Fix center of mass motion removal with frozen atoms
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Mon, 2 Mar 2020 14:14:21 +0000 (15:14 +0100)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Mon, 2 Mar 2020 21:05:37 +0000 (22:05 +0100)
commite69b71f3b78767d25ac5873827e419825ed8fa89
treecdb9c26b5dd152f7d8c668f1a7960a07d119ad07
parentd16c555b8fb59e631f38a1bbb3af637cfa4c58d9
Fix center of mass motion removal with frozen atoms

When frozen atoms were part of center of mass motion removal groups,
they would still contribute to the mass of those groups. This meant
that the COM velocity correction was (slightly) too small. Now
completely frozen atoms are removed from COM removal groups by grompp.
When atoms are only frozen along one or two dimensions and part of
a COM removal group, grompp now issues a warning.

Also fixed an nullptr or incorrect string buffer passed to warning()
with invalid freeze group dimension user input.

Fixes #2553

Change-Id: I20a03fea511e75a131cb27880acc1f4ee4a2bfb8
docs/release-notes/2020/2020.1.rst
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.cpp