#include <algorithm>
#include <vector>
+#include "gromacs/compat/make_unique.h"
#include "gromacs/fileio/filetypes.h"
#include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
#include "gromacs/fileio/gmxfio-xdr.h"
*/
enum tpxv {
tpxv_ComputationalElectrophysiology = 96, /**< support for ion/water position swaps (computational electrophysiology) */
- tpxv_Use64BitRandomSeed, /**< change ld_seed from int to gmx_int64_t */
+ tpxv_Use64BitRandomSeed, /**< change ld_seed from int to int64_t */
tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, /**< potentials for supporting coarse-grained force fields */
tpxv_InteractiveMolecularDynamics, /**< interactive molecular dynamics (IMD) */
tpxv_RemoveObsoleteParameters1, /**< remove optimize_fft, dihre_fc, nstcheckpoint */
tpxv_PullExternalPotential, /**< Added pull type external potential */
tpxv_GenericParamsForElectricField, /**< Introduced KeyValueTree and moved electric field parameters */
tpxv_AcceleratedWeightHistogram, /**< sampling with accelerated weight histogram method (AWH) */
+ tpxv_RemoveImplicitSolvation, /**< removed support for implicit solvation */
+ tpxv_PullPrevStepCOMAsReference, /**< Enabled using the COM of the pull group of the last frame as reference for PBC */
+ tpxv_MimicQMMM, /**< Inroduced support for MiMiC QM/MM interface */
+ tpxv_PullAverage, /**< Added possibility to output average pull force and position */
tpxv_Count /**< the total number of tpxv versions */
};
/* This number should be the most recent backwards incompatible version
* I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
*/
-static const int tpx_incompatible_version = 30; // GMX3.2 has version 31
+static const int tpx_incompatible_version = 57; // GMX4.0 has version 58
} t_ftupd;
/*
+ * TODO The following three lines make little sense, please clarify if
+ * you've had to work out how ftupd works.
+ *
* The entries should be ordered in:
* 1. ascending function type number
* 2. ascending file version number
+ *
+ * Because we support reading of old .tpr file versions (even when
+ * mdrun can no longer run the simulation), we need to be able to read
+ * obsolete t_interaction_function types. Any data read from such
+ * fields is discarded. Their names have _NOLONGERUSED appended to
+ * them to make things clear.
*/
static const t_ftupd ftupd[] = {
- { 34, F_FENEBONDS },
- { 43, F_TABBONDS },
- { 43, F_TABBONDSNC },
{ 70, F_RESTRBONDS },
{ tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, F_RESTRANGLES },
{ 76, F_LINEAR_ANGLES },
- { 34, F_QUARTIC_ANGLES },
- { 43, F_TABANGLES },
{ tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, F_RESTRDIHS },
{ tpxv_RestrictedBendingAndCombinedAngleTorsionPotentials, F_CBTDIHS },
- { 43, F_TABDIHS },
{ 65, F_CMAP },
- { 60, F_GB12 },
- { 61, F_GB13 },
- { 61, F_GB14 },
- { 72, F_GBPOL },
- { 72, F_NPSOLVATION },
- { 41, F_LJC14_Q },
- { 41, F_LJC_PAIRS_NB },
- { 32, F_BHAM_LR_NOLONGERUSED },
- { 32, F_RF_EXCL },
- { 32, F_COUL_RECIP },
+ { 60, F_GB12_NOLONGERUSED },
+ { 61, F_GB13_NOLONGERUSED },
+ { 61, F_GB14_NOLONGERUSED },
+ { 72, F_GBPOL_NOLONGERUSED },
+ { 72, F_NPSOLVATION_NOLONGERUSED },
{ 93, F_LJ_RECIP },
- { 46, F_DPD },
- { 36, F_THOLE_POL },
{ 90, F_FBPOSRES },
- { 49, F_VSITE4FDN },
- { 50, F_VSITEN },
- { 46, F_COM_PULL },
- { 46, F_ECONSERVED },
{ 69, F_VTEMP_NOLONGERUSED},
{ 66, F_PDISPCORR },
- { 54, F_DVDL_CONSTR },
{ 76, F_ANHARM_POL },
{ 79, F_DVDL_COUL },
{ 79, F_DVDL_VDW, },
static void do_pullgrp_tpx_pre95(t_fileio *fio,
t_pull_group *pgrp,
t_pull_coord *pcrd,
- gmx_bool bRead,
- int file_version)
+ gmx_bool bRead)
{
rvec tmp;
pcrd->init = tmp[0];
gmx_fio_do_real(fio, pcrd->rate);
gmx_fio_do_real(fio, pcrd->k);
- if (file_version >= 56)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, pcrd->kB);
- }
- else
- {
- pcrd->kB = pcrd->k;
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, pcrd->kB);
}
static void do_pull_group(t_fileio *fio, t_pull_group *pgrp, gmx_bool bRead)
gmx_fio_do_int(fio, expand->lmc_forced_nstart);
gmx_fio_do_int(fio, expand->lmc_seed);
gmx_fio_do_real(fio, expand->mc_temp);
- gmx_fio_do_int(fio, expand->bSymmetrizedTMatrix);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, expand->bSymmetrizedTMatrix);
gmx_fio_do_int(fio, expand->nstTij);
gmx_fio_do_int(fio, expand->minvarmin);
gmx_fio_do_int(fio, expand->c_range);
snew(fepvals->all_lambda[g], fepvals->n_lambda);
}
gmx_fio_ndo_double(fio, fepvals->all_lambda[g], fepvals->n_lambda);
