Remove .tpa, .tpb, .tpx, .trj files. Part of #1500.
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / fileio / trxio.c
index ae5b0cb2361fbfce90011693d0e0671c067781a4..0f39b6c46bff835fdae21542bea79b9e068c6095 100644 (file)
@@ -34,6 +34,8 @@
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
+#include "gmxpre.h"
+
 #include "trxio.h"
 
 #include "config.h"
 #include "trnio.h"
 #include "tngio.h"
 #include "tngio_for_tools.h"
-#include "names.h"
+#include "gromacs/legacyheaders/names.h"
 #include "gromacs/math/vec.h"
 #include "gromacs/utility/futil.h"
 #include "xtcio.h"
 #include "pdbio.h"
 #include "confio.h"
-#include "checkpoint.h"
+#include "gromacs/legacyheaders/checkpoint.h"
 #include "xdrf.h"
 
 #include "gromacs/fileio/timecontrol.h"
@@ -336,7 +338,6 @@ int write_trxframe_indexed(t_trxstatus *status, t_trxframe *fr, int nind,
 
     switch (ftp)
     {
-        case efTRJ:
         case efTRR:
         case efTNG:
             break;
@@ -351,7 +352,6 @@ int write_trxframe_indexed(t_trxstatus *status, t_trxframe *fr, int nind,
 
     switch (ftp)
     {
-        case efTRJ:
         case efTRR:
         case efTNG:
             if (fr->bV)
@@ -393,7 +393,6 @@ int write_trxframe_indexed(t_trxstatus *status, t_trxframe *fr, int nind,
         case efXTC:
             write_xtc(status->fio, nind, fr->step, fr->time, fr->box, xout, prec);
             break;
-        case efTRJ:
         case efTRR:
             fwrite_trn(status->fio, nframes_read(status),
                        fr->time, fr->step, fr->box, nind, xout, vout, fout);
@@ -431,8 +430,6 @@ int write_trxframe_indexed(t_trxstatus *status, t_trxframe *fr, int nind,
 
     switch (ftp)
     {
-        case efTRN:
-        case efTRJ:
         case efTRR:
         case efTNG:
             if (vout)
@@ -532,7 +529,6 @@ int write_trxframe(t_trxstatus *status, t_trxframe *fr, gmx_conect gc)
 
     switch (gmx_fio_getftp(status->fio))
     {
-        case efTRJ:
         case efTRR:
             break;
         default:
@@ -549,7 +545,6 @@ int write_trxframe(t_trxstatus *status, t_trxframe *fr, gmx_conect gc)
         case efXTC:
             write_xtc(status->fio, fr->natoms, fr->step, fr->time, fr->box, fr->x, prec);
             break;
-        case efTRJ:
         case efTRR:
             fwrite_trn(status->fio, fr->step, fr->time, fr->lambda, fr->box, fr->natoms,
                        fr->bX ? fr->x : NULL, fr->bV ? fr->v : NULL, fr->bF ? fr->f : NULL);
@@ -812,7 +807,6 @@ gmx_bool read_next_frame(const output_env_t oenv, t_trxstatus *status, t_trxfram
         }
         switch (ftp)
         {
-            case efTRJ:
             case efTRR:
                 bRet = gmx_next_frame(status, fr);
                 break;
@@ -946,7 +940,6 @@ int read_first_frame(const output_env_t oenv, t_trxstatus **status,
     }
     switch (ftp)
     {
-        case efTRJ:
         case efTRR:
             break;
         case efCPT: