Split txtdump.*, part 1
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Thu, 3 Dec 2015 19:22:37 +0000 (21:22 +0200)
committerDavid van der Spoel <davidvanderspoel@gmail.com>
Wed, 9 Dec 2015 12:59:43 +0000 (13:59 +0100)
commit793e70d3c15d1ac179aaa41be701365bd73c3a80
tree9aefef064f52f19ec9898a7361ad4c11e64954c1
parentf3602aa73c3012363cea7013f28458754a9debdb
Split txtdump.*, part 1

- Move routines to print various data structures to the file that
  declares the data structure, mostly to topology/.
- Rename pr_header() to pr_tpxheader() to clarify its use.
- Remove unused pr_commrec() and some commented-out code.
- Remove unnecessary uses of txtdump.h.

This helps avoiding dependency cycles coming from this (because in its
old form, any code that wanted to use these routines for, e.g., debug
output, would need to be above all the data structures for which this
printing was supported).  Also, it makes it easier to find the code that
needs changing because of a data structure change easier when it is
close to the declaration of the data structure.

Follow-up commit will move txtdump.* out of fileio to resolve existing
cyclic dependencies, but split that into a separate commit to keep the
size manageable.

Change-Id: I2665f6d25cd095f4c7d11d32bcaec38601ff8d8b
56 files changed:
src/gromacs/ewald/pme-only.cpp
src/gromacs/fileio/tpxio.cpp
src/gromacs/fileio/tpxio.h
src/gromacs/fileio/trrio.cpp
src/gromacs/fileio/txtdump.cpp
src/gromacs/fileio/txtdump.h
src/gromacs/gmxana/gmx_anaeig.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_analyze.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_chi.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_confrms.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_covar.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_densmap.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_dos.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_editconf.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_hbond.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_helix.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_lie.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_make_edi.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_nmeig.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_nmens.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_nmtraj.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_principal.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_sham.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_sigeps.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_tcaf.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_trjorder.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_velacc.cpp
src/gromacs/gmxana/princ.cpp
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nonbonded.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/genconf.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/nm2type.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/topio.cpp
src/gromacs/mdlib/expanded.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp
src/gromacs/mdlib/minimize.cpp
src/gromacs/mdlib/qm_gamess.cpp
src/gromacs/mdlib/qm_gaussian.cpp
src/gromacs/mdlib/qm_mopac.cpp
src/gromacs/mdlib/qm_orca.cpp
src/gromacs/mdlib/qmmm.cpp
src/gromacs/mdlib/shakef.cpp
src/gromacs/mdlib/stat.cpp
src/gromacs/mdlib/tpi.cpp
src/gromacs/tools/check.cpp
src/gromacs/tools/compare.cpp
src/gromacs/tools/dump.cpp
src/gromacs/topology/atoms.cpp
src/gromacs/topology/atoms.h
src/gromacs/topology/block.cpp
src/gromacs/topology/block.h
src/gromacs/topology/idef.cpp [new file with mode: 0644]
src/gromacs/topology/idef.h
src/gromacs/topology/index.cpp
src/gromacs/topology/topology.cpp
src/gromacs/topology/topology.h