- gmx_fio_ndo_int(fio, fepvals->separate_dvdl, efptNR);
+ gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, fepvals->separate_dvdl, efptNR);
}
else if (fepvals->init_lambda >= 0)
{
}
}
gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_alpha);
- if (file_version >= 38)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, fepvals->sc_power);
- }
- else
- {
- fepvals->sc_power = 2;
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->sc_power);
if (file_version >= 79)
{
gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_r_power);
}
if (file_version >= 79)
{
- gmx_fio_do_int(fio, fepvals->bScCoul);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, fepvals->bScCoul);
}
else
{
gmx_fio_do_real(fio, pull->constr_tol);
if (file_version >= 95)
{
- gmx_fio_do_int(fio, pull->bPrintCOM);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, pull->bPrintCOM);
/* With file_version < 95 this value is set below */
}
if (file_version >= tpxv_ReplacePullPrintCOM12)
{
- gmx_fio_do_int(fio, pull->bPrintRefValue);
- gmx_fio_do_int(fio, pull->bPrintComp);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, pull->bPrintRefValue);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, pull->bPrintComp);
}
else if (file_version >= tpxv_PullCoordTypeGeom)
{
int idum;
gmx_fio_do_int(fio, idum); /* used to be bPrintCOM2 */
- gmx_fio_do_int(fio, pull->bPrintRefValue);
- gmx_fio_do_int(fio, pull->bPrintComp);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, pull->bPrintRefValue);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, pull->bPrintComp);
}
else
{
}
gmx_fio_do_int(fio, pull->nstxout);
gmx_fio_do_int(fio, pull->nstfout);
+ if (file_version >= tpxv_PullPrevStepCOMAsReference)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM);
+ }
+ else
+ {
+ pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM = FALSE;
+ }
if (bRead)
{
snew(pull->group, pull->ngroup);
{
/* We read and ignore a pull coordinate for group 0 */
do_pullgrp_tpx_pre95(fio, &pull->group[g], &pull->coord[std::max(g-1, 0)],
- bRead, file_version);
+ bRead);
if (g > 0)
{
pull->coord[g-1].group[0] = 0;
bRead, file_version, ePullOld, eGeomOld, dimOld);
}
}
+ if (file_version >= tpxv_PullAverage)
+ {
+ gmx_bool v;
+
+ v = pull->bXOutAverage;
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, v);
+ pull->bXOutAverage = v;
+ v = pull->bFOutAverage;
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, v);
+ pull->bFOutAverage = v;
+ }
}
snew(rotg->x_ref, rotg->nat);
}
gmx_fio_ndo_rvec(fio, rotg->x_ref, rotg->nat);
- gmx_fio_do_rvec(fio, rotg->vec);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, rotg->inputVec);
gmx_fio_do_rvec(fio, rotg->pivot);
gmx_fio_do_real(fio, rotg->rate);
gmx_fio_do_real(fio, rotg->k);
{
do_swapgroup(fio, &swap->grp[ig], bRead);
}
- gmx_fio_do_int(fio, swap->massw_split[eChannel0]);
- gmx_fio_do_int(fio, swap->massw_split[eChannel1]);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, swap->massw_split[eChannel0]);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, swap->massw_split[eChannel1]);
gmx_fio_do_int(fio, swap->nstswap);
gmx_fio_do_int(fio, swap->nAverage);
gmx_fio_do_real(fio, swap->threshold);
gmx_fio_do_int(fio, swap->grp[3].nat);
gmx_fio_do_int(fio, swap->grp[eGrpSolvent].nat);
gmx_fio_do_int(fio, swap->grp[eGrpSplit0].nat);
- gmx_fio_do_int(fio, swap->massw_split[eChannel0]);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, swap->massw_split[eChannel0]);
gmx_fio_do_int(fio, swap->grp[eGrpSplit1].nat);
- gmx_fio_do_int(fio, swap->massw_split[eChannel1]);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, swap->massw_split[eChannel1]);
gmx_fio_do_int(fio, swap->nstswap);
gmx_fio_do_int(fio, swap->nAverage);
gmx_fio_do_real(fio, swap->threshold);
static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir, gmx_bool bRead,
- int file_version, real *fudgeQQ)
+ int file_version)
{
int i, j, k, idum = 0;
- real rdum, bd_temp;
- gmx_bool bdum = 0;
+ real rdum;
+ gmx_bool bdum = false;
if (file_version != tpx_version)
{
ir->init_step = idum;
}
- if (file_version >= 58)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->simulation_part);
- }
- else
- {
- ir->simulation_part = 1;
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->simulation_part);
if (file_version >= 67)
{
{
ir->nstcalcenergy = 1;
}
- if (file_version < 53)
- {
- /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
- * since we always want it, also without reading the inputrec.
