Fix membed with partial revert of 29943f
authorErik Lindahl <erik@kth.se>
Sat, 9 Jul 2016 21:32:58 +0000 (23:32 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Mon, 11 Jul 2016 14:50:12 +0000 (16:50 +0200)
commit98d6c26b13470698d89c6904e1643b628ce54eea
treece99bee2f453fabf2aa9a4e0bec5fd40c3d3f82e
parentb78ab26b1cd8395db55f745b6181938a0023dc45
Fix membed with partial revert of 29943f

The membrane embedding algorithm must be initialized before
we call init_forcerec(), so it cannot trivially be moved into
do_md(). This has to be cleaned up anyway for release-2017
since we will remove the group scheme be then, but for now
this fix will allow us have the method working in release-2016.

Fixes #1998.

Change-Id: I8e16a67b8df16999793649d79eebca051b8b474f
src/gromacs/mdlib/integrator.h
src/gromacs/mdlib/minimize.cpp
src/gromacs/mdlib/tpi.cpp
src/programs/mdrun/md.cpp
src/programs/mdrun/runner.cpp