Renamed bonded module as 'listed-forces'
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / timing / wallcycle.h
index 8a0b2cf53de007edecec78e331f69033e1d77078..104173598a16ab5270179208f1f58a793c8f9295 100644 (file)
@@ -1,63 +1,72 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
- *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
- *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
- *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
+ * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
- * And Hey:
- * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
+ * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 #ifndef GMX_TIMING_WALLCYCLE_H
 #define GMX_TIMING_WALLCYCLE_H
 
 #include <stdio.h>
-#include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
-#include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
+
+#include "gromacs/legacyheaders/types/commrec_fwd.h"
+#include "gromacs/legacyheaders/types/nbnxn_cuda_types_ext.h"
+#include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
 
 #ifdef __cplusplus
 extern "C" {
 #endif
 
+typedef struct gmx_wallcycle *gmx_wallcycle_t;
+
 enum {
     ewcRUN, ewcSTEP, ewcPPDURINGPME, ewcDOMDEC, ewcDDCOMMLOAD,
     ewcDDCOMMBOUND, ewcVSITECONSTR, ewcPP_PMESENDX, ewcNS, ewcLAUNCH_GPU_NB,
     ewcMOVEX, ewcGB, ewcFORCE, ewcMOVEF, ewcPMEMESH,
-    ewcPME_REDISTXF, ewcPME_SPREADGATHER, ewcPME_FFT, ewcPME_FFTCOMM, ewcPME_SOLVE,
+    ewcPME_REDISTXF, ewcPME_SPREADGATHER, ewcPME_FFT, ewcPME_FFTCOMM, ewcLJPME, ewcPME_SOLVE,
     ewcPMEWAITCOMM, ewcPP_PMEWAITRECVF, ewcWAIT_GPU_NB_NL, ewcWAIT_GPU_NB_L, ewcNB_XF_BUF_OPS,
-    ewcVSITESPREAD, ewcTRAJ, ewcUPDATE, ewcCONSTR, ewcMoveE, ewcROT, ewcROTadd,
+    ewcVSITESPREAD, ewcPULLPOT,
+    ewcTRAJ, ewcUPDATE, ewcCONSTR, ewcMoveE, ewcROT, ewcROTadd, ewcSWAP, ewcIMD,
     ewcTEST, ewcNR
 };
 
+
 enum {
     ewcsDD_REDIST, ewcsDD_GRID, ewcsDD_SETUPCOMM,
     ewcsDD_MAKETOP, ewcsDD_MAKECONSTR, ewcsDD_TOPOTHER,
     ewcsNBS_GRID_LOCAL, ewcsNBS_GRID_NONLOCAL,
     ewcsNBS_SEARCH_LOCAL, ewcsNBS_SEARCH_NONLOCAL,
-    ewcsBONDED, ewcsNONBONDED, ewcsEWALD_CORRECTION,
+    ewcsLISTED, ewcsNONBONDED, ewcsEWALD_CORRECTION,
     ewcsNB_X_BUF_OPS, ewcsNB_F_BUF_OPS,
     ewcsNR
 };
@@ -90,10 +99,10 @@ void wallcycle_print(FILE *fplog, int nnodes, int npme, double realtime,
                      gmx_wallcycle_t wc, wallclock_gpu_t *gpu_t);
 /* Print the cycle and time accounting */
 
-gmx_large_int_t wcycle_get_reset_counters(gmx_wallcycle_t wc);
+gmx_int64_t wcycle_get_reset_counters(gmx_wallcycle_t wc);
 /* Return reset_counters from wc struct */
 
-void wcycle_set_reset_counters(gmx_wallcycle_t wc, gmx_large_int_t reset_counters);
+void wcycle_set_reset_counters(gmx_wallcycle_t wc, gmx_int64_t reset_counters);
 /* Set reset_counters */
 
 void wallcycle_sub_start(gmx_wallcycle_t wc, int ewcs);