Documentation fix: Rerun and nstlist
authorPascal Merz <pascal.merz@colorado.edu>
Tue, 18 Sep 2018 22:57:09 +0000 (16:57 -0600)
committerPascal Merz <pascal.merz@colorado.edu>
Tue, 18 Sep 2018 22:57:09 +0000 (16:57 -0600)
commitb5043e744e3f8b0ae3b4e88998870e330b27571c
tree7f122995e8558e93627b843b037cb805527e8d92
parente357544f7e7a8259f4ffe32bcf2df66f16226b59
Documentation fix: Rerun and nstlist

The current code is not, as written in the documentation, behaving differently if
`nstlist == 0`. The relevant code part in `md.cpp` (line 312+) reads

    const gmx_bool bRerunMD      = mdrunOptions.rerun;
    int            nstglobalcomm = mdrunOptions.globalCommunicationInterval;

    if (bRerunMD)
    {
        /* Since we don't know if the frames read are related in any way,
         * rebuild the neighborlist at every step.
         */
        ir->nstlist       = 1;
        ir->nstcalcenergy = 1;
        nstglobalcomm     = 1;
    }

This change adapts the documentation to reflect what we're is actually doing.

Change-Id: I2292c675e0798f7e500ac3438a61872accabf21c
docs/user-guide/mdrun-features.rst