- */
- gmx_fio_do_int(fio, ir->ePBC);
- if (file_version >= 45)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->bPeriodicMols);
- }
- else
- {
- if (ir->ePBC == 2)
- {
- ir->ePBC = epbcXYZ;
- ir->bPeriodicMols = TRUE;
- }
- else
- {
- ir->bPeriodicMols = FALSE;
- }
- }
- }
if (file_version >= 81)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->cutoff_scheme);
gmx_fio_do_int(fio, ir->ns_type);
gmx_fio_do_int(fio, ir->nstlist);
gmx_fio_do_int(fio, idum); /* used to be ndelta; not used anymore */
- if (file_version < 41)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- if (file_version >= 45)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ir->rtpi);
- }
- else
- {
- ir->rtpi = 0.05;
- }
+
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rtpi);
+
gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcomm);
- if (file_version > 34)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->comm_mode);
- }
- else if (ir->nstcomm < 0)
- {
- ir->comm_mode = ecmANGULAR;
- }
- else
- {
- ir->comm_mode = ecmLINEAR;
- }
- ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->comm_mode);
/* ignore nstcheckpoint */
if (file_version < tpxv_RemoveObsoleteParameters1)
gmx_fio_do_int(fio, dummy_nstcalclr);
}
gmx_fio_do_int(fio, ir->coulombtype);
- if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
- {
- ir->coulombtype = eelRF_NEC_UNSUPPORTED;
- }
if (file_version >= 81)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->coulomb_modifier);
gmx_fio_do_real(fio, ir->rvdw);
gmx_fio_do_int(fio, ir->eDispCorr);
gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_r);
- if (file_version >= 37)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_rf);
- }
- else
- {
- if (EEL_RF(ir->coulombtype))
- {
- ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
- ir->epsilon_r = 1.0;
- }
- else
- {
- ir->epsilon_rf = 1.0;
- }
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_rf);
gmx_fio_do_real(fio, ir->tabext);
- gmx_fio_do_int(fio, ir->gb_algorithm);
- gmx_fio_do_int(fio, ir->nstgbradii);
- gmx_fio_do_real(fio, ir->rgbradii);
- gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_saltconc);
- gmx_fio_do_int(fio, ir->implicit_solvent);
- if (file_version >= 55)
+ // This permits reading a .tpr file that used implicit solvent,
+ // and later permitting mdrun to refuse to run it.
+ if (bRead)
{
- gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_epsilon_solvent);
- gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_obc_alpha);
- gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_obc_beta);
- gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_obc_gamma);
- if (file_version >= 60)
+ if (file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
{
- gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_dielectric_offset);
- gmx_fio_do_int(fio, ir->sa_algorithm);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ ir->implicit_solvent = (idum > 0);
}
else
{
- ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
- ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
+ ir->implicit_solvent = false;
}
- gmx_fio_do_real(fio, ir->sa_surface_tension);
-
- /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
- if (ir->sa_surface_tension < 0)
+ if (file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
{
- if (ir->gb_algorithm == egbSTILL)
- {
- ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
- }
- else if (ir->gb_algorithm == egbHCT || ir->gb_algorithm == egbOBC)
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ if (file_version >= 60)
{
- ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
}
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
}
-
- }
- else
- {
- /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
- ir->gb_epsilon_solvent = 80;
- ir->gb_obc_alpha = 1.0;
- ir->gb_obc_beta = 0.8;
- ir->gb_obc_gamma = 4.85;
- ir->sa_surface_tension = 2.092;
}
-
if (file_version >= 81)
{
gmx_fio_do_real(fio, ir->fourier_spacing);
gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[XX]);
gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[YY]);
gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[ZZ]);
- if (file_version >= 47)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->refcoord_scaling);
- gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_com);
- gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_comB);
- }
- else
- {
- ir->refcoord_scaling = erscNO;
- clear_rvec(ir->posres_com);
- clear_rvec(ir->posres_comB);
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->refcoord_scaling);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_com);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_comB);
+
if (file_version < 79)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->andersen_seed);
ir->andersen_seed = 0;
}
- if (file_version < 37)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- }
-
gmx_fio_do_real(fio, ir->shake_tol);
- if (file_version < 54)
- {
- // cppcheck-suppress redundantPointerOp
- gmx_fio_do_real(fio, *fudgeQQ);
- }
gmx_fio_do_int(fio, ir->efep);
do_fepvals(fio, ir->fepvals, bRead, file_version);
{
do_expandedvals(fio, ir->expandedvals, ir->fepvals, bRead, file_version);
}
- if (file_version >= 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisre);
- }
+
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisre);
gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisreWeighting);
gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bDisreMixed);
gmx_fio_do_real(fio, ir->dr_fc);
if (file_version < 79)
{
gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- if (file_version < 56)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
}
gmx_fio_do_real(fio, ir->em_stepsize);
gmx_fio_do_int(fio, ir->nProjOrder);
gmx_fio_do_real(fio, ir->LincsWarnAngle);
gmx_fio_do_int(fio, ir->nLincsIter);
- if (file_version < 33)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, bd_temp);
- }
gmx_fio_do_real(fio, ir->bd_fric);
if (file_version >= tpxv_Use64BitRandomSeed)
{
gmx_fio_do_int(fio, idum);
ir->ld_seed = idum;
}
- if (file_version >= 33)
- {
- for (i = 0; i < DIM; i++)
- {
- gmx_fio_do_rvec(fio, ir->deform[i]);
- }
- }
- else
+
+ for (i = 0; i < DIM; i++)
{
- for (i = 0; i < DIM; i++)
- {
- clear_rvec(ir->deform[i]);
- }
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->deform[i]);
}
gmx_fio_do_real(fio, ir->cos_accel);
}
/* pull stuff */
- if (file_version >= 48)
{
int ePullOld = 0;
do_pull(fio, ir->pull, bRead, file_version, ePullOld);
}
}
- else
- {
- ir->bPull = FALSE;
- }
if (file_version >= tpxv_AcceleratedWeightHistogram)
{
/* Enforced rotation */
if (file_version >= 74)
{
- gmx_fio_do_int(fio, ir->bRot);
- if (ir->bRot == TRUE)
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bRot);
+ if (ir->bRot)
{
if (bRead)
{
/* Interactive molecular dynamics */
if (file_version >= tpxv_InteractiveMolecularDynamics)
{
- gmx_fio_do_int(fio, ir->bIMD);
- if (TRUE == ir->bIMD)
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bIMD);
+ if (ir->bIMD)
{
if (bRead)
{
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.ref_t, ir->opts.ngtc);
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.tau_t, ir->opts.ngtc);
- if (file_version < 33 && ir->eI == eiBD)
- {
- for (i = 0; i < ir->opts.ngtc; i++)
- {
- ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
- }
- }
}
if (ir->opts.ngfrz > 0)
{
gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.anneal_temp[j], k);
}
/* Walls */
- if (file_version >= 45)
{
gmx_fio_do_int(fio, ir->nwall);
gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_type);
- if (file_version >= 50)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_r_linpot);
- }
- else
- {
- ir->wall_r_linpot = -1;
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_r_linpot);
gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_atomtype[0]);
gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_atomtype[1]);
gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_density[0]);
gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_density[1]);
gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_ewald_zfac);
}
- else
- {
- ir->nwall = 0;
- ir->wall_type = 0;
- ir->wall_atomtype[0] = -1;
- ir->wall_atomtype[1] = -1;
- ir->wall_density[0] = 0;
- ir->wall_density[1] = 0;
- ir->wall_ewald_zfac = 3;
- }
+
/* Cosine stuff for electric fields */
if (file_version < tpxv_GenericParamsForElectricField)
{
}
/* QMMM stuff */
- if (file_version >= 39)
{
gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bQMMM);
gmx_fio_do_int(fio, ir->QMMMscheme);
snew(ir->opts.SAoff, ir->opts.ngQM);
snew(ir->opts.SAsteps, ir->opts.ngQM);
}
- if (ir->opts.ngQM > 0)
+ if (ir->opts.ngQM > 0 && ir->bQMMM)
{
gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.QMmethod, ir->opts.ngQM);
gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.QMbasis, ir->opts.ngQM);
* changing the tpr format for every QMMM change.
