0.00
+ATOM 53 CA PHE 6 39.850 12.240 -0.820 1.00 0.00
+ATOM 54 HA PHE 6 39.288 11.428 -0.661 1.00 0.00
+ATOM 55 CB PHE 6 41.200 11.880 -1.450 1.00 0.00
+ATOM 56 HB1 PHE 6 41.723 12.709 -1.647 1.00 0.00
+ATOM 57 HB2 PHE 6 41.725 11.293 -0.834 1.00 0.00
+ATOM 58 CG PHE 6 40.950 11.150 -2.720 1.00 0.00
+ATOM 59 CD1 PHE 6 41.220 11.690 -3.990 1.00 0.00
+ATOM 60 HD1 PHE 6 41.713 12.557 -4.059 1.00 0.00
+ATOM 61 CD2 PHE 6 40.300 9.860 -2.610 1.00 0.00
+ATOM 62 HD2 PHE 6 40.207 9.401 -1.726 1.00 0.00
+ATOM 63 CE1 PHE 6 40.820 11.050 -5.140 1.00 0.00
+ATOM 64 HE1 PHE 6 41.034 11.450 -6.031 1.00 0.00
+ATOM 65 CE2 PHE 6 39.800 9.270 -3.800 1.00 0.00
+ATOM 66 HE2 PHE 6 39.226 8.452 -3.752 1.00 0.00
+ATOM 67 CZ PHE 6 40.120 9.850 -5.070 1.00 0.00
+ATOM 68 HZ PHE 6 39.838 9.389 -5.912 1.00 0.00
+ATOM 69 C PHE 6 40.060 12.970 0.450 1.00 0.00
+ATOM 70 O PHE 6 39.660 12.600 1.560 1.00 0.00
+ATOM 71 N GLY 7 40.630 14.150 0.280 1.00 0.00
+ATOM 72 H GLY 7 41.144 14.331 -0.559 1.00 0.00
+ATOM 73 CA GLY 7 40.520 15.220 1.320 1.00 0.00
+ATOM 74 HA1 GLY 7 40.614 14.796 2.221 1.00 0.00
+ATOM 75 HA2 GLY 7 41.263 15.874 1.180 1.00 0.00
+ATOM 76 C GLY 7 39.210 15.960 1.270 1.00 0.00
+ATOM 77 O GLY 7 39.210 17.160 1.530 1.00 0.00
+ATOM 78 N HIS 8 38.020 15.360 1.090 1.00 0.00
+ATOM 79 H HIS 8 38.071 14.373 0.937 1.00 0.00
+ATOM 80 CA HIS 8 36.680 15.900 1.080 1.00 0.00
+ATOM 81 HA HIS 8 36.656 16.366 0.196 1.00 0.00
+ATOM 82 CB HIS 8 35.630 14.800 1.040 1.00 0.00
+ATOM 83 HB1 HIS 8 36.086 13.917 0.928 1.00 0.00
+ATOM 84 HB2 HIS 8 35.119 14.805 1.900 1.00 0.00
+ATOM 85 CG HIS 8 34.660 14.980 -0.090 1.00 0.00
+ATOM 86 ND1 HIS 8 33.970 16.190 -0.150 1.00 0.00
+ATOM 87 CD2 HIS 8 34.430 14.260 -1.250 1.00 0.00
+ATOM 88 HD2 HIS 8 34.844 13.387 -1.507 1.00 0.00
+ATOM 89 CE1 HIS 8 33.300 16.120 -1.270 1.00 0.00
+ATOM 90 HE1 HIS 8 32.677 16.835 -1.587 1.00 0.00
+ATOM 91 NE2 HIS 8 33.540 14.970 -1.960 1.00 0.00
+ATOM 92 HE2 HIS 8 33.130 14.705 -2.832 1.00 0.00
+ATOM 93 C HIS 8 36.420 16.960 2.210 1.00 0.00
+ATOM 94 O HIS 8 36.520 16.770 3.470 1.00 0.00
+ATOM 95 N ILE 9 35.970 18.180 1.750 1.00 0.00
+ATOM 96 H ILE 9 36.038 18.357 0.768 1.00 0.00
+ATOM 97 CA ILE 9 35.420 19.200 2.560 1.00 0.00
+ATOM 98 HA ILE 9 35.483 18.676 3.409 1.00 0.00
+ATOM 99 CB ILE 9 36.190 20.570 2.570 1.00 0.00
+ATOM 100 HB ILE 9 35.791 21.231 3.205 1.00 0.00
+ATOM 101 CG1 ILE 9 36.100 21.260 1.150 1.00 0.00
+ATOM 102 1HG1 ILE 9 36.833 20.910 0.566 1.00 0.00
+ATOM 103 2HG1 ILE 9 35.215 21.048 0.736 1.00 0.00
+ATOM 104 CG2 ILE 9 37.660 20.240 3.030 1.00 0.00
+ATOM 105 1HG2 ILE 9 38.199 21.082 3.054 1.00 0.00
+ATOM 106 2HG2 ILE 9 37.640 19.831 3.942 1.00 0.00
+ATOM 107 3HG2 ILE 9 38.075 19.598 2.385 1.00 0.00
+ATOM 108 CD ILE 9 36.230 22.760 1.170 1.00 0.00
+ATOM 109 HD1 ILE 9 36.162 23.113 0.237 1.00 0.00
+ATOM 110 HD2 ILE 9 35.498 23.151 1.728 1.00 0.00
+ATOM 111 HD3 ILE 9 37.116 23.013 1.558 1.00 0.00
+ATOM 112 C ILE 9 34.030 19.430 2.420 1.00 0.00
+ATOM 113 O ILE 9 33.420 20.120 3.260 1.00 0.00
+ATOM 114 N LYS 10 33.430 18.940 1.320 1.00 0.00
+ATOM 115 H LYS 10 33.957 18.374 0.686 1.00 0.00
+ATOM 116 CA LYS 10 32.060 19.210 1.040 1.00 0.00
+ATOM 117 HA LYS 10 31.933 20.027 1.602 1.00 0.00
+ATOM 118 CB LYS 10 31.820 19.510 -0.460 1.00 0.00
+ATOM 119 HB1 LYS 10 31.844 18.638 -0.948 1.00 0.00
+ATOM 120 HB2 LYS 10 30.909 19.913 -0.543 1.00 0.00
+ATOM 121 CG LYS 10 32.790 20.450 -1.180 1.00 0.00
+ATOM 122 HG1 LYS 10 32.303 20.812 -1.975 1.00 0.00
+ATOM 123 HG2 LYS 10 32.993 21.196 -0.545 1.00 0.00
+ATOM 124 CD LYS 10 34.150 19.870 -1.680 1.00 0.00
+ATOM 125 HD1 LYS 10 34.741 20.649 -1.892 1.00 0.00
+ATOM 126 HD2 LYS 10 34.544 19.350 -0.922 1.00 0.00
+ATOM 127 CE LYS 10 34.140 18.930 -2.940 1.00 0.00
+ATOM 128 HE1 LYS 10 33.446 18.219 -2.821 1.00 0.00
+ATOM 129 HE2 LYS 10 33.929 19.468 -3.756 1.00 0.00
+ATOM 130 NZ LYS 10 35.440 18.240 -3.190 1.00 0.00
+ATOM 131 HZ1 LYS 10 35.360 17.662 -4.002 1.00 0.00
+ATOM 132 HZ2 LYS 10 36.157 18.922 -3.335 1.00 0.00
+ATOM 133 HZ3 LYS 10 35.674 17.673 -2.400 1.00 0.00
+ATOM 134 C LYS 10 31.100 18.090 1.510 1.00 0.00
+ATOM 135 O LYS 10 29.890 18.210 1.720 1.00 0.00
+ATOM 136 N LEU 11 31.720 16.910 1.760 1.00 0.00
+ATOM 137 H LEU 11 32.500 16.652 1.190 1.00 0.00
+ATOM 138 CA LEU 11 31.300 15.990 2.830 1.00 0.00
+ATOM 139 HA LEU 11 30.480 16.288 3.318 1.00 0.00
+ATOM 140 CB LEU 11 30.930 14.620 2.250 1.00 0.00
+ATOM 141 HB1 LEU 11 31.765 14.268 1.828 1.00 0.00
+ATOM 142 HB2 LEU 11 30.687 14.049 3.034 1.00 0.00
+ATOM 143 CG LEU 11 29.790 14.450 1.200 1.00 0.00
+ATOM 144 HG LEU 11 29.964 15.033 0.407 1.00 0.00
+ATOM 145 CD1 LEU 11 29.680 12.940 0.840 1.00 0.00
+ATOM 146 1HD1 LEU 11 28.953 12.810 0.166 1.00 0.00
+ATOM 147 2HD1 LEU 11 30.549 12.624 0.458 1.00 0.00
+ATOM 148 3HD1 LEU 11 29.468 12.415 1.665 1.00 0.00
+ATOM 149 CD2 LEU 11 28.470 14.820 1.830 1.00 0.00
+ATOM 150 1HD2 LEU 11 27.738 14.711 1.158 1.00 0.00
+ATOM 151 2HD2 LEU 11 28.295 14.223 2.613 1.00 0.00
+ATOM 152 3HD2 LEU 11 28.502 15.771 2.137 1.00 0.00
+ATOM 153 C LEU 11 32.460 16.000 3.760 1.00 0.00
+ATOM 154 O LEU 11 33.540 15.530 3.410 1.00 0.00
+ATOM 155 N MET 12 32.300 16.580 4.990 1.00 0.00
+ATOM 156 H MET 12 31.394 16.771 5.369 1.00 0.00
+ATOM 157 CA MET 12 33.540 16.910 5.730 1.00 0.00
+ATOM 158 HA MET 12 34.137 17.289 5.023 1.00 0.00
+ATOM 159 CB MET 12 33.300 18.000 6.820 1.00 0.00
+ATOM 160 HB1 MET 12 32.971 18.819 6.350 1.00 0.00
+ATOM 161 HB2 MET 12 32.585 17.655 7.429 1.00 0.00
+ATOM 162 CG MET 12 34.490 18.440 7.720 1.00 0.00
+ATOM 163 HG1 MET 12 34.124 19.208 8.245 1.00 0.00
+ATOM 164 HG2 MET 12 34.634 17.659 8.328 1.00 0.00
+ATOM 165 SD MET 12 36.040 18.900 6.780 1.00 0.00
+ATOM 166 CE MET 12 35.550 20.580 6.160 1.00 0.00
+ATOM 167 HE1 MET 12 36.299 20.968 5.623 1.00 0.00
+ATOM 168 HE2 MET 12 34.735 20.499 5.586 1.00 0.00
+ATOM 169 HE3 MET 12 35.353 21.178 6.937 1.00 0.00
+ATOM 170 C MET 12 34.310 15.700 6.220 1.00 0.00
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+TER
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+TITLE Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+REMARK THIS IS A SIMULATION BOX
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+TER
+ENDMDL
--- /dev/null
+TITLE Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+REMARK THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1 80.562 56.371 74.450 90.00 90.00 90.00 P 1 1
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+TER
+ENDMDL
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+TITLE Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+REMARK THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1 80.562 56.371 74.450 90.00 90.00 90.00 P 1 1
+MODEL 1
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+ATOM 114 CE2 PHE 57 50.100 18.540 7.120 1.00 0.00
+ATOM 115 HE2 PHE 57 50.861 18.210 7.679 1.00 0.00
+ATOM 116 CZ PHE 57 49.170 17.680 6.550 1.00 0.00
+ATOM 117 HZ PHE 57 49.207 16.704 6.765 1.00 0.00
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+ATOM 119 O PHE 57 48.240 24.360 4.270 1.00 0.00
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+ATOM 121 H THR 58 51.077 23.582 3.310 1.00 0.00
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+ATOM 124 CB THR 58 51.930 25.870 2.590 1.00 0.00
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+ATOM 132 C THR 58 49.730 25.710 1.610 1.00 0.00
+ATOM 133 O THR 58 50.090 25.020 0.640 1.00 0.00
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+ATOM 135 H ILE 59 48.401 27.085 2.334 1.00 0.00
+ATOM 136 CA ILE 59 48.060 26.900 0.250 1.00 0.00
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+ATOM 138 CB ILE 59 46.730 27.790 0.410 1.00 0.00
+ATOM 139 HB ILE 59 46.375 28.063 -0.484 1.00 0.00
+ATOM 140 CG1 ILE 59 46.990 29.180 1.200 1.00 0.00
+ATOM 141 1HG1 ILE 59 47.168 29.006 2.169 1.00 0.00
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+ATOM 143 CG2 ILE 59 45.660 26.890 1.090 1.00 0.00
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+ATOM 157 CB HIS 60 50.850 26.360 -2.870 1.00 0.00
+ATOM 158 HB1 HIS 60 51.051 26.346 -1.890 1.00 0.00
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+ATOM 163 HD2 HIS 60 53.419 27.288 -1.994 1.00 0.00
+ATOM 164 CE1 HIS 60 53.490 26.510 -5.060 1.00 0.00
+ATOM 165 HE1 HIS 60 53.886 26.375 -5.968 1.00 0.00
+ATOM 166 NE2 HIS 60 54.240 26.840 -3.950 1.00 0.00
+ATOM 167 HE2 HIS 60 55.232 26.941 -3.879 1.00 0.00
+ATOM 168 C HIS 60 48.890 26.820 -4.350 1.00 0.00
+ATOM 169 O HIS 60 47.740 27.310 -4.530 1.00 0.00
+ATOM 170 N VAL 61 49.430 25.950 -5.240 1.00 0.00
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+ATOM 173 HA VAL 61 48.023 25.578 -6.472 1.00 0.00
+ATOM 174 CB VAL 61 49.640 24.320 -7.100 1.00 0.00
+ATOM 175 HB VAL 61 50.273 23.776 -6.549 1.00 0.00
+ATOM 176 CG1 VAL 61 48.930 23.320 -8.080 1.00 0.00
+ATOM 177 1HG1 VAL 61 49.603 22.942 -8.716 1.00 0.00
+ATOM 178 2HG1 VAL 61 48.513 22.578 -7.555 1.00 0.00
+ATOM 179 3HG1 VAL 61 48.221 23.803 -8.594 1.00 0.00
+ATOM 180 CG2 VAL 61 50.430 25.390 -7.900 1.00 0.00
+ATOM 181 1HG2 VAL 61 51.024 24.938 -8.565 1.00 0.00
+ATOM 182 2HG2 VAL 61 49.788 25.989 -8.379 1.00 0.00
+ATOM 183 3HG2 VAL 61 50.987 25.933 -7.271 1.00 0.00
+ATOM 184 C VAL 61 47.910 23.930 -5.330 1.00 0.00
+ATOM 185 O VAL 61 46.710 23.730 -5.500 1.00 0.00
+ATOM 186 N CYS 62 48.580 23.410 -4.270 1.00 0.00
+ATOM 187 H CYS 62 49.557 23.607 -4.191 1.00 0.00
+ATOM 188 CA CYS 62 47.970 22.590 -3.250 1.00 0.00
+ATOM 189 HA CYS 62 47.345 22.093 -3.852 1.00 0.00
+ATOM 190 CB CYS 62 48.910 21.600 -2.500 1.00 0.00
+ATOM 191 HB1 CYS 62 49.628 22.177 -2.110 1.00 0.00
+ATOM 192 HB2 CYS 62 48.348 21.224 -1.764 1.00 0.00
+ATOM 193 SG CYS 62 49.610 20.300 -3.490 1.00 0.00
+ATOM 194 HG CYS 62 50.194 19.723 -2.919 1.00 0.00
+ATOM 195 C CYS 62 47.250 23.420 -2.180 1.00 0.00
+ATOM 196 O CYS 62 47.280 24.640 -2.190 1.00 0.00
+ATOM 197 N GLY 63 46.400 22.810 -1.270 1.00 0.00
+ATOM 198 H GLY 63 46.446 21.819 -1.141 1.00 0.00
+ATOM 199 CA GLY 63 45.430 23.600 -0.490 1.00 0.00
+ATOM 200 HA1 GLY 63 45.354 23.223 0.433 1.00 0.00
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+ATOM 202 C GLY 63 44.130 23.560 -1.120 1.00 0.00
+ATOM 203 O GLY 63 43.120 23.980 -0.550 1.00 0.00
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+ATOM 208 CB ALA 64 42.150 23.440 -3.870 1.00 0.00
+ATOM 209 HB1 ALA 64 41.305 23.037 -4.221 1.00 0.00
+ATOM 210 HB2 ALA 64 41.940 24.295 -3.395 1.00 0.00
+ATOM 211 HB3 ALA 64 42.772 23.625 -4.631 1.00 0.00
+ATOM 212 C ALA 64 43.180 21.010 -3.380 1.00 0.00
+ATOM 213 O ALA 64 42.630 20.030 -2.810 1.00 0.00
+ATOM 214 N PRO 65 44.050 20.730 -4.290 1.00 0.00
+ATOM 215 CA PRO 65 44.830 19.510 -4.260 1.00 0.00
+ATOM 216 HA PRO 65 44.171 18.765 -4.367 1.00 0.00
+ATOM 217 CB PRO 65 45.920 19.640 -5.430 1.00 0.00
+ATOM 218 HB1 PRO 65 46.796 19.971 -5.080 1.00 0.00
+ATOM 219 HB2 PRO 65 46.057 18.769 -5.902 1.00 0.00
+ATOM 220 CG PRO 65 45.340 20.660 -6.400 1.00 0.00
+ATOM 221 HG1 PRO 65 46.068 21.197 -6.828 1.00 0.00
+ATOM 222 HG2 PRO 65 44.799 20.208 -7.109 1.00 0.00
+ATOM 223 CD PRO 65 44.450 21.540 -5.480 1.00 0.00
+ATOM 224 HD1 PRO 65 44.956 22.345 -5.169 1.00 0.00
+ATOM 225 HD2 PRO 65 43.626 21.832 -5.966 1.00 0.00
+ATOM 226 C PRO 65 45.440 19.200 -2.910 1.00 0.00
+ATOM 227 O1 PRO 65 45.560 18.020 -2.580 1.00 0.00
+ATOM 228 O2 PRO 65 45.700 20.190 -2.030 1.00 0.00
+TER
+ENDMDL
--- /dev/null
+/*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
+ *
+ * Copyright (c) 2018, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
+ */
+/*! \internal \file
+ * \brief
+ * Tests for pdb2gmx
+ *
+ * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
+ */
+
+#include "gmxpre.h"
+
+#include "gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.h"
+
+#include "gromacs/utility/futil.h"
+#include "gromacs/utility/textreader.h"
+
+#include "testutils/cmdlinetest.h"
+#include "testutils/conftest.h"
+#include "testutils/filematchers.h"
+#include "testutils/refdata.h"
+#include "testutils/testfilemanager.h"
+#include "testutils/textblockmatchers.h"
+
+namespace gmx
+{
+namespace test
+{
+namespace
+{
+
+using gmx::test::CommandLine;
+using gmx::test::ConfMatch;
+
+//! Test parameter struct.
+using CommandLineOptionParams = std::tuple<std::string, std::string, std::string, std::string>;
+
+class Pdb2gmxTest : public gmx::test::CommandLineTestBase,
+ public ::testing::WithParamInterface<CommandLineOptionParams>
+{
+ public:
+ Pdb2gmxTest()
+ {
+ // TODO It would be preferable to just scrub the content
+ // that actually varies, but we don't have enough regular
+ // expression support for that yet.
+
+ // Note that the "\n" are needed so these regular
+ // expressions match Windows line endings.
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]] *File '.*' was generated.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*By user:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*On host:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*At date:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*:-\\).*\\(-:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*Executable:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*Data prefix:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*Working dir:.*\n");
+ textMatcher_.addRegexToSkip("^;[[:blank:]]*pdb2gmx-test.*\n");
+ setOutputFile("-o", "conf.gro", ConfMatch());
+ setOutputFile("-p", "topol.top", TextFileMatch(textMatcher_));
+ }
+
+ void runTest(const CommandLine &args)
+ {
+ CommandLine &cmdline = commandLine();
+ cmdline.merge(args);
+
+ ASSERT_EQ(0, gmx_pdb2gmx(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
+ checkOutputFiles();
+ }
+ FilteringExactTextMatch textMatcher_;
+};
+
+TEST_P(Pdb2gmxTest, ProducesMatchingTopology)
+{
+ const auto ¶ms = GetParam();
+ std::string cmdline[] = {
+ "pdb2gmx", "-ignh", "-ff", std::get<0>(params), "-water", std::get<1>(params), "-vsite", std::get<2>(params)
+ };
+ setInputFile("-f", std::get<3>(params));
+ runTest(CommandLine(cmdline));
+}
+
+INSTANTIATE_TEST_CASE_P(ForOplsaa, Pdb2gmxTest,
+ ::testing::Combine
+ (::testing::Values("oplsaa"),
+ ::testing::Values("tip3p", "tip4p", "tip5p"),
+ ::testing::Values("none", "h"),
+ ::testing::Values("fragment1.pdb", "fragment2.pdb", "fragment3.pdb", "fragment4.pdb"))
+ );
+
+INSTANTIATE_TEST_CASE_P(ForGromos43a1, Pdb2gmxTest,
+ ::testing::Combine
+ (::testing::Values("gromos43a1"),
+ ::testing::Values("spc", "spce"),
+ ::testing::Values("none", "h"),
+ ::testing::Values("fragment1.pdb", "fragment2.pdb", "fragment3.pdb", "fragment4.pdb"))
+ );
+
+INSTANTIATE_TEST_CASE_P(ForGromos53a6, Pdb2gmxTest,
+ ::testing::Combine
+ (::testing::Values("gromos53a6"),
+ ::testing::Values("spc", "spce"),
+ ::testing::Values("none", "h"),
+ ::testing::Values("fragment1.pdb", "fragment2.pdb", "fragment3.pdb", "fragment4.pdb"))
+ );
+
+INSTANTIATE_TEST_CASE_P(ForAmber99sb_ildn, Pdb2gmxTest,
+ ::testing::Combine
+ (::testing::Values("amber99sb-ildn"),
+ ::testing::Values("tip3p"),
+ ::testing::Values("none", "h"),
+ ::testing::Values("fragment1.pdb", "fragment2.pdb", "fragment3.pdb", "fragment4.pdb"))
+ );
+
+INSTANTIATE_TEST_CASE_P(ForCharmm27, Pdb2gmxTest,
+ ::testing::Combine
+ (::testing::Values("charmm27"),
+ ::testing::Values("tip3p"),
+ ::testing::Values("none", "h"),
+ ::testing::Values("fragment1.pdb", "fragment2.pdb", "fragment3.pdb", "fragment4.pdb"))
+
+ );
+
+} // namespace
+} // namespace
+} // namespace
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">252</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp NALA q +1.0
+ 1 N3 2 ALA N 1 0.1414 14.01
+ 2 H 2 ALA H1 2 0.1997 1.008
+ 3 H 2 ALA H2 3 0.1997 1.008
+ 4 H 2 ALA H3 4 0.1997 1.008
+ 5 CT 2 ALA CA 5 0.0962 12.01
+ 6 HP 2 ALA HA 6 0.0889 1.008
+ 7 CT 2 ALA CB 7 -0.0597 12.01
+ 8 HC 2 ALA HB1 8 0.03 1.008
+ 9 HC 2 ALA HB2 9 0.03 1.008
+ 10 HC 2 ALA HB3 10 0.03 1.008
+ 11 C 2 ALA C 11 0.6163 12.01
+ 12 O 2 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
+ 13 N 3 CYS N 13 -0.4157 14.01
+ 14 H 3 CYS H 14 0.2719 1.008
+ 15 CT 3 CYS CA 15 0.0213 12.01
+ 16 H1 3 CYS HA 16 0.1124 1.008
+ 17 CT 3 CYS CB 17 -0.1231 12.01
+ 18 H1 3 CYS HB1 18 0.1112 1.008
+ 19 H1 3 CYS HB2 19 0.1112 1.008
+ 20 SH 3 CYS SG 20 -0.3119 32.06
+ 21 HS 3 CYS HG 21 0.1933 1.008
+ 22 C 3 CYS C 22 0.5973 12.01
+ 23 O 3 CYS O 23 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
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+
+[ dihedrals ]
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+ 136 138 153 155 9
+ 139 138 153 154 9
+ 139 138 153 155 9
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+ 142 140 143 145 9
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+ 144 143 145 147 9
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+ 149 143 145 147 9
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+ 160 159 162 164 9
+ 160 159 162 165 9
+ 161 159 162 163 9
+ 161 159 162 164 9
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+ 175 174 176 179 9
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+ 184 174 176 178 9
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+ 172 174 184 186 9
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+ 175 174 184 186 9
+ 176 174 184 185 9
+ 176 174 184 186 9
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+ 174 176 179 181 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
+ 174 176 179 180 9
+ 177 176 179 180 9
+ 177 176 179 181 9
+ 178 176 179 180 9
+ 178 176 179 181 9
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+ 176 179 181 183 9
+ 180 179 181 182 9
+ 180 179 181 183 9
+ 174 184 186 187 9
+ 174 184 186 196 9
+ 185 184 186 187 9
+ 185 184 186 196 9
+ 184 186 187 188 9
+ 184 186 187 189 9
+ 184 186 187 190 9
+ 196 186 187 188 9
+ 196 186 187 189 9
+ 196 186 187 190 9
+ 184 186 196 193 9
+ 184 186 196 197 9
+ 184 186 196 198 9
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+ 187 186 196 198 9
+ 186 187 190 191 9
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+ 186 187 190 193 9
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+ 188 187 190 193 9
+ 189 187 190 191 9
+ 189 187 190 192 9
+ 189 187 190 193 9
+ 187 190 193 194 9
+ 187 190 193 195 9
+ 187 190 193 196 9
+ 191 190 193 194 9
+ 191 190 193 195 9
+ 191 190 193 196 9
+ 192 190 193 194 9
+ 192 190 193 195 9
+ 192 190 193 196 9
+ 190 193 196 186 9
+ 190 193 196 197 9
+ 190 193 196 198 9
+ 194 193 196 186 9
+ 194 193 196 197 9
+ 194 193 196 198 9
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+ 195 193 196 197 9
+ 195 193 196 198 9
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+ 239 219 221 224 9
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+ 219 239 241 243 9
+ 240 239 241 242 9
+ 240 239 241 243 9
+ 239 241 243 244 9
+ 239 241 243 245 9
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+ 242 241 243 244 9
+ 242 241 243 245 9
+ 242 241 243 250 9
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+ 244 243 245 247 9
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+ 250 243 245 246 9
+ 250 243 245 247 9
+ 250 243 245 248 9
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+ 244 243 250 251 9
+ 244 243 250 252 9
+ 245 243 250 251 9
+ 245 243 250 252 9
+ 243 245 248 249 9
+ 246 245 248 249 9
+ 247 245 248 249 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 4
+ 11 15 13 14 4
+ 15 24 22 23 4
+ 22 26 24 25 4
+ 26 36 34 35 4
+ 28 32 31 33 4
+ 34 38 36 37 4
+ 38 51 49 50 4
+ 43 47 46 48 4
+ 49 53 51 52 4
+ 53 71 69 70 4
+ 55 58 67 59 4
+ 58 61 59 60 4
+ 58 65 67 68 4
+ 59 63 61 62 4
+ 61 65 63 64 4
+ 63 67 65 66 4
+ 69 73 71 72 4
+ 73 78 76 77 4
+ 76 80 78 79 4
+ 80 95 93 94 4
+ 82 85 91 86 4
+ 85 89 91 92 4
+ 86 89 87 88 4
+ 87 91 89 90 4
+ 93 97 95 96 4
+ 97 114 112 113 4
+ 112 116 114 115 4
+ 116 136 134 135 4
+ 134 138 136 137 4
+ 138 155 153 154 4
+ 153 157 155 156 4
+ 157 172 170 171 4
+ 170 174 172 173 4
+ 174 186 184 185 4
+ 176 181 179 180 4
+ 179 182 181 183 4
+ 184 187 186 196 4
+ 196 200 198 199 4
+ 198 202 200 201 4
+ 202 217 215 216 4
+ 207 212 210 211 4
+ 210 213 212 214 4
+ 215 219 217 218 4
+ 219 241 239 240 4
+ 227 232 230 231 4
+ 230 233 232 236 4
+ 232 234 233 235 4
+ 232 237 236 238 4
+ 239 243 241 242 4
+ 243 251 250 252 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">281</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp NTHR q +1.0
+ 1 N3 18 THR N 1 0.1812 14.01
+ 2 H 18 THR H1 2 0.1934 1.008
+ 3 H 18 THR H2 3 0.1934 1.008
+ 4 H 18 THR H3 4 0.1934 1.008
+ 5 CT 18 THR CA 5 0.0034 12.01
+ 6 HP 18 THR HA 6 0.1087 1.008
+ 7 CT 18 THR CB 7 0.4514 12.01
+ 8 H1 18 THR HB 8 -0.0323 1.008
+ 9 CT 18 THR CG2 9 -0.2554 12.01
+ 10 HC 18 THR HG21 10 0.0627 1.008
+ 11 HC 18 THR HG22 11 0.0627 1.008
+ 12 HC 18 THR HG23 12 0.0627 1.008
+ 13 OH 18 THR OG1 13 -0.6764 16
+ 14 HO 18 THR HG1 14 0.407 1.008
+ 15 C 18 THR C 15 0.6163 12.01
+ 16 O 18 THR O 16 -0.5722 16 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 N 19 VAL N 17 -0.4157 14.01
+ 18 H 19 VAL H 18 0.2719 1.008
+ 19 CT 19 VAL CA 19 -0.0875 12.01
+ 20 H1 19 VAL HA 20 0.0969 1.008
+ 21 CT 19 VAL CB 21 0.2985 12.01
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+ 23 CT 19 VAL CG1 23 -0.3192 12.01
+ 24 HC 19 VAL HG11 24 0.0791 1.008
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+ 27 CT 19 VAL CG2 27 -0.3192 12.01
+ 28 HC 19 VAL HG21 28 0.0791 1.008
+ 29 HC 19 VAL HG22 29 0.0791 1.008
+ 30 HC 19 VAL HG23 30 0.0791 1.008
+ 31 C 19 VAL C 31 0.5973 12.01
+ 32 O 19 VAL O 32 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 33 N 20 TRP N 33 -0.4157 14.01
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+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 57 N 21 TYR N 57 -0.4157 14.01
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+ 77 O 21 TYR O 77 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
+ 78 N 22 LYS N 78 -0.3479 14.01
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+ 98 C 22 LYS C 98 0.7341 12.01
+ 99 O 22 LYS O 99 -0.5894 16 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 100 N 23 GLU N 100 -0.5163 14.01
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+ 114 O 23 GLU O 114 -0.5819 16 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 115 N 24 TRP N 115 -0.4157 14.01
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+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
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+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 153 N 26 PRO N 153 -0.2548 14.01
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+ 167 N 27 CYS N 167 -0.4157 14.01
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+ 176 C 27 CYS C 176 0.5973 12.01
+ 177 O 27 CYS O 177 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
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+ 232 O 30 ASN O 232 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 233 N 31 SER N 233 -0.4157 14.01
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+; residue 32 HIS rtp HIE q 0.0
+ 244 N 32 HIS N 244 -0.4157 14.01
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+ 255 NA 32 HIS NE2 255 -0.2795 14.01
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+ 260 O 32 HIS O 260 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp CPHE q -1.0
+ 261 N 33 PHE N 261 -0.3821 14.01
+ 262 H 33 PHE H 262 0.2681 1.008
+ 263 CT 33 PHE CA 263 -0.1825 12.01
+ 264 H1 33 PHE HA 264 0.1098 1.008
+ 265 CT 33 PHE CB 265 -0.0959 12.01
+ 266 HC 33 PHE HB1 266 0.0443 1.008
+ 267 HC 33 PHE HB2 267 0.0443 1.008
+ 268 CA 33 PHE CG 268 0.0552 12.01
+ 269 CA 33 PHE CD1 269 -0.13 12.01
+ 270 HA 33 PHE HD1 270 0.1408 1.008
+ 271 CA 33 PHE CE1 271 -0.1847 12.01
+ 272 HA 33 PHE HE1 272 0.1461 1.008
+ 273 CA 33 PHE CZ 273 -0.0944 12.01
+ 274 HA 33 PHE HZ 274 0.128 1.008
+ 275 CA 33 PHE CE2 275 -0.1847 12.01
+ 276 HA 33 PHE HE2 276 0.1461 1.008
+ 277 CA 33 PHE CD2 277 -0.13 12.01
+ 278 HA 33 PHE HD2 278 0.1408 1.008
+ 279 C 33 PHE C 279 0.766 12.01
+ 280 O2 33 PHE OC1 280 -0.8026 16
+ 281 O2 33 PHE OC2 281 -0.8026 16 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 1
+ 1 3 1
+ 1 4 1
+ 1 5 1
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+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
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+ 205 204 217 219 9
+ 206 204 217 218 9
+ 206 204 217 219 9
+ 204 206 209 210 9
+ 204 206 209 215 9
+ 207 206 209 210 9
+ 207 206 209 215 9
+ 208 206 209 210 9
+ 208 206 209 215 9
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+ 214 213 215 216 9
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+ 218 217 219 221 9
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+ 217 219 221 223 9
+ 217 219 221 231 9
+ 220 219 221 222 9
+ 220 219 221 223 9
+ 220 219 221 231 9
+ 231 221 223 226 9 torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
+ 231 221 223 226 9 torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
+ 231 221 223 226 9 torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
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+ 231 221 223 226 9 torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
+ 219 221 223 224 9
+ 219 221 223 225 9
+ 219 221 223 226 9
+ 222 221 223 224 9
+ 222 221 223 225 9
+ 222 221 223 226 9
+ 231 221 223 224 9
+ 231 221 223 225 9
+ 219 221 231 232 9
+ 219 221 231 233 9
+ 222 221 231 232 9
+ 222 221 231 233 9
+ 223 221 231 232 9
+ 223 221 231 233 9
+ 221 223 226 228 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
+ 221 223 226 228 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
+ 221 223 226 228 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
+ 221 223 226 228 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
+ 221 223 226 228 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
+ 221 223 226 228 9 torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
+ 221 223 226 227 9
+ 224 223 226 227 9
+ 224 223 226 228 9
+ 225 223 226 227 9
+ 225 223 226 228 9
+ 223 226 228 229 9
+ 223 226 228 230 9
+ 227 226 228 229 9
+ 227 226 228 230 9
+ 221 231 233 234 9
+ 221 231 233 235 9
+ 232 231 233 234 9
+ 232 231 233 235 9
+ 231 233 235 236 9
+ 231 233 235 237 9
+ 231 233 235 242 9
+ 234 233 235 236 9
+ 234 233 235 237 9
+ 234 233 235 242 9
+ 233 235 237 238 9
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+ 233 235 237 240 9
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+ 236 235 237 239 9
+ 236 235 237 240 9
+ 242 235 237 238 9
+ 242 235 237 239 9
+ 242 235 237 240 9
+ 233 235 242 243 9
+ 233 235 242 244 9
+ 236 235 242 243 9
+ 236 235 242 244 9
+ 237 235 242 243 9
+ 237 235 242 244 9
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+ 235 242 244 246 9
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+ 244 246 248 251 9
+ 247 246 248 249 9
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+ 244 246 259 261 9
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+ 246 248 251 257 9
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+ 249 248 251 257 9
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+ 250 248 251 257 9
+ 248 251 252 253 9
+ 257 251 252 253 9
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+ 248 251 257 258 9
+ 252 251 257 255 9
+ 252 251 257 258 9
+ 251 252 253 254 9
+ 251 252 253 255 9
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+ 252 253 255 257 9
+ 254 253 255 256 9
+ 254 253 255 257 9
+ 253 255 257 251 9
+ 253 255 257 258 9
+ 256 255 257 251 9
+ 256 255 257 258 9
+ 246 259 261 262 9
+ 246 259 261 263 9
+ 260 259 261 262 9
+ 260 259 261 263 9
+ 259 261 263 264 9
+ 259 261 263 265 9
+ 259 261 263 279 9
+ 262 261 263 264 9
+ 262 261 263 265 9
+ 262 261 263 279 9
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+ 261 263 265 267 9
+ 261 263 265 268 9
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+ 264 263 265 267 9
+ 264 263 265 268 9
+ 279 263 265 266 9
+ 279 263 265 267 9
+ 279 263 265 268 9
+ 261 263 279 280 9
+ 261 263 279 281 9
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+ 264 263 279 281 9
+ 265 263 279 280 9
+ 265 263 279 281 9
+ 263 265 268 269 9
+ 263 265 268 277 9
+ 266 265 268 269 9
+ 266 265 268 277 9
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+ 267 265 268 277 9
+ 265 268 269 270 9
+ 265 268 269 271 9
+ 277 268 269 270 9
+ 277 268 269 271 9
+ 265 268 277 275 9
+ 265 268 277 278 9
+ 269 268 277 275 9
+ 269 268 277 278 9
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+ 268 269 271 273 9
+ 270 269 271 272 9
+ 270 269 271 273 9
+ 269 271 273 274 9
+ 269 271 273 275 9
+ 272 271 273 274 9
+ 272 271 273 275 9
+ 271 273 275 276 9
+ 271 273 275 277 9
+ 274 273 275 276 9
+ 274 273 275 277 9
+ 273 275 277 268 9
+ 273 275 277 278 9
+ 276 275 277 268 9
+ 276 275 277 278 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 17 15 16 4
+ 15 19 17 18 4
+ 19 33 31 32 4
+ 31 35 33 34 4
+ 35 57 55 56 4
+ 40 43 41 42 4
+ 41 45 43 44 4
+ 41 40 37 54 4
+ 45 48 46 47 4
+ 46 50 48 49 4
+ 48 52 50 51 4
+ 50 54 52 53 4
+ 55 59 57 58 4
+ 59 78 76 77 4
+ 61 64 74 65 4
+ 64 67 65 66 4
+ 64 72 74 75 4
+ 65 69 67 68 4
+ 67 72 69 70 4
+ 69 74 72 73 4
+ 76 80 78 79 4
+ 80 100 98 99 4
+ 98 102 100 101 4
+ 102 115 113 114 4
+ 107 111 110 112 4
+ 113 117 115 116 4
+ 117 139 137 138 4
+ 122 125 123 124 4
+ 123 127 125 126 4
+ 123 122 119 136 4
+ 127 130 128 129 4
+ 128 132 130 131 4
+ 130 134 132 133 4
+ 132 136 134 135 4
+ 137 140 139 149 4
+ 149 153 151 152 4
+ 151 154 153 163 4
+ 163 167 165 166 4
+ 165 169 167 168 4
+ 169 178 176 177 4
+ 176 180 178 179 4
+ 180 202 200 201 4
+ 188 193 191 192 4
+ 191 194 193 197 4
+ 193 195 194 196 4
+ 193 198 197 199 4
+ 200 204 202 203 4
+ 204 219 217 218 4
+ 206 209 215 210 4
+ 209 213 215 216 4
+ 210 213 211 212 4
+ 211 215 213 214 4
+ 217 221 219 220 4
+ 221 233 231 232 4
+ 223 228 226 227 4
+ 226 229 228 230 4
+ 231 235 233 234 4
+ 235 244 242 243 4
+ 242 246 244 245 4
+ 246 261 259 260 4
+ 248 251 257 252 4
+ 251 255 257 258 4
+ 252 255 253 254 4
+ 253 257 255 256 4
+ 259 263 261 262 4
+ 263 280 279 281 4
+ 265 268 277 269 4
+ 268 271 269 270 4
+ 268 275 277 278 4
+ 269 273 271 272 4
+ 271 275 273 274 4
+ 273 277 275 276 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">255</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp NALA q +1.0
+ 1 N3 34 ALA N 1 0.1414 14.01
+ 2 H 34 ALA H1 2 0.1997 1.008
+ 3 H 34 ALA H2 3 0.1997 1.008
+ 4 H 34 ALA H3 4 0.1997 1.008
+ 5 CT 34 ALA CA 5 0.0962 12.01
+ 6 HP 34 ALA HA 6 0.0889 1.008
+ 7 CT 34 ALA CB 7 -0.0597 12.01
+ 8 HC 34 ALA HB1 8 0.03 1.008
+ 9 HC 34 ALA HB2 9 0.03 1.008
+ 10 HC 34 ALA HB3 10 0.03 1.008
+ 11 C 34 ALA C 11 0.6163 12.01
+ 12 O 34 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 13 N 35 VAL N 13 -0.4157 14.01
+ 14 H 35 VAL H 14 0.2719 1.008
+ 15 CT 35 VAL CA 15 -0.0875 12.01
+ 16 H1 35 VAL HA 16 0.0969 1.008
+ 17 CT 35 VAL CB 17 0.2985 12.01
+ 18 HC 35 VAL HB 18 -0.0297 1.008
+ 19 CT 35 VAL CG1 19 -0.3192 12.01
+ 20 HC 35 VAL HG11 20 0.0791 1.008
+ 21 HC 35 VAL HG12 21 0.0791 1.008
+ 22 HC 35 VAL HG13 22 0.0791 1.008
+ 23 CT 35 VAL CG2 23 -0.3192 12.01
+ 24 HC 35 VAL HG21 24 0.0791 1.008
+ 25 HC 35 VAL HG22 25 0.0791 1.008
+ 26 HC 35 VAL HG23 26 0.0791 1.008
+ 27 C 35 VAL C 27 0.5973 12.01
+ 28 O 35 VAL O 28 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 29 N 36 PRO N 29 -0.2548 14.01
+ 30 CT 36 PRO CD 30 0.0192 12.01
+ 31 H1 36 PRO HD1 31 0.0391 1.008
+ 32 H1 36 PRO HD2 32 0.0391 1.008
+ 33 CT 36 PRO CG 33 0.0189 12.01
+ 34 HC 36 PRO HG1 34 0.0213 1.008
+ 35 HC 36 PRO HG2 35 0.0213 1.008
+ 36 CT 36 PRO CB 36 -0.007 12.01
+ 37 HC 36 PRO HB1 37 0.0253 1.008
+ 38 HC 36 PRO HB2 38 0.0253 1.008
+ 39 CT 36 PRO CA 39 -0.0266 12.01
+ 40 H1 36 PRO HA 40 0.0641 1.008
+ 41 C 36 PRO C 41 0.5896 12.01
+ 42 O 36 PRO O 42 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 43 N 37 GLY N 43 -0.4157 14.01
+ 44 H 37 GLY H 44 0.2719 1.008
+ 45 CT 37 GLY CA 45 -0.0252 12.01
+ 46 H1 37 GLY HA1 46 0.0698 1.008
+ 47 H1 37 GLY HA2 47 0.0698 1.008
+ 48 C 37 GLY C 48 0.5973 12.01
+ 49 O 37 GLY O 49 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 50 N 38 TYR N 50 -0.4157 14.01
+ 51 H 38 TYR H 51 0.2719 1.008
+ 52 CT 38 TYR CA 52 -0.0014 12.01
+ 53 H1 38 TYR HA 53 0.0876 1.008
+ 54 CT 38 TYR CB 54 -0.0152 12.01
+ 55 HC 38 TYR HB1 55 0.0295 1.008
+ 56 HC 38 TYR HB2 56 0.0295 1.008
+ 57 CA 38 TYR CG 57 -0.0011 12.01
+ 58 CA 38 TYR CD1 58 -0.1906 12.01
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+
+[ bonds ]
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+
+[ dihedrals ]
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+ 249 247 253 255 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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+ 231 245 243 244 4
+ 243 247 245 246 4
+ 247 254 253 255 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">228</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp NLYS q +2.0
+ 1 N3 50 LYS N 1 0.0966 14.01
+ 2 H 50 LYS H1 2 0.2165 1.008
+ 3 H 50 LYS H2 3 0.2165 1.008
+ 4 H 50 LYS H3 4 0.2165 1.008
+ 5 CT 50 LYS CA 5 -0.0015 12.01
+ 6 HP 50 LYS HA 6 0.118 1.008
+ 7 CT 50 LYS CB 7 0.0212 12.01
+ 8 HC 50 LYS HB1 8 0.0283 1.008
+ 9 HC 50 LYS HB2 9 0.0283 1.008
+ 10 CT 50 LYS CG 10 -0.0048 12.01
+ 11 HC 50 LYS HG1 11 0.0121 1.008
+ 12 HC 50 LYS HG2 12 0.0121 1.008
+ 13 CT 50 LYS CD 13 -0.0608 12.01
+ 14 HC 50 LYS HD1 14 0.0633 1.008
+ 15 HC 50 LYS HD2 15 0.0633 1.008
+ 16 CT 50 LYS CE 16 -0.0181 12.01
+ 17 HP 50 LYS HE1 17 0.1171 1.008
+ 18 HP 50 LYS HE2 18 0.1171 1.008
+ 19 N3 50 LYS NZ 19 -0.3764 14.01
+ 20 H 50 LYS HZ1 20 0.3382 1.008
+ 21 H 50 LYS HZ2 21 0.3382 1.008
+ 22 H 50 LYS HZ3 22 0.3382 1.008
+ 23 C 50 LYS C 23 0.7214 12.01
+ 24 O 50 LYS O 24 -0.6013 16 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 25 N 51 SER N 25 -0.4157 14.01
+ 26 H 51 SER H 26 0.2719 1.008
+ 27 CT 51 SER CA 27 -0.0249 12.01
+ 28 H1 51 SER HA 28 0.0843 1.008
+ 29 CT 51 SER CB 29 0.2117 12.01
+ 30 H1 51 SER HB1 30 0.0352 1.008
+ 31 H1 51 SER HB2 31 0.0352 1.008
+ 32 OH 51 SER OG 32 -0.6546 16
+ 33 HO 51 SER HG 33 0.4275 1.008
+ 34 C 51 SER C 34 0.5973 12.01
+ 35 O 51 SER O 35 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 36 N 52 GLY N 36 -0.4157 14.01
+ 37 H 52 GLY H 37 0.2719 1.008
+ 38 CT 52 GLY CA 38 -0.0252 12.01
+ 39 H1 52 GLY HA1 39 0.0698 1.008
+ 40 H1 52 GLY HA2 40 0.0698 1.008
+ 41 C 52 GLY C 41 0.5973 12.01
+ 42 O 52 GLY O 42 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 N 53 TYR N 43 -0.4157 14.01
+ 44 H 53 TYR H 44 0.2719 1.008
+ 45 CT 53 TYR CA 45 -0.0014 12.01
+ 46 H1 53 TYR HA 46 0.0876 1.008
+ 47 CT 53 TYR CB 47 -0.0152 12.01
+ 48 HC 53 TYR HB1 48 0.0295 1.008
+ 49 HC 53 TYR HB2 49 0.0295 1.008
+ 50 CA 53 TYR CG 50 -0.0011 12.01
+ 51 CA 53 TYR CD1 51 -0.1906 12.01
+ 52 HA 53 TYR HD1 52 0.1699 1.008
+ 53 CA 53 TYR CE1 53 -0.2341 12.01
+ 54 HA 53 TYR HE1 54 0.1656 1.008
+ 55 C 53 TYR CZ 55 0.3226 12.01
+ 56 OH 53 TYR OH 56 -0.5579 16
+ 57 HO 53 TYR HH 57 0.3992 1.008
+ 58 CA 53 TYR CE2 58 -0.2341 12.01
+ 59 HA 53 TYR HE2 59 0.1656 1.008
+ 60 CA 53 TYR CD2 60 -0.1906 12.01
+ 61 HA 53 TYR HD2 61 0.1699 1.008
+ 62 C 53 TYR C 62 0.5973 12.01
+ 63 O 53 TYR O 63 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 64 N 54 ASP N 64 -0.5163 14.01
+ 65 H 54 ASP H 65 0.2936 1.008
+ 66 CT 54 ASP CA 66 0.0381 12.01
+ 67 H1 54 ASP HA 67 0.088 1.008
+ 68 CT 54 ASP CB 68 -0.0303 12.01
+ 69 HC 54 ASP HB1 69 -0.0122 1.008
+ 70 HC 54 ASP HB2 70 -0.0122 1.008
+ 71 C 54 ASP CG 71 0.7994 12.01
+ 72 O2 54 ASP OD1 72 -0.8014 16
+ 73 O2 54 ASP OD2 73 -0.8014 16
+ 74 C 54 ASP C 74 0.5366 12.01
+ 75 O 54 ASP O 75 -0.5819 16 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 76 N 55 ALA N 76 -0.4157 14.01
+ 77 H 55 ALA H 77 0.2719 1.008
+ 78 CT 55 ALA CA 78 0.0337 12.01
+ 79 H1 55 ALA HA 79 0.0823 1.008
+ 80 CT 55 ALA CB 80 -0.1825 12.01
+ 81 HC 55 ALA HB1 81 0.0603 1.008
+ 82 HC 55 ALA HB2 82 0.0603 1.008
+ 83 HC 55 ALA HB3 83 0.0603 1.008
+ 84 C 55 ALA C 84 0.5973 12.01
+ 85 O 55 ALA O 85 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 86 N 56 PRO N 86 -0.2548 14.01
+ 87 CT 56 PRO CD 87 0.0192 12.01
+ 88 H1 56 PRO HD1 88 0.0391 1.008
+ 89 H1 56 PRO HD2 89 0.0391 1.008
+ 90 CT 56 PRO CG 90 0.0189 12.01
+ 91 HC 56 PRO HG1 91 0.0213 1.008
+ 92 HC 56 PRO HG2 92 0.0213 1.008
+ 93 CT 56 PRO CB 93 -0.007 12.01
+ 94 HC 56 PRO HB1 94 0.0253 1.008
+ 95 HC 56 PRO HB2 95 0.0253 1.008
+ 96 CT 56 PRO CA 96 -0.0266 12.01
+ 97 H1 56 PRO HA 97 0.0641 1.008
+ 98 C 56 PRO C 98 0.5896 12.01
+ 99 O 56 PRO O 99 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 100 N 57 PHE N 100 -0.4157 14.01
+ 101 H 57 PHE H 101 0.2719 1.008
+ 102 CT 57 PHE CA 102 -0.0024 12.01
+ 103 H1 57 PHE HA 103 0.0978 1.008
+ 104 CT 57 PHE CB 104 -0.0343 12.01
+ 105 HC 57 PHE HB1 105 0.0295 1.008
+ 106 HC 57 PHE HB2 106 0.0295 1.008
+ 107 CA 57 PHE CG 107 0.0118 12.01
+ 108 CA 57 PHE CD1 108 -0.1256 12.01
+ 109 HA 57 PHE HD1 109 0.133 1.008
+ 110 CA 57 PHE CE1 110 -0.1704 12.01
+ 111 HA 57 PHE HE1 111 0.143 1.008
+ 112 CA 57 PHE CZ 112 -0.1072 12.01
+ 113 HA 57 PHE HZ 113 0.1297 1.008
+ 114 CA 57 PHE CE2 114 -0.1704 12.01
+ 115 HA 57 PHE HE2 115 0.143 1.008
+ 116 CA 57 PHE CD2 116 -0.1256 12.01
+ 117 HA 57 PHE HD2 117 0.133 1.008
+ 118 C 57 PHE C 118 0.5973 12.01
+ 119 O 57 PHE O 119 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 120 N 58 THR N 120 -0.4157 14.01
+ 121 H 58 THR H 121 0.2719 1.008
+ 122 CT 58 THR CA 122 -0.0389 12.01
+ 123 H1 58 THR HA 123 0.1007 1.008
+ 124 CT 58 THR CB 124 0.3654 12.01
+ 125 H1 58 THR HB 125 0.0043 1.008
+ 126 CT 58 THR CG2 126 -0.2438 12.01
+ 127 HC 58 THR HG21 127 0.0642 1.008
+ 128 HC 58 THR HG22 128 0.0642 1.008
+ 129 HC 58 THR HG23 129 0.0642 1.008
+ 130 OH 58 THR OG1 130 -0.6761 16
+ 131 HO 58 THR HG1 131 0.4102 1.008
+ 132 C 58 THR C 132 0.5973 12.01
+ 133 O 58 THR O 133 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 134 N 59 ILE N 134 -0.4157 14.01
+ 135 H 59 ILE H 135 0.2719 1.008
+ 136 CT 59 ILE CA 136 -0.0597 12.01
+ 137 H1 59 ILE HA 137 0.0869 1.008
+ 138 CT 59 ILE CB 138 0.1303 12.01
+ 139 HC 59 ILE HB 139 0.0187 1.008
+ 140 CT 59 ILE CG2 140 -0.3204 12.01
+ 141 HC 59 ILE HG21 141 0.0882 1.008
+ 142 HC 59 ILE HG22 142 0.0882 1.008
+ 143 HC 59 ILE HG23 143 0.0882 1.008
+ 144 CT 59 ILE CG1 144 -0.043 12.01
+ 145 HC 59 ILE HG11 145 0.0236 1.008
+ 146 HC 59 ILE HG12 146 0.0236 1.008
+ 147 CT 59 ILE CD 147 -0.066 12.01
+ 148 HC 59 ILE HD1 148 0.0186 1.008
+ 149 HC 59 ILE HD2 149 0.0186 1.008
+ 150 HC 59 ILE HD3 150 0.0186 1.008
+ 151 C 59 ILE C 151 0.5973 12.01
+ 152 O 59 ILE O 152 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HIE q 0.0
+ 153 N 60 HIS N 153 -0.4157 14.01
+ 154 H 60 HIS H 154 0.2719 1.008
+ 155 CT 60 HIS CA 155 -0.0581 12.01
+ 156 H1 60 HIS HA 156 0.136 1.008
+ 157 CT 60 HIS CB 157 -0.0074 12.01
+ 158 HC 60 HIS HB1 158 0.0367 1.008
+ 159 HC 60 HIS HB2 159 0.0367 1.008
+ 160 CC 60 HIS CG 160 0.1868 12.01
+ 161 NB 60 HIS ND1 161 -0.5432 14.01
+ 162 CR 60 HIS CE1 162 0.1635 12.01
+ 163 H5 60 HIS HE1 163 0.1435 1.008
+ 164 NA 60 HIS NE2 164 -0.2795 14.01
+ 165 H 60 HIS HE2 165 0.3339 1.008
+ 166 CW 60 HIS CD2 166 -0.2207 12.01
+ 167 H4 60 HIS HD2 167 0.1862 1.008
+ 168 C 60 HIS C 168 0.5973 12.01
+ 169 O 60 HIS O 169 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 170 N 61 VAL N 170 -0.4157 14.01
+ 171 H 61 VAL H 171 0.2719 1.008
+ 172 CT 61 VAL CA 172 -0.0875 12.01
+ 173 H1 61 VAL HA 173 0.0969 1.008
+ 174 CT 61 VAL CB 174 0.2985 12.01
+ 175 HC 61 VAL HB 175 -0.0297 1.008
+ 176 CT 61 VAL CG1 176 -0.3192 12.01
+ 177 HC 61 VAL HG11 177 0.0791 1.008
+ 178 HC 61 VAL HG12 178 0.0791 1.008
+ 179 HC 61 VAL HG13 179 0.0791 1.008
+ 180 CT 61 VAL CG2 180 -0.3192 12.01
+ 181 HC 61 VAL HG21 181 0.0791 1.008
+ 182 HC 61 VAL HG22 182 0.0791 1.008
+ 183 HC 61 VAL HG23 183 0.0791 1.008
+ 184 C 61 VAL C 184 0.5973 12.01
+ 185 O 61 VAL O 185 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYS q 0.0
+ 186 N 62 CYS N 186 -0.4157 14.01
+ 187 H 62 CYS H 187 0.2719 1.008
+ 188 CT 62 CYS CA 188 0.0213 12.01
+ 189 H1 62 CYS HA 189 0.1124 1.008
+ 190 CT 62 CYS CB 190 -0.1231 12.01
+ 191 H1 62 CYS HB1 191 0.1112 1.008
+ 192 H1 62 CYS HB2 192 0.1112 1.008
+ 193 SH 62 CYS SG 193 -0.3119 32.06
+ 194 HS 62 CYS HG 194 0.1933 1.008
+ 195 C 62 CYS C 195 0.5973 12.01
+ 196 O 62 CYS O 196 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 197 N 63 GLY N 197 -0.4157 14.01
+ 198 H 63 GLY H 198 0.2719 1.008
+ 199 CT 63 GLY CA 199 -0.0252 12.01
+ 200 H1 63 GLY HA1 200 0.0698 1.008
+ 201 H1 63 GLY HA2 201 0.0698 1.008
+ 202 C 63 GLY C 202 0.5973 12.01
+ 203 O 63 GLY O 203 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 204 N 64 ALA N 204 -0.4157 14.01
+ 205 H 64 ALA H 205 0.2719 1.008
+ 206 CT 64 ALA CA 206 0.0337 12.01
+ 207 H1 64 ALA HA 207 0.0823 1.008
+ 208 CT 64 ALA CB 208 -0.1825 12.01
+ 209 HC 64 ALA HB1 209 0.0603 1.008
+ 210 HC 64 ALA HB2 210 0.0603 1.008
+ 211 HC 64 ALA HB3 211 0.0603 1.008
+ 212 C 64 ALA C 212 0.5973 12.01
+ 213 O 64 ALA O 213 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp CPRO q -1.0
+ 214 N 65 PRO N 214 -0.2802 14.01
+ 215 CT 65 PRO CD 215 0.0434 12.01
+ 216 H1 65 PRO HD1 216 0.0331 1.008
+ 217 H1 65 PRO HD2 217 0.0331 1.008
+ 218 CT 65 PRO CG 218 0.0466 12.01
+ 219 HC 65 PRO HG1 219 0.0172 1.008
+ 220 HC 65 PRO HG2 220 0.0172 1.008
+ 221 CT 65 PRO CB 221 -0.0543 12.01
+ 222 HC 65 PRO HB1 222 0.0381 1.008
+ 223 HC 65 PRO HB2 223 0.0381 1.008
+ 224 CT 65 PRO CA 224 -0.1336 12.01
+ 225 H1 65 PRO HA 225 0.0776 1.008
+ 226 C 65 PRO C 226 0.6631 12.01
+ 227 O2 65 PRO OC1 227 -0.7697 16
+ 228 O2 65 PRO OC2 228 -0.7697 16 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 1
+ 1 3 1
+ 1 4 1
+ 1 5 1
+ 5 6 1
+ 5 7 1
+ 5 23 1
+ 7 8 1
+ 7 9 1
+ 7 10 1
+ 10 11 1
+ 10 12 1
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+ 16 17 1
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+ 19 20 1
+ 19 21 1
+ 19 22 1
+ 23 24 1
+ 23 25 1
+ 25 26 1
+ 25 27 1
+ 27 28 1
+ 27 29 1
+ 27 34 1
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+ 156 155 157 158 9
+ 156 155 157 159 9
+ 156 155 157 160 9
+ 168 155 157 158 9
+ 168 155 157 159 9
+ 168 155 157 160 9
+ 153 155 168 169 9
+ 153 155 168 170 9
+ 156 155 168 169 9
+ 156 155 168 170 9
+ 157 155 168 169 9
+ 157 155 168 170 9
+ 155 157 160 161 9
+ 155 157 160 166 9
+ 158 157 160 161 9
+ 158 157 160 166 9
+ 159 157 160 161 9
+ 159 157 160 166 9
+ 157 160 161 162 9
+ 166 160 161 162 9
+ 157 160 166 164 9
+ 157 160 166 167 9
+ 161 160 166 164 9
+ 161 160 166 167 9
+ 160 161 162 163 9
+ 160 161 162 164 9
+ 161 162 164 165 9
+ 161 162 164 166 9
+ 163 162 164 165 9
+ 163 162 164 166 9
+ 162 164 166 160 9
+ 162 164 166 167 9
+ 165 164 166 160 9
+ 165 164 166 167 9
+ 155 168 170 171 9
+ 155 168 170 172 9
+ 169 168 170 171 9
+ 169 168 170 172 9
+ 168 170 172 173 9
+ 168 170 172 174 9
+ 168 170 172 184 9
+ 171 170 172 173 9
+ 171 170 172 174 9
+ 171 170 172 184 9
+ 170 172 174 175 9
+ 170 172 174 176 9
+ 170 172 174 180 9
+ 173 172 174 175 9
+ 173 172 174 176 9
+ 173 172 174 180 9
+ 184 172 174 175 9
+ 184 172 174 176 9
+ 184 172 174 180 9
+ 170 172 184 185 9
+ 170 172 184 186 9
+ 173 172 184 185 9
+ 173 172 184 186 9
+ 174 172 184 185 9
+ 174 172 184 186 9
+ 172 174 176 177 9
+ 172 174 176 178 9
+ 172 174 176 179 9
+ 175 174 176 177 9
+ 175 174 176 178 9
+ 175 174 176 179 9
+ 180 174 176 177 9
+ 180 174 176 178 9
+ 180 174 176 179 9
+ 172 174 180 181 9
+ 172 174 180 182 9
+ 172 174 180 183 9
+ 175 174 180 181 9
+ 175 174 180 182 9
+ 175 174 180 183 9
+ 176 174 180 181 9
+ 176 174 180 182 9
+ 176 174 180 183 9
+ 172 184 186 187 9
+ 172 184 186 188 9
+ 185 184 186 187 9
+ 185 184 186 188 9
+ 184 186 188 189 9
+ 184 186 188 190 9
+ 184 186 188 195 9
+ 187 186 188 189 9
+ 187 186 188 190 9
+ 187 186 188 195 9
+ 186 188 190 191 9
+ 186 188 190 192 9
+ 186 188 190 193 9
+ 189 188 190 191 9
+ 189 188 190 192 9
+ 189 188 190 193 9
+ 195 188 190 191 9
+ 195 188 190 192 9
+ 195 188 190 193 9
+ 186 188 195 196 9
+ 186 188 195 197 9
+ 189 188 195 196 9
+ 189 188 195 197 9
+ 190 188 195 196 9
+ 190 188 195 197 9
+ 188 190 193 194 9
+ 191 190 193 194 9
+ 192 190 193 194 9
+ 188 195 197 198 9
+ 188 195 197 199 9
+ 196 195 197 198 9
+ 196 195 197 199 9
+ 195 197 199 200 9
+ 195 197 199 201 9
+ 195 197 199 202 9
+ 198 197 199 200 9
+ 198 197 199 201 9
+ 198 197 199 202 9
+ 197 199 202 203 9
+ 197 199 202 204 9
+ 200 199 202 203 9
+ 200 199 202 204 9
+ 201 199 202 203 9
+ 201 199 202 204 9
+ 199 202 204 205 9
+ 199 202 204 206 9
+ 203 202 204 205 9
+ 203 202 204 206 9
+ 202 204 206 207 9
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+ 205 204 206 208 9
+ 205 204 206 212 9
+ 204 206 208 209 9
+ 204 206 208 210 9
+ 204 206 208 211 9
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+ 207 206 208 210 9
+ 207 206 208 211 9
+ 212 206 208 209 9
+ 212 206 208 210 9
+ 212 206 208 211 9
+ 204 206 212 213 9
+ 204 206 212 214 9
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+ 207 206 212 214 9
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+ 208 206 212 214 9
+ 206 212 214 215 9
+ 206 212 214 224 9
+ 213 212 214 215 9
+ 213 212 214 224 9
+ 212 214 215 216 9
+ 212 214 215 217 9
+ 212 214 215 218 9
+ 224 214 215 216 9
+ 224 214 215 217 9
+ 224 214 215 218 9
+ 212 214 224 221 9
+ 212 214 224 225 9
+ 212 214 224 226 9
+ 215 214 224 221 9
+ 215 214 224 225 9
+ 215 214 224 226 9
+ 214 215 218 219 9
+ 214 215 218 220 9
+ 214 215 218 221 9
+ 216 215 218 219 9
+ 216 215 218 220 9
+ 216 215 218 221 9
+ 217 215 218 219 9
+ 217 215 218 220 9
+ 217 215 218 221 9
+ 215 218 221 222 9
+ 215 218 221 223 9
+ 215 218 221 224 9
+ 219 218 221 222 9
+ 219 218 221 223 9
+ 219 218 221 224 9
+ 220 218 221 222 9
+ 220 218 221 223 9
+ 220 218 221 224 9
+ 218 221 224 214 9
+ 218 221 224 225 9
+ 218 221 224 226 9
+ 222 221 224 214 9
+ 222 221 224 225 9
+ 222 221 224 226 9
+ 223 221 224 214 9
+ 223 221 224 225 9
+ 223 221 224 226 9
+ 214 224 226 227 9
+ 214 224 226 228 9
+ 221 224 226 227 9
+ 221 224 226 228 9
+ 225 224 226 227 9
+ 225 224 226 228 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 25 23 24 4
+ 23 27 25 26 4
+ 27 36 34 35 4
+ 34 38 36 37 4
+ 38 43 41 42 4
+ 41 45 43 44 4
+ 45 64 62 63 4
+ 47 50 60 51 4
+ 50 53 51 52 4
+ 50 58 60 61 4
+ 51 55 53 54 4
+ 53 58 55 56 4
+ 55 60 58 59 4
+ 62 66 64 65 4
+ 66 76 74 75 4
+ 68 72 71 73 4
+ 74 78 76 77 4
+ 78 86 84 85 4
+ 84 87 86 96 4
+ 96 100 98 99 4
+ 98 102 100 101 4
+ 102 120 118 119 4
+ 104 107 116 108 4
+ 107 110 108 109 4
+ 107 114 116 117 4
+ 108 112 110 111 4
+ 110 114 112 113 4
+ 112 116 114 115 4
+ 118 122 120 121 4
+ 122 134 132 133 4
+ 132 136 134 135 4
+ 136 153 151 152 4
+ 151 155 153 154 4
+ 155 170 168 169 4
+ 157 160 166 161 4
+ 160 164 166 167 4
+ 161 164 162 163 4
+ 162 166 164 165 4
+ 168 172 170 171 4
+ 172 186 184 185 4
+ 184 188 186 187 4
+ 188 197 195 196 4
+ 195 199 197 198 4
+ 199 204 202 203 4
+ 202 206 204 205 4
+ 206 214 212 213 4
+ 212 215 214 224 4
+ 224 227 226 228 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">268</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp NALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.517
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.517
+ 3 N3 2 ALA N 1 0.1414 0
+ 4 H 2 ALA H1 2 0.1997 0
+ 5 H 2 ALA H2 3 0.1997 0
+ 6 H 2 ALA H3 4 0.1997 0
+ 7 CT 2 ALA CA 5 0.0962 13.018
+ 8 HP 2 ALA HA 6 0.0889 0
+ 9 MCH3 2 ALA MCB1 7 0 7.517
+ 10 MCH3 2 ALA MCB2 7 0 7.517
+ 11 CT 2 ALA CB 7 -0.0597 0
+ 12 HC 2 ALA HB1 8 0.03 0
+ 13 HC 2 ALA HB2 9 0.03 0
+ 14 HC 2 ALA HB3 10 0.03 0
+ 15 C 2 ALA C 11 0.6163 12.01
+ 16 O 2 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
+ 17 N 3 CYS N 13 -0.4157 15.018
+ 18 H 3 CYS H 14 0.2719 0
+ 19 CT 3 CYS CA 15 0.0213 13.018
+ 20 H1 3 CYS HA 16 0.1124 0
+ 21 CT 3 CYS CB 17 -0.1231 14.026
+ 22 H1 3 CYS HB1 18 0.1112 0
+ 23 H1 3 CYS HB2 19 0.1112 0
+ 24 SH 3 CYS SG 20 -0.3119 32.06
+ 25 HS 3 CYS HG 21 0.1933 1.008
+ 26 C 3 CYS C 22 0.5973 12.01
+ 27 O 3 CYS O 23 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 28 N 4 ASP N 24 -0.5163 15.018
+ 29 H 4 ASP H 25 0.2936 0
+ 30 CT 4 ASP CA 26 0.0381 13.018
+ 31 H1 4 ASP HA 27 0.088 0
+ 32 CT 4 ASP CB 28 -0.0303 14.026
+ 33 HC 4 ASP HB1 29 -0.0122 0
+ 34 HC 4 ASP HB2 30 -0.0122 0
+ 35 C 4 ASP CG 31 0.7994 12.01
+ 36 O2 4 ASP OD1 32 -0.8014 16
+ 37 O2 4 ASP OD2 33 -0.8014 16
+ 38 C 4 ASP C 34 0.5366 12.01
+ 39 O 4 ASP O 35 -0.5819 16 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 40 N 5 GLU N 36 -0.5163 15.018
+ 41 H 5 GLU H 37 0.2936 0
+ 42 CT 5 GLU CA 38 0.0397 13.018
+ 43 H1 5 GLU HA 39 0.1105 0
+ 44 CT 5 GLU CB 40 0.056 14.026
+ 45 HC 5 GLU HB1 41 -0.0173 0
+ 46 HC 5 GLU HB2 42 -0.0173 0
+ 47 CT 5 GLU CG 43 0.0136 14.026
+ 48 HC 5 GLU HG1 44 -0.0425 0
+ 49 HC 5 GLU HG2 45 -0.0425 0
+ 50 C 5 GLU CD 46 0.8054 12.01
+ 51 O2 5 GLU OE1 47 -0.8188 16
+ 52 O2 5 GLU OE2 48 -0.8188 16
+ 53 C 5 GLU C 49 0.5366 12.01
+ 54 O 5 GLU O 50 -0.5819 16 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 55 N 6 PHE N 51 -0.4157 15.018
+ 56 H 6 PHE H 52 0.2719 0
+ 57 CT 6 PHE CA 53 -0.0024 13.018
+ 58 H1 6 PHE HA 54 0.0978 0
+ 59 CT 6 PHE CB 55 -0.0343 14.026
+ 60 HC 6 PHE HB1 56 0.0295 0
+ 61 HC 6 PHE HB2 57 0.0295 0
+ 62 CA 6 PHE CG 58 0.0118 12.01
+ 63 CA 6 PHE CD1 59 -0.1256 13.018
+ 64 HA 6 PHE HD1 60 0.133 0
+ 65 CA 6 PHE CE1 61 -0.1704 13.018
+ 66 HA 6 PHE HE1 62 0.143 0
+ 67 CA 6 PHE CZ 63 -0.1072 13.018
+ 68 HA 6 PHE HZ 64 0.1297 0
+ 69 CA 6 PHE CE2 65 -0.1704 13.018
+ 70 HA 6 PHE HE2 66 0.143 0
+ 71 CA 6 PHE CD2 67 -0.1256 13.018
+ 72 HA 6 PHE HD2 68 0.133 0
+ 73 C 6 PHE C 69 0.5973 12.01
+ 74 O 6 PHE O 70 -0.5679 16 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 75 N 7 GLY N 71 -0.4157 15.018
+ 76 H 7 GLY H 72 0.2719 0
+ 77 CT 7 GLY CA 73 -0.0252 14.026
+ 78 H1 7 GLY HA1 74 0.0698 0
+ 79 H1 7 GLY HA2 75 0.0698 0
+ 80 C 7 GLY C 76 0.5973 12.01
+ 81 O 7 GLY O 77 -0.5679 16 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HIE q 0.0
+ 82 N 8 HIS N 78 -0.4157 15.018
+ 83 H 8 HIS H 79 0.2719 0
+ 84 CT 8 HIS CA 80 -0.0581 13.018
+ 85 H1 8 HIS HA 81 0.136 0
+ 86 CT 8 HIS CB 82 -0.0074 14.026
+ 87 HC 8 HIS HB1 83 0.0367 0
+ 88 HC 8 HIS HB2 84 0.0367 0
+ 89 CC 8 HIS CG 85 0.1868 12.01
+ 90 NB 8 HIS ND1 86 -0.5432 14.01
+ 91 CR 8 HIS CE1 87 0.1635 13.018
+ 92 H5 8 HIS HE1 88 0.1435 0
+ 93 NA 8 HIS NE2 89 -0.2795 15.018
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+[ virtual_sites3 ]
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+
+[ virtual_sites3 ]
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+ 184 179 180 181 -4
+ 185 179 180 181 4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 204 203 202 206 4
+ 205 203 202 206 -4
+ 207 206 203 209 4
+ 208 206 203 209 -4
+ 210 209 206 212 4
+ 211 209 206 212 -4
+ 221 220 218 223 4
+ 222 220 218 223 -4
+ 224 223 220 226 4
+ 225 223 220 226 -4
+ 238 237 235 240 4
+ 239 237 235 240 -4
+ 241 240 237 243 4
+ 242 240 237 243 -4
+ 244 243 240 246 4
+ 245 243 240 246 -4
+ 262 261 259 264 4
+ 263 261 259 264 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 26 2
+ 31 30 28 32 38 2
+ 43 42 40 44 53 2
+ 58 57 55 59 73 2
+ 85 84 82 86 97 2
+ 102 101 99 103 120 2
+ 104 103 101 107 111 2
+ 125 124 122 126 144 2
+ 149 148 146 150 167 2
+ 154 153 150 157 163 2
+ 172 171 169 173 186 2
+ 191 190 188 192 200 2
+ 213 212 202 209 214 2
+ 219 218 216 220 231 2
+ 236 235 233 237 255 2
+ 260 259 257 261 266 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">291</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp NTHR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.517
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.517
+ 3 N3 18 THR N 1 0.1812 0
+ 4 H 18 THR H1 2 0.1934 0
+ 5 H 18 THR H2 3 0.1934 0
+ 6 H 18 THR H3 4 0.1934 0
+ 7 CT 18 THR CA 5 0.0034 13.018
+ 8 HP 18 THR HA 6 0.1087 0
+ 9 CT 18 THR CB 7 0.4514 13.018
+ 10 H1 18 THR HB 8 -0.0323 0
+ 11 MCH3 18 THR MCG1 9 0 7.517
+ 12 MCH3 18 THR MCG2 9 0 7.517
+ 13 CT 18 THR CG2 9 -0.2554 0
+ 14 HC 18 THR HG21 10 0.0627 0
+ 15 HC 18 THR HG22 11 0.0627 0
+ 16 HC 18 THR HG23 12 0.0627 0
+ 17 OH 18 THR OG1 13 -0.6764 16
+ 18 HO 18 THR HG1 14 0.407 1.008
+ 19 C 18 THR C 15 0.6163 12.01
+ 20 O 18 THR O 16 -0.5722 16 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 21 N 19 VAL N 17 -0.4157 15.018
+ 22 H 19 VAL H 18 0.2719 0
+ 23 CT 19 VAL CA 19 -0.0875 13.018
+ 24 H1 19 VAL HA 20 0.0969 0
+ 25 CT 19 VAL CB 21 0.2985 13.018
+ 26 HC 19 VAL HB 22 -0.0297 0
+ 27 MCH3 19 VAL MCG1 23 0 7.517
+ 28 MCH3 19 VAL MCG2 23 0 7.517
+ 29 CT 19 VAL CG1 23 -0.3192 0
+ 30 HC 19 VAL HG11 24 0.0791 0
+ 31 HC 19 VAL HG12 25 0.0791 0
+ 32 HC 19 VAL HG13 26 0.0791 0
+ 33 MCH3 19 VAL MCG1 27 0 7.517
+ 34 MCH3 19 VAL MCG2 27 0 7.517
+ 35 CT 19 VAL CG2 27 -0.3192 0
+ 36 HC 19 VAL HG21 28 0.0791 0
+ 37 HC 19 VAL HG22 29 0.0791 0
+ 38 HC 19 VAL HG23 30 0.0791 0
+ 39 C 19 VAL C 31 0.5973 12.01
+ 40 O 19 VAL O 32 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 41 N 20 TRP N 33 -0.4157 15.018
+ 42 H 20 TRP H 34 0.2719 0
+ 43 CT 20 TRP CA 35 -0.0275 13.018
+ 44 H1 20 TRP HA 36 0.1123 0
+ 45 CT 20 TRP CB 37 -0.005 14.026
+ 46 HC 20 TRP HB1 38 0.0339 0
+ 47 HC 20 TRP HB2 39 0.0339 0
+ 48 C* 20 TRP CG 40 -0.1415 12.01
+ 49 CW 20 TRP CD1 41 -0.1638 13.018
+ 50 H4 20 TRP HD1 42 0.2062 0
+ 51 NA 20 TRP NE1 43 -0.3418 15.018
+ 52 H 20 TRP HE1 44 0.3412 0
+ 53 CN 20 TRP CE2 45 0.138 12.01
+ 54 CA 20 TRP CZ2 46 -0.2601 13.018
+ 55 HA 20 TRP HZ2 47 0.1572 0
+ 56 CA 20 TRP CH2 48 -0.1134 13.018
+ 57 HA 20 TRP HH2 49 0.1417 0
+ 58 CA 20 TRP CZ3 50 -0.1972 13.018
+ 59 HA 20 TRP HZ3 51 0.1447 0
+ 60 CA 20 TRP CE3 52 -0.2387 13.018
+ 61 HA 20 TRP HE3 53 0.17 0
+ 62 CB 20 TRP CD2 54 0.1243 12.01
+ 63 C 20 TRP C 55 0.5973 12.01
+ 64 O 20 TRP O 56 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 65 N 21 TYR N 57 -0.4157 15.018
+ 66 H 21 TYR H 58 0.2719 0
+ 67 CT 21 TYR CA 59 -0.0014 13.018
+ 68 H1 21 TYR HA 60 0.0876 0
+ 69 CT 21 TYR CB 61 -0.0152 14.026
+ 70 HC 21 TYR HB1 62 0.0295 0
+ 71 HC 21 TYR HB2 63 0.0295 0
+ 72 CA 21 TYR CG 64 -0.0011 12.01
+ 73 CA 21 TYR CD1 65 -0.1906 13.018
+ 74 HA 21 TYR HD1 66 0.1699 0
+ 75 CA 21 TYR CE1 67 -0.2341 13.018
+ 76 HA 21 TYR HE1 68 0.1656 0
+ 77 C 21 TYR CZ 69 0.3226 12.01
+ 78 OH 21 TYR OH 70 -0.5579 16
+ 79 HO 21 TYR HH 71 0.3992 1.008
+ 80 CA 21 TYR CE2 72 -0.2341 13.018
+ 81 HA 21 TYR HE2 73 0.1656 0
+ 82 CA 21 TYR CD2 74 -0.1906 13.018
+ 83 HA 21 TYR HD2 75 0.1699 0
+ 84 C 21 TYR C 76 0.5973 12.01
+ 85 O 21 TYR O 77 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
+ 86 N 22 LYS N 78 -0.3479 15.018
+ 87 H 22 LYS H 79 0.2747 0
+ 88 CT 22 LYS CA 80 -0.24 13.018
+ 89 H1 22 LYS HA 81 0.1426 0
+ 90 CT 22 LYS CB 82 -0.0094 14.026
+ 91 HC 22 LYS HB1 83 0.0362 0
+ 92 HC 22 LYS HB2 84 0.0362 0
+ 93 CT 22 LYS CG 85 0.0187 14.026
+ 94 HC 22 LYS HG1 86 0.0103 0
+ 95 HC 22 LYS HG2 87 0.0103 0
+ 96 CT 22 LYS CD 88 -0.0479 14.026
+ 97 HC 22 LYS HD1 89 0.0621 0
+ 98 HC 22 LYS HD2 90 0.0621 0
+ 99 CT 22 LYS CE 91 -0.0143 14.026
+ 100 HP 22 LYS HE1 92 0.1135 0
+ 101 HP 22 LYS HE2 93 0.1135 0
+ 102 MNH3 22 LYS MNZ1 94 0 8.517
+ 103 MNH3 22 LYS MNZ2 94 0 8.517
+ 104 N3 22 LYS NZ 94 -0.3854 0
+ 105 H 22 LYS HZ1 95 0.34 0
+ 106 H 22 LYS HZ2 96 0.34 0
+ 107 H 22 LYS HZ3 97 0.34 0
+ 108 C 22 LYS C 98 0.7341 12.01
+ 109 O 22 LYS O 99 -0.5894 16 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 110 N 23 GLU N 100 -0.5163 15.018
+ 111 H 23 GLU H 101 0.2936 0
+ 112 CT 23 GLU CA 102 0.0397 13.018
+ 113 H1 23 GLU HA 103 0.1105 0
+ 114 CT 23 GLU CB 104 0.056 14.026
+ 115 HC 23 GLU HB1 105 -0.0173 0
+ 116 HC 23 GLU HB2 106 -0.0173 0
+ 117 CT 23 GLU CG 107 0.0136 14.026
+ 118 HC 23 GLU HG1 108 -0.0425 0
+ 119 HC 23 GLU HG2 109 -0.0425 0
+ 120 C 23 GLU CD 110 0.8054 12.01
+ 121 O2 23 GLU OE1 111 -0.8188 16
+ 122 O2 23 GLU OE2 112 -0.8188 16
+ 123 C 23 GLU C 113 0.5366 12.01
+ 124 O 23 GLU O 114 -0.5819 16 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 125 N 24 TRP N 115 -0.4157 15.018
+ 126 H 24 TRP H 116 0.2719 0
+ 127 CT 24 TRP CA 117 -0.0275 13.018
+ 128 H1 24 TRP HA 118 0.1123 0
+ 129 CT 24 TRP CB 119 -0.005 14.026
+ 130 HC 24 TRP HB1 120 0.0339 0
+ 131 HC 24 TRP HB2 121 0.0339 0
+ 132 C* 24 TRP CG 122 -0.1415 12.01
+ 133 CW 24 TRP CD1 123 -0.1638 13.018
+ 134 H4 24 TRP HD1 124 0.2062 0
+ 135 NA 24 TRP NE1 125 -0.3418 15.018
+ 136 H 24 TRP HE1 126 0.3412 0
+ 137 CN 24 TRP CE2 127 0.138 12.01
+ 138 CA 24 TRP CZ2 128 -0.2601 13.018
+ 139 HA 24 TRP HZ2 129 0.1572 0
+ 140 CA 24 TRP CH2 130 -0.1134 13.018
+ 141 HA 24 TRP HH2 131 0.1417 0
+ 142 CA 24 TRP CZ3 132 -0.1972 13.018
+ 143 HA 24 TRP HZ3 133 0.1447 0
+ 144 CA 24 TRP CE3 134 -0.2387 13.018
+ 145 HA 24 TRP HE3 135 0.17 0
+ 146 CB 24 TRP CD2 136 0.1243 12.01
+ 147 C 24 TRP C 137 0.5973 12.01
+ 148 O 24 TRP O 138 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 149 N 25 PRO N 139 -0.2548 14.01
+ 150 CT 25 PRO CD 140 0.0192 14.026
+ 151 H1 25 PRO HD1 141 0.0391 0
+ 152 H1 25 PRO HD2 142 0.0391 0
+ 153 CT 25 PRO CG 143 0.0189 14.026
+ 154 HC 25 PRO HG1 144 0.0213 0
+ 155 HC 25 PRO HG2 145 0.0213 0
+ 156 CT 25 PRO CB 146 -0.007 14.026
+ 157 HC 25 PRO HB1 147 0.0253 0
+ 158 HC 25 PRO HB2 148 0.0253 0
+ 159 CT 25 PRO CA 149 -0.0266 13.018
+ 160 H1 25 PRO HA 150 0.0641 0
+ 161 C 25 PRO C 151 0.5896 12.01
+ 162 O 25 PRO O 152 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 163 N 26 PRO N 153 -0.2548 14.01
+ 164 CT 26 PRO CD 154 0.0192 14.026
+ 165 H1 26 PRO HD1 155 0.0391 0
+ 166 H1 26 PRO HD2 156 0.0391 0
+ 167 CT 26 PRO CG 157 0.0189 14.026
+ 168 HC 26 PRO HG1 158 0.0213 0
+ 169 HC 26 PRO HG2 159 0.0213 0
+ 170 CT 26 PRO CB 160 -0.007 14.026
+ 171 HC 26 PRO HB1 161 0.0253 0
+ 172 HC 26 PRO HB2 162 0.0253 0
+ 173 CT 26 PRO CA 163 -0.0266 13.018
+ 174 H1 26 PRO HA 164 0.0641 0
+ 175 C 26 PRO C 165 0.5896 12.01
+ 176 O 26 PRO O 166 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
+ 177 N 27 CYS N 167 -0.4157 15.018
+ 178 H 27 CYS H 168 0.2719 0
+ 179 CT 27 CYS CA 169 0.0213 13.018
+ 180 H1 27 CYS HA 170 0.1124 0
+ 181 CT 27 CYS CB 171 -0.1231 14.026
+ 182 H1 27 CYS HB1 172 0.1112 0
+ 183 H1 27 CYS HB2 173 0.1112 0
+ 184 SH 27 CYS SG 174 -0.3119 32.06
+ 185 HS 27 CYS HG 175 0.1933 1.008
+ 186 C 27 CYS C 176 0.5973 12.01
+ 187 O 27 CYS O 177 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 188 N 28 ARG N 178 -0.3479 15.018
+ 189 H 28 ARG H 179 0.2747 0
+ 190 CT 28 ARG CA 180 -0.2637 13.018
+ 191 H1 28 ARG HA 181 0.156 0
+ 192 CT 28 ARG CB 182 -0.0007 14.026
+ 193 HC 28 ARG HB1 183 0.0327 0
+ 194 HC 28 ARG HB2 184 0.0327 0
+ 195 CT 28 ARG CG 185 0.039 14.026
+ 196 HC 28 ARG HG1 186 0.0285 0
+ 197 HC 28 ARG HG2 187 0.0285 0
+ 198 CT 28 ARG CD 188 0.0486 14.026
+ 199 H1 28 ARG HD1 189 0.0687 0
+ 200 H1 28 ARG HD2 190 0.0687 0
+ 201 N2 28 ARG NE 191 -0.5295 15.018
+ 202 H 28 ARG HE 192 0.3456 0
+ 203 CA 28 ARG CZ 193 0.8076 12.01
+ 204 N2 28 ARG NH1 194 -0.8627 16.026
+ 205 H 28 ARG HH11 195 0.4478 0
+ 206 H 28 ARG HH12 196 0.4478 0
+ 207 N2 28 ARG NH2 197 -0.8627 16.026
+ 208 H 28 ARG HH21 198 0.4478 0
+ 209 H 28 ARG HH22 199 0.4478 0
+ 210 C 28 ARG C 200 0.7341 12.01
+ 211 O 28 ARG O 201 -0.5894 16 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HIE q 0.0
+ 212 N 29 HIS N 202 -0.4157 15.018
+ 213 H 29 HIS H 203 0.2719 0
+ 214 CT 29 HIS CA 204 -0.0581 13.018
+ 215 H1 29 HIS HA 205 0.136 0
+ 216 CT 29 HIS CB 206 -0.0074 14.026
+ 217 HC 29 HIS HB1 207 0.0367 0
+ 218 HC 29 HIS HB2 208 0.0367 0
+ 219 CC 29 HIS CG 209 0.1868 12.01
+ 220 NB 29 HIS ND1 210 -0.5432 14.01
+ 221 CR 29 HIS CE1 211 0.1635 13.018
+ 222 H5 29 HIS HE1 212 0.1435 0
+ 223 NA 29 HIS NE2 213 -0.2795 15.018
+ 224 H 29 HIS HE2 214 0.3339 0
+ 225 CW 29 HIS CD2 215 -0.2207 13.018
+ 226 H4 29 HIS HD2 216 0.1862 0
+ 227 C 29 HIS C 217 0.5973 12.01
+ 228 O 29 HIS O 218 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 229 N 30 ASN N 219 -0.4157 15.018
+ 230 H 30 ASN H 220 0.2719 0
+ 231 CT 30 ASN CA 221 0.0143 13.018
+ 232 H1 30 ASN HA 222 0.1048 0
+ 233 CT 30 ASN CB 223 -0.2041 14.026
+ 234 HC 30 ASN HB1 224 0.0797 0
+ 235 HC 30 ASN HB2 225 0.0797 0
+ 236 C 30 ASN CG 226 0.713 12.01
+ 237 O 30 ASN OD1 227 -0.5931 16
+ 238 N 30 ASN ND2 228 -0.9191 16.026
+ 239 H 30 ASN HD21 229 0.4196 0
+ 240 H 30 ASN HD22 230 0.4196 0
+ 241 C 30 ASN C 231 0.5973 12.01
+ 242 O 30 ASN O 232 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 243 N 31 SER N 233 -0.4157 15.018
+ 244 H 31 SER H 234 0.2719 0
+ 245 CT 31 SER CA 235 -0.0249 13.018
+ 246 H1 31 SER HA 236 0.0843 0
+ 247 CT 31 SER CB 237 0.2117 14.026
+ 248 H1 31 SER HB1 238 0.0352 0
+ 249 H1 31 SER HB2 239 0.0352 0
+ 250 OH 31 SER OG 240 -0.6546 16
+ 251 HO 31 SER HG 241 0.4275 1.008
+ 252 C 31 SER C 242 0.5973 12.01
+ 253 O 31 SER O 243 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HIE q 0.0
+ 254 N 32 HIS N 244 -0.4157 15.018
+ 255 H 32 HIS H 245 0.2719 0
+ 256 CT 32 HIS CA 246 -0.0581 13.018
+ 257 H1 32 HIS HA 247 0.136 0
+ 258 CT 32 HIS CB 248 -0.0074 14.026
+ 259 HC 32 HIS HB1 249 0.0367 0
+ 260 HC 32 HIS HB2 250 0.0367 0
+ 261 CC 32 HIS CG 251 0.1868 12.01
+ 262 NB 32 HIS ND1 252 -0.5432 14.01
+ 263 CR 32 HIS CE1 253 0.1635 13.018
+ 264 H5 32 HIS HE1 254 0.1435 0
+ 265 NA 32 HIS NE2 255 -0.2795 15.018
+ 266 H 32 HIS HE2 256 0.3339 0
+ 267 CW 32 HIS CD2 257 -0.2207 13.018
+ 268 H4 32 HIS HD2 258 0.1862 0
+ 269 C 32 HIS C 259 0.5973 12.01
+ 270 O 32 HIS O 260 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp CPHE q -1.0
+ 271 N 33 PHE N 261 -0.3821 15.018
+ 272 H 33 PHE H 262 0.2681 0
+ 273 CT 33 PHE CA 263 -0.1825 13.018
+ 274 H1 33 PHE HA 264 0.1098 0
+ 275 CT 33 PHE CB 265 -0.0959 14.026
+ 276 HC 33 PHE HB1 266 0.0443 0
+ 277 HC 33 PHE HB2 267 0.0443 0
+ 278 CA 33 PHE CG 268 0.0552 12.01
+ 279 CA 33 PHE CD1 269 -0.13 13.018
+ 280 HA 33 PHE HD1 270 0.1408 0
+ 281 CA 33 PHE CE1 271 -0.1847 13.018
+ 282 HA 33 PHE HE1 272 0.1461 0
+ 283 CA 33 PHE CZ 273 -0.0944 13.018
+ 284 HA 33 PHE HZ 274 0.128 0
+ 285 CA 33 PHE CE2 275 -0.1847 13.018
+ 286 HA 33 PHE HE2 276 0.1461 0
+ 287 CA 33 PHE CD2 277 -0.13 13.018
+ 288 HA 33 PHE HD2 278 0.1408 0
+ 289 C 33 PHE C 279 0.766 12.01
+ 290 O2 33 PHE OC1 280 -0.8026 16
+ 291 O2 33 PHE OC2 281 -0.8026 16 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 1
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+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
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+
+[ pairs ]
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+
+[ dihedrals ]
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+[ virtual_sites3 ]
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+ 143 142 140 144 2
+ 145 144 142 146 2
+ 178 177 175 179 2
+ 189 188 186 190 2
+ 202 201 198 203 2
+ 213 212 210 214 2
+ 222 221 220 223 2
+ 224 223 221 225 2
+ 226 225 219 223 2
+ 230 229 227 231 2
+ 244 243 241 245 2
+ 255 254 252 256 2
+ 264 263 262 265 2
+ 266 265 263 267 2
+ 268 267 261 265 2
+ 272 271 269 273 2
+ 280 279 278 281 2
+ 282 281 279 283 2
+ 284 283 281 285 2
+ 286 285 283 287 2
+ 288 287 278 285 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 205 204 203 201 3
+ 206 204 203 201 -3
+ 208 207 203 201 3
+ 209 207 203 201 -3
+ 239 238 236 233 3
+ 240 238 236 233 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 15 9 11 12 -4
+ 16 9 11 12 4
+ 31 25 27 28 -4
+ 32 25 27 28 4
+ 37 25 33 34 -4
+ 38 25 33 34 4
+ 46 45 43 48 4
+ 47 45 43 48 -4
+ 70 69 67 72 4
+ 71 69 67 72 -4
+ 91 90 88 93 4
+ 92 90 88 93 -4
+ 94 93 90 96 4
+ 95 93 90 96 -4
+ 97 96 93 99 4
+ 98 96 93 99 -4
+ 100 99 96 104 4
+ 101 99 96 104 -4
+ 106 99 102 103 -4
+ 107 99 102 103 4
+ 115 114 112 117 4
+ 116 114 112 117 -4
+ 118 117 114 120 4
+ 119 117 114 120 -4
+ 130 129 127 132 4
+ 131 129 127 132 -4
+ 151 150 149 153 4
+ 152 150 149 153 -4
+ 154 153 150 156 4
+ 155 153 150 156 -4
+ 157 156 153 159 4
+ 158 156 153 159 -4
+ 165 164 163 167 4
+ 166 164 163 167 -4
+ 168 167 164 170 4
+ 169 167 164 170 -4
+ 171 170 167 173 4
+ 172 170 167 173 -4
+ 182 181 179 184 4
+ 183 181 179 184 -4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 196 195 192 198 4
+ 197 195 192 198 -4
+ 199 198 195 201 4
+ 200 198 195 201 -4
+ 217 216 214 219 4
+ 218 216 214 219 -4
+ 234 233 231 236 4
+ 235 233 231 236 -4
+ 248 247 245 250 4
+ 249 247 245 250 -4
+ 259 258 256 261 4
+ 260 258 256 261 -4
+ 276 275 273 278 4
+ 277 275 273 278 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 19 2
+ 10 9 7 13 17 2
+ 24 23 21 25 39 2
+ 26 25 23 29 35 2
+ 44 43 41 45 63 2
+ 68 67 65 69 84 2
+ 89 88 86 90 108 2
+ 113 112 110 114 123 2
+ 128 127 125 129 147 2
+ 160 159 149 156 161 2
+ 174 173 163 170 175 2
+ 180 179 177 181 186 2
+ 191 190 188 192 210 2
+ 215 214 212 216 227 2
+ 232 231 229 233 241 2
+ 246 245 243 247 252 2
+ 257 256 254 258 269 2
+ 274 273 271 275 289 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">277</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp NALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.517
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.517
+ 3 N3 34 ALA N 1 0.1414 0
+ 4 H 34 ALA H1 2 0.1997 0
+ 5 H 34 ALA H2 3 0.1997 0
+ 6 H 34 ALA H3 4 0.1997 0
+ 7 CT 34 ALA CA 5 0.0962 13.018
+ 8 HP 34 ALA HA 6 0.0889 0
+ 9 MCH3 34 ALA MCB1 7 0 7.517
+ 10 MCH3 34 ALA MCB2 7 0 7.517
+ 11 CT 34 ALA CB 7 -0.0597 0
+ 12 HC 34 ALA HB1 8 0.03 0
+ 13 HC 34 ALA HB2 9 0.03 0
+ 14 HC 34 ALA HB3 10 0.03 0
+ 15 C 34 ALA C 11 0.6163 12.01
+ 16 O 34 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 N 35 VAL N 13 -0.4157 15.018
+ 18 H 35 VAL H 14 0.2719 0
+ 19 CT 35 VAL CA 15 -0.0875 13.018
+ 20 H1 35 VAL HA 16 0.0969 0
+ 21 CT 35 VAL CB 17 0.2985 13.018
+ 22 HC 35 VAL HB 18 -0.0297 0
+ 23 MCH3 35 VAL MCG1 19 0 7.517
+ 24 MCH3 35 VAL MCG2 19 0 7.517
+ 25 CT 35 VAL CG1 19 -0.3192 0
+ 26 HC 35 VAL HG11 20 0.0791 0
+ 27 HC 35 VAL HG12 21 0.0791 0
+ 28 HC 35 VAL HG13 22 0.0791 0
+ 29 MCH3 35 VAL MCG1 23 0 7.517
+ 30 MCH3 35 VAL MCG2 23 0 7.517
+ 31 CT 35 VAL CG2 23 -0.3192 0
+ 32 HC 35 VAL HG21 24 0.0791 0
+ 33 HC 35 VAL HG22 25 0.0791 0
+ 34 HC 35 VAL HG23 26 0.0791 0
+ 35 C 35 VAL C 27 0.5973 12.01
+ 36 O 35 VAL O 28 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 37 N 36 PRO N 29 -0.2548 14.01
+ 38 CT 36 PRO CD 30 0.0192 14.026
+ 39 H1 36 PRO HD1 31 0.0391 0
+ 40 H1 36 PRO HD2 32 0.0391 0
+ 41 CT 36 PRO CG 33 0.0189 14.026
+ 42 HC 36 PRO HG1 34 0.0213 0
+ 43 HC 36 PRO HG2 35 0.0213 0
+ 44 CT 36 PRO CB 36 -0.007 14.026
+ 45 HC 36 PRO HB1 37 0.0253 0
+ 46 HC 36 PRO HB2 38 0.0253 0
+ 47 CT 36 PRO CA 39 -0.0266 13.018
+ 48 H1 36 PRO HA 40 0.0641 0
+ 49 C 36 PRO C 41 0.5896 12.01
+ 50 O 36 PRO O 42 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 51 N 37 GLY N 43 -0.4157 15.018
+ 52 H 37 GLY H 44 0.2719 0
+ 53 CT 37 GLY CA 45 -0.0252 14.026
+ 54 H1 37 GLY HA1 46 0.0698 0
+ 55 H1 37 GLY HA2 47 0.0698 0
+ 56 C 37 GLY C 48 0.5973 12.01
+ 57 O 37 GLY O 49 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 58 N 38 TYR N 50 -0.4157 15.018
+ 59 H 38 TYR H 51 0.2719 0
+ 60 CT 38 TYR CA 52 -0.0014 13.018
+ 61 H1 38 TYR HA 53 0.0876 0
+ 62 CT 38 TYR CB 54 -0.0152 14.026
+ 63 HC 38 TYR HB1 55 0.0295 0
+ 64 HC 38 TYR HB2 56 0.0295 0
+ 65 CA 38 TYR CG 57 -0.0011 12.01
+ 66 CA 38 TYR CD1 58 -0.1906 13.018
+ 67 HA 38 TYR HD1 59 0.1699 0
+ 68 CA 38 TYR CE1 60 -0.2341 13.018
+ 69 HA 38 TYR HE1 61 0.1656 0
+ 70 C 38 TYR CZ 62 0.3226 12.01
+ 71 OH 38 TYR OH 63 -0.5579 16
+ 72 HO 38 TYR HH 64 0.3992 1.008
+ 73 CA 38 TYR CE2 65 -0.2341 13.018
+ 74 HA 38 TYR HE2 66 0.1656 0
+ 75 CA 38 TYR CD2 67 -0.1906 13.018
+ 76 HA 38 TYR HD2 68 0.1699 0
+ 77 C 38 TYR C 69 0.5973 12.01
+ 78 O 38 TYR O 70 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 79 N 39 ASP N 71 -0.5163 15.018
+ 80 H 39 ASP H 72 0.2936 0
+ 81 CT 39 ASP CA 73 0.0381 13.018
+ 82 H1 39 ASP HA 74 0.088 0
+ 83 CT 39 ASP CB 75 -0.0303 14.026
+ 84 HC 39 ASP HB1 76 -0.0122 0
+ 85 HC 39 ASP HB2 77 -0.0122 0
+ 86 C 39 ASP CG 78 0.7994 12.01
+ 87 O2 39 ASP OD1 79 -0.8014 16
+ 88 O2 39 ASP OD2 80 -0.8014 16
+ 89 C 39 ASP C 81 0.5366 12.01
+ 90 O 39 ASP O 82 -0.5819 16 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYS q +1.0
+ 91 N 40 LYS N 83 -0.3479 15.018
+ 92 H 40 LYS H 84 0.2747 0
+ 93 CT 40 LYS CA 85 -0.24 13.018
+ 94 H1 40 LYS HA 86 0.1426 0
+ 95 CT 40 LYS CB 87 -0.0094 14.026
+ 96 HC 40 LYS HB1 88 0.0362 0
+ 97 HC 40 LYS HB2 89 0.0362 0
+ 98 CT 40 LYS CG 90 0.0187 14.026
+ 99 HC 40 LYS HG1 91 0.0103 0
+ 100 HC 40 LYS HG2 92 0.0103 0
+ 101 CT 40 LYS CD 93 -0.0479 14.026
+ 102 HC 40 LYS HD1 94 0.0621 0
+ 103 HC 40 LYS HD2 95 0.0621 0
+ 104 CT 40 LYS CE 96 -0.0143 14.026
+ 105 HP 40 LYS HE1 97 0.1135 0
+ 106 HP 40 LYS HE2 98 0.1135 0
+ 107 MNH3 40 LYS MNZ1 99 0 8.517
+ 108 MNH3 40 LYS MNZ2 99 0 8.517
+ 109 N3 40 LYS NZ 99 -0.3854 0
+ 110 H 40 LYS HZ1 100 0.34 0
+ 111 H 40 LYS HZ2 101 0.34 0
+ 112 H 40 LYS HZ3 102 0.34 0
+ 113 C 40 LYS C 103 0.7341 12.01
+ 114 O 40 LYS O 104 -0.5894 16 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 115 N 41 ILE N 105 -0.4157 15.018
+ 116 H 41 ILE H 106 0.2719 0
+ 117 CT 41 ILE CA 107 -0.0597 13.018
+ 118 H1 41 ILE HA 108 0.0869 0
+ 119 CT 41 ILE CB 109 0.1303 13.018
+ 120 HC 41 ILE HB 110 0.0187 0
+ 121 MCH3 41 ILE MCG1 111 0 7.517
+ 122 MCH3 41 ILE MCG2 111 0 7.517
+ 123 CT 41 ILE CG2 111 -0.3204 0
+ 124 HC 41 ILE HG21 112 0.0882 0
+ 125 HC 41 ILE HG22 113 0.0882 0
+ 126 HC 41 ILE HG23 114 0.0882 0
+ 127 CT 41 ILE CG1 115 -0.043 14.026
+ 128 HC 41 ILE HG11 116 0.0236 0
+ 129 HC 41 ILE HG12 117 0.0236 0
+ 130 MCH3 41 ILE MCD1 118 0 7.517
+ 131 MCH3 41 ILE MCD2 118 0 7.517
+ 132 CT 41 ILE CD 118 -0.066 0
+ 133 HC 41 ILE HD1 119 0.0186 0
+ 134 HC 41 ILE HD2 120 0.0186 0
+ 135 HC 41 ILE HD3 121 0.0186 0
+ 136 C 41 ILE C 122 0.5973 12.01
+ 137 O 41 ILE O 123 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 138 N 42 PRO N 124 -0.2548 14.01
+ 139 CT 42 PRO CD 125 0.0192 14.026
+ 140 H1 42 PRO HD1 126 0.0391 0
+ 141 H1 42 PRO HD2 127 0.0391 0
+ 142 CT 42 PRO CG 128 0.0189 14.026
+ 143 HC 42 PRO HG1 129 0.0213 0
+ 144 HC 42 PRO HG2 130 0.0213 0
+ 145 CT 42 PRO CB 131 -0.007 14.026
+ 146 HC 42 PRO HB1 132 0.0253 0
+ 147 HC 42 PRO HB2 133 0.0253 0
+ 148 CT 42 PRO CA 134 -0.0266 13.018
+ 149 H1 42 PRO HA 135 0.0641 0
+ 150 C 42 PRO C 136 0.5896 12.01
+ 151 O 42 PRO O 137 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 152 N 43 ASP N 138 -0.5163 15.018
+ 153 H 43 ASP H 139 0.2936 0
+ 154 CT 43 ASP CA 140 0.0381 13.018
+ 155 H1 43 ASP HA 141 0.088 0
+ 156 CT 43 ASP CB 142 -0.0303 14.026
+ 157 HC 43 ASP HB1 143 -0.0122 0
+ 158 HC 43 ASP HB2 144 -0.0122 0
+ 159 C 43 ASP CG 145 0.7994 12.01
+ 160 O2 43 ASP OD1 146 -0.8014 16
+ 161 O2 43 ASP OD2 147 -0.8014 16
+ 162 C 43 ASP C 148 0.5366 12.01
+ 163 O 43 ASP O 149 -0.5819 16 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 164 N 44 TYR N 150 -0.4157 15.018
+ 165 H 44 TYR H 151 0.2719 0
+ 166 CT 44 TYR CA 152 -0.0014 13.018
+ 167 H1 44 TYR HA 153 0.0876 0
+ 168 CT 44 TYR CB 154 -0.0152 14.026
+ 169 HC 44 TYR HB1 155 0.0295 0
+ 170 HC 44 TYR HB2 156 0.0295 0
+ 171 CA 44 TYR CG 157 -0.0011 12.01
+ 172 CA 44 TYR CD1 158 -0.1906 13.018
+ 173 HA 44 TYR HD1 159 0.1699 0
+ 174 CA 44 TYR CE1 160 -0.2341 13.018
+ 175 HA 44 TYR HE1 161 0.1656 0
+ 176 C 44 TYR CZ 162 0.3226 12.01
+ 177 OH 44 TYR OH 163 -0.5579 16
+ 178 HO 44 TYR HH 164 0.3992 1.008
+ 179 CA 44 TYR CE2 165 -0.2341 13.018
+ 180 HA 44 TYR HE2 166 0.1656 0
+ 181 CA 44 TYR CD2 167 -0.1906 13.018
+ 182 HA 44 TYR HD2 168 0.1699 0
+ 183 C 44 TYR C 169 0.5973 12.01
+ 184 O 44 TYR O 170 -0.5679 16 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HIE q 0.0
+ 185 N 45 HIS N 171 -0.4157 15.018
+ 186 H 45 HIS H 172 0.2719 0
+ 187 CT 45 HIS CA 173 -0.0581 13.018
+ 188 H1 45 HIS HA 174 0.136 0
+ 189 CT 45 HIS CB 175 -0.0074 14.026
+ 190 HC 45 HIS HB1 176 0.0367 0
+ 191 HC 45 HIS HB2 177 0.0367 0
+ 192 CC 45 HIS CG 178 0.1868 12.01
+ 193 NB 45 HIS ND1 179 -0.5432 14.01
+ 194 CR 45 HIS CE1 180 0.1635 13.018
+ 195 H5 45 HIS HE1 181 0.1435 0
+ 196 NA 45 HIS NE2 182 -0.2795 15.018
+ 197 H 45 HIS HE2 183 0.3339 0
+ 198 CW 45 HIS CD2 184 -0.2207 13.018
+ 199 H4 45 HIS HD2 185 0.1862 0
+ 200 C 45 HIS C 186 0.5973 12.01
+ 201 O 45 HIS O 187 -0.5679 16 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 202 N 46 MET N 188 -0.4157 15.018
+ 203 H 46 MET H 189 0.2719 0
+ 204 CT 46 MET CA 190 -0.0237 13.018
+ 205 H1 46 MET HA 191 0.088 0
+ 206 CT 46 MET CB 192 0.0342 14.026
+ 207 HC 46 MET HB1 193 0.0241 0
+ 208 HC 46 MET HB2 194 0.0241 0
+ 209 CT 46 MET CG 195 0.0018 14.026
+ 210 H1 46 MET HG1 196 0.044 0
+ 211 H1 46 MET HG2 197 0.044 0
+ 212 S 46 MET SD 198 -0.2737 32.06
+ 213 MCH3 46 MET MCE1 199 0 7.517
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+ 215 CT 46 MET CE 199 -0.0536 0
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+ 219 C 46 MET C 203 0.5973 12.01
+ 220 O 46 MET O 204 -0.5679 16 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 221 N 47 TRP N 205 -0.4157 15.018
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+ 226 HC 47 TRP HB1 210 0.0339 0
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+ 228 C* 47 TRP CG 212 -0.1415 12.01
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+ 243 C 47 TRP C 227 0.5973 12.01
+ 244 O 47 TRP O 228 -0.5679 16 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 245 N 48 VAL N 229 -0.4157 15.018
+ 246 H 48 VAL H 230 0.2719 0
+ 247 CT 48 VAL CA 231 -0.0875 13.018
+ 248 H1 48 VAL HA 232 0.0969 0
+ 249 CT 48 VAL CB 233 0.2985 13.018
+ 250 HC 48 VAL HB 234 -0.0297 0
+ 251 MCH3 48 VAL MCG1 235 0 7.517
+ 252 MCH3 48 VAL MCG2 235 0 7.517
+ 253 CT 48 VAL CG1 235 -0.3192 0
+ 254 HC 48 VAL HG11 236 0.0791 0
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+ 257 MCH3 48 VAL MCG1 239 0 7.517
+ 258 MCH3 48 VAL MCG2 239 0 7.517
+ 259 CT 48 VAL CG2 239 -0.3192 0
+ 260 HC 48 VAL HG21 240 0.0791 0
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+ 263 C 48 VAL C 243 0.5973 12.01
+ 264 O 48 VAL O 244 -0.5679 16 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp CALA q -1.0
+ 265 N 49 ALA N 245 -0.3821 15.018
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+ 275 C 49 ALA C 253 0.7731 12.01
+ 276 O2 49 ALA OC1 254 -0.8055 16
+ 277 O2 49 ALA OC2 255 -0.8055 16 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
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+ 269 270 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 271 267 275 277 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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+ 15 19 17 18 4
+ 19 37 35 36 4
+ 35 38 37 47 4
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+ 49 53 51 52 4
+ 53 58 56 57 4
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+ 65 68 66 67 4
+ 65 73 75 76 4
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+ 113 117 115 116 4
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+ 247 265 263 264 4
+ 263 267 265 266 4
+ 267 276 275 277 4
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
+ 12 7 9 10 1
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+ 26 21 23 24 1
+ 31 21 29 30 1
+ 32 21 29 30 1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
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+ 92 91 89 93 2
+ 116 115 113 117 2
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+ 197 196 194 198 2
+ 199 198 192 196 2
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+ 266 265 263 267 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 27 21 23 24 -4
+ 28 21 23 24 4
+ 33 21 29 30 -4
+ 34 21 29 30 4
+ 39 38 37 41 4
+ 40 38 37 41 -4
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+ 46 44 41 47 -4
+ 54 53 51 56 4
+ 55 53 51 56 -4
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+ 103 101 98 104 -4
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+ 126 119 121 122 4
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+ 144 142 139 145 -4
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+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 210 209 206 212 4
+ 211 209 206 212 -4
+ 217 212 213 214 -4
+ 218 212 213 214 4
+ 226 225 223 228 4
+ 227 225 223 228 -4
+ 255 249 251 252 -4
+ 256 249 251 252 4
+ 261 249 257 258 -4
+ 262 249 257 258 4
+ 273 267 269 270 -4
+ 274 267 269 270 4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 35 2
+ 22 21 19 25 31 2
+ 48 47 37 44 49 2
+ 61 60 58 62 77 2
+ 82 81 79 83 89 2
+ 94 93 91 95 113 2
+ 118 117 115 119 136 2
+ 120 119 117 123 127 2
+ 149 148 138 145 150 2
+ 155 154 152 156 162 2
+ 167 166 164 168 183 2
+ 188 187 185 189 200 2
+ 205 204 202 206 219 2
+ 224 223 221 225 243 2
+ 248 247 245 249 263 2
+ 250 249 247 253 259 2
+ 268 267 265 271 275 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">246</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp NLYS q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.517
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.517
+ 3 N3 50 LYS N 1 0.0966 0
+ 4 H 50 LYS H1 2 0.2165 0
+ 5 H 50 LYS H2 3 0.2165 0
+ 6 H 50 LYS H3 4 0.2165 0
+ 7 CT 50 LYS CA 5 -0.0015 13.018
+ 8 HP 50 LYS HA 6 0.118 0
+ 9 CT 50 LYS CB 7 0.0212 14.026
+ 10 HC 50 LYS HB1 8 0.0283 0
+ 11 HC 50 LYS HB2 9 0.0283 0
+ 12 CT 50 LYS CG 10 -0.0048 14.026
+ 13 HC 50 LYS HG1 11 0.0121 0
+ 14 HC 50 LYS HG2 12 0.0121 0
+ 15 CT 50 LYS CD 13 -0.0608 14.026
+ 16 HC 50 LYS HD1 14 0.0633 0
+ 17 HC 50 LYS HD2 15 0.0633 0
+ 18 CT 50 LYS CE 16 -0.0181 14.026
+ 19 HP 50 LYS HE1 17 0.1171 0
+ 20 HP 50 LYS HE2 18 0.1171 0
+ 21 MNH3 50 LYS MNZ1 19 0 8.517
+ 22 MNH3 50 LYS MNZ2 19 0 8.517
+ 23 N3 50 LYS NZ 19 -0.3764 0
+ 24 H 50 LYS HZ1 20 0.3382 0
+ 25 H 50 LYS HZ2 21 0.3382 0
+ 26 H 50 LYS HZ3 22 0.3382 0
+ 27 C 50 LYS C 23 0.7214 12.01
+ 28 O 50 LYS O 24 -0.6013 16 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 29 N 51 SER N 25 -0.4157 15.018
+ 30 H 51 SER H 26 0.2719 0
+ 31 CT 51 SER CA 27 -0.0249 13.018
+ 32 H1 51 SER HA 28 0.0843 0
+ 33 CT 51 SER CB 29 0.2117 14.026
+ 34 H1 51 SER HB1 30 0.0352 0
+ 35 H1 51 SER HB2 31 0.0352 0
+ 36 OH 51 SER OG 32 -0.6546 16
+ 37 HO 51 SER HG 33 0.4275 1.008
+ 38 C 51 SER C 34 0.5973 12.01
+ 39 O 51 SER O 35 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 40 N 52 GLY N 36 -0.4157 15.018
+ 41 H 52 GLY H 37 0.2719 0
+ 42 CT 52 GLY CA 38 -0.0252 14.026
+ 43 H1 52 GLY HA1 39 0.0698 0
+ 44 H1 52 GLY HA2 40 0.0698 0
+ 45 C 52 GLY C 41 0.5973 12.01
+ 46 O 52 GLY O 42 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 47 N 53 TYR N 43 -0.4157 15.018
+ 48 H 53 TYR H 44 0.2719 0
+ 49 CT 53 TYR CA 45 -0.0014 13.018
+ 50 H1 53 TYR HA 46 0.0876 0
+ 51 CT 53 TYR CB 47 -0.0152 14.026
+ 52 HC 53 TYR HB1 48 0.0295 0
+ 53 HC 53 TYR HB2 49 0.0295 0
+ 54 CA 53 TYR CG 50 -0.0011 12.01
+ 55 CA 53 TYR CD1 51 -0.1906 13.018
+ 56 HA 53 TYR HD1 52 0.1699 0
+ 57 CA 53 TYR CE1 53 -0.2341 13.018
+ 58 HA 53 TYR HE1 54 0.1656 0
+ 59 C 53 TYR CZ 55 0.3226 12.01
+ 60 OH 53 TYR OH 56 -0.5579 16
+ 61 HO 53 TYR HH 57 0.3992 1.008
+ 62 CA 53 TYR CE2 58 -0.2341 13.018
+ 63 HA 53 TYR HE2 59 0.1656 0
+ 64 CA 53 TYR CD2 60 -0.1906 13.018
+ 65 HA 53 TYR HD2 61 0.1699 0
+ 66 C 53 TYR C 62 0.5973 12.01
+ 67 O 53 TYR O 63 -0.5679 16 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 68 N 54 ASP N 64 -0.5163 15.018
+ 69 H 54 ASP H 65 0.2936 0
+ 70 CT 54 ASP CA 66 0.0381 13.018
+ 71 H1 54 ASP HA 67 0.088 0
+ 72 CT 54 ASP CB 68 -0.0303 14.026
+ 73 HC 54 ASP HB1 69 -0.0122 0
+ 74 HC 54 ASP HB2 70 -0.0122 0
+ 75 C 54 ASP CG 71 0.7994 12.01
+ 76 O2 54 ASP OD1 72 -0.8014 16
+ 77 O2 54 ASP OD2 73 -0.8014 16
+ 78 C 54 ASP C 74 0.5366 12.01
+ 79 O 54 ASP O 75 -0.5819 16 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 80 N 55 ALA N 76 -0.4157 15.018
+ 81 H 55 ALA H 77 0.2719 0
+ 82 CT 55 ALA CA 78 0.0337 13.018
+ 83 H1 55 ALA HA 79 0.0823 0
+ 84 MCH3 55 ALA MCB1 80 0 7.517
+ 85 MCH3 55 ALA MCB2 80 0 7.517
+ 86 CT 55 ALA CB 80 -0.1825 0
+ 87 HC 55 ALA HB1 81 0.0603 0
+ 88 HC 55 ALA HB2 82 0.0603 0
+ 89 HC 55 ALA HB3 83 0.0603 0
+ 90 C 55 ALA C 84 0.5973 12.01
+ 91 O 55 ALA O 85 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 92 N 56 PRO N 86 -0.2548 14.01
+ 93 CT 56 PRO CD 87 0.0192 14.026
+ 94 H1 56 PRO HD1 88 0.0391 0
+ 95 H1 56 PRO HD2 89 0.0391 0
+ 96 CT 56 PRO CG 90 0.0189 14.026
+ 97 HC 56 PRO HG1 91 0.0213 0
+ 98 HC 56 PRO HG2 92 0.0213 0
+ 99 CT 56 PRO CB 93 -0.007 14.026
+ 100 HC 56 PRO HB1 94 0.0253 0
+ 101 HC 56 PRO HB2 95 0.0253 0
+ 102 CT 56 PRO CA 96 -0.0266 13.018
+ 103 H1 56 PRO HA 97 0.0641 0
+ 104 C 56 PRO C 98 0.5896 12.01
+ 105 O 56 PRO O 99 -0.5748 16 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 106 N 57 PHE N 100 -0.4157 15.018
+ 107 H 57 PHE H 101 0.2719 0
+ 108 CT 57 PHE CA 102 -0.0024 13.018
+ 109 H1 57 PHE HA 103 0.0978 0
+ 110 CT 57 PHE CB 104 -0.0343 14.026
+ 111 HC 57 PHE HB1 105 0.0295 0
+ 112 HC 57 PHE HB2 106 0.0295 0
+ 113 CA 57 PHE CG 107 0.0118 12.01
+ 114 CA 57 PHE CD1 108 -0.1256 13.018
+ 115 HA 57 PHE HD1 109 0.133 0
+ 116 CA 57 PHE CE1 110 -0.1704 13.018
+ 117 HA 57 PHE HE1 111 0.143 0
+ 118 CA 57 PHE CZ 112 -0.1072 13.018
+ 119 HA 57 PHE HZ 113 0.1297 0
+ 120 CA 57 PHE CE2 114 -0.1704 13.018
+ 121 HA 57 PHE HE2 115 0.143 0
+ 122 CA 57 PHE CD2 116 -0.1256 13.018
+ 123 HA 57 PHE HD2 117 0.133 0
+ 124 C 57 PHE C 118 0.5973 12.01
+ 125 O 57 PHE O 119 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 126 N 58 THR N 120 -0.4157 15.018
+ 127 H 58 THR H 121 0.2719 0
+ 128 CT 58 THR CA 122 -0.0389 13.018
+ 129 H1 58 THR HA 123 0.1007 0
+ 130 CT 58 THR CB 124 0.3654 13.018
+ 131 H1 58 THR HB 125 0.0043 0
+ 132 MCH3 58 THR MCG1 126 0 7.517
+ 133 MCH3 58 THR MCG2 126 0 7.517
+ 134 CT 58 THR CG2 126 -0.2438 0
+ 135 HC 58 THR HG21 127 0.0642 0
+ 136 HC 58 THR HG22 128 0.0642 0
+ 137 HC 58 THR HG23 129 0.0642 0
+ 138 OH 58 THR OG1 130 -0.6761 16
+ 139 HO 58 THR HG1 131 0.4102 1.008
+ 140 C 58 THR C 132 0.5973 12.01
+ 141 O 58 THR O 133 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 142 N 59 ILE N 134 -0.4157 15.018
+ 143 H 59 ILE H 135 0.2719 0
+ 144 CT 59 ILE CA 136 -0.0597 13.018
+ 145 H1 59 ILE HA 137 0.0869 0
+ 146 CT 59 ILE CB 138 0.1303 13.018
+ 147 HC 59 ILE HB 139 0.0187 0
+ 148 MCH3 59 ILE MCG1 140 0 7.517
+ 149 MCH3 59 ILE MCG2 140 0 7.517
+ 150 CT 59 ILE CG2 140 -0.3204 0
+ 151 HC 59 ILE HG21 141 0.0882 0
+ 152 HC 59 ILE HG22 142 0.0882 0
+ 153 HC 59 ILE HG23 143 0.0882 0
+ 154 CT 59 ILE CG1 144 -0.043 14.026
+ 155 HC 59 ILE HG11 145 0.0236 0
+ 156 HC 59 ILE HG12 146 0.0236 0
+ 157 MCH3 59 ILE MCD1 147 0 7.517
+ 158 MCH3 59 ILE MCD2 147 0 7.517
+ 159 CT 59 ILE CD 147 -0.066 0
+ 160 HC 59 ILE HD1 148 0.0186 0
+ 161 HC 59 ILE HD2 149 0.0186 0
+ 162 HC 59 ILE HD3 150 0.0186 0
+ 163 C 59 ILE C 151 0.5973 12.01
+ 164 O 59 ILE O 152 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HIE q 0.0
+ 165 N 60 HIS N 153 -0.4157 15.018
+ 166 H 60 HIS H 154 0.2719 0
+ 167 CT 60 HIS CA 155 -0.0581 13.018
+ 168 H1 60 HIS HA 156 0.136 0
+ 169 CT 60 HIS CB 157 -0.0074 14.026
+ 170 HC 60 HIS HB1 158 0.0367 0
+ 171 HC 60 HIS HB2 159 0.0367 0
+ 172 CC 60 HIS CG 160 0.1868 12.01
+ 173 NB 60 HIS ND1 161 -0.5432 14.01
+ 174 CR 60 HIS CE1 162 0.1635 13.018
+ 175 H5 60 HIS HE1 163 0.1435 0
+ 176 NA 60 HIS NE2 164 -0.2795 15.018
+ 177 H 60 HIS HE2 165 0.3339 0
+ 178 CW 60 HIS CD2 166 -0.2207 13.018
+ 179 H4 60 HIS HD2 167 0.1862 0
+ 180 C 60 HIS C 168 0.5973 12.01
+ 181 O 60 HIS O 169 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 182 N 61 VAL N 170 -0.4157 15.018
+ 183 H 61 VAL H 171 0.2719 0
+ 184 CT 61 VAL CA 172 -0.0875 13.018
+ 185 H1 61 VAL HA 173 0.0969 0
+ 186 CT 61 VAL CB 174 0.2985 13.018
+ 187 HC 61 VAL HB 175 -0.0297 0
+ 188 MCH3 61 VAL MCG1 176 0 7.517
+ 189 MCH3 61 VAL MCG2 176 0 7.517
+ 190 CT 61 VAL CG1 176 -0.3192 0
+ 191 HC 61 VAL HG11 177 0.0791 0
+ 192 HC 61 VAL HG12 178 0.0791 0
+ 193 HC 61 VAL HG13 179 0.0791 0
+ 194 MCH3 61 VAL MCG1 180 0 7.517
+ 195 MCH3 61 VAL MCG2 180 0 7.517
+ 196 CT 61 VAL CG2 180 -0.3192 0
+ 197 HC 61 VAL HG21 181 0.0791 0
+ 198 HC 61 VAL HG22 182 0.0791 0
+ 199 HC 61 VAL HG23 183 0.0791 0
+ 200 C 61 VAL C 184 0.5973 12.01
+ 201 O 61 VAL O 185 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYS q 0.0
+ 202 N 62 CYS N 186 -0.4157 15.018
+ 203 H 62 CYS H 187 0.2719 0
+ 204 CT 62 CYS CA 188 0.0213 13.018
+ 205 H1 62 CYS HA 189 0.1124 0
+ 206 CT 62 CYS CB 190 -0.1231 14.026
+ 207 H1 62 CYS HB1 191 0.1112 0
+ 208 H1 62 CYS HB2 192 0.1112 0
+ 209 SH 62 CYS SG 193 -0.3119 32.06
+ 210 HS 62 CYS HG 194 0.1933 1.008
+ 211 C 62 CYS C 195 0.5973 12.01
+ 212 O 62 CYS O 196 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 213 N 63 GLY N 197 -0.4157 15.018
+ 214 H 63 GLY H 198 0.2719 0
+ 215 CT 63 GLY CA 199 -0.0252 14.026
+ 216 H1 63 GLY HA1 200 0.0698 0
+ 217 H1 63 GLY HA2 201 0.0698 0
+ 218 C 63 GLY C 202 0.5973 12.01
+ 219 O 63 GLY O 203 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 220 N 64 ALA N 204 -0.4157 15.018
+ 221 H 64 ALA H 205 0.2719 0
+ 222 CT 64 ALA CA 206 0.0337 13.018
+ 223 H1 64 ALA HA 207 0.0823 0
+ 224 MCH3 64 ALA MCB1 208 0 7.517
+ 225 MCH3 64 ALA MCB2 208 0 7.517
+ 226 CT 64 ALA CB 208 -0.1825 0
+ 227 HC 64 ALA HB1 209 0.0603 0
+ 228 HC 64 ALA HB2 210 0.0603 0
+ 229 HC 64 ALA HB3 211 0.0603 0
+ 230 C 64 ALA C 212 0.5973 12.01
+ 231 O 64 ALA O 213 -0.5679 16 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp CPRO q -1.0
+ 232 N 65 PRO N 214 -0.2802 14.01
+ 233 CT 65 PRO CD 215 0.0434 14.026
+ 234 H1 65 PRO HD1 216 0.0331 0
+ 235 H1 65 PRO HD2 217 0.0331 0
+ 236 CT 65 PRO CG 218 0.0466 14.026
+ 237 HC 65 PRO HG1 219 0.0172 0
+ 238 HC 65 PRO HG2 220 0.0172 0
+ 239 CT 65 PRO CB 221 -0.0543 14.026
+ 240 HC 65 PRO HB1 222 0.0381 0
+ 241 HC 65 PRO HB2 223 0.0381 0
+ 242 CT 65 PRO CA 224 -0.1336 13.018
+ 243 H1 65 PRO HA 225 0.0776 0
+ 244 C 65 PRO C 226 0.6631 12.01
+ 245 O2 65 PRO OC1 227 -0.7697 16
+ 246 O2 65 PRO OC2 228 -0.7697 16 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 1
+ 3 5 1
+ 3 6 1
+ 3 7 1
+ 7 8 1
+ 7 9 1
+ 7 27 1
+ 9 10 1
+ 9 11 1
+ 9 12 1
+ 12 13 1
+ 12 14 1
+ 12 15 1
+ 15 16 1
+ 15 17 1
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+ 147 146 154 159 9
+ 150 146 154 155 9
+ 150 146 154 156 9
+ 150 146 154 159 9
+ 146 154 159 160 9
+ 146 154 159 161 9
+ 146 154 159 162 9
+ 155 154 159 160 9
+ 155 154 159 161 9
+ 155 154 159 162 9
+ 156 154 159 160 9
+ 156 154 159 161 9
+ 156 154 159 162 9
+ 144 163 165 166 9
+ 144 163 165 167 9
+ 164 163 165 166 9
+ 164 163 165 167 9
+ 163 165 167 168 9
+ 163 165 167 169 9
+ 163 165 167 180 9
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+ 168 167 169 171 9
+ 168 167 169 172 9
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+ 180 167 169 171 9
+ 180 167 169 172 9
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+ 168 167 180 182 9
+ 169 167 180 181 9
+ 169 167 180 182 9
+ 167 169 172 173 9
+ 167 169 172 178 9
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+ 170 169 172 178 9
+ 171 169 172 173 9
+ 171 169 172 178 9
+ 169 172 173 174 9
+ 178 172 173 174 9
+ 169 172 178 176 9
+ 169 172 178 179 9
+ 173 172 178 176 9
+ 173 172 178 179 9
+ 172 173 174 175 9
+ 172 173 174 176 9
+ 173 174 176 177 9
+ 173 174 176 178 9
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+ 175 174 176 178 9
+ 174 176 178 172 9
+ 174 176 178 179 9
+ 177 176 178 172 9
+ 177 176 178 179 9
+ 167 180 182 183 9
+ 167 180 182 184 9
+ 181 180 182 183 9
+ 181 180 182 184 9
+ 180 182 184 185 9
+ 180 182 184 186 9
+ 180 182 184 200 9
+ 183 182 184 185 9
+ 183 182 184 186 9
+ 183 182 184 200 9
+ 182 184 186 187 9
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+ 182 184 186 196 9
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+ 185 184 186 190 9
+ 185 184 186 196 9
+ 200 184 186 187 9
+ 200 184 186 190 9
+ 200 184 186 196 9
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+ 186 184 200 202 9
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+ 187 186 190 192 9
+ 187 186 190 193 9
+ 196 186 190 191 9
+ 196 186 190 192 9
+ 196 186 190 193 9
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+ 184 186 196 198 9
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+ 187 186 196 199 9
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+ 190 186 196 198 9
+ 190 186 196 199 9
+ 184 200 202 203 9
+ 184 200 202 204 9
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+ 205 204 211 213 9
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+ 211 213 215 218 9
+ 214 213 215 216 9
+ 214 213 215 217 9
+ 214 213 215 218 9
+ 213 215 218 219 9
+ 213 215 218 220 9
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+ 216 215 218 220 9
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+ 217 215 218 220 9
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+ 215 218 220 222 9
+ 219 218 220 221 9
+ 219 218 220 222 9
+ 218 220 222 223 9
+ 218 220 222 226 9
+ 218 220 222 230 9
+ 221 220 222 223 9
+ 221 220 222 226 9
+ 221 220 222 230 9
+ 220 222 226 227 9
+ 220 222 226 228 9
+ 220 222 226 229 9
+ 223 222 226 227 9
+ 223 222 226 228 9
+ 223 222 226 229 9
+ 230 222 226 227 9
+ 230 222 226 228 9
+ 230 222 226 229 9
+ 220 222 230 231 9
+ 220 222 230 232 9
+ 223 222 230 231 9
+ 223 222 230 232 9
+ 226 222 230 231 9
+ 226 222 230 232 9
+ 222 230 232 233 9
+ 222 230 232 242 9
+ 231 230 232 233 9
+ 231 230 232 242 9
+ 230 232 233 234 9
+ 230 232 233 235 9
+ 230 232 233 236 9
+ 242 232 233 234 9
+ 242 232 233 235 9
+ 242 232 233 236 9
+ 230 232 242 239 9
+ 230 232 242 243 9
+ 230 232 242 244 9
+ 233 232 242 239 9
+ 233 232 242 243 9
+ 233 232 242 244 9
+ 232 233 236 237 9
+ 232 233 236 238 9
+ 232 233 236 239 9
+ 234 233 236 237 9
+ 234 233 236 238 9
+ 234 233 236 239 9
+ 235 233 236 237 9
+ 235 233 236 238 9
+ 235 233 236 239 9
+ 233 236 239 240 9
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+ 237 236 239 240 9
+ 237 236 239 241 9
+ 237 236 239 242 9
+ 238 236 239 240 9
+ 238 236 239 241 9
+ 238 236 239 242 9
+ 236 239 242 232 9
+ 236 239 242 243 9
+ 236 239 242 244 9
+ 240 239 242 232 9
+ 240 239 242 243 9
+ 240 239 242 244 9
+ 241 239 242 232 9
+ 241 239 242 243 9
+ 241 239 242 244 9
+ 232 242 244 245 9
+ 232 242 244 246 9
+ 239 242 244 245 9
+ 239 242 244 246 9
+ 243 242 244 245 9
+ 243 242 244 246 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 29 27 28 4
+ 27 31 29 30 4
+ 31 40 38 39 4
+ 38 42 40 41 4
+ 42 47 45 46 4
+ 45 49 47 48 4
+ 49 68 66 67 4
+ 51 54 64 55 4
+ 54 57 55 56 4
+ 54 62 64 65 4
+ 55 59 57 58 4
+ 57 62 59 60 4
+ 59 64 62 63 4
+ 66 70 68 69 4
+ 70 80 78 79 4
+ 72 76 75 77 4
+ 78 82 80 81 4
+ 82 92 90 91 4
+ 90 93 92 102 4
+ 102 106 104 105 4
+ 104 108 106 107 4
+ 108 126 124 125 4
+ 110 113 122 114 4
+ 113 116 114 115 4
+ 113 120 122 123 4
+ 114 118 116 117 4
+ 116 120 118 119 4
+ 118 122 120 121 4
+ 124 128 126 127 4
+ 128 142 140 141 4
+ 140 144 142 143 4
+ 144 165 163 164 4
+ 163 167 165 166 4
+ 167 182 180 181 4
+ 169 172 178 173 4
+ 172 176 178 179 4
+ 173 176 174 175 4
+ 174 178 176 177 4
+ 180 184 182 183 4
+ 184 202 200 201 4
+ 200 204 202 203 4
+ 204 213 211 212 4
+ 211 215 213 214 4
+ 215 220 218 219 4
+ 218 222 220 221 4
+ 222 232 230 231 4
+ 230 233 232 242 4
+ 242 245 244 246 4
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 23 18 21 22 1
+ 24 18 21 22 1
+ 86 82 84 85 1
+ 87 82 84 85 1
+ 134 130 132 133 1
+ 135 130 132 133 1
+ 150 146 148 149 1
+ 151 146 148 149 1
+ 159 154 157 158 1
+ 160 154 157 158 1
+ 190 186 188 189 1
+ 191 186 188 189 1
+ 196 186 194 195 1
+ 197 186 194 195 1
+ 226 222 224 225 1
+ 227 222 224 225 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 30 29 27 31 2
+ 41 40 38 42 2
+ 48 47 45 49 2
+ 56 55 54 57 2
+ 58 57 55 59 2
+ 63 62 59 64 2
+ 65 64 54 62 2
+ 69 68 66 70 2
+ 81 80 78 82 2
+ 107 106 104 108 2
+ 115 114 113 116 2
+ 117 116 114 118 2
+ 119 118 116 120 2
+ 121 120 118 122 2
+ 123 122 113 120 2
+ 127 126 124 128 2
+ 143 142 140 144 2
+ 166 165 163 167 2
+ 175 174 173 176 2
+ 177 176 174 178 2
+ 179 178 172 176 2
+ 183 182 180 184 2
+ 203 202 200 204 2
+ 214 213 211 215 2
+ 221 220 218 222 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 10 9 7 12 4
+ 11 9 7 12 -4
+ 13 12 9 15 4
+ 14 12 9 15 -4
+ 16 15 12 18 4
+ 17 15 12 18 -4
+ 19 18 15 23 4
+ 20 18 15 23 -4
+ 25 18 21 22 -4
+ 26 18 21 22 4
+ 34 33 31 36 4
+ 35 33 31 36 -4
+ 43 42 40 45 4
+ 44 42 40 45 -4
+ 52 51 49 54 4
+ 53 51 49 54 -4
+ 73 72 70 75 4
+ 74 72 70 75 -4
+ 88 82 84 85 -4
+ 89 82 84 85 4
+ 94 93 92 96 4
+ 95 93 92 96 -4
+ 97 96 93 99 4
+ 98 96 93 99 -4
+ 100 99 96 102 4
+ 101 99 96 102 -4
+ 111 110 108 113 4
+ 112 110 108 113 -4
+ 136 130 132 133 -4
+ 137 130 132 133 4
+ 152 146 148 149 -4
+ 153 146 148 149 4
+ 155 154 146 159 4
+ 156 154 146 159 -4
+ 161 154 157 158 -4
+ 162 154 157 158 4
+ 170 169 167 172 4
+ 171 169 167 172 -4
+ 192 186 188 189 -4
+ 193 186 188 189 4
+ 198 186 194 195 -4
+ 199 186 194 195 4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 216 215 213 218 4
+ 217 215 213 218 -4
+ 228 222 224 225 -4
+ 229 222 224 225 4
+ 234 233 232 236 4
+ 235 233 232 236 -4
+ 237 236 233 239 4
+ 238 236 233 239 -4
+ 240 239 236 242 4
+ 241 239 236 242 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 27 2
+ 32 31 29 33 38 2
+ 50 49 47 51 66 2
+ 71 70 68 72 78 2
+ 83 82 80 86 90 2
+ 103 102 92 99 104 2
+ 109 108 106 110 124 2
+ 129 128 126 130 140 2
+ 131 130 128 134 138 2
+ 145 144 142 146 163 2
+ 147 146 144 150 154 2
+ 168 167 165 169 180 2
+ 185 184 182 186 200 2
+ 187 186 184 190 196 2
+ 205 204 202 206 211 2
+ 223 222 220 226 230 2
+ 243 242 232 239 244 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">252</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NH3 2 ALA N 1 -0.3 14.007
+ 2 HC 2 ALA H1 2 0.33 1.008
+ 3 HC 2 ALA H2 3 0.33 1.008
+ 4 HC 2 ALA H3 4 0.33 1.008
+ 5 CT1 2 ALA CA 5 0.21 12.011
+ 6 HB 2 ALA HA 6 0.1 1.008
+ 7 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 12.011
+ 8 HA 2 ALA HB1 8 0.09 1.008
+ 9 HA 2 ALA HB2 9 0.09 1.008
+ 10 HA 2 ALA HB3 10 0.09 1.008
+ 11 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
+ 12 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
+ 13 NH1 3 CYS N 13 -0.47 14.007
+ 14 H 3 CYS HN 14 0.31 1.008
+ 15 CT1 3 CYS CA 15 0.07 12.011
+ 16 HB 3 CYS HA 16 0.09 1.008
+ 17 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 12.011
+ 18 HA 3 CYS HB1 18 0.09 1.008
+ 19 HA 3 CYS HB2 19 0.09 1.008
+ 20 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
+ 21 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
+ 22 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
+ 23 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 24 NH1 4 ASP N 24 -0.47 14.007
+ 25 H 4 ASP HN 25 0.31 1.008
+ 26 CT1 4 ASP CA 26 0.07 12.011
+ 27 HB 4 ASP HA 27 0.09 1.008
+ 28 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 12.011
+ 29 HA 4 ASP HB1 29 0.09 1.008
+ 30 HA 4 ASP HB2 30 0.09 1.008
+ 31 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
+ 32 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
+ 33 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
+ 34 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
+ 35 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 36 NH1 5 GLU N 36 -0.47 14.007
+ 37 H 5 GLU HN 37 0.31 1.008
+ 38 CT1 5 GLU CA 38 0.07 12.011
+ 39 HB 5 GLU HA 39 0.09 1.008
+ 40 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 12.011
+ 41 HA 5 GLU HB1 41 0.09 1.008
+ 42 HA 5 GLU HB2 42 0.09 1.008
+ 43 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 12.011
+ 44 HA 5 GLU HG1 44 0.09 1.008
+ 45 HA 5 GLU HG2 45 0.09 1.008
+ 46 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
+ 47 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
+ 48 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
+ 49 C 5 GLU C 49 0.51 12.011
+ 50 O 5 GLU O 50 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 51 NH1 6 PHE N 51 -0.47 14.007
+ 52 H 6 PHE HN 52 0.31 1.008
+ 53 CT1 6 PHE CA 53 0.07 12.011
+ 54 HB 6 PHE HA 54 0.09 1.008
+ 55 CT2 6 PHE CB 55 -0.18 12.011
+ 56 HA 6 PHE HB1 56 0.09 1.008
+ 57 HA 6 PHE HB2 57 0.09 1.008
+ 58 CA 6 PHE CG 58 0 12.011
+ 59 CA 6 PHE CD1 59 -0.115 12.011
+ 60 HP 6 PHE HD1 60 0.115 1.008
+ 61 CA 6 PHE CE1 61 -0.115 12.011
+ 62 HP 6 PHE HE1 62 0.115 1.008
+ 63 CA 6 PHE CZ 63 -0.115 12.011
+ 64 HP 6 PHE HZ 64 0.115 1.008
+ 65 CA 6 PHE CD2 65 -0.115 12.011
+ 66 HP 6 PHE HD2 66 0.115 1.008
+ 67 CA 6 PHE CE2 67 -0.115 12.011
+ 68 HP 6 PHE HE2 68 0.115 1.008
+ 69 C 6 PHE C 69 0.51 12.011
+ 70 O 6 PHE O 70 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 71 NH1 7 GLY N 71 -0.47 14.007
+ 72 H 7 GLY HN 72 0.31 1.008
+ 73 CT2 7 GLY CA 73 -0.02 12.011
+ 74 HB 7 GLY HA1 74 0.09 1.008
+ 75 HB 7 GLY HA2 75 0.09 1.008
+ 76 C 7 GLY C 76 0.51 12.011
+ 77 O 7 GLY O 77 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
+ 78 NH1 8 HIS N 78 -0.47 14.007
+ 79 H 8 HIS HN 79 0.31 1.008
+ 80 CT1 8 HIS CA 80 0.07 12.011
+ 81 HB 8 HIS HA 81 0.09 1.008
+ 82 CT2 8 HIS CB 82 -0.08 12.011
+ 83 HA 8 HIS HB1 83 0.09 1.008
+ 84 HA 8 HIS HB2 84 0.09 1.008
+ 85 NR2 8 HIS ND1 85 -0.7 14.007
+ 86 CPH1 8 HIS CG 86 0.22 12.011
+ 87 CPH2 8 HIS CE1 87 0.25 12.011
+ 88 HR1 8 HIS HE1 88 0.13 1.008
+ 89 NR1 8 HIS NE2 89 -0.36 14.007
+ 90 H 8 HIS HE2 90 0.32 1.008
+ 91 CPH1 8 HIS CD2 91 -0.05 12.011
+ 92 HR3 8 HIS HD2 92 0.09 1.008
+ 93 C 8 HIS C 93 0.51 12.011
+ 94 O 8 HIS O 94 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 NH1 9 ILE N 95 -0.47 14.007
+ 96 H 9 ILE HN 96 0.31 1.008
+ 97 CT1 9 ILE CA 97 0.07 12.011
+ 98 HB 9 ILE HA 98 0.09 1.008
+ 99 CT1 9 ILE CB 99 -0.09 12.011
+ 100 HA 9 ILE HB 100 0.09 1.008
+ 101 CT3 9 ILE CG2 101 -0.27 12.011
+ 102 HA 9 ILE HG21 102 0.09 1.008
+ 103 HA 9 ILE HG22 103 0.09 1.008
+ 104 HA 9 ILE HG23 104 0.09 1.008
+ 105 CT2 9 ILE CG1 105 -0.18 12.011
+ 106 HA 9 ILE HG11 106 0.09 1.008
+ 107 HA 9 ILE HG12 107 0.09 1.008
+ 108 CT3 9 ILE CD 108 -0.27 12.011
+ 109 HA 9 ILE HD1 109 0.09 1.008
+ 110 HA 9 ILE HD2 110 0.09 1.008
+ 111 HA 9 ILE HD3 111 0.09 1.008
+ 112 C 9 ILE C 112 0.51 12.011
+ 113 O 9 ILE O 113 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYS q +1.0
+ 114 NH1 10 LYS N 114 -0.47 14.007
+ 115 H 10 LYS HN 115 0.31 1.008
+ 116 CT1 10 LYS CA 116 0.07 12.011
+ 117 HB 10 LYS HA 117 0.09 1.008
+ 118 CT2 10 LYS CB 118 -0.18 12.011
+ 119 HA 10 LYS HB1 119 0.09 1.008
+ 120 HA 10 LYS HB2 120 0.09 1.008
+ 121 CT2 10 LYS CG 121 -0.18 12.011
+ 122 HA 10 LYS HG1 122 0.09 1.008
+ 123 HA 10 LYS HG2 123 0.09 1.008
+ 124 CT2 10 LYS CD 124 -0.18 12.011
+ 125 HA 10 LYS HD1 125 0.09 1.008
+ 126 HA 10 LYS HD2 126 0.09 1.008
+ 127 CT2 10 LYS CE 127 0.21 12.011
+ 128 HA 10 LYS HE1 128 0.05 1.008
+ 129 HA 10 LYS HE2 129 0.05 1.008
+ 130 NH3 10 LYS NZ 130 -0.3 14.007
+ 131 HC 10 LYS HZ1 131 0.33 1.008
+ 132 HC 10 LYS HZ2 132 0.33 1.008
+ 133 HC 10 LYS HZ3 133 0.33 1.008
+ 134 C 10 LYS C 134 0.51 12.011
+ 135 O 10 LYS O 135 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 136 NH1 11 LEU N 136 -0.47 14.007
+ 137 H 11 LEU HN 137 0.31 1.008
+ 138 CT1 11 LEU CA 138 0.07 12.011
+ 139 HB 11 LEU HA 139 0.09 1.008
+ 140 CT2 11 LEU CB 140 -0.18 12.011
+ 141 HA 11 LEU HB1 141 0.09 1.008
+ 142 HA 11 LEU HB2 142 0.09 1.008
+ 143 CT1 11 LEU CG 143 -0.09 12.011
+ 144 HA 11 LEU HG 144 0.09 1.008
+ 145 CT3 11 LEU CD1 145 -0.27 12.011
+ 146 HA 11 LEU HD11 146 0.09 1.008
+ 147 HA 11 LEU HD12 147 0.09 1.008
+ 148 HA 11 LEU HD13 148 0.09 1.008
+ 149 CT3 11 LEU CD2 149 -0.27 12.011
+ 150 HA 11 LEU HD21 150 0.09 1.008
+ 151 HA 11 LEU HD22 151 0.09 1.008
+ 152 HA 11 LEU HD23 152 0.09 1.008
+ 153 C 11 LEU C 153 0.51 12.011
+ 154 O 11 LEU O 154 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 155 NH1 12 MET N 155 -0.47 14.007
+ 156 H 12 MET HN 156 0.31 1.008
+ 157 CT1 12 MET CA 157 0.07 12.011
+ 158 HB 12 MET HA 158 0.09 1.008
+ 159 CT2 12 MET CB 159 -0.18 12.011
+ 160 HA 12 MET HB1 160 0.09 1.008
+ 161 HA 12 MET HB2 161 0.09 1.008
+ 162 CT2 12 MET CG 162 -0.14 12.011
+ 163 HA 12 MET HG1 163 0.09 1.008
+ 164 HA 12 MET HG2 164 0.09 1.008
+ 165 S 12 MET SD 165 -0.09 32.06
+ 166 CT3 12 MET CE 166 -0.22 12.011
+ 167 HA 12 MET HE1 167 0.09 1.008
+ 168 HA 12 MET HE2 168 0.09 1.008
+ 169 HA 12 MET HE3 169 0.09 1.008
+ 170 C 12 MET C 170 0.51 12.011
+ 171 O 12 MET O 171 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 172 NH1 13 ASN N 172 -0.47 14.007
+ 173 H 13 ASN HN 173 0.31 1.008
+ 174 CT1 13 ASN CA 174 0.07 12.011
+ 175 HB 13 ASN HA 175 0.09 1.008
+ 176 CT2 13 ASN CB 176 -0.18 12.011
+ 177 HA 13 ASN HB1 177 0.09 1.008
+ 178 HA 13 ASN HB2 178 0.09 1.008
+ 179 CC 13 ASN CG 179 0.55 12.011
+ 180 O 13 ASN OD1 180 -0.55 15.999
+ 181 NH2 13 ASN ND2 181 -0.62 14.007
+ 182 H 13 ASN HD21 182 0.32 1.008
+ 183 H 13 ASN HD22 183 0.3 1.008
+ 184 C 13 ASN C 184 0.51 12.011
+ 185 O 13 ASN O 185 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 186 N 14 PRO N 186 -0.29 14.007
+ 187 CP3 14 PRO CD 187 0 12.011
+ 188 HA 14 PRO HD1 188 0.09 1.008
+ 189 HA 14 PRO HD2 189 0.09 1.008
+ 190 CP1 14 PRO CA 190 0.02 12.011
+ 191 HB 14 PRO HA 191 0.09 1.008
+ 192 CP2 14 PRO CB 192 -0.18 12.011
+ 193 HA 14 PRO HB1 193 0.09 1.008
+ 194 HA 14 PRO HB2 194 0.09 1.008
+ 195 CP2 14 PRO CG 195 -0.18 12.011
+ 196 HA 14 PRO HG1 196 0.09 1.008
+ 197 HA 14 PRO HG2 197 0.09 1.008
+ 198 C 14 PRO C 198 0.51 12.011
+ 199 O 14 PRO O 199 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 200 NH1 15 GLN N 200 -0.47 14.007
+ 201 H 15 GLN HN 201 0.31 1.008
+ 202 CT1 15 GLN CA 202 0.07 12.011
+ 203 HB 15 GLN HA 203 0.09 1.008
+ 204 CT2 15 GLN CB 204 -0.18 12.011
+ 205 HA 15 GLN HB1 205 0.09 1.008
+ 206 HA 15 GLN HB2 206 0.09 1.008
+ 207 CT2 15 GLN CG 207 -0.18 12.011
+ 208 HA 15 GLN HG1 208 0.09 1.008
+ 209 HA 15 GLN HG2 209 0.09 1.008
+ 210 CC 15 GLN CD 210 0.55 12.011
+ 211 O 15 GLN OE1 211 -0.55 15.999
+ 212 NH2 15 GLN NE2 212 -0.62 14.007
+ 213 H 15 GLN HE21 213 0.32 1.008
+ 214 H 15 GLN HE22 214 0.3 1.008
+ 215 C 15 GLN C 215 0.51 12.011
+ 216 O 15 GLN O 216 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 217 NH1 16 ARG N 217 -0.47 14.007
+ 218 H 16 ARG HN 218 0.31 1.008
+ 219 CT1 16 ARG CA 219 0.07 12.011
+ 220 HB 16 ARG HA 220 0.09 1.008
+ 221 CT2 16 ARG CB 221 -0.18 12.011
+ 222 HA 16 ARG HB1 222 0.09 1.008
+ 223 HA 16 ARG HB2 223 0.09 1.008
+ 224 CT2 16 ARG CG 224 -0.18 12.011
+ 225 HA 16 ARG HG1 225 0.09 1.008
+ 226 HA 16 ARG HG2 226 0.09 1.008
+ 227 CT2 16 ARG CD 227 0.2 12.011
+ 228 HA 16 ARG HD1 228 0.09 1.008
+ 229 HA 16 ARG HD2 229 0.09 1.008
+ 230 NC2 16 ARG NE 230 -0.7 14.007
+ 231 HC 16 ARG HE 231 0.44 1.008
+ 232 C 16 ARG CZ 232 0.64 12.011
+ 233 NC2 16 ARG NH1 233 -0.8 14.007
+ 234 HC 16 ARG HH11 234 0.46 1.008
+ 235 HC 16 ARG HH12 235 0.46 1.008
+ 236 NC2 16 ARG NH2 236 -0.8 14.007
+ 237 HC 16 ARG HH21 237 0.46 1.008
+ 238 HC 16 ARG HH22 238 0.46 1.008
+ 239 C 16 ARG C 239 0.51 12.011
+ 240 O 16 ARG O 240 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 241 NH1 17 SER N 241 -0.47 14.007
+ 242 H 17 SER HN 242 0.31 1.008
+ 243 CT1 17 SER CA 243 0.07 12.011
+ 244 HB 17 SER HA 244 0.09 1.008
+ 245 CT2 17 SER CB 245 0.05 12.011
+ 246 HA 17 SER HB1 246 0.09 1.008
+ 247 HA 17 SER HB2 247 0.09 1.008
+ 248 OH1 17 SER OG 248 -0.66 15.999
+ 249 H 17 SER HG1 249 0.43 1.008
+ 250 CC 17 SER C 250 0.34 12.011
+ 251 OC 17 SER OT1 251 -0.67 15.9994
+ 252 OC 17 SER OT2 252 -0.67 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 1
+ 1 3 1
+ 1 4 1
+ 1 5 1
+ 5 6 1
+ 5 7 1
+ 5 11 1
+ 7 8 1
+ 7 9 1
+ 7 10 1
+ 11 12 1
+ 11 13 1
+ 13 14 1
+ 13 15 1
+ 15 16 1
+ 15 17 1
+ 15 22 1
+ 17 18 1
+ 17 19 1
+ 17 20 1
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 6 5 11 13 9
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+ 153 138 140 142 9
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+ 158 157 170 172 9
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+ 157 159 162 165 9
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+ 160 159 162 164 9
+ 160 159 162 165 9
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+ 161 159 162 164 9
+ 161 159 162 165 9
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+ 175 174 184 186 9
+ 176 174 184 185 9
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+ 177 176 179 181 9
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+ 178 176 179 181 9
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+ 176 179 181 183 9
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+ 180 179 181 183 9
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+ 174 184 186 190 9
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+ 185 184 186 190 9
+ 184 186 187 188 9
+ 184 186 187 189 9
+ 184 186 187 195 9
+ 190 186 187 188 9
+ 190 186 187 189 9
+ 190 186 187 195 9
+ 184 186 190 191 9
+ 184 186 190 192 9
+ 184 186 190 198 9
+ 187 186 190 191 9
+ 187 186 190 192 9
+ 187 186 190 198 9
+ 186 187 195 192 9
+ 186 187 195 196 9
+ 186 187 195 197 9
+ 188 187 195 192 9
+ 188 187 195 196 9
+ 188 187 195 197 9
+ 189 187 195 192 9
+ 189 187 195 196 9
+ 189 187 195 197 9
+ 186 190 192 193 9
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+ 186 190 192 195 9
+ 191 190 192 193 9
+ 191 190 192 194 9
+ 191 190 192 195 9
+ 198 190 192 193 9
+ 198 190 192 194 9
+ 198 190 192 195 9
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+ 191 190 198 200 9
+ 192 190 198 199 9
+ 192 190 198 200 9
+ 190 192 195 187 9
+ 190 192 195 196 9
+ 190 192 195 197 9
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+ 193 192 195 197 9
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+ 194 192 195 197 9
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+ 203 202 215 217 9
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+ 239 219 221 224 9
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+ 220 219 239 241 9
+ 221 219 239 240 9
+ 221 219 239 241 9
+ 219 221 224 225 9
+ 219 221 224 226 9
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+ 222 221 224 226 9
+ 222 221 224 227 9
+ 223 221 224 225 9
+ 223 221 224 226 9
+ 223 221 224 227 9
+ 221 224 227 228 9
+ 221 224 227 229 9
+ 221 224 227 230 9
+ 225 224 227 228 9
+ 225 224 227 229 9
+ 225 224 227 230 9
+ 226 224 227 228 9
+ 226 224 227 229 9
+ 226 224 227 230 9
+ 224 227 230 231 9
+ 224 227 230 232 9
+ 228 227 230 231 9
+ 228 227 230 232 9
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+ 229 227 230 232 9
+ 227 230 232 233 9
+ 227 230 232 236 9
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+ 231 230 232 236 9
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+ 236 232 233 235 9
+ 230 232 236 237 9
+ 230 232 236 238 9
+ 233 232 236 237 9
+ 233 232 236 238 9
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+ 219 239 241 243 9
+ 240 239 241 242 9
+ 240 239 241 243 9
+ 239 241 243 244 9
+ 239 241 243 245 9
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+ 242 241 243 244 9
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+ 242 241 243 250 9
+ 241 243 245 246 9
+ 241 243 245 247 9
+ 241 243 245 248 9
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+ 244 243 245 247 9
+ 244 243 245 248 9
+ 250 243 245 246 9
+ 250 243 245 247 9
+ 250 243 245 248 9
+ 241 243 250 251 9
+ 241 243 250 252 9
+ 244 243 250 251 9
+ 244 243 250 252 9
+ 245 243 250 251 9
+ 245 243 250 252 9
+ 243 245 248 249 9
+ 246 245 248 249 9
+ 247 245 248 249 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 11 5 13 12 2
+ 13 11 15 14 2
+ 22 15 24 23 2
+ 24 22 26 25 2
+ 31 28 33 32 2
+ 34 26 36 35 2
+ 36 34 38 37 2
+ 46 43 48 47 2
+ 49 38 51 50 2
+ 51 49 53 52 2
+ 69 53 71 70 2
+ 71 69 73 72 2
+ 76 73 78 77 2
+ 78 76 80 79 2
+ 87 85 89 88 2
+ 87 89 85 88 2
+ 89 87 91 90 2
+ 89 91 87 90 2
+ 91 86 89 92 2
+ 91 89 86 92 2
+ 93 80 95 94 2
+ 95 93 97 96 2
+ 112 97 114 113 2
+ 114 112 116 115 2
+ 134 116 136 135 2
+ 136 134 138 137 2
+ 153 138 155 154 2
+ 155 153 157 156 2
+ 170 157 172 171 2
+ 172 170 174 173 2
+ 179 176 181 180 2
+ 179 181 176 180 2
+ 181 179 183 182 2
+ 181 179 182 183 2
+ 184 174 186 185 2
+ 186 184 190 187 2
+ 198 190 200 199 2
+ 200 198 202 201 2
+ 210 207 212 211 2
+ 210 212 207 211 2
+ 212 210 214 213 2
+ 212 210 213 214 2
+ 215 202 217 216 2
+ 217 215 219 218 2
+ 230 236 233 232 2
+ 239 219 241 240 2
+ 241 239 243 242 2
+ 250 243 252 251 2
+
+[ cmap ]
+; ai aj ak al am funct
+ 11 13 15 22 24 1
+ 22 24 26 34 36 1
+ 34 36 38 49 51 1
+ 49 51 53 69 71 1
+ 69 71 73 76 78 1
+ 76 78 80 93 95 1
+ 93 95 97 112 114 1
+ 112 114 116 134 136 1
+ 134 136 138 153 155 1
+ 153 155 157 170 172 1
+ 170 172 174 184 186 1
+ 184 186 190 198 200 1
+ 198 200 202 215 217 1
+ 215 217 219 239 241 1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">281</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 NH3 18 THR N 1 -0.3 14.007
+ 2 HC 18 THR H1 2 0.33 1.008
+ 3 HC 18 THR H2 3 0.33 1.008
+ 4 HC 18 THR H3 4 0.33 1.008
+ 5 CT1 18 THR CA 5 0.21 12.011
+ 6 HB 18 THR HA 6 0.1 1.008
+ 7 CT1 18 THR CB 7 0.14 12.011
+ 8 HA 18 THR HB 8 0.09 1.008
+ 9 OH1 18 THR OG1 9 -0.66 15.999
+ 10 H 18 THR HG1 10 0.43 1.008
+ 11 CT3 18 THR CG2 11 -0.27 12.011
+ 12 HA 18 THR HG21 12 0.09 1.008
+ 13 HA 18 THR HG22 13 0.09 1.008
+ 14 HA 18 THR HG23 14 0.09 1.008
+ 15 C 18 THR C 15 0.51 12.011
+ 16 O 18 THR O 16 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 NH1 19 VAL N 17 -0.47 14.007
+ 18 H 19 VAL HN 18 0.31 1.008
+ 19 CT1 19 VAL CA 19 0.07 12.011
+ 20 HB 19 VAL HA 20 0.09 1.008
+ 21 CT1 19 VAL CB 21 -0.09 12.011
+ 22 HA 19 VAL HB 22 0.09 1.008
+ 23 CT3 19 VAL CG1 23 -0.27 12.011
+ 24 HA 19 VAL HG11 24 0.09 1.008
+ 25 HA 19 VAL HG12 25 0.09 1.008
+ 26 HA 19 VAL HG13 26 0.09 1.008
+ 27 CT3 19 VAL CG2 27 -0.27 12.011
+ 28 HA 19 VAL HG21 28 0.09 1.008
+ 29 HA 19 VAL HG22 29 0.09 1.008
+ 30 HA 19 VAL HG23 30 0.09 1.008
+ 31 C 19 VAL C 31 0.51 12.011
+ 32 O 19 VAL O 32 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 33 NH1 20 TRP N 33 -0.47 14.007
+ 34 H 20 TRP HN 34 0.31 1.008
+ 35 CT1 20 TRP CA 35 0.07 12.011
+ 36 HB 20 TRP HA 36 0.09 1.008
+ 37 CT2 20 TRP CB 37 -0.18 12.011
+ 38 HA 20 TRP HB1 38 0.09 1.008
+ 39 HA 20 TRP HB2 39 0.09 1.008
+ 40 CY 20 TRP CG 40 -0.03 12.011
+ 41 CA 20 TRP CD1 41 0.035 12.011
+ 42 HP 20 TRP HD1 42 0.115 1.008
+ 43 NY 20 TRP NE1 43 -0.61 14.007
+ 44 H 20 TRP HE1 44 0.38 1.008
+ 45 CPT 20 TRP CE2 45 0.13 12.011
+ 46 CPT 20 TRP CD2 46 -0.02 12.011
+ 47 CA 20 TRP CE3 47 -0.115 12.011
+ 48 HP 20 TRP HE3 48 0.115 1.008
+ 49 CA 20 TRP CZ3 49 -0.115 12.011
+ 50 HP 20 TRP HZ3 50 0.115 1.008
+ 51 CA 20 TRP CZ2 51 -0.115 12.011
+ 52 HP 20 TRP HZ2 52 0.115 1.008
+ 53 CA 20 TRP CH2 53 -0.115 12.011
+ 54 HP 20 TRP HH2 54 0.115 1.008
+ 55 C 20 TRP C 55 0.51 12.011
+ 56 O 20 TRP O 56 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 57 NH1 21 TYR N 57 -0.47 14.007
+ 58 H 21 TYR HN 58 0.31 1.008
+ 59 CT1 21 TYR CA 59 0.07 12.011
+ 60 HB 21 TYR HA 60 0.09 1.008
+ 61 CT2 21 TYR CB 61 -0.18 12.011
+ 62 HA 21 TYR HB1 62 0.09 1.008
+ 63 HA 21 TYR HB2 63 0.09 1.008
+ 64 CA 21 TYR CG 64 0 12.011
+ 65 CA 21 TYR CD1 65 -0.115 12.011
+ 66 HP 21 TYR HD1 66 0.115 1.008
+ 67 CA 21 TYR CE1 67 -0.115 12.011
+ 68 HP 21 TYR HE1 68 0.115 1.008
+ 69 CA 21 TYR CZ 69 0.11 12.011
+ 70 OH1 21 TYR OH 70 -0.54 15.999
+ 71 H 21 TYR HH 71 0.43 1.008
+ 72 CA 21 TYR CD2 72 -0.115 12.011
+ 73 HP 21 TYR HD2 73 0.115 1.008
+ 74 CA 21 TYR CE2 74 -0.115 12.011
+ 75 HP 21 TYR HE2 75 0.115 1.008
+ 76 C 21 TYR C 76 0.51 12.011
+ 77 O 21 TYR O 77 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
+ 78 NH1 22 LYS N 78 -0.47 14.007
+ 79 H 22 LYS HN 79 0.31 1.008
+ 80 CT1 22 LYS CA 80 0.07 12.011
+ 81 HB 22 LYS HA 81 0.09 1.008
+ 82 CT2 22 LYS CB 82 -0.18 12.011
+ 83 HA 22 LYS HB1 83 0.09 1.008
+ 84 HA 22 LYS HB2 84 0.09 1.008
+ 85 CT2 22 LYS CG 85 -0.18 12.011
+ 86 HA 22 LYS HG1 86 0.09 1.008
+ 87 HA 22 LYS HG2 87 0.09 1.008
+ 88 CT2 22 LYS CD 88 -0.18 12.011
+ 89 HA 22 LYS HD1 89 0.09 1.008
+ 90 HA 22 LYS HD2 90 0.09 1.008
+ 91 CT2 22 LYS CE 91 0.21 12.011
+ 92 HA 22 LYS HE1 92 0.05 1.008
+ 93 HA 22 LYS HE2 93 0.05 1.008
+ 94 NH3 22 LYS NZ 94 -0.3 14.007
+ 95 HC 22 LYS HZ1 95 0.33 1.008
+ 96 HC 22 LYS HZ2 96 0.33 1.008
+ 97 HC 22 LYS HZ3 97 0.33 1.008
+ 98 C 22 LYS C 98 0.51 12.011
+ 99 O 22 LYS O 99 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 100 NH1 23 GLU N 100 -0.47 14.007
+ 101 H 23 GLU HN 101 0.31 1.008
+ 102 CT1 23 GLU CA 102 0.07 12.011
+ 103 HB 23 GLU HA 103 0.09 1.008
+ 104 CT2 23 GLU CB 104 -0.18 12.011
+ 105 HA 23 GLU HB1 105 0.09 1.008
+ 106 HA 23 GLU HB2 106 0.09 1.008
+ 107 CT2 23 GLU CG 107 -0.28 12.011
+ 108 HA 23 GLU HG1 108 0.09 1.008
+ 109 HA 23 GLU HG2 109 0.09 1.008
+ 110 CC 23 GLU CD 110 0.62 12.011
+ 111 OC 23 GLU OE1 111 -0.76 15.999
+ 112 OC 23 GLU OE2 112 -0.76 15.999
+ 113 C 23 GLU C 113 0.51 12.011
+ 114 O 23 GLU O 114 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 115 NH1 24 TRP N 115 -0.47 14.007
+ 116 H 24 TRP HN 116 0.31 1.008
+ 117 CT1 24 TRP CA 117 0.07 12.011
+ 118 HB 24 TRP HA 118 0.09 1.008
+ 119 CT2 24 TRP CB 119 -0.18 12.011
+ 120 HA 24 TRP HB1 120 0.09 1.008
+ 121 HA 24 TRP HB2 121 0.09 1.008
+ 122 CY 24 TRP CG 122 -0.03 12.011
+ 123 CA 24 TRP CD1 123 0.035 12.011
+ 124 HP 24 TRP HD1 124 0.115 1.008
+ 125 NY 24 TRP NE1 125 -0.61 14.007
+ 126 H 24 TRP HE1 126 0.38 1.008
+ 127 CPT 24 TRP CE2 127 0.13 12.011
+ 128 CPT 24 TRP CD2 128 -0.02 12.011
+ 129 CA 24 TRP CE3 129 -0.115 12.011
+ 130 HP 24 TRP HE3 130 0.115 1.008
+ 131 CA 24 TRP CZ3 131 -0.115 12.011
+ 132 HP 24 TRP HZ3 132 0.115 1.008
+ 133 CA 24 TRP CZ2 133 -0.115 12.011
+ 134 HP 24 TRP HZ2 134 0.115 1.008
+ 135 CA 24 TRP CH2 135 -0.115 12.011
+ 136 HP 24 TRP HH2 136 0.115 1.008
+ 137 C 24 TRP C 137 0.51 12.011
+ 138 O 24 TRP O 138 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 139 N 25 PRO N 139 -0.29 14.007
+ 140 CP3 25 PRO CD 140 0 12.011
+ 141 HA 25 PRO HD1 141 0.09 1.008
+ 142 HA 25 PRO HD2 142 0.09 1.008
+ 143 CP1 25 PRO CA 143 0.02 12.011
+ 144 HB 25 PRO HA 144 0.09 1.008
+ 145 CP2 25 PRO CB 145 -0.18 12.011
+ 146 HA 25 PRO HB1 146 0.09 1.008
+ 147 HA 25 PRO HB2 147 0.09 1.008
+ 148 CP2 25 PRO CG 148 -0.18 12.011
+ 149 HA 25 PRO HG1 149 0.09 1.008
+ 150 HA 25 PRO HG2 150 0.09 1.008
+ 151 C 25 PRO C 151 0.51 12.011
+ 152 O 25 PRO O 152 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 153 N 26 PRO N 153 -0.29 14.007
+ 154 CP3 26 PRO CD 154 0 12.011
+ 155 HA 26 PRO HD1 155 0.09 1.008
+ 156 HA 26 PRO HD2 156 0.09 1.008
+ 157 CP1 26 PRO CA 157 0.02 12.011
+ 158 HB 26 PRO HA 158 0.09 1.008
+ 159 CP2 26 PRO CB 159 -0.18 12.011
+ 160 HA 26 PRO HB1 160 0.09 1.008
+ 161 HA 26 PRO HB2 161 0.09 1.008
+ 162 CP2 26 PRO CG 162 -0.18 12.011
+ 163 HA 26 PRO HG1 163 0.09 1.008
+ 164 HA 26 PRO HG2 164 0.09 1.008
+ 165 C 26 PRO C 165 0.51 12.011
+ 166 O 26 PRO O 166 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
+ 167 NH1 27 CYS N 167 -0.47 14.007
+ 168 H 27 CYS HN 168 0.31 1.008
+ 169 CT1 27 CYS CA 169 0.07 12.011
+ 170 HB 27 CYS HA 170 0.09 1.008
+ 171 CT2 27 CYS CB 171 -0.11 12.011
+ 172 HA 27 CYS HB1 172 0.09 1.008
+ 173 HA 27 CYS HB2 173 0.09 1.008
+ 174 S 27 CYS SG 174 -0.23 32.06
+ 175 HS 27 CYS HG1 175 0.16 1.008
+ 176 C 27 CYS C 176 0.51 12.011
+ 177 O 27 CYS O 177 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 178 NH1 28 ARG N 178 -0.47 14.007
+ 179 H 28 ARG HN 179 0.31 1.008
+ 180 CT1 28 ARG CA 180 0.07 12.011
+ 181 HB 28 ARG HA 181 0.09 1.008
+ 182 CT2 28 ARG CB 182 -0.18 12.011
+ 183 HA 28 ARG HB1 183 0.09 1.008
+ 184 HA 28 ARG HB2 184 0.09 1.008
+ 185 CT2 28 ARG CG 185 -0.18 12.011
+ 186 HA 28 ARG HG1 186 0.09 1.008
+ 187 HA 28 ARG HG2 187 0.09 1.008
+ 188 CT2 28 ARG CD 188 0.2 12.011
+ 189 HA 28 ARG HD1 189 0.09 1.008
+ 190 HA 28 ARG HD2 190 0.09 1.008
+ 191 NC2 28 ARG NE 191 -0.7 14.007
+ 192 HC 28 ARG HE 192 0.44 1.008
+ 193 C 28 ARG CZ 193 0.64 12.011
+ 194 NC2 28 ARG NH1 194 -0.8 14.007
+ 195 HC 28 ARG HH11 195 0.46 1.008
+ 196 HC 28 ARG HH12 196 0.46 1.008
+ 197 NC2 28 ARG NH2 197 -0.8 14.007
+ 198 HC 28 ARG HH21 198 0.46 1.008
+ 199 HC 28 ARG HH22 199 0.46 1.008
+ 200 C 28 ARG C 200 0.51 12.011
+ 201 O 28 ARG O 201 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HSE q 0.0
+ 202 NH1 29 HIS N 202 -0.47 14.007
+ 203 H 29 HIS HN 203 0.31 1.008
+ 204 CT1 29 HIS CA 204 0.07 12.011
+ 205 HB 29 HIS HA 205 0.09 1.008
+ 206 CT2 29 HIS CB 206 -0.08 12.011
+ 207 HA 29 HIS HB1 207 0.09 1.008
+ 208 HA 29 HIS HB2 208 0.09 1.008
+ 209 NR2 29 HIS ND1 209 -0.7 14.007
+ 210 CPH1 29 HIS CG 210 0.22 12.011
+ 211 CPH2 29 HIS CE1 211 0.25 12.011
+ 212 HR1 29 HIS HE1 212 0.13 1.008
+ 213 NR1 29 HIS NE2 213 -0.36 14.007
+ 214 H 29 HIS HE2 214 0.32 1.008
+ 215 CPH1 29 HIS CD2 215 -0.05 12.011
+ 216 HR3 29 HIS HD2 216 0.09 1.008
+ 217 C 29 HIS C 217 0.51 12.011
+ 218 O 29 HIS O 218 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 219 NH1 30 ASN N 219 -0.47 14.007
+ 220 H 30 ASN HN 220 0.31 1.008
+ 221 CT1 30 ASN CA 221 0.07 12.011
+ 222 HB 30 ASN HA 222 0.09 1.008
+ 223 CT2 30 ASN CB 223 -0.18 12.011
+ 224 HA 30 ASN HB1 224 0.09 1.008
+ 225 HA 30 ASN HB2 225 0.09 1.008
+ 226 CC 30 ASN CG 226 0.55 12.011
+ 227 O 30 ASN OD1 227 -0.55 15.999
+ 228 NH2 30 ASN ND2 228 -0.62 14.007
+ 229 H 30 ASN HD21 229 0.32 1.008
+ 230 H 30 ASN HD22 230 0.3 1.008
+ 231 C 30 ASN C 231 0.51 12.011
+ 232 O 30 ASN O 232 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 233 NH1 31 SER N 233 -0.47 14.007
+ 234 H 31 SER HN 234 0.31 1.008
+ 235 CT1 31 SER CA 235 0.07 12.011
+ 236 HB 31 SER HA 236 0.09 1.008
+ 237 CT2 31 SER CB 237 0.05 12.011
+ 238 HA 31 SER HB1 238 0.09 1.008
+ 239 HA 31 SER HB2 239 0.09 1.008
+ 240 OH1 31 SER OG 240 -0.66 15.999
+ 241 H 31 SER HG1 241 0.43 1.008
+ 242 C 31 SER C 242 0.51 12.011
+ 243 O 31 SER O 243 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HSE q 0.0
+ 244 NH1 32 HIS N 244 -0.47 14.007
+ 245 H 32 HIS HN 245 0.31 1.008
+ 246 CT1 32 HIS CA 246 0.07 12.011
+ 247 HB 32 HIS HA 247 0.09 1.008
+ 248 CT2 32 HIS CB 248 -0.08 12.011
+ 249 HA 32 HIS HB1 249 0.09 1.008
+ 250 HA 32 HIS HB2 250 0.09 1.008
+ 251 NR2 32 HIS ND1 251 -0.7 14.007
+ 252 CPH1 32 HIS CG 252 0.22 12.011
+ 253 CPH2 32 HIS CE1 253 0.25 12.011
+ 254 HR1 32 HIS HE1 254 0.13 1.008
+ 255 NR1 32 HIS NE2 255 -0.36 14.007
+ 256 H 32 HIS HE2 256 0.32 1.008
+ 257 CPH1 32 HIS CD2 257 -0.05 12.011
+ 258 HR3 32 HIS HD2 258 0.09 1.008
+ 259 C 32 HIS C 259 0.51 12.011
+ 260 O 32 HIS O 260 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 261 NH1 33 PHE N 261 -0.47 14.007
+ 262 H 33 PHE HN 262 0.31 1.008
+ 263 CT1 33 PHE CA 263 0.07 12.011
+ 264 HB 33 PHE HA 264 0.09 1.008
+ 265 CT2 33 PHE CB 265 -0.18 12.011
+ 266 HA 33 PHE HB1 266 0.09 1.008
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+ 268 CA 33 PHE CG 268 0 12.011
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+
+[ bonds ]
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+
+[ dihedrals ]
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+ 208 206 210 215 9
+ 211 209 210 206 9
+ 211 209 210 215 9
+ 210 209 211 212 9
+ 210 209 211 213 9
+ 206 210 215 213 9
+ 206 210 215 216 9
+ 209 210 215 213 9
+ 209 210 215 216 9
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+ 209 211 213 215 9
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+ 212 211 213 215 9
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+ 211 213 215 216 9
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+ 214 213 215 216 9
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+ 204 217 219 221 9
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+ 218 217 219 221 9
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+ 220 219 221 222 9
+ 220 219 221 223 9
+ 220 219 221 231 9
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+ 219 221 223 225 9
+ 219 221 223 226 9
+ 222 221 223 224 9
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+ 222 221 223 226 9
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+ 223 221 231 232 9
+ 223 221 231 233 9
+ 221 223 226 227 9
+ 221 223 226 228 9
+ 224 223 226 227 9
+ 224 223 226 228 9
+ 225 223 226 227 9
+ 225 223 226 228 9
+ 223 226 228 229 9
+ 223 226 228 230 9
+ 227 226 228 229 9
+ 227 226 228 230 9
+ 221 231 233 234 9
+ 221 231 233 235 9
+ 232 231 233 234 9
+ 232 231 233 235 9
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+ 231 233 235 237 9
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+ 234 233 235 237 9
+ 234 233 235 242 9
+ 233 235 237 238 9
+ 233 235 237 239 9
+ 233 235 237 240 9
+ 236 235 237 238 9
+ 236 235 237 239 9
+ 236 235 237 240 9
+ 242 235 237 238 9
+ 242 235 237 239 9
+ 242 235 237 240 9
+ 233 235 242 243 9
+ 233 235 242 244 9
+ 236 235 242 243 9
+ 236 235 242 244 9
+ 237 235 242 243 9
+ 237 235 242 244 9
+ 235 237 240 241 9
+ 238 237 240 241 9
+ 239 237 240 241 9
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+ 235 242 244 246 9
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+ 243 242 244 246 9
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+ 245 244 246 248 9
+ 245 244 246 259 9
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+ 244 246 248 252 9
+ 247 246 248 249 9
+ 247 246 248 250 9
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+ 244 246 259 261 9
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+ 247 246 259 261 9
+ 248 246 259 260 9
+ 248 246 259 261 9
+ 246 248 252 251 9
+ 246 248 252 257 9
+ 249 248 252 251 9
+ 249 248 252 257 9
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+ 250 248 252 257 9
+ 253 251 252 248 9
+ 253 251 252 257 9
+ 252 251 253 254 9
+ 252 251 253 255 9
+ 248 252 257 255 9
+ 248 252 257 258 9
+ 251 252 257 255 9
+ 251 252 257 258 9
+ 251 253 255 256 9
+ 251 253 255 257 9
+ 254 253 255 256 9
+ 254 253 255 257 9
+ 253 255 257 252 9
+ 253 255 257 258 9
+ 256 255 257 252 9
+ 256 255 257 258 9
+ 246 259 261 262 9
+ 246 259 261 263 9
+ 260 259 261 262 9
+ 260 259 261 263 9
+ 259 261 263 264 9
+ 259 261 263 265 9
+ 259 261 263 279 9
+ 262 261 263 264 9
+ 262 261 263 265 9
+ 262 261 263 279 9
+ 261 263 265 266 9
+ 261 263 265 267 9
+ 261 263 265 268 9
+ 264 263 265 266 9
+ 264 263 265 267 9
+ 264 263 265 268 9
+ 279 263 265 266 9
+ 279 263 265 267 9
+ 279 263 265 268 9
+ 261 263 279 280 9
+ 261 263 279 281 9
+ 264 263 279 280 9
+ 264 263 279 281 9
+ 265 263 279 280 9
+ 265 263 279 281 9
+ 263 265 268 269 9
+ 263 265 268 275 9
+ 266 265 268 269 9
+ 266 265 268 275 9
+ 267 265 268 269 9
+ 267 265 268 275 9
+ 265 268 269 270 9
+ 265 268 269 271 9
+ 275 268 269 270 9
+ 275 268 269 271 9
+ 265 268 275 276 9
+ 265 268 275 277 9
+ 269 268 275 276 9
+ 269 268 275 277 9
+ 268 269 271 272 9
+ 268 269 271 273 9
+ 270 269 271 272 9
+ 270 269 271 273 9
+ 269 271 273 274 9
+ 269 271 273 277 9
+ 272 271 273 274 9
+ 272 271 273 277 9
+ 271 273 277 275 9
+ 271 273 277 278 9
+ 274 273 277 275 9
+ 274 273 277 278 9
+ 268 275 277 273 9
+ 268 275 277 278 9
+ 276 275 277 273 9
+ 276 275 277 278 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 15 5 17 16 2
+ 17 15 19 18 2
+ 31 19 33 32 2
+ 33 31 35 34 2
+ 55 35 57 56 2
+ 57 55 59 58 2
+ 76 59 78 77 2
+ 78 76 80 79 2
+ 98 80 100 99 2
+ 100 98 102 101 2
+ 110 107 112 111 2
+ 113 102 115 114 2
+ 115 113 117 116 2
+ 137 117 139 138 2
+ 139 137 143 140 2
+ 151 143 153 152 2
+ 153 151 157 154 2
+ 165 157 167 166 2
+ 167 165 169 168 2
+ 176 169 178 177 2
+ 178 176 180 179 2
+ 191 197 194 193 2
+ 200 180 202 201 2
+ 202 200 204 203 2
+ 211 209 213 212 2
+ 211 213 209 212 2
+ 213 211 215 214 2
+ 213 215 211 214 2
+ 215 210 213 216 2
+ 215 213 210 216 2
+ 217 204 219 218 2
+ 219 217 221 220 2
+ 226 223 228 227 2
+ 226 228 223 227 2
+ 228 226 230 229 2
+ 228 226 229 230 2
+ 231 221 233 232 2
+ 233 231 235 234 2
+ 242 235 244 243 2
+ 244 242 246 245 2
+ 253 251 255 254 2
+ 253 255 251 254 2
+ 255 253 257 256 2
+ 255 257 253 256 2
+ 257 252 255 258 2
+ 257 255 252 258 2
+ 259 246 261 260 2
+ 261 259 263 262 2
+ 279 263 281 280 2
+
+[ cmap ]
+; ai aj ak al am funct
+ 15 17 19 31 33 1
+ 31 33 35 55 57 1
+ 55 57 59 76 78 1
+ 76 78 80 98 100 1
+ 98 100 102 113 115 1
+ 113 115 117 137 139 1
+ 137 139 143 151 153 1
+ 151 153 157 165 167 1
+ 165 167 169 176 178 1
+ 176 178 180 200 202 1
+ 200 202 204 217 219 1
+ 217 219 221 231 233 1
+ 231 233 235 242 244 1
+ 242 244 246 259 261 1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">255</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NH3 34 ALA N 1 -0.3 14.007
+ 2 HC 34 ALA H1 2 0.33 1.008
+ 3 HC 34 ALA H2 3 0.33 1.008
+ 4 HC 34 ALA H3 4 0.33 1.008
+ 5 CT1 34 ALA CA 5 0.21 12.011
+ 6 HB 34 ALA HA 6 0.1 1.008
+ 7 CT3 34 ALA CB 7 -0.27 12.011
+ 8 HA 34 ALA HB1 8 0.09 1.008
+ 9 HA 34 ALA HB2 9 0.09 1.008
+ 10 HA 34 ALA HB3 10 0.09 1.008
+ 11 C 34 ALA C 11 0.51 12.011
+ 12 O 34 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 13 NH1 35 VAL N 13 -0.47 14.007
+ 14 H 35 VAL HN 14 0.31 1.008
+ 15 CT1 35 VAL CA 15 0.07 12.011
+ 16 HB 35 VAL HA 16 0.09 1.008
+ 17 CT1 35 VAL CB 17 -0.09 12.011
+ 18 HA 35 VAL HB 18 0.09 1.008
+ 19 CT3 35 VAL CG1 19 -0.27 12.011
+ 20 HA 35 VAL HG11 20 0.09 1.008
+ 21 HA 35 VAL HG12 21 0.09 1.008
+ 22 HA 35 VAL HG13 22 0.09 1.008
+ 23 CT3 35 VAL CG2 23 -0.27 12.011
+ 24 HA 35 VAL HG21 24 0.09 1.008
+ 25 HA 35 VAL HG22 25 0.09 1.008
+ 26 HA 35 VAL HG23 26 0.09 1.008
+ 27 C 35 VAL C 27 0.51 12.011
+ 28 O 35 VAL O 28 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 29 N 36 PRO N 29 -0.29 14.007
+ 30 CP3 36 PRO CD 30 0 12.011
+ 31 HA 36 PRO HD1 31 0.09 1.008
+ 32 HA 36 PRO HD2 32 0.09 1.008
+ 33 CP1 36 PRO CA 33 0.02 12.011
+ 34 HB 36 PRO HA 34 0.09 1.008
+ 35 CP2 36 PRO CB 35 -0.18 12.011
+ 36 HA 36 PRO HB1 36 0.09 1.008
+ 37 HA 36 PRO HB2 37 0.09 1.008
+ 38 CP2 36 PRO CG 38 -0.18 12.011
+ 39 HA 36 PRO HG1 39 0.09 1.008
+ 40 HA 36 PRO HG2 40 0.09 1.008
+ 41 C 36 PRO C 41 0.51 12.011
+ 42 O 36 PRO O 42 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 43 NH1 37 GLY N 43 -0.47 14.007
+ 44 H 37 GLY HN 44 0.31 1.008
+ 45 CT2 37 GLY CA 45 -0.02 12.011
+ 46 HB 37 GLY HA1 46 0.09 1.008
+ 47 HB 37 GLY HA2 47 0.09 1.008
+ 48 C 37 GLY C 48 0.51 12.011
+ 49 O 37 GLY O 49 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 50 NH1 38 TYR N 50 -0.47 14.007
+ 51 H 38 TYR HN 51 0.31 1.008
+ 52 CT1 38 TYR CA 52 0.07 12.011
+ 53 HB 38 TYR HA 53 0.09 1.008
+ 54 CT2 38 TYR CB 54 -0.18 12.011
+ 55 HA 38 TYR HB1 55 0.09 1.008
+ 56 HA 38 TYR HB2 56 0.09 1.008
+ 57 CA 38 TYR CG 57 0 12.011
+ 58 CA 38 TYR CD1 58 -0.115 12.011
+ 59 HP 38 TYR HD1 59 0.115 1.008
+ 60 CA 38 TYR CE1 60 -0.115 12.011
+ 61 HP 38 TYR HE1 61 0.115 1.008
+ 62 CA 38 TYR CZ 62 0.11 12.011
+ 63 OH1 38 TYR OH 63 -0.54 15.999
+ 64 H 38 TYR HH 64 0.43 1.008
+ 65 CA 38 TYR CD2 65 -0.115 12.011
+ 66 HP 38 TYR HD2 66 0.115 1.008
+ 67 CA 38 TYR CE2 67 -0.115 12.011
+ 68 HP 38 TYR HE2 68 0.115 1.008
+ 69 C 38 TYR C 69 0.51 12.011
+ 70 O 38 TYR O 70 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 71 NH1 39 ASP N 71 -0.47 14.007
+ 72 H 39 ASP HN 72 0.31 1.008
+ 73 CT1 39 ASP CA 73 0.07 12.011
+ 74 HB 39 ASP HA 74 0.09 1.008
+ 75 CT2 39 ASP CB 75 -0.28 12.011
+ 76 HA 39 ASP HB1 76 0.09 1.008
+ 77 HA 39 ASP HB2 77 0.09 1.008
+ 78 CC 39 ASP CG 78 0.62 12.011
+ 79 OC 39 ASP OD1 79 -0.76 15.999
+ 80 OC 39 ASP OD2 80 -0.76 15.999
