Improve vsite parallel checking
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Sun, 24 Sep 2017 20:27:02 +0000 (22:27 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Sun, 15 Oct 2017 19:56:12 +0000 (21:56 +0200)
commitccf60bde3a741b1ee64b40c93c59f6fe9ce38c17
treedf2d11577c4b53a8e82f6750784780fadefaef8f
parentac93271be5f6c60516e468d1c71d1ac632e0dc7f
Improve vsite parallel checking

The vsite struct now stores internally whether it has been configured
with domain decomposition. This allows for internal checks on valid
commrec, which have now been added.
The vsite constructor now initializes to atom range to invalid values,
so we can check that the thread splitting has been called before
constructing. This would have caught bug #2257.
Removed the vsite struct from the global construct function argument
list, which simplifies the vsite code in several places and
fixes #2257.

Also some general clean-up: removed some snews, added some camelCasing
and doxygen documentation.

More renaming would be beneficial, but should be a separate commit.

Change-Id: I467ec8b8ebfa0da090d4ac0a1d096ad9fab87eb5
src/gromacs/domdec/domdec.h
src/gromacs/domdec/domdec_specatomcomm.cpp
src/gromacs/domdec/domdec_specatomcomm.h
src/gromacs/domdec/domdec_topology.cpp
src/gromacs/domdec/domdec_vsite.cpp
src/gromacs/mdlib/mdsetup.cpp
src/gromacs/mdlib/minimize.cpp
src/gromacs/mdlib/vsite.cpp
src/gromacs/mdlib/vsite.h
src/programs/mdrun/runner.cpp