Improve gmx sasa tests and clean up -or handling
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Mon, 10 Aug 2015 19:06:10 +0000 (22:06 +0300)
committerGerrit Code Review <gerrit@gerrit.gromacs.org>
Mon, 12 Oct 2015 08:16:39 +0000 (10:16 +0200)
commit18652ae8d489433863edbd3991a7924371c490cf
tree22f99b77644c423cf95ea5f58a6a2f5b705f0185
parentdcbc505bc6863f15c790fcece3b9c19c97526179
Improve gmx sasa tests and clean up -or handling

Use the new xvg testing machinery to test the X axes of -oa and -or
(this was broken before a recent fix in release-5-0), as well as the
legends in all the xvg files.  Add one test that creates non-uniform
axes for the -oa and -or plots.

Simplify the code that produces the -or X axis by removing one state
variable.  Fix assertion in arraydata.cpp that was supposed to prevent
the original bug of incorrect axis initialization.

Make the reference data xslt files show the xvg data as HTML.
Improve handling of xvg values by preserving the string representation
from the xvg file in the reference data, which makes the HTML output
nicer and makes the xvg comparison work better when the precision of the
code changes.

Change-Id: I2cbe9646fddef705c8825c9c82de869d3205892c
15 files changed:
src/gromacs/analysisdata/arraydata.cpp
src/gromacs/analysisdata/tests/refdata/common-referencedata.xsl
src/gromacs/selection/tests/refdata/common-referencedata.xsl
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/refdata/SasaModuleTest_BasicTest.xml
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/refdata/SasaModuleTest_HandlesSelectedResidues.xml [new file with mode: 0644]
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/refdata/common-referencedata.xsl
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/sasa.cpp
src/gromacs/utility/stringutil.h
src/testutils/common-referencedata.xsl
src/testutils/refdata-checkers.h
src/testutils/refdata.cpp
src/testutils/refdata.h
src/testutils/xvgtest.cpp
src/testutils/xvgtest.h