+ 81 C 39 ASP C 81 0.51 12.011
+ 82 O 39 ASP O 82 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYS q +1.0
+ 83 NH1 40 LYS N 83 -0.47 14.007
+ 84 H 40 LYS HN 84 0.31 1.008
+ 85 CT1 40 LYS CA 85 0.07 12.011
+ 86 HB 40 LYS HA 86 0.09 1.008
+ 87 CT2 40 LYS CB 87 -0.18 12.011
+ 88 HA 40 LYS HB1 88 0.09 1.008
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+ 90 CT2 40 LYS CG 90 -0.18 12.011
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+ 100 HC 40 LYS HZ1 100 0.33 1.008
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+ 103 C 40 LYS C 103 0.51 12.011
+ 104 O 40 LYS O 104 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 105 NH1 41 ILE N 105 -0.47 14.007
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+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 124 N 42 PRO N 124 -0.29 14.007
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+ 137 O 42 PRO O 137 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 138 NH1 43 ASP N 138 -0.47 14.007
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+ 149 O 43 ASP O 149 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
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+ 169 C 44 TYR C 169 0.51 12.011
+ 170 O 44 TYR O 170 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HSE q 0.0
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+ 187 O 45 HIS O 187 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 188 NH1 46 MET N 188 -0.47 14.007
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+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
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+ 227 C 47 TRP C 227 0.51 12.011
+ 228 O 47 TRP O 228 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 229 NH1 48 VAL N 229 -0.47 14.007
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+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
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+ 255 OC 49 ALA OT2 255 -0.67 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 161 160 162 163 9
+ 161 160 162 167 9
+ 160 162 163 164 9
+ 167 162 163 164 9
+ 160 162 167 165 9
+ 160 162 167 168 9
+ 163 162 167 165 9
+ 163 162 167 168 9
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+ 157 165 167 168 9
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+ 166 165 167 168 9
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+ 170 169 171 173 9
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+ 174 173 175 177 9
+ 174 173 175 179 9
+ 186 173 175 176 9
+ 186 173 175 177 9
+ 186 173 175 179 9
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+ 171 173 186 188 9
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+ 174 173 186 188 9
+ 175 173 186 187 9
+ 175 173 186 188 9
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+ 176 175 179 184 9
+ 177 175 179 178 9
+ 177 175 179 184 9
+ 180 178 179 175 9
+ 180 178 179 184 9
+ 179 178 180 181 9
+ 179 178 180 182 9
+ 175 179 184 182 9
+ 175 179 184 185 9
+ 178 179 184 182 9
+ 178 179 184 185 9
+ 178 180 182 183 9
+ 178 180 182 184 9
+ 181 180 182 183 9
+ 181 180 182 184 9
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+ 180 182 184 185 9
+ 183 182 184 179 9
+ 183 182 184 185 9
+ 173 186 188 189 9
+ 173 186 188 190 9
+ 187 186 188 189 9
+ 187 186 188 190 9
+ 186 188 190 191 9
+ 186 188 190 192 9
+ 186 188 190 203 9
+ 189 188 190 191 9
+ 189 188 190 192 9
+ 189 188 190 203 9
+ 188 190 192 193 9
+ 188 190 192 194 9
+ 188 190 192 195 9
+ 191 190 192 193 9
+ 191 190 192 194 9
+ 191 190 192 195 9
+ 203 190 192 193 9
+ 203 190 192 194 9
+ 203 190 192 195 9
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+ 191 190 203 205 9
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+ 192 190 203 205 9
+ 190 192 195 196 9
+ 190 192 195 197 9
+ 190 192 195 198 9
+ 193 192 195 196 9
+ 193 192 195 197 9
+ 193 192 195 198 9
+ 194 192 195 196 9
+ 194 192 195 197 9
+ 194 192 195 198 9
+ 192 195 198 199 9
+ 196 195 198 199 9
+ 197 195 198 199 9
+ 195 198 199 200 9
+ 195 198 199 201 9
+ 195 198 199 202 9
+ 190 203 205 206 9
+ 190 203 205 207 9
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+ 204 203 205 207 9
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+ 203 205 207 227 9
+ 206 205 207 208 9
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+ 208 207 209 211 9
+ 208 207 209 212 9
+ 227 207 209 210 9
+ 227 207 209 211 9
+ 227 207 209 212 9
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+ 205 207 227 229 9
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+ 208 207 227 229 9
+ 209 207 227 228 9
+ 209 207 227 229 9
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+ 207 209 212 218 9
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+ 213 212 218 219 9
+ 212 213 215 216 9
+ 212 213 215 217 9
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+ 214 213 215 217 9
+ 213 215 217 218 9
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+ 215 217 218 219 9
+ 223 217 218 212 9
+ 223 217 218 219 9
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+ 212 218 219 221 9
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+ 217 218 219 221 9
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+ 218 219 221 225 9
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+ 220 219 221 225 9
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+ 222 221 225 223 9
+ 222 221 225 226 9
+ 217 223 225 221 9
+ 217 223 225 226 9
+ 224 223 225 221 9
+ 224 223 225 226 9
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+ 207 227 229 231 9
+ 228 227 229 230 9
+ 228 227 229 231 9
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+ 227 229 231 243 9
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+ 230 229 231 233 9
+ 230 229 231 243 9
+ 229 231 233 234 9
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+ 232 231 233 235 9
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+ 243 231 233 239 9
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+ 232 231 243 245 9
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+ 233 231 243 245 9
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+ 234 233 235 237 9
+ 234 233 235 238 9
+ 239 233 235 236 9
+ 239 233 235 237 9
+ 239 233 235 238 9
+ 231 233 239 240 9
+ 231 233 239 241 9
+ 231 233 239 242 9
+ 234 233 239 240 9
+ 234 233 239 241 9
+ 234 233 239 242 9
+ 235 233 239 240 9
+ 235 233 239 241 9
+ 235 233 239 242 9
+ 231 243 245 246 9
+ 231 243 245 247 9
+ 244 243 245 246 9
+ 244 243 245 247 9
+ 243 245 247 248 9
+ 243 245 247 249 9
+ 243 245 247 253 9
+ 246 245 247 248 9
+ 246 245 247 249 9
+ 246 245 247 253 9
+ 245 247 249 250 9
+ 245 247 249 251 9
+ 245 247 249 252 9
+ 248 247 249 250 9
+ 248 247 249 251 9
+ 248 247 249 252 9
+ 253 247 249 250 9
+ 253 247 249 251 9
+ 253 247 249 252 9
+ 245 247 253 254 9
+ 245 247 253 255 9
+ 248 247 253 254 9
+ 248 247 253 255 9
+ 249 247 253 254 9
+ 249 247 253 255 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 11 5 13 12 2
+ 13 11 15 14 2
+ 27 15 29 28 2
+ 29 27 33 30 2
+ 41 33 43 42 2
+ 43 41 45 44 2
+ 48 45 50 49 2
+ 50 48 52 51 2
+ 69 52 71 70 2
+ 71 69 73 72 2
+ 78 75 80 79 2
+ 81 73 83 82 2
+ 83 81 85 84 2
+ 103 85 105 104 2
+ 105 103 107 106 2
+ 122 107 124 123 2
+ 124 122 128 125 2
+ 136 128 138 137 2
+ 138 136 140 139 2
+ 145 142 147 146 2
+ 148 140 150 149 2
+ 150 148 152 151 2
+ 169 152 171 170 2
+ 171 169 173 172 2
+ 180 178 182 181 2
+ 180 182 178 181 2
+ 182 180 184 183 2
+ 182 184 180 183 2
+ 184 179 182 185 2
+ 184 182 179 185 2
+ 186 173 188 187 2
+ 188 186 190 189 2
+ 203 190 205 204 2
+ 205 203 207 206 2
+ 227 207 229 228 2
+ 229 227 231 230 2
+ 243 231 245 244 2
+ 245 243 247 246 2
+ 253 247 255 254 2
+
+[ cmap ]
+; ai aj ak al am funct
+ 11 13 15 27 29 1
+ 27 29 33 41 43 1
+ 41 43 45 48 50 1
+ 48 50 52 69 71 1
+ 69 71 73 81 83 1
+ 81 83 85 103 105 1
+ 103 105 107 122 124 1
+ 122 124 128 136 138 1
+ 136 138 140 148 150 1
+ 148 150 152 169 171 1
+ 169 171 173 186 188 1
+ 186 188 190 203 205 1
+ 203 205 207 227 229 1
+ 227 229 231 243 245 1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">228</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYS q +2.0
+ 1 NH3 50 LYS N 1 -0.3 14.007
+ 2 HC 50 LYS H1 2 0.33 1.008
+ 3 HC 50 LYS H2 3 0.33 1.008
+ 4 HC 50 LYS H3 4 0.33 1.008
+ 5 CT1 50 LYS CA 5 0.21 12.011
+ 6 HB 50 LYS HA 6 0.1 1.008
+ 7 CT2 50 LYS CB 7 -0.18 12.011
+ 8 HA 50 LYS HB1 8 0.09 1.008
+ 9 HA 50 LYS HB2 9 0.09 1.008
+ 10 CT2 50 LYS CG 10 -0.18 12.011
+ 11 HA 50 LYS HG1 11 0.09 1.008
+ 12 HA 50 LYS HG2 12 0.09 1.008
+ 13 CT2 50 LYS CD 13 -0.18 12.011
+ 14 HA 50 LYS HD1 14 0.09 1.008
+ 15 HA 50 LYS HD2 15 0.09 1.008
+ 16 CT2 50 LYS CE 16 0.21 12.011
+ 17 HA 50 LYS HE1 17 0.05 1.008
+ 18 HA 50 LYS HE2 18 0.05 1.008
+ 19 NH3 50 LYS NZ 19 -0.3 14.007
+ 20 HC 50 LYS HZ1 20 0.33 1.008
+ 21 HC 50 LYS HZ2 21 0.33 1.008
+ 22 HC 50 LYS HZ3 22 0.33 1.008
+ 23 C 50 LYS C 23 0.51 12.011
+ 24 O 50 LYS O 24 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 25 NH1 51 SER N 25 -0.47 14.007
+ 26 H 51 SER HN 26 0.31 1.008
+ 27 CT1 51 SER CA 27 0.07 12.011
+ 28 HB 51 SER HA 28 0.09 1.008
+ 29 CT2 51 SER CB 29 0.05 12.011
+ 30 HA 51 SER HB1 30 0.09 1.008
+ 31 HA 51 SER HB2 31 0.09 1.008
+ 32 OH1 51 SER OG 32 -0.66 15.999
+ 33 H 51 SER HG1 33 0.43 1.008
+ 34 C 51 SER C 34 0.51 12.011
+ 35 O 51 SER O 35 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 36 NH1 52 GLY N 36 -0.47 14.007
+ 37 H 52 GLY HN 37 0.31 1.008
+ 38 CT2 52 GLY CA 38 -0.02 12.011
+ 39 HB 52 GLY HA1 39 0.09 1.008
+ 40 HB 52 GLY HA2 40 0.09 1.008
+ 41 C 52 GLY C 41 0.51 12.011
+ 42 O 52 GLY O 42 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 NH1 53 TYR N 43 -0.47 14.007
+ 44 H 53 TYR HN 44 0.31 1.008
+ 45 CT1 53 TYR CA 45 0.07 12.011
+ 46 HB 53 TYR HA 46 0.09 1.008
+ 47 CT2 53 TYR CB 47 -0.18 12.011
+ 48 HA 53 TYR HB1 48 0.09 1.008
+ 49 HA 53 TYR HB2 49 0.09 1.008
+ 50 CA 53 TYR CG 50 0 12.011
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+
+[ dihedrals ]
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+ 204 206 208 211 9
+ 207 206 208 209 9
+ 207 206 208 210 9
+ 207 206 208 211 9
+ 212 206 208 209 9
+ 212 206 208 210 9
+ 212 206 208 211 9
+ 204 206 212 213 9
+ 204 206 212 214 9
+ 207 206 212 213 9
+ 207 206 212 214 9
+ 208 206 212 213 9
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+ 206 212 214 218 9
+ 213 212 214 215 9
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+ 214 215 223 225 9
+ 216 215 223 220 9
+ 216 215 223 224 9
+ 216 215 223 225 9
+ 217 215 223 220 9
+ 217 215 223 224 9
+ 217 215 223 225 9
+ 214 218 220 221 9
+ 214 218 220 222 9
+ 214 218 220 223 9
+ 219 218 220 221 9
+ 219 218 220 222 9
+ 219 218 220 223 9
+ 226 218 220 221 9
+ 226 218 220 222 9
+ 226 218 220 223 9
+ 214 218 226 227 9
+ 214 218 226 228 9
+ 219 218 226 227 9
+ 219 218 226 228 9
+ 220 218 226 227 9
+ 220 218 226 228 9
+ 218 220 223 215 9
+ 218 220 223 224 9
+ 218 220 223 225 9
+ 221 220 223 215 9
+ 221 220 223 224 9
+ 221 220 223 225 9
+ 222 220 223 215 9
+ 222 220 223 224 9
+ 222 220 223 225 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 23 5 25 24 2
+ 25 23 27 26 2
+ 34 27 36 35 2
+ 36 34 38 37 2
+ 41 38 43 42 2
+ 43 41 45 44 2
+ 62 45 64 63 2
+ 64 62 66 65 2
+ 71 68 73 72 2
+ 74 66 76 75 2
+ 76 74 78 77 2
+ 84 78 86 85 2
+ 86 84 90 87 2
+ 98 90 100 99 2
+ 100 98 102 101 2
+ 118 102 120 119 2
+ 120 118 122 121 2
+ 132 122 134 133 2
+ 134 132 136 135 2
+ 151 136 153 152 2
+ 153 151 155 154 2
+ 162 160 164 163 2
+ 162 164 160 163 2
+ 164 162 166 165 2
+ 164 166 162 165 2
+ 166 161 164 167 2
+ 166 164 161 167 2
+ 168 155 170 169 2
+ 170 168 172 171 2
+ 184 172 186 185 2
+ 186 184 188 187 2
+ 195 188 197 196 2
+ 197 195 199 198 2
+ 202 199 204 203 2
+ 204 202 206 205 2
+ 212 206 214 213 2
+ 214 212 218 215 2
+ 226 218 228 227 2
+
+[ cmap ]
+; ai aj ak al am funct
+ 23 25 27 34 36 1
+ 34 36 38 41 43 1
+ 41 43 45 62 64 1
+ 62 64 66 74 76 1
+ 74 76 78 84 86 1
+ 84 86 90 98 100 1
+ 98 100 102 118 120 1
+ 118 120 122 132 134 1
+ 132 134 136 151 153 1
+ 151 153 155 168 170 1
+ 168 170 172 184 186 1
+ 184 186 188 195 197 1
+ 195 197 199 202 204 1
+ 202 204 206 212 214 1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">268</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.5155
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.5155
+ 3 NH3 2 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 HC 2 ALA H1 2 0.33 0
+ 5 HC 2 ALA H2 3 0.33 0
+ 6 HC 2 ALA H3 4 0.33 0
+ 7 CT1 2 ALA CA 5 0.21 13.019
+ 8 HB 2 ALA HA 6 0.1 0
+ 9 MCH3 2 ALA MCB1 7 0 7.5175
+ 10 MCH3 2 ALA MCB2 7 0 7.5175
+ 11 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 0
+ 12 HA 2 ALA HB1 8 0.09 0
+ 13 HA 2 ALA HB2 9 0.09 0
+ 14 HA 2 ALA HB3 10 0.09 0
+ 15 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
+ 16 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
+ 17 NH1 3 CYS N 13 -0.47 15.015
+ 18 H 3 CYS HN 14 0.31 0
+ 19 CT1 3 CYS CA 15 0.07 13.019
+ 20 HB 3 CYS HA 16 0.09 0
+ 21 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 14.027
+ 22 HA 3 CYS HB1 18 0.09 0
+ 23 HA 3 CYS HB2 19 0.09 0
+ 24 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
+ 25 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
+ 26 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
+ 27 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 28 NH1 4 ASP N 24 -0.47 15.015
+ 29 H 4 ASP HN 25 0.31 0
+ 30 CT1 4 ASP CA 26 0.07 13.019
+ 31 HB 4 ASP HA 27 0.09 0
+ 32 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 14.027
+ 33 HA 4 ASP HB1 29 0.09 0
+ 34 HA 4 ASP HB2 30 0.09 0
+ 35 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
+ 36 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
+ 37 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
+ 38 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
+ 39 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 40 NH1 5 GLU N 36 -0.47 15.015
+ 41 H 5 GLU HN 37 0.31 0
+ 42 CT1 5 GLU CA 38 0.07 13.019
+ 43 HB 5 GLU HA 39 0.09 0
+ 44 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 14.027
+ 45 HA 5 GLU HB1 41 0.09 0
+ 46 HA 5 GLU HB2 42 0.09 0
+ 47 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 14.027
+ 48 HA 5 GLU HG1 44 0.09 0
+ 49 HA 5 GLU HG2 45 0.09 0
+ 50 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
+ 51 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
+ 52 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
+ 53 C 5 GLU C 49 0.51 12.011
+ 54 O 5 GLU O 50 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 55 NH1 6 PHE N 51 -0.47 15.015
+ 56 H 6 PHE HN 52 0.31 0
+ 57 CT1 6 PHE CA 53 0.07 13.019
+ 58 HB 6 PHE HA 54 0.09 0
+ 59 CT2 6 PHE CB 55 -0.18 14.027
+ 60 HA 6 PHE HB1 56 0.09 0
+ 61 HA 6 PHE HB2 57 0.09 0
+ 62 CA 6 PHE CG 58 0 12.011
+ 63 CA 6 PHE CD1 59 -0.115 13.019
+ 64 HP 6 PHE HD1 60 0.115 0
+ 65 CA 6 PHE CE1 61 -0.115 13.019
+ 66 HP 6 PHE HE1 62 0.115 0
+ 67 CA 6 PHE CZ 63 -0.115 13.019
+ 68 HP 6 PHE HZ 64 0.115 0
+ 69 CA 6 PHE CD2 65 -0.115 13.019
+ 70 HP 6 PHE HD2 66 0.115 0
+ 71 CA 6 PHE CE2 67 -0.115 13.019
+ 72 HP 6 PHE HE2 68 0.115 0
+ 73 C 6 PHE C 69 0.51 12.011
+ 74 O 6 PHE O 70 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 75 NH1 7 GLY N 71 -0.47 15.015
+ 76 H 7 GLY HN 72 0.31 0
+ 77 CT2 7 GLY CA 73 -0.02 14.027
+ 78 HB 7 GLY HA1 74 0.09 0
+ 79 HB 7 GLY HA2 75 0.09 0
+ 80 C 7 GLY C 76 0.51 12.011
+ 81 O 7 GLY O 77 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
+ 82 NH1 8 HIS N 78 -0.47 15.015
+ 83 H 8 HIS HN 79 0.31 0
+ 84 CT1 8 HIS CA 80 0.07 13.019
+ 85 HB 8 HIS HA 81 0.09 0
+ 86 CT2 8 HIS CB 82 -0.08 14.027
+ 87 HA 8 HIS HB1 83 0.09 0
+ 88 HA 8 HIS HB2 84 0.09 0
+ 89 NR2 8 HIS ND1 85 -0.7 14.007
+ 90 CPH1 8 HIS CG 86 0.22 12.011
+ 91 CPH2 8 HIS CE1 87 0.25 13.019
+ 92 HR1 8 HIS HE1 88 0.13 0
+ 93 NR1 8 HIS NE2 89 -0.36 15.015
+ 94 H 8 HIS HE2 90 0.32 0
+ 95 CPH1 8 HIS CD2 91 -0.05 13.019
+ 96 HR3 8 HIS HD2 92 0.09 0
+ 97 C 8 HIS C 93 0.51 12.011
+ 98 O 8 HIS O 94 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 NH1 9 ILE N 95 -0.47 15.015
+ 100 H 9 ILE HN 96 0.31 0
+ 101 CT1 9 ILE CA 97 0.07 13.019
+ 102 HB 9 ILE HA 98 0.09 0
+ 103 CT1 9 ILE CB 99 -0.09 13.019
+ 104 HA 9 ILE HB 100 0.09 0
+ 105 MCH3 9 ILE MCG1 101 0 7.5175
+ 106 MCH3 9 ILE MCG2 101 0 7.5175
+ 107 CT3 9 ILE CG2 101 -0.27 0
+ 108 HA 9 ILE HG21 102 0.09 0
+ 109 HA 9 ILE HG22 103 0.09 0
+ 110 HA 9 ILE HG23 104 0.09 0
+ 111 CT2 9 ILE CG1 105 -0.18 14.027
+ 112 HA 9 ILE HG11 106 0.09 0
+ 113 HA 9 ILE HG12 107 0.09 0
+ 114 MCH3 9 ILE MCD1 108 0 7.5175
+ 115 MCH3 9 ILE MCD2 108 0 7.5175
+ 116 CT3 9 ILE CD 108 -0.27 0
+ 117 HA 9 ILE HD1 109 0.09 0
+ 118 HA 9 ILE HD2 110 0.09 0
+ 119 HA 9 ILE HD3 111 0.09 0
+ 120 C 9 ILE C 112 0.51 12.011
+ 121 O 9 ILE O 113 -0.51 15.999 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYS q +1.0
+ 122 NH1 10 LYS N 114 -0.47 15.015
+ 123 H 10 LYS HN 115 0.31 0
+ 124 CT1 10 LYS CA 116 0.07 13.019
+ 125 HB 10 LYS HA 117 0.09 0
+ 126 CT2 10 LYS CB 118 -0.18 14.027
+ 127 HA 10 LYS HB1 119 0.09 0
+ 128 HA 10 LYS HB2 120 0.09 0
+ 129 CT2 10 LYS CG 121 -0.18 14.027
+ 130 HA 10 LYS HG1 122 0.09 0
+ 131 HA 10 LYS HG2 123 0.09 0
+ 132 CT2 10 LYS CD 124 -0.18 14.027
+ 133 HA 10 LYS HD1 125 0.09 0
+ 134 HA 10 LYS HD2 126 0.09 0
+ 135 CT2 10 LYS CE 127 0.21 14.027
+ 136 HA 10 LYS HE1 128 0.05 0
+ 137 HA 10 LYS HE2 129 0.05 0
+ 138 MNH3 10 LYS MNZ1 130 0 8.5155
+ 139 MNH3 10 LYS MNZ2 130 0 8.5155
+ 140 NH3 10 LYS NZ 130 -0.3 0
+ 141 HC 10 LYS HZ1 131 0.33 0
+ 142 HC 10 LYS HZ2 132 0.33 0
+ 143 HC 10 LYS HZ3 133 0.33 0
+ 144 C 10 LYS C 134 0.51 12.011
+ 145 O 10 LYS O 135 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 146 NH1 11 LEU N 136 -0.47 15.015
+ 147 H 11 LEU HN 137 0.31 0
+ 148 CT1 11 LEU CA 138 0.07 13.019
+ 149 HB 11 LEU HA 139 0.09 0
+ 150 CT2 11 LEU CB 140 -0.18 14.027
+ 151 HA 11 LEU HB1 141 0.09 0
+ 152 HA 11 LEU HB2 142 0.09 0
+ 153 CT1 11 LEU CG 143 -0.09 13.019
+ 154 HA 11 LEU HG 144 0.09 0
+ 155 MCH3 11 LEU MCD1 145 0 7.5175
+ 156 MCH3 11 LEU MCD2 145 0 7.5175
+ 157 CT3 11 LEU CD1 145 -0.27 0
+ 158 HA 11 LEU HD11 146 0.09 0
+ 159 HA 11 LEU HD12 147 0.09 0
+ 160 HA 11 LEU HD13 148 0.09 0
+ 161 MCH3 11 LEU MCD1 149 0 7.5175
+ 162 MCH3 11 LEU MCD2 149 0 7.5175
+ 163 CT3 11 LEU CD2 149 -0.27 0
+ 164 HA 11 LEU HD21 150 0.09 0
+ 165 HA 11 LEU HD22 151 0.09 0
+ 166 HA 11 LEU HD23 152 0.09 0
+ 167 C 11 LEU C 153 0.51 12.011
+ 168 O 11 LEU O 154 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 169 NH1 12 MET N 155 -0.47 15.015
+ 170 H 12 MET HN 156 0.31 0
+ 171 CT1 12 MET CA 157 0.07 13.019
+ 172 HB 12 MET HA 158 0.09 0
+ 173 CT2 12 MET CB 159 -0.18 14.027
+ 174 HA 12 MET HB1 160 0.09 0
+ 175 HA 12 MET HB2 161 0.09 0
+ 176 CT2 12 MET CG 162 -0.14 14.027
+ 177 HA 12 MET HG1 163 0.09 0
+ 178 HA 12 MET HG2 164 0.09 0
+ 179 S 12 MET SD 165 -0.09 32.06
+ 180 MCH3S 12 MET MCE1 166 0 7.5175
+ 181 MCH3S 12 MET MCE2 166 0 7.5175
+ 182 CT3 12 MET CE 166 -0.22 0
+ 183 HA 12 MET HE1 167 0.09 0
+ 184 HA 12 MET HE2 168 0.09 0
+ 185 HA 12 MET HE3 169 0.09 0
+ 186 C 12 MET C 170 0.51 12.011
+ 187 O 12 MET O 171 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 188 NH1 13 ASN N 172 -0.47 15.015
+ 189 H 13 ASN HN 173 0.31 0
+ 190 CT1 13 ASN CA 174 0.07 13.019
+ 191 HB 13 ASN HA 175 0.09 0
+ 192 CT2 13 ASN CB 176 -0.18 14.027
+ 193 HA 13 ASN HB1 177 0.09 0
+ 194 HA 13 ASN HB2 178 0.09 0
+ 195 CC 13 ASN CG 179 0.55 12.011
+ 196 O 13 ASN OD1 180 -0.55 15.999
+ 197 NH2 13 ASN ND2 181 -0.62 16.023
+ 198 H 13 ASN HD21 182 0.32 0
+ 199 H 13 ASN HD22 183 0.3 0
+ 200 C 13 ASN C 184 0.51 12.011
+ 201 O 13 ASN O 185 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 202 N 14 PRO N 186 -0.29 14.007
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+ 204 HA 14 PRO HD1 188 0.09 0
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+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 216 NH1 15 GLN N 200 -0.47 15.015
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+ 232 O 15 GLN O 216 -0.51 15.999 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
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+ 255 C 16 ARG C 239 0.51 12.011
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+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
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+ 265 H 17 SER HG1 249 0.43 1.008
+ 266 CC 17 SER C 250 0.34 12.011
+ 267 OC 17 SER OT1 251 -0.67 15.9994
+ 268 OC 17 SER OT2 252 -0.67 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
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+[ constraints ]
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+ 261 265 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
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+ 238 237 240 242 9
+ 238 237 240 243 9
+ 239 237 240 241 9
+ 239 237 240 242 9
+ 239 237 240 243 9
+ 237 240 243 244 9
+ 237 240 243 245 9
+ 237 240 243 246 9
+ 241 240 243 244 9
+ 241 240 243 245 9
+ 241 240 243 246 9
+ 242 240 243 244 9
+ 242 240 243 245 9
+ 242 240 243 246 9
+ 240 243 246 247 9
+ 240 243 246 248 9
+ 244 243 246 247 9
+ 244 243 246 248 9
+ 245 243 246 247 9
+ 245 243 246 248 9
+ 243 246 248 249 9
+ 243 246 248 252 9
+ 247 246 248 249 9
+ 247 246 248 252 9
+ 246 248 249 250 9
+ 246 248 249 251 9
+ 252 248 249 250 9
+ 252 248 249 251 9
+ 246 248 252 253 9
+ 246 248 252 254 9
+ 249 248 252 253 9
+ 249 248 252 254 9
+ 235 255 257 258 9
+ 235 255 257 259 9
+ 256 255 257 258 9
+ 256 255 257 259 9
+ 255 257 259 260 9
+ 255 257 259 261 9
+ 255 257 259 266 9
+ 258 257 259 260 9
+ 258 257 259 261 9
+ 258 257 259 266 9
+ 257 259 261 262 9
+ 257 259 261 263 9
+ 257 259 261 264 9
+ 260 259 261 262 9
+ 260 259 261 263 9
+ 260 259 261 264 9
+ 266 259 261 262 9
+ 266 259 261 263 9
+ 266 259 261 264 9
+ 257 259 266 267 9
+ 257 259 266 268 9
+ 260 259 266 267 9
+ 260 259 266 268 9
+ 261 259 266 267 9
+ 261 259 266 268 9
+ 259 261 264 265 9
+ 262 261 264 265 9
+ 263 261 264 265 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 15 7 17 16 2
+ 17 15 19 18 2
+ 26 19 28 27 2
+ 28 26 30 29 2
+ 35 32 37 36 2
+ 38 30 40 39 2
+ 40 38 42 41 2
+ 50 47 52 51 2
+ 53 42 55 54 2
+ 55 53 57 56 2
+ 73 57 75 74 2
+ 75 73 77 76 2
+ 80 77 82 81 2
+ 82 80 84 83 2
+ 91 89 93 92 2
+ 91 93 89 92 2
+ 93 91 95 94 2
+ 93 95 91 94 2
+ 95 90 93 96 2
+ 95 93 90 96 2
+ 97 84 99 98 2
+ 99 97 101 100 2
+ 120 101 122 121 2
+ 122 120 124 123 2
+ 144 124 146 145 2
+ 146 144 148 147 2
+ 167 148 169 168 2
+ 169 167 171 170 2
+ 186 171 188 187 2
+ 188 186 190 189 2
+ 195 192 197 196 2
+ 195 197 192 196 2
+ 197 195 199 198 2
+ 197 195 198 199 2
+ 200 190 202 201 2
+ 202 200 206 203 2
+ 214 206 216 215 2
+ 216 214 218 217 2
+ 226 223 228 227 2
+ 226 228 223 227 2
+ 228 226 230 229 2
+ 228 226 229 230 2
+ 231 218 233 232 2
+ 233 231 235 234 2
+ 246 252 249 248 2
+ 255 235 257 256 2
+ 257 255 259 258 2
+ 266 259 268 267 2
+
+[ cmap ]
+; ai aj ak al am funct
+ 15 17 19 26 28 1
+ 26 28 30 38 40 1
+ 38 40 42 53 55 1
+ 53 55 57 73 75 1
+ 73 75 77 80 82 1
+ 80 82 84 97 99 1
+ 97 99 101 120 122 1
+ 120 122 124 144 146 1
+ 144 146 148 167 169 1
+ 167 169 171 186 188 1
+ 186 188 190 200 202 1
+ 200 202 206 214 216 1
+ 214 216 218 231 233 1
+ 231 233 235 255 257 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
+ 12 7 9 10 1
+ 107 103 105 106 1
+ 108 103 105 106 1
+ 116 111 114 115 1
+ 117 111 114 115 1
+ 140 135 138 139 1
+ 141 135 138 139 1
+ 157 153 155 156 1
+ 158 153 155 156 1
+ 163 153 161 162 1
+ 164 153 161 162 1
+ 182 179 180 181 1
+ 183 179 180 181 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
+ 29 28 26 30 2
+ 41 40 38 42 2
+ 56 55 53 57 2
+ 64 63 62 65 2
+ 66 65 63 67 2
+ 68 67 65 71 2
+ 70 69 62 71 2
+ 72 71 67 69 2
+ 76 75 73 77 2
+ 83 82 80 84 2
+ 92 91 89 93 2
+ 94 93 91 95 2
+ 96 95 90 93 2
+ 100 99 97 101 2
+ 123 122 120 124 2
+ 147 146 144 148 2
+ 170 169 167 171 2
+ 189 188 186 190 2
+ 217 216 214 218 2
+ 234 233 231 235 2
+ 247 246 243 248 2
+ 258 257 255 259 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 198 197 195 192 3
+ 199 197 195 192 -3
+ 229 228 226 223 3
+ 230 228 226 223 -3
+ 250 249 248 246 3
+ 251 249 248 246 -3
+ 253 252 248 246 3
+ 254 252 248 246 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 22 21 19 24 4
+ 23 21 19 24 -4
+ 33 32 30 35 4
+ 34 32 30 35 -4
+ 45 44 42 47 4
+ 46 44 42 47 -4
+ 48 47 44 50 4
+ 49 47 44 50 -4
+ 60 59 57 62 4
+ 61 59 57 62 -4
+ 78 77 75 80 4
+ 79 77 75 80 -4
+ 87 86 84 90 4
+ 88 86 84 90 -4
+ 109 103 105 106 -4
+ 110 103 105 106 4
+ 112 111 103 116 4
+ 113 111 103 116 -4
+ 118 111 114 115 -4
+ 119 111 114 115 4
+ 127 126 124 129 4
+ 128 126 124 129 -4
+ 130 129 126 132 4
+ 131 129 126 132 -4
+ 133 132 129 135 4
+ 134 132 129 135 -4
+ 136 135 132 140 4
+ 137 135 132 140 -4
+ 142 135 138 139 -4
+ 143 135 138 139 4
+ 151 150 148 153 4
+ 152 150 148 153 -4
+ 159 153 155 156 -4
+ 160 153 155 156 4
+ 165 153 161 162 -4
+ 166 153 161 162 4
+ 174 173 171 176 4
+ 175 173 171 176 -4
+ 177 176 173 179 4
+ 178 176 173 179 -4
+ 184 179 180 181 -4
+ 185 179 180 181 4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 204 203 202 211 4
+ 205 203 202 211 -4
+ 209 208 206 211 4
+ 210 208 206 211 -4
+ 212 211 203 208 4
+ 213 211 203 208 -4
+ 221 220 218 223 4
+ 222 220 218 223 -4
+ 224 223 220 226 4
+ 225 223 220 226 -4
+ 238 237 235 240 4
+ 239 237 235 240 -4
+ 241 240 237 243 4
+ 242 240 237 243 -4
+ 244 243 240 246 4
+ 245 243 240 246 -4
+ 262 261 259 264 4
+ 263 261 259 264 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 26 2
+ 31 30 28 32 38 2
+ 43 42 40 44 53 2
+ 58 57 55 59 73 2
+ 85 84 82 86 97 2
+ 102 101 99 103 120 2
+ 104 103 101 107 111 2
+ 125 124 122 126 144 2
+ 149 148 146 150 167 2
+ 154 153 150 157 163 2
+ 172 171 169 173 186 2
+ 191 190 188 192 200 2
+ 207 206 202 208 214 2
+ 219 218 216 220 231 2
+ 236 235 233 237 255 2
+ 260 259 257 261 266 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">291</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.5155
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.5155
+ 3 NH3 18 THR N 1 -0.3 0
+ 4 HC 18 THR H1 2 0.33 0
+ 5 HC 18 THR H2 3 0.33 0
+ 6 HC 18 THR H3 4 0.33 0
+ 7 CT1 18 THR CA 5 0.21 13.019
+ 8 HB 18 THR HA 6 0.1 0
+ 9 CT1 18 THR CB 7 0.14 13.019
+ 10 HA 18 THR HB 8 0.09 0
+ 11 OH1 18 THR OG1 9 -0.66 15.999
+ 12 H 18 THR HG1 10 0.43 1.008
+ 13 MCH3 18 THR MCG1 11 0 7.5175
+ 14 MCH3 18 THR MCG2 11 0 7.5175
+ 15 CT3 18 THR CG2 11 -0.27 0
+ 16 HA 18 THR HG21 12 0.09 0
+ 17 HA 18 THR HG22 13 0.09 0
+ 18 HA 18 THR HG23 14 0.09 0
+ 19 C 18 THR C 15 0.51 12.011
+ 20 O 18 THR O 16 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 21 NH1 19 VAL N 17 -0.47 15.015
+ 22 H 19 VAL HN 18 0.31 0
+ 23 CT1 19 VAL CA 19 0.07 13.019
+ 24 HB 19 VAL HA 20 0.09 0
+ 25 CT1 19 VAL CB 21 -0.09 13.019
+ 26 HA 19 VAL HB 22 0.09 0
+ 27 MCH3 19 VAL MCG1 23 0 7.5175
+ 28 MCH3 19 VAL MCG2 23 0 7.5175
+ 29 CT3 19 VAL CG1 23 -0.27 0
+ 30 HA 19 VAL HG11 24 0.09 0
+ 31 HA 19 VAL HG12 25 0.09 0
+ 32 HA 19 VAL HG13 26 0.09 0
+ 33 MCH3 19 VAL MCG1 27 0 7.5175
+ 34 MCH3 19 VAL MCG2 27 0 7.5175
+ 35 CT3 19 VAL CG2 27 -0.27 0
+ 36 HA 19 VAL HG21 28 0.09 0
+ 37 HA 19 VAL HG22 29 0.09 0
+ 38 HA 19 VAL HG23 30 0.09 0
+ 39 C 19 VAL C 31 0.51 12.011
+ 40 O 19 VAL O 32 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 41 NH1 20 TRP N 33 -0.47 15.015
+ 42 H 20 TRP HN 34 0.31 0
+ 43 CT1 20 TRP CA 35 0.07 13.019
+ 44 HB 20 TRP HA 36 0.09 0
+ 45 CT2 20 TRP CB 37 -0.18 14.027
+ 46 HA 20 TRP HB1 38 0.09 0
+ 47 HA 20 TRP HB2 39 0.09 0
+ 48 CY 20 TRP CG 40 -0.03 12.011
+ 49 CA 20 TRP CD1 41 0.035 13.019
+ 50 HP 20 TRP HD1 42 0.115 0
+ 51 NY 20 TRP NE1 43 -0.61 15.015
+ 52 H 20 TRP HE1 44 0.38 0
+ 53 CPT 20 TRP CE2 45 0.13 12.011
+ 54 CPT 20 TRP CD2 46 -0.02 12.011
+ 55 CA 20 TRP CE3 47 -0.115 13.019
+ 56 HP 20 TRP HE3 48 0.115 0
+ 57 CA 20 TRP CZ3 49 -0.115 13.019
+ 58 HP 20 TRP HZ3 50 0.115 0
+ 59 CA 20 TRP CZ2 51 -0.115 13.019
+ 60 HP 20 TRP HZ2 52 0.115 0
+ 61 CA 20 TRP CH2 53 -0.115 13.019
+ 62 HP 20 TRP HH2 54 0.115 0
+ 63 C 20 TRP C 55 0.51 12.011
+ 64 O 20 TRP O 56 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 65 NH1 21 TYR N 57 -0.47 15.015
+ 66 H 21 TYR HN 58 0.31 0
+ 67 CT1 21 TYR CA 59 0.07 13.019
+ 68 HB 21 TYR HA 60 0.09 0
+ 69 CT2 21 TYR CB 61 -0.18 14.027
+ 70 HA 21 TYR HB1 62 0.09 0
+ 71 HA 21 TYR HB2 63 0.09 0
+ 72 CA 21 TYR CG 64 0 12.011
+ 73 CA 21 TYR CD1 65 -0.115 13.019
+ 74 HP 21 TYR HD1 66 0.115 0
+ 75 CA 21 TYR CE1 67 -0.115 13.019
+ 76 HP 21 TYR HE1 68 0.115 0
+ 77 CA 21 TYR CZ 69 0.11 12.011
+ 78 OH1 21 TYR OH 70 -0.54 15.999
+ 79 H 21 TYR HH 71 0.43 1.008
+ 80 CA 21 TYR CD2 72 -0.115 13.019
+ 81 HP 21 TYR HD2 73 0.115 0
+ 82 CA 21 TYR CE2 74 -0.115 13.019
+ 83 HP 21 TYR HE2 75 0.115 0
+ 84 C 21 TYR C 76 0.51 12.011
+ 85 O 21 TYR O 77 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
+ 86 NH1 22 LYS N 78 -0.47 15.015
+ 87 H 22 LYS HN 79 0.31 0
+ 88 CT1 22 LYS CA 80 0.07 13.019
+ 89 HB 22 LYS HA 81 0.09 0
+ 90 CT2 22 LYS CB 82 -0.18 14.027
+ 91 HA 22 LYS HB1 83 0.09 0
+ 92 HA 22 LYS HB2 84 0.09 0
+ 93 CT2 22 LYS CG 85 -0.18 14.027
+ 94 HA 22 LYS HG1 86 0.09 0
+ 95 HA 22 LYS HG2 87 0.09 0
+ 96 CT2 22 LYS CD 88 -0.18 14.027
+ 97 HA 22 LYS HD1 89 0.09 0
+ 98 HA 22 LYS HD2 90 0.09 0
+ 99 CT2 22 LYS CE 91 0.21 14.027
+ 100 HA 22 LYS HE1 92 0.05 0
+ 101 HA 22 LYS HE2 93 0.05 0
+ 102 MNH3 22 LYS MNZ1 94 0 8.5155
+ 103 MNH3 22 LYS MNZ2 94 0 8.5155
+ 104 NH3 22 LYS NZ 94 -0.3 0
+ 105 HC 22 LYS HZ1 95 0.33 0
+ 106 HC 22 LYS HZ2 96 0.33 0
+ 107 HC 22 LYS HZ3 97 0.33 0
+ 108 C 22 LYS C 98 0.51 12.011
+ 109 O 22 LYS O 99 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 110 NH1 23 GLU N 100 -0.47 15.015
+ 111 H 23 GLU HN 101 0.31 0
+ 112 CT1 23 GLU CA 102 0.07 13.019
+ 113 HB 23 GLU HA 103 0.09 0
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+ 117 CT2 23 GLU CG 107 -0.28 14.027
+ 118 HA 23 GLU HG1 108 0.09 0
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+ 120 CC 23 GLU CD 110 0.62 12.011
+ 121 OC 23 GLU OE1 111 -0.76 15.999
+ 122 OC 23 GLU OE2 112 -0.76 15.999
+ 123 C 23 GLU C 113 0.51 12.011
+ 124 O 23 GLU O 114 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 125 NH1 24 TRP N 115 -0.47 15.015
+ 126 H 24 TRP HN 116 0.31 0
+ 127 CT1 24 TRP CA 117 0.07 13.019
+ 128 HB 24 TRP HA 118 0.09 0
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+ 130 HA 24 TRP HB1 120 0.09 0
+ 131 HA 24 TRP HB2 121 0.09 0
+ 132 CY 24 TRP CG 122 -0.03 12.011
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+ 147 C 24 TRP C 137 0.51 12.011
+ 148 O 24 TRP O 138 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
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+ 161 C 25 PRO C 151 0.51 12.011
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+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 163 N 26 PRO N 153 -0.29 14.007
+ 164 CP3 26 PRO CD 154 0 14.027
+ 165 HA 26 PRO HD1 155 0.09 0
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+; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
+ 177 NH1 27 CYS N 167 -0.47 15.015
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+ 183 HA 27 CYS HB2 173 0.09 0
+ 184 S 27 CYS SG 174 -0.23 32.06
+ 185 HS 27 CYS HG1 175 0.16 1.008
+ 186 C 27 CYS C 176 0.51 12.011
+ 187 O 27 CYS O 177 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 188 NH1 28 ARG N 178 -0.47 15.015
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+ 210 C 28 ARG C 200 0.51 12.011
+ 211 O 28 ARG O 201 -0.51 15.999 ; qtot 2
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+ 227 C 29 HIS C 217 0.51 12.011
+ 228 O 29 HIS O 218 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
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+ 242 O 30 ASN O 232 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
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+; residue 32 HIS rtp HSE q 0.0
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+ 265 NR1 32 HIS NE2 255 -0.36 15.015
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+ 269 C 32 HIS C 259 0.51 12.011
+ 270 O 32 HIS O 260 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 286 HP 33 PHE HD2 276 0.115 0
+ 287 CA 33 PHE CE2 277 -0.115 13.019
+ 288 HP 33 PHE HE2 278 0.115 0
+ 289 CC 33 PHE C 279 0.34 12.011
+ 290 OC 33 PHE OT1 280 -0.67 15.9994
+ 291 OC 33 PHE OT2 281 -0.67 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
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+[ dihedrals ]
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+ 256 258 262 261 9
+ 256 258 262 267 9
+ 259 258 262 261 9
+ 259 258 262 267 9
+ 260 258 262 261 9
+ 260 258 262 267 9
+ 263 261 262 258 9
+ 263 261 262 267 9
+ 262 261 263 264 9
+ 262 261 263 265 9
+ 258 262 267 265 9
+ 258 262 267 268 9
+ 261 262 267 265 9
+ 261 262 267 268 9
+ 261 263 265 266 9
+ 261 263 265 267 9
+ 264 263 265 266 9
+ 264 263 265 267 9
+ 263 265 267 262 9
+ 263 265 267 268 9
+ 266 265 267 262 9
+ 266 265 267 268 9
+ 256 269 271 272 9
+ 256 269 271 273 9
+ 270 269 271 272 9
+ 270 269 271 273 9
+ 269 271 273 274 9
+ 269 271 273 275 9
+ 269 271 273 289 9
+ 272 271 273 274 9
+ 272 271 273 275 9
+ 272 271 273 289 9
+ 271 273 275 276 9
+ 271 273 275 277 9
+ 271 273 275 278 9
+ 274 273 275 276 9
+ 274 273 275 277 9
+ 274 273 275 278 9
+ 289 273 275 276 9
+ 289 273 275 277 9
+ 289 273 275 278 9
+ 271 273 289 290 9
+ 271 273 289 291 9
+ 274 273 289 290 9
+ 274 273 289 291 9
+ 275 273 289 290 9
+ 275 273 289 291 9
+ 273 275 278 279 9
+ 273 275 278 285 9
+ 276 275 278 279 9
+ 276 275 278 285 9
+ 277 275 278 279 9
+ 277 275 278 285 9
+ 275 278 279 280 9
+ 275 278 279 281 9
+ 285 278 279 280 9
+ 285 278 279 281 9
+ 275 278 285 286 9
+ 275 278 285 287 9
+ 279 278 285 286 9
+ 279 278 285 287 9
+ 278 279 281 282 9
+ 278 279 281 283 9
+ 280 279 281 282 9
+ 280 279 281 283 9
+ 279 281 283 284 9
+ 279 281 283 287 9
+ 282 281 283 284 9
+ 282 281 283 287 9
+ 281 283 287 285 9
+ 281 283 287 288 9
+ 284 283 287 285 9
+ 284 283 287 288 9
+ 278 285 287 283 9
+ 278 285 287 288 9
+ 286 285 287 283 9
+ 286 285 287 288 9
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 19 7 21 20 2
+ 21 19 23 22 2
+ 39 23 41 40 2
+ 41 39 43 42 2
+ 63 43 65 64 2
+ 65 63 67 66 2
+ 84 67 86 85 2
+ 86 84 88 87 2
+ 108 88 110 109 2
+ 110 108 112 111 2
+ 120 117 122 121 2
+ 123 112 125 124 2
+ 125 123 127 126 2
+ 147 127 149 148 2
+ 149 147 153 150 2
+ 161 153 163 162 2
+ 163 161 167 164 2
+ 175 167 177 176 2
+ 177 175 179 178 2
+ 186 179 188 187 2
+ 188 186 190 189 2
+ 201 207 204 203 2
+ 210 190 212 211 2
+ 212 210 214 213 2
+ 221 219 223 222 2
+ 221 223 219 222 2
+ 223 221 225 224 2
+ 223 225 221 224 2
+ 225 220 223 226 2
+ 225 223 220 226 2
+ 227 214 229 228 2
+ 229 227 231 230 2
+ 236 233 238 237 2
+ 236 238 233 237 2
+ 238 236 240 239 2
+ 238 236 239 240 2
+ 241 231 243 242 2
+ 243 241 245 244 2
+ 252 245 254 253 2
+ 254 252 256 255 2
+ 263 261 265 264 2
+ 263 265 261 264 2
+ 265 263 267 266 2
+ 265 267 263 266 2
+ 267 262 265 268 2
+ 267 265 262 268 2
+ 269 256 271 270 2
+ 271 269 273 272 2
+ 289 273 291 290 2
+
+[ cmap ]
+; ai aj ak al am funct
+ 19 21 23 39 41 1
+ 39 41 43 63 65 1
+ 63 65 67 84 86 1
+ 84 86 88 108 110 1
+ 108 110 112 123 125 1
+ 123 125 127 147 149 1
+ 147 149 153 161 163 1
+ 161 163 167 175 177 1
+ 175 177 179 186 188 1
+ 186 188 190 210 212 1
+ 210 212 214 227 229 1
+ 227 229 231 241 243 1
+ 241 243 245 252 254 1
+ 252 254 256 269 271 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 15 9 13 14 1
+ 16 9 13 14 1
+ 29 25 27 28 1
+ 30 25 27 28 1
+ 35 25 33 34 1
+ 36 25 33 34 1
+ 104 99 102 103 1
+ 105 99 102 103 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 22 21 19 23 2
+ 42 41 39 43 2
+ 50 49 48 51 2
+ 52 51 49 53 2
+ 56 55 54 57 2
+ 58 57 55 61 2
+ 60 59 53 61 2
+ 62 61 57 59 2
+ 66 65 63 67 2
+ 74 73 72 75 2
+ 76 75 73 77 2
+ 81 80 72 82 2
+ 83 82 77 80 2
+ 87 86 84 88 2
+ 111 110 108 112 2
+ 126 125 123 127 2
+ 134 133 132 135 2
+ 136 135 133 137 2
+ 140 139 138 141 2
+ 142 141 139 145 2
+ 144 143 137 145 2
+ 146 145 141 143 2
+ 178 177 175 179 2
+ 189 188 186 190 2
+ 202 201 198 203 2
+ 213 212 210 214 2
+ 222 221 219 223 2
+ 224 223 221 225 2
+ 226 225 220 223 2
+ 230 229 227 231 2
+ 244 243 241 245 2
+ 255 254 252 256 2
+ 264 263 261 265 2
+ 266 265 263 267 2
+ 268 267 262 265 2
+ 272 271 269 273 2
+ 280 279 278 281 2
+ 282 281 279 283 2
+ 284 283 281 287 2
+ 286 285 278 287 2
+ 288 287 283 285 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 205 204 203 201 3
+ 206 204 203 201 -3
+ 208 207 203 201 3
+ 209 207 203 201 -3
+ 239 238 236 233 3
+ 240 238 236 233 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 17 9 13 14 -4
+ 18 9 13 14 4
+ 31 25 27 28 -4
+ 32 25 27 28 4
+ 37 25 33 34 -4
+ 38 25 33 34 4
+ 46 45 43 48 4
+ 47 45 43 48 -4
+ 70 69 67 72 4
+ 71 69 67 72 -4
+ 91 90 88 93 4
+ 92 90 88 93 -4
+ 94 93 90 96 4
+ 95 93 90 96 -4
+ 97 96 93 99 4
+ 98 96 93 99 -4
+ 100 99 96 104 4
+ 101 99 96 104 -4
+ 106 99 102 103 -4
+ 107 99 102 103 4
+ 115 114 112 117 4
+ 116 114 112 117 -4
+ 118 117 114 120 4
+ 119 117 114 120 -4
+ 130 129 127 132 4
+ 131 129 127 132 -4
+ 151 150 149 158 4
+ 152 150 149 158 -4
+ 156 155 153 158 4
+ 157 155 153 158 -4
+ 159 158 150 155 4
+ 160 158 150 155 -4
+ 165 164 163 172 4
+ 166 164 163 172 -4
+ 170 169 167 172 4
+ 171 169 167 172 -4
+ 173 172 164 169 4
+ 174 172 164 169 -4
+ 182 181 179 184 4
+ 183 181 179 184 -4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 196 195 192 198 4
+ 197 195 192 198 -4
+ 199 198 195 201 4
+ 200 198 195 201 -4
+ 217 216 214 220 4
+ 218 216 214 220 -4
+ 234 233 231 236 4
+ 235 233 231 236 -4
+ 248 247 245 250 4
+ 249 247 245 250 -4
+ 259 258 256 262 4
+ 260 258 256 262 -4
+ 276 275 273 278 4
+ 277 275 273 278 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 19 2
+ 10 9 11 7 15 2
+ 24 23 21 25 39 2
+ 26 25 23 29 35 2
+ 44 43 41 45 63 2
+ 68 67 65 69 84 2
+ 89 88 86 90 108 2
+ 113 112 110 114 123 2
+ 128 127 125 129 147 2
+ 154 153 149 155 161 2
+ 168 167 163 169 175 2
+ 180 179 177 181 186 2
+ 191 190 188 192 210 2
+ 215 214 212 216 227 2
+ 232 231 229 233 241 2
+ 246 245 243 247 252 2
+ 257 256 254 258 269 2
+ 274 273 271 275 289 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">277</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.5155
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.5155
+ 3 NH3 34 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 HC 34 ALA H1 2 0.33 0
+ 5 HC 34 ALA H2 3 0.33 0
+ 6 HC 34 ALA H3 4 0.33 0
+ 7 CT1 34 ALA CA 5 0.21 13.019
+ 8 HB 34 ALA HA 6 0.1 0
+ 9 MCH3 34 ALA MCB1 7 0 7.5175
+ 10 MCH3 34 ALA MCB2 7 0 7.5175
+ 11 CT3 34 ALA CB 7 -0.27 0
+ 12 HA 34 ALA HB1 8 0.09 0
+ 13 HA 34 ALA HB2 9 0.09 0
+ 14 HA 34 ALA HB3 10 0.09 0
+ 15 C 34 ALA C 11 0.51 12.011
+ 16 O 34 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 NH1 35 VAL N 13 -0.47 15.015
+ 18 H 35 VAL HN 14 0.31 0
+ 19 CT1 35 VAL CA 15 0.07 13.019
+ 20 HB 35 VAL HA 16 0.09 0
+ 21 CT1 35 VAL CB 17 -0.09 13.019
+ 22 HA 35 VAL HB 18 0.09 0
+ 23 MCH3 35 VAL MCG1 19 0 7.5175
+ 24 MCH3 35 VAL MCG2 19 0 7.5175
+ 25 CT3 35 VAL CG1 19 -0.27 0
+ 26 HA 35 VAL HG11 20 0.09 0
+ 27 HA 35 VAL HG12 21 0.09 0
+ 28 HA 35 VAL HG13 22 0.09 0
+ 29 MCH3 35 VAL MCG1 23 0 7.5175
+ 30 MCH3 35 VAL MCG2 23 0 7.5175
+ 31 CT3 35 VAL CG2 23 -0.27 0
+ 32 HA 35 VAL HG21 24 0.09 0
+ 33 HA 35 VAL HG22 25 0.09 0
+ 34 HA 35 VAL HG23 26 0.09 0
+ 35 C 35 VAL C 27 0.51 12.011
+ 36 O 35 VAL O 28 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 37 N 36 PRO N 29 -0.29 14.007
+ 38 CP3 36 PRO CD 30 0 14.027
+ 39 HA 36 PRO HD1 31 0.09 0
+ 40 HA 36 PRO HD2 32 0.09 0
+ 41 CP1 36 PRO CA 33 0.02 13.019
+ 42 HB 36 PRO HA 34 0.09 0
+ 43 CP2 36 PRO CB 35 -0.18 14.027
+ 44 HA 36 PRO HB1 36 0.09 0
+ 45 HA 36 PRO HB2 37 0.09 0
+ 46 CP2 36 PRO CG 38 -0.18 14.027
+ 47 HA 36 PRO HG1 39 0.09 0
+ 48 HA 36 PRO HG2 40 0.09 0
+ 49 C 36 PRO C 41 0.51 12.011
+ 50 O 36 PRO O 42 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 51 NH1 37 GLY N 43 -0.47 15.015
+ 52 H 37 GLY HN 44 0.31 0
+ 53 CT2 37 GLY CA 45 -0.02 14.027
+ 54 HB 37 GLY HA1 46 0.09 0
+ 55 HB 37 GLY HA2 47 0.09 0
+ 56 C 37 GLY C 48 0.51 12.011
+ 57 O 37 GLY O 49 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 58 NH1 38 TYR N 50 -0.47 15.015
+ 59 H 38 TYR HN 51 0.31 0
+ 60 CT1 38 TYR CA 52 0.07 13.019
+ 61 HB 38 TYR HA 53 0.09 0
+ 62 CT2 38 TYR CB 54 -0.18 14.027
+ 63 HA 38 TYR HB1 55 0.09 0
+ 64 HA 38 TYR HB2 56 0.09 0
+ 65 CA 38 TYR CG 57 0 12.011
+ 66 CA 38 TYR CD1 58 -0.115 13.019
+ 67 HP 38 TYR HD1 59 0.115 0
+ 68 CA 38 TYR CE1 60 -0.115 13.019
+ 69 HP 38 TYR HE1 61 0.115 0
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+ 75 CA 38 TYR CE2 67 -0.115 13.019
+ 76 HP 38 TYR HE2 68 0.115 0
+ 77 C 38 TYR C 69 0.51 12.011
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+ 79 NH1 39 ASP N 71 -0.47 15.015
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+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
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+ 131 MCH3 41 ILE MCD2 118 0 7.5175
+ 132 CT3 41 ILE CD 118 -0.27 0
+ 133 HA 41 ILE HD1 119 0.09 0
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+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
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+
+[ bonds ]
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+[ pairs ]
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+
+[ dihedrals ]
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+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
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+ 116 115 113 117 2
+ 153 152 150 154 2
+ 165 164 162 166 2
+ 173 172 171 174 2
+ 175 174 172 176 2
+ 180 179 171 181 2
+ 182 181 176 179 2
+ 186 185 183 187 2
+ 195 194 192 196 2
+ 197 196 194 198 2
+ 199 198 193 196 2
+ 203 202 200 204 2
+ 222 221 219 223 2
+ 230 229 228 231 2
+ 232 231 229 233 2
+ 236 235 234 237 2
+ 238 237 235 241 2
+ 240 239 233 241 2
+ 242 241 237 239 2
+ 246 245 243 247 2
+ 266 265 263 267 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 27 21 23 24 -4
+ 28 21 23 24 4
+ 33 21 29 30 -4
+ 34 21 29 30 4
+ 39 38 37 46 4
+ 40 38 37 46 -4
+ 44 43 41 46 4
+ 45 43 41 46 -4
+ 47 46 38 43 4
+ 48 46 38 43 -4
+ 54 53 51 56 4
+ 55 53 51 56 -4
+ 63 62 60 65 4
+ 64 62 60 65 -4
+ 84 83 81 86 4
+ 85 83 81 86 -4
+ 96 95 93 98 4
+ 97 95 93 98 -4
+ 99 98 95 101 4
+ 100 98 95 101 -4
+ 102 101 98 104 4
+ 103 101 98 104 -4
+ 105 104 101 109 4
+ 106 104 101 109 -4
+ 111 104 107 108 -4
+ 112 104 107 108 4
+ 125 119 121 122 -4
+ 126 119 121 122 4
+ 128 127 119 132 4
+ 129 127 119 132 -4
+ 134 127 130 131 -4
+ 135 127 130 131 4
+ 140 139 138 147 4
+ 141 139 138 147 -4
+ 145 144 142 147 4
+ 146 144 142 147 -4
+ 148 147 139 144 4
+ 149 147 139 144 -4
+ 157 156 154 159 4
+ 158 156 154 159 -4
+ 169 168 166 171 4
+ 170 168 166 171 -4
+ 190 189 187 193 4
+ 191 189 187 193 -4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 210 209 206 212 4
+ 211 209 206 212 -4
+ 217 212 213 214 -4
+ 218 212 213 214 4
+ 226 225 223 228 4
+ 227 225 223 228 -4
+ 255 249 251 252 -4
+ 256 249 251 252 4
+ 261 249 257 258 -4
+ 262 249 257 258 4
+ 273 267 269 270 -4
+ 274 267 269 270 4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 35 2
+ 22 21 19 25 31 2
+ 42 41 37 43 49 2
+ 61 60 58 62 77 2
+ 82 81 79 83 89 2
+ 94 93 91 95 113 2
+ 118 117 115 119 136 2
+ 120 119 117 123 127 2
+ 143 142 138 144 150 2
+ 155 154 152 156 162 2
+ 167 166 164 168 183 2
+ 188 187 185 189 200 2
+ 205 204 202 206 219 2
+ 224 223 221 225 243 2
+ 248 247 245 249 263 2
+ 250 249 247 253 259 2
+ 268 267 265 271 275 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">246</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYS q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.5155
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.5155
+ 3 NH3 50 LYS N 1 -0.3 0
+ 4 HC 50 LYS H1 2 0.33 0
+ 5 HC 50 LYS H2 3 0.33 0
+ 6 HC 50 LYS H3 4 0.33 0
+ 7 CT1 50 LYS CA 5 0.21 13.019
+ 8 HB 50 LYS HA 6 0.1 0
+ 9 CT2 50 LYS CB 7 -0.18 14.027
+ 10 HA 50 LYS HB1 8 0.09 0
+ 11 HA 50 LYS HB2 9 0.09 0
+ 12 CT2 50 LYS CG 10 -0.18 14.027
+ 13 HA 50 LYS HG1 11 0.09 0
+ 14 HA 50 LYS HG2 12 0.09 0
+ 15 CT2 50 LYS CD 13 -0.18 14.027
+ 16 HA 50 LYS HD1 14 0.09 0
+ 17 HA 50 LYS HD2 15 0.09 0
+ 18 CT2 50 LYS CE 16 0.21 14.027
+ 19 HA 50 LYS HE1 17 0.05 0
+ 20 HA 50 LYS HE2 18 0.05 0
+ 21 MNH3 50 LYS MNZ1 19 0 8.5155
+ 22 MNH3 50 LYS MNZ2 19 0 8.5155
+ 23 NH3 50 LYS NZ 19 -0.3 0
+ 24 HC 50 LYS HZ1 20 0.33 0
+ 25 HC 50 LYS HZ2 21 0.33 0
+ 26 HC 50 LYS HZ3 22 0.33 0
+ 27 C 50 LYS C 23 0.51 12.011
+ 28 O 50 LYS O 24 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 29 NH1 51 SER N 25 -0.47 15.015
+ 30 H 51 SER HN 26 0.31 0
+ 31 CT1 51 SER CA 27 0.07 13.019
+ 32 HB 51 SER HA 28 0.09 0
+ 33 CT2 51 SER CB 29 0.05 14.027
+ 34 HA 51 SER HB1 30 0.09 0
+ 35 HA 51 SER HB2 31 0.09 0
+ 36 OH1 51 SER OG 32 -0.66 15.999
+ 37 H 51 SER HG1 33 0.43 1.008
+ 38 C 51 SER C 34 0.51 12.011
+ 39 O 51 SER O 35 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 40 NH1 52 GLY N 36 -0.47 15.015
+ 41 H 52 GLY HN 37 0.31 0
+ 42 CT2 52 GLY CA 38 -0.02 14.027
+ 43 HB 52 GLY HA1 39 0.09 0
+ 44 HB 52 GLY HA2 40 0.09 0
+ 45 C 52 GLY C 41 0.51 12.011
+ 46 O 52 GLY O 42 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 47 NH1 53 TYR N 43 -0.47 15.015
+ 48 H 53 TYR HN 44 0.31 0
+ 49 CT1 53 TYR CA 45 0.07 13.019
+ 50 HB 53 TYR HA 46 0.09 0
+ 51 CT2 53 TYR CB 47 -0.18 14.027
+ 52 HA 53 TYR HB1 48 0.09 0
+ 53 HA 53 TYR HB2 49 0.09 0
+ 54 CA 53 TYR CG 50 0 12.011
+ 55 CA 53 TYR CD1 51 -0.115 13.019
+ 56 HP 53 TYR HD1 52 0.115 0
+ 57 CA 53 TYR CE1 53 -0.115 13.019
+ 58 HP 53 TYR HE1 54 0.115 0
+ 59 CA 53 TYR CZ 55 0.11 12.011
+ 60 OH1 53 TYR OH 56 -0.54 15.999
+ 61 H 53 TYR HH 57 0.43 1.008
+ 62 CA 53 TYR CD2 58 -0.115 13.019
+ 63 HP 53 TYR HD2 59 0.115 0
+ 64 CA 53 TYR CE2 60 -0.115 13.019
+ 65 HP 53 TYR HE2 61 0.115 0
+ 66 C 53 TYR C 62 0.51 12.011
+ 67 O 53 TYR O 63 -0.51 15.999 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 68 NH1 54 ASP N 64 -0.47 15.015
+ 69 H 54 ASP HN 65 0.31 0
+ 70 CT1 54 ASP CA 66 0.07 13.019
+ 71 HB 54 ASP HA 67 0.09 0
+ 72 CT2 54 ASP CB 68 -0.28 14.027
+ 73 HA 54 ASP HB1 69 0.09 0
+ 74 HA 54 ASP HB2 70 0.09 0
+ 75 CC 54 ASP CG 71 0.62 12.011
+ 76 OC 54 ASP OD1 72 -0.76 15.999
+ 77 OC 54 ASP OD2 73 -0.76 15.999
+ 78 C 54 ASP C 74 0.51 12.011
+ 79 O 54 ASP O 75 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 80 NH1 55 ALA N 76 -0.47 15.015
+ 81 H 55 ALA HN 77 0.31 0
+ 82 CT1 55 ALA CA 78 0.07 13.019
+ 83 HB 55 ALA HA 79 0.09 0
+ 84 MCH3 55 ALA MCB1 80 0 7.5175
+ 85 MCH3 55 ALA MCB2 80 0 7.5175
+ 86 CT3 55 ALA CB 80 -0.27 0
+ 87 HA 55 ALA HB1 81 0.09 0
+ 88 HA 55 ALA HB2 82 0.09 0
+ 89 HA 55 ALA HB3 83 0.09 0
+ 90 C 55 ALA C 84 0.51 12.011
+ 91 O 55 ALA O 85 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 92 N 56 PRO N 86 -0.29 14.007
+ 93 CP3 56 PRO CD 87 0 14.027
+ 94 HA 56 PRO HD1 88 0.09 0
+ 95 HA 56 PRO HD2 89 0.09 0
+ 96 CP1 56 PRO CA 90 0.02 13.019
+ 97 HB 56 PRO HA 91 0.09 0
+ 98 CP2 56 PRO CB 92 -0.18 14.027
+ 99 HA 56 PRO HB1 93 0.09 0
+ 100 HA 56 PRO HB2 94 0.09 0
+ 101 CP2 56 PRO CG 95 -0.18 14.027
+ 102 HA 56 PRO HG1 96 0.09 0
+ 103 HA 56 PRO HG2 97 0.09 0
+ 104 C 56 PRO C 98 0.51 12.011
+ 105 O 56 PRO O 99 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 106 NH1 57 PHE N 100 -0.47 15.015
+ 107 H 57 PHE HN 101 0.31 0
+ 108 CT1 57 PHE CA 102 0.07 13.019
+ 109 HB 57 PHE HA 103 0.09 0
+ 110 CT2 57 PHE CB 104 -0.18 14.027
+ 111 HA 57 PHE HB1 105 0.09 0
+ 112 HA 57 PHE HB2 106 0.09 0
+ 113 CA 57 PHE CG 107 0 12.011
+ 114 CA 57 PHE CD1 108 -0.115 13.019
+ 115 HP 57 PHE HD1 109 0.115 0
+ 116 CA 57 PHE CE1 110 -0.115 13.019
+ 117 HP 57 PHE HE1 111 0.115 0
+ 118 CA 57 PHE CZ 112 -0.115 13.019
+ 119 HP 57 PHE HZ 113 0.115 0
+ 120 CA 57 PHE CD2 114 -0.115 13.019
+ 121 HP 57 PHE HD2 115 0.115 0
+ 122 CA 57 PHE CE2 116 -0.115 13.019
+ 123 HP 57 PHE HE2 117 0.115 0
+ 124 C 57 PHE C 118 0.51 12.011
+ 125 O 57 PHE O 119 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 126 NH1 58 THR N 120 -0.47 15.015
+ 127 H 58 THR HN 121 0.31 0
+ 128 CT1 58 THR CA 122 0.07 13.019
+ 129 HB 58 THR HA 123 0.09 0
+ 130 CT1 58 THR CB 124 0.14 13.019
+ 131 HA 58 THR HB 125 0.09 0
+ 132 OH1 58 THR OG1 126 -0.66 15.999
+ 133 H 58 THR HG1 127 0.43 1.008
+ 134 MCH3 58 THR MCG1 128 0 7.5175
+ 135 MCH3 58 THR MCG2 128 0 7.5175
+ 136 CT3 58 THR CG2 128 -0.27 0
+ 137 HA 58 THR HG21 129 0.09 0
+ 138 HA 58 THR HG22 130 0.09 0
+ 139 HA 58 THR HG23 131 0.09 0
+ 140 C 58 THR C 132 0.51 12.011
+ 141 O 58 THR O 133 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 142 NH1 59 ILE N 134 -0.47 15.015
+ 143 H 59 ILE HN 135 0.31 0
+ 144 CT1 59 ILE CA 136 0.07 13.019
+ 145 HB 59 ILE HA 137 0.09 0
+ 146 CT1 59 ILE CB 138 -0.09 13.019
+ 147 HA 59 ILE HB 139 0.09 0
+ 148 MCH3 59 ILE MCG1 140 0 7.5175
+ 149 MCH3 59 ILE MCG2 140 0 7.5175
+ 150 CT3 59 ILE CG2 140 -0.27 0
+ 151 HA 59 ILE HG21 141 0.09 0
+ 152 HA 59 ILE HG22 142 0.09 0
+ 153 HA 59 ILE HG23 143 0.09 0
+ 154 CT2 59 ILE CG1 144 -0.18 14.027
+ 155 HA 59 ILE HG11 145 0.09 0
+ 156 HA 59 ILE HG12 146 0.09 0
+ 157 MCH3 59 ILE MCD1 147 0 7.5175
+ 158 MCH3 59 ILE MCD2 147 0 7.5175
+ 159 CT3 59 ILE CD 147 -0.27 0
+ 160 HA 59 ILE HD1 148 0.09 0
+ 161 HA 59 ILE HD2 149 0.09 0
+ 162 HA 59 ILE HD3 150 0.09 0
+ 163 C 59 ILE C 151 0.51 12.011
+ 164 O 59 ILE O 152 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HSE q 0.0
+ 165 NH1 60 HIS N 153 -0.47 15.015
+ 166 H 60 HIS HN 154 0.31 0
+ 167 CT1 60 HIS CA 155 0.07 13.019
+ 168 HB 60 HIS HA 156 0.09 0
+ 169 CT2 60 HIS CB 157 -0.08 14.027
+ 170 HA 60 HIS HB1 158 0.09 0
+ 171 HA 60 HIS HB2 159 0.09 0
+ 172 NR2 60 HIS ND1 160 -0.7 14.007
+ 173 CPH1 60 HIS CG 161 0.22 12.011
+ 174 CPH2 60 HIS CE1 162 0.25 13.019
+ 175 HR1 60 HIS HE1 163 0.13 0
+ 176 NR1 60 HIS NE2 164 -0.36 15.015
+ 177 H 60 HIS HE2 165 0.32 0
+ 178 CPH1 60 HIS CD2 166 -0.05 13.019
+ 179 HR3 60 HIS HD2 167 0.09 0
+ 180 C 60 HIS C 168 0.51 12.011
+ 181 O 60 HIS O 169 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 182 NH1 61 VAL N 170 -0.47 15.015
+ 183 H 61 VAL HN 171 0.31 0
+ 184 CT1 61 VAL CA 172 0.07 13.019
+ 185 HB 61 VAL HA 173 0.09 0
+ 186 CT1 61 VAL CB 174 -0.09 13.019
+ 187 HA 61 VAL HB 175 0.09 0
+ 188 MCH3 61 VAL MCG1 176 0 7.5175
+ 189 MCH3 61 VAL MCG2 176 0 7.5175
+ 190 CT3 61 VAL CG1 176 -0.27 0
+ 191 HA 61 VAL HG11 177 0.09 0
+ 192 HA 61 VAL HG12 178 0.09 0
+ 193 HA 61 VAL HG13 179 0.09 0
+ 194 MCH3 61 VAL MCG1 180 0 7.5175
+ 195 MCH3 61 VAL MCG2 180 0 7.5175
+ 196 CT3 61 VAL CG2 180 -0.27 0
+ 197 HA 61 VAL HG21 181 0.09 0
+ 198 HA 61 VAL HG22 182 0.09 0
+ 199 HA 61 VAL HG23 183 0.09 0
+ 200 C 61 VAL C 184 0.51 12.011
+ 201 O 61 VAL O 185 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYS q 0.0
+ 202 NH1 62 CYS N 186 -0.47 15.015
+ 203 H 62 CYS HN 187 0.31 0
+ 204 CT1 62 CYS CA 188 0.07 13.019
+ 205 HB 62 CYS HA 189 0.09 0
+ 206 CT2 62 CYS CB 190 -0.11 14.027
+ 207 HA 62 CYS HB1 191 0.09 0
+ 208 HA 62 CYS HB2 192 0.09 0
+ 209 S 62 CYS SG 193 -0.23 32.06
+ 210 HS 62 CYS HG1 194 0.16 1.008
+ 211 C 62 CYS C 195 0.51 12.011
+ 212 O 62 CYS O 196 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 213 NH1 63 GLY N 197 -0.47 15.015
+ 214 H 63 GLY HN 198 0.31 0
+ 215 CT2 63 GLY CA 199 -0.02 14.027
+ 216 HB 63 GLY HA1 200 0.09 0
+ 217 HB 63 GLY HA2 201 0.09 0
+ 218 C 63 GLY C 202 0.51 12.011
+ 219 O 63 GLY O 203 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 220 NH1 64 ALA N 204 -0.47 15.015
+ 221 H 64 ALA HN 205 0.31 0
+ 222 CT1 64 ALA CA 206 0.07 13.019
+ 223 HB 64 ALA HA 207 0.09 0
+ 224 MCH3 64 ALA MCB1 208 0 7.5175
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+ 226 CT3 64 ALA CB 208 -0.27 0
+ 227 HA 64 ALA HB1 209 0.09 0
+ 228 HA 64 ALA HB2 210 0.09 0
+ 229 HA 64 ALA HB3 211 0.09 0
+ 230 C 64 ALA C 212 0.51 12.011
+ 231 O 64 ALA O 213 -0.51 15.999 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 232 N 65 PRO N 214 -0.29 14.007
+ 233 CP3 65 PRO CD 215 0 14.027
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+ 235 HA 65 PRO HD2 217 0.09 0
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+ 239 HA 65 PRO HB1 221 0.09 0
+ 240 HA 65 PRO HB2 222 0.09 0
+ 241 CP2 65 PRO CG 223 -0.18 14.027
+ 242 HA 65 PRO HG1 224 0.09 0
+ 243 HA 65 PRO HG2 225 0.09 0
+ 244 CC 65 PRO C 226 0.34 12.011
+ 245 OC 65 PRO OT1 227 -0.67 15.9994
+ 246 OC 65 PRO OT2 228 -0.67 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+[ constraints ]
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+
+[ pairs ]
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 83 82 86 88 9
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+
+[ dihedrals ]
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+ 176 178 174 177 2
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
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+ 136 130 134 135 1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
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+ 13 12 9 15 4
+ 14 12 9 15 -4
+ 16 15 12 18 4
+ 17 15 12 18 -4
+ 19 18 15 23 4
+ 20 18 15 23 -4
+ 25 18 21 22 -4
+ 26 18 21 22 4
+ 34 33 31 36 4
+ 35 33 31 36 -4
+ 43 42 40 45 4
+ 44 42 40 45 -4
+ 52 51 49 54 4
+ 53 51 49 54 -4
+ 73 72 70 75 4
+ 74 72 70 75 -4
+ 88 82 84 85 -4
+ 89 82 84 85 4
+ 94 93 92 101 4
+ 95 93 92 101 -4
+ 99 98 96 101 4
+ 100 98 96 101 -4
+ 102 101 93 98 4
+ 103 101 93 98 -4
+ 111 110 108 113 4
+ 112 110 108 113 -4
+ 138 130 134 135 -4
+ 139 130 134 135 4
+ 152 146 148 149 -4
+ 153 146 148 149 4
+ 155 154 146 159 4
+ 156 154 146 159 -4
+ 161 154 157 158 -4
+ 162 154 157 158 4
+ 170 169 167 173 4
+ 171 169 167 173 -4
+ 192 186 188 189 -4
+ 193 186 188 189 4
+ 198 186 194 195 -4
+ 199 186 194 195 4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 216 215 213 218 4
+ 217 215 213 218 -4
+ 228 222 224 225 -4
+ 229 222 224 225 4
+ 234 233 232 241 4
+ 235 233 232 241 -4
+ 239 238 236 241 4
+ 240 238 236 241 -4
+ 242 241 233 238 4
+ 243 241 233 238 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 27 2
+ 32 31 29 33 38 2
+ 50 49 47 51 66 2
+ 71 70 68 72 78 2
+ 83 82 80 86 90 2
+ 97 96 92 98 104 2
+ 109 108 106 110 124 2
+ 129 128 126 130 140 2
+ 131 130 132 128 136 2
+ 145 144 142 146 163 2
+ 147 146 144 150 154 2
+ 168 167 165 169 180 2
+ 185 184 182 186 200 2
+ 187 186 184 190 196 2
+ 205 204 202 206 211 2
+ 223 222 220 226 230 2
+ 237 236 232 238 244 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "charmm27.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "charmm27.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">165</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 2 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 2 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 2 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 2 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 2 ALA C 3 0.38 12.011
+ 8 O 2 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 9 N 3 CYS N 4 -0.28 14.0067
+ 10 H 3 CYS H 4 0.28 1.008
+ 11 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 12 CH2 3 CYS CB 5 0 14.027
+ 13 S 3 CYS SG 6 -0.064 32.06
+ 14 H 3 CYS HG 6 0.064 1.008
+ 15 C 3 CYS C 7 0.38 12.011
+ 16 O 3 CYS O 7 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 17 N 4 ASP N 8 -0.28 14.0067
+ 18 H 4 ASP H 8 0.28 1.008
+ 19 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 20 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 21 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 22 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 23 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 24 C 4 ASP C 11 0.38 12.011
+ 25 O 4 ASP O 11 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 26 N 5 GLU N 12 -0.28 14.0067
+ 27 H 5 GLU H 12 0.28 1.008
+ 28 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 29 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 30 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 31 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 32 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 33 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 34 C 5 GLU C 15 0.38 12.011
+ 35 O 5 GLU O 15 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 36 N 6 PHE N 16 -0.28 14.0067
+ 37 H 6 PHE H 16 0.28 1.008
+ 38 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 39 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 40 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 41 C 6 PHE CD1 18 -0.1 12.011
+ 42 HC 6 PHE HD1 18 0.1 1.008
+ 43 C 6 PHE CD2 19 -0.1 12.011
+ 44 HC 6 PHE HD2 19 0.1 1.008
+ 45 C 6 PHE CE1 20 -0.1 12.011
+ 46 HC 6 PHE HE1 20 0.1 1.008
+ 47 C 6 PHE CE2 21 -0.1 12.011
+ 48 HC 6 PHE HE2 21 0.1 1.008
+ 49 C 6 PHE CZ 22 -0.1 12.011
+ 50 HC 6 PHE HZ 22 0.1 1.008
+ 51 C 6 PHE C 23 0.38 12.011
+ 52 O 6 PHE O 23 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 53 N 7 GLY N 24 -0.28 14.0067
+ 54 H 7 GLY H 24 0.28 1.008
+ 55 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 56 C 7 GLY C 26 0.38 12.011
+ 57 O 7 GLY O 26 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 58 N 8 HIS N 27 -0.28 14.0067
+ 59 H 8 HIS H 27 0.28 1.008
+ 60 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 61 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 62 C 8 HIS CG 29 0.13 12.011
+ 63 NR 8 HIS ND1 29 -0.58 14.0067
+ 64 CR1 8 HIS CD2 29 0 13.019
+ 65 CR1 8 HIS CE1 29 0.26 13.019
+ 66 NR 8 HIS NE2 29 0 14.0067
+ 67 H 8 HIS HE2 29 0.19 1.008
+ 68 C 8 HIS C 30 0.38 12.011
+ 69 O 8 HIS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 70 N 9 ILE N 31 -0.28 14.0067
+ 71 H 9 ILE H 31 0.28 1.008
+ 72 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 73 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 74 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 75 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 76 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 77 C 9 ILE C 34 0.38 12.011
+ 78 O 9 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 79 N 10 LYS N 35 -0.28 14.0067
+ 80 H 10 LYS H 35 0.28 1.008
+ 81 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 82 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 83 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 84 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 85 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 86 NL 10 LYS NZ 38 0.129 14.0067
+ 87 H 10 LYS HZ1 38 0.248 1.008
+ 88 H 10 LYS HZ2 38 0.248 1.008
+ 89 H 10 LYS HZ3 38 0.248 1.008
+ 90 C 10 LYS C 39 0.38 12.011
+ 91 O 10 LYS O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 92 N 11 LEU N 40 -0.28 14.0067
+ 93 H 11 LEU H 40 0.28 1.008
+ 94 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 95 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 96 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 97 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
+ 98 CH3 11 LEU CD2 42 0 15.035
+ 99 C 11 LEU C 43 0.38 12.011
+ 100 O 11 LEU O 43 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 101 N 12 MET N 44 -0.28 14.0067
+ 102 H 12 MET H 44 0.28 1.008
+ 103 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 104 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 105 CH2 12 MET CG 45 0 14.027
+ 106 S 12 MET SD 46 0 32.06
+ 107 CH3 12 MET CE 46 0 15.035
+ 108 C 12 MET C 47 0.38 12.011
+ 109 O 12 MET O 47 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 110 N 13 ASN N 48 -0.28 14.0067
+ 111 H 13 ASN H 48 0.28 1.008
+ 112 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 113 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 114 C 13 ASN CG 50 0.38 12.011
+ 115 O 13 ASN OD1 50 -0.38 15.9994
+ 116 NT 13 ASN ND2 51 -0.83 14.0067
+ 117 H 13 ASN HD21 51 0.415 1.008
+ 118 H 13 ASN HD22 51 0.415 1.008
+ 119 C 13 ASN C 52 0.38 12.011
+ 120 O 13 ASN O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 121 N 14 PRO N 53 0 14.0067
+ 122 CH1 14 PRO CA 54 0 13.019
+ 123 CH2 14 PRO CB 54 0 14.027
+ 124 CH2 14 PRO CG 55 0 14.027
+ 125 CH2 14 PRO CD 55 0 14.027
+ 126 C 14 PRO C 56 0.38 12.011
+ 127 O 14 PRO O 56 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 128 N 15 GLN N 57 -0.28 14.0067
+ 129 H 15 GLN H 57 0.28 1.008
+ 130 CH1 15 GLN CA 58 0 13.019
+ 131 CH2 15 GLN CB 58 0 14.027
+ 132 CH2 15 GLN CG 58 0 14.027
+ 133 C 15 GLN CD 59 0.38 12.011
+ 134 O 15 GLN OE1 59 -0.38 15.9994
+ 135 NT 15 GLN NE2 60 -0.83 14.0067
+ 136 H 15 GLN HE21 60 0.415 1.008
+ 137 H 15 GLN HE22 60 0.415 1.008
+ 138 C 15 GLN C 61 0.38 12.011
+ 139 O 15 GLN O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 140 N 16 ARG N 62 -0.28 14.0067
+ 141 H 16 ARG H 62 0.28 1.008
+ 142 CH1 16 ARG CA 63 0 13.019
+ 143 CH2 16 ARG CB 63 0 14.027
+ 144 CH2 16 ARG CG 63 0 14.027
+ 145 CH2 16 ARG CD 64 0.09 14.027
+ 146 NE 16 ARG NE 64 -0.11 14.0067
+ 147 H 16 ARG HE 64 0.24 1.008
+ 148 C 16 ARG CZ 64 0.34 12.011
+ 149 NZ 16 ARG NH1 64 -0.26 14.0067
+ 150 H 16 ARG HH11 64 0.24 1.008
+ 151 H 16 ARG HH12 64 0.24 1.008
+ 152 NZ 16 ARG NH2 64 -0.26 14.0067
+ 153 H 16 ARG HH21 64 0.24 1.008
+ 154 H 16 ARG HH22 64 0.24 1.008
+ 155 C 16 ARG C 65 0.38 12.011
+ 156 O 16 ARG O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 157 N 17 SER N 66 -0.28 14.0067
+ 158 H 17 SER H 66 0.28 1.008
+ 159 CH1 17 SER CA 67 0 13.019
+ 160 CH2 17 SER CB 68 0.15 14.027
+ 161 OA 17 SER OG 68 -0.548 15.9994
+ 162 H 17 SER HG 68 0.398 1.008
+ 163 C 17 SER C 69 0.27 12.011
+ 164 OM 17 SER O1 69 -0.635 15.9994
+ 165 OM 17 SER O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_20
+ 5 6 2 gb_26
+ 5 7 2 gb_26
+ 7 8 2 gb_4
+ 7 9 2 gb_9
+ 9 10 2 gb_2
+ 9 11 2 gb_20
+ 11 12 2 gb_26
+ 11 15 2 gb_26
+ 12 13 2 gb_30
+ 13 14 2 gb_7
+ 15 16 2 gb_4
+ 15 17 2 gb_9
+ 17 18 2 gb_2
+ 17 19 2 gb_20
+ 19 20 2 gb_26
+ 19 24 2 gb_26
+ 20 21 2 gb_26
+ 21 22 2 gb_5
+ 21 23 2 gb_5
+ 24 25 2 gb_4
+ 24 26 2 gb_9
+ 26 27 2 gb_2
+ 26 28 2 gb_20
+ 28 29 2 gb_26
+ 28 34 2 gb_26
+ 29 30 2 gb_26
+ 30 31 2 gb_26
+ 31 32 2 gb_5
+ 31 33 2 gb_5
+ 34 35 2 gb_4
+ 34 36 2 gb_9
+ 36 37 2 gb_2
+ 36 38 2 gb_20
+ 38 39 2 gb_26
+ 38 51 2 gb_26
+ 39 40 2 gb_26
+ 40 41 2 gb_15
+ 40 43 2 gb_15
+ 41 42 2 gb_3
+ 41 45 2 gb_15
+ 43 44 2 gb_3
+ 43 47 2 gb_15
+ 45 46 2 gb_3
+ 45 49 2 gb_15
+ 47 48 2 gb_3
+ 47 49 2 gb_15
+ 49 50 2 gb_3
+ 51 52 2 gb_4
+ 51 53 2 gb_9
+ 53 54 2 gb_2
+ 53 55 2 gb_20
+ 55 56 2 gb_26
+ 56 57 2 gb_4
+ 56 58 2 gb_9
+ 58 59 2 gb_2
+ 58 60 2 gb_20
+ 60 61 2 gb_26
+ 60 68 2 gb_26
+ 61 62 2 gb_26
+ 62 63 2 gb_9
+ 62 64 2 gb_9
+ 63 65 2 gb_9
+ 64 66 2 gb_9
+ 65 66 2 gb_9
+ 66 67 2 gb_2
+ 68 69 2 gb_4
+ 68 70 2 gb_9
+ 70 71 2 gb_2
+ 70 72 2 gb_20
+ 72 73 2 gb_26
+ 72 77 2 gb_26
+ 73 74 2 gb_26
+ 73 75 2 gb_26
+ 74 76 2 gb_26
+ 77 78 2 gb_4
+ 77 79 2 gb_9
+ 79 80 2 gb_2
+ 79 81 2 gb_20
+ 81 82 2 gb_26
+ 81 90 2 gb_26
+ 82 83 2 gb_26
+ 83 84 2 gb_26
+ 84 85 2 gb_26
+ 85 86 2 gb_20
+ 86 87 2 gb_2
+ 86 88 2 gb_2
+ 86 89 2 gb_2
+ 90 91 2 gb_4
+ 90 92 2 gb_9
+ 92 93 2 gb_2
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+ 130 138 140 2 ga_18
+ 139 138 140 2 ga_32
+ 138 140 141 2 ga_31
+ 138 140 142 2 ga_30
+ 141 140 142 2 ga_17
+ 140 142 143 2 ga_12
+ 140 142 155 2 ga_12
+ 143 142 155 2 ga_12
+ 142 143 144 2 ga_14
+ 143 144 145 2 ga_14
+ 144 145 146 2 ga_12
+ 145 146 147 2 ga_19
+ 145 146 148 2 ga_32
+ 147 146 148 2 ga_22
+ 146 148 149 2 ga_27
+ 146 148 152 2 ga_27
+ 149 148 152 2 ga_27
+ 148 149 150 2 ga_22
+ 148 149 151 2 ga_22
+ 150 149 151 2 ga_23
+ 148 152 153 2 ga_22
+ 148 152 154 2 ga_22
+ 153 152 154 2 ga_23
+ 142 155 156 2 ga_29
+ 142 155 157 2 ga_18
+ 156 155 157 2 ga_32
+ 155 157 158 2 ga_31
+ 155 157 159 2 ga_30
+ 158 157 159 2 ga_17
+ 157 159 160 2 ga_12
+ 157 159 163 2 ga_12
+ 160 159 163 2 ga_12
+ 159 160 161 2 ga_12
+ 160 161 162 2 ga_11
+ 159 163 164 2 ga_21
+ 159 163 165 2 ga_21
+ 164 163 165 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 7 1 gd_19
+ 1 5 7 9 1 gd_20
+ 5 7 9 11 1 gd_4
+ 7 9 11 15 1 gd_19
+ 9 11 12 13 1 gd_17
+ 9 11 15 17 1 gd_20
+ 11 12 13 14 1 gd_13
+ 11 15 17 19 1 gd_4
+ 15 17 19 24 1 gd_19
+ 17 19 20 21 1 gd_17
+ 17 19 24 26 1 gd_20
+ 19 20 21 22 1 gd_20
+ 19 24 26 28 1 gd_4
+ 24 26 28 34 1 gd_19
+ 26 28 29 30 1 gd_17
+ 26 28 34 36 1 gd_20
+ 28 29 30 31 1 gd_17
+ 29 30 31 33 1 gd_20
+ 28 34 36 38 1 gd_4
+ 34 36 38 51 1 gd_19
+ 36 38 39 40 1 gd_17
+ 36 38 51 53 1 gd_20
+ 38 39 40 41 1 gd_20
+ 38 51 53 55 1 gd_4
+ 51 53 55 56 1 gd_19
+ 53 55 56 58 1 gd_20
+ 55 56 58 60 1 gd_4
+ 56 58 60 68 1 gd_19
+ 58 60 61 62 1 gd_17
+ 58 60 68 70 1 gd_20
+ 60 61 62 63 1 gd_20
+ 60 68 70 72 1 gd_4
+ 68 70 72 77 1 gd_19
+ 70 72 73 74 1 gd_17
+ 70 72 77 79 1 gd_20
+ 72 73 74 76 1 gd_17
+ 72 77 79 81 1 gd_4
+ 77 79 81 90 1 gd_19
+ 79 81 82 83 1 gd_17
+ 79 81 90 92 1 gd_20
+ 81 82 83 84 1 gd_17
+ 82 83 84 85 1 gd_17
+ 83 84 85 86 1 gd_17
+ 84 85 86 87 1 gd_14
+ 81 90 92 94 1 gd_4
+ 90 92 94 99 1 gd_19
+ 92 94 95 96 1 gd_17
+ 92 94 99 101 1 gd_20
+ 94 95 96 97 1 gd_17
+ 94 99 101 103 1 gd_4
+ 99 101 103 108 1 gd_19
+ 101 103 104 105 1 gd_17
+ 101 103 108 110 1 gd_20
+ 103 104 105 106 1 gd_17
+ 104 105 106 107 1 gd_13
+ 103 108 110 112 1 gd_4
+ 108 110 112 119 1 gd_19
+ 110 112 113 114 1 gd_17
+ 110 112 119 121 1 gd_20
+ 112 113 114 116 1 gd_20
+ 113 114 116 117 1 gd_4
+ 112 119 121 122 1 gd_4
+ 119 121 122 126 1 gd_19
+ 122 121 125 124 1 gd_19
+ 121 122 123 124 1 gd_17
+ 121 122 126 128 1 gd_20
+ 122 123 124 125 1 gd_17
+ 123 124 125 121 1 gd_17
+ 122 126 128 130 1 gd_4
+ 126 128 130 138 1 gd_19
+ 128 130 131 132 1 gd_17
+ 128 130 138 140 1 gd_20
+ 130 131 132 133 1 gd_17
+ 131 132 133 135 1 gd_20
+ 132 133 135 136 1 gd_4
+ 130 138 140 142 1 gd_4
+ 138 140 142 155 1 gd_19
+ 140 142 143 144 1 gd_17
+ 140 142 155 157 1 gd_20
+ 142 143 144 145 1 gd_17
+ 143 144 145 146 1 gd_17
+ 144 145 146 148 1 gd_19
+ 145 146 148 149 1 gd_4
+ 146 148 149 150 1 gd_4
+ 146 148 152 153 1 gd_4
+ 142 155 157 159 1 gd_4
+ 155 157 159 163 1 gd_19
+ 157 159 160 161 1 gd_17
+ 157 159 163 165 1 gd_20
+ 159 160 161 162 1 gd_12
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 7 6 2 gi_2
+ 7 5 9 8 2 gi_1
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 15 12 2 gi_2
+ 15 11 17 16 2 gi_1
+ 17 15 19 18 2 gi_1
+ 19 17 24 20 2 gi_2
+ 20 23 22 21 2 gi_1
+ 24 19 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 28 26 34 29 2 gi_2
+ 30 33 32 31 2 gi_1
+ 34 28 36 35 2 gi_1
+ 36 34 38 37 2 gi_1
+ 38 36 51 39 2 gi_2
+ 39 43 41 40 2 gi_1
+ 40 41 45 49 2 gi_1
+ 40 43 47 49 2 gi_1
+ 41 40 45 42 2 gi_1
+ 41 40 43 47 2 gi_1
+ 41 45 49 47 2 gi_1
+ 43 40 47 44 2 gi_1
+ 43 40 41 45 2 gi_1
+ 43 47 49 45 2 gi_1
+ 45 49 41 46 2 gi_1
+ 47 49 43 48 2 gi_1
+ 49 45 47 50 2 gi_1
+ 51 38 53 52 2 gi_1
+ 53 51 55 54 2 gi_1
+ 56 55 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 68 61 2 gi_2
+ 61 64 63 62 2 gi_1
+ 62 64 66 65 2 gi_1
+ 62 63 65 66 2 gi_1
+ 63 65 66 64 2 gi_1
+ 63 62 64 66 2 gi_1
+ 64 62 63 65 2 gi_1
+ 66 64 65 67 2 gi_1
+ 68 60 70 69 2 gi_1
+ 70 68 72 71 2 gi_1
+ 72 70 77 73 2 gi_2
+ 72 75 74 73 2 gi_2
+ 77 72 79 78 2 gi_1
+ 79 77 81 80 2 gi_1
+ 81 79 90 82 2 gi_2
+ 90 81 92 91 2 gi_1
+ 92 90 94 93 2 gi_1
+ 94 92 99 95 2 gi_2
+ 95 97 98 96 2 gi_2
+ 99 94 101 100 2 gi_1
+ 101 99 103 102 2 gi_1
+ 103 101 108 104 2 gi_2
+ 108 103 110 109 2 gi_1
+ 110 108 112 111 2 gi_1
+ 112 110 119 113 2 gi_2
+ 113 116 115 114 2 gi_1
+ 114 118 117 116 2 gi_1
+ 119 112 121 120 2 gi_1
+ 121 119 122 125 2 gi_1
+ 122 121 126 123 2 gi_2
+ 126 122 128 127 2 gi_1
+ 128 126 130 129 2 gi_1
+ 130 128 138 131 2 gi_2
+ 132 135 134 133 2 gi_1
+ 133 137 136 135 2 gi_1
+ 138 130 140 139 2 gi_1
+ 140 138 142 141 2 gi_1
+ 142 140 155 143 2 gi_2
+ 146 145 148 147 2 gi_1
+ 146 152 149 148 2 gi_1
+ 148 151 150 149 2 gi_1
+ 148 154 153 152 2 gi_1
+ 155 142 157 156 2 gi_1
+ 157 155 159 158 2 gi_1
+ 159 157 163 160 2 gi_2
+ 163 159 165 164 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">202</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 NL 18 THR N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 18 THR H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 18 THR H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 18 THR H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH1 18 THR CB 3 0.15 13.019
+ 7 OA 18 THR OG1 3 -0.548 15.9994
+ 8 H 18 THR HG1 3 0.398 1.008
+ 9 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 10 C 18 THR C 5 0.38 12.011
+ 11 O 18 THR O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 12 N 19 VAL N 6 -0.28 14.0067
+ 13 H 19 VAL H 6 0.28 1.008
+ 14 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 15 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 16 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 17 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 18 C 19 VAL C 8 0.38 12.011
+ 19 O 19 VAL O 8 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 20 N 20 TRP N 9 -0.28 14.0067
+ 21 H 20 TRP H 9 0.28 1.008
+ 22 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 23 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 24 C 20 TRP CG 11 -0.14 12.011
+ 25 C 20 TRP CD1 11 -0.1 12.011
+ 26 HC 20 TRP HD1 11 0.1 1.008
+ 27 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 28 NR 20 TRP NE1 11 -0.05 14.0067
+ 29 H 20 TRP HE1 11 0.19 1.008
+ 30 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 31 C 20 TRP CE3 12 -0.1 12.011
+ 32 HC 20 TRP HE3 12 0.1 1.008
+ 33 C 20 TRP CZ2 13 -0.1 12.011
+ 34 HC 20 TRP HZ2 13 0.1 1.008
+ 35 C 20 TRP CZ3 14 -0.1 12.011
+ 36 HC 20 TRP HZ3 14 0.1 1.008
+ 37 C 20 TRP CH2 15 -0.1 12.011
+ 38 HC 20 TRP HH2 15 0.1 1.008
+ 39 C 20 TRP C 16 0.38 12.011
+ 40 O 20 TRP O 16 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 41 N 21 TYR N 17 -0.28 14.0067
+ 42 H 21 TYR H 17 0.28 1.008
+ 43 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 44 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 45 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 46 C 21 TYR CD1 19 -0.1 12.011
+ 47 HC 21 TYR HD1 19 0.1 1.008
+ 48 C 21 TYR CD2 20 -0.1 12.011
+ 49 HC 21 TYR HD2 20 0.1 1.008
+ 50 C 21 TYR CE1 21 -0.1 12.011
+ 51 HC 21 TYR HE1 21 0.1 1.008
+ 52 C 21 TYR CE2 22 -0.1 12.011
+ 53 HC 21 TYR HE2 22 0.1 1.008
+ 54 C 21 TYR CZ 23 0.15 12.011
+ 55 OA 21 TYR OH 23 -0.548 15.9994
+ 56 H 21 TYR HH 23 0.398 1.008
+ 57 C 21 TYR C 24 0.38 12.011
+ 58 O 21 TYR O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 59 N 22 LYS N 25 -0.28 14.0067
+ 60 H 22 LYS H 25 0.28 1.008
+ 61 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 62 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 63 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 64 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 66 NL 22 LYS NZ 28 0.129 14.0067
+ 67 H 22 LYS HZ1 28 0.248 1.008
+ 68 H 22 LYS HZ2 28 0.248 1.008
+ 69 H 22 LYS HZ3 28 0.248 1.008
+ 70 C 22 LYS C 29 0.38 12.011
+ 71 O 22 LYS O 29 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 72 N 23 GLU N 30 -0.28 14.0067
+ 73 H 23 GLU H 30 0.28 1.008
+ 74 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 75 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 76 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 77 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 78 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 79 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 80 C 23 GLU C 33 0.38 12.011
+ 81 O 23 GLU O 33 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 82 N 24 TRP N 34 -0.28 14.0067
+ 83 H 24 TRP H 34 0.28 1.008
+ 84 CH1 24 TRP CA 35 0 13.019
+ 85 CH2 24 TRP CB 35 0 14.027
+ 86 C 24 TRP CG 36 -0.14 12.011
+ 87 C 24 TRP CD1 36 -0.1 12.011
+ 88 HC 24 TRP HD1 36 0.1 1.008
+ 89 C 24 TRP CD2 36 0 12.011
+ 90 NR 24 TRP NE1 36 -0.05 14.0067
+ 91 H 24 TRP HE1 36 0.19 1.008
+ 92 C 24 TRP CE2 36 0 12.011
+ 93 C 24 TRP CE3 37 -0.1 12.011
+ 94 HC 24 TRP HE3 37 0.1 1.008
+ 95 C 24 TRP CZ2 38 -0.1 12.011
+ 96 HC 24 TRP HZ2 38 0.1 1.008
+ 97 C 24 TRP CZ3 39 -0.1 12.011
+ 98 HC 24 TRP HZ3 39 0.1 1.008
+ 99 C 24 TRP CH2 40 -0.1 12.011
+ 100 HC 24 TRP HH2 40 0.1 1.008
+ 101 C 24 TRP C 41 0.38 12.011
+ 102 O 24 TRP O 41 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 103 N 25 PRO N 42 0 14.0067
+ 104 CH1 25 PRO CA 43 0 13.019
+ 105 CH2 25 PRO CB 43 0 14.027
+ 106 CH2 25 PRO CG 44 0 14.027
+ 107 CH2 25 PRO CD 44 0 14.027
+ 108 C 25 PRO C 45 0.38 12.011
+ 109 O 25 PRO O 45 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 110 N 26 PRO N 46 0 14.0067
+ 111 CH1 26 PRO CA 47 0 13.019
+ 112 CH2 26 PRO CB 47 0 14.027
+ 113 CH2 26 PRO CG 48 0 14.027
+ 114 CH2 26 PRO CD 48 0 14.027
+ 115 C 26 PRO C 49 0.38 12.011
+ 116 O 26 PRO O 49 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 117 N 27 CYS N 50 -0.28 14.0067
+ 118 H 27 CYS H 50 0.28 1.008
+ 119 CH1 27 CYS CA 51 0 13.019
+ 120 CH2 27 CYS CB 51 0 14.027
+ 121 S 27 CYS SG 52 -0.064 32.06
+ 122 H 27 CYS HG 52 0.064 1.008
+ 123 C 27 CYS C 53 0.38 12.011
+ 124 O 27 CYS O 53 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 125 N 28 ARG N 54 -0.28 14.0067
+ 126 H 28 ARG H 54 0.28 1.008
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+ 140 C 28 ARG C 57 0.38 12.011
+ 141 O 28 ARG O 57 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
+ 142 N 29 HIS N 58 -0.28 14.0067
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+ 152 C 29 HIS C 61 0.38 12.011
+ 153 O 29 HIS O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 154 N 30 ASN N 62 -0.28 14.0067
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+ 164 O 30 ASN O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
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+ 172 O 31 SER O 70 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 173 N 32 HIS N 71 -0.28 14.0067
+ 174 H 32 HIS H 71 0.28 1.008
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+ 183 C 32 HIS C 74 0.38 12.011
+ 184 O 32 HIS O 74 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 193 HC 33 PHE HD2 78 0.1 1.008
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+ 201 OM 33 PHE O1 82 -0.635 15.9994
+ 202 OM 33 PHE O2 82 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
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+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
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+
+[ pairs ]
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+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+ 74 80 82 84 1 gd_4
+ 80 82 84 101 1 gd_19
+ 82 84 85 86 1 gd_17
+ 82 84 101 103 1 gd_20
+ 84 85 86 89 1 gd_20
+ 84 101 103 104 1 gd_4
+ 101 103 104 108 1 gd_19
+ 104 103 107 106 1 gd_19
+ 103 104 105 106 1 gd_17
+ 103 104 108 110 1 gd_20
+ 104 105 106 107 1 gd_17
+ 105 106 107 103 1 gd_17
+ 104 108 110 111 1 gd_4
+ 108 110 111 115 1 gd_19
+ 111 110 114 113 1 gd_19
+ 110 111 112 113 1 gd_17
+ 110 111 115 117 1 gd_20
+ 111 112 113 114 1 gd_17
+ 112 113 114 110 1 gd_17
+ 111 115 117 119 1 gd_4
+ 115 117 119 123 1 gd_19
+ 117 119 120 121 1 gd_17
+ 117 119 123 125 1 gd_20
+ 119 120 121 122 1 gd_13
+ 119 123 125 127 1 gd_4
+ 123 125 127 140 1 gd_19
+ 125 127 128 129 1 gd_17
+ 125 127 140 142 1 gd_20
+ 127 128 129 130 1 gd_17
+ 128 129 130 131 1 gd_17
+ 129 130 131 133 1 gd_19
+ 130 131 133 134 1 gd_4
+ 131 133 134 135 1 gd_4
+ 131 133 137 138 1 gd_4
+ 127 140 142 144 1 gd_4
+ 140 142 144 152 1 gd_19
+ 142 144 145 146 1 gd_17
+ 142 144 152 154 1 gd_20
+ 144 145 146 147 1 gd_20
+ 144 152 154 156 1 gd_4
+ 152 154 156 163 1 gd_19
+ 154 156 157 158 1 gd_17
+ 154 156 163 165 1 gd_20
+ 156 157 158 160 1 gd_20
+ 157 158 160 161 1 gd_4
+ 156 163 165 167 1 gd_4
+ 163 165 167 171 1 gd_19
+ 165 167 168 169 1 gd_17
+ 165 167 171 173 1 gd_20
+ 167 168 169 170 1 gd_12
+ 167 171 173 175 1 gd_4
+ 171 173 175 183 1 gd_19
+ 173 175 176 177 1 gd_17
+ 173 175 183 185 1 gd_20
+ 175 176 177 178 1 gd_20
+ 175 183 185 187 1 gd_4
+ 183 185 187 200 1 gd_19
+ 185 187 188 189 1 gd_17
+ 185 187 200 202 1 gd_20
+ 187 188 189 190 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 10 6 2 gi_2
+ 5 9 7 6 2 gi_2
+ 10 5 12 11 2 gi_1
+ 12 10 14 13 2 gi_1
+ 14 12 18 15 2 gi_2
+ 14 16 17 15 2 gi_2
+ 18 14 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
+ 22 20 39 23 2 gi_2
+ 23 27 25 24 2 gi_1
+ 24 31 30 27 2 gi_1
+ 24 27 30 28 2 gi_1
+ 24 25 28 30 2 gi_1
+ 25 24 28 26 2 gi_1
+ 25 28 30 27 2 gi_1
+ 25 24 27 30 2 gi_1
+ 27 24 25 28 2 gi_1
+ 27 30 33 37 2 gi_1
+ 27 31 35 37 2 gi_1
+ 28 25 30 29 2 gi_1
+ 28 33 27 30 2 gi_1
+ 30 27 31 35 2 gi_1
+ 30 33 37 35 2 gi_1
+ 31 27 35 32 2 gi_1
+ 31 27 30 33 2 gi_1
+ 31 35 37 33 2 gi_1
+ 33 30 37 34 2 gi_1
+ 35 31 37 36 2 gi_1
+ 37 33 35 38 2 gi_1
+ 39 22 41 40 2 gi_1
+ 41 39 43 42 2 gi_1
+ 43 41 57 44 2 gi_2
+ 44 48 46 45 2 gi_1
+ 45 46 50 54 2 gi_1
+ 45 48 52 54 2 gi_1
+ 46 45 50 47 2 gi_1
+ 46 45 48 52 2 gi_1
+ 46 50 54 52 2 gi_1
+ 48 45 52 49 2 gi_1
+ 48 45 46 50 2 gi_1
+ 48 52 54 50 2 gi_1
+ 50 54 46 51 2 gi_1
+ 52 54 48 53 2 gi_1
+ 54 50 52 55 2 gi_1
+ 57 43 59 58 2 gi_1
+ 59 57 61 60 2 gi_1
+ 61 59 70 62 2 gi_2
+ 70 61 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 80 75 2 gi_2
+ 76 79 78 77 2 gi_1
+ 80 74 82 81 2 gi_1
+ 82 80 84 83 2 gi_1
+ 84 82 101 85 2 gi_2
+ 85 89 87 86 2 gi_1
+ 86 93 92 89 2 gi_1
+ 86 89 92 90 2 gi_1
+ 86 87 90 92 2 gi_1
+ 87 86 90 88 2 gi_1
+ 87 90 92 89 2 gi_1
+ 87 86 89 92 2 gi_1
+ 89 86 87 90 2 gi_1
+ 89 92 95 99 2 gi_1
+ 89 93 97 99 2 gi_1
+ 90 87 92 91 2 gi_1
+ 90 95 89 92 2 gi_1
+ 92 89 93 97 2 gi_1
+ 92 95 99 97 2 gi_1
+ 93 89 97 94 2 gi_1
+ 93 89 92 95 2 gi_1
+ 93 97 99 95 2 gi_1
+ 95 92 99 96 2 gi_1
+ 97 93 99 98 2 gi_1
+ 99 95 97 100 2 gi_1
+ 101 84 103 102 2 gi_1
+ 103 101 104 107 2 gi_1
+ 104 103 108 105 2 gi_2
+ 108 104 110 109 2 gi_1
+ 110 108 111 114 2 gi_1
+ 111 110 115 112 2 gi_2
+ 115 111 117 116 2 gi_1
+ 117 115 119 118 2 gi_1
+ 119 117 123 120 2 gi_2
+ 123 119 125 124 2 gi_1
+ 125 123 127 126 2 gi_1
+ 127 125 140 128 2 gi_2
+ 131 130 133 132 2 gi_1
+ 131 137 134 133 2 gi_1
+ 133 136 135 134 2 gi_1
+ 133 139 138 137 2 gi_1
+ 140 127 142 141 2 gi_1
+ 142 140 144 143 2 gi_1
+ 144 142 152 145 2 gi_2
+ 145 148 147 146 2 gi_1
+ 146 148 150 149 2 gi_1
+ 146 147 149 150 2 gi_1
+ 147 149 150 148 2 gi_1
+ 147 146 148 150 2 gi_1
+ 148 146 147 149 2 gi_1
+ 150 148 149 151 2 gi_1
+ 152 144 154 153 2 gi_1
+ 154 152 156 155 2 gi_1
+ 156 154 163 157 2 gi_2
+ 157 160 159 158 2 gi_1
+ 158 162 161 160 2 gi_1
+ 163 156 165 164 2 gi_1
+ 165 163 167 166 2 gi_1
+ 167 165 171 168 2 gi_2
+ 171 167 173 172 2 gi_1
+ 173 171 175 174 2 gi_1
+ 175 173 183 176 2 gi_2
+ 176 179 178 177 2 gi_1
+ 177 179 181 180 2 gi_1
+ 177 178 180 181 2 gi_1
+ 178 180 181 179 2 gi_1
+ 178 177 179 181 2 gi_1
+ 179 177 178 180 2 gi_1
+ 181 179 180 182 2 gi_1
+ 183 175 185 184 2 gi_1
+ 185 183 187 186 2 gi_1
+ 187 185 200 188 2 gi_2
+ 188 192 190 189 2 gi_1
+ 189 190 194 198 2 gi_1
+ 189 192 196 198 2 gi_1
+ 190 189 194 191 2 gi_1
+ 190 189 192 196 2 gi_1
+ 190 194 198 196 2 gi_1
+ 192 189 196 193 2 gi_1
+ 192 189 190 194 2 gi_1
+ 192 196 198 194 2 gi_1
+ 194 198 190 195 2 gi_1
+ 196 198 192 197 2 gi_1
+ 198 194 196 199 2 gi_1
+ 200 187 202 201 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">168</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 34 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 34 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 34 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 34 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 34 ALA C 3 0.38 12.011
+ 8 O 34 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 9 N 35 VAL N 4 -0.28 14.0067
+ 10 H 35 VAL H 4 0.28 1.008
+ 11 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 12 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 13 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 14 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 15 C 35 VAL C 6 0.38 12.011
+ 16 O 35 VAL O 6 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 17 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 18 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 19 CH2 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 20 CH2 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 21 CH2 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 22 C 36 PRO C 10 0.38 12.011
+ 23 O 36 PRO O 10 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 37 GLY N 11 -0.28 14.0067
+ 25 H 37 GLY H 11 0.28 1.008
+ 26 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 27 C 37 GLY C 13 0.38 12.011
+ 28 O 37 GLY O 13 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 38 TYR N 14 -0.28 14.0067
+ 30 H 38 TYR H 14 0.28 1.008
+ 31 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 32 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 33 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 34 C 38 TYR CD1 16 -0.1 12.011
+ 35 HC 38 TYR HD1 16 0.1 1.008
+ 36 C 38 TYR CD2 17 -0.1 12.011
+ 37 HC 38 TYR HD2 17 0.1 1.008
+ 38 C 38 TYR CE1 18 -0.1 12.011
+ 39 HC 38 TYR HE1 18 0.1 1.008
+ 40 C 38 TYR CE2 19 -0.1 12.011
+ 41 HC 38 TYR HE2 19 0.1 1.008
+ 42 C 38 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 43 OA 38 TYR OH 20 -0.548 15.9994
+ 44 H 38 TYR HH 20 0.398 1.008
+ 45 C 38 TYR C 21 0.38 12.011
+ 46 O 38 TYR O 21 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 39 ASP N 22 -0.28 14.0067
+ 48 H 39 ASP H 22 0.28 1.008
+ 49 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 50 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 51 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 52 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 53 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 54 C 39 ASP C 25 0.38 12.011
+ 55 O 39 ASP O 25 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 56 N 40 LYS N 26 -0.28 14.0067
+ 57 H 40 LYS H 26 0.28 1.008
+ 58 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 59 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 60 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 61 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 63 NL 40 LYS NZ 29 0.129 14.0067
+ 64 H 40 LYS HZ1 29 0.248 1.008
+ 65 H 40 LYS HZ2 29 0.248 1.008
+ 66 H 40 LYS HZ3 29 0.248 1.008
+ 67 C 40 LYS C 30 0.38 12.011
+ 68 O 40 LYS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 69 N 41 ILE N 31 -0.28 14.0067
+ 70 H 41 ILE H 31 0.28 1.008
+ 71 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 72 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 73 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 74 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 75 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 76 C 41 ILE C 34 0.38 12.011
+ 77 O 41 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 78 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 79 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 80 CH2 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 81 CH2 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 82 CH2 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 83 C 42 PRO C 38 0.38 12.011
+ 84 O 42 PRO O 38 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 85 N 43 ASP N 39 -0.28 14.0067
+ 86 H 43 ASP H 39 0.28 1.008
+ 87 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 88 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 89 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 90 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 91 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 92 C 43 ASP C 42 0.38 12.011
+ 93 O 43 ASP O 42 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 94 N 44 TYR N 43 -0.28 14.0067
+ 95 H 44 TYR H 43 0.28 1.008
+ 96 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
+ 97 CH2 44 TYR CB 44 0 14.027
+ 98 C 44 TYR CG 44 0 12.011
+ 99 C 44 TYR CD1 45 -0.1 12.011
+ 100 HC 44 TYR HD1 45 0.1 1.008
+ 101 C 44 TYR CD2 46 -0.1 12.011
+ 102 HC 44 TYR HD2 46 0.1 1.008
+ 103 C 44 TYR CE1 47 -0.1 12.011
+ 104 HC 44 TYR HE1 47 0.1 1.008
+ 105 C 44 TYR CE2 48 -0.1 12.011
+ 106 HC 44 TYR HE2 48 0.1 1.008
+ 107 C 44 TYR CZ 49 0.15 12.011
+ 108 OA 44 TYR OH 49 -0.548 15.9994
+ 109 H 44 TYR HH 49 0.398 1.008
+ 110 C 44 TYR C 50 0.38 12.011
+ 111 O 44 TYR O 50 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 112 N 45 HIS N 51 -0.28 14.0067
+ 113 H 45 HIS H 51 0.28 1.008
+ 114 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
+ 115 CH2 45 HIS CB 52 0 14.027
+ 116 C 45 HIS CG 53 0.13 12.011
+ 117 NR 45 HIS ND1 53 -0.58 14.0067
+ 118 CR1 45 HIS CD2 53 0 13.019
+ 119 CR1 45 HIS CE1 53 0.26 13.019
+ 120 NR 45 HIS NE2 53 0 14.0067
+ 121 H 45 HIS HE2 53 0.19 1.008
+ 122 C 45 HIS C 54 0.38 12.011
+ 123 O 45 HIS O 54 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 124 N 46 MET N 55 -0.28 14.0067
+ 125 H 46 MET H 55 0.28 1.008
+ 126 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
+ 127 CH2 46 MET CB 56 0 14.027
+ 128 CH2 46 MET CG 56 0 14.027
+ 129 S 46 MET SD 57 0 32.06
+ 130 CH3 46 MET CE 57 0 15.035
+ 131 C 46 MET C 58 0.38 12.011
+ 132 O 46 MET O 58 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 133 N 47 TRP N 59 -0.28 14.0067
+ 134 H 47 TRP H 59 0.28 1.008
+ 135 CH1 47 TRP CA 60 0 13.019
+ 136 CH2 47 TRP CB 60 0 14.027
+ 137 C 47 TRP CG 61 -0.14 12.011
+ 138 C 47 TRP CD1 61 -0.1 12.011
+ 139 HC 47 TRP HD1 61 0.1 1.008
+ 140 C 47 TRP CD2 61 0 12.011
+ 141 NR 47 TRP NE1 61 -0.05 14.0067
+ 142 H 47 TRP HE1 61 0.19 1.008
+ 143 C 47 TRP CE2 61 0 12.011
+ 144 C 47 TRP CE3 62 -0.1 12.011
+ 145 HC 47 TRP HE3 62 0.1 1.008
+ 146 C 47 TRP CZ2 63 -0.1 12.011
+ 147 HC 47 TRP HZ2 63 0.1 1.008
+ 148 C 47 TRP CZ3 64 -0.1 12.011
+ 149 HC 47 TRP HZ3 64 0.1 1.008
+ 150 C 47 TRP CH2 65 -0.1 12.011
+ 151 HC 47 TRP HH2 65 0.1 1.008
+ 152 C 47 TRP C 66 0.38 12.011
+ 153 O 47 TRP O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 154 N 48 VAL N 67 -0.28 14.0067
+ 155 H 48 VAL H 67 0.28 1.008
+ 156 CH1 48 VAL CA 68 0 13.019
+ 157 CH1 48 VAL CB 68 0 13.019
+ 158 CH3 48 VAL CG1 68 0 15.035
+ 159 CH3 48 VAL CG2 68 0 15.035
+ 160 C 48 VAL C 69 0.38 12.011
+ 161 O 48 VAL O 69 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 162 N 49 ALA N 70 -0.28 14.0067
+ 163 H 49 ALA H 70 0.28 1.008
+ 164 CH1 49 ALA CA 71 0 13.019
+ 165 CH3 49 ALA CB 71 0 15.035
+ 166 C 49 ALA C 72 0.27 12.011
+ 167 OM 49 ALA O1 72 -0.635 15.9994
+ 168 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_20
+ 5 6 2 gb_26
+ 5 7 2 gb_26
+ 7 8 2 gb_4
+ 7 9 2 gb_9
+ 9 10 2 gb_2
+ 9 11 2 gb_20
+ 11 12 2 gb_26
+ 11 15 2 gb_26
+ 12 13 2 gb_26
+ 12 14 2 gb_26
+ 15 16 2 gb_4
+ 15 17 2 gb_9
+ 17 18 2 gb_20
+ 17 21 2 gb_20
+ 18 19 2 gb_26
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+ 19 20 2 gb_26
+ 20 21 2 gb_26
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+ 146 150 2 gb_15
+ 148 149 2 gb_3
+ 148 150 2 gb_15
+ 150 151 2 gb_3
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+ 166 168 2 gb_5
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 8 1
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+ 153 155 1
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+ 155 160 1
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+ 157 162 1
+ 158 160 1
+ 159 160 1
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+ 161 163 1
+ 161 164 1
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+ 162 168 1
+ 163 165 1
+ 163 166 1
+ 165 167 1
+ 165 168 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+ 13 12 14 2 ga_14
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+ 16 15 17 2 ga_32
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+ 19 18 22 2 ga_12
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+ 19 20 21 2 ga_12
+ 17 21 20 2 ga_12
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+ 18 22 24 2 ga_18
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+ 25 24 26 2 ga_17
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+ 26 27 29 2 ga_18
+ 28 27 29 2 ga_32
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+ 32 31 45 2 ga_12
+ 31 32 33 2 ga_14
+ 32 33 34 2 ga_26
+ 32 33 36 2 ga_26
+ 34 33 36 2 ga_26
+ 33 34 35 2 ga_24
+ 33 34 38 2 ga_26
+ 35 34 38 2 ga_24
+ 33 36 37 2 ga_24
+ 33 36 40 2 ga_26
+ 37 36 40 2 ga_24
+ 34 38 39 2 ga_24
+ 34 38 42 2 ga_26
+ 39 38 42 2 ga_24
+ 36 40 41 2 ga_24
+ 36 40 42 2 ga_26
+ 41 40 42 2 ga_24
+ 38 42 40 2 ga_26
+ 38 42 43 2 ga_26
+ 40 42 43 2 ga_26
+ 42 43 44 2 ga_11
+ 31 45 46 2 ga_29
+ 31 45 47 2 ga_18
+ 46 45 47 2 ga_32
+ 45 47 48 2 ga_31
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+ 50 49 54 2 ga_12
+ 49 50 51 2 ga_14
+ 50 51 52 2 ga_21
+ 50 51 53 2 ga_21
+ 52 51 53 2 ga_37
+ 49 54 55 2 ga_29
+ 49 54 56 2 ga_18
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+ 54 56 58 2 ga_30
+ 57 56 58 2 ga_17
+ 56 58 59 2 ga_12
+ 56 58 67 2 ga_12
+ 59 58 67 2 ga_12
+ 58 59 60 2 ga_14
+ 59 60 61 2 ga_14
+ 60 61 62 2 ga_14
+ 61 62 63 2 ga_14
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+ 64 63 66 2 ga_9
+ 65 63 66 2 ga_9
+ 58 67 68 2 ga_29
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+ 69 71 76 2 ga_12
+ 72 71 76 2 ga_12
+ 71 72 73 2 ga_14
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+ 72 73 75 2 ga_14
+ 71 76 77 2 ga_29
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+ 80 79 83 2 ga_12
+ 79 80 81 2 ga_12
+ 80 81 82 2 ga_12
+ 78 82 81 2 ga_12
+ 79 83 84 2 ga_29
+ 79 83 85 2 ga_18
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+ 88 89 90 2 ga_21
+ 88 89 91 2 ga_21
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+ 106 105 107 2 ga_24
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+ 115 114 122 2 ga_12
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+ 119 120 121 2 ga_35
+ 114 122 123 2 ga_29
+ 114 122 124 2 ga_18
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+ 125 124 126 2 ga_17
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+ 143 140 144 2 ga_26
+ 138 141 142 2 ga_35
+ 138 141 143 2 ga_6
+ 142 141 143 2 ga_35
+ 140 143 141 2 ga_6
+ 140 143 146 2 ga_26
+ 141 143 146 2 ga_38
+ 140 144 145 2 ga_24
+ 140 144 148 2 ga_26
+ 145 144 148 2 ga_24
+ 143 146 147 2 ga_24
+ 143 146 150 2 ga_26
+ 147 146 150 2 ga_24
+ 144 148 149 2 ga_24
+ 144 148 150 2 ga_26
+ 149 148 150 2 ga_24
+ 146 150 148 2 ga_26
+ 146 150 151 2 ga_24
+ 148 150 151 2 ga_24
+ 135 152 153 2 ga_29
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+ 155 154 156 2 ga_17
+ 154 156 157 2 ga_12
+ 154 156 160 2 ga_12
+ 157 156 160 2 ga_12
+ 156 157 158 2 ga_14
+ 156 157 159 2 ga_14
+ 158 157 159 2 ga_14
+ 156 160 161 2 ga_29
+ 156 160 162 2 ga_18
+ 161 160 162 2 ga_32
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+ 160 162 164 2 ga_30
+ 163 162 164 2 ga_17
+ 162 164 165 2 ga_12
+ 162 164 166 2 ga_12
+ 165 164 166 2 ga_12
+ 164 166 167 2 ga_21
+ 164 166 168 2 ga_21
+ 167 166 168 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 7 1 gd_19
+ 1 5 7 9 1 gd_20
+ 5 7 9 11 1 gd_4
+ 7 9 11 15 1 gd_19
+ 9 11 12 13 1 gd_17
+ 9 11 15 17 1 gd_20
+ 11 15 17 18 1 gd_4
+ 15 17 18 22 1 gd_19
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+ 17 18 19 20 1 gd_17
+ 17 18 22 24 1 gd_20
+ 18 19 20 21 1 gd_17
+ 19 20 21 17 1 gd_17
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+ 24 26 27 29 1 gd_20
+ 26 27 29 31 1 gd_4
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+ 38 42 43 44 1 gd_2
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+ 45 47 49 54 1 gd_19
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+ 58 59 60 61 1 gd_17
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+ 58 67 69 71 1 gd_4
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+ 133 135 152 154 1 gd_20
+ 135 136 137 140 1 gd_20
+ 135 152 154 156 1 gd_4
+ 152 154 156 160 1 gd_19
+ 154 156 157 158 1 gd_17
+ 154 156 160 162 1 gd_20
+ 156 160 162 164 1 gd_4
+ 160 162 164 166 1 gd_19
+ 162 164 166 168 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 7 6 2 gi_2
+ 7 5 9 8 2 gi_1
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 15 12 2 gi_2
+ 11 13 14 12 2 gi_2
+ 15 11 17 16 2 gi_1
+ 17 15 18 21 2 gi_1
+ 18 17 22 19 2 gi_2
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+ 36 33 34 38 2 gi_1
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+ 166 164 168 167 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">150</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 NL 50 LYS N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 50 LYS H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 50 LYS H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 50 LYS H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 7 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 8 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 10 NL 50 LYS NZ 4 0.129 14.0067
+ 11 H 50 LYS HZ1 4 0.248 1.008
+ 12 H 50 LYS HZ2 4 0.248 1.008
+ 13 H 50 LYS HZ3 4 0.248 1.008
+ 14 C 50 LYS C 5 0.38 12.011
+ 15 O 50 LYS O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 16 N 51 SER N 6 -0.28 14.0067
+ 17 H 51 SER H 6 0.28 1.008
+ 18 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 19 CH2 51 SER CB 8 0.15 14.027
+ 20 OA 51 SER OG 8 -0.548 15.9994
+ 21 H 51 SER HG 8 0.398 1.008
+ 22 C 51 SER C 9 0.38 12.011
+ 23 O 51 SER O 9 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 52 GLY N 10 -0.28 14.0067
+ 25 H 52 GLY H 10 0.28 1.008
+ 26 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 27 C 52 GLY C 12 0.38 12.011
+ 28 O 52 GLY O 12 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 53 TYR N 13 -0.28 14.0067
+ 30 H 53 TYR H 13 0.28 1.008
+ 31 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 32 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 33 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 34 C 53 TYR CD1 15 -0.1 12.011
+ 35 HC 53 TYR HD1 15 0.1 1.008
+ 36 C 53 TYR CD2 16 -0.1 12.011
+ 37 HC 53 TYR HD2 16 0.1 1.008
+ 38 C 53 TYR CE1 17 -0.1 12.011
+ 39 HC 53 TYR HE1 17 0.1 1.008
+ 40 C 53 TYR CE2 18 -0.1 12.011
+ 41 HC 53 TYR HE2 18 0.1 1.008
+ 42 C 53 TYR CZ 19 0.15 12.011
+ 43 OA 53 TYR OH 19 -0.548 15.9994
+ 44 H 53 TYR HH 19 0.398 1.008
+ 45 C 53 TYR C 20 0.38 12.011
+ 46 O 53 TYR O 20 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 54 ASP N 21 -0.28 14.0067
+ 48 H 54 ASP H 21 0.28 1.008
+ 49 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 50 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 51 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 52 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 53 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 54 C 54 ASP C 24 0.38 12.011
+ 55 O 54 ASP O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 56 N 55 ALA N 25 -0.28 14.0067
+ 57 H 55 ALA H 25 0.28 1.008
+ 58 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 59 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 60 C 55 ALA C 27 0.38 12.011
+ 61 O 55 ALA O 27 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 62 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 63 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 64 CH2 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 65 CH2 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 66 CH2 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 67 C 56 PRO C 31 0.38 12.011
+ 68 O 56 PRO O 31 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 69 N 57 PHE N 32 -0.28 14.0067
+ 70 H 57 PHE H 32 0.28 1.008
+ 71 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 72 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 73 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 74 C 57 PHE CD1 34 -0.1 12.011
+ 75 HC 57 PHE HD1 34 0.1 1.008
+ 76 C 57 PHE CD2 35 -0.1 12.011
+ 77 HC 57 PHE HD2 35 0.1 1.008
+ 78 C 57 PHE CE1 36 -0.1 12.011
+ 79 HC 57 PHE HE1 36 0.1 1.008
+ 80 C 57 PHE CE2 37 -0.1 12.011
+ 81 HC 57 PHE HE2 37 0.1 1.008
+ 82 C 57 PHE CZ 38 -0.1 12.011
+ 83 HC 57 PHE HZ 38 0.1 1.008
+ 84 C 57 PHE C 39 0.38 12.011
+ 85 O 57 PHE O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 86 N 58 THR N 40 -0.28 14.0067
+ 87 H 58 THR H 40 0.28 1.008
+ 88 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 89 CH1 58 THR CB 42 0.15 13.019
+ 90 OA 58 THR OG1 42 -0.548 15.9994
+ 91 H 58 THR HG1 42 0.398 1.008
+ 92 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 93 C 58 THR C 44 0.38 12.011
+ 94 O 58 THR O 44 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 N 59 ILE N 45 -0.28 14.0067
+ 96 H 59 ILE H 45 0.28 1.008
+ 97 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 98 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 99 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 100 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 101 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 102 C 59 ILE C 48 0.38 12.011
+ 103 O 59 ILE O 48 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 104 N 60 HIS N 49 -0.28 14.0067
+ 105 H 60 HIS H 49 0.28 1.008
+ 106 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 107 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 108 C 60 HIS CG 51 0.13 12.011
+ 109 NR 60 HIS ND1 51 -0.58 14.0067
+ 110 CR1 60 HIS CD2 51 0 13.019
+ 111 CR1 60 HIS CE1 51 0.26 13.019
+ 112 NR 60 HIS NE2 51 0 14.0067
+ 113 H 60 HIS HE2 51 0.19 1.008
+ 114 C 60 HIS C 52 0.38 12.011
+ 115 O 60 HIS O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 116 N 61 VAL N 53 -0.28 14.0067
+ 117 H 61 VAL H 53 0.28 1.008
+ 118 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 119 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 120 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 121 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 122 C 61 VAL C 55 0.38 12.011
+ 123 O 61 VAL O 55 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 124 N 62 CYS N 56 -0.28 14.0067
+ 125 H 62 CYS H 56 0.28 1.008
+ 126 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 127 CH2 62 CYS CB 57 0 14.027
+ 128 S 62 CYS SG 58 -0.064 32.06
+ 129 H 62 CYS HG 58 0.064 1.008
+ 130 C 62 CYS C 59 0.38 12.011
+ 131 O 62 CYS O 59 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 132 N 63 GLY N 60 -0.28 14.0067
+ 133 H 63 GLY H 60 0.28 1.008
+ 134 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 135 C 63 GLY C 62 0.38 12.011
+ 136 O 63 GLY O 62 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 137 N 64 ALA N 63 -0.28 14.0067
+ 138 H 64 ALA H 63 0.28 1.008
+ 139 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 140 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 141 C 64 ALA C 65 0.38 12.011
+ 142 O 64 ALA O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 143 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 144 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 145 CH2 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 146 CH2 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 147 CH2 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 148 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 149 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 150 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_20
+ 5 6 2 gb_26
+ 5 14 2 gb_26
+ 6 7 2 gb_26
+ 7 8 2 gb_26
+ 8 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_20
+ 10 11 2 gb_2
+ 10 12 2 gb_2
+ 10 13 2 gb_2
+ 14 15 2 gb_4
+ 14 16 2 gb_9
+ 16 17 2 gb_2
+ 16 18 2 gb_20
+ 18 19 2 gb_26
+ 18 22 2 gb_26
+ 19 20 2 gb_17
+ 20 21 2 gb_1
+ 22 23 2 gb_4
+ 22 24 2 gb_9
+ 24 25 2 gb_2
+ 24 26 2 gb_20
+ 26 27 2 gb_26
+ 27 28 2 gb_4
+ 27 29 2 gb_9
+ 29 30 2 gb_2
+ 29 31 2 gb_20
+ 31 32 2 gb_26
+ 31 45 2 gb_26
+ 32 33 2 gb_26
+ 33 34 2 gb_15
+ 33 36 2 gb_15
+ 34 35 2 gb_3
+ 34 38 2 gb_15
+ 36 37 2 gb_3
+ 36 40 2 gb_15
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_15
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 42 2 gb_15
+ 42 43 2 gb_12
+ 43 44 2 gb_1
+ 45 46 2 gb_4
+ 45 47 2 gb_9
+ 47 48 2 gb_2
+ 47 49 2 gb_20
+ 49 50 2 gb_26
+ 49 54 2 gb_26
+ 50 51 2 gb_26
+ 51 52 2 gb_5
+ 51 53 2 gb_5
+ 54 55 2 gb_4
+ 54 56 2 gb_9
+ 56 57 2 gb_2
+ 56 58 2 gb_20
+ 58 59 2 gb_26
+ 58 60 2 gb_26
+ 60 61 2 gb_4
+ 60 62 2 gb_9
+ 62 63 2 gb_20
+ 62 66 2 gb_20
+ 63 64 2 gb_26
+ 63 67 2 gb_26
+ 64 65 2 gb_26
+ 65 66 2 gb_26
+ 67 68 2 gb_4
+ 67 69 2 gb_9
+ 69 70 2 gb_2
+ 69 71 2 gb_20
+ 71 72 2 gb_26
+ 71 84 2 gb_26
+ 72 73 2 gb_26
+ 73 74 2 gb_15
+ 73 76 2 gb_15
+ 74 75 2 gb_3
+ 74 78 2 gb_15
+ 76 77 2 gb_3
+ 76 80 2 gb_15
+ 78 79 2 gb_3
+ 78 82 2 gb_15
+ 80 81 2 gb_3
+ 80 82 2 gb_15
+ 82 83 2 gb_3
+ 84 85 2 gb_4
+ 84 86 2 gb_9
+ 86 87 2 gb_2
+ 86 88 2 gb_20
+ 88 89 2 gb_26
+ 88 93 2 gb_26
+ 89 90 2 gb_17
+ 89 92 2 gb_26
+ 90 91 2 gb_1
+ 93 94 2 gb_4
+ 93 95 2 gb_9
+ 95 96 2 gb_2
+ 95 97 2 gb_20
+ 97 98 2 gb_26
+ 97 102 2 gb_26
+ 98 99 2 gb_26
+ 98 100 2 gb_26
+ 99 101 2 gb_26
+ 102 103 2 gb_4
+ 102 104 2 gb_9
+ 104 105 2 gb_2
+ 104 106 2 gb_20
+ 106 107 2 gb_26
+ 106 114 2 gb_26
+ 107 108 2 gb_26
+ 108 109 2 gb_9
+ 108 110 2 gb_9
+ 109 111 2 gb_9
+ 110 112 2 gb_9
+ 111 112 2 gb_9
+ 112 113 2 gb_2
+ 114 115 2 gb_4
+ 114 116 2 gb_9
+ 116 117 2 gb_2
+ 116 118 2 gb_20
+ 118 119 2 gb_26
+ 118 122 2 gb_26
+ 119 120 2 gb_26
+ 119 121 2 gb_26
+ 122 123 2 gb_4
+ 122 124 2 gb_9
+ 124 125 2 gb_2
+ 124 126 2 gb_20
+ 126 127 2 gb_26
+ 126 130 2 gb_26
+ 127 128 2 gb_30
+ 128 129 2 gb_7
+ 130 131 2 gb_4
+ 130 132 2 gb_9
+ 132 133 2 gb_2
+ 132 134 2 gb_20
+ 134 135 2 gb_26
+ 135 136 2 gb_4
+ 135 137 2 gb_9
+ 137 138 2 gb_2
+ 137 139 2 gb_20
+ 139 140 2 gb_26
+ 139 141 2 gb_26
+ 141 142 2 gb_4
+ 141 143 2 gb_9
+ 143 144 2 gb_20
+ 143 147 2 gb_20
+ 144 145 2 gb_26
+ 144 148 2 gb_26
+ 145 146 2 gb_26
+ 146 147 2 gb_26
+ 148 149 2 gb_5
+ 148 150 2 gb_5
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 7 1
+ 1 15 1
+ 1 16 1
+ 2 6 1
+ 2 14 1
+ 3 6 1
+ 3 14 1
+ 4 6 1
+ 4 14 1
+ 5 8 1
+ 5 17 1
+ 5 18 1
+ 6 9 1
+ 6 15 1
+ 6 16 1
+ 7 10 1
+ 7 14 1
+ 8 11 1
+ 8 12 1
+ 8 13 1
+ 14 19 1
+ 14 22 1
+ 15 17 1
+ 15 18 1
+ 16 20 1
+ 16 23 1
+ 16 24 1
+ 17 19 1
+ 17 22 1
+ 18 21 1
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+ 18 26 1
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+ 19 24 1
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+ 26 31 1
+ 27 32 1
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+ 28 31 1
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+ 29 47 1
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+ 32 47 1
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+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+ 111 112 113 2 ga_35
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+ 126 130 131 2 ga_29
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+ 137 139 141 2 ga_12
+ 140 139 141 2 ga_12
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+ 139 141 143 2 ga_18
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+ 143 144 148 2 ga_12
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+ 145 146 147 2 ga_12
+ 143 147 146 2 ga_12
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+ 144 148 150 2 ga_21
+ 149 148 150 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 14 1 gd_19
+ 1 5 6 7 1 gd_17
+ 1 5 14 16 1 gd_20
+ 5 6 7 8 1 gd_17
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+ 31 45 47 49 1 gd_4
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+ 134 135 137 139 1 gd_4
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+ 141 143 144 148 1 gd_19
+ 144 143 147 146 1 gd_19
+ 143 144 145 146 1 gd_17
+ 143 144 148 150 1 gd_20
+ 144 145 146 147 1 gd_17
+ 145 146 147 143 1 gd_17
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 14 6 2 gi_2
+ 14 5 16 15 2 gi_1
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+ 22 18 24 23 2 gi_1
+ 24 22 26 25 2 gi_1
+ 27 26 29 28 2 gi_1
+ 29 27 31 30 2 gi_1
+ 31 29 45 32 2 gi_2
+ 32 36 34 33 2 gi_1
+ 33 34 38 42 2 gi_1
+ 33 36 40 42 2 gi_1
+ 34 33 38 35 2 gi_1
+ 34 33 36 40 2 gi_1
+ 34 38 42 40 2 gi_1
+ 36 33 40 37 2 gi_1
+ 36 33 34 38 2 gi_1
+ 36 40 42 38 2 gi_1
+ 38 42 34 39 2 gi_1
+ 40 42 36 41 2 gi_1
+ 42 38 40 43 2 gi_1
+ 45 31 47 46 2 gi_1
+ 47 45 49 48 2 gi_1
+ 49 47 54 50 2 gi_2
+ 50 53 52 51 2 gi_1
+ 54 49 56 55 2 gi_1
+ 56 54 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_2
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 63 66 2 gi_1
+ 63 62 67 64 2 gi_2
+ 67 63 69 68 2 gi_1
+ 69 67 71 70 2 gi_1
+ 71 69 84 72 2 gi_2
+ 72 76 74 73 2 gi_1
+ 73 74 78 82 2 gi_1
+ 73 76 80 82 2 gi_1
+ 74 73 78 75 2 gi_1
+ 74 73 76 80 2 gi_1
+ 74 78 82 80 2 gi_1
+ 76 73 80 77 2 gi_1
+ 76 73 74 78 2 gi_1
+ 76 80 82 78 2 gi_1
+ 78 82 74 79 2 gi_1
+ 80 82 76 81 2 gi_1
+ 82 78 80 83 2 gi_1
+ 84 71 86 85 2 gi_1
+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 93 89 2 gi_2
+ 88 92 90 89 2 gi_2
+ 93 88 95 94 2 gi_1
+ 95 93 97 96 2 gi_1
+ 97 95 102 98 2 gi_2
+ 97 100 99 98 2 gi_2
+ 102 97 104 103 2 gi_1
+ 104 102 106 105 2 gi_1
+ 106 104 114 107 2 gi_2
+ 107 110 109 108 2 gi_1
+ 108 110 112 111 2 gi_1
+ 108 109 111 112 2 gi_1
+ 109 111 112 110 2 gi_1
+ 109 108 110 112 2 gi_1
+ 110 108 109 111 2 gi_1
+ 112 110 111 113 2 gi_1
+ 114 106 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 122 119 2 gi_2
+ 118 120 121 119 2 gi_2
+ 122 118 124 123 2 gi_1
+ 124 122 126 125 2 gi_1
+ 126 124 130 127 2 gi_2
+ 130 126 132 131 2 gi_1
+ 132 130 134 133 2 gi_1
+ 135 134 137 136 2 gi_1
+ 137 135 139 138 2 gi_1
+ 139 137 141 140 2 gi_2
+ 141 139 143 142 2 gi_1
+ 143 141 144 147 2 gi_1
+ 144 143 148 145 2 gi_2
+ 148 144 150 149 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">169</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 2 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 2 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 2 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 2 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 2 ALA C 3 0.38 12.011
+ 10 O 2 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 11 N 3 CYS N 4 -0.28 15.0147
+ 12 H 3 CYS H 4 0.28 0
+ 13 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 14 CH2 3 CYS CB 5 0 14.027
+ 15 S 3 CYS SG 6 -0.064 32.06
+ 16 H 3 CYS HG 6 0.064 1.008
+ 17 C 3 CYS C 7 0.38 12.011
+ 18 O 3 CYS O 7 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 19 N 4 ASP N 8 -0.28 15.0147
+ 20 H 4 ASP H 8 0.28 0
+ 21 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 22 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 23 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 24 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 25 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 26 C 4 ASP C 11 0.38 12.011
+ 27 O 4 ASP O 11 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 28 N 5 GLU N 12 -0.28 15.0147
+ 29 H 5 GLU H 12 0.28 0
+ 30 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 31 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 32 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 33 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 34 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 35 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 36 C 5 GLU C 15 0.38 12.011
+ 37 O 5 GLU O 15 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 38 N 6 PHE N 16 -0.28 15.0147
+ 39 H 6 PHE H 16 0.28 0
+ 40 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 41 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 42 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 43 C 6 PHE CD1 18 -0.1 13.019
+ 44 HC 6 PHE HD1 18 0.1 0
+ 45 C 6 PHE CD2 19 -0.1 13.019
+ 46 HC 6 PHE HD2 19 0.1 0
+ 47 C 6 PHE CE1 20 -0.1 13.019
+ 48 HC 6 PHE HE1 20 0.1 0
+ 49 C 6 PHE CE2 21 -0.1 13.019
+ 50 HC 6 PHE HE2 21 0.1 0
+ 51 C 6 PHE CZ 22 -0.1 13.019
+ 52 HC 6 PHE HZ 22 0.1 0
+ 53 C 6 PHE C 23 0.38 12.011
+ 54 O 6 PHE O 23 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 55 N 7 GLY N 24 -0.28 15.0147
+ 56 H 7 GLY H 24 0.28 0
+ 57 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 58 C 7 GLY C 26 0.38 12.011
+ 59 O 7 GLY O 26 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 60 N 8 HIS N 27 -0.28 15.0147
+ 61 H 8 HIS H 27 0.28 0
+ 62 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 63 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 64 C 8 HIS CG 29 0.13 12.011
+ 65 NR 8 HIS ND1 29 -0.58 14.0067
+ 66 CR1 8 HIS CD2 29 0 13.019
+ 67 CR1 8 HIS CE1 29 0.26 13.019
+ 68 NR 8 HIS NE2 29 0 15.0147
+ 69 H 8 HIS HE2 29 0.19 0
+ 70 C 8 HIS C 30 0.38 12.011
+ 71 O 8 HIS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 72 N 9 ILE N 31 -0.28 15.0147
+ 73 H 9 ILE H 31 0.28 0
+ 74 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 75 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 76 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 77 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 78 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 79 C 9 ILE C 34 0.38 12.011
+ 80 O 9 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 81 N 10 LYS N 35 -0.28 15.0147
+ 82 H 10 LYS H 35 0.28 0
+ 83 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 84 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 85 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 86 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 87 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 88 MNH3 10 LYS MNZ1 38 0 8.51535
+ 89 MNH3 10 LYS MNZ2 38 0 8.51535
+ 90 NL 10 LYS NZ 38 0.129 0
+ 91 H 10 LYS HZ1 38 0.248 0
+ 92 H 10 LYS HZ2 38 0.248 0
+ 93 H 10 LYS HZ3 38 0.248 0
+ 94 C 10 LYS C 39 0.38 12.011
+ 95 O 10 LYS O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 96 N 11 LEU N 40 -0.28 15.0147
+ 97 H 11 LEU H 40 0.28 0
+ 98 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 99 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 100 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 101 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
+ 102 CH3 11 LEU CD2 42 0 15.035
+ 103 C 11 LEU C 43 0.38 12.011
+ 104 O 11 LEU O 43 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 105 N 12 MET N 44 -0.28 15.0147
+ 106 H 12 MET H 44 0.28 0
+ 107 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 108 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 109 CH2 12 MET CG 45 0 14.027
+ 110 S 12 MET SD 46 0 32.06
+ 111 CH3 12 MET CE 46 0 15.035
+ 112 C 12 MET C 47 0.38 12.011
+ 113 O 12 MET O 47 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 114 N 13 ASN N 48 -0.28 15.0147
+ 115 H 13 ASN H 48 0.28 0
+ 116 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 117 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 118 C 13 ASN CG 50 0.38 12.011
+ 119 O 13 ASN OD1 50 -0.38 15.9994
+ 120 NT 13 ASN ND2 51 -0.83 16.0227
+ 121 H 13 ASN HD21 51 0.415 0
+ 122 H 13 ASN HD22 51 0.415 0
+ 123 C 13 ASN C 52 0.38 12.011
+ 124 O 13 ASN O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 125 N 14 PRO N 53 0 14.0067
+ 126 CH1 14 PRO CA 54 0 13.019
+ 127 CH2 14 PRO CB 54 0 14.027
+ 128 CH2 14 PRO CG 55 0 14.027
+ 129 CH2 14 PRO CD 55 0 14.027
+ 130 C 14 PRO C 56 0.38 12.011
+ 131 O 14 PRO O 56 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 132 N 15 GLN N 57 -0.28 15.0147
+ 133 H 15 GLN H 57 0.28 0
+ 134 CH1 15 GLN CA 58 0 13.019
+ 135 CH2 15 GLN CB 58 0 14.027
+ 136 CH2 15 GLN CG 58 0 14.027
+ 137 C 15 GLN CD 59 0.38 12.011
+ 138 O 15 GLN OE1 59 -0.38 15.9994
+ 139 NT 15 GLN NE2 60 -0.83 16.0227
+ 140 H 15 GLN HE21 60 0.415 0
+ 141 H 15 GLN HE22 60 0.415 0
+ 142 C 15 GLN C 61 0.38 12.011
+ 143 O 15 GLN O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 144 N 16 ARG N 62 -0.28 15.0147
+ 145 H 16 ARG H 62 0.28 0
+ 146 CH1 16 ARG CA 63 0 13.019
+ 147 CH2 16 ARG CB 63 0 14.027
+ 148 CH2 16 ARG CG 63 0 14.027
+ 149 CH2 16 ARG CD 64 0.09 14.027
+ 150 NE 16 ARG NE 64 -0.11 15.0147
+ 151 H 16 ARG HE 64 0.24 0
+ 152 C 16 ARG CZ 64 0.34 12.011
+ 153 NZ 16 ARG NH1 64 -0.26 16.0227
+ 154 H 16 ARG HH11 64 0.24 0
+ 155 H 16 ARG HH12 64 0.24 0
+ 156 NZ 16 ARG NH2 64 -0.26 16.0227
+ 157 H 16 ARG HH21 64 0.24 0
+ 158 H 16 ARG HH22 64 0.24 0
+ 159 C 16 ARG C 65 0.38 12.011
+ 160 O 16 ARG O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 161 N 17 SER N 66 -0.28 15.0147
+ 162 H 17 SER H 66 0.28 0
+ 163 CH1 17 SER CA 67 0 13.019
+ 164 CH2 17 SER CB 68 0.15 14.027
+ 165 OA 17 SER OG 68 -0.548 15.9994
+ 166 H 17 SER HG 68 0.398 1.008
+ 167 C 17 SER C 69 0.27 12.011
+ 168 OM 17 SER O1 69 -0.635 15.9994
+ 169 OM 17 SER O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
+ 7 8 2 gb_26
+ 7 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_4
+ 9 11 2 gb_9
+ 11 12 2 gb_2
+ 11 13 2 gb_20
+ 13 14 2 gb_26
+ 13 17 2 gb_26
+ 14 15 2 gb_30
+ 15 16 2 gb_7
+ 17 18 2 gb_4
+ 17 19 2 gb_9
+ 19 20 2 gb_2
+ 19 21 2 gb_20
+ 21 22 2 gb_26
+ 21 26 2 gb_26
+ 22 23 2 gb_26
+ 23 24 2 gb_5
+ 23 25 2 gb_5
+ 26 27 2 gb_4
+ 26 28 2 gb_9
+ 28 29 2 gb_2
+ 28 30 2 gb_20
+ 30 31 2 gb_26
+ 30 36 2 gb_26
+ 31 32 2 gb_26
+ 32 33 2 gb_26
+ 33 34 2 gb_5
+ 33 35 2 gb_5
+ 36 37 2 gb_4
+ 36 38 2 gb_9
+ 38 39 2 gb_2
+ 38 40 2 gb_20
+ 40 41 2 gb_26
+ 40 53 2 gb_26
+ 41 42 2 gb_26
+ 42 43 2 gb_15
+ 42 45 2 gb_15
+ 43 44 2 gb_3
+ 43 47 2 gb_15
+ 45 46 2 gb_3
+ 45 49 2 gb_15
+ 47 48 2 gb_3
+ 47 51 2 gb_15
+ 49 50 2 gb_3
+ 49 51 2 gb_15
+ 51 52 2 gb_3
+ 53 54 2 gb_4
+ 53 55 2 gb_9
+ 55 56 2 gb_2
+ 55 57 2 gb_20
+ 57 58 2 gb_26
+ 58 59 2 gb_4
+ 58 60 2 gb_9
+ 60 61 2 gb_2
+ 60 62 2 gb_20
+ 62 63 2 gb_26
+ 62 70 2 gb_26
+ 63 64 2 gb_26
+ 64 65 2 gb_9
+ 64 66 2 gb_9
+ 65 67 2 gb_9
+ 66 68 2 gb_9
+ 67 68 2 gb_9
+ 68 69 2 gb_2
+ 70 71 2 gb_4
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+ 74 75 2 gb_26
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+ 81 83 2 gb_20
+ 83 84 2 gb_26
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+ 133 132 134 2 ga_17
+ 132 134 135 2 ga_12
+ 132 134 142 2 ga_12
+ 135 134 142 2 ga_12
+ 134 135 136 2 ga_14
+ 135 136 137 2 ga_14
+ 136 137 138 2 ga_29
+ 136 137 139 2 ga_18
+ 138 137 139 2 ga_32
+ 137 139 140 2 ga_22
+ 137 139 141 2 ga_22
+ 140 139 141 2 ga_23
+ 134 142 143 2 ga_29
+ 134 142 144 2 ga_18
+ 143 142 144 2 ga_32
+ 142 144 145 2 ga_31
+ 142 144 146 2 ga_30
+ 145 144 146 2 ga_17
+ 144 146 147 2 ga_12
+ 144 146 159 2 ga_12
+ 147 146 159 2 ga_12
+ 146 147 148 2 ga_14
+ 147 148 149 2 ga_14
+ 148 149 150 2 ga_12
+ 149 150 151 2 ga_19
+ 149 150 152 2 ga_32
+ 151 150 152 2 ga_22
+ 150 152 153 2 ga_27
+ 150 152 156 2 ga_27
+ 153 152 156 2 ga_27
+ 152 153 154 2 ga_22
+ 152 153 155 2 ga_22
+ 154 153 155 2 ga_23
+ 152 156 157 2 ga_22
+ 152 156 158 2 ga_22
+ 157 156 158 2 ga_23
+ 146 159 160 2 ga_29
+ 146 159 161 2 ga_18
+ 160 159 161 2 ga_32
+ 159 161 162 2 ga_31
+ 159 161 163 2 ga_30
+ 162 161 163 2 ga_17
+ 161 163 164 2 ga_12
+ 161 163 167 2 ga_12
+ 164 163 167 2 ga_12
+ 163 164 165 2 ga_12
+ 164 165 166 2 ga_11
+ 163 167 168 2 ga_21
+ 163 167 169 2 ga_21
+ 168 167 169 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 9 1 gd_19
+ 3 7 9 11 1 gd_20
+ 7 9 11 13 1 gd_4
+ 9 11 13 17 1 gd_19
+ 11 13 14 15 1 gd_17
+ 11 13 17 19 1 gd_20
+ 13 14 15 16 1 gd_13
+ 13 17 19 21 1 gd_4
+ 17 19 21 26 1 gd_19
+ 19 21 22 23 1 gd_17
+ 19 21 26 28 1 gd_20
+ 21 22 23 24 1 gd_20
+ 21 26 28 30 1 gd_4
+ 26 28 30 36 1 gd_19
+ 28 30 31 32 1 gd_17
+ 28 30 36 38 1 gd_20
+ 30 31 32 33 1 gd_17
+ 31 32 33 35 1 gd_20
+ 30 36 38 40 1 gd_4
+ 36 38 40 53 1 gd_19
+ 38 40 41 42 1 gd_17
+ 38 40 53 55 1 gd_20
+ 40 41 42 43 1 gd_20
+ 40 53 55 57 1 gd_4
+ 53 55 57 58 1 gd_19
+ 55 57 58 60 1 gd_20
+ 57 58 60 62 1 gd_4
+ 58 60 62 70 1 gd_19
+ 60 62 63 64 1 gd_17
+ 60 62 70 72 1 gd_20
+ 62 63 64 65 1 gd_20
+ 62 70 72 74 1 gd_4
+ 70 72 74 79 1 gd_19
+ 72 74 75 76 1 gd_17
+ 72 74 79 81 1 gd_20
+ 74 75 76 78 1 gd_17
+ 74 79 81 83 1 gd_4
+ 79 81 83 94 1 gd_19
+ 81 83 84 85 1 gd_17
+ 81 83 94 96 1 gd_20
+ 83 84 85 86 1 gd_17
+ 84 85 86 87 1 gd_17
+ 85 86 87 90 1 gd_17
+ 86 87 90 91 1 gd_14
+ 83 94 96 98 1 gd_4
+ 94 96 98 103 1 gd_19
+ 96 98 99 100 1 gd_17
+ 96 98 103 105 1 gd_20
+ 98 99 100 101 1 gd_17
+ 98 103 105 107 1 gd_4
+ 103 105 107 112 1 gd_19
+ 105 107 108 109 1 gd_17
+ 105 107 112 114 1 gd_20
+ 107 108 109 110 1 gd_17
+ 108 109 110 111 1 gd_13
+ 107 112 114 116 1 gd_4
+ 112 114 116 123 1 gd_19
+ 114 116 117 118 1 gd_17
+ 114 116 123 125 1 gd_20
+ 116 117 118 120 1 gd_20
+ 117 118 120 121 1 gd_4
+ 116 123 125 126 1 gd_4
+ 123 125 126 130 1 gd_19
+ 126 125 129 128 1 gd_19
+ 125 126 127 128 1 gd_17
+ 125 126 130 132 1 gd_20
+ 126 127 128 129 1 gd_17
+ 127 128 129 125 1 gd_17
+ 126 130 132 134 1 gd_4
+ 130 132 134 142 1 gd_19
+ 132 134 135 136 1 gd_17
+ 132 134 142 144 1 gd_20
+ 134 135 136 137 1 gd_17
+ 135 136 137 139 1 gd_20
+ 136 137 139 140 1 gd_4
+ 134 142 144 146 1 gd_4
+ 142 144 146 159 1 gd_19
+ 144 146 147 148 1 gd_17
+ 144 146 159 161 1 gd_20
+ 146 147 148 149 1 gd_17
+ 147 148 149 150 1 gd_17
+ 148 149 150 152 1 gd_19
+ 149 150 152 153 1 gd_4
+ 150 152 153 154 1 gd_4
+ 150 152 156 157 1 gd_4
+ 146 159 161 163 1 gd_4
+ 159 161 163 167 1 gd_19
+ 161 163 164 165 1 gd_17
+ 161 163 167 169 1 gd_20
+ 163 164 165 166 1 gd_12
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 21 20 2 gi_1
+ 21 19 26 22 2 gi_2
+ 22 25 24 23 2 gi_1
+ 26 21 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 30 28 36 31 2 gi_2
+ 32 35 34 33 2 gi_1
+ 36 30 38 37 2 gi_1
+ 38 36 40 39 2 gi_1
+ 40 38 53 41 2 gi_2
+ 41 45 43 42 2 gi_1
+ 42 43 47 51 2 gi_1
+ 42 45 49 51 2 gi_1
+ 43 42 47 44 2 gi_1
+ 43 42 45 49 2 gi_1
+ 43 47 51 49 2 gi_1
+ 45 42 49 46 2 gi_1
+ 45 42 43 47 2 gi_1
+ 45 49 51 47 2 gi_1
+ 47 51 43 48 2 gi_1
+ 49 51 45 50 2 gi_1
+ 51 47 49 52 2 gi_1
+ 53 40 55 54 2 gi_1
+ 55 53 57 56 2 gi_1
+ 58 57 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 70 63 2 gi_2
+ 63 66 65 64 2 gi_1
+ 64 66 68 67 2 gi_1
+ 64 65 67 68 2 gi_1
+ 65 67 68 66 2 gi_1
+ 65 64 66 68 2 gi_1
+ 66 64 65 67 2 gi_1
+ 68 66 67 69 2 gi_1
+ 70 62 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 79 75 2 gi_2
+ 74 77 76 75 2 gi_2
+ 79 74 81 80 2 gi_1
+ 81 79 83 82 2 gi_1
+ 83 81 94 84 2 gi_2
+ 94 83 96 95 2 gi_1
+ 96 94 98 97 2 gi_1
+ 98 96 103 99 2 gi_2
+ 99 101 102 100 2 gi_2
+ 103 98 105 104 2 gi_1
+ 105 103 107 106 2 gi_1
+ 107 105 112 108 2 gi_2
+ 112 107 114 113 2 gi_1
+ 114 112 116 115 2 gi_1
+ 116 114 123 117 2 gi_2
+ 117 120 119 118 2 gi_1
+ 118 122 121 120 2 gi_1
+ 123 116 125 124 2 gi_1
+ 125 123 126 129 2 gi_1
+ 126 125 130 127 2 gi_2
+ 130 126 132 131 2 gi_1
+ 132 130 134 133 2 gi_1
+ 134 132 142 135 2 gi_2
+ 136 139 138 137 2 gi_1
+ 137 141 140 139 2 gi_1
+ 142 134 144 143 2 gi_1
+ 144 142 146 145 2 gi_1
+ 146 144 159 147 2 gi_2
+ 150 149 152 151 2 gi_1
+ 150 156 153 152 2 gi_1
+ 152 155 154 153 2 gi_1
+ 152 158 157 156 2 gi_1
+ 159 146 161 160 2 gi_1
+ 161 159 163 162 2 gi_1
+ 163 161 167 164 2 gi_2
+ 167 163 169 168 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 90 87 88 89 1
+ 91 87 88 89 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 20 19 17 21 2
+ 29 28 26 30 2
+ 39 38 36 40 2
+ 44 43 42 47 2
+ 46 45 42 49 2
+ 48 47 43 51 2
+ 50 49 45 51 2
+ 52 51 47 49 2
+ 56 55 53 57 2
+ 61 60 58 62 2
+ 69 68 66 67 2
+ 73 72 70 74 2
+ 82 81 79 83 2
+ 97 96 94 98 2
+ 106 105 103 107 2
+ 115 114 112 116 2
+ 133 132 130 134 2
+ 145 144 142 146 2
+ 151 150 149 152 2
+ 162 161 159 163 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 121 120 118 117 3
+ 122 120 118 117 -3
+ 140 139 137 136 3
+ 141 139 137 136 -3
+ 154 153 152 150 3
+ 155 153 152 150 -3
+ 157 156 152 150 3
+ 158 156 152 150 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 92 87 88 89 -4
+ 93 87 88 89 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">206</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 18 THR N 1 0.129 0
+ 4 H 18 THR H1 1 0.248 0
+ 5 H 18 THR H2 1 0.248 0
+ 6 H 18 THR H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH1 18 THR CB 3 0.15 13.019
+ 9 OA 18 THR OG1 3 -0.548 15.9994
+ 10 H 18 THR HG1 3 0.398 1.008
+ 11 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 12 C 18 THR C 5 0.38 12.011
+ 13 O 18 THR O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 14 N 19 VAL N 6 -0.28 15.0147
+ 15 H 19 VAL H 6 0.28 0
+ 16 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 17 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 18 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 19 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 20 C 19 VAL C 8 0.38 12.011
+ 21 O 19 VAL O 8 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 22 N 20 TRP N 9 -0.28 15.0147
+ 23 H 20 TRP H 9 0.28 0
+ 24 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 25 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 26 C 20 TRP CG 11 -0.14 12.011
+ 27 C 20 TRP CD1 11 -0.1 13.019
+ 28 HC 20 TRP HD1 11 0.1 0
+ 29 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 30 NR 20 TRP NE1 11 -0.05 15.0147
+ 31 H 20 TRP HE1 11 0.19 0
+ 32 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 33 C 20 TRP CE3 12 -0.1 13.019
+ 34 HC 20 TRP HE3 12 0.1 0
+ 35 C 20 TRP CZ2 13 -0.1 13.019
+ 36 HC 20 TRP HZ2 13 0.1 0
+ 37 C 20 TRP CZ3 14 -0.1 13.019
+ 38 HC 20 TRP HZ3 14 0.1 0
+ 39 C 20 TRP CH2 15 -0.1 13.019
+ 40 HC 20 TRP HH2 15 0.1 0
+ 41 C 20 TRP C 16 0.38 12.011
+ 42 O 20 TRP O 16 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 N 21 TYR N 17 -0.28 15.0147
+ 44 H 21 TYR H 17 0.28 0
+ 45 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 46 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 47 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 48 C 21 TYR CD1 19 -0.1 13.019
+ 49 HC 21 TYR HD1 19 0.1 0
+ 50 C 21 TYR CD2 20 -0.1 13.019
+ 51 HC 21 TYR HD2 20 0.1 0
+ 52 C 21 TYR CE1 21 -0.1 13.019
+ 53 HC 21 TYR HE1 21 0.1 0
+ 54 C 21 TYR CE2 22 -0.1 13.019
+ 55 HC 21 TYR HE2 22 0.1 0
+ 56 C 21 TYR CZ 23 0.15 12.011
+ 57 OA 21 TYR OH 23 -0.548 15.9994
+ 58 H 21 TYR HH 23 0.398 1.008
+ 59 C 21 TYR C 24 0.38 12.011
+ 60 O 21 TYR O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 61 N 22 LYS N 25 -0.28 15.0147
+ 62 H 22 LYS H 25 0.28 0
+ 63 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 64 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 66 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 67 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 68 MNH3 22 LYS MNZ1 28 0 8.51535
+ 69 MNH3 22 LYS MNZ2 28 0 8.51535
+ 70 NL 22 LYS NZ 28 0.129 0
+ 71 H 22 LYS HZ1 28 0.248 0
+ 72 H 22 LYS HZ2 28 0.248 0
+ 73 H 22 LYS HZ3 28 0.248 0
+ 74 C 22 LYS C 29 0.38 12.011
+ 75 O 22 LYS O 29 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 76 N 23 GLU N 30 -0.28 15.0147
+ 77 H 23 GLU H 30 0.28 0
+ 78 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 79 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 80 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 81 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 82 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 83 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 84 C 23 GLU C 33 0.38 12.011
+ 85 O 23 GLU O 33 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 86 N 24 TRP N 34 -0.28 15.0147
+ 87 H 24 TRP H 34 0.28 0
+ 88 CH1 24 TRP CA 35 0 13.019
+ 89 CH2 24 TRP CB 35 0 14.027
+ 90 C 24 TRP CG 36 -0.14 12.011
+ 91 C 24 TRP CD1 36 -0.1 13.019
+ 92 HC 24 TRP HD1 36 0.1 0
+ 93 C 24 TRP CD2 36 0 12.011
+ 94 NR 24 TRP NE1 36 -0.05 15.0147
+ 95 H 24 TRP HE1 36 0.19 0
+ 96 C 24 TRP CE2 36 0 12.011
+ 97 C 24 TRP CE3 37 -0.1 13.019
+ 98 HC 24 TRP HE3 37 0.1 0
+ 99 C 24 TRP CZ2 38 -0.1 13.019
+ 100 HC 24 TRP HZ2 38 0.1 0
+ 101 C 24 TRP CZ3 39 -0.1 13.019
+ 102 HC 24 TRP HZ3 39 0.1 0
+ 103 C 24 TRP CH2 40 -0.1 13.019
+ 104 HC 24 TRP HH2 40 0.1 0
+ 105 C 24 TRP C 41 0.38 12.011
+ 106 O 24 TRP O 41 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 107 N 25 PRO N 42 0 14.0067
+ 108 CH1 25 PRO CA 43 0 13.019
+ 109 CH2 25 PRO CB 43 0 14.027
+ 110 CH2 25 PRO CG 44 0 14.027
+ 111 CH2 25 PRO CD 44 0 14.027
+ 112 C 25 PRO C 45 0.38 12.011
+ 113 O 25 PRO O 45 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 114 N 26 PRO N 46 0 14.0067
+ 115 CH1 26 PRO CA 47 0 13.019
+ 116 CH2 26 PRO CB 47 0 14.027
+ 117 CH2 26 PRO CG 48 0 14.027
+ 118 CH2 26 PRO CD 48 0 14.027
+ 119 C 26 PRO C 49 0.38 12.011
+ 120 O 26 PRO O 49 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 121 N 27 CYS N 50 -0.28 15.0147
+ 122 H 27 CYS H 50 0.28 0
+ 123 CH1 27 CYS CA 51 0 13.019
+ 124 CH2 27 CYS CB 51 0 14.027
+ 125 S 27 CYS SG 52 -0.064 32.06
+ 126 H 27 CYS HG 52 0.064 1.008
+ 127 C 27 CYS C 53 0.38 12.011
+ 128 O 27 CYS O 53 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 129 N 28 ARG N 54 -0.28 15.0147
+ 130 H 28 ARG H 54 0.28 0
+ 131 CH1 28 ARG CA 55 0 13.019
+ 132 CH2 28 ARG CB 55 0 14.027
+ 133 CH2 28 ARG CG 55 0 14.027
+ 134 CH2 28 ARG CD 56 0.09 14.027
+ 135 NE 28 ARG NE 56 -0.11 15.0147
+ 136 H 28 ARG HE 56 0.24 0
+ 137 C 28 ARG CZ 56 0.34 12.011
+ 138 NZ 28 ARG NH1 56 -0.26 16.0227
+ 139 H 28 ARG HH11 56 0.24 0
+ 140 H 28 ARG HH12 56 0.24 0
+ 141 NZ 28 ARG NH2 56 -0.26 16.0227
+ 142 H 28 ARG HH21 56 0.24 0
+ 143 H 28 ARG HH22 56 0.24 0
+ 144 C 28 ARG C 57 0.38 12.011
+ 145 O 28 ARG O 57 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
+ 146 N 29 HIS N 58 -0.28 15.0147
+ 147 H 29 HIS H 58 0.28 0
+ 148 CH1 29 HIS CA 59 0 13.019
+ 149 CH2 29 HIS CB 59 0 14.027
+ 150 C 29 HIS CG 60 0.13 12.011
+ 151 NR 29 HIS ND1 60 -0.58 14.0067
+ 152 CR1 29 HIS CD2 60 0 13.019
+ 153 CR1 29 HIS CE1 60 0.26 13.019
+ 154 NR 29 HIS NE2 60 0 15.0147
+ 155 H 29 HIS HE2 60 0.19 0
+ 156 C 29 HIS C 61 0.38 12.011
+ 157 O 29 HIS O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 158 N 30 ASN N 62 -0.28 15.0147
+ 159 H 30 ASN H 62 0.28 0
+ 160 CH1 30 ASN CA 63 0 13.019
+ 161 CH2 30 ASN CB 63 0 14.027
+ 162 C 30 ASN CG 64 0.38 12.011
+ 163 O 30 ASN OD1 64 -0.38 15.9994
+ 164 NT 30 ASN ND2 65 -0.83 16.0227
+ 165 H 30 ASN HD21 65 0.415 0
+ 166 H 30 ASN HD22 65 0.415 0
+ 167 C 30 ASN C 66 0.38 12.011
+ 168 O 30 ASN O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 169 N 31 SER N 67 -0.28 15.0147
+ 170 H 31 SER H 67 0.28 0
+ 171 CH1 31 SER CA 68 0 13.019
+ 172 CH2 31 SER CB 69 0.15 14.027
+ 173 OA 31 SER OG 69 -0.548 15.9994
+ 174 H 31 SER HG 69 0.398 1.008
+ 175 C 31 SER C 70 0.38 12.011
+ 176 O 31 SER O 70 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 177 N 32 HIS N 71 -0.28 15.0147
+ 178 H 32 HIS H 71 0.28 0
+ 179 CH1 32 HIS CA 72 0 13.019
+ 180 CH2 32 HIS CB 72 0 14.027
+ 181 C 32 HIS CG 73 0.13 12.011
+ 182 NR 32 HIS ND1 73 -0.58 14.0067
+ 183 CR1 32 HIS CD2 73 0 13.019
+ 184 CR1 32 HIS CE1 73 0.26 13.019
+ 185 NR 32 HIS NE2 73 0 15.0147
+ 186 H 32 HIS HE2 73 0.19 0
+ 187 C 32 HIS C 74 0.38 12.011
+ 188 O 32 HIS O 74 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 189 N 33 PHE N 75 -0.28 15.0147
+ 190 H 33 PHE H 75 0.28 0
+ 191 CH1 33 PHE CA 76 0 13.019
+ 192 CH2 33 PHE CB 76 0 14.027
+ 193 C 33 PHE CG 76 0 12.011
+ 194 C 33 PHE CD1 77 -0.1 13.019
+ 195 HC 33 PHE HD1 77 0.1 0
+ 196 C 33 PHE CD2 78 -0.1 13.019
+ 197 HC 33 PHE HD2 78 0.1 0
+ 198 C 33 PHE CE1 79 -0.1 13.019
+ 199 HC 33 PHE HE1 79 0.1 0
+ 200 C 33 PHE CE2 80 -0.1 13.019
+ 201 HC 33 PHE HE2 80 0.1 0
+ 202 C 33 PHE CZ 81 -0.1 13.019
+ 203 HC 33 PHE HZ 81 0.1 0
+ 204 C 33 PHE C 82 0.27 12.011
+ 205 OM 33 PHE O1 82 -0.635 15.9994
+ 206 OM 33 PHE O2 82 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
+ 7 8 2 gb_26
+ 7 12 2 gb_26
+ 8 9 2 gb_17
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+ 9 10 2 gb_1
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+ 14 15 2 gb_2