*/
std::vector<int> dummy(ir->opts.ngQM, 0);
- gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, dummy.data(), ir->opts.ngQM);
- gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, dummy.data(), ir->opts.ngQM);
+ gmx_fio_ndo_int(fio, dummy.data(), ir->opts.ngQM);
+ gmx_fio_ndo_int(fio, dummy.data(), ir->opts.ngQM);
}
/* end of QMMM stuff */
}
case F_ANGRESZ:
gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiA);
gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpA);
- if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42)
- {
- /* Read the incorrectly stored multiplicity */
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.rB);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.krB);
- iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
- iparams->pdihs.cpB = iparams->pdihs.cpA;
- }
- else
- {
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiB);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpB);
- gmx_fio_do_int(fio, iparams->pdihs.mult);
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpB);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->pdihs.mult);
break;
case F_RESTRDIHS:
gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiA);
gmx_fio_do_int(fio, iparams->vsiten.n);
gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsiten.a);
break;
- case F_GB12:
- case F_GB13:
- case F_GB14:
- /* We got rid of some parameters in version 68 */
- if (bRead && file_version < 68)
+ case F_GB12_NOLONGERUSED:
+ case F_GB13_NOLONGERUSED:
+ case F_GB14_NOLONGERUSED:
+ // Implicit solvent parameters can still be read, but never used
+ if (bRead)
{
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
- gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ if (file_version < 68)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ }
+ if (file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ }
}
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.sar);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.st);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.pi);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.gbr);
- gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.bmlt);
break;
case F_CMAP:
gmx_fio_do_int(fio, iparams->cmap.cmapA);
}
}
-static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist, gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_ilist(t_fileio *fio, InteractionList *ilist, gmx_bool bRead)
{
- int i, idum;
-
- if (file_version < 44)
- {
- for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- }
- gmx_fio_do_int(fio, ilist->nr);
+ int nr = ilist->size();
+ gmx_fio_do_int(fio, nr);
if (bRead)
{
- snew(ilist->iatoms, ilist->nr);
+ ilist->iatoms.resize(nr);
}
- gmx_fio_ndo_int(fio, ilist->iatoms, ilist->nr);
+ gmx_fio_ndo_int(fio, ilist->iatoms.data(), ilist->size());
}
static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
gmx_bool bRead, int file_version)
{
- int idum, i;
- unsigned int k;
-
gmx_fio_do_int(fio, ffparams->atnr);
- if (file_version < 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- gmx_fio_do_int(fio, ffparams->ntypes);
+ int numTypes = ffparams->numTypes();
+ gmx_fio_do_int(fio, numTypes);
if (bRead)
{
- snew(ffparams->functype, ffparams->ntypes);
- snew(ffparams->iparams, ffparams->ntypes);
+ ffparams->functype.resize(numTypes);
+ ffparams->iparams.resize(numTypes);
}
/* Read/write all the function types */
- gmx_fio_ndo_int(fio, ffparams->functype, ffparams->ntypes);
+ gmx_fio_ndo_int(fio, ffparams->functype.data(), ffparams->functype.size());
if (file_version >= 66)
{
ffparams->reppow = 12.0;
}
- if (file_version >= 57)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
- }
+ gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
/* Check whether all these function types are supported by the code.
