biod.pnpi.spb.ru / alexxy / gromacs.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Fix incorrect LJ cut-off with GPU + PME tuning
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / mdlib / nbnxn_cuda / nbnxn_cuda_kernels.cuh
diff --git a/src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernels.cuh b/src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernels.cuh
index 45640b17c1d7d8a32d184b0339733622d182c7e1..3bdb17f8feaf51b33c790c09f252a5243a8d0578 100644 (file)
--- a/src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernels.cuh
+++ b/src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernels.cuh
@@ -34,8 +34,10 @@
  */
 
 /*! \internal \file
- *  This header has the sole purpose of generating kernels for the supported
- *  electrostatics types: cut-off, reaction-field, Ewald, and tabulated Ewald.
+ *  This header has the sole purpose of generating kernels for the combinations of
+ *  supported electrostatics types (cut-off, reaction-field, analytical and
+ *  tabulated Ewald) and VDW types (cut-off + V shift, LJ-Ewald with
+ *  geometric or Lorentz-Berthelot combination rule, F switch, V switch).
  *
  *  The Ewald kernels have twin-range cut-off versions with rcoul != rvdw which
  *  require an extra distance check to enable  PP-PME load balancing
@@ -44,50 +46,219 @@
  *  NOTE: No include fence as it is meant to be included multiple times.
  */
 
-/* Analytical plain cut-off kernels */
+/* Analytical plain cut-off electrostatics kernels
+ */
 #define EL_CUTOFF
-#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _cutoff ## __VA_ARGS__
+
+/* cut-off + V shift LJ */
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecCut_VdwLJ ## __VA_ARGS__
 #include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
-#undef EL_CUTOFF
 #undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w geometric combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecCut_VdwLJEwCombGeom ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w LB combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_LB
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecCut_VdwLJEwCombLB ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_LB
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* F switch LJ */
+#define LJ_FORCE_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecCut_VdwLJFsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_FORCE_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* V switch LJ */
+#define LJ_POT_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecCut_VdwLJPsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_POT_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+
+#undef EL_CUTOFF
 
-/* Analytical reaction-field kernels */
+
+/* Analytical reaction-field kernels
+ */
 #define EL_RF
-#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _rf ## __VA_ARGS__
+
+/* cut-off + V shift LJ */
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecRF_VdwLJ ## __VA_ARGS__
 #include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
-#undef EL_RF
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w geometric combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecRF_VdwLJEwCombGeom ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w LB combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_LB
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecRF_VdwLJEwCombLB ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_LB
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* F switch LJ */
+#define LJ_FORCE_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecRF_VdwLJFsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_FORCE_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* V switch LJ */
+#define LJ_POT_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecRF_VdwLJPsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_POT_SWITCH
 #undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
 
+#undef EL_RF
+
+
 /* Analytical Ewald interaction kernels
  */
 #define EL_EWALD_ANA
-#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ewald ## __VA_ARGS__
+
+/* cut-off + V shift LJ */
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEw_VdwLJ ## __VA_ARGS__
 #include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
-#undef EL_EWALD_ANA
 #undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w geometric combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEw_VdwLJEwCombGeom ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w LB combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_LB
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEw_VdwLJEwCombLB ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_LB
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* F switch LJ */
+#define LJ_FORCE_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEw_VdwLJFsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_FORCE_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* V switch LJ */
+#define LJ_POT_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEw_VdwLJPsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_POT_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+
+#undef EL_EWALD_ANA
+
 
 /* Analytical Ewald interaction kernels with twin-range cut-off
  */
 #define EL_EWALD_ANA
 #define VDW_CUTOFF_CHECK
-#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ewald_twin ## __VA_ARGS__
+
+/* cut-off + V shift LJ */
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwTwinCut_VdwLJ ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w geometric combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwTwinCut_VdwLJEwCombGeom ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w LB combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_LB
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwTwinCut_VdwLJEwCombLB ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_LB
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* F switch LJ */
+#define LJ_FORCE_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwTwinCut_VdwLJFsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_FORCE_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* V switch LJ */
+#define LJ_POT_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwTwinCut_VdwLJPsw ## __VA_ARGS__
 #include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_POT_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+
 #undef EL_EWALD_ANA
 #undef VDW_CUTOFF_CHECK
-#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+
 
 /* Tabulated Ewald interaction kernels */
 #define EL_EWALD_TAB
-#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ewald_tab ## __VA_ARGS__
+
+/* cut-off + V shift LJ */
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTab_VdwLJ ## __VA_ARGS__
 #include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
-#undef EL_EWALD_TAB
 #undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w geometric combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTab_VdwLJEwCombGeom ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w LB combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_LB
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTab_VdwLJEwCombLB ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_LB
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* F switch LJ */
+#define LJ_FORCE_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTab_VdwLJFsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_FORCE_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* V switch LJ */
+#define LJ_POT_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTab_VdwLJPsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_POT_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+
+#undef EL_EWALD_TAB
+
 
 /* Tabulated Ewald interaction kernels with twin-range cut-off */
 #define EL_EWALD_TAB
 #define VDW_CUTOFF_CHECK
-#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ewald_tab_twin ## __VA_ARGS__
+
+/* cut-off + V shift LJ */
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTabTwinCut_VdwLJ ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w geometric combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTabTwinCut_VdwLJEwCombGeom ## __VA_ARGS__
 #include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* LJ-Ewald w LB combination rules */
+#define LJ_EWALD_COMB_LB
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTabTwinCut_VdwLJEwCombLB ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_EWALD_COMB_LB
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* F switch LJ */
+#define LJ_FORCE_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTabTwinCut_VdwLJFsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_FORCE_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+/* V switch LJ */
+#define LJ_POT_SWITCH
+#define NB_KERNEL_FUNC_NAME(x, ...) x ## _ElecEwQSTabTwinCut_VdwLJPsw ## __VA_ARGS__
+#include "nbnxn_cuda_kernel.cuh"
+#undef LJ_POT_SWITCH
+#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
+
 #undef EL_EWALD_TAB
 #undef VDW_CUTOFF_CHECK
-#undef NB_KERNEL_FUNC_NAME
Local GROMACS mirror with custom stuff