+ 14 16 2 gb_20
+ 16 17 2 gb_26
+ 16 20 2 gb_26
+ 17 18 2 gb_26
+ 17 19 2 gb_26
+ 20 21 2 gb_4
+ 20 22 2 gb_9
+ 22 23 2 gb_2
+ 22 24 2 gb_20
+ 24 25 2 gb_26
+ 24 41 2 gb_26
+ 25 26 2 gb_26
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+ 27 28 2 gb_3
+ 27 30 2 gb_9
+ 29 32 2 gb_15
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+ 30 31 2 gb_2
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+ 47 50 2 gb_15
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+ 50 51 2 gb_3
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+ 117 118 2 gb_26
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+ 204 206 2 gb_5
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
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+ 1 2 2
+ 8 10 2
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+ 68 69 2
+ 124 126 2
+ 172 174 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 9 1
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+[ angles ]
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+ 193 194 195 2 ga_24
+ 193 194 198 2 ga_26
+ 195 194 198 2 ga_24
+ 193 196 197 2 ga_24
+ 193 196 200 2 ga_26
+ 197 196 200 2 ga_24
+ 194 198 199 2 ga_24
+ 194 198 202 2 ga_26
+ 199 198 202 2 ga_24
+ 196 200 201 2 ga_24
+ 196 200 202 2 ga_26
+ 201 200 202 2 ga_24
+ 198 202 200 2 ga_26
+ 198 202 203 2 ga_24
+ 200 202 203 2 ga_24
+ 191 204 205 2 ga_21
+ 191 204 206 2 ga_21
+ 205 204 206 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 12 1 gd_19
+ 3 7 8 9 1 gd_17
+ 3 7 12 14 1 gd_20
+ 7 8 9 10 1 gd_12
+ 7 12 14 16 1 gd_4
+ 12 14 16 20 1 gd_19
+ 14 16 17 18 1 gd_17
+ 14 16 20 22 1 gd_20
+ 16 20 22 24 1 gd_4
+ 20 22 24 41 1 gd_19
+ 22 24 25 26 1 gd_17
+ 22 24 41 43 1 gd_20
+ 24 25 26 29 1 gd_20
+ 24 41 43 45 1 gd_4
+ 41 43 45 59 1 gd_19
+ 43 45 46 47 1 gd_17
+ 43 45 59 61 1 gd_20
+ 45 46 47 48 1 gd_20
+ 52 56 57 58 1 gd_2
+ 45 59 61 63 1 gd_4
+ 59 61 63 74 1 gd_19
+ 61 63 64 65 1 gd_17
+ 61 63 74 76 1 gd_20
+ 63 64 65 66 1 gd_17
+ 64 65 66 67 1 gd_17
+ 65 66 67 70 1 gd_17
+ 66 67 70 71 1 gd_14
+ 63 74 76 78 1 gd_4
+ 74 76 78 84 1 gd_19
+ 76 78 79 80 1 gd_17
+ 76 78 84 86 1 gd_20
+ 78 79 80 81 1 gd_17
+ 79 80 81 83 1 gd_20
+ 78 84 86 88 1 gd_4
+ 84 86 88 105 1 gd_19
+ 86 88 89 90 1 gd_17
+ 86 88 105 107 1 gd_20
+ 88 89 90 93 1 gd_20
+ 88 105 107 108 1 gd_4
+ 105 107 108 112 1 gd_19
+ 108 107 111 110 1 gd_19
+ 107 108 109 110 1 gd_17
+ 107 108 112 114 1 gd_20
+ 108 109 110 111 1 gd_17
+ 109 110 111 107 1 gd_17
+ 108 112 114 115 1 gd_4
+ 112 114 115 119 1 gd_19
+ 115 114 118 117 1 gd_19
+ 114 115 116 117 1 gd_17
+ 114 115 119 121 1 gd_20
+ 115 116 117 118 1 gd_17
+ 116 117 118 114 1 gd_17
+ 115 119 121 123 1 gd_4
+ 119 121 123 127 1 gd_19
+ 121 123 124 125 1 gd_17
+ 121 123 127 129 1 gd_20
+ 123 124 125 126 1 gd_13
+ 123 127 129 131 1 gd_4
+ 127 129 131 144 1 gd_19
+ 129 131 132 133 1 gd_17
+ 129 131 144 146 1 gd_20
+ 131 132 133 134 1 gd_17
+ 132 133 134 135 1 gd_17
+ 133 134 135 137 1 gd_19
+ 134 135 137 138 1 gd_4
+ 135 137 138 139 1 gd_4
+ 135 137 141 142 1 gd_4
+ 131 144 146 148 1 gd_4
+ 144 146 148 156 1 gd_19
+ 146 148 149 150 1 gd_17
+ 146 148 156 158 1 gd_20
+ 148 149 150 151 1 gd_20
+ 148 156 158 160 1 gd_4
+ 156 158 160 167 1 gd_19
+ 158 160 161 162 1 gd_17
+ 158 160 167 169 1 gd_20
+ 160 161 162 164 1 gd_20
+ 161 162 164 165 1 gd_4
+ 160 167 169 171 1 gd_4
+ 167 169 171 175 1 gd_19
+ 169 171 172 173 1 gd_17
+ 169 171 175 177 1 gd_20
+ 171 172 173 174 1 gd_12
+ 171 175 177 179 1 gd_4
+ 175 177 179 187 1 gd_19
+ 177 179 180 181 1 gd_17
+ 177 179 187 189 1 gd_20
+ 179 180 181 182 1 gd_20
+ 179 187 189 191 1 gd_4
+ 187 189 191 204 1 gd_19
+ 189 191 192 193 1 gd_17
+ 189 191 204 206 1 gd_20
+ 191 192 193 194 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 12 8 2 gi_2
+ 7 11 9 8 2 gi_2
+ 12 7 14 13 2 gi_1
+ 14 12 16 15 2 gi_1
+ 16 14 20 17 2 gi_2
+ 16 18 19 17 2 gi_2
+ 20 16 22 21 2 gi_1
+ 22 20 24 23 2 gi_1
+ 24 22 41 25 2 gi_2
+ 25 29 27 26 2 gi_1
+ 26 33 32 29 2 gi_1
+ 26 29 32 30 2 gi_1
+ 26 27 30 32 2 gi_1
+ 27 26 30 28 2 gi_1
+ 27 30 32 29 2 gi_1
+ 27 26 29 32 2 gi_1
+ 29 26 27 30 2 gi_1
+ 29 32 35 39 2 gi_1
+ 29 33 37 39 2 gi_1
+ 30 27 32 31 2 gi_1
+ 30 35 29 32 2 gi_1
+ 32 29 33 37 2 gi_1
+ 32 35 39 37 2 gi_1
+ 33 29 37 34 2 gi_1
+ 33 29 32 35 2 gi_1
+ 33 37 39 35 2 gi_1
+ 35 32 39 36 2 gi_1
+ 37 33 39 38 2 gi_1
+ 39 35 37 40 2 gi_1
+ 41 24 43 42 2 gi_1
+ 43 41 45 44 2 gi_1
+ 45 43 59 46 2 gi_2
+ 46 50 48 47 2 gi_1
+ 47 48 52 56 2 gi_1
+ 47 50 54 56 2 gi_1
+ 48 47 52 49 2 gi_1
+ 48 47 50 54 2 gi_1
+ 48 52 56 54 2 gi_1
+ 50 47 54 51 2 gi_1
+ 50 47 48 52 2 gi_1
+ 50 54 56 52 2 gi_1
+ 52 56 48 53 2 gi_1
+ 54 56 50 55 2 gi_1
+ 56 52 54 57 2 gi_1
+ 59 45 61 60 2 gi_1
+ 61 59 63 62 2 gi_1
+ 63 61 74 64 2 gi_2
+ 74 63 76 75 2 gi_1
+ 76 74 78 77 2 gi_1
+ 78 76 84 79 2 gi_2
+ 80 83 82 81 2 gi_1
+ 84 78 86 85 2 gi_1
+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 105 89 2 gi_2
+ 89 93 91 90 2 gi_1
+ 90 97 96 93 2 gi_1
+ 90 93 96 94 2 gi_1
+ 90 91 94 96 2 gi_1
+ 91 90 94 92 2 gi_1
+ 91 94 96 93 2 gi_1
+ 91 90 93 96 2 gi_1
+ 93 90 91 94 2 gi_1
+ 93 96 99 103 2 gi_1
+ 93 97 101 103 2 gi_1
+ 94 91 96 95 2 gi_1
+ 94 99 93 96 2 gi_1
+ 96 93 97 101 2 gi_1
+ 96 99 103 101 2 gi_1
+ 97 93 101 98 2 gi_1
+ 97 93 96 99 2 gi_1
+ 97 101 103 99 2 gi_1
+ 99 96 103 100 2 gi_1
+ 101 97 103 102 2 gi_1
+ 103 99 101 104 2 gi_1
+ 105 88 107 106 2 gi_1
+ 107 105 108 111 2 gi_1
+ 108 107 112 109 2 gi_2
+ 112 108 114 113 2 gi_1
+ 114 112 115 118 2 gi_1
+ 115 114 119 116 2 gi_2
+ 119 115 121 120 2 gi_1
+ 121 119 123 122 2 gi_1
+ 123 121 127 124 2 gi_2
+ 127 123 129 128 2 gi_1
+ 129 127 131 130 2 gi_1
+ 131 129 144 132 2 gi_2
+ 135 134 137 136 2 gi_1
+ 135 141 138 137 2 gi_1
+ 137 140 139 138 2 gi_1
+ 137 143 142 141 2 gi_1
+ 144 131 146 145 2 gi_1
+ 146 144 148 147 2 gi_1
+ 148 146 156 149 2 gi_2
+ 149 152 151 150 2 gi_1
+ 150 152 154 153 2 gi_1
+ 150 151 153 154 2 gi_1
+ 151 153 154 152 2 gi_1
+ 151 150 152 154 2 gi_1
+ 152 150 151 153 2 gi_1
+ 154 152 153 155 2 gi_1
+ 156 148 158 157 2 gi_1
+ 158 156 160 159 2 gi_1
+ 160 158 167 161 2 gi_2
+ 161 164 163 162 2 gi_1
+ 162 166 165 164 2 gi_1
+ 167 160 169 168 2 gi_1
+ 169 167 171 170 2 gi_1
+ 171 169 175 172 2 gi_2
+ 175 171 177 176 2 gi_1
+ 177 175 179 178 2 gi_1
+ 179 177 187 180 2 gi_2
+ 180 183 182 181 2 gi_1
+ 181 183 185 184 2 gi_1
+ 181 182 184 185 2 gi_1
+ 182 184 185 183 2 gi_1
+ 182 181 183 185 2 gi_1
+ 183 181 182 184 2 gi_1
+ 185 183 184 186 2 gi_1
+ 187 179 189 188 2 gi_1
+ 189 187 191 190 2 gi_1
+ 191 189 204 192 2 gi_2
+ 192 196 194 193 2 gi_1
+ 193 194 198 202 2 gi_1
+ 193 196 200 202 2 gi_1
+ 194 193 198 195 2 gi_1
+ 194 193 196 200 2 gi_1
+ 194 198 202 200 2 gi_1
+ 196 193 200 197 2 gi_1
+ 196 193 194 198 2 gi_1
+ 196 200 202 198 2 gi_1
+ 198 202 194 199 2 gi_1
+ 200 202 196 201 2 gi_1
+ 202 198 200 203 2 gi_1
+ 204 191 206 205 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 70 67 68 69 1
+ 71 67 68 69 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 15 14 12 16 2
+ 23 22 20 24 2
+ 28 27 26 30 2
+ 31 30 27 32 2
+ 34 33 29 37 2
+ 36 35 32 39 2
+ 38 37 33 39 2
+ 40 39 35 37 2
+ 44 43 41 45 2
+ 49 48 47 52 2
+ 51 50 47 54 2
+ 53 52 48 56 2
+ 55 54 50 56 2
+ 62 61 59 63 2
+ 77 76 74 78 2
+ 87 86 84 88 2
+ 92 91 90 94 2
+ 95 94 91 96 2
+ 98 97 93 101 2
+ 100 99 96 103 2
+ 102 101 97 103 2
+ 104 103 99 101 2
+ 122 121 119 123 2
+ 130 129 127 131 2
+ 136 135 134 137 2
+ 147 146 144 148 2
+ 155 154 152 153 2
+ 159 158 156 160 2
+ 170 169 167 171 2
+ 178 177 175 179 2
+ 186 185 183 184 2
+ 190 189 187 191 2
+ 195 194 193 198 2
+ 197 196 193 200 2
+ 199 198 194 202 2
+ 201 200 196 202 2
+ 203 202 198 200 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 139 138 137 135 3
+ 140 138 137 135 -3
+ 142 141 137 135 3
+ 143 141 137 135 -3
+ 165 164 162 161 3
+ 166 164 162 161 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 72 67 68 69 -4
+ 73 67 68 69 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">172</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 34 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 34 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 34 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 34 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 34 ALA C 3 0.38 12.011
+ 10 O 34 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 11 N 35 VAL N 4 -0.28 15.0147
+ 12 H 35 VAL H 4 0.28 0
+ 13 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 14 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 15 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 16 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 17 C 35 VAL C 6 0.38 12.011
+ 18 O 35 VAL O 6 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 19 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 20 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 21 CH2 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 22 CH2 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 23 CH2 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 24 C 36 PRO C 10 0.38 12.011
+ 25 O 36 PRO O 10 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 26 N 37 GLY N 11 -0.28 15.0147
+ 27 H 37 GLY H 11 0.28 0
+ 28 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 29 C 37 GLY C 13 0.38 12.011
+ 30 O 37 GLY O 13 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 31 N 38 TYR N 14 -0.28 15.0147
+ 32 H 38 TYR H 14 0.28 0
+ 33 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 34 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 35 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 36 C 38 TYR CD1 16 -0.1 13.019
+ 37 HC 38 TYR HD1 16 0.1 0
+ 38 C 38 TYR CD2 17 -0.1 13.019
+ 39 HC 38 TYR HD2 17 0.1 0
+ 40 C 38 TYR CE1 18 -0.1 13.019
+ 41 HC 38 TYR HE1 18 0.1 0
+ 42 C 38 TYR CE2 19 -0.1 13.019
+ 43 HC 38 TYR HE2 19 0.1 0
+ 44 C 38 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 45 OA 38 TYR OH 20 -0.548 15.9994
+ 46 H 38 TYR HH 20 0.398 1.008
+ 47 C 38 TYR C 21 0.38 12.011
+ 48 O 38 TYR O 21 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 49 N 39 ASP N 22 -0.28 15.0147
+ 50 H 39 ASP H 22 0.28 0
+ 51 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 52 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 53 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 54 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 55 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 56 C 39 ASP C 25 0.38 12.011
+ 57 O 39 ASP O 25 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 58 N 40 LYS N 26 -0.28 15.0147
+ 59 H 40 LYS H 26 0.28 0
+ 60 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 61 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
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+ 64 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 65 MNH3 40 LYS MNZ1 29 0 8.51535
+ 66 MNH3 40 LYS MNZ2 29 0 8.51535
+ 67 NL 40 LYS NZ 29 0.129 0
+ 68 H 40 LYS HZ1 29 0.248 0
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+ 70 H 40 LYS HZ3 29 0.248 0
+ 71 C 40 LYS C 30 0.38 12.011
+ 72 O 40 LYS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 73 N 41 ILE N 31 -0.28 15.0147
+ 74 H 41 ILE H 31 0.28 0
+ 75 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
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+ 80 C 41 ILE C 34 0.38 12.011
+ 81 O 41 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 82 N 42 PRO N 35 0 14.0067
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+ 84 CH2 42 PRO CB 36 0 14.027
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+ 87 C 42 PRO C 38 0.38 12.011
+ 88 O 42 PRO O 38 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 89 N 43 ASP N 39 -0.28 15.0147
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+ 91 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
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+ 97 O 43 ASP O 42 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 98 N 44 TYR N 43 -0.28 15.0147
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+ 114 C 44 TYR C 50 0.38 12.011
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+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
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+ 122 CR1 45 HIS CD2 53 0 13.019
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+ 124 NR 45 HIS NE2 53 0 15.0147
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+ 126 C 45 HIS C 54 0.38 12.011
+ 127 O 45 HIS O 54 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 128 N 46 MET N 55 -0.28 15.0147
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+ 135 C 46 MET C 58 0.38 12.011
+ 136 O 46 MET O 58 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 137 N 47 TRP N 59 -0.28 15.0147
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+ 144 C 47 TRP CD2 61 0 12.011
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+ 146 H 47 TRP HE1 61 0.19 0
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+ 156 C 47 TRP C 66 0.38 12.011
+ 157 O 47 TRP O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 158 N 48 VAL N 67 -0.28 15.0147
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+ 160 CH1 48 VAL CA 68 0 13.019
+ 161 CH1 48 VAL CB 68 0 13.019
+ 162 CH3 48 VAL CG1 68 0 15.035
+ 163 CH3 48 VAL CG2 68 0 15.035
+ 164 C 48 VAL C 69 0.38 12.011
+ 165 O 48 VAL O 69 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 166 N 49 ALA N 70 -0.28 15.0147
+ 167 H 49 ALA H 70 0.28 0
+ 168 CH1 49 ALA CA 71 0 13.019
+ 169 CH3 49 ALA CB 71 0 15.035
+ 170 C 49 ALA C 72 0.27 12.011
+ 171 OM 49 ALA O1 72 -0.635 15.9994
+ 172 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
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+ 3 6 2 gb_2
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+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
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+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 158 160 161 162 1 gd_17
+ 158 160 164 166 1 gd_20
+ 160 164 166 168 1 gd_4
+ 164 166 168 170 1 gd_19
+ 166 168 170 172 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 13 15 16 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 20 23 2 gi_1
+ 20 19 24 21 2 gi_2
+ 24 20 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 29 28 31 30 2 gi_1
+ 31 29 33 32 2 gi_1
+ 33 31 47 34 2 gi_2
+ 34 38 36 35 2 gi_1
+ 35 36 40 44 2 gi_1
+ 35 38 42 44 2 gi_1
+ 36 35 40 37 2 gi_1
+ 36 35 38 42 2 gi_1
+ 36 40 44 42 2 gi_1
+ 38 35 42 39 2 gi_1
+ 38 35 36 40 2 gi_1
+ 38 42 44 40 2 gi_1
+ 40 44 36 41 2 gi_1
+ 42 44 38 43 2 gi_1
+ 44 40 42 45 2 gi_1
+ 47 33 49 48 2 gi_1
+ 49 47 51 50 2 gi_1
+ 51 49 56 52 2 gi_2
+ 52 55 54 53 2 gi_1
+ 56 51 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 71 61 2 gi_2
+ 71 60 73 72 2 gi_1
+ 73 71 75 74 2 gi_1
+ 75 73 80 76 2 gi_2
+ 75 78 77 76 2 gi_2
+ 80 75 82 81 2 gi_1
+ 82 80 83 86 2 gi_1
+ 83 82 87 84 2 gi_2
+ 87 83 89 88 2 gi_1
+ 89 87 91 90 2 gi_1
+ 91 89 96 92 2 gi_2
+ 92 95 94 93 2 gi_1
+ 96 91 98 97 2 gi_1
+ 98 96 100 99 2 gi_1
+ 100 98 114 101 2 gi_2
+ 101 105 103 102 2 gi_1
+ 102 103 107 111 2 gi_1
+ 102 105 109 111 2 gi_1
+ 103 102 107 104 2 gi_1
+ 103 102 105 109 2 gi_1
+ 103 107 111 109 2 gi_1
+ 105 102 109 106 2 gi_1
+ 105 102 103 107 2 gi_1
+ 105 109 111 107 2 gi_1
+ 107 111 103 108 2 gi_1
+ 109 111 105 110 2 gi_1
+ 111 107 109 112 2 gi_1
+ 114 100 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 126 119 2 gi_2
+ 119 122 121 120 2 gi_1
+ 120 122 124 123 2 gi_1
+ 120 121 123 124 2 gi_1
+ 121 123 124 122 2 gi_1
+ 121 120 122 124 2 gi_1
+ 122 120 121 123 2 gi_1
+ 124 122 123 125 2 gi_1
+ 126 118 128 127 2 gi_1
+ 128 126 130 129 2 gi_1
+ 130 128 135 131 2 gi_2
+ 135 130 137 136 2 gi_1
+ 137 135 139 138 2 gi_1
+ 139 137 156 140 2 gi_2
+ 140 144 142 141 2 gi_1
+ 141 148 147 144 2 gi_1
+ 141 144 147 145 2 gi_1
+ 141 142 145 147 2 gi_1
+ 142 141 145 143 2 gi_1
+ 142 145 147 144 2 gi_1
+ 142 141 144 147 2 gi_1
+ 144 141 142 145 2 gi_1
+ 144 147 150 154 2 gi_1
+ 144 148 152 154 2 gi_1
+ 145 142 147 146 2 gi_1
+ 145 150 144 147 2 gi_1
+ 147 144 148 152 2 gi_1
+ 147 150 154 152 2 gi_1
+ 148 144 152 149 2 gi_1
+ 148 144 147 150 2 gi_1
+ 148 152 154 150 2 gi_1
+ 150 147 154 151 2 gi_1
+ 152 148 154 153 2 gi_1
+ 154 150 152 155 2 gi_1
+ 156 139 158 157 2 gi_1
+ 158 156 160 159 2 gi_1
+ 160 158 164 161 2 gi_2
+ 160 162 163 161 2 gi_2
+ 164 160 166 165 2 gi_1
+ 166 164 168 167 2 gi_1
+ 168 166 170 169 2 gi_2
+ 170 168 172 171 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 67 64 65 66 1
+ 68 64 65 66 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 27 26 24 28 2
+ 32 31 29 33 2
+ 37 36 35 40 2
+ 39 38 35 42 2
+ 41 40 36 44 2
+ 43 42 38 44 2
+ 50 49 47 51 2
+ 59 58 56 60 2
+ 74 73 71 75 2
+ 90 89 87 91 2
+ 99 98 96 100 2
+ 104 103 102 107 2
+ 106 105 102 109 2
+ 108 107 103 111 2
+ 110 109 105 111 2
+ 117 116 114 118 2
+ 125 124 122 123 2
+ 129 128 126 130 2
+ 138 137 135 139 2
+ 143 142 141 145 2
+ 146 145 142 147 2
+ 149 148 144 152 2
+ 151 150 147 154 2
+ 153 152 148 154 2
+ 155 154 150 152 2
+ 159 158 156 160 2
+ 167 166 164 168 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 69 64 65 66 -4
+ 70 64 65 66 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">154</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 50 LYS N 1 0.129 0
+ 4 H 50 LYS H1 1 0.248 0
+ 5 H 50 LYS H2 1 0.248 0
+ 6 H 50 LYS H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 10 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 11 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 12 MNH3 50 LYS MNZ1 4 0 8.51535
+ 13 MNH3 50 LYS MNZ2 4 0 8.51535
+ 14 NL 50 LYS NZ 4 0.129 0
+ 15 H 50 LYS HZ1 4 0.248 0
+ 16 H 50 LYS HZ2 4 0.248 0
+ 17 H 50 LYS HZ3 4 0.248 0
+ 18 C 50 LYS C 5 0.38 12.011
+ 19 O 50 LYS O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 20 N 51 SER N 6 -0.28 15.0147
+ 21 H 51 SER H 6 0.28 0
+ 22 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 23 CH2 51 SER CB 8 0.15 14.027
+ 24 OA 51 SER OG 8 -0.548 15.9994
+ 25 H 51 SER HG 8 0.398 1.008
+ 26 C 51 SER C 9 0.38 12.011
+ 27 O 51 SER O 9 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 28 N 52 GLY N 10 -0.28 15.0147
+ 29 H 52 GLY H 10 0.28 0
+ 30 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 31 C 52 GLY C 12 0.38 12.011
+ 32 O 52 GLY O 12 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 33 N 53 TYR N 13 -0.28 15.0147
+ 34 H 53 TYR H 13 0.28 0
+ 35 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 36 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 37 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 38 C 53 TYR CD1 15 -0.1 13.019
+ 39 HC 53 TYR HD1 15 0.1 0
+ 40 C 53 TYR CD2 16 -0.1 13.019
+ 41 HC 53 TYR HD2 16 0.1 0
+ 42 C 53 TYR CE1 17 -0.1 13.019
+ 43 HC 53 TYR HE1 17 0.1 0
+ 44 C 53 TYR CE2 18 -0.1 13.019
+ 45 HC 53 TYR HE2 18 0.1 0
+ 46 C 53 TYR CZ 19 0.15 12.011
+ 47 OA 53 TYR OH 19 -0.548 15.9994
+ 48 H 53 TYR HH 19 0.398 1.008
+ 49 C 53 TYR C 20 0.38 12.011
+ 50 O 53 TYR O 20 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 51 N 54 ASP N 21 -0.28 15.0147
+ 52 H 54 ASP H 21 0.28 0
+ 53 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 54 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 55 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 56 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 57 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 58 C 54 ASP C 24 0.38 12.011
+ 59 O 54 ASP O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 60 N 55 ALA N 25 -0.28 15.0147
+ 61 H 55 ALA H 25 0.28 0
+ 62 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 63 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 64 C 55 ALA C 27 0.38 12.011
+ 65 O 55 ALA O 27 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 66 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 67 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 68 CH2 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 69 CH2 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 70 CH2 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 71 C 56 PRO C 31 0.38 12.011
+ 72 O 56 PRO O 31 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 73 N 57 PHE N 32 -0.28 15.0147
+ 74 H 57 PHE H 32 0.28 0
+ 75 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 76 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 77 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 78 C 57 PHE CD1 34 -0.1 13.019
+ 79 HC 57 PHE HD1 34 0.1 0
+ 80 C 57 PHE CD2 35 -0.1 13.019
+ 81 HC 57 PHE HD2 35 0.1 0
+ 82 C 57 PHE CE1 36 -0.1 13.019
+ 83 HC 57 PHE HE1 36 0.1 0
+ 84 C 57 PHE CE2 37 -0.1 13.019
+ 85 HC 57 PHE HE2 37 0.1 0
+ 86 C 57 PHE CZ 38 -0.1 13.019
+ 87 HC 57 PHE HZ 38 0.1 0
+ 88 C 57 PHE C 39 0.38 12.011
+ 89 O 57 PHE O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 90 N 58 THR N 40 -0.28 15.0147
+ 91 H 58 THR H 40 0.28 0
+ 92 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 93 CH1 58 THR CB 42 0.15 13.019
+ 94 OA 58 THR OG1 42 -0.548 15.9994
+ 95 H 58 THR HG1 42 0.398 1.008
+ 96 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 97 C 58 THR C 44 0.38 12.011
+ 98 O 58 THR O 44 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 N 59 ILE N 45 -0.28 15.0147
+ 100 H 59 ILE H 45 0.28 0
+ 101 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 102 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 103 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 104 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 105 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 106 C 59 ILE C 48 0.38 12.011
+ 107 O 59 ILE O 48 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 108 N 60 HIS N 49 -0.28 15.0147
+ 109 H 60 HIS H 49 0.28 0
+ 110 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 111 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 112 C 60 HIS CG 51 0.13 12.011
+ 113 NR 60 HIS ND1 51 -0.58 14.0067
+ 114 CR1 60 HIS CD2 51 0 13.019
+ 115 CR1 60 HIS CE1 51 0.26 13.019
+ 116 NR 60 HIS NE2 51 0 15.0147
+ 117 H 60 HIS HE2 51 0.19 0
+ 118 C 60 HIS C 52 0.38 12.011
+ 119 O 60 HIS O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 120 N 61 VAL N 53 -0.28 15.0147
+ 121 H 61 VAL H 53 0.28 0
+ 122 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 123 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 124 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 125 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 126 C 61 VAL C 55 0.38 12.011
+ 127 O 61 VAL O 55 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 128 N 62 CYS N 56 -0.28 15.0147
+ 129 H 62 CYS H 56 0.28 0
+ 130 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 131 CH2 62 CYS CB 57 0 14.027
+ 132 S 62 CYS SG 58 -0.064 32.06
+ 133 H 62 CYS HG 58 0.064 1.008
+ 134 C 62 CYS C 59 0.38 12.011
+ 135 O 62 CYS O 59 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 136 N 63 GLY N 60 -0.28 15.0147
+ 137 H 63 GLY H 60 0.28 0
+ 138 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 139 C 63 GLY C 62 0.38 12.011
+ 140 O 63 GLY O 62 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 141 N 64 ALA N 63 -0.28 15.0147
+ 142 H 64 ALA H 63 0.28 0
+ 143 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 144 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 145 C 64 ALA C 65 0.38 12.011
+ 146 O 64 ALA O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 147 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 148 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 149 CH2 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 150 CH2 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 151 CH2 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 152 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 153 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 154 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
+ 7 8 2 gb_26
+ 7 18 2 gb_26
+ 8 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_26
+ 10 11 2 gb_26
+ 11 14 2 gb_20
+ 14 15 2 gb_2
+ 14 16 2 gb_2
+ 14 17 2 gb_2
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+ 44 45 2 gb_3
+ 44 46 2 gb_15
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+ 152 153 2 gb_5
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+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
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+ 12 13 2
+ 23 25 2
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+ 93 95 2
+ 131 133 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 123 127 1
+ 123 128 1
+ 124 126 1
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+ 140 142 1
+ 140 143 1
+ 141 146 1
+ 141 147 1
+ 142 144 1
+ 142 145 1
+ 143 148 1
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+ 144 146 1
+ 144 147 1
+ 145 149 1
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+ 146 148 1
+ 146 151 1
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+ 147 154 1
+ 149 153 1
+ 149 154 1
+ 150 152 1
+ 151 152 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
+ 4 3 5 2 ga_9
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+ 3 7 18 2 ga_12
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+ 8 9 10 2 ga_14
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+ 10 11 14 2 ga_14
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+ 11 14 16 2 ga_10
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+ 15 14 16 2 ga_9
+ 15 14 17 2 ga_9
+ 16 14 17 2 ga_9
+ 7 18 19 2 ga_29
+ 7 18 20 2 ga_18
+ 19 18 20 2 ga_32
+ 18 20 21 2 ga_31
+ 18 20 22 2 ga_30
+ 21 20 22 2 ga_17
+ 20 22 23 2 ga_12
+ 20 22 26 2 ga_12
+ 23 22 26 2 ga_12
+ 22 23 24 2 ga_12
+ 23 24 25 2 ga_11
+ 22 26 27 2 ga_29
+ 22 26 28 2 ga_18
+ 27 26 28 2 ga_32
+ 26 28 29 2 ga_31
+ 26 28 30 2 ga_30
+ 29 28 30 2 ga_17
+ 28 30 31 2 ga_12
+ 30 31 32 2 ga_29
+ 30 31 33 2 ga_18
+ 32 31 33 2 ga_32
+ 31 33 34 2 ga_31
+ 31 33 35 2 ga_30
+ 34 33 35 2 ga_17
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+ 33 35 49 2 ga_12
+ 36 35 49 2 ga_12
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+ 36 37 38 2 ga_26
+ 36 37 40 2 ga_26
+ 38 37 40 2 ga_26
+ 37 38 39 2 ga_24
+ 37 38 42 2 ga_26
+ 39 38 42 2 ga_24
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+ 40 44 46 2 ga_26
+ 45 44 46 2 ga_24
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+ 44 46 47 2 ga_26
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+ 54 53 58 2 ga_12
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+ 54 55 56 2 ga_21
+ 54 55 57 2 ga_21
+ 56 55 57 2 ga_37
+ 53 58 59 2 ga_29
+ 53 58 60 2 ga_18
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+ 63 62 64 2 ga_12
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+ 65 64 66 2 ga_32
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+ 66 70 69 2 ga_12
+ 67 71 72 2 ga_29
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+ 76 75 88 2 ga_12
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+ 76 77 80 2 ga_26
+ 78 77 80 2 ga_26
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+ 77 78 82 2 ga_26
+ 79 78 82 2 ga_24
+ 77 80 81 2 ga_24
+ 77 80 84 2 ga_26
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+ 78 82 83 2 ga_24
+ 78 82 86 2 ga_26
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+ 80 84 86 2 ga_26
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+ 93 92 97 2 ga_12
+ 92 93 94 2 ga_12
+ 92 93 96 2 ga_14
+ 94 93 96 2 ga_14
+ 93 94 95 2 ga_11
+ 92 97 98 2 ga_29
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+ 97 99 100 2 ga_31
+ 97 99 101 2 ga_30
+ 100 99 101 2 ga_17
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+ 103 102 104 2 ga_14
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+ 108 110 111 2 ga_12
+ 108 110 118 2 ga_12
+ 111 110 118 2 ga_12
+ 110 111 112 2 ga_14
+ 111 112 113 2 ga_36
+ 111 112 114 2 ga_36
+ 113 112 114 2 ga_6
+ 112 113 115 2 ga_6
+ 112 114 116 2 ga_6
+ 113 115 116 2 ga_6
+ 114 116 115 2 ga_6
+ 114 116 117 2 ga_35
+ 115 116 117 2 ga_35
+ 110 118 119 2 ga_29
+ 110 118 120 2 ga_18
+ 119 118 120 2 ga_32
+ 118 120 121 2 ga_31
+ 118 120 122 2 ga_30
+ 121 120 122 2 ga_17
+ 120 122 123 2 ga_12
+ 120 122 126 2 ga_12
+ 123 122 126 2 ga_12
+ 122 123 124 2 ga_14
+ 122 123 125 2 ga_14
+ 124 123 125 2 ga_14
+ 122 126 127 2 ga_29
+ 122 126 128 2 ga_18
+ 127 126 128 2 ga_32
+ 126 128 129 2 ga_31
+ 126 128 130 2 ga_30
+ 129 128 130 2 ga_17
+ 128 130 131 2 ga_12
+ 128 130 134 2 ga_12
+ 131 130 134 2 ga_12
+ 130 131 132 2 ga_15
+ 131 132 133 2 ga_2
+ 130 134 135 2 ga_29
+ 130 134 136 2 ga_18
+ 135 134 136 2 ga_32
+ 134 136 137 2 ga_31
+ 134 136 138 2 ga_30
+ 137 136 138 2 ga_17
+ 136 138 139 2 ga_12
+ 138 139 140 2 ga_29
+ 138 139 141 2 ga_18
+ 140 139 141 2 ga_32
+ 139 141 142 2 ga_31
+ 139 141 143 2 ga_30
+ 142 141 143 2 ga_17
+ 141 143 144 2 ga_12
+ 141 143 145 2 ga_12
+ 144 143 145 2 ga_12
+ 143 145 146 2 ga_29
+ 143 145 147 2 ga_18
+ 146 145 147 2 ga_32
+ 145 147 148 2 ga_30
+ 145 147 151 2 ga_30
+ 148 147 151 2 ga_20
+ 147 148 149 2 ga_12
+ 147 148 152 2 ga_12
+ 149 148 152 2 ga_12
+ 148 149 150 2 ga_12
+ 149 150 151 2 ga_12
+ 147 151 150 2 ga_12
+ 148 152 153 2 ga_21
+ 148 152 154 2 ga_21
+ 153 152 154 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 18 1 gd_19
+ 3 7 8 9 1 gd_17
+ 3 7 18 20 1 gd_20
+ 7 8 9 10 1 gd_17
+ 8 9 10 11 1 gd_17
+ 9 10 11 14 1 gd_17
+ 10 11 14 15 1 gd_14
+ 7 18 20 22 1 gd_4
+ 18 20 22 26 1 gd_19
+ 20 22 23 24 1 gd_17
+ 20 22 26 28 1 gd_20
+ 22 23 24 25 1 gd_12
+ 22 26 28 30 1 gd_4
+ 26 28 30 31 1 gd_19
+ 28 30 31 33 1 gd_20
+ 30 31 33 35 1 gd_4
+ 31 33 35 49 1 gd_19
+ 33 35 36 37 1 gd_17
+ 33 35 49 51 1 gd_20
+ 35 36 37 38 1 gd_20
+ 42 46 47 48 1 gd_2
+ 35 49 51 53 1 gd_4
+ 49 51 53 58 1 gd_19
+ 51 53 54 55 1 gd_17
+ 51 53 58 60 1 gd_20
+ 53 54 55 56 1 gd_20
+ 53 58 60 62 1 gd_4
+ 58 60 62 64 1 gd_19
+ 60 62 64 66 1 gd_20
+ 62 64 66 67 1 gd_4
+ 64 66 67 71 1 gd_19
+ 67 66 70 69 1 gd_19
+ 66 67 68 69 1 gd_17
+ 66 67 71 73 1 gd_20
+ 67 68 69 70 1 gd_17
+ 68 69 70 66 1 gd_17
+ 67 71 73 75 1 gd_4
+ 71 73 75 88 1 gd_19
+ 73 75 76 77 1 gd_17
+ 73 75 88 90 1 gd_20
+ 75 76 77 78 1 gd_20
+ 75 88 90 92 1 gd_4
+ 88 90 92 97 1 gd_19
+ 90 92 93 94 1 gd_17
+ 90 92 97 99 1 gd_20
+ 92 93 94 95 1 gd_12
+ 92 97 99 101 1 gd_4
+ 97 99 101 106 1 gd_19
+ 99 101 102 103 1 gd_17
+ 99 101 106 108 1 gd_20
+ 101 102 103 105 1 gd_17
+ 101 106 108 110 1 gd_4
+ 106 108 110 118 1 gd_19
+ 108 110 111 112 1 gd_17
+ 108 110 118 120 1 gd_20
+ 110 111 112 113 1 gd_20
+ 110 118 120 122 1 gd_4
+ 118 120 122 126 1 gd_19
+ 120 122 123 124 1 gd_17
+ 120 122 126 128 1 gd_20
+ 122 126 128 130 1 gd_4
+ 126 128 130 134 1 gd_19
+ 128 130 131 132 1 gd_17
+ 128 130 134 136 1 gd_20
+ 130 131 132 133 1 gd_13
+ 130 134 136 138 1 gd_4
+ 134 136 138 139 1 gd_19
+ 136 138 139 141 1 gd_20
+ 138 139 141 143 1 gd_4
+ 139 141 143 145 1 gd_19
+ 141 143 145 147 1 gd_20
+ 143 145 147 148 1 gd_4
+ 145 147 148 152 1 gd_19
+ 148 147 151 150 1 gd_19
+ 147 148 149 150 1 gd_17
+ 147 148 152 154 1 gd_20
+ 148 149 150 151 1 gd_17
+ 149 150 151 147 1 gd_17
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 18 8 2 gi_2
+ 18 7 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
+ 22 20 26 23 2 gi_2
+ 26 22 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 31 30 33 32 2 gi_1
+ 33 31 35 34 2 gi_1
+ 35 33 49 36 2 gi_2
+ 36 40 38 37 2 gi_1
+ 37 38 42 46 2 gi_1
+ 37 40 44 46 2 gi_1
+ 38 37 42 39 2 gi_1
+ 38 37 40 44 2 gi_1
+ 38 42 46 44 2 gi_1
+ 40 37 44 41 2 gi_1
+ 40 37 38 42 2 gi_1
+ 40 44 46 42 2 gi_1
+ 42 46 38 43 2 gi_1
+ 44 46 40 45 2 gi_1
+ 46 42 44 47 2 gi_1
+ 49 35 51 50 2 gi_1
+ 51 49 53 52 2 gi_1
+ 53 51 58 54 2 gi_2
+ 54 57 56 55 2 gi_1
+ 58 53 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 64 63 2 gi_2
+ 64 62 66 65 2 gi_1
+ 66 64 67 70 2 gi_1
+ 67 66 71 68 2 gi_2
+ 71 67 73 72 2 gi_1
+ 73 71 75 74 2 gi_1
+ 75 73 88 76 2 gi_2
+ 76 80 78 77 2 gi_1
+ 77 78 82 86 2 gi_1
+ 77 80 84 86 2 gi_1
+ 78 77 82 79 2 gi_1
+ 78 77 80 84 2 gi_1
+ 78 82 86 84 2 gi_1
+ 80 77 84 81 2 gi_1
+ 80 77 78 82 2 gi_1
+ 80 84 86 82 2 gi_1
+ 82 86 78 83 2 gi_1
+ 84 86 80 85 2 gi_1
+ 86 82 84 87 2 gi_1
+ 88 75 90 89 2 gi_1
+ 90 88 92 91 2 gi_1
+ 92 90 97 93 2 gi_2
+ 92 96 94 93 2 gi_2
+ 97 92 99 98 2 gi_1
+ 99 97 101 100 2 gi_1
+ 101 99 106 102 2 gi_2
+ 101 104 103 102 2 gi_2
+ 106 101 108 107 2 gi_1
+ 108 106 110 109 2 gi_1
+ 110 108 118 111 2 gi_2
+ 111 114 113 112 2 gi_1
+ 112 114 116 115 2 gi_1
+ 112 113 115 116 2 gi_1
+ 113 115 116 114 2 gi_1
+ 113 112 114 116 2 gi_1
+ 114 112 113 115 2 gi_1
+ 116 114 115 117 2 gi_1
+ 118 110 120 119 2 gi_1
+ 120 118 122 121 2 gi_1
+ 122 120 126 123 2 gi_2
+ 122 124 125 123 2 gi_2
+ 126 122 128 127 2 gi_1
+ 128 126 130 129 2 gi_1
+ 130 128 134 131 2 gi_2
+ 134 130 136 135 2 gi_1
+ 136 134 138 137 2 gi_1
+ 139 138 141 140 2 gi_1
+ 141 139 143 142 2 gi_1
+ 143 141 145 144 2 gi_2
+ 145 143 147 146 2 gi_1
+ 147 145 148 151 2 gi_1
+ 148 147 152 149 2 gi_2
+ 152 148 154 153 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 14 11 12 13 1
+ 15 11 12 13 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 21 20 18 22 2
+ 29 28 26 30 2
+ 34 33 31 35 2
+ 39 38 37 42 2
+ 41 40 37 44 2
+ 43 42 38 46 2
+ 45 44 40 46 2
+ 52 51 49 53 2
+ 61 60 58 62 2
+ 74 73 71 75 2
+ 79 78 77 82 2
+ 81 80 77 84 2
+ 83 82 78 86 2
+ 85 84 80 86 2
+ 87 86 82 84 2
+ 91 90 88 92 2
+ 100 99 97 101 2
+ 109 108 106 110 2
+ 117 116 114 115 2
+ 121 120 118 122 2
+ 129 128 126 130 2
+ 137 136 134 138 2
+ 142 141 139 143 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 16 11 12 13 -4
+ 17 11 12 13 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">168</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 34 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 34 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 34 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 34 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 34 ALA C 3 0.38 12.011
+ 8 O 34 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 9 N 35 VAL N 4 -0.28 14.0067
+ 10 H 35 VAL H 4 0.28 1.008
+ 11 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 12 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 13 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 14 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 15 C 35 VAL C 6 0.38 12.011
+ 16 O 35 VAL O 6 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 17 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 18 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 19 CH2 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 20 CH2 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 21 CH2 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 22 C 36 PRO C 10 0.38 12.011
+ 23 O 36 PRO O 10 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 37 GLY N 11 -0.28 14.0067
+ 25 H 37 GLY H 11 0.28 1.008
+ 26 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 27 C 37 GLY C 13 0.38 12.011
+ 28 O 37 GLY O 13 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 38 TYR N 14 -0.28 14.0067
+ 30 H 38 TYR H 14 0.28 1.008
+ 31 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 32 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 33 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 34 C 38 TYR CD1 16 -0.1 12.011
+ 35 HC 38 TYR HD1 16 0.1 1.008
+ 36 C 38 TYR CD2 17 -0.1 12.011
+ 37 HC 38 TYR HD2 17 0.1 1.008
+ 38 C 38 TYR CE1 18 -0.1 12.011
+ 39 HC 38 TYR HE1 18 0.1 1.008
+ 40 C 38 TYR CE2 19 -0.1 12.011
+ 41 HC 38 TYR HE2 19 0.1 1.008
+ 42 C 38 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 43 OA 38 TYR OH 20 -0.548 15.9994
+ 44 H 38 TYR HH 20 0.398 1.008
+ 45 C 38 TYR C 21 0.38 12.011
+ 46 O 38 TYR O 21 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 39 ASP N 22 -0.28 14.0067
+ 48 H 39 ASP H 22 0.28 1.008
+ 49 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 50 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 51 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 52 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 53 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 54 C 39 ASP C 25 0.38 12.011
+ 55 O 39 ASP O 25 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 56 N 40 LYS N 26 -0.28 14.0067
+ 57 H 40 LYS H 26 0.28 1.008
+ 58 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 59 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 60 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 61 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 63 NL 40 LYS NZ 29 0.129 14.0067
+ 64 H 40 LYS HZ1 29 0.248 1.008
+ 65 H 40 LYS HZ2 29 0.248 1.008
+ 66 H 40 LYS HZ3 29 0.248 1.008
+ 67 C 40 LYS C 30 0.38 12.011
+ 68 O 40 LYS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 69 N 41 ILE N 31 -0.28 14.0067
+ 70 H 41 ILE H 31 0.28 1.008
+ 71 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 72 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 73 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 74 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 75 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 76 C 41 ILE C 34 0.38 12.011
+ 77 O 41 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 78 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 79 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 80 CH2 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 81 CH2 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 82 CH2 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 83 C 42 PRO C 38 0.38 12.011
+ 84 O 42 PRO O 38 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 85 N 43 ASP N 39 -0.28 14.0067
+ 86 H 43 ASP H 39 0.28 1.008
+ 87 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 88 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 89 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 90 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 91 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 92 C 43 ASP C 42 0.38 12.011
+ 93 O 43 ASP O 42 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 94 N 44 TYR N 43 -0.28 14.0067
+ 95 H 44 TYR H 43 0.28 1.008
+ 96 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
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+ 98 C 44 TYR CG 44 0 12.011
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+ 100 HC 44 TYR HD1 45 0.1 1.008
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+ 102 HC 44 TYR HD2 46 0.1 1.008
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+ 110 C 44 TYR C 50 0.38 12.011
+ 111 O 44 TYR O 50 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 112 N 45 HIS N 51 -0.28 14.0067
+ 113 H 45 HIS H 51 0.28 1.008
+ 114 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
+ 115 CH2 45 HIS CB 52 0 14.027
+ 116 C 45 HIS CG 53 0.13 12.011
+ 117 NR 45 HIS ND1 53 -0.58 14.0067
+ 118 CR1 45 HIS CD2 53 0 13.019
+ 119 CR1 45 HIS CE1 53 0.26 13.019
+ 120 NR 45 HIS NE2 53 0 14.0067
+ 121 H 45 HIS HE2 53 0.19 1.008
+ 122 C 45 HIS C 54 0.38 12.011
+ 123 O 45 HIS O 54 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 124 N 46 MET N 55 -0.28 14.0067
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+ 126 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
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+ 130 CH3 46 MET CE 57 0 15.035
+ 131 C 46 MET C 58 0.38 12.011
+ 132 O 46 MET O 58 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 133 N 47 TRP N 59 -0.28 14.0067
+ 134 H 47 TRP H 59 0.28 1.008
+ 135 CH1 47 TRP CA 60 0 13.019
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+ 153 O 47 TRP O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
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+ 160 C 48 VAL C 69 0.38 12.011
+ 161 O 48 VAL O 69 -0.38 15.9994 ; qtot 0
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+ 168 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
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+
+[ pairs ]
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+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+ 158 157 159 2 ga_14
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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+ 101 105 107 103 2 gi_1
+ 103 107 99 104 2 gi_1
+ 105 107 101 106 2 gi_1
+ 107 103 105 108 2 gi_1
+ 110 96 112 111 2 gi_1
+ 112 110 114 113 2 gi_1
+ 114 112 122 115 2 gi_2
+ 115 118 117 116 2 gi_1
+ 116 118 120 119 2 gi_1
+ 116 117 119 120 2 gi_1
+ 117 119 120 118 2 gi_1
+ 117 116 118 120 2 gi_1
+ 118 116 117 119 2 gi_1
+ 120 118 119 121 2 gi_1
+ 122 114 124 123 2 gi_1
+ 124 122 126 125 2 gi_1
+ 126 124 131 127 2 gi_2
+ 131 126 133 132 2 gi_1
+ 133 131 135 134 2 gi_1
+ 135 133 152 136 2 gi_2
+ 136 140 138 137 2 gi_1
+ 137 144 143 140 2 gi_1
+ 137 140 143 141 2 gi_1
+ 137 138 141 143 2 gi_1
+ 138 137 141 139 2 gi_1
+ 138 141 143 140 2 gi_1
+ 138 137 140 143 2 gi_1
+ 140 137 138 141 2 gi_1
+ 140 143 146 150 2 gi_1
+ 140 144 148 150 2 gi_1
+ 141 138 143 142 2 gi_1
+ 141 146 140 143 2 gi_1
+ 143 140 144 148 2 gi_1
+ 143 146 150 148 2 gi_1
+ 144 140 148 145 2 gi_1
+ 144 140 143 146 2 gi_1
+ 144 148 150 146 2 gi_1
+ 146 143 150 147 2 gi_1
+ 148 144 150 149 2 gi_1
+ 150 146 148 151 2 gi_1
+ 152 135 154 153 2 gi_1
+ 154 152 156 155 2 gi_1
+ 156 154 160 157 2 gi_2
+ 156 158 159 157 2 gi_2
+ 160 156 162 161 2 gi_1
+ 162 160 164 163 2 gi_1
+ 164 162 166 165 2 gi_2
+ 166 164 168 167 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">150</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 NL 50 LYS N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 50 LYS H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 50 LYS H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 50 LYS H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 7 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 8 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 10 NL 50 LYS NZ 4 0.129 14.0067
+ 11 H 50 LYS HZ1 4 0.248 1.008
+ 12 H 50 LYS HZ2 4 0.248 1.008
+ 13 H 50 LYS HZ3 4 0.248 1.008
+ 14 C 50 LYS C 5 0.38 12.011
+ 15 O 50 LYS O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 16 N 51 SER N 6 -0.28 14.0067
+ 17 H 51 SER H 6 0.28 1.008
+ 18 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 19 CH2 51 SER CB 8 0.15 14.027
+ 20 OA 51 SER OG 8 -0.548 15.9994
+ 21 H 51 SER HG 8 0.398 1.008
+ 22 C 51 SER C 9 0.38 12.011
+ 23 O 51 SER O 9 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 52 GLY N 10 -0.28 14.0067
+ 25 H 52 GLY H 10 0.28 1.008
+ 26 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 27 C 52 GLY C 12 0.38 12.011
+ 28 O 52 GLY O 12 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 53 TYR N 13 -0.28 14.0067
+ 30 H 53 TYR H 13 0.28 1.008
+ 31 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 32 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 33 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 34 C 53 TYR CD1 15 -0.1 12.011
+ 35 HC 53 TYR HD1 15 0.1 1.008
+ 36 C 53 TYR CD2 16 -0.1 12.011
+ 37 HC 53 TYR HD2 16 0.1 1.008
+ 38 C 53 TYR CE1 17 -0.1 12.011
+ 39 HC 53 TYR HE1 17 0.1 1.008
+ 40 C 53 TYR CE2 18 -0.1 12.011
+ 41 HC 53 TYR HE2 18 0.1 1.008
+ 42 C 53 TYR CZ 19 0.15 12.011
+ 43 OA 53 TYR OH 19 -0.548 15.9994
+ 44 H 53 TYR HH 19 0.398 1.008
+ 45 C 53 TYR C 20 0.38 12.011
+ 46 O 53 TYR O 20 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 54 ASP N 21 -0.28 14.0067
+ 48 H 54 ASP H 21 0.28 1.008
+ 49 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 50 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 51 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 52 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 53 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 54 C 54 ASP C 24 0.38 12.011
+ 55 O 54 ASP O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 56 N 55 ALA N 25 -0.28 14.0067
+ 57 H 55 ALA H 25 0.28 1.008
+ 58 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 59 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 60 C 55 ALA C 27 0.38 12.011
+ 61 O 55 ALA O 27 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 62 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 63 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 64 CH2 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 65 CH2 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 66 CH2 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 67 C 56 PRO C 31 0.38 12.011
+ 68 O 56 PRO O 31 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 69 N 57 PHE N 32 -0.28 14.0067
+ 70 H 57 PHE H 32 0.28 1.008
+ 71 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 72 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 73 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 74 C 57 PHE CD1 34 -0.1 12.011
+ 75 HC 57 PHE HD1 34 0.1 1.008
+ 76 C 57 PHE CD2 35 -0.1 12.011
+ 77 HC 57 PHE HD2 35 0.1 1.008
+ 78 C 57 PHE CE1 36 -0.1 12.011
+ 79 HC 57 PHE HE1 36 0.1 1.008
+ 80 C 57 PHE CE2 37 -0.1 12.011
+ 81 HC 57 PHE HE2 37 0.1 1.008
+ 82 C 57 PHE CZ 38 -0.1 12.011
+ 83 HC 57 PHE HZ 38 0.1 1.008
+ 84 C 57 PHE C 39 0.38 12.011
+ 85 O 57 PHE O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 86 N 58 THR N 40 -0.28 14.0067
+ 87 H 58 THR H 40 0.28 1.008
+ 88 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 89 CH1 58 THR CB 42 0.15 13.019
+ 90 OA 58 THR OG1 42 -0.548 15.9994
+ 91 H 58 THR HG1 42 0.398 1.008
+ 92 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 93 C 58 THR C 44 0.38 12.011
+ 94 O 58 THR O 44 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 N 59 ILE N 45 -0.28 14.0067
+ 96 H 59 ILE H 45 0.28 1.008
+ 97 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 98 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 99 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 100 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 101 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 102 C 59 ILE C 48 0.38 12.011
+ 103 O 59 ILE O 48 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 104 N 60 HIS N 49 -0.28 14.0067
+ 105 H 60 HIS H 49 0.28 1.008
+ 106 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 107 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 108 C 60 HIS CG 51 0.13 12.011
+ 109 NR 60 HIS ND1 51 -0.58 14.0067
+ 110 CR1 60 HIS CD2 51 0 13.019
+ 111 CR1 60 HIS CE1 51 0.26 13.019
+ 112 NR 60 HIS NE2 51 0 14.0067
+ 113 H 60 HIS HE2 51 0.19 1.008
+ 114 C 60 HIS C 52 0.38 12.011
+ 115 O 60 HIS O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 116 N 61 VAL N 53 -0.28 14.0067
+ 117 H 61 VAL H 53 0.28 1.008
+ 118 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 119 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 120 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 121 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 122 C 61 VAL C 55 0.38 12.011
+ 123 O 61 VAL O 55 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 124 N 62 CYS N 56 -0.28 14.0067
+ 125 H 62 CYS H 56 0.28 1.008
+ 126 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 127 CH2 62 CYS CB 57 0 14.027
+ 128 S 62 CYS SG 58 -0.064 32.06
+ 129 H 62 CYS HG 58 0.064 1.008
+ 130 C 62 CYS C 59 0.38 12.011
+ 131 O 62 CYS O 59 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 132 N 63 GLY N 60 -0.28 14.0067
+ 133 H 63 GLY H 60 0.28 1.008
+ 134 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 135 C 63 GLY C 62 0.38 12.011
+ 136 O 63 GLY O 62 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 137 N 64 ALA N 63 -0.28 14.0067
+ 138 H 64 ALA H 63 0.28 1.008
+ 139 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 140 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 141 C 64 ALA C 65 0.38 12.011
+ 142 O 64 ALA O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 143 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 144 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 145 CH2 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 146 CH2 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 147 CH2 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 148 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 149 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 150 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_20
+ 5 6 2 gb_26
+ 5 14 2 gb_26
+ 6 7 2 gb_26
+ 7 8 2 gb_26
+ 8 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_20
+ 10 11 2 gb_2
+ 10 12 2 gb_2
+ 10 13 2 gb_2
+ 14 15 2 gb_4
+ 14 16 2 gb_9
+ 16 17 2 gb_2
+ 16 18 2 gb_20
+ 18 19 2 gb_26
+ 18 22 2 gb_26
+ 19 20 2 gb_17
+ 20 21 2 gb_1
+ 22 23 2 gb_4
+ 22 24 2 gb_9
+ 24 25 2 gb_2
+ 24 26 2 gb_20
+ 26 27 2 gb_26
+ 27 28 2 gb_4
+ 27 29 2 gb_9
+ 29 30 2 gb_2
+ 29 31 2 gb_20
+ 31 32 2 gb_26
+ 31 45 2 gb_26
+ 32 33 2 gb_26
+ 33 34 2 gb_15
+ 33 36 2 gb_15
+ 34 35 2 gb_3
+ 34 38 2 gb_15
+ 36 37 2 gb_3
+ 36 40 2 gb_15
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_15
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 42 2 gb_15
+ 42 43 2 gb_12
+ 43 44 2 gb_1
+ 45 46 2 gb_4
+ 45 47 2 gb_9
+ 47 48 2 gb_2
+ 47 49 2 gb_20
+ 49 50 2 gb_26
+ 49 54 2 gb_26
+ 50 51 2 gb_26
+ 51 52 2 gb_5
+ 51 53 2 gb_5
+ 54 55 2 gb_4
+ 54 56 2 gb_9
+ 56 57 2 gb_2
+ 56 58 2 gb_20
+ 58 59 2 gb_26
+ 58 60 2 gb_26
+ 60 61 2 gb_4
+ 60 62 2 gb_9
+ 62 63 2 gb_20
+ 62 66 2 gb_20
+ 63 64 2 gb_26
+ 63 67 2 gb_26
+ 64 65 2 gb_26
+ 65 66 2 gb_26
+ 67 68 2 gb_4
+ 67 69 2 gb_9
+ 69 70 2 gb_2
+ 69 71 2 gb_20
+ 71 72 2 gb_26
+ 71 84 2 gb_26
+ 72 73 2 gb_26
+ 73 74 2 gb_15
+ 73 76 2 gb_15
+ 74 75 2 gb_3
+ 74 78 2 gb_15
+ 76 77 2 gb_3
+ 76 80 2 gb_15
+ 78 79 2 gb_3
+ 78 82 2 gb_15
+ 80 81 2 gb_3
+ 80 82 2 gb_15
+ 82 83 2 gb_3
+ 84 85 2 gb_4
+ 84 86 2 gb_9
+ 86 87 2 gb_2
+ 86 88 2 gb_20
+ 88 89 2 gb_26
+ 88 93 2 gb_26
+ 89 90 2 gb_17
+ 89 92 2 gb_26
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+ 93 94 2 gb_4
+ 93 95 2 gb_9
+ 95 96 2 gb_2
+ 95 97 2 gb_20
+ 97 98 2 gb_26
+ 97 102 2 gb_26
+ 98 99 2 gb_26
+ 98 100 2 gb_26
+ 99 101 2 gb_26
+ 102 103 2 gb_4
+ 102 104 2 gb_9
+ 104 105 2 gb_2
+ 104 106 2 gb_20
+ 106 107 2 gb_26
+ 106 114 2 gb_26
+ 107 108 2 gb_26
+ 108 109 2 gb_9
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+ 110 112 2 gb_9
+ 111 112 2 gb_9
+ 112 113 2 gb_2
+ 114 115 2 gb_4
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+ 118 119 2 gb_26
+ 118 122 2 gb_26
+ 119 120 2 gb_26
+ 119 121 2 gb_26
+ 122 123 2 gb_4
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+ 124 125 2 gb_2
+ 124 126 2 gb_20
+ 126 127 2 gb_26
+ 126 130 2 gb_26
+ 127 128 2 gb_30
+ 128 129 2 gb_7
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+[ angles ]
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+ 64 65 66 2 ga_12
+ 62 66 65 2 ga_12
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+ 143 147 146 2 ga_12
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+
+[ dihedrals ]
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+ 5 6 7 8 1 gd_17
+ 6 7 8 9 1 gd_17
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+ 8 9 10 11 1 gd_14
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+ 45 47 49 54 1 gd_19
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+ 49 50 51 52 1 gd_20
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+ 67 69 71 84 1 gd_19
+ 69 71 72 73 1 gd_17
+ 69 71 84 86 1 gd_20
+ 71 72 73 74 1 gd_20
+ 71 84 86 88 1 gd_4
+ 84 86 88 93 1 gd_19
+ 86 88 89 90 1 gd_17
+ 86 88 93 95 1 gd_20
+ 88 89 90 91 1 gd_12
+ 88 93 95 97 1 gd_4
+ 93 95 97 102 1 gd_19
+ 95 97 98 99 1 gd_17
+ 95 97 102 104 1 gd_20
+ 97 98 99 101 1 gd_17
+ 97 102 104 106 1 gd_4
+ 102 104 106 114 1 gd_19
+ 104 106 107 108 1 gd_17
+ 104 106 114 116 1 gd_20
+ 106 107 108 109 1 gd_20
+ 106 114 116 118 1 gd_4
+ 114 116 118 122 1 gd_19
+ 116 118 119 120 1 gd_17
+ 116 118 122 124 1 gd_20
+ 118 122 124 126 1 gd_4
+ 122 124 126 130 1 gd_19
+ 124 126 127 128 1 gd_17
+ 124 126 130 132 1 gd_20
+ 126 127 128 129 1 gd_13
+ 126 130 132 134 1 gd_4
+ 130 132 134 135 1 gd_19
+ 132 134 135 137 1 gd_20
+ 134 135 137 139 1 gd_4
+ 135 137 139 141 1 gd_19
+ 137 139 141 143 1 gd_20
+ 139 141 143 144 1 gd_4
+ 141 143 144 148 1 gd_19
+ 144 143 147 146 1 gd_19
+ 143 144 145 146 1 gd_17
+ 143 144 148 150 1 gd_20
+ 144 145 146 147 1 gd_17
+ 145 146 147 143 1 gd_17
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 14 6 2 gi_2
+ 14 5 16 15 2 gi_1
+ 16 14 18 17 2 gi_1
+ 18 16 22 19 2 gi_2
+ 22 18 24 23 2 gi_1
+ 24 22 26 25 2 gi_1
+ 27 26 29 28 2 gi_1
+ 29 27 31 30 2 gi_1
+ 31 29 45 32 2 gi_2
+ 32 36 34 33 2 gi_1
+ 33 34 38 42 2 gi_1
+ 33 36 40 42 2 gi_1
+ 34 33 38 35 2 gi_1
+ 34 33 36 40 2 gi_1
+ 34 38 42 40 2 gi_1
+ 36 33 40 37 2 gi_1
+ 36 33 34 38 2 gi_1
+ 36 40 42 38 2 gi_1
+ 38 42 34 39 2 gi_1
+ 40 42 36 41 2 gi_1
+ 42 38 40 43 2 gi_1
+ 45 31 47 46 2 gi_1
+ 47 45 49 48 2 gi_1
+ 49 47 54 50 2 gi_2
+ 50 53 52 51 2 gi_1
+ 54 49 56 55 2 gi_1
+ 56 54 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_2
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 63 66 2 gi_1
+ 63 62 67 64 2 gi_2
+ 67 63 69 68 2 gi_1
+ 69 67 71 70 2 gi_1
+ 71 69 84 72 2 gi_2
+ 72 76 74 73 2 gi_1
+ 73 74 78 82 2 gi_1
+ 73 76 80 82 2 gi_1
+ 74 73 78 75 2 gi_1
+ 74 73 76 80 2 gi_1
+ 74 78 82 80 2 gi_1
+ 76 73 80 77 2 gi_1
+ 76 73 74 78 2 gi_1
+ 76 80 82 78 2 gi_1
+ 78 82 74 79 2 gi_1
+ 80 82 76 81 2 gi_1
+ 82 78 80 83 2 gi_1
+ 84 71 86 85 2 gi_1
+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 93 89 2 gi_2
+ 88 92 90 89 2 gi_2
+ 93 88 95 94 2 gi_1
+ 95 93 97 96 2 gi_1
+ 97 95 102 98 2 gi_2
+ 97 100 99 98 2 gi_2
+ 102 97 104 103 2 gi_1
+ 104 102 106 105 2 gi_1
+ 106 104 114 107 2 gi_2
+ 107 110 109 108 2 gi_1
+ 108 110 112 111 2 gi_1
+ 108 109 111 112 2 gi_1
+ 109 111 112 110 2 gi_1
+ 109 108 110 112 2 gi_1
+ 110 108 109 111 2 gi_1
+ 112 110 111 113 2 gi_1
+ 114 106 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 122 119 2 gi_2
+ 118 120 121 119 2 gi_2
+ 122 118 124 123 2 gi_1
+ 124 122 126 125 2 gi_1
+ 126 124 130 127 2 gi_2
+ 130 126 132 131 2 gi_1
+ 132 130 134 133 2 gi_1
+ 135 134 137 136 2 gi_1
+ 137 135 139 138 2 gi_1
+ 139 137 141 140 2 gi_2
+ 141 139 143 142 2 gi_1
+ 143 141 144 147 2 gi_1
+ 144 143 148 145 2 gi_2
+ 148 144 150 149 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">169</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 2 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 2 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 2 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 2 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 2 ALA C 3 0.38 12.011
+ 10 O 2 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 11 N 3 CYS N 4 -0.28 15.0147
+ 12 H 3 CYS H 4 0.28 0
+ 13 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 14 CH2 3 CYS CB 5 0 14.027
+ 15 S 3 CYS SG 6 -0.064 32.06
+ 16 H 3 CYS HG 6 0.064 1.008
+ 17 C 3 CYS C 7 0.38 12.011
+ 18 O 3 CYS O 7 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 19 N 4 ASP N 8 -0.28 15.0147
+ 20 H 4 ASP H 8 0.28 0
+ 21 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 22 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 23 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 24 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 25 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 26 C 4 ASP C 11 0.38 12.011
+ 27 O 4 ASP O 11 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 28 N 5 GLU N 12 -0.28 15.0147
+ 29 H 5 GLU H 12 0.28 0
+ 30 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 31 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 32 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 33 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 34 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 35 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 36 C 5 GLU C 15 0.38 12.011
+ 37 O 5 GLU O 15 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 38 N 6 PHE N 16 -0.28 15.0147
+ 39 H 6 PHE H 16 0.28 0
+ 40 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 41 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 42 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 43 C 6 PHE CD1 18 -0.1 13.019
+ 44 HC 6 PHE HD1 18 0.1 0
+ 45 C 6 PHE CD2 19 -0.1 13.019
+ 46 HC 6 PHE HD2 19 0.1 0
+ 47 C 6 PHE CE1 20 -0.1 13.019
+ 48 HC 6 PHE HE1 20 0.1 0
+ 49 C 6 PHE CE2 21 -0.1 13.019
+ 50 HC 6 PHE HE2 21 0.1 0
+ 51 C 6 PHE CZ 22 -0.1 13.019
+ 52 HC 6 PHE HZ 22 0.1 0
+ 53 C 6 PHE C 23 0.38 12.011
+ 54 O 6 PHE O 23 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 55 N 7 GLY N 24 -0.28 15.0147
+ 56 H 7 GLY H 24 0.28 0
+ 57 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 58 C 7 GLY C 26 0.38 12.011
+ 59 O 7 GLY O 26 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 60 N 8 HIS N 27 -0.28 15.0147
+ 61 H 8 HIS H 27 0.28 0
+ 62 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 63 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 64 C 8 HIS CG 29 0.13 12.011
+ 65 NR 8 HIS ND1 29 -0.58 14.0067
+ 66 CR1 8 HIS CD2 29 0 13.019
+ 67 CR1 8 HIS CE1 29 0.26 13.019
+ 68 NR 8 HIS NE2 29 0 15.0147
+ 69 H 8 HIS HE2 29 0.19 0
+ 70 C 8 HIS C 30 0.38 12.011
+ 71 O 8 HIS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 72 N 9 ILE N 31 -0.28 15.0147
+ 73 H 9 ILE H 31 0.28 0
+ 74 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 75 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 76 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 77 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 78 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 79 C 9 ILE C 34 0.38 12.011
+ 80 O 9 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 81 N 10 LYS N 35 -0.28 15.0147
+ 82 H 10 LYS H 35 0.28 0
+ 83 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 84 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 85 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 86 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 87 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 88 MNH3 10 LYS MNZ1 38 0 8.51535
+ 89 MNH3 10 LYS MNZ2 38 0 8.51535
+ 90 NL 10 LYS NZ 38 0.129 0
+ 91 H 10 LYS HZ1 38 0.248 0
+ 92 H 10 LYS HZ2 38 0.248 0
+ 93 H 10 LYS HZ3 38 0.248 0
+ 94 C 10 LYS C 39 0.38 12.011
+ 95 O 10 LYS O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 96 N 11 LEU N 40 -0.28 15.0147
+ 97 H 11 LEU H 40 0.28 0
+ 98 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 99 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 100 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 101 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
+ 102 CH3 11 LEU CD2 42 0 15.035
+ 103 C 11 LEU C 43 0.38 12.011
+ 104 O 11 LEU O 43 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 105 N 12 MET N 44 -0.28 15.0147
+ 106 H 12 MET H 44 0.28 0
+ 107 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 108 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 109 CH2 12 MET CG 45 0 14.027
+ 110 S 12 MET SD 46 0 32.06
+ 111 CH3 12 MET CE 46 0 15.035
+ 112 C 12 MET C 47 0.38 12.011
+ 113 O 12 MET O 47 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 114 N 13 ASN N 48 -0.28 15.0147
+ 115 H 13 ASN H 48 0.28 0
+ 116 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 117 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 118 C 13 ASN CG 50 0.38 12.011
+ 119 O 13 ASN OD1 50 -0.38 15.9994
+ 120 NT 13 ASN ND2 51 -0.83 16.0227
+ 121 H 13 ASN HD21 51 0.415 0
+ 122 H 13 ASN HD22 51 0.415 0
+ 123 C 13 ASN C 52 0.38 12.011
+ 124 O 13 ASN O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 125 N 14 PRO N 53 0 14.0067
+ 126 CH1 14 PRO CA 54 0 13.019
+ 127 CH2 14 PRO CB 54 0 14.027
+ 128 CH2 14 PRO CG 55 0 14.027
+ 129 CH2 14 PRO CD 55 0 14.027
+ 130 C 14 PRO C 56 0.38 12.011
+ 131 O 14 PRO O 56 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 132 N 15 GLN N 57 -0.28 15.0147
+ 133 H 15 GLN H 57 0.28 0
+ 134 CH1 15 GLN CA 58 0 13.019
+ 135 CH2 15 GLN CB 58 0 14.027
+ 136 CH2 15 GLN CG 58 0 14.027
+ 137 C 15 GLN CD 59 0.38 12.011
+ 138 O 15 GLN OE1 59 -0.38 15.9994
+ 139 NT 15 GLN NE2 60 -0.83 16.0227
+ 140 H 15 GLN HE21 60 0.415 0
+ 141 H 15 GLN HE22 60 0.415 0
+ 142 C 15 GLN C 61 0.38 12.011
+ 143 O 15 GLN O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 144 N 16 ARG N 62 -0.28 15.0147
+ 145 H 16 ARG H 62 0.28 0
+ 146 CH1 16 ARG CA 63 0 13.019
+ 147 CH2 16 ARG CB 63 0 14.027
+ 148 CH2 16 ARG CG 63 0 14.027
+ 149 CH2 16 ARG CD 64 0.09 14.027
+ 150 NE 16 ARG NE 64 -0.11 15.0147
+ 151 H 16 ARG HE 64 0.24 0
+ 152 C 16 ARG CZ 64 0.34 12.011
+ 153 NZ 16 ARG NH1 64 -0.26 16.0227
+ 154 H 16 ARG HH11 64 0.24 0
+ 155 H 16 ARG HH12 64 0.24 0
+ 156 NZ 16 ARG NH2 64 -0.26 16.0227
+ 157 H 16 ARG HH21 64 0.24 0
+ 158 H 16 ARG HH22 64 0.24 0
+ 159 C 16 ARG C 65 0.38 12.011
+ 160 O 16 ARG O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 161 N 17 SER N 66 -0.28 15.0147
+ 162 H 17 SER H 66 0.28 0
+ 163 CH1 17 SER CA 67 0 13.019
+ 164 CH2 17 SER CB 68 0.15 14.027
+ 165 OA 17 SER OG 68 -0.548 15.9994
+ 166 H 17 SER HG 68 0.398 1.008
+ 167 C 17 SER C 69 0.27 12.011
+ 168 OM 17 SER O1 69 -0.635 15.9994
+ 169 OM 17 SER O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
+ 7 8 2 gb_26
+ 7 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_4
+ 9 11 2 gb_9
+ 11 12 2 gb_2
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+ 13 14 2 gb_26
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+[ pairs ]
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+ 165 167 1
+
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+ 94 96 97 2 ga_31
+ 94 96 98 2 ga_30
+ 97 96 98 2 ga_17
+ 96 98 99 2 ga_12
+ 96 98 103 2 ga_12
+ 99 98 103 2 ga_12
+ 98 99 100 2 ga_14
+ 99 100 101 2 ga_14
+ 99 100 102 2 ga_14
+ 101 100 102 2 ga_14
+ 98 103 104 2 ga_29
+ 98 103 105 2 ga_18
+ 104 103 105 2 ga_32
+ 103 105 106 2 ga_31
+ 103 105 107 2 ga_30
+ 106 105 107 2 ga_17
+ 105 107 108 2 ga_12
+ 105 107 112 2 ga_12
+ 108 107 112 2 ga_12
+ 107 108 109 2 ga_14
+ 108 109 110 2 ga_15
+ 109 110 111 2 ga_3
+ 107 112 113 2 ga_29
+ 107 112 114 2 ga_18
+ 113 112 114 2 ga_32
+ 112 114 115 2 ga_31
+ 112 114 116 2 ga_30
+ 115 114 116 2 ga_17
+ 114 116 117 2 ga_12
+ 114 116 123 2 ga_12
+ 117 116 123 2 ga_12
+ 116 117 118 2 ga_14
+ 117 118 119 2 ga_29
+ 117 118 120 2 ga_18
+ 119 118 120 2 ga_32
+ 118 120 121 2 ga_22
+ 118 120 122 2 ga_22
+ 121 120 122 2 ga_23
+ 116 123 124 2 ga_29
+ 116 123 125 2 ga_18
+ 124 123 125 2 ga_32
+ 123 125 126 2 ga_30
+ 123 125 129 2 ga_30
+ 126 125 129 2 ga_20
+ 125 126 127 2 ga_12
+ 125 126 130 2 ga_12
+ 127 126 130 2 ga_12
+ 126 127 128 2 ga_12
+ 127 128 129 2 ga_12
+ 125 129 128 2 ga_12
+ 126 130 131 2 ga_29
+ 126 130 132 2 ga_18
+ 131 130 132 2 ga_32
+ 130 132 133 2 ga_31
+ 130 132 134 2 ga_30
+ 133 132 134 2 ga_17
+ 132 134 135 2 ga_12
+ 132 134 142 2 ga_12
+ 135 134 142 2 ga_12
+ 134 135 136 2 ga_14
+ 135 136 137 2 ga_14
+ 136 137 138 2 ga_29
+ 136 137 139 2 ga_18
+ 138 137 139 2 ga_32
+ 137 139 140 2 ga_22
+ 137 139 141 2 ga_22
+ 140 139 141 2 ga_23
+ 134 142 143 2 ga_29
+ 134 142 144 2 ga_18
+ 143 142 144 2 ga_32
+ 142 144 145 2 ga_31
+ 142 144 146 2 ga_30
+ 145 144 146 2 ga_17
+ 144 146 147 2 ga_12
+ 144 146 159 2 ga_12
+ 147 146 159 2 ga_12
+ 146 147 148 2 ga_14
+ 147 148 149 2 ga_14
+ 148 149 150 2 ga_12
+ 149 150 151 2 ga_19
+ 149 150 152 2 ga_32
+ 151 150 152 2 ga_22
+ 150 152 153 2 ga_27
+ 150 152 156 2 ga_27
+ 153 152 156 2 ga_27
+ 152 153 154 2 ga_22
+ 152 153 155 2 ga_22
+ 154 153 155 2 ga_23
+ 152 156 157 2 ga_22
+ 152 156 158 2 ga_22
+ 157 156 158 2 ga_23
+ 146 159 160 2 ga_29
+ 146 159 161 2 ga_18
+ 160 159 161 2 ga_32
+ 159 161 162 2 ga_31
+ 159 161 163 2 ga_30
+ 162 161 163 2 ga_17
+ 161 163 164 2 ga_12
+ 161 163 167 2 ga_12
+ 164 163 167 2 ga_12
+ 163 164 165 2 ga_12
+ 164 165 166 2 ga_11
+ 163 167 168 2 ga_21
+ 163 167 169 2 ga_21
+ 168 167 169 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 9 1 gd_19
+ 3 7 9 11 1 gd_20
+ 7 9 11 13 1 gd_4
+ 9 11 13 17 1 gd_19
+ 11 13 14 15 1 gd_17
+ 11 13 17 19 1 gd_20
+ 13 14 15 16 1 gd_13
+ 13 17 19 21 1 gd_4
+ 17 19 21 26 1 gd_19
+ 19 21 22 23 1 gd_17
+ 19 21 26 28 1 gd_20
+ 21 22 23 24 1 gd_20
+ 21 26 28 30 1 gd_4
+ 26 28 30 36 1 gd_19
+ 28 30 31 32 1 gd_17
+ 28 30 36 38 1 gd_20
+ 30 31 32 33 1 gd_17
+ 31 32 33 35 1 gd_20
+ 30 36 38 40 1 gd_4
+ 36 38 40 53 1 gd_19
+ 38 40 41 42 1 gd_17
+ 38 40 53 55 1 gd_20
+ 40 41 42 43 1 gd_20
+ 40 53 55 57 1 gd_4
+ 53 55 57 58 1 gd_19
+ 55 57 58 60 1 gd_20
+ 57 58 60 62 1 gd_4
+ 58 60 62 70 1 gd_19
+ 60 62 63 64 1 gd_17
+ 60 62 70 72 1 gd_20
+ 62 63 64 65 1 gd_20
+ 62 70 72 74 1 gd_4
+ 70 72 74 79 1 gd_19
+ 72 74 75 76 1 gd_17
+ 72 74 79 81 1 gd_20
+ 74 75 76 78 1 gd_17
+ 74 79 81 83 1 gd_4
+ 79 81 83 94 1 gd_19
+ 81 83 84 85 1 gd_17
+ 81 83 94 96 1 gd_20
+ 83 84 85 86 1 gd_17
+ 84 85 86 87 1 gd_17
+ 85 86 87 90 1 gd_17
+ 86 87 90 91 1 gd_14
+ 83 94 96 98 1 gd_4
+ 94 96 98 103 1 gd_19
+ 96 98 99 100 1 gd_17
+ 96 98 103 105 1 gd_20
+ 98 99 100 101 1 gd_17
+ 98 103 105 107 1 gd_4
+ 103 105 107 112 1 gd_19
+ 105 107 108 109 1 gd_17
+ 105 107 112 114 1 gd_20
+ 107 108 109 110 1 gd_17
+ 108 109 110 111 1 gd_13
+ 107 112 114 116 1 gd_4
+ 112 114 116 123 1 gd_19
+ 114 116 117 118 1 gd_17
+ 114 116 123 125 1 gd_20
+ 116 117 118 120 1 gd_20
+ 117 118 120 121 1 gd_4
+ 116 123 125 126 1 gd_4
+ 123 125 126 130 1 gd_19
+ 126 125 129 128 1 gd_19
+ 125 126 127 128 1 gd_17
+ 125 126 130 132 1 gd_20
+ 126 127 128 129 1 gd_17
+ 127 128 129 125 1 gd_17
+ 126 130 132 134 1 gd_4
+ 130 132 134 142 1 gd_19
+ 132 134 135 136 1 gd_17
+ 132 134 142 144 1 gd_20
+ 134 135 136 137 1 gd_17
+ 135 136 137 139 1 gd_20
+ 136 137 139 140 1 gd_4
+ 134 142 144 146 1 gd_4
+ 142 144 146 159 1 gd_19
+ 144 146 147 148 1 gd_17
+ 144 146 159 161 1 gd_20
+ 146 147 148 149 1 gd_17
+ 147 148 149 150 1 gd_17
+ 148 149 150 152 1 gd_19
+ 149 150 152 153 1 gd_4
+ 150 152 153 154 1 gd_4
+ 150 152 156 157 1 gd_4
+ 146 159 161 163 1 gd_4
+ 159 161 163 167 1 gd_19
+ 161 163 164 165 1 gd_17
+ 161 163 167 169 1 gd_20
+ 163 164 165 166 1 gd_12
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 21 20 2 gi_1
+ 21 19 26 22 2 gi_2
+ 22 25 24 23 2 gi_1
+ 26 21 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 30 28 36 31 2 gi_2
+ 32 35 34 33 2 gi_1
+ 36 30 38 37 2 gi_1
+ 38 36 40 39 2 gi_1
+ 40 38 53 41 2 gi_2
+ 41 45 43 42 2 gi_1
+ 42 43 47 51 2 gi_1
+ 42 45 49 51 2 gi_1
+ 43 42 47 44 2 gi_1
+ 43 42 45 49 2 gi_1
+ 43 47 51 49 2 gi_1
+ 45 42 49 46 2 gi_1
+ 45 42 43 47 2 gi_1
+ 45 49 51 47 2 gi_1
+ 47 51 43 48 2 gi_1
+ 49 51 45 50 2 gi_1
+ 51 47 49 52 2 gi_1
+ 53 40 55 54 2 gi_1
+ 55 53 57 56 2 gi_1
+ 58 57 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 70 63 2 gi_2
+ 63 66 65 64 2 gi_1
+ 64 66 68 67 2 gi_1
+ 64 65 67 68 2 gi_1
+ 65 67 68 66 2 gi_1
+ 65 64 66 68 2 gi_1
+ 66 64 65 67 2 gi_1
+ 68 66 67 69 2 gi_1
+ 70 62 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 79 75 2 gi_2
+ 74 77 76 75 2 gi_2
+ 79 74 81 80 2 gi_1
+ 81 79 83 82 2 gi_1
+ 83 81 94 84 2 gi_2
+ 94 83 96 95 2 gi_1
+ 96 94 98 97 2 gi_1
+ 98 96 103 99 2 gi_2
+ 99 101 102 100 2 gi_2
+ 103 98 105 104 2 gi_1
+ 105 103 107 106 2 gi_1
+ 107 105 112 108 2 gi_2
+ 112 107 114 113 2 gi_1
+ 114 112 116 115 2 gi_1
+ 116 114 123 117 2 gi_2
+ 117 120 119 118 2 gi_1
+ 118 122 121 120 2 gi_1
+ 123 116 125 124 2 gi_1
+ 125 123 126 129 2 gi_1
+ 126 125 130 127 2 gi_2
+ 130 126 132 131 2 gi_1
+ 132 130 134 133 2 gi_1
+ 134 132 142 135 2 gi_2
+ 136 139 138 137 2 gi_1
+ 137 141 140 139 2 gi_1
+ 142 134 144 143 2 gi_1
+ 144 142 146 145 2 gi_1
+ 146 144 159 147 2 gi_2
+ 150 149 152 151 2 gi_1
+ 150 156 153 152 2 gi_1
+ 152 155 154 153 2 gi_1
+ 152 158 157 156 2 gi_1
+ 159 146 161 160 2 gi_1
+ 161 159 163 162 2 gi_1
+ 163 161 167 164 2 gi_2
+ 167 163 169 168 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 90 87 88 89 1
+ 91 87 88 89 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 20 19 17 21 2
+ 29 28 26 30 2
+ 39 38 36 40 2
+ 44 43 42 47 2
+ 46 45 42 49 2
+ 48 47 43 51 2
+ 50 49 45 51 2
+ 52 51 47 49 2
+ 56 55 53 57 2
+ 61 60 58 62 2
+ 69 68 66 67 2
+ 73 72 70 74 2
+ 82 81 79 83 2
+ 97 96 94 98 2
+ 106 105 103 107 2
+ 115 114 112 116 2
+ 133 132 130 134 2
+ 145 144 142 146 2
+ 151 150 149 152 2
+ 162 161 159 163 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 121 120 118 117 3
+ 122 120 118 117 -3
+ 140 139 137 136 3
+ 141 139 137 136 -3
+ 154 153 152 150 3
+ 155 153 152 150 -3
+ 157 156 152 150 3
+ 158 156 152 150 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 92 87 88 89 -4
+ 93 87 88 89 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">206</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 18 THR N 1 0.129 0
+ 4 H 18 THR H1 1 0.248 0
+ 5 H 18 THR H2 1 0.248 0
+ 6 H 18 THR H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH1 18 THR CB 3 0.15 13.019
+ 9 OA 18 THR OG1 3 -0.548 15.9994
+ 10 H 18 THR HG1 3 0.398 1.008
+ 11 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 12 C 18 THR C 5 0.38 12.011
+ 13 O 18 THR O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 14 N 19 VAL N 6 -0.28 15.0147
+ 15 H 19 VAL H 6 0.28 0
+ 16 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 17 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 18 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 19 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 20 C 19 VAL C 8 0.38 12.011
+ 21 O 19 VAL O 8 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 22 N 20 TRP N 9 -0.28 15.0147
+ 23 H 20 TRP H 9 0.28 0
+ 24 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 25 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 26 C 20 TRP CG 11 -0.14 12.011
+ 27 C 20 TRP CD1 11 -0.1 13.019
+ 28 HC 20 TRP HD1 11 0.1 0
+ 29 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 30 NR 20 TRP NE1 11 -0.05 15.0147
+ 31 H 20 TRP HE1 11 0.19 0
+ 32 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 33 C 20 TRP CE3 12 -0.1 13.019
+ 34 HC 20 TRP HE3 12 0.1 0
+ 35 C 20 TRP CZ2 13 -0.1 13.019
+ 36 HC 20 TRP HZ2 13 0.1 0
+ 37 C 20 TRP CZ3 14 -0.1 13.019
+ 38 HC 20 TRP HZ3 14 0.1 0
+ 39 C 20 TRP CH2 15 -0.1 13.019
+ 40 HC 20 TRP HH2 15 0.1 0
+ 41 C 20 TRP C 16 0.38 12.011
+ 42 O 20 TRP O 16 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 N 21 TYR N 17 -0.28 15.0147
+ 44 H 21 TYR H 17 0.28 0
+ 45 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 46 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 47 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 48 C 21 TYR CD1 19 -0.1 13.019
+ 49 HC 21 TYR HD1 19 0.1 0
+ 50 C 21 TYR CD2 20 -0.1 13.019
+ 51 HC 21 TYR HD2 20 0.1 0
+ 52 C 21 TYR CE1 21 -0.1 13.019
+ 53 HC 21 TYR HE1 21 0.1 0
+ 54 C 21 TYR CE2 22 -0.1 13.019
+ 55 HC 21 TYR HE2 22 0.1 0
+ 56 C 21 TYR CZ 23 0.15 12.011
+ 57 OA 21 TYR OH 23 -0.548 15.9994
+ 58 H 21 TYR HH 23 0.398 1.008
+ 59 C 21 TYR C 24 0.38 12.011
+ 60 O 21 TYR O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 61 N 22 LYS N 25 -0.28 15.0147
+ 62 H 22 LYS H 25 0.28 0
+ 63 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 64 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 66 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 67 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 68 MNH3 22 LYS MNZ1 28 0 8.51535
+ 69 MNH3 22 LYS MNZ2 28 0 8.51535
+ 70 NL 22 LYS NZ 28 0.129 0
+ 71 H 22 LYS HZ1 28 0.248 0
+ 72 H 22 LYS HZ2 28 0.248 0
+ 73 H 22 LYS HZ3 28 0.248 0
+ 74 C 22 LYS C 29 0.38 12.011
+ 75 O 22 LYS O 29 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 76 N 23 GLU N 30 -0.28 15.0147
+ 77 H 23 GLU H 30 0.28 0
+ 78 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 79 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 80 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 81 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 82 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 83 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 84 C 23 GLU C 33 0.38 12.011
+ 85 O 23 GLU O 33 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 86 N 24 TRP N 34 -0.28 15.0147
+ 87 H 24 TRP H 34 0.28 0
+ 88 CH1 24 TRP CA 35 0 13.019
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+ 90 C 24 TRP CG 36 -0.14 12.011
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+ 100 HC 24 TRP HZ2 38 0.1 0
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+ 102 HC 24 TRP HZ3 39 0.1 0
+ 103 C 24 TRP CH2 40 -0.1 13.019
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+ 105 C 24 TRP C 41 0.38 12.011
+ 106 O 24 TRP O 41 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 107 N 25 PRO N 42 0 14.0067
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+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 114 N 26 PRO N 46 0 14.0067
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+ 120 O 26 PRO O 49 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 121 N 27 CYS N 50 -0.28 15.0147
+ 122 H 27 CYS H 50 0.28 0
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+ 127 C 27 CYS C 53 0.38 12.011
+ 128 O 27 CYS O 53 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
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+ 144 C 28 ARG C 57 0.38 12.011
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+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
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+ 156 C 29 HIS C 61 0.38 12.011
+ 157 O 29 HIS O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 158 N 30 ASN N 62 -0.28 15.0147
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+ 167 C 30 ASN C 66 0.38 12.011
+ 168 O 30 ASN O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 169 N 31 SER N 67 -0.28 15.0147
+ 170 H 31 SER H 67 0.28 0
+ 171 CH1 31 SER CA 68 0 13.019
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+ 175 C 31 SER C 70 0.38 12.011
+ 176 O 31 SER O 70 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 177 N 32 HIS N 71 -0.28 15.0147
+ 178 H 32 HIS H 71 0.28 0
+ 179 CH1 32 HIS CA 72 0 13.019
+ 180 CH2 32 HIS CB 72 0 14.027
+ 181 C 32 HIS CG 73 0.13 12.011
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+ 187 C 32 HIS C 74 0.38 12.011
+ 188 O 32 HIS O 74 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 189 N 33 PHE N 75 -0.28 15.0147
+ 190 H 33 PHE H 75 0.28 0
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+ 200 C 33 PHE CE2 80 -0.1 13.019
+ 201 HC 33 PHE HE2 80 0.1 0
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+ 204 C 33 PHE C 82 0.27 12.011
+ 205 OM 33 PHE O1 82 -0.635 15.9994
+ 206 OM 33 PHE O2 82 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
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+ 161 162 2 gb_26
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+ 159 158 160 2 ga_17
+ 158 160 161 2 ga_12
+ 158 160 167 2 ga_12
+ 161 160 167 2 ga_12
+ 160 161 162 2 ga_14
+ 161 162 163 2 ga_29
+ 161 162 164 2 ga_18
+ 163 162 164 2 ga_32
+ 162 164 165 2 ga_22
+ 162 164 166 2 ga_22
+ 165 164 166 2 ga_23
+ 160 167 168 2 ga_29
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+ 168 167 169 2 ga_32
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+ 169 171 175 2 ga_12
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+ 180 179 187 2 ga_12
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+ 180 181 183 2 ga_36
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+ 182 184 185 2 ga_6
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+ 188 187 189 2 ga_32
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+ 192 191 204 2 ga_12
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+ 194 193 196 2 ga_26
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+ 193 194 198 2 ga_26
+ 195 194 198 2 ga_24
+ 193 196 197 2 ga_24
+ 193 196 200 2 ga_26
+ 197 196 200 2 ga_24
+ 194 198 199 2 ga_24
+ 194 198 202 2 ga_26
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+ 196 200 201 2 ga_24
+ 196 200 202 2 ga_26
+ 201 200 202 2 ga_24
+ 198 202 200 2 ga_26
+ 198 202 203 2 ga_24
+ 200 202 203 2 ga_24
+ 191 204 205 2 ga_21
+ 191 204 206 2 ga_21
+ 205 204 206 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 7 8 9 10 1 gd_12
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+ 24 25 26 29 1 gd_20
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+ 45 59 61 63 1 gd_4
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+ 88 89 90 93 1 gd_20
+ 88 105 107 108 1 gd_4
+ 105 107 108 112 1 gd_19
+ 108 107 111 110 1 gd_19
+ 107 108 109 110 1 gd_17
+ 107 108 112 114 1 gd_20
+ 108 109 110 111 1 gd_17
+ 109 110 111 107 1 gd_17
+ 108 112 114 115 1 gd_4
+ 112 114 115 119 1 gd_19
+ 115 114 118 117 1 gd_19
+ 114 115 116 117 1 gd_17
+ 114 115 119 121 1 gd_20
+ 115 116 117 118 1 gd_17
+ 116 117 118 114 1 gd_17
+ 115 119 121 123 1 gd_4
+ 119 121 123 127 1 gd_19
+ 121 123 124 125 1 gd_17
+ 121 123 127 129 1 gd_20
+ 123 124 125 126 1 gd_13
+ 123 127 129 131 1 gd_4
+ 127 129 131 144 1 gd_19
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+ 129 131 144 146 1 gd_20
+ 131 132 133 134 1 gd_17
+ 132 133 134 135 1 gd_17
+ 133 134 135 137 1 gd_19
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+ 135 137 138 139 1 gd_4
+ 135 137 141 142 1 gd_4
+ 131 144 146 148 1 gd_4
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+ 146 148 156 158 1 gd_20
+ 148 149 150 151 1 gd_20
+ 148 156 158 160 1 gd_4
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+ 158 160 161 162 1 gd_17
+ 158 160 167 169 1 gd_20
+ 160 161 162 164 1 gd_20
+ 161 162 164 165 1 gd_4
+ 160 167 169 171 1 gd_4
+ 167 169 171 175 1 gd_19
+ 169 171 172 173 1 gd_17
+ 169 171 175 177 1 gd_20
+ 171 172 173 174 1 gd_12
+ 171 175 177 179 1 gd_4
+ 175 177 179 187 1 gd_19
+ 177 179 180 181 1 gd_17
+ 177 179 187 189 1 gd_20
+ 179 180 181 182 1 gd_20
+ 179 187 189 191 1 gd_4
+ 187 189 191 204 1 gd_19
+ 189 191 192 193 1 gd_17
+ 189 191 204 206 1 gd_20
+ 191 192 193 194 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 12 8 2 gi_2
+ 7 11 9 8 2 gi_2
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+ 16 14 20 17 2 gi_2
+ 16 18 19 17 2 gi_2
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+ 25 29 27 26 2 gi_1
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+ 26 27 30 32 2 gi_1
+ 27 26 30 28 2 gi_1
+ 27 30 32 29 2 gi_1
+ 27 26 29 32 2 gi_1
+ 29 26 27 30 2 gi_1
+ 29 32 35 39 2 gi_1
+ 29 33 37 39 2 gi_1
+ 30 27 32 31 2 gi_1
+ 30 35 29 32 2 gi_1
+ 32 29 33 37 2 gi_1
+ 32 35 39 37 2 gi_1
+ 33 29 37 34 2 gi_1
+ 33 29 32 35 2 gi_1
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+ 48 47 50 54 2 gi_1
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+ 56 52 54 57 2 gi_1
+ 59 45 61 60 2 gi_1
+ 61 59 63 62 2 gi_1
+ 63 61 74 64 2 gi_2
+ 74 63 76 75 2 gi_1
+ 76 74 78 77 2 gi_1
+ 78 76 84 79 2 gi_2
+ 80 83 82 81 2 gi_1
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+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 105 89 2 gi_2
+ 89 93 91 90 2 gi_1
+ 90 97 96 93 2 gi_1
+ 90 93 96 94 2 gi_1
+ 90 91 94 96 2 gi_1
+ 91 90 94 92 2 gi_1
+ 91 94 96 93 2 gi_1
+ 91 90 93 96 2 gi_1
+ 93 90 91 94 2 gi_1
+ 93 96 99 103 2 gi_1
+ 93 97 101 103 2 gi_1
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+ 96 93 97 101 2 gi_1
+ 96 99 103 101 2 gi_1
+ 97 93 101 98 2 gi_1
+ 97 93 96 99 2 gi_1
+ 97 101 103 99 2 gi_1
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+ 101 97 103 102 2 gi_1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 70 67 68 69 1
+ 71 67 68 69 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 15 14 12 16 2
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+ 28 27 26 30 2
+ 31 30 27 32 2
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+ 36 35 32 39 2
+ 38 37 33 39 2
+ 40 39 35 37 2
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+ 87 86 84 88 2
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+ 95 94 91 96 2
+ 98 97 93 101 2
+ 100 99 96 103 2
+ 102 101 97 103 2
+ 104 103 99 101 2
+ 122 121 119 123 2
+ 130 129 127 131 2
+ 136 135 134 137 2
+ 147 146 144 148 2
+ 155 154 152 153 2
+ 159 158 156 160 2
+ 170 169 167 171 2
+ 178 177 175 179 2
+ 186 185 183 184 2
+ 190 189 187 191 2
+ 195 194 193 198 2
+ 197 196 193 200 2
+ 199 198 194 202 2
+ 201 200 196 202 2
+ 203 202 198 200 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 139 138 137 135 3
+ 140 138 137 135 -3
+ 142 141 137 135 3
+ 143 141 137 135 -3
+ 165 164 162 161 3
+ 166 164 162 161 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 72 67 68 69 -4
+ 73 67 68 69 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">172</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 34 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 34 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 34 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 34 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 34 ALA C 3 0.38 12.011
+ 10 O 34 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 11 N 35 VAL N 4 -0.28 15.0147
+ 12 H 35 VAL H 4 0.28 0
+ 13 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 14 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 15 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 16 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 17 C 35 VAL C 6 0.38 12.011
+ 18 O 35 VAL O 6 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 19 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 20 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 21 CH2 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 22 CH2 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 23 CH2 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 24 C 36 PRO C 10 0.38 12.011
+ 25 O 36 PRO O 10 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 26 N 37 GLY N 11 -0.28 15.0147
+ 27 H 37 GLY H 11 0.28 0
+ 28 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 29 C 37 GLY C 13 0.38 12.011
+ 30 O 37 GLY O 13 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 31 N 38 TYR N 14 -0.28 15.0147
+ 32 H 38 TYR H 14 0.28 0
+ 33 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 34 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 35 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 36 C 38 TYR CD1 16 -0.1 13.019
+ 37 HC 38 TYR HD1 16 0.1 0
+ 38 C 38 TYR CD2 17 -0.1 13.019
+ 39 HC 38 TYR HD2 17 0.1 0
+ 40 C 38 TYR CE1 18 -0.1 13.019
+ 41 HC 38 TYR HE1 18 0.1 0
+ 42 C 38 TYR CE2 19 -0.1 13.019
+ 43 HC 38 TYR HE2 19 0.1 0
+ 44 C 38 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 45 OA 38 TYR OH 20 -0.548 15.9994
+ 46 H 38 TYR HH 20 0.398 1.008
+ 47 C 38 TYR C 21 0.38 12.011
+ 48 O 38 TYR O 21 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 49 N 39 ASP N 22 -0.28 15.0147
+ 50 H 39 ASP H 22 0.28 0
+ 51 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 52 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 53 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 54 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 55 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 56 C 39 ASP C 25 0.38 12.011
+ 57 O 39 ASP O 25 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 58 N 40 LYS N 26 -0.28 15.0147
+ 59 H 40 LYS H 26 0.28 0
+ 60 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 61 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 63 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 64 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 65 MNH3 40 LYS MNZ1 29 0 8.51535
+ 66 MNH3 40 LYS MNZ2 29 0 8.51535
+ 67 NL 40 LYS NZ 29 0.129 0
+ 68 H 40 LYS HZ1 29 0.248 0
+ 69 H 40 LYS HZ2 29 0.248 0
+ 70 H 40 LYS HZ3 29 0.248 0
+ 71 C 40 LYS C 30 0.38 12.011
+ 72 O 40 LYS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 73 N 41 ILE N 31 -0.28 15.0147
+ 74 H 41 ILE H 31 0.28 0
+ 75 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 76 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 77 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 78 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 79 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 80 C 41 ILE C 34 0.38 12.011
+ 81 O 41 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 82 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 83 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 84 CH2 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 85 CH2 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 86 CH2 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 87 C 42 PRO C 38 0.38 12.011
+ 88 O 42 PRO O 38 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 89 N 43 ASP N 39 -0.28 15.0147
+ 90 H 43 ASP H 39 0.28 0
+ 91 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 92 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 93 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 94 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 95 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 96 C 43 ASP C 42 0.38 12.011
+ 97 O 43 ASP O 42 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 98 N 44 TYR N 43 -0.28 15.0147
+ 99 H 44 TYR H 43 0.28 0
+ 100 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
+ 101 CH2 44 TYR CB 44 0 14.027
+ 102 C 44 TYR CG 44 0 12.011
+ 103 C 44 TYR CD1 45 -0.1 13.019
+ 104 HC 44 TYR HD1 45 0.1 0
+ 105 C 44 TYR CD2 46 -0.1 13.019
+ 106 HC 44 TYR HD2 46 0.1 0
+ 107 C 44 TYR CE1 47 -0.1 13.019
+ 108 HC 44 TYR HE1 47 0.1 0
+ 109 C 44 TYR CE2 48 -0.1 13.019
+ 110 HC 44 TYR HE2 48 0.1 0
+ 111 C 44 TYR CZ 49 0.15 12.011
+ 112 OA 44 TYR OH 49 -0.548 15.9994
+ 113 H 44 TYR HH 49 0.398 1.008
+ 114 C 44 TYR C 50 0.38 12.011
+ 115 O 44 TYR O 50 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 116 N 45 HIS N 51 -0.28 15.0147
+ 117 H 45 HIS H 51 0.28 0
+ 118 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
+ 119 CH2 45 HIS CB 52 0 14.027
+ 120 C 45 HIS CG 53 0.13 12.011
+ 121 NR 45 HIS ND1 53 -0.58 14.0067
+ 122 CR1 45 HIS CD2 53 0 13.019
+ 123 CR1 45 HIS CE1 53 0.26 13.019
+ 124 NR 45 HIS NE2 53 0 15.0147
+ 125 H 45 HIS HE2 53 0.19 0
+ 126 C 45 HIS C 54 0.38 12.011
+ 127 O 45 HIS O 54 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 128 N 46 MET N 55 -0.28 15.0147
+ 129 H 46 MET H 55 0.28 0
+ 130 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
+ 131 CH2 46 MET CB 56 0 14.027
+ 132 CH2 46 MET CG 56 0 14.027
+ 133 S 46 MET SD 57 0 32.06
+ 134 CH3 46 MET CE 57 0 15.035
+ 135 C 46 MET C 58 0.38 12.011
+ 136 O 46 MET O 58 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 137 N 47 TRP N 59 -0.28 15.0147
+ 138 H 47 TRP H 59 0.28 0
+ 139 CH1 47 TRP CA 60 0 13.019
+ 140 CH2 47 TRP CB 60 0 14.027
+ 141 C 47 TRP CG 61 -0.14 12.011
+ 142 C 47 TRP CD1 61 -0.1 13.019
+ 143 HC 47 TRP HD1 61 0.1 0
+ 144 C 47 TRP CD2 61 0 12.011
+ 145 NR 47 TRP NE1 61 -0.05 15.0147
+ 146 H 47 TRP HE1 61 0.19 0
+ 147 C 47 TRP CE2 61 0 12.011
+ 148 C 47 TRP CE3 62 -0.1 13.019
+ 149 HC 47 TRP HE3 62 0.1 0
+ 150 C 47 TRP CZ2 63 -0.1 13.019
+ 151 HC 47 TRP HZ2 63 0.1 0
+ 152 C 47 TRP CZ3 64 -0.1 13.019
+ 153 HC 47 TRP HZ3 64 0.1 0
+ 154 C 47 TRP CH2 65 -0.1 13.019
+ 155 HC 47 TRP HH2 65 0.1 0
+ 156 C 47 TRP C 66 0.38 12.011
+ 157 O 47 TRP O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 158 N 48 VAL N 67 -0.28 15.0147
+ 159 H 48 VAL H 67 0.28 0
+ 160 CH1 48 VAL CA 68 0 13.019
+ 161 CH1 48 VAL CB 68 0 13.019
+ 162 CH3 48 VAL CG1 68 0 15.035
+ 163 CH3 48 VAL CG2 68 0 15.035
+ 164 C 48 VAL C 69 0.38 12.011
+ 165 O 48 VAL O 69 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 166 N 49 ALA N 70 -0.28 15.0147
+ 167 H 49 ALA H 70 0.28 0
+ 168 CH1 49 ALA CA 71 0 13.019
+ 169 CH3 49 ALA CB 71 0 15.035
+ 170 C 49 ALA C 72 0.27 12.011
+ 171 OM 49 ALA O1 72 -0.635 15.9994
+ 172 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
+ 7 8 2 gb_26
+ 7 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_4
+ 9 11 2 gb_9
+ 11 12 2 gb_2
+ 11 13 2 gb_20
+ 13 14 2 gb_26
+ 13 17 2 gb_26
+ 14 15 2 gb_26
+ 14 16 2 gb_26
+ 17 18 2 gb_4
+ 17 19 2 gb_9
+ 19 20 2 gb_20
+ 19 23 2 gb_20
+ 20 21 2 gb_26
+ 20 24 2 gb_26
+ 21 22 2 gb_26
+ 22 23 2 gb_26
+ 24 25 2 gb_4
+ 24 26 2 gb_9
+ 26 27 2 gb_2
+ 26 28 2 gb_20
+ 28 29 2 gb_26
+ 29 30 2 gb_4
+ 29 31 2 gb_9
+ 31 32 2 gb_2
+ 31 33 2 gb_20
+ 33 34 2 gb_26
+ 33 47 2 gb_26
+ 34 35 2 gb_26
+ 35 36 2 gb_15
+ 35 38 2 gb_15
+ 36 37 2 gb_3
+ 36 40 2 gb_15
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_15
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 44 2 gb_15
+ 42 43 2 gb_3
+ 42 44 2 gb_15
+ 44 45 2 gb_12
+ 45 46 2 gb_1
+ 47 48 2 gb_4
+ 47 49 2 gb_9
+ 49 50 2 gb_2
+ 49 51 2 gb_20
+ 51 52 2 gb_26
+ 51 56 2 gb_26
+ 52 53 2 gb_26
+ 53 54 2 gb_5
+ 53 55 2 gb_5
+ 56 57 2 gb_4
+ 56 58 2 gb_9
+ 58 59 2 gb_2
+ 58 60 2 gb_20
+ 60 61 2 gb_26
+ 60 71 2 gb_26
+ 61 62 2 gb_26
+ 62 63 2 gb_26
+ 63 64 2 gb_26
+ 64 67 2 gb_20
+ 67 68 2 gb_2
+ 67 69 2 gb_2
+ 67 70 2 gb_2
+ 71 72 2 gb_4
+ 71 73 2 gb_9
+ 73 74 2 gb_2
+ 73 75 2 gb_20
+ 75 76 2 gb_26
+ 75 80 2 gb_26
+ 76 77 2 gb_26
+ 76 78 2 gb_26
+ 77 79 2 gb_26
+ 80 81 2 gb_4
+ 80 82 2 gb_9
+ 82 83 2 gb_20
+ 82 86 2 gb_20
+ 83 84 2 gb_26
+ 83 87 2 gb_26
+ 84 85 2 gb_26
+ 85 86 2 gb_26
+ 87 88 2 gb_4
+ 87 89 2 gb_9
+ 89 90 2 gb_2
+ 89 91 2 gb_20
+ 91 92 2 gb_26
+ 91 96 2 gb_26
+ 92 93 2 gb_26
+ 93 94 2 gb_5
+ 93 95 2 gb_5
+ 96 97 2 gb_4
+ 96 98 2 gb_9
+ 98 99 2 gb_2
+ 98 100 2 gb_20
+ 100 101 2 gb_26
+ 100 114 2 gb_26
+ 101 102 2 gb_26
+ 102 103 2 gb_15
+ 102 105 2 gb_15
+ 103 104 2 gb_3
+ 103 107 2 gb_15
+ 105 106 2 gb_3
+ 105 109 2 gb_15
+ 107 108 2 gb_3
+ 107 111 2 gb_15
+ 109 110 2 gb_3
+ 109 111 2 gb_15
+ 111 112 2 gb_12
+ 112 113 2 gb_1
+ 114 115 2 gb_4
+ 114 116 2 gb_9
+ 116 117 2 gb_2
+ 116 118 2 gb_20
+ 118 119 2 gb_26
+ 118 126 2 gb_26
+ 119 120 2 gb_26
+ 120 121 2 gb_9
+ 120 122 2 gb_9
+ 121 123 2 gb_9
+ 122 124 2 gb_9
+ 123 124 2 gb_9
+ 124 125 2 gb_2
+ 126 127 2 gb_4
+ 126 128 2 gb_9
+ 128 129 2 gb_2
+ 128 130 2 gb_20
+ 130 131 2 gb_26
+ 130 135 2 gb_26
+ 131 132 2 gb_26
+ 132 133 2 gb_30
+ 133 134 2 gb_29
+ 135 136 2 gb_4
+ 135 137 2 gb_9
+ 137 138 2 gb_2
+ 137 139 2 gb_20
+ 139 140 2 gb_26
+ 139 156 2 gb_26
+ 140 141 2 gb_26
+ 141 142 2 gb_9
+ 141 144 2 gb_15
+ 142 143 2 gb_3
+ 142 145 2 gb_9
+ 144 147 2 gb_15
+ 144 148 2 gb_15
+ 145 146 2 gb_2
+ 145 147 2 gb_9
+ 147 150 2 gb_15
+ 148 149 2 gb_3
+ 148 152 2 gb_15
+ 150 151 2 gb_3
+ 150 154 2 gb_15
+ 152 153 2 gb_3
+ 152 154 2 gb_15
+ 154 155 2 gb_3
+ 156 157 2 gb_4
+ 156 158 2 gb_9
+ 158 159 2 gb_2
+ 158 160 2 gb_20
+ 160 161 2 gb_26
+ 160 164 2 gb_26
+ 161 162 2 gb_26
+ 161 163 2 gb_26
+ 164 165 2 gb_4
+ 164 166 2 gb_9
+ 166 167 2 gb_2
+ 166 168 2 gb_20
+ 168 169 2 gb_26
+ 168 170 2 gb_26
+ 170 171 2 gb_5
+ 170 172 2 gb_5
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
+ 2 7 2
+ 1 2 2
+ 44 46 2
+ 64 65 2
+ 64 66 2
+ 65 66 2
+ 111 113 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 10 1
+ 3 11 1
+ 4 8 1
+ 4 9 1
+ 5 8 1
+ 5 9 1
+ 6 8 1
+ 6 9 1
+ 7 12 1
+ 7 13 1
+ 8 10 1
+ 8 11 1
+ 9 14 1
+ 9 17 1
+ 10 12 1
+ 10 13 1
+ 11 15 1
+ 11 16 1
+ 11 18 1
+ 11 19 1
+ 12 14 1
+ 12 17 1
+ 13 20 1
+ 13 23 1
+ 14 18 1
+ 14 19 1
+ 15 17 1
+ 16 17 1
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+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
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+ 56 58 60 71 1 gd_19
+ 58 60 61 62 1 gd_17
+ 58 60 71 73 1 gd_20
+ 60 61 62 63 1 gd_17
+ 61 62 63 64 1 gd_17
+ 62 63 64 67 1 gd_17
+ 63 64 67 68 1 gd_14
+ 60 71 73 75 1 gd_4
+ 71 73 75 80 1 gd_19
+ 73 75 76 77 1 gd_17
+ 73 75 80 82 1 gd_20
+ 75 76 77 79 1 gd_17
+ 75 80 82 83 1 gd_4
+ 80 82 83 87 1 gd_19
+ 83 82 86 85 1 gd_19
+ 82 83 84 85 1 gd_17
+ 82 83 87 89 1 gd_20
+ 83 84 85 86 1 gd_17
+ 84 85 86 82 1 gd_17
+ 83 87 89 91 1 gd_4
+ 87 89 91 96 1 gd_19
+ 89 91 92 93 1 gd_17
+ 89 91 96 98 1 gd_20
+ 91 92 93 94 1 gd_20
+ 91 96 98 100 1 gd_4
+ 96 98 100 114 1 gd_19
+ 98 100 101 102 1 gd_17
+ 98 100 114 116 1 gd_20
+ 100 101 102 103 1 gd_20
+ 107 111 112 113 1 gd_2
+ 100 114 116 118 1 gd_4
+ 114 116 118 126 1 gd_19
+ 116 118 119 120 1 gd_17
+ 116 118 126 128 1 gd_20
+ 118 119 120 121 1 gd_20
+ 118 126 128 130 1 gd_4
+ 126 128 130 135 1 gd_19
+ 128 130 131 132 1 gd_17
+ 128 130 135 137 1 gd_20
+ 130 131 132 133 1 gd_17
+ 131 132 133 134 1 gd_13
+ 130 135 137 139 1 gd_4
+ 135 137 139 156 1 gd_19
+ 137 139 140 141 1 gd_17
+ 137 139 156 158 1 gd_20
+ 139 140 141 144 1 gd_20
+ 139 156 158 160 1 gd_4
+ 156 158 160 164 1 gd_19
+ 158 160 161 162 1 gd_17
+ 158 160 164 166 1 gd_20
+ 160 164 166 168 1 gd_4
+ 164 166 168 170 1 gd_19
+ 166 168 170 172 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 13 15 16 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 20 23 2 gi_1
+ 20 19 24 21 2 gi_2
+ 24 20 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 29 28 31 30 2 gi_1
+ 31 29 33 32 2 gi_1
+ 33 31 47 34 2 gi_2
+ 34 38 36 35 2 gi_1
+ 35 36 40 44 2 gi_1
+ 35 38 42 44 2 gi_1
+ 36 35 40 37 2 gi_1
+ 36 35 38 42 2 gi_1
+ 36 40 44 42 2 gi_1
+ 38 35 42 39 2 gi_1
+ 38 35 36 40 2 gi_1
+ 38 42 44 40 2 gi_1
+ 40 44 36 41 2 gi_1
+ 42 44 38 43 2 gi_1
+ 44 40 42 45 2 gi_1
+ 47 33 49 48 2 gi_1
+ 49 47 51 50 2 gi_1
+ 51 49 56 52 2 gi_2
+ 52 55 54 53 2 gi_1
+ 56 51 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 71 61 2 gi_2
+ 71 60 73 72 2 gi_1
+ 73 71 75 74 2 gi_1
+ 75 73 80 76 2 gi_2
+ 75 78 77 76 2 gi_2
+ 80 75 82 81 2 gi_1
+ 82 80 83 86 2 gi_1
+ 83 82 87 84 2 gi_2
+ 87 83 89 88 2 gi_1
+ 89 87 91 90 2 gi_1
+ 91 89 96 92 2 gi_2
+ 92 95 94 93 2 gi_1
+ 96 91 98 97 2 gi_1
+ 98 96 100 99 2 gi_1
+ 100 98 114 101 2 gi_2
+ 101 105 103 102 2 gi_1
+ 102 103 107 111 2 gi_1
+ 102 105 109 111 2 gi_1
+ 103 102 107 104 2 gi_1
+ 103 102 105 109 2 gi_1
+ 103 107 111 109 2 gi_1
+ 105 102 109 106 2 gi_1
+ 105 102 103 107 2 gi_1
+ 105 109 111 107 2 gi_1
+ 107 111 103 108 2 gi_1
+ 109 111 105 110 2 gi_1
+ 111 107 109 112 2 gi_1
+ 114 100 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 126 119 2 gi_2
+ 119 122 121 120 2 gi_1
+ 120 122 124 123 2 gi_1
+ 120 121 123 124 2 gi_1
+ 121 123 124 122 2 gi_1
+ 121 120 122 124 2 gi_1
+ 122 120 121 123 2 gi_1
+ 124 122 123 125 2 gi_1
+ 126 118 128 127 2 gi_1
+ 128 126 130 129 2 gi_1
+ 130 128 135 131 2 gi_2
+ 135 130 137 136 2 gi_1
+ 137 135 139 138 2 gi_1
+ 139 137 156 140 2 gi_2
+ 140 144 142 141 2 gi_1
+ 141 148 147 144 2 gi_1
+ 141 144 147 145 2 gi_1
+ 141 142 145 147 2 gi_1
+ 142 141 145 143 2 gi_1
+ 142 145 147 144 2 gi_1
+ 142 141 144 147 2 gi_1
+ 144 141 142 145 2 gi_1
+ 144 147 150 154 2 gi_1
+ 144 148 152 154 2 gi_1
+ 145 142 147 146 2 gi_1
+ 145 150 144 147 2 gi_1
+ 147 144 148 152 2 gi_1
+ 147 150 154 152 2 gi_1
+ 148 144 152 149 2 gi_1
+ 148 144 147 150 2 gi_1
+ 148 152 154 150 2 gi_1
+ 150 147 154 151 2 gi_1
+ 152 148 154 153 2 gi_1
+ 154 150 152 155 2 gi_1
+ 156 139 158 157 2 gi_1
+ 158 156 160 159 2 gi_1
+ 160 158 164 161 2 gi_2
+ 160 162 163 161 2 gi_2
+ 164 160 166 165 2 gi_1
+ 166 164 168 167 2 gi_1
+ 168 166 170 169 2 gi_2
+ 170 168 172 171 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 67 64 65 66 1
+ 68 64 65 66 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 27 26 24 28 2
+ 32 31 29 33 2
+ 37 36 35 40 2
+ 39 38 35 42 2
+ 41 40 36 44 2
+ 43 42 38 44 2
+ 50 49 47 51 2
+ 59 58 56 60 2
+ 74 73 71 75 2
+ 90 89 87 91 2
+ 99 98 96 100 2
+ 104 103 102 107 2
+ 106 105 102 109 2
+ 108 107 103 111 2
+ 110 109 105 111 2
+ 117 116 114 118 2
+ 125 124 122 123 2
+ 129 128 126 130 2
+ 138 137 135 139 2
+ 143 142 141 145 2
+ 146 145 142 147 2
+ 149 148 144 152 2
+ 151 150 147 154 2
+ 153 152 148 154 2
+ 155 154 150 152 2
+ 159 158 156 160 2
+ 167 166 164 168 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 69 64 65 66 -4
+ 70 64 65 66 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">154</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 50 LYS N 1 0.129 0
+ 4 H 50 LYS H1 1 0.248 0
+ 5 H 50 LYS H2 1 0.248 0
+ 6 H 50 LYS H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 10 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 11 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 12 MNH3 50 LYS MNZ1 4 0 8.51535
+ 13 MNH3 50 LYS MNZ2 4 0 8.51535
+ 14 NL 50 LYS NZ 4 0.129 0
+ 15 H 50 LYS HZ1 4 0.248 0
+ 16 H 50 LYS HZ2 4 0.248 0
+ 17 H 50 LYS HZ3 4 0.248 0
+ 18 C 50 LYS C 5 0.38 12.011
+ 19 O 50 LYS O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 20 N 51 SER N 6 -0.28 15.0147
+ 21 H 51 SER H 6 0.28 0
+ 22 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 23 CH2 51 SER CB 8 0.15 14.027
+ 24 OA 51 SER OG 8 -0.548 15.9994
+ 25 H 51 SER HG 8 0.398 1.008
+ 26 C 51 SER C 9 0.38 12.011
+ 27 O 51 SER O 9 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 28 N 52 GLY N 10 -0.28 15.0147
+ 29 H 52 GLY H 10 0.28 0
+ 30 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 31 C 52 GLY C 12 0.38 12.011
+ 32 O 52 GLY O 12 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 33 N 53 TYR N 13 -0.28 15.0147
+ 34 H 53 TYR H 13 0.28 0
+ 35 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 36 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 37 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 38 C 53 TYR CD1 15 -0.1 13.019
+ 39 HC 53 TYR HD1 15 0.1 0
+ 40 C 53 TYR CD2 16 -0.1 13.019
+ 41 HC 53 TYR HD2 16 0.1 0
+ 42 C 53 TYR CE1 17 -0.1 13.019
+ 43 HC 53 TYR HE1 17 0.1 0
+ 44 C 53 TYR CE2 18 -0.1 13.019
+ 45 HC 53 TYR HE2 18 0.1 0
+ 46 C 53 TYR CZ 19 0.15 12.011
+ 47 OA 53 TYR OH 19 -0.548 15.9994
+ 48 H 53 TYR HH 19 0.398 1.008
+ 49 C 53 TYR C 20 0.38 12.011
+ 50 O 53 TYR O 20 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 51 N 54 ASP N 21 -0.28 15.0147
+ 52 H 54 ASP H 21 0.28 0
+ 53 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 54 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 55 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 56 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 57 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 58 C 54 ASP C 24 0.38 12.011
+ 59 O 54 ASP O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 60 N 55 ALA N 25 -0.28 15.0147
+ 61 H 55 ALA H 25 0.28 0
+ 62 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 63 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 64 C 55 ALA C 27 0.38 12.011
+ 65 O 55 ALA O 27 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 66 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 67 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 68 CH2 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 69 CH2 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 70 CH2 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 71 C 56 PRO C 31 0.38 12.011
+ 72 O 56 PRO O 31 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 73 N 57 PHE N 32 -0.28 15.0147
+ 74 H 57 PHE H 32 0.28 0
+ 75 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 76 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 77 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 78 C 57 PHE CD1 34 -0.1 13.019
+ 79 HC 57 PHE HD1 34 0.1 0
+ 80 C 57 PHE CD2 35 -0.1 13.019
+ 81 HC 57 PHE HD2 35 0.1 0
+ 82 C 57 PHE CE1 36 -0.1 13.019
+ 83 HC 57 PHE HE1 36 0.1 0
+ 84 C 57 PHE CE2 37 -0.1 13.019
+ 85 HC 57 PHE HE2 37 0.1 0
+ 86 C 57 PHE CZ 38 -0.1 13.019
+ 87 HC 57 PHE HZ 38 0.1 0
+ 88 C 57 PHE C 39 0.38 12.011
+ 89 O 57 PHE O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 90 N 58 THR N 40 -0.28 15.0147
+ 91 H 58 THR H 40 0.28 0
+ 92 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 93 CH1 58 THR CB 42 0.15 13.019
+ 94 OA 58 THR OG1 42 -0.548 15.9994
+ 95 H 58 THR HG1 42 0.398 1.008
+ 96 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 97 C 58 THR C 44 0.38 12.011
+ 98 O 58 THR O 44 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 N 59 ILE N 45 -0.28 15.0147
+ 100 H 59 ILE H 45 0.28 0
+ 101 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 102 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 103 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 104 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 105 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 106 C 59 ILE C 48 0.38 12.011
+ 107 O 59 ILE O 48 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 108 N 60 HIS N 49 -0.28 15.0147
+ 109 H 60 HIS H 49 0.28 0
+ 110 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 111 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 112 C 60 HIS CG 51 0.13 12.011
+ 113 NR 60 HIS ND1 51 -0.58 14.0067
+ 114 CR1 60 HIS CD2 51 0 13.019
+ 115 CR1 60 HIS CE1 51 0.26 13.019
+ 116 NR 60 HIS NE2 51 0 15.0147
+ 117 H 60 HIS HE2 51 0.19 0
+ 118 C 60 HIS C 52 0.38 12.011
+ 119 O 60 HIS O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 120 N 61 VAL N 53 -0.28 15.0147
+ 121 H 61 VAL H 53 0.28 0
+ 122 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 123 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 124 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 125 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 126 C 61 VAL C 55 0.38 12.011
+ 127 O 61 VAL O 55 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 128 N 62 CYS N 56 -0.28 15.0147
+ 129 H 62 CYS H 56 0.28 0
+ 130 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 131 CH2 62 CYS CB 57 0 14.027
+ 132 S 62 CYS SG 58 -0.064 32.06
+ 133 H 62 CYS HG 58 0.064 1.008
+ 134 C 62 CYS C 59 0.38 12.011
+ 135 O 62 CYS O 59 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 136 N 63 GLY N 60 -0.28 15.0147
+ 137 H 63 GLY H 60 0.28 0
+ 138 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 139 C 63 GLY C 62 0.38 12.011
+ 140 O 63 GLY O 62 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 141 N 64 ALA N 63 -0.28 15.0147
+ 142 H 64 ALA H 63 0.28 0
+ 143 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 144 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 145 C 64 ALA C 65 0.38 12.011
+ 146 O 64 ALA O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 147 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 148 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 149 CH2 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 150 CH2 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 151 CH2 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 152 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 153 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 154 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_20
+ 7 8 2 gb_26
+ 7 18 2 gb_26
+ 8 9 2 gb_26
+ 9 10 2 gb_26
+ 10 11 2 gb_26
+ 11 14 2 gb_20
+ 14 15 2 gb_2
+ 14 16 2 gb_2
+ 14 17 2 gb_2
+ 18 19 2 gb_4
+ 18 20 2 gb_9
+ 20 21 2 gb_2
+ 20 22 2 gb_20
+ 22 23 2 gb_26
+ 22 26 2 gb_26
+ 23 24 2 gb_17
+ 24 25 2 gb_1
+ 26 27 2 gb_4
+ 26 28 2 gb_9
+ 28 29 2 gb_2
+ 28 30 2 gb_20
+ 30 31 2 gb_26
+ 31 32 2 gb_4
+ 31 33 2 gb_9
+ 33 34 2 gb_2
+ 33 35 2 gb_20
+ 35 36 2 gb_26
+ 35 49 2 gb_26
+ 36 37 2 gb_26
+ 37 38 2 gb_15
+ 37 40 2 gb_15
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_15
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 44 2 gb_15
+ 42 43 2 gb_3
+ 42 46 2 gb_15
+ 44 45 2 gb_3
+ 44 46 2 gb_15
+ 46 47 2 gb_12
+ 47 48 2 gb_1
+ 49 50 2 gb_4
+ 49 51 2 gb_9
+ 51 52 2 gb_2
+ 51 53 2 gb_20
+ 53 54 2 gb_26
+ 53 58 2 gb_26
+ 54 55 2 gb_26
+ 55 56 2 gb_5
+ 55 57 2 gb_5
+ 58 59 2 gb_4
+ 58 60 2 gb_9
+ 60 61 2 gb_2
+ 60 62 2 gb_20
+ 62 63 2 gb_26
+ 62 64 2 gb_26
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+ 64 66 2 gb_9
+ 66 67 2 gb_20
+ 66 70 2 gb_20
+ 67 68 2 gb_26
+ 67 71 2 gb_26
+ 68 69 2 gb_26
+ 69 70 2 gb_26
+ 71 72 2 gb_4
+ 71 73 2 gb_9
+ 73 74 2 gb_2
+ 73 75 2 gb_20
+ 75 76 2 gb_26
+ 75 88 2 gb_26
+ 76 77 2 gb_26
+ 77 78 2 gb_15
+ 77 80 2 gb_15
+ 78 79 2 gb_3
+ 78 82 2 gb_15
+ 80 81 2 gb_3
+ 80 84 2 gb_15
+ 82 83 2 gb_3
+ 82 86 2 gb_15
+ 84 85 2 gb_3
+ 84 86 2 gb_15
+ 86 87 2 gb_3
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+ 110 111 2 gb_26
+ 110 118 2 gb_26
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+ 114 116 2 gb_9
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+ 138 139 2 gb_26
+ 139 140 2 gb_4
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+ 141 142 2 gb_2
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+ 143 145 2 gb_26
+ 145 146 2 gb_4
+ 145 147 2 gb_9
+ 147 148 2 gb_20
+ 147 151 2 gb_20
+ 148 149 2 gb_26
+ 148 152 2 gb_26
+ 149 150 2 gb_26
+ 150 151 2 gb_26
+ 152 153 2 gb_5
+ 152 154 2 gb_5
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
+ 2 7 2
+ 1 2 2
+ 11 12 2
+ 11 13 2
+ 12 13 2
+ 23 25 2
+ 46 48 2
+ 93 95 2
+ 131 133 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 9 1
+ 3 19 1
+ 3 20 1
+ 4 8 1
+ 4 18 1
+ 5 8 1
+ 5 18 1
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+ 142 145 1
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+ 144 147 1
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+ 147 154 1
+ 149 153 1
+ 149 154 1
+ 150 152 1
+ 151 152 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
+ 4 3 5 2 ga_9
+ 4 3 6 2 ga_9
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+ 5 3 6 2 ga_9
+ 5 3 7 2 ga_10
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+ 3 7 18 2 ga_12
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+ 8 9 10 2 ga_14
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+ 10 11 14 2 ga_14
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+ 11 14 16 2 ga_10
+ 11 14 17 2 ga_10
+ 15 14 16 2 ga_9
+ 15 14 17 2 ga_9
+ 16 14 17 2 ga_9
+ 7 18 19 2 ga_29
+ 7 18 20 2 ga_18
+ 19 18 20 2 ga_32
+ 18 20 21 2 ga_31
+ 18 20 22 2 ga_30
+ 21 20 22 2 ga_17
+ 20 22 23 2 ga_12
+ 20 22 26 2 ga_12
+ 23 22 26 2 ga_12
+ 22 23 24 2 ga_12
+ 23 24 25 2 ga_11
+ 22 26 27 2 ga_29
+ 22 26 28 2 ga_18
+ 27 26 28 2 ga_32
+ 26 28 29 2 ga_31
+ 26 28 30 2 ga_30
+ 29 28 30 2 ga_17
+ 28 30 31 2 ga_12
+ 30 31 32 2 ga_29
+ 30 31 33 2 ga_18
+ 32 31 33 2 ga_32
+ 31 33 34 2 ga_31
+ 31 33 35 2 ga_30
+ 34 33 35 2 ga_17
+ 33 35 36 2 ga_12
+ 33 35 49 2 ga_12
+ 36 35 49 2 ga_12
+ 35 36 37 2 ga_14
+ 36 37 38 2 ga_26
+ 36 37 40 2 ga_26
+ 38 37 40 2 ga_26
+ 37 38 39 2 ga_24
+ 37 38 42 2 ga_26
+ 39 38 42 2 ga_24
+ 37 40 41 2 ga_24
+ 37 40 44 2 ga_26
+ 41 40 44 2 ga_24
+ 38 42 43 2 ga_24
+ 38 42 46 2 ga_26
+ 43 42 46 2 ga_24
+ 40 44 45 2 ga_24
+ 40 44 46 2 ga_26
+ 45 44 46 2 ga_24
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+ 44 46 47 2 ga_26
+ 46 47 48 2 ga_11
+ 35 49 50 2 ga_29
+ 35 49 51 2 ga_18
+ 50 49 51 2 ga_32
+ 49 51 52 2 ga_31
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+ 54 53 58 2 ga_12
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+ 54 55 56 2 ga_21
+ 54 55 57 2 ga_21
+ 56 55 57 2 ga_37
+ 53 58 59 2 ga_29
+ 53 58 60 2 ga_18
+ 59 58 60 2 ga_32
+ 58 60 61 2 ga_31
+ 58 60 62 2 ga_30
+ 61 60 62 2 ga_17
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+ 63 62 64 2 ga_12
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+ 68 67 71 2 ga_12
+ 67 68 69 2 ga_12
+ 68 69 70 2 ga_12
+ 66 70 69 2 ga_12
+ 67 71 72 2 ga_29
+ 67 71 73 2 ga_18
+ 72 71 73 2 ga_32
+ 71 73 74 2 ga_31
+ 71 73 75 2 ga_30
+ 74 73 75 2 ga_17
+ 73 75 76 2 ga_12
+ 73 75 88 2 ga_12
+ 76 75 88 2 ga_12
+ 75 76 77 2 ga_14
+ 76 77 78 2 ga_26
+ 76 77 80 2 ga_26
+ 78 77 80 2 ga_26
+ 77 78 79 2 ga_24
+ 77 78 82 2 ga_26
+ 79 78 82 2 ga_24
+ 77 80 81 2 ga_24
+ 77 80 84 2 ga_26
+ 81 80 84 2 ga_24
+ 78 82 83 2 ga_24
+ 78 82 86 2 ga_26
+ 83 82 86 2 ga_24
+ 80 84 85 2 ga_24
+ 80 84 86 2 ga_26
+ 85 84 86 2 ga_24
+ 82 86 84 2 ga_26
+ 82 86 87 2 ga_24
+ 84 86 87 2 ga_24
+ 75 88 89 2 ga_29
+ 75 88 90 2 ga_18
+ 89 88 90 2 ga_32
+ 88 90 91 2 ga_31
+ 88 90 92 2 ga_30
+ 91 90 92 2 ga_17
+ 90 92 93 2 ga_12
+ 90 92 97 2 ga_12
+ 93 92 97 2 ga_12
+ 92 93 94 2 ga_12
+ 92 93 96 2 ga_14
+ 94 93 96 2 ga_14
+ 93 94 95 2 ga_11
+ 92 97 98 2 ga_29
+ 92 97 99 2 ga_18
+ 98 97 99 2 ga_32
+ 97 99 100 2 ga_31
+ 97 99 101 2 ga_30
+ 100 99 101 2 ga_17
+ 99 101 102 2 ga_12
+ 99 101 106 2 ga_12
+ 102 101 106 2 ga_12
+ 101 102 103 2 ga_14
+ 101 102 104 2 ga_14
+ 103 102 104 2 ga_14
+ 102 103 105 2 ga_14
+ 101 106 107 2 ga_29
+ 101 106 108 2 ga_18
+ 107 106 108 2 ga_32
+ 106 108 109 2 ga_31
+ 106 108 110 2 ga_30
+ 109 108 110 2 ga_17
+ 108 110 111 2 ga_12
+ 108 110 118 2 ga_12
+ 111 110 118 2 ga_12
+ 110 111 112 2 ga_14
+ 111 112 113 2 ga_36
+ 111 112 114 2 ga_36
+ 113 112 114 2 ga_6
+ 112 113 115 2 ga_6
+ 112 114 116 2 ga_6
+ 113 115 116 2 ga_6
+ 114 116 115 2 ga_6
+ 114 116 117 2 ga_35
+ 115 116 117 2 ga_35
+ 110 118 119 2 ga_29
+ 110 118 120 2 ga_18
+ 119 118 120 2 ga_32
+ 118 120 121 2 ga_31
+ 118 120 122 2 ga_30
+ 121 120 122 2 ga_17
+ 120 122 123 2 ga_12
+ 120 122 126 2 ga_12
+ 123 122 126 2 ga_12
+ 122 123 124 2 ga_14
+ 122 123 125 2 ga_14
+ 124 123 125 2 ga_14
+ 122 126 127 2 ga_29
+ 122 126 128 2 ga_18
+ 127 126 128 2 ga_32
+ 126 128 129 2 ga_31
+ 126 128 130 2 ga_30
+ 129 128 130 2 ga_17
+ 128 130 131 2 ga_12
+ 128 130 134 2 ga_12
+ 131 130 134 2 ga_12
+ 130 131 132 2 ga_15
+ 131 132 133 2 ga_2
+ 130 134 135 2 ga_29
+ 130 134 136 2 ga_18
+ 135 134 136 2 ga_32
+ 134 136 137 2 ga_31
+ 134 136 138 2 ga_30
+ 137 136 138 2 ga_17
+ 136 138 139 2 ga_12
+ 138 139 140 2 ga_29
+ 138 139 141 2 ga_18
+ 140 139 141 2 ga_32
+ 139 141 142 2 ga_31
+ 139 141 143 2 ga_30
+ 142 141 143 2 ga_17
+ 141 143 144 2 ga_12
+ 141 143 145 2 ga_12
+ 144 143 145 2 ga_12
+ 143 145 146 2 ga_29
+ 143 145 147 2 ga_18
+ 146 145 147 2 ga_32
+ 145 147 148 2 ga_30
+ 145 147 151 2 ga_30
+ 148 147 151 2 ga_20
+ 147 148 149 2 ga_12
+ 147 148 152 2 ga_12
+ 149 148 152 2 ga_12
+ 148 149 150 2 ga_12
+ 149 150 151 2 ga_12
+ 147 151 150 2 ga_12
+ 148 152 153 2 ga_21
+ 148 152 154 2 ga_21
+ 153 152 154 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 18 1 gd_19
+ 3 7 8 9 1 gd_17
+ 3 7 18 20 1 gd_20
+ 7 8 9 10 1 gd_17
+ 8 9 10 11 1 gd_17
+ 9 10 11 14 1 gd_17
+ 10 11 14 15 1 gd_14
+ 7 18 20 22 1 gd_4
+ 18 20 22 26 1 gd_19
+ 20 22 23 24 1 gd_17
+ 20 22 26 28 1 gd_20
+ 22 23 24 25 1 gd_12
+ 22 26 28 30 1 gd_4
+ 26 28 30 31 1 gd_19
+ 28 30 31 33 1 gd_20
+ 30 31 33 35 1 gd_4
+ 31 33 35 49 1 gd_19
+ 33 35 36 37 1 gd_17
+ 33 35 49 51 1 gd_20
+ 35 36 37 38 1 gd_20
+ 42 46 47 48 1 gd_2
+ 35 49 51 53 1 gd_4
+ 49 51 53 58 1 gd_19
+ 51 53 54 55 1 gd_17
+ 51 53 58 60 1 gd_20
+ 53 54 55 56 1 gd_20
+ 53 58 60 62 1 gd_4
+ 58 60 62 64 1 gd_19
+ 60 62 64 66 1 gd_20
+ 62 64 66 67 1 gd_4
+ 64 66 67 71 1 gd_19
+ 67 66 70 69 1 gd_19
+ 66 67 68 69 1 gd_17
+ 66 67 71 73 1 gd_20
+ 67 68 69 70 1 gd_17
+ 68 69 70 66 1 gd_17
+ 67 71 73 75 1 gd_4
+ 71 73 75 88 1 gd_19
+ 73 75 76 77 1 gd_17
+ 73 75 88 90 1 gd_20
+ 75 76 77 78 1 gd_20
+ 75 88 90 92 1 gd_4
+ 88 90 92 97 1 gd_19
+ 90 92 93 94 1 gd_17
+ 90 92 97 99 1 gd_20
+ 92 93 94 95 1 gd_12
+ 92 97 99 101 1 gd_4
+ 97 99 101 106 1 gd_19
+ 99 101 102 103 1 gd_17
+ 99 101 106 108 1 gd_20
+ 101 102 103 105 1 gd_17
+ 101 106 108 110 1 gd_4
+ 106 108 110 118 1 gd_19
+ 108 110 111 112 1 gd_17
+ 108 110 118 120 1 gd_20
+ 110 111 112 113 1 gd_20
+ 110 118 120 122 1 gd_4
+ 118 120 122 126 1 gd_19
+ 120 122 123 124 1 gd_17
+ 120 122 126 128 1 gd_20
+ 122 126 128 130 1 gd_4
+ 126 128 130 134 1 gd_19
+ 128 130 131 132 1 gd_17
+ 128 130 134 136 1 gd_20
+ 130 131 132 133 1 gd_13
+ 130 134 136 138 1 gd_4
+ 134 136 138 139 1 gd_19
+ 136 138 139 141 1 gd_20
+ 138 139 141 143 1 gd_4
+ 139 141 143 145 1 gd_19
+ 141 143 145 147 1 gd_20
+ 143 145 147 148 1 gd_4
+ 145 147 148 152 1 gd_19
+ 148 147 151 150 1 gd_19
+ 147 148 149 150 1 gd_17
+ 147 148 152 154 1 gd_20
+ 148 149 150 151 1 gd_17
+ 149 150 151 147 1 gd_17
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 18 8 2 gi_2
+ 18 7 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
+ 22 20 26 23 2 gi_2
+ 26 22 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 31 30 33 32 2 gi_1
+ 33 31 35 34 2 gi_1
+ 35 33 49 36 2 gi_2
+ 36 40 38 37 2 gi_1
+ 37 38 42 46 2 gi_1
+ 37 40 44 46 2 gi_1
+ 38 37 42 39 2 gi_1
+ 38 37 40 44 2 gi_1
+ 38 42 46 44 2 gi_1
+ 40 37 44 41 2 gi_1
+ 40 37 38 42 2 gi_1
+ 40 44 46 42 2 gi_1
+ 42 46 38 43 2 gi_1
+ 44 46 40 45 2 gi_1
+ 46 42 44 47 2 gi_1
+ 49 35 51 50 2 gi_1
+ 51 49 53 52 2 gi_1
+ 53 51 58 54 2 gi_2
+ 54 57 56 55 2 gi_1
+ 58 53 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 64 63 2 gi_2
+ 64 62 66 65 2 gi_1
+ 66 64 67 70 2 gi_1
+ 67 66 71 68 2 gi_2
+ 71 67 73 72 2 gi_1
+ 73 71 75 74 2 gi_1
+ 75 73 88 76 2 gi_2
+ 76 80 78 77 2 gi_1
+ 77 78 82 86 2 gi_1
+ 77 80 84 86 2 gi_1
+ 78 77 82 79 2 gi_1
+ 78 77 80 84 2 gi_1
+ 78 82 86 84 2 gi_1
+ 80 77 84 81 2 gi_1
+ 80 77 78 82 2 gi_1
+ 80 84 86 82 2 gi_1
+ 82 86 78 83 2 gi_1
+ 84 86 80 85 2 gi_1
+ 86 82 84 87 2 gi_1
+ 88 75 90 89 2 gi_1
+ 90 88 92 91 2 gi_1
+ 92 90 97 93 2 gi_2
+ 92 96 94 93 2 gi_2
+ 97 92 99 98 2 gi_1
+ 99 97 101 100 2 gi_1
+ 101 99 106 102 2 gi_2
+ 101 104 103 102 2 gi_2
+ 106 101 108 107 2 gi_1
+ 108 106 110 109 2 gi_1
+ 110 108 118 111 2 gi_2
+ 111 114 113 112 2 gi_1
+ 112 114 116 115 2 gi_1
+ 112 113 115 116 2 gi_1
+ 113 115 116 114 2 gi_1
+ 113 112 114 116 2 gi_1
+ 114 112 113 115 2 gi_1
+ 116 114 115 117 2 gi_1
+ 118 110 120 119 2 gi_1
+ 120 118 122 121 2 gi_1
+ 122 120 126 123 2 gi_2
+ 122 124 125 123 2 gi_2
+ 126 122 128 127 2 gi_1
+ 128 126 130 129 2 gi_1
+ 130 128 134 131 2 gi_2
+ 134 130 136 135 2 gi_1
+ 136 134 138 137 2 gi_1
+ 139 138 141 140 2 gi_1
+ 141 139 143 142 2 gi_1
+ 143 141 145 144 2 gi_2
+ 145 143 147 146 2 gi_1
+ 147 145 148 151 2 gi_1
+ 148 147 152 149 2 gi_2
+ 152 148 154 153 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 14 11 12 13 1
+ 15 11 12 13 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 21 20 18 22 2
+ 29 28 26 30 2
+ 34 33 31 35 2
+ 39 38 37 42 2
+ 41 40 37 44 2
+ 43 42 38 46 2
+ 45 44 40 46 2
+ 52 51 49 53 2
+ 61 60 58 62 2
+ 74 73 71 75 2
+ 79 78 77 82 2
+ 81 80 77 84 2
+ 83 82 78 86 2
+ 85 84 80 86 2
+ 87 86 82 84 2
+ 91 90 88 92 2
+ 100 99 97 101 2
+ 109 108 106 110 2
+ 117 116 114 115 2
+ 121 120 118 122 2
+ 129 128 126 130 2
+ 137 136 134 138 2
+ 142 141 139 143 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 16 11 12 13 -4
+ 17 11 12 13 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">165</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 2 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 2 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 2 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 2 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 2 ALA C 3 0.38 12.011
+ 8 O 2 ALA O 3 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 9 N 3 CYS N 4 -0.28 14.0067
+ 10 H 3 CYS H 4 0.28 1.008
+ 11 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 12 CH2 3 CYS CB 5 0 14.027
+ 13 S 3 CYS SG 6 -0.064 32.06
+ 14 H 3 CYS HG 6 0.064 1.008
+ 15 C 3 CYS C 7 0.38 12.011
+ 16 O 3 CYS O 7 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 17 N 4 ASP N 8 -0.28 14.0067
+ 18 H 4 ASP H 8 0.28 1.008
+ 19 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 20 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 21 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 22 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 23 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 24 C 4 ASP C 11 0.38 12.011
+ 25 O 4 ASP O 11 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 26 N 5 GLU N 12 -0.28 14.0067
+ 27 H 5 GLU H 12 0.28 1.008
+ 28 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 29 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 30 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 31 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 32 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 33 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 34 C 5 GLU C 15 0.38 12.011
+ 35 O 5 GLU O 15 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 36 N 6 PHE N 16 -0.28 14.0067
+ 37 H 6 PHE H 16 0.28 1.008
+ 38 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 39 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 40 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 41 C 6 PHE CD1 18 -0.1 12.011
+ 42 HC 6 PHE HD1 18 0.1 1.008
+ 43 C 6 PHE CD2 19 -0.1 12.011
+ 44 HC 6 PHE HD2 19 0.1 1.008
+ 45 C 6 PHE CE1 20 -0.1 12.011
+ 46 HC 6 PHE HE1 20 0.1 1.008
+ 47 C 6 PHE CE2 21 -0.1 12.011
+ 48 HC 6 PHE HE2 21 0.1 1.008
+ 49 C 6 PHE CZ 22 -0.1 12.011
+ 50 HC 6 PHE HZ 22 0.1 1.008
+ 51 C 6 PHE C 23 0.38 12.011
+ 52 O 6 PHE O 23 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 53 N 7 GLY N 24 -0.28 14.0067
+ 54 H 7 GLY H 24 0.28 1.008
+ 55 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 56 C 7 GLY C 26 0.38 12.011
+ 57 O 7 GLY O 26 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 58 N 8 HIS N 27 -0.28 14.0067
+ 59 H 8 HIS H 27 0.28 1.008
+ 60 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 61 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 62 C 8 HIS CG 29 0.13 12.011
+ 63 NR 8 HIS ND1 29 -0.58 14.0067
+ 64 CR1 8 HIS CD2 29 0 13.019
+ 65 CR1 8 HIS CE1 29 0.26 13.019
+ 66 NR 8 HIS NE2 29 0 14.0067
+ 67 H 8 HIS HE2 29 0.19 1.008
+ 68 C 8 HIS C 30 0.38 12.011
+ 69 O 8 HIS O 30 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 70 N 9 ILE N 31 -0.28 14.0067
+ 71 H 9 ILE H 31 0.28 1.008
+ 72 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 73 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 74 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 75 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 76 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 77 C 9 ILE C 34 0.38 12.011
+ 78 O 9 ILE O 34 -0.38 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 79 N 10 LYS N 35 -0.28 14.0067
+ 80 H 10 LYS H 35 0.28 1.008
+ 81 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 82 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 83 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 84 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 85 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 86 NL 10 LYS NZ 38 0.129 14.0067
+ 87 H 10 LYS HZ1 38 0.248 1.008
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+ 89 H 10 LYS HZ3 38 0.248 1.008
+ 90 C 10 LYS C 39 0.38 12.011
+ 91 O 10 LYS O 39 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 92 N 11 LEU N 40 -0.28 14.0067
+ 93 H 11 LEU H 40 0.28 1.008
+ 94 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
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+ 99 C 11 LEU C 43 0.38 12.011
+ 100 O 11 LEU O 43 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 101 N 12 MET N 44 -0.28 14.0067
+ 102 H 12 MET H 44 0.28 1.008
+ 103 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 104 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
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+ 108 C 12 MET C 47 0.38 12.011
+ 109 O 12 MET O 47 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 110 N 13 ASN N 48 -0.28 14.0067
+ 111 H 13 ASN H 48 0.28 1.008
+ 112 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 113 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 114 C 13 ASN CG 50 0.38 12.011
+ 115 O 13 ASN OD1 50 -0.38 15.9994
+ 116 NT 13 ASN ND2 51 -0.83 14.0067
+ 117 H 13 ASN HD21 51 0.415 1.008
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+ 119 C 13 ASN C 52 0.38 12.011
+ 120 O 13 ASN O 52 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 121 N 14 PRO N 53 0 14.0067
+ 122 CH1 14 PRO CA 54 0 13.019
+ 123 CH2 14 PRO CB 54 0 14.027
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+ 125 CH2 14 PRO CD 55 0 14.027
+ 126 C 14 PRO C 56 0.38 12.011
+ 127 O 14 PRO O 56 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 128 N 15 GLN N 57 -0.28 14.0067
+ 129 H 15 GLN H 57 0.28 1.008
+ 130 CH1 15 GLN CA 58 0 13.019
+ 131 CH2 15 GLN CB 58 0 14.027
+ 132 CH2 15 GLN CG 58 0 14.027
+ 133 C 15 GLN CD 59 0.38 12.011
+ 134 O 15 GLN OE1 59 -0.38 15.9994
+ 135 NT 15 GLN NE2 60 -0.83 14.0067
+ 136 H 15 GLN HE21 60 0.415 1.008
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+ 138 C 15 GLN C 61 0.38 12.011
+ 139 O 15 GLN O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 140 N 16 ARG N 62 -0.28 14.0067
+ 141 H 16 ARG H 62 0.28 1.008
+ 142 CH1 16 ARG CA 63 0 13.019
+ 143 CH2 16 ARG CB 63 0 14.027
+ 144 CH2 16 ARG CG 63 0 14.027
+ 145 CH2 16 ARG CD 64 0.09 14.027
+ 146 NE 16 ARG NE 64 -0.11 14.0067
+ 147 H 16 ARG HE 64 0.24 1.008
+ 148 C 16 ARG CZ 64 0.34 12.011
+ 149 NZ 16 ARG NH1 64 -0.26 14.0067
+ 150 H 16 ARG HH11 64 0.24 1.008
+ 151 H 16 ARG HH12 64 0.24 1.008
+ 152 NZ 16 ARG NH2 64 -0.26 14.0067
+ 153 H 16 ARG HH21 64 0.24 1.008
+ 154 H 16 ARG HH22 64 0.24 1.008
+ 155 C 16 ARG C 65 0.38 12.011
+ 156 O 16 ARG O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 157 N 17 SER N 66 -0.28 14.0067
+ 158 H 17 SER H 66 0.28 1.008
+ 159 CH1 17 SER CA 67 0 13.019
+ 160 CH2 17 SER CB 68 0.15 14.027
+ 161 OA 17 SER OG 68 -0.548 15.9994
+ 162 H 17 SER HG 68 0.398 1.008
+ 163 C 17 SER C 69 0.27 12.011
+ 164 OM 17 SER O1 69 -0.635 15.9994
+ 165 OM 17 SER O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_20
+ 5 6 2 gb_26
+ 5 7 2 gb_26
+ 7 8 2 gb_4
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+ 9 10 2 gb_2
+ 9 11 2 gb_20
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+ 19 20 2 gb_26
+ 19 24 2 gb_26
+ 20 21 2 gb_26
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+ 21 23 2 gb_5
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+ 163 165 2 gb_5
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 8 1
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+[ angles ]
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 159 160 161 162 1 gd_12
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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+ 15 11 17 16 2 gi_1
+ 17 15 19 18 2 gi_1
+ 19 17 24 20 2 gi_2
+ 20 23 22 21 2 gi_1
+ 24 19 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 28 26 34 29 2 gi_2
+ 30 33 32 31 2 gi_1
+ 34 28 36 35 2 gi_1
+ 36 34 38 37 2 gi_1
+ 38 36 51 39 2 gi_2
+ 39 43 41 40 2 gi_1
+ 40 41 45 49 2 gi_1
+ 40 43 47 49 2 gi_1
+ 41 40 45 42 2 gi_1
+ 41 40 43 47 2 gi_1
+ 41 45 49 47 2 gi_1
+ 43 40 47 44 2 gi_1
+ 43 40 41 45 2 gi_1
+ 43 47 49 45 2 gi_1
+ 45 49 41 46 2 gi_1
+ 47 49 43 48 2 gi_1
+ 49 45 47 50 2 gi_1
+ 51 38 53 52 2 gi_1
+ 53 51 55 54 2 gi_1
+ 56 55 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 68 61 2 gi_2
+ 61 64 63 62 2 gi_1
+ 62 64 66 65 2 gi_1
+ 62 63 65 66 2 gi_1
+ 63 65 66 64 2 gi_1
+ 63 62 64 66 2 gi_1
+ 64 62 63 65 2 gi_1
+ 66 64 65 67 2 gi_1
+ 68 60 70 69 2 gi_1
+ 70 68 72 71 2 gi_1
+ 72 70 77 73 2 gi_2
+ 72 75 74 73 2 gi_2
+ 77 72 79 78 2 gi_1
+ 79 77 81 80 2 gi_1
+ 81 79 90 82 2 gi_2
+ 90 81 92 91 2 gi_1
+ 92 90 94 93 2 gi_1
+ 94 92 99 95 2 gi_2
+ 95 97 98 96 2 gi_2
+ 99 94 101 100 2 gi_1
+ 101 99 103 102 2 gi_1
+ 103 101 108 104 2 gi_2
+ 108 103 110 109 2 gi_1
+ 110 108 112 111 2 gi_1
+ 112 110 119 113 2 gi_2
+ 113 116 115 114 2 gi_1
+ 114 118 117 116 2 gi_1
+ 119 112 121 120 2 gi_1
+ 121 119 122 125 2 gi_1
+ 122 121 126 123 2 gi_2
+ 126 122 128 127 2 gi_1
+ 128 126 130 129 2 gi_1
+ 130 128 138 131 2 gi_2
+ 132 135 134 133 2 gi_1
+ 133 137 136 135 2 gi_1
+ 138 130 140 139 2 gi_1
+ 140 138 142 141 2 gi_1
+ 142 140 155 143 2 gi_2
+ 146 145 148 147 2 gi_1
+ 146 152 149 148 2 gi_1
+ 148 151 150 149 2 gi_1
+ 148 154 153 152 2 gi_1
+ 155 142 157 156 2 gi_1
+ 157 155 159 158 2 gi_1
+ 159 157 163 160 2 gi_2
+ 163 159 165 164 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">202</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos43a1.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 NL 18 THR N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 18 THR H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 18 THR H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 18 THR H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH1 18 THR CB 3 0.15 13.019
+ 7 OA 18 THR OG1 3 -0.548 15.9994
+ 8 H 18 THR HG1 3 0.398 1.008
+ 9 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 10 C 18 THR C 5 0.38 12.011
+ 11 O 18 THR O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 12 N 19 VAL N 6 -0.28 14.0067
+ 13 H 19 VAL H 6 0.28 1.008
+ 14 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 15 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 16 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 17 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 18 C 19 VAL C 8 0.38 12.011
+ 19 O 19 VAL O 8 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 20 N 20 TRP N 9 -0.28 14.0067
+ 21 H 20 TRP H 9 0.28 1.008
+ 22 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 23 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 24 C 20 TRP CG 11 -0.14 12.011
+ 25 C 20 TRP CD1 11 -0.1 12.011
+ 26 HC 20 TRP HD1 11 0.1 1.008
+ 27 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 28 NR 20 TRP NE1 11 -0.05 14.0067
+ 29 H 20 TRP HE1 11 0.19 1.008
+ 30 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 31 C 20 TRP CE3 12 -0.1 12.011
+ 32 HC 20 TRP HE3 12 0.1 1.008
+ 33 C 20 TRP CZ2 13 -0.1 12.011
+ 34 HC 20 TRP HZ2 13 0.1 1.008
+ 35 C 20 TRP CZ3 14 -0.1 12.011
+ 36 HC 20 TRP HZ3 14 0.1 1.008
+ 37 C 20 TRP CH2 15 -0.1 12.011
+ 38 HC 20 TRP HH2 15 0.1 1.008
+ 39 C 20 TRP C 16 0.38 12.011
+ 40 O 20 TRP O 16 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 41 N 21 TYR N 17 -0.28 14.0067
+ 42 H 21 TYR H 17 0.28 1.008
+ 43 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 44 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 45 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 46 C 21 TYR CD1 19 -0.1 12.011
+ 47 HC 21 TYR HD1 19 0.1 1.008
+ 48 C 21 TYR CD2 20 -0.1 12.011
+ 49 HC 21 TYR HD2 20 0.1 1.008
+ 50 C 21 TYR CE1 21 -0.1 12.011
+ 51 HC 21 TYR HE1 21 0.1 1.008
+ 52 C 21 TYR CE2 22 -0.1 12.011
+ 53 HC 21 TYR HE2 22 0.1 1.008
+ 54 C 21 TYR CZ 23 0.15 12.011
+ 55 OA 21 TYR OH 23 -0.548 15.9994
+ 56 H 21 TYR HH 23 0.398 1.008
+ 57 C 21 TYR C 24 0.38 12.011
+ 58 O 21 TYR O 24 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 59 N 22 LYS N 25 -0.28 14.0067
+ 60 H 22 LYS H 25 0.28 1.008
+ 61 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 62 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 63 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 64 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 66 NL 22 LYS NZ 28 0.129 14.0067
+ 67 H 22 LYS HZ1 28 0.248 1.008
+ 68 H 22 LYS HZ2 28 0.248 1.008
+ 69 H 22 LYS HZ3 28 0.248 1.008
+ 70 C 22 LYS C 29 0.38 12.011
+ 71 O 22 LYS O 29 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 72 N 23 GLU N 30 -0.28 14.0067
+ 73 H 23 GLU H 30 0.28 1.008
+ 74 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 75 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 76 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 77 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 78 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 79 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 80 C 23 GLU C 33 0.38 12.011
+ 81 O 23 GLU O 33 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 82 N 24 TRP N 34 -0.28 14.0067
+ 83 H 24 TRP H 34 0.28 1.008
+ 84 CH1 24 TRP CA 35 0 13.019
+ 85 CH2 24 TRP CB 35 0 14.027
+ 86 C 24 TRP CG 36 -0.14 12.011
+ 87 C 24 TRP CD1 36 -0.1 12.011
+ 88 HC 24 TRP HD1 36 0.1 1.008
+ 89 C 24 TRP CD2 36 0 12.011
+ 90 NR 24 TRP NE1 36 -0.05 14.0067
+ 91 H 24 TRP HE1 36 0.19 1.008
+ 92 C 24 TRP CE2 36 0 12.011
+ 93 C 24 TRP CE3 37 -0.1 12.011
+ 94 HC 24 TRP HE3 37 0.1 1.008
+ 95 C 24 TRP CZ2 38 -0.1 12.011
+ 96 HC 24 TRP HZ2 38 0.1 1.008
+ 97 C 24 TRP CZ3 39 -0.1 12.011
+ 98 HC 24 TRP HZ3 39 0.1 1.008
+ 99 C 24 TRP CH2 40 -0.1 12.011
+ 100 HC 24 TRP HH2 40 0.1 1.008
+ 101 C 24 TRP C 41 0.38 12.011
+ 102 O 24 TRP O 41 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 103 N 25 PRO N 42 0 14.0067
+ 104 CH1 25 PRO CA 43 0 13.019
+ 105 CH2 25 PRO CB 43 0 14.027
+ 106 CH2 25 PRO CG 44 0 14.027
+ 107 CH2 25 PRO CD 44 0 14.027
+ 108 C 25 PRO C 45 0.38 12.011
+ 109 O 25 PRO O 45 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 110 N 26 PRO N 46 0 14.0067
+ 111 CH1 26 PRO CA 47 0 13.019
+ 112 CH2 26 PRO CB 47 0 14.027
+ 113 CH2 26 PRO CG 48 0 14.027
+ 114 CH2 26 PRO CD 48 0 14.027
+ 115 C 26 PRO C 49 0.38 12.011
+ 116 O 26 PRO O 49 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 117 N 27 CYS N 50 -0.28 14.0067
+ 118 H 27 CYS H 50 0.28 1.008
+ 119 CH1 27 CYS CA 51 0 13.019
+ 120 CH2 27 CYS CB 51 0 14.027
+ 121 S 27 CYS SG 52 -0.064 32.06
+ 122 H 27 CYS HG 52 0.064 1.008
+ 123 C 27 CYS C 53 0.38 12.011
+ 124 O 27 CYS O 53 -0.38 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 125 N 28 ARG N 54 -0.28 14.0067
+ 126 H 28 ARG H 54 0.28 1.008
+ 127 CH1 28 ARG CA 55 0 13.019
+ 128 CH2 28 ARG CB 55 0 14.027
+ 129 CH2 28 ARG CG 55 0 14.027
+ 130 CH2 28 ARG CD 56 0.09 14.027
+ 131 NE 28 ARG NE 56 -0.11 14.0067
+ 132 H 28 ARG HE 56 0.24 1.008
+ 133 C 28 ARG CZ 56 0.34 12.011
+ 134 NZ 28 ARG NH1 56 -0.26 14.0067
+ 135 H 28 ARG HH11 56 0.24 1.008
+ 136 H 28 ARG HH12 56 0.24 1.008
+ 137 NZ 28 ARG NH2 56 -0.26 14.0067
+ 138 H 28 ARG HH21 56 0.24 1.008
+ 139 H 28 ARG HH22 56 0.24 1.008
+ 140 C 28 ARG C 57 0.38 12.011
+ 141 O 28 ARG O 57 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
+ 142 N 29 HIS N 58 -0.28 14.0067
+ 143 H 29 HIS H 58 0.28 1.008
+ 144 CH1 29 HIS CA 59 0 13.019
+ 145 CH2 29 HIS CB 59 0 14.027
+ 146 C 29 HIS CG 60 0.13 12.011
+ 147 NR 29 HIS ND1 60 -0.58 14.0067
+ 148 CR1 29 HIS CD2 60 0 13.019
+ 149 CR1 29 HIS CE1 60 0.26 13.019
+ 150 NR 29 HIS NE2 60 0 14.0067
+ 151 H 29 HIS HE2 60 0.19 1.008
+ 152 C 29 HIS C 61 0.38 12.011
+ 153 O 29 HIS O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 154 N 30 ASN N 62 -0.28 14.0067
+ 155 H 30 ASN H 62 0.28 1.008
+ 156 CH1 30 ASN CA 63 0 13.019
+ 157 CH2 30 ASN CB 63 0 14.027
+ 158 C 30 ASN CG 64 0.38 12.011
+ 159 O 30 ASN OD1 64 -0.38 15.9994
+ 160 NT 30 ASN ND2 65 -0.83 14.0067
+ 161 H 30 ASN HD21 65 0.415 1.008
+ 162 H 30 ASN HD22 65 0.415 1.008
+ 163 C 30 ASN C 66 0.38 12.011
+ 164 O 30 ASN O 66 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 165 N 31 SER N 67 -0.28 14.0067
+ 166 H 31 SER H 67 0.28 1.008
+ 167 CH1 31 SER CA 68 0 13.019
+ 168 CH2 31 SER CB 69 0.15 14.027
+ 169 OA 31 SER OG 69 -0.548 15.9994
+ 170 H 31 SER HG 69 0.398 1.008
+ 171 C 31 SER C 70 0.38 12.011
+ 172 O 31 SER O 70 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 173 N 32 HIS N 71 -0.28 14.0067
+ 174 H 32 HIS H 71 0.28 1.008
+ 175 CH1 32 HIS CA 72 0 13.019
+ 176 CH2 32 HIS CB 72 0 14.027
+ 177 C 32 HIS CG 73 0.13 12.011
+ 178 NR 32 HIS ND1 73 -0.58 14.0067
+ 179 CR1 32 HIS CD2 73 0 13.019
+ 180 CR1 32 HIS CE1 73 0.26 13.019
+ 181 NR 32 HIS NE2 73 0 14.0067
+ 182 H 32 HIS HE2 73 0.19 1.008
+ 183 C 32 HIS C 74 0.38 12.011
+ 184 O 32 HIS O 74 -0.38 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 185 N 33 PHE N 75 -0.28 14.0067
+ 186 H 33 PHE H 75 0.28 1.008
+ 187 CH1 33 PHE CA 76 0 13.019
+ 188 CH2 33 PHE CB 76 0 14.027
+ 189 C 33 PHE CG 76 0 12.011
+ 190 C 33 PHE CD1 77 -0.1 12.011
+ 191 HC 33 PHE HD1 77 0.1 1.008
+ 192 C 33 PHE CD2 78 -0.1 12.011
+ 193 HC 33 PHE HD2 78 0.1 1.008
+ 194 C 33 PHE CE1 79 -0.1 12.011
+ 195 HC 33 PHE HE1 79 0.1 1.008
+ 196 C 33 PHE CE2 80 -0.1 12.011
+ 197 HC 33 PHE HE2 80 0.1 1.008
+ 198 C 33 PHE CZ 81 -0.1 12.011
+ 199 HC 33 PHE HZ 81 0.1 1.008
+ 200 C 33 PHE C 82 0.27 12.011
+ 201 OM 33 PHE O1 82 -0.635 15.9994
+ 202 OM 33 PHE O2 82 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_20
+ 5 6 2 gb_26
+ 5 10 2 gb_26
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+ 57 59 61 2 ga_30
+ 60 59 61 2 ga_17
+ 59 61 62 2 ga_12
+ 59 61 70 2 ga_12
+ 62 61 70 2 ga_12
+ 61 62 63 2 ga_14
+ 62 63 64 2 ga_14
+ 63 64 65 2 ga_14
+ 64 65 66 2 ga_14
+ 65 66 67 2 ga_10
+ 65 66 68 2 ga_10
+ 65 66 69 2 ga_10
+ 67 66 68 2 ga_9
+ 67 66 69 2 ga_9
+ 68 66 69 2 ga_9
+ 61 70 71 2 ga_29
+ 61 70 72 2 ga_18
+ 71 70 72 2 ga_32
+ 70 72 73 2 ga_31
+ 70 72 74 2 ga_30
+ 73 72 74 2 ga_17
+ 72 74 75 2 ga_12
+ 72 74 80 2 ga_12
+ 75 74 80 2 ga_12
+ 74 75 76 2 ga_14
+ 75 76 77 2 ga_14
+ 76 77 78 2 ga_21
+ 76 77 79 2 ga_21
+ 78 77 79 2 ga_37
+ 74 80 81 2 ga_29
+ 74 80 82 2 ga_18
+ 81 80 82 2 ga_32
+ 80 82 83 2 ga_31
+ 80 82 84 2 ga_30
+ 83 82 84 2 ga_17
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+ 82 84 101 2 ga_12
+ 85 84 101 2 ga_12
+ 84 85 86 2 ga_14
+ 85 86 87 2 ga_36
+ 85 86 89 2 ga_36
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+ 86 87 90 2 ga_6
+ 88 87 90 2 ga_35
+ 86 89 92 2 ga_6
+ 86 89 93 2 ga_38
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+ 87 90 91 2 ga_35
+ 87 90 92 2 ga_6
+ 91 90 92 2 ga_35
+ 89 92 90 2 ga_6
+ 89 92 95 2 ga_26
+ 90 92 95 2 ga_38
+ 89 93 94 2 ga_24
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+ 92 95 99 2 ga_26
+ 96 95 99 2 ga_24
+ 93 97 98 2 ga_24
+ 93 97 99 2 ga_26
+ 98 97 99 2 ga_24
+ 95 99 97 2 ga_26
+ 95 99 100 2 ga_24
+ 97 99 100 2 ga_24
+ 84 101 102 2 ga_29
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+ 101 103 104 2 ga_30
+ 101 103 107 2 ga_30
+ 104 103 107 2 ga_20
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+ 118 117 119 2 ga_17
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+ 155 154 156 2 ga_17
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+ 158 160 161 2 ga_22
+ 158 160 162 2 ga_22
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+ 165 167 171 2 ga_12
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+ 167 171 173 2 ga_18
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+ 173 175 183 2 ga_12
+ 176 175 183 2 ga_12
+ 175 176 177 2 ga_14
+ 176 177 178 2 ga_36
+ 176 177 179 2 ga_36
+ 178 177 179 2 ga_6
+ 177 178 180 2 ga_6
+ 177 179 181 2 ga_6
+ 178 180 181 2 ga_6
+ 179 181 180 2 ga_6
+ 179 181 182 2 ga_35
+ 180 181 182 2 ga_35
+ 175 183 184 2 ga_29
+ 175 183 185 2 ga_18
+ 184 183 185 2 ga_32
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+ 188 189 190 2 ga_26
+ 188 189 192 2 ga_26
+ 190 189 192 2 ga_26
+ 189 190 191 2 ga_24
+ 189 190 194 2 ga_26
+ 191 190 194 2 ga_24
+ 189 192 193 2 ga_24
+ 189 192 196 2 ga_26
+ 193 192 196 2 ga_24
+ 190 194 195 2 ga_24
+ 190 194 198 2 ga_26
+ 195 194 198 2 ga_24
+ 192 196 197 2 ga_24
+ 192 196 198 2 ga_26
+ 197 196 198 2 ga_24
+ 194 198 196 2 ga_26
+ 194 198 199 2 ga_24
+ 196 198 199 2 ga_24
+ 187 200 201 2 ga_21
+ 187 200 202 2 ga_21
+ 201 200 202 2 ga_37
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 10 1 gd_19
+ 1 5 6 7 1 gd_17
+ 1 5 10 12 1 gd_20
+ 5 6 7 8 1 gd_12
+ 5 10 12 14 1 gd_4
+ 10 12 14 18 1 gd_19
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+ 12 14 18 20 1 gd_20
+ 14 18 20 22 1 gd_4
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+ 20 22 23 24 1 gd_17
+ 20 22 39 41 1 gd_20
+ 22 23 24 27 1 gd_20
+ 22 39 41 43 1 gd_4
+ 39 41 43 57 1 gd_19
+ 41 43 44 45 1 gd_17
+ 41 43 57 59 1 gd_20
+ 43 44 45 46 1 gd_20
+ 50 54 55 56 1 gd_2
+ 43 57 59 61 1 gd_4
+ 57 59 61 70 1 gd_19
+ 59 61 62 63 1 gd_17
+ 59 61 70 72 1 gd_20
+ 61 62 63 64 1 gd_17
+ 62 63 64 65 1 gd_17
+ 63 64 65 66 1 gd_17
+ 64 65 66 67 1 gd_14
+ 61 70 72 74 1 gd_4
+ 70 72 74 80 1 gd_19
+ 72 74 75 76 1 gd_17
+ 72 74 80 82 1 gd_20
+ 74 75 76 77 1 gd_17
+ 75 76 77 79 1 gd_20
+ 74 80 82 84 1 gd_4
+ 80 82 84 101 1 gd_19
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+ 84 85 86 89 1 gd_20
+ 84 101 103 104 1 gd_4
+ 101 103 104 108 1 gd_19
+ 104 103 107 106 1 gd_19
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+ 103 104 108 110 1 gd_20
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+ 105 106 107 103 1 gd_17
+ 104 108 110 111 1 gd_4
+ 108 110 111 115 1 gd_19
+ 111 110 114 113 1 gd_19
+ 110 111 112 113 1 gd_17
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+ 115 117 119 123 1 gd_19
+ 117 119 120 121 1 gd_17
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+ 128 129 130 131 1 gd_17
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+ 127 140 142 144 1 gd_4
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+ 167 168 169 170 1 gd_12
+ 167 171 173 175 1 gd_4
+ 171 173 175 183 1 gd_19
+ 173 175 176 177 1 gd_17
+ 173 175 183 185 1 gd_20
+ 175 176 177 178 1 gd_20
+ 175 183 185 187 1 gd_4
+ 183 185 187 200 1 gd_19
+ 185 187 188 189 1 gd_17
+ 185 187 200 202 1 gd_20
+ 187 188 189 190 1 gd_20
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 10 6 2 gi_2
+ 5 9 7 6 2 gi_2
+ 10 5 12 11 2 gi_1
+ 12 10 14 13 2 gi_1
+ 14 12 18 15 2 gi_2
+ 14 16 17 15 2 gi_2
+ 18 14 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
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+ 25 28 30 27 2 gi_1
+ 25 24 27 30 2 gi_1
+ 27 24 25 28 2 gi_1
+ 27 30 33 37 2 gi_1
+ 27 31 35 37 2 gi_1
+ 28 25 30 29 2 gi_1
+ 28 33 27 30 2 gi_1
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+ 30 33 37 35 2 gi_1
+ 31 27 35 32 2 gi_1
+ 31 27 30 33 2 gi_1
+ 31 35 37 33 2 gi_1
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+ 37 33 35 38 2 gi_1
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+ 99 95 97 100 2 gi_1
+ 101 84 103 102 2 gi_1
+ 103 101 104 107 2 gi_1
+ 104 103 108 105 2 gi_2
+ 108 104 110 109 2 gi_1
+ 110 108 111 114 2 gi_1
+ 111 110 115 112 2 gi_2
+ 115 111 117 116 2 gi_1
+ 117 115 119 118 2 gi_1
+ 119 117 123 120 2 gi_2
+ 123 119 125 124 2 gi_1
+ 125 123 127 126 2 gi_1
+ 127 125 140 128 2 gi_2
+ 131 130 133 132 2 gi_1
+ 131 137 134 133 2 gi_1
+ 133 136 135 134 2 gi_1
+ 133 139 138 137 2 gi_1
+ 140 127 142 141 2 gi_1
+ 142 140 144 143 2 gi_1
+ 144 142 152 145 2 gi_2
+ 145 148 147 146 2 gi_1
+ 146 148 150 149 2 gi_1
+ 146 147 149 150 2 gi_1
+ 147 149 150 148 2 gi_1
+ 147 146 148 150 2 gi_1
+ 148 146 147 149 2 gi_1
+ 150 148 149 151 2 gi_1
+ 152 144 154 153 2 gi_1
+ 154 152 156 155 2 gi_1
+ 156 154 163 157 2 gi_2
+ 157 160 159 158 2 gi_1
+ 158 162 161 160 2 gi_1
+ 163 156 165 164 2 gi_1
+ 165 163 167 166 2 gi_1
+ 167 165 171 168 2 gi_2
+ 171 167 173 172 2 gi_1
+ 173 171 175 174 2 gi_1
+ 175 173 183 176 2 gi_2
+ 176 179 178 177 2 gi_1
+ 177 179 181 180 2 gi_1
+ 177 178 180 181 2 gi_1
+ 178 180 181 179 2 gi_1
+ 178 177 179 181 2 gi_1
+ 179 177 178 180 2 gi_1
+ 181 179 180 182 2 gi_1
+ 183 175 185 184 2 gi_1
+ 185 183 187 186 2 gi_1
+ 187 185 200 188 2 gi_2
+ 188 192 190 189 2 gi_1
+ 189 190 194 198 2 gi_1
+ 189 192 196 198 2 gi_1
+ 190 189 194 191 2 gi_1
+ 190 189 192 196 2 gi_1
+ 190 194 198 196 2 gi_1
+ 192 189 196 193 2 gi_1
+ 192 189 190 194 2 gi_1
+ 192 196 198 194 2 gi_1
+ 194 198 190 195 2 gi_1
+ 196 198 192 197 2 gi_1
+ 198 194 196 199 2 gi_1
+ 200 187 202 201 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos43a1.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos43a1.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">167</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 2 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 2 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 2 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 2 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 2 ALA C 3 0.45 12.011
+ 8 O 2 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 9 N 3 CYS N 4 -0.31 14.0067
+ 10 H 3 CYS H 4 0.31 1.008
+ 11 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 12 CH2 3 CYS CB 6 0.15 14.027
+ 13 S 3 CYS SG 6 -0.37 32.06
+ 14 H 3 CYS HG 6 0.22 1.008
+ 15 C 3 CYS C 7 0.45 12.011
+ 16 O 3 CYS O 7 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 17 N 4 ASP N 8 -0.31 14.0067
+ 18 H 4 ASP H 8 0.31 1.008
+ 19 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 20 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 21 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 22 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 23 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 24 C 4 ASP C 11 0.45 12.011
+ 25 O 4 ASP O 11 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 26 N 5 GLU N 12 -0.31 14.0067
+ 27 H 5 GLU H 12 0.31 1.008
+ 28 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 29 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 30 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 31 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 32 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 33 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 34 C 5 GLU C 15 0.45 12.011
+ 35 O 5 GLU O 15 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 36 N 6 PHE N 16 -0.31 14.0067
+ 37 H 6 PHE H 16 0.31 1.008
+ 38 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 39 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 40 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 41 C 6 PHE CD1 18 -0.14 12.011
+ 42 HC 6 PHE HD1 18 0.14 1.008
+ 43 C 6 PHE CD2 19 -0.14 12.011
+ 44 HC 6 PHE HD2 19 0.14 1.008
+ 45 C 6 PHE CE1 20 -0.14 12.011
+ 46 HC 6 PHE HE1 20 0.14 1.008
+ 47 C 6 PHE CE2 21 -0.14 12.011
+ 48 HC 6 PHE HE2 21 0.14 1.008
+ 49 C 6 PHE CZ 22 -0.14 12.011
+ 50 HC 6 PHE HZ 22 0.14 1.008
+ 51 C 6 PHE C 23 0.45 12.011
+ 52 O 6 PHE O 23 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 53 N 7 GLY N 24 -0.31 14.0067
+ 54 H 7 GLY H 24 0.31 1.008
+ 55 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 56 C 7 GLY C 26 0.45 12.011
+ 57 O 7 GLY O 26 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 58 N 8 HIS N 27 -0.31 14.0067
+ 59 H 8 HIS H 27 0.31 1.008
+ 60 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 61 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 62 C 8 HIS CG 29 0 12.011
+ 63 NR 8 HIS ND1 29 -0.54 14.0067
+ 64 C 8 HIS CD2 29 0 12.011
+ 65 HC 8 HIS HD2 29 0.14 1.008
+ 66 C 8 HIS CE1 29 0 12.011
+ 67 HC 8 HIS HE1 29 0.14 1.008
+ 68 NR 8 HIS NE2 29 -0.05 14.0067
+ 69 H 8 HIS HE2 29 0.31 1.008
+ 70 C 8 HIS C 30 0.45 12.011
+ 71 O 8 HIS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 72 N 9 ILE N 31 -0.31 14.0067
+ 73 H 9 ILE H 31 0.31 1.008
+ 74 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 75 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 76 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 77 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 78 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 79 C 9 ILE C 34 0.45 12.011
+ 80 O 9 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 81 N 10 LYS N 35 -0.31 14.0067
+ 82 H 10 LYS H 35 0.31 1.008
+ 83 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 84 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 85 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 86 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 87 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 88 NL 10 LYS NZ 38 0.129 14.0067
+ 89 H 10 LYS HZ1 38 0.248 1.008
+ 90 H 10 LYS HZ2 38 0.248 1.008
+ 91 H 10 LYS HZ3 38 0.248 1.008
+ 92 C 10 LYS C 39 0.45 12.011
+ 93 O 10 LYS O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 94 N 11 LEU N 40 -0.31 14.0067
+ 95 H 11 LEU H 40 0.31 1.008
+ 96 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 97 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 98 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 99 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
+ 100 CH3 11 LEU CD2 42 0 15.035
+ 101 C 11 LEU C 43 0.45 12.011
+ 102 O 11 LEU O 43 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 103 N 12 MET N 44 -0.31 14.0067
+ 104 H 12 MET H 44 0.31 1.008
+ 105 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 106 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 107 CH2 12 MET CG 46 0.241 14.027
+ 108 S 12 MET SD 46 -0.482 32.06
+ 109 CH3 12 MET CE 46 0.241 15.035
+ 110 C 12 MET C 47 0.45 12.011
+ 111 O 12 MET O 47 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 112 N 13 ASN N 48 -0.31 14.0067
+ 113 H 13 ASN H 48 0.31 1.008
+ 114 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 115 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 116 C 13 ASN CG 50 0.29 12.011
+ 117 O 13 ASN OD1 50 -0.45 15.9994
+ 118 NT 13 ASN ND2 50 -0.72 14.0067
+ 119 H 13 ASN HD21 50 0.44 1.008
+ 120 H 13 ASN HD22 50 0.44 1.008
+ 121 C 13 ASN C 51 0.45 12.011
+ 122 O 13 ASN O 51 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 123 N 14 PRO N 52 0 14.0067
+ 124 CH1 14 PRO CA 53 0 13.019
+ 125 CH2r 14 PRO CB 53 0 14.027
+ 126 CH2r 14 PRO CG 54 0 14.027
+ 127 CH2r 14 PRO CD 54 0 14.027
+ 128 C 14 PRO C 55 0.45 12.011
+ 129 O 14 PRO O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 130 N 15 GLN N 56 -0.31 14.0067
+ 131 H 15 GLN H 56 0.31 1.008
+ 132 CH1 15 GLN CA 57 0 13.019
+ 133 CH2 15 GLN CB 57 0 14.027
+ 134 CH2 15 GLN CG 57 0 14.027
+ 135 C 15 GLN CD 58 0.29 12.011
+ 136 O 15 GLN OE1 58 -0.45 15.9994
+ 137 NT 15 GLN NE2 58 -0.72 14.0067
+ 138 H 15 GLN HE21 58 0.44 1.008
+ 139 H 15 GLN HE22 58 0.44 1.008
+ 140 C 15 GLN C 59 0.45 12.011
+ 141 O 15 GLN O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 142 N 16 ARG N 60 -0.31 14.0067
+ 143 H 16 ARG H 60 0.31 1.008
+ 144 CH1 16 ARG CA 61 0 13.019
+ 145 CH2 16 ARG CB 61 0 14.027
+ 146 CH2 16 ARG CG 61 0 14.027
+ 147 CH2 16 ARG CD 62 0.09 14.027
+ 148 NE 16 ARG NE 62 -0.11 14.0067
+ 149 H 16 ARG HE 62 0.24 1.008
+ 150 C 16 ARG CZ 62 0.34 12.011
+ 151 NZ 16 ARG NH1 62 -0.26 14.0067
+ 152 H 16 ARG HH11 62 0.24 1.008
+ 153 H 16 ARG HH12 62 0.24 1.008
+ 154 NZ 16 ARG NH2 62 -0.26 14.0067
+ 155 H 16 ARG HH21 62 0.24 1.008
+ 156 H 16 ARG HH22 62 0.24 1.008
+ 157 C 16 ARG C 63 0.45 12.011
+ 158 O 16 ARG O 63 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 159 N 17 SER N 64 -0.31 14.0067
+ 160 H 17 SER H 64 0.31 1.008
+ 161 CH1 17 SER CA 65 0 13.019
+ 162 CH2 17 SER CB 66 0.266 14.027
+ 163 OA 17 SER OG 66 -0.674 15.9994
+ 164 H 17 SER HG 66 0.408 1.008
+ 165 C 17 SER C 67 0.27 12.011
+ 166 OM 17 SER O1 67 -0.635 15.9994
+ 167 OM 17 SER O2 67 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_21
+ 5 6 2 gb_27
+ 5 7 2 gb_27
+ 7 8 2 gb_5
+ 7 9 2 gb_10
+ 9 10 2 gb_2
+ 9 11 2 gb_21
+ 11 12 2 gb_27
+ 11 15 2 gb_27
+ 12 13 2 gb_32
+ 13 14 2 gb_8
+ 15 16 2 gb_5
+ 15 17 2 gb_10
+ 17 18 2 gb_2
+ 17 19 2 gb_21
+ 19 20 2 gb_27
+ 19 24 2 gb_27
+ 20 21 2 gb_27
+ 21 22 2 gb_6
+ 21 23 2 gb_6
+ 24 25 2 gb_5
+ 24 26 2 gb_10
+ 26 27 2 gb_2
+ 26 28 2 gb_21
+ 28 29 2 gb_27
+ 28 34 2 gb_27
+ 29 30 2 gb_27
+ 30 31 2 gb_27
+ 31 32 2 gb_6
+ 31 33 2 gb_6
+ 34 35 2 gb_5
+ 34 36 2 gb_10
+ 36 37 2 gb_2
+ 36 38 2 gb_21
+ 38 39 2 gb_27
+ 38 51 2 gb_27
+ 39 40 2 gb_27
+ 40 41 2 gb_16
+ 40 43 2 gb_16
+ 41 42 2 gb_3
+ 41 45 2 gb_16
+ 43 44 2 gb_3
+ 43 47 2 gb_16
+ 45 46 2 gb_3
+ 45 49 2 gb_16
+ 47 48 2 gb_3
+ 47 49 2 gb_16
+ 49 50 2 gb_3
+ 51 52 2 gb_5
+ 51 53 2 gb_10
+ 53 54 2 gb_2
+ 53 55 2 gb_21
+ 55 56 2 gb_27
+ 56 57 2 gb_5
+ 56 58 2 gb_10
+ 58 59 2 gb_2
+ 58 60 2 gb_21
+ 60 61 2 gb_27
+ 60 70 2 gb_27
+ 61 62 2 gb_27
+ 62 63 2 gb_10
+ 62 64 2 gb_10
+ 63 66 2 gb_10
+ 64 65 2 gb_3
+ 64 68 2 gb_10
+ 66 67 2 gb_3
+ 66 68 2 gb_10
+ 68 69 2 gb_2
+ 70 71 2 gb_5
+ 70 72 2 gb_10
+ 72 73 2 gb_2
+ 72 74 2 gb_21
+ 74 75 2 gb_27
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+ 75 77 2 gb_27
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+ 79 80 2 gb_5
+ 79 81 2 gb_10
+ 81 82 2 gb_2
+ 81 83 2 gb_21
+ 83 84 2 gb_27
+ 83 92 2 gb_27
+ 84 85 2 gb_27
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+ 130 132 133 2 ga_13
+ 130 132 140 2 ga_13
+ 133 132 140 2 ga_13
+ 132 133 134 2 ga_15
+ 133 134 135 2 ga_15
+ 134 135 136 2 ga_30
+ 134 135 137 2 ga_19
+ 136 135 137 2 ga_33
+ 135 137 138 2 ga_23
+ 135 137 139 2 ga_23
+ 138 137 139 2 ga_24
+ 132 140 141 2 ga_30
+ 132 140 142 2 ga_19
+ 141 140 142 2 ga_33
+ 140 142 143 2 ga_32
+ 140 142 144 2 ga_31
+ 143 142 144 2 ga_18
+ 142 144 145 2 ga_13
+ 142 144 157 2 ga_13
+ 145 144 157 2 ga_13
+ 144 145 146 2 ga_15
+ 145 146 147 2 ga_15
+ 146 147 148 2 ga_13
+ 147 148 149 2 ga_20
+ 147 148 150 2 ga_33
+ 149 148 150 2 ga_23
+ 148 150 151 2 ga_28
+ 148 150 154 2 ga_28
+ 151 150 154 2 ga_28
+ 150 151 152 2 ga_23
+ 150 151 153 2 ga_23
+ 152 151 153 2 ga_24
+ 150 154 155 2 ga_23
+ 150 154 156 2 ga_23
+ 155 154 156 2 ga_24
+ 144 157 158 2 ga_30
+ 144 157 159 2 ga_19
+ 158 157 159 2 ga_33
+ 157 159 160 2 ga_32
+ 157 159 161 2 ga_31
+ 160 159 161 2 ga_18
+ 159 161 162 2 ga_13
+ 159 161 165 2 ga_13
+ 162 161 165 2 ga_13
+ 161 162 163 2 ga_13
+ 162 163 164 2 ga_12
+ 161 165 166 2 ga_22
+ 161 165 167 2 ga_22
+ 166 165 167 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 7 1 gd_39
+ 1 5 7 9 1 gd_40
+ 5 7 9 11 1 gd_14
+ 7 9 11 15 1 gd_39
+ 9 11 12 13 1 gd_34
+ 9 11 15 17 1 gd_40
+ 11 12 13 14 1 gd_26
+ 11 15 17 19 1 gd_14
+ 15 17 19 24 1 gd_39
+ 17 19 20 21 1 gd_34
+ 17 19 24 26 1 gd_40
+ 19 20 21 22 1 gd_40
+ 19 24 26 28 1 gd_14
+ 24 26 28 34 1 gd_39
+ 26 28 29 30 1 gd_34
+ 26 28 34 36 1 gd_40
+ 28 29 30 31 1 gd_34
+ 29 30 31 33 1 gd_40
+ 28 34 36 38 1 gd_14
+ 34 36 38 51 1 gd_39
+ 36 38 39 40 1 gd_34
+ 36 38 51 53 1 gd_40
+ 38 39 40 41 1 gd_40
+ 38 51 53 55 1 gd_14
+ 51 53 55 56 1 gd_39
+ 53 55 56 58 1 gd_40
+ 55 56 58 60 1 gd_14
+ 56 58 60 70 1 gd_39
+ 58 60 61 62 1 gd_34
+ 58 60 70 72 1 gd_40
+ 60 61 62 63 1 gd_40
+ 60 70 72 74 1 gd_14
+ 70 72 74 79 1 gd_39
+ 72 74 75 76 1 gd_34
+ 72 74 79 81 1 gd_40
+ 74 75 76 78 1 gd_34
+ 74 79 81 83 1 gd_14
+ 79 81 83 92 1 gd_39
+ 81 83 84 85 1 gd_34
+ 81 83 92 94 1 gd_40
+ 83 84 85 86 1 gd_34
+ 84 85 86 87 1 gd_34
+ 85 86 87 88 1 gd_34
+ 86 87 88 89 1 gd_29
+ 83 92 94 96 1 gd_14
+ 92 94 96 101 1 gd_39
+ 94 96 97 98 1 gd_34
+ 94 96 101 103 1 gd_40
+ 96 97 98 99 1 gd_34
+ 96 101 103 105 1 gd_14
+ 101 103 105 110 1 gd_39
+ 103 105 106 107 1 gd_34
+ 103 105 110 112 1 gd_40
+ 105 106 107 108 1 gd_34
+ 106 107 108 109 1 gd_26
+ 105 110 112 114 1 gd_14
+ 110 112 114 121 1 gd_39
+ 112 114 115 116 1 gd_34
+ 112 114 121 123 1 gd_40
+ 114 115 116 118 1 gd_40
+ 115 116 118 119 1 gd_14
+ 114 121 123 124 1 gd_14
+ 121 123 124 128 1 gd_39
+ 124 123 127 126 1 gd_39
+ 123 124 125 126 1 gd_34
+ 123 124 128 130 1 gd_40
+ 124 125 126 127 1 gd_34
+ 125 126 127 123 1 gd_34
+ 124 128 130 132 1 gd_14
+ 128 130 132 140 1 gd_39
+ 130 132 133 134 1 gd_34
+ 130 132 140 142 1 gd_40
+ 132 133 134 135 1 gd_34
+ 133 134 135 137 1 gd_40
+ 134 135 137 138 1 gd_14
+ 132 140 142 144 1 gd_14
+ 140 142 144 157 1 gd_39
+ 142 144 145 146 1 gd_34
+ 142 144 157 159 1 gd_40
+ 144 145 146 147 1 gd_34
+ 145 146 147 148 1 gd_34
+ 146 147 148 150 1 gd_39
+ 147 148 150 151 1 gd_14
+ 148 150 151 152 1 gd_14
+ 148 150 154 155 1 gd_14
+ 144 157 159 161 1 gd_14
+ 157 159 161 165 1 gd_39
+ 159 161 162 163 1 gd_34
+ 159 161 165 167 1 gd_40
+ 161 162 163 164 1 gd_23
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 7 6 2 gi_2
+ 7 5 9 8 2 gi_1
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 15 12 2 gi_2
+ 15 11 17 16 2 gi_1
+ 17 15 19 18 2 gi_1
+ 19 17 24 20 2 gi_2
+ 20 23 22 21 2 gi_1
+ 24 19 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 28 26 34 29 2 gi_2
+ 30 33 32 31 2 gi_1
+ 34 28 36 35 2 gi_1
+ 36 34 38 37 2 gi_1
+ 38 36 51 39 2 gi_2
+ 39 43 41 40 2 gi_1
+ 40 41 45 49 2 gi_1
+ 40 43 47 49 2 gi_1
+ 41 40 45 42 2 gi_1
+ 41 40 43 47 2 gi_1
+ 41 45 49 47 2 gi_1
+ 43 40 47 44 2 gi_1
+ 43 40 41 45 2 gi_1
+ 43 47 49 45 2 gi_1
+ 45 49 41 46 2 gi_1
+ 47 49 43 48 2 gi_1
+ 49 45 47 50 2 gi_1
+ 51 38 53 52 2 gi_1
+ 53 51 55 54 2 gi_1
+ 56 55 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 70 61 2 gi_2
+ 61 64 63 62 2 gi_1
+ 62 64 68 66 2 gi_1
+ 62 63 66 68 2 gi_1
+ 63 66 68 64 2 gi_1
+ 63 62 64 68 2 gi_1
+ 64 62 68 65 2 gi_1
+ 64 62 63 66 2 gi_1
+ 66 63 68 67 2 gi_1
+ 68 64 66 69 2 gi_1
+ 70 60 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 79 75 2 gi_2
+ 74 77 76 75 2 gi_2
+ 79 74 81 80 2 gi_1
+ 81 79 83 82 2 gi_1
+ 83 81 92 84 2 gi_2
+ 92 83 94 93 2 gi_1
+ 94 92 96 95 2 gi_1
+ 96 94 101 97 2 gi_2
+ 97 99 100 98 2 gi_2
+ 101 96 103 102 2 gi_1
+ 103 101 105 104 2 gi_1
+ 105 103 110 106 2 gi_2
+ 110 105 112 111 2 gi_1
+ 112 110 114 113 2 gi_1
+ 114 112 121 115 2 gi_2
+ 115 118 117 116 2 gi_1
+ 116 120 119 118 2 gi_1
+ 121 114 123 122 2 gi_1
+ 123 121 124 127 2 gi_1
+ 124 123 128 125 2 gi_2
+ 128 124 130 129 2 gi_1
+ 130 128 132 131 2 gi_1
+ 132 130 140 133 2 gi_2
+ 134 137 136 135 2 gi_1
+ 135 139 138 137 2 gi_1
+ 140 132 142 141 2 gi_1
+ 142 140 144 143 2 gi_1
+ 144 142 157 145 2 gi_2
+ 148 147 150 149 2 gi_1
+ 148 154 151 150 2 gi_1
+ 150 153 152 151 2 gi_1
+ 150 156 155 154 2 gi_1
+ 157 144 159 158 2 gi_1
+ 159 157 161 160 2 gi_1
+ 161 159 165 162 2 gi_2
+ 165 161 167 166 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">206</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 NL 18 THR N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 18 THR H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 18 THR H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 18 THR H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH1 18 THR CB 3 0.266 13.019
+ 7 OA 18 THR OG1 3 -0.674 15.9994
+ 8 H 18 THR HG1 3 0.408 1.008
+ 9 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 10 C 18 THR C 5 0.45 12.011
+ 11 O 18 THR O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 12 N 19 VAL N 6 -0.31 14.0067
+ 13 H 19 VAL H 6 0.31 1.008
+ 14 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 15 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 16 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 17 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 18 C 19 VAL C 8 0.45 12.011
+ 19 O 19 VAL O 8 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 20 N 20 TRP N 9 -0.31 14.0067
+ 21 H 20 TRP H 9 0.31 1.008
+ 22 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 23 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 24 C 20 TRP CG 11 -0.21 12.011
+ 25 C 20 TRP CD1 11 -0.14 12.011
+ 26 HC 20 TRP HD1 11 0.14 1.008
+ 27 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 28 NR 20 TRP NE1 11 -0.1 14.0067
+ 29 H 20 TRP HE1 11 0.31 1.008
+ 30 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 31 C 20 TRP CE3 12 -0.14 12.011
+ 32 HC 20 TRP HE3 12 0.14 1.008
+ 33 C 20 TRP CZ2 13 -0.14 12.011
+ 34 HC 20 TRP HZ2 13 0.14 1.008
+ 35 C 20 TRP CZ3 14 -0.14 12.011
+ 36 HC 20 TRP HZ3 14 0.14 1.008
+ 37 C 20 TRP CH2 15 -0.14 12.011
+ 38 HC 20 TRP HH2 15 0.14 1.008
+ 39 C 20 TRP C 16 0.45 12.011
+ 40 O 20 TRP O 16 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 41 N 21 TYR N 17 -0.31 14.0067
+ 42 H 21 TYR H 17 0.31 1.008
+ 43 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 44 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 45 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 46 C 21 TYR CD1 19 -0.14 12.011
+ 47 HC 21 TYR HD1 19 0.14 1.008
+ 48 C 21 TYR CD2 20 -0.14 12.011
+ 49 HC 21 TYR HD2 20 0.14 1.008
+ 50 C 21 TYR CE1 21 -0.14 12.011
+ 51 HC 21 TYR HE1 21 0.14 1.008
+ 52 C 21 TYR CE2 22 -0.14 12.011
+ 53 HC 21 TYR HE2 22 0.14 1.008
+ 54 C 21 TYR CZ 23 0.203 12.011
+ 55 OA 21 TYR OH 23 -0.611 15.9994
+ 56 H 21 TYR HH 23 0.408 1.008
+ 57 C 21 TYR C 24 0.45 12.011
+ 58 O 21 TYR O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 59 N 22 LYS N 25 -0.31 14.0067
+ 60 H 22 LYS H 25 0.31 1.008
+ 61 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 62 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 63 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 64 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 66 NL 22 LYS NZ 28 0.129 14.0067
+ 67 H 22 LYS HZ1 28 0.248 1.008
+ 68 H 22 LYS HZ2 28 0.248 1.008
+ 69 H 22 LYS HZ3 28 0.248 1.008
+ 70 C 22 LYS C 29 0.45 12.011
+ 71 O 22 LYS O 29 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 72 N 23 GLU N 30 -0.31 14.0067
+ 73 H 23 GLU H 30 0.31 1.008
+ 74 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 75 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 76 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 77 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 78 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 79 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 80 C 23 GLU C 33 0.45 12.011
+ 81 O 23 GLU O 33 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 82 N 24 TRP N 34 -0.31 14.0067
+ 83 H 24 TRP H 34 0.31 1.008
+ 84 CH1 24 TRP CA 35 0 13.019
+ 85 CH2 24 TRP CB 35 0 14.027
+ 86 C 24 TRP CG 36 -0.21 12.011
+ 87 C 24 TRP CD1 36 -0.14 12.011
+ 88 HC 24 TRP HD1 36 0.14 1.008
+ 89 C 24 TRP CD2 36 0 12.011
+ 90 NR 24 TRP NE1 36 -0.1 14.0067
+ 91 H 24 TRP HE1 36 0.31 1.008
+ 92 C 24 TRP CE2 36 0 12.011
+ 93 C 24 TRP CE3 37 -0.14 12.011
+ 94 HC 24 TRP HE3 37 0.14 1.008
+ 95 C 24 TRP CZ2 38 -0.14 12.011
+ 96 HC 24 TRP HZ2 38 0.14 1.008
+ 97 C 24 TRP CZ3 39 -0.14 12.011
+ 98 HC 24 TRP HZ3 39 0.14 1.008
+ 99 C 24 TRP CH2 40 -0.14 12.011
+ 100 HC 24 TRP HH2 40 0.14 1.008
+ 101 C 24 TRP C 41 0.45 12.011
+ 102 O 24 TRP O 41 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 103 N 25 PRO N 42 0 14.0067
+ 104 CH1 25 PRO CA 43 0 13.019
+ 105 CH2r 25 PRO CB 43 0 14.027
+ 106 CH2r 25 PRO CG 44 0 14.027
+ 107 CH2r 25 PRO CD 44 0 14.027
+ 108 C 25 PRO C 45 0.45 12.011
+ 109 O 25 PRO O 45 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 110 N 26 PRO N 46 0 14.0067
+ 111 CH1 26 PRO CA 47 0 13.019
+ 112 CH2r 26 PRO CB 47 0 14.027
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+ 114 CH2r 26 PRO CD 48 0 14.027
+ 115 C 26 PRO C 49 0.45 12.011
+ 116 O 26 PRO O 49 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 117 N 27 CYS N 50 -0.31 14.0067
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+ 120 CH2 27 CYS CB 52 0.15 14.027
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+ 123 C 27 CYS C 53 0.45 12.011
+ 124 O 27 CYS O 53 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 125 N 28 ARG N 54 -0.31 14.0067
+ 126 H 28 ARG H 54 0.31 1.008
+ 127 CH1 28 ARG CA 55 0 13.019
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+ 140 C 28 ARG C 57 0.45 12.011
+ 141 O 28 ARG O 57 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
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+ 154 C 29 HIS C 61 0.45 12.011
+ 155 O 29 HIS O 61 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 156 N 30 ASN N 62 -0.31 14.0067
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+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
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+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 175 N 32 HIS N 70 -0.31 14.0067
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+ 188 O 32 HIS O 73 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 205 OM 33 PHE O1 81 -0.635 15.9994
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+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ angles ]
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+ 205 204 206 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 10 1 gd_39
+ 1 5 6 7 1 gd_34
+ 1 5 10 12 1 gd_40
+ 5 6 7 8 1 gd_23
+ 5 10 12 14 1 gd_14
+ 10 12 14 18 1 gd_39
+ 12 14 15 16 1 gd_34
+ 12 14 18 20 1 gd_40
+ 14 18 20 22 1 gd_14
+ 18 20 22 39 1 gd_39
+ 20 22 23 24 1 gd_34
+ 20 22 39 41 1 gd_40
+ 22 23 24 27 1 gd_40
+ 22 39 41 43 1 gd_14
+ 39 41 43 57 1 gd_39
+ 41 43 44 45 1 gd_34
+ 41 43 57 59 1 gd_40
+ 43 44 45 46 1 gd_40
+ 50 54 55 56 1 gd_11
+ 43 57 59 61 1 gd_14
+ 57 59 61 70 1 gd_39
+ 59 61 62 63 1 gd_34
+ 59 61 70 72 1 gd_40
+ 61 62 63 64 1 gd_34
+ 62 63 64 65 1 gd_34
+ 63 64 65 66 1 gd_34
+ 64 65 66 67 1 gd_29
+ 61 70 72 74 1 gd_14
+ 70 72 74 80 1 gd_39
+ 72 74 75 76 1 gd_34
+ 72 74 80 82 1 gd_40
+ 74 75 76 77 1 gd_34
+ 75 76 77 79 1 gd_40
+ 74 80 82 84 1 gd_14
+ 80 82 84 101 1 gd_39
+ 82 84 85 86 1 gd_34
+ 82 84 101 103 1 gd_40
+ 84 85 86 89 1 gd_40
+ 84 101 103 104 1 gd_14
+ 101 103 104 108 1 gd_39
+ 104 103 107 106 1 gd_39
+ 103 104 105 106 1 gd_34
+ 103 104 108 110 1 gd_40
+ 104 105 106 107 1 gd_34
+ 105 106 107 103 1 gd_34
+ 104 108 110 111 1 gd_14
+ 108 110 111 115 1 gd_39
+ 111 110 114 113 1 gd_39
+ 110 111 112 113 1 gd_34
+ 110 111 115 117 1 gd_40
+ 111 112 113 114 1 gd_34
+ 112 113 114 110 1 gd_34
+ 111 115 117 119 1 gd_14
+ 115 117 119 123 1 gd_39
+ 117 119 120 121 1 gd_34
+ 117 119 123 125 1 gd_40
+ 119 120 121 122 1 gd_26
+ 119 123 125 127 1 gd_14
+ 123 125 127 140 1 gd_39
+ 125 127 128 129 1 gd_34
+ 125 127 140 142 1 gd_40
+ 127 128 129 130 1 gd_34
+ 128 129 130 131 1 gd_34
+ 129 130 131 133 1 gd_39
+ 130 131 133 134 1 gd_14
+ 131 133 134 135 1 gd_14
+ 131 133 137 138 1 gd_14
+ 127 140 142 144 1 gd_14
+ 140 142 144 154 1 gd_39
+ 142 144 145 146 1 gd_34
+ 142 144 154 156 1 gd_40
+ 144 145 146 147 1 gd_40
+ 144 154 156 158 1 gd_14
+ 154 156 158 165 1 gd_39
+ 156 158 159 160 1 gd_34
+ 156 158 165 167 1 gd_40
+ 158 159 160 162 1 gd_40
+ 159 160 162 163 1 gd_14
+ 158 165 167 169 1 gd_14
+ 165 167 169 173 1 gd_39
+ 167 169 170 171 1 gd_34
+ 167 169 173 175 1 gd_40
+ 169 170 171 172 1 gd_23
+ 169 173 175 177 1 gd_14
+ 173 175 177 187 1 gd_39
+ 175 177 178 179 1 gd_34
+ 175 177 187 189 1 gd_40
+ 177 178 179 180 1 gd_40
+ 177 187 189 191 1 gd_14
+ 187 189 191 204 1 gd_39
+ 189 191 192 193 1 gd_34
+ 189 191 204 206 1 gd_40
+ 191 192 193 194 1 gd_40
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 10 6 2 gi_2
+ 5 9 7 6 2 gi_2
+ 10 5 12 11 2 gi_1
+ 12 10 14 13 2 gi_1
+ 14 12 18 15 2 gi_2
+ 14 16 17 15 2 gi_2
+ 18 14 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
+ 22 20 39 23 2 gi_2
+ 23 27 25 24 2 gi_1
+ 24 31 30 27 2 gi_1
+ 24 27 30 28 2 gi_1
+ 24 25 28 30 2 gi_1
+ 25 24 28 26 2 gi_1
+ 25 28 30 27 2 gi_1
+ 25 24 27 30 2 gi_1
+ 27 24 25 28 2 gi_1
+ 27 30 33 37 2 gi_1
+ 27 31 35 37 2 gi_1
+ 28 25 30 29 2 gi_1
+ 28 33 27 30 2 gi_1
+ 30 27 31 35 2 gi_1
+ 30 33 37 35 2 gi_1
+ 31 27 35 32 2 gi_1
+ 31 27 30 33 2 gi_1
+ 31 35 37 33 2 gi_1
+ 33 30 37 34 2 gi_1
+ 35 31 37 36 2 gi_1
+ 37 33 35 38 2 gi_1
+ 39 22 41 40 2 gi_1
+ 41 39 43 42 2 gi_1
+ 43 41 57 44 2 gi_2
+ 44 48 46 45 2 gi_1
+ 45 46 50 54 2 gi_1
+ 45 48 52 54 2 gi_1
+ 46 45 50 47 2 gi_1
+ 46 45 48 52 2 gi_1
+ 46 50 54 52 2 gi_1
+ 48 45 52 49 2 gi_1
+ 48 45 46 50 2 gi_1
+ 48 52 54 50 2 gi_1
+ 50 54 46 51 2 gi_1
+ 52 54 48 53 2 gi_1
+ 54 50 52 55 2 gi_1
+ 57 43 59 58 2 gi_1
+ 59 57 61 60 2 gi_1
+ 61 59 70 62 2 gi_2
+ 70 61 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 80 75 2 gi_2
+ 76 79 78 77 2 gi_1
+ 80 74 82 81 2 gi_1
+ 82 80 84 83 2 gi_1
+ 84 82 101 85 2 gi_2
+ 85 89 87 86 2 gi_1
+ 86 93 92 89 2 gi_1
+ 86 89 92 90 2 gi_1
+ 86 87 90 92 2 gi_1
+ 87 86 90 88 2 gi_1
+ 87 90 92 89 2 gi_1
+ 87 86 89 92 2 gi_1
+ 89 86 87 90 2 gi_1
+ 89 92 95 99 2 gi_1
+ 89 93 97 99 2 gi_1
+ 90 87 92 91 2 gi_1
+ 90 95 89 92 2 gi_1
+ 92 89 93 97 2 gi_1
+ 92 95 99 97 2 gi_1
+ 93 89 97 94 2 gi_1
+ 93 89 92 95 2 gi_1
+ 93 97 99 95 2 gi_1
+ 95 92 99 96 2 gi_1
+ 97 93 99 98 2 gi_1
+ 99 95 97 100 2 gi_1
+ 101 84 103 102 2 gi_1
+ 103 101 104 107 2 gi_1
+ 104 103 108 105 2 gi_2
+ 108 104 110 109 2 gi_1
+ 110 108 111 114 2 gi_1
+ 111 110 115 112 2 gi_2
+ 115 111 117 116 2 gi_1
+ 117 115 119 118 2 gi_1
+ 119 117 123 120 2 gi_2
+ 123 119 125 124 2 gi_1
+ 125 123 127 126 2 gi_1
+ 127 125 140 128 2 gi_2
+ 131 130 133 132 2 gi_1
+ 131 137 134 133 2 gi_1
+ 133 136 135 134 2 gi_1
+ 133 139 138 137 2 gi_1
+ 140 127 142 141 2 gi_1
+ 142 140 144 143 2 gi_1
+ 144 142 154 145 2 gi_2
+ 145 148 147 146 2 gi_1
+ 146 148 152 150 2 gi_1
+ 146 147 150 152 2 gi_1
+ 147 150 152 148 2 gi_1
+ 147 146 148 152 2 gi_1
+ 148 146 152 149 2 gi_1
+ 148 146 147 150 2 gi_1
+ 150 147 152 151 2 gi_1
+ 152 148 150 153 2 gi_1
+ 154 144 156 155 2 gi_1
+ 156 154 158 157 2 gi_1
+ 158 156 165 159 2 gi_2
+ 159 162 161 160 2 gi_1
+ 160 164 163 162 2 gi_1
+ 165 158 167 166 2 gi_1
+ 167 165 169 168 2 gi_1
+ 169 167 173 170 2 gi_2
+ 173 169 175 174 2 gi_1
+ 175 173 177 176 2 gi_1
+ 177 175 187 178 2 gi_2
+ 178 181 180 179 2 gi_1
+ 179 181 185 183 2 gi_1
+ 179 180 183 185 2 gi_1
+ 180 183 185 181 2 gi_1
+ 180 179 181 185 2 gi_1
+ 181 179 185 182 2 gi_1
+ 181 179 180 183 2 gi_1
+ 183 180 185 184 2 gi_1
+ 185 181 183 186 2 gi_1
+ 187 177 189 188 2 gi_1
+ 189 187 191 190 2 gi_1
+ 191 189 204 192 2 gi_2
+ 192 196 194 193 2 gi_1
+ 193 194 198 202 2 gi_1
+ 193 196 200 202 2 gi_1
+ 194 193 198 195 2 gi_1
+ 194 193 196 200 2 gi_1
+ 194 198 202 200 2 gi_1
+ 196 193 200 197 2 gi_1
+ 196 193 194 198 2 gi_1
+ 196 200 202 198 2 gi_1
+ 198 202 194 199 2 gi_1
+ 200 202 196 201 2 gi_1
+ 202 198 200 203 2 gi_1
+ 204 191 206 205 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">170</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 34 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 34 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 34 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 34 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 34 ALA C 3 0.45 12.011
+ 8 O 34 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 9 N 35 VAL N 4 -0.31 14.0067
+ 10 H 35 VAL H 4 0.31 1.008
+ 11 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 12 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 13 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 14 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 15 C 35 VAL C 6 0.45 12.011
+ 16 O 35 VAL O 6 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 17 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 18 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 19 CH2r 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 20 CH2r 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 21 CH2r 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 22 C 36 PRO C 10 0.45 12.011
+ 23 O 36 PRO O 10 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 37 GLY N 11 -0.31 14.0067
+ 25 H 37 GLY H 11 0.31 1.008
+ 26 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 27 C 37 GLY C 13 0.45 12.011
+ 28 O 37 GLY O 13 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 38 TYR N 14 -0.31 14.0067
+ 30 H 38 TYR H 14 0.31 1.008
+ 31 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 32 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 33 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 34 C 38 TYR CD1 16 -0.14 12.011
+ 35 HC 38 TYR HD1 16 0.14 1.008
+ 36 C 38 TYR CD2 17 -0.14 12.011
+ 37 HC 38 TYR HD2 17 0.14 1.008
+ 38 C 38 TYR CE1 18 -0.14 12.011
+ 39 HC 38 TYR HE1 18 0.14 1.008
+ 40 C 38 TYR CE2 19 -0.14 12.011
+ 41 HC 38 TYR HE2 19 0.14 1.008
+ 42 C 38 TYR CZ 20 0.203 12.011
+ 43 OA 38 TYR OH 20 -0.611 15.9994
+ 44 H 38 TYR HH 20 0.408 1.008
+ 45 C 38 TYR C 21 0.45 12.011
+ 46 O 38 TYR O 21 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 39 ASP N 22 -0.31 14.0067
+ 48 H 39 ASP H 22 0.31 1.008
+ 49 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 50 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 51 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 52 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 53 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 54 C 39 ASP C 25 0.45 12.011
+ 55 O 39 ASP O 25 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 56 N 40 LYS N 26 -0.31 14.0067
+ 57 H 40 LYS H 26 0.31 1.008
+ 58 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 59 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 60 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 61 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 63 NL 40 LYS NZ 29 0.129 14.0067
+ 64 H 40 LYS HZ1 29 0.248 1.008
+ 65 H 40 LYS HZ2 29 0.248 1.008
+ 66 H 40 LYS HZ3 29 0.248 1.008
+ 67 C 40 LYS C 30 0.45 12.011
+ 68 O 40 LYS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 69 N 41 ILE N 31 -0.31 14.0067
+ 70 H 41 ILE H 31 0.31 1.008
+ 71 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 72 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 73 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 74 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 75 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 76 C 41 ILE C 34 0.45 12.011
+ 77 O 41 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 78 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 79 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 80 CH2r 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 81 CH2r 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 82 CH2r 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 83 C 42 PRO C 38 0.45 12.011
+ 84 O 42 PRO O 38 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 85 N 43 ASP N 39 -0.31 14.0067
+ 86 H 43 ASP H 39 0.31 1.008
+ 87 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 88 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 89 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 90 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 91 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 92 C 43 ASP C 42 0.45 12.011
+ 93 O 43 ASP O 42 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 94 N 44 TYR N 43 -0.31 14.0067
+ 95 H 44 TYR H 43 0.31 1.008
+ 96 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
+ 97 CH2 44 TYR CB 44 0 14.027
+ 98 C 44 TYR CG 44 0 12.011
+ 99 C 44 TYR CD1 45 -0.14 12.011
+ 100 HC 44 TYR HD1 45 0.14 1.008
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+ 102 HC 44 TYR HD2 46 0.14 1.008
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+ 108 OA 44 TYR OH 49 -0.611 15.9994
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+ 110 C 44 TYR C 50 0.45 12.011
+ 111 O 44 TYR O 50 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 112 N 45 HIS N 51 -0.31 14.0067
+ 113 H 45 HIS H 51 0.31 1.008
+ 114 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
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+ 116 C 45 HIS CG 53 0 12.011
+ 117 NR 45 HIS ND1 53 -0.54 14.0067
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+ 123 H 45 HIS HE2 53 0.31 1.008
+ 124 C 45 HIS C 54 0.45 12.011
+ 125 O 45 HIS O 54 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 126 N 46 MET N 55 -0.31 14.0067
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+ 128 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
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+ 130 CH2 46 MET CG 57 0.241 14.027
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+ 132 CH3 46 MET CE 57 0.241 15.035
+ 133 C 46 MET C 58 0.45 12.011
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+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 135 N 47 TRP N 59 -0.31 14.0067
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+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
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+ 170 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
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+[ pairs ]
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+ 165 168 1
+ 167 169 1
+ 167 170 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+[ dihedrals ]
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+ 158 162 164 166 1 gd_14
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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+ 11 13 14 12 2 gi_2
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+ 105 107 101 106 2 gi_1
+ 107 103 105 108 2 gi_1
+ 110 96 112 111 2 gi_1
+ 112 110 114 113 2 gi_1
+ 114 112 124 115 2 gi_2
+ 115 118 117 116 2 gi_1
+ 116 118 122 120 2 gi_1
+ 116 117 120 122 2 gi_1
+ 117 120 122 118 2 gi_1
+ 117 116 118 122 2 gi_1
+ 118 116 122 119 2 gi_1
+ 118 116 117 120 2 gi_1
+ 120 117 122 121 2 gi_1
+ 122 118 120 123 2 gi_1
+ 124 114 126 125 2 gi_1
+ 126 124 128 127 2 gi_1
+ 128 126 133 129 2 gi_2
+ 133 128 135 134 2 gi_1
+ 135 133 137 136 2 gi_1
+ 137 135 154 138 2 gi_2
+ 138 142 140 139 2 gi_1
+ 139 146 145 142 2 gi_1
+ 139 142 145 143 2 gi_1
+ 139 140 143 145 2 gi_1
+ 140 139 143 141 2 gi_1
+ 140 143 145 142 2 gi_1
+ 140 139 142 145 2 gi_1
+ 142 139 140 143 2 gi_1
+ 142 145 148 152 2 gi_1
+ 142 146 150 152 2 gi_1
+ 143 140 145 144 2 gi_1
+ 143 148 142 145 2 gi_1
+ 145 142 146 150 2 gi_1
+ 145 148 152 150 2 gi_1
+ 146 142 150 147 2 gi_1
+ 146 142 145 148 2 gi_1
+ 146 150 152 148 2 gi_1
+ 148 145 152 149 2 gi_1
+ 150 146 152 151 2 gi_1
+ 152 148 150 153 2 gi_1
+ 154 137 156 155 2 gi_1
+ 156 154 158 157 2 gi_1
+ 158 156 162 159 2 gi_2
+ 158 160 161 159 2 gi_2
+ 162 158 164 163 2 gi_1
+ 164 162 166 165 2 gi_1
+ 166 164 168 167 2 gi_2
+ 168 166 170 169 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">152</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 NL 50 LYS N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 50 LYS H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 50 LYS H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 50 LYS H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 7 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 8 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 10 NL 50 LYS NZ 4 0.129 14.0067
+ 11 H 50 LYS HZ1 4 0.248 1.008
+ 12 H 50 LYS HZ2 4 0.248 1.008
+ 13 H 50 LYS HZ3 4 0.248 1.008
+ 14 C 50 LYS C 5 0.45 12.011
+ 15 O 50 LYS O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 16 N 51 SER N 6 -0.31 14.0067
+ 17 H 51 SER H 6 0.31 1.008
+ 18 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 19 CH2 51 SER CB 8 0.266 14.027
+ 20 OA 51 SER OG 8 -0.674 15.9994
+ 21 H 51 SER HG 8 0.408 1.008
+ 22 C 51 SER C 9 0.45 12.011
+ 23 O 51 SER O 9 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 52 GLY N 10 -0.31 14.0067
+ 25 H 52 GLY H 10 0.31 1.008
+ 26 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 27 C 52 GLY C 12 0.45 12.011
+ 28 O 52 GLY O 12 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 53 TYR N 13 -0.31 14.0067
+ 30 H 53 TYR H 13 0.31 1.008
+ 31 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 32 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 33 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 34 C 53 TYR CD1 15 -0.14 12.011
+ 35 HC 53 TYR HD1 15 0.14 1.008
+ 36 C 53 TYR CD2 16 -0.14 12.011
+ 37 HC 53 TYR HD2 16 0.14 1.008
+ 38 C 53 TYR CE1 17 -0.14 12.011
+ 39 HC 53 TYR HE1 17 0.14 1.008
+ 40 C 53 TYR CE2 18 -0.14 12.011
+ 41 HC 53 TYR HE2 18 0.14 1.008
+ 42 C 53 TYR CZ 19 0.203 12.011
+ 43 OA 53 TYR OH 19 -0.611 15.9994
+ 44 H 53 TYR HH 19 0.408 1.008
+ 45 C 53 TYR C 20 0.45 12.011
+ 46 O 53 TYR O 20 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 54 ASP N 21 -0.31 14.0067
+ 48 H 54 ASP H 21 0.31 1.008
+ 49 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 50 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 51 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 52 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 53 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 54 C 54 ASP C 24 0.45 12.011
+ 55 O 54 ASP O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 56 N 55 ALA N 25 -0.31 14.0067
+ 57 H 55 ALA H 25 0.31 1.008
+ 58 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 59 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 60 C 55 ALA C 27 0.45 12.011
+ 61 O 55 ALA O 27 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 62 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 63 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 64 CH2r 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 65 CH2r 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 66 CH2r 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 67 C 56 PRO C 31 0.45 12.011
+ 68 O 56 PRO O 31 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 69 N 57 PHE N 32 -0.31 14.0067
+ 70 H 57 PHE H 32 0.31 1.008
+ 71 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 72 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 73 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 74 C 57 PHE CD1 34 -0.14 12.011
+ 75 HC 57 PHE HD1 34 0.14 1.008
+ 76 C 57 PHE CD2 35 -0.14 12.011
+ 77 HC 57 PHE HD2 35 0.14 1.008
+ 78 C 57 PHE CE1 36 -0.14 12.011
+ 79 HC 57 PHE HE1 36 0.14 1.008
+ 80 C 57 PHE CE2 37 -0.14 12.011
+ 81 HC 57 PHE HE2 37 0.14 1.008
+ 82 C 57 PHE CZ 38 -0.14 12.011
+ 83 HC 57 PHE HZ 38 0.14 1.008
+ 84 C 57 PHE C 39 0.45 12.011
+ 85 O 57 PHE O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 86 N 58 THR N 40 -0.31 14.0067
+ 87 H 58 THR H 40 0.31 1.008
+ 88 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 89 CH1 58 THR CB 42 0.266 13.019
+ 90 OA 58 THR OG1 42 -0.674 15.9994
+ 91 H 58 THR HG1 42 0.408 1.008
+ 92 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 93 C 58 THR C 44 0.45 12.011
+ 94 O 58 THR O 44 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 N 59 ILE N 45 -0.31 14.0067
+ 96 H 59 ILE H 45 0.31 1.008
+ 97 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 98 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 99 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 100 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 101 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 102 C 59 ILE C 48 0.45 12.011
+ 103 O 59 ILE O 48 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 104 N 60 HIS N 49 -0.31 14.0067
+ 105 H 60 HIS H 49 0.31 1.008
+ 106 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 107 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 108 C 60 HIS CG 51 0 12.011
+ 109 NR 60 HIS ND1 51 -0.54 14.0067
+ 110 C 60 HIS CD2 51 0 12.011
+ 111 HC 60 HIS HD2 51 0.14 1.008
+ 112 C 60 HIS CE1 51 0 12.011
+ 113 HC 60 HIS HE1 51 0.14 1.008
+ 114 NR 60 HIS NE2 51 -0.05 14.0067
+ 115 H 60 HIS HE2 51 0.31 1.008
+ 116 C 60 HIS C 52 0.45 12.011
+ 117 O 60 HIS O 52 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 118 N 61 VAL N 53 -0.31 14.0067
+ 119 H 61 VAL H 53 0.31 1.008
+ 120 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 121 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 122 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 123 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 124 C 61 VAL C 55 0.45 12.011
+ 125 O 61 VAL O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 126 N 62 CYS N 56 -0.31 14.0067
+ 127 H 62 CYS H 56 0.31 1.008
+ 128 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 129 CH2 62 CYS CB 58 0.15 14.027
+ 130 S 62 CYS SG 58 -0.37 32.06
+ 131 H 62 CYS HG 58 0.22 1.008
+ 132 C 62 CYS C 59 0.45 12.011
+ 133 O 62 CYS O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 134 N 63 GLY N 60 -0.31 14.0067
+ 135 H 63 GLY H 60 0.31 1.008
+ 136 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 137 C 63 GLY C 62 0.45 12.011
+ 138 O 63 GLY O 62 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 139 N 64 ALA N 63 -0.31 14.0067
+ 140 H 64 ALA H 63 0.31 1.008
+ 141 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 142 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 143 C 64 ALA C 65 0.45 12.011
+ 144 O 64 ALA O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 145 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 146 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 147 CH2r 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 148 CH2r 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 149 CH2r 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 150 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 151 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 152 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_21
+ 5 6 2 gb_27
+ 5 14 2 gb_27
+ 6 7 2 gb_27
+ 7 8 2 gb_27
+ 8 9 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_21
+ 10 11 2 gb_2
+ 10 12 2 gb_2
+ 10 13 2 gb_2
+ 14 15 2 gb_5
+ 14 16 2 gb_10
+ 16 17 2 gb_2
+ 16 18 2 gb_21
+ 18 19 2 gb_27
+ 18 22 2 gb_27
+ 19 20 2 gb_18
+ 20 21 2 gb_1
+ 22 23 2 gb_5
+ 22 24 2 gb_10
+ 24 25 2 gb_2
+ 24 26 2 gb_21
+ 26 27 2 gb_27
+ 27 28 2 gb_5
+ 27 29 2 gb_10
+ 29 30 2 gb_2
+ 29 31 2 gb_21
+ 31 32 2 gb_27
+ 31 45 2 gb_27
+ 32 33 2 gb_27
+ 33 34 2 gb_16
+ 33 36 2 gb_16
+ 34 35 2 gb_3
+ 34 38 2 gb_16
+ 36 37 2 gb_3
+ 36 40 2 gb_16
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_16
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 42 2 gb_16
+ 42 43 2 gb_13
+ 43 44 2 gb_1
+ 45 46 2 gb_5
+ 45 47 2 gb_10
+ 47 48 2 gb_2
+ 47 49 2 gb_21
+ 49 50 2 gb_27
+ 49 54 2 gb_27
+ 50 51 2 gb_27
+ 51 52 2 gb_6
+ 51 53 2 gb_6
+ 54 55 2 gb_5
+ 54 56 2 gb_10
+ 56 57 2 gb_2
+ 56 58 2 gb_21
+ 58 59 2 gb_27
+ 58 60 2 gb_27
+ 60 61 2 gb_5
+ 60 62 2 gb_10
+ 62 63 2 gb_21
+ 62 66 2 gb_21
+ 63 64 2 gb_27
+ 63 67 2 gb_27
+ 64 65 2 gb_27
+ 65 66 2 gb_27
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+ 67 69 2 gb_10
+ 69 70 2 gb_2
+ 69 71 2 gb_21
+ 71 72 2 gb_27
+ 71 84 2 gb_27
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+ 76 80 2 gb_16
+ 78 79 2 gb_3
+ 78 82 2 gb_16
+ 80 81 2 gb_3
+ 80 82 2 gb_16
+ 82 83 2 gb_3
+ 84 85 2 gb_5
+ 84 86 2 gb_10
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+ 89 92 2 gb_27
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+ 97 98 2 gb_27
+ 97 102 2 gb_27
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+ 110 111 2 gb_3
+ 110 114 2 gb_10
+ 112 113 2 gb_3
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+ 121 123 2 gb_27
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+ 124 126 2 gb_10
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+[ pairs ]
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+ 147 152 1
+ 148 150 1
+ 149 150 1
+
+[ angles ]
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+ 62 66 65 2 ga_13
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+ 143 145 149 2 ga_31
+ 146 145 149 2 ga_21
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+ 147 146 150 2 ga_13
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+ 147 148 149 2 ga_13
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+ 146 150 151 2 ga_22
+ 146 150 152 2 ga_22
+ 151 150 152 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 5 6 7 8 1 gd_34
+ 6 7 8 9 1 gd_34
+ 7 8 9 10 1 gd_34
+ 8 9 10 11 1 gd_29
+ 5 14 16 18 1 gd_14
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+ 16 18 22 24 1 gd_40
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+ 26 27 29 31 1 gd_14
+ 27 29 31 45 1 gd_39
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+ 31 45 47 49 1 gd_14
+ 45 47 49 54 1 gd_39
+ 47 49 50 51 1 gd_34
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+ 49 50 51 52 1 gd_40
+ 49 54 56 58 1 gd_14
+ 54 56 58 60 1 gd_39
+ 56 58 60 62 1 gd_40
+ 58 60 62 63 1 gd_14
+ 60 62 63 67 1 gd_39
+ 63 62 66 65 1 gd_39
+ 62 63 64 65 1 gd_34
+ 62 63 67 69 1 gd_40
+ 63 64 65 66 1 gd_34
+ 64 65 66 62 1 gd_34
+ 63 67 69 71 1 gd_14
+ 67 69 71 84 1 gd_39
+ 69 71 72 73 1 gd_34
+ 69 71 84 86 1 gd_40
+ 71 72 73 74 1 gd_40
+ 71 84 86 88 1 gd_14
+ 84 86 88 93 1 gd_39
+ 86 88 89 90 1 gd_34
+ 86 88 93 95 1 gd_40
+ 88 89 90 91 1 gd_23
+ 88 93 95 97 1 gd_14
+ 93 95 97 102 1 gd_39
+ 95 97 98 99 1 gd_34
+ 95 97 102 104 1 gd_40
+ 97 98 99 101 1 gd_34
+ 97 102 104 106 1 gd_14
+ 102 104 106 116 1 gd_39
+ 104 106 107 108 1 gd_34
+ 104 106 116 118 1 gd_40
+ 106 107 108 109 1 gd_40
+ 106 116 118 120 1 gd_14
+ 116 118 120 124 1 gd_39
+ 118 120 121 122 1 gd_34
+ 118 120 124 126 1 gd_40
+ 120 124 126 128 1 gd_14
+ 124 126 128 132 1 gd_39
+ 126 128 129 130 1 gd_34
+ 126 128 132 134 1 gd_40
+ 128 129 130 131 1 gd_26
+ 128 132 134 136 1 gd_14
+ 132 134 136 137 1 gd_39
+ 134 136 137 139 1 gd_40
+ 136 137 139 141 1 gd_14
+ 137 139 141 143 1 gd_39
+ 139 141 143 145 1 gd_40
+ 141 143 145 146 1 gd_14
+ 143 145 146 150 1 gd_39
+ 146 145 149 148 1 gd_39
+ 145 146 147 148 1 gd_34
+ 145 146 150 152 1 gd_40
+ 146 147 148 149 1 gd_34
+ 147 148 149 145 1 gd_34
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 14 6 2 gi_2
+ 14 5 16 15 2 gi_1
+ 16 14 18 17 2 gi_1
+ 18 16 22 19 2 gi_2
+ 22 18 24 23 2 gi_1
+ 24 22 26 25 2 gi_1
+ 27 26 29 28 2 gi_1
+ 29 27 31 30 2 gi_1
+ 31 29 45 32 2 gi_2
+ 32 36 34 33 2 gi_1
+ 33 34 38 42 2 gi_1
+ 33 36 40 42 2 gi_1
+ 34 33 38 35 2 gi_1
+ 34 33 36 40 2 gi_1
+ 34 38 42 40 2 gi_1
+ 36 33 40 37 2 gi_1
+ 36 33 34 38 2 gi_1
+ 36 40 42 38 2 gi_1
+ 38 42 34 39 2 gi_1
+ 40 42 36 41 2 gi_1
+ 42 38 40 43 2 gi_1
+ 45 31 47 46 2 gi_1
+ 47 45 49 48 2 gi_1
+ 49 47 54 50 2 gi_2
+ 50 53 52 51 2 gi_1
+ 54 49 56 55 2 gi_1
+ 56 54 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_2
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 63 66 2 gi_1
+ 63 62 67 64 2 gi_2
+ 67 63 69 68 2 gi_1
+ 69 67 71 70 2 gi_1
+ 71 69 84 72 2 gi_2
+ 72 76 74 73 2 gi_1
+ 73 74 78 82 2 gi_1
+ 73 76 80 82 2 gi_1
+ 74 73 78 75 2 gi_1
+ 74 73 76 80 2 gi_1
+ 74 78 82 80 2 gi_1
+ 76 73 80 77 2 gi_1
+ 76 73 74 78 2 gi_1
+ 76 80 82 78 2 gi_1
+ 78 82 74 79 2 gi_1
+ 80 82 76 81 2 gi_1
+ 82 78 80 83 2 gi_1
+ 84 71 86 85 2 gi_1
+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 93 89 2 gi_2
+ 88 92 90 89 2 gi_2
+ 93 88 95 94 2 gi_1
+ 95 93 97 96 2 gi_1
+ 97 95 102 98 2 gi_2
+ 97 100 99 98 2 gi_2
+ 102 97 104 103 2 gi_1
+ 104 102 106 105 2 gi_1
+ 106 104 116 107 2 gi_2
+ 107 110 109 108 2 gi_1
+ 108 110 114 112 2 gi_1
+ 108 109 112 114 2 gi_1
+ 109 112 114 110 2 gi_1
+ 109 108 110 114 2 gi_1
+ 110 108 114 111 2 gi_1
+ 110 108 109 112 2 gi_1
+ 112 109 114 113 2 gi_1
+ 114 110 112 115 2 gi_1
+ 116 106 118 117 2 gi_1
+ 118 116 120 119 2 gi_1
+ 120 118 124 121 2 gi_2
+ 120 122 123 121 2 gi_2
+ 124 120 126 125 2 gi_1
+ 126 124 128 127 2 gi_1
+ 128 126 132 129 2 gi_2
+ 132 128 134 133 2 gi_1
+ 134 132 136 135 2 gi_1
+ 137 136 139 138 2 gi_1
+ 139 137 141 140 2 gi_1
+ 141 139 143 142 2 gi_2
+ 143 141 145 144 2 gi_1
+ 145 143 146 149 2 gi_1
+ 146 145 150 147 2 gi_2
+ 150 146 152 151 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">171</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 2 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 2 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 2 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 2 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 2 ALA C 3 0.45 12.011
+ 10 O 2 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 11 N 3 CYS N 4 -0.31 15.0147
+ 12 H 3 CYS H 4 0.31 0
+ 13 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 14 CH2 3 CYS CB 6 0.15 14.027
+ 15 S 3 CYS SG 6 -0.37 32.06
+ 16 H 3 CYS HG 6 0.22 1.008
+ 17 C 3 CYS C 7 0.45 12.011
+ 18 O 3 CYS O 7 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 19 N 4 ASP N 8 -0.31 15.0147
+ 20 H 4 ASP H 8 0.31 0
+ 21 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 22 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 23 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 24 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 25 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 26 C 4 ASP C 11 0.45 12.011
+ 27 O 4 ASP O 11 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 28 N 5 GLU N 12 -0.31 15.0147
+ 29 H 5 GLU H 12 0.31 0
+ 30 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 31 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 32 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 33 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 34 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 35 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 36 C 5 GLU C 15 0.45 12.011
+ 37 O 5 GLU O 15 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 38 N 6 PHE N 16 -0.31 15.0147
+ 39 H 6 PHE H 16 0.31 0
+ 40 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 41 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 42 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 43 C 6 PHE CD1 18 -0.14 13.019
+ 44 HC 6 PHE HD1 18 0.14 0
+ 45 C 6 PHE CD2 19 -0.14 13.019
+ 46 HC 6 PHE HD2 19 0.14 0
+ 47 C 6 PHE CE1 20 -0.14 13.019
+ 48 HC 6 PHE HE1 20 0.14 0
+ 49 C 6 PHE CE2 21 -0.14 13.019
+ 50 HC 6 PHE HE2 21 0.14 0
+ 51 C 6 PHE CZ 22 -0.14 13.019
+ 52 HC 6 PHE HZ 22 0.14 0
+ 53 C 6 PHE C 23 0.45 12.011
+ 54 O 6 PHE O 23 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 55 N 7 GLY N 24 -0.31 15.0147
+ 56 H 7 GLY H 24 0.31 0
+ 57 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 58 C 7 GLY C 26 0.45 12.011
+ 59 O 7 GLY O 26 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 60 N 8 HIS N 27 -0.31 15.0147
+ 61 H 8 HIS H 27 0.31 0
+ 62 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 63 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 64 C 8 HIS CG 29 0 12.011
+ 65 NR 8 HIS ND1 29 -0.54 14.0067
+ 66 C 8 HIS CD2 29 0 13.019
+ 67 HC 8 HIS HD2 29 0.14 0
+ 68 C 8 HIS CE1 29 0 13.019
+ 69 HC 8 HIS HE1 29 0.14 0
+ 70 NR 8 HIS NE2 29 -0.05 15.0147
+ 71 H 8 HIS HE2 29 0.31 0
+ 72 C 8 HIS C 30 0.45 12.011
+ 73 O 8 HIS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 74 N 9 ILE N 31 -0.31 15.0147
+ 75 H 9 ILE H 31 0.31 0
+ 76 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 77 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 78 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 79 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 80 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 81 C 9 ILE C 34 0.45 12.011
+ 82 O 9 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 83 N 10 LYS N 35 -0.31 15.0147
+ 84 H 10 LYS H 35 0.31 0
+ 85 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 86 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 87 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 88 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 89 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 90 MNH3 10 LYS MNZ1 38 0 8.51535
+ 91 MNH3 10 LYS MNZ2 38 0 8.51535
+ 92 NL 10 LYS NZ 38 0.129 0
+ 93 H 10 LYS HZ1 38 0.248 0
+ 94 H 10 LYS HZ2 38 0.248 0
+ 95 H 10 LYS HZ3 38 0.248 0
+ 96 C 10 LYS C 39 0.45 12.011
+ 97 O 10 LYS O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 98 N 11 LEU N 40 -0.31 15.0147
+ 99 H 11 LEU H 40 0.31 0
+ 100 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 101 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 102 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 103 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
+ 104 CH3 11 LEU CD2 42 0 15.035
+ 105 C 11 LEU C 43 0.45 12.011
+ 106 O 11 LEU O 43 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 107 N 12 MET N 44 -0.31 15.0147
+ 108 H 12 MET H 44 0.31 0
+ 109 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 110 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 111 CH2 12 MET CG 46 0.241 14.027
+ 112 S 12 MET SD 46 -0.482 32.06
+ 113 CH3 12 MET CE 46 0.241 15.035
+ 114 C 12 MET C 47 0.45 12.011
+ 115 O 12 MET O 47 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 116 N 13 ASN N 48 -0.31 15.0147
+ 117 H 13 ASN H 48 0.31 0
+ 118 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 119 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 120 C 13 ASN CG 50 0.29 12.011
+ 121 O 13 ASN OD1 50 -0.45 15.9994
+ 122 NT 13 ASN ND2 50 -0.72 16.0227
+ 123 H 13 ASN HD21 50 0.44 0
+ 124 H 13 ASN HD22 50 0.44 0
+ 125 C 13 ASN C 51 0.45 12.011
+ 126 O 13 ASN O 51 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 127 N 14 PRO N 52 0 14.0067
+ 128 CH1 14 PRO CA 53 0 13.019
+ 129 CH2r 14 PRO CB 53 0 14.027
+ 130 CH2r 14 PRO CG 54 0 14.027
+ 131 CH2r 14 PRO CD 54 0 14.027
+ 132 C 14 PRO C 55 0.45 12.011
+ 133 O 14 PRO O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 134 N 15 GLN N 56 -0.31 15.0147
+ 135 H 15 GLN H 56 0.31 0
+ 136 CH1 15 GLN CA 57 0 13.019
+ 137 CH2 15 GLN CB 57 0 14.027
+ 138 CH2 15 GLN CG 57 0 14.027
+ 139 C 15 GLN CD 58 0.29 12.011
+ 140 O 15 GLN OE1 58 -0.45 15.9994
+ 141 NT 15 GLN NE2 58 -0.72 16.0227
+ 142 H 15 GLN HE21 58 0.44 0
+ 143 H 15 GLN HE22 58 0.44 0
+ 144 C 15 GLN C 59 0.45 12.011
+ 145 O 15 GLN O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 146 N 16 ARG N 60 -0.31 15.0147
+ 147 H 16 ARG H 60 0.31 0
+ 148 CH1 16 ARG CA 61 0 13.019
+ 149 CH2 16 ARG CB 61 0 14.027
+ 150 CH2 16 ARG CG 61 0 14.027
+ 151 CH2 16 ARG CD 62 0.09 14.027
+ 152 NE 16 ARG NE 62 -0.11 15.0147
+ 153 H 16 ARG HE 62 0.24 0
+ 154 C 16 ARG CZ 62 0.34 12.011
+ 155 NZ 16 ARG NH1 62 -0.26 16.0227
+ 156 H 16 ARG HH11 62 0.24 0
+ 157 H 16 ARG HH12 62 0.24 0
+ 158 NZ 16 ARG NH2 62 -0.26 16.0227
+ 159 H 16 ARG HH21 62 0.24 0
+ 160 H 16 ARG HH22 62 0.24 0
+ 161 C 16 ARG C 63 0.45 12.011
+ 162 O 16 ARG O 63 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 163 N 17 SER N 64 -0.31 15.0147
+ 164 H 17 SER H 64 0.31 0
+ 165 CH1 17 SER CA 65 0 13.019
+ 166 CH2 17 SER CB 66 0.266 14.027
+ 167 OA 17 SER OG 66 -0.674 15.9994
+ 168 H 17 SER HG 66 0.408 1.008
+ 169 C 17 SER C 67 0.27 12.011
+ 170 OM 17 SER O1 67 -0.635 15.9994
+ 171 OM 17 SER O2 67 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
+ 7 8 2 gb_27
+ 7 9 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_5
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+ 11 12 2 gb_2
+ 11 13 2 gb_21
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+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
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+ 166 168 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ angles ]
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+ 74 76 77 2 ga_13
+ 74 76 81 2 ga_13
+ 77 76 81 2 ga_13
+ 76 77 78 2 ga_15
+ 76 77 79 2 ga_15
+ 78 77 79 2 ga_15
+ 77 78 80 2 ga_15
+ 76 81 82 2 ga_30
+ 76 81 83 2 ga_19
+ 82 81 83 2 ga_33
+ 81 83 84 2 ga_32
+ 81 83 85 2 ga_31
+ 84 83 85 2 ga_18
+ 83 85 86 2 ga_13
+ 83 85 96 2 ga_13
+ 86 85 96 2 ga_13
+ 85 86 87 2 ga_15
+ 86 87 88 2 ga_15
+ 87 88 89 2 ga_15
+ 88 89 92 2 ga_15
+ 89 92 93 2 ga_11
+ 89 92 94 2 ga_11
+ 89 92 95 2 ga_11
+ 93 92 94 2 ga_10
+ 93 92 95 2 ga_10
+ 94 92 95 2 ga_10
+ 85 96 97 2 ga_30
+ 85 96 98 2 ga_19
+ 97 96 98 2 ga_33
+ 96 98 99 2 ga_32
+ 96 98 100 2 ga_31
+ 99 98 100 2 ga_18
+ 98 100 101 2 ga_13
+ 98 100 105 2 ga_13
+ 101 100 105 2 ga_13
+ 100 101 102 2 ga_15
+ 101 102 103 2 ga_15
+ 101 102 104 2 ga_15
+ 103 102 104 2 ga_15
+ 100 105 106 2 ga_30
+ 100 105 107 2 ga_19
+ 106 105 107 2 ga_33
+ 105 107 108 2 ga_32
+ 105 107 109 2 ga_31
+ 108 107 109 2 ga_18
+ 107 109 110 2 ga_13
+ 107 109 114 2 ga_13
+ 110 109 114 2 ga_13
+ 109 110 111 2 ga_15
+ 110 111 112 2 ga_16
+ 111 112 113 2 ga_4
+ 109 114 115 2 ga_30
+ 109 114 116 2 ga_19
+ 115 114 116 2 ga_33
+ 114 116 117 2 ga_32
+ 114 116 118 2 ga_31
+ 117 116 118 2 ga_18
+ 116 118 119 2 ga_13
+ 116 118 125 2 ga_13
+ 119 118 125 2 ga_13
+ 118 119 120 2 ga_15
+ 119 120 121 2 ga_30
+ 119 120 122 2 ga_19
+ 121 120 122 2 ga_33
+ 120 122 123 2 ga_23
+ 120 122 124 2 ga_23
+ 123 122 124 2 ga_24
+ 118 125 126 2 ga_30
+ 118 125 127 2 ga_19
+ 126 125 127 2 ga_33
+ 125 127 128 2 ga_31
+ 125 127 131 2 ga_31
+ 128 127 131 2 ga_21
+ 127 128 129 2 ga_13
+ 127 128 132 2 ga_13
+ 129 128 132 2 ga_13
+ 128 129 130 2 ga_13
+ 129 130 131 2 ga_13
+ 127 131 130 2 ga_13
+ 128 132 133 2 ga_30
+ 128 132 134 2 ga_19
+ 133 132 134 2 ga_33
+ 132 134 135 2 ga_32
+ 132 134 136 2 ga_31
+ 135 134 136 2 ga_18
+ 134 136 137 2 ga_13
+ 134 136 144 2 ga_13
+ 137 136 144 2 ga_13
+ 136 137 138 2 ga_15
+ 137 138 139 2 ga_15
+ 138 139 140 2 ga_30
+ 138 139 141 2 ga_19
+ 140 139 141 2 ga_33
+ 139 141 142 2 ga_23
+ 139 141 143 2 ga_23
+ 142 141 143 2 ga_24
+ 136 144 145 2 ga_30
+ 136 144 146 2 ga_19
+ 145 144 146 2 ga_33
+ 144 146 147 2 ga_32
+ 144 146 148 2 ga_31
+ 147 146 148 2 ga_18
+ 146 148 149 2 ga_13
+ 146 148 161 2 ga_13
+ 149 148 161 2 ga_13
+ 148 149 150 2 ga_15
+ 149 150 151 2 ga_15
+ 150 151 152 2 ga_13
+ 151 152 153 2 ga_20
+ 151 152 154 2 ga_33
+ 153 152 154 2 ga_23
+ 152 154 155 2 ga_28
+ 152 154 158 2 ga_28
+ 155 154 158 2 ga_28
+ 154 155 156 2 ga_23
+ 154 155 157 2 ga_23
+ 156 155 157 2 ga_24
+ 154 158 159 2 ga_23
+ 154 158 160 2 ga_23
+ 159 158 160 2 ga_24
+ 148 161 162 2 ga_30
+ 148 161 163 2 ga_19
+ 162 161 163 2 ga_33
+ 161 163 164 2 ga_32
+ 161 163 165 2 ga_31
+ 164 163 165 2 ga_18
+ 163 165 166 2 ga_13
+ 163 165 169 2 ga_13
+ 166 165 169 2 ga_13
+ 165 166 167 2 ga_13
+ 166 167 168 2 ga_12
+ 165 169 170 2 ga_22
+ 165 169 171 2 ga_22
+ 170 169 171 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 9 1 gd_39
+ 3 7 9 11 1 gd_40
+ 7 9 11 13 1 gd_14
+ 9 11 13 17 1 gd_39
+ 11 13 14 15 1 gd_34
+ 11 13 17 19 1 gd_40
+ 13 14 15 16 1 gd_26
+ 13 17 19 21 1 gd_14
+ 17 19 21 26 1 gd_39
+ 19 21 22 23 1 gd_34
+ 19 21 26 28 1 gd_40
+ 21 22 23 24 1 gd_40
+ 21 26 28 30 1 gd_14
+ 26 28 30 36 1 gd_39
+ 28 30 31 32 1 gd_34
+ 28 30 36 38 1 gd_40
+ 30 31 32 33 1 gd_34
+ 31 32 33 35 1 gd_40
+ 30 36 38 40 1 gd_14
+ 36 38 40 53 1 gd_39
+ 38 40 41 42 1 gd_34
+ 38 40 53 55 1 gd_40
+ 40 41 42 43 1 gd_40
+ 40 53 55 57 1 gd_14
+ 53 55 57 58 1 gd_39
+ 55 57 58 60 1 gd_40
+ 57 58 60 62 1 gd_14
+ 58 60 62 72 1 gd_39
+ 60 62 63 64 1 gd_34
+ 60 62 72 74 1 gd_40
+ 62 63 64 65 1 gd_40
+ 62 72 74 76 1 gd_14
+ 72 74 76 81 1 gd_39
+ 74 76 77 78 1 gd_34
+ 74 76 81 83 1 gd_40
+ 76 77 78 80 1 gd_34
+ 76 81 83 85 1 gd_14
+ 81 83 85 96 1 gd_39
+ 83 85 86 87 1 gd_34
+ 83 85 96 98 1 gd_40
+ 85 86 87 88 1 gd_34
+ 86 87 88 89 1 gd_34
+ 87 88 89 92 1 gd_34
+ 88 89 92 93 1 gd_29
+ 85 96 98 100 1 gd_14
+ 96 98 100 105 1 gd_39
+ 98 100 101 102 1 gd_34
+ 98 100 105 107 1 gd_40
+ 100 101 102 103 1 gd_34
+ 100 105 107 109 1 gd_14
+ 105 107 109 114 1 gd_39
+ 107 109 110 111 1 gd_34
+ 107 109 114 116 1 gd_40
+ 109 110 111 112 1 gd_34
+ 110 111 112 113 1 gd_26
+ 109 114 116 118 1 gd_14
+ 114 116 118 125 1 gd_39
+ 116 118 119 120 1 gd_34
+ 116 118 125 127 1 gd_40
+ 118 119 120 122 1 gd_40
+ 119 120 122 123 1 gd_14
+ 118 125 127 128 1 gd_14
+ 125 127 128 132 1 gd_39
+ 128 127 131 130 1 gd_39
+ 127 128 129 130 1 gd_34
+ 127 128 132 134 1 gd_40
+ 128 129 130 131 1 gd_34
+ 129 130 131 127 1 gd_34
+ 128 132 134 136 1 gd_14
+ 132 134 136 144 1 gd_39
+ 134 136 137 138 1 gd_34
+ 134 136 144 146 1 gd_40
+ 136 137 138 139 1 gd_34
+ 137 138 139 141 1 gd_40
+ 138 139 141 142 1 gd_14
+ 136 144 146 148 1 gd_14
+ 144 146 148 161 1 gd_39
+ 146 148 149 150 1 gd_34
+ 146 148 161 163 1 gd_40
+ 148 149 150 151 1 gd_34
+ 149 150 151 152 1 gd_34
+ 150 151 152 154 1 gd_39
+ 151 152 154 155 1 gd_14
+ 152 154 155 156 1 gd_14
+ 152 154 158 159 1 gd_14
+ 148 161 163 165 1 gd_14
+ 161 163 165 169 1 gd_39
+ 163 165 166 167 1 gd_34
+ 163 165 169 171 1 gd_40
+ 165 166 167 168 1 gd_23
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 21 20 2 gi_1
+ 21 19 26 22 2 gi_2
+ 22 25 24 23 2 gi_1
+ 26 21 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 30 28 36 31 2 gi_2
+ 32 35 34 33 2 gi_1
+ 36 30 38 37 2 gi_1
+ 38 36 40 39 2 gi_1
+ 40 38 53 41 2 gi_2
+ 41 45 43 42 2 gi_1
+ 42 43 47 51 2 gi_1
+ 42 45 49 51 2 gi_1
+ 43 42 47 44 2 gi_1
+ 43 42 45 49 2 gi_1
+ 43 47 51 49 2 gi_1
+ 45 42 49 46 2 gi_1
+ 45 42 43 47 2 gi_1
+ 45 49 51 47 2 gi_1
+ 47 51 43 48 2 gi_1
+ 49 51 45 50 2 gi_1
+ 51 47 49 52 2 gi_1
+ 53 40 55 54 2 gi_1
+ 55 53 57 56 2 gi_1
+ 58 57 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 72 63 2 gi_2
+ 63 66 65 64 2 gi_1
+ 64 66 70 68 2 gi_1
+ 64 65 68 70 2 gi_1
+ 65 68 70 66 2 gi_1
+ 65 64 66 70 2 gi_1
+ 66 64 70 67 2 gi_1
+ 66 64 65 68 2 gi_1
+ 68 65 70 69 2 gi_1
+ 70 66 68 71 2 gi_1
+ 72 62 74 73 2 gi_1
+ 74 72 76 75 2 gi_1
+ 76 74 81 77 2 gi_2
+ 76 79 78 77 2 gi_2
+ 81 76 83 82 2 gi_1
+ 83 81 85 84 2 gi_1
+ 85 83 96 86 2 gi_2
+ 96 85 98 97 2 gi_1
+ 98 96 100 99 2 gi_1
+ 100 98 105 101 2 gi_2
+ 101 103 104 102 2 gi_2
+ 105 100 107 106 2 gi_1
+ 107 105 109 108 2 gi_1
+ 109 107 114 110 2 gi_2
+ 114 109 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 125 119 2 gi_2
+ 119 122 121 120 2 gi_1
+ 120 124 123 122 2 gi_1
+ 125 118 127 126 2 gi_1
+ 127 125 128 131 2 gi_1
+ 128 127 132 129 2 gi_2
+ 132 128 134 133 2 gi_1
+ 134 132 136 135 2 gi_1
+ 136 134 144 137 2 gi_2
+ 138 141 140 139 2 gi_1
+ 139 143 142 141 2 gi_1
+ 144 136 146 145 2 gi_1
+ 146 144 148 147 2 gi_1
+ 148 146 161 149 2 gi_2
+ 152 151 154 153 2 gi_1
+ 152 158 155 154 2 gi_1
+ 154 157 156 155 2 gi_1
+ 154 160 159 158 2 gi_1
+ 161 148 163 162 2 gi_1
+ 163 161 165 164 2 gi_1
+ 165 163 169 166 2 gi_2
+ 169 165 171 170 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 92 89 90 91 1
+ 93 89 90 91 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 20 19 17 21 2
+ 29 28 26 30 2
+ 39 38 36 40 2
+ 44 43 42 47 2
+ 46 45 42 49 2
+ 48 47 43 51 2
+ 50 49 45 51 2
+ 52 51 47 49 2
+ 56 55 53 57 2
+ 61 60 58 62 2
+ 67 66 64 70 2
+ 69 68 65 70 2
+ 71 70 66 68 2
+ 75 74 72 76 2
+ 84 83 81 85 2
+ 99 98 96 100 2
+ 108 107 105 109 2
+ 117 116 114 118 2
+ 135 134 132 136 2
+ 147 146 144 148 2
+ 153 152 151 154 2
+ 164 163 161 165 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 123 122 120 119 3
+ 124 122 120 119 -3
+ 142 141 139 138 3
+ 143 141 139 138 -3
+ 156 155 154 152 3
+ 157 155 154 152 -3
+ 159 158 154 152 3
+ 160 158 154 152 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 94 89 90 91 -4
+ 95 89 90 91 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">210</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 18 THR N 1 0.129 0
+ 4 H 18 THR H1 1 0.248 0
+ 5 H 18 THR H2 1 0.248 0
+ 6 H 18 THR H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH1 18 THR CB 3 0.266 13.019
+ 9 OA 18 THR OG1 3 -0.674 15.9994
+ 10 H 18 THR HG1 3 0.408 1.008
+ 11 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 12 C 18 THR C 5 0.45 12.011
+ 13 O 18 THR O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 14 N 19 VAL N 6 -0.31 15.0147
+ 15 H 19 VAL H 6 0.31 0
+ 16 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 17 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 18 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 19 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 20 C 19 VAL C 8 0.45 12.011
+ 21 O 19 VAL O 8 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 22 N 20 TRP N 9 -0.31 15.0147
+ 23 H 20 TRP H 9 0.31 0
+ 24 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 25 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 26 C 20 TRP CG 11 -0.21 12.011
+ 27 C 20 TRP CD1 11 -0.14 13.019
+ 28 HC 20 TRP HD1 11 0.14 0
+ 29 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 30 NR 20 TRP NE1 11 -0.1 15.0147
+ 31 H 20 TRP HE1 11 0.31 0
+ 32 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 33 C 20 TRP CE3 12 -0.14 13.019
+ 34 HC 20 TRP HE3 12 0.14 0
+ 35 C 20 TRP CZ2 13 -0.14 13.019
+ 36 HC 20 TRP HZ2 13 0.14 0
+ 37 C 20 TRP CZ3 14 -0.14 13.019
+ 38 HC 20 TRP HZ3 14 0.14 0
+ 39 C 20 TRP CH2 15 -0.14 13.019
+ 40 HC 20 TRP HH2 15 0.14 0
+ 41 C 20 TRP C 16 0.45 12.011
+ 42 O 20 TRP O 16 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 N 21 TYR N 17 -0.31 15.0147
+ 44 H 21 TYR H 17 0.31 0
+ 45 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 46 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 47 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 48 C 21 TYR CD1 19 -0.14 13.019
+ 49 HC 21 TYR HD1 19 0.14 0
+ 50 C 21 TYR CD2 20 -0.14 13.019
+ 51 HC 21 TYR HD2 20 0.14 0
+ 52 C 21 TYR CE1 21 -0.14 13.019
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+ 54 C 21 TYR CE2 22 -0.14 13.019
+ 55 HC 21 TYR HE2 22 0.14 0
+ 56 C 21 TYR CZ 23 0.203 12.011
+ 57 OA 21 TYR OH 23 -0.611 15.9994
+ 58 H 21 TYR HH 23 0.408 1.008
+ 59 C 21 TYR C 24 0.45 12.011
+ 60 O 21 TYR O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 61 N 22 LYS N 25 -0.31 15.0147
+ 62 H 22 LYS H 25 0.31 0
+ 63 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 64 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
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+ 68 MNH3 22 LYS MNZ1 28 0 8.51535
+ 69 MNH3 22 LYS MNZ2 28 0 8.51535
+ 70 NL 22 LYS NZ 28 0.129 0
+ 71 H 22 LYS HZ1 28 0.248 0
+ 72 H 22 LYS HZ2 28 0.248 0
+ 73 H 22 LYS HZ3 28 0.248 0
+ 74 C 22 LYS C 29 0.45 12.011
+ 75 O 22 LYS O 29 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 76 N 23 GLU N 30 -0.31 15.0147
+ 77 H 23 GLU H 30 0.31 0
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+ 81 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 82 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 83 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 84 C 23 GLU C 33 0.45 12.011
+ 85 O 23 GLU O 33 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 86 N 24 TRP N 34 -0.31 15.0147
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+ 100 HC 24 TRP HZ2 38 0.14 0
+ 101 C 24 TRP CZ3 39 -0.14 13.019
+ 102 HC 24 TRP HZ3 39 0.14 0
+ 103 C 24 TRP CH2 40 -0.14 13.019
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+ 105 C 24 TRP C 41 0.45 12.011
+ 106 O 24 TRP O 41 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 107 N 25 PRO N 42 0 14.0067
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+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
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+ 120 O 26 PRO O 49 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 121 N 27 CYS N 50 -0.31 15.0147
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+ 127 C 27 CYS C 53 0.45 12.011
+ 128 O 27 CYS O 53 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 129 N 28 ARG N 54 -0.31 15.0147
+ 130 H 28 ARG H 54 0.31 0
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+ 144 C 28 ARG C 57 0.45 12.011
+ 145 O 28 ARG O 57 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
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+ 156 NR 29 HIS NE2 60 -0.05 15.0147
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+ 158 C 29 HIS C 61 0.45 12.011
+ 159 O 29 HIS O 61 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
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+ 170 O 30 ASN O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 171 N 31 SER N 66 -0.31 15.0147
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+ 177 C 31 SER C 69 0.45 12.011
+ 178 O 31 SER O 69 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 179 N 32 HIS N 70 -0.31 15.0147
+ 180 H 32 HIS H 70 0.31 0
+ 181 CH1 32 HIS CA 71 0 13.019
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+ 191 C 32 HIS C 73 0.45 12.011
+ 192 O 32 HIS O 73 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 209 OM 33 PHE O1 81 -0.635 15.9994
+ 210 OM 33 PHE O2 81 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+[ pairs ]
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+[ angles ]
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+[ dihedrals ]
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+ 109 110 111 107 1 gd_34
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+
+[ dihedrals ]
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+ 29 26 27 30 2 gi_1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
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+ 53 52 48 56 2
+ 55 54 50 56 2
+ 62 61 59 63 2
+ 77 76 74 78 2
+ 87 86 84 88 2
+ 92 91 90 94 2
+ 95 94 91 96 2
+ 98 97 93 101 2
+ 100 99 96 103 2
+ 102 101 97 103 2
+ 104 103 99 101 2
+ 122 121 119 123 2
+ 130 129 127 131 2
+ 136 135 134 137 2
+ 147 146 144 148 2
+ 153 152 150 156 2
+ 155 154 151 156 2
+ 157 156 152 154 2
+ 161 160 158 162 2
+ 172 171 169 173 2
+ 180 179 177 181 2
+ 186 185 183 189 2
+ 188 187 184 189 2
+ 190 189 185 187 2
+ 194 193 191 195 2
+ 199 198 197 202 2
+ 201 200 197 204 2
+ 203 202 198 206 2
+ 205 204 200 206 2
+ 207 206 202 204 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 139 138 137 135 3
+ 140 138 137 135 -3
+ 142 141 137 135 3
+ 143 141 137 135 -3
+ 167 166 164 163 3
+ 168 166 164 163 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 72 67 68 69 -4
+ 73 67 68 69 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">174</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 34 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 34 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 34 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 34 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 34 ALA C 3 0.45 12.011
+ 10 O 34 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 11 N 35 VAL N 4 -0.31 15.0147
+ 12 H 35 VAL H 4 0.31 0
+ 13 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 14 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 15 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 16 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 17 C 35 VAL C 6 0.45 12.011
+ 18 O 35 VAL O 6 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 19 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 20 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 21 CH2r 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 22 CH2r 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 23 CH2r 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 24 C 36 PRO C 10 0.45 12.011
+ 25 O 36 PRO O 10 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 26 N 37 GLY N 11 -0.31 15.0147
+ 27 H 37 GLY H 11 0.31 0
+ 28 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 29 C 37 GLY C 13 0.45 12.011
+ 30 O 37 GLY O 13 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 31 N 38 TYR N 14 -0.31 15.0147
+ 32 H 38 TYR H 14 0.31 0
+ 33 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 34 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 35 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 36 C 38 TYR CD1 16 -0.14 13.019
+ 37 HC 38 TYR HD1 16 0.14 0
+ 38 C 38 TYR CD2 17 -0.14 13.019
+ 39 HC 38 TYR HD2 17 0.14 0
+ 40 C 38 TYR CE1 18 -0.14 13.019
+ 41 HC 38 TYR HE1 18 0.14 0
+ 42 C 38 TYR CE2 19 -0.14 13.019
+ 43 HC 38 TYR HE2 19 0.14 0
+ 44 C 38 TYR CZ 20 0.203 12.011
+ 45 OA 38 TYR OH 20 -0.611 15.9994
+ 46 H 38 TYR HH 20 0.408 1.008
+ 47 C 38 TYR C 21 0.45 12.011
+ 48 O 38 TYR O 21 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 49 N 39 ASP N 22 -0.31 15.0147
+ 50 H 39 ASP H 22 0.31 0
+ 51 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 52 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 53 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 54 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 55 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 56 C 39 ASP C 25 0.45 12.011
+ 57 O 39 ASP O 25 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 58 N 40 LYS N 26 -0.31 15.0147
+ 59 H 40 LYS H 26 0.31 0
+ 60 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 61 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 63 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 64 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 65 MNH3 40 LYS MNZ1 29 0 8.51535
+ 66 MNH3 40 LYS MNZ2 29 0 8.51535
+ 67 NL 40 LYS NZ 29 0.129 0
+ 68 H 40 LYS HZ1 29 0.248 0
+ 69 H 40 LYS HZ2 29 0.248 0
+ 70 H 40 LYS HZ3 29 0.248 0
+ 71 C 40 LYS C 30 0.45 12.011
+ 72 O 40 LYS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 73 N 41 ILE N 31 -0.31 15.0147
+ 74 H 41 ILE H 31 0.31 0
+ 75 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 76 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 77 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 78 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 79 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 80 C 41 ILE C 34 0.45 12.011
+ 81 O 41 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 82 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 83 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 84 CH2r 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 85 CH2r 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 86 CH2r 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 87 C 42 PRO C 38 0.45 12.011
+ 88 O 42 PRO O 38 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 89 N 43 ASP N 39 -0.31 15.0147
+ 90 H 43 ASP H 39 0.31 0
+ 91 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 92 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 93 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 94 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 95 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 96 C 43 ASP C 42 0.45 12.011
+ 97 O 43 ASP O 42 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 98 N 44 TYR N 43 -0.31 15.0147
+ 99 H 44 TYR H 43 0.31 0
+ 100 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
+ 101 CH2 44 TYR CB 44 0 14.027
+ 102 C 44 TYR CG 44 0 12.011
+ 103 C 44 TYR CD1 45 -0.14 13.019
+ 104 HC 44 TYR HD1 45 0.14 0
+ 105 C 44 TYR CD2 46 -0.14 13.019
+ 106 HC 44 TYR HD2 46 0.14 0
+ 107 C 44 TYR CE1 47 -0.14 13.019
+ 108 HC 44 TYR HE1 47 0.14 0
+ 109 C 44 TYR CE2 48 -0.14 13.019
+ 110 HC 44 TYR HE2 48 0.14 0
+ 111 C 44 TYR CZ 49 0.203 12.011
+ 112 OA 44 TYR OH 49 -0.611 15.9994
+ 113 H 44 TYR HH 49 0.408 1.008
+ 114 C 44 TYR C 50 0.45 12.011
+ 115 O 44 TYR O 50 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 116 N 45 HIS N 51 -0.31 15.0147
+ 117 H 45 HIS H 51 0.31 0
+ 118 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
+ 119 CH2 45 HIS CB 52 0 14.027
+ 120 C 45 HIS CG 53 0 12.011
+ 121 NR 45 HIS ND1 53 -0.54 14.0067
+ 122 C 45 HIS CD2 53 0 13.019
+ 123 HC 45 HIS HD2 53 0.14 0
+ 124 C 45 HIS CE1 53 0 13.019
+ 125 HC 45 HIS HE1 53 0.14 0
+ 126 NR 45 HIS NE2 53 -0.05 15.0147
+ 127 H 45 HIS HE2 53 0.31 0
+ 128 C 45 HIS C 54 0.45 12.011
+ 129 O 45 HIS O 54 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 130 N 46 MET N 55 -0.31 15.0147
+ 131 H 46 MET H 55 0.31 0
+ 132 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
+ 133 CH2 46 MET CB 56 0 14.027
+ 134 CH2 46 MET CG 57 0.241 14.027
+ 135 S 46 MET SD 57 -0.482 32.06
+ 136 CH3 46 MET CE 57 0.241 15.035
+ 137 C 46 MET C 58 0.45 12.011
+ 138 O 46 MET O 58 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 139 N 47 TRP N 59 -0.31 15.0147
+ 140 H 47 TRP H 59 0.31 0
+ 141 CH1 47 TRP CA 60 0 13.019
+ 142 CH2 47 TRP CB 60 0 14.027
+ 143 C 47 TRP CG 61 -0.21 12.011
+ 144 C 47 TRP CD1 61 -0.14 13.019
+ 145 HC 47 TRP HD1 61 0.14 0
+ 146 C 47 TRP CD2 61 0 12.011
+ 147 NR 47 TRP NE1 61 -0.1 15.0147
+ 148 H 47 TRP HE1 61 0.31 0
+ 149 C 47 TRP CE2 61 0 12.011
+ 150 C 47 TRP CE3 62 -0.14 13.019
+ 151 HC 47 TRP HE3 62 0.14 0
+ 152 C 47 TRP CZ2 63 -0.14 13.019
+ 153 HC 47 TRP HZ2 63 0.14 0
+ 154 C 47 TRP CZ3 64 -0.14 13.019
+ 155 HC 47 TRP HZ3 64 0.14 0
+ 156 C 47 TRP CH2 65 -0.14 13.019
+ 157 HC 47 TRP HH2 65 0.14 0
+ 158 C 47 TRP C 66 0.45 12.011
+ 159 O 47 TRP O 66 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 160 N 48 VAL N 67 -0.31 15.0147
+ 161 H 48 VAL H 67 0.31 0
+ 162 CH1 48 VAL CA 68 0 13.019
+ 163 CH1 48 VAL CB 68 0 13.019
+ 164 CH3 48 VAL CG1 68 0 15.035
+ 165 CH3 48 VAL CG2 68 0 15.035
+ 166 C 48 VAL C 69 0.45 12.011
+ 167 O 48 VAL O 69 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 168 N 49 ALA N 70 -0.31 15.0147
+ 169 H 49 ALA H 70 0.31 0
+ 170 CH1 49 ALA CA 71 0 13.019
+ 171 CH3 49 ALA CB 71 0 15.035
+ 172 C 49 ALA C 72 0.27 12.011
+ 173 OM 49 ALA O1 72 -0.635 15.9994
+ 174 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
+ 7 8 2 gb_27
+ 7 9 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_5
+ 9 11 2 gb_10
+ 11 12 2 gb_2
+ 11 13 2 gb_21
+ 13 14 2 gb_27
+ 13 17 2 gb_27
+ 14 15 2 gb_27
+ 14 16 2 gb_27
+ 17 18 2 gb_5
+ 17 19 2 gb_10
+ 19 20 2 gb_21
+ 19 23 2 gb_21
+ 20 21 2 gb_27
+ 20 24 2 gb_27
+ 21 22 2 gb_27
+ 22 23 2 gb_27
+ 24 25 2 gb_5
+ 24 26 2 gb_10
+ 26 27 2 gb_2
+ 26 28 2 gb_21
+ 28 29 2 gb_27
+ 29 30 2 gb_5
+ 29 31 2 gb_10
+ 31 32 2 gb_2
+ 31 33 2 gb_21
+ 33 34 2 gb_27
+ 33 47 2 gb_27
+ 34 35 2 gb_27
+ 35 36 2 gb_16
+ 35 38 2 gb_16
+ 36 37 2 gb_3
+ 36 40 2 gb_16
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_16
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 44 2 gb_16
+ 42 43 2 gb_3
+ 42 44 2 gb_16
+ 44 45 2 gb_13
+ 45 46 2 gb_1
+ 47 48 2 gb_5
+ 47 49 2 gb_10
+ 49 50 2 gb_2
+ 49 51 2 gb_21
+ 51 52 2 gb_27
+ 51 56 2 gb_27
+ 52 53 2 gb_27
+ 53 54 2 gb_6
+ 53 55 2 gb_6
+ 56 57 2 gb_5
+ 56 58 2 gb_10
+ 58 59 2 gb_2
+ 58 60 2 gb_21
+ 60 61 2 gb_27
+ 60 71 2 gb_27
+ 61 62 2 gb_27
+ 62 63 2 gb_27
+ 63 64 2 gb_27
+ 64 67 2 gb_21
+ 67 68 2 gb_2
+ 67 69 2 gb_2
+ 67 70 2 gb_2
+ 71 72 2 gb_5
+ 71 73 2 gb_10
+ 73 74 2 gb_2
+ 73 75 2 gb_21
+ 75 76 2 gb_27
+ 75 80 2 gb_27
+ 76 77 2 gb_27
+ 76 78 2 gb_27
+ 77 79 2 gb_27
+ 80 81 2 gb_5
+ 80 82 2 gb_10
+ 82 83 2 gb_21
+ 82 86 2 gb_21
+ 83 84 2 gb_27
+ 83 87 2 gb_27
+ 84 85 2 gb_27
+ 85 86 2 gb_27
+ 87 88 2 gb_5
+ 87 89 2 gb_10
+ 89 90 2 gb_2
+ 89 91 2 gb_21
+ 91 92 2 gb_27
+ 91 96 2 gb_27
+ 92 93 2 gb_27
+ 93 94 2 gb_6
+ 93 95 2 gb_6
+ 96 97 2 gb_5
+ 96 98 2 gb_10
+ 98 99 2 gb_2
+ 98 100 2 gb_21
+ 100 101 2 gb_27
+ 100 114 2 gb_27
+ 101 102 2 gb_27
+ 102 103 2 gb_16
+ 102 105 2 gb_16
+ 103 104 2 gb_3
+ 103 107 2 gb_16
+ 105 106 2 gb_3
+ 105 109 2 gb_16
+ 107 108 2 gb_3
+ 107 111 2 gb_16
+ 109 110 2 gb_3
+ 109 111 2 gb_16
+ 111 112 2 gb_13
+ 112 113 2 gb_1
+ 114 115 2 gb_5
+ 114 116 2 gb_10
+ 116 117 2 gb_2
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+ 118 119 2 gb_27
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+[ constraints ]
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+[ pairs ]
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+ 144 147 148 2 ga_36
+ 144 147 149 2 ga_7
+ 148 147 149 2 ga_36
+ 146 149 147 2 ga_7
+ 146 149 152 2 ga_27
+ 147 149 152 2 ga_39
+ 146 150 151 2 ga_25
+ 146 150 154 2 ga_27
+ 151 150 154 2 ga_25
+ 149 152 153 2 ga_25
+ 149 152 156 2 ga_27
+ 153 152 156 2 ga_25
+ 150 154 155 2 ga_25
+ 150 154 156 2 ga_27
+ 155 154 156 2 ga_25
+ 152 156 154 2 ga_27
+ 152 156 157 2 ga_25
+ 154 156 157 2 ga_25
+ 141 158 159 2 ga_30
+ 141 158 160 2 ga_19
+ 159 158 160 2 ga_33
+ 158 160 161 2 ga_32
+ 158 160 162 2 ga_31
+ 161 160 162 2 ga_18
+ 160 162 163 2 ga_13
+ 160 162 166 2 ga_13
+ 163 162 166 2 ga_13
+ 162 163 164 2 ga_15
+ 162 163 165 2 ga_15
+ 164 163 165 2 ga_15
+ 162 166 167 2 ga_30
+ 162 166 168 2 ga_19
+ 167 166 168 2 ga_33
+ 166 168 169 2 ga_32
+ 166 168 170 2 ga_31
+ 169 168 170 2 ga_18
+ 168 170 171 2 ga_13
+ 168 170 172 2 ga_13
+ 171 170 172 2 ga_13
+ 170 172 173 2 ga_22
+ 170 172 174 2 ga_22
+ 173 172 174 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 9 1 gd_39
+ 3 7 9 11 1 gd_40
+ 7 9 11 13 1 gd_14
+ 9 11 13 17 1 gd_39
+ 11 13 14 15 1 gd_34
+ 11 13 17 19 1 gd_40
+ 13 17 19 20 1 gd_14
+ 17 19 20 24 1 gd_39
+ 20 19 23 22 1 gd_39
+ 19 20 21 22 1 gd_34
+ 19 20 24 26 1 gd_40
+ 20 21 22 23 1 gd_34
+ 21 22 23 19 1 gd_34
+ 20 24 26 28 1 gd_14
+ 24 26 28 29 1 gd_39
+ 26 28 29 31 1 gd_40
+ 28 29 31 33 1 gd_14
+ 29 31 33 47 1 gd_39
+ 31 33 34 35 1 gd_34
+ 31 33 47 49 1 gd_40
+ 33 34 35 36 1 gd_40
+ 40 44 45 46 1 gd_11
+ 33 47 49 51 1 gd_14
+ 47 49 51 56 1 gd_39
+ 49 51 52 53 1 gd_34
+ 49 51 56 58 1 gd_40
+ 51 52 53 54 1 gd_40
+ 51 56 58 60 1 gd_14
+ 56 58 60 71 1 gd_39
+ 58 60 61 62 1 gd_34
+ 58 60 71 73 1 gd_40
+ 60 61 62 63 1 gd_34
+ 61 62 63 64 1 gd_34
+ 62 63 64 67 1 gd_34
+ 63 64 67 68 1 gd_29
+ 60 71 73 75 1 gd_14
+ 71 73 75 80 1 gd_39
+ 73 75 76 77 1 gd_34
+ 73 75 80 82 1 gd_40
+ 75 76 77 79 1 gd_34
+ 75 80 82 83 1 gd_14
+ 80 82 83 87 1 gd_39
+ 83 82 86 85 1 gd_39
+ 82 83 84 85 1 gd_34
+ 82 83 87 89 1 gd_40
+ 83 84 85 86 1 gd_34
+ 84 85 86 82 1 gd_34
+ 83 87 89 91 1 gd_14
+ 87 89 91 96 1 gd_39
+ 89 91 92 93 1 gd_34
+ 89 91 96 98 1 gd_40
+ 91 92 93 94 1 gd_40
+ 91 96 98 100 1 gd_14
+ 96 98 100 114 1 gd_39
+ 98 100 101 102 1 gd_34
+ 98 100 114 116 1 gd_40
+ 100 101 102 103 1 gd_40
+ 107 111 112 113 1 gd_11
+ 100 114 116 118 1 gd_14
+ 114 116 118 128 1 gd_39
+ 116 118 119 120 1 gd_34
+ 116 118 128 130 1 gd_40
+ 118 119 120 121 1 gd_40
+ 118 128 130 132 1 gd_14
+ 128 130 132 137 1 gd_39
+ 130 132 133 134 1 gd_34
+ 130 132 137 139 1 gd_40
+ 132 133 134 135 1 gd_34
+ 133 134 135 136 1 gd_26
+ 132 137 139 141 1 gd_14
+ 137 139 141 158 1 gd_39
+ 139 141 142 143 1 gd_34
+ 139 141 158 160 1 gd_40
+ 141 142 143 146 1 gd_40
+ 141 158 160 162 1 gd_14
+ 158 160 162 166 1 gd_39
+ 160 162 163 164 1 gd_34
+ 160 162 166 168 1 gd_40
+ 162 166 168 170 1 gd_14
+ 166 168 170 172 1 gd_39
+ 168 170 172 174 1 gd_40
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 13 15 16 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 20 23 2 gi_1
+ 20 19 24 21 2 gi_2
+ 24 20 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 29 28 31 30 2 gi_1
+ 31 29 33 32 2 gi_1
+ 33 31 47 34 2 gi_2
+ 34 38 36 35 2 gi_1
+ 35 36 40 44 2 gi_1
+ 35 38 42 44 2 gi_1
+ 36 35 40 37 2 gi_1
+ 36 35 38 42 2 gi_1
+ 36 40 44 42 2 gi_1
+ 38 35 42 39 2 gi_1
+ 38 35 36 40 2 gi_1
+ 38 42 44 40 2 gi_1
+ 40 44 36 41 2 gi_1
+ 42 44 38 43 2 gi_1
+ 44 40 42 45 2 gi_1
+ 47 33 49 48 2 gi_1
+ 49 47 51 50 2 gi_1
+ 51 49 56 52 2 gi_2
+ 52 55 54 53 2 gi_1
+ 56 51 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 71 61 2 gi_2
+ 71 60 73 72 2 gi_1
+ 73 71 75 74 2 gi_1
+ 75 73 80 76 2 gi_2
+ 75 78 77 76 2 gi_2
+ 80 75 82 81 2 gi_1
+ 82 80 83 86 2 gi_1
+ 83 82 87 84 2 gi_2
+ 87 83 89 88 2 gi_1
+ 89 87 91 90 2 gi_1
+ 91 89 96 92 2 gi_2
+ 92 95 94 93 2 gi_1
+ 96 91 98 97 2 gi_1
+ 98 96 100 99 2 gi_1
+ 100 98 114 101 2 gi_2
+ 101 105 103 102 2 gi_1
+ 102 103 107 111 2 gi_1
+ 102 105 109 111 2 gi_1
+ 103 102 107 104 2 gi_1
+ 103 102 105 109 2 gi_1
+ 103 107 111 109 2 gi_1
+ 105 102 109 106 2 gi_1
+ 105 102 103 107 2 gi_1
+ 105 109 111 107 2 gi_1
+ 107 111 103 108 2 gi_1
+ 109 111 105 110 2 gi_1
+ 111 107 109 112 2 gi_1
+ 114 100 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 128 119 2 gi_2
+ 119 122 121 120 2 gi_1
+ 120 122 126 124 2 gi_1
+ 120 121 124 126 2 gi_1
+ 121 124 126 122 2 gi_1
+ 121 120 122 126 2 gi_1
+ 122 120 126 123 2 gi_1
+ 122 120 121 124 2 gi_1
+ 124 121 126 125 2 gi_1
+ 126 122 124 127 2 gi_1
+ 128 118 130 129 2 gi_1
+ 130 128 132 131 2 gi_1
+ 132 130 137 133 2 gi_2
+ 137 132 139 138 2 gi_1
+ 139 137 141 140 2 gi_1
+ 141 139 158 142 2 gi_2
+ 142 146 144 143 2 gi_1
+ 143 150 149 146 2 gi_1
+ 143 146 149 147 2 gi_1
+ 143 144 147 149 2 gi_1
+ 144 143 147 145 2 gi_1
+ 144 147 149 146 2 gi_1
+ 144 143 146 149 2 gi_1
+ 146 143 144 147 2 gi_1
+ 146 149 152 156 2 gi_1
+ 146 150 154 156 2 gi_1
+ 147 144 149 148 2 gi_1
+ 147 152 146 149 2 gi_1
+ 149 146 150 154 2 gi_1
+ 149 152 156 154 2 gi_1
+ 150 146 154 151 2 gi_1
+ 150 146 149 152 2 gi_1
+ 150 154 156 152 2 gi_1
+ 152 149 156 153 2 gi_1
+ 154 150 156 155 2 gi_1
+ 156 152 154 157 2 gi_1
+ 158 141 160 159 2 gi_1
+ 160 158 162 161 2 gi_1
+ 162 160 166 163 2 gi_2
+ 162 164 165 163 2 gi_2
+ 166 162 168 167 2 gi_1
+ 168 166 170 169 2 gi_1
+ 170 168 172 171 2 gi_2
+ 172 170 174 173 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 67 64 65 66 1
+ 68 64 65 66 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 27 26 24 28 2
+ 32 31 29 33 2
+ 37 36 35 40 2
+ 39 38 35 42 2
+ 41 40 36 44 2
+ 43 42 38 44 2
+ 50 49 47 51 2
+ 59 58 56 60 2
+ 74 73 71 75 2
+ 90 89 87 91 2
+ 99 98 96 100 2
+ 104 103 102 107 2
+ 106 105 102 109 2
+ 108 107 103 111 2
+ 110 109 105 111 2
+ 117 116 114 118 2
+ 123 122 120 126 2
+ 125 124 121 126 2
+ 127 126 122 124 2
+ 131 130 128 132 2
+ 140 139 137 141 2
+ 145 144 143 147 2
+ 148 147 144 149 2
+ 151 150 146 154 2
+ 153 152 149 156 2
+ 155 154 150 156 2
+ 157 156 152 154 2
+ 161 160 158 162 2
+ 169 168 166 170 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 69 64 65 66 -4
+ 70 64 65 66 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">156</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 50 LYS N 1 0.129 0
+ 4 H 50 LYS H1 1 0.248 0
+ 5 H 50 LYS H2 1 0.248 0
+ 6 H 50 LYS H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 10 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 11 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 12 MNH3 50 LYS MNZ1 4 0 8.51535
+ 13 MNH3 50 LYS MNZ2 4 0 8.51535
+ 14 NL 50 LYS NZ 4 0.129 0
+ 15 H 50 LYS HZ1 4 0.248 0
+ 16 H 50 LYS HZ2 4 0.248 0
+ 17 H 50 LYS HZ3 4 0.248 0
+ 18 C 50 LYS C 5 0.45 12.011
+ 19 O 50 LYS O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 20 N 51 SER N 6 -0.31 15.0147
+ 21 H 51 SER H 6 0.31 0
+ 22 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 23 CH2 51 SER CB 8 0.266 14.027
+ 24 OA 51 SER OG 8 -0.674 15.9994
+ 25 H 51 SER HG 8 0.408 1.008
+ 26 C 51 SER C 9 0.45 12.011
+ 27 O 51 SER O 9 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 28 N 52 GLY N 10 -0.31 15.0147
+ 29 H 52 GLY H 10 0.31 0
+ 30 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 31 C 52 GLY C 12 0.45 12.011
+ 32 O 52 GLY O 12 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 33 N 53 TYR N 13 -0.31 15.0147
+ 34 H 53 TYR H 13 0.31 0
+ 35 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 36 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 37 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 38 C 53 TYR CD1 15 -0.14 13.019
+ 39 HC 53 TYR HD1 15 0.14 0
+ 40 C 53 TYR CD2 16 -0.14 13.019
+ 41 HC 53 TYR HD2 16 0.14 0
+ 42 C 53 TYR CE1 17 -0.14 13.019
+ 43 HC 53 TYR HE1 17 0.14 0
+ 44 C 53 TYR CE2 18 -0.14 13.019
+ 45 HC 53 TYR HE2 18 0.14 0
+ 46 C 53 TYR CZ 19 0.203 12.011
+ 47 OA 53 TYR OH 19 -0.611 15.9994
+ 48 H 53 TYR HH 19 0.408 1.008
+ 49 C 53 TYR C 20 0.45 12.011
+ 50 O 53 TYR O 20 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 51 N 54 ASP N 21 -0.31 15.0147
+ 52 H 54 ASP H 21 0.31 0
+ 53 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 54 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 55 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 56 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 57 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 58 C 54 ASP C 24 0.45 12.011
+ 59 O 54 ASP O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 60 N 55 ALA N 25 -0.31 15.0147
+ 61 H 55 ALA H 25 0.31 0
+ 62 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 63 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 64 C 55 ALA C 27 0.45 12.011
+ 65 O 55 ALA O 27 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 66 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 67 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 68 CH2r 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 69 CH2r 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 70 CH2r 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 71 C 56 PRO C 31 0.45 12.011
+ 72 O 56 PRO O 31 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 73 N 57 PHE N 32 -0.31 15.0147
+ 74 H 57 PHE H 32 0.31 0
+ 75 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 76 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 77 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 78 C 57 PHE CD1 34 -0.14 13.019
+ 79 HC 57 PHE HD1 34 0.14 0
+ 80 C 57 PHE CD2 35 -0.14 13.019
+ 81 HC 57 PHE HD2 35 0.14 0
+ 82 C 57 PHE CE1 36 -0.14 13.019
+ 83 HC 57 PHE HE1 36 0.14 0
+ 84 C 57 PHE CE2 37 -0.14 13.019
+ 85 HC 57 PHE HE2 37 0.14 0
+ 86 C 57 PHE CZ 38 -0.14 13.019
+ 87 HC 57 PHE HZ 38 0.14 0
+ 88 C 57 PHE C 39 0.45 12.011
+ 89 O 57 PHE O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 90 N 58 THR N 40 -0.31 15.0147
+ 91 H 58 THR H 40 0.31 0
+ 92 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 93 CH1 58 THR CB 42 0.266 13.019
+ 94 OA 58 THR OG1 42 -0.674 15.9994
+ 95 H 58 THR HG1 42 0.408 1.008
+ 96 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 97 C 58 THR C 44 0.45 12.011
+ 98 O 58 THR O 44 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 N 59 ILE N 45 -0.31 15.0147
+ 100 H 59 ILE H 45 0.31 0
+ 101 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 102 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 103 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 104 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 105 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 106 C 59 ILE C 48 0.45 12.011
+ 107 O 59 ILE O 48 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 108 N 60 HIS N 49 -0.31 15.0147
+ 109 H 60 HIS H 49 0.31 0
+ 110 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 111 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 112 C 60 HIS CG 51 0 12.011
+ 113 NR 60 HIS ND1 51 -0.54 14.0067
+ 114 C 60 HIS CD2 51 0 13.019
+ 115 HC 60 HIS HD2 51 0.14 0
+ 116 C 60 HIS CE1 51 0 13.019
+ 117 HC 60 HIS HE1 51 0.14 0
+ 118 NR 60 HIS NE2 51 -0.05 15.0147
+ 119 H 60 HIS HE2 51 0.31 0
+ 120 C 60 HIS C 52 0.45 12.011
+ 121 O 60 HIS O 52 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 122 N 61 VAL N 53 -0.31 15.0147
+ 123 H 61 VAL H 53 0.31 0
+ 124 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 125 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 126 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 127 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 128 C 61 VAL C 55 0.45 12.011
+ 129 O 61 VAL O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 130 N 62 CYS N 56 -0.31 15.0147
+ 131 H 62 CYS H 56 0.31 0
+ 132 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 133 CH2 62 CYS CB 58 0.15 14.027
+ 134 S 62 CYS SG 58 -0.37 32.06
+ 135 H 62 CYS HG 58 0.22 1.008
+ 136 C 62 CYS C 59 0.45 12.011
+ 137 O 62 CYS O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 138 N 63 GLY N 60 -0.31 15.0147
+ 139 H 63 GLY H 60 0.31 0
+ 140 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 141 C 63 GLY C 62 0.45 12.011
+ 142 O 63 GLY O 62 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 143 N 64 ALA N 63 -0.31 15.0147
+ 144 H 64 ALA H 63 0.31 0
+ 145 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 146 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 147 C 64 ALA C 65 0.45 12.011
+ 148 O 64 ALA O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 149 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 150 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 151 CH2r 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 152 CH2r 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 153 CH2r 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 154 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 155 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 156 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
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+ 7 18 2 gb_27
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+ 10 11 2 gb_27
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+ 152 153 2 gb_27
+ 154 155 2 gb_6
+ 154 156 2 gb_6
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
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+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 149 156 1
+ 151 155 1
+ 151 156 1
+ 152 154 1
+ 153 154 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
+ 4 3 5 2 ga_10
+ 4 3 6 2 ga_10
+ 4 3 7 2 ga_11
+ 5 3 6 2 ga_10
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+ 6 3 7 2 ga_11
+ 3 7 8 2 ga_13
+ 3 7 18 2 ga_13
+ 8 7 18 2 ga_13
+ 7 8 9 2 ga_15
+ 8 9 10 2 ga_15
+ 9 10 11 2 ga_15
+ 10 11 14 2 ga_15
+ 11 14 15 2 ga_11
+ 11 14 16 2 ga_11
+ 11 14 17 2 ga_11
+ 15 14 16 2 ga_10
+ 15 14 17 2 ga_10
+ 16 14 17 2 ga_10
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+ 30 31 32 2 ga_30
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+ 40 44 46 2 ga_27
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+ 132 136 137 2 ga_30
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+ 146 145 147 2 ga_13
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+ 151 152 153 2 ga_13
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+ 155 154 156 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 18 1 gd_39
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+ 3 7 18 20 1 gd_40
+ 7 8 9 10 1 gd_34
+ 8 9 10 11 1 gd_34
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+ 10 11 14 15 1 gd_29
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+ 30 31 33 35 1 gd_14
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+ 33 35 49 51 1 gd_40
+ 35 36 37 38 1 gd_40
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+ 35 49 51 53 1 gd_14
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+ 51 53 54 55 1 gd_34
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+ 68 69 70 66 1 gd_34
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+ 75 76 77 78 1 gd_40
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+ 138 140 141 143 1 gd_40
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+ 149 150 154 156 1 gd_40
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+ 151 152 153 149 1 gd_34
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 18 8 2 gi_2
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+ 110 108 120 111 2 gi_2
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+ 112 113 116 118 2 gi_1
+ 113 116 118 114 2 gi_1
+ 113 112 114 118 2 gi_1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
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+ 15 11 12 13 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 21 20 18 22 2
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+ 79 78 77 82 2
+ 81 80 77 84 2
+ 83 82 78 86 2
+ 85 84 80 86 2
+ 87 86 82 84 2
+ 91 90 88 92 2
+ 100 99 97 101 2
+ 109 108 106 110 2
+ 115 114 112 118 2
+ 117 116 113 118 2
+ 119 118 114 116 2
+ 123 122 120 124 2
+ 131 130 128 132 2
+ 139 138 136 140 2
+ 144 143 141 145 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 16 11 12 13 -4
+ 17 11 12 13 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">170</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 34 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 34 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 34 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 34 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 34 ALA C 3 0.45 12.011
+ 8 O 34 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 9 N 35 VAL N 4 -0.31 14.0067
+ 10 H 35 VAL H 4 0.31 1.008
+ 11 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 12 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 13 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 14 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 15 C 35 VAL C 6 0.45 12.011
+ 16 O 35 VAL O 6 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 17 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 18 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 19 CH2r 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 20 CH2r 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 21 CH2r 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 22 C 36 PRO C 10 0.45 12.011
+ 23 O 36 PRO O 10 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 37 GLY N 11 -0.31 14.0067
+ 25 H 37 GLY H 11 0.31 1.008
+ 26 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 27 C 37 GLY C 13 0.45 12.011
+ 28 O 37 GLY O 13 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 38 TYR N 14 -0.31 14.0067
+ 30 H 38 TYR H 14 0.31 1.008
+ 31 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 32 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 33 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 34 C 38 TYR CD1 16 -0.14 12.011
+ 35 HC 38 TYR HD1 16 0.14 1.008
+ 36 C 38 TYR CD2 17 -0.14 12.011
+ 37 HC 38 TYR HD2 17 0.14 1.008
+ 38 C 38 TYR CE1 18 -0.14 12.011
+ 39 HC 38 TYR HE1 18 0.14 1.008
+ 40 C 38 TYR CE2 19 -0.14 12.011
+ 41 HC 38 TYR HE2 19 0.14 1.008
+ 42 C 38 TYR CZ 20 0.203 12.011
+ 43 OA 38 TYR OH 20 -0.611 15.9994
+ 44 H 38 TYR HH 20 0.408 1.008
+ 45 C 38 TYR C 21 0.45 12.011
+ 46 O 38 TYR O 21 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 39 ASP N 22 -0.31 14.0067
+ 48 H 39 ASP H 22 0.31 1.008
+ 49 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 50 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 51 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 52 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 53 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 54 C 39 ASP C 25 0.45 12.011
+ 55 O 39 ASP O 25 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 56 N 40 LYS N 26 -0.31 14.0067
+ 57 H 40 LYS H 26 0.31 1.008
+ 58 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 59 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 60 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 61 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 63 NL 40 LYS NZ 29 0.129 14.0067
+ 64 H 40 LYS HZ1 29 0.248 1.008
+ 65 H 40 LYS HZ2 29 0.248 1.008
+ 66 H 40 LYS HZ3 29 0.248 1.008
+ 67 C 40 LYS C 30 0.45 12.011
+ 68 O 40 LYS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 69 N 41 ILE N 31 -0.31 14.0067
+ 70 H 41 ILE H 31 0.31 1.008
+ 71 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 72 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 73 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 74 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 75 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 76 C 41 ILE C 34 0.45 12.011
+ 77 O 41 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 78 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 79 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 80 CH2r 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 81 CH2r 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 82 CH2r 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 83 C 42 PRO C 38 0.45 12.011
+ 84 O 42 PRO O 38 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 85 N 43 ASP N 39 -0.31 14.0067
+ 86 H 43 ASP H 39 0.31 1.008
+ 87 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 88 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 89 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 90 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 91 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 92 C 43 ASP C 42 0.45 12.011
+ 93 O 43 ASP O 42 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 94 N 44 TYR N 43 -0.31 14.0067
+ 95 H 44 TYR H 43 0.31 1.008
+ 96 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
+ 97 CH2 44 TYR CB 44 0 14.027
+ 98 C 44 TYR CG 44 0 12.011
+ 99 C 44 TYR CD1 45 -0.14 12.011
+ 100 HC 44 TYR HD1 45 0.14 1.008
+ 101 C 44 TYR CD2 46 -0.14 12.011
+ 102 HC 44 TYR HD2 46 0.14 1.008
+ 103 C 44 TYR CE1 47 -0.14 12.011
+ 104 HC 44 TYR HE1 47 0.14 1.008
+ 105 C 44 TYR CE2 48 -0.14 12.011
+ 106 HC 44 TYR HE2 48 0.14 1.008
+ 107 C 44 TYR CZ 49 0.203 12.011
+ 108 OA 44 TYR OH 49 -0.611 15.9994
+ 109 H 44 TYR HH 49 0.408 1.008
+ 110 C 44 TYR C 50 0.45 12.011
+ 111 O 44 TYR O 50 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 112 N 45 HIS N 51 -0.31 14.0067
+ 113 H 45 HIS H 51 0.31 1.008
+ 114 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
+ 115 CH2 45 HIS CB 52 0 14.027
+ 116 C 45 HIS CG 53 0 12.011
+ 117 NR 45 HIS ND1 53 -0.54 14.0067
+ 118 C 45 HIS CD2 53 0 12.011
+ 119 HC 45 HIS HD2 53 0.14 1.008
+ 120 C 45 HIS CE1 53 0 12.011
+ 121 HC 45 HIS HE1 53 0.14 1.008
+ 122 NR 45 HIS NE2 53 -0.05 14.0067
+ 123 H 45 HIS HE2 53 0.31 1.008
+ 124 C 45 HIS C 54 0.45 12.011
+ 125 O 45 HIS O 54 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 126 N 46 MET N 55 -0.31 14.0067
+ 127 H 46 MET H 55 0.31 1.008
+ 128 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
+ 129 CH2 46 MET CB 56 0 14.027
+ 130 CH2 46 MET CG 57 0.241 14.027
+ 131 S 46 MET SD 57 -0.482 32.06
+ 132 CH3 46 MET CE 57 0.241 15.035
+ 133 C 46 MET C 58 0.45 12.011
+ 134 O 46 MET O 58 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 135 N 47 TRP N 59 -0.31 14.0067
+ 136 H 47 TRP H 59 0.31 1.008
+ 137 CH1 47 TRP CA 60 0 13.019
+ 138 CH2 47 TRP CB 60 0 14.027
+ 139 C 47 TRP CG 61 -0.21 12.011
+ 140 C 47 TRP CD1 61 -0.14 12.011
+ 141 HC 47 TRP HD1 61 0.14 1.008
+ 142 C 47 TRP CD2 61 0 12.011
+ 143 NR 47 TRP NE1 61 -0.1 14.0067
+ 144 H 47 TRP HE1 61 0.31 1.008
+ 145 C 47 TRP CE2 61 0 12.011
+ 146 C 47 TRP CE3 62 -0.14 12.011
+ 147 HC 47 TRP HE3 62 0.14 1.008
+ 148 C 47 TRP CZ2 63 -0.14 12.011
+ 149 HC 47 TRP HZ2 63 0.14 1.008
+ 150 C 47 TRP CZ3 64 -0.14 12.011
+ 151 HC 47 TRP HZ3 64 0.14 1.008
+ 152 C 47 TRP CH2 65 -0.14 12.011
+ 153 HC 47 TRP HH2 65 0.14 1.008
+ 154 C 47 TRP C 66 0.45 12.011
+ 155 O 47 TRP O 66 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 156 N 48 VAL N 67 -0.31 14.0067
+ 157 H 48 VAL H 67 0.31 1.008
+ 158 CH1 48 VAL CA 68 0 13.019
+ 159 CH1 48 VAL CB 68 0 13.019
+ 160 CH3 48 VAL CG1 68 0 15.035
+ 161 CH3 48 VAL CG2 68 0 15.035
+ 162 C 48 VAL C 69 0.45 12.011
+ 163 O 48 VAL O 69 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 164 N 49 ALA N 70 -0.31 14.0067
+ 165 H 49 ALA H 70 0.31 1.008
+ 166 CH1 49 ALA CA 71 0 13.019
+ 167 CH3 49 ALA CB 71 0 15.035
+ 168 C 49 ALA C 72 0.27 12.011
+ 169 OM 49 ALA O1 72 -0.635 15.9994
+ 170 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_21
+ 5 6 2 gb_27
+ 5 7 2 gb_27
+ 7 8 2 gb_5
+ 7 9 2 gb_10
+ 9 10 2 gb_2
+ 9 11 2 gb_21
+ 11 12 2 gb_27
+ 11 15 2 gb_27
+ 12 13 2 gb_27
+ 12 14 2 gb_27
+ 15 16 2 gb_5
+ 15 17 2 gb_10
+ 17 18 2 gb_21
+ 17 21 2 gb_21
+ 18 19 2 gb_27
+ 18 22 2 gb_27
+ 19 20 2 gb_27
+ 20 21 2 gb_27
+ 22 23 2 gb_5
+ 22 24 2 gb_10
+ 24 25 2 gb_2
+ 24 26 2 gb_21
+ 26 27 2 gb_27
+ 27 28 2 gb_5
+ 27 29 2 gb_10
+ 29 30 2 gb_2
+ 29 31 2 gb_21
+ 31 32 2 gb_27
+ 31 45 2 gb_27
+ 32 33 2 gb_27
+ 33 34 2 gb_16
+ 33 36 2 gb_16
+ 34 35 2 gb_3
+ 34 38 2 gb_16
+ 36 37 2 gb_3
+ 36 40 2 gb_16
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_16
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 42 2 gb_16
+ 42 43 2 gb_13
+ 43 44 2 gb_1
+ 45 46 2 gb_5
+ 45 47 2 gb_10
+ 47 48 2 gb_2
+ 47 49 2 gb_21
+ 49 50 2 gb_27
+ 49 54 2 gb_27
+ 50 51 2 gb_27
+ 51 52 2 gb_6
+ 51 53 2 gb_6
+ 54 55 2 gb_5
+ 54 56 2 gb_10
+ 56 57 2 gb_2
+ 56 58 2 gb_21
+ 58 59 2 gb_27
+ 58 67 2 gb_27
+ 59 60 2 gb_27
+ 60 61 2 gb_27
+ 61 62 2 gb_27
+ 62 63 2 gb_21
+ 63 64 2 gb_2
+ 63 65 2 gb_2
+ 63 66 2 gb_2
+ 67 68 2 gb_5
+ 67 69 2 gb_10
+ 69 70 2 gb_2
+ 69 71 2 gb_21
+ 71 72 2 gb_27
+ 71 76 2 gb_27
+ 72 73 2 gb_27
+ 72 74 2 gb_27
+ 73 75 2 gb_27
+ 76 77 2 gb_5
+ 76 78 2 gb_10
+ 78 79 2 gb_21
+ 78 82 2 gb_21
+ 79 80 2 gb_27
+ 79 83 2 gb_27
+ 80 81 2 gb_27
+ 81 82 2 gb_27
+ 83 84 2 gb_5
+ 83 85 2 gb_10
+ 85 86 2 gb_2
+ 85 87 2 gb_21
+ 87 88 2 gb_27
+ 87 92 2 gb_27
+ 88 89 2 gb_27
+ 89 90 2 gb_6
+ 89 91 2 gb_6
+ 92 93 2 gb_5
+ 92 94 2 gb_10
+ 94 95 2 gb_2
+ 94 96 2 gb_21
+ 96 97 2 gb_27
+ 96 110 2 gb_27
+ 97 98 2 gb_27
+ 98 99 2 gb_16
+ 98 101 2 gb_16
+ 99 100 2 gb_3
+ 99 103 2 gb_16
+ 101 102 2 gb_3
+ 101 105 2 gb_16
+ 103 104 2 gb_3
+ 103 107 2 gb_16
+ 105 106 2 gb_3
+ 105 107 2 gb_16
+ 107 108 2 gb_13
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+ 112 113 2 gb_2
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+ 114 124 2 gb_27
+ 115 116 2 gb_27
+ 116 117 2 gb_10
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+ 117 120 2 gb_10
+ 118 119 2 gb_3
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+ 120 121 2 gb_3
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+ 122 123 2 gb_2
+ 124 125 2 gb_5
+ 124 126 2 gb_10
+ 126 127 2 gb_2
+ 126 128 2 gb_21
+ 128 129 2 gb_27
+ 128 133 2 gb_27
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+ 130 131 2 gb_32
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+ 133 134 2 gb_5
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+ 135 136 2 gb_2
+ 135 137 2 gb_21
+ 137 138 2 gb_27
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+ 158 159 161 2 ga_15
+ 160 159 161 2 ga_15
+ 158 162 163 2 ga_30
+ 158 162 164 2 ga_19
+ 163 162 164 2 ga_33
+ 162 164 165 2 ga_32
+ 162 164 166 2 ga_31
+ 165 164 166 2 ga_18
+ 164 166 167 2 ga_13
+ 164 166 168 2 ga_13
+ 167 166 168 2 ga_13
+ 166 168 169 2 ga_22
+ 166 168 170 2 ga_22
+ 169 168 170 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 7 1 gd_39
+ 1 5 7 9 1 gd_40
+ 5 7 9 11 1 gd_14
+ 7 9 11 15 1 gd_39
+ 9 11 12 13 1 gd_34
+ 9 11 15 17 1 gd_40
+ 11 15 17 18 1 gd_14
+ 15 17 18 22 1 gd_39
+ 18 17 21 20 1 gd_39
+ 17 18 19 20 1 gd_34
+ 17 18 22 24 1 gd_40
+ 18 19 20 21 1 gd_34
+ 19 20 21 17 1 gd_34
+ 18 22 24 26 1 gd_14
+ 22 24 26 27 1 gd_39
+ 24 26 27 29 1 gd_40
+ 26 27 29 31 1 gd_14
+ 27 29 31 45 1 gd_39
+ 29 31 32 33 1 gd_34
+ 29 31 45 47 1 gd_40
+ 31 32 33 34 1 gd_40
+ 38 42 43 44 1 gd_11
+ 31 45 47 49 1 gd_14
+ 45 47 49 54 1 gd_39
+ 47 49 50 51 1 gd_34
+ 47 49 54 56 1 gd_40
+ 49 50 51 52 1 gd_40
+ 49 54 56 58 1 gd_14
+ 54 56 58 67 1 gd_39
+ 56 58 59 60 1 gd_34
+ 56 58 67 69 1 gd_40
+ 58 59 60 61 1 gd_34
+ 59 60 61 62 1 gd_34
+ 60 61 62 63 1 gd_34
+ 61 62 63 64 1 gd_29
+ 58 67 69 71 1 gd_14
+ 67 69 71 76 1 gd_39
+ 69 71 72 73 1 gd_34
+ 69 71 76 78 1 gd_40
+ 71 72 73 75 1 gd_34
+ 71 76 78 79 1 gd_14
+ 76 78 79 83 1 gd_39
+ 79 78 82 81 1 gd_39
+ 78 79 80 81 1 gd_34
+ 78 79 83 85 1 gd_40
+ 79 80 81 82 1 gd_34
+ 80 81 82 78 1 gd_34
+ 79 83 85 87 1 gd_14
+ 83 85 87 92 1 gd_39
+ 85 87 88 89 1 gd_34
+ 85 87 92 94 1 gd_40
+ 87 88 89 90 1 gd_40
+ 87 92 94 96 1 gd_14
+ 92 94 96 110 1 gd_39
+ 94 96 97 98 1 gd_34
+ 94 96 110 112 1 gd_40
+ 96 97 98 99 1 gd_40
+ 103 107 108 109 1 gd_11
+ 96 110 112 114 1 gd_14
+ 110 112 114 124 1 gd_39
+ 112 114 115 116 1 gd_34
+ 112 114 124 126 1 gd_40
+ 114 115 116 117 1 gd_40
+ 114 124 126 128 1 gd_14
+ 124 126 128 133 1 gd_39
+ 126 128 129 130 1 gd_34
+ 126 128 133 135 1 gd_40
+ 128 129 130 131 1 gd_34
+ 129 130 131 132 1 gd_26
+ 128 133 135 137 1 gd_14
+ 133 135 137 154 1 gd_39
+ 135 137 138 139 1 gd_34
+ 135 137 154 156 1 gd_40
+ 137 138 139 142 1 gd_40
+ 137 154 156 158 1 gd_14
+ 154 156 158 162 1 gd_39
+ 156 158 159 160 1 gd_34
+ 156 158 162 164 1 gd_40
+ 158 162 164 166 1 gd_14
+ 162 164 166 168 1 gd_39
+ 164 166 168 170 1 gd_40
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 7 6 2 gi_2
+ 7 5 9 8 2 gi_1
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 15 12 2 gi_2
+ 11 13 14 12 2 gi_2
+ 15 11 17 16 2 gi_1
+ 17 15 18 21 2 gi_1
+ 18 17 22 19 2 gi_2
+ 22 18 24 23 2 gi_1
+ 24 22 26 25 2 gi_1
+ 27 26 29 28 2 gi_1
+ 29 27 31 30 2 gi_1
+ 31 29 45 32 2 gi_2
+ 32 36 34 33 2 gi_1
+ 33 34 38 42 2 gi_1
+ 33 36 40 42 2 gi_1
+ 34 33 38 35 2 gi_1
+ 34 33 36 40 2 gi_1
+ 34 38 42 40 2 gi_1
+ 36 33 40 37 2 gi_1
+ 36 33 34 38 2 gi_1
+ 36 40 42 38 2 gi_1
+ 38 42 34 39 2 gi_1
+ 40 42 36 41 2 gi_1
+ 42 38 40 43 2 gi_1
+ 45 31 47 46 2 gi_1
+ 47 45 49 48 2 gi_1
+ 49 47 54 50 2 gi_2
+ 50 53 52 51 2 gi_1
+ 54 49 56 55 2 gi_1
+ 56 54 58 57 2 gi_1
+ 58 56 67 59 2 gi_2
+ 67 58 69 68 2 gi_1
+ 69 67 71 70 2 gi_1
+ 71 69 76 72 2 gi_2
+ 71 74 73 72 2 gi_2
+ 76 71 78 77 2 gi_1
+ 78 76 79 82 2 gi_1
+ 79 78 83 80 2 gi_2
+ 83 79 85 84 2 gi_1
+ 85 83 87 86 2 gi_1
+ 87 85 92 88 2 gi_2
+ 88 91 90 89 2 gi_1
+ 92 87 94 93 2 gi_1
+ 94 92 96 95 2 gi_1
+ 96 94 110 97 2 gi_2
+ 97 101 99 98 2 gi_1
+ 98 99 103 107 2 gi_1
+ 98 101 105 107 2 gi_1
+ 99 98 103 100 2 gi_1
+ 99 98 101 105 2 gi_1
+ 99 103 107 105 2 gi_1
+ 101 98 105 102 2 gi_1
+ 101 98 99 103 2 gi_1
+ 101 105 107 103 2 gi_1
+ 103 107 99 104 2 gi_1
+ 105 107 101 106 2 gi_1
+ 107 103 105 108 2 gi_1
+ 110 96 112 111 2 gi_1
+ 112 110 114 113 2 gi_1
+ 114 112 124 115 2 gi_2
+ 115 118 117 116 2 gi_1
+ 116 118 122 120 2 gi_1
+ 116 117 120 122 2 gi_1
+ 117 120 122 118 2 gi_1
+ 117 116 118 122 2 gi_1
+ 118 116 122 119 2 gi_1
+ 118 116 117 120 2 gi_1
+ 120 117 122 121 2 gi_1
+ 122 118 120 123 2 gi_1
+ 124 114 126 125 2 gi_1
+ 126 124 128 127 2 gi_1
+ 128 126 133 129 2 gi_2
+ 133 128 135 134 2 gi_1
+ 135 133 137 136 2 gi_1
+ 137 135 154 138 2 gi_2
+ 138 142 140 139 2 gi_1
+ 139 146 145 142 2 gi_1
+ 139 142 145 143 2 gi_1
+ 139 140 143 145 2 gi_1
+ 140 139 143 141 2 gi_1
+ 140 143 145 142 2 gi_1
+ 140 139 142 145 2 gi_1
+ 142 139 140 143 2 gi_1
+ 142 145 148 152 2 gi_1
+ 142 146 150 152 2 gi_1
+ 143 140 145 144 2 gi_1
+ 143 148 142 145 2 gi_1
+ 145 142 146 150 2 gi_1
+ 145 148 152 150 2 gi_1
+ 146 142 150 147 2 gi_1
+ 146 142 145 148 2 gi_1
+ 146 150 152 148 2 gi_1
+ 148 145 152 149 2 gi_1
+ 150 146 152 151 2 gi_1
+ 152 148 150 153 2 gi_1
+ 154 137 156 155 2 gi_1
+ 156 154 158 157 2 gi_1
+ 158 156 162 159 2 gi_2
+ 158 160 161 159 2 gi_2
+ 162 158 164 163 2 gi_1
+ 164 162 166 165 2 gi_1
+ 166 164 168 167 2 gi_2
+ 168 166 170 169 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">152</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 NL 50 LYS N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 50 LYS H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 50 LYS H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 50 LYS H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 7 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 8 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 10 NL 50 LYS NZ 4 0.129 14.0067
+ 11 H 50 LYS HZ1 4 0.248 1.008
+ 12 H 50 LYS HZ2 4 0.248 1.008
+ 13 H 50 LYS HZ3 4 0.248 1.008
+ 14 C 50 LYS C 5 0.45 12.011
+ 15 O 50 LYS O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 16 N 51 SER N 6 -0.31 14.0067
+ 17 H 51 SER H 6 0.31 1.008
+ 18 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 19 CH2 51 SER CB 8 0.266 14.027
+ 20 OA 51 SER OG 8 -0.674 15.9994
+ 21 H 51 SER HG 8 0.408 1.008
+ 22 C 51 SER C 9 0.45 12.011
+ 23 O 51 SER O 9 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 24 N 52 GLY N 10 -0.31 14.0067
+ 25 H 52 GLY H 10 0.31 1.008
+ 26 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 27 C 52 GLY C 12 0.45 12.011
+ 28 O 52 GLY O 12 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 29 N 53 TYR N 13 -0.31 14.0067
+ 30 H 53 TYR H 13 0.31 1.008
+ 31 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 32 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 33 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 34 C 53 TYR CD1 15 -0.14 12.011
+ 35 HC 53 TYR HD1 15 0.14 1.008
+ 36 C 53 TYR CD2 16 -0.14 12.011
+ 37 HC 53 TYR HD2 16 0.14 1.008
+ 38 C 53 TYR CE1 17 -0.14 12.011
+ 39 HC 53 TYR HE1 17 0.14 1.008
+ 40 C 53 TYR CE2 18 -0.14 12.011
+ 41 HC 53 TYR HE2 18 0.14 1.008
+ 42 C 53 TYR CZ 19 0.203 12.011
+ 43 OA 53 TYR OH 19 -0.611 15.9994
+ 44 H 53 TYR HH 19 0.408 1.008
+ 45 C 53 TYR C 20 0.45 12.011
+ 46 O 53 TYR O 20 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 47 N 54 ASP N 21 -0.31 14.0067
+ 48 H 54 ASP H 21 0.31 1.008
+ 49 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 50 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 51 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 52 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 53 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 54 C 54 ASP C 24 0.45 12.011
+ 55 O 54 ASP O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 56 N 55 ALA N 25 -0.31 14.0067
+ 57 H 55 ALA H 25 0.31 1.008
+ 58 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 59 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 60 C 55 ALA C 27 0.45 12.011
+ 61 O 55 ALA O 27 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 62 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 63 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 64 CH2r 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 65 CH2r 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 66 CH2r 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 67 C 56 PRO C 31 0.45 12.011
+ 68 O 56 PRO O 31 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 69 N 57 PHE N 32 -0.31 14.0067
+ 70 H 57 PHE H 32 0.31 1.008
+ 71 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 72 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 73 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 74 C 57 PHE CD1 34 -0.14 12.011
+ 75 HC 57 PHE HD1 34 0.14 1.008
+ 76 C 57 PHE CD2 35 -0.14 12.011
+ 77 HC 57 PHE HD2 35 0.14 1.008
+ 78 C 57 PHE CE1 36 -0.14 12.011
+ 79 HC 57 PHE HE1 36 0.14 1.008
+ 80 C 57 PHE CE2 37 -0.14 12.011
+ 81 HC 57 PHE HE2 37 0.14 1.008
+ 82 C 57 PHE CZ 38 -0.14 12.011
+ 83 HC 57 PHE HZ 38 0.14 1.008
+ 84 C 57 PHE C 39 0.45 12.011
+ 85 O 57 PHE O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 86 N 58 THR N 40 -0.31 14.0067
+ 87 H 58 THR H 40 0.31 1.008
+ 88 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 89 CH1 58 THR CB 42 0.266 13.019
+ 90 OA 58 THR OG1 42 -0.674 15.9994
+ 91 H 58 THR HG1 42 0.408 1.008
+ 92 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 93 C 58 THR C 44 0.45 12.011
+ 94 O 58 THR O 44 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 N 59 ILE N 45 -0.31 14.0067
+ 96 H 59 ILE H 45 0.31 1.008
+ 97 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 98 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 99 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 100 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 101 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 102 C 59 ILE C 48 0.45 12.011
+ 103 O 59 ILE O 48 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 104 N 60 HIS N 49 -0.31 14.0067
+ 105 H 60 HIS H 49 0.31 1.008
+ 106 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 107 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 108 C 60 HIS CG 51 0 12.011
+ 109 NR 60 HIS ND1 51 -0.54 14.0067
+ 110 C 60 HIS CD2 51 0 12.011
+ 111 HC 60 HIS HD2 51 0.14 1.008
+ 112 C 60 HIS CE1 51 0 12.011
+ 113 HC 60 HIS HE1 51 0.14 1.008
+ 114 NR 60 HIS NE2 51 -0.05 14.0067
+ 115 H 60 HIS HE2 51 0.31 1.008
+ 116 C 60 HIS C 52 0.45 12.011
+ 117 O 60 HIS O 52 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 118 N 61 VAL N 53 -0.31 14.0067
+ 119 H 61 VAL H 53 0.31 1.008
+ 120 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 121 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 122 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 123 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 124 C 61 VAL C 55 0.45 12.011
+ 125 O 61 VAL O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 126 N 62 CYS N 56 -0.31 14.0067
+ 127 H 62 CYS H 56 0.31 1.008
+ 128 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 129 CH2 62 CYS CB 58 0.15 14.027
+ 130 S 62 CYS SG 58 -0.37 32.06
+ 131 H 62 CYS HG 58 0.22 1.008
+ 132 C 62 CYS C 59 0.45 12.011
+ 133 O 62 CYS O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 134 N 63 GLY N 60 -0.31 14.0067
+ 135 H 63 GLY H 60 0.31 1.008
+ 136 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 137 C 63 GLY C 62 0.45 12.011
+ 138 O 63 GLY O 62 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 139 N 64 ALA N 63 -0.31 14.0067
+ 140 H 64 ALA H 63 0.31 1.008
+ 141 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 142 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 143 C 64 ALA C 65 0.45 12.011
+ 144 O 64 ALA O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 145 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 146 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 147 CH2r 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 148 CH2r 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 149 CH2r 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 150 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 151 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 152 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_21
+ 5 6 2 gb_27
+ 5 14 2 gb_27
+ 6 7 2 gb_27
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+ 8 9 2 gb_27
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+ 148 149 2 gb_27
+ 150 151 2 gb_6
+ 150 152 2 gb_6
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 7 1
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+ 1 16 1
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+ 147 152 1
+ 148 150 1
+ 149 150 1
+
+[ angles ]
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+ 28 27 29 2 ga_33
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+ 32 33 36 2 ga_27
+ 34 33 36 2 ga_27
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+ 35 34 38 2 ga_25
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+ 50 51 53 2 ga_22
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+ 60 62 66 2 ga_31
+ 63 62 66 2 ga_21
+ 62 63 64 2 ga_13
+ 62 63 67 2 ga_13
+ 64 63 67 2 ga_13
+ 63 64 65 2 ga_13
+ 64 65 66 2 ga_13
+ 62 66 65 2 ga_13
+ 63 67 68 2 ga_30
+ 63 67 69 2 ga_19
+ 68 67 69 2 ga_33
+ 67 69 70 2 ga_32
+ 67 69 71 2 ga_31
+ 70 69 71 2 ga_18
+ 69 71 72 2 ga_13
+ 69 71 84 2 ga_13
+ 72 71 84 2 ga_13
+ 71 72 73 2 ga_15
+ 72 73 74 2 ga_27
+ 72 73 76 2 ga_27
+ 74 73 76 2 ga_27
+ 73 74 75 2 ga_25
+ 73 74 78 2 ga_27
+ 75 74 78 2 ga_25
+ 73 76 77 2 ga_25
+ 73 76 80 2 ga_27
+ 77 76 80 2 ga_25
+ 74 78 79 2 ga_25
+ 74 78 82 2 ga_27
+ 79 78 82 2 ga_25
+ 76 80 81 2 ga_25
+ 76 80 82 2 ga_27
+ 81 80 82 2 ga_25
+ 78 82 80 2 ga_27
+ 78 82 83 2 ga_25
+ 80 82 83 2 ga_25
+ 71 84 85 2 ga_30