* In practice the code is backwards compatible, which means that the
* numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
*/
- for (i = 0; (i < ffparams->ntypes); i++)
+ for (int i = 0; i < ffparams->numTypes(); i++)
{
if (bRead)
{
/* Loop over file versions */
- for (k = 0; (k < NFTUPD); k++)
+ for (int k = 0; k < NFTUPD; k++)
{
/* Compare the read file_version to the update table */
if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
}
}
-static void add_settle_atoms(t_ilist *ilist)
+static void add_settle_atoms(InteractionList *ilist)
{
int i;
/* Settle used to only store the first atom: add the other two */
- srenew(ilist->iatoms, 2*ilist->nr);
- for (i = ilist->nr/2-1; i >= 0; i--)
+ ilist->iatoms.resize(2*ilist->size());
+ for (i = ilist->size()/4 - 1; i >= 0; i--)
{
ilist->iatoms[4*i+0] = ilist->iatoms[2*i+0];
ilist->iatoms[4*i+1] = ilist->iatoms[2*i+1];
ilist->iatoms[4*i+2] = ilist->iatoms[2*i+1] + 1;
ilist->iatoms[4*i+3] = ilist->iatoms[2*i+1] + 2;
}
- ilist->nr = 2*ilist->nr;
}
-static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist, gmx_bool bRead,
+static void do_ilists(t_fileio *fio, InteractionLists *ilists, gmx_bool bRead,
int file_version)
{
- int j;
- gmx_bool bClear;
- unsigned int k;
+ GMX_RELEASE_ASSERT(ilists, "Need a valid ilists object");
+ GMX_RELEASE_ASSERT(ilists->size() == F_NRE, "The code needs to be in sync with InteractionLists");
- for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
+ for (int j = 0; j < F_NRE; j++)
{
- bClear = FALSE;
+ InteractionList &ilist = (*ilists)[j];
+ gmx_bool bClear = FALSE;
if (bRead)
{
- for (k = 0; k < NFTUPD; k++)
+ for (int k = 0; k < NFTUPD; k++)
{
if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
{
}
if (bClear)
{
- ilist[j].nr = 0;
- ilist[j].iatoms = nullptr;
+ ilist.iatoms.clear();
}
else
{
- do_ilist(fio, &ilist[j], bRead, file_version);
- if (file_version < 78 && j == F_SETTLE && ilist[j].nr > 0)
+ do_ilist(fio, &ilist, bRead);
+ if (file_version < 78 && j == F_SETTLE && ilist.size() > 0)
{
- add_settle_atoms(&ilist[j]);
+ add_settle_atoms(&ilist);
}
}
}
}
-static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams, gmx_moltype_t *molt,
- gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block, gmx_bool bRead)
{
- do_ffparams(fio, ffparams, bRead, file_version);
-
- if (file_version >= 54)
- {
- gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
- }
-
- do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
-}
-
-static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block, gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- int i, idum, dum_nra, *dum_a;
-
- if (file_version < 44)
- {
- for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- }
gmx_fio_do_int(fio, block->nr);
- if (file_version < 51)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, dum_nra);
- }
if (bRead)
{
if ((block->nalloc_index > 0) && (nullptr != block->index))
snew(block->index, block->nalloc_index);
}
gmx_fio_ndo_int(fio, block->index, block->nr+1);
-
- if (file_version < 51 && dum_nra > 0)
- {
- snew(dum_a, dum_nra);
- gmx_fio_ndo_int(fio, dum_a, dum_nra);
- sfree(dum_a);
- }
}
-static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block, gmx_bool bRead,
- int file_version)
+static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block, gmx_bool bRead)
{
- int i, idum;
-
- if (file_version < 44)
- {
- for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, idum);
- }
- }
gmx_fio_do_int(fio, block->nr);
gmx_fio_do_int(fio, block->nra);
if (bRead)
}
-static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom, int ngrp, gmx_bool bRead,
- int file_version, gmx_groups_t *groups, int atnr)
+static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom, gmx_bool bRead)
{
- int i, myngrp;
-
gmx_fio_do_real(fio, atom->m);
gmx_fio_do_real(fio, atom->q);
gmx_fio_do_real(fio, atom->mB);
gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
gmx_fio_do_int(fio, atom->ptype);
gmx_fio_do_int(fio, atom->resind);
- if (file_version >= 52)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, atom->atomnumber);
- if (bRead)
- {
- /* Set element string from atomic number if present.
- * This routine returns an empty string if the name is not found.
- */
- std::strncpy(atom->elem, atomicnumber_to_element(atom->atomnumber), 4);
- /* avoid warnings about potentially unterminated string */
- atom->elem[3] = '\0';
- }
- }
- else if (bRead)
- {
- atom->atomnumber = 0;
- }
- if (file_version < 39)
- {
- myngrp = 9;
- }
- else
- {
- myngrp = ngrp;
- }
-
- if (file_version < 57)
+ gmx_fio_do_int(fio, atom->atomnumber);
+ if (bRead)
{
- unsigned char uchar[egcNR];
- gmx_fio_ndo_uchar(fio, uchar, myngrp);
- for (i = myngrp; (i < ngrp); i++)
- {
- uchar[i] = 0;
- }
- /* Copy the old data format to the groups struct */
- for (i = 0; i < ngrp; i++)
- {
- groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
- }
+ /* Set element string from atomic number if present.
+ * This routine returns an empty string if the name is not found.
