Store essential dynamics parameters as vectors instead of linked list.
authorChristian Blau <cblau@gwdg.de>
Thu, 30 Aug 2018 08:32:38 +0000 (10:32 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Thu, 30 Aug 2018 15:52:21 +0000 (17:52 +0200)
commit740c951b73fd8f249c9bd2b3ed8af3696b61a078
tree848d1c87a8b1aa8f65df5313e4bbab13d7c5b10a
parentdd56b47b6db339328c784f614c543875bf40140b
Store essential dynamics parameters as vectors instead of linked list.

Multiple sets of essential dynamics input parameters were stored as a
user implementation of a C-style forward linked list. We now use a
std::vector instead.

This simplifies parameter reading and makes it easier for read_edi to
return a vector of read parameters, which is now used.

Part of #2590

Change-Id: I2ad0705558deb8da7bd3fac35602364eadc4fc8d
src/gromacs/essentialdynamics/edsam.cpp
src/gromacs/essentialdynamics/edsam.h
src/gromacs/mdlib/force.h
src/gromacs/mdlib/sim_util.cpp