Remove ineffective code for writing more TER fields to pdb files
authorMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Sun, 10 Feb 2019 13:28:49 +0000 (14:28 +0100)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Thu, 7 Mar 2019 12:13:12 +0000 (13:13 +0100)
commitcaf4526e41266781a0b62057c59018b6ae27110f
tree32a267341ec39aca3ddf334991ec47eeed68e21d
parenta9e2057258a6558d7b265b8497f9c7045652392d
Remove ineffective code for writing more TER fields to pdb files

A weakly typed string containing a residue type name was passed to a
function expecting a residue name. This has led to fewer TER records
being output than expected by the author of ff9a9692e1f4. The intent
then was presumably to refer to the residue type of the previous
chain, but in fact the residue type of that residue type was used,
which is always "Other". Thus no extra TER fields were ever written.

The intended feature for PDB writing is not clearly vital, and has
never worked, so is now removed. These days, it would only be active
if pdb2gmx wrote .pdb output, since in no other case do we build chain
numbers.

Change-Id: I4e5ed09171772e17fd0fc11aff239bf7aaa966eb
src/gromacs/fileio/confio.cpp
src/gromacs/fileio/pdbio.cpp
src/gromacs/fileio/pdbio.h
src/gromacs/fileio/trxio.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_chi.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_confrms.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_trjconv.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/editconf.cpp