Manually sort some includes in src/gromacs
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / utility / gmxregex.cpp
index 92c8ca6d8ae3f0fbe9655bee379eeed04dbdc44b..81efa86870b212326be4bf1c1623354bf26efa3d 100644 (file)
@@ -1,49 +1,53 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
- *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \internal \file
  * \brief
  * Implements regular expression wrappers.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \ingroup module_utility
  */
+#include "gmxpre.h"
+
 #include "gmxregex.h"
 
-#ifdef HAVE_CONFIG_H
 #include "config.h"
-#endif
 
 #if defined(HAVE_POSIX_REGEX)
-// old Mac needs sys/types.h before regex.h
 #include <sys/types.h>
+// old Mac needs sys/types.h before regex.h
 #include <regex.h>
 #define USE_POSIX_REGEX
 #elif defined(HAVE_CXX11_REGEX)
@@ -51,8 +55,8 @@
 #define USE_CXX11_REGEX
 #endif
 
-#include "exceptions.h"
-#include "stringutil.h"
+#include "gromacs/utility/exceptions.h"
+#include "gromacs/utility/stringutil.h"
 
 namespace gmx
 {
@@ -98,12 +102,12 @@ class Regex::Impl
         void compile(const char *value)
         {
             std::string buf(formatString("^%s$", value));
-            int rc = regcomp(&regex_, buf.c_str(), REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
+            int         rc = regcomp(&regex_, buf.c_str(), REG_EXTENDED | REG_NOSUB);
             if (rc != 0)
             {
                 // TODO: Better error messages.
                 GMX_THROW(InvalidInputError(formatString(
-                                "Error in regular expression \"%s\"", value)));
+                                                    "Error in regular expression \"%s\"", value)));
             }
         }
 
@@ -121,7 +125,7 @@ class Regex::Impl
         {
             // TODO: Better error messages.
             GMX_THROW(InvalidInputError(formatString(
-                            "Error in regular expression \"%s\"", value)));
+                                                "Error in regular expression \"%s\"", value)));
         }
         explicit Impl(const std::string &value)
         try : regex_(value, std::regex::nosubs | std::regex::extended)
@@ -131,7 +135,7 @@ class Regex::Impl
         {
             // TODO: Better error messages.
             GMX_THROW(InvalidInputError(formatString(
-                            "Error in regular expression \"%s\"", value)));
+                                                "Error in regular expression \"%s\"", value)));
         }
 
         bool match(const char *value) const
@@ -157,19 +161,19 @@ class Regex::Impl
         explicit Impl(const char * /*value*/)
         {
             GMX_THROW(NotImplementedError(
-                        "Gromacs is compiled without regular expression support"));
+                              "Gromacs is compiled without regular expression support"));
         }
         explicit Impl(const std::string & /*value*/)
         {
             GMX_THROW(NotImplementedError(
-                        "Gromacs is compiled without regular expression support"));
+                              "Gromacs is compiled without regular expression support"));
         }
 
         bool match(const char * /*value*/) const
         {
             // Should never be reached.
             GMX_THROW(NotImplementedError(
-                        "Gromacs is compiled without regular expression support"));
+                              "Gromacs is compiled without regular expression support"));
         }
 };
 #endif