+ */
+ std::strncpy(atom->elem, atomicnumber_to_element(atom->atomnumber), 4);
+ /* avoid warnings about potentially unterminated string */
+ atom->elem[3] = '\0';
}
}
-static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp, t_grps grps[], gmx_bool bRead,
- int file_version)
+static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp, t_grps grps[], gmx_bool bRead)
{
- int j, myngrp;
-
- if (file_version < 39)
- {
- myngrp = 9;
- }
- else
- {
- myngrp = ngrp;
- }
-
- for (j = 0; (j < ngrp); j++)
+ for (int j = 0; j < ngrp; j++)
{
- if (j < myngrp)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, grps[j].nr);
- if (bRead)
- {
- snew(grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
- }
- gmx_fio_ndo_int(fio, grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
- }
- else
+ gmx_fio_do_int(fio, grps[j].nr);
+ if (bRead)
{
- grps[j].nr = 1;
snew(grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
}
+ gmx_fio_ndo_int(fio, grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
}
}
}
static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms, gmx_bool bRead, t_symtab *symtab,
- int file_version,
- gmx_groups_t *groups)
+ int file_version)
{
int i;
gmx_fio_do_int(fio, atoms->nr);
gmx_fio_do_int(fio, atoms->nres);
- if (file_version < 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpname);
- for (i = 0; i < egcNR; i++)
- {
- groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
- snew(groups->grpnr[i], groups->ngrpnr[i]);
- }
- }
if (bRead)
{
/* Since we have always written all t_atom properties in the tpr file
snew(atoms->atomtype, atoms->nr);
snew(atoms->atomtypeB, atoms->nr);
snew(atoms->resinfo, atoms->nres);
- if (file_version < 57)
- {
- snew(groups->grpname, groups->ngrpname);
- }
atoms->pdbinfo = nullptr;
}
else
}
for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
{
- do_atom(fio, &atoms->atom[i], egcNR, bRead, file_version, groups, i);
+ do_atom(fio, &atoms->atom[i], bRead);
}
do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomname, bRead, symtab);
do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomtype, bRead, symtab);
do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomtypeB, bRead, symtab);
do_resinfo(fio, atoms->nres, atoms->resinfo, bRead, symtab, file_version);
-
- if (file_version < 57)
- {
- do_strstr(fio, groups->ngrpname, groups->grpname, bRead, symtab);
-
- do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead, file_version);
- }
}
static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
- gmx_bool bRead, t_symtab *symtab,
- int file_version)
+ gmx_bool bRead, t_symtab *symtab)
{
int g;
- do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead, file_version);
+ do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead);
gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpname);
if (bRead)
{
j = atomtypes->nr;
if (bRead)
{
- snew(atomtypes->radius, j);
- snew(atomtypes->vol, j);
- snew(atomtypes->surftens, j);
snew(atomtypes->atomnumber, j);
- snew(atomtypes->gb_radius, j);
- snew(atomtypes->S_hct, j);
}
- gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->radius, j);
- gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->vol, j);
- gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->surftens, j);
- if (file_version >= 40)
+ if (bRead && file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
{
- gmx_fio_ndo_int(fio, atomtypes->atomnumber, j);
+ std::vector<real> dummy(atomtypes->nr, 0);
+ gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
+ gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
+ gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
}
- if (file_version >= 60)
+ gmx_fio_ndo_int(fio, atomtypes->atomnumber, j);
+
+ if (bRead && file_version >= 60 && file_version < tpxv_RemoveImplicitSolvation)
{
- gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->gb_radius, j);
- gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->S_hct, j);
+ std::vector<real> dummy(atomtypes->nr, 0);
+ gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
+ gmx_fio_ndo_real(fio, dummy.data(), dummy.size());
}
}
static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
{
- int i, j, ngrid, gs, nelem;
- gmx_fio_do_int(fio, cmap_grid->ngrid);
+ int ngrid = cmap_grid->cmapdata.size();
+ gmx_fio_do_int(fio, ngrid);
gmx_fio_do_int(fio, cmap_grid->grid_spacing);
- ngrid = cmap_grid->ngrid;
- gs = cmap_grid->grid_spacing;
- nelem = gs * gs;
+ int gs = cmap_grid->grid_spacing;
+ int nelem = gs * gs;
if (bRead)
{
- snew(cmap_grid->cmapdata, ngrid);
+ cmap_grid->cmapdata.resize(ngrid);
- for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
+ for (int i = 0; i < ngrid; i++)
{
- snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap, 4*nelem);
+ cmap_grid->cmapdata[i].cmap.resize(4*nelem);
}
}
- for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
+ for (int i = 0; i < ngrid; i++)
{
- for (j = 0; j < nelem; j++)
+ for (int j = 0; j < nelem; j++)
{
gmx_fio_do_real(fio, cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
gmx_fio_do_real(fio, cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt, gmx_bool bRead,
- t_symtab *symtab, int file_version,
- gmx_groups_t *groups)
+ t_symtab *symtab, int file_version)
{
- if (file_version >= 57)
- {
- do_symstr(fio, &(molt->name), bRead, symtab);
- }
+ do_symstr(fio, &(molt->name), bRead, symtab);
- do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
+ do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version);
- if (file_version >= 57)
- {
- do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
+ do_ilists(fio, &molt->ilist, bRead, file_version);
- do_block(fio, &molt->cgs, bRead, file_version);
- }
+ do_block(fio, &molt->cgs, bRead);
/* This used to be in the atoms struct */
- do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
+ do_blocka(fio, &molt->excls, bRead);
}
-static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb, gmx_bool bRead)
+static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,
+ int numAtomsPerMolecule,
+ gmx_bool bRead)
{
gmx_fio_do_int(fio, molb->type);
gmx_fio_do_int(fio, molb->nmol);
- gmx_fio_do_int(fio, molb->natoms_mol);
+ /* To maintain forward topology reading compatibility, we store #atoms.
+ * TODO: Change this to conditional reading of a dummy int when we
+ * increase tpx_generation.