+ 71 84 86 2 ga_19
+ 85 84 86 2 ga_33
+ 84 86 87 2 ga_32
+ 84 86 88 2 ga_31
+ 87 86 88 2 ga_18
+ 86 88 89 2 ga_13
+ 86 88 93 2 ga_13
+ 89 88 93 2 ga_13
+ 88 89 90 2 ga_13
+ 88 89 92 2 ga_15
+ 90 89 92 2 ga_15
+ 89 90 91 2 ga_12
+ 88 93 94 2 ga_30
+ 88 93 95 2 ga_19
+ 94 93 95 2 ga_33
+ 93 95 96 2 ga_32
+ 93 95 97 2 ga_31
+ 96 95 97 2 ga_18
+ 95 97 98 2 ga_13
+ 95 97 102 2 ga_13
+ 98 97 102 2 ga_13
+ 97 98 99 2 ga_15
+ 97 98 100 2 ga_15
+ 99 98 100 2 ga_15
+ 98 99 101 2 ga_15
+ 97 102 103 2 ga_30
+ 97 102 104 2 ga_19
+ 103 102 104 2 ga_33
+ 102 104 105 2 ga_32
+ 102 104 106 2 ga_31
+ 105 104 106 2 ga_18
+ 104 106 107 2 ga_13
+ 104 106 116 2 ga_13
+ 107 106 116 2 ga_13
+ 106 107 108 2 ga_15
+ 107 108 109 2 ga_37
+ 107 108 110 2 ga_37
+ 109 108 110 2 ga_7
+ 108 109 112 2 ga_7
+ 108 110 111 2 ga_36
+ 108 110 114 2 ga_7
+ 111 110 114 2 ga_36
+ 109 112 113 2 ga_36
+ 109 112 114 2 ga_7
+ 113 112 114 2 ga_36
+ 110 114 112 2 ga_7
+ 110 114 115 2 ga_36
+ 112 114 115 2 ga_36
+ 106 116 117 2 ga_30
+ 106 116 118 2 ga_19
+ 117 116 118 2 ga_33
+ 116 118 119 2 ga_32
+ 116 118 120 2 ga_31
+ 119 118 120 2 ga_18
+ 118 120 121 2 ga_13
+ 118 120 124 2 ga_13
+ 121 120 124 2 ga_13
+ 120 121 122 2 ga_15
+ 120 121 123 2 ga_15
+ 122 121 123 2 ga_15
+ 120 124 125 2 ga_30
+ 120 124 126 2 ga_19
+ 125 124 126 2 ga_33
+ 124 126 127 2 ga_32
+ 124 126 128 2 ga_31
+ 127 126 128 2 ga_18
+ 126 128 129 2 ga_13
+ 126 128 132 2 ga_13
+ 129 128 132 2 ga_13
+ 128 129 130 2 ga_16
+ 129 130 131 2 ga_3
+ 128 132 133 2 ga_30
+ 128 132 134 2 ga_19
+ 133 132 134 2 ga_33
+ 132 134 135 2 ga_32
+ 132 134 136 2 ga_31
+ 135 134 136 2 ga_18
+ 134 136 137 2 ga_13
+ 136 137 138 2 ga_30
+ 136 137 139 2 ga_19
+ 138 137 139 2 ga_33
+ 137 139 140 2 ga_32
+ 137 139 141 2 ga_31
+ 140 139 141 2 ga_18
+ 139 141 142 2 ga_13
+ 139 141 143 2 ga_13
+ 142 141 143 2 ga_13
+ 141 143 144 2 ga_30
+ 141 143 145 2 ga_19
+ 144 143 145 2 ga_33
+ 143 145 146 2 ga_31
+ 143 145 149 2 ga_31
+ 146 145 149 2 ga_21
+ 145 146 147 2 ga_13
+ 145 146 150 2 ga_13
+ 147 146 150 2 ga_13
+ 146 147 148 2 ga_13
+ 147 148 149 2 ga_13
+ 145 149 148 2 ga_13
+ 146 150 151 2 ga_22
+ 146 150 152 2 ga_22
+ 151 150 152 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 14 1 gd_39
+ 1 5 6 7 1 gd_34
+ 1 5 14 16 1 gd_40
+ 5 6 7 8 1 gd_34
+ 6 7 8 9 1 gd_34
+ 7 8 9 10 1 gd_34
+ 8 9 10 11 1 gd_29
+ 5 14 16 18 1 gd_14
+ 14 16 18 22 1 gd_39
+ 16 18 19 20 1 gd_34
+ 16 18 22 24 1 gd_40
+ 18 19 20 21 1 gd_23
+ 18 22 24 26 1 gd_14
+ 22 24 26 27 1 gd_39
+ 24 26 27 29 1 gd_40
+ 26 27 29 31 1 gd_14
+ 27 29 31 45 1 gd_39
+ 29 31 32 33 1 gd_34
+ 29 31 45 47 1 gd_40
+ 31 32 33 34 1 gd_40
+ 38 42 43 44 1 gd_11
+ 31 45 47 49 1 gd_14
+ 45 47 49 54 1 gd_39
+ 47 49 50 51 1 gd_34
+ 47 49 54 56 1 gd_40
+ 49 50 51 52 1 gd_40
+ 49 54 56 58 1 gd_14
+ 54 56 58 60 1 gd_39
+ 56 58 60 62 1 gd_40
+ 58 60 62 63 1 gd_14
+ 60 62 63 67 1 gd_39
+ 63 62 66 65 1 gd_39
+ 62 63 64 65 1 gd_34
+ 62 63 67 69 1 gd_40
+ 63 64 65 66 1 gd_34
+ 64 65 66 62 1 gd_34
+ 63 67 69 71 1 gd_14
+ 67 69 71 84 1 gd_39
+ 69 71 72 73 1 gd_34
+ 69 71 84 86 1 gd_40
+ 71 72 73 74 1 gd_40
+ 71 84 86 88 1 gd_14
+ 84 86 88 93 1 gd_39
+ 86 88 89 90 1 gd_34
+ 86 88 93 95 1 gd_40
+ 88 89 90 91 1 gd_23
+ 88 93 95 97 1 gd_14
+ 93 95 97 102 1 gd_39
+ 95 97 98 99 1 gd_34
+ 95 97 102 104 1 gd_40
+ 97 98 99 101 1 gd_34
+ 97 102 104 106 1 gd_14
+ 102 104 106 116 1 gd_39
+ 104 106 107 108 1 gd_34
+ 104 106 116 118 1 gd_40
+ 106 107 108 109 1 gd_40
+ 106 116 118 120 1 gd_14
+ 116 118 120 124 1 gd_39
+ 118 120 121 122 1 gd_34
+ 118 120 124 126 1 gd_40
+ 120 124 126 128 1 gd_14
+ 124 126 128 132 1 gd_39
+ 126 128 129 130 1 gd_34
+ 126 128 132 134 1 gd_40
+ 128 129 130 131 1 gd_26
+ 128 132 134 136 1 gd_14
+ 132 134 136 137 1 gd_39
+ 134 136 137 139 1 gd_40
+ 136 137 139 141 1 gd_14
+ 137 139 141 143 1 gd_39
+ 139 141 143 145 1 gd_40
+ 141 143 145 146 1 gd_14
+ 143 145 146 150 1 gd_39
+ 146 145 149 148 1 gd_39
+ 145 146 147 148 1 gd_34
+ 145 146 150 152 1 gd_40
+ 146 147 148 149 1 gd_34
+ 147 148 149 145 1 gd_34
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 14 6 2 gi_2
+ 14 5 16 15 2 gi_1
+ 16 14 18 17 2 gi_1
+ 18 16 22 19 2 gi_2
+ 22 18 24 23 2 gi_1
+ 24 22 26 25 2 gi_1
+ 27 26 29 28 2 gi_1
+ 29 27 31 30 2 gi_1
+ 31 29 45 32 2 gi_2
+ 32 36 34 33 2 gi_1
+ 33 34 38 42 2 gi_1
+ 33 36 40 42 2 gi_1
+ 34 33 38 35 2 gi_1
+ 34 33 36 40 2 gi_1
+ 34 38 42 40 2 gi_1
+ 36 33 40 37 2 gi_1
+ 36 33 34 38 2 gi_1
+ 36 40 42 38 2 gi_1
+ 38 42 34 39 2 gi_1
+ 40 42 36 41 2 gi_1
+ 42 38 40 43 2 gi_1
+ 45 31 47 46 2 gi_1
+ 47 45 49 48 2 gi_1
+ 49 47 54 50 2 gi_2
+ 50 53 52 51 2 gi_1
+ 54 49 56 55 2 gi_1
+ 56 54 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_2
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 63 66 2 gi_1
+ 63 62 67 64 2 gi_2
+ 67 63 69 68 2 gi_1
+ 69 67 71 70 2 gi_1
+ 71 69 84 72 2 gi_2
+ 72 76 74 73 2 gi_1
+ 73 74 78 82 2 gi_1
+ 73 76 80 82 2 gi_1
+ 74 73 78 75 2 gi_1
+ 74 73 76 80 2 gi_1
+ 74 78 82 80 2 gi_1
+ 76 73 80 77 2 gi_1
+ 76 73 74 78 2 gi_1
+ 76 80 82 78 2 gi_1
+ 78 82 74 79 2 gi_1
+ 80 82 76 81 2 gi_1
+ 82 78 80 83 2 gi_1
+ 84 71 86 85 2 gi_1
+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 93 89 2 gi_2
+ 88 92 90 89 2 gi_2
+ 93 88 95 94 2 gi_1
+ 95 93 97 96 2 gi_1
+ 97 95 102 98 2 gi_2
+ 97 100 99 98 2 gi_2
+ 102 97 104 103 2 gi_1
+ 104 102 106 105 2 gi_1
+ 106 104 116 107 2 gi_2
+ 107 110 109 108 2 gi_1
+ 108 110 114 112 2 gi_1
+ 108 109 112 114 2 gi_1
+ 109 112 114 110 2 gi_1
+ 109 108 110 114 2 gi_1
+ 110 108 114 111 2 gi_1
+ 110 108 109 112 2 gi_1
+ 112 109 114 113 2 gi_1
+ 114 110 112 115 2 gi_1
+ 116 106 118 117 2 gi_1
+ 118 116 120 119 2 gi_1
+ 120 118 124 121 2 gi_2
+ 120 122 123 121 2 gi_2
+ 124 120 126 125 2 gi_1
+ 126 124 128 127 2 gi_1
+ 128 126 132 129 2 gi_2
+ 132 128 134 133 2 gi_1
+ 134 132 136 135 2 gi_1
+ 137 136 139 138 2 gi_1
+ 139 137 141 140 2 gi_1
+ 141 139 143 142 2 gi_2
+ 143 141 145 144 2 gi_1
+ 145 143 146 149 2 gi_1
+ 146 145 150 147 2 gi_2
+ 150 146 152 151 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">171</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 2 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 2 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 2 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 2 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 2 ALA C 3 0.45 12.011
+ 10 O 2 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 11 N 3 CYS N 4 -0.31 15.0147
+ 12 H 3 CYS H 4 0.31 0
+ 13 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 14 CH2 3 CYS CB 6 0.15 14.027
+ 15 S 3 CYS SG 6 -0.37 32.06
+ 16 H 3 CYS HG 6 0.22 1.008
+ 17 C 3 CYS C 7 0.45 12.011
+ 18 O 3 CYS O 7 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 19 N 4 ASP N 8 -0.31 15.0147
+ 20 H 4 ASP H 8 0.31 0
+ 21 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 22 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 23 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 24 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 25 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 26 C 4 ASP C 11 0.45 12.011
+ 27 O 4 ASP O 11 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 28 N 5 GLU N 12 -0.31 15.0147
+ 29 H 5 GLU H 12 0.31 0
+ 30 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 31 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 32 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 33 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 34 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 35 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 36 C 5 GLU C 15 0.45 12.011
+ 37 O 5 GLU O 15 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 38 N 6 PHE N 16 -0.31 15.0147
+ 39 H 6 PHE H 16 0.31 0
+ 40 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 41 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 42 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 43 C 6 PHE CD1 18 -0.14 13.019
+ 44 HC 6 PHE HD1 18 0.14 0
+ 45 C 6 PHE CD2 19 -0.14 13.019
+ 46 HC 6 PHE HD2 19 0.14 0
+ 47 C 6 PHE CE1 20 -0.14 13.019
+ 48 HC 6 PHE HE1 20 0.14 0
+ 49 C 6 PHE CE2 21 -0.14 13.019
+ 50 HC 6 PHE HE2 21 0.14 0
+ 51 C 6 PHE CZ 22 -0.14 13.019
+ 52 HC 6 PHE HZ 22 0.14 0
+ 53 C 6 PHE C 23 0.45 12.011
+ 54 O 6 PHE O 23 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 55 N 7 GLY N 24 -0.31 15.0147
+ 56 H 7 GLY H 24 0.31 0
+ 57 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 58 C 7 GLY C 26 0.45 12.011
+ 59 O 7 GLY O 26 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 60 N 8 HIS N 27 -0.31 15.0147
+ 61 H 8 HIS H 27 0.31 0
+ 62 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 63 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 64 C 8 HIS CG 29 0 12.011
+ 65 NR 8 HIS ND1 29 -0.54 14.0067
+ 66 C 8 HIS CD2 29 0 13.019
+ 67 HC 8 HIS HD2 29 0.14 0
+ 68 C 8 HIS CE1 29 0 13.019
+ 69 HC 8 HIS HE1 29 0.14 0
+ 70 NR 8 HIS NE2 29 -0.05 15.0147
+ 71 H 8 HIS HE2 29 0.31 0
+ 72 C 8 HIS C 30 0.45 12.011
+ 73 O 8 HIS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 74 N 9 ILE N 31 -0.31 15.0147
+ 75 H 9 ILE H 31 0.31 0
+ 76 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 77 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 78 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 79 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 80 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 81 C 9 ILE C 34 0.45 12.011
+ 82 O 9 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 83 N 10 LYS N 35 -0.31 15.0147
+ 84 H 10 LYS H 35 0.31 0
+ 85 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 86 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 87 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 88 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 89 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 90 MNH3 10 LYS MNZ1 38 0 8.51535
+ 91 MNH3 10 LYS MNZ2 38 0 8.51535
+ 92 NL 10 LYS NZ 38 0.129 0
+ 93 H 10 LYS HZ1 38 0.248 0
+ 94 H 10 LYS HZ2 38 0.248 0
+ 95 H 10 LYS HZ3 38 0.248 0
+ 96 C 10 LYS C 39 0.45 12.011
+ 97 O 10 LYS O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 98 N 11 LEU N 40 -0.31 15.0147
+ 99 H 11 LEU H 40 0.31 0
+ 100 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 101 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 102 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 103 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
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+ 105 C 11 LEU C 43 0.45 12.011
+ 106 O 11 LEU O 43 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 107 N 12 MET N 44 -0.31 15.0147
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+ 109 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 110 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 111 CH2 12 MET CG 46 0.241 14.027
+ 112 S 12 MET SD 46 -0.482 32.06
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+ 114 C 12 MET C 47 0.45 12.011
+ 115 O 12 MET O 47 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 116 N 13 ASN N 48 -0.31 15.0147
+ 117 H 13 ASN H 48 0.31 0
+ 118 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 119 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 120 C 13 ASN CG 50 0.29 12.011
+ 121 O 13 ASN OD1 50 -0.45 15.9994
+ 122 NT 13 ASN ND2 50 -0.72 16.0227
+ 123 H 13 ASN HD21 50 0.44 0
+ 124 H 13 ASN HD22 50 0.44 0
+ 125 C 13 ASN C 51 0.45 12.011
+ 126 O 13 ASN O 51 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 127 N 14 PRO N 52 0 14.0067
+ 128 CH1 14 PRO CA 53 0 13.019
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+ 130 CH2r 14 PRO CG 54 0 14.027
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+ 132 C 14 PRO C 55 0.45 12.011
+ 133 O 14 PRO O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 134 N 15 GLN N 56 -0.31 15.0147
+ 135 H 15 GLN H 56 0.31 0
+ 136 CH1 15 GLN CA 57 0 13.019
+ 137 CH2 15 GLN CB 57 0 14.027
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+ 139 C 15 GLN CD 58 0.29 12.011
+ 140 O 15 GLN OE1 58 -0.45 15.9994
+ 141 NT 15 GLN NE2 58 -0.72 16.0227
+ 142 H 15 GLN HE21 58 0.44 0
+ 143 H 15 GLN HE22 58 0.44 0
+ 144 C 15 GLN C 59 0.45 12.011
+ 145 O 15 GLN O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 146 N 16 ARG N 60 -0.31 15.0147
+ 147 H 16 ARG H 60 0.31 0
+ 148 CH1 16 ARG CA 61 0 13.019
+ 149 CH2 16 ARG CB 61 0 14.027
+ 150 CH2 16 ARG CG 61 0 14.027
+ 151 CH2 16 ARG CD 62 0.09 14.027
+ 152 NE 16 ARG NE 62 -0.11 15.0147
+ 153 H 16 ARG HE 62 0.24 0
+ 154 C 16 ARG CZ 62 0.34 12.011
+ 155 NZ 16 ARG NH1 62 -0.26 16.0227
+ 156 H 16 ARG HH11 62 0.24 0
+ 157 H 16 ARG HH12 62 0.24 0
+ 158 NZ 16 ARG NH2 62 -0.26 16.0227
+ 159 H 16 ARG HH21 62 0.24 0
+ 160 H 16 ARG HH22 62 0.24 0
+ 161 C 16 ARG C 63 0.45 12.011
+ 162 O 16 ARG O 63 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 163 N 17 SER N 64 -0.31 15.0147
+ 164 H 17 SER H 64 0.31 0
+ 165 CH1 17 SER CA 65 0 13.019
+ 166 CH2 17 SER CB 66 0.266 14.027
+ 167 OA 17 SER OG 66 -0.674 15.9994
+ 168 H 17 SER HG 66 0.408 1.008
+ 169 C 17 SER C 67 0.27 12.011
+ 170 OM 17 SER O1 67 -0.635 15.9994
+ 171 OM 17 SER O2 67 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
+ 7 8 2 gb_27
+ 7 9 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_5
+ 9 11 2 gb_10
+ 11 12 2 gb_2
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+ 14 15 2 gb_32
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+ 17 18 2 gb_5
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+ 22 23 2 gb_27
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+ 23 25 2 gb_6
+ 26 27 2 gb_5
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+ 30 31 2 gb_27
+ 30 36 2 gb_27
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+ 169 170 2 gb_6
+ 169 171 2 gb_6
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
+ 2 7 2
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+ 166 168 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 10 1
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+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 149 150 151 152 1 gd_34
+ 150 151 152 154 1 gd_39
+ 151 152 154 155 1 gd_14
+ 152 154 155 156 1 gd_14
+ 152 154 158 159 1 gd_14
+ 148 161 163 165 1 gd_14
+ 161 163 165 169 1 gd_39
+ 163 165 166 167 1 gd_34
+ 163 165 169 171 1 gd_40
+ 165 166 167 168 1 gd_23
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 17 13 19 18 2 gi_1
+ 19 17 21 20 2 gi_1
+ 21 19 26 22 2 gi_2
+ 22 25 24 23 2 gi_1
+ 26 21 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 30 28 36 31 2 gi_2
+ 32 35 34 33 2 gi_1
+ 36 30 38 37 2 gi_1
+ 38 36 40 39 2 gi_1
+ 40 38 53 41 2 gi_2
+ 41 45 43 42 2 gi_1
+ 42 43 47 51 2 gi_1
+ 42 45 49 51 2 gi_1
+ 43 42 47 44 2 gi_1
+ 43 42 45 49 2 gi_1
+ 43 47 51 49 2 gi_1
+ 45 42 49 46 2 gi_1
+ 45 42 43 47 2 gi_1
+ 45 49 51 47 2 gi_1
+ 47 51 43 48 2 gi_1
+ 49 51 45 50 2 gi_1
+ 51 47 49 52 2 gi_1
+ 53 40 55 54 2 gi_1
+ 55 53 57 56 2 gi_1
+ 58 57 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 72 63 2 gi_2
+ 63 66 65 64 2 gi_1
+ 64 66 70 68 2 gi_1
+ 64 65 68 70 2 gi_1
+ 65 68 70 66 2 gi_1
+ 65 64 66 70 2 gi_1
+ 66 64 70 67 2 gi_1
+ 66 64 65 68 2 gi_1
+ 68 65 70 69 2 gi_1
+ 70 66 68 71 2 gi_1
+ 72 62 74 73 2 gi_1
+ 74 72 76 75 2 gi_1
+ 76 74 81 77 2 gi_2
+ 76 79 78 77 2 gi_2
+ 81 76 83 82 2 gi_1
+ 83 81 85 84 2 gi_1
+ 85 83 96 86 2 gi_2
+ 96 85 98 97 2 gi_1
+ 98 96 100 99 2 gi_1
+ 100 98 105 101 2 gi_2
+ 101 103 104 102 2 gi_2
+ 105 100 107 106 2 gi_1
+ 107 105 109 108 2 gi_1
+ 109 107 114 110 2 gi_2
+ 114 109 116 115 2 gi_1
+ 116 114 118 117 2 gi_1
+ 118 116 125 119 2 gi_2
+ 119 122 121 120 2 gi_1
+ 120 124 123 122 2 gi_1
+ 125 118 127 126 2 gi_1
+ 127 125 128 131 2 gi_1
+ 128 127 132 129 2 gi_2
+ 132 128 134 133 2 gi_1
+ 134 132 136 135 2 gi_1
+ 136 134 144 137 2 gi_2
+ 138 141 140 139 2 gi_1
+ 139 143 142 141 2 gi_1
+ 144 136 146 145 2 gi_1
+ 146 144 148 147 2 gi_1
+ 148 146 161 149 2 gi_2
+ 152 151 154 153 2 gi_1
+ 152 158 155 154 2 gi_1
+ 154 157 156 155 2 gi_1
+ 154 160 159 158 2 gi_1
+ 161 148 163 162 2 gi_1
+ 163 161 165 164 2 gi_1
+ 165 163 169 166 2 gi_2
+ 169 165 171 170 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 92 89 90 91 1
+ 93 89 90 91 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 20 19 17 21 2
+ 29 28 26 30 2
+ 39 38 36 40 2
+ 44 43 42 47 2
+ 46 45 42 49 2
+ 48 47 43 51 2
+ 50 49 45 51 2
+ 52 51 47 49 2
+ 56 55 53 57 2
+ 61 60 58 62 2
+ 67 66 64 70 2
+ 69 68 65 70 2
+ 71 70 66 68 2
+ 75 74 72 76 2
+ 84 83 81 85 2
+ 99 98 96 100 2
+ 108 107 105 109 2
+ 117 116 114 118 2
+ 135 134 132 136 2
+ 147 146 144 148 2
+ 153 152 151 154 2
+ 164 163 161 165 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 123 122 120 119 3
+ 124 122 120 119 -3
+ 142 141 139 138 3
+ 143 141 139 138 -3
+ 156 155 154 152 3
+ 157 155 154 152 -3
+ 159 158 154 152 3
+ 160 158 154 152 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 94 89 90 91 -4
+ 95 89 90 91 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">210</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 18 THR N 1 0.129 0
+ 4 H 18 THR H1 1 0.248 0
+ 5 H 18 THR H2 1 0.248 0
+ 6 H 18 THR H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH1 18 THR CB 3 0.266 13.019
+ 9 OA 18 THR OG1 3 -0.674 15.9994
+ 10 H 18 THR HG1 3 0.408 1.008
+ 11 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 12 C 18 THR C 5 0.45 12.011
+ 13 O 18 THR O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 14 N 19 VAL N 6 -0.31 15.0147
+ 15 H 19 VAL H 6 0.31 0
+ 16 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 17 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 18 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 19 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 20 C 19 VAL C 8 0.45 12.011
+ 21 O 19 VAL O 8 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 22 N 20 TRP N 9 -0.31 15.0147
+ 23 H 20 TRP H 9 0.31 0
+ 24 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 25 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 26 C 20 TRP CG 11 -0.21 12.011
+ 27 C 20 TRP CD1 11 -0.14 13.019
+ 28 HC 20 TRP HD1 11 0.14 0
+ 29 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 30 NR 20 TRP NE1 11 -0.1 15.0147
+ 31 H 20 TRP HE1 11 0.31 0
+ 32 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 33 C 20 TRP CE3 12 -0.14 13.019
+ 34 HC 20 TRP HE3 12 0.14 0
+ 35 C 20 TRP CZ2 13 -0.14 13.019
+ 36 HC 20 TRP HZ2 13 0.14 0
+ 37 C 20 TRP CZ3 14 -0.14 13.019
+ 38 HC 20 TRP HZ3 14 0.14 0
+ 39 C 20 TRP CH2 15 -0.14 13.019
+ 40 HC 20 TRP HH2 15 0.14 0
+ 41 C 20 TRP C 16 0.45 12.011
+ 42 O 20 TRP O 16 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 N 21 TYR N 17 -0.31 15.0147
+ 44 H 21 TYR H 17 0.31 0
+ 45 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 46 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 47 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 48 C 21 TYR CD1 19 -0.14 13.019
+ 49 HC 21 TYR HD1 19 0.14 0
+ 50 C 21 TYR CD2 20 -0.14 13.019
+ 51 HC 21 TYR HD2 20 0.14 0
+ 52 C 21 TYR CE1 21 -0.14 13.019
+ 53 HC 21 TYR HE1 21 0.14 0
+ 54 C 21 TYR CE2 22 -0.14 13.019
+ 55 HC 21 TYR HE2 22 0.14 0
+ 56 C 21 TYR CZ 23 0.203 12.011
+ 57 OA 21 TYR OH 23 -0.611 15.9994
+ 58 H 21 TYR HH 23 0.408 1.008
+ 59 C 21 TYR C 24 0.45 12.011
+ 60 O 21 TYR O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 61 N 22 LYS N 25 -0.31 15.0147
+ 62 H 22 LYS H 25 0.31 0
+ 63 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 64 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 66 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 67 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 68 MNH3 22 LYS MNZ1 28 0 8.51535
+ 69 MNH3 22 LYS MNZ2 28 0 8.51535
+ 70 NL 22 LYS NZ 28 0.129 0
+ 71 H 22 LYS HZ1 28 0.248 0
+ 72 H 22 LYS HZ2 28 0.248 0
+ 73 H 22 LYS HZ3 28 0.248 0
+ 74 C 22 LYS C 29 0.45 12.011
+ 75 O 22 LYS O 29 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 76 N 23 GLU N 30 -0.31 15.0147
+ 77 H 23 GLU H 30 0.31 0
+ 78 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 79 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 80 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 81 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 82 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 83 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 84 C 23 GLU C 33 0.45 12.011
+ 85 O 23 GLU O 33 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 86 N 24 TRP N 34 -0.31 15.0147
+ 87 H 24 TRP H 34 0.31 0
+ 88 CH1 24 TRP CA 35 0 13.019
+ 89 CH2 24 TRP CB 35 0 14.027
+ 90 C 24 TRP CG 36 -0.21 12.011
+ 91 C 24 TRP CD1 36 -0.14 13.019
+ 92 HC 24 TRP HD1 36 0.14 0
+ 93 C 24 TRP CD2 36 0 12.011
+ 94 NR 24 TRP NE1 36 -0.1 15.0147
+ 95 H 24 TRP HE1 36 0.31 0
+ 96 C 24 TRP CE2 36 0 12.011
+ 97 C 24 TRP CE3 37 -0.14 13.019
+ 98 HC 24 TRP HE3 37 0.14 0
+ 99 C 24 TRP CZ2 38 -0.14 13.019
+ 100 HC 24 TRP HZ2 38 0.14 0
+ 101 C 24 TRP CZ3 39 -0.14 13.019
+ 102 HC 24 TRP HZ3 39 0.14 0
+ 103 C 24 TRP CH2 40 -0.14 13.019
+ 104 HC 24 TRP HH2 40 0.14 0
+ 105 C 24 TRP C 41 0.45 12.011
+ 106 O 24 TRP O 41 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 107 N 25 PRO N 42 0 14.0067
+ 108 CH1 25 PRO CA 43 0 13.019
+ 109 CH2r 25 PRO CB 43 0 14.027
+ 110 CH2r 25 PRO CG 44 0 14.027
+ 111 CH2r 25 PRO CD 44 0 14.027
+ 112 C 25 PRO C 45 0.45 12.011
+ 113 O 25 PRO O 45 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 114 N 26 PRO N 46 0 14.0067
+ 115 CH1 26 PRO CA 47 0 13.019
+ 116 CH2r 26 PRO CB 47 0 14.027
+ 117 CH2r 26 PRO CG 48 0 14.027
+ 118 CH2r 26 PRO CD 48 0 14.027
+ 119 C 26 PRO C 49 0.45 12.011
+ 120 O 26 PRO O 49 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 121 N 27 CYS N 50 -0.31 15.0147
+ 122 H 27 CYS H 50 0.31 0
+ 123 CH1 27 CYS CA 51 0 13.019
+ 124 CH2 27 CYS CB 52 0.15 14.027
+ 125 S 27 CYS SG 52 -0.37 32.06
+ 126 H 27 CYS HG 52 0.22 1.008
+ 127 C 27 CYS C 53 0.45 12.011
+ 128 O 27 CYS O 53 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 129 N 28 ARG N 54 -0.31 15.0147
+ 130 H 28 ARG H 54 0.31 0
+ 131 CH1 28 ARG CA 55 0 13.019
+ 132 CH2 28 ARG CB 55 0 14.027
+ 133 CH2 28 ARG CG 55 0 14.027
+ 134 CH2 28 ARG CD 56 0.09 14.027
+ 135 NE 28 ARG NE 56 -0.11 15.0147
+ 136 H 28 ARG HE 56 0.24 0
+ 137 C 28 ARG CZ 56 0.34 12.011
+ 138 NZ 28 ARG NH1 56 -0.26 16.0227
+ 139 H 28 ARG HH11 56 0.24 0
+ 140 H 28 ARG HH12 56 0.24 0
+ 141 NZ 28 ARG NH2 56 -0.26 16.0227
+ 142 H 28 ARG HH21 56 0.24 0
+ 143 H 28 ARG HH22 56 0.24 0
+ 144 C 28 ARG C 57 0.45 12.011
+ 145 O 28 ARG O 57 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
+ 146 N 29 HIS N 58 -0.31 15.0147
+ 147 H 29 HIS H 58 0.31 0
+ 148 CH1 29 HIS CA 59 0 13.019
+ 149 CH2 29 HIS CB 59 0 14.027
+ 150 C 29 HIS CG 60 0 12.011
+ 151 NR 29 HIS ND1 60 -0.54 14.0067
+ 152 C 29 HIS CD2 60 0 13.019
+ 153 HC 29 HIS HD2 60 0.14 0
+ 154 C 29 HIS CE1 60 0 13.019
+ 155 HC 29 HIS HE1 60 0.14 0
+ 156 NR 29 HIS NE2 60 -0.05 15.0147
+ 157 H 29 HIS HE2 60 0.31 0
+ 158 C 29 HIS C 61 0.45 12.011
+ 159 O 29 HIS O 61 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 160 N 30 ASN N 62 -0.31 15.0147
+ 161 H 30 ASN H 62 0.31 0
+ 162 CH1 30 ASN CA 63 0 13.019
+ 163 CH2 30 ASN CB 63 0 14.027
+ 164 C 30 ASN CG 64 0.29 12.011
+ 165 O 30 ASN OD1 64 -0.45 15.9994
+ 166 NT 30 ASN ND2 64 -0.72 16.0227
+ 167 H 30 ASN HD21 64 0.44 0
+ 168 H 30 ASN HD22 64 0.44 0
+ 169 C 30 ASN C 65 0.45 12.011
+ 170 O 30 ASN O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 171 N 31 SER N 66 -0.31 15.0147
+ 172 H 31 SER H 66 0.31 0
+ 173 CH1 31 SER CA 67 0 13.019
+ 174 CH2 31 SER CB 68 0.266 14.027
+ 175 OA 31 SER OG 68 -0.674 15.9994
+ 176 H 31 SER HG 68 0.408 1.008
+ 177 C 31 SER C 69 0.45 12.011
+ 178 O 31 SER O 69 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 179 N 32 HIS N 70 -0.31 15.0147
+ 180 H 32 HIS H 70 0.31 0
+ 181 CH1 32 HIS CA 71 0 13.019
+ 182 CH2 32 HIS CB 71 0 14.027
+ 183 C 32 HIS CG 72 0 12.011
+ 184 NR 32 HIS ND1 72 -0.54 14.0067
+ 185 C 32 HIS CD2 72 0 13.019
+ 186 HC 32 HIS HD2 72 0.14 0
+ 187 C 32 HIS CE1 72 0 13.019
+ 188 HC 32 HIS HE1 72 0.14 0
+ 189 NR 32 HIS NE2 72 -0.05 15.0147
+ 190 H 32 HIS HE2 72 0.31 0
+ 191 C 32 HIS C 73 0.45 12.011
+ 192 O 32 HIS O 73 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 193 N 33 PHE N 74 -0.31 15.0147
+ 194 H 33 PHE H 74 0.31 0
+ 195 CH1 33 PHE CA 75 0 13.019
+ 196 CH2 33 PHE CB 75 0 14.027
+ 197 C 33 PHE CG 75 0 12.011
+ 198 C 33 PHE CD1 76 -0.14 13.019
+ 199 HC 33 PHE HD1 76 0.14 0
+ 200 C 33 PHE CD2 77 -0.14 13.019
+ 201 HC 33 PHE HD2 77 0.14 0
+ 202 C 33 PHE CE1 78 -0.14 13.019
+ 203 HC 33 PHE HE1 78 0.14 0
+ 204 C 33 PHE CE2 79 -0.14 13.019
+ 205 HC 33 PHE HE2 79 0.14 0
+ 206 C 33 PHE CZ 80 -0.14 13.019
+ 207 HC 33 PHE HZ 80 0.14 0
+ 208 C 33 PHE C 81 0.27 12.011
+ 209 OM 33 PHE O1 81 -0.635 15.9994
+ 210 OM 33 PHE O2 81 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
+ 7 8 2 gb_27
+ 7 12 2 gb_27
+ 8 9 2 gb_18
+ 8 11 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_1
+ 12 13 2 gb_5
+ 12 14 2 gb_10
+ 14 15 2 gb_2
+ 14 16 2 gb_21
+ 16 17 2 gb_27
+ 16 20 2 gb_27
+ 17 18 2 gb_27
+ 17 19 2 gb_27
+ 20 21 2 gb_5
+ 20 22 2 gb_10
+ 22 23 2 gb_2
+ 22 24 2 gb_21
+ 24 25 2 gb_27
+ 24 41 2 gb_27
+ 25 26 2 gb_27
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+ 27 28 2 gb_3
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+ 29 32 2 gb_16
+ 29 33 2 gb_16
+ 30 31 2 gb_2
+ 30 32 2 gb_10
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+ 33 34 2 gb_3
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+ 81 83 2 gb_6
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+ 117 118 2 gb_27
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+ 137 138 2 gb_11
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+ 138 140 2 gb_2
+ 141 142 2 gb_2
+ 141 143 2 gb_2
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+ 148 158 2 gb_27
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+ 208 209 2 gb_6
+ 208 210 2 gb_6
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
+ 2 7 2
+ 1 2 2
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+ 124 126 2
+ 174 176 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 9 1
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+ 138 143 1
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+ 163 170 1
+ 163 171 1
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+ 192 194 1
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+ 193 209 1
+ 193 210 1
+ 194 196 1
+ 194 208 1
+ 195 198 1
+ 195 200 1
+ 196 209 1
+ 196 210 1
+ 197 208 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
+ 4 3 5 2 ga_10
+ 4 3 6 2 ga_10
+ 4 3 7 2 ga_11
+ 5 3 6 2 ga_10
+ 5 3 7 2 ga_11
+ 6 3 7 2 ga_11
+ 3 7 8 2 ga_13
+ 3 7 12 2 ga_13
+ 8 7 12 2 ga_13
+ 7 8 9 2 ga_13
+ 7 8 11 2 ga_15
+ 9 8 11 2 ga_15
+ 8 9 10 2 ga_12
+ 7 12 13 2 ga_30
+ 7 12 14 2 ga_19
+ 13 12 14 2 ga_33
+ 12 14 15 2 ga_32
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+ 14 16 20 2 ga_13
+ 17 16 20 2 ga_13
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+ 16 17 19 2 ga_15
+ 18 17 19 2 ga_15
+ 16 20 21 2 ga_30
+ 16 20 22 2 ga_19
+ 21 20 22 2 ga_33
+ 20 22 23 2 ga_32
+ 20 22 24 2 ga_31
+ 23 22 24 2 ga_18
+ 22 24 25 2 ga_13
+ 22 24 41 2 ga_13
+ 25 24 41 2 ga_13
+ 24 25 26 2 ga_15
+ 25 26 27 2 ga_37
+ 25 26 29 2 ga_37
+ 27 26 29 2 ga_7
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+ 26 27 30 2 ga_7
+ 28 27 30 2 ga_36
+ 26 29 32 2 ga_7
+ 26 29 33 2 ga_39
+ 32 29 33 2 ga_27
+ 27 30 31 2 ga_36
+ 27 30 32 2 ga_7
+ 31 30 32 2 ga_36
+ 29 32 30 2 ga_7
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+ 30 32 35 2 ga_39
+ 29 33 34 2 ga_25
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+ 32 35 36 2 ga_25
+ 32 35 39 2 ga_27
+ 36 35 39 2 ga_25
+ 33 37 38 2 ga_25
+ 33 37 39 2 ga_27
+ 38 37 39 2 ga_25
+ 35 39 37 2 ga_27
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+ 37 39 40 2 ga_25
+ 24 41 42 2 ga_30
+ 24 41 43 2 ga_19
+ 42 41 43 2 ga_33
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+ 46 47 50 2 ga_27
+ 48 47 50 2 ga_27
+ 47 48 49 2 ga_25
+ 47 48 52 2 ga_27
+ 49 48 52 2 ga_25
+ 47 50 51 2 ga_25
+ 47 50 54 2 ga_27
+ 51 50 54 2 ga_25
+ 48 52 53 2 ga_25
+ 48 52 56 2 ga_27
+ 53 52 56 2 ga_25
+ 50 54 55 2 ga_25
+ 50 54 56 2 ga_27
+ 55 54 56 2 ga_25
+ 52 56 54 2 ga_27
+ 52 56 57 2 ga_27
+ 54 56 57 2 ga_27
+ 56 57 58 2 ga_12
+ 45 59 60 2 ga_30
+ 45 59 61 2 ga_19
+ 60 59 61 2 ga_33
+ 59 61 62 2 ga_32
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+ 62 61 63 2 ga_18
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+ 66 67 70 2 ga_15
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+ 67 70 73 2 ga_11
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+ 71 70 73 2 ga_10
+ 72 70 73 2 ga_10
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+ 76 78 84 2 ga_13
+ 79 78 84 2 ga_13
+ 78 79 80 2 ga_15
+ 79 80 81 2 ga_15
+ 80 81 82 2 ga_22
+ 80 81 83 2 ga_22
+ 82 81 83 2 ga_38
+ 78 84 85 2 ga_30
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+ 89 90 91 2 ga_37
+ 89 90 93 2 ga_37
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+ 90 91 92 2 ga_36
+ 90 91 94 2 ga_7
+ 92 91 94 2 ga_36
+ 90 93 96 2 ga_7
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+ 91 94 96 2 ga_7
+ 95 94 96 2 ga_36
+ 93 96 94 2 ga_7
+ 93 96 99 2 ga_27
+ 94 96 99 2 ga_39
+ 93 97 98 2 ga_25
+ 93 97 101 2 ga_27
+ 98 97 101 2 ga_25
+ 96 99 100 2 ga_25
+ 96 99 103 2 ga_27
+ 100 99 103 2 ga_25
+ 97 101 102 2 ga_25
+ 97 101 103 2 ga_27
+ 102 101 103 2 ga_25
+ 99 103 101 2 ga_27
+ 99 103 104 2 ga_25
+ 101 103 104 2 ga_25
+ 88 105 106 2 ga_30
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+ 105 107 108 2 ga_31
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+ 107 108 112 2 ga_13
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+ 109 110 111 2 ga_13
+ 107 111 110 2 ga_13
+ 108 112 113 2 ga_30
+ 108 112 114 2 ga_19
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+ 124 125 126 2 ga_3
+ 123 127 128 2 ga_30
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+ 127 129 130 2 ga_32
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+ 130 129 131 2 ga_18
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+ 155 154 156 2 ga_36
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+ 182 181 191 2 ga_13
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+ 182 183 185 2 ga_37
+ 184 183 185 2 ga_7
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+ 183 185 189 2 ga_7
+ 186 185 189 2 ga_36
+ 184 187 188 2 ga_36
+ 184 187 189 2 ga_7
+ 188 187 189 2 ga_36
+ 185 189 187 2 ga_7
+ 185 189 190 2 ga_36
+ 187 189 190 2 ga_36
+ 181 191 192 2 ga_30
+ 181 191 193 2 ga_19
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+ 198 197 200 2 ga_27
+ 197 198 199 2 ga_25
+ 197 198 202 2 ga_27
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+ 197 200 201 2 ga_25
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+ 200 204 205 2 ga_25
+ 200 204 206 2 ga_27
+ 205 204 206 2 ga_25
+ 202 206 204 2 ga_27
+ 202 206 207 2 ga_25
+ 204 206 207 2 ga_25
+ 195 208 209 2 ga_22
+ 195 208 210 2 ga_22
+ 209 208 210 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 12 1 gd_39
+ 3 7 8 9 1 gd_34
+ 3 7 12 14 1 gd_40
+ 7 8 9 10 1 gd_23
+ 7 12 14 16 1 gd_14
+ 12 14 16 20 1 gd_39
+ 14 16 17 18 1 gd_34
+ 14 16 20 22 1 gd_40
+ 16 20 22 24 1 gd_14
+ 20 22 24 41 1 gd_39
+ 22 24 25 26 1 gd_34
+ 22 24 41 43 1 gd_40
+ 24 25 26 29 1 gd_40
+ 24 41 43 45 1 gd_14
+ 41 43 45 59 1 gd_39
+ 43 45 46 47 1 gd_34
+ 43 45 59 61 1 gd_40
+ 45 46 47 48 1 gd_40
+ 52 56 57 58 1 gd_11
+ 45 59 61 63 1 gd_14
+ 59 61 63 74 1 gd_39
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+ 63 64 65 66 1 gd_34
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+ 78 79 80 81 1 gd_34
+ 79 80 81 83 1 gd_40
+ 78 84 86 88 1 gd_14
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+ 88 89 90 93 1 gd_40
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+ 108 107 111 110 1 gd_39
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+ 107 108 112 114 1 gd_40
+ 108 109 110 111 1 gd_34
+ 109 110 111 107 1 gd_34
+ 108 112 114 115 1 gd_14
+ 112 114 115 119 1 gd_39
+ 115 114 118 117 1 gd_39
+ 114 115 116 117 1 gd_34
+ 114 115 119 121 1 gd_40
+ 115 116 117 118 1 gd_34
+ 116 117 118 114 1 gd_34
+ 115 119 121 123 1 gd_14
+ 119 121 123 127 1 gd_39
+ 121 123 124 125 1 gd_34
+ 121 123 127 129 1 gd_40
+ 123 124 125 126 1 gd_26
+ 123 127 129 131 1 gd_14
+ 127 129 131 144 1 gd_39
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+ 131 132 133 134 1 gd_34
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+ 131 144 146 148 1 gd_14
+ 144 146 148 158 1 gd_39
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+ 160 162 169 171 1 gd_40
+ 162 163 164 166 1 gd_40
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+ 162 169 171 173 1 gd_14
+ 169 171 173 177 1 gd_39
+ 171 173 174 175 1 gd_34
+ 171 173 177 179 1 gd_40
+ 173 174 175 176 1 gd_23
+ 173 177 179 181 1 gd_14
+ 177 179 181 191 1 gd_39
+ 179 181 182 183 1 gd_34
+ 179 181 191 193 1 gd_40
+ 181 182 183 184 1 gd_40
+ 181 191 193 195 1 gd_14
+ 191 193 195 208 1 gd_39
+ 193 195 196 197 1 gd_34
+ 193 195 208 210 1 gd_40
+ 195 196 197 198 1 gd_40
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 12 8 2 gi_2
+ 7 11 9 8 2 gi_2
+ 12 7 14 13 2 gi_1
+ 14 12 16 15 2 gi_1
+ 16 14 20 17 2 gi_2
+ 16 18 19 17 2 gi_2
+ 20 16 22 21 2 gi_1
+ 22 20 24 23 2 gi_1
+ 24 22 41 25 2 gi_2
+ 25 29 27 26 2 gi_1
+ 26 33 32 29 2 gi_1
+ 26 29 32 30 2 gi_1
+ 26 27 30 32 2 gi_1
+ 27 26 30 28 2 gi_1
+ 27 30 32 29 2 gi_1
+ 27 26 29 32 2 gi_1
+ 29 26 27 30 2 gi_1
+ 29 32 35 39 2 gi_1
+ 29 33 37 39 2 gi_1
+ 30 27 32 31 2 gi_1
+ 30 35 29 32 2 gi_1
+ 32 29 33 37 2 gi_1
+ 32 35 39 37 2 gi_1
+ 33 29 37 34 2 gi_1
+ 33 29 32 35 2 gi_1
+ 33 37 39 35 2 gi_1
+ 35 32 39 36 2 gi_1
+ 37 33 39 38 2 gi_1
+ 39 35 37 40 2 gi_1
+ 41 24 43 42 2 gi_1
+ 43 41 45 44 2 gi_1
+ 45 43 59 46 2 gi_2
+ 46 50 48 47 2 gi_1
+ 47 48 52 56 2 gi_1
+ 47 50 54 56 2 gi_1
+ 48 47 52 49 2 gi_1
+ 48 47 50 54 2 gi_1
+ 48 52 56 54 2 gi_1
+ 50 47 54 51 2 gi_1
+ 50 47 48 52 2 gi_1
+ 50 54 56 52 2 gi_1
+ 52 56 48 53 2 gi_1
+ 54 56 50 55 2 gi_1
+ 56 52 54 57 2 gi_1
+ 59 45 61 60 2 gi_1
+ 61 59 63 62 2 gi_1
+ 63 61 74 64 2 gi_2
+ 74 63 76 75 2 gi_1
+ 76 74 78 77 2 gi_1
+ 78 76 84 79 2 gi_2
+ 80 83 82 81 2 gi_1
+ 84 78 86 85 2 gi_1
+ 86 84 88 87 2 gi_1
+ 88 86 105 89 2 gi_2
+ 89 93 91 90 2 gi_1
+ 90 97 96 93 2 gi_1
+ 90 93 96 94 2 gi_1
+ 90 91 94 96 2 gi_1
+ 91 90 94 92 2 gi_1
+ 91 94 96 93 2 gi_1
+ 91 90 93 96 2 gi_1
+ 93 90 91 94 2 gi_1
+ 93 96 99 103 2 gi_1
+ 93 97 101 103 2 gi_1
+ 94 91 96 95 2 gi_1
+ 94 99 93 96 2 gi_1
+ 96 93 97 101 2 gi_1
+ 96 99 103 101 2 gi_1
+ 97 93 101 98 2 gi_1
+ 97 93 96 99 2 gi_1
+ 97 101 103 99 2 gi_1
+ 99 96 103 100 2 gi_1
+ 101 97 103 102 2 gi_1
+ 103 99 101 104 2 gi_1
+ 105 88 107 106 2 gi_1
+ 107 105 108 111 2 gi_1
+ 108 107 112 109 2 gi_2
+ 112 108 114 113 2 gi_1
+ 114 112 115 118 2 gi_1
+ 115 114 119 116 2 gi_2
+ 119 115 121 120 2 gi_1
+ 121 119 123 122 2 gi_1
+ 123 121 127 124 2 gi_2
+ 127 123 129 128 2 gi_1
+ 129 127 131 130 2 gi_1
+ 131 129 144 132 2 gi_2
+ 135 134 137 136 2 gi_1
+ 135 141 138 137 2 gi_1
+ 137 140 139 138 2 gi_1
+ 137 143 142 141 2 gi_1
+ 144 131 146 145 2 gi_1
+ 146 144 148 147 2 gi_1
+ 148 146 158 149 2 gi_2
+ 149 152 151 150 2 gi_1
+ 150 152 156 154 2 gi_1
+ 150 151 154 156 2 gi_1
+ 151 154 156 152 2 gi_1
+ 151 150 152 156 2 gi_1
+ 152 150 156 153 2 gi_1
+ 152 150 151 154 2 gi_1
+ 154 151 156 155 2 gi_1
+ 156 152 154 157 2 gi_1
+ 158 148 160 159 2 gi_1
+ 160 158 162 161 2 gi_1
+ 162 160 169 163 2 gi_2
+ 163 166 165 164 2 gi_1
+ 164 168 167 166 2 gi_1
+ 169 162 171 170 2 gi_1
+ 171 169 173 172 2 gi_1
+ 173 171 177 174 2 gi_2
+ 177 173 179 178 2 gi_1
+ 179 177 181 180 2 gi_1
+ 181 179 191 182 2 gi_2
+ 182 185 184 183 2 gi_1
+ 183 185 189 187 2 gi_1
+ 183 184 187 189 2 gi_1
+ 184 187 189 185 2 gi_1
+ 184 183 185 189 2 gi_1
+ 185 183 189 186 2 gi_1
+ 185 183 184 187 2 gi_1
+ 187 184 189 188 2 gi_1
+ 189 185 187 190 2 gi_1
+ 191 181 193 192 2 gi_1
+ 193 191 195 194 2 gi_1
+ 195 193 208 196 2 gi_2
+ 196 200 198 197 2 gi_1
+ 197 198 202 206 2 gi_1
+ 197 200 204 206 2 gi_1
+ 198 197 202 199 2 gi_1
+ 198 197 200 204 2 gi_1
+ 198 202 206 204 2 gi_1
+ 200 197 204 201 2 gi_1
+ 200 197 198 202 2 gi_1
+ 200 204 206 202 2 gi_1
+ 202 206 198 203 2 gi_1
+ 204 206 200 205 2 gi_1
+ 206 202 204 207 2 gi_1
+ 208 195 210 209 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 70 67 68 69 1
+ 71 67 68 69 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 15 14 12 16 2
+ 23 22 20 24 2
+ 28 27 26 30 2
+ 31 30 27 32 2
+ 34 33 29 37 2
+ 36 35 32 39 2
+ 38 37 33 39 2
+ 40 39 35 37 2
+ 44 43 41 45 2
+ 49 48 47 52 2
+ 51 50 47 54 2
+ 53 52 48 56 2
+ 55 54 50 56 2
+ 62 61 59 63 2
+ 77 76 74 78 2
+ 87 86 84 88 2
+ 92 91 90 94 2
+ 95 94 91 96 2
+ 98 97 93 101 2
+ 100 99 96 103 2
+ 102 101 97 103 2
+ 104 103 99 101 2
+ 122 121 119 123 2
+ 130 129 127 131 2
+ 136 135 134 137 2
+ 147 146 144 148 2
+ 153 152 150 156 2
+ 155 154 151 156 2
+ 157 156 152 154 2
+ 161 160 158 162 2
+ 172 171 169 173 2
+ 180 179 177 181 2
+ 186 185 183 189 2
+ 188 187 184 189 2
+ 190 189 185 187 2
+ 194 193 191 195 2
+ 199 198 197 202 2
+ 201 200 197 204 2
+ 203 202 198 206 2
+ 205 204 200 206 2
+ 207 206 202 204 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 139 138 137 135 3
+ 140 138 137 135 -3
+ 142 141 137 135 3
+ 143 141 137 135 -3
+ 167 166 164 163 3
+ 168 166 164 163 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 72 67 68 69 -4
+ 73 67 68 69 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">174</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 34 ALA N 1 0.129 0
+ 4 H 34 ALA H1 1 0.248 0
+ 5 H 34 ALA H2 1 0.248 0
+ 6 H 34 ALA H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 34 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH3 34 ALA CB 2 0 15.035
+ 9 C 34 ALA C 3 0.45 12.011
+ 10 O 34 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 11 N 35 VAL N 4 -0.31 15.0147
+ 12 H 35 VAL H 4 0.31 0
+ 13 CH1 35 VAL CA 5 0 13.019
+ 14 CH1 35 VAL CB 5 0 13.019
+ 15 CH3 35 VAL CG1 5 0 15.035
+ 16 CH3 35 VAL CG2 5 0 15.035
+ 17 C 35 VAL C 6 0.45 12.011
+ 18 O 35 VAL O 6 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 19 N 36 PRO N 7 0 14.0067
+ 20 CH1 36 PRO CA 8 0 13.019
+ 21 CH2r 36 PRO CB 8 0 14.027
+ 22 CH2r 36 PRO CG 9 0 14.027
+ 23 CH2r 36 PRO CD 9 0 14.027
+ 24 C 36 PRO C 10 0.45 12.011
+ 25 O 36 PRO O 10 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 26 N 37 GLY N 11 -0.31 15.0147
+ 27 H 37 GLY H 11 0.31 0
+ 28 CH2 37 GLY CA 12 0 14.027
+ 29 C 37 GLY C 13 0.45 12.011
+ 30 O 37 GLY O 13 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 31 N 38 TYR N 14 -0.31 15.0147
+ 32 H 38 TYR H 14 0.31 0
+ 33 CH1 38 TYR CA 15 0 13.019
+ 34 CH2 38 TYR CB 15 0 14.027
+ 35 C 38 TYR CG 15 0 12.011
+ 36 C 38 TYR CD1 16 -0.14 13.019
+ 37 HC 38 TYR HD1 16 0.14 0
+ 38 C 38 TYR CD2 17 -0.14 13.019
+ 39 HC 38 TYR HD2 17 0.14 0
+ 40 C 38 TYR CE1 18 -0.14 13.019
+ 41 HC 38 TYR HE1 18 0.14 0
+ 42 C 38 TYR CE2 19 -0.14 13.019
+ 43 HC 38 TYR HE2 19 0.14 0
+ 44 C 38 TYR CZ 20 0.203 12.011
+ 45 OA 38 TYR OH 20 -0.611 15.9994
+ 46 H 38 TYR HH 20 0.408 1.008
+ 47 C 38 TYR C 21 0.45 12.011
+ 48 O 38 TYR O 21 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 49 N 39 ASP N 22 -0.31 15.0147
+ 50 H 39 ASP H 22 0.31 0
+ 51 CH1 39 ASP CA 23 0 13.019
+ 52 CH2 39 ASP CB 23 0 14.027
+ 53 C 39 ASP CG 24 0.27 12.011
+ 54 OM 39 ASP OD1 24 -0.635 15.9994
+ 55 OM 39 ASP OD2 24 -0.635 15.9994
+ 56 C 39 ASP C 25 0.45 12.011
+ 57 O 39 ASP O 25 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 58 N 40 LYS N 26 -0.31 15.0147
+ 59 H 40 LYS H 26 0.31 0
+ 60 CH1 40 LYS CA 27 0 13.019
+ 61 CH2 40 LYS CB 27 0 14.027
+ 62 CH2 40 LYS CG 28 0 14.027
+ 63 CH2 40 LYS CD 28 0 14.027
+ 64 CH2 40 LYS CE 29 0.127 14.027
+ 65 MNH3 40 LYS MNZ1 29 0 8.51535
+ 66 MNH3 40 LYS MNZ2 29 0 8.51535
+ 67 NL 40 LYS NZ 29 0.129 0
+ 68 H 40 LYS HZ1 29 0.248 0
+ 69 H 40 LYS HZ2 29 0.248 0
+ 70 H 40 LYS HZ3 29 0.248 0
+ 71 C 40 LYS C 30 0.45 12.011
+ 72 O 40 LYS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 73 N 41 ILE N 31 -0.31 15.0147
+ 74 H 41 ILE H 31 0.31 0
+ 75 CH1 41 ILE CA 32 0 13.019
+ 76 CH1 41 ILE CB 33 0 13.019
+ 77 CH2 41 ILE CG1 33 0 14.027
+ 78 CH3 41 ILE CG2 33 0 15.035
+ 79 CH3 41 ILE CD 33 0 15.035
+ 80 C 41 ILE C 34 0.45 12.011
+ 81 O 41 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 82 N 42 PRO N 35 0 14.0067
+ 83 CH1 42 PRO CA 36 0 13.019
+ 84 CH2r 42 PRO CB 36 0 14.027
+ 85 CH2r 42 PRO CG 37 0 14.027
+ 86 CH2r 42 PRO CD 37 0 14.027
+ 87 C 42 PRO C 38 0.45 12.011
+ 88 O 42 PRO O 38 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 89 N 43 ASP N 39 -0.31 15.0147
+ 90 H 43 ASP H 39 0.31 0
+ 91 CH1 43 ASP CA 40 0 13.019
+ 92 CH2 43 ASP CB 40 0 14.027
+ 93 C 43 ASP CG 41 0.27 12.011
+ 94 OM 43 ASP OD1 41 -0.635 15.9994
+ 95 OM 43 ASP OD2 41 -0.635 15.9994
+ 96 C 43 ASP C 42 0.45 12.011
+ 97 O 43 ASP O 42 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 98 N 44 TYR N 43 -0.31 15.0147
+ 99 H 44 TYR H 43 0.31 0
+ 100 CH1 44 TYR CA 44 0 13.019
+ 101 CH2 44 TYR CB 44 0 14.027
+ 102 C 44 TYR CG 44 0 12.011
+ 103 C 44 TYR CD1 45 -0.14 13.019
+ 104 HC 44 TYR HD1 45 0.14 0
+ 105 C 44 TYR CD2 46 -0.14 13.019
+ 106 HC 44 TYR HD2 46 0.14 0
+ 107 C 44 TYR CE1 47 -0.14 13.019
+ 108 HC 44 TYR HE1 47 0.14 0
+ 109 C 44 TYR CE2 48 -0.14 13.019
+ 110 HC 44 TYR HE2 48 0.14 0
+ 111 C 44 TYR CZ 49 0.203 12.011
+ 112 OA 44 TYR OH 49 -0.611 15.9994
+ 113 H 44 TYR HH 49 0.408 1.008
+ 114 C 44 TYR C 50 0.45 12.011
+ 115 O 44 TYR O 50 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISB q 0.0
+ 116 N 45 HIS N 51 -0.31 15.0147
+ 117 H 45 HIS H 51 0.31 0
+ 118 CH1 45 HIS CA 52 0 13.019
+ 119 CH2 45 HIS CB 52 0 14.027
+ 120 C 45 HIS CG 53 0 12.011
+ 121 NR 45 HIS ND1 53 -0.54 14.0067
+ 122 C 45 HIS CD2 53 0 13.019
+ 123 HC 45 HIS HD2 53 0.14 0
+ 124 C 45 HIS CE1 53 0 13.019
+ 125 HC 45 HIS HE1 53 0.14 0
+ 126 NR 45 HIS NE2 53 -0.05 15.0147
+ 127 H 45 HIS HE2 53 0.31 0
+ 128 C 45 HIS C 54 0.45 12.011
+ 129 O 45 HIS O 54 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 130 N 46 MET N 55 -0.31 15.0147
+ 131 H 46 MET H 55 0.31 0
+ 132 CH1 46 MET CA 56 0 13.019
+ 133 CH2 46 MET CB 56 0 14.027
+ 134 CH2 46 MET CG 57 0.241 14.027
+ 135 S 46 MET SD 57 -0.482 32.06
+ 136 CH3 46 MET CE 57 0.241 15.035
+ 137 C 46 MET C 58 0.45 12.011
+ 138 O 46 MET O 58 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 139 N 47 TRP N 59 -0.31 15.0147
+ 140 H 47 TRP H 59 0.31 0
+ 141 CH1 47 TRP CA 60 0 13.019
+ 142 CH2 47 TRP CB 60 0 14.027
+ 143 C 47 TRP CG 61 -0.21 12.011
+ 144 C 47 TRP CD1 61 -0.14 13.019
+ 145 HC 47 TRP HD1 61 0.14 0
+ 146 C 47 TRP CD2 61 0 12.011
+ 147 NR 47 TRP NE1 61 -0.1 15.0147
+ 148 H 47 TRP HE1 61 0.31 0
+ 149 C 47 TRP CE2 61 0 12.011
+ 150 C 47 TRP CE3 62 -0.14 13.019
+ 151 HC 47 TRP HE3 62 0.14 0
+ 152 C 47 TRP CZ2 63 -0.14 13.019
+ 153 HC 47 TRP HZ2 63 0.14 0
+ 154 C 47 TRP CZ3 64 -0.14 13.019
+ 155 HC 47 TRP HZ3 64 0.14 0
+ 156 C 47 TRP CH2 65 -0.14 13.019
+ 157 HC 47 TRP HH2 65 0.14 0
+ 158 C 47 TRP C 66 0.45 12.011
+ 159 O 47 TRP O 66 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 160 N 48 VAL N 67 -0.31 15.0147
+ 161 H 48 VAL H 67 0.31 0
+ 162 CH1 48 VAL CA 68 0 13.019
+ 163 CH1 48 VAL CB 68 0 13.019
+ 164 CH3 48 VAL CG1 68 0 15.035
+ 165 CH3 48 VAL CG2 68 0 15.035
+ 166 C 48 VAL C 69 0.45 12.011
+ 167 O 48 VAL O 69 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 168 N 49 ALA N 70 -0.31 15.0147
+ 169 H 49 ALA H 70 0.31 0
+ 170 CH1 49 ALA CA 71 0 13.019
+ 171 CH3 49 ALA CB 71 0 15.035
+ 172 C 49 ALA C 72 0.27 12.011
+ 173 OM 49 ALA O1 72 -0.635 15.9994
+ 174 OM 49 ALA O2 72 -0.635 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
+ 7 8 2 gb_27
+ 7 9 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_5
+ 9 11 2 gb_10
+ 11 12 2 gb_2
+ 11 13 2 gb_21
+ 13 14 2 gb_27
+ 13 17 2 gb_27
+ 14 15 2 gb_27
+ 14 16 2 gb_27
+ 17 18 2 gb_5
+ 17 19 2 gb_10
+ 19 20 2 gb_21
+ 19 23 2 gb_21
+ 20 21 2 gb_27
+ 20 24 2 gb_27
+ 21 22 2 gb_27
+ 22 23 2 gb_27
+ 24 25 2 gb_5
+ 24 26 2 gb_10
+ 26 27 2 gb_2
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+ 28 29 2 gb_27
+ 29 30 2 gb_5
+ 29 31 2 gb_10
+ 31 32 2 gb_2
+ 31 33 2 gb_21
+ 33 34 2 gb_27
+ 33 47 2 gb_27
+ 34 35 2 gb_27
+ 35 36 2 gb_16
+ 35 38 2 gb_16
+ 36 37 2 gb_3
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+ 40 41 2 gb_3
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+ 42 44 2 gb_16
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+ 49 50 2 gb_2
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+ 51 56 2 gb_27
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+ 53 55 2 gb_6
+ 56 57 2 gb_5
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+ 58 59 2 gb_2
+ 58 60 2 gb_21
+ 60 61 2 gb_27
+ 60 71 2 gb_27
+ 61 62 2 gb_27
+ 62 63 2 gb_27
+ 63 64 2 gb_27
+ 64 67 2 gb_21
+ 67 68 2 gb_2
+ 67 69 2 gb_2
+ 67 70 2 gb_2
+ 71 72 2 gb_5
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+ 73 74 2 gb_2
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+ 75 76 2 gb_27
+ 75 80 2 gb_27
+ 76 77 2 gb_27
+ 76 78 2 gb_27
+ 77 79 2 gb_27
+ 80 81 2 gb_5
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+ 83 84 2 gb_27
+ 83 87 2 gb_27
+ 84 85 2 gb_27
+ 85 86 2 gb_27
+ 87 88 2 gb_5
+ 87 89 2 gb_10
+ 89 90 2 gb_2
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+ 91 92 2 gb_27
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+ 93 94 2 gb_6
+ 93 95 2 gb_6
+ 96 97 2 gb_5
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+ 98 99 2 gb_2
+ 98 100 2 gb_21
+ 100 101 2 gb_27
+ 100 114 2 gb_27
+ 101 102 2 gb_27
+ 102 103 2 gb_16
+ 102 105 2 gb_16
+ 103 104 2 gb_3
+ 103 107 2 gb_16
+ 105 106 2 gb_3
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+ 107 108 2 gb_3
+ 107 111 2 gb_16
+ 109 110 2 gb_3
+ 109 111 2 gb_16
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+ 112 113 2 gb_1
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+ 118 119 2 gb_27
+ 118 128 2 gb_27
+ 119 120 2 gb_27
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+ 120 122 2 gb_10
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+ 122 126 2 gb_10
+ 124 125 2 gb_3
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+ 126 127 2 gb_2
+ 128 129 2 gb_5
+ 128 130 2 gb_10
+ 130 131 2 gb_2
+ 130 132 2 gb_21
+ 132 133 2 gb_27
+ 132 137 2 gb_27
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+ 135 136 2 gb_31
+ 137 138 2 gb_5
+ 137 139 2 gb_10
+ 139 140 2 gb_2
+ 139 141 2 gb_21
+ 141 142 2 gb_27
+ 141 158 2 gb_27
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+ 146 149 2 gb_16
+ 146 150 2 gb_16
+ 147 148 2 gb_2
+ 147 149 2 gb_10
+ 149 152 2 gb_16
+ 150 151 2 gb_3
+ 150 154 2 gb_16
+ 152 153 2 gb_3
+ 152 156 2 gb_16
+ 154 155 2 gb_3
+ 154 156 2 gb_16
+ 156 157 2 gb_3
+ 158 159 2 gb_5
+ 158 160 2 gb_10
+ 160 161 2 gb_2
+ 160 162 2 gb_21
+ 162 163 2 gb_27
+ 162 166 2 gb_27
+ 163 164 2 gb_27
+ 163 165 2 gb_27
+ 166 167 2 gb_5
+ 166 168 2 gb_10
+ 168 169 2 gb_2
+ 168 170 2 gb_21
+ 170 171 2 gb_27
+ 170 172 2 gb_27
+ 172 173 2 gb_6
+ 172 174 2 gb_6
+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
+ 1 7 2
+ 2 7 2
+ 1 2 2
+ 44 46 2
+ 64 65 2
+ 64 66 2
+ 65 66 2
+ 111 113 2
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 10 1
+ 3 11 1
+ 4 8 1
+ 4 9 1
+ 5 8 1
+ 5 9 1
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+ 59 71 1
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+ 109 113 1
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+ 119 130 1
+ 120 128 1
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+ 128 137 1
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+ 129 132 1
+ 130 134 1
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+ 130 139 1
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+ 131 137 1
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+ 141 161 1
+ 141 162 1
+ 142 159 1
+ 142 160 1
+ 143 158 1
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+ 158 166 1
+ 159 161 1
+ 159 162 1
+ 160 164 1
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+ 160 167 1
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+ 161 163 1
+ 161 166 1
+ 162 169 1
+ 162 170 1
+ 163 167 1
+ 163 168 1
+ 164 166 1
+ 165 166 1
+ 166 171 1
+ 166 172 1
+ 167 169 1
+ 167 170 1
+ 168 173 1
+ 168 174 1
+ 169 171 1
+ 169 172 1
+ 171 173 1
+ 171 174 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
+ 4 3 5 2 ga_10
+ 4 3 6 2 ga_10
+ 4 3 7 2 ga_11
+ 5 3 6 2 ga_10
+ 5 3 7 2 ga_11
+ 6 3 7 2 ga_11
+ 3 7 8 2 ga_13
+ 3 7 9 2 ga_13
+ 8 7 9 2 ga_13
+ 7 9 10 2 ga_30
+ 7 9 11 2 ga_19
+ 10 9 11 2 ga_33
+ 9 11 12 2 ga_32
+ 9 11 13 2 ga_31
+ 12 11 13 2 ga_18
+ 11 13 14 2 ga_13
+ 11 13 17 2 ga_13
+ 14 13 17 2 ga_13
+ 13 14 15 2 ga_15
+ 13 14 16 2 ga_15
+ 15 14 16 2 ga_15
+ 13 17 18 2 ga_30
+ 13 17 19 2 ga_19
+ 18 17 19 2 ga_33
+ 17 19 20 2 ga_31
+ 17 19 23 2 ga_31
+ 20 19 23 2 ga_21
+ 19 20 21 2 ga_13
+ 19 20 24 2 ga_13
+ 21 20 24 2 ga_13
+ 20 21 22 2 ga_13
+ 21 22 23 2 ga_13
+ 19 23 22 2 ga_13
+ 20 24 25 2 ga_30
+ 20 24 26 2 ga_19
+ 25 24 26 2 ga_33
+ 24 26 27 2 ga_32
+ 24 26 28 2 ga_31
+ 27 26 28 2 ga_18
+ 26 28 29 2 ga_13
+ 28 29 30 2 ga_30
+ 28 29 31 2 ga_19
+ 30 29 31 2 ga_33
+ 29 31 32 2 ga_32
+ 29 31 33 2 ga_31
+ 32 31 33 2 ga_18
+ 31 33 34 2 ga_13
+ 31 33 47 2 ga_13
+ 34 33 47 2 ga_13
+ 33 34 35 2 ga_15
+ 34 35 36 2 ga_27
+ 34 35 38 2 ga_27
+ 36 35 38 2 ga_27
+ 35 36 37 2 ga_25
+ 35 36 40 2 ga_27
+ 37 36 40 2 ga_25
+ 35 38 39 2 ga_25
+ 35 38 42 2 ga_27
+ 39 38 42 2 ga_25
+ 36 40 41 2 ga_25
+ 36 40 44 2 ga_27
+ 41 40 44 2 ga_25
+ 38 42 43 2 ga_25
+ 38 42 44 2 ga_27
+ 43 42 44 2 ga_25
+ 40 44 42 2 ga_27
+ 40 44 45 2 ga_27
+ 42 44 45 2 ga_27
+ 44 45 46 2 ga_12
+ 33 47 48 2 ga_30
+ 33 47 49 2 ga_19
+ 48 47 49 2 ga_33
+ 47 49 50 2 ga_32
+ 47 49 51 2 ga_31
+ 50 49 51 2 ga_18
+ 49 51 52 2 ga_13
+ 49 51 56 2 ga_13
+ 52 51 56 2 ga_13
+ 51 52 53 2 ga_15
+ 52 53 54 2 ga_22
+ 52 53 55 2 ga_22
+ 54 53 55 2 ga_38
+ 51 56 57 2 ga_30
+ 51 56 58 2 ga_19
+ 57 56 58 2 ga_33
+ 56 58 59 2 ga_32
+ 56 58 60 2 ga_31
+ 59 58 60 2 ga_18
+ 58 60 61 2 ga_13
+ 58 60 71 2 ga_13
+ 61 60 71 2 ga_13
+ 60 61 62 2 ga_15
+ 61 62 63 2 ga_15
+ 62 63 64 2 ga_15
+ 63 64 67 2 ga_15
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+ 64 67 69 2 ga_11
+ 64 67 70 2 ga_11
+ 68 67 69 2 ga_10
+ 68 67 70 2 ga_10
+ 69 67 70 2 ga_10
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+ 60 71 73 2 ga_19
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+ 71 73 75 2 ga_31
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+ 73 75 76 2 ga_13
+ 73 75 80 2 ga_13
+ 76 75 80 2 ga_13
+ 75 76 77 2 ga_15
+ 75 76 78 2 ga_15
+ 77 76 78 2 ga_15
+ 76 77 79 2 ga_15
+ 75 80 81 2 ga_30
+ 75 80 82 2 ga_19
+ 81 80 82 2 ga_33
+ 80 82 83 2 ga_31
+ 80 82 86 2 ga_31
+ 83 82 86 2 ga_21
+ 82 83 84 2 ga_13
+ 82 83 87 2 ga_13
+ 84 83 87 2 ga_13
+ 83 84 85 2 ga_13
+ 84 85 86 2 ga_13
+ 82 86 85 2 ga_13
+ 83 87 88 2 ga_30
+ 83 87 89 2 ga_19
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+ 91 92 93 2 ga_15
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+ 92 93 95 2 ga_22
+ 94 93 95 2 ga_38
+ 91 96 97 2 ga_30
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+ 99 98 100 2 ga_18
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+ 116 118 128 2 ga_13
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+ 123 122 126 2 ga_36
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+ 121 124 126 2 ga_7
+ 125 124 126 2 ga_36
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+ 122 126 127 2 ga_36
+ 124 126 127 2 ga_36
+ 118 128 129 2 ga_30
+ 118 128 130 2 ga_19
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+ 130 132 137 2 ga_13
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+ 132 137 138 2 ga_30
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+ 144 147 148 2 ga_36
+ 144 147 149 2 ga_7
+ 148 147 149 2 ga_36
+ 146 149 147 2 ga_7
+ 146 149 152 2 ga_27
+ 147 149 152 2 ga_39
+ 146 150 151 2 ga_25
+ 146 150 154 2 ga_27
+ 151 150 154 2 ga_25
+ 149 152 153 2 ga_25
+ 149 152 156 2 ga_27
+ 153 152 156 2 ga_25
+ 150 154 155 2 ga_25
+ 150 154 156 2 ga_27
+ 155 154 156 2 ga_25
+ 152 156 154 2 ga_27
+ 152 156 157 2 ga_25
+ 154 156 157 2 ga_25
+ 141 158 159 2 ga_30
+ 141 158 160 2 ga_19
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+ 160 162 163 2 ga_13
+ 160 162 166 2 ga_13
+ 163 162 166 2 ga_13
+ 162 163 164 2 ga_15
+ 162 163 165 2 ga_15
+ 164 163 165 2 ga_15
+ 162 166 167 2 ga_30
+ 162 166 168 2 ga_19
+ 167 166 168 2 ga_33
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+ 166 168 170 2 ga_31
+ 169 168 170 2 ga_18
+ 168 170 171 2 ga_13
+ 168 170 172 2 ga_13
+ 171 170 172 2 ga_13
+ 170 172 173 2 ga_22
+ 170 172 174 2 ga_22
+ 173 172 174 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 9 1 gd_39
+ 3 7 9 11 1 gd_40
+ 7 9 11 13 1 gd_14
+ 9 11 13 17 1 gd_39
+ 11 13 14 15 1 gd_34
+ 11 13 17 19 1 gd_40
+ 13 17 19 20 1 gd_14
+ 17 19 20 24 1 gd_39
+ 20 19 23 22 1 gd_39
+ 19 20 21 22 1 gd_34
+ 19 20 24 26 1 gd_40
+ 20 21 22 23 1 gd_34
+ 21 22 23 19 1 gd_34
+ 20 24 26 28 1 gd_14
+ 24 26 28 29 1 gd_39
+ 26 28 29 31 1 gd_40
+ 28 29 31 33 1 gd_14
+ 29 31 33 47 1 gd_39
+ 31 33 34 35 1 gd_34
+ 31 33 47 49 1 gd_40
+ 33 34 35 36 1 gd_40
+ 40 44 45 46 1 gd_11
+ 33 47 49 51 1 gd_14
+ 47 49 51 56 1 gd_39
+ 49 51 52 53 1 gd_34
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+ 51 52 53 54 1 gd_40
+ 51 56 58 60 1 gd_14
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+ 58 60 61 62 1 gd_34
+ 58 60 71 73 1 gd_40
+ 60 61 62 63 1 gd_34
+ 61 62 63 64 1 gd_34
+ 62 63 64 67 1 gd_34
+ 63 64 67 68 1 gd_29
+ 60 71 73 75 1 gd_14
+ 71 73 75 80 1 gd_39
+ 73 75 76 77 1 gd_34
+ 73 75 80 82 1 gd_40
+ 75 76 77 79 1 gd_34
+ 75 80 82 83 1 gd_14
+ 80 82 83 87 1 gd_39
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+ 82 83 84 85 1 gd_34
+ 82 83 87 89 1 gd_40
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+ 84 85 86 82 1 gd_34
+ 83 87 89 91 1 gd_14
+ 87 89 91 96 1 gd_39
+ 89 91 92 93 1 gd_34
+ 89 91 96 98 1 gd_40
+ 91 92 93 94 1 gd_40
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+ 100 101 102 103 1 gd_40
+ 107 111 112 113 1 gd_11
+ 100 114 116 118 1 gd_14
+ 114 116 118 128 1 gd_39
+ 116 118 119 120 1 gd_34
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+ 130 132 137 139 1 gd_40
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+ 137 139 141 158 1 gd_39
+ 139 141 142 143 1 gd_34
+ 139 141 158 160 1 gd_40
+ 141 142 143 146 1 gd_40
+ 141 158 160 162 1 gd_14
+ 158 160 162 166 1 gd_39
+ 160 162 163 164 1 gd_34
+ 160 162 166 168 1 gd_40
+ 162 166 168 170 1 gd_14
+ 166 168 170 172 1 gd_39
+ 168 170 172 174 1 gd_40
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 9 8 2 gi_2
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 13 12 2 gi_1
+ 13 11 17 14 2 gi_2
+ 13 15 16 14 2 gi_2
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+ 19 17 20 23 2 gi_1
+ 20 19 24 21 2 gi_2
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+ 33 31 47 34 2 gi_2
+ 34 38 36 35 2 gi_1
+ 35 36 40 44 2 gi_1
+ 35 38 42 44 2 gi_1
+ 36 35 40 37 2 gi_1
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+ 105 102 103 107 2 gi_1
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+ 143 144 147 149 2 gi_1
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+ 152 149 156 153 2 gi_1
+ 154 150 156 155 2 gi_1
+ 156 152 154 157 2 gi_1
+ 158 141 160 159 2 gi_1
+ 160 158 162 161 2 gi_1
+ 162 160 166 163 2 gi_2
+ 162 164 165 163 2 gi_2
+ 166 162 168 167 2 gi_1
+ 168 166 170 169 2 gi_1
+ 170 168 172 171 2 gi_2
+ 172 170 174 173 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 67 64 65 66 1
+ 68 64 65 66 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 12 11 9 13 2
+ 27 26 24 28 2
+ 32 31 29 33 2
+ 37 36 35 40 2
+ 39 38 35 42 2
+ 41 40 36 44 2
+ 43 42 38 44 2
+ 50 49 47 51 2
+ 59 58 56 60 2
+ 74 73 71 75 2
+ 90 89 87 91 2
+ 99 98 96 100 2
+ 104 103 102 107 2
+ 106 105 102 109 2
+ 108 107 103 111 2
+ 110 109 105 111 2
+ 117 116 114 118 2
+ 123 122 120 126 2
+ 125 124 121 126 2
+ 127 126 122 124 2
+ 131 130 128 132 2
+ 140 139 137 141 2
+ 145 144 143 147 2
+ 148 147 144 149 2
+ 151 150 146 154 2
+ 153 152 149 156 2
+ 155 154 150 156 2
+ 157 156 152 154 2
+ 161 160 158 162 2
+ 169 168 166 170 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 69 64 65 66 -4
+ 70 64 65 66 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">156</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51535
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51535
+ 3 NL 50 LYS N 1 0.129 0
+ 4 H 50 LYS H1 1 0.248 0
+ 5 H 50 LYS H2 1 0.248 0
+ 6 H 50 LYS H3 1 0.248 0
+ 7 CH1 50 LYS CA 2 0.127 13.019
+ 8 CH2 50 LYS CB 2 0 14.027
+ 9 CH2 50 LYS CG 3 0 14.027
+ 10 CH2 50 LYS CD 3 0 14.027
+ 11 CH2 50 LYS CE 4 0.127 14.027
+ 12 MNH3 50 LYS MNZ1 4 0 8.51535
+ 13 MNH3 50 LYS MNZ2 4 0 8.51535
+ 14 NL 50 LYS NZ 4 0.129 0
+ 15 H 50 LYS HZ1 4 0.248 0
+ 16 H 50 LYS HZ2 4 0.248 0
+ 17 H 50 LYS HZ3 4 0.248 0
+ 18 C 50 LYS C 5 0.45 12.011
+ 19 O 50 LYS O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 20 N 51 SER N 6 -0.31 15.0147
+ 21 H 51 SER H 6 0.31 0
+ 22 CH1 51 SER CA 7 0 13.019
+ 23 CH2 51 SER CB 8 0.266 14.027
+ 24 OA 51 SER OG 8 -0.674 15.9994
+ 25 H 51 SER HG 8 0.408 1.008
+ 26 C 51 SER C 9 0.45 12.011
+ 27 O 51 SER O 9 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 28 N 52 GLY N 10 -0.31 15.0147
+ 29 H 52 GLY H 10 0.31 0
+ 30 CH2 52 GLY CA 11 0 14.027
+ 31 C 52 GLY C 12 0.45 12.011
+ 32 O 52 GLY O 12 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 33 N 53 TYR N 13 -0.31 15.0147
+ 34 H 53 TYR H 13 0.31 0
+ 35 CH1 53 TYR CA 14 0 13.019
+ 36 CH2 53 TYR CB 14 0 14.027
+ 37 C 53 TYR CG 14 0 12.011
+ 38 C 53 TYR CD1 15 -0.14 13.019
+ 39 HC 53 TYR HD1 15 0.14 0
+ 40 C 53 TYR CD2 16 -0.14 13.019
+ 41 HC 53 TYR HD2 16 0.14 0
+ 42 C 53 TYR CE1 17 -0.14 13.019
+ 43 HC 53 TYR HE1 17 0.14 0
+ 44 C 53 TYR CE2 18 -0.14 13.019
+ 45 HC 53 TYR HE2 18 0.14 0
+ 46 C 53 TYR CZ 19 0.203 12.011
+ 47 OA 53 TYR OH 19 -0.611 15.9994
+ 48 H 53 TYR HH 19 0.408 1.008
+ 49 C 53 TYR C 20 0.45 12.011
+ 50 O 53 TYR O 20 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 51 N 54 ASP N 21 -0.31 15.0147
+ 52 H 54 ASP H 21 0.31 0
+ 53 CH1 54 ASP CA 22 0 13.019
+ 54 CH2 54 ASP CB 22 0 14.027
+ 55 C 54 ASP CG 23 0.27 12.011
+ 56 OM 54 ASP OD1 23 -0.635 15.9994
+ 57 OM 54 ASP OD2 23 -0.635 15.9994
+ 58 C 54 ASP C 24 0.45 12.011
+ 59 O 54 ASP O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 60 N 55 ALA N 25 -0.31 15.0147
+ 61 H 55 ALA H 25 0.31 0
+ 62 CH1 55 ALA CA 26 0 13.019
+ 63 CH3 55 ALA CB 26 0 15.035
+ 64 C 55 ALA C 27 0.45 12.011
+ 65 O 55 ALA O 27 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 66 N 56 PRO N 28 0 14.0067
+ 67 CH1 56 PRO CA 29 0 13.019
+ 68 CH2r 56 PRO CB 29 0 14.027
+ 69 CH2r 56 PRO CG 30 0 14.027
+ 70 CH2r 56 PRO CD 30 0 14.027
+ 71 C 56 PRO C 31 0.45 12.011
+ 72 O 56 PRO O 31 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 73 N 57 PHE N 32 -0.31 15.0147
+ 74 H 57 PHE H 32 0.31 0
+ 75 CH1 57 PHE CA 33 0 13.019
+ 76 CH2 57 PHE CB 33 0 14.027
+ 77 C 57 PHE CG 33 0 12.011
+ 78 C 57 PHE CD1 34 -0.14 13.019
+ 79 HC 57 PHE HD1 34 0.14 0
+ 80 C 57 PHE CD2 35 -0.14 13.019
+ 81 HC 57 PHE HD2 35 0.14 0
+ 82 C 57 PHE CE1 36 -0.14 13.019
+ 83 HC 57 PHE HE1 36 0.14 0
+ 84 C 57 PHE CE2 37 -0.14 13.019
+ 85 HC 57 PHE HE2 37 0.14 0
+ 86 C 57 PHE CZ 38 -0.14 13.019
+ 87 HC 57 PHE HZ 38 0.14 0
+ 88 C 57 PHE C 39 0.45 12.011
+ 89 O 57 PHE O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 90 N 58 THR N 40 -0.31 15.0147
+ 91 H 58 THR H 40 0.31 0
+ 92 CH1 58 THR CA 41 0 13.019
+ 93 CH1 58 THR CB 42 0.266 13.019
+ 94 OA 58 THR OG1 42 -0.674 15.9994
+ 95 H 58 THR HG1 42 0.408 1.008
+ 96 CH3 58 THR CG2 43 0 15.035
+ 97 C 58 THR C 44 0.45 12.011
+ 98 O 58 THR O 44 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 N 59 ILE N 45 -0.31 15.0147
+ 100 H 59 ILE H 45 0.31 0
+ 101 CH1 59 ILE CA 46 0 13.019
+ 102 CH1 59 ILE CB 47 0 13.019
+ 103 CH2 59 ILE CG1 47 0 14.027
+ 104 CH3 59 ILE CG2 47 0 15.035
+ 105 CH3 59 ILE CD 47 0 15.035
+ 106 C 59 ILE C 48 0.45 12.011
+ 107 O 59 ILE O 48 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISB q 0.0
+ 108 N 60 HIS N 49 -0.31 15.0147
+ 109 H 60 HIS H 49 0.31 0
+ 110 CH1 60 HIS CA 50 0 13.019
+ 111 CH2 60 HIS CB 50 0 14.027
+ 112 C 60 HIS CG 51 0 12.011
+ 113 NR 60 HIS ND1 51 -0.54 14.0067
+ 114 C 60 HIS CD2 51 0 13.019
+ 115 HC 60 HIS HD2 51 0.14 0
+ 116 C 60 HIS CE1 51 0 13.019
+ 117 HC 60 HIS HE1 51 0.14 0
+ 118 NR 60 HIS NE2 51 -0.05 15.0147
+ 119 H 60 HIS HE2 51 0.31 0
+ 120 C 60 HIS C 52 0.45 12.011
+ 121 O 60 HIS O 52 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 122 N 61 VAL N 53 -0.31 15.0147
+ 123 H 61 VAL H 53 0.31 0
+ 124 CH1 61 VAL CA 54 0 13.019
+ 125 CH1 61 VAL CB 54 0 13.019
+ 126 CH3 61 VAL CG1 54 0 15.035
+ 127 CH3 61 VAL CG2 54 0 15.035
+ 128 C 61 VAL C 55 0.45 12.011
+ 129 O 61 VAL O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 130 N 62 CYS N 56 -0.31 15.0147
+ 131 H 62 CYS H 56 0.31 0
+ 132 CH1 62 CYS CA 57 0 13.019
+ 133 CH2 62 CYS CB 58 0.15 14.027
+ 134 S 62 CYS SG 58 -0.37 32.06
+ 135 H 62 CYS HG 58 0.22 1.008
+ 136 C 62 CYS C 59 0.45 12.011
+ 137 O 62 CYS O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 138 N 63 GLY N 60 -0.31 15.0147
+ 139 H 63 GLY H 60 0.31 0
+ 140 CH2 63 GLY CA 61 0 14.027
+ 141 C 63 GLY C 62 0.45 12.011
+ 142 O 63 GLY O 62 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 143 N 64 ALA N 63 -0.31 15.0147
+ 144 H 64 ALA H 63 0.31 0
+ 145 CH1 64 ALA CA 64 0 13.019
+ 146 CH3 64 ALA CB 64 0 15.035
+ 147 C 64 ALA C 65 0.45 12.011
+ 148 O 64 ALA O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 149 N 65 PRO N 66 0 14.0067
+ 150 CH1 65 PRO CA 67 0 13.019
+ 151 CH2r 65 PRO CB 67 0 14.027
+ 152 CH2r 65 PRO CG 68 0 14.027
+ 153 CH2r 65 PRO CD 68 0 14.027
+ 154 C 65 PRO C 69 0.27 12.011
+ 155 OM 65 PRO O1 69 -0.635 15.9994
+ 156 OM 65 PRO O2 69 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 2 gb_2
+ 3 5 2 gb_2
+ 3 6 2 gb_2
+ 3 7 2 gb_21
+ 7 8 2 gb_27
+ 7 18 2 gb_27
+ 8 9 2 gb_27
+ 9 10 2 gb_27
+ 10 11 2 gb_27
+ 11 14 2 gb_21
+ 14 15 2 gb_2
+ 14 16 2 gb_2
+ 14 17 2 gb_2
+ 18 19 2 gb_5
+ 18 20 2 gb_10
+ 20 21 2 gb_2
+ 20 22 2 gb_21
+ 22 23 2 gb_27
+ 22 26 2 gb_27
+ 23 24 2 gb_18
+ 24 25 2 gb_1
+ 26 27 2 gb_5
+ 26 28 2 gb_10
+ 28 29 2 gb_2
+ 28 30 2 gb_21
+ 30 31 2 gb_27
+ 31 32 2 gb_5
+ 31 33 2 gb_10
+ 33 34 2 gb_2
+ 33 35 2 gb_21
+ 35 36 2 gb_27
+ 35 49 2 gb_27
+ 36 37 2 gb_27
+ 37 38 2 gb_16
+ 37 40 2 gb_16
+ 38 39 2 gb_3
+ 38 42 2 gb_16
+ 40 41 2 gb_3
+ 40 44 2 gb_16
+ 42 43 2 gb_3
+ 42 46 2 gb_16
+ 44 45 2 gb_3
+ 44 46 2 gb_16
+ 46 47 2 gb_13
+ 47 48 2 gb_1
+ 49 50 2 gb_5
+ 49 51 2 gb_10
+ 51 52 2 gb_2
+ 51 53 2 gb_21
+ 53 54 2 gb_27
+ 53 58 2 gb_27
+ 54 55 2 gb_27
+ 55 56 2 gb_6
+ 55 57 2 gb_6
+ 58 59 2 gb_5
+ 58 60 2 gb_10
+ 60 61 2 gb_2
+ 60 62 2 gb_21
+ 62 63 2 gb_27
+ 62 64 2 gb_27
+ 64 65 2 gb_5
+ 64 66 2 gb_10
+ 66 67 2 gb_21
+ 66 70 2 gb_21
+ 67 68 2 gb_27
+ 67 71 2 gb_27
+ 68 69 2 gb_27
+ 69 70 2 gb_27
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+ 71 73 2 gb_10
+ 73 74 2 gb_2
+ 73 75 2 gb_21
+ 75 76 2 gb_27
+ 75 88 2 gb_27
+ 76 77 2 gb_27
+ 77 78 2 gb_16
+ 77 80 2 gb_16
+ 78 79 2 gb_3
+ 78 82 2 gb_16
+ 80 81 2 gb_3
+ 80 84 2 gb_16
+ 82 83 2 gb_3
+ 82 86 2 gb_16
+ 84 85 2 gb_3
+ 84 86 2 gb_16
+ 86 87 2 gb_3
+ 88 89 2 gb_5
+ 88 90 2 gb_10
+ 90 91 2 gb_2
+ 90 92 2 gb_21
+ 92 93 2 gb_27
+ 92 97 2 gb_27
+ 93 94 2 gb_18
+ 93 96 2 gb_27
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+ 97 98 2 gb_5
+ 97 99 2 gb_10
+ 99 100 2 gb_2
+ 99 101 2 gb_21
+ 101 102 2 gb_27
+ 101 106 2 gb_27
+ 102 103 2 gb_27
+ 102 104 2 gb_27
+ 103 105 2 gb_27
+ 106 107 2 gb_5
+ 106 108 2 gb_10
+ 108 109 2 gb_2
+ 108 110 2 gb_21
+ 110 111 2 gb_27
+ 110 120 2 gb_27
+ 111 112 2 gb_27
+ 112 113 2 gb_10
+ 112 114 2 gb_10
+ 113 116 2 gb_10
+ 114 115 2 gb_3
+ 114 118 2 gb_10
+ 116 117 2 gb_3
+ 116 118 2 gb_10
+ 118 119 2 gb_2
+ 120 121 2 gb_5
+ 120 122 2 gb_10
+ 122 123 2 gb_2
+ 122 124 2 gb_21
+ 124 125 2 gb_27
+ 124 128 2 gb_27
+ 125 126 2 gb_27
+ 125 127 2 gb_27
+ 128 129 2 gb_5
+ 128 130 2 gb_10
+ 130 131 2 gb_2
+ 130 132 2 gb_21
+ 132 133 2 gb_27
+ 132 136 2 gb_27
+ 133 134 2 gb_32
+ 134 135 2 gb_8
+ 136 137 2 gb_5
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+
+[ pairs ]
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+ 151 156 1
+ 152 154 1
+ 153 154 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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+ 15 14 17 2 ga_10
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+ 54 55 57 2 ga_22
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+ 66 70 69 2 ga_13
+ 67 71 72 2 ga_30
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+ 151 152 153 2 ga_13
+ 149 153 152 2 ga_13
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+ 150 154 156 2 ga_22
+ 155 154 156 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 3 7 8 9 1 gd_34
+ 3 7 18 20 1 gd_40
+ 7 8 9 10 1 gd_34
+ 8 9 10 11 1 gd_34
+ 9 10 11 14 1 gd_34
+ 10 11 14 15 1 gd_29
+ 7 18 20 22 1 gd_14
+ 18 20 22 26 1 gd_39
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+ 20 22 26 28 1 gd_40
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+ 26 28 30 31 1 gd_39
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+ 30 31 33 35 1 gd_14
+ 31 33 35 49 1 gd_39
+ 33 35 36 37 1 gd_34
+ 33 35 49 51 1 gd_40
+ 35 36 37 38 1 gd_40
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+ 49 51 53 58 1 gd_39
+ 51 53 54 55 1 gd_34
+ 51 53 58 60 1 gd_40
+ 53 54 55 56 1 gd_40
+ 53 58 60 62 1 gd_14
+ 58 60 62 64 1 gd_39
+ 60 62 64 66 1 gd_40
+ 62 64 66 67 1 gd_14
+ 64 66 67 71 1 gd_39
+ 67 66 70 69 1 gd_39
+ 66 67 68 69 1 gd_34
+ 66 67 71 73 1 gd_40
+ 67 68 69 70 1 gd_34
+ 68 69 70 66 1 gd_34
+ 67 71 73 75 1 gd_14
+ 71 73 75 88 1 gd_39
+ 73 75 76 77 1 gd_34
+ 73 75 88 90 1 gd_40
+ 75 76 77 78 1 gd_40
+ 75 88 90 92 1 gd_14
+ 88 90 92 97 1 gd_39
+ 90 92 93 94 1 gd_34
+ 90 92 97 99 1 gd_40
+ 92 93 94 95 1 gd_23
+ 92 97 99 101 1 gd_14
+ 97 99 101 106 1 gd_39
+ 99 101 102 103 1 gd_34
+ 99 101 106 108 1 gd_40
+ 101 102 103 105 1 gd_34
+ 101 106 108 110 1 gd_14
+ 106 108 110 120 1 gd_39
+ 108 110 111 112 1 gd_34
+ 108 110 120 122 1 gd_40
+ 110 111 112 113 1 gd_40
+ 110 120 122 124 1 gd_14
+ 120 122 124 128 1 gd_39
+ 122 124 125 126 1 gd_34
+ 122 124 128 130 1 gd_40
+ 124 128 130 132 1 gd_14
+ 128 130 132 136 1 gd_39
+ 130 132 133 134 1 gd_34
+ 130 132 136 138 1 gd_40
+ 132 133 134 135 1 gd_26
+ 132 136 138 140 1 gd_14
+ 136 138 140 141 1 gd_39
+ 138 140 141 143 1 gd_40
+ 140 141 143 145 1 gd_14
+ 141 143 145 147 1 gd_39
+ 143 145 147 149 1 gd_40
+ 145 147 149 150 1 gd_14
+ 147 149 150 154 1 gd_39
+ 150 149 153 152 1 gd_39
+ 149 150 151 152 1 gd_34
+ 149 150 154 156 1 gd_40
+ 150 151 152 153 1 gd_34
+ 151 152 153 149 1 gd_34
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 3 18 8 2 gi_2
+ 18 7 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
+ 22 20 26 23 2 gi_2
+ 26 22 28 27 2 gi_1
+ 28 26 30 29 2 gi_1
+ 31 30 33 32 2 gi_1
+ 33 31 35 34 2 gi_1
+ 35 33 49 36 2 gi_2
+ 36 40 38 37 2 gi_1
+ 37 38 42 46 2 gi_1
+ 37 40 44 46 2 gi_1
+ 38 37 42 39 2 gi_1
+ 38 37 40 44 2 gi_1
+ 38 42 46 44 2 gi_1
+ 40 37 44 41 2 gi_1
+ 40 37 38 42 2 gi_1
+ 40 44 46 42 2 gi_1
+ 42 46 38 43 2 gi_1
+ 44 46 40 45 2 gi_1
+ 46 42 44 47 2 gi_1
+ 49 35 51 50 2 gi_1
+ 51 49 53 52 2 gi_1
+ 53 51 58 54 2 gi_2
+ 54 57 56 55 2 gi_1
+ 58 53 60 59 2 gi_1
+ 60 58 62 61 2 gi_1
+ 62 60 64 63 2 gi_2
+ 64 62 66 65 2 gi_1
+ 66 64 67 70 2 gi_1
+ 67 66 71 68 2 gi_2
+ 71 67 73 72 2 gi_1
+ 73 71 75 74 2 gi_1
+ 75 73 88 76 2 gi_2
+ 76 80 78 77 2 gi_1
+ 77 78 82 86 2 gi_1
+ 77 80 84 86 2 gi_1
+ 78 77 82 79 2 gi_1
+ 78 77 80 84 2 gi_1
+ 78 82 86 84 2 gi_1
+ 80 77 84 81 2 gi_1
+ 80 77 78 82 2 gi_1
+ 80 84 86 82 2 gi_1
+ 82 86 78 83 2 gi_1
+ 84 86 80 85 2 gi_1
+ 86 82 84 87 2 gi_1
+ 88 75 90 89 2 gi_1
+ 90 88 92 91 2 gi_1
+ 92 90 97 93 2 gi_2
+ 92 96 94 93 2 gi_2
+ 97 92 99 98 2 gi_1
+ 99 97 101 100 2 gi_1
+ 101 99 106 102 2 gi_2
+ 101 104 103 102 2 gi_2
+ 106 101 108 107 2 gi_1
+ 108 106 110 109 2 gi_1
+ 110 108 120 111 2 gi_2
+ 111 114 113 112 2 gi_1
+ 112 114 118 116 2 gi_1
+ 112 113 116 118 2 gi_1
+ 113 116 118 114 2 gi_1
+ 113 112 114 118 2 gi_1
+ 114 112 118 115 2 gi_1
+ 114 112 113 116 2 gi_1
+ 116 113 118 117 2 gi_1
+ 118 114 116 119 2 gi_1
+ 120 110 122 121 2 gi_1
+ 122 120 124 123 2 gi_1
+ 124 122 128 125 2 gi_2
+ 124 126 127 125 2 gi_2
+ 128 124 130 129 2 gi_1
+ 130 128 132 131 2 gi_1
+ 132 130 136 133 2 gi_2
+ 136 132 138 137 2 gi_1
+ 138 136 140 139 2 gi_1
+ 141 140 143 142 2 gi_1
+ 143 141 145 144 2 gi_1
+ 145 143 147 146 2 gi_2
+ 147 145 149 148 2 gi_1
+ 149 147 150 153 2 gi_1
+ 150 149 154 151 2 gi_2
+ 154 150 156 155 2 gi_1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 14 11 12 13 1
+ 15 11 12 13 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 21 20 18 22 2
+ 29 28 26 30 2
+ 34 33 31 35 2
+ 39 38 37 42 2
+ 41 40 37 44 2
+ 43 42 38 46 2
+ 45 44 40 46 2
+ 52 51 49 53 2
+ 61 60 58 62 2
+ 74 73 71 75 2
+ 79 78 77 82 2
+ 81 80 77 84 2
+ 83 82 78 86 2
+ 85 84 80 86 2
+ 87 86 82 84 2
+ 91 90 88 92 2
+ 100 99 97 101 2
+ 109 108 106 110 2
+ 115 114 112 118 2
+ 117 116 113 118 2
+ 119 118 114 116 2
+ 123 122 120 124 2
+ 131 130 128 132 2
+ 139 138 136 140 2
+ 144 143 141 145 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 16 11 12 13 -4
+ 17 11 12 13 4
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spc.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">167</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 NL 2 ALA N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 2 ALA H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 2 ALA H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 2 ALA H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 2 ALA CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH3 2 ALA CB 2 0 15.035
+ 7 C 2 ALA C 3 0.45 12.011
+ 8 O 2 ALA O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 9 N 3 CYS N 4 -0.31 14.0067
+ 10 H 3 CYS H 4 0.31 1.008
+ 11 CH1 3 CYS CA 5 0 13.019
+ 12 CH2 3 CYS CB 6 0.15 14.027
+ 13 S 3 CYS SG 6 -0.37 32.06
+ 14 H 3 CYS HG 6 0.22 1.008
+ 15 C 3 CYS C 7 0.45 12.011
+ 16 O 3 CYS O 7 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 17 N 4 ASP N 8 -0.31 14.0067
+ 18 H 4 ASP H 8 0.31 1.008
+ 19 CH1 4 ASP CA 9 0 13.019
+ 20 CH2 4 ASP CB 9 0 14.027
+ 21 C 4 ASP CG 10 0.27 12.011
+ 22 OM 4 ASP OD1 10 -0.635 15.9994
+ 23 OM 4 ASP OD2 10 -0.635 15.9994
+ 24 C 4 ASP C 11 0.45 12.011
+ 25 O 4 ASP O 11 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 26 N 5 GLU N 12 -0.31 14.0067
+ 27 H 5 GLU H 12 0.31 1.008
+ 28 CH1 5 GLU CA 13 0 13.019
+ 29 CH2 5 GLU CB 13 0 14.027
+ 30 CH2 5 GLU CG 13 0 14.027
+ 31 C 5 GLU CD 14 0.27 12.011
+ 32 OM 5 GLU OE1 14 -0.635 15.9994
+ 33 OM 5 GLU OE2 14 -0.635 15.9994
+ 34 C 5 GLU C 15 0.45 12.011
+ 35 O 5 GLU O 15 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 36 N 6 PHE N 16 -0.31 14.0067
+ 37 H 6 PHE H 16 0.31 1.008
+ 38 CH1 6 PHE CA 17 0 13.019
+ 39 CH2 6 PHE CB 17 0 14.027
+ 40 C 6 PHE CG 17 0 12.011
+ 41 C 6 PHE CD1 18 -0.14 12.011
+ 42 HC 6 PHE HD1 18 0.14 1.008
+ 43 C 6 PHE CD2 19 -0.14 12.011
+ 44 HC 6 PHE HD2 19 0.14 1.008
+ 45 C 6 PHE CE1 20 -0.14 12.011
+ 46 HC 6 PHE HE1 20 0.14 1.008
+ 47 C 6 PHE CE2 21 -0.14 12.011
+ 48 HC 6 PHE HE2 21 0.14 1.008
+ 49 C 6 PHE CZ 22 -0.14 12.011
+ 50 HC 6 PHE HZ 22 0.14 1.008
+ 51 C 6 PHE C 23 0.45 12.011
+ 52 O 6 PHE O 23 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 53 N 7 GLY N 24 -0.31 14.0067
+ 54 H 7 GLY H 24 0.31 1.008
+ 55 CH2 7 GLY CA 25 0 14.027
+ 56 C 7 GLY C 26 0.45 12.011
+ 57 O 7 GLY O 26 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISB q 0.0
+ 58 N 8 HIS N 27 -0.31 14.0067
+ 59 H 8 HIS H 27 0.31 1.008
+ 60 CH1 8 HIS CA 28 0 13.019
+ 61 CH2 8 HIS CB 28 0 14.027
+ 62 C 8 HIS CG 29 0 12.011
+ 63 NR 8 HIS ND1 29 -0.54 14.0067
+ 64 C 8 HIS CD2 29 0 12.011
+ 65 HC 8 HIS HD2 29 0.14 1.008
+ 66 C 8 HIS CE1 29 0 12.011
+ 67 HC 8 HIS HE1 29 0.14 1.008
+ 68 NR 8 HIS NE2 29 -0.05 14.0067
+ 69 H 8 HIS HE2 29 0.31 1.008
+ 70 C 8 HIS C 30 0.45 12.011
+ 71 O 8 HIS O 30 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 72 N 9 ILE N 31 -0.31 14.0067
+ 73 H 9 ILE H 31 0.31 1.008
+ 74 CH1 9 ILE CA 32 0 13.019
+ 75 CH1 9 ILE CB 33 0 13.019
+ 76 CH2 9 ILE CG1 33 0 14.027
+ 77 CH3 9 ILE CG2 33 0 15.035
+ 78 CH3 9 ILE CD 33 0 15.035
+ 79 C 9 ILE C 34 0.45 12.011
+ 80 O 9 ILE O 34 -0.45 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 81 N 10 LYS N 35 -0.31 14.0067
+ 82 H 10 LYS H 35 0.31 1.008
+ 83 CH1 10 LYS CA 36 0 13.019
+ 84 CH2 10 LYS CB 36 0 14.027
+ 85 CH2 10 LYS CG 37 0 14.027
+ 86 CH2 10 LYS CD 37 0 14.027
+ 87 CH2 10 LYS CE 38 0.127 14.027
+ 88 NL 10 LYS NZ 38 0.129 14.0067
+ 89 H 10 LYS HZ1 38 0.248 1.008
+ 90 H 10 LYS HZ2 38 0.248 1.008
+ 91 H 10 LYS HZ3 38 0.248 1.008
+ 92 C 10 LYS C 39 0.45 12.011
+ 93 O 10 LYS O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 94 N 11 LEU N 40 -0.31 14.0067
+ 95 H 11 LEU H 40 0.31 1.008
+ 96 CH1 11 LEU CA 41 0 13.019
+ 97 CH2 11 LEU CB 41 0 14.027
+ 98 CH1 11 LEU CG 42 0 13.019
+ 99 CH3 11 LEU CD1 42 0 15.035
+ 100 CH3 11 LEU CD2 42 0 15.035
+ 101 C 11 LEU C 43 0.45 12.011
+ 102 O 11 LEU O 43 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 103 N 12 MET N 44 -0.31 14.0067
+ 104 H 12 MET H 44 0.31 1.008
+ 105 CH1 12 MET CA 45 0 13.019
+ 106 CH2 12 MET CB 45 0 14.027
+ 107 CH2 12 MET CG 46 0.241 14.027
+ 108 S 12 MET SD 46 -0.482 32.06
+ 109 CH3 12 MET CE 46 0.241 15.035
+ 110 C 12 MET C 47 0.45 12.011
+ 111 O 12 MET O 47 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 112 N 13 ASN N 48 -0.31 14.0067
+ 113 H 13 ASN H 48 0.31 1.008
+ 114 CH1 13 ASN CA 49 0 13.019
+ 115 CH2 13 ASN CB 49 0 14.027
+ 116 C 13 ASN CG 50 0.29 12.011
+ 117 O 13 ASN OD1 50 -0.45 15.9994
+ 118 NT 13 ASN ND2 50 -0.72 14.0067
+ 119 H 13 ASN HD21 50 0.44 1.008
+ 120 H 13 ASN HD22 50 0.44 1.008
+ 121 C 13 ASN C 51 0.45 12.011
+ 122 O 13 ASN O 51 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 123 N 14 PRO N 52 0 14.0067
+ 124 CH1 14 PRO CA 53 0 13.019
+ 125 CH2r 14 PRO CB 53 0 14.027
+ 126 CH2r 14 PRO CG 54 0 14.027
+ 127 CH2r 14 PRO CD 54 0 14.027
+ 128 C 14 PRO C 55 0.45 12.011
+ 129 O 14 PRO O 55 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 130 N 15 GLN N 56 -0.31 14.0067
+ 131 H 15 GLN H 56 0.31 1.008
+ 132 CH1 15 GLN CA 57 0 13.019
+ 133 CH2 15 GLN CB 57 0 14.027
+ 134 CH2 15 GLN CG 57 0 14.027
+ 135 C 15 GLN CD 58 0.29 12.011
+ 136 O 15 GLN OE1 58 -0.45 15.9994
+ 137 NT 15 GLN NE2 58 -0.72 14.0067
+ 138 H 15 GLN HE21 58 0.44 1.008
+ 139 H 15 GLN HE22 58 0.44 1.008
+ 140 C 15 GLN C 59 0.45 12.011
+ 141 O 15 GLN O 59 -0.45 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 142 N 16 ARG N 60 -0.31 14.0067
+ 143 H 16 ARG H 60 0.31 1.008
+ 144 CH1 16 ARG CA 61 0 13.019
+ 145 CH2 16 ARG CB 61 0 14.027
+ 146 CH2 16 ARG CG 61 0 14.027
+ 147 CH2 16 ARG CD 62 0.09 14.027
+ 148 NE 16 ARG NE 62 -0.11 14.0067
+ 149 H 16 ARG HE 62 0.24 1.008
+ 150 C 16 ARG CZ 62 0.34 12.011
+ 151 NZ 16 ARG NH1 62 -0.26 14.0067
+ 152 H 16 ARG HH11 62 0.24 1.008
+ 153 H 16 ARG HH12 62 0.24 1.008
+ 154 NZ 16 ARG NH2 62 -0.26 14.0067
+ 155 H 16 ARG HH21 62 0.24 1.008
+ 156 H 16 ARG HH22 62 0.24 1.008
+ 157 C 16 ARG C 63 0.45 12.011
+ 158 O 16 ARG O 63 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 159 N 17 SER N 64 -0.31 14.0067
+ 160 H 17 SER H 64 0.31 1.008
+ 161 CH1 17 SER CA 65 0 13.019
+ 162 CH2 17 SER CB 66 0.266 14.027
+ 163 OA 17 SER OG 66 -0.674 15.9994
+ 164 H 17 SER HG 66 0.408 1.008
+ 165 C 17 SER C 67 0.27 12.011
+ 166 OM 17 SER O1 67 -0.635 15.9994
+ 167 OM 17 SER O2 67 -0.635 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 2 2 gb_2
+ 1 3 2 gb_2
+ 1 4 2 gb_2
+ 1 5 2 gb_21
+ 5 6 2 gb_27
+ 5 7 2 gb_27
+ 7 8 2 gb_5
+ 7 9 2 gb_10
+ 9 10 2 gb_2
+ 9 11 2 gb_21
+ 11 12 2 gb_27
+ 11 15 2 gb_27
+ 12 13 2 gb_32
+ 13 14 2 gb_8
+ 15 16 2 gb_5
+ 15 17 2 gb_10
+ 17 18 2 gb_2
+ 17 19 2 gb_21
+ 19 20 2 gb_27
+ 19 24 2 gb_27
+ 20 21 2 gb_27
+ 21 22 2 gb_6
+ 21 23 2 gb_6
+ 24 25 2 gb_5
+ 24 26 2 gb_10
+ 26 27 2 gb_2
+ 26 28 2 gb_21
+ 28 29 2 gb_27
+ 28 34 2 gb_27
+ 29 30 2 gb_27
+ 30 31 2 gb_27
+ 31 32 2 gb_6
+ 31 33 2 gb_6
+ 34 35 2 gb_5
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+ 39 40 2 gb_27
+ 40 41 2 gb_16
+ 40 43 2 gb_16
+ 41 42 2 gb_3
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+ 45 46 2 gb_3
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+ 47 48 2 gb_3
+ 47 49 2 gb_16
+ 49 50 2 gb_3
+ 51 52 2 gb_5
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+ 55 56 2 gb_27
+ 56 57 2 gb_5
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+ 58 59 2 gb_2
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+ 60 70 2 gb_27
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+ 62 63 2 gb_10
+ 62 64 2 gb_10
+ 63 66 2 gb_10
+ 64 65 2 gb_3
+ 64 68 2 gb_10
+ 66 67 2 gb_3
+ 66 68 2 gb_10
+ 68 69 2 gb_2
+ 70 71 2 gb_5
+ 70 72 2 gb_10
+ 72 73 2 gb_2
+ 72 74 2 gb_21
+ 74 75 2 gb_27
+ 74 79 2 gb_27
+ 75 76 2 gb_27
+ 75 77 2 gb_27
+ 76 78 2 gb_27
+ 79 80 2 gb_5
+ 79 81 2 gb_10
+ 81 82 2 gb_2
+ 81 83 2 gb_21
+ 83 84 2 gb_27
+ 83 92 2 gb_27
+ 84 85 2 gb_27
+ 85 86 2 gb_27
+ 86 87 2 gb_27
+ 87 88 2 gb_21
+ 88 89 2 gb_2
+ 88 90 2 gb_2
+ 88 91 2 gb_2
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+ 94 95 2 gb_2
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+ 96 97 2 gb_27
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+ 98 99 2 gb_27
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+ 105 106 2 gb_27
+ 105 110 2 gb_27
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+ 110 111 2 gb_5
+ 110 112 2 gb_10
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+ 114 115 2 gb_27
+ 114 121 2 gb_27
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+ 118 119 2 gb_2
+ 118 120 2 gb_2
+ 121 122 2 gb_5
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+ 124 128 2 gb_27
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+ 126 127 2 gb_27
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+ 133 134 2 gb_27
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+ 140 142 2 gb_10
+ 142 143 2 gb_2
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+ 144 145 2 gb_27
+ 144 157 2 gb_27
+ 145 146 2 gb_27
+ 146 147 2 gb_27
+ 147 148 2 gb_21
+ 148 149 2 gb_2
+ 148 150 2 gb_11
+ 150 151 2 gb_11
+ 150 154 2 gb_11
+ 151 152 2 gb_2
+ 151 153 2 gb_2
+ 154 155 2 gb_2
+ 154 156 2 gb_2
+ 157 158 2 gb_5
+ 157 159 2 gb_10
+ 159 160 2 gb_2
+ 159 161 2 gb_21
+ 161 162 2 gb_27
+ 161 165 2 gb_27
+ 162 163 2 gb_18
+ 163 164 2 gb_1
+ 165 166 2 gb_6
+ 165 167 2 gb_6
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 8 1
+ 1 9 1
+ 2 6 1
+ 2 7 1
+ 3 6 1
+ 3 7 1
+ 4 6 1
+ 4 7 1
+ 5 10 1
+ 5 11 1
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+ 117 120 1
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+ 125 130 1
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+ 129 131 1
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+ 136 139 1
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+ 145 158 1
+ 145 159 1
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+ 151 156 1
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+ 159 167 1
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+ 160 165 1
+ 161 164 1
+ 162 166 1
+ 162 167 1
+ 163 165 1
+
+[ angles ]
+; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
+ 2 1 3 2 ga_10
+ 2 1 4 2 ga_10
+ 2 1 5 2 ga_11
+ 3 1 4 2 ga_10
+ 3 1 5 2 ga_11
+ 4 1 5 2 ga_11
+ 1 5 6 2 ga_13
+ 1 5 7 2 ga_13
+ 6 5 7 2 ga_13
+ 5 7 8 2 ga_30
+ 5 7 9 2 ga_19
+ 8 7 9 2 ga_33
+ 7 9 10 2 ga_32
+ 7 9 11 2 ga_31
+ 10 9 11 2 ga_18
+ 9 11 12 2 ga_13
+ 9 11 15 2 ga_13
+ 12 11 15 2 ga_13
+ 11 12 13 2 ga_16
+ 12 13 14 2 ga_3
+ 11 15 16 2 ga_30
+ 11 15 17 2 ga_19
+ 16 15 17 2 ga_33
+ 15 17 18 2 ga_32
+ 15 17 19 2 ga_31
+ 18 17 19 2 ga_18
+ 17 19 20 2 ga_13
+ 17 19 24 2 ga_13
+ 20 19 24 2 ga_13
+ 19 20 21 2 ga_15
+ 20 21 22 2 ga_22
+ 20 21 23 2 ga_22
+ 22 21 23 2 ga_38
+ 19 24 25 2 ga_30
+ 19 24 26 2 ga_19
+ 25 24 26 2 ga_33
+ 24 26 27 2 ga_32
+ 24 26 28 2 ga_31
+ 27 26 28 2 ga_18
+ 26 28 29 2 ga_13
+ 26 28 34 2 ga_13
+ 29 28 34 2 ga_13
+ 28 29 30 2 ga_15
+ 29 30 31 2 ga_15
+ 30 31 32 2 ga_22
+ 30 31 33 2 ga_22
+ 32 31 33 2 ga_38
+ 28 34 35 2 ga_30
+ 28 34 36 2 ga_19
+ 35 34 36 2 ga_33
+ 34 36 37 2 ga_32
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+ 37 36 38 2 ga_18
+ 36 38 39 2 ga_13
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+ 39 38 51 2 ga_13
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+ 41 40 43 2 ga_27
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+ 42 41 45 2 ga_25
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+ 48 47 49 2 ga_25
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+ 47 49 50 2 ga_25
+ 38 51 52 2 ga_30
+ 38 51 53 2 ga_19
+ 52 51 53 2 ga_33
+ 51 53 54 2 ga_32
+ 51 53 55 2 ga_31
+ 54 53 55 2 ga_18
+ 53 55 56 2 ga_13
+ 55 56 57 2 ga_30
+ 55 56 58 2 ga_19
+ 57 56 58 2 ga_33
+ 56 58 59 2 ga_32
+ 56 58 60 2 ga_31
+ 59 58 60 2 ga_18
+ 58 60 61 2 ga_13
+ 58 60 70 2 ga_13
+ 61 60 70 2 ga_13
+ 60 61 62 2 ga_15
+ 61 62 63 2 ga_37
+ 61 62 64 2 ga_37
+ 63 62 64 2 ga_7
+ 62 63 66 2 ga_7
+ 62 64 65 2 ga_36
+ 62 64 68 2 ga_7
+ 65 64 68 2 ga_36
+ 63 66 67 2 ga_36
+ 63 66 68 2 ga_7
+ 67 66 68 2 ga_36
+ 64 68 66 2 ga_7
+ 64 68 69 2 ga_36
+ 66 68 69 2 ga_36
+ 60 70 71 2 ga_30
+ 60 70 72 2 ga_19
+ 71 70 72 2 ga_33
+ 70 72 73 2 ga_32
+ 70 72 74 2 ga_31
+ 73 72 74 2 ga_18
+ 72 74 75 2 ga_13
+ 72 74 79 2 ga_13
+ 75 74 79 2 ga_13
+ 74 75 76 2 ga_15
+ 74 75 77 2 ga_15
+ 76 75 77 2 ga_15
+ 75 76 78 2 ga_15
+ 74 79 80 2 ga_30
+ 74 79 81 2 ga_19
+ 80 79 81 2 ga_33
+ 79 81 82 2 ga_32
+ 79 81 83 2 ga_31
+ 82 81 83 2 ga_18
+ 81 83 84 2 ga_13
+ 81 83 92 2 ga_13
+ 84 83 92 2 ga_13
+ 83 84 85 2 ga_15
+ 84 85 86 2 ga_15
+ 85 86 87 2 ga_15
+ 86 87 88 2 ga_15
+ 87 88 89 2 ga_11
+ 87 88 90 2 ga_11
+ 87 88 91 2 ga_11
+ 89 88 90 2 ga_10
+ 89 88 91 2 ga_10
+ 90 88 91 2 ga_10
+ 83 92 93 2 ga_30
+ 83 92 94 2 ga_19
+ 93 92 94 2 ga_33
+ 92 94 95 2 ga_32
+ 92 94 96 2 ga_31
+ 95 94 96 2 ga_18
+ 94 96 97 2 ga_13
+ 94 96 101 2 ga_13
+ 97 96 101 2 ga_13
+ 96 97 98 2 ga_15
+ 97 98 99 2 ga_15
+ 97 98 100 2 ga_15
+ 99 98 100 2 ga_15
+ 96 101 102 2 ga_30
+ 96 101 103 2 ga_19
+ 102 101 103 2 ga_33
+ 101 103 104 2 ga_32
+ 101 103 105 2 ga_31
+ 104 103 105 2 ga_18
+ 103 105 106 2 ga_13
+ 103 105 110 2 ga_13
+ 106 105 110 2 ga_13
+ 105 106 107 2 ga_15
+ 106 107 108 2 ga_16
+ 107 108 109 2 ga_4
+ 105 110 111 2 ga_30
+ 105 110 112 2 ga_19
+ 111 110 112 2 ga_33
+ 110 112 113 2 ga_32
+ 110 112 114 2 ga_31
+ 113 112 114 2 ga_18
+ 112 114 115 2 ga_13
+ 112 114 121 2 ga_13
+ 115 114 121 2 ga_13
+ 114 115 116 2 ga_15
+ 115 116 117 2 ga_30
+ 115 116 118 2 ga_19
+ 117 116 118 2 ga_33
+ 116 118 119 2 ga_23
+ 116 118 120 2 ga_23
+ 119 118 120 2 ga_24
+ 114 121 122 2 ga_30
+ 114 121 123 2 ga_19
+ 122 121 123 2 ga_33
+ 121 123 124 2 ga_31
+ 121 123 127 2 ga_31
+ 124 123 127 2 ga_21
+ 123 124 125 2 ga_13
+ 123 124 128 2 ga_13
+ 125 124 128 2 ga_13
+ 124 125 126 2 ga_13
+ 125 126 127 2 ga_13
+ 123 127 126 2 ga_13
+ 124 128 129 2 ga_30
+ 124 128 130 2 ga_19
+ 129 128 130 2 ga_33
+ 128 130 131 2 ga_32
+ 128 130 132 2 ga_31
+ 131 130 132 2 ga_18
+ 130 132 133 2 ga_13
+ 130 132 140 2 ga_13
+ 133 132 140 2 ga_13
+ 132 133 134 2 ga_15
+ 133 134 135 2 ga_15
+ 134 135 136 2 ga_30
+ 134 135 137 2 ga_19
+ 136 135 137 2 ga_33
+ 135 137 138 2 ga_23
+ 135 137 139 2 ga_23
+ 138 137 139 2 ga_24
+ 132 140 141 2 ga_30
+ 132 140 142 2 ga_19
+ 141 140 142 2 ga_33
+ 140 142 143 2 ga_32
+ 140 142 144 2 ga_31
+ 143 142 144 2 ga_18
+ 142 144 145 2 ga_13
+ 142 144 157 2 ga_13
+ 145 144 157 2 ga_13
+ 144 145 146 2 ga_15
+ 145 146 147 2 ga_15
+ 146 147 148 2 ga_13
+ 147 148 149 2 ga_20
+ 147 148 150 2 ga_33
+ 149 148 150 2 ga_23
+ 148 150 151 2 ga_28
+ 148 150 154 2 ga_28
+ 151 150 154 2 ga_28
+ 150 151 152 2 ga_23
+ 150 151 153 2 ga_23
+ 152 151 153 2 ga_24
+ 150 154 155 2 ga_23
+ 150 154 156 2 ga_23
+ 155 154 156 2 ga_24
+ 144 157 158 2 ga_30
+ 144 157 159 2 ga_19
+ 158 157 159 2 ga_33
+ 157 159 160 2 ga_32
+ 157 159 161 2 ga_31
+ 160 159 161 2 ga_18
+ 159 161 162 2 ga_13
+ 159 161 165 2 ga_13
+ 162 161 165 2 ga_13
+ 161 162 163 2 ga_13
+ 162 163 164 2 ga_12
+ 161 165 166 2 ga_22
+ 161 165 167 2 ga_22
+ 166 165 167 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 7 1 gd_39
+ 1 5 7 9 1 gd_40
+ 5 7 9 11 1 gd_14
+ 7 9 11 15 1 gd_39
+ 9 11 12 13 1 gd_34
+ 9 11 15 17 1 gd_40
+ 11 12 13 14 1 gd_26
+ 11 15 17 19 1 gd_14
+ 15 17 19 24 1 gd_39
+ 17 19 20 21 1 gd_34
+ 17 19 24 26 1 gd_40
+ 19 20 21 22 1 gd_40
+ 19 24 26 28 1 gd_14
+ 24 26 28 34 1 gd_39
+ 26 28 29 30 1 gd_34
+ 26 28 34 36 1 gd_40
+ 28 29 30 31 1 gd_34
+ 29 30 31 33 1 gd_40
+ 28 34 36 38 1 gd_14
+ 34 36 38 51 1 gd_39
+ 36 38 39 40 1 gd_34
+ 36 38 51 53 1 gd_40
+ 38 39 40 41 1 gd_40
+ 38 51 53 55 1 gd_14
+ 51 53 55 56 1 gd_39
+ 53 55 56 58 1 gd_40
+ 55 56 58 60 1 gd_14
+ 56 58 60 70 1 gd_39
+ 58 60 61 62 1 gd_34
+ 58 60 70 72 1 gd_40
+ 60 61 62 63 1 gd_40
+ 60 70 72 74 1 gd_14
+ 70 72 74 79 1 gd_39
+ 72 74 75 76 1 gd_34
+ 72 74 79 81 1 gd_40
+ 74 75 76 78 1 gd_34
+ 74 79 81 83 1 gd_14
+ 79 81 83 92 1 gd_39
+ 81 83 84 85 1 gd_34
+ 81 83 92 94 1 gd_40
+ 83 84 85 86 1 gd_34
+ 84 85 86 87 1 gd_34
+ 85 86 87 88 1 gd_34
+ 86 87 88 89 1 gd_29
+ 83 92 94 96 1 gd_14
+ 92 94 96 101 1 gd_39
+ 94 96 97 98 1 gd_34
+ 94 96 101 103 1 gd_40
+ 96 97 98 99 1 gd_34
+ 96 101 103 105 1 gd_14
+ 101 103 105 110 1 gd_39
+ 103 105 106 107 1 gd_34
+ 103 105 110 112 1 gd_40
+ 105 106 107 108 1 gd_34
+ 106 107 108 109 1 gd_26
+ 105 110 112 114 1 gd_14
+ 110 112 114 121 1 gd_39
+ 112 114 115 116 1 gd_34
+ 112 114 121 123 1 gd_40
+ 114 115 116 118 1 gd_40
+ 115 116 118 119 1 gd_14
+ 114 121 123 124 1 gd_14
+ 121 123 124 128 1 gd_39
+ 124 123 127 126 1 gd_39
+ 123 124 125 126 1 gd_34
+ 123 124 128 130 1 gd_40
+ 124 125 126 127 1 gd_34
+ 125 126 127 123 1 gd_34
+ 124 128 130 132 1 gd_14
+ 128 130 132 140 1 gd_39
+ 130 132 133 134 1 gd_34
+ 130 132 140 142 1 gd_40
+ 132 133 134 135 1 gd_34
+ 133 134 135 137 1 gd_40
+ 134 135 137 138 1 gd_14
+ 132 140 142 144 1 gd_14
+ 140 142 144 157 1 gd_39
+ 142 144 145 146 1 gd_34
+ 142 144 157 159 1 gd_40
+ 144 145 146 147 1 gd_34
+ 145 146 147 148 1 gd_34
+ 146 147 148 150 1 gd_39
+ 147 148 150 151 1 gd_14
+ 148 150 151 152 1 gd_14
+ 148 150 154 155 1 gd_14
+ 144 157 159 161 1 gd_14
+ 157 159 161 165 1 gd_39
+ 159 161 162 163 1 gd_34
+ 159 161 165 167 1 gd_40
+ 161 162 163 164 1 gd_23
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 7 6 2 gi_2
+ 7 5 9 8 2 gi_1
+ 9 7 11 10 2 gi_1
+ 11 9 15 12 2 gi_2
+ 15 11 17 16 2 gi_1
+ 17 15 19 18 2 gi_1
+ 19 17 24 20 2 gi_2
+ 20 23 22 21 2 gi_1
+ 24 19 26 25 2 gi_1
+ 26 24 28 27 2 gi_1
+ 28 26 34 29 2 gi_2
+ 30 33 32 31 2 gi_1
+ 34 28 36 35 2 gi_1
+ 36 34 38 37 2 gi_1
+ 38 36 51 39 2 gi_2
+ 39 43 41 40 2 gi_1
+ 40 41 45 49 2 gi_1
+ 40 43 47 49 2 gi_1
+ 41 40 45 42 2 gi_1
+ 41 40 43 47 2 gi_1
+ 41 45 49 47 2 gi_1
+ 43 40 47 44 2 gi_1
+ 43 40 41 45 2 gi_1
+ 43 47 49 45 2 gi_1
+ 45 49 41 46 2 gi_1
+ 47 49 43 48 2 gi_1
+ 49 45 47 50 2 gi_1
+ 51 38 53 52 2 gi_1
+ 53 51 55 54 2 gi_1
+ 56 55 58 57 2 gi_1
+ 58 56 60 59 2 gi_1
+ 60 58 70 61 2 gi_2
+ 61 64 63 62 2 gi_1
+ 62 64 68 66 2 gi_1
+ 62 63 66 68 2 gi_1
+ 63 66 68 64 2 gi_1
+ 63 62 64 68 2 gi_1
+ 64 62 68 65 2 gi_1
+ 64 62 63 66 2 gi_1
+ 66 63 68 67 2 gi_1
+ 68 64 66 69 2 gi_1
+ 70 60 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 79 75 2 gi_2
+ 74 77 76 75 2 gi_2
+ 79 74 81 80 2 gi_1
+ 81 79 83 82 2 gi_1
+ 83 81 92 84 2 gi_2
+ 92 83 94 93 2 gi_1
+ 94 92 96 95 2 gi_1
+ 96 94 101 97 2 gi_2
+ 97 99 100 98 2 gi_2
+ 101 96 103 102 2 gi_1
+ 103 101 105 104 2 gi_1
+ 105 103 110 106 2 gi_2
+ 110 105 112 111 2 gi_1
+ 112 110 114 113 2 gi_1
+ 114 112 121 115 2 gi_2
+ 115 118 117 116 2 gi_1
+ 116 120 119 118 2 gi_1
+ 121 114 123 122 2 gi_1
+ 123 121 124 127 2 gi_1
+ 124 123 128 125 2 gi_2
+ 128 124 130 129 2 gi_1
+ 130 128 132 131 2 gi_1
+ 132 130 140 133 2 gi_2
+ 134 137 136 135 2 gi_1
+ 135 139 138 137 2 gi_1
+ 140 132 142 141 2 gi_1
+ 142 140 144 143 2 gi_1
+ 144 142 157 145 2 gi_2
+ 148 147 150 149 2 gi_1
+ 148 154 151 150 2 gi_1
+ 150 153 152 151 2 gi_1
+ 150 156 155 154 2 gi_1
+ 157 144 159 158 2 gi_1
+ 159 157 161 160 2 gi_1
+ 161 159 165 162 2 gi_2
+ 165 161 167 166 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">206</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 NL 18 THR N 1 0.129 14.0067
+ 2 H 18 THR H1 1 0.248 1.008
+ 3 H 18 THR H2 1 0.248 1.008
+ 4 H 18 THR H3 1 0.248 1.008
+ 5 CH1 18 THR CA 2 0.127 13.019
+ 6 CH1 18 THR CB 3 0.266 13.019
+ 7 OA 18 THR OG1 3 -0.674 15.9994
+ 8 H 18 THR HG1 3 0.408 1.008
+ 9 CH3 18 THR CG2 4 0 15.035
+ 10 C 18 THR C 5 0.45 12.011
+ 11 O 18 THR O 5 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 12 N 19 VAL N 6 -0.31 14.0067
+ 13 H 19 VAL H 6 0.31 1.008
+ 14 CH1 19 VAL CA 7 0 13.019
+ 15 CH1 19 VAL CB 7 0 13.019
+ 16 CH3 19 VAL CG1 7 0 15.035
+ 17 CH3 19 VAL CG2 7 0 15.035
+ 18 C 19 VAL C 8 0.45 12.011
+ 19 O 19 VAL O 8 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 20 N 20 TRP N 9 -0.31 14.0067
+ 21 H 20 TRP H 9 0.31 1.008
+ 22 CH1 20 TRP CA 10 0 13.019
+ 23 CH2 20 TRP CB 10 0 14.027
+ 24 C 20 TRP CG 11 -0.21 12.011
+ 25 C 20 TRP CD1 11 -0.14 12.011
+ 26 HC 20 TRP HD1 11 0.14 1.008
+ 27 C 20 TRP CD2 11 0 12.011
+ 28 NR 20 TRP NE1 11 -0.1 14.0067
+ 29 H 20 TRP HE1 11 0.31 1.008
+ 30 C 20 TRP CE2 11 0 12.011
+ 31 C 20 TRP CE3 12 -0.14 12.011
+ 32 HC 20 TRP HE3 12 0.14 1.008
+ 33 C 20 TRP CZ2 13 -0.14 12.011
+ 34 HC 20 TRP HZ2 13 0.14 1.008
+ 35 C 20 TRP CZ3 14 -0.14 12.011
+ 36 HC 20 TRP HZ3 14 0.14 1.008
+ 37 C 20 TRP CH2 15 -0.14 12.011
+ 38 HC 20 TRP HH2 15 0.14 1.008
+ 39 C 20 TRP C 16 0.45 12.011
+ 40 O 20 TRP O 16 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 41 N 21 TYR N 17 -0.31 14.0067
+ 42 H 21 TYR H 17 0.31 1.008
+ 43 CH1 21 TYR CA 18 0 13.019
+ 44 CH2 21 TYR CB 18 0 14.027
+ 45 C 21 TYR CG 18 0 12.011
+ 46 C 21 TYR CD1 19 -0.14 12.011
+ 47 HC 21 TYR HD1 19 0.14 1.008
+ 48 C 21 TYR CD2 20 -0.14 12.011
+ 49 HC 21 TYR HD2 20 0.14 1.008
+ 50 C 21 TYR CE1 21 -0.14 12.011
+ 51 HC 21 TYR HE1 21 0.14 1.008
+ 52 C 21 TYR CE2 22 -0.14 12.011
+ 53 HC 21 TYR HE2 22 0.14 1.008
+ 54 C 21 TYR CZ 23 0.203 12.011
+ 55 OA 21 TYR OH 23 -0.611 15.9994
+ 56 H 21 TYR HH 23 0.408 1.008
+ 57 C 21 TYR C 24 0.45 12.011
+ 58 O 21 TYR O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 59 N 22 LYS N 25 -0.31 14.0067
+ 60 H 22 LYS H 25 0.31 1.008
+ 61 CH1 22 LYS CA 26 0 13.019
+ 62 CH2 22 LYS CB 26 0 14.027
+ 63 CH2 22 LYS CG 27 0 14.027
+ 64 CH2 22 LYS CD 27 0 14.027
+ 65 CH2 22 LYS CE 28 0.127 14.027
+ 66 NL 22 LYS NZ 28 0.129 14.0067
+ 67 H 22 LYS HZ1 28 0.248 1.008
+ 68 H 22 LYS HZ2 28 0.248 1.008
+ 69 H 22 LYS HZ3 28 0.248 1.008
+ 70 C 22 LYS C 29 0.45 12.011
+ 71 O 22 LYS O 29 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 72 N 23 GLU N 30 -0.31 14.0067
+ 73 H 23 GLU H 30 0.31 1.008
+ 74 CH1 23 GLU CA 31 0 13.019
+ 75 CH2 23 GLU CB 31 0 14.027
+ 76 CH2 23 GLU CG 31 0 14.027
+ 77 C 23 GLU CD 32 0.27 12.011
+ 78 OM 23 GLU OE1 32 -0.635 15.9994
+ 79 OM 23 GLU OE2 32 -0.635 15.9994
+ 80 C 23 GLU C 33 0.45 12.011
+ 81 O 23 GLU O 33 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 82 N 24 TRP N 34 -0.31 14.0067
+ 83 H 24 TRP H 34 0.31 1.008
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+ 100 HC 24 TRP HH2 40 0.14 1.008
+ 101 C 24 TRP C 41 0.45 12.011
+ 102 O 24 TRP O 41 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 103 N 25 PRO N 42 0 14.0067
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+ 108 C 25 PRO C 45 0.45 12.011
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+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 110 N 26 PRO N 46 0 14.0067
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+ 115 C 26 PRO C 49 0.45 12.011
+ 116 O 26 PRO O 49 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 117 N 27 CYS N 50 -0.31 14.0067
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+ 120 CH2 27 CYS CB 52 0.15 14.027
+ 121 S 27 CYS SG 52 -0.37 32.06
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+ 123 C 27 CYS C 53 0.45 12.011
+ 124 O 27 CYS O 53 -0.45 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 125 N 28 ARG N 54 -0.31 14.0067
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+ 140 C 28 ARG C 57 0.45 12.011
+ 141 O 28 ARG O 57 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISB q 0.0
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+ 151 HC 29 HIS HE1 60 0.14 1.008
+ 152 NR 29 HIS NE2 60 -0.05 14.0067
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+ 154 C 29 HIS C 61 0.45 12.011
+ 155 O 29 HIS O 61 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
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+ 165 C 30 ASN C 65 0.45 12.011
+ 166 O 30 ASN O 65 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 167 N 31 SER N 66 -0.31 14.0067
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+ 170 CH2 31 SER CB 68 0.266 14.027
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+ 174 O 31 SER O 69 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISB q 0.0
+ 175 N 32 HIS N 70 -0.31 14.0067
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+ 187 C 32 HIS C 73 0.45 12.011
+ 188 O 32 HIS O 73 -0.45 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 205 OM 33 PHE O1 81 -0.635 15.9994
+ 206 OM 33 PHE O2 81 -0.635 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 133 134 136 2 ga_23
+ 135 134 136 2 ga_24
+ 133 137 138 2 ga_23
+ 133 137 139 2 ga_23
+ 138 137 139 2 ga_24
+ 127 140 141 2 ga_30
+ 127 140 142 2 ga_19
+ 141 140 142 2 ga_33
+ 140 142 143 2 ga_32
+ 140 142 144 2 ga_31
+ 143 142 144 2 ga_18
+ 142 144 145 2 ga_13
+ 142 144 154 2 ga_13
+ 145 144 154 2 ga_13
+ 144 145 146 2 ga_15
+ 145 146 147 2 ga_37
+ 145 146 148 2 ga_37
+ 147 146 148 2 ga_7
+ 146 147 150 2 ga_7
+ 146 148 149 2 ga_36
+ 146 148 152 2 ga_7
+ 149 148 152 2 ga_36
+ 147 150 151 2 ga_36
+ 147 150 152 2 ga_7
+ 151 150 152 2 ga_36
+ 148 152 150 2 ga_7
+ 148 152 153 2 ga_36
+ 150 152 153 2 ga_36
+ 144 154 155 2 ga_30
+ 144 154 156 2 ga_19
+ 155 154 156 2 ga_33
+ 154 156 157 2 ga_32
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+ 157 156 158 2 ga_18
+ 156 158 159 2 ga_13
+ 156 158 165 2 ga_13
+ 159 158 165 2 ga_13
+ 158 159 160 2 ga_15
+ 159 160 161 2 ga_30
+ 159 160 162 2 ga_19
+ 161 160 162 2 ga_33
+ 160 162 163 2 ga_23
+ 160 162 164 2 ga_23
+ 163 162 164 2 ga_24
+ 158 165 166 2 ga_30
+ 158 165 167 2 ga_19
+ 166 165 167 2 ga_33
+ 165 167 168 2 ga_32
+ 165 167 169 2 ga_31
+ 168 167 169 2 ga_18
+ 167 169 170 2 ga_13
+ 167 169 173 2 ga_13
+ 170 169 173 2 ga_13
+ 169 170 171 2 ga_13
+ 170 171 172 2 ga_12
+ 169 173 174 2 ga_30
+ 169 173 175 2 ga_19
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+ 173 175 176 2 ga_32
+ 173 175 177 2 ga_31
+ 176 175 177 2 ga_18
+ 175 177 178 2 ga_13
+ 175 177 187 2 ga_13
+ 178 177 187 2 ga_13
+ 177 178 179 2 ga_15
+ 178 179 180 2 ga_37
+ 178 179 181 2 ga_37
+ 180 179 181 2 ga_7
+ 179 180 183 2 ga_7
+ 179 181 182 2 ga_36
+ 179 181 185 2 ga_7
+ 182 181 185 2 ga_36
+ 180 183 184 2 ga_36
+ 180 183 185 2 ga_7
+ 184 183 185 2 ga_36
+ 181 185 183 2 ga_7
+ 181 185 186 2 ga_36
+ 183 185 186 2 ga_36
+ 177 187 188 2 ga_30
+ 177 187 189 2 ga_19
+ 188 187 189 2 ga_33
+ 187 189 190 2 ga_32
+ 187 189 191 2 ga_31
+ 190 189 191 2 ga_18
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+ 194 193 196 2 ga_27
+ 193 194 195 2 ga_25
+ 193 194 198 2 ga_27
+ 195 194 198 2 ga_25
+ 193 196 197 2 ga_25
+ 193 196 200 2 ga_27
+ 197 196 200 2 ga_25
+ 194 198 199 2 ga_25
+ 194 198 202 2 ga_27
+ 199 198 202 2 ga_25
+ 196 200 201 2 ga_25
+ 196 200 202 2 ga_27
+ 201 200 202 2 ga_25
+ 198 202 200 2 ga_27
+ 198 202 203 2 ga_25
+ 200 202 203 2 ga_25
+ 191 204 205 2 ga_22
+ 191 204 206 2 ga_22
+ 205 204 206 2 ga_38
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 10 1 gd_39
+ 1 5 6 7 1 gd_34
+ 1 5 10 12 1 gd_40
+ 5 6 7 8 1 gd_23
+ 5 10 12 14 1 gd_14
+ 10 12 14 18 1 gd_39
+ 12 14 15 16 1 gd_34
+ 12 14 18 20 1 gd_40
+ 14 18 20 22 1 gd_14
+ 18 20 22 39 1 gd_39
+ 20 22 23 24 1 gd_34
+ 20 22 39 41 1 gd_40
+ 22 23 24 27 1 gd_40
+ 22 39 41 43 1 gd_14
+ 39 41 43 57 1 gd_39
+ 41 43 44 45 1 gd_34
+ 41 43 57 59 1 gd_40
+ 43 44 45 46 1 gd_40
+ 50 54 55 56 1 gd_11
+ 43 57 59 61 1 gd_14
+ 57 59 61 70 1 gd_39
+ 59 61 62 63 1 gd_34
+ 59 61 70 72 1 gd_40
+ 61 62 63 64 1 gd_34
+ 62 63 64 65 1 gd_34
+ 63 64 65 66 1 gd_34
+ 64 65 66 67 1 gd_29
+ 61 70 72 74 1 gd_14
+ 70 72 74 80 1 gd_39
+ 72 74 75 76 1 gd_34
+ 72 74 80 82 1 gd_40
+ 74 75 76 77 1 gd_34
+ 75 76 77 79 1 gd_40
+ 74 80 82 84 1 gd_14
+ 80 82 84 101 1 gd_39
+ 82 84 85 86 1 gd_34
+ 82 84 101 103 1 gd_40
+ 84 85 86 89 1 gd_40
+ 84 101 103 104 1 gd_14
+ 101 103 104 108 1 gd_39
+ 104 103 107 106 1 gd_39
+ 103 104 105 106 1 gd_34
+ 103 104 108 110 1 gd_40
+ 104 105 106 107 1 gd_34
+ 105 106 107 103 1 gd_34
+ 104 108 110 111 1 gd_14
+ 108 110 111 115 1 gd_39
+ 111 110 114 113 1 gd_39
+ 110 111 112 113 1 gd_34
+ 110 111 115 117 1 gd_40
+ 111 112 113 114 1 gd_34
+ 112 113 114 110 1 gd_34
+ 111 115 117 119 1 gd_14
+ 115 117 119 123 1 gd_39
+ 117 119 120 121 1 gd_34
+ 117 119 123 125 1 gd_40
+ 119 120 121 122 1 gd_26
+ 119 123 125 127 1 gd_14
+ 123 125 127 140 1 gd_39
+ 125 127 128 129 1 gd_34
+ 125 127 140 142 1 gd_40
+ 127 128 129 130 1 gd_34
+ 128 129 130 131 1 gd_34
+ 129 130 131 133 1 gd_39
+ 130 131 133 134 1 gd_14
+ 131 133 134 135 1 gd_14
+ 131 133 137 138 1 gd_14
+ 127 140 142 144 1 gd_14
+ 140 142 144 154 1 gd_39
+ 142 144 145 146 1 gd_34
+ 142 144 154 156 1 gd_40
+ 144 145 146 147 1 gd_40
+ 144 154 156 158 1 gd_14
+ 154 156 158 165 1 gd_39
+ 156 158 159 160 1 gd_34
+ 156 158 165 167 1 gd_40
+ 158 159 160 162 1 gd_40
+ 159 160 162 163 1 gd_14
+ 158 165 167 169 1 gd_14
+ 165 167 169 173 1 gd_39
+ 167 169 170 171 1 gd_34
+ 167 169 173 175 1 gd_40
+ 169 170 171 172 1 gd_23
+ 169 173 175 177 1 gd_14
+ 173 175 177 187 1 gd_39
+ 175 177 178 179 1 gd_34
+ 175 177 187 189 1 gd_40
+ 177 178 179 180 1 gd_40
+ 177 187 189 191 1 gd_14
+ 187 189 191 204 1 gd_39
+ 189 191 192 193 1 gd_34
+ 189 191 204 206 1 gd_40
+ 191 192 193 194 1 gd_40
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 1 10 6 2 gi_2
+ 5 9 7 6 2 gi_2
+ 10 5 12 11 2 gi_1
+ 12 10 14 13 2 gi_1
+ 14 12 18 15 2 gi_2
+ 14 16 17 15 2 gi_2
+ 18 14 20 19 2 gi_1
+ 20 18 22 21 2 gi_1
+ 22 20 39 23 2 gi_2
+ 23 27 25 24 2 gi_1
+ 24 31 30 27 2 gi_1
+ 24 27 30 28 2 gi_1
+ 24 25 28 30 2 gi_1
+ 25 24 28 26 2 gi_1
+ 25 28 30 27 2 gi_1
+ 25 24 27 30 2 gi_1
+ 27 24 25 28 2 gi_1
+ 27 30 33 37 2 gi_1
+ 27 31 35 37 2 gi_1
+ 28 25 30 29 2 gi_1
+ 28 33 27 30 2 gi_1
+ 30 27 31 35 2 gi_1
+ 30 33 37 35 2 gi_1
+ 31 27 35 32 2 gi_1
+ 31 27 30 33 2 gi_1
+ 31 35 37 33 2 gi_1
+ 33 30 37 34 2 gi_1
+ 35 31 37 36 2 gi_1
+ 37 33 35 38 2 gi_1
+ 39 22 41 40 2 gi_1
+ 41 39 43 42 2 gi_1
+ 43 41 57 44 2 gi_2
+ 44 48 46 45 2 gi_1
+ 45 46 50 54 2 gi_1
+ 45 48 52 54 2 gi_1
+ 46 45 50 47 2 gi_1
+ 46 45 48 52 2 gi_1
+ 46 50 54 52 2 gi_1
+ 48 45 52 49 2 gi_1
+ 48 45 46 50 2 gi_1
+ 48 52 54 50 2 gi_1
+ 50 54 46 51 2 gi_1
+ 52 54 48 53 2 gi_1
+ 54 50 52 55 2 gi_1
+ 57 43 59 58 2 gi_1
+ 59 57 61 60 2 gi_1
+ 61 59 70 62 2 gi_2
+ 70 61 72 71 2 gi_1
+ 72 70 74 73 2 gi_1
+ 74 72 80 75 2 gi_2
+ 76 79 78 77 2 gi_1
+ 80 74 82 81 2 gi_1
+ 82 80 84 83 2 gi_1
+ 84 82 101 85 2 gi_2
+ 85 89 87 86 2 gi_1
+ 86 93 92 89 2 gi_1
+ 86 89 92 90 2 gi_1
+ 86 87 90 92 2 gi_1
+ 87 86 90 88 2 gi_1
+ 87 90 92 89 2 gi_1
+ 87 86 89 92 2 gi_1
+ 89 86 87 90 2 gi_1
+ 89 92 95 99 2 gi_1
+ 89 93 97 99 2 gi_1
+ 90 87 92 91 2 gi_1
+ 90 95 89 92 2 gi_1
+ 92 89 93 97 2 gi_1
+ 92 95 99 97 2 gi_1
+ 93 89 97 94 2 gi_1
+ 93 89 92 95 2 gi_1
+ 93 97 99 95 2 gi_1
+ 95 92 99 96 2 gi_1
+ 97 93 99 98 2 gi_1
+ 99 95 97 100 2 gi_1
+ 101 84 103 102 2 gi_1
+ 103 101 104 107 2 gi_1
+ 104 103 108 105 2 gi_2
+ 108 104 110 109 2 gi_1
+ 110 108 111 114 2 gi_1
+ 111 110 115 112 2 gi_2
+ 115 111 117 116 2 gi_1
+ 117 115 119 118 2 gi_1
+ 119 117 123 120 2 gi_2
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+ 127 125 140 128 2 gi_2
+ 131 130 133 132 2 gi_1
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+ 133 139 138 137 2 gi_1
+ 140 127 142 141 2 gi_1
+ 142 140 144 143 2 gi_1
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+ 146 148 152 150 2 gi_1
+ 146 147 150 152 2 gi_1
+ 147 150 152 148 2 gi_1
+ 147 146 148 152 2 gi_1
+ 148 146 152 149 2 gi_1
+ 148 146 147 150 2 gi_1
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+ 152 148 150 153 2 gi_1
+ 154 144 156 155 2 gi_1
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+ 158 156 165 159 2 gi_2
+ 159 162 161 160 2 gi_1
+ 160 164 163 162 2 gi_1
+ 165 158 167 166 2 gi_1
+ 167 165 169 168 2 gi_1
+ 169 167 173 170 2 gi_2
+ 173 169 175 174 2 gi_1
+ 175 173 177 176 2 gi_1
+ 177 175 187 178 2 gi_2
+ 178 181 180 179 2 gi_1
+ 179 181 185 183 2 gi_1
+ 179 180 183 185 2 gi_1
+ 180 183 185 181 2 gi_1
+ 180 179 181 185 2 gi_1
+ 181 179 185 182 2 gi_1
+ 181 179 180 183 2 gi_1
+ 183 180 185 184 2 gi_1
+ 185 181 183 186 2 gi_1
+ 187 177 189 188 2 gi_1
+ 189 187 191 190 2 gi_1
+ 191 189 204 192 2 gi_2
+ 192 196 194 193 2 gi_1
+ 193 194 198 202 2 gi_1
+ 193 196 200 202 2 gi_1
+ 194 193 198 195 2 gi_1
+ 194 193 196 200 2 gi_1
+ 194 198 202 200 2 gi_1
+ 196 193 200 197 2 gi_1
+ 196 193 194 198 2 gi_1
+ 196 200 202 198 2 gi_1
+ 198 202 194 199 2 gi_1
+ 200 202 196 201 2 gi_1
+ 202 198 200 203 2 gi_1
+ 204 191 206 205 2 gi_1
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "gromos53a6.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">252</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 12.011
+ 8 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 1.008
+ 11 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
+ 12 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 13 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 14.0067
+ 14 opls_241 3 CYS H 4 0.3 1.008
+ 15 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 12.011
+ 16 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 1.008
+ 17 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 12.011
+ 18 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 1.008
+ 19 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 1.008
+ 20 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
+ 21 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
+ 22 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
+ 23 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 24 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 14.0067
+ 25 opls_241 4 ASP H 8 0.3 1.008
+ 26 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 12.011
+ 27 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 1.008
+ 28 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 12.011
+ 29 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 1.008
+ 30 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 1.008
+ 31 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
+ 32 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
+ 33 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
+ 34 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
+ 35 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 36 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 14.0067
+ 37 opls_241 5 GLU H 12 0.3 1.008
+ 38 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 12.011
+ 39 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 1.008
+ 40 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 12.011
+ 41 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 1.008
+ 42 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 1.008
+ 43 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 12.011
+ 44 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 1.008
+ 45 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 1.008
+ 46 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
+ 47 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
+ 48 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
+ 49 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
+ 50 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 51 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 14.0067
+ 52 opls_241 6 PHE H 17 0.3 1.008
+ 53 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 12.011
+ 54 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 1.008
+ 55 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 12.011
+ 56 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 1.008
+ 57 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 1.008
+ 58 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
+ 59 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 12.011
+ 60 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 1.008
+ 61 opls_145 6 PHE CD2 20 -0.115 12.011
+ 62 opls_146 6 PHE HD2 20 0.115 1.008
+ 63 opls_145 6 PHE CE1 21 -0.115 12.011
+ 64 opls_146 6 PHE HE1 21 0.115 1.008
+ 65 opls_145 6 PHE CE2 22 -0.115 12.011
+ 66 opls_146 6 PHE HE2 22 0.115 1.008
+ 67 opls_145 6 PHE CZ 23 -0.115 12.011
+ 68 opls_146 6 PHE HZ 23 0.115 1.008
+ 69 opls_235 6 PHE C 24 0.5 12.011
+ 70 opls_236 6 PHE O 24 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 71 opls_238 7 GLY N 25 -0.5 14.0067
+ 72 opls_241 7 GLY H 25 0.3 1.008
+ 73 opls_223B 7 GLY CA 25 0.08 12.011
+ 74 opls_140 7 GLY HA1 25 0.06 1.008
+ 75 opls_140 7 GLY HA2 25 0.06 1.008
+ 76 opls_235 7 GLY C 26 0.5 12.011
+ 77 opls_236 7 GLY O 26 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISE q 0.0
+ 78 opls_238 8 HIS N 27 -0.5 14.0067
+ 79 opls_241 8 HIS H 27 0.3 1.008
+ 80 opls_224B 8 HIS CA 27 0.14 12.011
+ 81 opls_140 8 HIS HA 27 0.06 1.008
+ 82 opls_505 8 HIS CB 28 -0.005 12.011
+ 83 opls_140 8 HIS HB1 28 0.06 1.008
+ 84 opls_140 8 HIS HB2 28 0.06 1.008
+ 85 opls_507 8 HIS CG 29 -0.015 12.011
+ 86 opls_511 8 HIS ND1 29 -0.49 14.0067
+ 87 opls_508 8 HIS CD2 30 0.015 12.011
+ 88 opls_146 8 HIS HD2 30 0.115 1.008
+ 89 opls_506 8 HIS CE1 31 0.295 12.011
+ 90 opls_146 8 HIS HE1 31 0.115 1.008
+ 91 opls_503 8 HIS NE2 32 -0.57 14.0067
+ 92 opls_504 8 HIS HE2 32 0.42 1.008
+ 93 opls_235 8 HIS C 33 0.5 12.011
+ 94 opls_236 8 HIS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 opls_238 9 ILE N 34 -0.5 14.0067
+ 96 opls_241 9 ILE H 34 0.3 1.008
+ 97 opls_224B 9 ILE CA 34 0.14 12.011
+ 98 opls_140 9 ILE HA 34 0.06 1.008
+ 99 opls_137 9 ILE CB 35 -0.06 12.011
+ 100 opls_140 9 ILE HB 35 0.06 1.008
+ 101 opls_136 9 ILE CG1 36 -0.12 12.011
+ 102 opls_140 9 ILE HG11 36 0.06 1.008
+ 103 opls_140 9 ILE HG12 36 0.06 1.008
+ 104 opls_135 9 ILE CG2 37 -0.18 12.011
+ 105 opls_140 9 ILE HG21 37 0.06 1.008
+ 106 opls_140 9 ILE HG22 37 0.06 1.008
+ 107 opls_140 9 ILE HG23 37 0.06 1.008
+ 108 opls_135 9 ILE CD 38 -0.18 12.011
+ 109 opls_140 9 ILE HD1 38 0.06 1.008
+ 110 opls_140 9 ILE HD2 38 0.06 1.008
+ 111 opls_140 9 ILE HD3 38 0.06 1.008
+ 112 opls_235 9 ILE C 39 0.5 12.011
+ 113 opls_236 9 ILE O 39 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 114 opls_238 10 LYS N 40 -0.5 14.0067
+ 115 opls_241 10 LYS H 40 0.3 1.008
+ 116 opls_224B 10 LYS CA 40 0.14 12.011
+ 117 opls_140 10 LYS HA 40 0.06 1.008
+ 118 opls_136 10 LYS CB 41 -0.12 12.011
+ 119 opls_140 10 LYS HB1 41 0.06 1.008
+ 120 opls_140 10 LYS HB2 41 0.06 1.008
+ 121 opls_136 10 LYS CG 42 -0.12 12.011
+ 122 opls_140 10 LYS HG1 42 0.06 1.008
+ 123 opls_140 10 LYS HG2 42 0.06 1.008
+ 124 opls_136 10 LYS CD 43 -0.12 12.011
+ 125 opls_140 10 LYS HD1 43 0.06 1.008
+ 126 opls_140 10 LYS HD2 43 0.06 1.008
+ 127 opls_292 10 LYS CE 44 0.19 12.011
+ 128 opls_140 10 LYS HE1 44 0.06 1.008
+ 129 opls_140 10 LYS HE2 44 0.06 1.008
+ 130 opls_287 10 LYS NZ 45 -0.3 14.0067
+ 131 opls_290 10 LYS HZ1 45 0.33 1.008
+ 132 opls_290 10 LYS HZ2 45 0.33 1.008
+ 133 opls_290 10 LYS HZ3 45 0.33 1.008
+ 134 opls_235 10 LYS C 46 0.5 12.011
+ 135 opls_236 10 LYS O 46 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 136 opls_238 11 LEU N 47 -0.5 14.0067
+ 137 opls_241 11 LEU H 47 0.3 1.008
+ 138 opls_224B 11 LEU CA 47 0.14 12.011
+ 139 opls_140 11 LEU HA 47 0.06 1.008
+ 140 opls_136 11 LEU CB 48 -0.12 12.011
+ 141 opls_140 11 LEU HB1 48 0.06 1.008
+ 142 opls_140 11 LEU HB2 48 0.06 1.008
+ 143 opls_137 11 LEU CG 49 -0.06 12.011
+ 144 opls_140 11 LEU HG 49 0.06 1.008
+ 145 opls_135 11 LEU CD1 50 -0.18 12.011
+ 146 opls_140 11 LEU HD11 50 0.06 1.008
+ 147 opls_140 11 LEU HD12 50 0.06 1.008
+ 148 opls_140 11 LEU HD13 50 0.06 1.008
+ 149 opls_135 11 LEU CD2 51 -0.18 12.011
+ 150 opls_140 11 LEU HD21 51 0.06 1.008
+ 151 opls_140 11 LEU HD22 51 0.06 1.008
+ 152 opls_140 11 LEU HD23 51 0.06 1.008
+ 153 opls_235 11 LEU C 52 0.5 12.011
+ 154 opls_236 11 LEU O 52 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 155 opls_238 12 MET N 53 -0.5 14.0067
+ 156 opls_241 12 MET H 53 0.3 1.008
+ 157 opls_224B 12 MET CA 53 0.14 12.011
+ 158 opls_140 12 MET HA 53 0.06 1.008
+ 159 opls_136 12 MET CB 54 -0.12 12.011
+ 160 opls_140 12 MET HB1 54 0.06 1.008
+ 161 opls_140 12 MET HB2 54 0.06 1.008
+ 162 opls_210 12 MET CG 55 0.048 12.011
+ 163 opls_140 12 MET HG1 55 0.06 1.008
+ 164 opls_140 12 MET HG2 55 0.06 1.008
+ 165 opls_202 12 MET SD 56 -0.335 32.06
+ 166 opls_209 12 MET CE 57 -0.013 12.011
+ 167 opls_140 12 MET HE1 57 0.06 1.008
+ 168 opls_140 12 MET HE2 57 0.06 1.008
+ 169 opls_140 12 MET HE3 57 0.06 1.008
+ 170 opls_235 12 MET C 58 0.5 12.011
+ 171 opls_236 12 MET O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 172 opls_238 13 ASN N 59 -0.5 14.0067
+ 173 opls_241 13 ASN H 59 0.3 1.008
+ 174 opls_224B 13 ASN CA 60 0.14 12.011
+ 175 opls_140 13 ASN HA 60 0.06 1.008
+ 176 opls_136 13 ASN CB 61 -0.12 12.011
+ 177 opls_140 13 ASN HB1 61 0.06 1.008
+ 178 opls_140 13 ASN HB2 61 0.06 1.008
+ 179 opls_235 13 ASN CG 62 0.5 12.011
+ 180 opls_236 13 ASN OD1 62 -0.5 15.9994
+ 181 opls_237 13 ASN ND2 63 -0.76 14.0067
+ 182 opls_240 13 ASN HD21 63 0.38 1.008
+ 183 opls_240 13 ASN HD22 63 0.38 1.008
+ 184 opls_235 13 ASN C 64 0.5 12.011
+ 185 opls_236 13 ASN O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 186 opls_239 14 PRO N 65 -0.14 14.0067
+ 187 opls_246 14 PRO CA 65 0.01 12.011
+ 188 opls_140 14 PRO HA 65 0.06 1.008
+ 189 opls_136 14 PRO CB 66 -0.12 12.011
+ 190 opls_140 14 PRO HB1 66 0.06 1.008
+ 191 opls_140 14 PRO HB2 66 0.06 1.008
+ 192 opls_136 14 PRO CG 67 -0.12 12.011
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+ 196 opls_140 14 PRO HD1 68 0.06 1.008
+ 197 opls_140 14 PRO HD2 68 0.06 1.008
+ 198 opls_235 14 PRO C 69 0.5 12.011
+ 199 opls_236 14 PRO O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 200 opls_238 15 GLN N 70 -0.5 14.0067
+ 201 opls_241 15 GLN H 70 0.3 1.008
+ 202 opls_224B 15 GLN CA 71 0.14 12.011
+ 203 opls_140 15 GLN HA 71 0.06 1.008
+ 204 opls_136 15 GLN CB 72 -0.12 12.011
+ 205 opls_140 15 GLN HB1 72 0.06 1.008
+ 206 opls_140 15 GLN HB2 72 0.06 1.008
+ 207 opls_136 15 GLN CG 73 -0.12 12.011
+ 208 opls_140 15 GLN HG1 73 0.06 1.008
+ 209 opls_140 15 GLN HG2 73 0.06 1.008
+ 210 opls_235 15 GLN CD 74 0.5 12.011
+ 211 opls_236 15 GLN OE1 74 -0.5 15.9994
+ 212 opls_237 15 GLN NE2 75 -0.76 14.0067
+ 213 opls_240 15 GLN HE21 75 0.38 1.008
+ 214 opls_240 15 GLN HE22 75 0.38 1.008
+ 215 opls_235 15 GLN C 76 0.5 12.011
+ 216 opls_236 15 GLN O 76 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
+ 217 opls_238 16 ARG N 77 -0.5 14.0067
+ 218 opls_241 16 ARG H 77 0.3 1.008
+ 219 opls_224B 16 ARG CA 77 0.14 12.011
+ 220 opls_140 16 ARG HA 77 0.06 1.008
+ 221 opls_136 16 ARG CB 78 -0.12 12.011
+ 222 opls_140 16 ARG HB1 78 0.06 1.008
+ 223 opls_140 16 ARG HB2 78 0.06 1.008
+ 224 opls_308 16 ARG CG 79 -0.05 12.011
+ 225 opls_140 16 ARG HG1 79 0.06 1.008
+ 226 opls_140 16 ARG HG2 79 0.06 1.008
+ 227 opls_307 16 ARG CD 80 0.19 12.011
+ 228 opls_140 16 ARG HD1 80 0.06 1.008
+ 229 opls_140 16 ARG HD2 80 0.06 1.008
+ 230 opls_303 16 ARG NE 81 -0.7 14.0067
+ 231 opls_304 16 ARG HE 81 0.44 1.008
+ 232 opls_302 16 ARG CZ 81 0.64 12.011
+ 233 opls_300 16 ARG NH1 82 -0.8 14.0067
+ 234 opls_301 16 ARG HH11 82 0.46 1.008
+ 235 opls_301 16 ARG HH12 82 0.46 1.008
+ 236 opls_300 16 ARG NH2 83 -0.8 14.0067
+ 237 opls_301 16 ARG HH21 83 0.46 1.008
+ 238 opls_301 16 ARG HH22 83 0.46 1.008
+ 239 opls_235 16 ARG C 84 0.5 12.011
+ 240 opls_236 16 ARG O 84 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
+ 241 opls_238 17 SER N 85 -0.5 14.0067
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+
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+ 176 174 184 1
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+ 177 176 179 1
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+ 243 250 252 1
+ 251 250 252 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 6 3
+ 2 1 5 7 3
+ 2 1 5 11 3
+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
+ 3 1 5 11 3
+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 11 3
+ 1 5 7 8 3
+ 1 5 7 9 3
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+ 6 5 7 8 3
+ 6 5 7 9 3
+ 6 5 7 10 3
+ 11 5 7 8 3
+ 11 5 7 9 3
+ 11 5 7 10 3
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+ 6 5 11 13 3
+ 7 5 11 12 3
+ 7 5 11 13 3
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+ 12 11 13 15 3
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+ 14 13 15 22 3
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+ 17 15 22 24 3
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+ 25 24 26 34 3
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+ 37 36 38 49 3
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+ 69 53 55 58 3
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+ 51 53 69 71 3
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+ 54 53 69 71 3
+ 55 53 69 70 3
+ 55 53 69 71 3
+ 53 55 58 59 3
+ 53 55 58 61 3
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+ 56 55 58 61 3
+ 57 55 58 59 3
+ 57 55 58 61 3
+ 55 58 59 60 3
+ 55 58 59 63 3
+ 61 58 59 60 3
+ 61 58 59 63 3
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+ 55 58 61 65 3
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+ 59 58 61 65 3
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+ 66 65 67 68 3
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+ 53 69 71 73 3
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+ 70 69 71 73 3
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+ 74 73 76 78 3
+ 75 73 76 77 3
+ 75 73 76 78 3
+ 73 76 78 79 3
+ 73 76 78 80 3
+ 77 76 78 79 3
+ 77 76 78 80 3
+ 76 78 80 81 3
+ 76 78 80 82 3
+ 76 78 80 93 3
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+ 79 78 80 82 3
+ 79 78 80 93 3
+ 78 80 82 85 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 93 80 82 85 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 78 80 82 83 3
+ 78 80 82 84 3
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+ 81 80 82 84 3
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+ 93 80 82 84 3
+ 78 80 93 94 3
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+ 81 80 93 95 3
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+ 82 80 93 95 3
+ 80 82 85 86 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 80 82 85 87 3
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+ 85 86 89 91 3
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+ 88 87 91 92 3
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+ 86 89 91 92 3
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+ 90 89 91 92 3
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+ 80 93 95 97 3
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+ 94 93 95 97 3
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+ 93 95 97 112 3
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+ 96 95 97 99 3
+ 96 95 97 112 3
+ 95 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 95 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 112 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 112 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 95 97 99 100 3
+ 98 97 99 100 3
+ 98 97 99 101 3
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+ 112 97 99 100 3
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+ 95 97 112 114 3
+ 98 97 112 113 3
+ 98 97 112 114 3
+ 99 97 112 113 3
+ 99 97 112 114 3
+ 97 99 101 102 3
+ 97 99 101 103 3
+ 97 99 101 108 3
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+ 100 99 101 103 3
+ 100 99 101 108 3
+ 104 99 101 102 3
+ 104 99 101 103 3
+ 104 99 101 108 3
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+ 97 99 104 106 3
+ 97 99 104 107 3
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+ 100 99 104 107 3
+ 101 99 104 105 3
+ 101 99 104 106 3
+ 101 99 104 107 3
+ 99 101 108 109 3
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+ 99 101 108 111 3
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+ 102 101 108 110 3
+ 102 101 108 111 3
+ 103 101 108 109 3
+ 103 101 108 110 3
+ 103 101 108 111 3
+ 97 112 114 115 3
+ 97 112 114 116 3
+ 113 112 114 115 3
+ 113 112 114 116 3
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+ 112 114 116 118 3
+ 112 114 116 134 3
+ 115 114 116 117 3
+ 115 114 116 118 3
+ 115 114 116 134 3
+ 114 116 118 121 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
+ 134 116 118 121 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
+ 114 116 118 119 3
+ 114 116 118 120 3
+ 117 116 118 119 3
+ 117 116 118 120 3
+ 117 116 118 121 3
+ 134 116 118 119 3
+ 134 116 118 120 3
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+ 114 116 134 136 3
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+ 117 116 134 136 3
+ 118 116 134 135 3
+ 118 116 134 136 3
+ 116 118 121 122 3
+ 116 118 121 123 3
+ 116 118 121 124 3
+ 119 118 121 122 3
+ 119 118 121 123 3
+ 119 118 121 124 3
+ 120 118 121 122 3
+ 120 118 121 123 3
+ 120 118 121 124 3
+ 118 121 124 125 3
+ 118 121 124 126 3
+ 118 121 124 127 3
+ 122 121 124 125 3
+ 122 121 124 126 3
+ 122 121 124 127 3
+ 123 121 124 125 3
+ 123 121 124 126 3
+ 123 121 124 127 3
+ 121 124 127 128 3
+ 121 124 127 129 3
+ 121 124 127 130 3
+ 125 124 127 128 3
+ 125 124 127 129 3
+ 125 124 127 130 3
+ 126 124 127 128 3
+ 126 124 127 129 3
+ 126 124 127 130 3
+ 124 127 130 131 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 124 127 130 132 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 124 127 130 133 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
+ 128 127 130 131 3
+ 128 127 130 132 3
+ 128 127 130 133 3
+ 129 127 130 131 3
+ 129 127 130 132 3
+ 129 127 130 133 3
+ 116 134 136 137 3
+ 116 134 136 138 3
+ 135 134 136 137 3
+ 135 134 136 138 3
+ 134 136 138 139 3
+ 134 136 138 140 3
+ 134 136 138 153 3
+ 137 136 138 139 3
+ 137 136 138 140 3
+ 137 136 138 153 3
+ 136 138 140 143 3 dih_LEU_chi1_N_C_C_C
+ 153 138 140 143 3 dih_LEU_chi1_C_C_C_CO
+ 136 138 140 141 3
+ 136 138 140 142 3
+ 139 138 140 141 3
+ 139 138 140 142 3
+ 139 138 140 143 3
+ 153 138 140 141 3
+ 153 138 140 142 3
+ 136 138 153 154 3
+ 136 138 153 155 3
+ 139 138 153 154 3
+ 139 138 153 155 3
+ 140 138 153 154 3
+ 140 138 153 155 3
+ 138 140 143 144 3
+ 138 140 143 145 3
+ 138 140 143 149 3
+ 141 140 143 144 3
+ 141 140 143 145 3
+ 141 140 143 149 3
+ 142 140 143 144 3
+ 142 140 143 145 3
+ 142 140 143 149 3
+ 140 143 145 146 3
+ 140 143 145 147 3
+ 140 143 145 148 3
+ 144 143 145 146 3
+ 144 143 145 147 3
+ 144 143 145 148 3
+ 149 143 145 146 3
+ 149 143 145 147 3
+ 149 143 145 148 3
+ 140 143 149 150 3
+ 140 143 149 151 3
+ 140 143 149 152 3
+ 144 143 149 150 3
+ 144 143 149 151 3
+ 144 143 149 152 3
+ 145 143 149 150 3
+ 145 143 149 151 3
+ 145 143 149 152 3
+ 138 153 155 156 3
+ 138 153 155 157 3
+ 154 153 155 156 3
+ 154 153 155 157 3
+ 153 155 157 158 3
+ 153 155 157 159 3
+ 153 155 157 170 3
+ 156 155 157 158 3
+ 156 155 157 159 3
+ 156 155 157 170 3
+ 155 157 159 162 3 dih_MET_chi1_N_C_C_C
+ 170 157 159 162 3 dih_MET_chi1_C_C_C_CO
+ 155 157 159 160 3
+ 155 157 159 161 3
+ 158 157 159 160 3
+ 158 157 159 161 3
+ 158 157 159 162 3
+ 170 157 159 160 3
+ 170 157 159 161 3
+ 155 157 170 171 3
+ 155 157 170 172 3
+ 158 157 170 171 3
+ 158 157 170 172 3
+ 159 157 170 171 3
+ 159 157 170 172 3
+ 157 159 162 163 3
+ 157 159 162 164 3
+ 157 159 162 165 3
+ 160 159 162 163 3
+ 160 159 162 164 3
+ 160 159 162 165 3
+ 161 159 162 163 3
+ 161 159 162 164 3
+ 161 159 162 165 3
+ 159 162 165 166 3
+ 163 162 165 166 3
+ 164 162 165 166 3
+ 162 165 166 167 3
+ 162 165 166 168 3
+ 162 165 166 169 3
+ 157 170 172 173 3
+ 157 170 172 174 3
+ 171 170 172 173 3
+ 171 170 172 174 3
+ 170 172 174 175 3
+ 170 172 174 176 3
+ 170 172 174 184 3
+ 173 172 174 175 3
+ 173 172 174 176 3
+ 173 172 174 184 3
+ 172 174 176 179 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
+ 184 174 176 179 3 dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
+ 172 174 176 177 3
+ 172 174 176 178 3
+ 175 174 176 177 3
+ 175 174 176 178 3
+ 175 174 176 179 3
+ 184 174 176 177 3
+ 184 174 176 178 3
+ 172 174 184 185 3
+ 172 174 184 186 3
+ 175 174 184 185 3
+ 175 174 184 186 3
+ 176 174 184 185 3
+ 176 174 184 186 3
+ 174 176 179 181 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
+ 174 176 179 180 3
+ 177 176 179 180 3
+ 177 176 179 181 3
+ 178 176 179 180 3
+ 178 176 179 181 3
+ 176 179 181 182 3
+ 176 179 181 183 3
+ 180 179 181 182 3
+ 180 179 181 183 3
+ 174 184 186 187 3
+ 174 184 186 195 3
+ 185 184 186 187 3
+ 185 184 186 195 3
+ 184 186 187 188 3
+ 184 186 187 189 3
+ 184 186 187 198 3
+ 195 186 187 188 3
+ 195 186 187 189 3
+ 195 186 187 198 3
+ 184 186 195 192 3
+ 184 186 195 196 3
+ 184 186 195 197 3
+ 187 186 195 192 3
+ 187 186 195 196 3
+ 187 186 195 197 3
+ 186 187 189 190 3
+ 186 187 189 191 3
+ 186 187 189 192 3
+ 188 187 189 190 3
+ 188 187 189 191 3
+ 188 187 189 192 3
+ 198 187 189 190 3
+ 198 187 189 191 3
+ 198 187 189 192 3
+ 186 187 198 199 3
+ 186 187 198 200 3
+ 188 187 198 199 3
+ 188 187 198 200 3
+ 189 187 198 199 3
+ 189 187 198 200 3
+ 187 189 192 193 3
+ 187 189 192 194 3
+ 187 189 192 195 3
+ 190 189 192 193 3
+ 190 189 192 194 3
+ 190 189 192 195 3
+ 191 189 192 193 3
+ 191 189 192 194 3
+ 191 189 192 195 3
+ 189 192 195 186 3
+ 189 192 195 196 3
+ 189 192 195 197 3
+ 193 192 195 186 3
+ 193 192 195 196 3
+ 193 192 195 197 3
+ 194 192 195 186 3
+ 194 192 195 196 3
+ 194 192 195 197 3
+ 187 198 200 201 3
+ 187 198 200 202 3
+ 199 198 200 201 3
+ 199 198 200 202 3
+ 198 200 202 203 3
+ 198 200 202 204 3
+ 198 200 202 215 3
+ 201 200 202 203 3
+ 201 200 202 204 3
+ 201 200 202 215 3
+ 200 202 204 207 3 dih_GLN_chi1_N_C_C_C
+ 215 202 204 207 3 dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
+ 200 202 204 205 3
+ 200 202 204 206 3
+ 203 202 204 205 3
+ 203 202 204 206 3
+ 203 202 204 207 3
+ 215 202 204 205 3
+ 215 202 204 206 3
+ 200 202 215 216 3
+ 200 202 215 217 3
+ 203 202 215 216 3
+ 203 202 215 217 3
+ 204 202 215 216 3
+ 204 202 215 217 3
+ 202 204 207 208 3
+ 202 204 207 209 3
+ 202 204 207 210 3
+ 205 204 207 208 3
+ 205 204 207 209 3
+ 205 204 207 210 3
+ 206 204 207 208 3
+ 206 204 207 209 3
+ 206 204 207 210 3
+ 204 207 210 212 3 dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
+ 204 207 210 211 3
+ 208 207 210 211 3
+ 208 207 210 212 3
+ 209 207 210 211 3
+ 209 207 210 212 3
+ 207 210 212 213 3
+ 207 210 212 214 3
+ 211 210 212 213 3
+ 211 210 212 214 3
+ 202 215 217 218 3
+ 202 215 217 219 3
+ 216 215 217 218 3
+ 216 215 217 219 3
+ 215 217 219 220 3
+ 215 217 219 221 3
+ 215 217 219 239 3
+ 218 217 219 220 3
+ 218 217 219 221 3
+ 218 217 219 239 3
+ 217 219 221 224 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 239 219 221 224 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
+ 217 219 221 222 3
+ 217 219 221 223 3
+ 220 219 221 222 3
+ 220 219 221 223 3
+ 220 219 221 224 3
+ 239 219 221 222 3
+ 239 219 221 223 3
+ 217 219 239 240 3
+ 217 219 239 241 3
+ 220 219 239 240 3
+ 220 219 239 241 3
+ 221 219 239 240 3
+ 221 219 239 241 3
+ 219 221 224 225 3
+ 219 221 224 226 3
+ 219 221 224 227 3
+ 222 221 224 225 3
+ 222 221 224 226 3
+ 222 221 224 227 3
+ 223 221 224 225 3
+ 223 221 224 226 3
+ 223 221 224 227 3
+ 221 224 227 228 3
+ 221 224 227 229 3
+ 221 224 227 230 3
+ 225 224 227 228 3
+ 225 224 227 229 3
+ 225 224 227 230 3
+ 226 224 227 228 3
+ 226 224 227 229 3
+ 226 224 227 230 3
+ 224 227 230 231 3
+ 224 227 230 232 3
+ 228 227 230 231 3
+ 228 227 230 232 3
+ 229 227 230 231 3
+ 229 227 230 232 3
+ 227 230 232 233 3
+ 227 230 232 236 3
+ 231 230 232 233 3
+ 231 230 232 236 3
+ 230 232 233 234 3
+ 230 232 233 235 3
+ 236 232 233 234 3
+ 236 232 233 235 3
+ 230 232 236 237 3
+ 230 232 236 238 3
+ 233 232 236 237 3
+ 233 232 236 238 3
+ 219 239 241 242 3
+ 219 239 241 243 3
+ 240 239 241 242 3
+ 240 239 241 243 3
+ 239 241 243 244 3
+ 239 241 243 245 3
+ 239 241 243 250 3
+ 242 241 243 244 3
+ 242 241 243 245 3
+ 242 241 243 250 3
+ 241 243 245 248 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 250 243 245 248 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 241 243 245 246 3
+ 241 243 245 247 3
+ 244 243 245 246 3
+ 244 243 245 247 3
+ 244 243 245 248 3
+ 250 243 245 246 3
+ 250 243 245 247 3
+ 241 243 250 251 3
+ 241 243 250 252 3
+ 244 243 250 251 3
+ 244 243 250 252 3
+ 245 243 250 251 3
+ 245 243 250 252 3
+ 243 245 248 249 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 246 245 248 249 3
+ 247 245 248 249 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
+ 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
+ 15 24 22 23 1 improper_O_C_X_Y
+ 22 26 24 25 1 improper_Z_N_X_Y
+ 26 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
+ 28 32 31 33 1 improper_O_C_X_Y
+ 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
+ 43 47 46 48 1 improper_O_C_X_Y
+ 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
+ 53 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
+ 55 58 61 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 65 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 61 67 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 65 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
+ 73 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
+ 80 95 93 94 1 improper_O_C_X_Y
+ 82 85 87 86 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 85 91 87 88 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 86 91 89 90 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 89 87 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 97 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
+ 97 114 112 113 1 improper_O_C_X_Y
+ 112 116 114 115 1 improper_Z_N_X_Y
+ 116 136 134 135 1 improper_O_C_X_Y
+ 134 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
+ 138 155 153 154 1 improper_O_C_X_Y
+ 153 157 155 156 1 improper_Z_N_X_Y
+ 157 172 170 171 1 improper_O_C_X_Y
+ 170 174 172 173 1 improper_Z_N_X_Y
+ 174 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
+ 176 181 179 180 1 improper_O_C_X_Y
+ 179 182 181 183 1 improper_Z_N_X_Y
+ 184 187 186 195 1 improper_Z_N_X_Y
+ 187 200 198 199 1 improper_O_C_X_Y
+ 198 202 200 201 1 improper_Z_N_X_Y
+ 202 217 215 216 1 improper_O_C_X_Y
+ 207 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
+ 210 213 212 214 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 219 217 218 1 improper_Z_N_X_Y
+ 219 241 239 240 1 improper_O_C_X_Y
+ 227 232 230 231 1 improper_Z_N_X_Y
+ 230 233 232 236 1 improper_O_C_X_Y
+ 232 234 233 235 1 improper_Z_N_X_Y
+ 232 237 236 238 1 improper_Z_N_X_Y
+ 239 243 241 242 1 improper_Z_N_X_Y
+ 243 251 250 252 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">281</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 opls_287 18 THR N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 18 THR H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 18 THR H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 18 THR H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 18 THR HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_158 18 THR CB 2 0.205 12.011
+ 8 opls_140 18 THR HB 2 0.06 1.008
+ 9 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
+ 10 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
+ 11 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 12.011
+ 12 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 1.008
+ 13 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 1.008
+ 14 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 1.008
+ 15 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
+ 16 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 14.0067
+ 18 opls_241 19 VAL H 5 0.3 1.008
+ 19 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 12.011
+ 20 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 1.008
+ 21 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 12.011
+ 22 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 1.008
+ 23 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 12.011
+ 24 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 1.008
+ 25 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 1.008
+ 26 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 1.008
+ 27 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 12.011
+ 28 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 1.008
+ 29 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 1.008
+ 30 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 1.008
+ 31 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
+ 32 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 33 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 14.0067
+ 34 opls_241 20 TRP H 10 0.3 1.008
+ 35 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 12.011
+ 36 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 1.008
+ 37 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 12.011
+ 38 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 1.008
+ 39 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 1.008
+ 40 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
+ 41 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 12.011
+ 42 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 1.008
+ 43 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
+ 44 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 14.0067
+ 45 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 1.008
+ 46 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
+ 47 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 12.011
+ 48 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 1.008
+ 49 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 12.011
+ 50 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 1.008
+ 51 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 12.011
+ 52 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 1.008
+ 53 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 12.011
+ 54 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 1.008
+ 55 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
+ 56 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 57 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 14.0067
+ 58 opls_241 21 TYR H 21 0.3 1.008
+ 59 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 12.011
+ 60 opls_140 21 TYR HA 21 0.06 1.008
+ 61 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 12.011
+ 62 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 1.008
+ 63 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 1.008
+ 64 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
+ 65 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 12.011
+ 66 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 1.008
+ 67 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 12.011
+ 68 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 1.008
+ 69 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 12.011
+ 70 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 1.008
+ 71 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 12.011
+ 72 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 1.008
+ 73 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
+ 74 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
+ 75 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
+ 76 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
+ 77 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 78 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 14.0067
+ 79 opls_241 22 LYS H 29 0.3 1.008
+ 80 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 12.011
+ 81 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 1.008
+ 82 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 12.011
+ 83 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 1.008
+ 84 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 1.008
+ 85 opls_136 22 LYS CG 31 -0.12 12.011
+ 86 opls_140 22 LYS HG1 31 0.06 1.008
+ 87 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 1.008
+ 88 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 12.011
+ 89 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 1.008
+ 90 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 1.008
+ 91 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 12.011
+ 92 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 1.008
+ 93 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 1.008
+ 94 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 14.0067
+ 95 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 1.008
+ 96 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 1.008
+ 97 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 1.008
+ 98 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
+ 99 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 100 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 14.0067
+ 101 opls_241 23 GLU H 36 0.3 1.008
+ 102 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 12.011
+ 103 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 1.008
+ 104 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 12.011
+ 105 opls_140 23 GLU HB1 37 0.06 1.008
+ 106 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 1.008
+ 107 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 12.011
+ 108 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 1.008
+ 109 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 1.008
+ 110 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
+ 111 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
+ 112 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
+ 113 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
+ 114 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 115 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 14.0067
+ 116 opls_241 24 TRP H 41 0.3 1.008
+ 117 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 12.011
+ 118 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 1.008
+ 119 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 12.011
+ 120 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 1.008
+ 121 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 1.008
+ 122 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
+ 123 opls_514 24 TRP CD1 44 -0.115 12.011
+ 124 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 1.008
+ 125 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
+ 126 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 14.0067
+ 127 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 1.008
+ 128 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
+ 129 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 12.011
+ 130 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 1.008
+ 131 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 12.011
+ 132 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 1.008
+ 133 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 12.011
+ 134 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 1.008
+ 135 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 12.011
+ 136 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 1.008
+ 137 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
+ 138 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 139 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
+ 140 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 12.011
+ 141 opls_140 25 PRO HA 52 0.06 1.008
+ 142 opls_136 25 PRO CB 53 -0.12 12.011
+ 143 opls_140 25 PRO HB1 53 0.06 1.008
+ 144 opls_140 25 PRO HB2 53 0.06 1.008
+ 145 opls_136 25 PRO CG 54 -0.12 12.011
+ 146 opls_140 25 PRO HG1 54 0.06 1.008
+ 147 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 1.008
+ 148 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 12.011
+ 149 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 1.008
+ 150 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 1.008
+ 151 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
+ 152 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 153 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
+ 154 opls_246 26 PRO CA 57 0.01 12.011
+ 155 opls_140 26 PRO HA 57 0.06 1.008
+ 156 opls_136 26 PRO CB 58 -0.12 12.011
+ 157 opls_140 26 PRO HB1 58 0.06 1.008
+ 158 opls_140 26 PRO HB2 58 0.06 1.008
+ 159 opls_136 26 PRO CG 59 -0.12 12.011
+ 160 opls_140 26 PRO HG1 59 0.06 1.008
+ 161 opls_140 26 PRO HG2 59 0.06 1.008
+ 162 opls_245 26 PRO CD 60 -0.05 12.011
+ 163 opls_140 26 PRO HD1 60 0.06 1.008
+ 164 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 1.008
+ 165 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
+ 166 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 167 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 14.0067
+ 168 opls_241 27 CYS H 62 0.3 1.008
+ 169 opls_224B 27 CYS CA 62 0.14 12.011
+ 170 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 1.008
+ 171 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 12.011
+ 172 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 1.008
+ 173 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 1.008
+ 174 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
+ 175 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
+ 176 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
+ 177 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 178 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 14.0067
+ 179 opls_241 28 ARG H 66 0.3 1.008
+ 180 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 12.011
+ 181 opls_140 28 ARG HA 66 0.06 1.008
+ 182 opls_136 28 ARG CB 67 -0.12 12.011
+ 183 opls_140 28 ARG HB1 67 0.06 1.008
+ 184 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 1.008
+ 185 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 12.011
+ 186 opls_140 28 ARG HG1 68 0.06 1.008
+ 187 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 1.008
+ 188 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 12.011
+ 189 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 1.008
+ 190 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 1.008
+ 191 opls_303 28 ARG NE 70 -0.7 14.0067
+ 192 opls_304 28 ARG HE 70 0.44 1.008
+ 193 opls_302 28 ARG CZ 70 0.64 12.011
+ 194 opls_300 28 ARG NH1 71 -0.8 14.0067
+ 195 opls_301 28 ARG HH11 71 0.46 1.008
+ 196 opls_301 28 ARG HH12 71 0.46 1.008
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+; residue 29 HIS rtp HISE q 0.0
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+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
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+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
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+
+[ bonds ]
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
+ 3 1 5 15 3
+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 15 3
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+ 6 5 7 8 3
+ 6 5 7 9 3
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+ 15 5 7 8 3
+ 15 5 7 11 3
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+ 1 5 15 17 3
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+ 6 5 15 17 3
+ 7 5 15 16 3
+ 7 5 15 17 3
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+ 5 15 17 19 3
+ 16 15 17 18 3
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+ 15 17 19 20 3
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+ 18 17 19 31 3
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+ 154 156 159 161 3
+ 154 156 159 162 3
+ 157 156 159 160 3
+ 157 156 159 161 3
+ 157 156 159 162 3
+ 158 156 159 160 3
+ 158 156 159 161 3
+ 158 156 159 162 3
+ 156 159 162 153 3
+ 156 159 162 163 3
+ 156 159 162 164 3
+ 160 159 162 153 3
+ 160 159 162 163 3
+ 160 159 162 164 3
+ 161 159 162 153 3
+ 161 159 162 163 3
+ 161 159 162 164 3
+ 154 165 167 168 3
+ 154 165 167 169 3
+ 166 165 167 168 3
+ 166 165 167 169 3
+ 165 167 169 170 3
+ 165 167 169 171 3
+ 165 167 169 176 3
+ 168 167 169 170 3
+ 168 167 169 171 3
+ 168 167 169 176 3
+ 167 169 171 174 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
+ 176 169 171 174 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
+ 167 169 171 172 3
+ 167 169 171 173 3
+ 170 169 171 172 3
+ 170 169 171 173 3
+ 170 169 171 174 3
+ 176 169 171 172 3
+ 176 169 171 173 3
+ 167 169 176 177 3
+ 167 169 176 178 3
+ 170 169 176 177 3
+ 170 169 176 178 3
+ 171 169 176 177 3
+ 171 169 176 178 3
+ 169 171 174 175 3
+ 172 171 174 175 3
+ 173 171 174 175 3
+ 169 176 178 179 3
+ 169 176 178 180 3
+ 177 176 178 179 3
+ 177 176 178 180 3
+ 176 178 180 181 3
+ 176 178 180 182 3
+ 176 178 180 200 3
+ 179 178 180 181 3
+ 179 178 180 182 3
+ 179 178 180 200 3
+ 178 180 182 185 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 200 180 182 185 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
+ 178 180 182 183 3
+ 178 180 182 184 3
+ 181 180 182 183 3
+ 181 180 182 184 3
+ 181 180 182 185 3
+ 200 180 182 183 3
+ 200 180 182 184 3
+ 178 180 200 201 3
+ 178 180 200 202 3
+ 181 180 200 201 3
+ 181 180 200 202 3
+ 182 180 200 201 3
+ 182 180 200 202 3
+ 180 182 185 186 3
+ 180 182 185 187 3
+ 180 182 185 188 3
+ 183 182 185 186 3
+ 183 182 185 187 3
+ 183 182 185 188 3
+ 184 182 185 186 3
+ 184 182 185 187 3
+ 184 182 185 188 3
+ 182 185 188 189 3
+ 182 185 188 190 3
+ 182 185 188 191 3
+ 186 185 188 189 3
+ 186 185 188 190 3
+ 186 185 188 191 3
+ 187 185 188 189 3
+ 187 185 188 190 3
+ 187 185 188 191 3
+ 185 188 191 192 3
+ 185 188 191 193 3
+ 189 188 191 192 3
+ 189 188 191 193 3
+ 190 188 191 192 3
+ 190 188 191 193 3
+ 188 191 193 194 3
+ 188 191 193 197 3
+ 192 191 193 194 3
+ 192 191 193 197 3
+ 191 193 194 195 3
+ 191 193 194 196 3
+ 197 193 194 195 3
+ 197 193 194 196 3
+ 191 193 197 198 3
+ 191 193 197 199 3
+ 194 193 197 198 3
+ 194 193 197 199 3
+ 180 200 202 203 3
+ 180 200 202 204 3
+ 201 200 202 203 3
+ 201 200 202 204 3
+ 200 202 204 205 3
+ 200 202 204 206 3
+ 200 202 204 217 3
+ 203 202 204 205 3
+ 203 202 204 206 3
+ 203 202 204 217 3
+ 202 204 206 209 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 217 204 206 209 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 202 204 206 207 3
+ 202 204 206 208 3
+ 205 204 206 207 3
+ 205 204 206 208 3
+ 205 204 206 209 3
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+ 217 204 206 208 3
+ 202 204 217 218 3
+ 202 204 217 219 3
+ 205 204 217 218 3
+ 205 204 217 219 3
+ 206 204 217 218 3
+ 206 204 217 219 3
+ 204 206 209 210 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 204 206 209 211 3
+ 207 206 209 210 3
+ 207 206 209 211 3
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+ 208 206 209 211 3
+ 206 209 210 213 3
+ 211 209 210 213 3
+ 206 209 211 212 3
+ 206 209 211 215 3
+ 210 209 211 212 3
+ 210 209 211 215 3
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+ 209 210 213 215 3
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+ 212 211 215 216 3
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+ 210 213 215 216 3
+ 214 213 215 211 3
+ 214 213 215 216 3
+ 204 217 219 220 3
+ 204 217 219 221 3
+ 218 217 219 220 3
+ 218 217 219 221 3
+ 217 219 221 222 3
+ 217 219 221 223 3
+ 217 219 221 231 3
+ 220 219 221 222 3
+ 220 219 221 223 3
+ 220 219 221 231 3
+ 219 221 223 226 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
+ 231 221 223 226 3 dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
+ 219 221 223 224 3
+ 219 221 223 225 3
+ 222 221 223 224 3
+ 222 221 223 225 3
+ 222 221 223 226 3
+ 231 221 223 224 3
+ 231 221 223 225 3
+ 219 221 231 232 3
+ 219 221 231 233 3
+ 222 221 231 232 3
+ 222 221 231 233 3
+ 223 221 231 232 3
+ 223 221 231 233 3
+ 221 223 226 228 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
+ 221 223 226 227 3
+ 224 223 226 227 3
+ 224 223 226 228 3
+ 225 223 226 227 3
+ 225 223 226 228 3
+ 223 226 228 229 3
+ 223 226 228 230 3
+ 227 226 228 229 3
+ 227 226 228 230 3
+ 221 231 233 234 3
+ 221 231 233 235 3
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+ 231 233 235 242 3
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+ 234 233 235 242 3
+ 233 235 237 240 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 242 235 237 240 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 233 235 237 238 3
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+ 233 235 242 244 3
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+ 236 235 242 244 3
+ 237 235 242 243 3
+ 237 235 242 244 3
+ 235 237 240 241 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 238 237 240 241 3
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+ 245 244 246 248 3
+ 245 244 246 259 3
+ 244 246 248 251 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 259 246 248 251 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 244 246 248 249 3
+ 244 246 248 250 3
+ 247 246 248 249 3
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+ 259 246 248 250 3
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+ 247 246 259 261 3
+ 248 246 259 260 3
+ 248 246 259 261 3
+ 246 248 251 252 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 246 248 251 253 3
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+ 249 248 251 253 3
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+ 250 248 251 253 3
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+ 254 253 257 258 3
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+ 252 255 257 258 3
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+ 256 255 257 258 3
+ 246 259 261 262 3
+ 246 259 261 263 3
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+ 270 269 273 277 3
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+ 271 275 277 278 3
+ 276 275 277 273 3
+ 276 275 277 278 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 33 31 32 1 improper_O_C_X_Y
+ 31 35 33 34 1 improper_Z_N_X_Y
+ 35 57 55 56 1 improper_O_C_X_Y
+ 37 40 43 41 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 40 44 41 42 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 41 46 44 45 1 improper_Z_N_X_Y
+ 46 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 48 47 43 51 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 49 51 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 52 51 47 53 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 59 57 58 1 improper_Z_N_X_Y
+ 59 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 61 64 67 65 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 64 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 64 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 73 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 67 73 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 71 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
+ 80 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
+ 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 102 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
+ 107 111 110 112 1 improper_O_C_X_Y
+ 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
+ 117 139 137 138 1 improper_O_C_X_Y
+ 119 122 125 123 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 122 126 123 124 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 123 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
+ 128 135 131 132 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 130 129 125 133 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 131 133 135 136 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 134 133 129 135 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 137 140 139 148 1 improper_Z_N_X_Y
+ 140 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
+ 151 154 153 162 1 improper_Z_N_X_Y
+ 154 167 165 166 1 improper_O_C_X_Y
+ 165 169 167 168 1 improper_Z_N_X_Y
+ 169 178 176 177 1 improper_O_C_X_Y
+ 176 180 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
+ 180 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 188 193 191 192 1 improper_Z_N_X_Y
+ 191 194 193 197 1 improper_O_C_X_Y
+ 193 195 194 196 1 improper_Z_N_X_Y
+ 193 198 197 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 219 217 218 1 improper_O_C_X_Y
+ 206 209 211 210 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 209 215 211 212 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 210 215 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 213 211 215 216 1 improper_Z_N_X_Y
+ 217 221 219 220 1 improper_Z_N_X_Y
+ 221 233 231 232 1 improper_O_C_X_Y
+ 223 228 226 227 1 improper_O_C_X_Y
+ 226 229 228 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 235 233 234 1 improper_Z_N_X_Y
+ 235 244 242 243 1 improper_O_C_X_Y
+ 242 246 244 245 1 improper_Z_N_X_Y
+ 246 261 259 260 1 improper_O_C_X_Y
+ 248 251 253 252 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 251 257 253 254 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 252 257 255 256 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 255 253 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
+ 259 263 261 262 1 improper_Z_N_X_Y
+ 263 280 279 281 1 improper_O_C_X_Y
+ 265 268 271 269 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 268 273 269 270 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 268 275 271 272 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 269 277 273 274 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 271 277 275 276 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 273 275 277 278 1 improper_Z_CA_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">255</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 12.011
+ 8 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 1.008
+ 11 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
+ 12 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 13 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 14.0067
+ 14 opls_241 35 VAL H 4 0.3 1.008
+ 15 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 12.011
+ 16 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 1.008
+ 17 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 12.011
+ 18 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 1.008
+ 19 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 12.011
+ 20 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 1.008
+ 21 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 1.008
+ 22 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 1.008
+ 23 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 12.011
+ 24 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 1.008
+ 25 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 1.008
+ 26 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 1.008
+ 27 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
+ 28 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 29 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
+ 30 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 12.011
+ 31 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 1.008
+ 32 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 12.011
+ 33 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 1.008
+ 34 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 1.008
+ 35 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 12.011
+ 36 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 1.008
+ 37 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 1.008
+ 38 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 12.011
+ 39 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 1.008
+ 40 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 1.008
+ 41 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
+ 42 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 43 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 14.0067
+ 44 opls_241 37 GLY H 14 0.3 1.008
+ 45 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 12.011
+ 46 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 1.008
+ 47 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 1.008
+ 48 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
+ 49 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 50 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 14.0067
+ 51 opls_241 38 TYR H 16 0.3 1.008
+ 52 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 12.011
+ 53 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 1.008
+ 54 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 12.011
+ 55 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 1.008
+ 56 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 1.008
+ 57 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
+ 58 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 12.011
+ 59 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 1.008
+ 60 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 12.011
+ 61 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 1.008
+ 62 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 12.011
+ 63 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 1.008
+ 64 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 12.011
+ 65 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 1.008
+ 66 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
+ 67 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
+ 68 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
+ 69 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
+ 70 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 71 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 14.0067
+ 72 opls_241 39 ASP H 24 0.3 1.008
+ 73 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 12.011
+ 74 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 1.008
+ 75 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 12.011
+ 76 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 1.008
+ 77 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 1.008
+ 78 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
+ 79 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
+ 80 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
+ 81 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
+ 82 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 83 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 14.0067
+ 84 opls_241 40 LYS H 28 0.3 1.008
+ 85 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 12.011
+ 86 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 1.008
+ 87 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 12.011
+ 88 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 1.008
+ 89 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 1.008
+ 90 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 12.011
+ 91 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 1.008
+ 92 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 1.008
+ 93 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 12.011
+ 94 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 1.008
+ 95 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 1.008
+ 96 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 12.011
+ 97 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 1.008
+ 98 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 1.008
+ 99 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 14.0067
+ 100 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 1.008
+ 101 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 1.008
+ 102 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 1.008
+ 103 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
+ 104 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 105 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 14.0067
+ 106 opls_241 41 ILE H 35 0.3 1.008
+ 107 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 12.011
+ 108 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 1.008
+ 109 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 12.011
+ 110 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 1.008
+ 111 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 12.011
+ 112 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 1.008
+ 113 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 1.008
+ 114 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 12.011
+ 115 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 1.008
+ 116 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 1.008
+ 117 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 1.008
+ 118 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 12.011
+ 119 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 1.008
+ 120 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 1.008
+ 121 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 1.008
+ 122 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
+ 123 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 124 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
+ 125 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 12.011
+ 126 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 1.008
+ 127 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 12.011
+ 128 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 1.008
+ 129 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 1.008
+ 130 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 12.011
+ 131 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 1.008
+ 132 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 1.008
+ 133 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 12.011
+ 134 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 1.008
+ 135 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 1.008
+ 136 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
+ 137 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 138 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 14.0067
+ 139 opls_241 43 ASP H 46 0.3 1.008
+ 140 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 12.011
+ 141 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 1.008
+ 142 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 12.011
+ 143 opls_140 43 ASP HB1 47 0.06 1.008
+ 144 opls_140 43 ASP HB2 47 0.06 1.008
+ 145 opls_271 43 ASP CG 48 0.7 12.011
+ 146 opls_272 43 ASP OD1 48 -0.8 15.9994
+ 147 opls_272 43 ASP OD2 48 -0.8 15.9994
+ 148 opls_235 43 ASP C 49 0.5 12.011
+ 149 opls_236 43 ASP O 49 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 150 opls_238 44 TYR N 50 -0.5 14.0067
+ 151 opls_241 44 TYR H 50 0.3 1.008
+ 152 opls_224B 44 TYR CA 50 0.14 12.011
+ 153 opls_140 44 TYR HA 50 0.06 1.008
+ 154 opls_149 44 TYR CB 51 -0.005 12.011
+ 155 opls_140 44 TYR HB1 51 0.06 1.008
+ 156 opls_140 44 TYR HB2 51 0.06 1.008
+ 157 opls_145 44 TYR CG 51 -0.115 12.011
+ 158 opls_145 44 TYR CD1 52 -0.115 12.011
+ 159 opls_146 44 TYR HD1 52 0.115 1.008
+ 160 opls_145 44 TYR CD2 53 -0.115 12.011
+ 161 opls_146 44 TYR HD2 53 0.115 1.008
+ 162 opls_145 44 TYR CE1 54 -0.115 12.011
+ 163 opls_146 44 TYR HE1 54 0.115 1.008
+ 164 opls_145 44 TYR CE2 55 -0.115 12.011
+ 165 opls_146 44 TYR HE2 55 0.115 1.008
+ 166 opls_166 44 TYR CZ 56 0.15 12.011
+ 167 opls_167 44 TYR OH 56 -0.585 15.9994
+ 168 opls_168 44 TYR HH 56 0.435 1.008
+ 169 opls_235 44 TYR C 57 0.5 12.011
+ 170 opls_236 44 TYR O 57 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISE q 0.0
+ 171 opls_238 45 HIS N 58 -0.5 14.0067
+ 172 opls_241 45 HIS H 58 0.3 1.008
+ 173 opls_224B 45 HIS CA 58 0.14 12.011
+ 174 opls_140 45 HIS HA 58 0.06 1.008
+ 175 opls_505 45 HIS CB 59 -0.005 12.011
+ 176 opls_140 45 HIS HB1 59 0.06 1.008
+ 177 opls_140 45 HIS HB2 59 0.06 1.008
+ 178 opls_507 45 HIS CG 60 -0.015 12.011
+ 179 opls_511 45 HIS ND1 60 -0.49 14.0067
+ 180 opls_508 45 HIS CD2 61 0.015 12.011
+ 181 opls_146 45 HIS HD2 61 0.115 1.008
+ 182 opls_506 45 HIS CE1 62 0.295 12.011
+ 183 opls_146 45 HIS HE1 62 0.115 1.008
+ 184 opls_503 45 HIS NE2 63 -0.57 14.0067
+ 185 opls_504 45 HIS HE2 63 0.42 1.008
+ 186 opls_235 45 HIS C 64 0.5 12.011
+ 187 opls_236 45 HIS O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 188 opls_238 46 MET N 65 -0.5 14.0067
+ 189 opls_241 46 MET H 65 0.3 1.008
+ 190 opls_224B 46 MET CA 65 0.14 12.011
+ 191 opls_140 46 MET HA 65 0.06 1.008
+ 192 opls_136 46 MET CB 66 -0.12 12.011
+ 193 opls_140 46 MET HB1 66 0.06 1.008
+ 194 opls_140 46 MET HB2 66 0.06 1.008
+ 195 opls_210 46 MET CG 67 0.048 12.011
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+[ dihedrals ]
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+ 122 107 109 111 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 122 107 109 114 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
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+ 209 212 215 219 3
+ 213 212 215 218 3
+ 213 212 215 219 3
+ 212 213 216 217 3
+ 212 213 216 218 3
+ 214 213 216 217 3
+ 214 213 216 218 3
+ 212 215 218 216 3
+ 212 215 218 221 3
+ 219 215 218 216 3
+ 219 215 218 221 3
+ 212 215 219 220 3
+ 212 215 219 223 3
+ 218 215 219 220 3
+ 218 215 219 223 3
+ 213 216 218 215 3
+ 213 216 218 221 3
+ 217 216 218 215 3
+ 217 216 218 221 3
+ 215 218 221 222 3
+ 215 218 221 225 3
+ 216 218 221 222 3
+ 216 218 221 225 3
+ 215 219 223 224 3
+ 215 219 223 225 3
+ 220 219 223 224 3
+ 220 219 223 225 3
+ 218 221 225 223 3
+ 218 221 225 226 3
+ 222 221 225 223 3
+ 222 221 225 226 3
+ 219 223 225 221 3
+ 219 223 225 226 3
+ 224 223 225 221 3
+ 224 223 225 226 3
+ 207 227 229 230 3
+ 207 227 229 231 3
+ 228 227 229 230 3
+ 228 227 229 231 3
+ 227 229 231 232 3
+ 227 229 231 233 3
+ 227 229 231 243 3
+ 230 229 231 232 3
+ 230 229 231 233 3
+ 230 229 231 243 3
+ 229 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 229 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 243 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 243 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 229 231 233 234 3
+ 232 231 233 234 3
+ 232 231 233 235 3
+ 232 231 233 239 3
+ 243 231 233 234 3
+ 229 231 243 244 3
+ 229 231 243 245 3
+ 232 231 243 244 3
+ 232 231 243 245 3
+ 233 231 243 244 3
+ 233 231 243 245 3
+ 231 233 235 236 3
+ 231 233 235 237 3
+ 231 233 235 238 3
+ 234 233 235 236 3
+ 234 233 235 237 3
+ 234 233 235 238 3
+ 239 233 235 236 3
+ 239 233 235 237 3
+ 239 233 235 238 3
+ 231 233 239 240 3
+ 231 233 239 241 3
+ 231 233 239 242 3
+ 234 233 239 240 3
+ 234 233 239 241 3
+ 234 233 239 242 3
+ 235 233 239 240 3
+ 235 233 239 241 3
+ 235 233 239 242 3
+ 231 243 245 246 3
+ 231 243 245 247 3
+ 244 243 245 246 3
+ 244 243 245 247 3
+ 243 245 247 248 3
+ 243 245 247 249 3
+ 243 245 247 253 3
+ 246 245 247 248 3
+ 246 245 247 249 3
+ 246 245 247 253 3
+ 245 247 249 250 3
+ 245 247 249 251 3
+ 245 247 249 252 3
+ 248 247 249 250 3
+ 248 247 249 251 3
+ 248 247 249 252 3
+ 253 247 249 250 3
+ 253 247 249 251 3
+ 253 247 249 252 3
+ 245 247 253 254 3
+ 245 247 253 255 3
+ 248 247 253 254 3
+ 248 247 253 255 3
+ 249 247 253 254 3
+ 249 247 253 255 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
+ 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
+ 15 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
+ 27 30 29 38 1 improper_Z_N_X_Y
+ 30 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
+ 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
+ 45 50 48 49 1 improper_O_C_X_Y
+ 48 52 50 51 1 improper_Z_N_X_Y
+ 52 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
+ 54 57 60 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 62 58 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 64 60 61 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 66 62 63 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 60 66 64 65 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 64 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
+ 73 83 81 82 1 improper_O_C_X_Y
+ 75 79 78 80 1 improper_O_C_X_Y
+ 81 85 83 84 1 improper_Z_N_X_Y
+ 85 105 103 104 1 improper_O_C_X_Y
+ 103 107 105 106 1 improper_Z_N_X_Y
+ 107 124 122 123 1 improper_O_C_X_Y
+ 122 125 124 133 1 improper_Z_N_X_Y
+ 125 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
+ 136 140 138 139 1 improper_Z_N_X_Y
+ 140 150 148 149 1 improper_O_C_X_Y
+ 142 146 145 147 1 improper_O_C_X_Y
+ 148 152 150 151 1 improper_Z_N_X_Y
+ 152 171 169 170 1 improper_O_C_X_Y
+ 154 157 160 158 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 157 162 158 159 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 157 164 160 161 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 158 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 160 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 162 164 166 167 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 169 173 171 172 1 improper_Z_N_X_Y
+ 173 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 175 178 180 179 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 178 184 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 179 184 182 183 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 182 180 184 185 1 improper_Z_N_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 205 203 204 1 improper_O_C_X_Y
+ 203 207 205 206 1 improper_Z_N_X_Y
+ 207 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
+ 209 212 215 213 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 212 216 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 213 218 216 217 1 improper_Z_N_X_Y
+ 218 225 221 222 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 220 219 215 223 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 221 223 225 226 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 224 223 219 225 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
+ 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
+ 247 254 253 255 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">228</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 12.011
+ 8 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 12.011
+ 11 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 1.008
+ 12 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 1.008
+ 13 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 12.011
+ 14 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 1.008
+ 15 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 1.008
+ 16 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 12.011
+ 17 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 1.008
+ 18 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 1.008
+ 19 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
+ 20 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 1.008
+ 21 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 1.008
+ 22 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 1.008
+ 23 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
+ 24 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 25 opls_238 51 SER N 8 -0.5 14.0067
+ 26 opls_241 51 SER H 8 0.3 1.008
+ 27 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 12.011
+ 28 opls_140 51 SER HA 8 0.06 1.008
+ 29 opls_157 51 SER CB 9 0.145 12.011
+ 30 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 1.008
+ 31 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 1.008
+ 32 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
+ 33 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
+ 34 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
+ 35 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 36 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 14.0067
+ 37 opls_241 52 GLY H 12 0.3 1.008
+ 38 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 12.011
+ 39 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 1.008
+ 40 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 1.008
+ 41 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
+ 42 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 14.0067
+ 44 opls_241 53 TYR H 14 0.3 1.008
+ 45 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 12.011
+ 46 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 1.008
+ 47 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 12.011
+ 48 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 1.008
+ 49 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 1.008
+ 50 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
+ 51 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 12.011
+ 52 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 1.008
+ 53 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 12.011
+ 54 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 1.008
+ 55 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 12.011
+ 56 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 1.008
+ 57 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 12.011
+ 58 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 1.008
+ 59 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 60 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
+ 61 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
+ 62 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
+ 63 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 64 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 14.0067
+ 65 opls_241 54 ASP H 22 0.3 1.008
+ 66 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 12.011
+ 67 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 1.008
+ 68 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 12.011
+ 69 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 1.008
+ 70 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 1.008
+ 71 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
+ 72 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
+ 73 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
+ 74 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
+ 75 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 76 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 14.0067
+ 77 opls_241 55 ALA H 26 0.3 1.008
+ 78 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 12.011
+ 79 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 1.008
+ 80 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 12.011
+ 81 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 1.008
+ 82 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 1.008
+ 83 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 1.008
+ 84 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
+ 85 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 86 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
+ 87 opls_246 56 PRO CA 29 0.01 12.011
+ 88 opls_140 56 PRO HA 29 0.06 1.008
+ 89 opls_136 56 PRO CB 30 -0.12 12.011
+ 90 opls_140 56 PRO HB1 30 0.06 1.008
+ 91 opls_140 56 PRO HB2 30 0.06 1.008
+ 92 opls_136 56 PRO CG 31 -0.12 12.011
+ 93 opls_140 56 PRO HG1 31 0.06 1.008
+ 94 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 1.008
+ 95 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 12.011
+ 96 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 1.008
+ 97 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 1.008
+ 98 opls_235 56 PRO C 33 0.5 12.011
+ 99 opls_236 56 PRO O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 100 opls_238 57 PHE N 34 -0.5 14.0067
+ 101 opls_241 57 PHE H 34 0.3 1.008
+ 102 opls_224B 57 PHE CA 34 0.14 12.011
+ 103 opls_140 57 PHE HA 34 0.06 1.008
+ 104 opls_149 57 PHE CB 35 -0.005 12.011
+ 105 opls_140 57 PHE HB1 35 0.06 1.008
+ 106 opls_140 57 PHE HB2 35 0.06 1.008
+ 107 opls_145 57 PHE CG 35 -0.115 12.011
+ 108 opls_145 57 PHE CD1 36 -0.115 12.011
+ 109 opls_146 57 PHE HD1 36 0.115 1.008
+ 110 opls_145 57 PHE CD2 37 -0.115 12.011
+ 111 opls_146 57 PHE HD2 37 0.115 1.008
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 2 1 5 7 3
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
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+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 23 3
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+ 6 5 7 9 3
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+ 7 5 23 25 3
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+ 58 57 59 60 3
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+ 57 59 60 61 3
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+ 63 62 64 66 3
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+ 65 64 66 74 3
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+ 70 68 71 73 3
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+ 75 74 76 78 3
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+ 77 76 78 84 3
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+ 79 78 80 82 3
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+ 217 215 226 227 3
+ 217 215 226 228 3
+ 215 217 220 221 3
+ 215 217 220 222 3
+ 215 217 220 223 3
+ 218 217 220 221 3
+ 218 217 220 222 3
+ 218 217 220 223 3
+ 219 217 220 221 3
+ 219 217 220 222 3
+ 219 217 220 223 3
+ 217 220 223 214 3
+ 217 220 223 224 3
+ 217 220 223 225 3
+ 221 220 223 214 3
+ 221 220 223 224 3
+ 221 220 223 225 3
+ 222 220 223 214 3
+ 222 220 223 224 3
+ 222 220 223 225 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
+ 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
+ 27 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
+ 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
+ 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
+ 45 64 62 63 1 improper_O_C_X_Y
+ 47 50 53 51 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 50 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 50 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 51 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 53 59 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 57 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 66 64 65 1 improper_Z_N_X_Y
+ 66 76 74 75 1 improper_O_C_X_Y
+ 68 72 71 73 1 improper_O_C_X_Y
+ 74 78 76 77 1 improper_Z_N_X_Y
+ 78 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
+ 84 87 86 95 1 improper_Z_N_X_Y
+ 87 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
+ 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 102 120 118 119 1 improper_O_C_X_Y
+ 104 107 110 108 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 107 112 108 109 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 107 114 110 111 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 108 116 112 113 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 110 116 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 112 114 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 118 122 120 121 1 improper_Z_N_X_Y
+ 122 134 132 133 1 improper_O_C_X_Y
+ 132 136 134 135 1 improper_Z_N_X_Y
+ 136 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
+ 151 155 153 154 1 improper_Z_N_X_Y
+ 155 170 168 169 1 improper_O_C_X_Y
+ 157 160 162 161 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 160 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 161 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 164 162 166 167 1 improper_Z_N_X_Y
+ 168 172 170 171 1 improper_Z_N_X_Y
+ 172 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
+ 184 188 186 187 1 improper_Z_N_X_Y
+ 188 197 195 196 1 improper_O_C_X_Y
+ 195 199 197 198 1 improper_Z_N_X_Y
+ 199 204 202 203 1 improper_O_C_X_Y
+ 202 206 204 205 1 improper_Z_N_X_Y
+ 206 214 212 213 1 improper_O_C_X_Y
+ 212 215 214 223 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 227 226 228 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">268</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 0
+ 9 MCH3B 2 ALA MCB1 2 0 7.5175
+ 10 MCH3B 2 ALA MCB2 2 0 7.5175
+ 11 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 0
+ 12 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 0
+ 13 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 0
+ 14 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 0
+ 15 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
+ 16 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 17 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 15.0147
+ 18 opls_241 3 CYS H 4 0.3 0
+ 19 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 13.019
+ 20 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 0
+ 21 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 14.027
+ 22 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 0
+ 23 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 0
+ 24 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
+ 25 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
+ 26 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
+ 27 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 28 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 15.0147
+ 29 opls_241 4 ASP H 8 0.3 0
+ 30 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 13.019
+ 31 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 0
+ 32 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 14.027
+ 33 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 0
+ 34 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 0
+ 35 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
+ 36 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
+ 37 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
+ 38 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
+ 39 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 40 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 15.0147
+ 41 opls_241 5 GLU H 12 0.3 0
+ 42 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 13.019
+ 43 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 0
+ 44 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 14.027
+ 45 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 0
+ 46 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 0
+ 47 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 14.027
+ 48 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 0
+ 49 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 0
+ 50 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
+ 51 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
+ 52 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
+ 53 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
+ 54 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 55 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 15.0147
+ 56 opls_241 6 PHE H 17 0.3 0
+ 57 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 13.019
+ 58 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 0
+ 59 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 14.027
+ 60 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 0
+ 61 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 0
+ 62 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
+ 63 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 13.019
+ 64 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 0
+ 65 opls_145 6 PHE CD2 20 -0.115 13.019
+ 66 opls_146 6 PHE HD2 20 0.115 0
+ 67 opls_145 6 PHE CE1 21 -0.115 13.019
+ 68 opls_146 6 PHE HE1 21 0.115 0
+ 69 opls_145 6 PHE CE2 22 -0.115 13.019
+ 70 opls_146 6 PHE HE2 22 0.115 0
+ 71 opls_145 6 PHE CZ 23 -0.115 13.019
+ 72 opls_146 6 PHE HZ 23 0.115 0
+ 73 opls_235 6 PHE C 24 0.5 12.011
+ 74 opls_236 6 PHE O 24 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 75 opls_238 7 GLY N 25 -0.5 15.0147
+ 76 opls_241 7 GLY H 25 0.3 0
+ 77 opls_223B 7 GLY CA 25 0.08 14.027
+ 78 opls_140 7 GLY HA1 25 0.06 0
+ 79 opls_140 7 GLY HA2 25 0.06 0
+ 80 opls_235 7 GLY C 26 0.5 12.011
+ 81 opls_236 7 GLY O 26 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISE q 0.0
+ 82 opls_238 8 HIS N 27 -0.5 15.0147
+ 83 opls_241 8 HIS H 27 0.3 0
+ 84 opls_224B 8 HIS CA 27 0.14 13.019
+ 85 opls_140 8 HIS HA 27 0.06 0
+ 86 opls_505 8 HIS CB 28 -0.005 14.027
+ 87 opls_140 8 HIS HB1 28 0.06 0
+ 88 opls_140 8 HIS HB2 28 0.06 0
+ 89 opls_507 8 HIS CG 29 -0.015 12.011
+ 90 opls_511 8 HIS ND1 29 -0.49 14.0067
+ 91 opls_508 8 HIS CD2 30 0.015 13.019
+ 92 opls_146 8 HIS HD2 30 0.115 0
+ 93 opls_506 8 HIS CE1 31 0.295 13.019
+ 94 opls_146 8 HIS HE1 31 0.115 0
+ 95 opls_503 8 HIS NE2 32 -0.57 15.0147
+ 96 opls_504 8 HIS HE2 32 0.42 0
+ 97 opls_235 8 HIS C 33 0.5 12.011
+ 98 opls_236 8 HIS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 opls_238 9 ILE N 34 -0.5 15.0147
+ 100 opls_241 9 ILE H 34 0.3 0
+ 101 opls_224B 9 ILE CA 34 0.14 13.019
+ 102 opls_140 9 ILE HA 34 0.06 0
+ 103 opls_137 9 ILE CB 35 -0.06 13.019
+ 104 opls_140 9 ILE HB 35 0.06 0
+ 105 opls_136 9 ILE CG1 36 -0.12 14.027
+ 106 opls_140 9 ILE HG11 36 0.06 0
+ 107 opls_140 9 ILE HG12 36 0.06 0
+ 108 MCH3B 9 ILE MCG1 37 0 7.5175
+ 109 MCH3B 9 ILE MCG2 37 0 7.5175
+ 110 opls_135 9 ILE CG2 37 -0.18 0
+ 111 opls_140 9 ILE HG21 37 0.06 0
+ 112 opls_140 9 ILE HG22 37 0.06 0
+ 113 opls_140 9 ILE HG23 37 0.06 0
+ 114 MCH3B 9 ILE MCD1 38 0 7.5175
+ 115 MCH3B 9 ILE MCD2 38 0 7.5175
+ 116 opls_135 9 ILE CD 38 -0.18 0
+ 117 opls_140 9 ILE HD1 38 0.06 0
+ 118 opls_140 9 ILE HD2 38 0.06 0
+ 119 opls_140 9 ILE HD3 38 0.06 0
+ 120 opls_235 9 ILE C 39 0.5 12.011
+ 121 opls_236 9 ILE O 39 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 122 opls_238 10 LYS N 40 -0.5 15.0147
+ 123 opls_241 10 LYS H 40 0.3 0
+ 124 opls_224B 10 LYS CA 40 0.14 13.019
+ 125 opls_140 10 LYS HA 40 0.06 0
+ 126 opls_136 10 LYS CB 41 -0.12 14.027
+ 127 opls_140 10 LYS HB1 41 0.06 0
+ 128 opls_140 10 LYS HB2 41 0.06 0
+ 129 opls_136 10 LYS CG 42 -0.12 14.027
+ 130 opls_140 10 LYS HG1 42 0.06 0
+ 131 opls_140 10 LYS HG2 42 0.06 0
+ 132 opls_136 10 LYS CD 43 -0.12 14.027
+ 133 opls_140 10 LYS HD1 43 0.06 0
+ 134 opls_140 10 LYS HD2 43 0.06 0
+ 135 opls_292 10 LYS CE 44 0.19 14.027
+ 136 opls_140 10 LYS HE1 44 0.06 0
+ 137 opls_140 10 LYS HE2 44 0.06 0
+ 138 MNH3 10 LYS MNZ1 45 0 8.51535
+ 139 MNH3 10 LYS MNZ2 45 0 8.51535
+ 140 opls_287 10 LYS NZ 45 -0.3 0
+ 141 opls_290 10 LYS HZ1 45 0.33 0
+ 142 opls_290 10 LYS HZ2 45 0.33 0
+ 143 opls_290 10 LYS HZ3 45 0.33 0
+ 144 opls_235 10 LYS C 46 0.5 12.011
+ 145 opls_236 10 LYS O 46 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 146 opls_238 11 LEU N 47 -0.5 15.0147
+ 147 opls_241 11 LEU H 47 0.3 0
+ 148 opls_224B 11 LEU CA 47 0.14 13.019
+ 149 opls_140 11 LEU HA 47 0.06 0
+ 150 opls_136 11 LEU CB 48 -0.12 14.027
+ 151 opls_140 11 LEU HB1 48 0.06 0
+ 152 opls_140 11 LEU HB2 48 0.06 0
+ 153 opls_137 11 LEU CG 49 -0.06 13.019
+ 154 opls_140 11 LEU HG 49 0.06 0
+ 155 MCH3B 11 LEU MCD1 50 0 7.5175
+ 156 MCH3B 11 LEU MCD2 50 0 7.5175
+ 157 opls_135 11 LEU CD1 50 -0.18 0
+ 158 opls_140 11 LEU HD11 50 0.06 0
+ 159 opls_140 11 LEU HD12 50 0.06 0
+ 160 opls_140 11 LEU HD13 50 0.06 0
+ 161 MCH3B 11 LEU MCD1 51 0 7.5175
+ 162 MCH3B 11 LEU MCD2 51 0 7.5175
+ 163 opls_135 11 LEU CD2 51 -0.18 0
+ 164 opls_140 11 LEU HD21 51 0.06 0
+ 165 opls_140 11 LEU HD22 51 0.06 0
+ 166 opls_140 11 LEU HD23 51 0.06 0
+ 167 opls_235 11 LEU C 52 0.5 12.011
+ 168 opls_236 11 LEU O 52 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 169 opls_238 12 MET N 53 -0.5 15.0147
+ 170 opls_241 12 MET H 53 0.3 0
+ 171 opls_224B 12 MET CA 53 0.14 13.019
+ 172 opls_140 12 MET HA 53 0.06 0
+ 173 opls_136 12 MET CB 54 -0.12 14.027
+ 174 opls_140 12 MET HB1 54 0.06 0
+ 175 opls_140 12 MET HB2 54 0.06 0
+ 176 opls_210 12 MET CG 55 0.048 14.027
+ 177 opls_140 12 MET HG1 55 0.06 0
+ 178 opls_140 12 MET HG2 55 0.06 0
+ 179 opls_202 12 MET SD 56 -0.335 32.06
+ 180 MCH3A 12 MET MCE1 57 0 7.5175
+ 181 MCH3A 12 MET MCE2 57 0 7.5175
+ 182 opls_209 12 MET CE 57 -0.013 0
+ 183 opls_140 12 MET HE1 57 0.06 0
+ 184 opls_140 12 MET HE2 57 0.06 0
+ 185 opls_140 12 MET HE3 57 0.06 0
+ 186 opls_235 12 MET C 58 0.5 12.011
+ 187 opls_236 12 MET O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 188 opls_238 13 ASN N 59 -0.5 15.0147
+ 189 opls_241 13 ASN H 59 0.3 0
+ 190 opls_224B 13 ASN CA 60 0.14 13.019
+ 191 opls_140 13 ASN HA 60 0.06 0
+ 192 opls_136 13 ASN CB 61 -0.12 14.027
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+ 195 opls_235 13 ASN CG 62 0.5 12.011
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+ 200 opls_235 13 ASN C 64 0.5 12.011
+ 201 opls_236 13 ASN O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
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+
+[ bonds ]
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+[ pairs ]
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
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+ 70 69 71 72 3
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+ 83 82 84 97 3
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+ 94 93 95 96 3
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+ 98 97 99 101 3
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+ 100 99 101 120 3
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+ 120 101 103 105 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 120 101 103 110 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
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+ 110 103 105 107 3
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+ 222 220 223 225 3
+ 222 220 223 226 3
+ 220 223 226 228 3 dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
+ 220 223 226 227 3
+ 224 223 226 227 3
+ 224 223 226 228 3
+ 225 223 226 227 3
+ 225 223 226 228 3
+ 223 226 228 229 3
+ 223 226 228 230 3
+ 227 226 228 229 3
+ 227 226 228 230 3
+ 218 231 233 234 3
+ 218 231 233 235 3
+ 232 231 233 234 3
+ 232 231 233 235 3
+ 231 233 235 236 3
+ 231 233 235 237 3
+ 231 233 235 255 3
+ 234 233 235 236 3
+ 234 233 235 237 3
+ 234 233 235 255 3
+ 233 235 237 240 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 255 235 237 240 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
+ 233 235 237 238 3
+ 233 235 237 239 3
+ 236 235 237 238 3
+ 236 235 237 239 3
+ 236 235 237 240 3
+ 255 235 237 238 3
+ 255 235 237 239 3
+ 233 235 255 256 3
+ 233 235 255 257 3
+ 236 235 255 256 3
+ 236 235 255 257 3
+ 237 235 255 256 3
+ 237 235 255 257 3
+ 235 237 240 241 3
+ 235 237 240 242 3
+ 235 237 240 243 3
+ 238 237 240 241 3
+ 238 237 240 242 3
+ 238 237 240 243 3
+ 239 237 240 241 3
+ 239 237 240 242 3
+ 239 237 240 243 3
+ 237 240 243 244 3
+ 237 240 243 245 3
+ 237 240 243 246 3
+ 241 240 243 244 3
+ 241 240 243 245 3
+ 241 240 243 246 3
+ 242 240 243 244 3
+ 242 240 243 245 3
+ 242 240 243 246 3
+ 240 243 246 247 3
+ 240 243 246 248 3
+ 244 243 246 247 3
+ 244 243 246 248 3
+ 245 243 246 247 3
+ 245 243 246 248 3
+ 243 246 248 249 3
+ 243 246 248 252 3
+ 247 246 248 249 3
+ 247 246 248 252 3
+ 246 248 249 250 3
+ 246 248 249 251 3
+ 252 248 249 250 3
+ 252 248 249 251 3
+ 246 248 252 253 3
+ 246 248 252 254 3
+ 249 248 252 253 3
+ 249 248 252 254 3
+ 235 255 257 258 3
+ 235 255 257 259 3
+ 256 255 257 258 3
+ 256 255 257 259 3
+ 255 257 259 260 3
+ 255 257 259 261 3
+ 255 257 259 266 3
+ 258 257 259 260 3
+ 258 257 259 261 3
+ 258 257 259 266 3
+ 257 259 261 264 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 266 259 261 264 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 257 259 261 262 3
+ 257 259 261 263 3
+ 260 259 261 262 3
+ 260 259 261 263 3
+ 260 259 261 264 3
+ 266 259 261 262 3
+ 266 259 261 263 3
+ 257 259 266 267 3
+ 257 259 266 268 3
+ 260 259 266 267 3
+ 260 259 266 268 3
+ 261 259 266 267 3
+ 261 259 266 268 3
+ 259 261 264 265 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 262 261 264 265 3
+ 263 261 264 265 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 28 26 27 1 improper_O_C_X_Y
+ 26 30 28 29 1 improper_Z_N_X_Y
+ 30 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
+ 32 36 35 37 1 improper_O_C_X_Y
+ 38 42 40 41 1 improper_Z_N_X_Y
+ 42 55 53 54 1 improper_O_C_X_Y
+ 47 51 50 52 1 improper_O_C_X_Y
+ 53 57 55 56 1 improper_Z_N_X_Y
+ 57 75 73 74 1 improper_O_C_X_Y
+ 59 62 65 63 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 71 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 67 69 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 73 77 75 76 1 improper_Z_N_X_Y
+ 77 82 80 81 1 improper_O_C_X_Y
+ 80 84 82 83 1 improper_Z_N_X_Y
+ 84 99 97 98 1 improper_O_C_X_Y
+ 86 89 91 90 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 89 95 91 92 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 90 95 93 94 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 93 91 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
+ 97 101 99 100 1 improper_Z_N_X_Y
+ 101 122 120 121 1 improper_O_C_X_Y
+ 120 124 122 123 1 improper_Z_N_X_Y
+ 124 146 144 145 1 improper_O_C_X_Y
+ 144 148 146 147 1 improper_Z_N_X_Y
+ 148 169 167 168 1 improper_O_C_X_Y
+ 167 171 169 170 1 improper_Z_N_X_Y
+ 171 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 192 197 195 196 1 improper_O_C_X_Y
+ 195 198 197 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 203 202 211 1 improper_Z_N_X_Y
+ 203 216 214 215 1 improper_O_C_X_Y
+ 214 218 216 217 1 improper_Z_N_X_Y
+ 218 233 231 232 1 improper_O_C_X_Y
+ 223 228 226 227 1 improper_O_C_X_Y
+ 226 229 228 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 235 233 234 1 improper_Z_N_X_Y
+ 235 257 255 256 1 improper_O_C_X_Y
+ 243 248 246 247 1 improper_Z_N_X_Y
+ 246 249 248 252 1 improper_O_C_X_Y
+ 248 250 249 251 1 improper_Z_N_X_Y
+ 248 253 252 254 1 improper_Z_N_X_Y
+ 255 259 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
+ 259 267 266 268 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
+ 12 7 9 10 1
+ 110 103 108 109 1
+ 111 103 108 109 1
+ 116 105 114 115 1
+ 117 105 114 115 1
+ 140 135 138 139 1
+ 141 135 138 139 1
+ 157 153 155 156 1
+ 158 153 155 156 1
+ 163 153 161 162 1
+ 164 153 161 162 1
+ 182 179 180 181 1
+ 183 179 180 181 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
+ 29 28 26 30 2
+ 41 40 38 42 2
+ 56 55 53 57 2
+ 64 63 62 67 2
+ 66 65 62 69 2
+ 68 67 63 71 2
+ 70 69 65 71 2
+ 72 71 67 69 2
+ 76 75 73 77 2
+ 83 82 80 84 2
+ 92 91 89 95 2
+ 94 93 90 95 2
+ 96 95 91 93 2
+ 100 99 97 101 2
+ 123 122 120 124 2
+ 147 146 144 148 2
+ 170 169 167 171 2
+ 189 188 186 190 2
+ 217 216 214 218 2
+ 234 233 231 235 2
+ 247 246 243 248 2
+ 258 257 255 259 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 198 197 195 192 3
+ 199 197 195 192 -3
+ 229 228 226 223 3
+ 230 228 226 223 -3
+ 250 249 248 246 3
+ 251 249 248 246 -3
+ 253 252 248 246 3
+ 254 252 248 246 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 22 21 19 24 4
+ 23 21 19 24 -4
+ 33 32 30 35 4
+ 34 32 30 35 -4
+ 45 44 42 47 4
+ 46 44 42 47 -4
+ 48 47 44 50 4
+ 49 47 44 50 -4
+ 60 59 57 62 4
+ 61 59 57 62 -4
+ 78 77 75 80 4
+ 79 77 75 80 -4
+ 87 86 84 89 4
+ 88 86 84 89 -4
+ 106 105 103 116 4
+ 107 105 103 116 -4
+ 112 103 108 109 -4
+ 113 103 108 109 4
+ 118 105 114 115 -4
+ 119 105 114 115 4
+ 127 126 124 129 4
+ 128 126 124 129 -4
+ 130 129 126 132 4
+ 131 129 126 132 -4
+ 133 132 129 135 4
+ 134 132 129 135 -4
+ 136 135 132 140 4
+ 137 135 132 140 -4
+ 142 135 138 139 -4
+ 143 135 138 139 4
+ 151 150 148 153 4
+ 152 150 148 153 -4
+ 159 153 155 156 -4
+ 160 153 155 156 4
+ 165 153 161 162 -4
+ 166 153 161 162 4
+ 174 173 171 176 4
+ 175 173 171 176 -4
+ 177 176 173 179 4
+ 178 176 173 179 -4
+ 184 179 180 181 -4
+ 185 179 180 181 4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 206 205 203 208 4
+ 207 205 203 208 -4
+ 209 208 205 211 4
+ 210 208 205 211 -4
+ 212 211 202 208 4
+ 213 211 202 208 -4
+ 221 220 218 223 4
+ 222 220 218 223 -4
+ 224 223 220 226 4
+ 225 223 220 226 -4
+ 238 237 235 240 4
+ 239 237 235 240 -4
+ 241 240 237 243 4
+ 242 240 237 243 -4
+ 244 243 240 246 4
+ 245 243 240 246 -4
+ 262 261 259 264 4
+ 263 261 259 264 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 26 2
+ 31 30 28 32 38 2
+ 43 42 40 44 53 2
+ 58 57 55 59 73 2
+ 85 84 82 86 97 2
+ 102 101 99 103 120 2
+ 104 103 105 101 110 2
+ 125 124 122 126 144 2
+ 149 148 146 150 167 2
+ 154 153 150 157 163 2
+ 172 171 169 173 186 2
+ 191 190 188 192 200 2
+ 204 203 202 205 214 2
+ 219 218 216 220 231 2
+ 236 235 233 237 255 2
+ 260 259 257 261 266 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">291</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 18 THR N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 18 THR H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 18 THR H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 18 THR H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 18 THR HA 1 0.06 0
+ 9 opls_158 18 THR CB 2 0.205 13.019
+ 10 opls_140 18 THR HB 2 0.06 0
+ 11 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
+ 12 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
+ 13 MCH3B 18 THR MCG1 3 0 7.5175
+ 14 MCH3B 18 THR MCG2 3 0 7.5175
+ 15 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 0
+ 16 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 0
+ 17 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 0
+ 18 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 0
+ 19 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
+ 20 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 21 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 15.0147
+ 22 opls_241 19 VAL H 5 0.3 0
+ 23 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 13.019
+ 24 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 0
+ 25 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 13.019
+ 26 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 0
+ 27 MCH3B 19 VAL MCG1 7 0 7.5175
+ 28 MCH3B 19 VAL MCG2 7 0 7.5175
+ 29 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 0
+ 30 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 0
+ 31 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 0
+ 32 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 0
+ 33 MCH3B 19 VAL MCG1 8 0 7.5175
+ 34 MCH3B 19 VAL MCG2 8 0 7.5175
+ 35 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 0
+ 36 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 0
+ 37 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 0
+ 38 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 0
+ 39 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
+ 40 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 41 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 15.0147
+ 42 opls_241 20 TRP H 10 0.3 0
+ 43 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 13.019
+ 44 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 0
+ 45 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 14.027
+ 46 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 0
+ 47 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 0
+ 48 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
+ 49 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 13.019
+ 50 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 0
+ 51 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
+ 52 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 15.0147
+ 53 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 0
+ 54 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
+ 55 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 13.019
+ 56 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 0
+ 57 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 13.019
+ 58 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 0
+ 59 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 13.019
+ 60 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 0
+ 61 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 13.019
+ 62 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 0
+ 63 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
+ 64 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 65 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 15.0147
+ 66 opls_241 21 TYR H 21 0.3 0
+ 67 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 13.019
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+ 69 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 14.027
+ 70 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 0
+ 71 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 0
+ 72 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
+ 73 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 13.019
+ 74 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 0
+ 75 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 13.019
+ 76 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 0
+ 77 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 13.019
+ 78 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 0
+ 79 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 13.019
+ 80 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 0
+ 81 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
+ 82 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
+ 83 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
+ 84 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
+ 85 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 86 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 15.0147
+ 87 opls_241 22 LYS H 29 0.3 0
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+ 91 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 0
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+ 95 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 0
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+ 97 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 0
+ 98 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 0
+ 99 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 14.027
+ 100 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 0
+ 101 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 0
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+ 103 MNH3 22 LYS MNZ2 34 0 8.51535
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+ 105 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 0
+ 106 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 0
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+ 108 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
+ 109 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 110 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 15.0147
+ 111 opls_241 23 GLU H 36 0.3 0
+ 112 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 13.019
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+ 116 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 0
+ 117 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 14.027
+ 118 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 0
+ 119 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 0
+ 120 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
+ 121 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
+ 122 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
+ 123 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
+ 124 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 125 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 15.0147
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+ 130 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 0
+ 131 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 0
+ 132 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
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+ 135 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
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+ 137 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 0
+ 138 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
+ 139 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 13.019
+ 140 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 0
+ 141 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 13.019
+ 142 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 0
+ 143 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 13.019
+ 144 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 0
+ 145 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 13.019
+ 146 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 0
+ 147 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
+ 148 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 149 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
+ 150 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 13.019
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+ 157 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 0
+ 158 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 14.027
+ 159 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 0
+ 160 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 0
+ 161 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
+ 162 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 163 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
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+ 174 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 0
+ 175 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
+ 176 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 177 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 15.0147
+ 178 opls_241 27 CYS H 62 0.3 0
+ 179 opls_224B 27 CYS CA 62 0.14 13.019
+ 180 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 0
+ 181 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 14.027
+ 182 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 0
+ 183 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 0
+ 184 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
+ 185 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
+ 186 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
+ 187 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 188 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 15.0147
+ 189 opls_241 28 ARG H 66 0.3 0
+ 190 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 13.019
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+ 192 opls_136 28 ARG CB 67 -0.12 14.027
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+ 194 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 0
+ 195 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 14.027
+ 196 opls_140 28 ARG HG1 68 0.06 0
+ 197 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 0
+ 198 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 14.027
+ 199 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 0
+ 200 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 0
+ 201 opls_303 28 ARG NE 70 -0.7 15.0147
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+ 209 opls_301 28 ARG HH22 72 0.46 0
+ 210 opls_235 28 ARG C 73 0.5 12.011
+ 211 opls_236 28 ARG O 73 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISE q 0.0
+ 212 opls_238 29 HIS N 74 -0.5 15.0147
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+ 218 opls_140 29 HIS HB2 75 0.06 0
+ 219 opls_507 29 HIS CG 76 -0.015 12.011
+ 220 opls_511 29 HIS ND1 76 -0.49 14.0067
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+ 227 opls_235 29 HIS C 80 0.5 12.011
+ 228 opls_236 29 HIS O 80 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 229 opls_238 30 ASN N 81 -0.5 15.0147
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+ 235 opls_140 30 ASN HB2 83 0.06 0
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+ 237 opls_236 30 ASN OD1 84 -0.5 15.9994
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+ 240 opls_240 30 ASN HD22 85 0.38 0
+ 241 opls_235 30 ASN C 86 0.5 12.011
+ 242 opls_236 30 ASN O 86 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 243 opls_238 31 SER N 87 -0.5 15.0147
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+ 247 opls_157 31 SER CB 88 0.145 14.027
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+ 249 opls_140 31 SER HB2 88 0.06 0
+ 250 opls_154 31 SER OG 89 -0.683 15.9994
+ 251 opls_155 31 SER HG 89 0.418 1.008
+ 252 opls_235 31 SER C 90 0.5 12.011
+ 253 opls_236 31 SER O 90 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISE q 0.0
+ 254 opls_238 32 HIS N 91 -0.5 15.0147
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+ 260 opls_140 32 HIS HB2 92 0.06 0
+ 261 opls_507 32 HIS CG 93 -0.015 12.011
+ 262 opls_511 32 HIS ND1 93 -0.49 14.0067
+ 263 opls_508 32 HIS CD2 94 0.015 13.019
+ 264 opls_146 32 HIS HD2 94 0.115 0
+ 265 opls_506 32 HIS CE1 95 0.295 13.019
+ 266 opls_146 32 HIS HE1 95 0.115 0
+ 267 opls_503 32 HIS NE2 96 -0.57 15.0147
+ 268 opls_504 32 HIS HE2 96 0.42 0
+ 269 opls_235 32 HIS C 97 0.5 12.011
+ 270 opls_236 32 HIS O 97 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 271 opls_238 33 PHE N 98 -0.5 15.0147
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+ 288 opls_146 33 PHE HZ 104 0.115 0
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+ 290 opls_272 33 PHE O1 105 -0.8 15.9994
+ 291 opls_272 33 PHE O2 105 -0.8 15.9994 ; qtot 1
+
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 6 3 7 19 3
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+ 75 72 73 77 3
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+ 213 212 214 216 3
+ 213 212 214 227 3
+ 212 214 216 219 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 227 214 216 219 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 212 214 216 217 3
+ 212 214 216 218 3
+ 215 214 216 217 3
+ 215 214 216 218 3
+ 215 214 216 219 3
+ 227 214 216 217 3
+ 227 214 216 218 3
+ 212 214 227 228 3
+ 212 214 227 229 3
+ 215 214 227 228 3
+ 215 214 227 229 3
+ 216 214 227 228 3
+ 216 214 227 229 3
+ 214 216 219 220 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 214 216 219 221 3
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+ 217 216 219 221 3
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+ 218 216 219 221 3
+ 216 219 220 223 3
+ 221 219 220 223 3
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+ 216 219 221 225 3
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+ 220 219 221 225 3
+ 219 220 223 224 3
+ 219 220 223 225 3
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+ 222 221 225 226 3
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+ 220 223 225 226 3
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+ 224 223 225 226 3
+ 214 227 229 230 3
+ 214 227 229 231 3
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+ 231 233 236 238 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
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+ 245 247 250 251 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
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+ 254 256 258 261 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
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+ 256 258 261 262 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
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+ 256 269 271 272 3
+ 256 269 271 273 3
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+ 286 285 287 283 3
+ 286 285 287 288 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 21 19 20 1 improper_O_C_X_Y
+ 19 23 21 22 1 improper_Z_N_X_Y
+ 23 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
+ 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
+ 43 65 63 64 1 improper_O_C_X_Y
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+ 48 52 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 49 54 52 53 1 improper_Z_N_X_Y
+ 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 56 55 51 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 59 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 60 59 55 61 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 67 65 66 1 improper_Z_N_X_Y
+ 67 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
+ 69 72 75 73 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 72 77 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 72 79 75 76 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 73 81 77 78 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 75 81 79 80 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 77 79 81 82 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 84 88 86 87 1 improper_Z_N_X_Y
+ 88 110 108 109 1 improper_O_C_X_Y
+ 108 112 110 111 1 improper_Z_N_X_Y
+ 112 125 123 124 1 improper_O_C_X_Y
+ 117 121 120 122 1 improper_O_C_X_Y
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+ 127 149 147 148 1 improper_O_C_X_Y
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+ 133 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
+ 138 145 141 142 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 140 139 135 143 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 141 143 145 146 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 144 143 139 145 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 147 150 149 158 1 improper_Z_N_X_Y
+ 150 163 161 162 1 improper_O_C_X_Y
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+ 179 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
+ 198 203 201 202 1 improper_Z_N_X_Y
+ 201 204 203 207 1 improper_O_C_X_Y
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+ 214 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
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+ 223 221 225 226 1 improper_Z_N_X_Y
+ 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 269 273 271 272 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 278 283 279 280 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 278 285 281 282 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 279 287 283 284 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 281 287 285 286 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 283 285 287 288 1 improper_Z_CA_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 15 9 13 14 1
+ 16 9 13 14 1
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+ 30 25 27 28 1
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+ 36 25 33 34 1
+ 104 99 102 103 1
+ 105 99 102 103 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 22 21 19 23 2
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+ 144 143 139 145 2
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+ 189 188 186 190 2
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+ 224 223 220 225 2
+ 226 225 221 223 2
+ 230 229 227 231 2
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+ 282 281 278 285 2
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+ 286 285 281 287 2
+ 288 287 283 285 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 205 204 203 201 3
+ 206 204 203 201 -3
+ 208 207 203 201 3
+ 209 207 203 201 -3
+ 239 238 236 233 3
+ 240 238 236 233 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 17 9 13 14 -4
+ 18 9 13 14 4
+ 31 25 27 28 -4
+ 32 25 27 28 4
+ 37 25 33 34 -4
+ 38 25 33 34 4
+ 46 45 43 48 4
+ 47 45 43 48 -4
+ 70 69 67 72 4
+ 71 69 67 72 -4
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+ 98 96 93 99 -4
+ 100 99 96 104 4
+ 101 99 96 104 -4
+ 106 99 102 103 -4
+ 107 99 102 103 4
+ 115 114 112 117 4
+ 116 114 112 117 -4
+ 118 117 114 120 4
+ 119 117 114 120 -4
+ 130 129 127 132 4
+ 131 129 127 132 -4
+ 153 152 150 155 4
+ 154 152 150 155 -4
+ 156 155 152 158 4
+ 157 155 152 158 -4
+ 159 158 149 155 4
+ 160 158 149 155 -4
+ 167 166 164 169 4
+ 168 166 164 169 -4
+ 170 169 166 172 4
+ 171 169 166 172 -4
+ 173 172 163 169 4
+ 174 172 163 169 -4
+ 182 181 179 184 4
+ 183 181 179 184 -4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 196 195 192 198 4
+ 197 195 192 198 -4
+ 199 198 195 201 4
+ 200 198 195 201 -4
+ 217 216 214 219 4
+ 218 216 214 219 -4
+ 234 233 231 236 4
+ 235 233 231 236 -4
+ 248 247 245 250 4
+ 249 247 245 250 -4
+ 259 258 256 261 4
+ 260 258 256 261 -4
+ 276 275 273 278 4
+ 277 275 273 278 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 19 2
+ 10 9 11 7 15 2
+ 24 23 21 25 39 2
+ 26 25 23 29 35 2
+ 44 43 41 45 63 2
+ 68 67 65 69 84 2
+ 89 88 86 90 108 2
+ 113 112 110 114 123 2
+ 128 127 125 129 147 2
+ 151 150 149 152 161 2
+ 165 164 163 166 175 2
+ 180 179 177 181 186 2
+ 191 190 188 192 210 2
+ 215 214 212 216 227 2
+ 232 231 229 233 241 2
+ 246 245 243 247 252 2
+ 257 256 254 258 269 2
+ 274 273 271 275 289 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">277</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 0
+ 9 MCH3B 34 ALA MCB1 2 0 7.5175
+ 10 MCH3B 34 ALA MCB2 2 0 7.5175
+ 11 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 0
+ 12 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 0
+ 13 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 0
+ 14 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 0
+ 15 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
+ 16 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 15.0147
+ 18 opls_241 35 VAL H 4 0.3 0
+ 19 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 13.019
+ 20 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 0
+ 21 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 13.019
+ 22 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 0
+ 23 MCH3B 35 VAL MCG1 6 0 7.5175
+ 24 MCH3B 35 VAL MCG2 6 0 7.5175
+ 25 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 0
+ 26 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 0
+ 27 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 0
+ 28 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 0
+ 29 MCH3B 35 VAL MCG1 7 0 7.5175
+ 30 MCH3B 35 VAL MCG2 7 0 7.5175
+ 31 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 0
+ 32 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 0
+ 33 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 0
+ 34 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 0
+ 35 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
+ 36 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 37 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
+ 38 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 13.019
+ 39 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 0
+ 40 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 14.027
+ 41 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 0
+ 42 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 0
+ 43 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 14.027
+ 44 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 0
+ 45 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 0
+ 46 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 14.027
+ 47 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 0
+ 48 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 0
+ 49 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
+ 50 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 51 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 15.0147
+ 52 opls_241 37 GLY H 14 0.3 0
+ 53 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 14.027
+ 54 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 0
+ 55 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 0
+ 56 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
+ 57 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 58 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 15.0147
+ 59 opls_241 38 TYR H 16 0.3 0
+ 60 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 13.019
+ 61 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 0
+ 62 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 14.027
+ 63 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 0
+ 64 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 0
+ 65 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
+ 66 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 13.019
+ 67 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 0
+ 68 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 13.019
+ 69 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 0
+ 70 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 13.019
+ 71 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 0
+ 72 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 13.019
+ 73 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 0
+ 74 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
+ 75 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
+ 76 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
+ 77 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
+ 78 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 79 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 15.0147
+ 80 opls_241 39 ASP H 24 0.3 0
+ 81 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 13.019
+ 82 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 0
+ 83 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 14.027
+ 84 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 0
+ 85 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 0
+ 86 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
+ 87 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
+ 88 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
+ 89 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
+ 90 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 91 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 15.0147
+ 92 opls_241 40 LYS H 28 0.3 0
+ 93 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 13.019
+ 94 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 0
+ 95 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 14.027
+ 96 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 0
+ 97 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 0
+ 98 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 14.027
+ 99 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 0
+ 100 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 0
+ 101 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 14.027
+ 102 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 0
+ 103 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 0
+ 104 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 14.027
+ 105 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 0
+ 106 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 0
+ 107 MNH3 40 LYS MNZ1 33 0 8.51535
+ 108 MNH3 40 LYS MNZ2 33 0 8.51535
+ 109 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 0
+ 110 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 0
+ 111 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 0
+ 112 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 0
+ 113 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
+ 114 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 115 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 15.0147
+ 116 opls_241 41 ILE H 35 0.3 0
+ 117 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 13.019
+ 118 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 0
+ 119 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 13.019
+ 120 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 0
+ 121 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 14.027
+ 122 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 0
+ 123 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 0
+ 124 MCH3B 41 ILE MCG1 38 0 7.5175
+ 125 MCH3B 41 ILE MCG2 38 0 7.5175
+ 126 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 0
+ 127 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 0
+ 128 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 0
+ 129 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 0
+ 130 MCH3B 41 ILE MCD1 39 0 7.5175
+ 131 MCH3B 41 ILE MCD2 39 0 7.5175
+ 132 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 0
+ 133 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 0
+ 134 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 0
+ 135 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 0
+ 136 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
+ 137 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 138 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
+ 139 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 13.019
+ 140 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 0
+ 141 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 14.027
+ 142 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 0
+ 143 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 0
+ 144 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 14.027
+ 145 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 0
+ 146 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 0
+ 147 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 14.027
+ 148 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 0
+ 149 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 0
+ 150 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
+ 151 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 152 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 15.0147
+ 153 opls_241 43 ASP H 46 0.3 0
+ 154 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 13.019
+ 155 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 0
+ 156 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 14.027
+ 157 opls_140 43 ASP HB1 47 0.06 0
+ 158 opls_140 43 ASP HB2 47 0.06 0
+ 159 opls_271 43 ASP CG 48 0.7 12.011
+ 160 opls_272 43 ASP OD1 48 -0.8 15.9994
+ 161 opls_272 43 ASP OD2 48 -0.8 15.9994
+ 162 opls_235 43 ASP C 49 0.5 12.011
+ 163 opls_236 43 ASP O 49 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 164 opls_238 44 TYR N 50 -0.5 15.0147
+ 165 opls_241 44 TYR H 50 0.3 0
+ 166 opls_224B 44 TYR CA 50 0.14 13.019
+ 167 opls_140 44 TYR HA 50 0.06 0
+ 168 opls_149 44 TYR CB 51 -0.005 14.027
+ 169 opls_140 44 TYR HB1 51 0.06 0
+ 170 opls_140 44 TYR HB2 51 0.06 0
+ 171 opls_145 44 TYR CG 51 -0.115 12.011
+ 172 opls_145 44 TYR CD1 52 -0.115 13.019
+ 173 opls_146 44 TYR HD1 52 0.115 0
+ 174 opls_145 44 TYR CD2 53 -0.115 13.019
+ 175 opls_146 44 TYR HD2 53 0.115 0
+ 176 opls_145 44 TYR CE1 54 -0.115 13.019
+ 177 opls_146 44 TYR HE1 54 0.115 0
+ 178 opls_145 44 TYR CE2 55 -0.115 13.019
+ 179 opls_146 44 TYR HE2 55 0.115 0
+ 180 opls_166 44 TYR CZ 56 0.15 12.011
+ 181 opls_167 44 TYR OH 56 -0.585 15.9994
+ 182 opls_168 44 TYR HH 56 0.435 1.008
+ 183 opls_235 44 TYR C 57 0.5 12.011
+ 184 opls_236 44 TYR O 57 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISE q 0.0
+ 185 opls_238 45 HIS N 58 -0.5 15.0147
+ 186 opls_241 45 HIS H 58 0.3 0
+ 187 opls_224B 45 HIS CA 58 0.14 13.019
+ 188 opls_140 45 HIS HA 58 0.06 0
+ 189 opls_505 45 HIS CB 59 -0.005 14.027
+ 190 opls_140 45 HIS HB1 59 0.06 0
+ 191 opls_140 45 HIS HB2 59 0.06 0
+ 192 opls_507 45 HIS CG 60 -0.015 12.011
+ 193 opls_511 45 HIS ND1 60 -0.49 14.0067
+ 194 opls_508 45 HIS CD2 61 0.015 13.019
+ 195 opls_146 45 HIS HD2 61 0.115 0
+ 196 opls_506 45 HIS CE1 62 0.295 13.019
+ 197 opls_146 45 HIS HE1 62 0.115 0
+ 198 opls_503 45 HIS NE2 63 -0.57 15.0147
+ 199 opls_504 45 HIS HE2 63 0.42 0
+ 200 opls_235 45 HIS C 64 0.5 12.011
+ 201 opls_236 45 HIS O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 202 opls_238 46 MET N 65 -0.5 15.0147
+ 203 opls_241 46 MET H 65 0.3 0
+ 204 opls_224B 46 MET CA 65 0.14 13.019
+ 205 opls_140 46 MET HA 65 0.06 0
+ 206 opls_136 46 MET CB 66 -0.12 14.027
+ 207 opls_140 46 MET HB1 66 0.06 0
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+ 209 opls_210 46 MET CG 67 0.048 14.027
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+ 211 opls_140 46 MET HG2 67 0.06 0
+ 212 opls_202 46 MET SD 68 -0.335 32.06
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+ 216 opls_140 46 MET HE1 69 0.06 0
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+ 219 opls_235 46 MET C 70 0.5 12.011
+ 220 opls_236 46 MET O 70 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 221 opls_238 47 TRP N 71 -0.5 15.0147
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+ 231 opls_501 47 TRP CD2 75 -0.055 12.011
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+ 244 opls_236 47 TRP O 81 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 245 opls_238 48 VAL N 82 -0.5 15.0147
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+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
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+
+[ bonds ]
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+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 204 206 209 211 3
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+ 207 206 209 211 3
+ 207 206 209 212 3
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+ 208 206 209 211 3
+ 208 206 209 212 3
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+ 209 212 215 217 3
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+ 229 228 231 235 3
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+ 228 229 232 234 3
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+ 263 247 249 259 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 245 247 249 250 3
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+ 248 247 249 253 3
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+ 245 247 263 265 3
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+ 249 247 263 265 3
+ 247 249 253 254 3
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+ 250 249 253 255 3
+ 250 249 253 256 3
+ 259 249 253 254 3
+ 259 249 253 255 3
+ 259 249 253 256 3
+ 247 249 259 260 3
+ 247 249 259 261 3
+ 247 249 259 262 3
+ 250 249 259 260 3
+ 250 249 259 261 3
+ 250 249 259 262 3
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+ 253 249 259 261 3
+ 253 249 259 262 3
+ 247 263 265 266 3
+ 247 263 265 267 3
+ 264 263 265 266 3
+ 264 263 265 267 3
+ 263 265 267 268 3
+ 263 265 267 271 3
+ 263 265 267 275 3
+ 266 265 267 268 3
+ 266 265 267 271 3
+ 266 265 267 275 3
+ 265 267 271 272 3
+ 265 267 271 273 3
+ 265 267 271 274 3
+ 268 267 271 272 3
+ 268 267 271 273 3
+ 268 267 271 274 3
+ 275 267 271 272 3
+ 275 267 271 273 3
+ 275 267 271 274 3
+ 265 267 275 276 3
+ 265 267 275 277 3
+ 268 267 275 276 3
+ 268 267 275 277 3
+ 271 267 275 276 3
+ 271 267 275 277 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 37 35 36 1 improper_O_C_X_Y
+ 35 38 37 46 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
+ 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
+ 53 58 56 57 1 improper_O_C_X_Y
+ 56 60 58 59 1 improper_Z_N_X_Y
+ 60 79 77 78 1 improper_O_C_X_Y
+ 62 65 68 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 70 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 72 68 69 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 66 74 70 71 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 68 74 72 73 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 70 72 74 75 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 77 81 79 80 1 improper_Z_N_X_Y
+ 81 91 89 90 1 improper_O_C_X_Y
+ 83 87 86 88 1 improper_O_C_X_Y
+ 89 93 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
+ 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
+ 117 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
+ 136 139 138 147 1 improper_Z_N_X_Y
+ 139 152 150 151 1 improper_O_C_X_Y
+ 150 154 152 153 1 improper_Z_N_X_Y
+ 154 164 162 163 1 improper_O_C_X_Y
+ 156 160 159 161 1 improper_O_C_X_Y
+ 162 166 164 165 1 improper_Z_N_X_Y
+ 166 185 183 184 1 improper_O_C_X_Y
+ 168 171 174 172 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 171 176 172 173 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 171 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 172 180 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 174 180 178 179 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 176 178 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 183 187 185 186 1 improper_Z_N_X_Y
+ 187 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 189 192 194 193 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 192 198 194 195 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 193 198 196 197 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 196 194 198 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 221 219 220 1 improper_O_C_X_Y
+ 219 223 221 222 1 improper_Z_N_X_Y
+ 223 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
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+ 229 234 232 233 1 improper_Z_N_X_Y
+ 234 241 237 238 1 improper_Z_CA_X_Y
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+ 237 239 241 242 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 240 239 235 241 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
+ 247 265 263 264 1 improper_O_C_X_Y
+ 263 267 265 266 1 improper_Z_N_X_Y
+ 267 276 275 277 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
+ 12 7 9 10 1
+ 25 21 23 24 1
+ 26 21 23 24 1
+ 31 21 29 30 1
+ 32 21 29 30 1
+ 109 104 107 108 1
+ 110 104 107 108 1
+ 126 119 124 125 1
+ 127 119 124 125 1
+ 132 121 130 131 1
+ 133 121 130 131 1
+ 215 212 213 214 1
+ 216 212 213 214 1
+ 253 249 251 252 1
+ 254 249 251 252 1
+ 259 249 257 258 1
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+ 271 267 269 270 1
+ 272 267 269 270 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
+ 52 51 49 53 2
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+ 73 72 68 74 2
+ 80 79 77 81 2
+ 92 91 89 93 2
+ 116 115 113 117 2
+ 153 152 150 154 2
+ 165 164 162 166 2
+ 173 172 171 176 2
+ 175 174 171 178 2
+ 177 176 172 180 2
+ 179 178 174 180 2
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+ 197 196 193 198 2
+ 199 198 194 196 2
+ 203 202 200 204 2
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+ 230 229 228 232 2
+ 233 232 229 234 2
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+ 238 237 234 241 2
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+ 242 241 237 239 2
+ 246 245 243 247 2
+ 266 265 263 267 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 27 21 23 24 -4
+ 28 21 23 24 4
+ 33 21 29 30 -4
+ 34 21 29 30 4
+ 41 40 38 43 4
+ 42 40 38 43 -4
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+ 47 46 37 43 4
+ 48 46 37 43 -4
+ 54 53 51 56 4
+ 55 53 51 56 -4
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+ 64 62 60 65 -4
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+ 85 83 81 86 -4
+ 96 95 93 98 4
+ 97 95 93 98 -4
+ 99 98 95 101 4
+ 100 98 95 101 -4
+ 102 101 98 104 4
+ 103 101 98 104 -4
+ 105 104 101 109 4
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+ 111 104 107 108 -4
+ 112 104 107 108 4
+ 122 121 119 132 4
+ 123 121 119 132 -4
+ 128 119 124 125 -4
+ 129 119 124 125 4
+ 134 121 130 131 -4
+ 135 121 130 131 4
+ 142 141 139 144 4
+ 143 141 139 144 -4
+ 145 144 141 147 4
+ 146 144 141 147 -4
+ 148 147 138 144 4
+ 149 147 138 144 -4
+ 157 156 154 159 4
+ 158 156 154 159 -4
+ 169 168 166 171 4
+ 170 168 166 171 -4
+ 190 189 187 192 4
+ 191 189 187 192 -4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 210 209 206 212 4
+ 211 209 206 212 -4
+ 217 212 213 214 -4
+ 218 212 213 214 4
+ 226 225 223 228 4
+ 227 225 223 228 -4
+ 255 249 251 252 -4
+ 256 249 251 252 4
+ 261 249 257 258 -4
+ 262 249 257 258 4
+ 273 267 269 270 -4
+ 274 267 269 270 4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 35 2
+ 22 21 19 25 31 2
+ 39 38 37 40 49 2
+ 61 60 58 62 77 2
+ 82 81 79 83 89 2
+ 94 93 91 95 113 2
+ 118 117 115 119 136 2
+ 120 119 121 117 126 2
+ 140 139 138 141 150 2
+ 155 154 152 156 162 2
+ 167 166 164 168 183 2
+ 188 187 185 189 200 2
+ 205 204 202 206 219 2
+ 224 223 221 225 243 2
+ 248 247 245 249 263 2
+ 250 249 247 253 259 2
+ 268 267 265 271 275 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
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+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">246</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 0
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+ 10 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 0
+ 11 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 0
+ 12 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 14.027
+ 13 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 0
+ 14 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 0
+ 15 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 14.027
+ 16 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 0
+ 17 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 0
+ 18 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 14.027
+ 19 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 0
+ 20 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 0
+ 21 MNH3 50 LYS MNZ1 6 0 8.51535
+ 22 MNH3 50 LYS MNZ2 6 0 8.51535
+ 23 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 0
+ 24 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 0
+ 25 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 0
+ 26 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 0
+ 27 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
+ 28 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 29 opls_238 51 SER N 8 -0.5 15.0147
+ 30 opls_241 51 SER H 8 0.3 0
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+ 32 opls_140 51 SER HA 8 0.06 0
+ 33 opls_157 51 SER CB 9 0.145 14.027
+ 34 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 0
+ 35 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 0
+ 36 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
+ 37 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
+ 38 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
+ 39 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 40 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 15.0147
+ 41 opls_241 52 GLY H 12 0.3 0
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+ 45 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
+ 46 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 47 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 15.0147
+ 48 opls_241 53 TYR H 14 0.3 0
+ 49 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 13.019
+ 50 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 0
+ 51 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 14.027
+ 52 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 0
+ 53 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 0
+ 54 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
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+ 58 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 0
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+ 60 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 0
+ 61 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 13.019
+ 62 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 0
+ 63 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
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+ 65 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
+ 66 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
+ 67 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 68 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 15.0147
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+ 70 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 13.019
+ 71 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 0
+ 72 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 14.027
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+ 74 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 0
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+ 78 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
+ 79 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 80 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 15.0147
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+ 89 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 0
+ 90 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
+ 91 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 92 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
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+ 100 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 0
+ 101 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 14.027
+ 102 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 0
+ 103 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 0
+ 104 opls_235 56 PRO C 33 0.5 12.011
+ 105 opls_236 56 PRO O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 106 opls_238 57 PHE N 34 -0.5 15.0147
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+ 109 opls_140 57 PHE HA 34 0.06 0
+ 110 opls_149 57 PHE CB 35 -0.005 14.027
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+ 113 opls_145 57 PHE CG 35 -0.115 12.011
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+ 118 opls_145 57 PHE CE1 38 -0.115 13.019
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+ 120 opls_145 57 PHE CE2 39 -0.115 13.019
+ 121 opls_146 57 PHE HE2 39 0.115 0
+ 122 opls_145 57 PHE CZ 40 -0.115 13.019
+ 123 opls_146 57 PHE HZ 40 0.115 0
+ 124 opls_235 57 PHE C 41 0.5 12.011
+ 125 opls_236 57 PHE O 41 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 126 opls_238 58 THR N 42 -0.5 15.0147
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+ 138 opls_140 58 THR HG22 44 0.06 0
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+ 140 opls_235 58 THR C 45 0.5 12.011
+ 141 opls_236 58 THR O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 142 opls_238 59 ILE N 46 -0.5 15.0147
+ 143 opls_241 59 ILE H 46 0.3 0
+ 144 opls_224B 59 ILE CA 46 0.14 13.019
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+ 146 opls_137 59 ILE CB 47 -0.06 13.019
+ 147 opls_140 59 ILE HB 47 0.06 0
+ 148 opls_136 59 ILE CG1 48 -0.12 14.027
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+ 154 opls_140 59 ILE HG21 49 0.06 0
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+ 156 opls_140 59 ILE HG23 49 0.06 0
+ 157 MCH3B 59 ILE MCD1 50 0 7.5175
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+ 160 opls_140 59 ILE HD1 50 0.06 0
+ 161 opls_140 59 ILE HD2 50 0.06 0
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+ 163 opls_235 59 ILE C 51 0.5 12.011
+ 164 opls_236 59 ILE O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISE q 0.0
+ 165 opls_238 60 HIS N 52 -0.5 15.0147
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+ 171 opls_140 60 HIS HB2 53 0.06 0
+ 172 opls_507 60 HIS CG 54 -0.015 12.011
+ 173 opls_511 60 HIS ND1 54 -0.49 14.0067
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+ 176 opls_506 60 HIS CE1 56 0.295 13.019
+ 177 opls_146 60 HIS HE1 56 0.115 0
+ 178 opls_503 60 HIS NE2 57 -0.57 15.0147
+ 179 opls_504 60 HIS HE2 57 0.42 0
+ 180 opls_235 60 HIS C 58 0.5 12.011
+ 181 opls_236 60 HIS O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 182 opls_238 61 VAL N 59 -0.5 15.0147
+ 183 opls_241 61 VAL H 59 0.3 0
+ 184 opls_224B 61 VAL CA 59 0.14 13.019
+ 185 opls_140 61 VAL HA 59 0.06 0
+ 186 opls_137 61 VAL CB 60 -0.06 13.019
+ 187 opls_140 61 VAL HB 60 0.06 0
+ 188 MCH3B 61 VAL MCG1 61 0 7.5175
+ 189 MCH3B 61 VAL MCG2 61 0 7.5175
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+ 194 MCH3B 61 VAL MCG1 62 0 7.5175
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+ 196 opls_135 61 VAL CG2 62 -0.18 0
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+ 200 opls_235 61 VAL C 63 0.5 12.011
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+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 202 opls_238 62 CYS N 64 -0.5 15.0147
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+ 204 opls_224B 62 CYS CA 64 0.14 13.019
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+ 209 opls_200 62 CYS SG 66 -0.335 32.06
+ 210 opls_204 62 CYS HG 66 0.155 1.008
+ 211 opls_235 62 CYS C 67 0.5 12.011
+ 212 opls_236 62 CYS O 67 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 213 opls_238 63 GLY N 68 -0.5 15.0147
+ 214 opls_241 63 GLY H 68 0.3 0
+ 215 opls_223B 63 GLY CA 68 0.08 14.027
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+ 218 opls_235 63 GLY C 69 0.5 12.011
+ 219 opls_236 63 GLY O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 220 opls_238 64 ALA N 70 -0.5 15.0147
+ 221 opls_241 64 ALA H 70 0.3 0
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+ 231 opls_236 64 ALA O 72 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 232 opls_239 65 PRO N 73 -0.14 14.0067
+ 233 opls_285 65 PRO CA 73 -0.09 13.019
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+ 243 opls_140 65 PRO HD2 76 0.06 0
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+ 246 opls_272 65 PRO O2 77 -0.8 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 3 4 1
+ 3 5 1
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+ 3 7 1
+ 7 8 1
+ 7 9 1
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+ 9 10 1
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+ 227 226 229 1
+ 228 226 229 1
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+ 233 244 246 1
+ 245 244 246 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
+ 4 3 7 9 3
+ 4 3 7 27 3
+ 5 3 7 8 3
+ 5 3 7 9 3
+ 5 3 7 27 3
+ 6 3 7 8 3
+ 6 3 7 9 3
+ 6 3 7 27 3
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+ 147 146 153 155 3
+ 147 146 153 156 3
+ 148 146 153 154 3
+ 148 146 153 155 3
+ 148 146 153 156 3
+ 146 148 159 160 3
+ 146 148 159 161 3
+ 146 148 159 162 3
+ 149 148 159 160 3
+ 149 148 159 161 3
+ 149 148 159 162 3
+ 150 148 159 160 3
+ 150 148 159 161 3
+ 150 148 159 162 3
+ 144 163 165 166 3
+ 144 163 165 167 3
+ 164 163 165 166 3
+ 164 163 165 167 3
+ 163 165 167 168 3
+ 163 165 167 169 3
+ 163 165 167 180 3
+ 166 165 167 168 3
+ 166 165 167 169 3
+ 166 165 167 180 3
+ 165 167 169 172 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 180 167 169 172 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 165 167 169 170 3
+ 165 167 169 171 3
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+ 168 167 169 171 3
+ 168 167 169 172 3
+ 180 167 169 170 3
+ 180 167 169 171 3
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+ 165 167 180 182 3
+ 168 167 180 181 3
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+ 169 167 180 181 3
+ 169 167 180 182 3
+ 167 169 172 173 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 167 169 172 174 3
+ 170 169 172 173 3
+ 170 169 172 174 3
+ 171 169 172 173 3
+ 171 169 172 174 3
+ 169 172 173 176 3
+ 174 172 173 176 3
+ 169 172 174 175 3
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+ 173 172 174 175 3
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+ 172 173 176 178 3
+ 172 174 178 176 3
+ 172 174 178 179 3
+ 175 174 178 176 3
+ 175 174 178 179 3
+ 173 176 178 174 3
+ 173 176 178 179 3
+ 177 176 178 174 3
+ 177 176 178 179 3
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+ 167 180 182 184 3
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+ 181 180 182 184 3
+ 180 182 184 185 3
+ 180 182 184 186 3
+ 180 182 184 200 3
+ 183 182 184 185 3
+ 183 182 184 186 3
+ 183 182 184 200 3
+ 182 184 186 190 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 182 184 186 196 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 200 184 186 190 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 200 184 186 196 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 182 184 186 187 3
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+ 185 184 186 190 3
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+ 187 186 190 192 3
+ 187 186 190 193 3
+ 196 186 190 191 3
+ 196 186 190 192 3
+ 196 186 190 193 3
+ 184 186 196 197 3
+ 184 186 196 198 3
+ 184 186 196 199 3
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+ 187 186 196 199 3
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+ 184 200 202 203 3
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+ 203 202 204 211 3
+ 202 204 206 209 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
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+ 240 238 241 242 3
+ 240 238 241 243 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
+ 27 31 29 30 1 improper_Z_N_X_Y
+ 31 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
+ 38 42 40 41 1 improper_Z_N_X_Y
+ 42 47 45 46 1 improper_O_C_X_Y
+ 45 49 47 48 1 improper_Z_N_X_Y
+ 49 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
+ 51 54 57 55 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 54 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 63 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 61 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
+ 70 80 78 79 1 improper_O_C_X_Y
+ 72 76 75 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 78 82 80 81 1 improper_Z_N_X_Y
+ 82 92 90 91 1 improper_O_C_X_Y
+ 90 93 92 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 106 104 105 1 improper_O_C_X_Y
+ 104 108 106 107 1 improper_Z_N_X_Y
+ 108 126 124 125 1 improper_O_C_X_Y
+ 110 113 116 114 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 113 118 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 113 120 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 114 122 118 119 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 116 122 120 121 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 118 120 122 123 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 124 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
+ 128 142 140 141 1 improper_O_C_X_Y
+ 140 144 142 143 1 improper_Z_N_X_Y
+ 144 165 163 164 1 improper_O_C_X_Y
+ 163 167 165 166 1 improper_Z_N_X_Y
+ 167 182 180 181 1 improper_O_C_X_Y
+ 169 172 174 173 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 172 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 173 178 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 176 174 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
+ 180 184 182 183 1 improper_Z_N_X_Y
+ 184 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 213 211 212 1 improper_O_C_X_Y
+ 211 215 213 214 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 220 218 219 1 improper_O_C_X_Y
+ 218 222 220 221 1 improper_Z_N_X_Y
+ 222 232 230 231 1 improper_O_C_X_Y
+ 230 233 232 241 1 improper_Z_N_X_Y
+ 233 245 244 246 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 23 18 21 22 1
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+ 86 82 84 85 1
+ 87 82 84 85 1
+ 136 130 134 135 1
+ 137 130 134 135 1
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+ 226 222 224 225 1
+ 227 222 224 225 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 30 29 27 31 2
+ 41 40 38 42 2
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+ 221 220 218 222 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 10 9 7 12 4
+ 11 9 7 12 -4
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+ 14 12 9 15 -4
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+ 17 15 12 18 -4
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+ 26 18 21 22 4
+ 34 33 31 36 4
+ 35 33 31 36 -4
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+ 44 42 40 45 -4
+ 52 51 49 54 4
+ 53 51 49 54 -4
+ 73 72 70 75 4
+ 74 72 70 75 -4
+ 88 82 84 85 -4
+ 89 82 84 85 4
+ 96 95 93 98 4
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+ 103 101 92 98 -4
+ 111 110 108 113 4
+ 112 110 108 113 -4
+ 138 130 134 135 -4
+ 139 130 134 135 4
+ 149 148 146 159 4
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+ 170 169 167 172 4
+ 171 169 167 172 -4
+ 192 186 188 189 -4
+ 193 186 188 189 4
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+ 199 186 194 195 4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
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+ 217 215 213 218 -4
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+ 229 222 224 225 4
+ 236 235 233 238 4
+ 237 235 233 238 -4
+ 239 238 235 241 4
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+ 242 241 232 238 4
+ 243 241 232 238 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 27 2
+ 32 31 29 33 38 2
+ 50 49 47 51 66 2
+ 71 70 68 72 78 2
+ 83 82 80 86 90 2
+ 94 93 92 95 104 2
+ 109 108 106 110 124 2
+ 129 128 126 130 140 2
+ 131 130 132 128 136 2
+ 145 144 142 146 163 2
+ 147 146 148 144 153 2
+ 168 167 165 169 180 2
+ 185 184 182 186 200 2
+ 187 186 184 190 196 2
+ 205 204 202 206 211 2
+ 223 222 220 226 230 2
+ 234 233 232 235 244 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">252</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 12.011
+ 8 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 1.008
+ 11 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
+ 12 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 13 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 14.0067
+ 14 opls_241 3 CYS H 4 0.3 1.008
+ 15 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 12.011
+ 16 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 1.008
+ 17 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 12.011
+ 18 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 1.008
+ 19 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 1.008
+ 20 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
+ 21 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
+ 22 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
+ 23 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 24 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 14.0067
+ 25 opls_241 4 ASP H 8 0.3 1.008
+ 26 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 12.011
+ 27 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 1.008
+ 28 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 12.011
+ 29 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 1.008
+ 30 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 1.008
+ 31 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
+ 32 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
+ 33 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
+ 34 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
+ 35 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 36 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 14.0067
+ 37 opls_241 5 GLU H 12 0.3 1.008
+ 38 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 12.011
+ 39 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 1.008
+ 40 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 12.011
+ 41 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 1.008
+ 42 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 1.008
+ 43 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 12.011
+ 44 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 1.008
+ 45 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 1.008
+ 46 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
+ 47 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
+ 48 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
+ 49 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
+ 50 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 51 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 14.0067
+ 52 opls_241 6 PHE H 17 0.3 1.008
+ 53 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 12.011
+ 54 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 1.008
+ 55 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 12.011
+ 56 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 1.008
+ 57 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 1.008
+ 58 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
+ 59 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 12.011
+ 60 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 1.008
+ 61 opls_145 6 PHE CD2 20 -0.115 12.011
+ 62 opls_146 6 PHE HD2 20 0.115 1.008
+ 63 opls_145 6 PHE CE1 21 -0.115 12.011
+ 64 opls_146 6 PHE HE1 21 0.115 1.008
+ 65 opls_145 6 PHE CE2 22 -0.115 12.011
+ 66 opls_146 6 PHE HE2 22 0.115 1.008
+ 67 opls_145 6 PHE CZ 23 -0.115 12.011
+ 68 opls_146 6 PHE HZ 23 0.115 1.008
+ 69 opls_235 6 PHE C 24 0.5 12.011
+ 70 opls_236 6 PHE O 24 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 71 opls_238 7 GLY N 25 -0.5 14.0067
+ 72 opls_241 7 GLY H 25 0.3 1.008
+ 73 opls_223B 7 GLY CA 25 0.08 12.011
+ 74 opls_140 7 GLY HA1 25 0.06 1.008
+ 75 opls_140 7 GLY HA2 25 0.06 1.008
+ 76 opls_235 7 GLY C 26 0.5 12.011
+ 77 opls_236 7 GLY O 26 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISE q 0.0
+ 78 opls_238 8 HIS N 27 -0.5 14.0067
+ 79 opls_241 8 HIS H 27 0.3 1.008
+ 80 opls_224B 8 HIS CA 27 0.14 12.011
+ 81 opls_140 8 HIS HA 27 0.06 1.008
+ 82 opls_505 8 HIS CB 28 -0.005 12.011
+ 83 opls_140 8 HIS HB1 28 0.06 1.008
+ 84 opls_140 8 HIS HB2 28 0.06 1.008
+ 85 opls_507 8 HIS CG 29 -0.015 12.011
+ 86 opls_511 8 HIS ND1 29 -0.49 14.0067
+ 87 opls_508 8 HIS CD2 30 0.015 12.011
+ 88 opls_146 8 HIS HD2 30 0.115 1.008
+ 89 opls_506 8 HIS CE1 31 0.295 12.011
+ 90 opls_146 8 HIS HE1 31 0.115 1.008
+ 91 opls_503 8 HIS NE2 32 -0.57 14.0067
+ 92 opls_504 8 HIS HE2 32 0.42 1.008
+ 93 opls_235 8 HIS C 33 0.5 12.011
+ 94 opls_236 8 HIS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 opls_238 9 ILE N 34 -0.5 14.0067
+ 96 opls_241 9 ILE H 34 0.3 1.008
+ 97 opls_224B 9 ILE CA 34 0.14 12.011
+ 98 opls_140 9 ILE HA 34 0.06 1.008
+ 99 opls_137 9 ILE CB 35 -0.06 12.011
+ 100 opls_140 9 ILE HB 35 0.06 1.008
+ 101 opls_136 9 ILE CG1 36 -0.12 12.011
+ 102 opls_140 9 ILE HG11 36 0.06 1.008
+ 103 opls_140 9 ILE HG12 36 0.06 1.008
+ 104 opls_135 9 ILE CG2 37 -0.18 12.011
+ 105 opls_140 9 ILE HG21 37 0.06 1.008
+ 106 opls_140 9 ILE HG22 37 0.06 1.008
+ 107 opls_140 9 ILE HG23 37 0.06 1.008
+ 108 opls_135 9 ILE CD 38 -0.18 12.011
+ 109 opls_140 9 ILE HD1 38 0.06 1.008
+ 110 opls_140 9 ILE HD2 38 0.06 1.008
+ 111 opls_140 9 ILE HD3 38 0.06 1.008
+ 112 opls_235 9 ILE C 39 0.5 12.011
+ 113 opls_236 9 ILE O 39 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 114 opls_238 10 LYS N 40 -0.5 14.0067
+ 115 opls_241 10 LYS H 40 0.3 1.008
+ 116 opls_224B 10 LYS CA 40 0.14 12.011
+ 117 opls_140 10 LYS HA 40 0.06 1.008
+ 118 opls_136 10 LYS CB 41 -0.12 12.011
+ 119 opls_140 10 LYS HB1 41 0.06 1.008
+ 120 opls_140 10 LYS HB2 41 0.06 1.008
+ 121 opls_136 10 LYS CG 42 -0.12 12.011
+ 122 opls_140 10 LYS HG1 42 0.06 1.008
+ 123 opls_140 10 LYS HG2 42 0.06 1.008
+ 124 opls_136 10 LYS CD 43 -0.12 12.011
+ 125 opls_140 10 LYS HD1 43 0.06 1.008
+ 126 opls_140 10 LYS HD2 43 0.06 1.008
+ 127 opls_292 10 LYS CE 44 0.19 12.011
+ 128 opls_140 10 LYS HE1 44 0.06 1.008
