Generic tpr handling for electric field
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Tue, 11 Oct 2016 19:30:47 +0000 (22:30 +0300)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Wed, 8 Feb 2017 16:05:05 +0000 (17:05 +0100)
commit8bdd28e2ca567eda5ce23cbf42d0ee3bb8fa2583
treebf89555968cfd93e3754eb3f2af8f8fde8d35f3e
parent388994d5334aacb05b9cbf7ee858da304e1ecfe2
Generic tpr handling for electric field

Remove special code to store inputrec values to tpr files from
IInputRecExtension, and instead store them as a generic KeyValueTree.

Currently, there is no support for changing the storage format, other
than by adding new options. We may not need this immediately, and we
think it should not be any extra work to introduce it later (rather
than right now). With the present approach, tpr backwards
compatibility is essentially the same as mdp backwards compatibility.

There are now two paths to setting up modules for use, depending
whether the data is coming from mdp parsing in e.g. grompp or tests,
or from tpr parsing in e.g. mdrun, dump or check (but not tpbconv).

Change-Id: I0a0f552041b2a7401bc82972c9648d1f3a64af34
13 files changed:
src/gromacs/applied-forces/electricfield.cpp
src/gromacs/applied-forces/tests/electricfield.cpp
src/gromacs/fileio/tpxio.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.cpp
src/gromacs/mdlib/broadcaststructs.cpp
src/gromacs/mdrunutility/mdmodules.cpp
src/gromacs/mdrunutility/mdmodules.h
src/gromacs/mdtypes/inputrec.cpp
src/gromacs/mdtypes/inputrec.h
src/gromacs/tools/check.cpp
src/gromacs/tools/dump.cpp
src/gromacs/utility/keyvaluetreebuilder.h
src/programs/mdrun/runner.cpp