+ */
+ gmx_fio_do_int(fio, numAtomsPerMolecule);
/* Position restraint coordinates */
- gmx_fio_do_int(fio, molb->nposres_xA);
- if (molb->nposres_xA > 0)
+ int numPosres_xA = molb->posres_xA.size();
+ gmx_fio_do_int(fio, numPosres_xA);
+ if (numPosres_xA > 0)
{
if (bRead)
{
- snew(molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
+ molb->posres_xA.resize(numPosres_xA);
}
- gmx_fio_ndo_rvec(fio, molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, as_rvec_array(molb->posres_xA.data()), numPosres_xA);
}
- gmx_fio_do_int(fio, molb->nposres_xB);
- if (molb->nposres_xB > 0)
+ int numPosres_xB = molb->posres_xB.size();
+ gmx_fio_do_int(fio, numPosres_xB);
+ if (numPosres_xB > 0)
{
if (bRead)
{
- snew(molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
+ molb->posres_xB.resize(numPosres_xB);
}
- gmx_fio_ndo_rvec(fio, molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, as_rvec_array(molb->posres_xB.data()), numPosres_xB);
}
}
-static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
-{
- int mb, m, a, mol;
- t_block mols;
-
- mols.nr = 0;
- for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
- {
- mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
- }
- mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
- snew(mols.index, mols.nalloc_index);
-
- a = 0;
- m = 0;
- mols.index[m] = a;
- for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
- {
- for (mol = 0; mol < mtop->molblock[mb].nmol; mol++)
- {
- a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
- m++;
- mols.index[m] = a;
- }
- }
-
- return mols;
-}
-
-static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
-{
- t_ilist *il, *ilfb;
- int am, i, mol, a;
- gmx_bool bFE;
- gmx_molblock_t *molb;
- t_iparams *ip;
-
- /* posres reference positions are stored in ip->posres (if present) and
- in ip->fbposres (if present). If normal and flat-bottomed posres are present,
- posres.pos0A are identical to fbposres.pos0. */
- il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
- ilfb = &mtop->moltype[0].ilist[F_FBPOSRES];
- if (il->nr == 0 && ilfb->nr == 0)
- {
- return;
- }
- am = 0;
- bFE = FALSE;
- for (i = 0; i < il->nr; i += 2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
- am = std::max(am, il->iatoms[i+1]);
- if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
- ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
- ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ])
- {
- bFE = TRUE;
- }
- }
- /* This loop is required if we have only flat-bottomed posres:
- - set am
- - bFE == FALSE (no B-state for flat-bottomed posres) */
- if (il->nr == 0)
- {
- for (i = 0; i < ilfb->nr; i += 2)
- {
- am = std::max(am, ilfb->iatoms[i+1]);
- }
- }
- /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
- mol = 0;
- while (am >= mtop->mols.index[mol+1])
- {
- mol++;
- }
- molb = &mtop->molblock[0];
- molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
- snew(molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
- if (bFE)
- {
- molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
- snew(molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
- }
- else
- {
- molb->nposres_xB = 0;
- }
- for (i = 0; i < il->nr; i += 2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
- a = il->iatoms[i+1];
- molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
- molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
- molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
- if (bFE)
- {
- molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
- molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
- molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
- }
- }
- if (il->nr == 0)
- {
- /* If only flat-bottomed posres are present, take reference pos from them.
- Here: bFE == FALSE */
- for (i = 0; i < ilfb->nr; i += 2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
- a = ilfb->iatoms[i+1];
- molb->posres_xA[a][XX] = ip->fbposres.pos0[XX];
- molb->posres_xA[a][YY] = ip->fbposres.pos0[YY];
- molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->fbposres.pos0[ZZ];
- }
- }
-}
-
static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
{
- t_iparams *ip;
- gmx_mtop_ilistloop_t iloop;
- t_ilist *ilist, *il;
- int nmol, i, npair;
- t_iatom *a;
+ gmx_mtop_ilistloop_t iloop;
+ int nmol;
- ip = mtop->ffparams.iparams;
+ gmx::ArrayRef<t_iparams> ip = mtop->ffparams.iparams;
iloop = gmx_mtop_ilistloop_init(mtop);
- while (gmx_mtop_ilistloop_next(iloop, &ilist, &nmol))
+ while (const InteractionLists *ilist = gmx_mtop_ilistloop_next(iloop, &nmol))
{
- il = &ilist[F_DISRES];
+ const InteractionList &il = (*ilist)[F_DISRES];
- if (il->nr > 0)
+ if (il.size() > 0)
{
- a = il->iatoms;
- npair = 0;
- for (i = 0; i < il->nr; i += 3)
+ gmx::ArrayRef<const int> a = il.iatoms;
+ int npair = 0;
+ for (int i = 0; i < il.size(); i += 3)
{
npair++;
- if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label)
+ if (i+3 == il.size() || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label)
{
ip[a[i]].disres.npair = npair;
npair = 0;
static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bRead,
int file_version)
{
- int mt, mb;
- t_blocka dumb;
-
- if (bRead)
- {
- init_mtop(mtop);
- }
do_symtab(fio, &(mtop->symtab), bRead);
do_symstr(fio, &(mtop->name), bRead, &(mtop->symtab));
- if (file_version >= 57)
- {
- do_ffparams(fio, &mtop->ffparams, bRead, file_version);
+ do_ffparams(fio, &mtop->ffparams, bRead, file_version);
- gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmoltype);
- }
- else
- {
- mtop->nmoltype = 1;
- }
+ int nmoltype = mtop->moltype.size();
+ gmx_fio_do_int(fio, nmoltype);
if (bRead)
{
- snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
- if (file_version < 57)
- {
- mtop->moltype[0].name = mtop->name;
- }
+ mtop->moltype.resize(nmoltype);
}
- for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