+ 129 opls_140 10 LYS HE2 44 0.06 1.008
+ 130 opls_287 10 LYS NZ 45 -0.3 14.0067
+ 131 opls_290 10 LYS HZ1 45 0.33 1.008
+ 132 opls_290 10 LYS HZ2 45 0.33 1.008
+ 133 opls_290 10 LYS HZ3 45 0.33 1.008
+ 134 opls_235 10 LYS C 46 0.5 12.011
+ 135 opls_236 10 LYS O 46 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 136 opls_238 11 LEU N 47 -0.5 14.0067
+ 137 opls_241 11 LEU H 47 0.3 1.008
+ 138 opls_224B 11 LEU CA 47 0.14 12.011
+ 139 opls_140 11 LEU HA 47 0.06 1.008
+ 140 opls_136 11 LEU CB 48 -0.12 12.011
+ 141 opls_140 11 LEU HB1 48 0.06 1.008
+ 142 opls_140 11 LEU HB2 48 0.06 1.008
+ 143 opls_137 11 LEU CG 49 -0.06 12.011
+ 144 opls_140 11 LEU HG 49 0.06 1.008
+ 145 opls_135 11 LEU CD1 50 -0.18 12.011
+ 146 opls_140 11 LEU HD11 50 0.06 1.008
+ 147 opls_140 11 LEU HD12 50 0.06 1.008
+ 148 opls_140 11 LEU HD13 50 0.06 1.008
+ 149 opls_135 11 LEU CD2 51 -0.18 12.011
+ 150 opls_140 11 LEU HD21 51 0.06 1.008
+ 151 opls_140 11 LEU HD22 51 0.06 1.008
+ 152 opls_140 11 LEU HD23 51 0.06 1.008
+ 153 opls_235 11 LEU C 52 0.5 12.011
+ 154 opls_236 11 LEU O 52 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 155 opls_238 12 MET N 53 -0.5 14.0067
+ 156 opls_241 12 MET H 53 0.3 1.008
+ 157 opls_224B 12 MET CA 53 0.14 12.011
+ 158 opls_140 12 MET HA 53 0.06 1.008
+ 159 opls_136 12 MET CB 54 -0.12 12.011
+ 160 opls_140 12 MET HB1 54 0.06 1.008
+ 161 opls_140 12 MET HB2 54 0.06 1.008
+ 162 opls_210 12 MET CG 55 0.048 12.011
+ 163 opls_140 12 MET HG1 55 0.06 1.008
+ 164 opls_140 12 MET HG2 55 0.06 1.008
+ 165 opls_202 12 MET SD 56 -0.335 32.06
+ 166 opls_209 12 MET CE 57 -0.013 12.011
+ 167 opls_140 12 MET HE1 57 0.06 1.008
+ 168 opls_140 12 MET HE2 57 0.06 1.008
+ 169 opls_140 12 MET HE3 57 0.06 1.008
+ 170 opls_235 12 MET C 58 0.5 12.011
+ 171 opls_236 12 MET O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 172 opls_238 13 ASN N 59 -0.5 14.0067
+ 173 opls_241 13 ASN H 59 0.3 1.008
+ 174 opls_224B 13 ASN CA 60 0.14 12.011
+ 175 opls_140 13 ASN HA 60 0.06 1.008
+ 176 opls_136 13 ASN CB 61 -0.12 12.011
+ 177 opls_140 13 ASN HB1 61 0.06 1.008
+ 178 opls_140 13 ASN HB2 61 0.06 1.008
+ 179 opls_235 13 ASN CG 62 0.5 12.011
+ 180 opls_236 13 ASN OD1 62 -0.5 15.9994
+ 181 opls_237 13 ASN ND2 63 -0.76 14.0067
+ 182 opls_240 13 ASN HD21 63 0.38 1.008
+ 183 opls_240 13 ASN HD22 63 0.38 1.008
+ 184 opls_235 13 ASN C 64 0.5 12.011
+ 185 opls_236 13 ASN O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 186 opls_239 14 PRO N 65 -0.14 14.0067
+ 187 opls_246 14 PRO CA 65 0.01 12.011
+ 188 opls_140 14 PRO HA 65 0.06 1.008
+ 189 opls_136 14 PRO CB 66 -0.12 12.011
+ 190 opls_140 14 PRO HB1 66 0.06 1.008
+ 191 opls_140 14 PRO HB2 66 0.06 1.008
+ 192 opls_136 14 PRO CG 67 -0.12 12.011
+ 193 opls_140 14 PRO HG1 67 0.06 1.008
+ 194 opls_140 14 PRO HG2 67 0.06 1.008
+ 195 opls_245 14 PRO CD 68 -0.05 12.011
+ 196 opls_140 14 PRO HD1 68 0.06 1.008
+ 197 opls_140 14 PRO HD2 68 0.06 1.008
+ 198 opls_235 14 PRO C 69 0.5 12.011
+ 199 opls_236 14 PRO O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
+ 200 opls_238 15 GLN N 70 -0.5 14.0067
+ 201 opls_241 15 GLN H 70 0.3 1.008
+ 202 opls_224B 15 GLN CA 71 0.14 12.011
+ 203 opls_140 15 GLN HA 71 0.06 1.008
+ 204 opls_136 15 GLN CB 72 -0.12 12.011
+ 205 opls_140 15 GLN HB1 72 0.06 1.008
+ 206 opls_140 15 GLN HB2 72 0.06 1.008
+ 207 opls_136 15 GLN CG 73 -0.12 12.011
+ 208 opls_140 15 GLN HG1 73 0.06 1.008
+ 209 opls_140 15 GLN HG2 73 0.06 1.008
+ 210 opls_235 15 GLN CD 74 0.5 12.011
+ 211 opls_236 15 GLN OE1 74 -0.5 15.9994
+ 212 opls_237 15 GLN NE2 75 -0.76 14.0067
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+ 140 143 144 1
+ 140 143 145 1
+ 140 143 149 1
+ 144 143 145 1
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+ 146 145 148 1
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+ 243 250 252 1
+ 251 250 252 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 6 3
+ 2 1 5 7 3
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
+ 3 1 5 11 3
+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 11 3
+ 1 5 7 8 3
+ 1 5 7 9 3
+ 1 5 7 10 3
+ 6 5 7 8 3
+ 6 5 7 9 3
+ 6 5 7 10 3
+ 11 5 7 8 3
+ 11 5 7 9 3
+ 11 5 7 10 3
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+ 6 5 11 13 3
+ 7 5 11 12 3
+ 7 5 11 13 3
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+ 27 26 34 36 3
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+ 29 28 31 33 3
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+ 30 28 31 33 3
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+ 37 36 38 49 3
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+ 49 38 40 43 3 dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
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+ 49 38 40 42 3
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+ 39 38 49 51 3
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+ 45 43 46 48 3
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+ 38 49 51 53 3
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+ 50 49 51 53 3
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+ 69 53 55 58 3
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+ 51 53 69 71 3
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+ 54 53 69 71 3
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+ 55 53 69 71 3
+ 53 55 58 59 3
+ 53 55 58 61 3
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+ 56 55 58 61 3
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+ 57 55 58 61 3
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+ 55 58 59 63 3
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+ 61 58 59 63 3
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+ 66 65 67 68 3
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+ 70 69 71 73 3
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+ 75 73 76 78 3
+ 73 76 78 79 3
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+ 77 76 78 79 3
+ 77 76 78 80 3
+ 76 78 80 81 3
+ 76 78 80 82 3
+ 76 78 80 93 3
+ 79 78 80 81 3
+ 79 78 80 82 3
+ 79 78 80 93 3
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+ 93 80 82 85 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
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+ 78 80 82 84 3
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+ 93 80 82 84 3
+ 78 80 93 94 3
+ 78 80 93 95 3
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+ 81 80 93 95 3
+ 82 80 93 94 3
+ 82 80 93 95 3
+ 80 82 85 86 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 80 82 85 87 3
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+ 84 82 85 87 3
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+ 87 85 86 89 3
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+ 86 85 87 91 3
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+ 85 86 89 91 3
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+ 88 87 91 92 3
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+ 86 89 91 92 3
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+ 90 89 91 92 3
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+ 80 93 95 97 3
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+ 94 93 95 97 3
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+ 93 95 97 99 3
+ 93 95 97 112 3
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+ 96 95 97 99 3
+ 96 95 97 112 3
+ 95 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 95 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
+ 112 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 112 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 95 97 99 100 3
+ 98 97 99 100 3
+ 98 97 99 101 3
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+ 112 97 99 100 3
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+ 98 97 112 114 3
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+ 99 97 112 114 3
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+ 97 99 101 108 3
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+ 242 241 243 250 3
+ 241 243 245 248 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 250 243 245 248 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 241 243 245 246 3
+ 241 243 245 247 3
+ 244 243 245 246 3
+ 244 243 245 247 3
+ 244 243 245 248 3
+ 250 243 245 246 3
+ 250 243 245 247 3
+ 241 243 250 251 3
+ 241 243 250 252 3
+ 244 243 250 251 3
+ 244 243 250 252 3
+ 245 243 250 251 3
+ 245 243 250 252 3
+ 243 245 248 249 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 246 245 248 249 3
+ 247 245 248 249 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
+ 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
+ 15 24 22 23 1 improper_O_C_X_Y
+ 22 26 24 25 1 improper_Z_N_X_Y
+ 26 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
+ 28 32 31 33 1 improper_O_C_X_Y
+ 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
+ 43 47 46 48 1 improper_O_C_X_Y
+ 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
+ 53 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
+ 55 58 61 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 65 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 61 67 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 65 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
+ 73 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
+ 80 95 93 94 1 improper_O_C_X_Y
+ 82 85 87 86 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 85 91 87 88 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 86 91 89 90 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 89 87 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 97 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
+ 97 114 112 113 1 improper_O_C_X_Y
+ 112 116 114 115 1 improper_Z_N_X_Y
+ 116 136 134 135 1 improper_O_C_X_Y
+ 134 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
+ 138 155 153 154 1 improper_O_C_X_Y
+ 153 157 155 156 1 improper_Z_N_X_Y
+ 157 172 170 171 1 improper_O_C_X_Y
+ 170 174 172 173 1 improper_Z_N_X_Y
+ 174 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
+ 176 181 179 180 1 improper_O_C_X_Y
+ 179 182 181 183 1 improper_Z_N_X_Y
+ 184 187 186 195 1 improper_Z_N_X_Y
+ 187 200 198 199 1 improper_O_C_X_Y
+ 198 202 200 201 1 improper_Z_N_X_Y
+ 202 217 215 216 1 improper_O_C_X_Y
+ 207 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
+ 210 213 212 214 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 219 217 218 1 improper_Z_N_X_Y
+ 219 241 239 240 1 improper_O_C_X_Y
+ 227 232 230 231 1 improper_Z_N_X_Y
+ 230 233 232 236 1 improper_O_C_X_Y
+ 232 234 233 235 1 improper_Z_N_X_Y
+ 232 237 236 238 1 improper_Z_N_X_Y
+ 239 243 241 242 1 improper_Z_N_X_Y
+ 243 251 250 252 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">281</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 opls_287 18 THR N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 18 THR H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 18 THR H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 18 THR H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 18 THR HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_158 18 THR CB 2 0.205 12.011
+ 8 opls_140 18 THR HB 2 0.06 1.008
+ 9 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
+ 10 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
+ 11 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 12.011
+ 12 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 1.008
+ 13 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 1.008
+ 14 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 1.008
+ 15 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
+ 16 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 14.0067
+ 18 opls_241 19 VAL H 5 0.3 1.008
+ 19 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 12.011
+ 20 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 1.008
+ 21 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 12.011
+ 22 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 1.008
+ 23 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 12.011
+ 24 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 1.008
+ 25 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 1.008
+ 26 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 1.008
+ 27 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 12.011
+ 28 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 1.008
+ 29 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 1.008
+ 30 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 1.008
+ 31 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
+ 32 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 33 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 14.0067
+ 34 opls_241 20 TRP H 10 0.3 1.008
+ 35 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 12.011
+ 36 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 1.008
+ 37 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 12.011
+ 38 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 1.008
+ 39 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 1.008
+ 40 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
+ 41 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 12.011
+ 42 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 1.008
+ 43 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
+ 44 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 14.0067
+ 45 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 1.008
+ 46 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
+ 47 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 12.011
+ 48 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 1.008
+ 49 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 12.011
+ 50 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 1.008
+ 51 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 12.011
+ 52 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 1.008
+ 53 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 12.011
+ 54 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 1.008
+ 55 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
+ 56 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 57 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 14.0067
+ 58 opls_241 21 TYR H 21 0.3 1.008
+ 59 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 12.011
+ 60 opls_140 21 TYR HA 21 0.06 1.008
+ 61 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 12.011
+ 62 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 1.008
+ 63 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 1.008
+ 64 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
+ 65 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 12.011
+ 66 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 1.008
+ 67 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 12.011
+ 68 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 1.008
+ 69 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 12.011
+ 70 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 1.008
+ 71 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 12.011
+ 72 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 1.008
+ 73 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
+ 74 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
+ 75 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
+ 76 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
+ 77 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 78 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 14.0067
+ 79 opls_241 22 LYS H 29 0.3 1.008
+ 80 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 12.011
+ 81 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 1.008
+ 82 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 12.011
+ 83 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 1.008
+ 84 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 1.008
+ 85 opls_136 22 LYS CG 31 -0.12 12.011
+ 86 opls_140 22 LYS HG1 31 0.06 1.008
+ 87 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 1.008
+ 88 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 12.011
+ 89 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 1.008
+ 90 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 1.008
+ 91 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 12.011
+ 92 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 1.008
+ 93 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 1.008
+ 94 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 14.0067
+ 95 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 1.008
+ 96 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 1.008
+ 97 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 1.008
+ 98 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
+ 99 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 100 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 14.0067
+ 101 opls_241 23 GLU H 36 0.3 1.008
+ 102 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 12.011
+ 103 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 1.008
+ 104 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 12.011
+ 105 opls_140 23 GLU HB1 37 0.06 1.008
+ 106 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 1.008
+ 107 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 12.011
+ 108 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 1.008
+ 109 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 1.008
+ 110 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
+ 111 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
+ 112 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
+ 113 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
+ 114 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 115 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 14.0067
+ 116 opls_241 24 TRP H 41 0.3 1.008
+ 117 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 12.011
+ 118 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 1.008
+ 119 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 12.011
+ 120 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 1.008
+ 121 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 1.008
+ 122 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
+ 123 opls_514 24 TRP CD1 44 -0.115 12.011
+ 124 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 1.008
+ 125 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
+ 126 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 14.0067
+ 127 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 1.008
+ 128 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
+ 129 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 12.011
+ 130 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 1.008
+ 131 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 12.011
+ 132 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 1.008
+ 133 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 12.011
+ 134 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 1.008
+ 135 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 12.011
+ 136 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 1.008
+ 137 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
+ 138 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 139 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
+ 140 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 12.011
+ 141 opls_140 25 PRO HA 52 0.06 1.008
+ 142 opls_136 25 PRO CB 53 -0.12 12.011
+ 143 opls_140 25 PRO HB1 53 0.06 1.008
+ 144 opls_140 25 PRO HB2 53 0.06 1.008
+ 145 opls_136 25 PRO CG 54 -0.12 12.011
+ 146 opls_140 25 PRO HG1 54 0.06 1.008
+ 147 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 1.008
+ 148 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 12.011
+ 149 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 1.008
+ 150 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 1.008
+ 151 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
+ 152 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 153 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
+ 154 opls_246 26 PRO CA 57 0.01 12.011
+ 155 opls_140 26 PRO HA 57 0.06 1.008
+ 156 opls_136 26 PRO CB 58 -0.12 12.011
+ 157 opls_140 26 PRO HB1 58 0.06 1.008
+ 158 opls_140 26 PRO HB2 58 0.06 1.008
+ 159 opls_136 26 PRO CG 59 -0.12 12.011
+ 160 opls_140 26 PRO HG1 59 0.06 1.008
+ 161 opls_140 26 PRO HG2 59 0.06 1.008
+ 162 opls_245 26 PRO CD 60 -0.05 12.011
+ 163 opls_140 26 PRO HD1 60 0.06 1.008
+ 164 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 1.008
+ 165 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
+ 166 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 167 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 14.0067
+ 168 opls_241 27 CYS H 62 0.3 1.008
+ 169 opls_224B 27 CYS CA 62 0.14 12.011
+ 170 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 1.008
+ 171 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 12.011
+ 172 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 1.008
+ 173 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 1.008
+ 174 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
+ 175 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
+ 176 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
+ 177 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 178 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 14.0067
+ 179 opls_241 28 ARG H 66 0.3 1.008
+ 180 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 12.011
+ 181 opls_140 28 ARG HA 66 0.06 1.008
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+ 184 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 1.008
+ 185 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 12.011
+ 186 opls_140 28 ARG HG1 68 0.06 1.008
+ 187 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 1.008
+ 188 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 12.011
+ 189 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 1.008
+ 190 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 1.008
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+ 195 opls_301 28 ARG HH11 71 0.46 1.008
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+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
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+ 259 opls_235 32 HIS C 97 0.5 12.011
+ 260 opls_236 32 HIS O 97 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 274 opls_146 33 PHE HE1 102 0.115 1.008
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+ 279 opls_271 33 PHE C 105 0.7 12.011
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+ 281 opls_272 33 PHE O2 105 -0.8 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
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+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 265 268 271 1
+ 269 268 271 1
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+ 270 269 273 1
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+ 269 273 277 1
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+ 271 275 277 1
+ 276 275 277 1
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+ 273 277 278 1
+ 275 277 278 1
+ 263 279 280 1
+ 263 279 281 1
+ 280 279 281 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 6 3
+ 2 1 5 7 3
+ 2 1 5 15 3
+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
+ 3 1 5 15 3
+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 15 3
+ 1 5 7 9 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 15 5 7 9 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 1 5 7 8 3
+ 1 5 7 11 3
+ 6 5 7 8 3
+ 6 5 7 9 3
+ 6 5 7 11 3
+ 15 5 7 8 3
+ 15 5 7 11 3
+ 1 5 15 16 3
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+ 6 5 15 17 3
+ 7 5 15 16 3
+ 7 5 15 17 3
+ 5 7 9 10 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 8 7 9 10 3
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+ 9 7 11 13 3
+ 9 7 11 14 3
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+ 18 17 19 31 3
+ 17 19 21 23 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
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+ 31 19 21 27 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
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+ 17 19 31 32 3
+ 17 19 31 33 3
+ 20 19 31 32 3
+ 20 19 31 33 3
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+ 66 65 69 73 3
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+ 64 67 71 73 3
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+ 68 67 71 73 3
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+ 143 142 145 147 3
+ 143 142 145 148 3
+ 144 142 145 146 3
+ 144 142 145 147 3
+ 144 142 145 148 3
+ 142 145 148 139 3
+ 142 145 148 149 3
+ 142 145 148 150 3
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+ 146 145 148 149 3
+ 146 145 148 150 3
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+ 147 145 148 149 3
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+ 162 153 154 165 3
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+ 153 154 165 167 3
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+ 156 154 165 167 3
+ 154 156 159 160 3
+ 154 156 159 161 3
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+ 158 156 159 161 3
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+ 160 159 162 164 3
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+ 154 165 167 169 3
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+ 168 167 169 171 3
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+ 176 169 171 172 3
+ 176 169 171 173 3
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+ 179 178 180 200 3
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+ 180 182 185 188 3
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+ 183 182 185 187 3
+ 183 182 185 188 3
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+ 184 182 185 187 3
+ 184 182 185 188 3
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+ 186 185 188 190 3
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+ 187 185 188 190 3
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+ 189 188 191 193 3
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+ 190 188 191 193 3
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+ 188 191 193 197 3
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+ 192 191 193 197 3
+ 191 193 194 195 3
+ 191 193 194 196 3
+ 197 193 194 195 3
+ 197 193 194 196 3
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+ 191 193 197 199 3
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+ 194 193 197 199 3
+ 180 200 202 203 3
+ 180 200 202 204 3
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+ 201 200 202 204 3
+ 200 202 204 205 3
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+ 204 206 209 210 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
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+ 204 217 219 221 3
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+ 219 221 231 233 3
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+ 223 221 231 232 3
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+ 221 223 226 228 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
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+ 223 226 228 230 3
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+ 235 237 240 241 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
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+ 246 248 251 252 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
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+ 271 275 277 278 3
+ 276 275 277 273 3
+ 276 275 277 278 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 33 31 32 1 improper_O_C_X_Y
+ 31 35 33 34 1 improper_Z_N_X_Y
+ 35 57 55 56 1 improper_O_C_X_Y
+ 37 40 43 41 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 40 44 41 42 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 41 46 44 45 1 improper_Z_N_X_Y
+ 46 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 48 47 43 51 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 49 51 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 52 51 47 53 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 59 57 58 1 improper_Z_N_X_Y
+ 59 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 61 64 67 65 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 64 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 64 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 73 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 67 73 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 71 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
+ 80 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
+ 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 102 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
+ 107 111 110 112 1 improper_O_C_X_Y
+ 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
+ 117 139 137 138 1 improper_O_C_X_Y
+ 119 122 125 123 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 122 126 123 124 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 123 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
+ 128 135 131 132 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 130 129 125 133 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 131 133 135 136 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 134 133 129 135 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 137 140 139 148 1 improper_Z_N_X_Y
+ 140 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
+ 151 154 153 162 1 improper_Z_N_X_Y
+ 154 167 165 166 1 improper_O_C_X_Y
+ 165 169 167 168 1 improper_Z_N_X_Y
+ 169 178 176 177 1 improper_O_C_X_Y
+ 176 180 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
+ 180 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 188 193 191 192 1 improper_Z_N_X_Y
+ 191 194 193 197 1 improper_O_C_X_Y
+ 193 195 194 196 1 improper_Z_N_X_Y
+ 193 198 197 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 219 217 218 1 improper_O_C_X_Y
+ 206 209 211 210 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 209 215 211 212 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 210 215 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 213 211 215 216 1 improper_Z_N_X_Y
+ 217 221 219 220 1 improper_Z_N_X_Y
+ 221 233 231 232 1 improper_O_C_X_Y
+ 223 228 226 227 1 improper_O_C_X_Y
+ 226 229 228 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 235 233 234 1 improper_Z_N_X_Y
+ 235 244 242 243 1 improper_O_C_X_Y
+ 242 246 244 245 1 improper_Z_N_X_Y
+ 246 261 259 260 1 improper_O_C_X_Y
+ 248 251 253 252 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 251 257 253 254 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 252 257 255 256 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 255 253 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
+ 259 263 261 262 1 improper_Z_N_X_Y
+ 263 280 279 281 1 improper_O_C_X_Y
+ 265 268 271 269 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 268 273 269 270 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 268 275 271 272 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 269 277 273 274 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 271 277 275 276 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 273 275 277 278 1 improper_Z_CA_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">255</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 12.011
+ 8 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 1.008
+ 11 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
+ 12 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 13 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 14.0067
+ 14 opls_241 35 VAL H 4 0.3 1.008
+ 15 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 12.011
+ 16 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 1.008
+ 17 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 12.011
+ 18 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 1.008
+ 19 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 12.011
+ 20 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 1.008
+ 21 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 1.008
+ 22 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 1.008
+ 23 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 12.011
+ 24 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 1.008
+ 25 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 1.008
+ 26 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 1.008
+ 27 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
+ 28 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 29 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
+ 30 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 12.011
+ 31 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 1.008
+ 32 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 12.011
+ 33 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 1.008
+ 34 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 1.008
+ 35 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 12.011
+ 36 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 1.008
+ 37 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 1.008
+ 38 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 12.011
+ 39 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 1.008
+ 40 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 1.008
+ 41 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
+ 42 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 43 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 14.0067
+ 44 opls_241 37 GLY H 14 0.3 1.008
+ 45 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 12.011
+ 46 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 1.008
+ 47 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 1.008
+ 48 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
+ 49 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 50 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 14.0067
+ 51 opls_241 38 TYR H 16 0.3 1.008
+ 52 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 12.011
+ 53 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 1.008
+ 54 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 12.011
+ 55 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 1.008
+ 56 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 1.008
+ 57 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
+ 58 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 12.011
+ 59 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 1.008
+ 60 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 12.011
+ 61 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 1.008
+ 62 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 12.011
+ 63 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 1.008
+ 64 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 12.011
+ 65 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 1.008
+ 66 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
+ 67 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
+ 68 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
+ 69 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
+ 70 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 71 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 14.0067
+ 72 opls_241 39 ASP H 24 0.3 1.008
+ 73 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 12.011
+ 74 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 1.008
+ 75 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 12.011
+ 76 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 1.008
+ 77 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 1.008
+ 78 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
+ 79 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
+ 80 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
+ 81 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
+ 82 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 83 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 14.0067
+ 84 opls_241 40 LYS H 28 0.3 1.008
+ 85 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 12.011
+ 86 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 1.008
+ 87 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 12.011
+ 88 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 1.008
+ 89 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 1.008
+ 90 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 12.011
+ 91 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 1.008
+ 92 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 1.008
+ 93 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 12.011
+ 94 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 1.008
+ 95 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 1.008
+ 96 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 12.011
+ 97 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 1.008
+ 98 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 1.008
+ 99 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 14.0067
+ 100 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 1.008
+ 101 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 1.008
+ 102 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 1.008
+ 103 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
+ 104 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 105 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 14.0067
+ 106 opls_241 41 ILE H 35 0.3 1.008
+ 107 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 12.011
+ 108 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 1.008
+ 109 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 12.011
+ 110 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 1.008
+ 111 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 12.011
+ 112 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 1.008
+ 113 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 1.008
+ 114 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 12.011
+ 115 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 1.008
+ 116 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 1.008
+ 117 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 1.008
+ 118 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 12.011
+ 119 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 1.008
+ 120 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 1.008
+ 121 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 1.008
+ 122 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
+ 123 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 124 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
+ 125 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 12.011
+ 126 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 1.008
+ 127 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 12.011
+ 128 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 1.008
+ 129 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 1.008
+ 130 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 12.011
+ 131 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 1.008
+ 132 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 1.008
+ 133 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 12.011
+ 134 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 1.008
+ 135 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 1.008
+ 136 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
+ 137 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 138 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 14.0067
+ 139 opls_241 43 ASP H 46 0.3 1.008
+ 140 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 12.011
+ 141 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 1.008
+ 142 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 12.011
+ 143 opls_140 43 ASP HB1 47 0.06 1.008
+ 144 opls_140 43 ASP HB2 47 0.06 1.008
+ 145 opls_271 43 ASP CG 48 0.7 12.011
+ 146 opls_272 43 ASP OD1 48 -0.8 15.9994
+ 147 opls_272 43 ASP OD2 48 -0.8 15.9994
+ 148 opls_235 43 ASP C 49 0.5 12.011
+ 149 opls_236 43 ASP O 49 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 150 opls_238 44 TYR N 50 -0.5 14.0067
+ 151 opls_241 44 TYR H 50 0.3 1.008
+ 152 opls_224B 44 TYR CA 50 0.14 12.011
+ 153 opls_140 44 TYR HA 50 0.06 1.008
+ 154 opls_149 44 TYR CB 51 -0.005 12.011
+ 155 opls_140 44 TYR HB1 51 0.06 1.008
+ 156 opls_140 44 TYR HB2 51 0.06 1.008
+ 157 opls_145 44 TYR CG 51 -0.115 12.011
+ 158 opls_145 44 TYR CD1 52 -0.115 12.011
+ 159 opls_146 44 TYR HD1 52 0.115 1.008
+ 160 opls_145 44 TYR CD2 53 -0.115 12.011
+ 161 opls_146 44 TYR HD2 53 0.115 1.008
+ 162 opls_145 44 TYR CE1 54 -0.115 12.011
+ 163 opls_146 44 TYR HE1 54 0.115 1.008
+ 164 opls_145 44 TYR CE2 55 -0.115 12.011
+ 165 opls_146 44 TYR HE2 55 0.115 1.008
+ 166 opls_166 44 TYR CZ 56 0.15 12.011
+ 167 opls_167 44 TYR OH 56 -0.585 15.9994
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 2 1 5 7 3
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
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+ 4 1 5 11 3
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+ 193 192 195 198 3
+ 194 192 195 196 3
+ 194 192 195 197 3
+ 194 192 195 198 3
+ 192 195 198 199 3
+ 196 195 198 199 3
+ 197 195 198 199 3
+ 195 198 199 200 3
+ 195 198 199 201 3
+ 195 198 199 202 3
+ 190 203 205 206 3
+ 190 203 205 207 3
+ 204 203 205 206 3
+ 204 203 205 207 3
+ 203 205 207 208 3
+ 203 205 207 209 3
+ 203 205 207 227 3
+ 206 205 207 208 3
+ 206 205 207 209 3
+ 206 205 207 227 3
+ 205 207 209 212 3 dih_TRP_chi1_N_C_C_C
+ 227 207 209 212 3 dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
+ 205 207 209 210 3
+ 205 207 209 211 3
+ 208 207 209 210 3
+ 208 207 209 211 3
+ 208 207 209 212 3
+ 227 207 209 210 3
+ 227 207 209 211 3
+ 205 207 227 228 3
+ 205 207 227 229 3
+ 208 207 227 228 3
+ 208 207 227 229 3
+ 209 207 227 228 3
+ 209 207 227 229 3
+ 207 209 212 213 3
+ 207 209 212 215 3
+ 210 209 212 213 3
+ 210 209 212 215 3
+ 211 209 212 213 3
+ 211 209 212 215 3
+ 209 212 213 214 3
+ 209 212 213 216 3
+ 215 212 213 214 3
+ 215 212 213 216 3
+ 209 212 215 218 3
+ 209 212 215 219 3
+ 213 212 215 218 3
+ 213 212 215 219 3
+ 212 213 216 217 3
+ 212 213 216 218 3
+ 214 213 216 217 3
+ 214 213 216 218 3
+ 212 215 218 216 3
+ 212 215 218 221 3
+ 219 215 218 216 3
+ 219 215 218 221 3
+ 212 215 219 220 3
+ 212 215 219 223 3
+ 218 215 219 220 3
+ 218 215 219 223 3
+ 213 216 218 215 3
+ 213 216 218 221 3
+ 217 216 218 215 3
+ 217 216 218 221 3
+ 215 218 221 222 3
+ 215 218 221 225 3
+ 216 218 221 222 3
+ 216 218 221 225 3
+ 215 219 223 224 3
+ 215 219 223 225 3
+ 220 219 223 224 3
+ 220 219 223 225 3
+ 218 221 225 223 3
+ 218 221 225 226 3
+ 222 221 225 223 3
+ 222 221 225 226 3
+ 219 223 225 221 3
+ 219 223 225 226 3
+ 224 223 225 221 3
+ 224 223 225 226 3
+ 207 227 229 230 3
+ 207 227 229 231 3
+ 228 227 229 230 3
+ 228 227 229 231 3
+ 227 229 231 232 3
+ 227 229 231 233 3
+ 227 229 231 243 3
+ 230 229 231 232 3
+ 230 229 231 233 3
+ 230 229 231 243 3
+ 229 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 229 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 243 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 243 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 229 231 233 234 3
+ 232 231 233 234 3
+ 232 231 233 235 3
+ 232 231 233 239 3
+ 243 231 233 234 3
+ 229 231 243 244 3
+ 229 231 243 245 3
+ 232 231 243 244 3
+ 232 231 243 245 3
+ 233 231 243 244 3
+ 233 231 243 245 3
+ 231 233 235 236 3
+ 231 233 235 237 3
+ 231 233 235 238 3
+ 234 233 235 236 3
+ 234 233 235 237 3
+ 234 233 235 238 3
+ 239 233 235 236 3
+ 239 233 235 237 3
+ 239 233 235 238 3
+ 231 233 239 240 3
+ 231 233 239 241 3
+ 231 233 239 242 3
+ 234 233 239 240 3
+ 234 233 239 241 3
+ 234 233 239 242 3
+ 235 233 239 240 3
+ 235 233 239 241 3
+ 235 233 239 242 3
+ 231 243 245 246 3
+ 231 243 245 247 3
+ 244 243 245 246 3
+ 244 243 245 247 3
+ 243 245 247 248 3
+ 243 245 247 249 3
+ 243 245 247 253 3
+ 246 245 247 248 3
+ 246 245 247 249 3
+ 246 245 247 253 3
+ 245 247 249 250 3
+ 245 247 249 251 3
+ 245 247 249 252 3
+ 248 247 249 250 3
+ 248 247 249 251 3
+ 248 247 249 252 3
+ 253 247 249 250 3
+ 253 247 249 251 3
+ 253 247 249 252 3
+ 245 247 253 254 3
+ 245 247 253 255 3
+ 248 247 253 254 3
+ 248 247 253 255 3
+ 249 247 253 254 3
+ 249 247 253 255 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
+ 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
+ 15 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
+ 27 30 29 38 1 improper_Z_N_X_Y
+ 30 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
+ 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
+ 45 50 48 49 1 improper_O_C_X_Y
+ 48 52 50 51 1 improper_Z_N_X_Y
+ 52 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
+ 54 57 60 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 62 58 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 64 60 61 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 66 62 63 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 60 66 64 65 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 64 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
+ 73 83 81 82 1 improper_O_C_X_Y
+ 75 79 78 80 1 improper_O_C_X_Y
+ 81 85 83 84 1 improper_Z_N_X_Y
+ 85 105 103 104 1 improper_O_C_X_Y
+ 103 107 105 106 1 improper_Z_N_X_Y
+ 107 124 122 123 1 improper_O_C_X_Y
+ 122 125 124 133 1 improper_Z_N_X_Y
+ 125 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
+ 136 140 138 139 1 improper_Z_N_X_Y
+ 140 150 148 149 1 improper_O_C_X_Y
+ 142 146 145 147 1 improper_O_C_X_Y
+ 148 152 150 151 1 improper_Z_N_X_Y
+ 152 171 169 170 1 improper_O_C_X_Y
+ 154 157 160 158 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 157 162 158 159 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 157 164 160 161 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 158 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 160 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 162 164 166 167 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 169 173 171 172 1 improper_Z_N_X_Y
+ 173 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 175 178 180 179 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 178 184 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 179 184 182 183 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 182 180 184 185 1 improper_Z_N_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 205 203 204 1 improper_O_C_X_Y
+ 203 207 205 206 1 improper_Z_N_X_Y
+ 207 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
+ 209 212 215 213 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 212 216 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 213 218 216 217 1 improper_Z_N_X_Y
+ 218 225 221 222 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 220 219 215 223 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 221 223 225 226 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 224 223 219 225 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
+ 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
+ 247 254 253 255 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">228</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 12.011
+ 8 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 12.011
+ 11 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 1.008
+ 12 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 1.008
+ 13 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 12.011
+ 14 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 1.008
+ 15 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 1.008
+ 16 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 12.011
+ 17 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 1.008
+ 18 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 1.008
+ 19 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
+ 20 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 1.008
+ 21 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 1.008
+ 22 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 1.008
+ 23 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
+ 24 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 25 opls_238 51 SER N 8 -0.5 14.0067
+ 26 opls_241 51 SER H 8 0.3 1.008
+ 27 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 12.011
+ 28 opls_140 51 SER HA 8 0.06 1.008
+ 29 opls_157 51 SER CB 9 0.145 12.011
+ 30 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 1.008
+ 31 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 1.008
+ 32 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
+ 33 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
+ 34 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
+ 35 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 36 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 14.0067
+ 37 opls_241 52 GLY H 12 0.3 1.008
+ 38 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 12.011
+ 39 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 1.008
+ 40 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 1.008
+ 41 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
+ 42 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 14.0067
+ 44 opls_241 53 TYR H 14 0.3 1.008
+ 45 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 12.011
+ 46 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 1.008
+ 47 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 12.011
+ 48 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 1.008
+ 49 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 1.008
+ 50 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
+ 51 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 12.011
+ 52 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 1.008
+ 53 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 12.011
+ 54 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 1.008
+ 55 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 12.011
+ 56 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 1.008
+ 57 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 12.011
+ 58 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 1.008
+ 59 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 60 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
+ 61 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
+ 62 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
+ 63 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 64 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 14.0067
+ 65 opls_241 54 ASP H 22 0.3 1.008
+ 66 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 12.011
+ 67 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 1.008
+ 68 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 12.011
+ 69 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 1.008
+ 70 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 1.008
+ 71 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
+ 72 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
+ 73 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
+ 74 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
+ 75 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 76 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 14.0067
+ 77 opls_241 55 ALA H 26 0.3 1.008
+ 78 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 12.011
+ 79 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 1.008
+ 80 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 12.011
+ 81 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 1.008
+ 82 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 1.008
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 6 3
+ 2 1 5 7 3
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
+ 3 1 5 23 3
+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 23 3
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+ 6 5 7 9 3
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+ 23 5 7 9 3
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+ 7 5 23 25 3
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+ 29 27 34 36 3
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+ 205 204 206 208 3
+ 205 204 206 212 3
+ 204 206 208 209 3
+ 204 206 208 210 3
+ 204 206 208 211 3
+ 207 206 208 209 3
+ 207 206 208 210 3
+ 207 206 208 211 3
+ 212 206 208 209 3
+ 212 206 208 210 3
+ 212 206 208 211 3
+ 204 206 212 213 3
+ 204 206 212 214 3
+ 207 206 212 213 3
+ 207 206 212 214 3
+ 208 206 212 213 3
+ 208 206 212 214 3
+ 206 212 214 215 3
+ 206 212 214 223 3
+ 213 212 214 215 3
+ 213 212 214 223 3
+ 212 214 215 216 3
+ 212 214 215 217 3
+ 212 214 215 226 3
+ 223 214 215 216 3
+ 223 214 215 217 3
+ 223 214 215 226 3
+ 212 214 223 220 3
+ 212 214 223 224 3
+ 212 214 223 225 3
+ 215 214 223 220 3
+ 215 214 223 224 3
+ 215 214 223 225 3
+ 214 215 217 218 3
+ 214 215 217 219 3
+ 214 215 217 220 3
+ 216 215 217 218 3
+ 216 215 217 219 3
+ 216 215 217 220 3
+ 226 215 217 218 3
+ 226 215 217 219 3
+ 226 215 217 220 3
+ 214 215 226 227 3
+ 214 215 226 228 3
+ 216 215 226 227 3
+ 216 215 226 228 3
+ 217 215 226 227 3
+ 217 215 226 228 3
+ 215 217 220 221 3
+ 215 217 220 222 3
+ 215 217 220 223 3
+ 218 217 220 221 3
+ 218 217 220 222 3
+ 218 217 220 223 3
+ 219 217 220 221 3
+ 219 217 220 222 3
+ 219 217 220 223 3
+ 217 220 223 214 3
+ 217 220 223 224 3
+ 217 220 223 225 3
+ 221 220 223 214 3
+ 221 220 223 224 3
+ 221 220 223 225 3
+ 222 220 223 214 3
+ 222 220 223 224 3
+ 222 220 223 225 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
+ 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
+ 27 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
+ 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
+ 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
+ 45 64 62 63 1 improper_O_C_X_Y
+ 47 50 53 51 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 50 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 50 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 51 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 53 59 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 57 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 66 64 65 1 improper_Z_N_X_Y
+ 66 76 74 75 1 improper_O_C_X_Y
+ 68 72 71 73 1 improper_O_C_X_Y
+ 74 78 76 77 1 improper_Z_N_X_Y
+ 78 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
+ 84 87 86 95 1 improper_Z_N_X_Y
+ 87 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
+ 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 102 120 118 119 1 improper_O_C_X_Y
+ 104 107 110 108 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 107 112 108 109 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 107 114 110 111 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 108 116 112 113 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 110 116 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 112 114 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 118 122 120 121 1 improper_Z_N_X_Y
+ 122 134 132 133 1 improper_O_C_X_Y
+ 132 136 134 135 1 improper_Z_N_X_Y
+ 136 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
+ 151 155 153 154 1 improper_Z_N_X_Y
+ 155 170 168 169 1 improper_O_C_X_Y
+ 157 160 162 161 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 160 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 161 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 164 162 166 167 1 improper_Z_N_X_Y
+ 168 172 170 171 1 improper_Z_N_X_Y
+ 172 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
+ 184 188 186 187 1 improper_Z_N_X_Y
+ 188 197 195 196 1 improper_O_C_X_Y
+ 195 199 197 198 1 improper_Z_N_X_Y
+ 199 204 202 203 1 improper_O_C_X_Y
+ 202 206 204 205 1 improper_Z_N_X_Y
+ 206 214 212 213 1 improper_O_C_X_Y
+ 212 215 214 223 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 227 226 228 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">255</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 12.011
+ 8 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 1.008
+ 11 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
+ 12 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 13 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 14.0067
+ 14 opls_241 35 VAL H 4 0.3 1.008
+ 15 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 12.011
+ 16 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 1.008
+ 17 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 12.011
+ 18 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 1.008
+ 19 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 12.011
+ 20 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 1.008
+ 21 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 1.008
+ 22 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 1.008
+ 23 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 12.011
+ 24 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 1.008
+ 25 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 1.008
+ 26 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 1.008
+ 27 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
+ 28 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 29 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
+ 30 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 12.011
+ 31 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 1.008
+ 32 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 12.011
+ 33 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 1.008
+ 34 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 1.008
+ 35 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 12.011
+ 36 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 1.008
+ 37 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 1.008
+ 38 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 12.011
+ 39 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 1.008
+ 40 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 1.008
+ 41 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
+ 42 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 43 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 14.0067
+ 44 opls_241 37 GLY H 14 0.3 1.008
+ 45 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 12.011
+ 46 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 1.008
+ 47 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 1.008
+ 48 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
+ 49 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 50 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 14.0067
+ 51 opls_241 38 TYR H 16 0.3 1.008
+ 52 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 12.011
+ 53 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 1.008
+ 54 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 12.011
+ 55 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 1.008
+ 56 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 1.008
+ 57 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
+ 58 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 12.011
+ 59 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 1.008
+ 60 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 12.011
+ 61 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 1.008
+ 62 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 12.011
+ 63 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 1.008
+ 64 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 12.011
+ 65 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 1.008
+ 66 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
+ 67 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
+ 68 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
+ 69 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
+ 70 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 71 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 14.0067
+ 72 opls_241 39 ASP H 24 0.3 1.008
+ 73 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 12.011
+ 74 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 1.008
+ 75 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 12.011
+ 76 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 1.008
+ 77 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 1.008
+ 78 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
+ 79 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
+ 80 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
+ 81 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
+ 82 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 83 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 14.0067
+ 84 opls_241 40 LYS H 28 0.3 1.008
+ 85 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 12.011
+ 86 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 1.008
+ 87 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 12.011
+ 88 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 1.008
+ 89 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 1.008
+ 90 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 12.011
+ 91 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 1.008
+ 92 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 1.008
+ 93 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 12.011
+ 94 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 1.008
+ 95 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 1.008
+ 96 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 12.011
+ 97 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 1.008
+ 98 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 1.008
+ 99 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 14.0067
+ 100 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 1.008
+ 101 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 1.008
+ 102 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 1.008
+ 103 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
+ 104 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 105 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 14.0067
+ 106 opls_241 41 ILE H 35 0.3 1.008
+ 107 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 12.011
+ 108 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 1.008
+ 109 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 12.011
+ 110 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 1.008
+ 111 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 12.011
+ 112 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 1.008
+ 113 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 1.008
+ 114 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 12.011
+ 115 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 1.008
+ 116 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 1.008
+ 117 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 1.008
+ 118 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 12.011
+ 119 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 1.008
+ 120 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 1.008
+ 121 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 1.008
+ 122 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
+ 123 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 124 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
+ 125 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 12.011
+ 126 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 1.008
+ 127 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 12.011
+ 128 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 1.008
+ 129 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 1.008
+ 130 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 12.011
+ 131 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 1.008
+ 132 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 1.008
+ 133 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 12.011
+ 134 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 1.008
+ 135 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 1.008
+ 136 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
+ 137 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 138 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 14.0067
+ 139 opls_241 43 ASP H 46 0.3 1.008
+ 140 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 12.011
+ 141 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 1.008
+ 142 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 12.011
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 178 179 182 184 3
+ 178 180 184 182 3
+ 178 180 184 185 3
+ 181 180 184 182 3
+ 181 180 184 185 3
+ 179 182 184 180 3
+ 179 182 184 185 3
+ 183 182 184 180 3
+ 183 182 184 185 3
+ 173 186 188 189 3
+ 173 186 188 190 3
+ 187 186 188 189 3
+ 187 186 188 190 3
+ 186 188 190 191 3
+ 186 188 190 192 3
+ 186 188 190 203 3
+ 189 188 190 191 3
+ 189 188 190 192 3
+ 189 188 190 203 3
+ 188 190 192 195 3 dih_MET_chi1_N_C_C_C
+ 203 190 192 195 3 dih_MET_chi1_C_C_C_CO
+ 188 190 192 193 3
+ 188 190 192 194 3
+ 191 190 192 193 3
+ 191 190 192 194 3
+ 191 190 192 195 3
+ 203 190 192 193 3
+ 203 190 192 194 3
+ 188 190 203 204 3
+ 188 190 203 205 3
+ 191 190 203 204 3
+ 191 190 203 205 3
+ 192 190 203 204 3
+ 192 190 203 205 3
+ 190 192 195 196 3
+ 190 192 195 197 3
+ 190 192 195 198 3
+ 193 192 195 196 3
+ 193 192 195 197 3
+ 193 192 195 198 3
+ 194 192 195 196 3
+ 194 192 195 197 3
+ 194 192 195 198 3
+ 192 195 198 199 3
+ 196 195 198 199 3
+ 197 195 198 199 3
+ 195 198 199 200 3
+ 195 198 199 201 3
+ 195 198 199 202 3
+ 190 203 205 206 3
+ 190 203 205 207 3
+ 204 203 205 206 3
+ 204 203 205 207 3
+ 203 205 207 208 3
+ 203 205 207 209 3
+ 203 205 207 227 3
+ 206 205 207 208 3
+ 206 205 207 209 3
+ 206 205 207 227 3
+ 205 207 209 212 3 dih_TRP_chi1_N_C_C_C
+ 227 207 209 212 3 dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
+ 205 207 209 210 3
+ 205 207 209 211 3
+ 208 207 209 210 3
+ 208 207 209 211 3
+ 208 207 209 212 3
+ 227 207 209 210 3
+ 227 207 209 211 3
+ 205 207 227 228 3
+ 205 207 227 229 3
+ 208 207 227 228 3
+ 208 207 227 229 3
+ 209 207 227 228 3
+ 209 207 227 229 3
+ 207 209 212 213 3
+ 207 209 212 215 3
+ 210 209 212 213 3
+ 210 209 212 215 3
+ 211 209 212 213 3
+ 211 209 212 215 3
+ 209 212 213 214 3
+ 209 212 213 216 3
+ 215 212 213 214 3
+ 215 212 213 216 3
+ 209 212 215 218 3
+ 209 212 215 219 3
+ 213 212 215 218 3
+ 213 212 215 219 3
+ 212 213 216 217 3
+ 212 213 216 218 3
+ 214 213 216 217 3
+ 214 213 216 218 3
+ 212 215 218 216 3
+ 212 215 218 221 3
+ 219 215 218 216 3
+ 219 215 218 221 3
+ 212 215 219 220 3
+ 212 215 219 223 3
+ 218 215 219 220 3
+ 218 215 219 223 3
+ 213 216 218 215 3
+ 213 216 218 221 3
+ 217 216 218 215 3
+ 217 216 218 221 3
+ 215 218 221 222 3
+ 215 218 221 225 3
+ 216 218 221 222 3
+ 216 218 221 225 3
+ 215 219 223 224 3
+ 215 219 223 225 3
+ 220 219 223 224 3
+ 220 219 223 225 3
+ 218 221 225 223 3
+ 218 221 225 226 3
+ 222 221 225 223 3
+ 222 221 225 226 3
+ 219 223 225 221 3
+ 219 223 225 226 3
+ 224 223 225 221 3
+ 224 223 225 226 3
+ 207 227 229 230 3
+ 207 227 229 231 3
+ 228 227 229 230 3
+ 228 227 229 231 3
+ 227 229 231 232 3
+ 227 229 231 233 3
+ 227 229 231 243 3
+ 230 229 231 232 3
+ 230 229 231 233 3
+ 230 229 231 243 3
+ 229 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 229 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 243 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 243 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 229 231 233 234 3
+ 232 231 233 234 3
+ 232 231 233 235 3
+ 232 231 233 239 3
+ 243 231 233 234 3
+ 229 231 243 244 3
+ 229 231 243 245 3
+ 232 231 243 244 3
+ 232 231 243 245 3
+ 233 231 243 244 3
+ 233 231 243 245 3
+ 231 233 235 236 3
+ 231 233 235 237 3
+ 231 233 235 238 3
+ 234 233 235 236 3
+ 234 233 235 237 3
+ 234 233 235 238 3
+ 239 233 235 236 3
+ 239 233 235 237 3
+ 239 233 235 238 3
+ 231 233 239 240 3
+ 231 233 239 241 3
+ 231 233 239 242 3
+ 234 233 239 240 3
+ 234 233 239 241 3
+ 234 233 239 242 3
+ 235 233 239 240 3
+ 235 233 239 241 3
+ 235 233 239 242 3
+ 231 243 245 246 3
+ 231 243 245 247 3
+ 244 243 245 246 3
+ 244 243 245 247 3
+ 243 245 247 248 3
+ 243 245 247 249 3
+ 243 245 247 253 3
+ 246 245 247 248 3
+ 246 245 247 249 3
+ 246 245 247 253 3
+ 245 247 249 250 3
+ 245 247 249 251 3
+ 245 247 249 252 3
+ 248 247 249 250 3
+ 248 247 249 251 3
+ 248 247 249 252 3
+ 253 247 249 250 3
+ 253 247 249 251 3
+ 253 247 249 252 3
+ 245 247 253 254 3
+ 245 247 253 255 3
+ 248 247 253 254 3
+ 248 247 253 255 3
+ 249 247 253 254 3
+ 249 247 253 255 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
+ 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
+ 15 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
+ 27 30 29 38 1 improper_Z_N_X_Y
+ 30 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
+ 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
+ 45 50 48 49 1 improper_O_C_X_Y
+ 48 52 50 51 1 improper_Z_N_X_Y
+ 52 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
+ 54 57 60 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 62 58 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 64 60 61 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 66 62 63 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 60 66 64 65 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 64 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
+ 73 83 81 82 1 improper_O_C_X_Y
+ 75 79 78 80 1 improper_O_C_X_Y
+ 81 85 83 84 1 improper_Z_N_X_Y
+ 85 105 103 104 1 improper_O_C_X_Y
+ 103 107 105 106 1 improper_Z_N_X_Y
+ 107 124 122 123 1 improper_O_C_X_Y
+ 122 125 124 133 1 improper_Z_N_X_Y
+ 125 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
+ 136 140 138 139 1 improper_Z_N_X_Y
+ 140 150 148 149 1 improper_O_C_X_Y
+ 142 146 145 147 1 improper_O_C_X_Y
+ 148 152 150 151 1 improper_Z_N_X_Y
+ 152 171 169 170 1 improper_O_C_X_Y
+ 154 157 160 158 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 157 162 158 159 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 157 164 160 161 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 158 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 160 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 162 164 166 167 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 169 173 171 172 1 improper_Z_N_X_Y
+ 173 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 175 178 180 179 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 178 184 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 179 184 182 183 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 182 180 184 185 1 improper_Z_N_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 205 203 204 1 improper_O_C_X_Y
+ 203 207 205 206 1 improper_Z_N_X_Y
+ 207 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
+ 209 212 215 213 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 212 216 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 213 218 216 217 1 improper_Z_N_X_Y
+ 218 225 221 222 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 220 219 215 223 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 221 223 225 226 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 224 223 219 225 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
+ 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
+ 247 254 253 255 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">268</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 0
+ 9 MCH3B 2 ALA MCB1 2 0 7.5175
+ 10 MCH3B 2 ALA MCB2 2 0 7.5175
+ 11 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 0
+ 12 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 0
+ 13 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 0
+ 14 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 0
+ 15 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
+ 16 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 17 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 15.0147
+ 18 opls_241 3 CYS H 4 0.3 0
+ 19 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 13.019
+ 20 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 0
+ 21 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 14.027
+ 22 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 0
+ 23 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 0
+ 24 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
+ 25 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
+ 26 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
+ 27 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 28 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 15.0147
+ 29 opls_241 4 ASP H 8 0.3 0
+ 30 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 13.019
+ 31 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 0
+ 32 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 14.027
+ 33 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 0
+ 34 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 0
+ 35 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
+ 36 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
+ 37 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
+ 38 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
+ 39 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 40 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 15.0147
+ 41 opls_241 5 GLU H 12 0.3 0
+ 42 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 13.019
+ 43 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 0
+ 44 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 14.027
+ 45 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 0
+ 46 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 0
+ 47 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 14.027
+ 48 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 0
+ 49 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 0
+ 50 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
+ 51 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
+ 52 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
+ 53 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
+ 54 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 55 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 15.0147
+ 56 opls_241 6 PHE H 17 0.3 0
+ 57 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 13.019
+ 58 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 0
+ 59 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 14.027
+ 60 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 0
+ 61 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 0
+ 62 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
+ 63 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 13.019
+ 64 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 0
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+ 259 266 268 1
+ 267 266 268 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
+ 4 3 7 11 3
+ 4 3 7 15 3
+ 5 3 7 8 3
+ 5 3 7 11 3
+ 5 3 7 15 3
+ 6 3 7 8 3
+ 6 3 7 11 3
+ 6 3 7 15 3
+ 3 7 11 12 3
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+ 8 7 15 17 3
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+ 151 150 153 157 3
+ 151 150 153 163 3
+ 152 150 153 154 3
+ 152 150 153 157 3
+ 152 150 153 163 3
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+ 150 153 157 160 3
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+ 154 153 157 159 3
+ 154 153 157 160 3
+ 163 153 157 158 3
+ 163 153 157 159 3
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+ 157 153 163 166 3
+ 148 167 169 170 3
+ 148 167 169 171 3
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+ 169 171 173 176 3 dih_MET_chi1_N_C_C_C
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+ 171 186 188 190 3
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+ 189 188 190 200 3
+ 188 190 192 195 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
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+ 190 192 195 197 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
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+ 194 192 195 197 3
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+ 196 195 197 199 3
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+ 259 261 264 265 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 262 261 264 265 3
+ 263 261 264 265 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 28 26 27 1 improper_O_C_X_Y
+ 26 30 28 29 1 improper_Z_N_X_Y
+ 30 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
+ 32 36 35 37 1 improper_O_C_X_Y
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+ 47 51 50 52 1 improper_O_C_X_Y
+ 53 57 55 56 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 62 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 71 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 67 69 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 73 77 75 76 1 improper_Z_N_X_Y
+ 77 82 80 81 1 improper_O_C_X_Y
+ 80 84 82 83 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 89 95 91 92 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 90 95 93 94 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 93 91 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
+ 97 101 99 100 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 235 257 255 256 1 improper_O_C_X_Y
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+ 248 250 249 251 1 improper_Z_N_X_Y
+ 248 253 252 254 1 improper_Z_N_X_Y
+ 255 259 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
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+ 111 103 108 109 1
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+ 183 179 180 181 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
+ 29 28 26 30 2
+ 41 40 38 42 2
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+ 94 93 90 95 2
+ 96 95 91 93 2
+ 100 99 97 101 2
+ 123 122 120 124 2
+ 147 146 144 148 2
+ 170 169 167 171 2
+ 189 188 186 190 2
+ 217 216 214 218 2
+ 234 233 231 235 2
+ 247 246 243 248 2
+ 258 257 255 259 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 198 197 195 192 3
+ 199 197 195 192 -3
+ 229 228 226 223 3
+ 230 228 226 223 -3
+ 250 249 248 246 3
+ 251 249 248 246 -3
+ 253 252 248 246 3
+ 254 252 248 246 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 22 21 19 24 4
+ 23 21 19 24 -4
+ 33 32 30 35 4
+ 34 32 30 35 -4
+ 45 44 42 47 4
+ 46 44 42 47 -4
+ 48 47 44 50 4
+ 49 47 44 50 -4
+ 60 59 57 62 4
+ 61 59 57 62 -4
+ 78 77 75 80 4
+ 79 77 75 80 -4
+ 87 86 84 89 4
+ 88 86 84 89 -4
+ 106 105 103 116 4
+ 107 105 103 116 -4
+ 112 103 108 109 -4
+ 113 103 108 109 4
+ 118 105 114 115 -4
+ 119 105 114 115 4
+ 127 126 124 129 4
+ 128 126 124 129 -4
+ 130 129 126 132 4
+ 131 129 126 132 -4
+ 133 132 129 135 4
+ 134 132 129 135 -4
+ 136 135 132 140 4
+ 137 135 132 140 -4
+ 142 135 138 139 -4
+ 143 135 138 139 4
+ 151 150 148 153 4
+ 152 150 148 153 -4
+ 159 153 155 156 -4
+ 160 153 155 156 4
+ 165 153 161 162 -4
+ 166 153 161 162 4
+ 174 173 171 176 4
+ 175 173 171 176 -4
+ 177 176 173 179 4
+ 178 176 173 179 -4
+ 184 179 180 181 -4
+ 185 179 180 181 4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 206 205 203 208 4
+ 207 205 203 208 -4
+ 209 208 205 211 4
+ 210 208 205 211 -4
+ 212 211 202 208 4
+ 213 211 202 208 -4
+ 221 220 218 223 4
+ 222 220 218 223 -4
+ 224 223 220 226 4
+ 225 223 220 226 -4
+ 238 237 235 240 4
+ 239 237 235 240 -4
+ 241 240 237 243 4
+ 242 240 237 243 -4
+ 244 243 240 246 4
+ 245 243 240 246 -4
+ 262 261 259 264 4
+ 263 261 259 264 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 26 2
+ 31 30 28 32 38 2
+ 43 42 40 44 53 2
+ 58 57 55 59 73 2
+ 85 84 82 86 97 2
+ 102 101 99 103 120 2
+ 104 103 105 101 110 2
+ 125 124 122 126 144 2
+ 149 148 146 150 167 2
+ 154 153 150 157 163 2
+ 172 171 169 173 186 2
+ 191 190 188 192 200 2
+ 204 203 202 205 214 2
+ 219 218 216 220 231 2
+ 236 235 233 237 255 2
+ 260 259 257 261 266 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">291</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 18 THR N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 18 THR H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 18 THR H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 18 THR H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 18 THR HA 1 0.06 0
+ 9 opls_158 18 THR CB 2 0.205 13.019
+ 10 opls_140 18 THR HB 2 0.06 0
+ 11 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
+ 12 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
+ 13 MCH3B 18 THR MCG1 3 0 7.5175
+ 14 MCH3B 18 THR MCG2 3 0 7.5175
+ 15 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 0
+ 16 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 0
+ 17 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 0
+ 18 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 0
+ 19 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
+ 20 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 21 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 15.0147
+ 22 opls_241 19 VAL H 5 0.3 0
+ 23 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 13.019
+ 24 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 0
+ 25 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 13.019
+ 26 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 0
+ 27 MCH3B 19 VAL MCG1 7 0 7.5175
+ 28 MCH3B 19 VAL MCG2 7 0 7.5175
+ 29 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 0
+ 30 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 0
+ 31 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 0
+ 32 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 0
+ 33 MCH3B 19 VAL MCG1 8 0 7.5175
+ 34 MCH3B 19 VAL MCG2 8 0 7.5175
+ 35 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 0
+ 36 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 0
+ 37 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 0
+ 38 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 0
+ 39 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
+ 40 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 41 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 15.0147
+ 42 opls_241 20 TRP H 10 0.3 0
+ 43 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 13.019
+ 44 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 0
+ 45 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 14.027
+ 46 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 0
+ 47 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 0
+ 48 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
+ 49 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 13.019
+ 50 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 0
+ 51 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
+ 52 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 15.0147
+ 53 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 0
+ 54 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
+ 55 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 13.019
+ 56 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 0
+ 57 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 13.019
+ 58 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 0
+ 59 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 13.019
+ 60 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 0
+ 61 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 13.019
+ 62 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 0
+ 63 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
+ 64 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 65 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 15.0147
+ 66 opls_241 21 TYR H 21 0.3 0
+ 67 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 13.019
+ 68 opls_140 21 TYR HA 21 0.06 0
+ 69 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 14.027
+ 70 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 0
+ 71 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 0
+ 72 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
+ 73 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 13.019
+ 74 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 0
+ 75 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 13.019
+ 76 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 0
+ 77 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 13.019
+ 78 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 0
+ 79 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 13.019
+ 80 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 0
+ 81 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
+ 82 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
+ 83 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
+ 84 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
+ 85 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 86 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 15.0147
+ 87 opls_241 22 LYS H 29 0.3 0
+ 88 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 13.019
+ 89 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 0
+ 90 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 14.027
+ 91 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 0
+ 92 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 0
+ 93 opls_136 22 LYS CG 31 -0.12 14.027
+ 94 opls_140 22 LYS HG1 31 0.06 0
+ 95 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 0
+ 96 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 14.027
+ 97 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 0
+ 98 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 0
+ 99 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 14.027
+ 100 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 0
+ 101 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 0
+ 102 MNH3 22 LYS MNZ1 34 0 8.51535
+ 103 MNH3 22 LYS MNZ2 34 0 8.51535
+ 104 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 0
+ 105 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 0
+ 106 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 0
+ 107 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 0
+ 108 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
+ 109 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 110 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 15.0147
+ 111 opls_241 23 GLU H 36 0.3 0
+ 112 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 13.019
+ 113 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 0
+ 114 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 14.027
+ 115 opls_140 23 GLU HB1 37 0.06 0
+ 116 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 0
+ 117 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 14.027
+ 118 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 0
+ 119 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 0
+ 120 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
+ 121 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
+ 122 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
+ 123 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
+ 124 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 125 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 15.0147
+ 126 opls_241 24 TRP H 41 0.3 0
+ 127 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 13.019
+ 128 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 0
+ 129 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 14.027
+ 130 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 0
+ 131 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 0
+ 132 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
+ 133 opls_514 24 TRP CD1 44 -0.115 13.019
+ 134 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 0
+ 135 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
+ 136 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 15.0147
+ 137 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 0
+ 138 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
+ 139 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 13.019
+ 140 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 0
+ 141 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 13.019
+ 142 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 0
+ 143 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 13.019
+ 144 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 0
+ 145 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 13.019
+ 146 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 0
+ 147 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
+ 148 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 149 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
+ 150 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 13.019
+ 151 opls_140 25 PRO HA 52 0.06 0
+ 152 opls_136 25 PRO CB 53 -0.12 14.027
+ 153 opls_140 25 PRO HB1 53 0.06 0
+ 154 opls_140 25 PRO HB2 53 0.06 0
+ 155 opls_136 25 PRO CG 54 -0.12 14.027
+ 156 opls_140 25 PRO HG1 54 0.06 0
+ 157 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 0
+ 158 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 14.027
+ 159 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 0
+ 160 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 0
+ 161 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
+ 162 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 163 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
+ 164 opls_246 26 PRO CA 57 0.01 13.019
+ 165 opls_140 26 PRO HA 57 0.06 0
+ 166 opls_136 26 PRO CB 58 -0.12 14.027
+ 167 opls_140 26 PRO HB1 58 0.06 0
+ 168 opls_140 26 PRO HB2 58 0.06 0
+ 169 opls_136 26 PRO CG 59 -0.12 14.027
+ 170 opls_140 26 PRO HG1 59 0.06 0
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+ 175 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
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+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
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+ 187 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 188 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 15.0147
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+ 198 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 14.027
+ 199 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 0
+ 200 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 0
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+ 242 opls_236 30 ASN O 86 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 243 opls_238 31 SER N 87 -0.5 15.0147
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+ 253 opls_236 31 SER O 90 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISE q 0.0
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+ 269 opls_235 32 HIS C 97 0.5 12.011
+ 270 opls_236 32 HIS O 97 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
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+ 272 opls_241 33 PHE H 98 0.3 0
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+ 280 opls_146 33 PHE HD1 100 0.115 0
+ 281 opls_145 33 PHE CD2 101 -0.115 13.019
+ 282 opls_146 33 PHE HD2 101 0.115 0
+ 283 opls_145 33 PHE CE1 102 -0.115 13.019
+ 284 opls_146 33 PHE HE1 102 0.115 0
+ 285 opls_145 33 PHE CE2 103 -0.115 13.019
+ 286 opls_146 33 PHE HE2 103 0.115 0
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+ 289 opls_271 33 PHE C 105 0.7 12.011
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+ 291 opls_272 33 PHE O2 105 -0.8 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
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+
+[ constraints ]
+; ai aj funct c0 c1
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+
+[ pairs ]
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+ 265 267 268 1
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+ 273 289 291 1
+ 290 289 291 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
+ 4 3 7 9 3
+ 4 3 7 19 3
+ 5 3 7 8 3
+ 5 3 7 9 3
+ 5 3 7 19 3
+ 6 3 7 8 3
+ 6 3 7 9 3
+ 6 3 7 19 3
+ 3 7 9 11 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 19 7 9 11 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 3 7 9 10 3
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+ 8 7 9 11 3
+ 8 7 9 15 3
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+ 3 7 19 20 3
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+ 8 7 19 21 3
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+ 9 7 19 21 3
+ 7 9 11 12 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 10 9 11 12 3
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+ 22 21 23 39 3
+ 21 23 25 29 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
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+ 278 281 285 286 3
+ 278 281 285 287 3
+ 282 281 285 286 3
+ 282 281 285 287 3
+ 279 283 287 285 3
+ 279 283 287 288 3
+ 284 283 287 285 3
+ 284 283 287 288 3
+ 281 285 287 283 3
+ 281 285 287 288 3
+ 286 285 287 283 3
+ 286 285 287 288 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 21 19 20 1 improper_O_C_X_Y
+ 19 23 21 22 1 improper_Z_N_X_Y
+ 23 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
+ 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
+ 43 65 63 64 1 improper_O_C_X_Y
+ 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 48 52 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 49 54 52 53 1 improper_Z_N_X_Y
+ 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 56 55 51 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 59 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 60 59 55 61 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 67 65 66 1 improper_Z_N_X_Y
+ 67 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
+ 69 72 75 73 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 72 77 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 72 79 75 76 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 73 81 77 78 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 75 81 79 80 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 77 79 81 82 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 84 88 86 87 1 improper_Z_N_X_Y
+ 88 110 108 109 1 improper_O_C_X_Y
+ 108 112 110 111 1 improper_Z_N_X_Y
+ 112 125 123 124 1 improper_O_C_X_Y
+ 117 121 120 122 1 improper_O_C_X_Y
+ 123 127 125 126 1 improper_Z_N_X_Y
+ 127 149 147 148 1 improper_O_C_X_Y
+ 129 132 135 133 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 132 136 133 134 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 133 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
+ 138 145 141 142 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 140 139 135 143 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 141 143 145 146 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 144 143 139 145 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 147 150 149 158 1 improper_Z_N_X_Y
+ 150 163 161 162 1 improper_O_C_X_Y
+ 161 164 163 172 1 improper_Z_N_X_Y
+ 164 177 175 176 1 improper_O_C_X_Y
+ 175 179 177 178 1 improper_Z_N_X_Y
+ 179 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
+ 198 203 201 202 1 improper_Z_N_X_Y
+ 201 204 203 207 1 improper_O_C_X_Y
+ 203 205 204 206 1 improper_Z_N_X_Y
+ 203 208 207 209 1 improper_Z_N_X_Y
+ 210 214 212 213 1 improper_Z_N_X_Y
+ 214 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
+ 216 219 221 220 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 219 225 221 222 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 220 225 223 224 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 223 221 225 226 1 improper_Z_N_X_Y
+ 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 243 241 242 1 improper_O_C_X_Y
+ 233 238 236 237 1 improper_O_C_X_Y
+ 236 239 238 240 1 improper_Z_N_X_Y
+ 241 245 243 244 1 improper_Z_N_X_Y
+ 245 254 252 253 1 improper_O_C_X_Y
+ 252 256 254 255 1 improper_Z_N_X_Y
+ 256 271 269 270 1 improper_O_C_X_Y
+ 258 261 263 262 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 261 267 263 264 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 262 267 265 266 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 265 263 267 268 1 improper_Z_N_X_Y
+ 269 273 271 272 1 improper_Z_N_X_Y
+ 273 290 289 291 1 improper_O_C_X_Y
+ 275 278 281 279 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 278 283 279 280 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 278 285 281 282 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 279 287 283 284 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 281 287 285 286 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 283 285 287 288 1 improper_Z_CA_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 15 9 13 14 1
+ 16 9 13 14 1
+ 29 25 27 28 1
+ 30 25 27 28 1
+ 35 25 33 34 1
+ 36 25 33 34 1
+ 104 99 102 103 1
+ 105 99 102 103 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 22 21 19 23 2
+ 42 41 39 43 2
+ 50 49 48 52 2
+ 53 52 49 54 2
+ 56 55 51 59 2
+ 58 57 54 61 2
+ 60 59 55 61 2
+ 62 61 57 59 2
+ 66 65 63 67 2
+ 74 73 72 77 2
+ 76 75 72 79 2
+ 78 77 73 81 2
+ 80 79 75 81 2
+ 87 86 84 88 2
+ 111 110 108 112 2
+ 126 125 123 127 2
+ 134 133 132 136 2
+ 137 136 133 138 2
+ 140 139 135 143 2
+ 142 141 138 145 2
+ 144 143 139 145 2
+ 146 145 141 143 2
+ 178 177 175 179 2
+ 189 188 186 190 2
+ 202 201 198 203 2
+ 213 212 210 214 2
+ 222 221 219 225 2
+ 224 223 220 225 2
+ 226 225 221 223 2
+ 230 229 227 231 2
+ 244 243 241 245 2
+ 255 254 252 256 2
+ 264 263 261 267 2
+ 266 265 262 267 2
+ 268 267 263 265 2
+ 272 271 269 273 2
+ 280 279 278 283 2
+ 282 281 278 285 2
+ 284 283 279 287 2
+ 286 285 281 287 2
+ 288 287 283 285 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 205 204 203 201 3
+ 206 204 203 201 -3
+ 208 207 203 201 3
+ 209 207 203 201 -3
+ 239 238 236 233 3
+ 240 238 236 233 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 17 9 13 14 -4
+ 18 9 13 14 4
+ 31 25 27 28 -4
+ 32 25 27 28 4
+ 37 25 33 34 -4
+ 38 25 33 34 4
+ 46 45 43 48 4
+ 47 45 43 48 -4
+ 70 69 67 72 4
+ 71 69 67 72 -4
+ 91 90 88 93 4
+ 92 90 88 93 -4
+ 94 93 90 96 4
+ 95 93 90 96 -4
+ 97 96 93 99 4
+ 98 96 93 99 -4
+ 100 99 96 104 4
+ 101 99 96 104 -4
+ 106 99 102 103 -4
+ 107 99 102 103 4
+ 115 114 112 117 4
+ 116 114 112 117 -4
+ 118 117 114 120 4
+ 119 117 114 120 -4
+ 130 129 127 132 4
+ 131 129 127 132 -4
+ 153 152 150 155 4
+ 154 152 150 155 -4
+ 156 155 152 158 4
+ 157 155 152 158 -4
+ 159 158 149 155 4
+ 160 158 149 155 -4
+ 167 166 164 169 4
+ 168 166 164 169 -4
+ 170 169 166 172 4
+ 171 169 166 172 -4
+ 173 172 163 169 4
+ 174 172 163 169 -4
+ 182 181 179 184 4
+ 183 181 179 184 -4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 196 195 192 198 4
+ 197 195 192 198 -4
+ 199 198 195 201 4
+ 200 198 195 201 -4
+ 217 216 214 219 4
+ 218 216 214 219 -4
+ 234 233 231 236 4
+ 235 233 231 236 -4
+ 248 247 245 250 4
+ 249 247 245 250 -4
+ 259 258 256 261 4
+ 260 258 256 261 -4
+ 276 275 273 278 4
+ 277 275 273 278 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 19 2
+ 10 9 11 7 15 2
+ 24 23 21 25 39 2
+ 26 25 23 29 35 2
+ 44 43 41 45 63 2
+ 68 67 65 69 84 2
+ 89 88 86 90 108 2
+ 113 112 110 114 123 2
+ 128 127 125 129 147 2
+ 151 150 149 152 161 2
+ 165 164 163 166 175 2
+ 180 179 177 181 186 2
+ 191 190 188 192 210 2
+ 215 214 212 216 227 2
+ 232 231 229 233 241 2
+ 246 245 243 247 252 2
+ 257 256 254 258 269 2
+ 274 273 271 275 289 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">277</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 0
+ 9 MCH3B 34 ALA MCB1 2 0 7.5175
+ 10 MCH3B 34 ALA MCB2 2 0 7.5175
+ 11 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 0
+ 12 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 0
+ 13 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 0
+ 14 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 0
+ 15 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
+ 16 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 15.0147
+ 18 opls_241 35 VAL H 4 0.3 0
+ 19 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 13.019
+ 20 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 0
+ 21 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 13.019
+ 22 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 0
+ 23 MCH3B 35 VAL MCG1 6 0 7.5175
+ 24 MCH3B 35 VAL MCG2 6 0 7.5175
+ 25 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 0
+ 26 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 0
+ 27 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 0
+ 28 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 0
+ 29 MCH3B 35 VAL MCG1 7 0 7.5175
+ 30 MCH3B 35 VAL MCG2 7 0 7.5175
+ 31 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 0
+ 32 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 0
+ 33 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 0
+ 34 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 0
+ 35 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
+ 36 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 37 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
+ 38 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 13.019
+ 39 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 0
+ 40 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 14.027
+ 41 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 0
+ 42 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 0
+ 43 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 14.027
+ 44 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 0
+ 45 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 0
+ 46 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 14.027
+ 47 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 0
+ 48 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 0
+ 49 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
+ 50 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 51 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 15.0147
+ 52 opls_241 37 GLY H 14 0.3 0
+ 53 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 14.027
+ 54 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 0
+ 55 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 0
+ 56 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
+ 57 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 58 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 15.0147
+ 59 opls_241 38 TYR H 16 0.3 0
+ 60 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 13.019
+ 61 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 0
+ 62 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 14.027
+ 63 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 0
+ 64 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 0
+ 65 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
+ 66 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 13.019
+ 67 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 0
+ 68 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 13.019
+ 69 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 0
+ 70 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 13.019
+ 71 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 0
+ 72 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 13.019
+ 73 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 0
+ 74 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
+ 75 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
+ 76 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
+ 77 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
+ 78 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 79 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 15.0147
+ 80 opls_241 39 ASP H 24 0.3 0
+ 81 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 13.019
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+
+[ pairs ]
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 139 141 144 146 3
+ 139 141 144 147 3
+ 142 141 144 145 3
+ 142 141 144 146 3
+ 142 141 144 147 3
+ 143 141 144 145 3
+ 143 141 144 146 3
+ 143 141 144 147 3
+ 141 144 147 138 3
+ 141 144 147 148 3
+ 141 144 147 149 3
+ 145 144 147 138 3
+ 145 144 147 148 3
+ 145 144 147 149 3
+ 146 144 147 138 3
+ 146 144 147 148 3
+ 146 144 147 149 3
+ 139 150 152 153 3
+ 139 150 152 154 3
+ 151 150 152 153 3
+ 151 150 152 154 3
+ 150 152 154 155 3
+ 150 152 154 156 3
+ 150 152 154 162 3
+ 153 152 154 155 3
+ 153 152 154 156 3
+ 153 152 154 162 3
+ 152 154 156 159 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
+ 162 154 156 159 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
+ 152 154 156 157 3
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+ 162 154 156 158 3
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+ 152 154 162 164 3
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+ 155 154 162 164 3
+ 156 154 162 163 3
+ 156 154 162 164 3
+ 154 156 159 160 3
+ 154 156 159 161 3
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+ 157 156 159 161 3
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+ 158 156 159 161 3
+ 154 162 164 165 3
+ 154 162 164 166 3
+ 163 162 164 165 3
+ 163 162 164 166 3
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+ 165 164 166 168 3
+ 165 164 166 183 3
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+ 164 166 168 170 3
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+ 167 166 168 170 3
+ 167 166 168 171 3
+ 183 166 168 169 3
+ 183 166 168 170 3
+ 183 166 168 171 3
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+ 167 166 183 185 3
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+ 168 166 183 185 3
+ 166 168 171 172 3
+ 166 168 171 174 3
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+ 169 168 171 174 3
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+ 170 168 171 174 3
+ 168 171 172 173 3
+ 168 171 172 176 3
+ 174 171 172 173 3
+ 174 171 172 176 3
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+ 168 171 174 178 3
+ 172 171 174 175 3
+ 172 171 174 178 3
+ 171 172 176 177 3
+ 171 172 176 180 3
+ 173 172 176 177 3
+ 173 172 176 180 3
+ 171 174 178 179 3
+ 171 174 178 180 3
+ 175 174 178 179 3
+ 175 174 178 180 3
+ 172 176 180 178 3
+ 172 176 180 181 3
+ 177 176 180 178 3
+ 177 176 180 181 3
+ 174 178 180 176 3
+ 174 178 180 181 3
+ 179 178 180 176 3
+ 179 178 180 181 3
+ 176 180 181 182 3
+ 178 180 181 182 3
+ 166 183 185 186 3
+ 166 183 185 187 3
+ 184 183 185 186 3
+ 184 183 185 187 3
+ 183 185 187 188 3
+ 183 185 187 189 3
+ 183 185 187 200 3
+ 186 185 187 188 3
+ 186 185 187 189 3
+ 186 185 187 200 3
+ 185 187 189 192 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 200 187 189 192 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 185 187 189 190 3
+ 185 187 189 191 3
+ 188 187 189 190 3
+ 188 187 189 191 3
+ 188 187 189 192 3
+ 200 187 189 190 3
+ 200 187 189 191 3
+ 185 187 200 201 3
+ 185 187 200 202 3
+ 188 187 200 201 3
+ 188 187 200 202 3
+ 189 187 200 201 3
+ 189 187 200 202 3
+ 187 189 192 193 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 187 189 192 194 3
+ 190 189 192 193 3
+ 190 189 192 194 3
+ 191 189 192 193 3
+ 191 189 192 194 3
+ 189 192 193 196 3
+ 194 192 193 196 3
+ 189 192 194 195 3
+ 189 192 194 198 3
+ 193 192 194 195 3
+ 193 192 194 198 3
+ 192 193 196 197 3
+ 192 193 196 198 3
+ 192 194 198 196 3
+ 192 194 198 199 3
+ 195 194 198 196 3
+ 195 194 198 199 3
+ 193 196 198 194 3
+ 193 196 198 199 3
+ 197 196 198 194 3
+ 197 196 198 199 3
+ 187 200 202 203 3
+ 187 200 202 204 3
+ 201 200 202 203 3
+ 201 200 202 204 3
+ 200 202 204 205 3
+ 200 202 204 206 3
+ 200 202 204 219 3
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+ 203 202 204 206 3
+ 203 202 204 219 3
+ 202 204 206 209 3 dih_MET_chi1_N_C_C_C
+ 219 204 206 209 3 dih_MET_chi1_C_C_C_CO
+ 202 204 206 207 3
+ 202 204 206 208 3
+ 205 204 206 207 3
+ 205 204 206 208 3
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+ 206 204 219 220 3
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+ 204 206 209 210 3
+ 204 206 209 211 3
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+ 207 206 209 210 3
+ 207 206 209 211 3
+ 207 206 209 212 3
+ 208 206 209 210 3
+ 208 206 209 211 3
+ 208 206 209 212 3
+ 206 209 212 215 3
+ 210 209 212 215 3
+ 211 209 212 215 3
+ 209 212 215 216 3
+ 209 212 215 217 3
+ 209 212 215 218 3
+ 204 219 221 222 3
+ 204 219 221 223 3
+ 220 219 221 222 3
+ 220 219 221 223 3
+ 219 221 223 224 3
+ 219 221 223 225 3
+ 219 221 223 243 3
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+ 222 221 223 225 3
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+ 221 223 225 228 3 dih_TRP_chi1_N_C_C_C
+ 243 223 225 228 3 dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
+ 221 223 225 226 3
+ 221 223 225 227 3
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+ 221 223 243 245 3
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+ 224 223 243 245 3
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+ 223 225 228 229 3
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+ 227 225 228 231 3
+ 225 228 229 230 3
+ 225 228 229 232 3
+ 231 228 229 230 3
+ 231 228 229 232 3
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+ 229 228 231 235 3
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+ 230 229 232 234 3
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+ 235 231 234 237 3
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+ 232 234 237 241 3
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+ 231 235 239 241 3
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+ 240 239 241 237 3
+ 240 239 241 242 3
+ 223 243 245 246 3
+ 223 243 245 247 3
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+ 245 247 249 253 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 245 247 249 259 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 263 247 249 253 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 263 247 249 259 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 245 247 249 250 3
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+ 265 267 275 277 3
+ 268 267 275 276 3
+ 268 267 275 277 3
+ 271 267 275 276 3
+ 271 267 275 277 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 37 35 36 1 improper_O_C_X_Y
+ 35 38 37 46 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
+ 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
+ 53 58 56 57 1 improper_O_C_X_Y
+ 56 60 58 59 1 improper_Z_N_X_Y
+ 60 79 77 78 1 improper_O_C_X_Y
+ 62 65 68 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 70 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 72 68 69 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 66 74 70 71 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 68 74 72 73 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 70 72 74 75 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 77 81 79 80 1 improper_Z_N_X_Y
+ 81 91 89 90 1 improper_O_C_X_Y
+ 83 87 86 88 1 improper_O_C_X_Y
+ 89 93 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
+ 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
+ 117 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
+ 136 139 138 147 1 improper_Z_N_X_Y
+ 139 152 150 151 1 improper_O_C_X_Y
+ 150 154 152 153 1 improper_Z_N_X_Y
+ 154 164 162 163 1 improper_O_C_X_Y
+ 156 160 159 161 1 improper_O_C_X_Y
+ 162 166 164 165 1 improper_Z_N_X_Y
+ 166 185 183 184 1 improper_O_C_X_Y
+ 168 171 174 172 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 171 176 172 173 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 171 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 172 180 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 174 180 178 179 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 176 178 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 183 187 185 186 1 improper_Z_N_X_Y
+ 187 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 189 192 194 193 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 192 198 194 195 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 193 198 196 197 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 196 194 198 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 221 219 220 1 improper_O_C_X_Y
+ 219 223 221 222 1 improper_Z_N_X_Y
+ 223 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
+ 225 228 231 229 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 228 232 229 230 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 229 234 232 233 1 improper_Z_N_X_Y
+ 234 241 237 238 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 236 235 231 239 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 237 239 241 242 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 240 239 235 241 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
+ 247 265 263 264 1 improper_O_C_X_Y
+ 263 267 265 266 1 improper_Z_N_X_Y
+ 267 276 275 277 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
+ 12 7 9 10 1
+ 25 21 23 24 1
+ 26 21 23 24 1
+ 31 21 29 30 1
+ 32 21 29 30 1
+ 109 104 107 108 1
+ 110 104 107 108 1
+ 126 119 124 125 1
+ 127 119 124 125 1
+ 132 121 130 131 1
+ 133 121 130 131 1
+ 215 212 213 214 1
+ 216 212 213 214 1
+ 253 249 251 252 1
+ 254 249 251 252 1
+ 259 249 257 258 1
+ 260 249 257 258 1
+ 271 267 269 270 1
+ 272 267 269 270 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
+ 52 51 49 53 2
+ 59 58 56 60 2
+ 67 66 65 70 2
+ 69 68 65 72 2
+ 71 70 66 74 2
+ 73 72 68 74 2
+ 80 79 77 81 2
+ 92 91 89 93 2
+ 116 115 113 117 2
+ 153 152 150 154 2
+ 165 164 162 166 2
+ 173 172 171 176 2
+ 175 174 171 178 2
+ 177 176 172 180 2
+ 179 178 174 180 2
+ 186 185 183 187 2
+ 195 194 192 198 2
+ 197 196 193 198 2
+ 199 198 194 196 2
+ 203 202 200 204 2
+ 222 221 219 223 2
+ 230 229 228 232 2
+ 233 232 229 234 2
+ 236 235 231 239 2
+ 238 237 234 241 2
+ 240 239 235 241 2
+ 242 241 237 239 2
+ 246 245 243 247 2
+ 266 265 263 267 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 27 21 23 24 -4
+ 28 21 23 24 4
+ 33 21 29 30 -4
+ 34 21 29 30 4
+ 41 40 38 43 4
+ 42 40 38 43 -4
+ 44 43 40 46 4
+ 45 43 40 46 -4
+ 47 46 37 43 4
+ 48 46 37 43 -4
+ 54 53 51 56 4
+ 55 53 51 56 -4
+ 63 62 60 65 4
+ 64 62 60 65 -4
+ 84 83 81 86 4
+ 85 83 81 86 -4
+ 96 95 93 98 4
+ 97 95 93 98 -4
+ 99 98 95 101 4
+ 100 98 95 101 -4
+ 102 101 98 104 4
+ 103 101 98 104 -4
+ 105 104 101 109 4
+ 106 104 101 109 -4
+ 111 104 107 108 -4
+ 112 104 107 108 4
+ 122 121 119 132 4
+ 123 121 119 132 -4
+ 128 119 124 125 -4
+ 129 119 124 125 4
+ 134 121 130 131 -4
+ 135 121 130 131 4
+ 142 141 139 144 4
+ 143 141 139 144 -4
+ 145 144 141 147 4
+ 146 144 141 147 -4
+ 148 147 138 144 4
+ 149 147 138 144 -4
+ 157 156 154 159 4
+ 158 156 154 159 -4
+ 169 168 166 171 4
+ 170 168 166 171 -4
+ 190 189 187 192 4
+ 191 189 187 192 -4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 210 209 206 212 4
+ 211 209 206 212 -4
+ 217 212 213 214 -4
+ 218 212 213 214 4
+ 226 225 223 228 4
+ 227 225 223 228 -4
+ 255 249 251 252 -4
+ 256 249 251 252 4
+ 261 249 257 258 -4
+ 262 249 257 258 4
+ 273 267 269 270 -4
+ 274 267 269 270 4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 35 2
+ 22 21 19 25 31 2
+ 39 38 37 40 49 2
+ 61 60 58 62 77 2
+ 82 81 79 83 89 2
+ 94 93 91 95 113 2
+ 118 117 115 119 136 2
+ 120 119 121 117 126 2
+ 140 139 138 141 150 2
+ 155 154 152 156 162 2
+ 167 166 164 168 183 2
+ 188 187 185 189 200 2
+ 205 204 202 206 219 2
+ 224 223 221 225 243 2
+ 248 247 245 249 263 2
+ 250 249 247 253 259 2
+ 268 267 265 271 275 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">246</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 0
+ 9 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 14.027
+ 10 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 0
+ 11 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 0
+ 12 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 14.027
+ 13 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 0
+ 14 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 0
+ 15 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 14.027
+ 16 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 0
+ 17 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 0
+ 18 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 14.027
+ 19 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 0
+ 20 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 0
+ 21 MNH3 50 LYS MNZ1 6 0 8.51535
+ 22 MNH3 50 LYS MNZ2 6 0 8.51535
+ 23 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 0
+ 24 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 0
+ 25 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 0
+ 26 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 0
+ 27 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
+ 28 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 29 opls_238 51 SER N 8 -0.5 15.0147
+ 30 opls_241 51 SER H 8 0.3 0
+ 31 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 13.019
+ 32 opls_140 51 SER HA 8 0.06 0
+ 33 opls_157 51 SER CB 9 0.145 14.027
+ 34 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 0
+ 35 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 0
+ 36 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
+ 37 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
+ 38 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
+ 39 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 40 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 15.0147
+ 41 opls_241 52 GLY H 12 0.3 0
+ 42 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 14.027
+ 43 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 0
+ 44 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 0
+ 45 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
+ 46 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 47 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 15.0147
+ 48 opls_241 53 TYR H 14 0.3 0
+ 49 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 13.019
+ 50 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 0
+ 51 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 14.027
+ 52 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 0
+ 53 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 0
+ 54 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
+ 55 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 13.019
+ 56 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 0
+ 57 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 13.019
+ 58 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 0
+ 59 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 13.019
+ 60 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 0
+ 61 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 13.019
+ 62 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 0
+ 63 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 64 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
+ 65 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
+ 66 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
+ 67 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 68 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 15.0147
+ 69 opls_241 54 ASP H 22 0.3 0
+ 70 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 13.019
+ 71 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 0
+ 72 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 14.027
+ 73 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 0
+ 74 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 0
+ 75 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
+ 76 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
+ 77 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
+ 78 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
+ 79 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 80 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 15.0147
+ 81 opls_241 55 ALA H 26 0.3 0
+ 82 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 13.019
+ 83 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 0
+ 84 MCH3B 55 ALA MCB1 27 0 7.5175
+ 85 MCH3B 55 ALA MCB2 27 0 7.5175
+ 86 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 0
+ 87 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 0
+ 88 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 0
+ 89 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 0
+ 90 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
+ 91 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 92 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
+ 93 opls_246 56 PRO CA 29 0.01 13.019
+ 94 opls_140 56 PRO HA 29 0.06 0
+ 95 opls_136 56 PRO CB 30 -0.12 14.027
+ 96 opls_140 56 PRO HB1 30 0.06 0
+ 97 opls_140 56 PRO HB2 30 0.06 0
+ 98 opls_136 56 PRO CG 31 -0.12 14.027
+ 99 opls_140 56 PRO HG1 31 0.06 0
+ 100 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 0
+ 101 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 14.027
+ 102 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 0
+ 103 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 0
+ 104 opls_235 56 PRO C 33 0.5 12.011
+ 105 opls_236 56 PRO O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 106 opls_238 57 PHE N 34 -0.5 15.0147
+ 107 opls_241 57 PHE H 34 0.3 0
+ 108 opls_224B 57 PHE CA 34 0.14 13.019
+ 109 opls_140 57 PHE HA 34 0.06 0
+ 110 opls_149 57 PHE CB 35 -0.005 14.027
+ 111 opls_140 57 PHE HB1 35 0.06 0
+ 112 opls_140 57 PHE HB2 35 0.06 0
+ 113 opls_145 57 PHE CG 35 -0.115 12.011
+ 114 opls_145 57 PHE CD1 36 -0.115 13.019
+ 115 opls_146 57 PHE HD1 36 0.115 0
+ 116 opls_145 57 PHE CD2 37 -0.115 13.019
+ 117 opls_146 57 PHE HD2 37 0.115 0
+ 118 opls_145 57 PHE CE1 38 -0.115 13.019
+ 119 opls_146 57 PHE HE1 38 0.115 0
+ 120 opls_145 57 PHE CE2 39 -0.115 13.019
+ 121 opls_146 57 PHE HE2 39 0.115 0
+ 122 opls_145 57 PHE CZ 40 -0.115 13.019
+ 123 opls_146 57 PHE HZ 40 0.115 0
+ 124 opls_235 57 PHE C 41 0.5 12.011
+ 125 opls_236 57 PHE O 41 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 126 opls_238 58 THR N 42 -0.5 15.0147
+ 127 opls_241 58 THR H 42 0.3 0
+ 128 opls_224B 58 THR CA 42 0.14 13.019
+ 129 opls_140 58 THR HA 42 0.06 0
+ 130 opls_158 58 THR CB 43 0.205 13.019
+ 131 opls_140 58 THR HB 43 0.06 0
+ 132 opls_154 58 THR OG1 43 -0.683 15.9994
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+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 5 3 7 27 3
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+ 6 3 7 27 3
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+ 83 82 86 87 3
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+ 244 233 235 236 3
+ 244 233 235 237 3
+ 244 233 235 238 3
+ 232 233 244 245 3
+ 232 233 244 246 3
+ 234 233 244 245 3
+ 234 233 244 246 3
+ 235 233 244 245 3
+ 235 233 244 246 3
+ 233 235 238 239 3
+ 233 235 238 240 3
+ 233 235 238 241 3
+ 236 235 238 239 3
+ 236 235 238 240 3
+ 236 235 238 241 3
+ 237 235 238 239 3
+ 237 235 238 240 3
+ 237 235 238 241 3
+ 235 238 241 232 3
+ 235 238 241 242 3
+ 235 238 241 243 3
+ 239 238 241 232 3
+ 239 238 241 242 3
+ 239 238 241 243 3
+ 240 238 241 232 3
+ 240 238 241 242 3
+ 240 238 241 243 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
+ 27 31 29 30 1 improper_Z_N_X_Y
+ 31 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
+ 38 42 40 41 1 improper_Z_N_X_Y
+ 42 47 45 46 1 improper_O_C_X_Y
+ 45 49 47 48 1 improper_Z_N_X_Y
+ 49 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
+ 51 54 57 55 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 54 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 63 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 61 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
+ 70 80 78 79 1 improper_O_C_X_Y
+ 72 76 75 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 78 82 80 81 1 improper_Z_N_X_Y
+ 82 92 90 91 1 improper_O_C_X_Y
+ 90 93 92 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 106 104 105 1 improper_O_C_X_Y
+ 104 108 106 107 1 improper_Z_N_X_Y
+ 108 126 124 125 1 improper_O_C_X_Y
+ 110 113 116 114 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 113 118 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 113 120 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 114 122 118 119 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 116 122 120 121 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 118 120 122 123 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 124 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
+ 128 142 140 141 1 improper_O_C_X_Y
+ 140 144 142 143 1 improper_Z_N_X_Y
+ 144 165 163 164 1 improper_O_C_X_Y
+ 163 167 165 166 1 improper_Z_N_X_Y
+ 167 182 180 181 1 improper_O_C_X_Y
+ 169 172 174 173 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 172 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 173 178 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 176 174 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
+ 180 184 182 183 1 improper_Z_N_X_Y
+ 184 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 213 211 212 1 improper_O_C_X_Y
+ 211 215 213 214 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 220 218 219 1 improper_O_C_X_Y
+ 218 222 220 221 1 improper_Z_N_X_Y
+ 222 232 230 231 1 improper_O_C_X_Y
+ 230 233 232 241 1 improper_Z_N_X_Y
+ 233 245 244 246 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 23 18 21 22 1
+ 24 18 21 22 1
+ 86 82 84 85 1
+ 87 82 84 85 1
+ 136 130 134 135 1
+ 137 130 134 135 1
+ 153 146 151 152 1
+ 154 146 151 152 1
+ 159 148 157 158 1
+ 160 148 157 158 1
+ 190 186 188 189 1
+ 191 186 188 189 1
+ 196 186 194 195 1
+ 197 186 194 195 1
+ 226 222 224 225 1
+ 227 222 224 225 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 30 29 27 31 2
+ 41 40 38 42 2
+ 48 47 45 49 2
+ 56 55 54 59 2
+ 58 57 54 61 2
+ 60 59 55 63 2
+ 62 61 57 63 2
+ 69 68 66 70 2
+ 81 80 78 82 2
+ 107 106 104 108 2
+ 115 114 113 118 2
+ 117 116 113 120 2
+ 119 118 114 122 2
+ 121 120 116 122 2
+ 123 122 118 120 2
+ 127 126 124 128 2
+ 143 142 140 144 2
+ 166 165 163 167 2
+ 175 174 172 178 2
+ 177 176 173 178 2
+ 179 178 174 176 2
+ 183 182 180 184 2
+ 203 202 200 204 2
+ 214 213 211 215 2
+ 221 220 218 222 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 10 9 7 12 4
+ 11 9 7 12 -4
+ 13 12 9 15 4
+ 14 12 9 15 -4
+ 16 15 12 18 4
+ 17 15 12 18 -4
+ 19 18 15 23 4
+ 20 18 15 23 -4
+ 25 18 21 22 -4
+ 26 18 21 22 4
+ 34 33 31 36 4
+ 35 33 31 36 -4
+ 43 42 40 45 4
+ 44 42 40 45 -4
+ 52 51 49 54 4
+ 53 51 49 54 -4
+ 73 72 70 75 4
+ 74 72 70 75 -4
+ 88 82 84 85 -4
+ 89 82 84 85 4
+ 96 95 93 98 4
+ 97 95 93 98 -4
+ 99 98 95 101 4
+ 100 98 95 101 -4
+ 102 101 92 98 4
+ 103 101 92 98 -4
+ 111 110 108 113 4
+ 112 110 108 113 -4
+ 138 130 134 135 -4
+ 139 130 134 135 4
+ 149 148 146 159 4
+ 150 148 146 159 -4
+ 155 146 151 152 -4
+ 156 146 151 152 4
+ 161 148 157 158 -4
+ 162 148 157 158 4
+ 170 169 167 172 4
+ 171 169 167 172 -4
+ 192 186 188 189 -4
+ 193 186 188 189 4
+ 198 186 194 195 -4
+ 199 186 194 195 4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 216 215 213 218 4
+ 217 215 213 218 -4
+ 228 222 224 225 -4
+ 229 222 224 225 4
+ 236 235 233 238 4
+ 237 235 233 238 -4
+ 239 238 235 241 4
+ 240 238 235 241 -4
+ 242 241 232 238 4
+ 243 241 232 238 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 27 2
+ 32 31 29 33 38 2
+ 50 49 47 51 66 2
+ 71 70 68 72 78 2
+ 83 82 80 86 90 2
+ 94 93 92 95 104 2
+ 109 108 106 110 124 2
+ 129 128 126 130 140 2
+ 131 130 132 128 136 2
+ 145 144 142 146 163 2
+ 147 146 148 144 153 2
+ 168 167 165 169 180 2
+ 185 184 182 186 200 2
+ 187 186 184 190 196 2
+ 205 204 202 206 211 2
+ 223 222 220 226 230 2
+ 234 233 232 235 244 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">228</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 12.011
+ 8 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 12.011
+ 11 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 1.008
+ 12 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 1.008
+ 13 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 12.011
+ 14 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 1.008
+ 15 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 1.008
+ 16 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 12.011
+ 17 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 1.008
+ 18 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 1.008
+ 19 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
+ 20 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 1.008
+ 21 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 1.008
+ 22 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 1.008
+ 23 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
+ 24 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 25 opls_238 51 SER N 8 -0.5 14.0067
+ 26 opls_241 51 SER H 8 0.3 1.008
+ 27 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 12.011
+ 28 opls_140 51 SER HA 8 0.06 1.008
+ 29 opls_157 51 SER CB 9 0.145 12.011
+ 30 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 1.008
+ 31 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 1.008
+ 32 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
+ 33 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
+ 34 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
+ 35 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 36 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 14.0067
+ 37 opls_241 52 GLY H 12 0.3 1.008
+ 38 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 12.011
+ 39 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 1.008
+ 40 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 1.008
+ 41 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
+ 42 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 43 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 14.0067
+ 44 opls_241 53 TYR H 14 0.3 1.008
+ 45 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 12.011
+ 46 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 1.008
+ 47 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 12.011
+ 48 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 1.008
+ 49 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 1.008
+ 50 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
+ 51 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 12.011
+ 52 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 1.008
+ 53 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 12.011
+ 54 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 1.008
+ 55 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 12.011
+ 56 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 1.008
+ 57 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 12.011
+ 58 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 1.008
+ 59 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 60 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
+ 61 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
+ 62 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
+ 63 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 64 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 14.0067
+ 65 opls_241 54 ASP H 22 0.3 1.008
+ 66 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 12.011
+ 67 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 1.008
+ 68 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 12.011
+ 69 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 1.008
+ 70 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 1.008
+ 71 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
+ 72 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
+ 73 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
+ 74 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
+ 75 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 76 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 14.0067
+ 77 opls_241 55 ALA H 26 0.3 1.008
+ 78 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 12.011
+ 79 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 1.008
+ 80 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 12.011
+ 81 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 1.008
+ 82 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 1.008
+ 83 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 1.008
+ 84 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
+ 85 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 86 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
+ 87 opls_246 56 PRO CA 29 0.01 12.011
+ 88 opls_140 56 PRO HA 29 0.06 1.008
+ 89 opls_136 56 PRO CB 30 -0.12 12.011
+ 90 opls_140 56 PRO HB1 30 0.06 1.008
+ 91 opls_140 56 PRO HB2 30 0.06 1.008
+ 92 opls_136 56 PRO CG 31 -0.12 12.011
+ 93 opls_140 56 PRO HG1 31 0.06 1.008
+ 94 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 1.008
+ 95 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 12.011
+ 96 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 1.008
+ 97 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 1.008
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+ 67 66 74 1
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 2 1 5 7 3
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
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+ 4 1 5 7 3
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+ 65 64 66 74 3
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+ 171 170 172 184 3
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+ 223 214 215 216 3
+ 223 214 215 217 3
+ 223 214 215 226 3
+ 212 214 223 220 3
+ 212 214 223 224 3
+ 212 214 223 225 3
+ 215 214 223 220 3
+ 215 214 223 224 3
+ 215 214 223 225 3
+ 214 215 217 218 3
+ 214 215 217 219 3
+ 214 215 217 220 3
+ 216 215 217 218 3
+ 216 215 217 219 3
+ 216 215 217 220 3
+ 226 215 217 218 3
+ 226 215 217 219 3
+ 226 215 217 220 3
+ 214 215 226 227 3
+ 214 215 226 228 3
+ 216 215 226 227 3
+ 216 215 226 228 3
+ 217 215 226 227 3
+ 217 215 226 228 3
+ 215 217 220 221 3
+ 215 217 220 222 3
+ 215 217 220 223 3
+ 218 217 220 221 3
+ 218 217 220 222 3
+ 218 217 220 223 3
+ 219 217 220 221 3
+ 219 217 220 222 3
+ 219 217 220 223 3
+ 217 220 223 214 3
+ 217 220 223 224 3
+ 217 220 223 225 3
+ 221 220 223 214 3
+ 221 220 223 224 3
+ 221 220 223 225 3
+ 222 220 223 214 3
+ 222 220 223 224 3
+ 222 220 223 225 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
+ 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
+ 27 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
+ 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
+ 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
+ 45 64 62 63 1 improper_O_C_X_Y
+ 47 50 53 51 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 50 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 50 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 51 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 53 59 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 57 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 66 64 65 1 improper_Z_N_X_Y
+ 66 76 74 75 1 improper_O_C_X_Y
+ 68 72 71 73 1 improper_O_C_X_Y
+ 74 78 76 77 1 improper_Z_N_X_Y
+ 78 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
+ 84 87 86 95 1 improper_Z_N_X_Y
+ 87 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
+ 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 102 120 118 119 1 improper_O_C_X_Y
+ 104 107 110 108 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 107 112 108 109 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 107 114 110 111 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 108 116 112 113 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 110 116 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 112 114 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 118 122 120 121 1 improper_Z_N_X_Y
+ 122 134 132 133 1 improper_O_C_X_Y
+ 132 136 134 135 1 improper_Z_N_X_Y
+ 136 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
+ 151 155 153 154 1 improper_Z_N_X_Y
+ 155 170 168 169 1 improper_O_C_X_Y
+ 157 160 162 161 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 160 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 161 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 164 162 166 167 1 improper_Z_N_X_Y
+ 168 172 170 171 1 improper_Z_N_X_Y
+ 172 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
+ 184 188 186 187 1 improper_Z_N_X_Y
+ 188 197 195 196 1 improper_O_C_X_Y
+ 195 199 197 198 1 improper_Z_N_X_Y
+ 199 204 202 203 1 improper_O_C_X_Y
+ 202 206 204 205 1 improper_Z_N_X_Y
+ 206 214 212 213 1 improper_O_C_X_Y
+ 212 215 214 223 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 227 226 228 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">268</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 0
+ 9 MCH3B 2 ALA MCB1 2 0 7.5175
+ 10 MCH3B 2 ALA MCB2 2 0 7.5175
+ 11 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 0
+ 12 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 0
+ 13 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 0
+ 14 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 0
+ 15 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
+ 16 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 17 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 15.0147
+ 18 opls_241 3 CYS H 4 0.3 0
+ 19 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 13.019
+ 20 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 0
+ 21 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 14.027
+ 22 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 0
+ 23 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 0
+ 24 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
+ 25 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
+ 26 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
+ 27 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 28 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 15.0147
+ 29 opls_241 4 ASP H 8 0.3 0
+ 30 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 13.019
+ 31 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 0
+ 32 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 14.027
+ 33 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 0
+ 34 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 0
+ 35 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
+ 36 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
+ 37 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
+ 38 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
+ 39 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 40 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 15.0147
+ 41 opls_241 5 GLU H 12 0.3 0
+ 42 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 13.019
+ 43 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 0
+ 44 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 14.027
+ 45 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 0
+ 46 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 0
+ 47 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 14.027
+ 48 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 0
+ 49 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 0
+ 50 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
+ 51 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
+ 52 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
+ 53 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
+ 54 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 55 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 15.0147
+ 56 opls_241 6 PHE H 17 0.3 0
+ 57 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 13.019
+ 58 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 0
+ 59 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 14.027
+ 60 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 0
+ 61 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 0
+ 62 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
+ 63 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 13.019
+ 64 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 0
+ 65 opls_145 6 PHE CD2 20 -0.115 13.019
+ 66 opls_146 6 PHE HD2 20 0.115 0
+ 67 opls_145 6 PHE CE1 21 -0.115 13.019
+ 68 opls_146 6 PHE HE1 21 0.115 0
+ 69 opls_145 6 PHE CE2 22 -0.115 13.019
+ 70 opls_146 6 PHE HE2 22 0.115 0
+ 71 opls_145 6 PHE CZ 23 -0.115 13.019
+ 72 opls_146 6 PHE HZ 23 0.115 0
+ 73 opls_235 6 PHE C 24 0.5 12.011
+ 74 opls_236 6 PHE O 24 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 75 opls_238 7 GLY N 25 -0.5 15.0147
+ 76 opls_241 7 GLY H 25 0.3 0
+ 77 opls_223B 7 GLY CA 25 0.08 14.027
+ 78 opls_140 7 GLY HA1 25 0.06 0
+ 79 opls_140 7 GLY HA2 25 0.06 0
+ 80 opls_235 7 GLY C 26 0.5 12.011
+ 81 opls_236 7 GLY O 26 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISE q 0.0
+ 82 opls_238 8 HIS N 27 -0.5 15.0147
+ 83 opls_241 8 HIS H 27 0.3 0
+ 84 opls_224B 8 HIS CA 27 0.14 13.019
+ 85 opls_140 8 HIS HA 27 0.06 0
+ 86 opls_505 8 HIS CB 28 -0.005 14.027
+ 87 opls_140 8 HIS HB1 28 0.06 0
+ 88 opls_140 8 HIS HB2 28 0.06 0
+ 89 opls_507 8 HIS CG 29 -0.015 12.011
+ 90 opls_511 8 HIS ND1 29 -0.49 14.0067
+ 91 opls_508 8 HIS CD2 30 0.015 13.019
+ 92 opls_146 8 HIS HD2 30 0.115 0
+ 93 opls_506 8 HIS CE1 31 0.295 13.019
+ 94 opls_146 8 HIS HE1 31 0.115 0
+ 95 opls_503 8 HIS NE2 32 -0.57 15.0147
+ 96 opls_504 8 HIS HE2 32 0.42 0
+ 97 opls_235 8 HIS C 33 0.5 12.011
+ 98 opls_236 8 HIS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 99 opls_238 9 ILE N 34 -0.5 15.0147
+ 100 opls_241 9 ILE H 34 0.3 0
+ 101 opls_224B 9 ILE CA 34 0.14 13.019
+ 102 opls_140 9 ILE HA 34 0.06 0
+ 103 opls_137 9 ILE CB 35 -0.06 13.019
+ 104 opls_140 9 ILE HB 35 0.06 0
+ 105 opls_136 9 ILE CG1 36 -0.12 14.027
+ 106 opls_140 9 ILE HG11 36 0.06 0
+ 107 opls_140 9 ILE HG12 36 0.06 0
+ 108 MCH3B 9 ILE MCG1 37 0 7.5175
+ 109 MCH3B 9 ILE MCG2 37 0 7.5175
+ 110 opls_135 9 ILE CG2 37 -0.18 0
+ 111 opls_140 9 ILE HG21 37 0.06 0
+ 112 opls_140 9 ILE HG22 37 0.06 0
+ 113 opls_140 9 ILE HG23 37 0.06 0
+ 114 MCH3B 9 ILE MCD1 38 0 7.5175
+ 115 MCH3B 9 ILE MCD2 38 0 7.5175
+ 116 opls_135 9 ILE CD 38 -0.18 0
+ 117 opls_140 9 ILE HD1 38 0.06 0
+ 118 opls_140 9 ILE HD2 38 0.06 0
+ 119 opls_140 9 ILE HD3 38 0.06 0
+ 120 opls_235 9 ILE C 39 0.5 12.011
+ 121 opls_236 9 ILE O 39 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 122 opls_238 10 LYS N 40 -0.5 15.0147
+ 123 opls_241 10 LYS H 40 0.3 0
+ 124 opls_224B 10 LYS CA 40 0.14 13.019
+ 125 opls_140 10 LYS HA 40 0.06 0
+ 126 opls_136 10 LYS CB 41 -0.12 14.027
+ 127 opls_140 10 LYS HB1 41 0.06 0
+ 128 opls_140 10 LYS HB2 41 0.06 0
+ 129 opls_136 10 LYS CG 42 -0.12 14.027
+ 130 opls_140 10 LYS HG1 42 0.06 0
+ 131 opls_140 10 LYS HG2 42 0.06 0
+ 132 opls_136 10 LYS CD 43 -0.12 14.027
+ 133 opls_140 10 LYS HD1 43 0.06 0
+ 134 opls_140 10 LYS HD2 43 0.06 0
+ 135 opls_292 10 LYS CE 44 0.19 14.027
+ 136 opls_140 10 LYS HE1 44 0.06 0
+ 137 opls_140 10 LYS HE2 44 0.06 0
+ 138 MNH3 10 LYS MNZ1 45 0 8.51535
+ 139 MNH3 10 LYS MNZ2 45 0 8.51535
+ 140 opls_287 10 LYS NZ 45 -0.3 0
+ 141 opls_290 10 LYS HZ1 45 0.33 0
+ 142 opls_290 10 LYS HZ2 45 0.33 0
+ 143 opls_290 10 LYS HZ3 45 0.33 0
+ 144 opls_235 10 LYS C 46 0.5 12.011
+ 145 opls_236 10 LYS O 46 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 146 opls_238 11 LEU N 47 -0.5 15.0147
+ 147 opls_241 11 LEU H 47 0.3 0
+ 148 opls_224B 11 LEU CA 47 0.14 13.019
+ 149 opls_140 11 LEU HA 47 0.06 0
+ 150 opls_136 11 LEU CB 48 -0.12 14.027
+ 151 opls_140 11 LEU HB1 48 0.06 0
+ 152 opls_140 11 LEU HB2 48 0.06 0
+ 153 opls_137 11 LEU CG 49 -0.06 13.019
+ 154 opls_140 11 LEU HG 49 0.06 0
+ 155 MCH3B 11 LEU MCD1 50 0 7.5175
+ 156 MCH3B 11 LEU MCD2 50 0 7.5175
+ 157 opls_135 11 LEU CD1 50 -0.18 0
+ 158 opls_140 11 LEU HD11 50 0.06 0
+ 159 opls_140 11 LEU HD12 50 0.06 0
+ 160 opls_140 11 LEU HD13 50 0.06 0
+ 161 MCH3B 11 LEU MCD1 51 0 7.5175
+ 162 MCH3B 11 LEU MCD2 51 0 7.5175
+ 163 opls_135 11 LEU CD2 51 -0.18 0
+ 164 opls_140 11 LEU HD21 51 0.06 0
+ 165 opls_140 11 LEU HD22 51 0.06 0
+ 166 opls_140 11 LEU HD23 51 0.06 0
+ 167 opls_235 11 LEU C 52 0.5 12.011
+ 168 opls_236 11 LEU O 52 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 169 opls_238 12 MET N 53 -0.5 15.0147
+ 170 opls_241 12 MET H 53 0.3 0
+ 171 opls_224B 12 MET CA 53 0.14 13.019
+ 172 opls_140 12 MET HA 53 0.06 0
+ 173 opls_136 12 MET CB 54 -0.12 14.027
+ 174 opls_140 12 MET HB1 54 0.06 0
+ 175 opls_140 12 MET HB2 54 0.06 0
+ 176 opls_210 12 MET CG 55 0.048 14.027
+ 177 opls_140 12 MET HG1 55 0.06 0
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+ 183 opls_140 12 MET HE1 57 0.06 0
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+ 186 opls_235 12 MET C 58 0.5 12.011
+ 187 opls_236 12 MET O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 188 opls_238 13 ASN N 59 -0.5 15.0147
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+ 190 opls_224B 13 ASN CA 60 0.14 13.019
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+ 193 opls_140 13 ASN HB1 61 0.06 0
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+ 200 opls_235 13 ASN C 64 0.5 12.011
+ 201 opls_236 13 ASN O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 202 opls_239 14 PRO N 65 -0.14 14.0067
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+; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
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+; residue 17 SER rtp SER q -1.0
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+ 268 opls_272 17 SER O2 88 -0.8 15.9994 ; qtot 0
+
+[ bonds ]
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+
+[ pairs ]
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
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+ 5 3 7 8 3
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+ 60 59 62 65 3
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+ 61 59 62 65 3
+ 59 62 63 64 3
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+ 65 62 63 67 3
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+ 63 62 65 69 3
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+ 62 65 69 71 3
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+ 70 69 71 72 3
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+ 88 86 89 91 3
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+ 90 93 95 96 3
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+ 94 93 95 96 3
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+ 84 97 99 101 3
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+ 98 97 99 101 3
+ 97 99 101 102 3
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+ 100 99 101 103 3
+ 100 99 101 120 3
+ 99 101 103 105 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
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+ 120 101 103 105 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 120 101 103 110 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
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+ 217 216 218 231 3
+ 216 218 220 223 3 dih_GLN_chi1_N_C_C_C
+ 231 218 220 223 3 dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
+ 216 218 220 221 3
+ 216 218 220 222 3
+ 219 218 220 221 3
+ 219 218 220 222 3
+ 219 218 220 223 3
+ 231 218 220 221 3
+ 231 218 220 222 3
+ 216 218 231 232 3
+ 216 218 231 233 3
+ 219 218 231 232 3
+ 219 218 231 233 3
+ 220 218 231 232 3
+ 220 218 231 233 3
+ 218 220 223 224 3
+ 218 220 223 225 3
+ 218 220 223 226 3
+ 221 220 223 224 3
+ 221 220 223 225 3
+ 221 220 223 226 3
+ 222 220 223 224 3
+ 222 220 223 225 3
+ 222 220 223 226 3
+ 220 223 226 228 3 dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
+ 220 223 226 227 3
+ 224 223 226 227 3
+ 224 223 226 228 3
+ 225 223 226 227 3
+ 225 223 226 228 3
+ 223 226 228 229 3
+ 223 226 228 230 3
+ 227 226 228 229 3
+ 227 226 228 230 3
+ 218 231 233 234 3
+ 218 231 233 235 3
+ 232 231 233 234 3
+ 232 231 233 235 3
+ 231 233 235 236 3
+ 231 233 235 237 3
+ 231 233 235 255 3
+ 234 233 235 236 3
+ 234 233 235 237 3
+ 234 233 235 255 3
+ 233 235 237 240 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
+ 255 235 237 240 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
+ 233 235 237 238 3
+ 233 235 237 239 3
+ 236 235 237 238 3
+ 236 235 237 239 3
+ 236 235 237 240 3
+ 255 235 237 238 3
+ 255 235 237 239 3
+ 233 235 255 256 3
+ 233 235 255 257 3
+ 236 235 255 256 3
+ 236 235 255 257 3
+ 237 235 255 256 3
+ 237 235 255 257 3
+ 235 237 240 241 3
+ 235 237 240 242 3
+ 235 237 240 243 3
+ 238 237 240 241 3
+ 238 237 240 242 3
+ 238 237 240 243 3
+ 239 237 240 241 3
+ 239 237 240 242 3
+ 239 237 240 243 3
+ 237 240 243 244 3
+ 237 240 243 245 3
+ 237 240 243 246 3
+ 241 240 243 244 3
+ 241 240 243 245 3
+ 241 240 243 246 3
+ 242 240 243 244 3
+ 242 240 243 245 3
+ 242 240 243 246 3
+ 240 243 246 247 3
+ 240 243 246 248 3
+ 244 243 246 247 3
+ 244 243 246 248 3
+ 245 243 246 247 3
+ 245 243 246 248 3
+ 243 246 248 249 3
+ 243 246 248 252 3
+ 247 246 248 249 3
+ 247 246 248 252 3
+ 246 248 249 250 3
+ 246 248 249 251 3
+ 252 248 249 250 3
+ 252 248 249 251 3
+ 246 248 252 253 3
+ 246 248 252 254 3
+ 249 248 252 253 3
+ 249 248 252 254 3
+ 235 255 257 258 3
+ 235 255 257 259 3
+ 256 255 257 258 3
+ 256 255 257 259 3
+ 255 257 259 260 3
+ 255 257 259 261 3
+ 255 257 259 266 3
+ 258 257 259 260 3
+ 258 257 259 261 3
+ 258 257 259 266 3
+ 257 259 261 264 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 266 259 261 264 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 257 259 261 262 3
+ 257 259 261 263 3
+ 260 259 261 262 3
+ 260 259 261 263 3
+ 260 259 261 264 3
+ 266 259 261 262 3
+ 266 259 261 263 3
+ 257 259 266 267 3
+ 257 259 266 268 3
+ 260 259 266 267 3
+ 260 259 266 268 3
+ 261 259 266 267 3
+ 261 259 266 268 3
+ 259 261 264 265 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 262 261 264 265 3
+ 263 261 264 265 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 28 26 27 1 improper_O_C_X_Y
+ 26 30 28 29 1 improper_Z_N_X_Y
+ 30 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
+ 32 36 35 37 1 improper_O_C_X_Y
+ 38 42 40 41 1 improper_Z_N_X_Y
+ 42 55 53 54 1 improper_O_C_X_Y
+ 47 51 50 52 1 improper_O_C_X_Y
+ 53 57 55 56 1 improper_Z_N_X_Y
+ 57 75 73 74 1 improper_O_C_X_Y
+ 59 62 65 63 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 62 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 71 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 67 69 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 73 77 75 76 1 improper_Z_N_X_Y
+ 77 82 80 81 1 improper_O_C_X_Y
+ 80 84 82 83 1 improper_Z_N_X_Y
+ 84 99 97 98 1 improper_O_C_X_Y
+ 86 89 91 90 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 89 95 91 92 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 90 95 93 94 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 93 91 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
+ 97 101 99 100 1 improper_Z_N_X_Y
+ 101 122 120 121 1 improper_O_C_X_Y
+ 120 124 122 123 1 improper_Z_N_X_Y
+ 124 146 144 145 1 improper_O_C_X_Y
+ 144 148 146 147 1 improper_Z_N_X_Y
+ 148 169 167 168 1 improper_O_C_X_Y
+ 167 171 169 170 1 improper_Z_N_X_Y
+ 171 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
+ 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
+ 190 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 192 197 195 196 1 improper_O_C_X_Y
+ 195 198 197 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 203 202 211 1 improper_Z_N_X_Y
+ 203 216 214 215 1 improper_O_C_X_Y
+ 214 218 216 217 1 improper_Z_N_X_Y
+ 218 233 231 232 1 improper_O_C_X_Y
+ 223 228 226 227 1 improper_O_C_X_Y
+ 226 229 228 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 235 233 234 1 improper_Z_N_X_Y
+ 235 257 255 256 1 improper_O_C_X_Y
+ 243 248 246 247 1 improper_Z_N_X_Y
+ 246 249 248 252 1 improper_O_C_X_Y
+ 248 250 249 251 1 improper_Z_N_X_Y
+ 248 253 252 254 1 improper_Z_N_X_Y
+ 255 259 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
+ 259 267 266 268 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 11 7 9 10 1
+ 12 7 9 10 1
+ 110 103 108 109 1
+ 111 103 108 109 1
+ 116 105 114 115 1
+ 117 105 114 115 1
+ 140 135 138 139 1
+ 141 135 138 139 1
+ 157 153 155 156 1
+ 158 153 155 156 1
+ 163 153 161 162 1
+ 164 153 161 162 1
+ 182 179 180 181 1
+ 183 179 180 181 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
+ 29 28 26 30 2
+ 41 40 38 42 2
+ 56 55 53 57 2
+ 64 63 62 67 2
+ 66 65 62 69 2
+ 68 67 63 71 2
+ 70 69 65 71 2
+ 72 71 67 69 2
+ 76 75 73 77 2
+ 83 82 80 84 2
+ 92 91 89 95 2
+ 94 93 90 95 2
+ 96 95 91 93 2
+ 100 99 97 101 2
+ 123 122 120 124 2
+ 147 146 144 148 2
+ 170 169 167 171 2
+ 189 188 186 190 2
+ 217 216 214 218 2
+ 234 233 231 235 2
+ 247 246 243 248 2
+ 258 257 255 259 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 198 197 195 192 3
+ 199 197 195 192 -3
+ 229 228 226 223 3
+ 230 228 226 223 -3
+ 250 249 248 246 3
+ 251 249 248 246 -3
+ 253 252 248 246 3
+ 254 252 248 246 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 13 7 9 10 -4
+ 14 7 9 10 4
+ 22 21 19 24 4
+ 23 21 19 24 -4
+ 33 32 30 35 4
+ 34 32 30 35 -4
+ 45 44 42 47 4
+ 46 44 42 47 -4
+ 48 47 44 50 4
+ 49 47 44 50 -4
+ 60 59 57 62 4
+ 61 59 57 62 -4
+ 78 77 75 80 4
+ 79 77 75 80 -4
+ 87 86 84 89 4
+ 88 86 84 89 -4
+ 106 105 103 116 4
+ 107 105 103 116 -4
+ 112 103 108 109 -4
+ 113 103 108 109 4
+ 118 105 114 115 -4
+ 119 105 114 115 4
+ 127 126 124 129 4
+ 128 126 124 129 -4
+ 130 129 126 132 4
+ 131 129 126 132 -4
+ 133 132 129 135 4
+ 134 132 129 135 -4
+ 136 135 132 140 4
+ 137 135 132 140 -4
+ 142 135 138 139 -4
+ 143 135 138 139 4
+ 151 150 148 153 4
+ 152 150 148 153 -4
+ 159 153 155 156 -4
+ 160 153 155 156 4
+ 165 153 161 162 -4
+ 166 153 161 162 4
+ 174 173 171 176 4
+ 175 173 171 176 -4
+ 177 176 173 179 4
+ 178 176 173 179 -4
+ 184 179 180 181 -4
+ 185 179 180 181 4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 206 205 203 208 4
+ 207 205 203 208 -4
+ 209 208 205 211 4
+ 210 208 205 211 -4
+ 212 211 202 208 4
+ 213 211 202 208 -4
+ 221 220 218 223 4
+ 222 220 218 223 -4
+ 224 223 220 226 4
+ 225 223 220 226 -4
+ 238 237 235 240 4
+ 239 237 235 240 -4
+ 241 240 237 243 4
+ 242 240 237 243 -4
+ 244 243 240 246 4
+ 245 243 240 246 -4
+ 262 261 259 264 4
+ 263 261 259 264 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 11 15 2
+ 20 19 17 21 26 2
+ 31 30 28 32 38 2
+ 43 42 40 44 53 2
+ 58 57 55 59 73 2
+ 85 84 82 86 97 2
+ 102 101 99 103 120 2
+ 104 103 105 101 110 2
+ 125 124 122 126 144 2
+ 149 148 146 150 167 2
+ 154 153 150 157 163 2
+ 172 171 169 173 186 2
+ 191 190 188 192 200 2
+ 204 203 202 205 214 2
+ 219 218 216 220 231 2
+ 236 235 233 237 255 2
+ 260 259 257 261 266 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">291</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 18 THR N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 18 THR H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 18 THR H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 18 THR H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 18 THR HA 1 0.06 0
+ 9 opls_158 18 THR CB 2 0.205 13.019
+ 10 opls_140 18 THR HB 2 0.06 0
+ 11 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
+ 12 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
+ 13 MCH3B 18 THR MCG1 3 0 7.5175
+ 14 MCH3B 18 THR MCG2 3 0 7.5175
+ 15 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 0
+ 16 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 0
+ 17 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 0
+ 18 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 0
+ 19 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
+ 20 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 21 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 15.0147
+ 22 opls_241 19 VAL H 5 0.3 0
+ 23 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 13.019
+ 24 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 0
+ 25 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 13.019
+ 26 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 0
+ 27 MCH3B 19 VAL MCG1 7 0 7.5175
+ 28 MCH3B 19 VAL MCG2 7 0 7.5175
+ 29 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 0
+ 30 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 0
+ 31 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 0
+ 32 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 0
+ 33 MCH3B 19 VAL MCG1 8 0 7.5175
+ 34 MCH3B 19 VAL MCG2 8 0 7.5175
+ 35 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 0
+ 36 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 0
+ 37 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 0
+ 38 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 0
+ 39 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
+ 40 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 41 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 15.0147
+ 42 opls_241 20 TRP H 10 0.3 0
+ 43 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 13.019
+ 44 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 0
+ 45 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 14.027
+ 46 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 0
+ 47 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 0
+ 48 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
+ 49 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 13.019
+ 50 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 0
+ 51 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
+ 52 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 15.0147
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+ 56 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 0
+ 57 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 13.019
+ 58 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 0
+ 59 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 13.019
+ 60 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 0
+ 61 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 13.019
+ 62 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 0
+ 63 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
+ 64 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 65 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 15.0147
+ 66 opls_241 21 TYR H 21 0.3 0
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+ 71 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 0
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+ 74 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 0
+ 75 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 13.019
+ 76 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 0
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+ 79 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 13.019
+ 80 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 0
+ 81 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
+ 82 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
+ 83 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
+ 84 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
+ 85 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 86 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 15.0147
+ 87 opls_241 22 LYS H 29 0.3 0
+ 88 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 13.019
+ 89 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 0
+ 90 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 14.027
+ 91 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 0
+ 92 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 0
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+ 95 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 0
+ 96 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 14.027
+ 97 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 0
+ 98 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 0
+ 99 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 14.027
+ 100 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 0
+ 101 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 0
+ 102 MNH3 22 LYS MNZ1 34 0 8.51535
+ 103 MNH3 22 LYS MNZ2 34 0 8.51535
+ 104 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 0
+ 105 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 0
+ 106 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 0
+ 107 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 0
+ 108 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
+ 109 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 110 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 15.0147
+ 111 opls_241 23 GLU H 36 0.3 0
+ 112 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 13.019
+ 113 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 0
+ 114 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 14.027
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+ 117 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 14.027
+ 118 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 0
+ 119 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 0
+ 120 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
+ 121 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
+ 122 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
+ 123 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
+ 124 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 125 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 15.0147
+ 126 opls_241 24 TRP H 41 0.3 0
+ 127 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 13.019
+ 128 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 0
+ 129 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 14.027
+ 130 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 0
+ 131 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 0
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+ 134 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 0
+ 135 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
+ 136 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 15.0147
+ 137 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 0
+ 138 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
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+ 140 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 0
+ 141 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 13.019
+ 142 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 0
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+ 144 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 0
+ 145 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 13.019
+ 146 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 0
+ 147 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
+ 148 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 149 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
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+ 158 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 14.027
+ 159 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 0
+ 160 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 0
+ 161 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
+ 162 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 163 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
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+ 171 opls_140 26 PRO HG2 59 0.06 0
+ 172 opls_245 26 PRO CD 60 -0.05 14.027
+ 173 opls_140 26 PRO HD1 60 0.06 0
+ 174 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 0
+ 175 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
+ 176 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 177 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 15.0147
+ 178 opls_241 27 CYS H 62 0.3 0
+ 179 opls_224B 27 CYS CA 62 0.14 13.019
+ 180 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 0
+ 181 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 14.027
+ 182 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 0
+ 183 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 0
+ 184 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
+ 185 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
+ 186 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
+ 187 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 188 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 15.0147
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+ 190 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 13.019
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+ 194 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 0
+ 195 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 14.027
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+ 197 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 0
+ 198 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 14.027
+ 199 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 0
+ 200 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 0
+ 201 opls_303 28 ARG NE 70 -0.7 15.0147
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+ 210 opls_235 28 ARG C 73 0.5 12.011
+ 211 opls_236 28 ARG O 73 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISE q 0.0
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+ 220 opls_511 29 HIS ND1 76 -0.49 14.0067
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+ 227 opls_235 29 HIS C 80 0.5 12.011
+ 228 opls_236 29 HIS O 80 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 229 opls_238 30 ASN N 81 -0.5 15.0147
+ 230 opls_241 30 ASN H 81 0.3 0
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+ 234 opls_140 30 ASN HB1 83 0.06 0
+ 235 opls_140 30 ASN HB2 83 0.06 0
+ 236 opls_235 30 ASN CG 84 0.5 12.011
+ 237 opls_236 30 ASN OD1 84 -0.5 15.9994
+ 238 opls_237 30 ASN ND2 85 -0.76 16.0227
+ 239 opls_240 30 ASN HD21 85 0.38 0
+ 240 opls_240 30 ASN HD22 85 0.38 0
+ 241 opls_235 30 ASN C 86 0.5 12.011
+ 242 opls_236 30 ASN O 86 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
+ 243 opls_238 31 SER N 87 -0.5 15.0147
+ 244 opls_241 31 SER H 87 0.3 0
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+ 246 opls_140 31 SER HA 87 0.06 0
+ 247 opls_157 31 SER CB 88 0.145 14.027
+ 248 opls_140 31 SER HB1 88 0.06 0
+ 249 opls_140 31 SER HB2 88 0.06 0
+ 250 opls_154 31 SER OG 89 -0.683 15.9994
+ 251 opls_155 31 SER HG 89 0.418 1.008
+ 252 opls_235 31 SER C 90 0.5 12.011
+ 253 opls_236 31 SER O 90 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISE q 0.0
+ 254 opls_238 32 HIS N 91 -0.5 15.0147
+ 255 opls_241 32 HIS H 91 0.3 0
+ 256 opls_224B 32 HIS CA 91 0.14 13.019
+ 257 opls_140 32 HIS HA 91 0.06 0
+ 258 opls_505 32 HIS CB 92 -0.005 14.027
+ 259 opls_140 32 HIS HB1 92 0.06 0
+ 260 opls_140 32 HIS HB2 92 0.06 0
+ 261 opls_507 32 HIS CG 93 -0.015 12.011
+ 262 opls_511 32 HIS ND1 93 -0.49 14.0067
+ 263 opls_508 32 HIS CD2 94 0.015 13.019
+ 264 opls_146 32 HIS HD2 94 0.115 0
+ 265 opls_506 32 HIS CE1 95 0.295 13.019
+ 266 opls_146 32 HIS HE1 95 0.115 0
+ 267 opls_503 32 HIS NE2 96 -0.57 15.0147
+ 268 opls_504 32 HIS HE2 96 0.42 0
+ 269 opls_235 32 HIS C 97 0.5 12.011
+ 270 opls_236 32 HIS O 97 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 271 opls_238 33 PHE N 98 -0.5 15.0147
+ 272 opls_241 33 PHE H 98 0.3 0
+ 273 opls_283 33 PHE CA 98 0.04 13.019
+ 274 opls_140 33 PHE HA 98 0.06 0
+ 275 opls_149 33 PHE CB 99 -0.005 14.027
+ 276 opls_140 33 PHE HB1 99 0.06 0
+ 277 opls_140 33 PHE HB2 99 0.06 0
+ 278 opls_145 33 PHE CG 99 -0.115 12.011
+ 279 opls_145 33 PHE CD1 100 -0.115 13.019
+ 280 opls_146 33 PHE HD1 100 0.115 0
+ 281 opls_145 33 PHE CD2 101 -0.115 13.019
+ 282 opls_146 33 PHE HD2 101 0.115 0
+ 283 opls_145 33 PHE CE1 102 -0.115 13.019
+ 284 opls_146 33 PHE HE1 102 0.115 0
+ 285 opls_145 33 PHE CE2 103 -0.115 13.019
+ 286 opls_146 33 PHE HE2 103 0.115 0
+ 287 opls_145 33 PHE CZ 104 -0.115 13.019
+ 288 opls_146 33 PHE HZ 104 0.115 0
+ 289 opls_271 33 PHE C 105 0.7 12.011
+ 290 opls_272 33 PHE O1 105 -0.8 15.9994
+ 291 opls_272 33 PHE O2 105 -0.8 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
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+[ pairs ]
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+ 290 289 291 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
+ 4 3 7 9 3
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+ 5 3 7 8 3
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+ 6 3 7 19 3
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+ 8 7 19 21 3
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+ 9 7 19 21 3
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+ 98 96 99 104 3
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+ 177 179 186 188 3
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+ 180 179 186 188 3
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+ 189 188 190 210 3
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+ 199 198 201 203 3
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+ 200 198 201 203 3
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+ 214 216 219 220 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
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+ 286 285 287 288 3
+
+[ dihedrals ]
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+
+[ virtual_sites3 ]
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 205 204 203 201 3
+ 206 204 203 201 -3
+ 208 207 203 201 3
+ 209 207 203 201 -3
+ 239 238 236 233 3
+ 240 238 236 233 -3
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 17 9 13 14 -4
+ 18 9 13 14 4
+ 31 25 27 28 -4
+ 32 25 27 28 4
+ 37 25 33 34 -4
+ 38 25 33 34 4
+ 46 45 43 48 4
+ 47 45 43 48 -4
+ 70 69 67 72 4
+ 71 69 67 72 -4
+ 91 90 88 93 4
+ 92 90 88 93 -4
+ 94 93 90 96 4
+ 95 93 90 96 -4
+ 97 96 93 99 4
+ 98 96 93 99 -4
+ 100 99 96 104 4
+ 101 99 96 104 -4
+ 106 99 102 103 -4
+ 107 99 102 103 4
+ 115 114 112 117 4
+ 116 114 112 117 -4
+ 118 117 114 120 4
+ 119 117 114 120 -4
+ 130 129 127 132 4
+ 131 129 127 132 -4
+ 153 152 150 155 4
+ 154 152 150 155 -4
+ 156 155 152 158 4
+ 157 155 152 158 -4
+ 159 158 149 155 4
+ 160 158 149 155 -4
+ 167 166 164 169 4
+ 168 166 164 169 -4
+ 170 169 166 172 4
+ 171 169 166 172 -4
+ 173 172 163 169 4
+ 174 172 163 169 -4
+ 182 181 179 184 4
+ 183 181 179 184 -4
+ 193 192 190 195 4
+ 194 192 190 195 -4
+ 196 195 192 198 4
+ 197 195 192 198 -4
+ 199 198 195 201 4
+ 200 198 195 201 -4
+ 217 216 214 219 4
+ 218 216 214 219 -4
+ 234 233 231 236 4
+ 235 233 231 236 -4
+ 248 247 245 250 4
+ 249 247 245 250 -4
+ 259 258 256 261 4
+ 260 258 256 261 -4
+ 276 275 273 278 4
+ 277 275 273 278 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 19 2
+ 10 9 11 7 15 2
+ 24 23 21 25 39 2
+ 26 25 23 29 35 2
+ 44 43 41 45 63 2
+ 68 67 65 69 84 2
+ 89 88 86 90 108 2
+ 113 112 110 114 123 2
+ 128 127 125 129 147 2
+ 151 150 149 152 161 2
+ 165 164 163 166 175 2
+ 180 179 177 181 186 2
+ 191 190 188 192 210 2
+ 215 214 212 216 227 2
+ 232 231 229 233 241 2
+ 246 245 243 247 252 2
+ 257 256 254 258 269 2
+ 274 273 271 275 289 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">277</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 0
+ 9 MCH3B 34 ALA MCB1 2 0 7.5175
+ 10 MCH3B 34 ALA MCB2 2 0 7.5175
+ 11 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 0
+ 12 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 0
+ 13 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 0
+ 14 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 0
+ 15 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
+ 16 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 15.0147
+ 18 opls_241 35 VAL H 4 0.3 0
+ 19 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 13.019
+ 20 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 0
+ 21 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 13.019
+ 22 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 0
+ 23 MCH3B 35 VAL MCG1 6 0 7.5175
+ 24 MCH3B 35 VAL MCG2 6 0 7.5175
+ 25 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 0
+ 26 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 0
+ 27 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 0
+ 28 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 0
+ 29 MCH3B 35 VAL MCG1 7 0 7.5175
+ 30 MCH3B 35 VAL MCG2 7 0 7.5175
+ 31 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 0
+ 32 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 0
+ 33 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 0
+ 34 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 0
+ 35 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
+ 36 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
+ 37 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
+ 38 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 13.019
+ 39 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 0
+ 40 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 14.027
+ 41 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 0
+ 42 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 0
+ 43 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 14.027
+ 44 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 0
+ 45 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 0
+ 46 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 14.027
+ 47 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 0
+ 48 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 0
+ 49 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
+ 50 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
+ 51 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 15.0147
+ 52 opls_241 37 GLY H 14 0.3 0
+ 53 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 14.027
+ 54 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 0
+ 55 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 0
+ 56 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
+ 57 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
+ 58 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 15.0147
+ 59 opls_241 38 TYR H 16 0.3 0
+ 60 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 13.019
+ 61 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 0
+ 62 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 14.027
+ 63 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 0
+ 64 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 0
+ 65 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
+ 66 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 13.019
+ 67 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 0
+ 68 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 13.019
+ 69 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 0
+ 70 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 13.019
+ 71 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 0
+ 72 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 13.019
+ 73 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 0
+ 74 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
+ 75 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
+ 76 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
+ 77 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
+ 78 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
+ 79 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 15.0147
+ 80 opls_241 39 ASP H 24 0.3 0
+ 81 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 13.019
+ 82 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 0
+ 83 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 14.027
+ 84 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 0
+ 85 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 0
+ 86 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
+ 87 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
+ 88 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
+ 89 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
+ 90 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 91 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 15.0147
+ 92 opls_241 40 LYS H 28 0.3 0
+ 93 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 13.019
+ 94 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 0
+ 95 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 14.027
+ 96 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 0
+ 97 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 0
+ 98 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 14.027
+ 99 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 0
+ 100 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 0
+ 101 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 14.027
+ 102 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 0
+ 103 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 0
+ 104 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 14.027
+ 105 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 0
+ 106 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 0
+ 107 MNH3 40 LYS MNZ1 33 0 8.51535
+ 108 MNH3 40 LYS MNZ2 33 0 8.51535
+ 109 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 0
+ 110 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 0
+ 111 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 0
+ 112 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 0
+ 113 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
+ 114 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
+ 115 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 15.0147
+ 116 opls_241 41 ILE H 35 0.3 0
+ 117 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 13.019
+ 118 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 0
+ 119 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 13.019
+ 120 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 0
+ 121 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 14.027
+ 122 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 0
+ 123 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 0
+ 124 MCH3B 41 ILE MCG1 38 0 7.5175
+ 125 MCH3B 41 ILE MCG2 38 0 7.5175
+ 126 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 0
+ 127 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 0
+ 128 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 0
+ 129 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 0
+ 130 MCH3B 41 ILE MCD1 39 0 7.5175
+ 131 MCH3B 41 ILE MCD2 39 0 7.5175
+ 132 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 0
+ 133 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 0
+ 134 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 0
+ 135 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 0
+ 136 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
+ 137 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
+ 138 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
+ 139 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 13.019
+ 140 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 0
+ 141 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 14.027
+ 142 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 0
+ 143 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 0
+ 144 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 14.027
+ 145 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 0
+ 146 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 0
+ 147 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 14.027
+ 148 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 0
+ 149 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 0
+ 150 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
+ 151 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
+ 152 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 15.0147
+ 153 opls_241 43 ASP H 46 0.3 0
+ 154 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 13.019
+ 155 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 0
+ 156 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 14.027
+ 157 opls_140 43 ASP HB1 47 0.06 0
+ 158 opls_140 43 ASP HB2 47 0.06 0
+ 159 opls_271 43 ASP CG 48 0.7 12.011
+ 160 opls_272 43 ASP OD1 48 -0.8 15.9994
+ 161 opls_272 43 ASP OD2 48 -0.8 15.9994
+ 162 opls_235 43 ASP C 49 0.5 12.011
+ 163 opls_236 43 ASP O 49 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
+ 164 opls_238 44 TYR N 50 -0.5 15.0147
+ 165 opls_241 44 TYR H 50 0.3 0
+ 166 opls_224B 44 TYR CA 50 0.14 13.019
+ 167 opls_140 44 TYR HA 50 0.06 0
+ 168 opls_149 44 TYR CB 51 -0.005 14.027
+ 169 opls_140 44 TYR HB1 51 0.06 0
+ 170 opls_140 44 TYR HB2 51 0.06 0
+ 171 opls_145 44 TYR CG 51 -0.115 12.011
+ 172 opls_145 44 TYR CD1 52 -0.115 13.019
+ 173 opls_146 44 TYR HD1 52 0.115 0
+ 174 opls_145 44 TYR CD2 53 -0.115 13.019
+ 175 opls_146 44 TYR HD2 53 0.115 0
+ 176 opls_145 44 TYR CE1 54 -0.115 13.019
+ 177 opls_146 44 TYR HE1 54 0.115 0
+ 178 opls_145 44 TYR CE2 55 -0.115 13.019
+ 179 opls_146 44 TYR HE2 55 0.115 0
+ 180 opls_166 44 TYR CZ 56 0.15 12.011
+ 181 opls_167 44 TYR OH 56 -0.585 15.9994
+ 182 opls_168 44 TYR HH 56 0.435 1.008
+ 183 opls_235 44 TYR C 57 0.5 12.011
+ 184 opls_236 44 TYR O 57 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 45 HIS rtp HISE q 0.0
+ 185 opls_238 45 HIS N 58 -0.5 15.0147
+ 186 opls_241 45 HIS H 58 0.3 0
+ 187 opls_224B 45 HIS CA 58 0.14 13.019
+ 188 opls_140 45 HIS HA 58 0.06 0
+ 189 opls_505 45 HIS CB 59 -0.005 14.027
+ 190 opls_140 45 HIS HB1 59 0.06 0
+ 191 opls_140 45 HIS HB2 59 0.06 0
+ 192 opls_507 45 HIS CG 60 -0.015 12.011
+ 193 opls_511 45 HIS ND1 60 -0.49 14.0067
+ 194 opls_508 45 HIS CD2 61 0.015 13.019
+ 195 opls_146 45 HIS HD2 61 0.115 0
+ 196 opls_506 45 HIS CE1 62 0.295 13.019
+ 197 opls_146 45 HIS HE1 62 0.115 0
+ 198 opls_503 45 HIS NE2 63 -0.57 15.0147
+ 199 opls_504 45 HIS HE2 63 0.42 0
+ 200 opls_235 45 HIS C 64 0.5 12.011
+ 201 opls_236 45 HIS O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 46 MET rtp MET q 0.0
+ 202 opls_238 46 MET N 65 -0.5 15.0147
+ 203 opls_241 46 MET H 65 0.3 0
+ 204 opls_224B 46 MET CA 65 0.14 13.019
+ 205 opls_140 46 MET HA 65 0.06 0
+ 206 opls_136 46 MET CB 66 -0.12 14.027
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+ 220 opls_236 46 MET O 70 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
+ 221 opls_238 47 TRP N 71 -0.5 15.0147
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+ 230 opls_146 47 TRP HD1 74 0.115 0
+ 231 opls_501 47 TRP CD2 75 -0.055 12.011
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+ 244 opls_236 47 TRP O 81 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
+ 245 opls_238 48 VAL N 82 -0.5 15.0147
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+ 251 MCH3B 48 VAL MCG1 84 0 7.5175
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+; residue 49 ALA rtp ALA q -1.0
+ 265 opls_238 49 ALA N 87 -0.5 15.0147
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+ 277 opls_272 49 ALA O2 89 -0.8 15.9994 ; qtot -1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+[ constraints ]
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+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+
+[ dihedrals ]
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+ 200 202 204 219 3
+ 203 202 204 205 3
+ 203 202 204 206 3
+ 203 202 204 219 3
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+ 271 267 275 277 3
+
+[ dihedrals ]
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+ 56 60 58 59 1 improper_Z_N_X_Y
+ 60 79 77 78 1 improper_O_C_X_Y
+ 62 65 68 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 70 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 72 68 69 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 66 74 70 71 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 68 74 72 73 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 70 72 74 75 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 77 81 79 80 1 improper_Z_N_X_Y
+ 81 91 89 90 1 improper_O_C_X_Y
+ 83 87 86 88 1 improper_O_C_X_Y
+ 89 93 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
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+ 176 178 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 183 187 185 186 1 improper_Z_N_X_Y
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
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+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 18 17 15 19 2
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+
+[ virtual_sites3 ]
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+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
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+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">246</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
+ 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51335
+ 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51335
+ 3 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 0
+ 4 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 0
+ 5 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 0
+ 6 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 0
+ 7 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 13.019
+ 8 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 0
+ 9 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 14.027
+ 10 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 0
+ 11 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 0
+ 12 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 14.027
+ 13 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 0
+ 14 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 0
+ 15 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 14.027
+ 16 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 0
+ 17 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 0
+ 18 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 14.027
+ 19 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 0
+ 20 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 0
+ 21 MNH3 50 LYS MNZ1 6 0 8.51535
+ 22 MNH3 50 LYS MNZ2 6 0 8.51535
+ 23 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 0
+ 24 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 0
+ 25 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 0
+ 26 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 0
+ 27 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
+ 28 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 51 SER rtp SER q 0.0
+ 29 opls_238 51 SER N 8 -0.5 15.0147
+ 30 opls_241 51 SER H 8 0.3 0
+ 31 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 13.019
+ 32 opls_140 51 SER HA 8 0.06 0
+ 33 opls_157 51 SER CB 9 0.145 14.027
+ 34 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 0
+ 35 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 0
+ 36 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
+ 37 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
+ 38 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
+ 39 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
+ 40 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 15.0147
+ 41 opls_241 52 GLY H 12 0.3 0
+ 42 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 14.027
+ 43 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 0
+ 44 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 0
+ 45 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
+ 46 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
+ 47 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 15.0147
+ 48 opls_241 53 TYR H 14 0.3 0
+ 49 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 13.019
+ 50 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 0
+ 51 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 14.027
+ 52 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 0
+ 53 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 0
+ 54 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
+ 55 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 13.019
+ 56 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 0
+ 57 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 13.019
+ 58 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 0
+ 59 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 13.019
+ 60 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 0
+ 61 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 13.019
+ 62 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 0
+ 63 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
+ 64 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
+ 65 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
+ 66 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
+ 67 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
+ 68 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 15.0147
+ 69 opls_241 54 ASP H 22 0.3 0
+ 70 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 13.019
+ 71 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 0
+ 72 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 14.027
+ 73 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 0
+ 74 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 0
+ 75 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
+ 76 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
+ 77 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
+ 78 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
+ 79 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
+ 80 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 15.0147
+ 81 opls_241 55 ALA H 26 0.3 0
+ 82 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 13.019
+ 83 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 0
+ 84 MCH3B 55 ALA MCB1 27 0 7.5175
+ 85 MCH3B 55 ALA MCB2 27 0 7.5175
+ 86 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 0
+ 87 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 0
+ 88 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 0
+ 89 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 0
+ 90 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
+ 91 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
+ 92 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
+ 93 opls_246 56 PRO CA 29 0.01 13.019
+ 94 opls_140 56 PRO HA 29 0.06 0
+ 95 opls_136 56 PRO CB 30 -0.12 14.027
+ 96 opls_140 56 PRO HB1 30 0.06 0
+ 97 opls_140 56 PRO HB2 30 0.06 0
+ 98 opls_136 56 PRO CG 31 -0.12 14.027
+ 99 opls_140 56 PRO HG1 31 0.06 0
+ 100 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 0
+ 101 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 14.027
+ 102 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 0
+ 103 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 0
+ 104 opls_235 56 PRO C 33 0.5 12.011
+ 105 opls_236 56 PRO O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
+ 106 opls_238 57 PHE N 34 -0.5 15.0147
+ 107 opls_241 57 PHE H 34 0.3 0
+ 108 opls_224B 57 PHE CA 34 0.14 13.019
+ 109 opls_140 57 PHE HA 34 0.06 0
+ 110 opls_149 57 PHE CB 35 -0.005 14.027
+ 111 opls_140 57 PHE HB1 35 0.06 0
+ 112 opls_140 57 PHE HB2 35 0.06 0
+ 113 opls_145 57 PHE CG 35 -0.115 12.011
+ 114 opls_145 57 PHE CD1 36 -0.115 13.019
+ 115 opls_146 57 PHE HD1 36 0.115 0
+ 116 opls_145 57 PHE CD2 37 -0.115 13.019
+ 117 opls_146 57 PHE HD2 37 0.115 0
+ 118 opls_145 57 PHE CE1 38 -0.115 13.019
+ 119 opls_146 57 PHE HE1 38 0.115 0
+ 120 opls_145 57 PHE CE2 39 -0.115 13.019
+ 121 opls_146 57 PHE HE2 39 0.115 0
+ 122 opls_145 57 PHE CZ 40 -0.115 13.019
+ 123 opls_146 57 PHE HZ 40 0.115 0
+ 124 opls_235 57 PHE C 41 0.5 12.011
+ 125 opls_236 57 PHE O 41 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 58 THR rtp THR q 0.0
+ 126 opls_238 58 THR N 42 -0.5 15.0147
+ 127 opls_241 58 THR H 42 0.3 0
+ 128 opls_224B 58 THR CA 42 0.14 13.019
+ 129 opls_140 58 THR HA 42 0.06 0
+ 130 opls_158 58 THR CB 43 0.205 13.019
+ 131 opls_140 58 THR HB 43 0.06 0
+ 132 opls_154 58 THR OG1 43 -0.683 15.9994
+ 133 opls_155 58 THR HG1 43 0.418 1.008
+ 134 MCH3B 58 THR MCG1 44 0 7.5175
+ 135 MCH3B 58 THR MCG2 44 0 7.5175
+ 136 opls_135 58 THR CG2 44 -0.18 0
+ 137 opls_140 58 THR HG21 44 0.06 0
+ 138 opls_140 58 THR HG22 44 0.06 0
+ 139 opls_140 58 THR HG23 44 0.06 0
+ 140 opls_235 58 THR C 45 0.5 12.011
+ 141 opls_236 58 THR O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
+ 142 opls_238 59 ILE N 46 -0.5 15.0147
+ 143 opls_241 59 ILE H 46 0.3 0
+ 144 opls_224B 59 ILE CA 46 0.14 13.019
+ 145 opls_140 59 ILE HA 46 0.06 0
+ 146 opls_137 59 ILE CB 47 -0.06 13.019
+ 147 opls_140 59 ILE HB 47 0.06 0
+ 148 opls_136 59 ILE CG1 48 -0.12 14.027
+ 149 opls_140 59 ILE HG11 48 0.06 0
+ 150 opls_140 59 ILE HG12 48 0.06 0
+ 151 MCH3B 59 ILE MCG1 49 0 7.5175
+ 152 MCH3B 59 ILE MCG2 49 0 7.5175
+ 153 opls_135 59 ILE CG2 49 -0.18 0
+ 154 opls_140 59 ILE HG21 49 0.06 0
+ 155 opls_140 59 ILE HG22 49 0.06 0
+ 156 opls_140 59 ILE HG23 49 0.06 0
+ 157 MCH3B 59 ILE MCD1 50 0 7.5175
+ 158 MCH3B 59 ILE MCD2 50 0 7.5175
+ 159 opls_135 59 ILE CD 50 -0.18 0
+ 160 opls_140 59 ILE HD1 50 0.06 0
+ 161 opls_140 59 ILE HD2 50 0.06 0
+ 162 opls_140 59 ILE HD3 50 0.06 0
+ 163 opls_235 59 ILE C 51 0.5 12.011
+ 164 opls_236 59 ILE O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 60 HIS rtp HISE q 0.0
+ 165 opls_238 60 HIS N 52 -0.5 15.0147
+ 166 opls_241 60 HIS H 52 0.3 0
+ 167 opls_224B 60 HIS CA 52 0.14 13.019
+ 168 opls_140 60 HIS HA 52 0.06 0
+ 169 opls_505 60 HIS CB 53 -0.005 14.027
+ 170 opls_140 60 HIS HB1 53 0.06 0
+ 171 opls_140 60 HIS HB2 53 0.06 0
+ 172 opls_507 60 HIS CG 54 -0.015 12.011
+ 173 opls_511 60 HIS ND1 54 -0.49 14.0067
+ 174 opls_508 60 HIS CD2 55 0.015 13.019
+ 175 opls_146 60 HIS HD2 55 0.115 0
+ 176 opls_506 60 HIS CE1 56 0.295 13.019
+ 177 opls_146 60 HIS HE1 56 0.115 0
+ 178 opls_503 60 HIS NE2 57 -0.57 15.0147
+ 179 opls_504 60 HIS HE2 57 0.42 0
+ 180 opls_235 60 HIS C 58 0.5 12.011
+ 181 opls_236 60 HIS O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
+ 182 opls_238 61 VAL N 59 -0.5 15.0147
+ 183 opls_241 61 VAL H 59 0.3 0
+ 184 opls_224B 61 VAL CA 59 0.14 13.019
+ 185 opls_140 61 VAL HA 59 0.06 0
+ 186 opls_137 61 VAL CB 60 -0.06 13.019
+ 187 opls_140 61 VAL HB 60 0.06 0
+ 188 MCH3B 61 VAL MCG1 61 0 7.5175
+ 189 MCH3B 61 VAL MCG2 61 0 7.5175
+ 190 opls_135 61 VAL CG1 61 -0.18 0
+ 191 opls_140 61 VAL HG11 61 0.06 0
+ 192 opls_140 61 VAL HG12 61 0.06 0
+ 193 opls_140 61 VAL HG13 61 0.06 0
+ 194 MCH3B 61 VAL MCG1 62 0 7.5175
+ 195 MCH3B 61 VAL MCG2 62 0 7.5175
+ 196 opls_135 61 VAL CG2 62 -0.18 0
+ 197 opls_140 61 VAL HG21 62 0.06 0
+ 198 opls_140 61 VAL HG22 62 0.06 0
+ 199 opls_140 61 VAL HG23 62 0.06 0
+ 200 opls_235 61 VAL C 63 0.5 12.011
+ 201 opls_236 61 VAL O 63 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 202 opls_238 62 CYS N 64 -0.5 15.0147
+ 203 opls_241 62 CYS H 64 0.3 0
+ 204 opls_224B 62 CYS CA 64 0.14 13.019
+ 205 opls_140 62 CYS HA 64 0.06 0
+ 206 opls_206 62 CYS CB 65 0.06 14.027
+ 207 opls_140 62 CYS HB1 65 0.06 0
+ 208 opls_140 62 CYS HB2 65 0.06 0
+ 209 opls_200 62 CYS SG 66 -0.335 32.06
+ 210 opls_204 62 CYS HG 66 0.155 1.008
+ 211 opls_235 62 CYS C 67 0.5 12.011
+ 212 opls_236 62 CYS O 67 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
+ 213 opls_238 63 GLY N 68 -0.5 15.0147
+ 214 opls_241 63 GLY H 68 0.3 0
+ 215 opls_223B 63 GLY CA 68 0.08 14.027
+ 216 opls_140 63 GLY HA1 68 0.06 0
+ 217 opls_140 63 GLY HA2 68 0.06 0
+ 218 opls_235 63 GLY C 69 0.5 12.011
+ 219 opls_236 63 GLY O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
+ 220 opls_238 64 ALA N 70 -0.5 15.0147
+ 221 opls_241 64 ALA H 70 0.3 0
+ 222 opls_224B 64 ALA CA 70 0.14 13.019
+ 223 opls_140 64 ALA HA 70 0.06 0
+ 224 MCH3B 64 ALA MCB1 71 0 7.5175
+ 225 MCH3B 64 ALA MCB2 71 0 7.5175
+ 226 opls_135 64 ALA CB 71 -0.18 0
+ 227 opls_140 64 ALA HB1 71 0.06 0
+ 228 opls_140 64 ALA HB2 71 0.06 0
+ 229 opls_140 64 ALA HB3 71 0.06 0
+ 230 opls_235 64 ALA C 72 0.5 12.011
+ 231 opls_236 64 ALA O 72 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
+ 232 opls_239 65 PRO N 73 -0.14 14.0067
+ 233 opls_285 65 PRO CA 73 -0.09 13.019
+ 234 opls_140 65 PRO HA 73 0.06 0
+ 235 opls_136 65 PRO CB 74 -0.12 14.027
+ 236 opls_140 65 PRO HB1 74 0.06 0
+ 237 opls_140 65 PRO HB2 74 0.06 0
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+ 233 244 245 1
+ 233 244 246 1
+ 245 244 246 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 4 3 7 8 3
+ 4 3 7 9 3
+ 4 3 7 27 3
+ 5 3 7 8 3
+ 5 3 7 9 3
+ 5 3 7 27 3
+ 6 3 7 8 3
+ 6 3 7 9 3
+ 6 3 7 27 3
+ 3 7 9 12 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
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+ 142 144 146 147 3
+ 145 144 146 147 3
+ 145 144 146 148 3
+ 145 144 146 153 3
+ 163 144 146 147 3
+ 142 144 163 164 3
+ 142 144 163 165 3
+ 145 144 163 164 3
+ 145 144 163 165 3
+ 146 144 163 164 3
+ 146 144 163 165 3
+ 144 146 148 149 3
+ 144 146 148 150 3
+ 144 146 148 159 3
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+ 147 146 148 150 3
+ 147 146 148 159 3
+ 153 146 148 149 3
+ 153 146 148 150 3
+ 153 146 148 159 3
+ 144 146 153 154 3
+ 144 146 153 155 3
+ 144 146 153 156 3
+ 147 146 153 154 3
+ 147 146 153 155 3
+ 147 146 153 156 3
+ 148 146 153 154 3
+ 148 146 153 155 3
+ 148 146 153 156 3
+ 146 148 159 160 3
+ 146 148 159 161 3
+ 146 148 159 162 3
+ 149 148 159 160 3
+ 149 148 159 161 3
+ 149 148 159 162 3
+ 150 148 159 160 3
+ 150 148 159 161 3
+ 150 148 159 162 3
+ 144 163 165 166 3
+ 144 163 165 167 3
+ 164 163 165 166 3
+ 164 163 165 167 3
+ 163 165 167 168 3
+ 163 165 167 169 3
+ 163 165 167 180 3
+ 166 165 167 168 3
+ 166 165 167 169 3
+ 166 165 167 180 3
+ 165 167 169 172 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
+ 180 167 169 172 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
+ 165 167 169 170 3
+ 165 167 169 171 3
+ 168 167 169 170 3
+ 168 167 169 171 3
+ 168 167 169 172 3
+ 180 167 169 170 3
+ 180 167 169 171 3
+ 165 167 180 181 3
+ 165 167 180 182 3
+ 168 167 180 181 3
+ 168 167 180 182 3
+ 169 167 180 181 3
+ 169 167 180 182 3
+ 167 169 172 173 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
+ 167 169 172 174 3
+ 170 169 172 173 3
+ 170 169 172 174 3
+ 171 169 172 173 3
+ 171 169 172 174 3
+ 169 172 173 176 3
+ 174 172 173 176 3
+ 169 172 174 175 3
+ 169 172 174 178 3
+ 173 172 174 175 3
+ 173 172 174 178 3
+ 172 173 176 177 3
+ 172 173 176 178 3
+ 172 174 178 176 3
+ 172 174 178 179 3
+ 175 174 178 176 3
+ 175 174 178 179 3
+ 173 176 178 174 3
+ 173 176 178 179 3
+ 177 176 178 174 3
+ 177 176 178 179 3
+ 167 180 182 183 3
+ 167 180 182 184 3
+ 181 180 182 183 3
+ 181 180 182 184 3
+ 180 182 184 185 3
+ 180 182 184 186 3
+ 180 182 184 200 3
+ 183 182 184 185 3
+ 183 182 184 186 3
+ 183 182 184 200 3
+ 182 184 186 190 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 182 184 186 196 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 200 184 186 190 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 200 184 186 196 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
+ 182 184 186 187 3
+ 185 184 186 187 3
+ 185 184 186 190 3
+ 185 184 186 196 3
+ 200 184 186 187 3
+ 182 184 200 201 3
+ 182 184 200 202 3
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+ 184 186 190 191 3
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+ 184 186 190 193 3
+ 187 186 190 191 3
+ 187 186 190 192 3
+ 187 186 190 193 3
+ 196 186 190 191 3
+ 196 186 190 192 3
+ 196 186 190 193 3
+ 184 186 196 197 3
+ 184 186 196 198 3
+ 184 186 196 199 3
+ 187 186 196 197 3
+ 187 186 196 198 3
+ 187 186 196 199 3
+ 190 186 196 197 3
+ 190 186 196 198 3
+ 190 186 196 199 3
+ 184 200 202 203 3
+ 184 200 202 204 3
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+ 203 202 204 211 3
+ 202 204 206 209 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
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+ 240 238 241 242 3
+ 240 238 241 243 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 7 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
+ 27 31 29 30 1 improper_Z_N_X_Y
+ 31 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
+ 38 42 40 41 1 improper_Z_N_X_Y
+ 42 47 45 46 1 improper_O_C_X_Y
+ 45 49 47 48 1 improper_Z_N_X_Y
+ 49 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
+ 51 54 57 55 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 54 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 57 63 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 61 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
+ 70 80 78 79 1 improper_O_C_X_Y
+ 72 76 75 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 78 82 80 81 1 improper_Z_N_X_Y
+ 82 92 90 91 1 improper_O_C_X_Y
+ 90 93 92 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 106 104 105 1 improper_O_C_X_Y
+ 104 108 106 107 1 improper_Z_N_X_Y
+ 108 126 124 125 1 improper_O_C_X_Y
+ 110 113 116 114 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 113 118 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 113 120 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 114 122 118 119 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 116 122 120 121 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 118 120 122 123 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 124 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
+ 128 142 140 141 1 improper_O_C_X_Y
+ 140 144 142 143 1 improper_Z_N_X_Y
+ 144 165 163 164 1 improper_O_C_X_Y
+ 163 167 165 166 1 improper_Z_N_X_Y
+ 167 182 180 181 1 improper_O_C_X_Y
+ 169 172 174 173 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 172 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 173 178 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 176 174 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
+ 180 184 182 183 1 improper_Z_N_X_Y
+ 184 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 213 211 212 1 improper_O_C_X_Y
+ 211 215 213 214 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 220 218 219 1 improper_O_C_X_Y
+ 218 222 220 221 1 improper_Z_N_X_Y
+ 222 232 230 231 1 improper_O_C_X_Y
+ 230 233 232 241 1 improper_Z_N_X_Y
+ 233 245 244 246 1 improper_O_C_X_Y
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 3 7 1 2 1
+ 4 7 1 2 1
+ 23 18 21 22 1
+ 24 18 21 22 1
+ 86 82 84 85 1
+ 87 82 84 85 1
+ 136 130 134 135 1
+ 137 130 134 135 1
+ 153 146 151 152 1
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+ 190 186 188 189 1
+ 191 186 188 189 1
+ 196 186 194 195 1
+ 197 186 194 195 1
+ 226 222 224 225 1
+ 227 222 224 225 1
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1
+ 30 29 27 31 2
+ 41 40 38 42 2
+ 48 47 45 49 2
+ 56 55 54 59 2
+ 58 57 54 61 2
+ 60 59 55 63 2
+ 62 61 57 63 2
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+ 121 120 116 122 2
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+ 221 220 218 222 2
+
+[ virtual_sites3 ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2
+ 5 7 1 2 -4
+ 6 7 1 2 4
+ 10 9 7 12 4
+ 11 9 7 12 -4
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+ 14 12 9 15 -4
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+ 17 15 12 18 -4
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+ 25 18 21 22 -4
+ 26 18 21 22 4
+ 34 33 31 36 4
+ 35 33 31 36 -4
+ 43 42 40 45 4
+ 44 42 40 45 -4
+ 52 51 49 54 4
+ 53 51 49 54 -4
+ 73 72 70 75 4
+ 74 72 70 75 -4
+ 88 82 84 85 -4
+ 89 82 84 85 4
+ 96 95 93 98 4
+ 97 95 93 98 -4
+ 99 98 95 101 4
+ 100 98 95 101 -4
+ 102 101 92 98 4
+ 103 101 92 98 -4
+ 111 110 108 113 4
+ 112 110 108 113 -4
+ 138 130 134 135 -4
+ 139 130 134 135 4
+ 149 148 146 159 4
+ 150 148 146 159 -4
+ 155 146 151 152 -4
+ 156 146 151 152 4
+ 161 148 157 158 -4
+ 162 148 157 158 4
+ 170 169 167 172 4
+ 171 169 167 172 -4
+ 192 186 188 189 -4
+ 193 186 188 189 4
+ 198 186 194 195 -4
+ 199 186 194 195 4
+ 207 206 204 209 4
+ 208 206 204 209 -4
+ 216 215 213 218 4
+ 217 215 213 218 -4
+ 228 222 224 225 -4
+ 229 222 224 225 4
+ 236 235 233 238 4
+ 237 235 233 238 -4
+ 239 238 235 241 4
+ 240 238 235 241 -4
+ 242 241 232 238 4
+ 243 241 232 238 -4
+
+[ virtual_sites4 ]
+; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
+ 8 7 3 9 27 2
+ 32 31 29 33 38 2
+ 50 49 47 51 66 2
+ 71 70 68 72 78 2
+ 83 82 80 86 90 2
+ 94 93 92 95 104 2
+ 109 108 106 110 124 2
+ 129 128 126 130 140 2
+ 131 130 132 128 136 2
+ 145 144 142 146 163 2
+ 147 146 148 144 153 2
+ 168 167 165 169 180 2
+ 185 184 182 186 200 2
+ 187 186 184 190 196 2
+ 205 204 202 206 211 2
+ 223 222 220 226 230 2
+ 234 233 232 235 244 2
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">252</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
+ 1 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 12.011
+ 8 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 1.008
+ 9 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 1.008
+ 10 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 1.008
+ 11 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
+ 12 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 13 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 14.0067
+ 14 opls_241 3 CYS H 4 0.3 1.008
+ 15 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 12.011
+ 16 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 1.008
+ 17 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 12.011
+ 18 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 1.008
+ 19 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 1.008
+ 20 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
+ 21 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
+ 22 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
+ 23 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
+ 24 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 14.0067
+ 25 opls_241 4 ASP H 8 0.3 1.008
+ 26 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 12.011
+ 27 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 1.008
+ 28 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 12.011
+ 29 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 1.008
+ 30 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 1.008
+ 31 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
+ 32 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
+ 33 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
+ 34 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
+ 35 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
+ 36 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 14.0067
+ 37 opls_241 5 GLU H 12 0.3 1.008
+ 38 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 12.011
+ 39 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 1.008
+ 40 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 12.011
+ 41 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 1.008
+ 42 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 1.008
+ 43 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 12.011
+ 44 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 1.008
+ 45 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 1.008
+ 46 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
+ 47 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
+ 48 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
+ 49 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
+ 50 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
+ 51 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 14.0067
+ 52 opls_241 6 PHE H 17 0.3 1.008
+ 53 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 12.011
+ 54 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 1.008
+ 55 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 12.011
+ 56 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 1.008
+ 57 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 1.008
+ 58 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
+ 59 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 12.011
+ 60 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 1.008
+ 61 opls_145 6 PHE CD2 20 -0.115 12.011
+ 62 opls_146 6 PHE HD2 20 0.115 1.008
+ 63 opls_145 6 PHE CE1 21 -0.115 12.011
+ 64 opls_146 6 PHE HE1 21 0.115 1.008
+ 65 opls_145 6 PHE CE2 22 -0.115 12.011
+ 66 opls_146 6 PHE HE2 22 0.115 1.008
+ 67 opls_145 6 PHE CZ 23 -0.115 12.011
+ 68 opls_146 6 PHE HZ 23 0.115 1.008
+ 69 opls_235 6 PHE C 24 0.5 12.011
+ 70 opls_236 6 PHE O 24 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
+ 71 opls_238 7 GLY N 25 -0.5 14.0067
+ 72 opls_241 7 GLY H 25 0.3 1.008
+ 73 opls_223B 7 GLY CA 25 0.08 12.011
+ 74 opls_140 7 GLY HA1 25 0.06 1.008
+ 75 opls_140 7 GLY HA2 25 0.06 1.008
+ 76 opls_235 7 GLY C 26 0.5 12.011
+ 77 opls_236 7 GLY O 26 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 8 HIS rtp HISE q 0.0
+ 78 opls_238 8 HIS N 27 -0.5 14.0067
+ 79 opls_241 8 HIS H 27 0.3 1.008
+ 80 opls_224B 8 HIS CA 27 0.14 12.011
+ 81 opls_140 8 HIS HA 27 0.06 1.008
+ 82 opls_505 8 HIS CB 28 -0.005 12.011
+ 83 opls_140 8 HIS HB1 28 0.06 1.008
+ 84 opls_140 8 HIS HB2 28 0.06 1.008
+ 85 opls_507 8 HIS CG 29 -0.015 12.011
+ 86 opls_511 8 HIS ND1 29 -0.49 14.0067
+ 87 opls_508 8 HIS CD2 30 0.015 12.011
+ 88 opls_146 8 HIS HD2 30 0.115 1.008
+ 89 opls_506 8 HIS CE1 31 0.295 12.011
+ 90 opls_146 8 HIS HE1 31 0.115 1.008
+ 91 opls_503 8 HIS NE2 32 -0.57 14.0067
+ 92 opls_504 8 HIS HE2 32 0.42 1.008
+ 93 opls_235 8 HIS C 33 0.5 12.011
+ 94 opls_236 8 HIS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
+ 95 opls_238 9 ILE N 34 -0.5 14.0067
+ 96 opls_241 9 ILE H 34 0.3 1.008
+ 97 opls_224B 9 ILE CA 34 0.14 12.011
+ 98 opls_140 9 ILE HA 34 0.06 1.008
+ 99 opls_137 9 ILE CB 35 -0.06 12.011
+ 100 opls_140 9 ILE HB 35 0.06 1.008
+ 101 opls_136 9 ILE CG1 36 -0.12 12.011
+ 102 opls_140 9 ILE HG11 36 0.06 1.008
+ 103 opls_140 9 ILE HG12 36 0.06 1.008
+ 104 opls_135 9 ILE CG2 37 -0.18 12.011
+ 105 opls_140 9 ILE HG21 37 0.06 1.008
+ 106 opls_140 9 ILE HG22 37 0.06 1.008
+ 107 opls_140 9 ILE HG23 37 0.06 1.008
+ 108 opls_135 9 ILE CD 38 -0.18 12.011
+ 109 opls_140 9 ILE HD1 38 0.06 1.008
+ 110 opls_140 9 ILE HD2 38 0.06 1.008
+ 111 opls_140 9 ILE HD3 38 0.06 1.008
+ 112 opls_235 9 ILE C 39 0.5 12.011
+ 113 opls_236 9 ILE O 39 -0.5 15.9994 ; qtot -1
+; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 114 opls_238 10 LYS N 40 -0.5 14.0067
+ 115 opls_241 10 LYS H 40 0.3 1.008
+ 116 opls_224B 10 LYS CA 40 0.14 12.011
+ 117 opls_140 10 LYS HA 40 0.06 1.008
+ 118 opls_136 10 LYS CB 41 -0.12 12.011
+ 119 opls_140 10 LYS HB1 41 0.06 1.008
+ 120 opls_140 10 LYS HB2 41 0.06 1.008
+ 121 opls_136 10 LYS CG 42 -0.12 12.011
+ 122 opls_140 10 LYS HG1 42 0.06 1.008
+ 123 opls_140 10 LYS HG2 42 0.06 1.008
+ 124 opls_136 10 LYS CD 43 -0.12 12.011
+ 125 opls_140 10 LYS HD1 43 0.06 1.008
+ 126 opls_140 10 LYS HD2 43 0.06 1.008
+ 127 opls_292 10 LYS CE 44 0.19 12.011
+ 128 opls_140 10 LYS HE1 44 0.06 1.008
+ 129 opls_140 10 LYS HE2 44 0.06 1.008
+ 130 opls_287 10 LYS NZ 45 -0.3 14.0067
+ 131 opls_290 10 LYS HZ1 45 0.33 1.008
+ 132 opls_290 10 LYS HZ2 45 0.33 1.008
+ 133 opls_290 10 LYS HZ3 45 0.33 1.008
+ 134 opls_235 10 LYS C 46 0.5 12.011
+ 135 opls_236 10 LYS O 46 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
+ 136 opls_238 11 LEU N 47 -0.5 14.0067
+ 137 opls_241 11 LEU H 47 0.3 1.008
+ 138 opls_224B 11 LEU CA 47 0.14 12.011
+ 139 opls_140 11 LEU HA 47 0.06 1.008
+ 140 opls_136 11 LEU CB 48 -0.12 12.011
+ 141 opls_140 11 LEU HB1 48 0.06 1.008
+ 142 opls_140 11 LEU HB2 48 0.06 1.008
+ 143 opls_137 11 LEU CG 49 -0.06 12.011
+ 144 opls_140 11 LEU HG 49 0.06 1.008
+ 145 opls_135 11 LEU CD1 50 -0.18 12.011
+ 146 opls_140 11 LEU HD11 50 0.06 1.008
+ 147 opls_140 11 LEU HD12 50 0.06 1.008
+ 148 opls_140 11 LEU HD13 50 0.06 1.008
+ 149 opls_135 11 LEU CD2 51 -0.18 12.011
+ 150 opls_140 11 LEU HD21 51 0.06 1.008
+ 151 opls_140 11 LEU HD22 51 0.06 1.008
+ 152 opls_140 11 LEU HD23 51 0.06 1.008
+ 153 opls_235 11 LEU C 52 0.5 12.011
+ 154 opls_236 11 LEU O 52 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 12 MET rtp MET q 0.0
+ 155 opls_238 12 MET N 53 -0.5 14.0067
+ 156 opls_241 12 MET H 53 0.3 1.008
+ 157 opls_224B 12 MET CA 53 0.14 12.011
+ 158 opls_140 12 MET HA 53 0.06 1.008
+ 159 opls_136 12 MET CB 54 -0.12 12.011
+ 160 opls_140 12 MET HB1 54 0.06 1.008
+ 161 opls_140 12 MET HB2 54 0.06 1.008
+ 162 opls_210 12 MET CG 55 0.048 12.011
+ 163 opls_140 12 MET HG1 55 0.06 1.008
+ 164 opls_140 12 MET HG2 55 0.06 1.008
+ 165 opls_202 12 MET SD 56 -0.335 32.06
+ 166 opls_209 12 MET CE 57 -0.013 12.011
+ 167 opls_140 12 MET HE1 57 0.06 1.008
+ 168 opls_140 12 MET HE2 57 0.06 1.008
+ 169 opls_140 12 MET HE3 57 0.06 1.008
+ 170 opls_235 12 MET C 58 0.5 12.011
+ 171 opls_236 12 MET O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
+ 172 opls_238 13 ASN N 59 -0.5 14.0067
+ 173 opls_241 13 ASN H 59 0.3 1.008
+ 174 opls_224B 13 ASN CA 60 0.14 12.011
+ 175 opls_140 13 ASN HA 60 0.06 1.008
+ 176 opls_136 13 ASN CB 61 -0.12 12.011
+ 177 opls_140 13 ASN HB1 61 0.06 1.008
+ 178 opls_140 13 ASN HB2 61 0.06 1.008
+ 179 opls_235 13 ASN CG 62 0.5 12.011
+ 180 opls_236 13 ASN OD1 62 -0.5 15.9994
+ 181 opls_237 13 ASN ND2 63 -0.76 14.0067
+ 182 opls_240 13 ASN HD21 63 0.38 1.008
+ 183 opls_240 13 ASN HD22 63 0.38 1.008
+ 184 opls_235 13 ASN C 64 0.5 12.011
+ 185 opls_236 13 ASN O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
+; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
+ 186 opls_239 14 PRO N 65 -0.14 14.0067
+ 187 opls_246 14 PRO CA 65 0.01 12.011
+ 188 opls_140 14 PRO HA 65 0.06 1.008
+ 189 opls_136 14 PRO CB 66 -0.12 12.011
+ 190 opls_140 14 PRO HB1 66 0.06 1.008
+ 191 opls_140 14 PRO HB2 66 0.06 1.008
+ 192 opls_136 14 PRO CG 67 -0.12 12.011
+ 193 opls_140 14 PRO HG1 67 0.06 1.008
+ 194 opls_140 14 PRO HG2 67 0.06 1.008
+ 195 opls_245 14 PRO CD 68 -0.05 12.011
+ 196 opls_140 14 PRO HD1 68 0.06 1.008
+ 197 opls_140 14 PRO HD2 68 0.06 1.008
+ 198 opls_235 14 PRO C 69 0.5 12.011
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+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
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+ 4 1 5 11 3
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+ 57 55 58 61 3
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+ 75 73 76 78 3
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+ 77 76 78 80 3
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+ 79 78 80 93 3
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+ 93 95 97 112 3
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+ 96 95 97 99 3
+ 96 95 97 112 3
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+ 112 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
+ 112 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
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+ 170 172 174 184 3
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+ 173 172 174 184 3
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+ 175 174 176 179 3
+ 184 174 176 177 3
+ 184 174 176 178 3
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+ 172 174 184 186 3
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+ 175 174 184 186 3
+ 176 174 184 185 3
+ 176 174 184 186 3
+ 174 176 179 181 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
+ 174 176 179 180 3
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+ 177 176 179 181 3
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+ 178 176 179 181 3
+ 176 179 181 182 3
+ 176 179 181 183 3
+ 180 179 181 182 3
+ 180 179 181 183 3
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+ 174 184 186 195 3
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+ 185 184 186 195 3
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+ 195 186 187 198 3
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+ 187 186 195 192 3
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+ 188 187 189 191 3
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+ 198 187 189 191 3
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+ 189 192 195 196 3
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+ 193 192 195 197 3
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+ 229 227 230 232 3
+ 227 230 232 233 3
+ 227 230 232 236 3
+ 231 230 232 233 3
+ 231 230 232 236 3
+ 230 232 233 234 3
+ 230 232 233 235 3
+ 236 232 233 234 3
+ 236 232 233 235 3
+ 230 232 236 237 3
+ 230 232 236 238 3
+ 233 232 236 237 3
+ 233 232 236 238 3
+ 219 239 241 242 3
+ 219 239 241 243 3
+ 240 239 241 242 3
+ 240 239 241 243 3
+ 239 241 243 244 3
+ 239 241 243 245 3
+ 239 241 243 250 3
+ 242 241 243 244 3
+ 242 241 243 245 3
+ 242 241 243 250 3
+ 241 243 245 248 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 250 243 245 248 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 241 243 245 246 3
+ 241 243 245 247 3
+ 244 243 245 246 3
+ 244 243 245 247 3
+ 244 243 245 248 3
+ 250 243 245 246 3
+ 250 243 245 247 3
+ 241 243 250 251 3
+ 241 243 250 252 3
+ 244 243 250 251 3
+ 244 243 250 252 3
+ 245 243 250 251 3
+ 245 243 250 252 3
+ 243 245 248 249 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 246 245 248 249 3
+ 247 245 248 249 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
+ 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
+ 15 24 22 23 1 improper_O_C_X_Y
+ 22 26 24 25 1 improper_Z_N_X_Y
+ 26 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
+ 28 32 31 33 1 improper_O_C_X_Y
+ 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
+ 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
+ 43 47 46 48 1 improper_O_C_X_Y
+ 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
+ 53 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
+ 55 58 61 59 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 58 65 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 59 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 61 67 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 63 65 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
+ 73 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
+ 80 95 93 94 1 improper_O_C_X_Y
+ 82 85 87 86 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 85 91 87 88 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 86 91 89 90 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 89 87 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
+ 93 97 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
+ 97 114 112 113 1 improper_O_C_X_Y
+ 112 116 114 115 1 improper_Z_N_X_Y
+ 116 136 134 135 1 improper_O_C_X_Y
+ 134 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
+ 138 155 153 154 1 improper_O_C_X_Y
+ 153 157 155 156 1 improper_Z_N_X_Y
+ 157 172 170 171 1 improper_O_C_X_Y
+ 170 174 172 173 1 improper_Z_N_X_Y
+ 174 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
+ 176 181 179 180 1 improper_O_C_X_Y
+ 179 182 181 183 1 improper_Z_N_X_Y
+ 184 187 186 195 1 improper_Z_N_X_Y
+ 187 200 198 199 1 improper_O_C_X_Y
+ 198 202 200 201 1 improper_Z_N_X_Y
+ 202 217 215 216 1 improper_O_C_X_Y
+ 207 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
+ 210 213 212 214 1 improper_Z_N_X_Y
+ 215 219 217 218 1 improper_Z_N_X_Y
+ 219 241 239 240 1 improper_O_C_X_Y
+ 227 232 230 231 1 improper_Z_N_X_Y
+ 230 233 232 236 1 improper_O_C_X_Y
+ 232 234 233 235 1 improper_Z_N_X_Y
+ 232 237 236 238 1 improper_Z_N_X_Y
+ 239 243 241 242 1 improper_Z_N_X_Y
+ 243 251 250 252 1 improper_O_C_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
--- /dev/null
+<?xml version="1.0"?>
+<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
+<ReferenceData>
+ <OutputFiles Name="Files">
+ <File Name="-o">
+ <GroFile Name="Header">
+ <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
+ <Int Name="Number of atoms">281</Int>
+ </GroFile>
+ </File>
+ <File Name="-p">
+ <String Name="Contents"><![CDATA[
+;
+;
+; This is a standalone topology file
+;
+; Created by:
+;
+; Command line:
+; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
+;
+
+; Include forcefield parameters
+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
+
+[ moleculetype ]
+; Name nrexcl
+Protein 3
+
+[ atoms ]
+; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
+; residue 18 THR rtp THR q +1.0
+ 1 opls_287 18 THR N 1 -0.3 14.0027
+ 2 opls_290 18 THR H1 1 0.33 1.008
+ 3 opls_290 18 THR H2 1 0.33 1.008
+ 4 opls_290 18 THR H3 1 0.33 1.008
+ 5 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 12.011
+ 6 opls_140 18 THR HA 1 0.06 1.008
+ 7 opls_158 18 THR CB 2 0.205 12.011
+ 8 opls_140 18 THR HB 2 0.06 1.008
+ 9 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
+ 10 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
+ 11 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 12.011
+ 12 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 1.008
+ 13 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 1.008
+ 14 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 1.008
+ 15 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
+ 16 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
+ 17 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 14.0067
+ 18 opls_241 19 VAL H 5 0.3 1.008
+ 19 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 12.011
+ 20 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 1.008
+ 21 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 12.011
+ 22 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 1.008
+ 23 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 12.011
+ 24 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 1.008
+ 25 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 1.008
+ 26 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 1.008
+ 27 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 12.011
+ 28 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 1.008
+ 29 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 1.008
+ 30 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 1.008
+ 31 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
+ 32 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
+ 33 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 14.0067
+ 34 opls_241 20 TRP H 10 0.3 1.008
+ 35 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 12.011
+ 36 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 1.008
+ 37 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 12.011
+ 38 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 1.008
+ 39 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 1.008
+ 40 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
+ 41 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 12.011
+ 42 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 1.008
+ 43 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
+ 44 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 14.0067
+ 45 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 1.008
+ 46 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
+ 47 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 12.011
+ 48 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 1.008
+ 49 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 12.011
+ 50 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 1.008
+ 51 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 12.011
+ 52 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 1.008
+ 53 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 12.011
+ 54 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 1.008
+ 55 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
+ 56 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
+ 57 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 14.0067
+ 58 opls_241 21 TYR H 21 0.3 1.008
+ 59 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 12.011
+ 60 opls_140 21 TYR HA 21 0.06 1.008
+ 61 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 12.011
+ 62 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 1.008
+ 63 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 1.008
+ 64 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
+ 65 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 12.011
+ 66 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 1.008
+ 67 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 12.011
+ 68 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 1.008
+ 69 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 12.011
+ 70 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 1.008
+ 71 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 12.011
+ 72 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 1.008
+ 73 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
+ 74 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
+ 75 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
+ 76 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
+ 77 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
+ 78 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 14.0067
+ 79 opls_241 22 LYS H 29 0.3 1.008
+ 80 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 12.011
+ 81 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 1.008
+ 82 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 12.011
+ 83 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 1.008
+ 84 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 1.008
+ 85 opls_136 22 LYS CG 31 -0.12 12.011
+ 86 opls_140 22 LYS HG1 31 0.06 1.008
+ 87 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 1.008
+ 88 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 12.011
+ 89 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 1.008
+ 90 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 1.008
+ 91 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 12.011
+ 92 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 1.008
+ 93 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 1.008
+ 94 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 14.0067
+ 95 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 1.008
+ 96 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 1.008
+ 97 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 1.008
+ 98 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
+ 99 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
+ 100 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 14.0067
+ 101 opls_241 23 GLU H 36 0.3 1.008
+ 102 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 12.011
+ 103 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 1.008
+ 104 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 12.011
+ 105 opls_140 23 GLU HB1 37 0.06 1.008
+ 106 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 1.008
+ 107 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 12.011
+ 108 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 1.008
+ 109 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 1.008
+ 110 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
+ 111 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
+ 112 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
+ 113 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
+ 114 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
+ 115 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 14.0067
+ 116 opls_241 24 TRP H 41 0.3 1.008
+ 117 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 12.011
+ 118 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 1.008
+ 119 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 12.011
+ 120 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 1.008
+ 121 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 1.008
+ 122 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
+ 123 opls_514 24 TRP CD1 44 -0.115 12.011
+ 124 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 1.008
+ 125 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
+ 126 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 14.0067
+ 127 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 1.008
+ 128 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
+ 129 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 12.011
+ 130 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 1.008
+ 131 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 12.011
+ 132 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 1.008
+ 133 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 12.011
+ 134 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 1.008
+ 135 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 12.011
+ 136 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 1.008
+ 137 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
+ 138 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
+ 139 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
+ 140 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 12.011
+ 141 opls_140 25 PRO HA 52 0.06 1.008
+ 142 opls_136 25 PRO CB 53 -0.12 12.011
+ 143 opls_140 25 PRO HB1 53 0.06 1.008
+ 144 opls_140 25 PRO HB2 53 0.06 1.008
+ 145 opls_136 25 PRO CG 54 -0.12 12.011
+ 146 opls_140 25 PRO HG1 54 0.06 1.008
+ 147 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 1.008
+ 148 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 12.011
+ 149 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 1.008
+ 150 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 1.008
+ 151 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
+ 152 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
+ 153 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
+ 154 opls_246 26 PRO CA 57 0.01 12.011
+ 155 opls_140 26 PRO HA 57 0.06 1.008
+ 156 opls_136 26 PRO CB 58 -0.12 12.011
+ 157 opls_140 26 PRO HB1 58 0.06 1.008
+ 158 opls_140 26 PRO HB2 58 0.06 1.008
+ 159 opls_136 26 PRO CG 59 -0.12 12.011
+ 160 opls_140 26 PRO HG1 59 0.06 1.008
+ 161 opls_140 26 PRO HG2 59 0.06 1.008
+ 162 opls_245 26 PRO CD 60 -0.05 12.011
+ 163 opls_140 26 PRO HD1 60 0.06 1.008
+ 164 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 1.008
+ 165 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
+ 166 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
+ 167 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 14.0067
+ 168 opls_241 27 CYS H 62 0.3 1.008
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+ 170 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 1.008
+ 171 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 12.011
+ 172 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 1.008
+ 173 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 1.008
+ 174 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
+ 175 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
+ 176 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
+ 177 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
+; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
+ 178 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 14.0067
+ 179 opls_241 28 ARG H 66 0.3 1.008
+ 180 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 12.011
+ 181 opls_140 28 ARG HA 66 0.06 1.008
+ 182 opls_136 28 ARG CB 67 -0.12 12.011
+ 183 opls_140 28 ARG HB1 67 0.06 1.008
+ 184 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 1.008
+ 185 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 12.011
+ 186 opls_140 28 ARG HG1 68 0.06 1.008
+ 187 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 1.008
+ 188 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 12.011
+ 189 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 1.008
+ 190 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 1.008
+ 191 opls_303 28 ARG NE 70 -0.7 14.0067
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+ 193 opls_302 28 ARG CZ 70 0.64 12.011
+ 194 opls_300 28 ARG NH1 71 -0.8 14.0067
+ 195 opls_301 28 ARG HH11 71 0.46 1.008
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+ 200 opls_235 28 ARG C 73 0.5 12.011
+ 201 opls_236 28 ARG O 73 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 29 HIS rtp HISE q 0.0
+ 202 opls_238 29 HIS N 74 -0.5 14.0067
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+ 218 opls_236 29 HIS O 80 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
+ 219 opls_238 30 ASN N 81 -0.5 14.0067
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+ 232 opls_236 30 ASN O 86 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 31 SER rtp SER q 0.0
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+ 242 opls_235 31 SER C 90 0.5 12.011
+ 243 opls_236 31 SER O 90 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 32 HIS rtp HISE q 0.0
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+ 259 opls_235 32 HIS C 97 0.5 12.011
+ 260 opls_236 32 HIS O 97 -0.5 15.9994 ; qtot 2
+; residue 33 PHE rtp PHE q -1.0
+ 261 opls_238 33 PHE N 98 -0.5 14.0067
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+ 272 opls_146 33 PHE HD2 101 0.115 1.008
+ 273 opls_145 33 PHE CE1 102 -0.115 12.011
+ 274 opls_146 33 PHE HE1 102 0.115 1.008
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+ 279 opls_271 33 PHE C 105 0.7 12.011
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+ 281 opls_272 33 PHE O2 105 -0.8 15.9994 ; qtot 1
+
+[ bonds ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
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+ 279 281 1
+
+[ pairs ]
+; ai aj funct c0 c1 c2 c3
+ 1 8 1
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+ 252 255 257 1
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+ 246 259 261 1
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+ 271 275 277 1
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+ 263 279 281 1
+ 280 279 281 1
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
+ 2 1 5 6 3
+ 2 1 5 7 3
+ 2 1 5 15 3
+ 3 1 5 6 3
+ 3 1 5 7 3
+ 3 1 5 15 3
+ 4 1 5 6 3
+ 4 1 5 7 3
+ 4 1 5 15 3
+ 1 5 7 9 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
+ 15 5 7 9 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
+ 1 5 7 8 3
+ 1 5 7 11 3
+ 6 5 7 8 3
+ 6 5 7 9 3
+ 6 5 7 11 3
+ 15 5 7 8 3
+ 15 5 7 11 3
+ 1 5 15 16 3
+ 1 5 15 17 3
+ 6 5 15 16 3
+ 6 5 15 17 3
+ 7 5 15 16 3
+ 7 5 15 17 3
+ 5 7 9 10 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
+ 8 7 9 10 3
+ 11 7 9 10 3
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+ 9 7 11 13 3
+ 9 7 11 14 3
+ 5 15 17 18 3
+ 5 15 17 19 3
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+ 18 17 19 21 3
+ 18 17 19 31 3
+ 17 19 21 23 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
+ 17 19 21 27 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
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+ 31 19 21 27 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
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+ 20 19 21 23 3
+ 20 19 21 27 3
+ 31 19 21 22 3
+ 17 19 31 32 3
+ 17 19 31 33 3
+ 20 19 31 32 3
+ 20 19 31 33 3
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+ 37 35 55 57 3
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+ 65 64 67 71 3
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+ 66 65 69 70 3
+ 66 65 69 73 3
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+ 64 67 71 73 3
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+ 68 67 71 73 3
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+ 268 271 275 276 3
+ 268 271 275 277 3
+ 272 271 275 276 3
+ 272 271 275 277 3
+ 269 273 277 275 3
+ 269 273 277 278 3
+ 274 273 277 275 3
+ 274 273 277 278 3
+ 271 275 277 273 3
+ 271 275 277 278 3
+ 276 275 277 273 3
+ 276 275 277 278 3
+
+[ dihedrals ]
+; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
+ 5 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
+ 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
+ 19 33 31 32 1 improper_O_C_X_Y
+ 31 35 33 34 1 improper_Z_N_X_Y
+ 35 57 55 56 1 improper_O_C_X_Y
+ 37 40 43 41 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 40 44 41 42 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 41 46 44 45 1 improper_Z_N_X_Y
+ 46 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 48 47 43 51 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 49 51 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 52 51 47 53 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 55 59 57 58 1 improper_Z_N_X_Y
+ 59 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
+ 61 64 67 65 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 64 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 64 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 65 73 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 67 73 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 69 71 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
+ 80 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
+ 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
+ 102 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
+ 107 111 110 112 1 improper_O_C_X_Y
+ 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
+ 117 139 137 138 1 improper_O_C_X_Y
+ 119 122 125 123 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 122 126 123 124 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 123 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
+ 128 135 131 132 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 130 129 125 133 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 131 133 135 136 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 134 133 129 135 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 137 140 139 148 1 improper_Z_N_X_Y
+ 140 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
+ 151 154 153 162 1 improper_Z_N_X_Y
+ 154 167 165 166 1 improper_O_C_X_Y
+ 165 169 167 168 1 improper_Z_N_X_Y
+ 169 178 176 177 1 improper_O_C_X_Y
+ 176 180 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
+ 180 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
+ 188 193 191 192 1 improper_Z_N_X_Y
+ 191 194 193 197 1 improper_O_C_X_Y
+ 193 195 194 196 1 improper_Z_N_X_Y
+ 193 198 197 199 1 improper_Z_N_X_Y
+ 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
+ 204 219 217 218 1 improper_O_C_X_Y
+ 206 209 211 210 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 209 215 211 212 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 210 215 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 213 211 215 216 1 improper_Z_N_X_Y
+ 217 221 219 220 1 improper_Z_N_X_Y
+ 221 233 231 232 1 improper_O_C_X_Y
+ 223 228 226 227 1 improper_O_C_X_Y
+ 226 229 228 230 1 improper_Z_N_X_Y
+ 231 235 233 234 1 improper_Z_N_X_Y
+ 235 244 242 243 1 improper_O_C_X_Y
+ 242 246 244 245 1 improper_Z_N_X_Y
+ 246 261 259 260 1 improper_O_C_X_Y
+ 248 251 253 252 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 251 257 253 254 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 252 257 255 256 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 255 253 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
+ 259 263 261 262 1 improper_Z_N_X_Y
+ 263 280 279 281 1 improper_O_C_X_Y
+ 265 268 271 269 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 268 273 269 270 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 268 275 271 272 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 269 277 273 274 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 271 277 275 276 1 improper_Z_CA_X_Y
+ 273 275 277 278 1 improper_Z_CA_X_Y
+
+; Include Position restraint file
+#ifdef POSRES
+#include "posre.itp"
+#endif
+
+; Include water topology
+#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
+
+#ifdef POSRES_WATER
+; Position restraint for each water oxygen
+[ position_restraints ]
+; i funct fcx fcy fcz
+ 1 1 1000 1000 1000
+#endif
+
+; Include topology for ions
+#include "oplsaa.ff/ions.itp"
+
+[ system ]
+; Name
+Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
+
+[ molecules ]
+; Compound #mols
+Protein 1
+]]></String>
+ </File>
+ </OutputFiles>
+</ReferenceData>
fprintf(out, " %6s %10g %10g",
tpnmB, at->atom[i].qB, at->atom[i].mB);
}
+ // Accumulate the total charge to help troubleshoot issues.
qtot += (double)at->atom[i].q;
- if (fabs(qtot) < 4*GMX_REAL_EPS)
+ // Round it to zero if it is close to zero, because
+ // printing -9.34e-5 confuses users.
+ if (fabs(qtot) < 0.0001)
{
qtot = 0;
}
- fprintf(out, " ; qtot %.4g\n", qtot);
+ // Write the total charge for the last atom of the system
+ // and/or residue, because generally that's where it is
+ // expected to be an integer.
+ if (i == at->nr-1 || ri != at->atom[i+1].resind)
+ {
+ fprintf(out, " ; qtot %.4g\n", qtot);
+ }
+ else
+ {
+ fputs("\n", out);
+ }
}
}
fprintf(out, "\n");
/*
* This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
*
- * Copyright (c) 2012,2014,2015,2017, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2012,2014,2015,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
* Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
* and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
* top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
{
// TODO: Better error messages.
GMX_THROW(InvalidInputError(formatString(
- "Error in regular expression \"%s\"", value)));
+ "Error in regular expression \"%s\"", value.c_str())));
}
bool match(const char *value) const
/*
* This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
*
- * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2012,2013,2014,2018, by the GROMACS development team, led by
* Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
* and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
* top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
* \brief
* Declares simple wrapper for regular expression functionality.
*
+ * This is needed while we still support gcc 4.8, which did not include
+ * std::regex_match in its C++11 support.
+ *
* \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
* \inlibraryapi
* \ingroup module_utility
bitmask32.cpp bitmask64.cpp bitmask128.cpp
keyvaluetreeserializer.cpp
keyvaluetreetransform.cpp
+ gmxregex.cpp
logger.cpp
mutex.cpp
path.cpp
--- /dev/null
+/*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
+ *
+ * Copyright (c) 2018, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
+ */
+/*! \internal \file
+ * \brief Tests for gmx::Regex
+ *
+ * These tests ensure that basic regex operations work. We have
+ * two different underlying implementations, so we need to prove
+ * to ourselves that these work the same on the range of operations
+ * we try to use.
+ *
+ * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
+ * \ingroup module_utility
+ */
+
+#include "gmxpre.h"
+
+#include "gromacs/utility/gmxregex.h"
+
+#include <future>
+#include <gtest/gtest.h>
+
+
+namespace gmx
+{
+namespace test
+{
+namespace
+{
+
+TEST(RegexBasicTest, BasicMatchesWorkWhenSupported)
+{
+ if (!Regex::isSupported())
+ {
+ return;
+ }
+
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex("dog")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex("^dog")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex("dog$")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex("^dog$")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex(".*d.*")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex("d+og")));
+
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex("cat")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex("^og")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex("do$")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex("^o$")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex(".*c.*")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex("c+dog")));
+}
+
+TEST(RegexBasicTest, MatchesForCharacterClassesWorkWhenSupported)
+{
+ if (!Regex::isSupported())
+ {
+ return;
+ }
+
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("Dog", Regex("[[:alpha:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("dog", Regex("[[:lower:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("DOG", Regex("[[:upper:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("123", Regex("[[:digit:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("123aE", Regex("[[:xdigit:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("Dog123", Regex("[[:alnum:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch(" ", Regex("[[:space:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("\t ", Regex("[[:blank:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch(".,:;-", Regex("[[:punct:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("Dog,123", Regex("[[:graph:]]+")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("Dog, 123", Regex("[[:print:]]+")));
+
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("D0g", Regex("[[:alpha:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("Dog", Regex("[[:lower:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("Dog", Regex("[[:upper:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("D0g", Regex("[[:digit:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("12xyz3aE", Regex("[[:xdigit:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("Dog, 123", Regex("[[:alnum:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog", Regex("[[:space:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("dog\t ", Regex("[[:blank:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch(".,:d;-", Regex("[[:punct:]]+")));
+ EXPECT_FALSE(regexMatch("Dog,123 ", Regex("[[:graph:]]+")));
+
+ EXPECT_TRUE(regexMatch(" ", Regex("[[:space:]]")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch(" ", Regex("[[:blank:]]")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("\t", Regex("[[:blank:]]")));
+ EXPECT_TRUE(regexMatch("\t", Regex("[[:space:]]")));
+}
+
+} // namespace
+} // namespace
+} // namespace
#
# This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
#
-# Copyright (c) 2011,2012,2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
+# Copyright (c) 2011,2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
# Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
# and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
# top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
endif()
endfunction()
-# Use this function with MPI_RANKS <N> INTEGRATION_TEST to register a test
-# binary as an integration test that requires MPI. The intended number of MPI
-# ranks is also passed
+# This function can be called with extra options and arguments:
+# MPI_RANKS <N> declares the requirement to run the test binary with N ranks
+# INTEGRATION_TEST requires the use of the IntegrationTest label in CTest
+# SLOW_TEST requires the use of the SlowTest label in CTest, and
+# increase the length of the ctest timeout.
#
# TODO When a test case needs it, generalize the MPI_RANKS mechanism so
# that ctest can run the test binary over a range of numbers of MPI
# ranks.
function (gmx_register_gtest_test NAME EXENAME)
if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND BUILD_TESTING)
- set(_options INTEGRATION_TEST)
+ set(_options INTEGRATION_TEST SLOW_TEST)
set(_one_value_args MPI_RANKS)
cmake_parse_arguments(ARG "${_options}" "${_one_value_args}" "" ${ARGN})
set(_xml_path ${CMAKE_BINARY_DIR}/Testing/Temporary/${NAME}.xml)
list(APPEND _labels IntegrationTest)
set(_timeout 120)
gmx_get_test_prefix_cmd(_prefix_cmd IGNORE_LEAKS)
+ elseif (ARG_SLOW_TEST)
+ list(APPEND _labels SlowTest)
+ set(_timeout 480)
+ gmx_get_test_prefix_cmd(_prefix_cmd IGNORE_LEAKS)
else()
list(APPEND _labels UnitTest)
gmx_get_test_prefix_cmd(_prefix_cmd)
class CommandLine::Impl
{
public:
- Impl(const char *const cmdline[], size_t count);
+ Impl(const ArrayRef<const char *const> &cmdline);
+ Impl(const ArrayRef<const std::string> &cmdline);
~Impl();
std::vector<char *> args_;
int argc_;
};
-CommandLine::Impl::Impl(const char *const cmdline[], size_t count)
+CommandLine::Impl::Impl(const ArrayRef<const char *const> &cmdline)
{
- args_.reserve(count);
- argv_.reserve(count + 1);
- argc_ = static_cast<int>(count);
- for (size_t i = 0; i < count; ++i)
+ args_.reserve(cmdline.size());
+ argv_.reserve(cmdline.size() + 1);
+ argc_ = static_cast<int>(cmdline.size());
+ for (const auto &arg : cmdline)
{
- char *arg = strdup(cmdline[i]);
- if (arg == nullptr)
+ char *argCopy = strdup(arg);
+ if (argCopy == nullptr)
{
throw std::bad_alloc();
}
- args_.push_back(arg);
- argv_.push_back(arg);
+ args_.push_back(argCopy);
+ argv_.push_back(argCopy);
}
argv_.push_back(nullptr);
}
+namespace
+{
+
+//! Helper function so we can delegate from the std::string constructor to the const char * one.
+std::vector<const char*> convertFromStringArrayRef(const ArrayRef<const std::string> &cmdline)
+{
+ std::vector<const char*> v(cmdline.size());
+ std::transform(cmdline.begin(), cmdline.end(), v.begin(), [](const std::string &s){return s.c_str(); });
+ return v;
+}
+
+} // namespace
+
+// This makes a new temporary vector of views of the const char * in
+// the view passed in. Those are then deep copied in the constructor
+// delegated to.
+CommandLine::Impl::Impl(const ArrayRef<const std::string> &cmdline)
+ : Impl(convertFromStringArrayRef(cmdline)) {}
+
CommandLine::Impl::~Impl()
{
for (size_t i = 0; i < args_.size(); ++i)
*/
CommandLine::CommandLine()
- : impl_(new Impl(nullptr, 0))
+ : impl_(new Impl(ArrayRef<const char *>{}))
{
}
CommandLine::CommandLine(const ArrayRef<const char *const> &cmdline)
- : impl_(new Impl(cmdline.data(), cmdline.size()))
+ : impl_(new Impl(cmdline))
+{
+}
+
+CommandLine::CommandLine(const ArrayRef<const std::string> &cmdline)
+ : impl_(new Impl(cmdline))
{
}
CommandLine::CommandLine(const CommandLine &other)
- : impl_(new Impl(other.argv(), other.argc()))
+ : impl_(new Impl(arrayRefFromArray(other.argv(), other.argc())))
{
}
void CommandLine::initFromArray(const ArrayRef<const char *const> &cmdline)
{
- impl_.reset(new Impl(cmdline.data(), cmdline.size()));
+ impl_.reset(new Impl(cmdline));
}
void CommandLine::append(const char *arg)
impl_->cmdline_.addOption(option, TestFileManager::getInputFilePath(filename));
}
+void CommandLineTestBase::setInputFile(
+ const char *option, const std::string &filename)
+{
+ setInputFile(option, filename.c_str());
+}
+
void CommandLineTestBase::setInputFileContents(
const char *option, const char *extension, const std::string &contents)
{
* CommandLine object directly from a C array.
*/
CommandLine(const ArrayRef<const char *const> &cmdline);
+ //! \copydoc CommandLine(const ArrayRef<const char *const> &)
+ CommandLine(const ArrayRef<const std::string> &cmdline);
//! Creates a deep copy of a command-line object.
CommandLine(const CommandLine &other);
~CommandLine();
* \see TestFileManager::getInputFilePath()
*/
void setInputFile(const char *option, const char *filename);
+ //! \copydoc setInputFile(const char *, const char *);
+ void setInputFile(const char *option, const std::string &filename);
/*! \brief
* Generates and sets an input file.
*
/*
* This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
*
- * Copyright (c) 2017, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2017,2018, by the GROMACS development team, led by
* Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
* and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
* top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
};
/*! \libinternal \brief
- * Use a ITextStreamMatcher for matching the contents.
+ * Use a ITextBlockMatcher for matching the contents.
*
* \inlibraryapi
* \ingroup module_testutils
/*
* This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
*
- * Copyright (c) 2015, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2015,2018, by the GROMACS development team, led by
* Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
* and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
* top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
#include "textblockmatchers.h"
+#include "gromacs/compat/make_unique.h"
+#include "gromacs/utility/gmxregex.h"
+#include "gromacs/utility/stringstream.h"
#include "gromacs/utility/textreader.h"
+#include "gromacs/utility/textwriter.h"
#include "testutils/refdata.h"
}
};
+class FilteringExactTextMatcher : public ITextBlockMatcher
+{
+ public:
+ FilteringExactTextMatcher(const std::vector<std::string> &linesToSkip)
+ : linesToSkip_(linesToSkip) {}
+ virtual void checkStream(TextInputStream *stream,
+ TestReferenceChecker *checker)
+ {
+ StringOutputStream filteredStream;
+ {
+ TextReader reader(stream);
+ TextWriter writer(&filteredStream);
+ // Filter the stream
+ std::string line;
+ while (reader.readLine(&line))
+ {
+ bool shouldSkip = false;
+ for (const auto &lineToSkip : linesToSkip_)
+ {
+ // TODO this is inefficient but we have no way
+ // to store pre-compiled Regex in a container
+ // right now.
+ Regex regexOfLineToSkip(lineToSkip);
+ if (regexMatch(line.c_str(), regexOfLineToSkip))
+ {
+ shouldSkip = true;
+ break;
+ }
+ }
+ if (!shouldSkip)
+ {
+ writer.writeLine(line);
+ }
+ }
+ }
+ StringInputStream filteredStreamToCheck(filteredStream.toString());
+ TextReader reader(&filteredStreamToCheck);
+ checker->checkTextBlock(reader.readAll(), "Contents");
+ }
+
+ std::vector<std::string> linesToSkip_;
+};
+
} // namespace
ITextBlockMatcher::~ITextBlockMatcher()
TextBlockMatcherPointer ExactTextMatch::createMatcher() const
{
- return TextBlockMatcherPointer(new ExactTextMatcher());
+ return TextBlockMatcherPointer(compat::make_unique<ExactTextMatcher>());
}
TextBlockMatcherPointer NoTextMatch::createMatcher() const
{
- return TextBlockMatcherPointer(new NoTextMatcher());
+ return TextBlockMatcherPointer(compat::make_unique<NoTextMatcher>());
+}
+
+void FilteringExactTextMatch::addRegexToSkip(const std::string &lineToSkip)
+{
+ linesToSkip_.push_back(lineToSkip);
+}
+
+TextBlockMatcherPointer FilteringExactTextMatch::createMatcher() const
+{
+ return TextBlockMatcherPointer(compat::make_unique<FilteringExactTextMatcher>(linesToSkip_));
}
} // namespace test
/*
* This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
*
- * Copyright (c) 2015, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2015,2018, by the GROMACS development team, led by
* Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
* and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
* top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
#include <memory>
#include <string>
+#include <vector>
namespace gmx
{
virtual TextBlockMatcherPointer createMatcher() const;
};
+/*! \libinternal \brief
+ * Use an exact text match after scrubbing lines of the text
+ * that match the supplied regular expressions.
+ *
+ * This suits comparing files in tests that are intended to be
+ * localized by reporting usage, time, date, user, or file-system
+ * stamps. The latter won't be reproducible in tests until
+ * the tools that emit them can be mocked suitably.
+ *
+ * \inlibraryapi
+ * \ingroup module_testutils
+ */
+class FilteringExactTextMatch : public ITextBlockMatcherSettings
+{
+ public:
+ //! Factory method.
+ virtual TextBlockMatcherPointer createMatcher() const;
+ //! Add a regular expression for which a matching line should be skipped.
+ void addRegexToSkip(const std::string &lineToSkip);
+ private:
+ //! The regular expressions for lines that should be skipped.
+ std::vector<std::string> linesToSkip_;
+
+};
+
} // namespace test
} // namespace gmx
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