+ for (gmx_moltype_t &moltype : mtop->moltype)
{
- do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt], bRead, &mtop->symtab, file_version,
- &mtop->groups);
+ do_moltype(fio, &moltype, bRead, &mtop->symtab, file_version);
}
- if (file_version >= 57)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmolblock);
- }
- else
- {
- mtop->nmolblock = 1;
- }
+ int nmolblock = mtop->molblock.size();
+ gmx_fio_do_int(fio, nmolblock);
if (bRead)
{
- snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
- }
- if (file_version >= 57)
- {
- for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
- {
- do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb], bRead);
- }
- gmx_fio_do_int(fio, mtop->natoms);
+ mtop->molblock.resize(nmolblock);
}
- else
+ for (gmx_molblock_t &molblock : mtop->molblock)
{
- mtop->molblock[0].type = 0;
- mtop->molblock[0].nmol = 1;
- mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
- mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
- mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
+ int numAtomsPerMolecule = (bRead ? 0 : mtop->moltype[molblock.type].atoms.nr);
+ do_molblock(fio, &molblock, numAtomsPerMolecule, bRead);
}
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->natoms);
if (file_version >= tpxv_IntermolecularBondeds)
{
{
if (bRead)
{
- snew(mtop->intermolecular_ilist, F_NRE);
+ mtop->intermolecular_ilist = gmx::compat::make_unique<InteractionLists>();
}
- do_ilists(fio, mtop->intermolecular_ilist, bRead, file_version);
+ do_ilists(fio, mtop->intermolecular_ilist.get(), bRead, file_version);
}
}
else
do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes), bRead, file_version);
- if (file_version < 57)
- {
- do_idef (fio, &mtop->ffparams, &mtop->moltype[0], bRead, file_version);
- mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
- }
-
if (file_version >= 65)
{
do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid, bRead);
}
else
{
- mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid = 0;
mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0;
- mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata = nullptr;
- }
-
- if (file_version >= 57)
- {
- do_groups(fio, &mtop->groups, bRead, &(mtop->symtab), file_version);
+ mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata.clear();
}
- if (file_version < 57)
- {
- do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs, bRead, file_version);
- do_block(fio, &mtop->mols, bRead, file_version);
- /* Add the posres coordinates to the molblock */
- add_posres_molblock(mtop);
- }
- if (bRead)
- {
- if (file_version >= 57)
- {
- done_block(&mtop->mols);
- mtop->mols = mtop_mols(mtop);
- }
- }
+ do_groups(fio, &mtop->groups, bRead, &(mtop->symtab));
- if (file_version < 51)
- {
- /* Here used to be the shake blocks */
- do_blocka(fio, &dumb, bRead, file_version);
- if (dumb.nr > 0)
- {
- sfree(dumb.index);
- }
- if (dumb.nra > 0)
- {
- sfree(dumb.a);
- }
- }
+ mtop->haveMoleculeIndices = true;
if (bRead)
{
if (bRead)
{
gmx_fio_do_string(fio, buf);
- if (std::strncmp(buf, "VERSION", 7))
+ if (std::strncmp(buf, "VERSION", 7) != 0)
{
gmx_fatal(FARGS, "Can not read file %s,\n"
" this file is from a GROMACS version which is older than 2.0\n"
if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
{
gmx_fatal(FARGS, "Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
- "instead of %d or %d",
+ "instead of %zu or %zu",
gmx_fio_getname(fio), precision, sizeof(float), sizeof(double));
}
gmx_fio_setprecision(fio, bDouble);
gmx_fio_do_int(fio, tpx->fep_state);
}
gmx_fio_do_real(fio, tpx->lambda);
- gmx_fio_do_int(fio, tpx->bIr);
- gmx_fio_do_int(fio, tpx->bTop);
- gmx_fio_do_int(fio, tpx->bX);
- gmx_fio_do_int(fio, tpx->bV);
- gmx_fio_do_int(fio, tpx->bF);
- gmx_fio_do_int(fio, tpx->bBox);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, tpx->bIr);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, tpx->bTop);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, tpx->bX);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, tpx->bV);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, tpx->bF);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, tpx->bBox);
if ((fileGeneration > tpx_generation))
{
gmx_mtop_t *mtop)
{
t_tpxheader tpx;
- gmx_mtop_t dum_top;
gmx_bool TopOnlyOK;
int ePBC;
gmx_bool bPeriodicMols;
tpx.ngtc = state->ngtc;
tpx.fep_state = state->fep_state;
tpx.lambda = state->lambda[efptFEP];
- tpx.bIr = (ir != nullptr);
- tpx.bTop = (mtop != nullptr);
- tpx.bX = (state->flags & (1 << estX));
- tpx.bV = (state->flags & (1 << estV));
+ tpx.bIr = ir != nullptr;
+ tpx.bTop = mtop != nullptr;
+ tpx.bX = (state->flags & (1 << estX)) != 0;
+ tpx.bV = (state->flags & (1 << estV)) != 0;
tpx.bF = FALSE;
tpx.bBox = TRUE;
}
if (x == nullptr)
{
- x = as_rvec_array(state->x.data());
- v = as_rvec_array(state->v.data());
+ x = state->x.rvec_array();
+ v = state->v.rvec_array();
}
-#define do_test(fio, b, p) if (bRead && (p != NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS, "No %s in %s",#p, gmx_fio_getname(fio))
+#define do_test(fio, b, p) if (bRead && ((p) != NULL) && !(b)) gmx_fatal(FARGS, "No %s in %s",#p, gmx_fio_getname(fio))
do_test(fio, tpx.bBox, state->box);
if (tpx.bBox)
}
else
{
+ gmx_mtop_t dum_top;
do_mtop(fio, &dum_top, bRead, fileVersion);
- done_mtop(&dum_top);
}
}
do_test(fio, tpx.bX, x);
}
if (fileGeneration <= tpx_generation && ir)
{
- do_inputrec(fio, ir, bRead, fileVersion, mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : nullptr);
+ do_inputrec(fio, ir, bRead, fileVersion);
if (fileVersion < 51)
{
set_box_rel(ir, state);
{
if (fileVersion < 57)
{
- if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
+ if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].size() > 0)
{
ir->eDisre = edrSimple;
}
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